‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬
‫פנטוז‬ ‫)‪( 2‬‬
‫פוספסט‬ ‫)‪( 3‬‬
‫הבסיסים החנקניים הם תוצרים של שני‬
‫קבוצות יסוד‪ :‬פירמידינים ופורינים‪ .‬שיטת‬
‫המספור מתבססת על מספור הפחמנים והחנקן שבבסיס‪ ,‬כדי להגדיר את‬
‫התוצרים‪ ,‬וכן נקבע שם הנוקלאוטיד על פי הבסיס החנקני‪ .‬כידוע‪ ,‬הן ה‬
‫‪ DNA‬והן ה ‪ RNA‬מכילים שני בסיסים פוריניים‪ :‬אדנין )‪ (A‬וגואנין )‪,(G‬‬
‫ובסיסים פירמדיניים‪ :‬ציטוזין )‪ ,(C‬וטימין )‪ (T‬ב ‪ DNA‬ואורציל )‪ (U‬ב ‪.RNA‬‬
‫לטבעות מבנה מוכר של קשרים כפולים‪ ,‬ומשמעות הדבר שיש למולקולת‬
‫רזוננס‪ ,‬וממילא מבנה כמעט פלנרי‪ ,‬וכן בליעה חזקה של ‪.UV‬‬
‫מבחינת מולקולות פנטוז‪ ,‬ה ‪ DNA‬כולל ‪-2‬דאוקסי‪-D-‬ריבוז וה ‪ RNA‬כולל‬
‫‪-D‬ריבוז; שתיהן מולקולת סוכר במצב מעגלי )בתרשים אנו רואים ריבוז‪ ,‬כי‬
‫יש לו קבוצת ‪] OH‬באדום[‪ ,‬אם במקום קבוצת ה ‪ OH‬היה רק ‪ ,H‬זה‬
‫הדאוקסי‪-‬ריבוז(‪.‬‬
‫מבנה הנוקלאוטיד‪ :‬הבסיס של הנוקלאוטיד )הפירמידין או הפורין( מחובר‬
‫קוולנטית )בצד ‪ 1N‬של הפירמידין או בצד ‪ 9N‬של הפורין( בקשר ‪N-b-‬‬
‫‪ glycosyl‬לפחמן ‪ 1‬של הפנטוז‪ ,‬והקבוצה הפוספטית מחוברת כאסטר‬
‫לפחמן ‪ 5‬של הפנטוז‪ .‬הקשר ‪ N-b-glycosyl‬נוצר על ידי דהידרציה )הסרת‬
‫קבוצה קרבוקסילית מהפנטוז והסרת מימן מהבסיס החנקני(‪ .‬כאשר‬
‫מולקולת הפוספט לא קיימת החומר הזה נקרא נוקלאוזיד )‪,(nucleoside‬‬
‫ובשם על פי בסיס חנקני מסויים זה יהיה ‪ :‬אדנוזין‪ ,‬גאונוזין‪ ,‬דאוקסיאדנוזין‬
‫וכו'‪.‬‬
‫בקצרה נעיר כי מלבד ‪ 5‬הבסיסים שהזכרנו שהם הנפוצים ביותר ב ‪DNA‬‬
‫וב ‪ ,RNA‬ישנם כמה בסיסים מינוריים שנפוצים הרבה פחות‪ ,‬וככל הנראה‬
‫מטרתם היא שימור והגנה על המטען הגנטי‪ .‬המספור והנומנקלטורה של‬
‫הבסיסים הללו נעשית על ידי ציון השינוי מן הבסיס הרגיל )דוגמא‪ :‬אם על‬
‫פחמן ‪ 5‬של הבסיס המוכר ציטוזין נוספה קבוצת מתיל‪,‬‬
‫השם של הבסיס החדש הוא ‪-5‬‬
‫‪ .( methylcytosine‬באותו אופן עשויים‬
‫להיות מספר קטן של נוקלאוטידים בהם‬
‫© נדב וילנר‬
‫בס"ד‬
‫יחידה ‪ – 8‬מבנה ומטבוליזם של‬
‫נוקלאוטידים‬
‫מבוא והקדמה‬ ‫‪.1‬‬
‫לנוקלאוטידים תפקידים רבים במטבוליזם של התא‪ :‬הם אחראים לתמורות‬
‫האנרגיה בתא‪ ,‬לקשרים הכימים הדרושים לתגובה נכונה של התא‬
‫להורמונים וגירויים מבחוץ ולכל מערך הרכיבים הדרושים לפעילותם‬
‫התקינה של אנזימים בתא‪ .‬כמובן‪ ,‬מעל לכל הם הבסיס לחומצות הגרעין‪:‬‬
‫חומצה דאואוקסיריבונוקלית )‪ (DNA‬וחומצה ריבונוקלית )‪ ,(RNA‬שהם‬
