Beliau dilahirkan dalam tahun1838diTeluk Belanga,Singapura,dan mendapat pendidikanMelayu dan Inggeris. Beliau adalah berketurunan Bendahara Paduka Raja Johor dan BendaharaKerajaan Melaka.
Kerjaya
Beliau mulai berkhidmat dengan kerajaan negeri Johor ketika berumur 16 tahun, sebagai PelatihKerani di Pejabat Menteri kepada Temenggung Ibrahim. Dalam tahun 1856 beliau telah dilantik sebagai Kerani Besar di Pejabat Menteri, dan kemudiannya beliau terus memangku jawatanDato' Menteri sehingga tahun 1882, dan kemudian terus dilantik sebagai Menteri Besar Johor oleh Maharaja Abu Bakar.
Perlantikan Datuk Jaafar bin haji Muhammad sebagai Menteri Besar ini adalah merupakan peristiwa bersejarah bagi negeri Johor, kerana inilah julung-julung kalinya seorang MenteriBesar dilantik dalam pentadbiran kerajaan Johor.Beliau adalah pengiring Maharaja Abu Bakar dalam lawatan pertamanya ke Eropah pada tahun1866. Ketika memegang tugas sebagai Menteri Besar, beliau pernah memangku tugas SultanJohor untuk menjalankan pentadbiran negeri, ketika baginda keluar negeri. Pada tahun 1904 beliau telah dilantik oleh Sultan sebagai Pemangku Raja.Tugasnya yang terpenting ialah memimpin negeri serta menjalankan pentadbiran negeri. Beliauadalah seorang yang berani dan bersemangat waja dalam menjalankan tugasnya.
Sumbangan
Semasa beliau menjadi Menteri Besar dari tahun 1882 hingga1919, semua pegawaiBritishyang berkhidmat di Johor diwajibkan memakai pakaian rasmi kerajaan Johor. BenderaUnion Jack ,iaitu bendera kerajaanBritish, tidak boleh dikibarkan lebih tinggi daripada bendera negeri Johor.Di samping itu, semua surat-menyurat mestilah ditulis dalamBahasa Melayu.Bagi mengenang jasa dan bakti beliau kepada kemajuan negeri Johor, baginda Sultan telahmenganugerahkan Darjah Seri Paduka Mahkota Johor (SPMJ) kepada beliau. Beliau jugadikurniakan Darjah Ketiga Bintang St. Michael dan St. George oleh Queen Victoria England.
Meninggal Dunia
Beliau meninggal dunia pada tahun3 Julai1919dan telah dikebumikan dengan penuh istiadat diMakam Mahmoodiah, Johor Bahru, Johor.Sebuah sekolah iaitu "Sekolah Menengah Kebangsaan Dato Jaafar" telah ditubuhkan di sebelahIstana Bukit Senyum iaitu kediaman Dato Jaafar sempena jasa dan sumbangan beliau kepadaJohor.