PENDAHULUAN DAN SEJARAH

PATOLOGI BENIH

Tim Dosen:
Fitrianingrum Kurniawati, SP, MSi
Andika Septiana Suryaningsih, SP, MSi
Patogen, Penyakit dan Benih Tanaman

Patogen
Organisme atau struktur penyebab penyakit

Penyakit
Gangguan fisiologis secara terus menerus pada suatu tanaman
yang disebabkan oleh faktor biotik (patogen) dan abiotik (faktor
lingkungan)
Benih
Struktur perbanyakan tanaman yang berasal dari benih atau
hasil perbanyakan vegetatif atau klonal
 • Semua bagian tanaman yang digunakan
untuk perbanyakan tanaman disebut sebagai
benih
• Benih adalah hasil dari ovule yang dibuahi ,
terdiri dari: embrio, kulit benih dan kotiledon

Dikotil Monokotil

( Potts CH 1971)
• Benih merupakan suatu miniatur ekosistem
yang terdiri dari berbagai komponen
• Benih sebagai struktur perbanyakan tanaman
merupakan wahana penyebaran patogen yang
efektif
• Kondisi benih sebagai komoditas internasional
menyebabkan semakin besar penyebaran
patogen dan semakin besar resiko yang
ditimbulkan
• Patogen terbawa benih: kontaminasi, infeksi,
bebas dalam kemasan
• Seed pathology pertama kali di kenalkan oleh
Paul Neegaard dan Mary Noble (1940)
• Pada waktu itu prosedur standar untuk menguji
seed germination dan purity sudah ada, tetapi
teknik untuk deteksi patogen terbawa benih (seed
borne) masih diperlukan
• Paul Neegaard merupakan Father of seed
pathology (beliau mendeskripsikan sekitar 100
penyakit dan patogen tanaman di Denmark dan
di dunia, ketua Plant disease committee pada
ISTA (international seed testing association tahun
1956-1974)
 Patologi Benih (Seed Pathology)
Disiplin ilmu penyakit tumbuhan yang mempelajari
a). Peranan patogen dan penyakit yang terbawa benih
b). Penyakit benih (Seed disease)
c). Mekanisme infeksi dan penularan patogen terbawa
benih
d). Faktor yang mempengaruhi perkembangan dan
penyebaran patogen terbawa benih
e).Teknik mendekteksi dan mengidentifikasi patogen
terbawa benih
f). Metode pengendalian penyakit dan patogen terbawa
benih di lapangan dan di penyimpanan
HUBUNGAN PATOGEN DENGAN BENIH:

1. Seedborne
Patogen manyertai benih di dalam atau di luar

2. Seed-transmitted
-Patogen berpindah dari benih ke tanaman
-transmitted vs transported or disseminated

3. Seed as a pathway
Benih sebagai jalur penularan patogen
-Seedborne or Seed Transmitted
-Patogen dapat bertahan dan menular melalui benih
Sejarah Singkat Patogen Terbawa Benih
❖ Zaman Paleozoic (330 juta tahun yang lalu) : ditemukan fosil tumbuhan,
cendawan, bakteri
❖ 130 jt tahun yang lalu; Ditemukan cendawan Claviceps pada gandum
❖ 1733 Jehtro Tull (Inggris) : perlakuan air laut mengurangi Tilletia triticii pada
gandum
❖ 1755 Du Tillet (ahli botani Perancis): penyakit stinking / hill bunt pada gandum
(senyawa beracun di perm. Benih)
❖ 1807 Prevost (penyebab stinking / hill bunt : cendawan T. caries )
❖ 1883 Frank (cendawan Colletotrichum lindemuthianum pada benih Phaseolus
vulgaris)
❖ 1886 Meyer (Tobacco mosaic virus terbawa benih tembakau)
❖ 1892 Beach (Bakteri Xanthomonas campestris pv phaseoli terbawa benih
Phaseolus vulgaris)
❖ 1897 Stewart (Erwinia stewartii pada jagung)
❖ 1915 Rolfs (Xanthomonas campestris pv malvacearum pada kapas)
❖ 1916 McClintock (Cucumber mosaic virus bersifat tular benih /seed transmitted)
❖ 1923 Dorogin (sistem untuk mendeteksi patogen terbawa benih pada benih
tanaman pangan di USSR
❖ 1958 Noble et al. (diterbitkannya an annotated list of seed borne disease)
❖ 1968 Noble dan Richardson (an annotated list of seed borne disease di
update), 1979 dan 1990 direvisi oleh Richardson
 Kerugian Akibat Patogen Terbawa Benih

Menurunkan daya kecambah,

aborsi pada benih, meningkatkan
kematian bibit / tanaman muda

Meningkatkan perkembangan
penyakit di lapangan
Ipm.missouri.edu
Menimbulkan ledakan penyakit di
daerah baru

Merubah nutrisi dengan dihasilkan

toksin aps.net
Kasus Patogen dan Penyakit Terbawa Benih di
Indonesia

• Akar gada (Plasmodiophora brassicae)

• Black Rot pada Crucifer (Xanthomonas campestris)
• Bunchy Top pada pisang
• Antraknosa cabai (Colletotrichum capsici)
• Antraknosa kedelai (C. truncatum)
• Nematoda sista kuning (Globodera sp) pada kentang
• Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi) pada padi di Subang,
Purwakarta, Sukabumi, Sukoharjo, Karawang, KalSel,
Lampung, Pematang Siantar, Serdang Bedagai, Batubara, Deli
Serdang, Bogor, Kediri, Ngawi, Bojonegoro, Makassar, Papua,
Bengkulu, Solok, Agam, 50 Kota, hampir diseluruh Indonesia
• Busuk Bulir Bakteri (Burkholderia glumae) pada padi
 Akar Gada

Sachin et al. 2019 (Archives of Agriculture and Environmental Science 4(3): 342-349 (2019))
 Busuk Hitam (Black Rot)
• Black Rot of Crucifers (Xanthomonas campestris pv. campestris)

McGrath MT. 1994. Vegtable crop black rot in crucifers (https://hdl.handle.net/1813/43260)

 Antraknosa pada Cabai

Rachman et al. 2011 (Thai Journal of Agricultural Science 2011, 44(4): 243-250 )
 Antraknosa Kedelai

Nagaraj 2013 (STUDIES ON ANTHRACNOSE OF SOYBEAN CAUSED BY

Colletotrichum truncatum (Schw.) Andrus and Moore)
Kasus Patogen dan Penyakit Terbawa
Benih di Indonesia

Kerdil pisang/Banana bunchy

top virus pada pisang

Leiwakabessy, 2017
 Purple Stain pada kedelai

Purple stain Cercospora kikuchii

Sumber:
https://cropwatch.unl.edu/plantdisease/soybean/purple-seed-stain
 Mosaik Pada Kedelai

Gejala seed discolorization

Credit by John Vandyx 2000

(https://www.ent.iastate.edu/imagegal/
Gejala Mosaic pada daun kedelai plantpath/soybean/smv/3115.18smvse
eds.html)
Cho et al. 2013
 Nematoda sista kentang (Globodera rostochiensis)

Credit by
Fitrianingrum
Kurniawati 2020

Biosecurity SA – Plant Health (https://pir.sa.gov.au/data/assets/pdf_file/0004/296185/Fact_Sheet_-

Potato_Cyst_Nematodes_-_June_2017.pdf)
 Penyakit PUCUK PUTIH (WHITE TIP)
Aphelenchoides besseyi

KARAWANG SUKOHARJO

Credit by Titiek S. Yuliani (2016) dan Fitrianingrum Kurniawati (2016)

 Lanjutan Gejala

Pematang Siantar , 2017 Bogor, 2016

Credit by Maurice Yosua Hutahuruk (2017) dan Rizky Mailani Rahman (2016)
 Gejala Sun Spot pada Benih Padi

Benih mengalami bercak, melekuk, pinggiran

bercak berwarna coklat tua sampai kehitaman

Credit by Fitrianingrum Kurniawati (2016)

 Penyakit busuk bulir bakteri (bacterial grain
rot / BGR)
• Penyebab : Bakteri Burkholderia glumae (BG)
• Pertama kali dilaporkan di Jepang tahun 1950-an
• Penyakit ini sudah menyebar di Amerika Seikat, Colombia,
Panama, Venezuela, Cina, Korea, Vietnam, Taiwan, India,
Filipina, dan Indonesia
• Gejala:

Credit by Titiek S. Yuliani (2016)

 Pengujian Kesehatan Benih
• Tujuan : mencegah atau mengurangi resiko
akibat patogen terbawa benih
deteksi dan identifikasi

• Ketetapan ISTA (international seed testing

association) untuk standar mutu benih

• Program rutin pengawasan mutu benih di

negara-negara produsen benih
Sumber: Bonny PWS
Pengujian Kesehatan Benih dan Era Globalisasi

• Ratifikasi General Agreement on Trade and

Tarif (GATT) mempengaruhi transaksi dan
pergerakkan benih
• Phytosanitary Certficate sebagai konsekuensi
GATT
• Pengujian kesehatan benih sebagai pengawasan
mutu benih harus menjadi bagian sistem
perbenihan nasional

