‫שיעור ‪26B‬‬

‫חומצות אמינו‪ ,‬פפטידים וחלבונים‬

‫• יצירת הקשר הפפטידי‪Peptide bond -‬‬
‫• מבנה ראשוני ושניוני של חלבונים‪Proteins -‬‬

‫‪1‬‬
 ‫ פפטידי‬- ‫יצירת הקשר האמידי‬

:‫רישום כללי ליצירת דיפפטיד משתי חומצות אמינו‬

R1 O R2 O R1 O R2 O
- H2O
H N CH C O H + H N CH C O H H N CH C N CH C O H
H H H H

:‫דוגמא‬

glycine
alanine
amide bond,
peptide bond

dipeptide
2
glycylalanine (Gly-Ala)
 :‫תרגיל‬
? ‫איזה חומצות אמינו בונות את הטריפפטיד הבא ומה שמו‬
.‫ של הפפטיד‬C-‫ ואת קצה ה‬N-‫סמנו את קצה ה‬

N terminal C terminal
O O O
H2N CH C N CH2 C N CH C OH
CH H H
CH2
H3C CH3
SH
valine glycine cysteine

valinylglycylcysteine Val-Gly-Cys
3
 ‫פוליפפטידים וחלבונים‬

‫•שרשראות ארוכות של חומצות אמינו המחוברות בקשרים פפטידיים‬

‫נקראות פוליפפטיד – ‪.Polypeptide‬‬
‫•כשיש כמה עשרות של חומצות אמינו בשרשרת‪ ,‬אז יש לה כבר‬
‫מבנה מרחבי מוגדר ומתייחסים אליה בתור חלבון – ‪Protein‬‬
‫)בד"כ מעל ‪ 50‬חומצות אמינו(‪.‬‬
‫•מבחינים בחלבון בין מבנה ראשוני‪ ,‬שניוני‪ ,‬שלישוני ורביעוני‪.‬‬
‫•מבנה ראשוני הוא רצף חומצות האמינו הבונות את החלבון‪.‬‬
‫•מבנה שניוני הוא הסידור המרחבי של החלבון הנובע מקשרי‬
‫מימן בין קבוצות ה‪ C=O -‬וקבוצות ה‪ N-H -‬שבשלד‪.‬‬
‫•שתי האפשרויות המסודרות השכיחות ביותר הן ‪ α-helix‬ו‪.β-sheet -‬‬
‫•כשאין סדר‪ ,‬זה נקרא לולאה אקראית – ‪.random coil‬‬

‫‪4‬‬
 ‫מבנה ראשוני של חלבון‬

‫מבנה ראשוני של חלבון נותן את הרצף של חומצות האמינו‬

‫הבונות אותו‪.‬‬
‫למשל עבור חלבון מסוים הבנוי מ‪ 90-‬חומצות אמינו‪:‬‬
‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬
‫‪H N CH C N‬‬ ‫‪CH‬‬ ‫‪C N CH C N CH C‬‬
‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬
‫‪R1‬‬ ‫‪R2‬‬ ‫‪R3‬‬ ‫‪R4‬‬
‫קצה ‪N‬‬
‫קצה ‪C‬‬
‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬ ‫‪O‬‬
‫‪N CH C N CH C‬‬ ‫‪N‬‬ ‫‪CH‬‬ ‫‪C N CH C OH‬‬
‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬ ‫‪H‬‬
‫‪R87‬‬ ‫‪R88‬‬ ‫‪R89‬‬ ‫‪R90‬‬

‫אם החלבון הוא‪Gly-Ala-Asp-Val……………Ser-Glu-Ala-Cys :‬‬

‫‪5‬‬ ‫אזי‪R1=H, R2=CH3………….R89=CH3, R90=CH2SH :‬‬
 ‫מבנה שניוני של חלבון‪α-helix ,‬‬

‫יש קשרי מימן בין קבוצות‬

‫ה‪ C=O -‬וקבוצות‬
‫ה‪ N-H -‬שבשלד‪.‬‬
‫קשרי המימן מגשרים בין‬
‫חומצות אמינו במרחק‬
‫של ‪ 4‬יחידות זו מזו‪.‬‬

‫הסליל הוא סליל ימני‬

‫‪Right-handed‬‬
‫‪6‬‬
 ‫מבט מלמטה‬
‫לאורך הציר‬

‫קשר‬
‫מימני‬

‫מודל ממלא מרחב של מבנה שניוני של חלבון‪α-helix ,‬‬

‫‪7‬‬
 ‫מבנה שניוני של חלבון‪Antiparallel β-sheet ,‬‬

‫קשרי מימן בין קבוצות‬

‫ה‪ C=O -‬וקבוצות‬
‫ה‪ N-H -‬שבשלד‪.‬‬

‫‪8‬‬
 ‫‪α-Helix‬‬ ‫המבנים השניוניים קיימים תודות לקשרי מימן‬
‫בין קבוצות ‪ N-H---O=C‬של האמידים‬
‫שבשלד החלבון‪.‬‬
‫אורך סליל ‪ α‬ממוצע כ‪ 12-‬חומצות אמינו )מעל ‪ 3‬סיבובים(‬

‫‪Antiparallel β-Pleated sheet‬‬

‫בחלבונים בד"כ ‪2-12‬‬

‫קטעי שרשרת‬
‫כשבכל אחד בממוצע‬
‫כ‪ 6-‬חומצות אמינו‪.‬‬

‫שרטוט סכמטי של מבנים שניוניים של חלבון‬

‫‪9‬‬