DR. ÖĞR.

ÜYESİ GÖKÇE TANER

BİYOMÜHENDİSLİK BÖLÜMÜ ÖĞRETİM ÜYESİ

BURSA TEKNİK ÜNİVERSİTESİ

 CANLILARIN
KİMYASAL İÇERİĞİ
 KİMYASAL ELEMENTLER VE BİLEŞİKLER
• Madde saf kimyasal elementleri ve elementlerin bir araya gelmesiyle oluşan
bileşikleri içerir…
• Organizmalar maddeden oluşmuştur.
• Madde uzayda bir yer işgal eden ve kütlesi* olan her şeydir.
• Madde çok çeşitli biçimlerde bulunabilir ve bunların her birinin kendine özgü
özellikleri vardır. Kayalar, metaller, yağlar, gazlar, siz ve ben sonsuz sayıdaki
madde karışımlarına ait birkaç örnektir.
 Bazen kütle yerine ağırlık terimi kullanılmakla birlikte, bu iki terim özdeş değildir.
 Kütle bir objedeki maddenin miktarıdır.
 Ağırlık ise bu kütlenin yerçekimi tarafından ne kadar güçle çekildiğinin ölçüsüdür. Uzay mekiği
yörüngede iken astronotun ağırlığı yoktur ama, bu astronotun kütlesi Dünyadaki kütlesi ile aynıdır.
Ancak biz dünyada yaşadığımıza göre bir ojenin ağırlığı onun kütlesinin ölçüsüdür; dolayısıyla bu
iki terim birbirinin yerine kullanılabilir.
• Bir element, kimyasal tepkimelerle başka bileşiklere parçalanamayan maddedir.
• Günümüzde kimyacılar doğada bulunan 118 elementi tanımlamışlardır.
• Altın, bakır, karbon ve oksijen bu elementlerden bazılarıdır.
• Her elementin bir simgesi vardır ve bu simge genellikle o elementin adındaki ilk bir
ya da iki harften oluşur.
• Bazı simgeler elementin Latince veya Almanca isimlerinden türetilmiştir. Örneğin
sodyumun simgesi olan Na Latince natrium sözcüğünden türetilmiştir.
• Bir bileşik belirli oranda bir araya gelen ve iki
ya da daha fazla element içeren maddedir.
• Örneğin sofra tuzu olan sodyum klorür (NaCl),
sodyum (Na) ve klor (Cl) elementlerinin 1:1
oranında birleşmesiyle oluşan bir bileşiktir.
• Saf sodyum bir metal, saf klor ise zehirli bir
gazdır. Buna karşılık kimyasal olarak birleşen
sodyum ve klor yenebilen bir bileşik oluşturur.
Bu basit örnek, organize olan maddenin yeni
özelliklere sahip olacağını göstermektedir. Bir
bileşik, onu oluşturan elementlerin
özelliklerinden farklı özelliklere sahiptir.
• Canlılar yaklaşık olarak 25 kimyasal elementi gereksinirler…
• 118 doğal elementin yaklaşık olarak 25’inin canlılar için zorunlu
olduğu bilinmektedir.
• Bunların dört tanesi olan karbon (C), oksijen (O), hidrojen (H) ve
azot (N) canlı maddenin %96’sını oluşturur.
• Fosfor (P), kükürt (S), kalsiyum (Ca), potasyum (K) ve diğer
birkaç element ağırlığın geriye kalan %4’lük kısmından
sorumludur.
• İz elementler bir organizmanın çok küçük miktarlarda gereksindiği elementlerdir.
• Demir (Fe) gibi bazı iz elementler bütün organizmalar için gerekli iken, diğerleri sadece
bazı türler için gereklidir.
• Örneğin İyot (I) elementi omurgalılar tarafından üretilen tiroit hormonunun zorunlu
bileşenidir. İnsan tiroidinin normal aktivitesi için, günde sadece 0.15 miligram iyot alınması
yeterlidir. Diyetteki iyot eksikliği, tiroid bezinin anormal boyutlarda büyümesine neden olur.
Bu durum guatr olarak adlandırılır. İyotlu tuz kullanılması, guatrın görülme sıklığını azaltır.
 ATOM ve MOLEKÜLLER
• Bütün bileşiklerin özellikleri atom yapılarının sonucudur.
• Bir elementin davranışı onun atom yapısı tarafından belirlenir.
• Her element belirli bir atom çeşidini içerir. Bu atom, diğer elementlerin atomlarından
farklıdır. Atom maddenin en küçük parçasıdır ve ait olduğu elementin özelliklerini taşır.
