Professional Documents
Culture Documents
DNA
(Deoxyribo Nucleic Acid)
Asam Nukleat
RNA
(Ribo Nucleic Acid)
Suatu Nukleotida disusun oleh :
a. Monosakarida (ribosa atau deoksiribosa)
b. Basa Nitrogen
c. Asam Posfat
Basa Nitrogen
Asam
Posfat
Monosakarida
(ribosa atau deoksiribosa)
Monosakarida
Monosakarida yang menyusun asam nukleat :
1. Ribosa (β-D-ribofuranosa)
2. Deoksiribosa (2’-deoksi-β-D-ribofuranosa)
Atom C ke-2 melepaskan 1 atom O
CH2 OH OH CH2 OH OH
O O
C H H C C H H C
H C C H H C C H
OH OH OH H
Ribosa 2’-Deoksiribosa
Basa Nitrogen
Adenin (A)
Purin
Guanin (G)
Basa
Nitrogen Sitosin (C)
Timin (T)
Asam Posfat
Asam posfat yang menyusun nukleotida dapat dalam bentuk
monoposfat, diposfat, atau triposfat
O
H3PO4 HO P OH
OH
O O
(H3PO4)2 HO P O P OH
OH OH
O O O
(H3PO4)3 HO P O P O P OH
OH OH OH
NUKLEOSIDA
• Nukleosida disusun oleh monosakarida (ribosa atau
deoksiribosa) dan basa nitrogen
• Nukleosida = ribosa/deoksiribosa + basa nitrogen
OH OH O H
Adenosin 2-Deoksitimidin
(9-β-D-ribofuranosil adenin) (1-β-D-2-deoksiribofuranosil timin)
NUKLEOTIDA
• Nukleotida merupakan ester fosfat dari nukleosida
• Nukleotida = nukleosida + asam fosfat
1 gugus fosfat nukleotida monofosfat
contoh : adenosin monofosfat (AMP)
2 gugus fosfat nukleotida difosfat
contoh : adenosin difosfat (ADP)
3 gugus fosfat nukleotida trifosfat
contoh : adenosin trifosfat (ATP)
• Umumnya gugus fosfat terikat pada atom C ke-5 dari lingkar
ribosa atau deoksiribosa
Adenin NH2
N
N
Gugus Fosfat H
O O O N N H
HO P O P O P O CH2 O
OH OH OH H H
H H
OH OH
Ribosa
HO P O P O P O CH2 O
OH OH OH H H
H H
HO H
2-Deoksiribosa
• Asam Nukleat :
gabungan beberapa nukleotida yang membentuk rantai
• Asam Nukleat = polinukleotida
Ribosa/Deoksiribosa + Basa Nitrogen Nukleosida
Nukleosida + Asam Fosfat Nukleotida
Nukleotida + Nukleotida Dinukloetida
(Nukleotida)n Polinukleotida
(Asam Nukleat)
• Dua bentuk asam nukleat :
1. DNA (Deoxyribonukleic Acid)
2. RNA (Ribonucleic Acid)
Gugus Fosfat Gugus Fosfat
Ribosa 2’-Deoksiribosa
Guanin (G)
Deoksiribosa
Sitosin (C)
Urasil (RNA)
• m-RNA
± 300 unit nukleotida
dapat menembus membran nukleus sehingga terdapat di
dalam inti sel dan sitoplasma
berfungi membawa pesan genetis dari DNA kepada
ribosom sebagai tempat sintesis protein
mengandung basa nitrogen lain seperti pseudourasil,
timin, dan turunan metil dari A, G, C, dan U
• t-RNA
75 – 90 unit nukleotida
terdapat dalam sitoplasma sel
berfungsi sebagai pembawa asam amino yang sudah
dikhususkan untuk membentuk protein pada ribosom
mengirim kode genetis pada m-RNA tentang urutan asam
amino yang akan dibentuk atau dipindahkan
• r-RNA
berat molekul sangat besar (beberapa juta)
terdapat dalam ribosom sebagai tempat sintesis protein
berfungsi sebagai polimer struktural untuk memegang
partikel-partikel protein yang berbagai jenis dalam
keteraturan
SITOPLASMA
NUKLEUS Asam amino bebas
Rantai protein
m-RNA
mentranskrip t-RNA membawa
DNA di nukleus asam amino
ke ribosom
Ribosom
menggabungkan
asam amino
untuk
membentuk
m-RNA transkrip keluar protein
dari nukleus ke ribosom
TUGAS BIOKIMIA
1. Tuliskan rumus bangun dari :
a. timidin
b. 2 deoksiuridin
c. 2 deoksisitidin monofosfat
d. guanosin difosfat
2. Gambarkan satu buah rantai nukleotida dengan urutan
basa nitrogen guanine,timin, adenine, guanine dan
sitosin
VITAMIN
VITAMIN DAN KOFAKTOR
Vitamin vita : berkenaan dengan hidup
retinol
retinal
CHO
Retinol dapat dibentuk dari β-karotein (terdapat dalam berbagai sumber hayati terutama sayur
dan buah yang berwarna merah, kuning dan ungu).
