‫המשך שיטות להפרדת חלבונים‬

‫ד‪ – Affinity chromatography .‬כרומטוגרפית נוגדנים – משתמשים בתכונות קשירה של‬

‫חלבונים (במקרה הזה נוגדנים) לחומר מסוים וידוע שיש להם רגישות אליו‪ .‬מעבירים‬
‫בקולונה תערובת של מספר חלבונים והחלבונים שנשארו קשורים בתוך הקולונה בעצם‬
‫נקשרו לאנטיגן שבסולבנט‪ .‬החלבונים הללו תקועים בתוך הקולונה מחוברים לאנטיגן שלהם‪.‬‬
‫נשאלת השאלה כיצד נפריד אותם מהקולונה?‬

‫‪ -‬נשנה את ה‪ Ph‬כך שהקשר בין החלבון לאנטיגן יחלש וכך החלבונים ישתחררו מהקולונה‪.‬‬

‫‪ -‬נוסיף חלבון סינטטי נוסף ונוסיף אותו לקולונה וכך הוא יתחרה עם החלבונים שנקשרו לנוגדן‬
‫ובעצם יחליף אותם‪ .‬החלבונים שיצאו הם בעצם אלה שמעניינים אותנו וכך הפרדנו אותם‬
‫מהקולונה‪.‬‬

‫כשמדברים על ‪ immunoaffinity chromatography‬מדברים על שימוש בנוגדנים כדרך להפרדת‬

‫חלבונים‪.‬‬

‫‪ – Metal affinity chromatography‬תת שיטה נוספת בה בקולונה יהיה ניקל או אבץ שידוע‬
‫שמתחבר לחלבון אותו אנו רוצים לבודד‪ .‬החלבון שאנו מעוניינים בו נשאר בקולונה ונשטוף‬
‫אותו על ידי כך שנוסיף תמיסת ניקל או אבץ לקולונה‪ ,‬החלבון יברח יחד עם היונים החופשיים‬
‫של המתכת בתמיסה‪.‬‬

‫ה‪ .‬אלקטרופורזה ‪electrophoresis by size and charge‬‬

‫שיטה להפרדת חלבונים הנמצאים בתנועה התוך ג'ל או מטריקס כלשהו באמצעות שדה‬
‫חשמלי‪ .‬הג'ל הכי מקובל הוא מסוג ‪ polyacrylamide‬חומר אינרטי שאפשר לשלוט בגודל‬
‫הנקבוביות שלו וכך אפשר להפריד בין החלבונים גם באמצעות הגודל של כל אחד וגם‬
‫באמצעות המטען‪ .‬למדנו מקודם כי ג'ל פילטריישן (קולונות עם בידים) המולקולות הקטנות‬
‫יצאו מאוחר יותר (כי ישארו בתוך הבידים) אבל כאן כל המולקולות עוברות בין הבידים ולכן‬
‫מולקולות קטנות יעברו מהר יותר ביחס למולקולות גדולות בהנחה שיש להן אותו ריכוז מטען‪.‬‬
‫נשים לב שמהירות התנועה של המולקולות תלויה – בחיכוך (כתלות בגודל המולקולה)‪ ,‬בחוזק‬
‫השדה החשמלי‪ ,‬במטען נטו על החלבון‪.‬‬

‫אנחנו צריכים דרך לראות את החלבונים וחלוקתם על הג'ל – החלבונים שקופים ולכן גם אם‬
‫יש חלוקה לא נראה אותה‪ .‬אפשר לסמן את החלבונים על ידי חומר מסוים שיקשר ויצבע את‬
‫כולם‪ ,‬אמנם בשיטה הזו נראה חלוקה אך לא נוכל להפריד בין זהות החלבונים‪ .‬לכן יש שיטות‬
‫נוספות‪:‬‬

