Forelæsning 13

Regulering af gen-
ekspression
Mark’s Basic Medical Biochemistry
5th edition: Kapitel 16; 6th edition: Kapitel 15

Anne Loft
Contact: anlo@bmb.sdu.dk
Center for Functional Genomics & Tissue Plasticity
Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Cirka 2 meter DNA i hver celle
Hvordan kommer vi fra samme genom i alle
celler til alle vores forskellige celletyper og væv?

Alle celler i en organisme

indeholder et stort set
identisk sæt af gener
Læringsmål
1. Gøre rede for den overordnede regulering af genekspression i prokaryoter
2. Definere begreberne Operon, Inducer, Repressor, Co-repressor og sigma faktorer
3. Gøre rede for den overordnede regulering af genekspression i eukaryoter
4. Gøre rede for transkriptionsfaktorers interaktion med DNA og beskrive de vigtigste
principper for DNA-protein interaktion
5. Beskrive hvorledes protein-protein og protein-DNA-interaktion regulerer
transkriptionen
6. Forklare hvordan DNA- og histon-modifikationer regulerer transkriptionen
7. Redegøre for, hvorledes forskellige celletyper udtrykker forskellige gener, herunder
hvorledes genekspression kan ændres fx af vækstfaktorer og ved ydre påvirkninger
8. Redegøre for ”RNA interferens”
9. Forklare post-transkriptionel kontrol af genekspression
10. Forklar hvordan RNA (mRNA, siRNA, miRNA) kan regulere translationen
11. Forklare hvordan gener kan ændres, dupliceres og give ophav til protein-isoformer (fx
alternativ splicing)
12. Beskrive organiseringen af det humane genom med hensyn til forskellige kodende og
ikke-kodende DNA-regioner
Regulering af gen-ekspression
• Hvad?
• Kontrol af hvilke gener, der udtrykkes til et bestemt tidspunkt i en
specifik celle
• Genotype (potentialet) til fænotype (resultatet)
• Hvorfor?
• Alle celler indeholder hele genomet og kan potentielt udtrykke
alle gener, men langt fra alle proteiner skal bruges i alle celler
• Derfor udtrykkes kun en lille andel af generne og disse er med til at
definere celletypen og aktuelle forhold
• Hvordan?
• Transkriptionsfaktorer og andre faktorer styres af forskellige
signaler og kontrollerer genudtrykket ved at aktivere eller hæmme
udtrykket af specifikke gener
Prokaryoter Læringsmål 1

Prokaryoter
• Specifikt for prokaryoter:
• DNA i plasmider – cirkulært
genom
• Ingen histoner, ingen nukleosomer
• Ingen introns
• Ingen cellekerne
• Transkription og translation foregår
samtidigt i tid og rum – koblet
transkription-translation
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Regulering af gen-ekspression i prokaryoter

• Gener for proteiner, der udfører fælles funktioner (fx glykolysen), er
lokaliseret i operons
• Reguleres af én fælles promoter
• Disse operons bliver transkriberet sammen til et stort mRNA (polycistronisk
mRNA)
• Indeholder flere start- og slut-kodons
• Proteinerne kodet i operon’et bliver lavet samtidig – koordineret udtrykt
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Regulering af genudtryk i prokaryoter

• Negativ kontrol:
Repressor protein
• Hæmmer genudtrykket

• Positiv kontrol:
Activator protein
• Aktiverer genudtrykket

Activator
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Negativ kontrol
- Repressors er hæmmende
proteiner som forhindrer
RNA-polymerasen i at
binde til promoteren

- Binder til operatoren (i

eller omkring
promoteren)

- Aktivitet af repressor
reguleres enten via
inducers eller co-
repressor
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Negativ kontrol - mekanismer

Induction via inducers
- Ligand (inducer) binder til repressor og fjerner Transkription inaktiv
denne fra DNA’et – stimulerer transkription
- Ligand/inducer kan være et næringsstof eller
en metabolit fra et næringsstof
- Repressor binder medmindre induceren er til
stede – Transkription kun når ligand er tilstede

Transkription aktiv

Repression via co-repressors

- Ligand (co-repressor) binder til repressor og
muliggør binding til DNA’et via
Transkription inaktiv
konformationsændring af repressor
- Ligand/co-repressor kan være et næringsstof
eller en metabolit fra et næringsstof
- Repressoren binder kun, hvis der er en co-
repressor til stedet – Transkription kun når
ligand ikke er tilstede Transkription aktiv
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Positiv kontrol
- Activators er aktiverende
proteiner som via binding
til promotor området
stimulerer binding af RNA
polymerasen

- Aktivitet kontrolleres via

ligand binding
(inhibitor/inducer)
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Positiv kontrol - mekanismer

Hæmning af aktivator via inhibitors:
- Ligand (inhibitor) binder til activator
og forhindrer binding til DNA’et
- Ligand/inducer kan være et
næringsstof eller en metabolit fra et
næringsstof
- Transkiption kun når ligand ikke er
tilstede

Stimulering af aktivator via inducer:

