3D struktura proteina

- projekat iz predmeta Dinamika stanice -

Sarajevo, decembar 2015.

Sadraj

3D struktura proteina

1. Uvod
Proteini su linearni polimeri izgraeni od aminokiselina kao monomera. Na osnovu
specifine aminokiselinske sekvence formiraju trodimenzionalne strukture koje definiu i
njihovu funkciju.
2

3D struktura proteina

Da bi opa trodimenzionalna struktura proteina omoguila proteinu da funkcionie u eliji

ili u vanelijskoj sredini u tijelu, moraju da budu ispunjeni odreeni uslovi. Prvi uslov je da
mora da bude stvoreno mjesto vezivanja namijenjeno samo jednoj molekuli ili grupi molekula
sa slinim strukturnim osobinama. Specifina mjesta vezivanja na proteinu najee definiu
njegovu ulogu. Trodimenzionalna struktura mora imati i odreeni stepen fleksibilnosti i
rigidnosti koji odgovara njenoj funkciji. Odreena doza rigidnosti je neophodna za stvaranje
mjesta vezivanja i stabilnu strukturu (tj. protein koji se mrda na sve strane ne moe da
obavlja svoju funkciju. Fleksibilnost i mobilnost strukture omoguavaju proteinu da se savija
dok se sintetie i da se prilagodi dok vezuje druge proteine i male molekule.
Trodimenzionalna struktura mora imati povrinu koja odgovara njegovom okruenju (npr.
citoplazmatski proteini moraju da zadre polarne aminokiseline na svojoj povrini da bi ostali
rastvorljivi u vodenoj sredini). Osim toga, konformacija mora da bude stabilna, sa malom
tendencijom ka ponovnom savijanju u oblik koji ne moe da ispuni svoju funkciju ili koji bi
se precipitirao u eliji. Na kraju protein mora imati takvu strukturu, koja se moe degradirati
kada je oteen ili kada eliji vie nije potreban.

2. Razrada
U pogledu strukturnog aranmana proteina, moemo govoriti o etiri nivoa strukture:
primarna, sekundarna, tercijarna i kvaternarna konfiguracija.

3D struktura proteina

2.1. Primarna struktura proteina

Primarna struktura proteina predstavljena je sekvencom lanca aminokiselina koje ga
izgrauju. Dvadeset vrsta najeih aminokiselina predstavlja gradivne blokove proteina.
Niz aminokiselina povezanih peptidnim vezama ine polipeptidni lanac. Krajevi
polipeptidnog lanca se razlikuju na jednom kraju nalazi se aminokiselina sa slobodnom
karboksilnom grupom (karboksi- ili C-terminus), a na drugom kraju lanca aminokiselina sa
slobodnom amino-grupom (amino- ili N-terminus). Sinteza polipeptida se vri dodavanjem
aminokiselina na C-terminus lanca, a sekvenca aminokiselina uvijek se pie poevi od
amino-kraja. Polipeptidni lanci mogu sadravati 10-10000 aminokiselina. U prirodi se
najee udruuje 50-2000 aminokiselina takve polipeptidne lance nazivamo proteinima.
Peptidi (ili oligopeptidi) se sastoje od svega nekoliko aminokiselina.
Kao znaajnu godinu u historiji istraivanja proteina treba istai 1953. godinu kad je
biohemiar Frederick Sanger, uspjenim sekvenciranjem inzulina, pokazao da proteini imaju
precizno definiranu aminokiselinsku sekvencu. Do danas su poznate sekvence vie od 100
000 proteina. Slijed aminokiselina u proteinu je genetiki determiniran. Genetike mutacije
koje dovode do promjene u primarnoj strukturi, odnosno redoslijedu aminokiselina (ak i
kada je u pitanju samo jedna aminokiselina u cijelom lancu) mogu utjecati na funkciju samog
proteina i uzrokovati ozbiljna oboljenja.
Primjera radi, jedno od takvih oboljenja je srpasta anemija, teak genetiki poremeaj koji
je posljedica zamjene samo jedne aminokiseline u beta-lancu hemoglobina. U ovom
patolokom stanju na poziciji est beta-lanca hemoglobina, umjesto glutaminske kiseline
nalazi se valin. Ovo je dovoljno da dovede do promjene u strukturi hemoglobina i oblika
eritrocita koji postaju fragilni, to u konanici dovodi do anemije i ima posljedice na itav
organizam.
ta nam mogu omoguiti saznanja o aminokiselinskoj sekvenci proteina:
o predvianje trodimenzionalne strukture proteina
o dobijanje novih saznanja o molekularnoj patologiji
o dobijanje novih saznanja o molekularnim dogaajima u evoluciji ivog svijeta
o primjena u molekularnoj paleontologiji
o otkrivanje naina djelovanja proteina (posebno vano za poznavanje mehanizma
djelovanja enzima)
o dobijanje novih proteina modifikacijkom sekvence poznatih.