‫‪ Western blotting‬שיטה בה ניקח את הג'ל ונעביר אותו לממברנה‪ ,‬סוג של נייר‪ ,‬וכך החלבונים‬
‫יעברו מהג'ל אל תוך נייר (זה האופי החלבוני)‪ .‬הממברנה נקראת ‪ .transfer protein blotting‬אז‪,‬‬
‫נשתמש בנוגדן ספציפי שידוע שהוא מגיב רק עם אחד מן החלבונים וכך נזהה אותו‪ .‬הסבר‪ :‬על‬
‫אותה הממברנה עליה החלבונים הועברו יש חלבון מטרה‪ ,‬נוגדן ראשוני שמכיר אותו‪ ,‬ונוגדן‬
‫שניוני שקשור לאנזים‪ .‬כאשר נותנים לאנזים סובסטרט כלשהו‪ ,‬הסובסטרט הופך לצבעוני וכך‬
‫אפשר להבין כמה נוגדן שניוני יש בתערובת‪ .‬כך ניתן להגיע לכמויות של כל השאר‪ .‬מאוד דומה‬
‫לשיטת האלייזה‪.‬‬
 ‫תת שיטה נוספת ‪ – SDS PAGE‬הפרדה לפי גודל החלבונים בלבד‪ .‬למעשה שיטה בה מוסיפים‬
‫‪ sodium dodecyl sulfate‬שמבצע על החלבונים דנטורציה וכך הם מאמצים צורה ישרה "צורת‬
‫מוט"‪ .‬הקשירה למולקולת ‪ SDS‬הופכת את צפיפות המטען של החלבונים כולם לשלילית מאוד‪.‬‬
‫היחס בין המטען למסה של כל החלבונים הופכת להיות זהה וכך החלבונים מופרדים אך ורק‬
‫לפי המסה ולא לפי המטען‪ .‬דנטורציה – הרס החלבונים ולכן השיטה היא לא למטרות‬
‫פונקציונליות אלא רק זיהוי ומספור‪.‬‬
‫בשיטה הזו אנחנו יכולים לדעת מה‬
‫המשקל המולקולרי של החלבון‬
‫אבל לאו דווקא לדעת את זהותו‪.‬‬
‫מה נעשה? נשווה את המשקל‬
‫המולקולרי שקיבלנו ל‪ Mw‬של‬
‫מולקולות ידועות וכך נוכל לגשש‬
‫מהי זהותו‪ .‬מולקולות שהמסה‬
‫המולקולרית שלהן ידועה מראש‬
‫נקראת "מרקר" וגם אותה נעביר‬
‫אותו תהליך כדי שתשמש עבורנו‬
‫כרפרנס‪.‬‬

‫עד כה דיברנו ב‪ SDS PAGE‬על דנטורציה כלומר הפרדה רק של קשרים בין מולקולרים‪ .‬מה‬
‫נעשה עם חלבונים שנרצה להפריד גם את הקשרים האינטרמולקולרים‪ ,‬קוולנטיים הנמצאים‬
‫בחלבון? נוסיף חומר מחזר לדוגמה ‪ mertcapoethenol-2‬וכך נפרק את החלבון‪.‬‬

‫ו‪Isoelectric focusing .‬‬

‫נזכיר כי חומצת אמינו בנקודה האינזואלקטירת‬

‫שלה‪ ,‬מטענה שווה ל‪ .0‬אם ה‪ Ph‬של הג'ל שווה‬
‫לנקודה האיזואלקטרית של החלבון‪ ,‬החלבון לא‬
‫ינוע בתוך השדה החשמלי כי המטען נטו הוא ‪.0‬‬
‫כשיש תערובת של המון סוגי חלבונים‪ ,‬נוכל‬
‫להפריד על פי נ‪ .‬איזואלקטרית‪ .‬נשתמש בתמיסה‬
‫אחת ונכניס לתוכה חומרים שנקראים אמפולתים‬
‫שיוצרים מפל (גרדיאנט) של ריכוזי ‪Ph‬שונים בתוך‬
‫התערובת‪ ,‬נריץ את הדגימה בשדה החשמלי וכל‬
‫חלבון יפסיק לנדוד בשדה החשמלי ברגע שהוא‬
‫הגיע ל‪ Ph‬ששווה לנ‪ .‬האיזואלקטרית שלו‪.‬‬

