‫דניאל בר‪2026 ,‬‬

‫שיעור ‪ – 6‬המשך אנזימים וקינטיקת סטורציה‬

‫– ד"ר דן דומיניציני – ‪17.03.2020‬‬
‫תזכורת לשיעור הקודם – סקרנו את נושא קינטיקת הסטורציה‪ ,‬שמציגה עקומת קצב התחלתי‬
‫כתלות בריכוז הסובסטרט שמוסיפים‪ ,‬ובחנו כיצד שינויים בטמפרטורה משפיעים על קצב‬
‫התגובה‪.‬‬
‫השפעת ‪ PH‬על קצב התגובה‪:‬‬
‫מגדירים את ה‪ PH-‬האופטימלי בתור ערך ה‪ PH-‬עבורו לאנזים פעילות קטליטית‬
‫מקסימלית‪ PH .‬של ‪ 7.4‬מתאים למרבית האנזימים הפועלים בגוף‪ .‬בנוגע ל‪ ,PH-‬קשה‬
‫לצייר מגמה כלשהי‪ ,‬היות שכל אנזים מתנהג אחרת לנוכח שינויים ב‪.PH-‬‬

‫)]‪v = Vmax [S] / (Km + [S‬‬ ‫משוואת מיכאליס מנטן‪:‬‬

‫מתייחסת לסדרת הניסויים עליהם דובר בשיעור הקודם‪ ,‬שבה נלקח קצב התחלתי של‬
‫תגובה עבור ריכוזי סובסטרט שונים‪ ,‬בהחזקת ריכוז אנזים קבוע‪.‬‬

‫כזכור‪ ,‬עבור ריכוזי סובסטרט נמוכים‪ ,‬מדובר בריאקציה מסדר ראשון (קצב התגובה עולה‬
‫ככל שריכוז הסובסטרט עולה)‪ ,‬ועבור ריכוזים גבוהים מדובר בריאקציה מסדר אפס‬
‫(הגדלת ריכוז הסובסטרט אינה משפיעה על קצב התגובה‪ ,‬והוא שואף ל‪.)Vmax-‬‬
‫‪-‬בריאקציה לא מקוטלזת‪ ,‬מדובר בתגובה מסדר ראשון – מודגם יחס לינארי בין ריכוז‬
‫הסובסטרט לגידול בקצב התגובה‪.‬‬
‫‪ – Km‬קבוע מיכאליס מנטן – ריכוז הסובסטרט עבורו קצב הריאקציה שווה לקצב‬
‫המקסימלי‪ ,‬אשר תלוי באנזים ובאפיניות שלו לסובסטרט‪ ,‬תנאי טמפרטורה ו‪.PH-‬‬

‫‪ Km‬נמוך – אפיניות גבוהה‪.‬‬

‫(נדרש ריכוז סובסטרט נמוך יותר לקיטלוז)‪.‬‬

‫‪ Km‬גבוה – אפיניות נמוכה‪.‬‬

‫(נדרש ריכוז סובסטרט רב יותר לקיטלוז)‪.‬‬
 ‫היבטים פורמליים של קבוע מיכאליס מנטן‪:‬‬
‫יחידות – מולר (‪.)M‬‬
‫‪-‬מעיד על תכונות האנזים (אפיניות הקישור שלו לסובסטרט) ומושפע גם מתנאים‬
‫סביבתיים – טמפרטורה‪.PH ,‬‬
‫‪-‬אם מגדילים את ריכוז האנזים‪ ,‬ה‪ Vmax-‬עולה‪ ,‬אך ה‪ Km-‬נשאר קבוע (עבור תנאים‬
‫סביבתיים זהים) – כלומר‪ ,‬זו תכונה פונקציונלית של האנזים‪.‬‬
‫_______________________________________________________________‬
‫נומנקלטורה וקלסיפיקציה של אנזימים‪:‬‬
‫נומנקלטורה – אנזים לרוב יקבל את הסיומת ‪ ase‬בהתאם לשם הסובסטרט שהוא פועל‬
‫עליו (למשל‪ ,‬אוראז – מקטלז הידרוליזה של אוראה)‪ ,‬או בהתאם לפעילות הקטליטית‬
‫שהוא מבצע (קרבוקסילאז‪ ,‬טרנספראז וכו')‪.‬‬
‫‪-‬לכל אנזים גם שם סיסטמטי ומספר סידורי (‪ )EC‬שניתן על ידי הועדה לאנזימים (‬
‫‪ .)enzym committee‬השם הסיסטמטי מתמקד בתיאור מנגנון פעילות האנזים‪.‬‬
‫השם הסיסטמטי עובד בתבנית הבאה‪:‬‬
‫בתגובה עם [סובסטרט ‪[ :]X‬סובסטרט ‪[ – ]Y‬פעולה אנזימטית שמבוצעת עליו] – כלומר‬
‫הפעולה האנזימטית הסופית המתוארת‪ ,‬למשל סיפוח קבוצה במקרים מסוימים‪,‬‬
‫מתייחסת לאותו סובסטרט שכתוב אחרי הנקודותיים‪ .‬הפעילות ההתחלתית בשרשרת‬
‫מתייחסת לאנזים שלפני הנקודותיים‪ ,‬למשל‪ ,‬תלישת הקבוצה‪.‬‬
‫ניקח דוגמאות‪:‬‬
‫א)‪ – Alcohol dehydrogenase‬בעל שם המתייחס לסובסטרט עליו הוא פועל (אתנול) וכן‬
‫לפעילות שהוא מבצע (דה‪-‬הידרוגנציה = תגובת חמצון חיזור‪ ,‬בה אתנול מחומצן‬
‫לאצט‪-‬אלדהיד‪ .‬יש לו גם שם סיסטמטי שמתאר את פעילותו – האנזים גורם לכך‬
‫שבתגובה עם אתאנול‪ ,‬נתלש חמצן ממולקולת ‪ ,+NAD‬אשר מסתפח לאתאנול על מנת‬
‫לחמצן אותו‪.‬‬

