HỆ THỐNG

TÍNH TOÁN HIỆU NĂNG CAO

Ứng dụng và kinh nghiệm
thực tiễn

Thủ Đức, 2022

Bạch Ngọc Đạt

Giám đốc kỹ thuật Hệ thống ứng dụng
NỘI DUNG
A. HPC VÀ CÁC ỨNG DỤNG TRÊN THẾ GIỚI

B. KINH NGHIỆM TRIỂN KHAI

C. MỘT SỐ ỨNG DỤNG THỰC TẾ TẠI VIỆT NAM

A. High Performance Computing
và các ứng dụng trên thế giới
 Thị trường HPC

https://www.researchandmarkets.com/reports/5440688/high-performance-
computing-market-size-
by?gclid=Cj0KCQjwhqaVBhCxARIsAHK1tiOPFKsptCrxub8PgtQRnTvFejZlp9ddiZ
XwCNKljf02rL_EUDlq364aArUFEALw_wcB

https://www.prnewswire.com/news-releases/high-performance-computing-
hpc-market---49-of-growth-to-originate-from-apac--driven-by-increasing-
utilization-of-big-data-analytics--technavio-301535574.html
Các ứng dụng của HPC trên thế giới
Sinh học, y tế

Kỹ thuật, sản xuất

Tự động hóa

Năng lượng

Khí tượng thủy văn

Giao thông

...
 Các ứng dụng của HPC trên thế giới
Nhật Bản:
Mô phỏng lây nhiễm Covid-19 trên hệ thống HPC Fugaku

https://www.youtube.com/watch?v=DxnwV-L2EiM
Droplet and Aerosol Dispersion Simulation on the supercomputer
Fugaku and Fight Back against COVID-19
 Các ứng dụng của HPC trên thế giới
Mỹ, Anh:
Mô phỏng virus SARS-Cov-2 trên hệ thống HPC
https://www.youtube.com/watch?v=EIReA3s1Nwk
“Các thí nghiệm không thể
giúp chúng ta thấy được
protein Glycans của virus
như thế nào, đây chính là
lúc cần tới các hệ thống
HPC tham gia hỗ trợ”

“Chúng tôi đã
thực hiện hàng
triệu, hàng tỉ,
hàng nghìn tỉ
bước thử trên
hệ thống HPC”
 Các ứng dụng của HPC trên thế giới
Mô phỏng hệ thống giao thông thành phố trên
HPC
https://www.carteeh.org/seminar-on-high-performance-
computing-solutions-for-real-world-transportation-systems-
understanding
“Dữ liệu cực lớn gián tiếp làm giảm
hiệu quả của những công cụ mô
phỏng giao thông truyền thống.
Chúng ta buộc phải giảm độ phức
tạp để có thể chạy được công cụ mô
phỏng trong một thời gian hợp lý (ví
dụ: giảm độ lớn của mạng lưới giao
thông, giảm nhu cầu)”
“Công nghệ tính toán mới với quy mô
lớn (VD: điện toán đám mây và siêu
máy tính), áp dụng với các mô hình
phân tích dữ liệu tiên tiến (Machine
Learning / nén dữ liệu thông minh) và
mô hình hóa giúp việc mô phỏng được
mở rộng cả về không gian và thời
gian.”
 Các ứng dụng của HPC trên thế giới
Một số ứng dụng KHKT
khác
Kiến trúc tổng thể hệ thống HPC
1. Máy chủ
2. Lưu trữ
3. Phần mềm
B. Kinh nghiệm triển khai và những điều
cần quan tâm khi triển khai HPC
1. Một số Hệ thống đã từng triển khai thực tế
Hệ thống HPC của khách hàng A
Hệ thống HPC của khách hàng A

Hệ thống gồm

- 16 máy chủ tính toán sử dụng CPU, mỗi

máy sử dụng 2 * Xeon-G 6254

- 4 máy chủ tính toán sử dụng GPU, mỗi

máy sử dụng 4 card NVIDIA v100 SXM2
Hệ thống HPC của khách hàng B
Hệ thống HPC của khách hàng B