‫הפרדה דו מיימדית של חלבונים‬

‫אפשר להשתמש בשתי תכונות של חלבון כדי להפריד מהשכנים‪ .‬לדוגמא נ‪ .‬איזואלקטרית וגם‬
‫גודל‪ .‬רלוונטי למקרים ששני סוגי חלבונים בעלי אותה נ‪ .‬איזואלקטרית אבל גודל שונה‪ .‬בשלב‬
‫הראשון מתרחשת הפרדה על ידי ‪ isoelectric focusing‬ולאחר מכן על ידי ‪ .SDS‬באותו טור‬
‫נמצאים חלבונים בעלי אותה נ‪ .‬איזואלקטרית אבל השורות מסמלות את הגדלים השונים‪.‬‬
 ‫ז‪Ultraceentrifugation seperates largely by mass .‬‬

‫מולקולות קלות מאוד לא ישקעו מהר בצנטריפוגציה‪ ,‬להבדיל ממולקולות גדולות שישקעו‬
‫כתוצאה מהתאוצה‪ .‬צנטריפוגה מבצעת בדקה ‪ 100‬אלף סיבובים וקצב השקיעה של חומרים‬
‫שמכניסים לתוכה קשור למסה (בעיקר)‪ ,‬לצפיפות ולצורה של המולקולות‪ .‬היחידה שצריך‬
‫להכיר בהקשר הזה נקראת ‪ - svedberg‬זהו המדד לגודל‪/‬צורה של מולקולה באופן שמבוסס‬
‫על קצב השקיעה תחת גרביטציה‪.‬‬

‫לחומרים שונים יש קבועי סדמינטציה (ערכי סוודברג) שונים‪ .‬כאשר ערך הסוודברג גדול (קצב‬
‫השקיעה מהיר) המולקולה גדולה יותר‪.‬‬
 ‫סוודרבגים של ריבוזומים –‬

‫נשים לב שאי אפשר לחבר בין סוודברגים של חלבונים גם אם הם שייכים לאותה מולקולה כי‬
‫לא מדובר על יחס ליניארי‪ .‬לדוגמה‪ ,‬עבור חלק אחד של ריבוזום מהירות השקיעה ‪ ,30‬של‬
‫החלק השני ‪ 50‬אך סה"כ שקיעה שווה ל‪.70S‬‬

‫בדרך כלל מבצעים מספר שלבי ניקוי על מנת לבודד חלבונים‪ .‬נשים לב שבכל אחד משלבי‬
‫הניקוי אנחנו מאבדים מסה מאוד גדולה של חלבון (בין אם החלבון אותו אנו מעוניינים לבודד‬
‫או חלבונים שאינם רצויים)‪ .‬אמנם הכמות של החלבון הרצוי קטנה ל ‪ mg 3‬בלבד וגם ה ‪activity‬‬
‫ירד (נמצא ביחס ישר עם כמות החלבון) אבל הספציפיות עלתה – כל שלושת המיליגרם‬
‫שנשארו הם חלבון נקי ורצוי‪ – .‬נרחיב על הנאמר כשנלמד על אנזימים‪.‬‬

‫פרד סנגר – כימאי בריטי שזכה בשני פרסי נובל‪ .‬הוא קבע את הרצף של אינסולין (מדובר על‬
‫‪ 51‬חומצות אמינו שמסודרות בשתי שרשראות) ולאחר מכן פיתח שיטה לקביעת רצף חלבון‪.‬‬
‫את פרס הנובל השני קיבל עבור פיתוח שיטה לקביעת רצף ‪.DNA- sanger sequence‬‬
‫משתמשים בעקרון המנחה של השיטות הללו עד היום‪.‬‬

