Kako molekuli vide jedni druge

Kako molekuli vide jedni druge

ili molekulsko prepoznavanje

 Medjumolekulske interakcije

 U molekulima – kovelentne veze

 Izmedju molekula – nekovalente interkacije
 Medjumolekulske interakcije

 Dipol – dipol interakcije

 Dipol – indukovani dipol
 Trenutni dipol – indukovani dipol (diperzione
interakcije, Londonove sile)
Medjumolekulske interakcije
 Medjumolekulske interakcije

Jačina interkacija

Kovalentne veze 40-160 kcal-mol

Dipol-dipol interakcije 1-10 kcal-mol

Vodonične veze 1-10 kcal-mol
Disperzione interakcije 0-1 kcal-mol
 Medjumolekulske interakcije

 Definišu osobine tečnosti i čvrstih supstanci

 Medjumolekulske interakcije
Vodonične veze

Led i voda
 Vodonične veze

Temperature ključanja
 Medjumolekulske interakcije
Vodonične veze

Najlon
 Medjumolekulske interakcije
Steking interakcije

Grafit
 Medjumolekulske interakcije
Steking interakcije

Grafen
 Prepoznavanje molekula

 Kako molekuli izgledaju?

 Kako molekuli “vide” jedni druge?

Prepoznavanje molekula
Kako molekuli izgledaju?
Prepoznavanje molekula
Kako molekuli izgledaju?
Prepoznavanje molekula
Kako molekuli izgledaju?
 Prepoznavanje molekula

 Kako molekuli “vide” jedni druge?

 Elektrostatički potencijal – u vezi sa raspodelom

elektronske gustine u molekulima
Elektrostatički potencijal benzena
Benzen nema dipolni momenat.
Benzen je nepolarna supstanca?
 Katjon- interakcije benzena

K+    H2O 18 kcal/mol

K+    C6H6 19 kcal/mol
Elektrostatički potencijal
Elektrostatički potencijal
Elektrostatički potencijal i vodonične
veze
Elektrostatički potencijal i vodonične
veze

(a) H2O∙∙∙OH2, (b) [ZnCl2(H2O)2] (c) [ZnCl(H2O)3]+1 (d) [Zn(H2O)4]+2

 Jačina vodoničnih veza

 Vodonične veze značajno jače kad je voda

koordinovana za jon metala.

 Kad se jon metala rastvori u vodi on je okružen

molekulima vode – akva kompleks

 Joni metala u vodi dovode do jačih vodoničnih veza

Korelacija elektrostičkog potencijala i
jačine vodonične veze
 Elektrostatički potencijal

Korelacija elektrostatičkog potencijal i jačine vodonične

veze:
na osnovu elektrostatičkog potencijal se moze predvideti
jačina vodonične veze.

Da li je elektrostatički potencijal u korelaciji sa dužinama

veza iz kristalnih struktura?
Jača vodonična veza - kraća rastojanja
 Podaci iz kristalografske
banke

Kristalografska banka podataka sadrži ogroman

broj kristalnih struktura, preko 800 000

Pretraživanjem podataka smo dobili

preko 20 000 vodoničnih veza
Vodonične veze
slobodne, nekoordinovane voda

Vodonične veze
vode u oktaedarskim kompleksima

Vodonične veze
vode u tetraedarskim kompleksima
Veće pozitino naelektrisanje,
jače interakcije,
kraća rastojanja
 Elektrostatički potencijali

Elektrostatički potencijali su u skladu sa

eksperimentalnim podacima iz kristalnih struktura:

veće pozitivno naelektrisanje – kraća rastojanja

 Steking aromatično-aromatične interakcije
Benzen-benzen interakcije

Analiza kristalnih struktura iz Kembričke banke strukturnih

podataka
d < 6.0 Å
R < 4.0 Å.

1824 benzen-benzen kontakata je pronađeno

Paralelne aromatično-aromatične interakcije
Benzen-benzen interakcije

N 600
500

400

300

200

100

0
0- 0.5- 1.0- 1.5- 2.0- 2.5- 3.0- 3.5- 4.0- 4.5- 5.0- 5.5-
0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0
r (Å)
 Benzen-benzen interakcije
Ab initio (B2PLYP-D) proračuni

Izračunate vrednosti energije (ΔE)

Benzen-benzen interakcije
Ab initio (B2PLYP-D) proračuni

Razlika u energiji nije velika (2,8 i 2,0 kcal/mol),

70% energije interakcije postoji na velikim ofsetima

N 600
500

400

300

200

100

0
0- 0.5- 1.0- 1.5- 2.0- 2.5- 3.0- 3.5- 4.0- 4.5- 5.0- 5.5-
0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0
r (Å)
 Benzen-benzen interakcije
CSD – paralelni benzeni su na velikom ofsetu (4,5 -5,5 Å) i nisu na
ofsetima gde je minimum 1,5-2,0 Å.

Ovo je uticaj okruženja u kristalnim strukturama

kristalna struktura benzena BENZEN03

Benzen-benzen interakcije

Razlika u energiji nije velika (2,8 i 2,0 kcal/mol),

70% energije interakcije postoji na velikim ofsetima

Zašto su interakcije na velikim ofsetima

relativno jake?
Elektrostatički potencijal benzena
Elektrostatički potencijal benzena

2.0 kcal/mol
Elektrostatički potencijal benzena

2.8 kcal/mol
 Prepoznavanje molekula
Elektrostatički potencijali

Elektrostatički potencijali mogu da objasne i predvide

medjumolekulske interakcije benzena
i vodonične veze

Elektrostatički potencijali igraju značajnu ulogu u

molekulskom prepoznavanju
 Nekovalentne interakcije:
od molekula do života
Ćelije su izgradjene od molekula
Ћелије су изграђене од молекула
Vodonične veze u proteinima
 Vodonične veze u proteinima

Nekovalentne interakcije, kao što su vodonične veze,

steking i druge su odgovorne
za sekundarnu, tercijarnu i kvaternarnu strukturu proteina
Vodonične veze u DNK
Vodonične veze u DNK
Steking interakcije u DNK
Prepoznavanje proteina
Prepoznavanje proteina
Protein obmotan oko DNK u procesu
replikacije
 Interakcije lekova i receptora

A-H1N1 grip: A-H1N1 neuraminidaza u interakciji sa lekom

Relenzom