Sumber : Bonny PWS

 Pengujian Kesehatan Benih dan Perbenihan Nasional

• Pengujian kesehatan benih di Indonesia telah dimulai

sejak 1970-an meski masih terbatas

• Pengujian kesehatan benih belum menjadi program

rutin yang dilaksanakan secara optimal

Sumber : Bonny PWS

Pengujian Kesehatan Benih dan Perbenihan Nasional

Optimalisasi pengujian kesehatan benih :

1. Regulasi kebijakan pemerintah

2. Pembenahan infrastruktur dan SDM pelaksana tekniS

3. Manajeman sistem informasi perbenihan nasional

4. Pembentukan institusi akreditasi mutu benih

Sumber: Bonny PWS

Manajemen Sistem Informasi Perbenihan Nasional

• Sistem informasi yang mudah diakses

• Informasi aktual tentang perkembangan

penyakit dan patogen terbawa benih, kebijakan
dan trend dalam hal sistem perbenihan, metode
mutahir dan lain-lain

Sumber: Bonny PWS

Pembentukan Institusi Akreditasi Mutu Benih
• Peran perguruan tinggi dalam pengembangan
patologi benih dan SDM

• Lembaga validasi pengujian kesehatan benih

• Sertifikasi dan rekomendasi terhadap benih uji
• Peran perguruan tinggi dan lembaga swasta
untuk pengujian kesehatan benih
Sumber: Bonny PWS
 DAFTAR PUSTAKA
• Agarwal KV, Sinclair BJ. 1996. Principles of Seed Pathology Ed ke-2. New York (US): CRC Press.
• Biosecurity SA – Plant Health (https://pir.sa.gov.au/data/assets/pdf_file/0004/296185/Fact_Sheet_-
Potato_Cyst_Nematodes_-_June_2017.pdf).
• Cho S, Kim J, Li M, Seo E, Lim S, Hong MS, Moon SJ, Hammond J, Lim SH. 2013. Occurrence of Three Major
Soybean Viruses, Soybean mosaic virus, Soybean yellow mottle mosaic virus and Soybean yellow common
mosaic virus Revealed by a Nationwide Survey of Subsistence Farming Soybean Fields. Res. Plant Dis. 19(4) :
319−325. DOI: http://dx.doi.org/10.5423/RPD.2013.19.4.319
• https://cropwatch.unl.edu/plantdisease/soybean/purple-seed-stain
• https://www.ent.iastate.edu/imagegal/plantpath/soybean/smv/3115.18smvseeds.html
• Leiwakabessy M. 2017. Disease Incidence and Molecular Analysis of Banana bunchy top virus (BBTV) in Bogor,
West Java. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
• McGrath MT. 1994. Vegtable crop black rot in crucifers (https://hdl.handle.net/1813/43260)
• Neergaard P. 1977. Seed Pathology Ed ke 1. London (UK): Macmillan Education.
• Nagaraj 2013 (STUDIES ON ANTHRACNOSE OF SOYBEAN CAUSED BY Colletotrichum truncatum (Schw.)
Andrus and Moore)
• Potts CH. 1971. SEEDS - DEVELOPMENT , STRUCTURE AND FUNCTION. Tersedia di:
https://ir.library.msstate.edu/.
• Sachin G, Sundar M S, Tirtha R D, Harsha H R. 2019. A review on clubroot of crucifers: symptoms, life-cycle of
pathogen, factors affecting severity, and management strategies. Archives of Agriculture and Environmental
Science 4(3): 342-349. DOI: https://doi.org/10.26832/24566632.2019.0403012
 TERIMA KASIH
S E M O GA B E R MAN FAAT

Departemen Proteksi Tanaman

Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper Kampus IPB Dramaga Bogor
16680
*

Pertemuan ke -2
 *

* Germinasi terhambat
* Perubahan warna benih (Discolorization)
* Mempengaruhi perkembangan penyakit di
lapangan
* Patogen memproduksi suatu toksin
 *
* Fungi/Cendawan
* Bakteri
* Virus
* Nematoda
 *
• Kelompok terbesar patogen terbawa dan tertular benih.
• Sebagian besar penyakit tanaman disebabkan oleh
cendawan (70%).
• Sering menimbulkan gejala busuk benih, rebah
kecambah, lodoh pada bibit, busuk akar dan batang,
hangus, hawar daun, puru
• Sebagian menunjukan gejala khas dan sebagian besar
tidak menunjukan gejala pada benih
• Terbawa benih dalam bentuk spora dorman seperti
chlamidospore dan oospora, struktur sklerotia
 *

Mikroorganisme berinti sejati (eukariotik), multiseluler

Tubuh berbentuk seperti benang / filamen, tidak bersekat /
berinti banyak (hifa sonositik) dan bersekat / berinti satu
atau lebih (hifa seluler)
Hifa bercabang-cabang disebut miselium
Tidak berklorofil
Berkembangbiak dengan menghasilkan spora (seksual /
aseksual)
Hidup dengan menyerap makanan dari bahan organik
(sebagai saprofit atau parasit)
 Aspergillus niger

Konidia

Konidiofor

Dept. PTN-IPB 6 8/30/2020

 *
Miselium

Makrokonidia Mikrokonidia

Gejala Bulih hampa,

mengering, dan terdapat
lapisan putih miselium,
tanaman layu, batang
mengalami nekrosis
 *

Konidia

Konidiofor Gejala: bercak belah ketupat,

Patah leher, bulir hampa, terdapat
lapisan berwarna abu-abu yang
merupakan konidia cendawan dan
bercak kecoklatan pada benih
 *

Sporangiospora
berwarna putih
keabuan
 *

sterigma
Konidia
Medula

Konidiofor
 *

Hifa
bersekat R.
Solani
membentuk
sudut 90⁰

Gejala hawar pelepah

 *

Konidia dan konidiofor Gejala bercak daun dan

nekrosis benih
 *
Konidiaseperti
boomerang
dan konidiofor

Gejala
bercak
Curvularia
BAKTERI

* Organisme prokariotik, tidak punya klorofil

dan berkembangbiak dengan membelah diri
* Kebanyakan bakteri patogen tanaman bersifat
nekrotrof
* Penularan bakteri melalui benih tanaman
sangat penting dalam mempertahankan
jenisnya di alam
* Sering menimbulkan penyakit busuk benih,
puru, layu, busuk basah, busuk pada pangkal
batang, hawar, pustule
*KARAKTERISTIK BAKTERI PATOGEN TUMBUHAN
1. Satu sel (uniseluler), semua berbentuk batang membulat kecuali
Streptomyces (berbentuk filamen)
2. Ukuran diameter 0.6 – 3.5 µm
3. Dinding sel diselubungi oleh lapisan lendir , jika menebal akan
membentuk kapsul
4. Kebanyakan memiliki flagella (polar atau peritrik
5. Kebanyakan gram negatif (Pseudomonas/Ralstonia, Xanthomonas,
Erwinia, Agrobacterium, Xylela), gram positif ( Clavibacter,
Corynebacterium, Streptomyces, Clostridium)
6. Tidak membentuk spora, keculai Clostridium
7. Reproduksi secara asexual (pembelaha): dalam satu hari dan
kondisi normal 1 sel bakteri dapat menjadi 1 juta
 Bakteri Patogen Terbawa Benih

Pada Umumnya bersifat “Simptomless”

Bakteri pada permukaan daun

Gejala Penyakit yang disebabkan oleh Pseudomonas syringae pv. syringae

10
 BAKTERI PATOGEN TERBAWA BENIH

Hampir semua bakteri patogen tumbuhan dapat terbawa benih, baik sebagai
kontaminan atau ada pada/dalam jaringan benih

Pengaruh infeksi bakteri terbawa benih

Penurunan produk tanaman (kuantitas maupun kualitas)
Sumber inokulum pada pertanaman berikutnya

Pengaruh langsung:
kehampaan
kebusukan
perubahan warna
penyakit lendir
 Contoh Bakteri Terbawa Benih & Kerugiannya

Penyakit Patogen Kerugian Hasil

Hawar bakteri/kresek Xanthomonas oryzae 6-65%
Pustul bakteri X. Axonopodis pv 10-41%
glycines
Hawar Daun kedelai Pseudomonas 10-50%
syringae pv glycines
Layu bakteri kentang Ralstonia 10-100%
solanacearum
Layu bakteri tomat, R. solanacearum 10-35%
cabe
Busuk lunak kubis Erwinia carotovora -
Busuk hitam X. Campestris pv 10-100%
campestris
 Daya Bertahan Hidup Maximum Beberapa Bakteri
Patogen Terbawa Benih

Patogen Inang Lama Bertahan

(tahun)
C. flacumfaciens pv. flacumfaciens Phaseolus vulgaris 24.0

C. f. pv auranticum Phaseolus vulgaris 15.6

C. f. pv. violaceum Phaseolus vulgaris 8.0

P. syringae pv. glycinea Kedelai 2.0

P. s. pv. tabaci Nicotiana tabacum 2.0

P.s. pv lachrymans Cucumis sativus 1.0

X. c. pv. malvacearum Kapas 4.8

X. c. pv. oryzae Padi 2.4

X. c. pv. phaseoli Phaseolus vulgaris 15.0

X. c. pv. glycines Kedelai 2.6

*

Sel Bakteri

Koloni Bakteri
 *

ooze bakteri

ooze bakteri

sel-sel bakteri
Dept. PTN-IPB 22 8/30/2020
 Xanthomonas oryzae pv oryzae

Kresek
 *
Gejala:

Koloni bakteri Sel-sel bakteri

 Sel Bakteri

Gejala pada benih

(busuk bulir bakteri) Koloni bakteri
 VIRUS

• Bukan organisme karena tidak mampu

melakukan metabolisme sendiri (disebut
partikel).
• Partikel virus t.d. dari komponen asam nukleat
(RNA atau DNA) dan selubung protein (kapsid).
• Berbentuk batang (pendek/ panjang –
lentur/kaku), polihedral (bulat).
• Ukuran submikroskopik, batang (300 nm x 16
nm), bulat (Ø 17 – 75 nm) → mikroskop
elektron.
• Berkembangbiak / replikasi dg.
memanfaatkan proses “mesin sintesis
protein” sel inangnya.