‫השיטה שמשתמשים בה היום דומה לשיטה שזיכתה את סנגר בפרס נובל ושמה ‪Edmand‬‬
‫‪ .degredation‬הסבר לתהליך‪ :‬לוקחים חלבון שלא ידוע ריצוף חומצות האמינו שלו‪ ,‬ומגיבים‬
‫אותו עם חומר שיכול להגיב רק על ה‪ N‬הטרמינלי (היחיד) של החלבון‪ .‬הקשר הפפטידי הראשון‬
‫של החלבון מתנתק וכך נוצרת מולקולה שמורכבת מהחומצה האמינית הראשונה והחומר‬
‫שהגיב איתה (מה שהכנסתי) והחלבון התקצר בחומצת אמינו אחת‪ .‬התהליך הנ"ל חוזר חלילה‬
‫ובהדרגה כל חומצות האמינו מתנתקות מהחלבון והופכות לעצמאיות‪ .‬כך ניתן להבין את סדר‬
‫חומצות האמינו מהן מורכב החלבון‪.‬‬
 ‫מכל מיני סיבות‪ ,‬אי אפשר לחזור על פעולת הניתוק שוב ושוב ובדרך כלל היא מוגבלת ל‪100‬‬
‫פעמים בלבד‪ .‬לכן‪ ,‬אם ברצוני להבין מהו רצף חלבון שמורכב ממעל ל‪ 100‬חומצות אמיניות –‬
‫יש צורך לחתוך אותו לתת יחידות זהות וחופפות ‪ .overlapping‬כיצד נחתוך? שיטות כימיות או‬
‫אנזימטיות (שלב ‪ 2a+2b‬בתמונה)‪ .‬קיימים אנזימים בשם פרוטאזות (לדוגמה טריפסין) שידוע‬
‫מראש מהי הספציפיות שלהן – קרי איזה קשר קוולנטי הם מפרקים בתוך המולקולה וכך ניצור‬
‫שרשראות ‪ovarlapping‬זהות‪.‬‬
 ‫כיום משתמשים פחות ב‪ Edmand degredation‬אלא ב‪ .mass spectrometry‬משום שבשיטה‬
‫הראשונה יש צורך החלבון אחד טהור שמופרד לחלקיו ואילו בדרך כלל יש צורך בהפרדת‬
‫חלבונים שנמצאים כבר בתמיסה אחת‪ .‬ב‪ MS‬עובדים בשיטה שונה בה למעשה לא קובעים את‬
‫הזהות של חומצה אמינית אחת אחרי השניה אלא את המסה של פפטידים שונים ולפי‬
‫המשקלים השונים שנחתכו מהחלבון‪ ,‬קובעים מה כנראה היה מבנה החלבון המקורי‪ .‬הדבר‬
‫לא היה אפשרי בעבר כי למעשה שיטות יינון ואידוי מולקולות ישנות היו גסות מאוד עד כדי‬
‫שבירת החלבון‪ .‬רק לאחרונה המציאו שיטות יותר עדינות ששומרות על שלמות החלבון‬
‫הביולוגי‪ .‬המנגנון מאוד מסובך ולכן יש צורך רק להכיר ולהבין את העקרון הכללי‪.‬‬
 ‫שיעור ‪ -3‬מבנה תלת מיימדי של חלבונים‬

‫למעשה פעילות החלבונים מיוחסת למבנה התלת מיימדי שלהם‪.‬‬

‫מבנה חלבונים‪:‬‬

‫מבנה ראשונה ‪ – primary‬הרצף הליניארי של חומצות האמינו‪.‬‬

‫מבנה שניוני ‪ – secondary‬מבנה מקומי בשלושה מיימדים של שלד הפוליפפטיד ללא קבוצת‬
‫‪ R. Alpha Helix‬או ‪.Beta sheet‬‬

‫מבנה שלישוני ‪ – tertiary‬מבחן תלת מימדי של כל החלבון (כולל קבוצות ‪.)R‬‬

‫מבנה רבעוני ‪ – quaternary‬הארגון המרחבי של תתי יחידות של חלבון‪ .‬לא קיים בכל סוגי‬
‫החלבונים‪.‬‬

‫קיימים שני סוגים של תתי מבנים במעבר בין המבנה השניוני והמבנה השלישוני (נפרט עליהם‬
‫בהמשך הקורס)‪:‬‬

‫‪Super secondary structure‬‬ ‫‪.1‬‬

‫‪Domain‬‬ ‫‪.2‬‬

‫נבדיל בין סוגי סלילים ‪ – helix‬ישנם סלילים ימניים ישנם סלילים שמאליים כתלות בכיווניות‬
‫הסליל‪.‬‬
 ‫המבנה השניוני‬

