Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.

) X (1): 1-10 ISSN: 0853-6384 1

Full Paper

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PENDENITRIFIKASI YANG

DIISOLASI DARI LUMPUR KAWASAN MANGROVE

ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF DENITRIFYING BACTERIA FROM

MANGROVE SEDIMENTS

Triyanto*)♠), Alim Isnansetyo*), Irfan D. Prijambada**), Jaka Widada**),

dan Duranta D. Kembaren*)

Abstract

The aim of this research is to isolate denitrifying bacteria which have the highest activity to
reduce nitrate. The sources of the denitrifying bacteria were mangrove sediment collected
from Cilacap Regency, Central Java and Indramayu Regency, West Java. Basalt medium
containing KNO3 as a source of nitrogen was used for isolating the denitrifying bacteria.
Double layer agar was used for making anaerob condition. Fourty-one isolates were
obtained at the first step of the isolation, 29 of them have nitrate reduction activity at a range
of 0.77-95.62%. Three isolates, i.e. D19.2, DR2.1 and D27.3 having the highest activity were
selected for further examination. The selected isolates were characterized and identified.
Characterization includes colony and cell morphology, Gram staining, motility, spore staining
and biochemical tests as catalase and oxidase. Identification was done by using profile
matching to Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. The results indicate that isolate
D19.2 and D27.3 have similarities to the characters of genus Listeria, whereas isolate DR2.1
has similarities to the characters of genus Propionibacterium. All of the selected isolates
were able to grow in a medium having NaCl concentration at a range of 0.5-3.5% and pH
range of 5-8. Observation of nitrate reduction ability of the isolates during five days
incubation shows that isolate DR2.1 has the highest denitrifying activity. The selected
isolates can be used as bioremediation agents for controlling nitrate pollution in brackish
water pond.

Key words: isolation, denitrifying bacteria, mangrove sediment

Pengantar (Moss et al., 2001). Sumber eutrofikasi N

Budidaya udang di Indonesia mengalami
stagnasi sejak dekade tahun 90-an, akibat
timbulnya berbagai wabah penyakit baik
yang disebabkan oleh bakteri maupun
virus. Salah satu sebab timbulnya
penyakit pada udang adalah adanya
penurunan mutu lingkungan akibat
konversi hutan mangrove secara besar-
besaran dan eutrofikasi nitrogen (N) dari
sisa-sisa budidaya udang itu sendiri
dalam budidaya udang adalah berasal
dari pakan (pelet) 90% dan sisanya
berasal dari run off (Funge-Smith &
Briggs, 1998). Pada budidaya udang
secara intensif dengan tingkat produksi 20
ton/ha/tahun, maka akan dibutuhkan
pakan buatan sekitar 30 ton/ha/tahun
(asumsi FCR 1:1,5) atau setara dengan
1,39 ton N/ha/tahun. Menurut Burford et
al. (2001) hanya sekitar 22% N (0,3058
ton N/ha/tahun) dari pakan yang

*)
Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian UGM, Jl. Flora Gedung A4, Bulaksumur, Yogyakarta 55281, Telp.
(0274) 551281
**)
Laboratorium Mikrobiologi Pertanian UGM, Jl. Flora Gedung A2, Bulaksumur, Yogyakarta 55281
♠)
Penulis untuk Korespondensi: E-mail: triyanto@faperta.ugm.ac.id

