‫של מים ‪1 . 1.

8* 10-16‬‬ ‫‪K‬‬
‫‪pH =log‬‬ ‫‪eq‬‬
‫¿¿‬
‫פולימרים‪ ,DNA,RNA:‬חלבונים‪,‬פוליסכרידים‬
‫דנא ורנא מורכבים מנוקליאוטידים המורכבים מניטרוגנוז (בסיס חנקני) פנטוז (טבעת‬
‫פחמנית מחומשת) ופוספט‪ .‬מולקולה ללא פוספט נקראת נוקליאוזיד‪.‬‬
‫‪ DNA‬משמש כתבנית ליצירת חלבונים‪ ,‬פולימרים של חומצות גרעין‪ ,‬כיווניות הגדילים‬
‫הפוכה ‪ 5‬ל‪ 3-‬ו‪ 3-‬ל‪ ,.5-‬חיבור של ‪ G‬ל‪ C-‬וחיבור של ‪ A‬ל‪.T-‬אריזת הדנ"א תלויה‬
‫בחלבונים קושרי דנ"א‪ .‬הקשר בין שני הגדילים הוא קשרי מימן‪.‬‬
‫הוא חלבון בעל מטען חיובי שמעורב באריזת ה‪ .DNA -‬חומצות האמינו המרכזיות‬ ‫היסטון‪:‬‬
‫ההיסטון הן ליזין וארגינין‪ .‬להם צורת כדור‪ ,‬נקשרים לקבוצת הזרחה של ה‪.DNA-‬‬ ‫הבונות את‬
‫בין הסוכר לבסיס החנקני הוא קשר קוולנטי בין החנקן‬ ‫‪( RNA‬הקשר‬
‫מתיונין (‪ )met‬תמיד פותחת שרשראות‪ ,‬סוגים‪rRNA 90 :‬‬ ‫לפחמן)‪.‬‬
‫אחראי על סינתזת החלבונים‪ .‬הריבוזומים מורכבים מ‪-‬‬ ‫אחוז מהרנ"א‪.‬‬
‫הריבוזום הוא הקומפלקס שאחראי על סינתזת חלבונים‪.‬‬ ‫‪,rRNA‬‬
‫אחוז‪ .‬מתווכים שאחראיים על נסיעת מידע גנטי מאחד או‬ ‫‪mRNA5‬‬
‫הריבוזום‪.‬‬ ‫כמה גנים אל‬
‫בנוי מח‪.‬אמינית ובצד השני שלושה בסיסים נוקלאוטידיים‪.‬‬ ‫‪ tRNA 5‬אחוז‪.‬‬
‫הקודון (רצף של שלושה בסיסים) מ ‪mRNA‬במידה ויש‬ ‫קוראת את‬
‫הקודון ל‪ mRNA-‬יש כניסה לריבוזום ושחרור של ח‪.‬אמינו‬ ‫התאמה של‬
‫מולקולות אשר מתרגמות מידע מ‪mRNA -‬לרצף ספציפי של‬ ‫מ‪.tRNA -‬‬
‫ח‪ .‬אמינו‪.‬‬
‫פולימראז‪:‬‬ ‫רנ"א‬
‫תהליך שעתוק בתאים של יצורים חיים‪.‬‬ ‫אנזים המבצע‬
‫מולקולת רנ"א‪ .‬תרגום הדנ"א מתבצע מקצה ‪ 5‬ל‪3-‬‬ ‫מזרז יצירת‬
‫מדנ"א לחלבון‪:‬‬
‫רנ"א פולימרז פותח סליל של ‪DNA‬יוצר ‪ mRNA‬היוצא מהגרעין אל הציטופלזמה מתחבר לריבוזום‪ ,‬המידע הגנטי מ‪ mRNA -‬מתורגם‬
‫לחומצות אמינו בעזרת ה‪ tRNA-‬היוצרים‬
‫חלבון‪.‬‬
‫שיעתוק‪DNA- > RNA :‬‬
‫תרגום‪ > - RNA :‬חלבון‬
‫קידוד‪ > -DNA :‬חלבון‬
‫חלבונים‪:‬‬
‫פפטיד קטן מ‪ 40-‬ח‪.‬אמינו לעומת פוליפפטיד‪.‬‬
‫לא כל הפפטידים מסונתזים על ריבוזומים‪.‬‬
‫חלבונים הם פולימרים של ח‪.‬אמינו‪.‬‬
‫ח‪ .‬אמינו‪ :‬מבנה כראלי‪ ,‬חומצות האמינו בגוף‬
‫הם ‪( L‬לא ‪ .)D‬מבנה‪ :‬פחמן אלפא אליו קשור‬
‫מימן‪ ,‬קבוצה אמינית קרבוקסיל ושייר‬
‫המאפיין כל קבוצה‪.‬‬
‫פולרי‪ -‬טעון‬
‫לא פולרי‪ -‬לא טעון‬
‫הידרופובי‪ -‬ללא מטען‬
‫הידרופילי‪ -‬בעל מטען‬
‫בסיס‪ -‬הרבה ‪ -OH‬המולקולה חיובית‬
‫חומצי‪ -‬הרבה ‪ H‬המולקולה שלילית‬
 ‫‪ pK1‬מתייחס לקבוצה הקרבוקסילית על הפחמן‬
‫אלפא‪ .‬זהו ה‪ pH-‬שבו יש שיווי משקל בין המולקולות‬
‫בהן יש מימן הקשור לקרבוקסיל ולבין אלו להן מטען‬
‫שלילי בקרבוקסיל‪ pK1 .‬נמוך בח‪.‬האמינו וערכיו‬
‫נעים סביב ‪ .PH=2‬רלוונטי רק לחומצות חומציות‪.‬‬
‫‪ pK2‬מתייחס לקבוצה האמינו על פחמן האלפא‪ .‬זהו‬
‫ה‪ pH-‬שבו יש שיווי משקל בין המולקולות בהן יש‬
‫מטען חיובי‪ ,‬מימן הקשור לקבוצה האמינית‪ ,‬ולבין‬
‫אלו להן אין מטען בקוצה האמינית‪ pK2 .‬גבוה בח‪.‬‬
‫האמינו וערכיו נעים סביב ‪ .PH =9‬רלוונטי רק‬
‫לחומצות בסיסיות‪.‬‬
‫‪ pKR‬מתייחס לשייר על פחמן האלפא‪ .‬זהו ה‪ pH-‬שבו‬
‫יש שיווי משקל בין המולקולות בהן יש מימן הקשור‬
‫לשייר ולבין אלו להן מטען חיובי או שלילי בקבוצה‪.‬‬
‫‪ pKR‬קיים רק בחומצות היכולות להיות טעונות‪.‬‬
‫בחומצות בסיסיות ‪ pKR‬יהיה גבוה יחסית ובחומציות‬
‫נמוך‪.‬‬
‫‪ pH- pI‬בו המטען נטו של המולקולה שווה לאפס‪.‬‬
‫המצב בו מטען ח‪.‬האמינו שווה לאפס נקרא צוויטריון‪.‬‬
‫‪ .1‬בח‪.‬אמינו פשוטות יהיה ממוצע של ה ‪.pK‬‬
‫‪ .2‬בח‪.‬אמינו חומציות יהיה ממוצע בין ‪pK1+pKr‬‬
‫‪ .3‬בח‪.‬אמינו בסיסיות יהיה ממוצע ‪pKr+PK‬‬
‫מאפיינים של חלבונים‪:‬‬
‫רצף‪ ,‬גודל‪ ,‬מונומריות בעל קשרים קוולנטים או אוליגומר קישרי ו‪.‬ד‪.‬ו ‪ ,pI‬קבוצות פרוסטטיות (‪ ,)heme‬מסיסות‪ ,‬מבנה‪.‬‬
‫מבנה חלבון‪:‬‬
‫הקשר הפפטידי חזק עקב הרזוננס הקיים בין הקבוצות הקרבוקסיליות לאמיניות ולכן הוא קצר יותר‪.‬‬
‫ראשוני ‪ :‬רצף חומצות אמינו‪ ,‬קצה אמיני נקשר לקרבוקסילי‪ .‬הדבר החשוב ברצף הוא סדר השיירים של ח‪.‬האמינו‪.‬‬
‫שניוני ‪ :‬קיפול השרשרת הפפטידית ‪ .‬סוגים רבים אך שני סוגים עיקריים‪ :‬אלפא הליקס ובטא שיט והם הכי מיוצבים אנרגטית‪ .‬אלפא‪-‬‬
‫מבנה חד גדילי‪ ,‬מיוצב ע"י קשרי מימן‪ ,‬מבנה המסובב סביב עצמו ולו צורת סליל‪ .‬המבנה הכי נפוץ‪ ,‬הפיתול ימני‪ .‬כל ח‪.‬אמינו מוסיפה ‪0.15‬‬
‫‪ nm‬לגובה‪ ,‬כל סיבוב הוא ‪ 3.6‬קבוצות אמינו‪.‬‬
‫בטא‪ -‬מבנה שטוח‪ ,‬הכיווניות – אמיני לקרבוקסילי‪ .‬מיוצב ע"י קשרי מימן‪.‬‬
‫יכול להיות מבנה מקביל‪( -‬פרלר) גדילי הבטא במשטח פונים לאותו כיוון‪.‬מבנה לא מקביל‪(-‬אנטי פרלר) גדילי הבטא מסודרים אחד מול‬
‫השני בכיוונים מנוגדים‪.‬‬
‫חלבון תמיד מסונטז מאמין לקרבוקסיל‪.‬‬
‫שלישוני ‪ :‬מורכב ממספר מבנים שניונים‪ .‬מתייחס למבנה המרחבי של המבנים השניוניים‪ .‬קובעים את הפעילות הספציפית‪ .‬מיוצב ע"י‬
‫קשרי מימן‪ ,‬ואן דרוואלס‪ ,‬יונים ודי סולפידיים‪ .‬הכוח העיקרי המשפיע על המבנה הוא שיירים הידרופוביים‪.‬‬
‫דנטורציה‪ :‬איבוד מבנה שלישוני הנגרמת מטמפ'‪ ,pH ,‬ממסים אורגניים ועוד‪ .‬רנטורציה ‪ -‬חזרה למבנה בדרך כלל בלתי אפשרי‪.‬‬
‫ריבעוני ‪ :‬מספר מבנים שלישוניים הקשורים יחד‪ .‬מורכב ממספר שרשראות פוליפפטידיות‪.‬‬
‫שתי קבוצות עיקריות של חלבונים‪:‬‬
‫סיבים חלבוניים ‪ :‬שרשראות פולפפטידיות המסודרות בצורה שטוחה או ארוכה‪ .‬בדרך כלל מורכבים ממבנה שניוני יחיד שחוזר על עצמו‪,‬‬
‫בעל פיתול שמאלי‪ .‬בעלי תפקיד מבני תמיכה צורה והגנה (בחולייתנים)‪ .‬לרוב אינם מסיסים‪.‬‬
‫גלובולרים‪ :‬שרשראות פוליפפטידיות המסודרות בצורת ספרלית כדורית וקומפקטית‪ .‬מכילות מספר סוגים של מבנים שניוניים‪ .‬רובם‬
‫מסיסים במים‪ .‬רובם אנזימים או הורמונים‪.‬‬
‫‪ RNaseA‬חלבון המזרז פירוק רנ"א ליחידות בודדות‪ .‬זהו חלבון קטן‪ .‬המסוגל לעבור רנטורציה‪ .‬ע"י משוב חיובית‪ -‬ברגע שמתחיל מקל‬
‫על השלמת הפעולה‬
‫‪ : coreHidrofobic‬חלבון המקופל כשהשיירים ההידרופוביים פונים לליבתו וההידרופיליים פונים לתמיסה‪ .‬מוריד את הרמה האנרגטית‪.‬‬
‫שפרונים (חלבון סוכך) ‪ :‬חלבונים המקפלים חלבונים‪ .‬עוזרים להגעה למבנה שניוני ושלישוני אך לא קובעים אותו‪ ,‬הוא עצמו אינו חלק‬
‫מהמבנה הסופי‪ .‬זהו זרז אך לא אנזים‪ .‬מונעים התאגדות (אגרגציה) של חלבונים שעברו דנטורציה‪ .‬אינם נוטים להיפגע בעקת חום‪ .‬דורש‬
‫השקעת אנרגיה להוצאה מבורות אנרגטים מקומיים ‪– Heat shock proteinHSPs.‬סוג של שפרונים‪.‬‬
‫קשר דיסולפידי ‪ -‬מייצב חלבונים‪ ,‬קשה לפירוק‪ .‬ישנו חלבון המפרק קשרי גופרית‪-‬גופרית שגויים בהשקעת אנרגיה דיסולפיד‪-‬איזומראז‪.‬‬
‫פותח את הקשרים ומונע קיפול לא נכון של חלבונים‪ .‬הוא מעלה את רמת הדיוק ביצירת קשרים די סולפידיים נכונים‪.‬‬
‫חלבונים עם מבנה ראשוני דומה הם בעלי מבנה שלישוני דומה‪.‬‬
‫אפו‪-‬פרוטאין‪ -‬חלבון חסר קבוצה פרוסטטית (כמו ‪)HEME‬‬
‫אנטיגן‪ ‬הוא‪ ‬מולקולה‪ ‬המעוררת תגובה חיסונית שגורמת ליצירת‪ ‬נוגדנים‪.‬‬
‫הפריפורין ‪ -‬מתכות מחוזרות כמו ‪ +Fe2‬הן טובות מאוד בקשירת חמצן‪ ,‬אך יש צורך להחזיק את מולקולת הברזל וטבעות הפריפורין יעילה‬
‫בכך מאוד‪.‬‬
 ‫מבנה ‪ :Heme‬המבנה הטבעתי של ה‪ ,Heme-‬ללא אטום הברזל‪ ,‬קרוי פורפירין (‪ .)Porphyrin‬הוא מורכב מארבע טבעות מחומשות‬
‫המכילות כל אחת אטום חנקן והקשורות האחת לשנייה‪ .‬ארבעה אטומי החנקן של הטבעות מופנים אל תוך הטבעת ואליהם נקשר אטום‬
‫הברזל‪ Heme .‬מסונתז בגוף האדם מחומצת האמינו הפשוטה ביותר‪ ,‬גליצין‪ Heme .‬קשור לחלבון ההמוגלובין והמיוגלובין‪.‬‬
‫מולקולת ה ‪ Heme‬לא מסיסה טוב במים‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫כאשר ה‪ Heme -‬חופשי הברזל מתחמצן מהר ל‪ Fe -‬ע"י מולקולת ‪O 2‬שלא מסוגל לקשור חמצן נוסף‪.‬‬
‫‪+‬‬ ‫‪3‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪ Heme‬חופשי קושר ‪ CO 2‬בצורה חזק בכ‪ 25,000 -‬יותר מאשר ‪O2‬‬ ‫‪.3‬‬
‫מסיסות חמצן במים ≈ ‪M 10‬ויש צורך של ריכוז ≈ ‪ M 10‬לתפקוד תאי‪.‬‬
‫‪-2‬‬ ‫‪-4‬‬