‫קיימות שלוש צורות ששייכות למבנה השניוני וכולן נובעות מהקשר הפפטידי – הקשר בין‬
‫הקרבוסילט ואמוניום של שתי ח‪ .‬אמינו שונות‪ .‬הקשר הפפטידי ‪ N-C‬הוא קשר מאוד קשיח ולכן‬
‫הוא פלנארי – אין סיבוב סביב אותו הקשר בגלל רזוננס‪ .‬הקשר דומו באופיו חלקית לקשר‬
‫כפול‪ .‬אורכו ‪ , A 1.33‬הוא קצר מאוד‪.‬‬

‫אותו הקשר מאמץ קונפיגורציה של טראנס בדרך כלל (חוץ מבפרולין)‪ ,‬פונה לשני אספקטים‬
‫שונים של המישור‪ .‬הסיבה שהקונפיגורציה היא טראנס היא כדי למנוע הפרדה סטרית של‬
‫קבוצות הצד‪ .‬האופי הפלנרי של הקשר מגביל את הגמישות של כל השרשרת הפוליפפטידית‬
‫אך נשים לב שפרט לקשרים הפפטידים קיימים קשרים נוספים בשרשרת לדוגמא בין פחמן‬
‫אלפא לחנקן ובין פחמן אלפא לפחמן של הקבוצה הקרבוקסילית‪ .‬בקשרים הללו כן יש סיבוב‬
‫חופשי שמוגדר דרך ‪ 2‬זוויות – הזווית פי מתארת את הקשר בין‬
‫אלפא לחנקן וזווית סי מתארת את הקשר בין אלפא לפחמן‬
‫קרבוקסילי‪.‬‬

‫כאשר השרשרת פרוסה על אותו מישור‪ ,‬הזוויות שוות ל‪ 180‬מעלות‪ .‬המספר גדל מעל ל‪180‬‬
‫מעלות כאשר מסתכלים מכיוון של פחמן אלפא אל הקשר הרצוי עם כיוון השעון‪ .‬יש מגבלה‬
‫סטרית על הזוויות הללו ולכן הן בעלות ערך גבולי מסוים כתלות‬
‫במבנה המרחבי של החלבון וקבוצות קרובות‪.‬‬
 ‫דיאגרמת ‪ ramachandram‬קובעת את הערכים‬
‫המקסימליים עבור זווית סי ופי כתלות בהפרעה‬
‫הסטרית‪ .‬היא מתארת קומבינציות אפשריות של‬
‫זוויות‪ .‬האזור הכחול מורשה מבחינה סטרית והאזור‬
‫הירוק הוא גבולי אך אפשרי‪ .‬כל שאר הקומבינציות‬
‫אינן אפשריות‪.‬‬

‫בחור בשם לינוס פאולינג זכה בשני פרסי נובל – לכימיה ולשלום‪ .‬הוא חקר לעומק את אופיו‬
‫של הקשר הכימי והסיק כיצד צריכים מבנים מורכבים להסתדר במרחב‪ .‬הוא הבין שהמיקומים‬
‫של האטומים בתוך המולקולות נשלטים על ידי רדיוסים אטומיים‪ ,‬אורכים של קשרים קוולנטים‪,‬‬
‫זוויות של קשרים קוולנטים והוא ניחש באמצעות העקרונות הללו מבנים של מולקולות‬
‫מורכבות‪ .‬הוא הסיק שקיימות צורות בשם ‪ alpha helix‬ו‪ beta (pleated) sheets‬שהתבררו‬
‫כנכונים רק כמה שנים טובות לאחר אותו הגילוי‪ ,‬כשהתפתחה טכנולוגיה שמאפשרת לצפות‬
‫באותם המבנים‪.‬‬

‫אלו גם שני המבנים השניוניים הרגולריים הכי נפוצים‪ .‬הם נקראים רגולריים משום שהם בעלי‬
‫רצף של חומצות אמינו עם חזרתיות מסויימת – ערכי פי וסי שחוזרים על עצמם‪.‬‬