2.2. Sekundarna struktura proteina

Sekundarna struktura proteina nastaje kada se ostvare bone veze izmeu aminokiselina u
lancu, u emu kljunu ulogu imaju vodikove veze. Vodikova veza je slabi tip veze s malom
energijom, ali ipak velikim uinkom u stabilizaciji sekundarnih struktura. Uspostavlja se na
malom rastojanju (oko 0,26 nm) izmeu vodika i neke negativno nabijene grupe. Dvije
4

3D struktura proteina

regularne sekundarne strukture su -heliks i -nabori. Ovo su ujedno i najstabilnije proteinske

strukture i zahtijevaju najmanju koliinu energije za svoje odranje. Opisane su davne 1951.
godine kada je ostvaren i prvi znaajan napredak u razumijevanju strukture i funkcije
proteina.
2.2.1. -heliks
-heliks ili alfa uzvojnica je uobiajeni element sekundarne strukture globularnih proteina,
domena proteina koji se prostiru kroz membranu i proteina koji vezuju DNK.
Alfa uzvojnica je predstavljena desno-orijentiranom spiralom i nastaje kada se dio
polipeptidnog lanca uvija oko svoje ose. Vodikova veza, koja stabilizira ovu strukturu,
ostvaruje se na sljedei nain: atom vodika povezuje CO-grupu jedne peptidne veze sa NHgrupom etvrte aminokiseline u aminokiselinskoj sekvenci proteina. Dakle, veze se ostvaruju
na tano odreenim intervalima.
2.2.2. -nabori
-nabori ili beta-sheet struktura je, takoer, stabilizirana vodikovim vezama. Meutim, u
ovom sluaju te veze se ostvaruju izmeu dva dijela polipeptidnog lanca koji lee jedan do
drugog. Beta-nabrane ploe mogu biti paralelne (dijelovi polipeptidnog lanca idu u istom
smjeru) ili antiparalelne (dijelovi polipeptidnog lanca idu u suprotnim smjerovima), ali i
mjeovite (u kojima se smjenjuju paralelni i antiparalelni lanci).

2.3. Tercijarna struktura

Tercijarna struktura jeste prostorni aranman u kojem dolazi do stvaranja sekundarnih
veza izmeu bonih ogranaka udaljenih aminokiselina, iz razliitih regija u primarnoj
sekvenci. est tip ovakvih veza je disulfidna veza koja se javlja izmeu aminokiselina sa
sumporom u svom sastavu (npr. disulfidna veza izmeu dva cisteina). U tom smislu,
cisteinska sulfhidrilna grupa ima vanu ulogu u stvaranju bonih disulfidnih veza.
U veini sluajeva, spomenute sekundarne strukture se savijaju u globularne. Neki
polipeptidni lanci odlikuju se prisustvom dvije ili vie kompaktnih globularnih jedinica
takozvanih strukturnih domena, ija se veliina kree 30-400 aminokiselinskih ostataka. esto
se deava da mnogi proteini imaju sline strukturne domene, iako se razlikuju u tercijarnoj
strukturi.
Najvei broj proteina plazme, mlijeka i drugih biolokih tenosti su globularni i oni esto
sadre nekoliko tipova sekundarne strukture. Povezivanjem polipeptida u due lance ili
vlakna nastaju fibrilarni proteini (uglavnom se sastoje od jednog tipa sekundarne
strukture).Oni imaju nizak stepen spiralizacije i uglavnom ulaze u sastav vezivnog tkiva.
Fibrinogen plazme, takoer, ima fibrilarnu strukturu.
Mnoge alpha-helix i beta-sheet strukture su amfipatine imaju i hidrofilni i hidrofobni
dio. Prilikom udruivanja u tercijarnu strukturu, grupe se rasporeuju tako da su hidrofobne u
unutranjosti molekule, dok hidrofilne zauzimaju vanjski dio koji je izloen dodiru sa
otopinom. Nesparene peptidne CO i NH grupe, takoer, preferiraju vodenu sredinu u odnosu
na nepolarnu, pa e se nai na vanjskom dijelu molekule. Ovakav raspored via se kod
5

