‫קורס "מעבדה בגנטיקה מולקולרית" (‪)134120‬‬

‫אפיון מוטנטים ביוכימיים בשיטות ביולוגיה מולקולרית‬

‫שאלות לדו"ח מכין‬
‫בדו"ח מכין זה עליך לחפש מידע בפרוטוקול הנתון ‪,‬ובנוסף עליך לחפש מידע במקורות מהימנים )מאמרים‬
‫או אתרים מהימנים) תוך ציון ביבליוגרפיה‪ .‬חיפוש ברשת ייעשה ע"י הכנסת מילות מפתח‪ .‬לחלק‬

‫מהחומרים ישנם יותר מתפקיד אחד ועל כן‪ ,‬בכדי להגיע לתשובה המתאימה לשימוש שלנו במעבדה‪ ,‬יש‬

‫להכניס מספר מילות מפתח הכוללות את החומר‪ ,‬השיטה‪ ,‬שלב ההפקה וכו'‪ ...‬לדוגמה ‪yeast+DNA+EDTA‬‬

‫‪ .‬כמו כן ניתן לחפש במאגרי מידע מאמרים בנושא ‪.extraction of genomic DNA from yeast‬יש‬

‫למצוא מקור המסביר את הפרוטוקול שתבצעו במעבדה ועל החומרים שנשאלתם לגביהם בדו"ח המכין‬

‫בהקשר הדרוש מהפרוטוקול‪ .‬יתכן שלחומר יהיו שימושים שונים בשלבים שונים של הפרוטוקול‪.‬‬

‫יש להגיע לשבוע השני של המעבדה עם החישובים הנדרשים בטבלה ‪.2‬‬

‫‪.1‬‬
‫מה היא מטרת המעבדה?‬ ‫א‬
‫‪.‬‬

‫אפיון מולקולרי של גנים מוטנטים‪________________________________________ .‬‬

‫____________________________________________________________________________‬

‫____________________________________________________‬
‫תרשמו היפותזה שמתייחסת לסוג המוטציה הקיימת באחת מהגנים‪.‬‬ ‫‪.‬‬ ‫ב‬

‫המוטציה שנמצאת בגן ‪ HIS3‬היא מוטציית חסר‪_____________________________.‬‬

‫____________________________________________________________________________‬

‫____________________________________________________‬
‫________________________________________________________________‬

‫‪ .2‬הסבר בקצרה את עקרונות העבודה שיעזרו לכם להשיג מטרות אלו‪.‬‬

‫כדי לאפיין את הגנים המוטנטים נצטרך להגביר אותם ב‪ ,PCR‬כדי שתתקבל כמות מספקת של‬

‫הגנים המוטנטים והגנים מזן הבר‪ .‬לאחר מכן נבדוק למוטציות חסר לפי הרצה בג'ל והפרשי גודל‪.‬‬
‫את הגנים המוגברים לאחר מכן נרצף ונזהה את המוטנטים‪____________.‬‬

‫____________________________________________________________________________‬
‫____________________________________________________________________________‬
‫____________________________________________________________________________‬
‫____________________________________________________________________________‬
‫____________________________________________________________________________‬

‫____‬

‫‪ .A‬הפקת ה‪:DNA-‬‬

‫‪ .3‬מדוע אנו מפיקים ‪ DNA‬במעבדה?‬

‫אנו מפיקים דנ"א על מנת שנוכל לאפיין את ההבדלים בין גן הבר לגן המוטנטי____________‬
‫___________________________________________________________________‬

‫‪ .4‬מהם השלבים העיקריים בהפקת ‪?DNA‬‬

‫פירוק דופן התא‪ ,‬פירוק ממברנות התא והפרדת הדנ"א משאר החומרים בעזרת סרכוז‪______.‬‬

‫________________________________________________________________________________‬
‫________________________________________________________________________________‬

‫_________________________________________‬

‫‪ .5‬מה קורה אם ה‪ DNA-‬אינו נקי?‬

‫שיטות עבודה מולקולריות רבות משתמשות בתגובות אנזימתיות שלא יעבדו ללא הפרדת הדנ"א‬
‫ממלחים‪ ,‬חלבונים וליפידים שנמצאים בתא‪______________________________.‬‬

‫‪ .6‬הסבר לשם מה משתמשים בחומרים הבאים (המסומנים בפרוטוקול( בהפקת ה‪ DNA-‬שנבצע במעבדה‪:‬‬

‫חשוב להדגיש שחומרים אלו יכולים לשמש לתהליכים נוספים‪ ,‬ולכן בחיפוש שלכם תקשרו את התפקידים‬

‫שלהם רק להפקת ‪.DNA‬‬

‫כד אי מ אוד ל ע קו ב ב איז ה ש ל ב ב ה פ ק ת ה ‪ ( DNA‬ס עי ף ‪ )4‬ה חו מ ר מ ש מ ש‬

‫ו ב כ ך ל ר או ת ה א ם ה ת פ קיד ש מ צ א ת ם מ ת אי ם ל שי מו ש ב מ ע בד ה זו‪.‬‬

‫‪ EDTA‬בשלב ‪.1‬‬ ‫‪.a‬‬

‫‪ EDTA‬עוצר את פעילותם של אנזימים שתלויים ביוני מתכת‪ ,‬החשיבות היא עצירת פעילותם של‬