‫ב) )‪ – Alanine aminotransferase (ALT‬אנזים שעושה טרנסאמינציה (העברית‬

‫קבוצה אמינית) מ‪ L alanine-‬ל‪ – oxyglutarate-2-‬ויוצרת ממנו ‪ .L-glutamate‬כפי‬
‫שניתן לראות בשם הסיסטמטי – הקבוצה מועברת לסובסטרט שמצוי אחרי הנקודותיים‪,‬‬
‫ונתלשת דווקא מזו שמופיע לפני הנקודותיים (תחילת שרשרת התגובה)‪.‬‬
 ‫משפחות אנזימים – קלסיפיקציה לפי פעילות קטליטית‪:‬‬
‫קבוצה‬ ‫תפקיד‬ ‫תת קבוצה‬ ‫מאות‬

‫‪oxidoreductases‬‬ ‫קטליזה של תגובות‬ ‫‪ – Dehydrogenases‬מחליפים‬ ‫‪‬‬ ‫‪ – Alcohol dehy‬גורם‬

‫חמצון חיזור‪.‬‬ ‫אטום חמצן באטום מימן‪.‬‬ ‫יד מאלכוהול‪ ,‬שעובר‬
‫‪ – Oxygenases‬מספחים חמצן‬ ‫‪‬‬ ‫רים אלקטרונים‬
‫לסובסטרט‪.‬‬ ‫‪ - +NA‬היא עוברת‬
‫ממנה חמצן‪ ,‬והיא‬
‫‪ – Dioxygenses‬לוקחים שני‬ ‫‪‬‬ ‫‪NAD‬‬
‫אטומי חמצן ומשלבים אותם‬
‫בתוצר יחיד‪.‬‬
‫‪ – peroxidases‬עושות שימוש‬ ‫‪‬‬
‫במי חמצן בתור מחמצן ‪))H2O2‬‬
‫הידרוקסילזות – מספחות קבוצת‬ ‫‪‬‬
‫הידרוקסיל ‪OH‬‬
‫‪Transferases‬‬ ‫מעבירות קבוצות‬ ‫‪Aminotransferases‬‬ ‫‪‬‬ ‫‪ – Protei‬מעביר פוספט‬
‫פונקציונליות בין‬ ‫)‪ – (transaminases‬מעבירות‬ ‫ין‪-‬הידרוקסיל‪.‬‬
‫‪ donor‬ל‪.acceptor-‬‬ ‫קבוצה אמינית מחומצת אמינו‬ ‫‪ – Alanine tra‬מעבר‬
‫לאלפה‪-‬קטו חומצה‪ ,‬כך נוצרת‬ ‫ת מ‪L-alanine-‬‬
‫‪-‬נדרשת אקטיבציה‬ ‫חומצת אמינו חדשה ואלפה‪-‬קטו‬
‫של הקבוצה העוזבת‪,‬‬ ‫‪-‬גלוטרט על מנת לייצר‬
‫חומצה חדשה‪ .‬כך הופכים בגוף‬ ‫‪.L-glutam‬‬
‫לרוב על ידי יצירת‬ ‫גלוטרט >>>לגלוטמט‪.‬‬
‫אסטר דרך ‪.ATP‬‬