Gambar skematik partikel virus

VIRUS

Batang Panjang Batang Panjang

(Kaku) (Lentur)

Polihedral Batang Pendek

Bentuk-bentuk partikel virus dilihat dengan mikroskop elektron (TEM)

INFEKSI VIRUS

• Partikel virus tidak dapat melakukan metabolisme sendiri → mempengaruhi sel

inang untuk membentuk partikel-partikel virus baru dan senyawa-senyawa lain
(enzim, hormon, toksin, dll.).
• Partikel virus hanya dapat memperbanyak diri dalam sel tumbuhan yang masih
hidup → parasit obligat.
• Asam nukleat (RNA atau DNA) merupakan komponen infektif → membentuk RNA /
DNA dan selubung protein (kapsid) baru.
• Gejala penyakit yang disebabkan umumnya bersifat sistemik → dari sel terinfeksi
partikel-partikel virus disebarkan ke sel-sel di sekitarnya melalui plasmodesmata
dan akhirnya mencapai berkas pengangkutan (floem).
• Penyebaran gejala / partikel virus dari sel terinfeksi ke arah jaringan meristematik
(aktif tumbuh), misalnya ujung batang/akar, umbi, benih dll.
Virus Dapat Ditularkan Melalui:

1. Bahan perbanyakan tanaman

2. Benih dengan efisiensi < 1% sampai 100%
3. Serbuk sari / Polen

Ada sekitar 20% virus tanaman yang diketahui

terbawa benih (seed transmitted) (± 100 virus)

Sarana yang efektif untuk introduksi virus ke

pertanaman pada fase awal tanam dan
merupakan infeksi primer sepanjang musim
tanam Sehingga jika ada vektor maka
penularan virus ke benih menjadi
penting secara ekonomi
SEED TRANSMITTED VIRUSES

Family Genus Species

Bromoviridae Alfamovirus Alfalfa mosaic virus
Cucumovirus CMV
Peanut stunt virus
Potyviridae Potyvirus BCMV
BYMV
Cowpea aphid borne
mosaic virus
Comoviridae Comovirus Squash mosaic virus

Nepovirus Tobacco ringspot virus

 Lokasi Virus Di Dalam Benih

Penularan Virus pada Benih dapat Terjadi Karena 2 Hal:

1. Kontaminasi pada permukaan benih (seed coat)

Untuk virus-virus yang sifatnya stabil

Contoh: Tomato mosaic virus, Tobacco mosaic virus

2. Terbawa pada Embrio Yang Terinfeksi (Hampir semua virus Terbawa

Benih)
Embrio transmissible virus dapat juga terbawa di luar benih (pada
endosperma, testa, atau pada keduanya tanpa menginfeksi embrio)
dalam kondisi inaktif
Contoh:
Pea seed borne mosaic virus dalam kondisi inaktif terdeteksi pada kulit
luar
 Karakter Penting Virus Terbawa Benih

1. Sebagian dapat ditularkan secara mekanis melalui cairan

sap tanaman (sap transmissible) dan mampu menyerang
jaringan parenkim

2. Dapat ditularkan oleh vektor tertentu (kutu daun, nematoda,

kumbang) secara non persisten

3. Kisaran inang terbatas

Contoh : Bean common mosaic virus (BCMV), Soybean mosaic
virus (SMV), Squash mosaic virus (SqMV)

4. Virus bertahan selama penularan ke benih

5. Semakin cepat tanaman induk terinfeksi virus, maka semakin

tinggi penularan virus ke benih

6. Penularan benih maksimal melalui infeksi gamet sebelum

fertilisasi (indirect invasion)
Bean common mosaic virus
 NEMATODA
 Kata Yunani / Greek: nematos
→benang (thread), eidos →
menyerupai (likeness)
 Secara harfiah: nematoda
adalah binatang (mikrofauna)
yang bentuk tubuhnya
menyerupai benang
 Jumlahnya sangat melimpah di
biosfir bumi (± 500.000 species,
15.000 telah didiskripsi)
Gambar ilustrasi komunitas nematoda
di dalam tanah

30/08/2020 Dept.PTN-IPB 34
 Berkeley (1855) → nematoda
puru akar (Meloidogyne spp.)
 Penemuan / laporan nematoda
parasit tumbuhan lain :
Ditylenchus dipsaci (Kuhn, 1857),
nematoda sista sugarbeet
Heterodera schachtii (Schacht,
1859), dll. → lebih dari 1200
species, kerugian rata-rata 78
milyar US$ per tahun

Meloidogyne yang
menyerang tanaman
seledri

30/08/2020 Dept.PTN-IPB 35
 cara memarasit tumbuhan

ektoparasit semi-endoparasit endoparasit

 Cara memarasit dengan menusukkan stilet dan menngisap cairan makanan

dari sel inangnya

 Cara memarasit: ektoparasit, semi-endoparasit, dan endo-parasit baik yang

berpindah-pindah (migratory) atau menetap (sedentary)

 Kerusakan pada sel bisa bersifat disktruktif / sel mati (parasit menetap) atau
adaptif / sel tetap hidup (parasit menetap)

8/30/2020 Dept.PTN-IPB 36
 cara memarasit (lanjutan)

sel rusak / mati sel adaptif (sinsitium) sel adaptif (sel raksasa)

 Parasit berpindah (migrator) baik yang ekto-, semi-, maupun endoparasit tetap
berbentuk spt. cacing (vermiform) dan menimbulkan kerusakan tipe distruktif
pada sel tumbuhan (sel-sel mati)

 Parasit menetap (sedenter), baik yang ekto-, semi-, maupun endoparasit tubuhnya
membengkak dan menimbulkan kerusakan tipe adaptif (membentuk sel asuh,
sinsitium atau sel raksasa) pada sel tumbuhan

8/30/2020 Dept.PTN-IPB 37
 Contoh Bahan Tanaman Pembawa Nematoda

Ditylenchus Aphelenchoides

Ditylenchus Meloidogyne

28/08/2017 Dr.Supramana,PTN-IPB 38
 bahan tanaman (lanjutan)
Bursaphelenchus xylophillus

Aphelenchoides besseyi

Benih/biji padi

Log kayu + kumbang vektor

Dept PTN IPB 39

 Media Pembawa
 Nematoda umumnya terbawa pada fase dorman
(kriptobiosis) bersama benih, umbi, umbi lapis,
kayu, kulit batang, tanah, media tanam, pupuk
organik, serangga vektor, dll.
 Ada beberapa nematoda yang terbawa pada
kondisi aktif → bahan perbanyakan tanaman
(umbi, umbi lapis, setek, tunas, dll.)

28/08/2017 Dept PTN-IPB 40

 1. Nematoda puru biji
(Anguina spp.)
 Ada 27 species Anguina, menimbulkan puru /
gall pada daun, batang dan biji. 15 species
menyerang monokotil, terutama rumput-
rumputan (Gramineae), sisanya menyerang
dikotil, terutama anggota Asteraceae

 Juvenil 2 (J2) mampu bertahan dalam biji

(anhidrobiosis) selama puluhan tahun dalam
kondisi kering

 Interaksi dengan bakteri Corynebacterium tritici

(penyakit Tundu di India), biji menjadi beracun
terhadap mamalia

28/08/2017 Dept PTN-IPB 41

 siklus hidup
 Nematoda bertahan di dalam biji gandum sbg Juvenil 2
(J2)
 Ketika ada air (awal tanam), nematoda menginfeksi titik
tumbuh kecambah, terbawa ke atas permukaan tanah
 Morfologi nematoda tidak berubah (selama ± 2 bulan)
hingga menginfeksi primordia bunga/malai
 Setelah di dalam malai nematoda berkembang
(menjadi J3,J4, dewasa, dan kawin). 1 betina meletakkan
> 2000 telur, menetas sbg J2
 Jantan dan betina mati, J2 kembali masuk fase
dorman
 Siklus berlangsung ± 4 bulan

28/08/2017 Dept ,PTN-IPB 42

2. Nematoda penyebab Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi)

Penyakit Pucuk putih (WHIte tip)