‫אנזימים מפרקים או משנים דנ"א‪______________________________________ .1‬‬

‫‪ Zymolase .b‬בשלב ‪.3‬‬
 ‫אנזים שמשמש לפירוק דופן התא‪__________________________________________.‬‬

‫__________________________________________________________________‬

‫מה שקע בשלב ‪?5‬‬ ‫‪.c‬‬

‫תאי השמר ללא הדופן __________________________________________________‬

‫__________________________________________________________________‬
‫)‪ Sodium dodecyl sulfate (SDS‬בשלב ‪.7‬‬ ‫‪.d‬‬

‫דטרגנט שמשמש לפירוק ממברנות _________________________________________‬

‫_________________________________________________________________‬

‫‪ Potassium (K) Acetate‬בשלב ‪.9‬‬ ‫‪.e‬‬

‫זהו מלח‪ ,‬משתמשים בו כדי להוריד את מסיסות החלבונים והממברנות________________‬

‫__________________________________________________________________‬

‫‪ Isopropanol‬בשלב ‪.14‬‬ ‫‪.f‬‬

‫משתמשים ב‪ Isopropanol‬כדי להשקיע דנ"א‪ .‬דנ"א פחות מסיס ב ‪ ISOPROANOL‬מאשר במים או‬

‫‪___________________________________________________2.ETHANOL‬‬

‫‪ 70% Ethanol .g‬בשלב ‪17‬‬

‫נוסיף אתנול מכיוון שכך הדנ"א יישאר כמשקע אך אתנול יותר נדיף ונוכל להפריד בין הדנ"א‬

‫לנוזל‪______________________________________________________________ .‬‬

‫‪ .B‬ריאקציית ‪:PCR‬‬

‫‪ .7‬מדוע אנו מבצעים את ריאקציית ה‪?PCR-‬‬

‫אנו מבצעים את ריאקציית ה‪ PCR‬כדי להגדיל את כמות הדנ"א שאנו רוצים לאפיין‪_______.‬‬

‫__________________________________________________________________‬

‫‪ .8‬מהם שלושת השלבים העיקריים בריאקציית ה ‪ PCR‬ומה מטרתם?‬

‫חימום‪ ,‬מחממים את התמיסה כדי לעודד דנוטורציה של הדנ"א‪____________________.‬‬

‫קירור מבוקר‪ ,‬מעודד היקשרות בין הפריימר לגדילי הדנ"א‪_______________________.‬‬

‫חימום מבוקר‪ ,‬שמעודד את פעילות הפולימראז‪_______________________________.‬‬

‫_____________________________________________________________________________‬
‫_____________________________________________________________________________‬

‫_________________________________________‬

‫‪ .9‬מהן הביקורות בריאקציית ‪ PCR‬ומה מטרתן? איזה תוצר תצפה לקבל בכל ביקורת?‬

‫ביקורת חיובית‪ ,‬ביצוע ‪ PCR‬על זן הבר‪ .‬על מנת לוודא כי ה ‪ PCR‬כראוי וכדי להשוות בין התוצרים‬

‫לתוצרי המוטנטים‪ .‬נצפה לקבל מקטע מוגבר‪_________________________.‬‬

‫ביקורת שלילית‪ ,‬ללא דנ"א‪ ,‬לוודא שאין זיהום‪ .‬נצפה לא לקבל תוצרים‪______________.‬‬
‫_____________________________________________________________________________‬

‫_____________________________________________________________________________‬
‫_________________________________________‬

‫‪ .C‬הרצת ה‪ DNA-‬בג'ל ‪:electrophoresis‬‬

‫‪ .10‬עבור מה משמשת הרצה בג'ל אגרוז עבור‪:‬‬

‫א‪ .‬דנ"א גנומי שמפיקים מהשמרים?‬

‫כדי לבדוק את איכותו ולאמוד את כמותו_____________________________________‬

‫__________________________________________________________________‬

‫ב‪ .‬מקטעי דנ"א שנוצרים בריאקציות ‪?PCR‬‬

‫כדי למצוא את אורכם‪__________________________________________________ .‬‬

‫__________________________________________________________________‬

‫‪ .11‬מהו כיוון הריצה של ‪?DNA‬‬

‫הדנ"א רץ לכיוון האלקטרודה החיובית‪______________________________________.‬‬

‫‪ .12‬ציין ‪ 3‬שימושים של מרקר במעבדה‪.‬‬

‫נשתמש במרקר כדי לאמוד את אורך מקטעי הדנ"א‪ ,‬לאמוד את כמות הדנ"א וכדי לבדוק כי הג'ל הוכן‬
‫כראוי‪______________________________________________________ .‬‬
‫_______________________________________________________________________________‬
‫_____________________________________________________‬
 ‫ביביליוגרפיה‬
1. Lopata, A., Jójárt, B., Surányi, É. V., Takács, E., Bezúr, L., Leveles, I., Bendes, Á. Á.,
Viskolcz, B., Vértessy, B. G., Tóth, J."Beyond Chelation: EDTA Tightly Binds Taq DNA
Polymerase, MutT and dUTPase and Directly Inhibits dNTPase Activity". Biomolecules. 9:
621 (2019).
2. Moore D. Current protocols in immunology. Massachusetts, USA. Massachusetts General
Hospital. 2001.