‫‪ – Kinases‬מעבירות פוספט‬ ‫‪‬‬

‫מדונור בעל רמת אנרגיה גבוהה‪,‬‬
‫שהוא לרוב ‪ ,ATP‬ל‪acceptor-‬‬
‫שהוא לרוב אלכוהול או קבוצה‬
‫אמינית‪.‬‬
‫‪ – Phosphorylases‬מעבירות‬ ‫‪‬‬
‫קבוצת פוספט אנ‪-‬אורגני ולא‬
‫מצריכות מקור אנרגיה גבוהה‪.‬‬
‫‪Hydrolases‬‬ ‫שוברים קשרים‬ ‫‪ – Pepsidases‬אלה למעשה‬ ‫‪‬‬ ‫‪ – Pyroph‬תולשות‬
‫קוולנטיים ומסירים‬ ‫פרוטאזות‪ ,‬ששוברות קשרים‬ ‫פוספט על ידי סיפוח‬
‫קבוצות על ידי סיפוח‬ ‫פפטידיים בחלבונים‪ .‬מבוססות‬ ‫וכך מקבלים פוספט‬
‫מים – מדובר בסוג של‬ ‫על הידרוליזה‪.‬‬
‫טרנספרזות‪.‬‬
‫‪ – Phosphatases‬תולשים‬ ‫‪‬‬
‫קבוצות פוספט ומחליפים אותו‬
‫בקבוצת הידרוקסיל ‪ /‬מים‪.‬‬
‫פעולתן למעשה מנוגדת לזו של‬
‫הקינזות‪ ,‬שדווקא מספחות‬
‫פוספט‪.‬‬

‫‪Lyases‬‬ ‫תולשות קבוצות‬ ‫‪ – Decarboxylases‬מעודדים‬ ‫‪‬‬ ‫‪ – Pyruvate dec‬עושה‬

‫פונקציונליות‬ ‫דה‪-‬קרבוקסילציה (של אלפה או‬ ‫לציה לפירובט ומקבלים‬
‫מסוימות במולקולה‪,‬‬ ‫בטא קטו חומצות או חומצות‬ ‫ד ‪ +‬פד"ח‪.‬‬
 ‫וכך נוצר קשר כפול‪.‬‬ ‫אמינו)– שחרור קרסוקילאט ‪/‬‬
‫פחמן דו חמצני‪.‬‬
‫‪-‬הקטלוז אינו דרך‬ ‫‪ – Dehydrases‬מעודדות‬ ‫‪‬‬
‫הידרוליזה או על דרך‬ ‫דהידרציה‪ ,‬תלישת מים‪.‬‬
‫מנגנון חמצון חיזור‪,‬‬
‫ומסיבה זו נוטים‬
‫להתקבל קשרים‬
‫כפולים או אף מבנים‬
‫טבעתיים‪.‬‬
‫‪Isomersases‬‬ ‫ממירים סובסטרט‬ ‫‪ – Mutases‬העברה תוך‬ ‫‪‬‬
‫לאיזומר שלו‪.‬‬ ‫מולקולרית של קבוצה‬
‫פונקציונלית‪ ,‬שמשנה את מיקומה‬
‫‪-‬יכולות להמיר ציס‬ ‫בתוך המולקולה‪.‬‬
‫לטרנס‪ ,‬אלדוזות‬
‫לקטוזות‪ ,‬שינוי‬
‫כירליות ‪ L‬ל‪ D-‬וכו'‪.‬‬
‫‪Ligases‬‬ ‫מספחות מולקולות‬ ‫‪ - Glutamate‬שינוי‬
‫אחת לשנייה‪.‬‬ ‫אה מתוספת של‬
‫ינית לחומצה אמינית‬
‫‪-‬דורשות מקור‬ ‫טמט‪ ,‬וכך מתקבל‬
‫אנרגיה – למשל‪,‬‬ ‫כך‪ ,‬גלוטמט סינתטז‬
‫‪ATP, acetyl-coA‬‬ ‫ניתן דווקא גלוטמין‬
‫וכו'‪.‬‬ ‫שם סובסטרט ‪+‬‬
‫‪ - Synthetase‬שם‬
‫שנהוג לספח‬ ‫ך‪ ,‬לא תמיד נדע האם‬
‫לסובסטרט‪ ,‬כך‬ ‫צר כך במקור או שמא‬
‫למעשה ייקרא‬ ‫צאה מפעולה אנזימטית‬
‫התוצר‪.‬‬ ‫גלוטמט‪.‬‬
‫כלומר –‬
‫שם תוצר = סובסטרט‬
‫‪ +‬סינטטז‪.‬‬