• Atomlar çok küçük yapılardır. Atomları ait olduğu element için kullanılan kısaltmalarla
sembolize ederiz; dolayısıyla C hem karbon elementini hem de bir karbon atomunu
simgeler.
• Atom-altı Parçacıklar: Atom ait olduğu elementin özelliklerine sahip en küçük birim
olmakla birlikte bu küçük madde birimi atom-altı partiküller adı verilen daha da küçük
kısımlardan oluşur. Fizikçiler atomu yüzden fazla tipte partiküle ayırmış olsalar da biz
bu parçacıkların sadece üç tanesinden söz edeceğiz; nötronlar, protonlar ve elektronlar
• Nötronlar ve protonlar atomun merkezindeki atom çekirdeğini
oluşturacak şekilde sıkıca paketlenmişlerdir. Işık hızına yakın bir hızla
hareket eden elektronlar, atom çekirdeği etrafında bir bulut oluştururlar.
• Elektronlar ve protonlar elektrik yükü taşırlar. Her elektron bir birim eksi
yük, her proton ise bir birim artı yük taşır. İsminden de anlaşılacağı gibi
nötron, elektriksel olarak nötrdür.
• Protonlar çekirdeğe artı yük kazandırırlar. Zıt yükler arasındaki çekim,
hızla hareket eden elektronların, atom çekirdeği etrafında kalmasını
sağlar. Nötron ve protonun kütleleri hemen hemen aynı olup her biri
yaklaşık 1.7x10-24gramdır.
• Atomların ve atom-altı parçacıkların (moleküller dahil) kütlesini tanımlamak için ‘dalton’ adı
verilen bir ölçü birimi kullanılır. Nötron ve protonun kütleleri yaklaşık 1 daltondur. Bir
elektronun kütlesi nötron ya da protonun kütlesinin sadece 1/2000’i kadar olduğu için,
atomun toplam kütlesi hesaplanırken, bu miktar ihmal edilir.
• Atom Numarası ve Atom Ağırlığı
• Farklı atomların atom-altı parçacıklarının sayısı da farklıdır.
• Belirli bir elementin bütün atomlarının çekirdeklerinde aynı sayıda proton bulunur.
• Her elemente özgü olan proton sayısı atom numarası olarak ifade edilir ve elementin
simgesinin sol alt tarafına yazılır.
• Örneğin 2He kısaltması, bir helyum atomunun çekirdeğinde 2 proton bulunduğunu gösterir.
Tersine bir durum olmadığı sürece bir atomun elektrik yükü nötrdür. Bunun anlamı,
protonların eşit sayıda elektronla dengelenmiş olduğudur. Dolayısıyla elektriksel olarak nötr
olan bir atomun atom numarası, hem protonların hem de elektronların sayısını belirtir.
• Nötronların sayısı, başka bir nicelik olan kütle numarasından yararlanarak bulunabilir.
Kütle numarası, atom çekirdeğindeki proton ve nötronların toplamına eşittir.
• Kütle numarası, elementin simgesinin sol üst tarafına yazılır.
• Örneğin, helyum atomu kısaca 4He2 (2 sol alt köşede olacak) şeklinde yazılır.
• Atom numarası kaç tane proton bulunduğunu gösterdiği için, nötronların sayısı kütle
numarasından atom numarasının çıkarılmasıyla saptanabilir.
• Bir 4He2 atomu 2 nötron içerir. Sodyum 23Na11 atomu 11 proton, 11 elektron ve 12
nötron içerir. En basit atom olan hidrojen 1H1nötron içermez; bir tane proton ve bunun
etrafında dönen bir tane elektrondan oluşur.
• Atomun hemen hemen bütün kütlesi çekirdekte yoğunlaşmıştır; çünkü elektronların
kütleye katkısı ihmal edilebilecek kadar küçüktür.
• Nötronların ve protonların her birinin kütlesi yaklaşık 1 dalton olduğu için kütle numarası
atomun toplam kütlesine yakındır. Bu değer atom ağırlığı olarak adlandırılır.
• Buna göre helyumun 4He2 atom ağırlığının 4 dalton olduğunu söyleyebiliriz. Ancak
helyumun atom ağırlığı tam olarak 4.003 daltondur.
• İzotoplar…
• Belirli bir elementin bütün atomları aynı sayıda protona sahip olmakla birlikte bu
elementin bazı atomları diğerlerinden daha fazla sayıda nötron içerir ve bu nedenle daha
ağırdır. Bir elementin farklı atomik formları izotoplar olarak adlandırılır.
• Doğadaki elementler izotop karışımı halindedirler.