‫המוגלובין‪ :‬חלבון המכיל ארבע קבוצות ‪ .Heme‬קואופרטיבי מיוגלובין‪ :‬חלבון המכיל קבוצת ‪ Heme‬אחת‪.‬‬
‫תהליך הובלת החמצן לרקמות ‪ :‬חמצן גזי נכנס לריאות עובר לכלי דם בנאדיות ומשם בדיפוזיה לכדוריות הדם האדומות המכילות כ‪300-‬‬
‫מולקולות ההמוגלובין‪ .‬מולקולת ‪ O 2‬אחת נקשרת לכל יחידת ‪ Heme‬כך שנקשרים שמונה אטומי חמצן לכל חלבון המוגלובין‪ .‬כדורית‬
‫הדם מגיעה במערכת הסירקולציה לרקמות‪ .‬המיוגלובין שומר חמצן ברקמות לשימוש בנשימה תאית‪ -‬אנקופרטיבי‪ .‬בעל יחידה אחד‪-‬‬
‫מונומר‪.‬‬
‫‪ P(protein)+L(ligand) ⇌ PL‬בשיווי משקל‬
‫]‪[P L‬‬
‫= ‪Ka‬‬ ‫‪ :Association constant‬חיבור‬
‫]‪[P ] [L‬‬

‫]‪[P ] [L‬‬ ‫‪ :Dissociation constant‬פירוק‬

‫= ‪Kd‬‬
‫]‪[P L‬‬
‫‪ KA‬הוא המדד לאפיניות‪ ,‬ככל שהוא גדל האפיניות גדלה ‪.‬‬
‫אתרים קשורים תפוסים‬ ‫]‪[PL‬‬
‫=‪θ‬‬ ‫=‬
‫סך הכל אתרים‬ ‫]‪[ PL ] +[ P‬‬
‫ריכוז הליגנד כאשר ‪ θ‬שווה ל‪ 0.5-‬הוא ‪.KD‬‬