Hệ thống gồm 4 máy chủ sử dụng GPU cho

hiệu năng:
- 20 petaFLOPS với các tính toán AI
- 40 petaFLOPS với các tính toán INT8
Hệ thống HPC của khách hàng B
2. Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC
Những vấn đề cần quan tâm:
-Lựa chọn công nghệ hệ thống phần cứng?
(intel/AMD/NVIDIA/ARM)
-1 vendor hay nhiều vendor?
-Phần mềm thương mại / mã nguồn mở?
-Thứ tự triển khai?
-Lưu ý khác?
Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC
- Cần khảo sát nhu cầu ứng dụng một cách chi tiết để hạn chế sai
lệch khi lựa chọn năng lực phần cứng và triển khai hệ thống
Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC
- Lập danh sách các phần mềm, các thành phần liên quan như trình biên
dịch, các thư viện, các package đi kèm.
 Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC

- Kiểm tra sự tương

thích phần cứng, hệ
điều hành và phần mềm
 Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC

- Kiểm tra sự tương

thích phần cứng,
hệ điều hành và
phần mềm
Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC

Triển khai ứng dụng:

-Xây dựng ma trận liên hệ tính tương thích giữa hệ điều hành, trình biên dịch,
thư viện tính toán, ứng dụng để tiến hành cài đặt theo trình tự.
-Chú ý các tham số và trình biên dịch của từng ứng dụng khác nhau.
-Thực hiện cài đặt và kiểm tra từng bước, đảm bảo cài đặt đúng và đủ.
-Ghi nhật kí toàn bộ kết quả cài đặt để phân tích các cảnh báo, các chức năng
bị thiếu và các lỗi (nếu có).
Một số lưu ý khi triển khai dự án HPC
Thứ tự triển khai

Applications

Libraries

OS /
Compilers
/ Drivers

Hardware
Tình hình thế giới mới
-Tình hình chung:
-Thời gian sản xuất kéo dài (từ 6-8 tuần => tăng lên 10-15 tuần)

-Thiếu linh kiện

-Triển khai: 4-6 tuần
-Kinh nghiệm triển khai phần cứng HPC
-Kinh nghiệm triển khai phần mềm trên nền tảng HPC
-Yếu tố ngoại cảnh khác: Dịch bệnh / Chiến tranh / Tỉ giá ngoại tệ / Lãi suất vay /
…
 Thời gian thực hiện Hợp đồng: 14-21 tuần + dự phòng

16-23 tuần (4-6 tháng)

 Sẵn sàng cho việc phải thay đổi linh kiện trong quá trình thực hiện Hợp đồng
C. Một số ứng dụng tại Việt Nam
 Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán

Phần mềm mô phỏng động lực học phân tử cho các hệ sinh học
- mô phỏng, khảo sát tính chất, tương tác, năng lượng, hoạt động của
các hệ sinh học lên tới hàng trăm triệu nguyên tử như các proteins,
lipids và nucleic acids;
- giúp tìm hiểu cơ chế sinh học của các loại bệnh ở cấp độ phân tử, cơ
chế tấn công của virus và phòng thủ của cơ thể, thiết kế và sàng lọc các
loại thuốc.
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán

Phần mềm tính toán động lực phân tử cơ học lượng tử

- Sử dụng các phương pháp: Hartree-Fock, lý thuyết Phiếm hàm mật độ
(DFT), lý thuyết nhiễu loạn Moller-Plesset, Coupled Cluster, lý thuyết hàm
Green (Green’s Function),….
- Sử dụng để tính toán điện tích nguyên tử, moment lưỡng cực, moment
đa cực, mật độ điện tích, thế năng tĩnh điện, phổ năng lượng (với độ
chính xác cao), các phổ IR và Raman, Orbital phân tử, phân tích hóa
nhiệt,…
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Một số ứng dụng đã triển khai thực tế trên hệ thống
HPC Viện Khoa học và Công nghệ Tính toán
Q&A
THANKS FOR WATCHING!