• Örneğin atom sayısı 6 olan karbon elementini ele alalım, Karbonun en yaygın izotopu
olan karbon-12 (12C6) doğadaki karbonun %99'unu oluşturur. Bu karbon izotopu 6
nötron içerir. Geriye kalan %1'lik kısmın çoğu 13C6 izotopu olup, 7 nötrona sahiptir. Çok
daha az miktardaki üçüncü izotop olan 14C6 ise, 8 tane nötron içerir. Bir elementin
izotoplarının kütleleri küçük farklılıklar taşısalar da, bunların hepsi kimyasal tepkimelerde
aynı biçimde davranırlar.
• Hem 12C, hem de 13C kararlı izotoplardır; yani bunların çekirdekleri parçacık kaybetme
eğiliminde değildir. Buna karşılık 14 C izotopu, kararsız yani radyoaktiftir. Radyoaktif
izotopun çekirdeği kendiliğinden parçalanarak, parçacık ve enerji yayar. Bu parçalanma
proton sayısında değişmeye yol açtığında, bu atom başka bir elementin atomuna
dönüşür. Örneğin radyoaktif karbon, azot oluşturacak şekilde parçalanır.
• Radyoaktif izotopların biyolojide çok sayıda yararlı uygulaması vardır. Araştırıcılar
fosillerdeki radyoaktiviteyi ölçerek bu kalıntıların yaşlarını tespit ederler.
• Radyoaktif izotoplar, organizmadaki kimyasal süreçler olan metabolizma sırasında
atomların izledikleri yolu saptamak için de kullanılırlar. Hücreler radyoaktif atomları
aynen bu elementin radyoaktif olmayan izotoplarını kullandıkları gibi kullanırlar. Ancak
radyoaktif izotoplar kolaylıkla gözlemlenebilirler.
• Elektronların Enerji Düzeyleri…
• Bir kimyasal tepkime sırasında iki atom birbirlerine yaklaştığı zaman, bu atomların
çekirdekleri etkileşim için yeterli uzaklığa gelmez. Üç tip atom -altı parçacıktan sadece
elektronlar, atomlar arasındaki kimyasal tepkimelere doğrudan katılırlar.
• Bir atomdaki elektronlar değişik miktarlarda enerji içerirler.
• Enerji iş yapabilme yeteneği olarak tanımlanır.
• Potansiyel enerji, maddenin pozisyonu ya da bulunduğu yer nedeniyle depoladığı enerjidir.
• Örneğin bir tepe üzerindeki barajda bulunan su, sahip olduğu yüksek konum nedeniyle
potansiyel enerji taşır. Barajın kapakları açıldığında, su aşağı doğru akarken depolanmış
enerji iş yapabilecek hale dönüşür ve örneğin jeneratörleri döndürür.
• Potansiyel enerji harcanmış olduğu için, tepenin aşağı yamacına ulaşmış olan su, yüksekte
iken depolayabildiğinden daha az enerji depolar. Madde, mümkün olan en düşük potansiyel
enerjili duruma hareket etmek üzere doğal bir eğilime sahiptir. Bu örnekte su yüksekten
aşağıya doğru akmaktadır. Reservuarın yeniden potansiyel enerji depolaması için, suyun
yerçekimine zıt yönde yükseltilmesi gerekir. Bu da iş yapılmasını gerektirir.
• Bir atomun elektronları da çekirdeğe göre sahip oldukları konumdan ötürü potansiyel
enerjiye sahiptirler.
• Eksi elektrik yükü taşıyan elektronlar artı elektrik yükü taşıyan çekirdeğe doğru çekilirler;
elektronlar çekirdekten ne kadar uzakta ise, potansiyel enerjileri o kadar büyüktür.
• Suyun yüksekten aşağıya doğru sürekli akışının aksine elektronların potansiyel
enerjilerindeki değişiklikler, sadece her basamakta sabit miktarda enerjinin serbest
bırakılmasıyla gerçekleşir.
• Bir elektronun belirli miktarda enerjiye sahip olması merdiven üzerindeki bir topa benzer.
Hangi basamak üzerinde bulunduğuna bağlı olarak topun sahip olduğu potansiyel enerji
miktarları da farklı olacaktır. Ancak top basamaklar arasında çok fazla vakit
kaybedemez. Bir elektron da sabitlenmiş potansiyel enerji statüleri arasında bulunamaz.
• Bir atomdaki elektronların farklı potansiyel enerji statüleri enerji düzeyleri ya da elektron
kabukları olarak adlandırılır.
• Çekirdeğe en yakın olan ilk kabuktaki elektronlar en düşük enerjiye sahip olanlardır.
• İkinci kabuktaki elektronların enerjileri daha fazladır.
• Üçüncü kabukta yer alan elektronlar ise daha da fazla enerji içerirler. Bu böyle devam eder.