‫***‪ 3‬תת הקבוצות הקשורות לקבוצת הפוספט סומנו בתכלת והן חשובות במיוחד‪.‬‬

‫הגדרת פעילות אנזימטית על ידי יחידות אנזים‪:‬‬

‫יחידות הפעילות של אנזימים נקראות )‪ enzyme units (U‬והן נקבעות על ידי הועדה הבין‬
‫לאומית לאנזימים‪.‬‬
‫משמעות – יחידת אנזים זוהי כמות האנזים שמקטלזת תגובה של מיקרו‪-‬מול אחד של‬
‫סובסטרט לדקה‪ ,‬בתנאים ספציפיים‪.‬‬
‫ספציפיות אנזים = כמות יחידות האנזים שנמצאות במיליגרם אחד של חלבון מסוים‪.‬‬
‫נמדדות ביחידות של ‪Units/mg‬‬
‫‪stinU‬‬ ‫‪U‬‬
‫‪yticificeps‬‬ ‫=‬ ‫[‬ ‫]‬
‫‪ssaM‬‬ ‫‪gm‬‬
‫‪-‬אם נקבל מידת ספציפיות קטנה (מעט מעט יחידות אנזים למיליגרם חלבון) – סימן‬
‫שהאנזים לא אפיני במיוחד לאותו חלבון‪ ,‬או לחילופין‪ ,‬האנזים עבר דנטורציה‪.‬‬
 ‫עיקרון הפעולה של אנזים על הסובסטרט‪:‬‬
‫לרוב‪ ,‬האנזים נקשר לסובסטרט דרך כוחות שאינם קוולנטיים‪ ,‬אלא יותר דרך כוחות‬
‫ואן‪-‬דר‪-‬ולס‪ ,‬כוחות אלקטרוסטטיים‪ ,‬קשרי מימן‪ ,‬כוחות הידרופוביים וכו'‪.‬‬
‫האנזים נקשר לסובסטרט דרך האתר הפעיל שלו‪ ,‬שבו מגולמות תכונותיו‬ ‫‪‬‬
‫הקטליסטיות החשובות‪ ,‬וההיקשרות הזו היא השלב הראשון בכל ריאקציה‬
‫אנזימטית‪.‬‬
‫התאמה גיאומטרית בין האתר הפעיל לסובסטרט – למעשה‪ ,‬האתר הפעיל כולל‬ ‫‪‬‬
‫מעין "שקע" שמותאם לנקודות המגע עם הסובסטרט‪ ,‬ולרוב הוא נמצא במרכז‬
‫האנזים‪ .‬כאשר הוא קושר את הסובסטרט‪ ,‬האתר הפעיל יכול לשנות את‬
‫הקונפורמציה שלו‪.‬‬
‫התאמה אלקטרוסטטית בין האתר הפעיל לסובסטרט – שיירי חומצות האמינו‬ ‫‪‬‬
‫שבאתר הפעיל מאורגנים כך שהם ימשכו בנקל את הסובסטרט‪ ,‬הדבר נקרא‬
‫קומפלימנטציה אלקטרוסטטית‪.‬‬

‫כפי שניתן לראות כאן סכמטית (תרשים שמאל) – באתר הפעיל נמצאות הקבוצות‬
‫הקטליטיות‪ ,‬שמשתתפות בריאקציה האנזימטית‪ ,‬והן אלו שמאפשרות את הקטנת‬
‫אנרגית האקטיבציה של התגובה על ידי יצירת מצב ביניים יציב יותר אנרגטית‪ .‬בנוסף‪,‬‬
‫באתר הפעיל יש גם קבוצות סטרוקטורליות – שאחראיות ליצירת ההתאמה‬
‫הגיאומטרית והקונפורמציונית של האתר הפעיל לסובסטרט שעליו לקשור‪.‬‬

