Jonas Jnsson Bioteknik

Cellbiologi KBK070 2011-03-03

Sammanfattning
Uv-strlning r en stor fara fr cellers verlevnad, strlningen kan orsaka flertalet skadliga mnen som kan pverka cellens DNA. Det r inte bara de uppkomna mnena som kan skada DNA-strngen utan uv-strlning i sig kan gra s att dimerer uppstr bestende av tv baser i strngen. Cyklobutan pryrimidine dimers, pyrimidine 6-4 pyrimidne photoproducts och dewar isomerer kallas dessa dimerer som uppstr mellan baserna Tymin och cytosin i olika kombinationer. Dessa dimerer kan bromsa cellens avlsning i bde replikationen och transkriptionen. Detta kan ven orsaka frndringar i generna jmfr med original sekvensen, bde enkla och dubbla brott p DNA-strngen kan uppkomma i samband med de bda avlsningarna. Cellerna har olika stt att detektera skador alla r inte kartlaga men teorier om att avstnden mellan strngarna pverkar frmgan att hitta skadade partier. Nr en skada upptckts tar vissa mekanismer vid fr att reparera DNA:t. De vergripande grupperna r bortskrnings reparation, direkt reparation, rekombinations reparation och SOS gensvar. Dessa har i sin tur olika vgar som anvnds vid olika former av skador. De mekanismer som r specialiserade p att reparera de dimerer som terfinns i DNA-strngen r nulkeotide exicion repair som r en bortskrande mekanism och fotoreaktivation som terstller baserna genom bryta de uppkomna bindningarna.

Introduktion
Frutom fel som uppstr vid replikation i cellen kan DNA skadas av olika skadliga men. Ngra av dessa kemiska skador r reaktiva syrefreningar(ROS), sjlvinfogande mnen, deaminering och alkylering. Sjlvinfogande mnen r molekyler som placerar sig mellan kvvebaserna DNA-strngen de vriga exemplen bestr frmst av modifiering av kvvebaser s att basparningen ndras.(Biochemistry, 6th edition,2007) UV-strlning kan pverka cellens DNA och drigenom skapa mnga problem fr cellen. Strlningen tas upp av olika molekyler och energi tillskottet gr att bindningar kan brytas och skapas. Exempelvis kan de olika kvvebaserna pverkas och d skapa bindningar mellan sig bde inom den egna strngen och mellan de bda strngarna. Bindningar inom en strng kan vara olika sorters dimerer, beroende p mellan vilka atomer bindningen sker bildas det cyklobutan pryrimidine dimers (CPD) eller pyrimidine 6-4 pyrimidne photoproducts (6-4PP) och dewar isomerer. Dewar isomeren r en konjugerande form av 6-4PP som sjlv bildas genom en ostabil intermedir medan CPD inte krver ngra mellansteg. Det r inte alla baser som kan bilda dessa dimerer utan endast tymin och cytosin. Det har bevisats att ordningen p baserna har betydelse fr hur knsliga de r fr uv-strlingen. 1

Jonas Jnsson Bioteknik

Cellbiologi KBK070 2011-03-03

Ordningen tymin - tymin och tymin - cytosin r knsligare n cytosin - tymin och cytosin -cytosine. De olika dimererna som kan bildas i DNA-strngen har en sannolikhet att uppkomma p olika platser i den genetiska koden. Dimeren 6-4PPs uppkommer vanligen i TATA-boxen medan CDP frekommer frmst i TATA-boxens kanter och utanfr boxen. UV-strlningen kan ven skada baserna i DNA:t genom att frndra dem, de ndrar d s att till exempel tymin basparar bttre med cytosin n med adenin. Vid en senare replikation sker d en inkorrekt basparning. Om cellen ej hinner reparera mutationen innan replikation kommer den att bli en stabil mutation.

Framsteg och forskning

De olika dimererna hos DNA-strngen kan orsaka stora skador fr cellen till exempel enkla och dubbla strngavbrott p DNA:t eller frsvra alternativt stoppa avlsningen av DNA-strngen. (Molecular mechanisms of ultraviolet radiation-induced DNA damage and repair, 2010) Dock har det visat sig hos mnniskan att DNA polymeras inte stoppas helt och hllet av CPD och 6-4PP dimerer utan endast bromsas av dessa. Risken fr att mutationer uppstr r dock mycket strre vid inbromsningen.(Human replicative DNA polymeras can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strand, 2010) Det finns olika stta att upptcka skador som uppsttt hos DNA-strngar. Skadorna ndrar lokalt utseendet hos strngarna, eftersom dimererna inte skapar vtebindningar till motstende DNAstrng. Detta gr att avstndet mellan strngarna r strre n vid friska omrden hos strngen. ven flexibiliteten hos strngen ndras vid nrvaro av dimerer. Ett stt att upptcka struktur ndringen hos DNA-strngen som beror av dimererna r tack vare de avstnd som finns mellan strngarna vid dimererna. Det uppstr dr s kallade bubblor som kan knnas igen av olika proteiner. D baser normalt ligger skyddade i DNA-strngen gr bubblor att baserna exponeras mer mot omgivningen, vilket kar tkomsten fr cellens reparationsmekanismer. Dessa bubblor uppstr ven vid normal basparning men frekvensen som de uppkommer med kar runt platsen med en dimer nrvarande. (Ultra-violet light induced changes in DNA dynamics may enhance TT-dimer recognition, 2006) Reparationsmekanismer Cellen har olika reparations mekanismer fr att frhindra att inducerade mutationer blir bestende. Dessa kan delas in i olika grupper, bortskrnings reparation, direkt reparation, rekombinations reparation och SOS gensvar.(Microbiology, seventh edition) 2