‫אלפא הליקס – אחד המבנים היציבים בטבע של חלבונים‪ .‬הקונפיגורציה‬

‫היחידה של פוליפפטיד שיש בה הן קשרי מימן והן מתאפשרת מבחינה סטרית‬
‫(מבחינת הזוויות סי ופי)‪ .‬מדובר בסליל שהוא ‪ right handed‬בכיוון השעון‪.‬‬
 ‫בכל סיבוב יש בממוצע ‪ 3.6‬חומצות אמינו ‪ .residue‬המרחק הורטיקלי‬
‫‪ pitch‬בין כל סיבוב הוא ‪.A pitch 5.4‬‬

‫בחלבונים אמיתיים הליקס מורכב מ‪ 12‬חומצות אמינו‪ ,‬כלומר מכיל קצת יותר מ‪ 3‬סיבובים‬
‫ואורכו בערך ‪ .A 18‬הוא מיוצב על ידי קשרי מימן בציר המרכזי של ההליקס‪ .‬קשרי המימן הם‬
‫בין החמצן של קשר ‪ C=O‬למימן של קשר ‪ N-H‬של ‪ 2‬חומצות אמינו שונות שמרוחקות ב‪4‬‬
‫פוזיציות האחת מהשנייה ( ‪ .)……R1-R5, R2-R6‬לקצי ההליקס (חלקים טרמינליים) אין יכולת‬
‫ליצור קשרי מימן‪.‬‬

‫קבוצות צד‪ ,R ,‬פונות אל מחוץ לסליל כלפי מטה כדי לצמצם הפרעה מרחבית‪ .‬הליבה‪, core ,‬‬
‫מאוד דחוסה והאטומים נמצאים ברדיוס ואן דר וואלס‪ ,‬כלומר מאוד קרובים אחד לשני‪.‬‬

‫‪ – Beta Sheets‬מבנה פלאנרי שבנוי ממספר שרשראות‬

‫‪( strands‬להבדיל מההליקס)‪ .‬ישנם קשרי מימן בין‬
‫השרשראות השונות מתחילת השרשרת ועד לסופה‪ ,‬כולל‬
‫בחלקים הטרמינליים‪ .‬הניגוד לקשרי המימן באלפא הליקס‬
‫שהיו באותה המולקולה‪ ,‬כאן הקשרים הם בין פוליפפטידים‬
‫שונים‪.‬‬

‫‪ – Parallel beta sheet‬שתי השרשראות באותה אוריינטציה –‬

‫מ‪ N‬ל‪ .C‬פחות יציב כי הזוויות של קשרי המימן אינן‬
‫אופטימליות‪ .‬נדיר למצוא ‪ parallel beta sheets‬שמכילות פחו‬
‫מ‪ 5‬שרשראות‪.‬‬

‫‪ – ntiparallel beta sheet‬השרשראות נמצאות באוריינטציה‬ ‫‪A‬‬

‫הופכית‪ .‬מבנה יציב יותר‪.‬‬

‫קשרי מימן אופטימליים נוצרים כאשר זוויות סי ופי שוות ל‪ 180‬מעלות‪.‬‬

‫קבוצות הצד נמצאות במאונך למישור של ה‪ sheet‬ויוצאות פנימה‬
‫והחוצה לסירוגין (הכדור הסגול בתמונה)‪.‬‬

‫בחלבונים טבעיים יש בין ‪ 2-22‬שרשראות כאשר הממוצע הוא ‪ .6‬וכל‬

‫שרשרת יכולה להכיל עד ‪ 15‬חומצות אמינו כאשר הממוצע גם כן ‪.6‬‬

‫החיבור בין שרשראות של חלבון משולב יכולים להכין גם קישורים‬

‫מקבילים ואנטי מקבילים‪.‬‬

‫קישוריות של שרשראות פוליפפטידיות ‪topology / connectivity‬‬

 ‫בשרשראות אנטי מקבילות אפשרי שהלופ ביניהן יהיה קטן‪ .‬בשרשראות מקבילות הלופ יהיה‬
‫גדול בהכרח‪ ,‬תיווצר לולאה שיוצאת ממישור ה‪ .beta sheet‬בשני המקרים‪ ,‬מדובר במינימום‬
‫לופ שנדרש על מנת לקשר בין שתי שרשראות‪ ,‬בפועל המסלולים יכולים להיות הרבה יותר‬