• Bir elektron kabuk değiştirebilir. Ancak bu değişiklik elektronun eski kabuğu ile yeni kabuğu
arasındaki potansiyel enerji farkına eşit miktarda enerji soğurması ya da kaybetmesiyle
mümkün olabilir.
• Çekirdeğe daha uzak bir kabuğa geçebilmesi için elektronun enerji soğurması gerekir.
• Çekirdeğe daha yakın bir kabuğa geçmek için elektronun enerji kaybetmesi gerekir.
• Bu enerji genellikle ısı şeklinde çevreye verilir. Örneğin güneş ışığı koyu renkli bir arabanın
boyasındaki elektronları daha yüksek enerji düzeylerine geçecek şekilde ekzite eder. Bu
elektronlar orijinal enerji seviyelerine geri dönerlerken, arabanın tavanı ısınır.
• Elektron Konfigürasyonu ve Kimyasal Özellikler...
• Bir atomun kimyasal davranışı elektronlarının konfigürasyonu yani, elektronların atom
etrafındaki elektron kabuklarındaki dağılımı tarafından belirlenir.
• Hidrojenin bir elektronu ve helyumun iki elektronu ilk kabukta yer alır. Her madde gibi
elektronlar da mümkün olan en düşük potansiyel enerji düzeyinde bulunma eğilimindedirler.
• İlk kabuktaki elektronların sahip olduğu potansiyel enerji en düşük düzeydedir.

• Ancak ilk kabuk 2 den fazla elektron taşıyamaz. İkiden fazla elektrona sahip atomlar ilk
kabuk dolu olduğu için daha çok kabuk kullanmak zorundadırlar. Üçüncü element olan lityum
üç elektrona sahiptir. Bunların iki tanesi ilk kabuğu üçüncüsü ise ikinci kabuğu işgal eder.
• İkinci kabuk en fazla sekiz elektron taşıyabilir. İlk sırası sonundaki neon ikinci kabukta sekiz
elektron içerir. Neon, toplam olarak on elektrona sahiptir.
• Bir atomun kimyasal davranışı büyük ölçüde en dış kabuğundaki elektronların
sayısı tarafından belirlenir.
• En dış kabuktaki elektronlara değerlik elektronları, en dış kabuğa ise değerlik kabuğu
adı verilir.
• Lityumda sadece 1 tane değerlik elektronu vardır, ikinci kabuk ise değerlik kabuğudur.
• Değerlik kabuğunda aynı sayıda elektron içeren atomlar, benzer kimyasal davranış
sergilerler. Örneğin her ikisi de 7 değerlik elektronunu sahip olan flor ve klor bileşik
oluşturmak üzere sodyum elementi ile birleşir.
• Değerlik kabuğu dolu olan bir element reaktif değildir. Diğer bir deyişle bu atom diğer
atomlarla kolay etkileşemez. Helyum, neon ve argon değerlik kabukları dolu olan üç
elementtir. Bu elementler inerttir. Bunun anlamı kimyasal olarak reaktif olmamaktır.
• Elektron Yörüngeleri...

• Her elektron kabuğu özgül biçimlere sahip özgül sayıda yörünge içerir.

• Aynı yörüngede 2 den fazla elektron bulunamaz. İlk elektron kabuğu sadece bir
tane yörüngeye sahip olduğu için en fazla iki tane elektron barındırabilir.

• Küresel biçimli olan bu yörünge 1s yörüngesi olarak tanımlanır.

• Hidrojenin tek elektronu ile helyumun iki elektronu 1s yörüngesini işgal eder.

• İkinci elektron kabuğu dört yörüngeye sahiptir ve dolayısıyla 8 elektron taşıyabilir.

• Dört yörüngenin her birindeki elektronların sahip oldukları enerji hemen hemen
aynıdır. Ancak bu elektronlar farklı mekanlarda hareket ederler. 1s yörüngesi gibi
küresel şekilli olan bir tane de 2s yörüngesi vardır. Ancak bu yörüngenin çapı daha
büyüktür. 2p yörüngeleri olarak adlandırılan diğer üç yörünge lobut şeklindedir. Her
2p yörüngesi diğer ikisi ile dik açı yapacak şekilde yerleşmiştir
• Atomların reaktivitesi değerlik kabuklarında yer alan bir ya da daha fazla yörüngede
eşlememiş elektronlar bulunmasından kaynaklanır.
• Eklenen her elektron bir kabukta hiç boş yörünge kalmayana kadar aynı yörüngelere
yerleşir. Ancak bundan sonra yörüngeler ikinci elektronu kabul etmeye başlar.