• Penyebab: Nematoda Aphelenchoides besseyi Christie (OPTKA2)
• Gejala :
- klorosis pada pucuk, berukuran sekitar 3-5 cm
- Pucuk daun membelit dan mengerut
- Distorsi pada daun bendera
- Lama kelamaan daun bergejala mengalami nekrosis (kalau sudah
nekrotik susah dibedakan dengan gejala kekurangan unsur hara
Magnesium)
- Gejala pada malai antara lain: malai lebih pendek, berkurangnya
jumlah bulir, dan meningkatnya jumlah bulir hampa, gejala pada benih
berupa bercak coklat (sun spot).
  Siklus hidup: fase telur, 4 fase juvenil, dan
dewasa → 10 ± 2 hari pada 30oC
 Agregat nematoda dorman (betina), pada
aksis sekam biji yang sehat/bernas
 Mampu bertahan dalam biji / benih padi
selama 5 tahun (kondisi kering), dapat
mencapai 100 nematoda / biji

Dept PTN IPB 44

 Penyakit PUCUK PUTIH (WHITE TIP)
Aphelenchoides besseyi

Karawang, 2016 Sukoharjo, 2016

Sumber: Yuliani (2016) dan Kurniawati (2016)
 Gejala Sun spot pada benih padi

Benih mengalami bercak, melekuk, pinggiran

bercak berwarna coklat tua sampai kehitaman

Sumber: Kurniawati (2016)

 Aphelenchoides
besseyi

Aphelenchoides besseyi: (A)

female; (B) female head end; (C)
female en face view; (D) lateral
field; (E, F) variation in female
metacorpus and pharynx region
and position of excretory pore with
respect to nerve ring; (G) male
anterior end; (H) female tail
termini showing variation in shape
of mucro; (I–K) male tail ends; and
(L–N) variation in post-vulval sac.

Sumber: IPPC, 2016

28/08/2017 Dept PTN-IPB 47

3. NEMATODA BATANG DAN UMBI
(Ditylenchus spp.)
 Ditylenchus mempunyai 81 species, 3 terpenting D.
dipsaci, D. destructor, dan D. angustus
 Parasit tanaman penting di daerah beriklim sedang,
suhu 20 – 25oC, inang ˃ 400 species tanaman, faktor
multiplikasi 1000 kali lipat per musim tanam
 Juvenil 4 / J-4 (agregasi) dapat bertahan memasuki
fase anhidrobiosis dan dalam keadaan kering dapat
bertahan ± 23 tahun
 Menyerang seluruh bagian tanaman (tajuk dan bagian
tanaman di bawah tanah) sebagai endoparasit
berpindah
 Penyebaran terutama melalui umbi lapis, biji, dan
bahan perbanyakan tanaman lain

Dept,PTN-IPB 48
Gejala penyakit

49
 4. Nematoda Puru Akar
(Meloidogyne Spp.)
 Ditemukan oleh Berkeley (1885), secara kolektif
dapat menyerang sekitar 2000 species
tumbuhan: tanaman pangan, sayuran, tanaman
hias, tanaman perkebunan, dll.
 Distribusi merata di seluruh dunia: daerah
tropika, subtropika, dan beriklim sedang
 Berinteraksi dengan patogen tanah lain, a.l.:
Fusarium, Rhizoctonia, Pythium, Sclerotium, dan
penyebab layu bakteri Ralstonia / Pseudomonas
solanacearum → kejadian dan intensitas penyakit
meningkat

50
 Gejala penyakit, malformasi
umbi

Umbi kentang
Umbi bit
Umbi wortel

51
 TERIMA KASIH
S E M O GA B E R MAN FAAT

Departemen Proteksi Tanaman

Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper Kampus IPB Dramaga Bogor
16680
 Minggu Ke 3
Lokasi dan Mekanisme Infeksi
Patogen Terbaw a Benih

Oleh:
Fitrianingrum Kurniawati, SP, MSi
Seed borne:
patogen yang berada di dalam atau
berasosiasi dengan benih, belum tentu
menginfeksi benih, dan belum tentu
ditularkan ke benih berikutnya.
Seed Transmitted:
patogen menginfeksi benih, mapan di dalam
benih, dan bisa ditularkan ke benih
berikutnya
Seed-borne organisme secara prinsip
terbawa dengan benih melalui 2 cara:
a. Kontaminasi (Contaminated/infested): menempel
(spora Bacillus spp., sel patogen) atau
tercampur (sclerotia, tubuh buah dll).

Banyak terjadi ketika pemrosesan benih: panen, transportasi,

seed threshing
b. Infeksi (infected): patogen memenetrasi dalam jaringan benih dan
biasanya
berada pada fase dorman (miselium dorman, Pseudomonas
syringae).
Banyak faktor telibat dalam proses ini: fisiologi patogen tanaman
dan inang,
kondisi lingkungan dll.
Patogen berasosiasi dengan benih:
Transmitted as infection or infestation (contamination)
 Infeksi (patogen berada di dalam benih, tertanam di jaringan benih, patogen mapan dan bertahan)
 Ketika patogen terbawa secara pasif maka patogen tersebut disebut sebagai kontaminan atau
infestant
 Kontaminasi (di permukaan benih)
 Terbawa bebas bersama benih (patogen pada sisa tanaman, butiran tanah, struktur khusus)
1. Embrio
Sebagian Cendawan (Alternaria, Curvularia, Bipolaris,
Colletotrichum, Sclerospora), Virus (SMV, BSMV, PMoV),
Viroid (The Coconut cadang- cadang viroid), dan sebagian
bakteri (Xanthomonas, Pseudomonas, dan Clavibacter) LOKASI PATOGEN
2. Endosperm dan Perisperm PADA BENIH:
Virus TMV, Maize dwarf mosaic virus, Cendawan
Macrophomina, Lasiodiplodia, Peronosclerospora, Pyricularia,
Bakteri Erwinia
 Lanjutan Lokasi Patogen Pada Benih:

4. Glume: 5. Kontaminasi:
3. Seed Coat Atau Pericarp:

Cendawan :
• Cendawan :
• Cendawan: Phomopsis
Drechslera Albugo
Cercospora, Fusarium,
Phoma Peronospora
Botrytis, Verticillium.
Sarocladium
• Bakteri:
• Nematoda:
Bacillus
Aphelenchoides besseyi
• Virus:
Alfalfa mosaic virus
1. Langsung terjadi dari jaringan
tanaman induk
2. Penularan dari luar
• Infeksi sistemik melalui stigma Mekanisme Infeksi
• Infeksi melalui dinding ovari dan patogen pada Jaringan
kulit biji Benih
• Infeksi melalui tangkai bunga
dan buah
 1. INFEKSI LANGSUNG via
Xylem Tanaman Induk

RUTE
INFEKSI
BENIH
 Contoh Patogen:

Terutama bakteri yang menyerang jaringan pembuluh atau

menginfeksi melalui biji muda lewat jaringan funiculus.
Contoh: X. Campestris pv. Phaseoli, hawar daun bakteri
Infeksi ovule melalui funiculus, micropyle.
Adanya bercak kekuningan pada hilum mengindikasikan bakteri ini masuk pada
biji melalui jaringan pembuluh.
Contoh: Pseudomonas pisi melalui micropyle masuk ke dalam seed coat,
P. lachrymans memenetrasi melalui micropyle dan funiculus ke dalam seed
coat
 2. INFEKSI TIDAK LANGSUNG
via stigma ke embrio

RUTE
INFEKSI
BENIH
Indirect infection pathway

• Virus dalam tabung pollen

• Fungi (hifa tumbuh melalui jaringan style untuk
menginvasi embrio)
• Bakteri Erwinia stewartii (polen) Jagung
 3. INFEKSI/PENETRASI TIDAK
LANGSUNG via dinding ovari

Melalui dinding ovari, pericarp,

integuments:

RUTE • Xanthomonas campestris

phaseoli mempenetrasi polong
INFEKSI langsung masuk ke biji
• X. campestris pv
BENIH malvacearum,
Corynebacterium
michiganense pv
michiganense
• Pseudomonas syringae pv
phaseoli
 1. Patogen berada di permukaan benih

• Contoh patogen: Tilletia, Uromyces, Ustilago

SEED 2. Inokulum Patogen bercampur dengan benih

INFESTATION OR Contoh: Sklerotia cendawan, puru nematoda, sisa

CONTAMINATION: tanaman terinfeksi, tanah terinfestasi yang bercampur

dengan benih

Contoh patogen:

• Sclerotinia sclerotiorum, Anguina tritici, Melampsora

lini, Pythium ultimatum, Rhizoctonia solani
1. INFEKSI INTRAEMBRIO yang diikuti infeksi sistemik pada tanaman