‫= ‪ log‬מאפשרת למדוד את מידת הקואופרטיביות של החלבון‪.‬‬

‫‪θ‬‬
‫‪1−θ‬‬ ‫) (‬
‫משוואת היל‪=nlog [ L ] −log K d :‬‬

‫‪ n‬הוא מקדם היל‪ .‬כאשר הוא שווה ל‪ 1-‬החלבון אינו קואופרטיבי‪ .‬כשהוא גדול מ‪ 1-‬קואופרטיביות חיובית וקטן מאחד קואופרטיביות‬
‫שלילית‪.‬‬
‫אלוסטריה היא תכונה של אנזימים וחלבונים‪ .‬תופעה זו מתרחשת כשמולקולה מסוימת נקשרת לאנזים או לחלבון‪ ,‬דבר שבעקבותיו‬
‫משתנה נטייתו להיקשר לסובסטרט (במקרה של אנזים) או לליגנד (במקרה של חלבון)‪.‬‬
‫קיימים שני מצבים מבניים עיקריים‪ ,‬בהם יכול להימצא ההמוגלובין ‪ -‬מצב ‪ T‬מתוח ‪ )tense -‬ומצב ‪( R‬רגוע –( ‪ – )relaxed‬אשר מתחלפים‬
‫עם קשירת או שיחרור מולקולות חמצן‪.‬‬
‫מצב ‪ -  T‬המבנה של ההמוגלובין כאשר הוא אינו נושא שום מולקולות חמצן‪ ,‬לא מחומצן (המוגלובין דה‪-‬אוקסי)‪ .‬במצב זה זיקתו‬ ‫‪‬‬
‫לחמצן אינה גבוהה במיוחד‪ ,‬אך עם קשירת מולקולת החמצן הראשונה‪ ,‬הוא מתחיל לעבור למצב ‪ R‬וזיקתו לחמצן עולה‪.‬‬
‫מצב ‪ - R‬כאשר ההמוגלובין נושא ‪ 4‬מולקולות חמצן‪ ,‬מחומצן (המוגלובין אוקסי)‪ .‬עם הגיעו לרקמות התאים‪ ,‬התנאים (חומציות‬ ‫‪‬‬
‫גבוהה והימצאותו של ומיוגלובין ( מורידים את זיקתו למולקולות החמצן והן מתנתקות ממנו‪.‬‬
‫אפיניות ההמוגלובין לחמצן משתנה‪:‬‬
‫‪.1‬עם שינויי ה‪ .pH-‬ככל שהחומציות גבוהה יותר אפיניות ההמוגלובין תרד‪.‬‬
‫‪.2‬עם ריכוזי ה‪ .CO-‬כאשר יש ‪CO‬יקשר פחות חמצן כיוון שהאפיניות ל‪ CO -‬גבוהה מאוד‪.‬‬
‫‪.3‬עם ריכוז ה‪ .BPG-‬מולקולה הנקשרת להמוגלובין במצב לא מחומצן ומייצבת אותה‪ ,‬ריכוזה גבוה בתאי דם אדומים שם היא נוצרת‬
‫כתוצאה של מטאבוליזם‪ .‬עוזר לשחרור החמצן מהמיוגלובין‪.‬‬
‫קיבוע חנקן ‪ :‬רוב היצורים אינם מסוגלים להשתמש בחנקן אטמוספרי וצורכים חנקן שקובע ע"י יצורים אחרים‪ .‬החנקן האטמוספרי הוא‬
‫בצורת ‪ 2N‬ואילו המקובע הוא ‪.NH3, NO3‬‬
‫שלושה מקורות חנקן‪:‬‬
‫דשנים‪ -‬קיבוע חנקן כימי‪ :‬תהליך הבר‪-‬ערבוב של ‪ N22H‬בטמפ' ולחץ גבוהים מאוד בנוכחות זרז (‪N2+3H2 ⇌ 2NH3 ) Fe3O4‬‬
‫ריקבון של חומרים אורגניים‪.‬‬
‫קיבוע חנקן ביולוגי‪ :‬רק ע"י בקטריות‪ ,‬המבצעות את הקיבוע בעזרת ניתרוגינאז שהוא קומפלקס רב חלבוני‪ .‬למרות שיש עדיפות אנרגטית‬
‫לתהליך קיבוע החנקן ( ‪ ∆ G0‬שלילי) זהו תהליך יקר אנרגטית בגלל יציבות הקשר המשולש ‪.N≡N‬‬
‫‪ *N2+10H++8e-+16ATP -> 2NH4++ H2+16ADP‬ניתרוגינז יכול לפרק גם חומרים רעילים בעלי קשרי ‪ N≡N‬כמו ציאניד‪ .‬הזרז מכיל‬
‫מרכזי מתכות כגון ‪ . Fe-S‬רוב החיידקים שמסוגלים לקבע חנקן רגישים לחמצן בגלל התחמצנות המתכות בניטרוגינאז‪ ,‬ולכן חיים לרוב‬
‫בתנאים אנאירוביים‪.‬‬
‫אנזימים‪ :‬המחסום האנרגטי הוא האנרגיה הדרושה להבאת מולקולות שונות יחד‪ ,‬היווצרות של מולקולות ביניים לא יציבות‪ ,‬פתיחה‬
‫וסגירה של קשרים כימיים ושלבים נוספים הדרושים לריאקציה על מנת להמשיך בכיוון כלשהו‪ .‬על מנת שריאקציה תתרחש‪ ,‬מולקולות‬
‫צריכות לעבור את המחסום ועל כן חייבות לעלות לדרגות אנרגיה גבוהות יותר‪.‬‬
‫ליזוזים‪ :‬גורם לחיידק לעבור ליזיס (פירוק‪ ,‬התפוצצות) בתנאים היפואוסמוטיים‪ .‬תפקידו של האנזים כרוך בהגנה כנגד חיידקים והוא‬
‫מצוי בביצים‪ ,‬חלב‪ ,‬דמעות‪ ,‬רוק‪ ,‬וברקמות רבות אחרות‪ .‬חותך קשרים גליקוזידים )‪ ᵝ(1-4‬בין ‪ NAM‬ל‪ NAG‬שהם סוכרים עם קבוצות‬
‫אמין הפירוק‪ :‬גלוטמאט תורם פרוטון לחמצן ובכך מפרק א ת הקשר בין הסוכרים‪ ,‬האספרטאט נקשר לסוכר השני לייצבו‪ ,‬מולקולת מים‬
‫מחליפה את מיקום האספרטאט‪ .‬וכך הלאה‪ .‬טריפטופן עוזר לייצב את צורת חומצות האמינו על מנת שיוכלו לבצע פירוק‪ .‬הליזוזים הוא‬
‫חלבון בעל נקודה איזו אלקטרית גבוהה (‪ ) 11‬המאפשרת שימוש בעמודת מחליף קטיונים להפרדתו וניקוי‪ .‬בנוסף הליזוזים הוא חלבון קטן‬
 ‫המכיל ‪ 129‬חומצות אמינו ולכן ניתן לבדוק תמיסה המכילה ליזוזים בשיטת האלקטרופוריזה‪.‬‬
‫מחליף קטניונים כאשר הקולונה טעון שלילית והליזוזים חיובי‪,‬ומחליף אניונים הקולונה טעונה‬
‫חיוביות והחומר הנבדק שלילי‪.‬‬
 ‫‪K 2 +¿ K‬‬ ‫] ‪V max ❑[S‬‬
‫= ‪Vmax 0.5=0V. K m‬פאקטור‬ ‫‪−1‬‬
‫=‪ S]]=KMV 0‬בנקודה בה‪¿ a-‬‬ ‫מיכאליס‪-‬מנטן‪:‬‬
‫‪K1‬‬ ‫) ] ‪( K M +[ S‬‬
‫העיכוב‬
‫מכיוון שמעקומת מיכאליס‪-‬מנטן קשה לחשב את ‪ Vmax‬וכן את ‪, KM‬‬
‫ארגנו ‪ Lineweaver-Burk‬את משוואת מיכאליס‪-‬מנטן להופכי הכפול‪:‬‬
‫אם נשרטט גרף של ‪ v/1‬כנגד ‪ ]s[/1‬נקבל קו ישר‪ ,‬שבעזרתו נוכל לחשב ביתר קלות ודיוק את ‪ KM‬ו ‪. Vmax‬‬
‫הינו מידת הדיסאוציציה כמה הקומפלקס ‪ ES‬יטה להתפרק ולתת תוצר‪ ,‬קבוע זה הוא לזוג אנזים‬ ‫‪KM‬‬
‫סובסטראט‪.‬‬
‫אין קשר בין ‪Km‬לקצב העבודה של האנזים‬
‫מעכבים‬
‫תחרותי‪:‬לא משתנה‪ , Vmax‬מעלה את ‪.Km‬לא תחרותי‪ :‬יורד ‪ ,Vmax‬ויורד ‪ .Km‬באותו יחס‬
‫מעורב‪ :‬יורד ‪,Vmax‬ועולה או יורד ‪.Km‬‬
‫עיכובים נוספים‪ :‬משוב שלילי בהינתן כמות תוצר גבוהה במיוחד‪ ,‬למשל כאשר שני‬
‫סובסטראטים נקשרים לאתר הפעיל ומונעים פעילות‪ .‬טמפ' ‪ pH‬ומליחות יכולים לשמש כמעכב‬
‫ולהשפיע על הקישור‪.‬‬
‫מעכבים בלתי הפיכים‪ :‬נקשרים קוולנטית‪.‬‬
‫סוכרים‪:‬טריוז‪ :‬שלושה פחמנים אלדוז‪ :‬קשר כפול לחמצן בפחמן ‪ 1‬קטוז‪ :‬קשר כפול לחמצן בפחמן ‪.2‬‬
‫אוקסי‪ :‬קשור ל‪ OH-‬בכל הפחמנים‪ .‬דאוקסי‪ :‬לא קשור ל‪ OH-‬באחד הפחמנים‪.‬הפחמימות קיראליות (בגוף)‪ .D-‬פרוקטוז‪ ,‬גלקטוז‬
‫וגלוקוז ‪ 6‬פחמנים‪ ,‬ריבוז ‪ 5‬פחמנים‬
‫אפימר ‪ -‬סטריואיזומר של חומר הם סוכרים זהים עם החלפה בין ‪ 2‬פחמנים‪..‬מבנה טבעתי‪ :‬קשירה של ‪ OH‬לפחמן ‪ .1‬שתי צורות‪ :‬אלפא‪-‬‬
‫‪ OH‬בטראנס ביחס לפחמן ‪ 6‬ובתא ציס ל‪.6-‬‬
‫‪ Derivatives‬נגזרת‪ -‬מולקולת סוכר שעברה התמרה עם קבוצה פונקציונאלית‬
‫סוכרים יכולים לשמש כמחזריםיוצרים רב סוכרים‪ .‬החיבור ‪ β + β‬או ‪ α +α‬יוצר חיבור טרנאס החיבור ‪ α + β‬יוצר ציס‪.‬‬
‫הומופוליסכרידים‪ :‬רב סוכר המורכב מסוג סוכר אחד‪ ,‬יכול להיות מסועף‪ .‬הטרופוליסכרידים‪ :‬רב סוכר המורכב ממספר סוכרים‪ ,‬יכול‬
‫להיות מסועף‪.‬‬
‫בקטוזים השרשרת נסגרת ומשאירה שני מתמירים מחוץ לשרשרת‪.1 :‬אם המתמירים בציס אזי מצב ‪.α2‬אם בטראנס ‪ᵝ‬טבעת מחומשת‬
‫נקראת ‪ furan‬ומשושה ‪.pyran‬‬
‫חומרי תשמורת‪.1:‬עמילן ‪ :‬העמילן הוא תערובות של שתי פחמימות פולימריות רב‪-‬סוכריות‪ ,‬הנקראות עמילוז ועמילופקטין אשר בתורם‬
‫בנויים מגלוקוז‪ .‬עמילוז – לא מסועף מהווה ‪ 25‬אחוז מהעמילן בצמחים אלפא ‪-1‬ל‪ 4-‬יוצר קשר בין גלוקוז לגלוקוז באותה שרשרת (בפירוק‬