• Atomlar kimyasal bağlarla birleşerek molekülleri oluştururlar...
• Tamamlanmamış değerlik kabuklarına sahip atomlar başka atomlarla etkileşirler. Bu
etkileşim sırasında her iki taraf kendi değerlik kabuğunu tamamlar.
• Atomlar bunu yaparken değerlik elektronlarını ya paylaşırlar ya da birbirlerine aktarırlar.
Bu etkileşimler, kimyasal bağlar adı verilen çekim güçleriyle bir arada tutulan atomlar
arasında ortaya çıkar. En güçlü kimyasal bağ çeşitleri kovalent bağlar ve iyonik
bağlardır.
• Kovalent Bağlar
• Kovalent bağ bir çift değerlik elektronunu iki atomun paylaşmasıdır.
• Örneğin, iki hidrojen atomu birbirlerine doğru yaklaştıklarında ne olduğuna bakalım.
Hidrojenin ilk kabukta 1 tane değerlik elektronu olduğunu ancak bu kabuğun elektron
kapasitesinin 2 olduğunu hatırlayınız. İki hidrojen atomu 1s yörüngeleri birbiri üzerine
çalışacak kadar birbirine yaklaştığında elektronlarını ortaklaşa kullanırlar. Bu durumda her
hidrojen atomu 2 elektrona sahip olur ve böylece değerlik kabuğundaki elektron sayısı
tamamlanır.
• Kovalent bağ ile bir arada tutulan iki ya da daha fazla sayıdaki atom bir molekül oluşturur.
Hidrojen molekülünün yapısını H-H şeklinde kısaltabiliriz. Bu kısaltmadaki düz çizgi bir
kovalent bağı yani ortaklaşa kullanılan bir çift elektronu temsil eder. Atomları ve bağları
temsil edecek şekilde kullanılan bu yazım şekli yapısal formül olarak adlandırılır.
• Bu molekül için daha da kısaltılmış bir yazım şekli olarak H 2’yi de kullanabiliriz. Buna da
molekül formülü denir. Bu formül bu molekülün iki hidrojen atomundan oluştuğunu gösterir.
• İkinci elektron kabuğunda 6 elektron içeren oksijen, değerlik kabuğunu tamamlamak için, 2
elektrona gereksinim duyar. İki oksijen atomu, iki çift değerlik elektronunu paylaşarak bir
molekül oluşturur. Bu iki atomu birleştiren bağlar, çift kovalent bağ olarak adlandırılır.
• Değerlik elektronlarını paylaşabilen her atom, bu atomun oluşturabileceği kovalent bağ
sayısı kadar bağ yapabilme yeteneğindedir.
• Bağlar kurulduğunda, atom değerlik elektronlarını tamamen doldurmuş olur. Örneğin
oksijenin bağ yapabilme kapasitesi 2’dir. Bağ yapabilme kapasitesi atomun değerliği olarak
adlandırılır ve bu değer genellikle atomun en dış kabuğundaki eşleşmemiş elektronların
sayısına eşittir.
• Canlılarda en bol bulunan hidrojenin değerliği 1; oksijenin 2; azotun 3; karbonun ise 4’tür. Üç
tane eşleşmemiş elektronundan tahmin edileceği gibi fosfor üç değerliğe sahip olabilir.
Bununla birlikte biyolojik olarak önemli olan moleküllerde fosforun değerliği genellikle 5 olup,
bu element üç adet tek, bir tane de çift bağ oluşturur.
• H2 ve O2 molekülleri saf element olup, bileşik değildirler. Bileşik olan moleküllere ait bir
örnek H2O molekül formülüne sahip olan sudur. Bir oksijenin değerliğini karşılamak için
iki hidrojen atomu gerekir.
• Bileşik olan bir başka molekül, molekül formülü CH4 olan ve doğalgazın temel bileşeni
niteliğindeki metandır. Metandaki dört hidrojen atomunun her birinin değerliği 1’dir. Bu
hidrojenler, değerliği 4 olan karbon atomunun değerliğini tamamlar.
• Polar ve Polar Olmayan Kovalent Bağlar…
• Bir atomun kovalent bağ elektonlarına karşı gösterdiği ilgi ELEKTRONEGATİVİTE
olarak adlandırılır. Bir atom ne kadar elektronegatif ise paylaşılan elektronları kendine
doğru çekme gücü o kadar fazladır.
• Aynı elementin iki atomu arasındaki bir kovalent bağda, elektronlara karşı gösterilen
çekim gücü birbirine eşittir. Diğer bir deyişle bu iki atomun elektonegativitesi eşittir.