Embrio terinfeksi m.o patogen menjadi aktif ketika

benih berkecambah, kmdn melakukan penetrasi dan infeksi
melalui batang atau mengikuti pertumbhn dari titik tumbuh tanaman
8 Prinsip
Selanjutnya penularan pd tan.berikut dpt diikuti gejala spt rebah
kecambah, nekrosa, busuk dll dan dapat jg tidak diikuti gejala
Penularan
(infeksi laten)
pada Benih:
Ustilagonuda
Miselium dorman hifa tumbuh secara interseluler ketika benih
berkecambah mengikuti pertumbuhan titik tumbuh menginfeksi
daun melalui saluran pembuluh/batang. Miselium berkembang ke arah pertumbuhan
akar (Gbr.1)
Xanthomonas phaseoli:
bakteri di embrio dan disekitar kotiledon Bakteri berkembang dan menginfeksi kutikula
kotiledon dan melakukan penetrasi interseluler hingga mencapai jaringan pembuluh
menginfeksi daun dan bagian lain (Gbr. 2 dan 3).
Gbr.4 dan 5, Colletotrichum dematium pada kedelai
-Gbr 6, Bean Common Mosaic Virus (BCMV)
INFEKSI INTRAEMBRIO dan diikuti infeksi lokal pada tanaman
Embrio terinfeksi, kemudian melakukan infeksi lokal dan
menimbulkan gejala lokal.
Contoh : Ascochyta pisi dan antraknosa pada legume (Gb.7)
3. INFEKSI EKSTRAEMBRIO yang diikuti dengan infeksi sistemik pd tan. Benih
terinfeksi m.o pada bagian luar embrio (endosperm, kulit biji, pericarp), tetapi m.o
tumbuh/berkembang dan menular ke tanaman muda ketika masa perkecambahan
benih dan selanjutnya melakukan penetrasi selama pertumbuhan tanaman.
Contoh:
Botrytis anthopila (Gbr.8)
Drechslera graminae pd barley (Gbr.9)
4. INFEKSI EKSTRAEMBRIO dan diikuti infeksi lokal
Benih terinfeksi m.o pd bgn luar luar embrio selama masa perkecambahan benih, m.o terbawa
secara pasif pada kotiledon, kulit benih atau terbawa ke tan.muda oleh angin, cipratan air hujan,
serangga dll, melakukan penetrasi ke jaringan inang.
Contoh:
Alternaria brassicicola (Gbr.11)
Septoria apiicola, X.phaseoli (Gbr. 10)
5. KONTAMINASI pada benih diikuti infeksi sistemik pada tanaman Benih terkontaminasi
patogen dan patogen penetrasi selama benih berkecambah, kemudian melakukan infeksi
pada tanaman muda. Contoh: TMV (Tobacco mosaic virus) (Gbr. 12)
6. KONTAMINASI BENIH diikuti saprofit secara eksternal atau terbentuk struktur
dormansi, kemudian infeksi lokal. Patogen mengkon- taminasi benih, dan
hidup sebagai saprofit atau membentuk struktur dorman didlm tanah atau sisa
tanaman, kemudian menginfeksi inang (Gbr.13).
Contoh: Sclerotinia sclerotiorum dan banyak patogen tular tanah invader
7. KONTAMINASI BENIH diikuti saprofit secara eksternal
dan kemudian menginfeksi secara sistemik (Gbr. 14).
Contoh: Fusarium oxysporum f.sp callistephi
8. KONTAMINASI BENIH oleh organ spesifik infeksi benih yg diikuti fase
non parasit dan kmdn menginfeksi organ spesific infeksi benih.
Ovari berubah bentuk menjadi gall atau skelrotium, kmdn patogen hidup
scr saprofit atau resting stage di tanah, dan selanjutnya patogen
menginfeksi inang (Gbr.15).
Contoh; Ustilaginoidea virens.
 TERIMA KASIH
S E M O G A B E R M A N F AA T

Departemen Proteksi Tanaman

Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper Kampus IPB Dramaga Bogor
16680
, Aphelenchoides besseyi
Koordinasi dalam PSI
Sampling
Seed Health Testing For Fungi
 Fungi

Sclerophthora macrospora
Seed Health Testing For Nematode
 Nematode
Aphelenchoides besseyi Posterior (40 x)

Mucro

Median
bulb

Anterior (40 x)
 Seed Health Testing For Viruses

RT-PCR

ELISA
Seed Health Testing For Bacteria
 Virus (Target: BSMV)
All the samples gave negative results while the positive control
works well
Visit to Field
PENGAMBILAN CONTOH UNTUK
PENGUJIAN KESEHATAN BENIH

FITRIANINGRUM KURNIAWATI, SP, MSI

 PENGAMBILAN CONTOH BENIH
• KESEHATAN BENIH DALAM SUATU LOT BENIH DIDASARKAN PADA PENGUJIAN KESEHATAN CONTOH
BENIH
• TUJUAN PENGAMBILAN CONTOH: UNTUK MEMPEROLEH CONTOH YANG MEWAKILI DARI SEGI
JUMLAH MAUPUN KESERAGAMAN BENIH DARI SEKUMPULAN ATAU LOT BENIH
• CONTOH BENIH MERUPAKAN BAGIAN TERKECIL DARI SUATU LOT BENIH
• TERDAPAT UKURAN DAN BOBOT MINIMUM CONTOH DARI SETIAP JENIS BENIH ATAU BIJI DAN
METODE PENGAMBILAN CONTOH TERTENTU
• PENGAMBILAN CONTOH BENIH DAN PEMBAGIANNYA MENJADI CONTOH KERJA UNTUK ANALISIS
ADALAH PROSEDUR FUNDAMENTAL UNTUK MEMPEROLEH HASIL YANG SERAGAM, AKURAT, DAN
REPRODUSIBEL
• PROSEDUR PENGAMBILAN CONTOH BENIH DIATUR DALAM INTERNATIONAL RULES
FOR SEED TESTING (ISTA) DAN HARUS KETAT DIIKUTI.
• CONTOH YANG DITERIMA SUATU LAB ATAU INSTANSI UNTUK DIUJI ADA DUA
MACAM: CONTOH RESMI (OFFICIAL) DAN TIDAK RESMI (UNOFFICIAL).
• CONTOH RESMI : CONTOH YANG DIAMBIL MELALUI SUATU PROSEDUR YANG
TERJAMIN SEHINGGA HASIL PENGUJIAN MEWAKILI KESELURUHAN BENIH DALAM
LOT.
• CONTOH TIDAK RESMI : CONTOH YANG DIAMBIL SEMBARANG SEHINGGA HASIL
PENGUJIANNYA HANYA MEWAKILI CONTOH ITU SAJA.
 UKURAN LOT BENIH (SEED LOT)
BENIH DALAM JUMLAH TERTENTU DIBAGI-BAGI SATUAN-SATUAN KUMPULAN BENIH YANG
DISEBUT LOT

BENIH TANAMAN PERTANIAN DAN HORTIKULTURA :

• MAKSIMUM 40000 KG UNTUK BENIH JAGUNG

• MAKSIMUM 20000 KG UNTUK BENIH SEUKURAN
ATAU LEBIH BESAR DARI GANDUM/PADI
• BENIH TANAMAN POHON MAKSIMUM 5000 KG
 Homogenesitas

• HOMOGENESITAS: SETIAP KOMPONEN DI DALAM LOT TERSEBAR MERATA

= MEMPUNYAI PELUANG YANG SAMA UNTUK MENEMPATI LOKASI
DIMANA SAJA DALAM RUANG LOT
• BENIH DALAM LOT HARUS HOMOGEN, NAMUN KEHOMOGENAN INI
SERINGKALI SULIT DICAPAI BAHKAN TIDAK PERNAH HOMOGEN
SEMPURNA
• BULKING DAN PENCAMPURAN BENIH AGAR HOMOGEN TIDAK PRAKTIS
BAHKAN TIDAK MUNGKIN UNTUK JUMLAH YANG SANGAT BESAR
• BENIH DALAM KANTONG ATAU WADAH CENDERUNG MEMBENTUK
STRATIFIKASI KARENA GRAVITASI ATAU SIFAT FISIKA LAINNYA.
• LINGKUNGAN EKSTERNAL BERPENGARUH LEBIH BESAR PADA BENIH DI BAGIAN
LEBIH LUAR/ATAS DARI LOT BENIH DIBANDINGKAN BENIH DI BAGIAN DALAM,
SEHINGGA CONTOH DARI BAGIAN ATAS ADALAH BENIH LEBIH KECIL ,
RINGAN, KERING, ATAU VIABILITAS BERBEDA DIBANDINGKAN RATA-RATA
BENIH DALAM LOT TERSEBUT.
• TERCAMPURNYA BENIH DENGAN BENDA LAIN DALAM LOT BENIH (KURANG
MURNI) JUGA AKAN CENDERUNG TERSTRATIFIKASI, SEHINGGA KEMURNIAN
BENIH PADA BAGIAN ATAS DENGAN DASAR LOT AKAN BERBEDA.
 JENIS CONTOH BENIH
DALAM PENGAMBILAN CONTOH BENIH TERDAPAT JENIS CONTOH BENIH DIDASARKAN
PADA TAHAPANNYA:
• CONTOH PRIMER (PRIMARY SAMPLE) : CONTOH BENIH DALAM JUMLAH TERTENTU YANG
DIAMBIL DARI TITIK-TITIK TERTENTU (PROBE) PADA LOT BENIH
• CONTOH KOMPOSIT (COMPOSITE SAMPLE): GABUNGAN DARI SELURUH CONTOH-
CONTOH PRIMER DARI SATU LOT, JUMLAHNYA MENJADI SANGAT BESAR DARIPADA
YANG DIPERLUKAN NANTINYA UNTUK PENGUJIAN
• CONTOH KIRIM (SUBMITTED SAMPLE): CONTOH DALAM JUMLAH LEBIH KECIL HASIL
PENGURANGAN DARI CONTOH KOMPOSIT , UNTUK DIKIRIM KE INSTANSI ATAU LAB.
PENGUJI
• CONTOH KERJA (WORKING SAMPLE) : CONTOH DALAM JUMLAH AKTUAL UNTUK
PENGUJIAN, HASIL PENGURANGAN (SUBSAMPLE) DARI CONTOH KIRIM
 PENGAMBILAN CONTOH PRIMER DARI
SUATU LOT