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

 2 Triyanto et al., 2008

digunakan untuk membentuk tubuh udang hutan mangrove yang ada di Kabupaten
dan sisanya (1,0842 ton N/ha/tahun) Cilacap, Jawa Tengah dan Kabupaten
dibuang ke lingkungan dalam bentuk Indramayu, Jawa Barat. Pengambilan
nitrogen organik dan amonium (NH4+). sampel lumpur dilakukan secara acak
pada kedalaman sekitar 5 cm. Sampel
Proses dekomposisi nitrogen organik dan lumpur yang diambil sekitar 0,5 kg
nitrifikasi terhadap amonium oleh bakteri dimasukan ke dalam kemasan plastik
akan menghasilkan nitrat yang yang telah diberi tanggal, lokasi dan
merupakan senyawa toksik terhadap disimpan dalam coolbox untuk dibawa ke
udang. Nitrat dalam perairan tambak akan laboratorium. Di laboratorium sampel
dimanfaatkan oleh fitoplankton atau lumpur disimpan dalam refrigerator
dibuang ke perairan di luar pertambakan, dengan suhu 5-100C sampai digunakan.
sehingga perairan tambak akan
mengalami eutrofikasi. Sebagian kecil dari Media isolasi
nitrat dalam perairan tambak akan diubah Isolasi bakteri pendenitrifikasi dilakukan
oleh bakteri denitrifikasi menjadi nitrogen pada medium basal (Rodina, 1972) yang
gas (N2) dan akan lepas ke udara. Proses dimodifikasi dan disesuaikan
denitirifikasi ini dapat dilakukan oleh kandungannya dengan lingkungan payau,
berbagai jenis bakteri, seperti khususnya kandungan garam media
Achromobacter, Aerobacter, Alcaligenes, tersebut. Komposisi media tersebut
Brevibacterium, Flavobacterium, adalah NaCl (30 g), MgCl 2 (4 g), KCl (10
Lactobacillus, Micrococcus, Neisseria, g), MgSO4.7H2O (5 g), CaSO4 (1 g), KNO3
Paracoccus, Pseudomonas, Bacillus, (1 g), K2HPO4 (0,5 g), glukosa (10 g),
Corynebacterium, dan Propionibacterium agar (15 g) dalam 1000 ml aquades.
(Payne, 1981; Stanier et al., 1986; Burton,
1991). Proses denitrifikasi di perairan Isolasi dan pemurnian
tambak dapat mereduksi nitrat menjadi N2 Sampel lumpur sebanyak 11 g
sebanyak 30% (Funge-Smith & Briggs, dimasukkan ke dalam 99 ml aquades dan
1998). digojog hingga homogen. Pengenceran
suspensi sampel dilakukan mulai dari 10-1
Peningkatan aktivitas denitirifikasi oleh sampai 10-4, dan dari masing-masing
bakteri di perairan tambak udang akan pengenceran diambil 0,1 ml untuk
sangat membantu dalam proses diinokulasikan pada medium basal agar
pengendalian kualitas air, terutama secara taburan. Agar tercipta suasana
terhadap molekul nitrat yang bersifat anaerob, dilakukan pelapisan
toksik dan mencegah adanya eutrofikasi menggunakan medium yang sama dan
di perairan di luar pertambakan, sehingga diinkubasi pada suhu kamar selama 18-
budidaya udang yang ramah lingkungan 24 jam. Koloni bakteri yang tumbuh
dan berkelanjutan dapat tercapai. Oleh selanjutnya diisolasi dan dimurnikan
karena itu, penelitian ini bertujuan untuk dengan metode Quadrant Streak
mengisolasi dan mengkarakterisasi (Cappucino & Sherman 2001) pada media
bakteri denitrifikasi dari kawasan yang sama. Isolat bakteri yang diperoleh
mangrove yang mempunyai kemampuan disimpan pada media NA (Nutrient Agar)
tinggi sehingga dapat digunakan di trisalt (NaCl 18.4 g, KCl 0.75 g, dan
tambak untuk mereduksi nitrat menjadi MgSO4.7H2O 1.2 g) agar miring.
bentuk yang tidak berbahaya bagi
kehidupan udang. Seleksi
Isolat bakteri hasil isolasi diuji
Bahan dan Metode kemampuannya dalam mereduksi nitrat
dalam basal media cair pada tabung
Sampel lumpur reaksi (10 ml). Isolat bakteri yang akan
Sampel lumpur sebagai sumber bakteri diuji kemampuannya dibiakkan terlebih
dalam penelitian ini diambil dari kawasan dahulu dalam media TSB (Tryptone Soya

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) X (1): 1-10 ISSN: 0853-6384 3