• Elektronların eşit olarak paylaşıldığı bu tip bağa POLAR OLMAYAN KOVALENT BAĞ
denir. O2deki çift bağ gibi H2deki kovalent bağ da polar olmayan bağdır. Bağa katılan
elementler farklı olmasına rağmen metanın (CH4) bağları da polar olmayan niteliktedir.
• Bir atomun daha elektronegatif bir başka atoma bağlı olduğu diğer bileşikler de bağ
elektronları eşit olarak paylaşılmaz.
• Bu tip bağ ise POLAR KOVALENT BAĞ olarak adlandırılır.
• Örneğin su molekülündeki hidrojen atomlarıyla oksijen arasındaki bağlar polardır.
• 118 elementin en elektronegatif olanlarından bir tanesi oksijendir. Dolayısıyla ortaklaşa
kullanılan elektronları hidrojenden çok daha büyük bir güçle kendine doğru çeker.
• Oksijen ile hidrojen arasındaki kovalent bağda, elektronların oksijen çekirdeği etrafında
geçirdikleri süre hidrojen çekirdeği etrafında geçirdiklerinden daha uzundur. Elektronlar
eksi yük taşıdıkları için su molekülü içindeki elektronların eşit olmayan biçimde
paylaşılması oksijen atomunun kısmi eksi yüke, her hidrojenin ise kısmi artı yüke sahip
olmasına neden olur.
• İyonik Bağlar
• Bazı durumlarda iki atomun değerlik elektronlarına karşı gösterdikleri çekim eşit
olmaktan o kadar uzaktır ki, daha elektronegatif olan atom diğer atomun bütün
elektronlarını tamamen kendi üzerine alır.
• Bir sodyum atomunun (11Na) bir klor atomu (17Cl) ile karşılaşmasında böyle bir durum
ortaya çıkar. Bir sodyum atomu üçüncü elektron kabuğundaki bir tane değerlik elektronu
da dahil olmak üzere toplam 11 elektron içerir. Klor atomunun ise toplam 17 elektronu
vardır ve bunların 7 tanesi değerlik kabuğunda bulunur.
• Bu iki atom karşı karşıya geldiklerinde sodyumun tek değerlik elektronu klor atomuna
aktarılır. Sonuçta, her iki atom değerlik kabuklarındaki elektronları tamamlanmış olurlar.
• Bu iki atom arasındaki elektron aktarımı bir birim eksi yükün sodyumdan klora geçmesine
neden olur. Bu durumda sodyum 11 proton ve sadece 10 elektrona sahip olduğundan +1 net
elektrik yükü içerecektir. Elektrik yükü taşıyan bir atom (ya da molekül) iyon olarak
adlandırılır.
• Elektrik yükü artı ise bu iyonunun özel adı KATYONdur.
• Sodyum atomu bir katyon haline gelmiştir. Bunun tersine ekstra bir elektron kazanan klor
şimdi 17 proton ve 18 elektrona sahiptir. Bundan ötürü klorun elektrik yükü 1 dir.
• Klor atomu klor iyonu –bir ANYON- yani eksi yüklü iyon haline gelmiştir.
• Birbirlerine zıt yükler taşıdıklarından ötürü katyonlar ve anyonlar birbirlerini çekerler. Bu
etkileşim İYONİK BAĞ olarak adlandırılır.
• Birbirlerine zıt yük taşıyan herhangi iki iyon iyonik bağ oluşturabilir. İyonlar sahip oldukları
yükü, birbirlerine elektron aktarımı yaparak kazanmak zorunda değildirler.
• İyonik bağlarla oluşturulan bileşiklere iyonik bileşikler ya da tuzlar denir.
• İyonik bir bileşik olan sodyum klorür (NaCl) bildiğimiz sofra tuzudur.
• Tuzlar doğada genellikle değişik büyüklük ve biçimlerdeki kristaller halinde bulunurlar. Bu
kristaller çok sayıdaki katyon ve anyonun elektriksel çekim ile bağlanarak üç boyutlu örgü
halinde düzenlemeleriyle oluşan birliklerdir.
• Bir tuz kristali kovalent bir bileşikte bulunan moleküllere benzer moleküllerden oluşmaz.
Bunun nedeni, kovalent bağlı bir molekülün belirli büyüklük ve sayıda atom içermesidir.
• NaCl gibi iyonik bir bileşiğin formülü sadece tuz kristalindeki elementlerin oranını belirtir.
“NaCl” bir molekül değildir.
• İyon terimi elektriksel olarak yüklü tüm moleküller için kullanılır. Örneğin amonyum klorür
tuzunda (NH4Cl) anyon klor iyonu (Cl-), katyon ise amonyum (NH4+) iyonudur. Bu molekül
bir tane azot atomuna kovalent bağlı hidrojen atomlarından oluşur. Amonyum iyonunun
bütünü +1 elektrik yükü taşır, çünkü 1 elektron eksiği vardır.