• BENIH DALAM JUMLAH TERTENTU DAN SETARA DIAMBIL DARI SETIAP WADAH
/KEMASAN/KARUNG/CONTAINER/BAK TRUK/LOKASI CONTOH YANG DIATUR
SEBAGAI SATUAN-SATUAN LOT
• PERALATAN UNTUK PENGAMBILAN CONTOH DISESUAIKAN SITUASI LOT BENIH (BULK,
CONTAINER). MISALNYA BENIH DIAMBIL DARI ALIRAN DALAM PROSES
PEMBERSIHAN/CONDITIONING/PACKAGING ATAU SUDAH DALAM KEMASAN
(KARUNG, KOMPARTEMEN, WADAH)
ALAT PENGAMBILAN CONTOH PRIMER BENIH

Probe / trier
 JUMLAH CONTOH PRIMER PER SATU LOT BENIH YANG
TERDIRI ATAS WADAH ATAU KEMASAN BERBOBOT 15-
100 KG

Ukuran Lot (jumlah wadah Jumlah minimum (n) contoh

dalam satu lot) primer yang diambil
1-4 1 contoh dari setiap wadah
5-8 2 contoh dari setiap wadah
9-15 3 contoh dari setiap wadah
16-30 15 contoh dari satu lot
31-59 20 contoh dari satu lot
60 atau lebih 30 contoh dari satu lot
 CONTOH PRIMER YANG DIPERLUKAN DARI
BENIH YANG DIKEMAS DALAM KARUNG ATAU
KANTONG

Ukuran Lot Jumlah minimum contoh primer

1-20 karung Semua karung harus diambil contoh

21-1000 karung 6% dari jumlah karung diambil

secara acak ke seluruh lot, minimum
20 contoh
> 1000 karung 3% dari jumlah karung diambil
secara acak ke seluruh lot, minimum
60 contoh
 JUMLAH CONTOH PRIMER YANG DIPERLUKAN PER SATU LOT
BERUKURAN MINIMUM 100 KG
Ukuran atau bobot satu lot (kg) Jumlah minimum contoh primer yang
diambil
≤ 500 kg Minimum 5 contoh
501 - 3000 kg 1 contoh per 300 kg, total minimum 5 contoh
3001 – 20000 kg 1 contoh per 500 kg, total minimum 10 contoh
≥ 20001 kg 1 contoh per 700 kg, total minimum 40 contoh

Contoh:
jika satu lot benih terdiri atas 6 wadah masing-masing berbobot 1200 kg (6 x 1200 =
7200 kg). Satu contoh primer harus diambil per 500 kg, maka 7200 kg/500 kg = 14.4
contoh ( sektar 15 contoh primer.
15 contoh dari 6 wadah = 2.5 contoh perwadah (sekitar 3), maka 3 contoh harus diambil
per wadah
 PENGAMBILAN CONTOH PRIMER DARI ALIRAN BENIH (STREAM
SAMPLING)

• MANUAL DENGAN TANGAN : MENGGUNAKAN SKOP KECIL ATAU SENDOK UNTUK BENIH
YANG MENGALIR (KONVEYOR) ATAU DEBIT/CURAH. FREKUENSI PENGAMBILAN CONTOH=1
SKOP PER MENIT
• OTOMATIS DENGAN ALAT/MESIN: FREKUENSI PENGAMBILAN CONTOH DITENTUKAN DARI
UKURAN LOT DAN BERAPA LAMA BENIH MENGALIR. MINIMUM 1 CONTOH PRIMER PER MENIT
• CONTOH: SUATU LOT BENIH 40 TON YANG DIALIRKAN ATAU DICURAHKAN SELAMA 30 MENIT
30 X 60 DETIK = 1800 DETIK. SEKOP TANGAN YANG DIGUNAKAN BERKAPASITAS 50 GRAM.
MISALKAN TOTAL CONTOH YANG DIPERLUKAN 4000 G DIBAGI KAPASITAS SEKOP 50 G = 80
CONTOH PRIMER AKAN DIAMBIL. 1800 DETIK/80 CONTOH PRIMER = 22.5 (~20), MAKA
FREKUENSI PENGAMBILAN ADALAH PER 20 DETIK
LOT BENIH DI RUANG ATAU GUDANG
PENYIMPANAN
 CONTOH – CONTOH PRIMER DIGABUNG-
HOMOGENKAN MENJADI CONTOH
KOMPOSIT
• KEGIATAN PENGGABUNGAN CONTOH-CONTOH PRIMER MENJADI CONTOH
KOMPOSIT DILAKUKAN PADA SAAT PENGAMBILAN CONTOH PRIMER
• SETELAH TERKUMPUL CONTOH KOMPOSIT DIADUK AGAR HOMOGEN
 PELAPORAN HASIL PENGUJIAN KESEHATAN
BENIH
• HASIL BERUPA DATA KUALITATIF ATAU KUANTITATIF SEPERTI YANG DIPERINCI
DALAM METODE
• HASIL NEGATIF DAN POSITIF SEPERTI YANG DIPERINCI DALAM METODE
• NAMA ILMIAH PATOGEN YANG TERDETEKSI / NAMA PENYAKIT
• PERSENTASE BENIH YANG TERINFEKSI
• METODE YANG DIGUNAKAN, TERMASUK JIKA DIBERI PRA PERLAKUAN
• UKURAN CONTOH ATAU FRAKSI YANG DIUJI
 TERIMA KASIH
S E M O G A B E R M A N F AA T

Departemen Proteksi Tanaman

Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor
Jalan Kamper Kampus IPB Dramaga Bogor
16680
DETEKSI DAN IDENTIFIKASI
PATOGEN TERBAWA BENIH

Tim Pengajar:
Fitrianingrum Kurniawati, SP, MSi
Andika Septiana Suryaningsih, SP, MSi
 Mengapa kita harus
melakukannya???
❑Patogen benih merupakan ancaman serius pada
pembibitan terutama pada kondisi pertanaman di
rumah kaca

❑Benih terinfestasi patogen sedikit, dan mungkin

asymptomatic Sulit dideteksi

❑Ekslusi patogen dengan cara mendeteksi dan

eliminasi seedlot yang terinfestasi –menjadi taktik
pengendalian yang harus dilakukan
 DEFINISI

DETEKSI IDENTIFIKASI DIAGNOSIS

Untuk konfirmasi Untuk mengetahui dan Untuk menemukan dan

keberadaan hama atau mengenali identitas atau mengidentifikasi patogen
patogen yang berasosiasi penciri atau karakter dari atau hama yang
dengan gejala pada hama atau patogen menyebabkan penyakit
tanaman atau kerusakan

Kelompok atau nama

 DETEKSI DAN IDENTIFIKASI PATOGEN TERBAWA BENIH

PRINSIP Pengujian Kesehatan Benih

- Sebelum benih disimpan

KAPAN ? - Pemeriksaan rutin yg terjadwal selama penyimpanan
- Sebelum benih ditanam dan didistribusikan

TUJUAN Mengurangi resiko kerugian patogen benih

 Tujuan Deteksi dan Identifikasi Patogen Terbawa Benih
1. Evaluasi status kesehatan benih sebelum disimpan dan sebelum didistribusikan ke

berbagai tempat untuk keperluan penanaman

2. Evaluasi efek dari suatu bahan kimia (pestisida) untuk keperluan perawatan
benih
3. Menentukan strategi pengendalian suatu penyakit
4. Survei penyebaran suatu patogen atau penyakit
5. Karantina tumbuhan untuk mencegah masuk suatu penyakit dari satu tempat
endemik ke tempat yg belum ada (laporan)

Prinsip: Cepat, Mudah, Murah,

Akurat, dan Dapat diulang
 METODE PENGUJIAN KESEHATAN
BENIH

1. Metode tanpa inkubasi:

a. Pemeriksaan biji kering
b. Pencucian Benih
2. Metode inkubasi:
a. Blotter test
b. Media Tumbuh (Water agar, PDA)
3. Pengujian gejala kecambah (Growing on test pada tanah steril)
4. Pengujian dengan menggunakan tanaman indikator
5. Pengujian serologi
6. Pengujian dengan teknik biomolekuler
TEKNIK SEROLOGI dalam DETEKSI
PATOGEN TERBAWA BENIH
• Prinsip dasar serologi adalah : Reaksi spesifik
antara Antibodi (Ab) dengan Antigen (Ag)

• Membentuk kompleks antigen –antibodi (Ag –

Ab)
 Antigen
• Molekul atau partikel yang berukuran cukup besar,
umumnya memiliki berat molekul >10.000