Broth) trisalt selama 2 hari pada suhu Karakterisasi dan identifikasi

30oC dan diukur kerapatan optiknya pada Karakterisasi hanya dilakukan terhadap
panjang gelombang 540 nm serta tiga isolat bakteri pendetrifikasi yang
dilakukan penyetaraan konsentrasi agar mempunyai kemampuan mereduksi nitrat
bakteri yang diinokulasikan mempunyai tertinggi. Karakterisasi yang dilakukan
jumlah sel yang sama. Kepadatan akhir meliputi morfologi koloni dan sel,
bakteri uji pada media setelah inokulasi pengecatan Gram, motilitas, dan
sebanyak 103 sel/ml. Setelah itu pengecatan spora dan uji biokimia yang
diinkubasi pada suhu ruang selama 10 meliputi uji katalase dan oksidase.
hari. Hasil kultur bakteri tersebut Sedang identifikasi dilakukan dengan
kemudian disentrifugasi pada kecepatan mendasarkan pada Bergey’s Manual of
3.000 rpm selama 15 menit. Supernatan Determinative Bacteriology (Holt et al.,
yang dihasilkan diukur kadar nitratnya 2000).
dengan menggunakan metode Brucine
(Greenberg et al., 1985). Tiga isolat yang Uji pertumbuhan pada berbagai
menunjukkan kemampuan mereduksi konsentrasi NaCl
nitrat tertinggi dipilih untuk uji berikutnya. Uji ini dilakukan untuk mengetahui
kemampuan isolat bakteri untuk tumbuh
Uji akivitas reduksi nitrat pada berbagai tingkat salinitas. Uji ini
Uji aktivitas reduksi nitrat ini dilakukan dilakukan dengan menginokulasikan isolat
untuk mengetahui kecepatan bakteri terpilih pada media water peptone (air
pendenitrifikasi dalam mereduksi nitrat peton). Kadar NaCl pada media diatur
secara in vitro. Isolat-isolat terpilih (tiga pada kadar 0,5; 1; 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5%.
isolat yang mampu mendegradasi nitrat Inkubasi dilakukan pada suhu kamar.
tertinggi dari hasil pada uji seleksi) Setelah beberapa hari, dilihat
dibiakkan pada media TSB trisalt selama pertumbuhan bakteri pada masing-masing
24 jam sambil digojog. Isolat yang tumbuh konsentrasi.
diukur kerapatan optiknya pada panjang
gelombang 540 nm. Selanjutnya Uji pertumbuhan pada berbagai tingkat
dilakukan penyetaraan konsentrasi sel pH
bakteri yang akan diujikan dengan Uji ini dilakukan untuk mengetahui
menyamakan kerapatan optiknya. Setelah kemampuan isolat untuk tumbuh ada
itu diinokulasikan ke dalam media basal berbagai tingkat pH. Uji ini dilakukan
cair pada tabung reaksi (10 ml) dan dengan menginokulasikan isolat terpilih
masing-masing isolat diinokulasikan pada pada media nutrien broth. Tingkat pH
10 tabung reaksi. Kepadatan akhir bakteri pada media nutrien broth diatur pada 5, 6,
uji pada media setelah inokulasi sebanyak 7, 8, dan 9. Inkubasi dilakukan pada suhu
103 sel/ml. Selanjutnya kultur bakteri kamar. Setelah beberapa hari, dilihat
tersebut diinkubasi pada suhu 30oC pertumbuhan pada masing-masing
selama lima hari. Pengukuran kadar nitrat konsentrasi.
dilakukan setiap 24 jam sekali dengan
mengambil sampel 2 tabung reaksi untuk Hasil dan Pembahasan
tiap isolat. Sebelum dilakukan
pengukuran kadar nitrat, terlebih dahulu Isolasi bakteri
dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan Isolasi bakteri denitrifikasi dari kawasan
3.000 rpm selama 15 menit. Cairan mangrove dilakukan untuk mendapatkan
supernatan diambil dan diencerkan 200 isolat bakteri yang memiliki kemampuan
kali. Pengukuran kadar nitrat dilakukan mereduksi nitrat tinggi. Kawasan
dengan metode Brucine (Greenberg et al., mangrove kaya akan bahan organik yang
1985). berasal dari dekomposisi guguran
serasah yang kemudian diurai oleh
mikroorganisme menjadi senyawa-
senyawa nitrogen. Salah satu bentuk