• İyonik bağların gücü çevre tarafından etkilenir.
• Kuru tuz kristalindeki bağlar o kadar güçlüdür ki, kristali iki
parçaya ayırmak için keski ve çekiç gerekir.
• Buna karşılık aynı tuz kristali suya atıldığında, iyonları
arasındaki çekim güçleri azalacağı için erir.
• Zayıf Kimyasal Bağlar Canlı Kimyasında Önemli Rol Oynarlar
• Canlı organizmalardaki en güçlü kimyasal bağların çoğu, hücrenin moleküllerini
oluşturmak üzere atomları birleştiren kovalent bağlardır.
• Ancak hücre içindeki moleküller arasındaki bağlanmalar da olmazsa olmaz niteliktedir.
Bunun nedeni canlıya ait özelliklerin moleküler etkileşimlerden kaynaklanmasıdır.
• Hücresel iki molekül temas ettiklerinde, kovalent bağlardan çok daha zayıf olan kimyasal
bağ tipleri aracılığı ile geçici olarak birbirlerine tutunurlar.
• Zayıf bağlanmanın avantajı moleküller arasındaki temasın kısa süreli olabilmesidir.
Moleküller bir araya gelirler, birbirlerine cevap verirler ve daha sonra ayrılırlar.
• Zayıf bağlanmanın önemi beyindeki kimyasal haberleşme örneğinde görülebilir.
• Bir beyin hücresi, yakındaki bir alıcı hücrenin yüzeyindeki reseptör moleküllere
yerleşmek için zayıf bağları kullanan moleküller salarak haberleşir.
• Bağların ömrü alıcı hücrenin anında cevap vermesini uyarmaya yetecek kadar kısadır.
Eğer haberci moleküller güçlü bağlarla tutunmuş olsaydı, alıcı hücre haberci molekülleri
salan hücrenin mesaj vermeyi kesmesinden çok sonra da cevap vermeyi sürdürüyor
olacaktı. Bu durum ise belki de zararlı sonuçlara neden olabilecekti.
• Canlı organizmalarda önemli olan birkaç çeşit zayıf kimyasal bağ vardır. Bunlardan bir
tanesi su varlığında oldukça zayıf olan iyonik bağdır. Canlılar için önemli olan bir başka
zayıf bağ tipi hidrojen bağı olarak bilinir.
• Hidrojen Bağları
• Bir hidrojen bağı elektonegatif bir atoma kovalent olarak bağlı bir hidrojen atomunun başka
bir elektronegatif atom tarafından çekilmesiyle kurulur. Hücrelerde bu bağa katılan
elektronegatif atomlar genellikle oksijen ve azottur.
• örnek olarak su (H2O) ile amonyak (NH3) arasındaki hidrojen bağı
• Sudaki polar kovalent bağların oksijen atomunu kısmi eksi, hidrojen atomlarını ise kısmi artı
yük taşır hale getirdiğini görmüştük.
• Benzer bir durum amonyak molekülünde de gerçekleşir. Bu moleküldeki elektronegatif azot
atomu, hidrojenle kovalent olarak paylaştığı elektronları kendine doğru çektiği için kısmi eksi
yük taşır. Bir su molekülü ile bir amonyak molekülü birbirlerine yaklaştıklarında eksi yüklü
azot atomu ile komşu su molekülündeki artı yüklü hidrojen atomu arasında zayıf bir çekim
ortaya çıkar.
• Bu çekim bir hidrojen bağıdır. (Hidrojen bağı elektronegatif bir atom ile başka bir
elektronegatif atoma kovalent bağlı bir hidrojen atomu arasındaki zayıf çekim gücüdür)
• Van Der Waals Etkileşimleri
• Polar olmayan kovalent bağlar taşıyan bir molekül bile artı ve eksi yüklü bölgelere sahip
olabilir.
• Elektronlar sürekli olarak hareket halinde oldukları için molekül içinde her zaman
simetrik bir dağılım içinde olmayabilir ve şansa bağlı olarak herhangi bir anda molekülün
değişik kısımlarında kümelenebilirler.
• Bunun sonucu olarak, tüm atomların ve moleküllerin birbirlerine tutunmasını mümkün
kılan ve her an değişebilen artı ve eksi yüklü “sıcak noktalar” ortaya çıkar.
• Bu van der waals etkileşimleri zayıf nitelikte olup, sadece atomlar ve moleküller
birbirlerine çok yaklaştıkları zaman ortaya çıkarlar.