‫היסודות המולוקולריים של המטען הגנטי‪ .‬המבנה של כל חלבון ומרכיב‬
‫המיוצרים בתא מקודד במטען התורשתי בעזרת חומצות הגרעין‪.‬‬
‫המקטע ב ‪ DNA‬שמספק את המידע הדרוש לסנתוז של חלבון או ‪RNA‬‬
‫נקרא גן‪ .‬באופן טבעי מולקולות ‪ DNA‬הן גדולות מאוד משום שכל תא מכיל‬
‫אלפים רבים של גנים‪ .‬אחסון והעברת מידע גנטי הוא השימוש היחיד הידוע‬
‫לנו של ה ‪.DNA‬‬
‫ל ‪ RNA‬לעומת זאת‪ ,‬ידועים כמה תפקידים נוספים‪ ,‬וכן ידועים כמה סוגים‬
‫של ‪ RNA. RNA‬ריבוזומלי )‪ (rRNA‬הוא הרכיב המבני של הריבוזומים‪,‬‬
‫שתפקידם להוציא לפועל את סינתזת החלבונים בתא‪ .‬מסנג'ר ‪RNA‬‬
‫‪ ((mRNA‬הם מתווכים שנושאים מטען גנטי מגן או אחד או מכמה גנים אל‬
‫הריבוזומים לצורך הסינתזה‪ RNA .‬טרנספרלי )‪ (tRNA‬הם מולקולות‬
‫תומכות שמתרגמות את האינפורמציה של ה ‪ mRNA‬לרצף מסוים של‬
‫חומצות אמינו‪ .‬קיימים גם סוגים נוספים של ‪ RNA‬בעלי תפקידים ספציפיים‪.‬‬
‫בגלל הבדל משמעותי זה בין ‪ DNA‬ו ‪ ,RNA‬היחס בין דאוקסינוקלאוטידים‬
‫)=של ה ‪ (DNA‬והנוקלאוטידים הוא בין פי מאה לפי אלף לטובת‬
‫הנוקלאוטידים; דאוקסי נוצרים רק בזמן שכפול של התא‪ ,‬והנוקלאוטידים‬
‫עצמם נצרכים לכל אורך חיי התא‪.‬‬
‫נוקלאוטידים‬
‫נוקלאוטידים הם בעלי שלשה מרכיבים מרכזיים‪:‬‬
‫בסיס חנקני‬ ‫)‪( 1‬‬
‫‪1‬‬
 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫ביוכימיים רבים בתא‪ .‬המפורסם והנפוץ שבהם הוא ה‬ ‫הקבוצה הפוספטית אינה ממוקמת על פחמן ‪ 5‬של הפנטוז‪ ,‬אלא על פחמן‬
‫‪ ATP‬שהוא למעשה אדנזין‪-‬טרי‪-‬פוספט )שעכשיו אפשר‬ ‫‪ 2‬או ‪.3‬‬
‫להבין מה הוא ואיך הוא נראה(‪ ,‬אבל גם נוקלאוסיידים‬
‫מרובי פוספטים אחרים משמשים כמטבעות אנרגיה‬ ‫הקשרים הפוספודיאסטרים‬
‫)למשל ‪.(GTP‬‬ ‫הנוקלאוטידים משורשרים ביניהם ליצירת חומצות גרעין בעזרת קשר‬
‫שבירת הקשר האסטרי בין השרשרת הפוספטית והריבוז‬ ‫קוולנטי בין הקבוצה ההידרוקסילית על פחמן ‪ 3‬של הפנטוז עם הקבוצה‬
‫מניבה כ ‪ 14‬קילו‪-‬ג'אול‪ ,‬ושבירת הקשר האנהידרידי בין‬ ‫הפוספטית שעל פחמן ‪ 5‬של הנוקלאוטיד הבא‪ .‬קשר זה נקרא קשר‬
‫קבוצות הפוספט מניבה כ ‪ 30‬קילו‪-‬ג'אול‪ ,‬ולדבר זה‬ ‫פוספודיאסטרי )כי זה פוספט בין שני אסטרים‪ .(...‬יוצא שעמוד השדרה של‬
‫השפעה רבה על תהליכים תרמודינמיים המתרחשים‬ ‫ה ‪ DNA‬וה ‪ RNA‬הוא הידרופובי‪ .‬ניתן לראות כי ב ‪ RNA‬נשארת הקבוצה‬
‫בתא‪.‬‬ ‫ההידרוקסילית על פחמן ‪ ,2‬וקבוצה זו יוצרת קשרי מימן עם מים‪ .‬הקבוצה‬