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

 4 Triyanto et al., 2008

senyawa nitrogen yang ada pada Aktivitas endogen denitrifikasi

sedimen mangrove adalah nitrat yang
merupakan senyawa toksik bagi
organisme akuatik seperti ikan dan
udang. Akan tetapi nitrat secara alami
dapat diubah menjadi nitrogen bebas
yang tidak bersifat toksik bagi ikan dan
udang dengan bantuan bakteri
denitrifikasi. Proses perubahan nitrat
menjadi nitrogen bebas tersebut disebut
dengan proses denitrifikasi dan bakteri
yang melakukan proses tersebut dikenal
dengan bakteri denitrifikasi.
Dalam penelitian ini jumlah isolat bakteri
yang berhasil diisolasi dari kedua lokasi
tersebut adalah 41 isolat, yang berasal
Kabupaten Cilacap 29 isolat (70,7%) dan
Kabupaten Indramayu 12 isolat (29,3%).
Dengan demikian dapat diketahui bahwa
isolat bakteri denitrifikasi yang berhasil
diisolasi sebagian besar berasal dari
Kabupaten Cilacap. Berdasarkan data ini
juga dapat diketahui bahwa di kawasan
mangrove terdapat banyak bakteri yang
diduga sebagai bakteri pendenitrifikasi.
Bakteri denitrifikasi tersebut berhasil
diisolasi dari sampel sedimen yang
diambil pada kedalaman sekitar 5 cm.
Menurut Oremland et al. (1984), aktivitas
denitrifikasi terbatas terjadi pada
beberapa sentimeter di atas permukaan
sedimen di daerah pesisir. Sebab pada
kedalaman di atas 6 cm dari permukaan
sedimen konsentrasi nitrat dalam
keadaan maksimum (Sorensen, 1978).
kebanyakan terjadi pada kedalaman 1 cm
dari permukaan sedimen yang
memungkinkan pertukaran gas terjadi
lebih cepat (Oremland et al., 1984).
Seleksi isolat bakteri
Berdasarkan hasil seleksi aktivitas reduksi
nitrat, dalam penelitian ini hanya diperoleh
sebanyak 29 isolat yang menunjukkan
kemampuan positif. Sedang 12 isolat
yang lain tidak menunjukkan kemampuan
mereduksi nitrat. Daya mereduksi nitrat
isolat-isolat tersebut berkisar antara 0,77-
95,62%. Tabel 1 menunjukkan
kemampuan mereduksi nitrat 9 isolat
terbaik. Tiga isolat yang mempunyai
kemampuan mereduksi nitrat tertinggi
adalah isolat DR2.1, D19.2 dan D27.3.
Menurut Bazylinski & Blakemore (1983),
bakteri yang benar-benar bakteri
pendenitrifikasi mampu mereduksi lebih
dari 90% nitrat menjadi N2. Dengan
demikian, dalam penelitian ini hanya
diperoleh satu isolat yang benar-benar
bakteri pendenitrifikasi yaitu isolat D19.2.
Rendahnya kemampuan bakteri
pendenitrifikasi dalam penelitian ini,
kemungkinan disebabkan karena bakteri
pada penelitian ini merupakan bakteri
fakultatif anaerob dan proses mereduksi
nitrat dilakukan pada kondisi
mikroaerob/aerob. Sedangkan bakteri
yang disampaikan oleh Bazylinski &
Blakemore (1983) adalah bakteri yang

Tabel 1. Seleksi kemampuan reduksi nitrat bakteri hasil isolasi

No Kode Asal isolat NO3-(ppm) Reduksi nitrat (%)
Kontrol 1767,51 0
1 D19.2 Cilacap 77,50 95,62
2 DR2.1 Indramayu 218,41 87,64
3 D27.3 Cilacap 680,15 61,52
4 D19.3 Cilacap 832,83 52,88
5 DR4 Indramayu 916,12 48,17
6 DA4 Indramayu 1064,18 39,79
7 D27.1 Cilacap 1147,46 35,08
8 D19.1 Cilacap 1179,85 33,25
9 DR5.3 Indramayu 1274,25 27,91
10 32 isolat Cilacap dan Indramayu >1390,72 <21,32