Minyak sawit merupakan sumber β-karotein
β-karotein provitamin A
e. oksigenase
β-karotein 2 molekul retinal
e. Alkohol dehirogenase
Retinal retinol
Minyak ikan mengandung vitamin A2 dalam bentuk 3 dehidro retinol
Radiasi
Vitamin D2
ergosterol
Radiasi
Vitamin D3
kolesterol
Fungsi vitamin D sebagai koenzim juga belum jelas, yang lebih menonjol adalah fungsinya
sebagai hormon.
Vitamin D3 mendorong terbentuknya protein yang mengikat kalsium di dalam mukosa usus.
Mekanismenya :
Vitamin D3 diubah menjadi 1 α 25 dihidroksi kolekalsiferol yang menempel pada protein di
dalam jaringan sitosol. Kompleks yang terbentuk dibawa ke dalam inti sel dimana terjadi
ikatan dengan DNA dan memacu enzim RNA polimerase. Hasilnya adalah sintesis molekul
mRNA yang akan memberi perintah untuk menghasilkan protein khusus pengikat Ca.
Mekanisme perubahan vitamin D3 menjadi 1 α 25 dihidroksikolekalsiferol :
Vitamin D3 diserap oleh tubuh akan dibawa ke dalam saluran darah kemudian diikat oleh
protein pentransport yang disebut vitamin D-binding protein dan selanjutnya akan masuk ke
hati dan diubah menjadi 25 hidroksikolekalsiferol, selanjutnya akan menuju ke ginjal.
Jika kadar kalsium di dalam darah rendah maka kelenjar paratiroid akan mengeluarkan
parahormon yang akan mengubah vitamin D3 menjadi 1 α 25 dihidrokolekalsiferol
VITAMIN E / α TOKOFEROL
α tokotrienol
Fibrin
Fibrinogen (protein yang membentuk
gumpalan/darah beku)
nikotinamida
Nukleotida : senyawa yang dibentuk dari monosakarida, fosfat dan basa nitrogen
H
H H
CONH 2 CONH 2
+ H2 ⇌ + H+
+
N N
O Triosafosfat Alkohol
dehidrogenase dehidrogenase
C O PO3H2
H C OH
H2C O PO3H2
NADH + H+ CH3CHO
Asam 1,3 diP gliseral
Contoh lain pada perubahan asam laktat menjadi asam piruvat
COOH
NAD+ C2H5OH
HC OH
CH3
Asam laktat
Laktat Alkohol
dehidrogenase dehidrogenase
COOH
C O
CH3 NADH + H+ CH3CHO
Asam piruvat
Reaksi kopling yang lain dimana NAD bekerja sama dengan FAD.
Pada reaksi reduksi senyawa glutation yang diikat oleh ikatan –S-S- oleh enzim
glutation reduktase
O
O
C OH C OH
CH
CH2
+ FAD suksinat
HC + FADH2
CH2 dehidrogenase
(mengandung Fe) C OH
C OH O
O
Asam suksinat Asam fumarat
Perubahan FAD FADH2 memerlukan pemindahan 2 elektron maka di dalam sistem
yang menggunakannya harus ada penangkap elektron.
Penangkap elektron yang umum adalah sistem O2 ⟷ H2O2 ; O2 ⟷ H2O ; sistem
jaringan pernafasan, sistem pigmen penangkap elektron dan NAD+
Cth : sistem O2 ⟷ H2O2
SH2 + FAD S + FADH2
substrat bentuk substrat bentuk
teroksidasi tereduksi
O
Transkarboksilase
Biotin –COO + H3C C SKoA Biotin + C SKoA
O HOOC
CHO CH 2NH 2
H3C H3C
N N
piridoksal fosfat piridoksamin fosfat
HOOC HOOC
CH2 Glutamat dekarboksilase CH2
CH2 H2C + CO2
CH NH2 H C NH2
HOOC H
HOOC HOOC
H2N CH HC NH2
CH2 Asam glutamat rasemase CH2
CH2 CH2
HOOC HOOC
CH CH2 CH2 CH2 CH2 COOH CH CH2 CH2 CH2 CH2 COOH
S S SH HS
Teroksidasi tereduksi
Sebagai koenzim asam lipoat terikat dengan asam amino lisin membentuk
senyawa lipoil lisin
O
CH [CH2] 4 C NH [CH2] 4 CH COOH
NH2
S S
Koenzim lipoil lisin merupakan bagian dari kompleks enzim piruvat
dehidrogenase dan asam ketoglutarat dehidrogenase, yang merupakan
enzim-enzim yang penting dalam jalur glikolisis dan siklus asam
Trikarboksilat (SAT).