Jonas Jnsson Bioteknik

Cellbiologi KBK070 2011-03-03

Bortskrnings reparation ndvnder tv olika vgar Base excision repair (BER) och Nucleotide excision repair (NER), bda vgarna tar bort den skadade delen av DNA-strngen och anvnder den intakta strngen som modell fr nysyntetisering. BER anvnds fr att ta bort skador uppkomna av deaminering, alkylering, jonisering och oxidationer. Frsta steget vid BER r att olika former av DNA glycosylase tar bort den skadade delen genom att klyva den N-glykosidiska bindningen och p s stt skapa ett tomt ste eller ett enkelstrngsbrott (SSB). DNA polymeras fyller sedan p med nya baser och DNA ligase binder ihop strngen. Tv typer av BER finns kort hoplappning (SP-BER) som anvnds d endast en bas r skadad och lng hoplappning (LP-BER) som reparerar strre omrden. Frmodligen r det SP-BER som r den vanligaste av de tv. NER som r den andra varianten av bortskrnings reparation r vldigt viktig d den kan reparera dimerer uppkomna frn uv-strlning men den reparerar ven bland annat oxidativa skador. NER reparerar bde CPD och 6-4PP, dock har det visat sig att reparationen av 6-4PP r fem gnger s snabb jmfrt men CPD, detta ven d det r troligt att samma proteiner r inblandade i bda fallen. Det finns tv varianter av NER, global genom NER (GG-NER) och transkriptions kopplad NER (TC-NER). Den ena av dessa tv GG-NER genomsker DNA-strngarna slumpmssigt och reparerar de skador den hittar. Den kan till skillnad frn TC-NER reparera omrden som inte utrycker ngot protein. Fr att GG-NER skall binda till skadorna fr den hjlp av olika protein komplex. XPC protein komplexet kan upptcka en 6-4PP skada och initiera GG-NER, vid CPD skador mste dock UV-DDB komplexet hjlpa XPC att binda in. TC-NER anvnder inte det nmnda protein komplexen utan frmodas vidta reparation endast d RNA polymeras ptrffar en skada. D RNA polymeraset hindras av en skada antas den backa ngra nukleotider och tv proteiner anvnds, CSA och CSB, fr att frbereda reparationen. De bda varianterna TC-NER och GG-NER fungerar efter inbindningen till skadan med nstan samma mekanism. Frst rullas DNA-strngen vid skadan upp av transkriptions faktor IIH fr att efter inbindning av ytterligare tre proteiner (RPA, XPA och XPG) i oknd ordning fyller DNA polymeras p med nya baser. Sist anvnds DNA ligas fr att frsegla DNA-strngen. Det finns ytterligare en mekanism fr att reparera dimererna CPD och 6-4PP, fotoreaktivation, som tillhr gruppen direkta reparationer. Reparationen utfrs av enzyme kallat fotolyas som bestr av tv cofaktorer. Den ena cofaktorn har frmgan att absorbera ljus och anvnda dess energi. Det finns flera molekyler som kan ha den rollen. FADH- r den andra cofaktorn och den finns alltid i enzymet. Enzymet verkar genom att binda in till upptckta dimerer, den ljus absorberande cofaktorn absorberar d en foton och verfr energin till FADH-. FADH- verfr sedan en elektron till dimeren som d klyvs. Denna reaktion sker vldigt fort, nda ner till 0.6 nanosekunder finns dokumenterat att en CPD skada kan klyvas p. En fotolytisk aktivitet finns uppmtt i mnnskliga celler och proteinet har runt 40% av sekvensen gemensamt med bakteriellt 6-4 fotolyas, dock r det inte bekrftat att 3

Jonas Jnsson Bioteknik

Cellbiologi KBK070 2011-03-03

proteinet har samma funktion i mnniskor.(Molecular mechanisms of ultraviolet radiation-induced DNA damage and repair, 2010)

Diskussion
Om man lyckas kartlgga mer detaljerat hur dessa mekanismer fungerar och hur cellen p andra stt kan skydda sig mot mutagena mnen, kan detta hjlpa mnniskan att skydda sig till en hgre grad. Exemplevis borde en kning av fotolyas i kroppens celler borde ka tligheten mot uv-strling, vilket d skulle minska risken fr hudcancer. Fr att gra risken nnu mindre mste ven andra molekyler till som kan absorbera uv-strlning eller neutralisera farliga mnen som uv-strlning kan orsaka. En frga kan vara hur lng tid den skulle ta fr mnniskan att utveckla en strre tlighet mot UVstrlning ifall ozonlagret skulle slppa igenom mer strlning. Kan forskning p detta omrde bidra till en snabbare utveckling fr mnniskan. Detta tycker jag r intressanta funderingar d vi idag frstr vr omgivning mer och mer. Vi mste d behva anvnda forskning fr att anpassa oss till den nya miljn fr att minska nu allt vanligare sjukdomar.

Referenser
Biochemistry, Jermy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer, sid 804-807, 6th edition Human replicative DNA polymeras can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strand, Takeo Narita, Toshiki Tsurimoto, Junpei Yamamoto, Kana Nishihara, Kaori Ogawa, Eiji Ohashi, Terry Evans Shigenorti Iwai, Shunichi Takeda, Kouji Hirota, 2010 Microbiology, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood, Christopher J. Woolverton, sid 326-329, seventh edition Molecular mechanisms of ultraviolet radiation-induced DNA damage and repair, Rajesh P. Rastogi, Richa, Ashok Kumar, Madhu B. Tyagi, Rajeshwar P. Sinha, 2010 Ultra-violet light induced changes in DNA dynamics may enhance TT-dimer recognition, K.B Blagoev, B.S Alexandrov, E.H Goodwin, A.R Bishop, 2006