• Molekul tersebut terdiri atas protein yang bersifat

asing untuk spesies vertebrata

• Molekul tersebut akan diintroduksi ke tubuh hewan

vertebrata (kelinci, tikus, ayam, burung, kuda, dll)
dan menimbulkan respon imun, yaitu ditandai
dengan terbentuknya antibodi dalam darah hewan.
• Virus tanaman yang mengandung molekul
protein dapat bersifat imunogenik dan efektif
dalam menstimulasi produksi antibodi spesifik.
• Protein virus tanaman yang dapat bersifat
imunogenik, diantaranya adalah: protein
selubung, badan inklusi, protein lain misal:
movement protein, protease
• Tidak semua bagian antigen (protein virus) yang
bereaksi dengan antibodi yang sesuai, tetapi
hanya bagian tertentu saja yang disebut
antigenic determinant/epitope
• Apabila antigen masuk ke dalam hewan, hanya
bagian epitope saja yang dikenali dan antibodi
yang sesuai akan diproduksi dalam jumlah yang
banyak dalam sel B lymphocyte.
• Oleh karena itu ikatan antara antigen dan
antibodinya adalah spesifik karena ikatan
tersebut terjadi antara epitope antigen dengan
struktur komplemennya pada daerah ikatan
antigen (antigen‐binding sites) pada antibodi
 Antibodi
• Antibodi termasuk dalam globulin (α, βdanγ)
yaitu suatu kelompok protein serum darah yang
dapat mengendap pada garam pada konsentrasi
tertentu.
– γ ‐globulin biasajuga disebut immunoglobulin (Ig).
Dalam respon imun dikenal ada beberapa
immunoglobulin, seperti IgA, IgD, IgE, IgG dan IgM.
• Dalam serologi virus tumbuhan, immunoglobulin
yang paling penting adalah antibodi IgG
• Serum darah yang mengandung antibodi bila
dipisahkan dari komponen darah lainnya akan
menghasilkan antiserum.
• Antiserum terhadap virus tumbuhan telah diproduksi
dalam berbagai jenis hewan
Kelinci merupakan hewan yang seringkali digunakan:
– Memberikan respon yang baik terhadap Ag virus
tumbuhan
– Mudah dilakukan
– Menghasilkan volume serum yang baik
 Beberapa metode serologi
1. Uji presipitasi kapiler
2. Uji difusi ganda agar (Ouchterlony)
3. Uji aglutinasi
4. Enzyme linked immunosorbent assay
5. Dot Immunobinding assay (DIBA)
6. Immunosorbent electron microscopy (ISEM)
7. Western Blot
 Enzyme-Linked Immunosorbent Assay(ELISA)
• Metode ini dikembangkan sejak 1971, untuk
meningkatkan kemampuan reaksi Ag‐Ab
– Ag dan Ab diletakkan dalam sumuran suatu plat
(plate) plastik
– Ab diberi penanda berupa enzim: alkaline
phosphatase atau peroxidase
– Reaksi Ag‐Ab dapat diketahui berdasarkan pada
perubahan warna larutan, biasanya menjadi
kuning
– Dapat digunakan untuk uji virus tumbuhan
dengan konsentrasi virus yang sangat rendah yang
terdapat dalam biji atau vektor
 Keuntungan penggunaan ELISA dari uji serologi lain:
• Konsentrasi virus yang sangat rendah (1-10 ng/ml)
dapat terdeteksi
• Hanya dibutuhkan Ab yang sedikit
• Ag dapat disiapkan dalam sap kasar dan virus
murni
• Dapat untuk uji dengan sampel yang banyak
• Hasil uji dapat dikuantifikasi dengan ELISA reader
 PERALATAN ELISA

Plat mikrotiter Pipet volumetrik Vortex

Washer Inkubator ELISA reader

 ELISA
• Indirect ELISA
• Direct ELISA
• Double antibody sandwich ELISA (DAS‐ELISA)
Perbedaan I‐ELISA dengan D‐ELISA/ DAS‐ELISA
adalah pada jenis Konjugat
– Konjugat I‐ELISA disiapkan untuk jenis virus
yang berbeda‐beda.
– Konjugat D‐ELISA / DAS‐ELISA disiapkan
khusus untuk tiap jenis virus.
HASIL ELISA
 TUJUAN PCR : Untuk Membuat Copy Spesifik Fragment
DNA (virus, cendawan, bakteri, fitoplasma
dll) Dalam Jumlah Yang Sangat Besar

PRINSIP
1. Denaturasi 94°C (range 90-96°C): pemisahan utas ganda DNA
menjadi utas tunggal
(durasi : 15 detik-2 min)

2. Annealing (45-70°C) : penempelan primer pada tiap ujung

sekuen DNA target(durasi 30-60 detik)

3. Extention 72°C : Taq polymerase memulai membuat utas DNA

complementary dengan DNA templat
(durasi 1-2 min)

Siklus ini diulang 30-40 kali

 GARIS BESAR
PELAKSANAAN PCR

PATOGEN (SUMBER ASAM NUKLEAT)

(Bakteri P. stewartii : benih jagung ditumbuhkan terlebih dahulu)

EKSTRAKSI ASAM NUKLEAT

DNA

PENGGANDAAN DNA TARGET

PADA MESIN PCR
 KOMPONEN YANG DIGUNAKAN DALAM PCR
1. DNA : fungsinya sebagai templat (cetakan)
2. Primer : sekuen DNA pendek dari target yg mengawali
sintesis DNA
3. dNTP : sumber nukleotida
4. Taq Polymerase : enzim yg mengkatalisis sintesa DNA (Thermus
aquaticus)
5. Bufer reaksi untuk Taq polymerase
6. H2O untuk menyesuaikan volume akhir

Diamplifikasi
dalam mesin PCR
~ 2-3 jam

Dimasukkan dalam tube PCR

PROSES
AMPLIFIKASI
DNA DALAM
MESIN PCR

Damayanti TA, 2010

GAMBARAN JUMLAH DNA YANG DIGANDAKAN

Damayanti TA, 2010

ANALISIS DNA HASIL PCR PADA GEL ELEKTROFORESIS

Dipipet @ 5-10 µl
Pembuatan Gel elektroforesis

Transluminator UV 50 volt, 45 menit

Visualisasi DNA Hasil PCR dibawah UV Transluminator
PENGENDALIAN PATOGEN
TERBAWA BENIH

Tujuan:
Mencegah Kejadian Penyakit terbawa benih
Mengurangi Keparahan Penyakit
 1. EXCLUSION
Mencegah suatu patogen masuk dan tersebar dari suatu tempat endemik
Penyakit ke suatu daerah/wilayah/negara yang ada patogen tersebut

2.AVOIDANCE
Menghindarkan Tanaman dari infeksi Patogen

3. ERADICATION
Memusnahkan sumber patogen (inokulum) yang akan menjadi sumber
Penularan dan penyebaran penyakit
4. PROTECTION
Melindungi tanaman agar tidak terjadi kontak dengan inokulum patogen,
atau setidaknya mencegah agar patogen tidak bisa berkembang pada
Jaringan tanaman
5. IMUNISAI

Menginduksi Ketahanan Tanaman dari infeksi Patogen

TEKNIS PENGENDALIAN PATOGEN TULAR BENIH

I. SELEKSI AREA PRODUKSI BENIH

II. CROP MANAGEMENT
III. SEED TREATMENT
IV. SERTIFIKASI BENIH
V. KARANTINA TANAMAN
VI. DISEASE RESISTANCE
 I. SELEKSI AREA PRODUKSI BENIH/AREA YG
TERISOLASI DARI VEKTOR/TANAMAN VOLUNTIR

Benih diproduksi di tempat yg lingkungannya tidak cocok untuk per-

Kembangan penyakit karena klimat khusus, edaptic atau faktor lain

Produksi benih bebas patogen

Fungi & bakteri : - memproduksi benih di tempat yg klimatnya arid atau semiarid

- penggunaan irigasi beralur pada tempat dengan curah hujan

rendah akan membatasi penyebaran patogen

 SELEKSI AREA PRODUKSI BENIH (LANJUTAN)

Western Washington – produksi benih kubis (dingin dg

musim panas kering)

Idaho Selatan – produksi benih kacang-kacangan

(iklimnya kering)

Laju penularan “temperate seedborne pathogen” akan berkurang

pd kondisi Tanah yg kurang lembab dan hangat pd tempat

beriklim semiarid
 II. CROP MANAGEMENT

a. Menanam benih berkualitas bebas patogen (dapat diberi perlakuan

Kimiawi atau non kimiawi)
b. Laju pertumbuhan yg tidak berlebihan
c. Waktu tanam dimana kebutuhan inang dan patogen tidak bersamaan
d. Pembakaran rumput-rumput (menghancurkan Claviceps purpurea dan
Gloeotinia granigena)
e. Keseimbangan kesuburan tanah (pH netral penting untuk reduksi infeksi
Benih). pH tanah yg tidak balance membuat tan.stres sehingga rentan
terhadap infeksi patogen
f. Metode penanaman. Ex.Penanaman langsung mereduksi transmisi TMV
pada Tomat (5%), sedangkan transplanting transmisi TMV mencapai 71%
g. Mengatur jarak tanam
h. Kedalaman lubang tanam
Berpengaruh terhadap penularan benih oleh smut (Urocystis agropyi)
- Lubang tanam dangkal dan basah melindungi gandum dari smut
i. Pengaturan pengairan
Waktu dan jumlah air harus diatur agar tidak kondusif untuk infeksi
benih
j. Rotasi tanaman dan pembersihan lahan
Penting untuk pengendalian bakteri dan fungi tular benih
Ex. Rotasi kedelai – non-host crop mengurangi patogen daun
dan batang
Rotasi kedelai – jagung mengurangi infeksi benih oleh Phomopsis
longicola
k. Pemisahan jarak pertanaman komersial dengan pertanaman untuk
produksi benih. Diatur dg undang2x di beberapa negara seperti
Jerman, Belanda, Inggris
l. Roguing dan pemusnahan tanaman sakit

Inspeksi pertanaman untuk menentukan kejadian penyakit pada

pertanaman
Untuk produksi benih komersial, benih eksport dan stok benih
bersertifikasi jika ditemukan tanaman terinfeksi maka dilakukan
ROGUING
m. Penggunaan fungisida untuk patogen daun dan benih

n. Pengendalian serangga Mengendalikan serangga vektor

o. Pengendalian gulma (kompetitor ruang, nutrisi, air dan dapat

jadi inang patogen)

p. Panen tepat waktu : benih harus segera dipanen setelah matang.