8. Vitamin B12
Vitamin B12 atau sianokobalamin merupakan rumus molekul (C68H88CoN14O14P)
Bentuk aktifnya adalah koenzim kobamida atau koenzim B12, dimana gugus CN
yang terikat pada atom Co digantikan oleh gugus 5-deoksi adenosin
Vitamin B12
HO OH
H
H
O
H2C N N
N
N
NH2
Koenzim Kobamida
Koenzim B12 disintesis dari vitamin B12 oleh koenzim sintetase dengan bantuan
NADH, H+, flavoprotein dan protein yang mengandung gugus –S-S-
SH SH
NADH + H+ Fp | | Vit. B12, Co++
Protein
S—S
NAD+ | | Vit. B12, Co+
FpH2
Protein
ATP
Koenzim B12 sintetase
ADP
Vit. B12, Co++, 5deoksiadenosin
Reaksi-reaksi dimana koenzim B12 berperan aktif :
1. Pemecahan ikatan C – C
COOH COOH
L-metil-malonil KoA mutase
H3C CH H2C CH2
O O
C
SKoA C
SKoA
HO
Diol dehidrase
H3C CH CH2OH H3C CH2 CHO + H2O
2 metil glikol propionaldehid
3. Pemecahan ikatan C – N
α-D-lisin mutase
H2C CH2 CH2 CH2 CH COOH H3C CH CH2 CH2 CH COOH
NH2 NH2 H2N NH2
α-D-lisin β-D-lisin
4. Pengaktifan gugus metil
CH3 H O
HOH 2C C C C NH CH2 CH2 COOH
H3C OH
Komponen utama pada koenzim A dan pada suatu zat yang menyerupai enzim
yang disebut protein pembawa asil atau PPA (Acyl Carrier Protein, ACP)
Rumus bangun koenzim A
4 fosfopantotein
KoA
Ko A (KoASH)
Adenosin3,5 -difosfat
KoA dan asam karboksilat tioester mempunyai sifat yang unik karena bisa
mengadakan resonansi sehingga suatu asil Ko-A bisa menjadi gugus yang
elektrofil maupun gugus nukleofil.
Contoh asetil KoA :
𝜹- + 𝜹-
O H O
H3C C𝛿 SKoA
+ : CH C𝛿 SKoA
2 +
Mis : A + B C + D
ΔH = H C+D - H A+B
= H produk – H reaktan
T : suhu absolut
ΔS : entropi
TΔS : energi entropi
Harga energi bebas pada pH 7 dan suhu 25°C dinamakan Energi Bebas Standar
(ΔG’)
Contoh : C2H5OH + 3O2 2CO2 + 3H2O
ΔH = -326.400 kal/mol
ΔG = -312.500 kal/mol
Pada sembarang reaksi seimbang :
A + B ⇌ C + D
𝐶 ×[𝐷]
K=
𝐴 ×[𝐵]
ΔG’ = - RT ln K
R : tetapan gas = 1,987 kal/Kmol
T : suhu absolut
Harga K adalah tetap dan berlaku dua arah
Mis :
Glukosa 1P ⇌ glukosa 6P
[𝐺𝑙𝑢𝑘𝑜𝑠𝑎 6𝑃]
K =[𝐺𝑙𝑢𝑘𝑜𝑠𝑎 1𝑃] = 19
Pada keadaan setimbang didapat perbandingan [glukosa 6P] 19 kali [Glukosa 1P]
O
-
+ H O P O + H+
-
O
ATP + H2O ADP + H3PO4 ΔG’ = - 7.300 kal/mol
ADP + H2O AMP + H3PO4 ΔG’ = - 6.500 kal/mol
ΔG’ = - 13.800 kal/mol
O O O O
-
adenosinH O P O P O P O + 3H2O adenosin
H O P O
-
- - -
O O O -
O
O O
- -
+ O P O P O + 2H+
- -
O O
O O O
- -
O P O P O + H2O 2 HO P O
-
- -
O O -
O
ΔG’ = -8.000 kal/mol
Δ G’ = -16.600 kal/mol
2. Senyawa asil fosfat
Contoh : asam 1,3-difosfogliserat
O O
O
C O P OH C OH O
OH
HC OH + H2O + HO P OH
O HC OH O
H2C O P OH OH
CH2 O P OH
HO
OH
O
C OH
C O
CH3
asam piruvat ΔG’ = -8.000 kal/mol
4. Senyawa-senyawa tioester
bukan senyawa fosfat
Contoh : asetil Koenzim A (asetil KoA)
O O
H3C C S KoA + H 2O H C C OH + KoA-SH
3
Koenzim A
CH3 O CH3
HOOC CH2 N C NH P OH + H2O HOOC CH2 N C NH2 + H3PO4
NH OH NH
fosfokreatin kreatin
ΔG’ = -10.300 kal/mol
Fosfokreatin juga melepaskan energi ketika menempelkan fosfatnya pada ADP
dengan bantuan enzim
Kreatin kinase
Fosfokreatin + ADP kreatin + ATP
ΔG’ = - 3.000 kal/mol
ADP + fosfat anorganik membutuhkan 7.300 kal/mol
Reaksi kopling :
Reaksi berpasangan : memanfaatkan energi dari reaksi
eksergonis untuk reaksi endergonis.