‫הופך ל‪-‬מלטוטריוז ומלטוז)‪ .‬עמילופקטין מסועף מהווה ‪ .75‬אלפא ‪-1‬ל‪ 4-‬יוצר קשר בין גלוקוז לגלוקוז באותה שרשרת‪ .‬אלפא ‪-1‬ל‪ 6-‬יוצר‬
‫קשר בין גלוקוז לגלוקוז בין שרשראות כל ‪ 30‬קשרים (בפירוק‪ -‬מלטוז גלוקוז ודקסטרין)‪.‬סוכר בטבעת מחזר הרבה פחות מסוכר כשרשרת‪.‬‬
‫למה עמילן‪ :‬יותר יציב מגלוקוז בודד כיוון שהגלוקוז בעל יכולת חיזור‪ .‬שיקולים אוסמוטיים‪ :‬עדיף מולקולה קטנה אחת מהרבה קטנות‪.‬‬
‫עמילז‪ :‬אנזים המפרק עמילן‬
‫‪.2‬גליקוגן חומר תשמורת בבע"ח‪ :‬מסועף‪ .‬אלפא ‪-1‬ל‪ 4-‬יוצר קשר בין גלוקוז לגלוקוז באותה שרשרת‪ .‬אלפא ‪-1‬ל‪ 6-‬יוצר קשר בין גלוקוז‬
‫לגלוקוז בין שרשראות כל ‪ 30‬קשרים‪.‬‬
‫‪.3‬צלולוז‪ :‬קשרי בטא ‪ 1-4‬בין גלוקוז לגלוקוז יוצרים משטח‪ .‬לא מעוכל ע"י חולייתנים‪.‬‬
‫‪.4‬דקסטראן ‪ :‬חיידקים משתמשים בו על מנת להדבק לשן וכחומר תשמורת‪ ,‬יוצרים פלאק בשיניים‪.‬‬
‫תפקידים מבניים‪.1 :‬כיטין‪ :‬הומופוליסכיריד לינארי‪ ,‬מורכב מקשרי בטא‪ .‬ההבדל בינו ובין צלולוז הוא החלפת ההידרוקסיד באצטיל‬
‫בפחמן ‪ .2‬לא מעוכל ע"י חולייתנים‪.2.‬אגר מורכב מאגרוס ‪ :‬פולימר לא מסועף ואגורופקטין‪:‬פולימר מסועף‪ .‬חלק מדופן תא של אצות‪.‬‬
‫בדפנות של חיידקים יש שרשראות של רבי סוכרים ‪,‬דרויטים ‪ ,NAM,NAG‬וקשורים ע"י חלבונים‪ .‬גליקופרוטאינים‪ -‬רבי סוכרים‬
‫שנקשרו לחלבונים ע"י קשר לאחד משיירי הצד‪ .‬משמש הרבה בתקשורת חלבוני ממברנה ובהפעלה של פקטורי קרישה‪.‬יש מספר סוגים של‬
‫סיכור (הוספת סוכר לחלבון) קישור ל‪ OH‬של ‪ Ser‬או ‪ Thr .‬קישור ל‪ -N‬של ‪( ASP‬אספרגין)‬
‫ליפידים‪:‬חומצות השומן עשויות אטומים של‪ ‬פחמן‪ ‬ואטומים של‪ ‬מימן ; בקצה כל חומצת שומן קיימת קבוצת קרבוקסי (‪)COOH‬‬
‫גליצרול הוא ‪-3‬כוהל ‪ 3‬פחמני ממברנה ‪ -‬ככל שחומצות השומן רוויות יותר הסידור אחיד יותר והממברנה צמיגית יותר‪ .‬עליה בצמיגות‬
‫ובכולסטרול מקשה על מעבר ממומסים דרך הממברנה‪.‬‬
‫חומצות שומן רוויות ‪ COOH(CH2)n‬לא רוויות ועל לא רוויות (יותר מקשר כפול אחד)‪.‬‬
‫טרי גליצריד‪ -‬הוא‪ ‬תרכובת אורגנית‪ ,‬סוג של‪ ‬גליצריד‪ ,‬המורכבת מ"ראש "גליצרול‪(  ‬אלכוהול בעל שלוש קבוצות ‪ )oh‬ושלושה‬
‫זנבות‪ ‬חומצות שומן‪ .‬הם הצורה הכימית של רוב השומן בגוף ובאוכל‪.‬‬
‫לשמן זית רוב חומצות השומן בלתי רוויות ואילו לחמאה כשני שליש רוויות לכן היא מוצקה יותר‪ .‬בשמן זית אין כולסטרול החומציות‬
‫של השמן זית מגיעה בעיקר מחומצות שומן חופשיות‪.‬‬
‫ח‪.‬שומן לא רוויות הן בעלות קימור ולכן יותר קשה להן ליצור קשרי ‪ VDV‬חזקים ונמצא אותן במצב נוזלי‪ .‬ח‪.‬שומן רוויות נמצאות במצב‬
‫מוצק‪.‬‬
‫שעווה‪ -‬ערבוב של שרשראות אפולריות ארוכות שיוצרות שכבה מגנה‪ .‬עמיד במים‪.‬‬
‫לוויתן זרע‪ :‬בראשו חומר שומני המכיל חומצות שומן בלתי רוויות ושעווה‪ .‬החומר במצב‬
‫נוזלי בטמפ' ‪ ,37‬בטמפ' ‪ 31‬החומר מתגבש וכמה מעלות מתחת הופך למוצק גם בגלל עלייה‬
‫בלחץ‪ ,‬מה שמעניק ללווייתן יכולת להשאר לזמן רב במים עמוקים ללא השקעת אנרגיה‪.‬‬
‫בנוסף שכבות שומן המבודדות מחום‪.‬‬
 ‫הגוף אינו מסוגל לפרק קשרי טראנס‪.‬‬
‫כולסטרול‪ :‬בנוי משרשרת‪ ‬פחמנים‪ ‬ארוכה המקופלת בחלקה לטבעות‪ .‬בקצה המולקולה‪ ‬קיימת קבוצת‪ ‬הידרוקסיל‪ )OH( ‬בודדת‪ ,‬המקנה‬
‫לכולסטרול תכונות של‪ ‬כוהל‪ .‬נוצר מהחי‪.‬‬
‫וויטמינים סטרואידים ‪ D, A :‬ו‪ K, E -‬נגזרות של כולסטרול‪ .‬ויטמין ‪ -D‬אחראי לספיגת סידן לעצמות‪.‬ויטמין ‪ -A‬קשור לרטינל העין‪.‬‬
‫ויטמין ‪ - A1‬הבסיס לרטינל העין‪ .‬הכולסטרול נותן צבעים לעיתים לבע"ח שונים‪ -‬בולע קרינת ‪ UV‬בגלל קשרים כפולים מצומדים‪.‬‬
‫ליפופרוטאינים‪ :‬הכולסטרול יכול להגיע לכל האיברים‪ ‬רק דרך הדם ‪ .‬הוא אינו מסיס במים‪ ,‬ולכן אינו יכול לנוע בדם בצורה של מולקולות‬
‫בודדות‪ ,‬אלא רק כחלק מקומפלקס שומני גדול‪ ,‬המוקף בשכבת‪ ‬פוספוליפידים‪ ,‬שצידה החיצוני‪ ‬הידרופילי‪ .‬קומפלקסים אלה‬
‫מכונים‪  ‬ליפופרוטאינים‪ ,‬והם בנויים מליבה המוקפת במעטפת‪.‬‬
‫‪  :LDL and HDL‬ה‪ LDL-‬מוביל כולסטרול מהכבד‪ ‬אל שאר רקמות הגוף‪ ,‬בעוד שה‪ HDL-‬מוביל כולסטרול בכיוון ההפוך ‪ -‬בחזרה אל‬
‫הכבד‪.‬‬
‫מיצלות‪-‬כדור של זנבות פנימה וראשים החוצה בילייר‪ -‬זנבות לזנבות ראשים החוצה ליפוזום‪ -‬ממברנה דו שכבתית זנבות לזנבות ראשים‬
‫לממס‪ .‬סידור הפוספוליפידים נשמר בגלל האנזים פוספוליפז שמסדר אותם‪.‬‬
‫ממברנות ביולוגיות‪:‬‬
‫דטרגנטים‪ -‬סבון‪,‬בעל זנב הידרופובי וראש פולרי‪ .‬מעניק מטען שלילי לאזור ההידרופובי לכן המולקולה הופכת לא הידרופובית‪ .‬בתאים‬
‫חיים וממברנות הוא מפרק את הממברנה ומתחבר לאזור האפולרי של החלבון האינטגרלים‪.‬‬
‫חלבון אינטרגלי‪ -‬חוצה את הממברנה מצד לצד‪ ,‬ניתן להוצאה רק ע”י דטרגנטים או ממיסים אורגניים ‪“ -‬מחובר” לממברנה ע”י כוחות‬
‫הידרופוביים‪ .‬אמפיפילי‪ ,‬לפחות צד אחד חשוף לסביבה מימית‪ .‬ניקויים מחייב דטרגנטים או ממסים אורגניים אחרת החלבון המנוקה‬
‫עובר אגרגציה‪ .‬דוגמאות‪ .OmpF, Bacteriorhodopsin, glycophorin_A :‬קצוות החלבון האינטרגלי לרוב טירוזין וטריפטופן‪ .‬בצד‬
‫הפנימי לרוב חומצת אמינו חיובית‪ .‬לרוב בנויים כאלפא הליקס ברוחב הממברנה‪ ,‬לרוב נכנסות ‪ 20‬חומצות אמינו‪.‬‬
‫חלבון פריפרילי ‪ -‬משוייך לממברנה אך לא חוצה אותה‪ .‬ניתן להפרידו מהמיברנה ע”י שינוי ב‪ pH-‬או ריכוז מלח גבוה ‪“ -‬מחובר”‬
‫לממברנה ע”י כוחות הידרופוביים או ע”י קשרי מלח‪ .‬לאחר ניקויים מתנהגים בד”כ כחלבונים מסיסי מים‪.‬‬
‫מטאבוליזם‪:‬‬
‫אנאבוליזם (בנייה ממולקולות קטנות לגדולות עם השקעת אנרגיה) קטאבוליזם (פירוק ממולקולות גדולות לקטנות תוך שחרור אנרגיה)‬
‫מותר לחבר ערכים של ‪ ,∆ G0‬וכך לדעת אם תתרחש התגובה‪,G’°= -RT ln K’eq∆ .‬‬
‫‪c‬‬ ‫‪d‬‬ ‫‪c‬‬ ‫‪d‬‬
‫]‪[c ] ×[ D‬‬ ‫]‪[c ] ×[D‬‬
‫‪∆ G=∆ G ’ °=−RT ln‬‬ ‫‪a‬‬ ‫‪b‬‬
‫=‪K ’ eq‬‬ ‫‪a‬‬ ‫‪b‬‬
‫] ‪[ A] ×[B‬‬ ‫] ‪[ A] ×[B‬‬
‫‪ STD‬תנאים סטנדרטים ‪ 298(-‬מעלות קלווין‪ ,‬לחץ חלקי של אטמוספרה ‪ ,1‬ריכוז של כל המגיבים השווה ל‪ 1-‬מולר ו‪ )pH=7-‬והשינוי‬
‫באנרגיה החופשית בתנאים אלו נקרא ‪.∆ G0‬‬
‫ערך ‪ ∆ G0‬יהיה שלילי כאשר התוצרים יהיו יציבים יותר (במצב אנרגטי נמוך יותר) מהמגיבים‪ ,‬במצב זה יש יותר תוצרים מהמגיבים‪.‬‬
‫תגובה אקסוטרמית‪ Keq .‬גדול מ‪.1-‬‬
‫ערך ‪ .∆ G0‬חיובי כאשר התוצרים יהיו יציבים פחות מהמגיבים במצב זה יש יותר מגיבים מתוצרים‪ .‬זו היא תגובה אנדוטרמית‪ Keq .‬קטן‬
‫מ‪.1-‬‬
‫כאשר ‪ ∆ G0‬שווה לאפס ‪ Keq‬שווה ‪.1‬‬
‫‪ ,+ATP4-+H2O—ADP3-+P+H‬קואנזים‬ ‫מולקולות שפירוקן מאוד אקסוטרמי‪:‬‬