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) X (1): 1-10 ISSN: 0853-6384 5

melakukan denitrifikasi dalam kondisi anaerob, tidak dapat dimanfaatkan secara

anaerob. Pada kondisi anaerob, bakteri optimal sebagai agensia bioremediasi
denitrifikasi menggunakan nitrat sebagai pada tambak karena kondisi anaerob
akseptor elektron terakhir untuk akan membahayakan bagi organisme
menjalankan respirasi, sehingga nitrat budidaya itu sendiri.
akan tereduksi lebih banyak dibandingkan
pada kondisi mikroaerob atau aerob. Karakterisasi dan identifikasi
Pada kondisi aerob, oksigen digunakan Karakterisasi dan identifikasi dalam
sebagai akseptor elektron terakhir penelitian ini hanya dilakukan terhadap
sehingga nitrat yang ada tidak direduksi isolat yang memiliki kemampuan
dalam jumlah yang banyak. Bakteri yang mereduksi nitrat paling tinggi, yaitu D19.2,
mampu mereduksi nitrat dalam kondisi DR2.1 dan D27.3. Hasil karakterisasi
aerob sangat besar kemungkinannya menunjukkan bahwa semua isolat yang
untuk dijadikan sebagai agensia positif mereduksi nitrat merupakan bakteri
bioremediasi untuk mengurangi Gram positif dengan bentuk koloni
pencemaran yang disebabkan oleh nitrat bervariasi (circulair, irregular dan curled),
di tambak. Bakteri pendenitrifikasi mampu sedangkan warna koloni krem, putih
mereduksi nitrat hanya pada kondisi keruh dan coklat kemerahan. Bentuk sel

Tabel 2. Karakteristik isolat D19.2 dan D27.3 hasil isolasi pada penelitian ini
Brochothrix
Listeria
No. Karakter Isolat D19.2 Isolat D27.3 (Holt et al.
(Holt et al.2000)
2000)
1. Morfologi
a. Bentuk Irregular Curled
koloni
b. Tepi Entire Entire Entire
c. Warna Krem Coklat Tidak Abu-abu
kecoklatan kemerahan berpigmen kebiruan
d. Elevasi Convex Convex Low convex
2. Morfologi Regular, batang Regular, Regular, Regular, batang
sel pendek, tidak batang pendek, batang pendek, ujung
berantai, sel sebagian pendek, tidak membulat,
ada yang hampir bercabang, sel hampir
berpasangan berbentuk tunggal atau berbentuk
dan tunggal. kokus, berantai, rantai kokus, tunggal
berpasangan, berfilamen dan berantai,
ada juga yang panjang sedikit memiliki
tunggal berlipat pada filamen panjang
ikatan
kumpulan sel
3. Katalase ++ ++ + +
4. Oksidase - - (punya -
cytochrome)
5. Gram + + + +
6. Motilitas - - - -/+
7. Fakultatif + + + +
anaerob
8. Spora - - - -
9. Habitat Tanah hutan Tanah hutan Pada produk Tersebar luas
mangrove mangrove daging, dilingkungan
tersebar luas
di lingkungan