- Ligand (inducer) binder til activator
og muliggør binding til DNA’et
- Ligand/inducer kan være et
næringsstof eller en metabolit fra et
næringsstof
- Transkription kun når ligand er tilstede
Prokaryoter Læringsmål 1/2

Sigma-faktorer
- Sigma-faktorer binder
RNA polymerasen og
dirigerer den til at
transkribere et specifikt
sæt gener afhængig af
sigma-faktorer
- Koordinerer transkription
af flere operons
Prokaryoter

Opgave: lac operon

- Når allolaktose (metabolit) ikke er tilstede, binder

det regulerende protein til promoteren og RNA
polymerasen kan ikke binde til promoteren for
denne operon

Identificer:
- Som hvad fungerer det regulerende protein?
- Hvad er allolaktose ifm. reguleringen?
Prokaryoter

Opgave: lac operon

- Selv uden repressor
udtrykkes lac operon’en
kun i et meget lavt niveau
- Når der er lidt eller ingen
glukose i omgivelserne, er
der mere cAMP i cellen,
hvilket binder til proteinet
CRP
- Herved øges udtrykket

Identificer:
- Hvordan fungerer CRP?
- Som hvad virker cAMP ifm. reguleringen?
Eukaryoter Læringsmål 3

Eukaryoter
• Cellekerne – transkription og
translation adskilt i tid og
rum
• DNA i kromosomer, foldet i
nukleosomer omkring
histoner
• Pre-mRNA består af exons
og introns (ikke-protein-
kodende stykker)
• Har ikke operons – hvert gen
har sin egen promoter
• Mange niveauer af regulering
mulig  mere komplekst
Eukaryoter Læringsmål 3

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 6

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 3/6
Epigenetik er studiet af cellulære og fysiologiske træk, som nedarves igennem
ændringer i DNA-strukturen og ikke DNA-sekvensen.
Eukaryoter Læringsmål 6

Kromatin remodelering
• Regulering af tilgængeligheden af gener i DNA’et
• Flytning af nukleosomer  frigiver gen-sekvenser til transkribering
• Kromatin-remodelling kompleks
• Under ATP-forbrug vikles DNA ud fra nukleosomkernen

• Kovalente modifikationer på histonhalerne (acetylering)

• Histon acetyl-transferaser (HATs) overfører acetyl-grupper på
lysin-rester
• Mindsker positiv ladning  mindre interaktion med det
negative DNA
• Mange transkriptionsfaktorer indeholder HAT-aktivitet Eukromatin = mere
• Histon deacetylaser (HDAC) fjerner acetyleringen, så transkriptionel aktivitet
nukleosomerne genpakkes

Fra F12:

Heterokromatin = mindre
transkriptionel aktivitet
Eukaryoter Læringsmål 6

Methylering af DNA’et
• Regulering specifikt under differentiering af celler
• Cytosin-rester i DNA’et kan methyleres af DNA
methyltransferases (DNMT)  5-methylcytosin
• I CG-rige områder af genomet (CG-øer), ofte i nærheden af en
promoter-region
• Gener, der er methylerede, er mindre aktive
• Forskellige gener inaktiveres af methylering i forskellige
celletyper og alt efter køn (genomic imprinting)
• Prader-Willi og Angelman syndromer: Deletion af samme DNA-
sekvens, men forskellige symptomer alt efter, om det nedarves
fra faren eller moren  skyldes forskellig methyleringmønster/ 5-methylcytosine
genregulering alt efter hvilket køn det raske kromosom
nedarves.
Deletion fra fader Deletion fra moder
Eukaryoter Læringsmål 4/5

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 4/5

Regulering af transkription -
basalt
• Det basale
transkriptionskompleks:
• RNA polymerase II
• Generelle
transkriptionsfaktorer
(TFII faktorer)

• Nogle gener behøver

kun det basale kompleks
– kontinuerligt udtrykt
Eukaryoter Læringsmål 4/5

Regulering af transkription -
specifikt
• DNA kontrol-regionen
kan også indeholde
regulatoriske sekvenser,
der er specifikke for
genet
• Kan øge transkriptionen
>1000 fold for specifikke
gener eller hæmme helt
• Kræver specifikke
transkriptionsfaktorer,
der binder direkte til
DNA’et
• Coaktivatorer
/repressors og mediator-
proteiner binder ikke
direkte til DNA’et – kan
være specifikke eller mere
Eukaryoter Læringsmål 3/5

Eksempel: Thyroid hormon-receptor

mekanisme
Fra F8:
Eukaryoter Læringsmål 3/5

Eksempel: Thyroid hormon-

receptor mekanisme
Histon-deacetylase
- RXR kan danne dimer med
mange forskellige nuklear
receptorer  påvirker regulering
af forskellige gener i cellen
- Heterodimer med tom thyroid
hormon receptor (TR)
- Binder co-repressor- Thyroid
kompleks med HDAC Hormone
aktivitet og hæmmer
transkription
Histon acetyltransferase
- Når thyroidhomon T3
binder til TR, binder co-
aktivator-kompleks med
HAT aktivitet, som
stimulerer transkription
Eukaryoter Læringsmål 3/5