‫‪∆ G0 =−30.5 kjm‬‬

‫)‪A (CoA‬‬
‫‪.-E’° = standard reduction potentialE’° = measures affinity for e‬‬
‫‪ -°’E‬קבוע פוטנציאל חמצון חזור‪ -‬בודק אפיניות ל‪-°’e. E-‬שלילי‪ ,‬החומר ימסור אלקטרונים‪ -°’E .‬חיובי‪ ,‬החומר ייקח אלקטרונים‪.‬‬
‫∆‪ G = -nF ∆E‬העברת אלקטרונים יכולה לשחרר אנרגיה‬
‫קוֹאֵ נְ זִ ים‪ ‬הוא‪ ‬מולקולה‪ ‬שמסייעת לאנזים‪ ‬ספציפי בתפקודו כזרז‪  ‬ואינו מתכלה כתוצאה מכך‪ .‬מהווים את האתר הפעיל‪.‬קואנזים ‪:A‬‬
‫משתתף בתהליכים מטבוליים ברוב היצורים‪ .‬מסנתז ומפרק חומצות שומן‪.‬‬
‫‪ -FAD‬מולקולה אשר מוסרת אלקטרונים‪.‬‬ ‫‪ -NAD‬מולקולה אשר מוסרת אקלטרונים‪.‬‬
 ‫לגליקוליזה!‬ ‫החלק העליון הוא ‪ FMN‬שמשמש‬

‫מולקולת המימן מתפצלת ליון הידריד ולפרוטון; יון ההידריד נקשר ל‪ NAD-‬או ל‪ NADP-‬והפרוטון משתחרר אל הסביבה (ומוריד בכך‬
‫את רמת ה‪ pH-‬שלה‪ -Flavoproteines.‬פרוטאינים המכילים קבוצת ‪ -FAD‬בגרסה המקוצרת‪.‬‬