‫מודלים של קישור אנזים לסובסטרט‪:‬‬

‫א‪.‬מודל המנעול והמפתח ‪ -‬מודל ותיק המסביר את הספציפיות הגיאומטרית של האנזים‬
‫לסובסטרט‪ ,‬אך הוא לא מסביר מדוע הקטליזה מתרחשת‪ .‬על פי מודל הזה‪ ,‬האתר הפעיל‬
‫הוא ‪ preformed‬מבחינה גיאומטרית – כלומר‪ ,‬נוצר בתצורתו ובמבנהו הסופיים מראש‪,‬‬
‫בהתאם לסובסטרט הספציפי – עוד לפני שהוא נקשר‪.‬‬
 ‫ב‪ .‬מודל ה‪ – induced fit-‬על פי מודל זה‪ ,‬האתר הפעיל מעדף להיקשר לעיוות לוקאלי‬
‫כלשהו בסובסטרט‪ ,‬שדומה קונפורמציונית למצב המעבר המועדף אנרגטית‪ .‬גם האתר‬
‫הפעיל וגם הסובסטרט מתאימים את עצמם אחד לשני ועוברים שינוי קונפורמציוני אחרי‬
‫הקישור‪ .‬כלומר‪ ,‬התצורה הגיאומטרית האופטימלית מתקבלת רק לאחר הקישור‪.‬‬
‫יתרונות‪:‬‬
‫האתר הפעיל יכול להיות פתוח יותר וכך לאפשר קישור אופטימלי לסובסטרט‪,‬‬ ‫‪o‬‬
‫ולהיסגר בהמשך‪ ,‬לאחר הקישור – בצורה המותאמת לקבלת מצב מעבר מועדף‬
‫אנרגטית‪.‬‬
‫חסרונות‪:‬‬
‫חלק מהאנרגיה שיכלה לשמש לייצוב מצב המעבר‪ ,‬שמשחק תפקיד מרכזי בהורדת‬ ‫‪o‬‬
‫קצב התגובה על ידי סיפוק מסלול חלופי לתגובה‪ ,‬מושקעת דווקא בשינוי‬
‫הקונפורמציה של האתר הפעיל‪.‬‬

‫__________________________________________________________________‬
‫אופן הקישור של אנזימים הוא ‪ – stereospecific‬באופן אינהרנטי‪ ,‬אנזימים הם‬ ‫‪‬‬
‫כירליים (תודות לכירליות של חומצות האמינו המרכיבות אותם)‪ ,‬לכן האתר‬
‫הפעיל נקשר לסובסטרט בעל סיבוב אור דומה לשלו‪ .‬מידת הסטריאו‪-‬ספציפיות‬
‫של אנזימים וריאבילית‪.‬‬
‫אנזימים מקטלזים תגובות בספציפיות משתנה וביעילות (‪ )efficiency‬משתנה‪ .‬למשל‪,‬‬
‫אנזים מסוים יכול לעבוד על מצע של אתנול וגם על מצע של מתנול‪ ,‬אך לא באותה יעילות‪.‬‬
‫‪ ‬אנזימים פרמיסיביים – אלו אנזימים שהספציפיות שלהם היא יותר בגדר העדפה‬
‫– ‪ .preferance‬למשל‪( chymotrypsin ,‬כימוטריפסין) מקטלז הידרוליזה של‬
‫הקשר הפפטידי וגם הידרוליזה של קשר אסטרי‪ ,‬כמעט באותה מידה של אפיניות‪.‬‬
‫לכן ניתן לומר שהספציפיות שלהם היא יותר העדפה מאשר ספציפיות‪.‬‬
‫דוגמה להבדלים בספציפיות של אנזימים פרוטאוליטיים (=חותכי חלבונים)‪:‬‬
‫‪-‬טריפסין מול טרומבין – הטריפסין חותך ארגנין או ליזין מתוך החלבון‪ ,‬מצד ה‪C-‬‬
‫טרמינל שלהם (הקבוצה הקרבוקסילית נותרת חופשיה)‪ .‬חומצת האמינו השניה ברצף‬
‫יכולה להיות כל חומצה שהיא‪ .‬כלומר‪ ,‬מידת הספציפיות אינה גדולה במיוחד‪.‬‬
‫לעומת זאת‪ ,‬טרומבין חותך את הקשר הפפטידי בין ארגנין לגליצין בלבד‪ ,‬ובסדר מאד‬
‫ספציפי‪ .‬כלומר‪ ,‬הספציפיות גבוהה יותר‪.‬‬

