Molekularna biofizika

Seminar 1

Nekovalentne interakcije
Natalia Mrnjavac
nmrnjavac@chem.pmf.hr
ZFK, soba 220
1. DNA sekvenca ima informacijski kapacitet od
200 bita. Koliko parova baza sadrži ta sekvenca?
2. Koliko se različitih tetrapeptida može složiti od
6 različitih aminokiselina?
3. Optimalna udaljenost za van der Waalsove
interakcije između dva karbonilna ugljika je
0,353 nm. Energija ove interakcije je -20,78
kJ/mol.
a) Izračunajte parametre A i B za Lennard-
Jonesov 6-12 potencijal koji se koristi za opis
van der Waalsovih interakcija.
b) Izračunajte energije interakcije na 0,33 nm
i na 0,4 nm koristeći rezultate pod a).
4. Dipolni moment peptidne veze iznosi 3,7
Debye u vodi. Izračunajte dipol-dipol interakciju
između dvije peptidne veze u vodi uz
pretpostavku da su veze u istoj ravnini, nisu
kolinearne, ali jesu antiparalelno orijentirane, te
su udaljene 5 Å.
(1 Debye = 3,33564 x 10-30 Cm; ԑr = 78,5; ԑ0 = 8,85 x 10-12 C2/Jm)