‫פוטוסינתזה‪6H2O + 6CO2 + light➝ 6O2 + Glucose :‬‬

‫בסטרומה ‪ :‬אנזימים שמזרזים קיבוע פחמן דו חמצני וסינטזת עמילן‪.‬‬
‫מבנה הכלורופלסט‪ :‬ממברנה כפולה ובתוכה שקים ממברנליים מלאים נוזל‪ .‬התילקואידים ארוזים בגרנות‪-‬צבר של תילקואידים‪.‬‬
‫סטרומה‪-‬נוזל בתוך הכלורופלסט‪,‬לומן‪-‬נוזל בתוך התילקואיד‪.‬מעבר ה‪ e‬וסינטזת ‪ ATP‬מתרחשת על פני ממברנות התלקואידים‪.‬‬
‫כלורופיל ‪– a‬מכיל פורפרין ובאמצעו מגנזיום‪ ,‬ממירה אנרגיית אור לאנרגיה כימית‪ .‬מומסת בשומן הממברנה‪ .‬עיקרי בממברנת‬
‫הטילקואיד‪.‬כלורופיל ‪ .a - 663nm, 420nm‬כלורופיל ‪ .b - 645nm, 453nm‬קרוטנואידים – ‪.480nm-420nm‬‬
‫פיקוביליזום ‪ -‬קומפלקסים חלבוניים המכילים פיגמנטים(בקשרי‪ )S-S‬על הממברנה החיצונית של חיידקים כחוליים לקצירת האור‪.‬‬
‫בצמחים הפיגמנטים לא קשורים קוולנטית‪.‬‬
‫בנוכחות אור‪ :‬פירוק מולקולת מים‪ NADP+H ,‬ל‪ NADPH, ADP+P -‬ל‪.ATP-‬‬ ‫‪.1‬‬
‫פוטוסיסטם ‪ -D1 :2‬החלבון המרכזי בפוטו'‪ 2‬מתפרק פעם ב‪ 20‬דקות בגלל רדיקלים חופשיים‪ .‬אנטנה‪ -‬מבנה של הרבה כלורופילים מגדיל‬
‫את שטח הפנים לקליטת האור מעביר את האנרגיה ע"י רזוננס‪ ,‬מצואיים הרבה קרטנואידים בכדי לבלוע רדיקלים חופשיים‪ 30%.‬מחלבוני‬
‫הממברנה הכלורופלסט הם חלבוני אנטנה התהליך‪ :‬פוטונים שפוגעים גורמים לאלקטרונים שעל המנגן לערור‪ ,‬מה שהופך אותו למחמצן‬
‫מאוד חזק‪ .‬מולקולת מים מחומצנת ע"י ה‪( Mn-‬בלומן)‪ ,‬האלקטרונים מהמנגן עוברים אחד אחרי השני ל )‪ -Tyr(z‬שייר של ח‪.‬אמינית‬
‫מחומצן הלוקח את ה‪ e‬מקומפלקס של ‪ 4‬מנגנים אשר הם מחמצנים את המים‪ .‬כאשר נוצר מצב בו הם קושרים ‪ 4‬חמצנים הם משחררים‬
‫אותם (בכדי למנוע שחרור חמצן בודד שהוא רדיקל) ולאחר מכן ל‪( P680+.PQA-‬פלסטוקינון)‪ -‬מחובר ל‪ -Pho2‬רק אחד‪ ,‬הפלסטוקינון‬
‫מקבל מ ‪ P680‬את ה‪ e‬ולוקח פרוטונים מהסטרומה ‪ -PQB‬קיימים הרבה נעים בתוך הממברנה‪ .‬פלסטוקינון(‪ )PQ‬בנוי משרשרת לא‬
‫פולארית עם טבעת בראשה‪ ,‬על הטבעת שני פחמנים שקשורים לחמצן‪ ,‬אל החמצן נקשר פרוטון‪ +‬אלקטרון מה שהופך אותו לפסטוקינול ‪.‬‬
‫מהפוטוסיסטם ‪ .2‬אם ‪ PQ‬מגיע אל קומפלקס הציטוכרום ‪( Cytb6f‬חלבון אינטגראלי‪ ,‬משאבת פרוטונים‪ .‬המכיל שתי קבוצות ‪Heme‬‬
‫שנים בצד הסטרומאלי ואחת בלומינאלי‪ -B6f‬הוא טטרמר של דימרים ‪ 2‬דימרים כל אחד ‪ 4‬תת יחידות‪ .‬מים מבניים‪ -‬מים אשר קיימים‬
‫בתוך מבנה החלבון ומשמשים לייצוב המבנה ציטוכרם מכיל מים סביב ה‪ PQ .)heme‬המחוזר נקשר ומוסר את האלקטרונים והפרוטונים‬
‫ל‪ , Cyt b6-‬ומשוחרר חזרה לממברנה‪ .‬שני הפרוטונים משוחררים ללומן‪ ,‬האלקטרון הראשון נע לכיוון הצד הסרומאלי‪ ,‬נקשר לברזל‪ ,‬נקשר‬
‫לקינון (מחומצן)‪ ,‬כאשר לקינון נקשרו שני אלקטרונים הוא נקשר לשני פרוטונים והופך לקינול הנקשר שוב אל ‪ ,Cyt b6-‬האלקטרון ה‪2-‬‬
‫עובר לציטוכרום ‪ ,F‬ומשם נקשר לפלסטוציאנין(‪( )PC‬חלבון פרפריאלי הנע בצד הלומנאלי‪ ,‬מכיל נחושת‪ ,‬מתכות לא עושות קשרים‬
‫קוולנטים‪ ,‬המחמצנת והופכת את צבעו לכחול) הפלסטוציאנין עוגן באתר עגינה על פוטוסיסטם ‪ ,1‬מופיע בשלשות ויש ממנו פי ‪ 10‬מאשר‬
‫פוטו' ‪ ,2‬יש בו הרבה מרכזי ברזל גופרית‪ .‬מעביר את ה‪ e‬האלקטרונים עוברים אל ה‪ ,P700-‬פוטון פוגע בכלורופיל ומערר את האלקטרון‪.‬‬
‫האלקטרון עובר לפרדוקסין (‪( )FD‬חלבון פרפריאלי שנע‬
‫בצד הסטרומאלי קיימים הרבה ‪ FD‬בממברנה‪ ,‬בעל‬
‫‪Rieske‬מרכזי ברזל גופרית מוחזקים ע"י שרשראות צד‬
‫של ח‪.‬אמינו ‪ cys‬ו‪ his‬מטרתם להעביר ‪ - .e‬הפרדוקסין‬
‫מגיע ל ‪ FNR‬בו מתבצע חיזור ה‪ .NADP -‬מהפרדוקסין‬
‫ייתכן שלב מעגלי‪ ,‬האלקטרון יקשר ‪.Cyt b6‬או הפקת‬
‫‪ -ATP‬מתבצעת ע"י מפל הריכוזים הנוצר בין הלומן‬
‫לסטרומה כאשר פרוטונים עוברים דרך ‪ATP‬סינתז‪.‬‬
‫כאשר פוטו'‪ 2‬לא עובד מעביר את ה‪ e‬חזרה לציטוכרום‬
‫וכך מקבלים ייצור גרדיאנט פרוטונים‪ .‬מסלול מלר‪ -‬ה‪FD‬‬
‫מחזר את מולקולות החמצן למים תפקיד מסלול זה הינו‬
‫הורדת ריכוז החמצן באזור‪ .‬קיימים איזונים בין שלושת‬
‫המעגלים וכל מסלול יתרחש בתנאים שעדיפים לו‪ .‬משך‬
‫התהליך פחות מ‪ -3msec.Cross linking‬מתודת עבודה‬
‫בה קובעים אילו חלבונים קרובים אלו לאילו‪ .‬ע"י הכנסת‬
‫מולקולה בעלת אורך ידוע שיודעת ליצור קשרים‬
‫קוולנטים בשני צדדיה לאחר הכנסת המולקולה עושים‬
‫לצנטרפוגה בגרדיאט בה מקבלים הורדה של חלבונים לפי‬
‫צפיפות ניתן לראות אילו חלבונים זזו לפני ואחרי‬
 ‫המטודה‪.‬מעכבים של פוטוסינתזה‪ -DCMU:‬קוטל עשבים מונע מעבר של ‪ e‬מ‪ PQ‬לציטוכרום‪ - DBMIB.‬קוטל עשבים מונע מעבר ‪e‬‬
‫לפלסטוציאנין‪ -Methylviologen .‬לוקח ‪ e‬מפרודוקסין יוצר רדיקלים של חמצן שהורסים את הצמח‪.‬‬
‫‪.2‬ריאקציות שאינן תלויות אור‪.‬ריאקציה זו מטרתה לקבע ‪ co2‬בעזרת נשאי ה‪ -e‬וה‪ ATP‬שהופקו בתהליך האור‪ .‬תהליך זה מתבצע‬
‫בסטרומה מתרחש במעגל קלווין‪ .‬אנרגיית התהליך ‪. ΔG=688Kcal/mol‬גליצר אלדהיד ‪-3‬פוספאט‪ -‬התוצר הראשון של מעגל קלווין ממנו‬
‫יופקו יתר הסוכרים‪.‬רוביסקו ‪ -ribulose-1-5-biphosphote carboxylase‬זה האנזים היחיד הידוע שמקבע ‪ CO2‬ממצב גזי‪ .‬החלבון‬
‫הנפוץ ביותר ‪ 16%‬ממסת חלבוני הכלורופלסט חלבון מאוד לא יעיל קצב של ‪ 3‬מולקולות בשנייה בגלל זה צריך הרבה מאוד‪ .‬נבנה מ‪ 2‬גנים‬
‫שונים‪.‬רוביסקו בצמחים מכיל ‪ 8‬תת יחידות גדולות ו‪ 8‬תת יחידות קטנות‪ .‬בבקטריות מכיל רק ‪ 2‬תת יחידות‪ .‬חמצן הינו מעכב תחרותי של‬
‫רוביסקו כאשר יש עודף חמצן הרוביסקו ייצר גליקולאט ולא יקבע פחמן‪-CO2 .‬משפעל את האנזים ע"י היצמדות לשרשרת צד של ‪Lys‬‬
‫באתר הפעיל‪ .‬רוביסקו עובד טוב יותר ב‪ pH‬בסיס וריכוז מגנזיום גבוה‪ .‬בקרה על רוביסקו‪.1-‬באמצעות ‪ ,CO2‬בריכוז גבוה של ‪CO2‬יש‬
‫פחות תחרות ולכן פחות עיכוב של ‪ O2‬ומכאן פחות צורך ברוביסקו (מתבטא בגנים)‪ .2 .‬באמצעות פוספט‪ -‬פעילות הרוביסקו יורדת‬
‫בנוכחות פוספט‪ .‬צמחי‪ C3-‬מכילים סוג אחד של כלורופלסט וסוג ‪ 1‬של אנזים מקבע‪ ,‬רוביסקו‪ -C4.‬מכילים שני סוגי כלורופלסטים ושני‬
‫אנזימים מקבעים‪.‬תאי המזופיל מכילים מערכת ממברנות מפותחת אשר עושות את ריאקצית האור ומקבעות את הפד"ח בעזרת ‪PEP‬‬
‫‪ .Carboxilas‬כך הוא נודד לתאי הבנדל ששם קים רוביקו‪ .‬תא הבנדל הוא תא בעל מערכת ממברנות לא מפותחות בו מתרחש מעגל קלווין‬
‫‪ CO2‬מגיע מחובר כמאלט ומשוחרר ואז עובר קיבוע ע"י רוביסקו‪ .‬מטרת התהליך היא העלאת ריכוז ‪ CO2‬סביב הרוביסקו בכדי שלא‬
‫יעבוד על חמצן הפרדה במרחב בין ותהליך האור לחושך‪.‬צמחי ‪ -Cam‬הופכים בלילה ‪ CO2‬לח‪Crassulacean.‬וביום מבצעים פוטוסינטיזה‬
‫רגילה המטרה היא לא לפתוח פיוניות ביום וכך לבזבז פחות מים הפרדה בזמן‪.‬פקטור ספציפיות‪ -‬כמה אנזים ספציפי לסובסטראט אחד‬
‫שלו‪ .‬האפיניות לסובסטראט אחד חלקי האפיניות לשני‪.‬ספציפיות של רוביסקו ‪ -‬אנו רואים כי באורגניזמים שונים יש פקטורים שונים‬
‫כאשר עושים מניפולציה במטרה לשפר את קצב הרוביסקו רואים כי אין באמת שיפור כנראה בגלל שריכוז ‪CO2‬באטמוספירה לא מספיק‬
‫גבוה‪ .‬מנגנונים לריכוז )‪ -CO2(CCM‬תפקידם להעלות את ריכוז ה ‪CO2‬ביחס לחמצן‪ .‬בציאנו בקטריה אנו מוצאים "אברון" שהוא‬