Jika dipanen lebih lama, membuka kesempatan untuk diinfeksi
patogen bakteri dan cendawan, terutama jika faktor lingkungan
mendukung
 III. SEED TREATMENT

a. Pengendalian biologi dengan perlakuan benih menggunakan

Mikroorganisme antagonis (Bacillus subtilis, Chaetomium, Tricho
derma, Gliocladium dll)

Contoh; - penggunaan bakteri yg memfiksasi nitrogen

(Rhizobium sp), Bacillus subtilis
- Penggunaan fungi antagonis

Film-coating technique
Formulasi : kering, cairan, coating

Beberapa agens biocontrol untuk seed treatment

- Bacillus subtilis (Quantum 4000TM)
- Streptomyces griseoviridis (Mycostop)
- Gliocladium virens (Gliogard)
- Pseudomonas cepacia dan Agrobacter radiobacter
b. Secara kimiawi

> Disinfeksi benih; perlakuan kimia untuk mengendalikan

patogen dalam benih atau jaringan kulit luar
(termoterapi dg air panas, minyak atau air atau fungisida
sistemik

> Disinfestasi benih; perlakuan kimia untuk mengendalikan

patogen diluar benih atau pasif terbawa benih

> Proteksi benih ; perlakuan fungisida untuk melindungi

benih/kecambah dari patogen benih/soilborne mikroflora
c. Metode mekanis
Pembersihan benih secara mekanis (hand picking, immersing
benih terkontaminasi dalam 10% NaCl untuk membuang sklerotia),
aplikasi aliran udara vertikal

d. Metode fisik
> Perlakuan air panas (khususnya untuk seedborne virus dan bakteri)
Perlakuan ini tidak cocok untuk benih kacang-kacangan
> Perlakuan udara panas (kurang efektif dibandingkan HWT)
Ex. Perlakuan udara panas suhu 75°C selama 3 hari atau 80°C
selama 2 hari untuk benih timun – mengendalikan Fusarium
solani fsp cucurbitacea tanpa kehilangan kemampuan
berkecambah
> Panas matahari (cocok untuk area dengan suhu >35°C
➢ Perlakuan penguapan (lebih aman dari HWT dan lebih efektif dari
perlakuan udara panas
Ex. Benih bunga matahari – A. carthami
Benih jagung manis – F. moniliforme
Perlakuan uap pada suhu 54 dan 62°C mengeradikasi keduanya
> Radiasi – dg mikrowave, radiasi elektromagnet
 IV. SERTIFIKASI BENIH
Standard patogen terbawa benih di UK (Rennie, 1993)

Regulation Crop Pathogen Seed category Standard*

. . . .
. . . .
. . . .
VEGETABLES Brassicas Phoma lingam B Nil in 1000 seeds
Red bit Phoma betae B Nil in 200 seeds
Celery Septoria apiicola B and C Nil in 400 seeds
Celery Phoma apiicola B and C Nil in 400 seeds
Peas Ascochyta spp B Nil in 200 seeds
C 20 seeds max in 200
Lettuce Lettuce mosaic virus B and C Nil in 5000 seeds
Phaseolus bean Colletotrichum lindemuthianum B Nil in 600 seeds
Phaseolus bean Pseudomonas syringae pv. B Nil in 5000 seeds
phaseolicola
Vicia bean A. fabae B Nil in 600 seeds

. . . .
. . . .
. . . .
•Maximum permitted infection
B - Basic
C - certified
 Inoculum thresholds and crop losses

Tingkat infeksi pada atau dalam benih yg akan secara signifikan mem-
pengaruhi perkembangan penyakit dan menyebabkan kerugian secara
ekonomi

No.of effected seed/seedling

Crop Pathogen Causing Economic loss
Lettuce Lettuce Mosaic Virus 1/30.000
Bean P.syringae pv. Phaseolicola 1/10.000 to 1/16.000
Cabbage Leptosphaeria maculans 1/10.000
Celery Septoria apiicola 1/7000
Onion Botrytis allii 1/100
Peas Ascochyta pisi > 5/100
Field bean Didymella fabae > 2/100
 V. KARANTINA TANAMAN

1PERATURAN dan KARANTINA

Dilakukan dengan peraturan-peraturan dan karantina tanaman
Berdasarkan obligasi legal secara nasional dan internasional (IPPC- Inter
national plant protection convention) sebagai lembaga yg mengatur semua
peraturan karantina tanaman.

Tujuan; melindungi dan mencegah penyebaran dan introduksi ‘pests’

(hama dan agen patogenik) dan produk tanaman melintasi perba-
tasan internasional dan untuk meningkatkan efektivitas
pengendalian.
Peraturan/regulasi (karantina)
Mencegah masuknya patogen ke suatu tanaman atau wilayah geografi tertentu.

PENGENDALIAN DENGAN MENGEKSLUSI PATOGEN

DARI INANG

1 .Legislasi pemerintah yang melarang atau mencegah

masuknya bahan tanaman ke suatu wilayah.
Strategi
eksklusi 2. Inspeksi tanaman atau produk tanaman sebelum didistribu-
sikan/dijual.
3. Pemberantasan patogen yang terbawa bahan
perbanyakan tanaman.

Legislasi tentang penyakit tumbuhan diatur oleh tiap negara.FAO (food and agriculture
organization) mengeluarkan FAO Plant protection bulletin yang berisi ringkasan
peraturan berbagai negara.

Ekslusi 1. Ekslusi patogen antar negara

patogen
2. Ekslusi patogen dalam suatu negara
 Ekslusi patogen antar negara

~ Larangan resmi perpindahan komoditas asing untuk mencegah masuknya

patogen tertentu ke suatu negara yang masih bebas dari patogen tersebut.

~ Peraturan karantina internasional untuk tumbuhan pertama kali diterapkan

di:
- Indonesia pada tahun 1887 berisi larangan import
tanaman dan biji kopi dari Sri lanka, dimana terjadi
epidemi karat kopi (Coffee rust) sejak 1875.
- Australia (1908)
- Amerika serikat (1912)
- Roma (1951) sebanyak 74 negara menandatangani
The International Plant Protection Convention
- The Plant protection committee for the south-east
asia and pasific region (1956).
 ~ EKSLUSI PATOGEN ANTAR NEGARA dapat berupa:

1. Embargo tanaman atau produk pertanian tertentu.

2. Inspeksi atau sertifikasi bahan tanaman di negara asal.

3. Inspeksi dan perlakuan bahan tanaman pada pintu

masuk suatu negara (pelabuhan laut, udara dst)

4 .Karantina pasca masuk. Tanaman ditumbuhkan dan

diperiksa dengan teliti selama 1-4 tahun sebelum di-
izinkan ditanam di lapang.

5. Introduksi tanaman dan bahan tanaman secara terken-

dali. Pembatasan jumlah tanaman yang diimport.
 6. Fasilitas karantina perantara. Import klon karet dari Amerika selatan
harus diperiksa di Florida atau Inggris untuk mencegah masuknya South
american leaf blight (Microcyclus ulei) ke Asia tenggara (Malaysia,
Indonesia).

South American leaf blight :Microcyclus ulei (CPC 2005)

Ekslusi patogen di dalam suatu negara

Peraturan domestik dibuat oleh berbagai tingkat pemerintahan didalam

suatu negara (antar/dalam Propinsi) yang terutama bertujuan;
1. Membinasakan patogen yang baru masuk secepat mungkin dan
2. Membatasi atau menunda penyebaran patogen yang masih terbatas di
suatu wilayah
 VI. PENGGUNAAN TANAMAN TAHAN
(DISEASE RESISTANCE)

PLANT BREEDING

Mekanisme resistensi horizontal dan vertikal melalui the seed mother plant

untuk mengurangi infeksi benih dan melalui benih untuk mengurangi atau

mencegah penularan penyakit. Mekanisme lain; reaksi hipersensitif, resistensi

terhadap virus dll.

1. Maude RB. 1996. Seed-borne diseases and their control, Principles
and practices. CABI
2. Agarwal VK, Sinclair JB. 1997. Principles of Seed pathology.
CRC Press
3. Neergaard P. 1977. Seed Pathology, Vol.I. M Press