‫ארוכים‪.‬‬

‫‪ – Turn connects unit of secondary structure‬סגמנט עם מבנה שניוני רגולרי‪ ,‬בעל ‪ 2‬צורות‬
‫‪ .type 1 and 2‬מורכב מ‪ 4‬חומצות אמינו (גליצין ופרולין שכיחות במבנה הזה) שיוצרות את‬
‫הסיבוב ותפקידו הוא קישור בין ‪ 2‬המבנים הרגולרים שאוזכרו מקודם‪ .‬הלופ שמתרחש בין ‪2‬‬
‫שרשראות ב‪ beta sheets‬הוא דוגמא לאותו ‪ turn‬המאפשר שינוי כיוון חד‪.‬‬

‫נבחין בין שני סוגי חלבונים‪:‬‬

‫‪ – Globular‬בדרך כלל חלבונים פונקציונליים בדרך כלל כמו אנזימים – צורתם‬

‫ככדור‪ .‬מורכבים מהרבה מאוד מבנים שונים‪.‬‬

‫‪ – Fibrous‬חלבונים בעלי תפקיד מבני כללי‪ ,‬תפקיד תמיכתי או משמשות‬

‫לחיבור‪ ,‬מולקולות מאורכות שהצורה שלהן נשלטת על ידי סוג אחד של מבנה שניוני חזרתי‪.‬‬
‫אלפא קרטין הוא דוגמה לכך‪.‬‬

‫קרטין‬

‫זהו המרכיב העיקרי באפידרמיס‪ ,‬שיער‪ ,‬ציפורניים‪ .‬ישנם ‪ 50‬גנים של קרטין בבני אדם ולכן‬
‫הקרטין בשיער ובציפורניים הוא שונה‪ .‬ה‪ pitch‬של קרטין הוא ‪ A 5.1‬להבדיל מהאורך הממוצע‬
‫של ‪ .A 5.4‬הסיבה לכך היא שכל פוליפפטיד‪ /‬שרשרת קרטין אחת היא אלפא הליקס אבל‬
‫מולקולה של קרטין היא שני פוליפפטידים של אלפא הליקס שמסתרגים אחד על השני ויוצרים‬
‫‪ .Left handed coli‬בהרבה חלבונים פיברוטיים וגם גלובולרים המבנה הזה חוזר‪.‬‬
‫לאורך הפוליפפטיד היחיד של הקרטין יש חזרתיות של ‪ 7‬חומצות אמינו שנסמל כ ‪a,b,c,d,e,f,g‬‬
‫לצורך נוחות‪ .‬יוצא ש‪ a‬ו‪ d‬תמיד יוצאות אחת מול השנייה בין שני האלפא הליקסים השונים‪.‬‬
‫הקישוריות ביניהם היא זו שיוצרת את ה‪ – coiled coli‬צורת מבנה הקרטין‪ .‬לסיכום – ‪coiled coli‬‬
‫היא צורה קשיחה המורכבת משני סלילי אלפא מלופפים זה בזה‪ ,‬דוגמאות קלאסיות נוספות‬
‫בעלות אותו המבנה הן המיוזין והטרופומיוזין שבשריר‪.‬‬

‫המשך מבנה הקרטין‪:‬‬

‫אלפא קרטין עשירים בציסטאין ולכן מכילים הרבה קשרים די סולפידים ביניהם‪ .‬יש אלפא‬
‫קרטין קשים (שיער‪ ,‬קרניים ציפורניים) ואלפא קרטינים רכים כמו בעור‪ ,‬הקושי הוא כתלות‬
‫בקשרים הדיסולפידיים‪ .‬סלסול ויישור שיער מתבצעים על ידי חיזור של קשרים דיסולפידים‬
‫בשיער‪ ,‬לאחר מכן מסלסלים‪ /‬מחליקים את השיער ולבסוף יוצרים את הקשרים הדיסולפידים‬
‫שוב על ידי חמצון השיער‪.‬‬
 ‫קולגן‬