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

 6 Triyanto et al., 2008

isolat D19.2, DR2.1 dan D27.3 bervariasi udang, belum pernah ditemukan kasus
antara batang panjang dan batang penyakit yang disebabkan oleh bakteri
pendek. Identifikasi berdasarkan pada Listeria maupun Propionibacterium.
Bergey’s Manual for Determinative Dengan demikian, isolat bakteri yang
Bacteriology edisi ke-9 (Holt et al. 2000), diperoleh pada penelitian ini memiliki
dapat diketahui bahwa isolat D19.2 dan tingkat keamanan yang baik jika
D27.3 memiliki kesamaan beberapa digunakan sebagai agensia bioremediasi
karakter dengan genus Brochothrix dan pada tambak udang.
Listeria. Akan tetapi jika dilihat dari
persentase kemiripannya, isolat D19.2 Uji aktivitas isolat terpilih
dan D27.3 memiliki persentase kemiripan Berdasarkan uji aktivitas isolat terpilih,
dengan genus Listeria yang lebih besar, diketahui bahwa isolat DR2.1 yang diduga
yaitu 88,9%, dibandingkan dengan genus merupakan genus Propionibacterium
Brochothrix (77,8%) (Tabel 2). Isolat memiliki aktivitas yang paling tinggi dalam
DR2.1 memiliki kemiripan dengan genus mereduksi nitrat. Bakteri ini mampu
Propionibacterium, Corynebacterium dan mereduksi nitrat secara bertahap seiring
Cellulomonas. Berdasarkan kemiripannya dengan semakin lamanya waktu inkubasi.
maka isolat DR2.1 kemungkinan besar Pada pengamatan hari pertama daya
termasuk dalam genus Propionibacterium mereduksi nitrat isolat DR2.1 sebesar
dengan nilai kemiripan sebesar 88,9% 45,48%, terus mengalami peningkatan
(Tabel 3). Dengan demikian, isolat terpilih sampai hari kelima yaitu sebesar 97,78%
D19.2 dan D27.3 diduga merupakan (Gambar 1). Isolat DR2.1 ini diisolasi dari
anggota genus Listeria, sedang isolat kawasan mangrove di Kabupaten
DR2.1 diduga merupakan anggota genus Indramayu. Tingginya kemampuan
Propionibacterium. mereduksi nitrat bakteri yang berasal dari
Indramayu ini kemungkinan besar
Bakteri pendenitrifikasi yang diperoleh disebabkan oleh keadaan lingkungan
pada penelitian ini berbeda dengan yang lokasi pengambilan cuplikan. Cuplikan
umum diungkapkan pada penelitian- tanah diambil dari lokasi yang berdekatan
penelitian terdahulu. Pada umumnya dengan areal pertambakan. Pada lokasi
bakteri yang dikenal sebagai bakteri pengambilan cuplikan terjadi akumulasi
pendenitrifikasi adalah seperti bahan organik yang berasal dari aliran
Pseudomonas denitrificans (Watson, limbah tambak yang ada disekitar
2002). Meskipun demikian, menurut kawasan mangrove. Akumulasi ini
Payne (1981) terdapat pula bakteri menyebabkan terjadinya pencemaran
pendenitrifikasi yang berasal dari bakteri bahan organik dan lumpurnya berwarna
Gram positif, seperti Bacillus sp., hitam. Lumpur yang berwarna hitam
Corynebacterium sp., dan menunjukkan adanya asam sulfida (H2S)
Propionibacterium sp. yang dihasilkan karena kondisi anaerob
dan kondisi anaerob ini sangat sesuai
Schaperclause (1992), penyakit bakterial untuk pertumbuhan bakteri
pada ikan disebabkan oleh bakteri-bakteri pendenitrifikasi. Sementara itu, bakteri
dari genus Lactobacillus, Streptococcus, yang diperoleh pada penelitian ini
Staphylooccus, Aeromonas, Vibrio, merupakan bakteri fakultatif anaerob dan
Pseudomonas, Nocardia, Edwardsiella, reduksi nitrat dilakukan pada kondisi
Listeria, Leptospira, Erysipelothrix dan aerob atau mikroaerob.
Clostridium. Akan tetapi pada budidaya

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) X (1): 1-10 ISSN: 0853-6384 7

Tabel 3. Karakteristik isolat DR2.1 hasil isolasi pada penelitian ini

Cellulomonas
No Propionibacterium Corynebacterium
Karakter Isolat DR2.1 (Holt et al.
. (Holt dkk. 2000) (Holt et al. 2000)
2000)
1. Morfologi
a.Bentuk Circulair
koloni
b. Tepi Entire
c. Warna Putih keruh Krem sampai Kuning
kemerahan
d. Elevasi Convex Convex Convex Convex
2. Morfologi Irregular, Irregular, batang Irregular batang, Irregular,
sel batang pendek, dan membenuk V, batang,
pendek, kokus, ada juga sel mengumpul. beberapa
terdapat juga yang bentuk V bentuk kokus
bentuk kokus, atau Y
sel ada yang
berpasangan
dan tunggal,
beberapa ada
bentuk V
3. Katalase ++ + + +
4. Oksidase +
5. Gram + + + +
6. Motilitas - - - -/+
7. Fakultatif + + + +
anaerob
8. Spora - - - -
9. Habitat Tanah hutan Dairy product, Manusia, Tanah dan
mangrove kulit manusia, di binatang, sayuran yang
tempat lain* kadang-kadang busuk
ditemukan
ditempat lain