• Van Der Waals etkileşimleri, hidrojen bağları, iyonik bağlar ve diğer zayıf bağlar sadece
moleküller arasında değil protein gibi tek ve büyük bir molekülün farklı bölgeleri arasında
da oluşabilirler.
• Bu bağlar tek başına olduklarında zayıf olmakla bir arada, birlikte etki ettiklerinde büyük
bir molekülün üç boyutlu biçimini güçlendirirler.
• (Moleküller üzerindeki geçici olarak artı ve eksi yük taşıyan bölgelerin birbirlerini
çekmeleriyle van der waals etkileşimleri ortaya çıkar. Zayıf bağlar büyük moleküllerin
biçimlerini güçlendirir ve moleküllerin birbirlerine tutunmalarına yardımcı olurlar)
• Bir Molekülün Biyolojik İşlevi Onun Biçimi İle İlişkilidir…
• Bir molekül kendine özgü büyüklük ve biçime sahiptir. Bir molekülün özgül biçimi onun hücre
içindeki işlevi için genellikle çok önemlidir.
• Molekülün biçimi onun atomlarının değerlik yörüngelerinin konumları tarafından belirlenir.
Kovalent bağlar kurulduğunda bir atomun değerlik kabuğundaki s ve p yörüngeleri
kaynaşarak, dört tane hibrit yörünge oluşturabilirler. Bu hibrit yörüngeler düzgün dört yüzlü
adlı geometrik şeklin köşelerine doğru uzanırlar. Bu yörüngeler H2O, CH4ve daha birçok
karmaşık yapılı biyolojik molekülün biçimlerinden sorumludur.
• Biyolojide molekülün biçimi önemlidir; çünkü biyolojik moleküllerin birbirlerini tanıyarak tepki
vermeleri onların biçimleri tarafından belirlenir. Daha önce sözünü ettiğimiz kimyasal
haberleşme örneğinde iletim yapan beyin hücresi tarafından salınan haberci moleküller
sinyali alan hücrenin yüzeyindeki reseptör moleküllerin biçimine özgüllükle uyacak bir şekle
sahiptirler. Bu biçimsel uygunluk anahtar ile kilit arasındaki uygunluğa benzer.
• Biçimsel tamamlayıcılık (komplomanterlik), iki molekül arasında zayıf bağlar kurulmasına
yardımcı olur. Haberci molekülün reseptör moleküle tutunması reseptör hücredeki
etkinliği hızlandırır. Biçimleri beynin haberci moleküllerine benzeyen moleküller, ruh
halini ve acı algılanmasını etkileyebilirler. Örneğin morfin, eroin ve diğer uyuşturucu
ilaçlar endorfinler olarak adlandırılan doğal haberci moleküllerin etkilerini taklit ederler.
Bu ilaçlar beyindeki endorfin reseptörlerine bağlanarak uyuşturucu etki yapar ve acıyı
dindirirler. Beyin kimyasında molekül biçiminin rolü, biyolojinin bütünleyici temalarından
birisi olan yapı ile işlev arasındaki ilişkiye bir örnektir.
• Kimyasal Tepkimeler Sırasında Kimyasal Bağlar Kurulur Ya Da Kırılır…
• Maddenin bileşiminde değişikliğe yol açacak kimyasal bağlar kurulması ya da kırılması
kimyasal tepkimeler olarak adlandırılır. Su oluşturmak üzere hidrojen ile oksijenin
tepkimeye girmeleri buna bir örnektir.
• Kimyasal tepkimeler maddeyi koruyarak reaktantları ürünlere dönüştürürler. Bir kimyasal
tepkimede madde korunur. Tepkimeler maddeyi yeniden yaratamaz ya da yok edemez,
sadece onu yeniden düzenler. Yeşil bitki dokularının hücrelerinde cereyan eden
fotosentez maddeyi yeniden düzenleyen kimyasal tepkimelere ait çok önemli bir örnektir.
• Kimyasal tepkimelerin birçoğu geri dönüşümlüdür. Örneğin hidrojen ve azot molekülleri
amonyak oluşturmak üzere birleşirler, ancak amonyak da hidrojen ve azot oluşturacak
şekilde yıkılabilir.
• Tepkimenin hızını etkileyen etmenlerden birisi reaktantların derişimidir.
• Reaktant moleküllerinin derişimi ne kadar yüksek ise bunların birbirleriyle çarpışma
sayıları ve ürünler oluşturmak üzere etkileşme olanakları da o kadar fazladır.
• İleri ve geri tepkimelerin hızları birbirine eşit olduğunda kimyasal dengeye ulaşılır. (İki
yöndeki tepkimenin tam olarak dengelendiği durum=kimyasal denge)