‫קו‪-‬פקטורים – ‪:Co-factors‬‬
‫ישנם אנזימים אשר דורשים קו‪-‬פקטור על מנת לקטלז את התגובה‪ .‬הקבוצות‬
‫הפונקציונליות של אנזימים מותאמות לסוגי תגובות מסוימים‪ ,‬ולרוב פחות מתאימות‬
‫לקטליזה של ריאקציות חמצון חיזור וכן להרבה סוגים של העברת קבוצות – לכן האנזים‬
‫ייעזר בקו‪-‬פרטורים‪ ,‬שמהווים למעשה את ה"שיניים הכימיות" של הריאקציה‬
‫האנזימטית‪:‬‬
‫‪ ‬חומרים אנאורגניים ‪ -‬אלה יכולים להיות יוני מתכות לרוב‬
‫‪ ‬חומרים אורגניים ‪ -‬מולקולות קו‪-‬אנזים (כמו למשל ‪ acetyl CoA‬הידוע לשמצה)‪,‬‬
‫ויטמינים וכו'‪.‬‬
‫‪ o‬קו‪-‬סובסטרטים = לא נקשרים לאנזים באופן קבוע‪ ,‬אלא מסייעים‬
‫לפעילות האנזימטית "מהצד"‪ .‬לדוגמה‪,‬ניקוטין אמידין דינוקלאוטיד(‬
‫‪ – )+NAD‬שעוזר בלחמצן אתנול לאצטאלדהיד ולמעשה מהוה את הדונור‬
‫…‪+NADP‬‬ ‫של חמצנים בגוף‪ ,‬מוליכי אלקטרונים‬

‫קבוצות פרוסטטיות = קשורות לאנזים באופן קבוע‪ ,‬לרוב בקשר קוולנטי‪.‬‬ ‫‪o‬‬
 ‫• ‪Apoenzyme (inactive) + cofactor <===> holoenzyme‬‬
‫)‪(active‬‬
‫הקו‪-‬פקטור חייב לעבור רגנרציה (התחדשות)‪ ,‬היות שהוא‬ ‫‪‬‬
‫עובר שינוי במהלך הריאקציה האנזימטית‪ .‬עליו לחזור‬
‫למצבו המקורי‪.‬‬
‫לרוב מדובר ב‪ – coupled reaction-‬מיד לאחר הקטליזה‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫הקו‪-‬פקטור עובר תהליך התחדשות לפני שהוא יוצא‬
‫מהמעגל הקטליטי‪.‬‬

‫עקרונות הקטליזה האנזימטית‪:‬‬

‫האנזים מספק לתגובה מסלול חלופי ומועדף אנרגטית‪ ,‬כלומר‪ ,‬מקטין את אנרגית‬ ‫‪‬‬
‫האקטיבציה שלו‪.‬‬
‫אין שינוי בשיווי המשקל של התגובה‪ ,‬או ביציבות התוצר הסופי‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫ההבדל הוא ביציבות תוצר הביניים – מקבלים תוצר ביניים יציב יותר‪ ,‬וכתוצאה‬ ‫‪‬‬
‫מכך מחסום האנרגיה קטן‪.‬‬
‫תוצר הביניים מוגדר בתור המצב בו האתר הפעיל של האנזים קשור לסובסטרט –‬ ‫‪‬‬
‫והקשרים הקוולנטיים הישנים מתפרקים תוך כדי יצירת הקשרים החדשים‪.‬‬
‫יציבות מצב הביניים נובעת מקישור אופטימלי של האתר הפעיל לסובסטרט‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫למעשה‪ ,‬המצב האנרגטי של מצב המעבר מהווה את מחסום האנרגיה שצריך‬ ‫‪‬‬
‫לעבור‪ ,‬וזהו המצב האנרגטי הגבוה ביותר במהלך התגובה (נק' המקסימום‬
‫בדיאגרמה)‪ .‬לאחר שעברנו אותו‪ ,‬התגובה מתרחשת בנקל‪.‬‬
 ‫‪– Transition state diagram‬‬
‫‪ - ‡ΔG‬אנרגית השפעול = האנרגיה החופשית שדרושה לצורך האקטיבציה של התגובה‪,‬‬
‫ולכן נקראת גם ‪.free energy of activation‬‬
‫‪GΔ ygrenE‬‬
‫‪‡= noitisnart‬‬
‫‪fo‬‬ ‫‪etatsygrenE‬‬
‫‪− stnatcaer‬‬
‫‪fo‬‬