‫כל מולקולת קולגן מורכבת משלושה פוליפפטידים‪ .‬קולגן מרכיב רקמות חיבור‬
‫(שלד‪ ,‬רקמות חיבור‪ ,‬גיד‪ .)...‬יש הרבה סוגי קולגן‪ 46 ,‬פוליפפטידים שונים של קולגן‬
‫שיכולים להרכיב ‪ 28‬מולקולות שונות של קולגן‪ .‬לקולגן אחוז גבוה מאוד של גליצין‬
‫‪ 30%‬בערך‪ 15-30% ,‬של פרולין והידרוקסיפרולין‪.‬‬

‫בשרשרת קולגן בדרך כלל חוזרת הסידוריות הבאה גליצין‪ X-Y-‬כאשר ‪ X‬בדרך כלל‬
‫פרולין ו‪ Y‬בדרך כלל הידרוקסיפרולין או הידרוקסיליזין‪ .‬כל שרשרת מכילה בערך‬
‫‪ 1000‬חומצות אמינו‪.‬‬

‫המבנה המרחבי של הפרולין מונע היווצרות של שרשראות אלפא הליקס‪ ,‬ובמקום‬

‫נוצרת מולקולה שמורכבת מ‪ 3‬שרשראות פוליפפטידים מלופפות אחת סביב‬
‫השניה‪ .‬קשרי המימן הם בין ‪ N-H‬של גליצין לבין החמצן הקרבונילי של ‪( X‬לדוגמא‬
‫פרולין) בשרשרת השכנה‪ .‬הפרולין וההידרוקסיפרולין מקנות חוזק למבנה הזה‬
‫משום שהן מאוד נפחיות ודווקא הדחיה ביניהן מעלה את קשיות המבנה‪ .‬הגליצין נפוץ‬
‫בשרשרת משום שמדובר על חומצת אמינו קטנה מבחינה נפחית והיא היחידה שיכולה‬
‫להשתלב במבנה סבוך זה‪.‬‬

‫ישנם קשרים קוולנטים במבנה – ביחוד באזורים הטרמינליים של מולקולת הקולגן‪ .‬ככל‬
‫שמתבגרים יש יותר קשרים קוולנטים בין מולקולות הקולגן ולכן עור מבוגר "קשה" יותר מעור‬
‫צעיר‪.‬‬

‫‪Prolyl hydroxylase vitamin c and scurvy‬‬

‫כאמור‪ ,‬מחסור בויטמין ‪ C‬גורם למחלת הצפדינה שהייתה נפוצה בעבר בקרב יורדי ים‪.‬‬
‫מולקולות בשם פרוליל הידרוקסילזות תלויות בויטמין ‪ C‬והוא קשור ליצירת הפרולין‬
‫וההידרוקסיפרולין‪ .‬נוכחות אותן מולקולות היא זו שמקנה רג'ידיות‪ ,‬קושי לקולגן‪ .‬בהיעדר‬
‫ובידרוקסיפרולין‪ ,‬סיבי הקולגן‬ ‫פרולין‬
‫והנטייה לדמם ופצע הרבה יותר‬ ‫נחלשים‬
‫גבוהה‪.‬‬
 ‫נקודה אחרונה‪ ,‬רוב החלבונים הם גלובולרים כלומר בעלי מספר רב של מבנים שניוניים‬
‫רגולריים (אלפא הליקס‪ ,‬בטא שיט)‪ .‬עדיין‪ ,‬חלק ניכר ממבנה החלבון מכיל מבנים לא רגולריים‬
‫– אשר נקראים באופן כללי ‪ – coil. Coil‬סגמנט שאין בו חזרתיות ברורה וידועה מראש‪ ,‬אין‬
‫‪ .pattern‬לדוגמה – החוט הכתום שמסומן בחץ‪.‬‬

‫אין הכרח שהמבנה לא מסודר או אמורפי‪ ,‬פשוט קשה לתאר אותו במונחים זוויתיים ומילוליים‬
‫בהם תארנו את הצורות האחרות‪ .‬גם צורות רגולריות שניוניות אינן תמיד מושלמות – ‪beta‬‬
‫‪ .bulge‬לפעמים קשרי מימן ב‪ B‬שיט קופצים על ח‪ .‬אמינו אחת כמו בדוגמה הבאה‪ .‬הדבר עלול‬
‫בחלבון שתהיה לרוב זניחה‬ ‫ליצור בליטה מסויימת‬
‫יחסית‪.‬‬