Noong Ikalawang Digmaang Pandaigdig, naapektohan din ang Pilipinas
dahil sa pagsiklab ng digmaan sa buong mundo. Dito ay dumaan sa
ilalim ng mga pwersa ng Hapon at Amerikano. Noong 1941, inatake ng mga Hapones ang Pilipinas, kung saan nagsimula ang kanilang pananakop. Dito naganap ang Battle of Bataan at ang Death March, kung saan libo-libong sundalo at sibilyan ang pinahirapan ng mga Hapones habang iniikot ang Luzon. Matapos ang pagsuko ng mga Amerikano sa Bataan, dumanas ng malupit na okupasyon ang bansa. Sa panahon ng pananakop, maraming Pilipino ang naghirap sa kawalan ng kalayaan at pang-aabuso ng mga Hapones. Marami rin ang namatay dahil sa gutom, pagmamalupit, at iba pang karahasan. Noong 1944, bumalik si Heneral Douglas MacArthur sa Pilipinas, at nagtagumpay sila ng mga Pilipinong gerilya sa pagsalakay sa mga Hapones. Nang sumiklab ang Battle of Leyte Gulf, nagsimula ang pagpapalaya ng Pilipinas mula sa pananakop ng mga Hapones. Sa wakas, noong 1945, nakamtan ng Pilipinas ang kanyang kalayaan mula sa mga Hapones. Subalit, iniwan ang bansa na nasira at dumanas ng matinding hirap matapos ang digmaan.