3500

3000

2500
NO3- (ppm)

2000 Kontrol
D19.2
1500
DR2.1
1000 D27.3
500

0
0 2 4 6
Masa inkubasi (hari)
Gambar 1. Kadar NO3- dalam media selama uji aktivitas denitrifikasi

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

 8 Triyanto et al., 2008

Tabel 4. Pertumbuhan isolat bakteri pada konsentrasi NaCl yang berbeda

Konsentrasi NaCl (%)
No Isolat
0,5 1 1,5 2 2,5 3 3,5
1. DR2.1 + + + + + + +
2. D19.2 + + + + + + +
3. D27.3 + + + + + + +
Keterangan : +, tumbuh

Uji pertumbuhan pada beragam pada kondisi yang basa (pH >8)
konsentrasi NaCl pertumbuhannya terhambat. Menurut
Hasil uji pertumbuhan isolat Boyd (1989), udang-udang penaeid yang
pendenitrifikasi terpilih pada berbagai dibudidayakan di tambak membutuhkan
konsentrasi NaCl dapat dilihat pada Tabel kadar salinitas yang ideal untuk
4. Ketiga isolat bakteri pendenitrifikasi pertumbuhannya berkisar antara 15-25
yang diperoleh dalam penelitian ini ppt dan nilai pH yang berkisar antara 6-9.
menunjukkan kemampuannya untuk Sedang untuk udang vanamei, menurut
tumbuh pada media dengan kadar NaCl Wyban & Sweeney (1991) pH air yang
antara 0,5-3,5%. Dengan demikian, ketiga optimum untuk pertumbuhan adalah 8
isolat pendenitrifikasi tersebut mampu dengan kisaran antara 7,4-8,9. Dengan
tumbuh dengan baik pada kisaran demikian, isolat bakteri pendenitrifikasi
salinitas yang cocok untuk budidaya yang diperoleh pada penelitian ini mampu
udang di tambak. Salinitas air tambak untuk tumbuh pada media budidaya
untuk budidaya udang penaeid yang udang untuk mengurangi pencemaran
optimum adalah berkisar antara 10-25 yang disebabkan oleh nitrat di tambak.
ppt (Lim & Suanta, 1993). Dengan
demikian ketiga isolat bakteri Kesimpulan dan Saran
pendenitrifikasi hasil isolasi dalam
penelitian ini tidak akan mengalami Kesimpulan
masalah apabila digunakan sebagai a. Sebanyak 29 isolat bakteri
bakteri bioremediasi pada budidaya pendenitrifikasi telah berhasil diisolasi
udang penaeid di tambak. dari kawasan mangrove yang
mempunyai kemampuan mereduksi
Uji pertumbuhan pada beragam tingkat nitrat (NO3-) antara 0,77-95,62% dan
pH isolat DR2.1., D19.2 dan D27.3
Berdasarkan Tabel 5, dapat diketahui sebagai isolat tertinggi daya reduksi
bahwa ketiga isolat terpilih memiliki nitratnya.
kemampuan untuk hidup pada kisaran pH b. Berdasarkan identifikasi, isolat DR2.1
antara 5-8, sedangkan pada pH 9 ketiga diduga termasuk genus
isolat tidak mampu hidup. Hal ini Propionibcterium, sedangkan isolat
menunjukkan bahwa bakteri yang D19.2 dan D27.3 termasuk genus
diperoleh mampu tumbuh pada kondisi Listeria.
yang asam dan sedikit basa, sedangkan

Tabel 5. Pertumbuhan bakteri pendenitrifikasi pada berbagai derajat keasaman (pH)

Derajat keasaman (pH)
No Isolat
5 6 7 8 9
1. DR2.1 + + + + -
2. D19.2 + + + + -
3. D27.3 + + + + -
Keterangan : +, tumbuh; -, tidak tumbuh

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) X (1): 1-10 ISSN: 0853-6384 9