3D struktura proteina

proteina u vodenoj otopini, ali je on drugaiji kod proteina u hidrofobnoj sredini na primjer,
kod proteina membrane. U ovom sluaju, hidrofobne grupe su s vanjske strane (u
hidrofobnom okruenju membrane), dok su hidrofilne grupe u unutranjosti proteina, odnosno
u proteinskom kanalu kroz koji se vri transport tvari i prolazak vode.
Primjeri proteina tercijarne strukture su npr. RubisCo (enzim ribulozo-bifosfatkarboksilaza koji ima kljunu ulogu u procesu fotosinteze i apsorbira sunevu energiju),
mioglobin (nosa kisika u miinom tkivu), albumin (protein plazme koji djeluje kao pufer i
ima vanu ulogu u transportu razliitih materija hormona, lijekova, masnih kiselina) i slini
proteini.

2.4. Kvaternarna struktura

Kvaternarna struktura je najvii nivo organizacije proteina. To je kompleksna,
trodimenzionalna struktura koja nastaje udruivanjem dva ili vie polipeptidnih lanaca. Svaki
polipeptidni lanac u ovom sluaju postaje podjedinica proteina. U tom smislu se pojam
kvaternarne strukture odnosi na kompleksnu interakciju i uglavnom nekovalentno povezivanje
polipeptidnih podjedinica.
Za opisivanje strukture podjedinica koristi se vie termina. Prefiks homo- ili heterokoristi se za opisivanje identinih ili razliitih podjedinica, proteina sa dvije, tri ili vie
podjedinica. Protomer je strukturna jedinica sastavljena od neidentinih pojedinica. Nasuprot
tome, F-aktin je oligomer, multisubjedinini protein sa vie podjedinica. Termin multimer
se ponekad koristi vie kao generiki naziv za komplekse sa vie podjedinica razliitih tipova.
Najjednostavniji oblik kvaternarne strukture je dimer koji se sastoji od dvije identine
podjedinice. Sloeniji oblik ove organizacije vidi se u strukturi hemoglobina koji se sastoji od
dvije i dvije subjedinice, te je u tom smislu ova molekula tetramer.
Neki proteini koji imaju kvaternarnu strukturu mogu se povezati i udruiti u jedan vid
takozvane suprakvaternarne strukture (na primjer, makroglobulini krvne plazme). Proteini se,
takoer, mogu povezati i s neproteinskom komponentom. Takav kompleks oznaava se
terminom holoprotein pri emu se proteinska komponenta naziva apoproteinom, a
neproteinska prostetikom grupom.

Vano je istai da sekundarni, tercijarni i kvaternarni nivo organizacije proteina ovisi o

specifinosti hemijskih sekvenci njihovih monomera (podjedinica) aminokiselina. Ovo je
50-ih godina 20. vijeka eksperimentalno pokazao Christian Anfinsen prouavajui enzim
ribonukleazu: ukoliko se denaturirani proteini ponovo smotaju u aktivnu, trodimenzionalnu,
nativnu konformaciju (to se deava prilikom blage inkubacije), enzim ponovo dobija svoju
katalitiku funkciju. Ova nativna struktura zapravo odgovara termodinamiki najstabilnijem
stanju u normalnim, fiziolokim uslovima, a odreena je interakcijama meu
aminokiselinama koje ine dati protein. Prema tome, konformacija proteina ovisi o
pravilnostima njegove trodimenzionalne strukture i organizacije.