‫‪-‬קצב הריאקציה פרופורציונלי ל‪(e−GΔ ‡TR/ -‬כאשר ‪ = R‬תוצרים)‪ .‬ככל ש‪‡ΔG -‬גדול יותר‪,‬‬
‫‪ GΔ‬התגובה (לא להתבלבל עם‬‫הריאקציה יותר איטית‪ .‬האנזים למעשה מוריד את ה‪ ‡ -‬של‬
‫‪HΔ‬האנתלפיה הכוללת של התגובה)‪.‬‬ ‫‡ ‪-‬‬
‫בריאקציות דו‪-‬שלביות (ומעלה)‪ ,‬השלב האיטי הוא השלב קובע הקצב – כלומר‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫השלב שאנרגית האקטיבציה שלו היא הגבוהה ביותר‪.‬‬
‫‪GΔΔ‬‬
‫אנרגית האקטיבציה ללא אנזים פחות האנרגיה עם אנזים‪ ,‬כלומר –‬ ‫=‬ ‫‪‬‬
‫מדובר למעשה ביתרון האנרגטי שהאנזים מקנה על ידי המסלול החלופי שהוא‬
‫יוצר לריאקציה‪.‬‬
‫‪GΔΔ‬‬ ‫‪t‡acdesylatacnu‬‬
‫‡ ‪=GΔ‬‬ ‫‪desylatac‬‬
‫‪−‬‬‫‡ ‪GΔ‬‬