Reaksi kopling dapat terjadi jika terdapat senyawa peralihan yang sama pada
kedua reaksi tersebut.
Contoh :
C OH C O P OH
H
OH
HC OH + NAD+ + H3PO4 HC OH + NADH + H+
O O
CH2 O P OH CH2 O P OH
OH OH
Gliseraldehid 3P Asam 1,3 difosfogliserat
ΔG’ = + 1.500 kal/mol
O O O
C O P OH C OH
OH
HC OH CH OH
O + ADP O + ATP
CH2 O P OH H2C O P OH
OH OH
Asam 3 fosfogliserat
Δ G’ = -4.500 kal/mol
Jumlah kedua reaksi :
O O
H
C OH C OH
Δ G’ = -4500 + 1500
= -3000 kal/mol
REAKSI REDOKS
Reaksi redoks seluruhnya termasuk dalam reaksi kopling yang sangat efisien
dalam menghasilkan dan memanfaatkan energi.
Harga energi bebas standar untuk reaksi-reaksi redoks
Δ G’ = - n ƒ ΔEo’
Seluruh sel, organel dan organ dari setiap makhluk hidup membutuhkan energi.
Reaksi-reaksi oksidasi bahan makanan akan menghasilkan energi dan harus
disimpan untuk dapat dilepaskan kembali bila diperlukan.
Senyawa yang dapat menyimpan energi tersebut adalah senyawa-senyawa fosfat
energi tinggi. Senyawa yang terbanyak berfungsi untuk menyimpan energi
adalah ATP.
Sebagai contoh ATP bila melepaskan 1 gugus fosfat maka akan membebaskan
energi sebesar 7.300 kal/mol.
Demikian juga sebaliknya yakni reaksi pengikatan gugus fosfat (fosforilasi) yang
merupakan reaksi penangkapan dan penyimpanan energi dari suatu reaksi
ATP ‘mata uang’ pertukaran energi
ATP yang dibentuk hanya berumur beberapa menit (1 menit)
Pada manusia 40 kg ATP/24 jam istirahat
30 kg ATP/jam latihan atau kerja keras
Sel makhluk hidup menggunakan ATP dan senyawa-senyawa fosfat energi tinggi
lainnya sebagai penyimpan energi sementara, artinya dapat dimanfaatkan sewaktu
diperlukan.
Sel akan menyimpan energi untuk jangka waktu yang panjang maka energi
tersebut dialihkan ke dalam bentuk senyawa kaya energi yakni lipid, karbohidrat
ataupun protein.
BIOKIMIA
LINDA MASNIARY LUBIS
ENZIM
Enzim : biokatalisator
: zat biologis yang bertindak sebagai katalisator reaksi-reaksi
biokimia dan dapat bekerja di dalam maupun di luar tubuh
makhluk hidup
A B
AB + CD ⇌ Komplek ⟶ AC + BD
pengaktifan
C D
Oleh Arrhenius dirumuskan :
−Eaൗ
k = Aе RT
Ea
log k = log A - 2,303 RT
Ea’’
Pada suhu sekitar 30⁰C , Ea untuk sebagian besar reaksi hayati adalah 15.000 sampai
20.000 kal/mol, sedangkan reaksi yang dipacu oleh enzim mempunyai harga Ea antara
2.000 saampai 6.000 kal/mol.
Kalau kita ambil contoh untuk reaksi yang tidak dikatalis maka Ea = 20.000 kal/mol
sedangkan untuk reaksi yang dikatalis Ea = 6.000 kal/mol.
