ЕЛЕКТРОСТАТИЧКИ ПОТЕНЦИЈАЛ

МОЛЕКУЛА
• Сви процеси који се дешавају између молекула
(реакције, везивање (лекови, хрматографија) започињу
процесом препознавања.
• Препознавање се дешава на релативно великим
растојањима а онда следи грађење интерагујућег
комплекса.
•
• За препознавање је пресудно 3Д електростатичко поље
молекула.
• Друге карактеристике (поларизабилност, хидрофобност)
играју улогу кад се молекули већ приближе.
• Када се молекули приближавају почетни контакт су
електростатичке интеракције које су дугог домета.
• Интеракције између молекула су
• Електростатичке, индуктивне и дисперзионе.
• Електростатичке иземђу поларних молекула
(наелектрисаних, или молекула са диполом) (опада са
r2)
• Индуктивне између поларних и неполарних молекула
• Дисперзионе између неполарних молекула (опада са r6)

• Електростатичке интеракције – привлачне и одбојне

• Нековалентне интеракције су јаке између (делимично)
наелектрисаних делова молекула.

• Услед наелектрисања (делимичног) 3D електростатичко

поље постоји око молекула.
• МЕП
• Електростатичко поље – енергија интеракције између
расподеле наелектрисања у молекулу и тачке
позитивног наелектрисања у простору око молеула.

• МЕП – одређује се на основу електронских својстава

(расподеле наелектрисања).

Расподела наелектрисања се добија:

• дифракцијом Х – зрака
• квантно механичким прорачунима
 Парцијална наелектрисања атома
• Парцијална наелектрисања атома –
наелектрисање приписано центрима
појединачних атома – нису ,,опсервабле” –
међутим, има смисла ако се може
употребити за корелисање или предвиђање
особина молекула.

• Зашто парцијална наелектрисања нису

опервабле?
Израчунавају се:
• Тополошком методом
• Из Ψ – популациона анализа
• на основу МЕП

• Тополошки метод – јако брза

-На основу електронегативности атома и топологије (не 3D
структуре)

• Квантно механички метод (из Ψ)

- популационом анализом (Миликен (зависи од базног
скупа) и natural population analysis (НПА)
• Фитовањем (подешавањем) МЕП
(најтачнији метод)

• Проверавање парцијалних наелектрисања –

израчунавање диполних момената молекула и
упоређивање са експерименталним Д.М.

• Међутим, диполни моменти зависе од

конформације, па постоје проблеми у поређењу са
експерименталним подацима. Зато се пореде са
израчунатим диполним моментима на основу Ψ.
Парцијална наелектрисања се користе:
• у ММ
• за израчунавање МЕП
( за мале молекуле се израчунају парцијална
наелектрисања, па се наелектрисања типична зa
неке групе користе за макромолекуле
(протеине), и на основу њих се израчуна МЕП. )

Поређење молекула:
• на основу парцијалних наелектрисања
• на основу 3D расподеле наелектрисања
(најбољи начин)
 Парцијална наелектрисања?

Crveno > 20, zuto 20–10, zeleno 10–0, plavo negativno

Израчунавање МЕП:
• директно из квантно механичке Ψ (најбоље и
најспорије)
• из парцијалних наелектрисања

• МЕП – значајно за молекулско моделовање –

за анализу и предвиђање молекулских
интеракција

Коришћење за препознавање лекова:

• Молекули који имају сличан облик и сличан

МЕП ће се везивати за исти рецептор
 Визуализација МЕП-а

• 3Д визуеилизација је повезана са
површинама молекула
• Van der Waals –ова површина

• На тај начин се добија облик молекула и

елeктростатички потенцијал
• облик молекула и елeктростатички
потенцијал
 Приказивање особина молекула на
молекулској површини
• Поларност, хидрофобност, водоничне везе

Хидрофобност
Шта је то?
• Углавном енторпија – везивањем малог молекула за
протеин руши се мрежа водоничних веза које
постоје између молекула воде
• Углавном се занемарује, јер је тешко за
моделовање, међутим игра значајну улогу у
везивању лекова за рецептор
 Хидрофобност

• Може да се моделује као емпиријски фактор

• Емпиријски може да се одреди партициони
коефицијент (лог П) за моликул између воде и неког
неполарног органског растварача. Тај
екпериментални податак се може претворити у
константе хидрофобности фрагмената. Укупна
хидрофобност (великог) молекула може се добити
сабирањем ових констатни за поједине групе. Данас
постоји много података о овим константама
хидрофобности фрагмената.
• Међутим, ово је само делимично описивање
хидрофобности.
• Константе хидрофобности фрагмената се могу
употребити за 3Д приказивање хидрофобности.
• За свако атом се дефинише поље, али се морају
узети у обзир и електростаричке интеракције
(изражене преко параметара), дакле и
хидофилност. На тај начин се добија хидропатско
поље.
• Може да се користи за генерисање особине
молекула (протеине) чија структура није одређена,
а може да се користи и за молекуле којима је
позната структура.

• Конформације молекула – могу да буду различите у

различитим окружењима
 Фармакофоре

• Делови молекула који су пресудни за везивање за

рецептор

• 3Д структура рецептора може бити позната, али и не

мора

• Поређење молекула, али можда нису цели молекули

битни

• Водоничне везе, ароматичност

• За све активне супстанце мора бити утврђено да се
везују за исто активно место.
Директно дизајнирање лекова – Шта је то?

Индиректно дизајнирање лекова:

Методе за суперпозиционирање молекула

• Метода најмањих квадрата за суперпозиционирање
појединих атома.
• Могу да се пореде растојања између појединих
фармакофора (група) у молекулу.
• Различите конформације молекула – сви подаци
• Суперпозиционирање поља молекула
• МЕП, хидропатско поље

• Технике за упоређивање молекула поља молекула су

познате.
• Омогућавају поређење молекула који нису слични