‫_______________________________________________________________‬
‫מנגנונים קטליטיים‪:‬‬
‫עקרונות חשובים‪:‬‬
‫‪ ‬שיירי צד של חומצות אמינו שיכולים לקבל או לתרום פרוטון‪ ,‬יכולים להשתתף‬
‫בקטליזות חומצה‪-‬בסיס‪.‬‬
‫‪ ‬שיירי צד נוקלאופילים יכולים להשתתף בתקיפות נוקלאופיליות ולייצר קשרים‬
‫קוולנטיים חדשים‪.‬‬
 ‫‪ ‬חלק מהקטליזה נעשית על ידי כך שהאנזים מקרב בין המגיבים באוריינטציה‬
‫אופטימלית לתגובה‪.‬‬
‫מסקנה – המנגנון הקטליטי שבו ישתתף האנזים נקבע על ידי שיירי הצד של חומצות‬
‫האמינו שבונות את האתר הפעיל שלו‪.‬‬
‫סוגי מנגנונים קטליטיים‪:‬‬
‫א‪.‬קטליזת חומצה – בסיס – מסירת פרוטון על ידי שיירי חומצי באתר הפעיל של האנזים‬
‫מקטין את הרמה האנרגטית של מצב המעבר ובכך מקטלז את התגובה‪ .‬כזכור‪ ,‬תפקוד‬
‫החלבון כחומצה או כבסיס תלוי ב‪ ,PH-‬בהתאם לכך ‪ -‬חלק מהאנזימים יעשו ‪acid‬‬
‫‪ catalysis‬וחלקן האחר ‪.base catalysis‬‬
‫דוגמה – ‪ – RNase A‬אנזים פרוטאוליטי העובד במנגנון של קטליזת חומצה‪-‬בסיס‪,‬‬
‫ומשתתף בפירוק קשרים פוספו‪-‬דיאסטריים בנוקלאוטידים שונים של ‪.RNA‬‬
‫בשלב הראשון ‪ -‬ניתן לראות שבמנגנון הקטליטי‪ ,‬היסטידין בעמדה ‪ 12‬של האנזים תולש‬
‫פרוטון מקבוצת הידרוקסיל ב‪ – RNA-‬כלומר‪ ,‬פועל כ‪ ,base catalyst-‬בעקבות זאת‬
‫החמצן של ההידרוקסיל ב‪ RNA-‬נהיה שלילי יותר והוא תוקף נוקלאופילית זרחן סמוך‬
‫בקשר פוספו‪-‬דיאסטרי‪ .‬כלומר‪ ,‬ה‪ RNAse-‬גורם ל‪ RNA-‬לתקוף את עצמו תודות למנגנון‬
‫הקטליטי הבסיסי‪.‬‬
‫במקביל – היסטידין בעמדה ‪ 119‬של ה‪ RNAse-‬פועל כחומצה – ונותן פרוטון לאחד‬
‫מחמצני הקבוצה הפוספו‪-‬דיאסטרית‪ ,‬על מנת לעודד את עזיבתה‪ .‬כך נחתך הקשר‬
‫הפוספודיאסטרי‪ ,‬והאנזים מילא את תפקידו‪.‬‬
‫לסיכום השלב הראשון – היסטידין ‪ 12‬תפקיד כ‪ base catalyst-‬ואיקטב חמצן‬
‫פוספו‪-‬דיאסטרי על ידי תלישת פרוטון‪ ,‬וגרם לו לתקוף את הזרחן של עצמו‪ .‬במקביל‪,‬‬
‫היסטידין ‪ 119‬פעל כ‪ acid catalyst-‬ותרם פרוטון לקבוצה הפוספו‪-‬דיאסטרית העוזבת‪,‬‬
‫ובכך גרם לעזיבתה‪.‬‬
‫בשלב השני – שני ההיסטידינים נקשרים לתוצר הביניים הציקלי וגם הפעם מסירים את‬
‫הקבוצה הפוספו‪-‬דיאסטרית הנותרת באותו אופן כמו בפעם הקודמת‪ .‬בסוף האנזים‬
‫ניתק וחוזר למצבו הרגיל‪.‬‬
‫המחשנו כאן למעשה את הסיבה שבגינה ‪ RNA‬רגיש יותר מ‪ DNA-‬ומתפרק ממנו‬ ‫‪‬‬
‫– זוהי הקבוצה ההידרוקסילית‪ ,‬שחסרה ב‪( DNA-‬ה‪ DNA-‬הוא ‪deoxy-nucleic‬‬
‫‪ – )acid‬לכן על ה‪-‬דנ"א אין חמצן בעמדה הנ"ל שיכולה לעבור אקטיבציה‪ ,‬יש‬
‫במקומו מימן בודד‪.‬‬
‫ב‪ .‬קטליזה קוולנטית ‪ -‬לרוב נצטרך שייר נוקלאופילי באתר הפעיל של האנזים‪,‬‬
‫הקטליזה מבוצעת על ידי יצירת קשרים קוולנטיים בין האנזים לסובסטרט – והם‬
‫מקטינים את רמת האנרגיה של מצב המעבר‪.‬‬
‫עקרון חשוב – הנוקלאופיליות של השייר קשורה לבסיסיות שלו‪ ,‬ולכן שיירי צד בסיסיים‬
‫מועדפים בהתקפות מסוג זה‪ .‬מסיבה זו‪ ,‬הקטליזה הקוולנטית מזכירה את הקטליזה‬
‫הבסיסית‪ ,‬רק שכאן במקום לתלוש פרוטון מהסובסטרט‪ ,‬הקטליסט למעשה אותו‬
‫נוקלאופילית ונקשר אליו בקשר קוולנטי זמני‪.‬‬
‫תזכורת – נוקלאופיליים לרוב טעונים שלילית‪ ,‬או לחילופין מכילים זוגות‬ ‫‪‬‬
‫אלקטרונים בלתי מזווגים‪ .‬אלקטרופילים לרוב טעונים חיובית‪.‬‬
 ‫ג‪ .‬יוני מתכת בתור קו‪-‬פקטורים ‪ 30 -‬אחוז מהאנזימים זקוקים ליוני מתכת על מנת‬
‫לקטלז את התגובה‪ ,‬אם כי חלקן גם עשויות להיות רעילות ולחסום פעילות אנזימטית‪.‬‬
‫מטלו‪-‬אנזימים (‪ = )metalo-enzymes‬משפחה של אנזימים בעלות נטייה לקישור חזק‬
‫של מתכות מעבר כמו ברזל‪ ,‬נחושת‪ ,‬מנגן‪ ,‬קובלט וכו'‪.‬‬
‫המטען החיובי של יוני המתכות מאפשר לאנזים להיקשר לסובסטרט‬ ‫‪‬‬
‫באוריינטציה נכונה וכך מיוצב מצב המעבר מבחינה אנרגטית‪.‬‬
‫יוני המתכות מאפשרים לתווך תגובות חימצון חיזור‪ ,‬תודות לדרגות החמצון‬ ‫‪‬‬
‫המשתנות של אותם יונים‪.‬‬
‫מסקנה – קבוצות טעונות באתר הפעיל של האנזים מייצבות את מצב המעבר‪.‬‬
‫_______________________________________________________________‬
‫לסיכום – אנזימים מייצבים את מצב המעבר מבחינה אנרגטית‪ ,‬ובכך מגדילים את קצב‬
‫התגובה‪ .‬הם עושים זאת תוך קישור הסובסטרט לאתר הפעיל של האנזים באוריינטציה‬
‫אופטימלית‪ .‬התנועות והוויברציות של מצב המעבר הן מינימליות תודות ליציבותו‪ .‬כך‪,‬‬
‫האצת התגובות היא בסדר גודל של ‪01 7‬‬