Untuk reaksi yang dikaatalis
20.000
log k1 = log A - 2,303 1,987 (310)
= log A -14,1
Untuk reaksi yang dikatalis
6000
log k2 = log A - 1419
= log A – 4,23
Selanjutnya
k2
log = 14 ̵ 4,23 =10
k1
k2
= 1010
k1
Artinya : laju reaksi yang dikatalis adalah 10 milyar kali lebih besar daripada laju
reaksi yang tidak dikatalis
Faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim
1. Konsentrasi Enzim
Jika substrat tidak terbatas maka laju reaksi yang dikatalisis meningkat linier dengan
meningkatnya konsentrasi enzim
2. Konsentrasi Substrat
Jika konsentrasi enzim tetap, maka laju reaksi akibat penambahan konsentrasi substrat
terbagi atas 3 tahap
Tahap I : tahap reaksi orde pertama dengan kecepatan V = -dC/dt = kC
berakhir pada V = ½ V max
Tahap II : peralihan reaksi orde I dengan orde nol
berakhir pada V = 4/5 V max
Tahap III : tahap dengan laju reaksi tetap
(laju reaksi mencapai max)
V=4/5Vmax
Michaelis – Menten
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
V= Km = tetapan Michaelis-Menten (mol/L)
𝐾𝑚+[𝑆]
dengan syarat rentang suhu terbatas pada daerah dimana enzim masih aktif.
Kebanyakan enzim mempunyai suhu optimum : 35 - 40˚C
4. PH
Karena enzim adalah protein maka aktivitasnya tergantung pada pH lingkungannya.
setiap enzim mempunyai pH minimum, pH optimum, pH maximum
pH optimum enzim : 4,5 – 8,0
5. Penghambat
Penghambat (inhibitor) : senyawa-senyawa yang mempertinggi Ea
2 cara penghambatan enzimatis :
1. Penghambatan tak dapat balik (irreversible)
Membentuk ikatan kovalen dengan gugus yang perlu untuk enzim dan ikatan ini tidak
dapat diputuskan
Umumnya protein enzim menggumpal
Misalnya : reaksi-reaksi dengan logam berat Hg, Pb, Cr, Mn, dll
2. Penghambatan dapat balik (reversible) terdiri dari :
a. Penghambatan bersaing (kompetitif)
b. Penghambatan ½ bersaing (non kompetitif)
c. Penghambatan tidak bersaing (unkompetitif)
a. Penghambatan Bersaing (Kompetitif)
penghambat dan substrat dapat menempel pada enzim sehingga terjadi persaingan
E + S ⇌ ES ⟶ E + P
ks
+
⇃↾ kh
EH
E : enzim
S : substrat
H : penghambat
Ks : tetapan laju reaksi enzim dengan substrat
Kh : tetapan laju reaksi enzim dengan penghambat
Dapat dikurangi dengan memperbesar konsentrasi substrat
Terjadi jika penghambat dengan substrat mempunyai rumus bangun molekul yang serupa.
Contoh enzim suksinat dehidrogenase dihambat oleh senyawa-senyawa malonat
O
O
C
C
OH OH
CH2
CH2
CH2 O
O C
C OH
OH
⇃↾ kh
EH
E : enzim
S : substrat
H : penghambat
Ks : tetapan laju reaksi enzim dengan substrat
Kh : tetapan laju reaksi enzim dengan penghambat
Dapat dikurangi dengan memperbesar konsentrasi substrat
Terjadi jika penghambat dengan substrat mempunyai rumus bangun molekul yang serupa.
Contoh enzim suksinat dehidrogenase dihambat oleh senyawa-senyawa malonat
O
O
C
C
OH OH
CH2
CH2
CH2 O
O C
C OH
OH
NAD+ CH3CH2OH
E E
E-NAD+ E-NAD+CH3CH2OH ⇌ E-NADH + H + CH3CHO
CH3CHO NADH + H+
b. Mekanisme Acak
Substrat A dan B dapat bergabung dengan enzim. Penggabungan substrat A dan B dengan
enzim maupun pembebasan dapat berlangsung secara acak
A B Q P
EA EP
E E
EAB ⇌ EPQ
EB EQ
B A P Q
Contoh :
Penempelan Pa pada ujung rantai dari glikogen oleh enzim fosforilase
Glikogen (Gli) + Pa fosforilase glukosa1-P + glikogen 1-glu
(Glu-1P) (Gli-1-Glu)
Pa Gli Glu-1P Gli-1-Glu
E E
EGli P EGlu-1-P-Gli-1-Glu