Eksempel: Steroid-hormon transkriptionsfaktorer

Fra F8:
- Steroid-hormoner (fx cortisol) binder til
intracellulær hormon-receptorer (GR),
hvilket frigiver receptoren fra HSP
- Dimeriserer og binder til DNA-sekvens GRE
glucocorticoid respons element (GRE)
- Mediator-proteiner (co-aktivatorer) binder
både glucocorticoid receptoren (GR) og det
basale transkriptionskompleks
Eukaryoter Læringsmål 7

Mængde,
lokalitet og
aktivitet af
transkriptions
-faktorer Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 7

Vækstfaktorer, cytokiner, polypeptidhormoner

Regulerer transkriptionsfaktorer
igennem fosforylering
Eukaryoter Læringsmål 3

Amplificeret genudtryk
• Samme transkriptionsfaktor kan
påvirke alle gener, der indeholder et
fælles respons element – gener
udtrykkes simultant
• Produktet fra et signal kan fungere
som aktivator for en række andre
gener – transkriptionel kaskade,
hvor signalet amplificeres

Fra F8:
Eukaryoter Læringsmål 9/11/12

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 9/11/12

Post-transkriptionel processering af RNA

– Alternativ splicing
- pre-mRNA skal processeres til det modne mRNA
- Dette involverer splicing, hvor intron klippes ud og exons sættes sammen
- Ved alternativ splicing kan forskellige genprodukter opstå ved at kombinere
forskellige exons
Eukaryoter Læringsmål 9/11/12

Post-transkriptionel processering af RNA – RNA editing

- Ændring af base efter transkription (fx deaminering)

DNA

ApoB100 ApoB48
Eukaryoter Læringsmål 9

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 9

Regulering på translationsniveau
Fra F12:

Regulering af initieringskomplekset
igennem initieringsfaktorer

Eksempel:
- Reticulocytter (røde blodlegemer
precursors) – har ingen kerne,
derfor ingen regulering på
transkriptionelt niveau
- Hæm stimulerer translation af
globin mRNA
- Forhindrer fosforylering af
eIF2 via hæm-reguleret
inhibitor kinase
- Når eIF2 ikke er fosforyleret,
øges translationen
Eukaryoter Læringsmål 9/10

Niveauer af regulering i eukaryoter

Nedbrudt
mRNA

Kromatin- Kontrol af mRNA-

Kontrol af bearbejd- Kontrol af nedbrydning
remodeling mRNA
transkription ning af transport (mRNA-
Methylering Polymerase- og lokalitet Aktivitets
RNA stabilitet)
binding -kontrol

Inactive
DNA Pre-mRNA mRNA mRNA
mRNA
Kontrol af
translation

Kontrol af protein
lokalitet og Protein Protein
Nukleus transport

Kontrol
af
Kontrol af protein-
nedbrydning af aktivitet
protein

Nedbrudt
protein
Eukaryoter Læringsmål 8/9/10

Regulering på translationsniveau
- Micro-RNA kontrol og RNA interferens
- miRNA – Små stykker RNA kodet for i genomet
- Transkriberes og pre-miRNA modificeres i kernen via RNA-specifikke endonukleaser
- Interagerer med RNA endonukleasen Dicer i cytosol hvorved modent miRNA dannes
- Guide strand fra miRNA bindes til RISC (RNA-induced silencing complex)
- Binder target mRNA og inducerer nedbrydning eller blokerer translation

To mulige effekter:
- Høj homologi mellem
guide strand og mRNA 
Ribonucleasen argonaut
nedbryder mRNA
- Lav homologi 
blokering af translation

Dele af genomet, der ikke

koder for proteiner. Kan også
være introns
Eukaryoter Læringsmål 8/9/10

Regulering på translationsniveau
- RNA interferens
Dette princip udnyttes i
genteknologi:
- Med RNAi kan man slå et gen
ned i kortere eller længere
perioder og studere effekten

- Forskel på siRNA og miRNA:

- miRNA kodes i genomet,
mens siRNA tilføres
udefra, fx igennem optag
af en vektor
- siRNA har ofte perfekt
match, mens miRNA kan
interagere med flere
forskellige mRNA-
sekvenser
 Læringsmål 9/10

Regulering af stabiliteten af mRNA

• Levetiden af mRNA har

betydning for, hvor meget
protein, der kan produceres
• Beskytter mod nedbrydning:
• Poly-A tail (jo kortere,
desto ældre mRNA)
• Specifikke proteiner kan
binde og beskytte
Opgave
Et protein bliver ikke produceret i en specifik
eukaryot-celle. I cellen kan man dog finde mRNA i
cytosol kodende for proteinet. På hvilket af følgende
niveauer er udtrykket af dette protein hæmmet?

a) Epigenetisk
b) Transkriptionelt
c) Hormonel regulering af transkriptionsfaktorer
d) Forarbejdning af pre-mRNA
e) Translationelt
Opsummering
• I prokaryoter er reguleringen mere simpel, gener
samles i operons
• Mange niveauer af regulering i eukaryoter:
• Kromatin-modulering og DNA-methylering
• Transkriptionsfaktorer og mediatorer under kontrol af
fx hormoner
• Translation
• mRNA levetid