Saran Benjamin/Cumming Publishing,

a. Sebelum bakteri pendenitrifikasi California.
tersebut digunakan sebagai agensia
bioremediasi untuk mereduksi nitrat di Funge-Smith, S.J. and M.R.P. Briggs,
tambak udang, diperlukan uji 1998. Nutrient budgets in intensive
patogenisitas terhadap ikan atau shrimp ponds: implications for
udang. sustainability. Aquaculture. 164: 117-
b. Perlu dilakukan karakterisasi dan 133.
identifikasi yang lebih mendalam
terhadap isolat-isolat bakteri Greenberg, A.E., R.R. Trussell, and L.S.
pendenitrifikasi yang diperoleh pada Clesceri. 1985. Standard method for
penelitian ini baik secara klasik the examination of water and
maupun molekuler. wastewater. APHA, Washington.

Holt, G.J., N.R. Krieg, P.H.A. Sneath, J.T.

Ucapan Terima Kasih Staley, and S.T. William. 2000.
Bergey’s Manual for Determinative
Penulis mengucapkan terima kasih Bacteriology. 9th eds. William&Wilkins,
kepada Universitas Gadjah Mada Baltimore.
Yogyakarta yang telah membiayai
penelitian ini dengan SK No. Lim, C. dan D.S. Suanta. 1993. Budidaya
UGM/2323b/PII/Set.R/2004 tanggal 1 Mei tambak udang intensif. PT. Dipasena
2004. Citra Darmaja, Lampung.

Daftar Pustaka Moss, S.M., S.M. Arce, B.J. Argue, C.A.

Otoshi, F.R.O. Calderon and A.G.J.
Bazylinski, D.A., and R.P. Blakemore. Tacon. 2001. Greening of the blue
1983. Denitrification and assimilatory revolution: efforts toward
nitrate reduction in Aquaspirillum environmentally responsible shrimp
magnetotacticum. Appl. Environ. culture. In: The new wave,
Microbiol. 46:1118-1124. proceeding of the special session on
sustainable shrimp culture,
Boyd, C.E., 1989. Water quality and Aquaculture 2001. C.L. Browdy & J.E.
management and aeration in shrimp Jory (Eds.). The WAS. Louisiana.
farming. Auburn University, Alabama. USA. 1-19.

Burford, M.A., C.J. Jackson, and N.P. Oremland, R.S., C. Umberger, C.W.
Preston, 2001. Reducing nitrogen Culbertson, and R.L. Smith. 1984.
waste from shrimp farming: an Denitrification in San Fransisco Bay
integrated approach. In: The new intertidal sediments. Appl. Environ.
wave, proceeding of the special Microbil. 47: 1106-1112.
session on sustainable shrimp
culture, Aquaculture 2001C. L. Payne, W.J. 1981. Denitrification. Willey-
Browdy and J.E. Jory (Eds.). The Interscience. New York.
WAS, Louisiana, USA. 35-43.
Rodina, A.G. 1972. Methods in Aquatic
Burton, F.L. 1991. Wastewater Microbiology. University Park Pers.
engineering: treatment disposal Baltimore.
reuse. 3rd ed. McGrawHill
International. Singapore. Schaperclause, W. 1992. Fish Diseases.
Vol. 1. A.A. Balkema. Rotterdam.
Cappuccino, J.G and N. Sherman. 2001.
Microbiology: a laboratory manual.

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved

 10 Triyanto et al., 2008

Sorensen, J. 1978. Denitrification rates in Watson, I. 2002. The effect of exposure to

a marine sediments as measured by oxygen on diauxic lag of
the aacetylene inhibition technique. Pseudomonas denitrificanse. J.
Appl. Environ. Microbiol. 36 : 139- Undergraduate Research. 4(2): 30-
143. 34.

Stainer, R.Y, J.L. Ingraham, M.L. Wheelis, Wyban, J.A. and J.N. Sweeney. 1991.
and P.R. Painter. 1986. The Microbial Intensive shrimp production
World. 5th ed. Prentice-Hall. London. technology. The Oceanic Institute.
Honolulu. Hawaii.

Copyright©2008, Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences) All Rights Reserved