‫הפוספטית בחומצות הגרעין טעונה‪ ,‬כפי שניתן לראות‪ ,‬שלילית‪ ,‬ולכן‬
‫נוקלאוטידים משמשים כקופקטורים או רגולטורים‬ ‫תנוטרל בדרך כלל על ידי קשרים יוניים עם מטענים חיוביים על חלבונים‪,‬‬
‫האדנוזין‬ ‫משתתף‬ ‫רבות‬ ‫אנזימתיות‬ ‫בריאקציות‬ ‫יונים מתכתיים או פולימריים‪.‬‬
‫כקופקטור; הוא אינו משתתף ישירות בריאקציה‬ ‫כל הקשרים הפוספודיאסטריים בעלי אוריינטציה זהה בשרשרת‪ ,‬ודבר זה‬
‫המרכזית‪ ,‬אבל הסרתו של האדנוזין מהקופקטור עשויה‬ ‫נותן לחומצות הגרעין מבנה בעל פולריות ספציפית וקצה ‪ 5‬וקצה ‪3‬‬
‫לגרום לירידה בסדר גודל של מליונים בריאקטיביות של‬ ‫מוגדרים‪ .‬בקצה ‪ 5‬לא יהיה נוקלאוטיד )אלא קבוצת פוספט( ובקצה ‪ 3‬לא‬
‫סובסטרט מסויים‪ ,‬שכעת הקופקטור שלו לא מתפקד‪.‬‬ ‫תהיה קבוצה פוספט )אלא קבוצה הידרוקסילית(‪.‬‬
‫יתכן שהאדנוזין מסייע ל"המשכות" הסובסטרט אל האנזים‪ ,‬ולאחר הסרתו‬ ‫באופן סכמטי ניתן לתאר את רצף הנוקלאוטידים בחומצות הגרעין כמתחיל‬
‫מהקופקטור הפעילות הזו מואטת באופן משמעותי‪ .‬דוגמאות לדבר הם‬ ‫בקצה ‪ 5‬עם קבוצת פוספט המסומנת באות ‪ ,P‬ומסתיימת בקצה ‪ 3‬עם‬
‫קופקטורים חשובים כמו‪ :‬קואנזים ‪ A, NAD‬ו ‪) FAD‬שקשורים בשרשראות‬ ‫קבוצה קרבוקסילית‪ .‬לכן‪ ,‬תמיד מתארים חומצת גרעין מ ‪ : ` 3 `5‬מקצה‬
‫מעבר האלקטרונים ויצירת האנרגיה בתא(‪.‬‬ ‫‪ 5‬לקצה ‪ ,3‬וניתן לכתוב זאת בכמה דרכים‪ pACTGOH, pACTG :‬וכן הלאה‪.‬‬
‫מדוע דוקא אדנוזין? כנראה שהיות ובמהלך האבולציה הפך דוקא ה ‪ATP‬‬ ‫חומצת גרעין של עד ‪ 50‬נוקלאוטידים תוגדר אוליגונוקלאוטיד‪ ,‬ומעבר ל‪-‬‬
‫למטבע האנרגיה הבסיסי של התא‪ ,‬נוח היה לבחור באדנוזין‪ ,‬ששכיח‬ ‫‪ 50‬תוגדר פולינוקלאוטיד‪.‬‬
‫ביותר בסביבה התאית‪ ,‬לשמש כקופקטור ומשפיע על פעילות אנזימתית‬
‫בתא‪.‬‬ ‫תפקידים נוספים של נוקלאוטידים‬ ‫‪.2‬‬

‫ישנם נוקלאוטידים שמשמשים גם כמולקולות רגולטוריות‪ .‬כך‪ ,‬למשל‪,‬‬

‫נשיאת אנרגיה כימית בתאים‬
‫משמש ‪ cAMP‬שהוא וריאציה של אדנוזין כשליח משני בתא )=מעביר מידע‬
‫שנתקבל משליח ראשוני‪ ,‬כמו הורמון‪ ,‬אל תוך התא כדי להתחיל שרשרת‬ ‫הקבוצה הפוספטית עשויה לכלול במקרים מסויימים כמה קבוצות פוספט‬
‫פעולות תגובה בסביבה התוך תאית(‪.‬‬ ‫המשורשרות קוולנטית‪ .‬השם ישתנה בהתאם‪ :‬מונו‪ ,‬די או טריפוספט וכן‬
‫הלאה‪ ,‬כאשר מספור הקבוצות הוא אלפא‪ ,‬בטא וכו' החל מהריבוז‪.‬‬