‫קרבוקסיסום‪ ,‬שמלא ברוביסקו‪ CO2 .‬שנכנס לתא הופך לביקרבונט‪ ))-coh3‬והוא חודר לקרבוקסיסום והופך ל‪CO2 -‬וביחד עם הרוביסקו‬
‫מתבצע קיבוע פחמן‪ .‬פוטוסינטיזה שלא משחררת חמצן‪ -‬מקור ה‪ e‬הוא לא מים ‪ -O. Limnetica‬עושה פוטוסינתזה רגילה כל עוד יש‬
‫שמש אך כאשר יש פחות שמש ‪ SQR‬מחמצן תרכובות של ‪ H2S‬ומעביר את ה‪ e‬ל‪ PQ‬שממשיך את המעגל‪ .‬מקור הגופרית הוא בפירוק של‬
‫חומר רקב ע"י חיידקים ה‪ H2S‬פוגע במנגנון המנגן כאשר יש מספיק חמצן ה‪ H2S‬מחומצן ולא פוגע במנגנון‪ .‬יש הרבה חיידקים שעושים‬
‫פוטוסינתזה שלא משחררת חמצן אורכי הגל האופטימאליים הם יותר ארוכים קיימים בכל מקום גם במקומות עם חמצן כולם חייבים‬
‫אור‪ .‬בקטריורודופסין ‪ -‬מצוי בחיידקים סגולים על גבי הממברנה שלהם פיגמנט שיודע לבלוע אור לשנות את המבנה שלו ולהוציא פרוטון‬
‫מחוץ לתא‪ -PMF .‬בעקבות גרדיאנט אלקטרוכימי שנוצר פרוטונים עוברים דרך ‪ATP‬סינתז ומייצרים ‪ATP. ATP‬סינתז‪-‬מורכב משני‬
‫חלקים‪- F0.1:‬יושב בממברנה מכיל ח‪.‬אמינו טעונות שלילית שקשורות למעבר הפרוטונים‪ .‬פרוטונים נעים ומסובבים את יחידה ‪ε‬‬
‫שמסובבת את יחידה ‪ .γ‬נדרש מעבר של ‪ 3‬פרוטונים על מנת ליצור ‪ -ATP.2.F1‬יושב בחלק של הסטרומה מכיל ‪ 3‬אתרי קישור שאחד תמיד‬
‫ריק‪ ,‬השני אליו נקשרים ‪ ADP‬ופוספאט והשלישי מכיל ‪ .ATP‬הסיבוב של יחידה‪ γ‬משנה את הקונפורמציה ביחידות ‪ ᵝ‬שגורמת לחיבור‬
‫הפוספאט‪( .‬פלג'לום‪ -‬שוטון גם כן מונע ע"י גרדיאנט פרוטונים)‪ATP .‬סינטז יכול לנוע הפוך ולייצר גרדיאנט פרוטונים במחיר של ‪ATP‬‬
‫כאשר צריך כזה גרדיאנט‪ .‬טרנספורמטור‪ -‬מולקולה שמעבירה ‪ATP‬מהסטרומה לציטופלזמה מעביר אותו כ‪ ADP‬הטרנספורמטור הוא‬
‫אנטיפורט ולכן יחזיר ‪ Pi‬על כל ‪ ADP‬שעובר‪ .‬אליזיה ‪ -‬חשופית שיודעת לשמר את הכלורופלסטים של אצות במשך חודשיים יש בה גנים‬
‫בגרעין שקשורים לאחד החלבונים בפוטו' ‪ .2‬ביצים של סלמנדרות מכילות אצות סימביונטיות‪.‬‬
‫מעבדות‪:‬‬
‫‪.1‬שיטות לקביעת כמות חלבון‪:‬‬
‫בדיקות‪ ‬קולורימטריות ‪ ,‬המבוססות על תגובת החלבון עם ריאגנטים‪ ,‬ומתקבל תוצר צבוע שכמותו נמצאת ביחס ישר לכמות החלבון‪.‬‬
‫הבליעה נמדדת‪ ‬בספקטרופוטומטר‪ ‬בתחום האור הנראה‪.‬שיטה ישירה היא מדידת הבליעה של‪ ‬החלבון עצמו‪ ‬בתחום‪ ‬האולטרא‪-‬סגול‪.‬‬
‫עקומת כיול מתארת את תלות הבליעה‪ ,‬הנמדדת באורך גל מסויים‪ ,‬כנגד ריכוזים ידועים ‪.‬‬
‫שימוש בעקומת כיול מתבסס על חוק ‪ : Beer-Lambert‬הקובע כי הבליעה של כל חומר נתון ‪,‬באורך גל מסויים‪ ,‬נמצאת ביחס ישר‬
‫לריכוזו בתמיסה‪( .‬בתנאים סטנדרטיים)‬
‫הפרעה ע"י חומרים בדגימה‪  :‬בתמיסת הדגימה נמצאים לעתים חומרים‪ ,‬כגון‪ :‬דטרגנטים‪ ,‬מלחי בופר‪ ,‬חומרים מחזרים או חומרים‬
‫משמרים‪.‬כשחומר כזה מתערב בתגובה‪ ,‬הוא יכול לגרום לדיכוי של התגובה הנצפית בשיטה‪ ,‬או לתגבורה בצורה שגויה ומתקבלות תוצאות‬
‫לא אמינות‪.‬‬
‫כדי להתגבר באופן חלקי על השפעת חומרים נלווים במערכת‪ ,‬חשוב לתכנן נכון את‪ ‬קריאת הרקע‪. blank – ‬‬
‫ניתן גם לבנות את עקומת הכיול ‪ ,‬ע"י שימוש בתמיסות המכילות את אותם מרכיבים הנמצאים בדגימה‪.‬‬
‫כשחומר כלשהו הנמצא בדגימה מפריע במידה רבה‪ ,‬ניתן להשקיע את החלבון עם חומצה טריכולורואצטית‪ ,‬או אצטון ולבצע דיאליזה או‬
‫פילטרציה בג'ל כדי לבודד את החלבון‪.‬‬
‫גבול הקביעה התחתון‪ :.  ‬הריכוז הנמוך ביותר שניתן לקבוע בעזרת שיטה מסויימת בצורה מדוייקת‪ ,‬יכול להיקבע ע"י מדידת חזרות רבות‬
‫של הרקע (בלנק)‪.‬‬
‫שונות בין חלבונים‪  :‬במדידת כלל חלבוני הדגימה נכנסת שגיאה הנובעת מכך‪ ,‬שחלבונים שונים זה מזה‪ ,‬הנמצאים בתמיסה‪ ,‬נמדדים יחד‬
‫ויכולים להגיב בצורה שונה עם הריאגנטים‪.‬‬
‫במדידת חלבון‪ ‬מנוקה‪ ,‬אך לא ידוע‪ ,‬נכנסת שגיאה אחרת‪ ,‬שמקורה בעקומת כיול‪ ,‬שנבנתה עם חלבון‪ ‬אחר‪ ,‬המשמש כסטנדרט‪.‬‬
‫ברוב השיטות משתמשים ב‪( BSA -‬שהוא חלבון אלבומין מסרום של בקר‪ ,) Bovine Serum Albumin -‬כחלבון הסטנדרט לעקומת‬
‫הכיול‪.‬‬
‫לרוב‪ ,‬אין הדבר גורם לבעיות‪ ,‬אך לעיתים‪ ,‬כשנדרש דיוק רב יותר‪ ,‬יש להשתמש בחלבון זהה לזה שבדגימה הנבדקת גם בעקומת הכיול‪.‬‬
‫השגיאה נובעת מכך שלכל חלבון הרכב שונה של חומצות אמינו‪ pI ,‬שונה‪ ,‬מבנה מרחבי שונה וקבוצות צדדיות או נלוות העלולות להשפיע‬
‫על התגובה‪.‬‬
‫במעבדה זו נבדוק ריכוז חלבון ב‪ 3-‬שיטות‪:‬‬
 ‫א‪ .‬בדיקת חלבון בספקטרופוטומטר באורך גל של ‪ 280nm‬בדיקת חלבון בספקטרופוטומטר באורך גל של ‪ -nm280‬שיטה זו עובדת‬
‫כתוצאה מבליעה של חומצות אמינו ארומטיות‪ ,‬בהנחה כי התכולה הכוללת של חומצות אימנו אלו קבועה‪ .‬בדיקה זו מהירה‪ ,‬נוחה ולא‬
‫הורסת את החלבון‪ .‬אך לבדיקה זו גם מספר חסרונות כמו אי דיוק בשל חומרים היכולים להפריע כמו חומצות גרעין אשר אורך הגל של‬
‫בליעתם הוא ‪ , 260nm‬טיפות מים וחלקיקים מוצקים בתמיסה‪ .‬בנוסף מכשיר זה הוא מכשיר יקר ולכן לא ניתן לבצע אותו בכל מעבדה‬
‫ב‪ .‬שיטת ‪( Biuret‬בדיקה קולורימטרית) שיטה זו אנו בודקים את בליעת האור כתוצאה מתגובה בין ריאגנט ביורט לבין הקשרים‬
‫הפפטידים‪ ,‬הנחושת בריאגנט יוצרת קומפלקס עם ארבע אטומי חנקן שני מכל שרשרת פפטידית‪ .‬לקומפלקס שנוצר סביב הנחושת יש צבע‬
‫שבולע אור באורך גל של ‪ . 550nm‬היתרונות של שיטה זו הן‪ :‬בשיטה זו אין משמעות להרכב החלבון שכן הריאקציה מתרחשת סביב‬
‫הקשרים הפפטידים שיש בכל חלבון‪ .‬החסרונות של שיטה זו‪ :‬שיטה זו דורשת זמן אינקובציה ולכן היא איטית יותר בהשוואה לשיטה‬
‫הישירה‪ ,‬יש הרבה חומרים שיכולים להפריע לריאגנט כגון‪:‬יוני אמונים‪ ,‬סוכרוז אמינים וגליצרול‪ ,‬במו כן השיטה לא רגישה ולכן לא ניתן‬
‫לחשב בה ריכוז חלבון נמוך מ‪)1mg/ml( 1%-‬‬
‫ג‪ .‬שיטת ‪( Lowry‬בדיקה קולורימטרית)‪  ‬שיטה זו משתמשת בשיטת ביורט וגם מוסיפה עוד ריאגנט שנקרא ‪ Folin ciocaleteu‬שיוצר‬
‫תגובה כימית עם החומצות אמינו הארומטיות‪ ,‬טריפטופאן(‪ )w‬וטירוזין(‪ .)Y‬בשיטה זו הוחלף הריאגנט של ביורט בריאגנט של נחושת‬
‫טרטרת אך הריאגנט החדש יוצר את אותו הקומפלקס עם החנקנים מהקשרים הפפטידים כמו בריאגנט ביורט‪ .‬יתרונות לשיטה זו‪ :‬בעלת‬
‫רגישות גבוהה ולכן ניתן לקבוע ריכוז נמוך בדגימה אך היא בעייתית בריכוזים גבוהים‪ .‬חסרונות‪ :‬השיטה לא נוחה לשימוש בגלל שיש‬
‫הוספה של שני חומרים עם זמן המתנה ביניהם כמו כן היא איטית יותר מהשיטה הישירה כי צריך לחכות להופעת הצבע‬
‫‪ .2‬קביעת הנקודה האיזואלקטרית ( ‪ ) pI‬של קזאין‬
‫הנקודה האיזואלקטרית של חלבון מוגדרת כ‪ pH -‬בו אין לחלבון המסוים מטען חשמלי נטו‪.‬סה"כ המטענים של החלבון בנקודה זו שווים‬
‫ל‪. 0-‬הנקודה האיזואלקטרית תלויה בהרכב חומצות האמינו של החלבון‪.‬לחלבונים שונים נקודות ‪ pI‬שונות זו מזו‪.‬עובדה זו עוזרת באפיון‬
‫ובתהליכי ניקוי והפרדה של חלבונים ספציפיים‪.‬‬
‫בנקודה האיזואלקטרית‪ ‬המסיסות‪ ‬של החלבון היא‪ ‬הנמוכה‪ ‬ביותר בתמיסה מימית‪ ‬בגלל שבנקודה זו אין לו מטענים‬
‫המסיסות הנמוכה גורמת להוצאת החלבון מהתמיסה (היווצרות משקעים)‪ ,‬וכתוצאה מכך עולה עכירות התמיסה (חלקיקי המשקע‬
‫מרחפים בתמיסה ויוצרים תרחיף עכור)‪.‬‬
‫במקום בו העכירות היא‪ ‬הגבוהה‪  ‬ביותר ניתן להסיק שהתרחשה שקיעת חלבון עקב‪ ‬הקטנת‪ ‬מסיסותו במים‪ .‬‬
‫כך נקבע את הנקודה‪ ‬האיזואלקטרית‪ ‬של החלבון‪.‬‬

‫מלח‬
‫‪  pH = pK + log‬‬ ‫ממשוואת הנדרסון‪-‬הסלבך‪:‬‬
‫חומצה‬

‫‪.3‬בידוד ליזוזים (‪ ) Lysozyme ‬מלובן ביצת תרנגולת‬

‫ההבדלים הם בתכונות שונות המאפשרים לנקות חלבונים‪ :‬מסיסות‪,‬גודל‪ ,‬מטען חשמלי בתנאים שונים וכד'‬
‫השיטות הן רבות‪ ,‬וכוללות השקעה בחוזק יוני מסויים‪ ,‬היספחות לעמודות בתנאי ‪ pH‬או חוזק יוני מסוימים‪ ,‬הפרדה כרומטוגרפית‬
‫בעמודות המסתמכת על גודל או על מטען בתנאים שונים‪  .‬כמו‪-‬כן הפרדה בעזרת אלקטרופוריזה או שימוש (כרומוטוגרפיית אפיניות)‬
‫בליגנד כגון‪:‬בסובסטרט‪ ,‬מעכב ספציפי או נוגדנים ספציפיים להפרדת חלבון מסויים ( ‪) Affinity chromatography‬‬
‫ניתן לזהות חלבונים ע"י‪  ‬פעילות ביולוגית או ע"י נוגדנים ספציפיים‪ .‬אנזימים ניתנים לזיהוי על פי פעילותם‪.‬‬
‫‪.‬הפפטידוגליקן שומר על צורת החיידק ומאפשר לו להתקיים בתמיסה היפואוסמוטית (כגון מים)‪.‬‬

‫פעילות ספציפית‪ :‬יחידות פעילות אנזימתית‪  ) U ( ‬ניצולת‪ :‬סה"כ יחידות פעילות בכל הפרקציות שנוקו ‪ 100X‬דרגת ניקוי‪ :‬פעילות ספציפית של המקטע‬
‫פעילות ספציםית בתמיסת המוצא‬ ‫סה"כ יחידות פעילות בתמיסת מוצא‬ ‫כמות החלבון הכללית‪) mg ( ‬‬

‫ניקוי חלבונים‪ .1 -‬שבירת רקמה (עם קרח שלא יעבור דנטורציה)‪ .2 .‬השקעה (לא חובה)‪ -‬מורידים את המסיסות ויוצרים גושי חלבון‪.3 .‬‬
‫כרומוטוגרפיה‪ -‬פזה נעה‪ -‬נוזל‪ ,‬פזה נחה‪ -‬כדורי שרף שמסננים‪ :‬אפיניות (ספציפית ומהירה)‪ ,‬גודל (תעלות בתוך השרף)‪ ,‬מחליף יוני (טעינת‬
‫השרף‪ -‬לפי ׂׂ‪ )PH‬וכו'‬
‫זיהוי לאחר ניקוי‪ :‬בדיקת פעילות ספציפית‪ ,‬נוגדן ספציפי‪ ,‬גודל יחודי וצבע פלוריסנטי‪.‬‬

‫האלקטרופוריזה מתבצעת בג'ל עשוי פוליאקרילמיד המאט את תנועת החלבונים בהתאם ליחס מטען למסה שלהם וצורתם‪ ,‬כאשר הכוח‬
‫המניע את החלבונים הוא הפוטנציאל החשמלי‪ .‬על מנת שקיפול החלבונים השונים לא ישפיע על שטח הפנים שלהם ועל כן על מהירות‬
‫התקדמותם בג'ל‪ ,‬משתמשים במולקולת(‪ . SDS‬ה‪ SDS -‬טעונה שלילית ולכן נקשרת לחומצות האמינו‪ ,‬עוטפת אותם ובכך מונעת מהם‬
‫קיפול‪ .‬בנוסף מולקולות ה‪ SDS -‬יוצרות מצב שכל החלבונים בתמיסה טעונים במטען שלילי ובכך נעים לכיוון אחד בג'ל‪ .‬לאחר הרצת‬
‫החלבונים באלקטרופוריזה ניתן לראות אותם פרוסים בג'ל בעזרת הוספת צבע הנקשר לחלבונים אך לא לג'ל עצמו‪.‬‬

‫מאמר‪ :‬לאנזים ‪ -HIV1 L‬יצרו בצורה כימית אננטיומר ‪ .-HIV1 D‬המסקנה‪ :‬המבנה הכיראלי התלת מימדי נקבע ע"י רצף חומצות‬
‫האמינו‪ .‬שניהם מעוכבים ע"י אותו מעכב לא כיראלי אך ניתנים לשימוש רפואי כיוון שאורך חייהם ארוך יותר כי פרוטאזות עובדות רק על‬
‫חלבוני ‪.L‬‬