‫הידרוליזה של נוקלאוזיד טריפוספט מספקת אנרגיה המניעה תהליכים‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪2‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫מגלוטמין לפחמן ‪ 1‬של ‪ ,PRPP‬שהוא ריבוזיל‬ ‫מטבוליזם של נוקלאוטידים‬ ‫‪.3‬‬

‫בעל ‪ 3‬קבוצות פוספט )ומולקולה חשובה‬
‫ישנם שני נתיבים מטבוליים ליצירת נוקלאוטידים‪:‬‬
‫ביותר בנושא שלנו – תרשים בהמשך(‪ .‬שלב‬
‫זה מקוטלז ע"י גלוטמין‪-PRPP-‬אמידו‪-‬טרנספרז‪ .‬התוצר של שלב פתיחה זה‬ ‫דה‪-‬נובו )‪(de novo pathway‬‬ ‫‪.1‬‬
‫הוא מאוד לא יציב‪ ,‬ומכאן מתגלגל התהליך המטבולי‪ ,‬כפי שמתואר בפירוט‬ ‫סלבג' )‪(salvage pathway‬‬ ‫‪.2‬‬
‫בספר‪ .‬אנו יודעים כי אנזימים מסויימים מקטלזים אפילו כמה שלבים שונים‬ ‫סינתזת דה‪-‬נובו של נוקלאוטידים מתחילה בפריקורסורים )=חומרי‬
‫בשרשרת התהליכים‪.‬‬ ‫המוצא( המטבוליים שלהם‪ :‬חומצות אמינו‪ ,‬ריבוז‪-5-‬פוספט‪ ,‬פחמן דו"ח ו ‪3N‬‬

‫חשוב לדעת כי רק בשלב ‪ 11‬של התהליך ישנו תוצר ביניים שמוגדר‬ ‫‪ .H‬סינתזת סלבג' למעשה ממחזרת את ה"שיירים" מפירוק של חומצות‬
‫פוריני והוא אינוזינט‪ ,‬או ‪ .IMP‬השלב הבא הוא שלב חשוב‪ ,‬והסינתזה‬ ‫גרעין ונוקלאוסיידים‪.‬‬
‫מתפצלת לשתי דרכים אפשריות‪:‬‬ ‫סינתזת דה‪-‬נובו של נוקלאוטידים היא כנראה זהה בכל האורגניזימים‪.‬‬
‫‪ .1‬יצירת ‪ – AMP‬ע"י הוספת קבוצה אמינית הלקוחה‬ ‫הבסיסים החנקניים החופשיים )אדנין‪ ,‬גואנין וכו'( אינם מתווכים בנתיב‬
‫מאספרטט‪ ,‬ובשתי ריאקציות‪ ,‬כאשר מולקולת ‪GTP‬‬ ‫מטבולי זה; הם אינם מסונתזים ואז מוחברים אל הריבוז‪ .‬למעשה‪ ,‬הטבעת‬
‫משמשת כמקור אנרגטי לתהליך‪.‬‬ ‫הפורינית נבנת אטום אחר אטום‪ ,‬ומחוברת אל הריבוז במהלך תהליך זה‪.‬‬
‫‪ .2‬יצירת ‪ – GMP‬ע"י חמצון בעזרת ‪ NAD+‬בפחמן ‪ 2‬של ה‬ ‫הטבעת הפירמידינית מסונתזת כ ‪) orotate‬טבעת( המחובר אל הפוספט‪ ,‬ואז‬
‫‪ ,IMP‬והשקעת אנרגיה ממולקולת ‪.ATP‬‬ ‫עוברת המרה אל הטבעת הפירמידינת המוכרת‪ .‬בסינתזת סלבג' הבסיסים‬
‫החופשיים לפעמים כן משמשים כמתווכים‪ .‬כל המילים הגדולות האלה –‬
‫כדי שהדברים לא יהיו באוויר מצורף תרשים של המולקולות הנוצרות‪.‬‬
‫בפירוט בהמשך‪.‬‬
‫מנגנון הרגולציה של סינתזת דה‪-‬נובו של פורינים הוא ‪,feedback inhibition‬‬
‫ישנם כמה פריקורסורים חשובים בסינתזת דה‪-‬נובו של פירמידינים‬
‫כלומר‪ ,‬התוצרי הסופיים ‪ AMP‬ו ‪ GMP‬מווסתים את קצב והתקדמות‬
‫ופורינים‪ PRPP .‬הוא פריקורסור חשוב‪ ,‬וחומצות אמינו גם הן משחקות‬
‫התהליך‪ .‬אמרנו קודם שהשלב הראשון בסינתזה הוא הצמדת חומצת אמינו‬
‫תפקיד מרכזי‪ :‬גליצין כמקור לפורינים ואספרטט לפירמידין; גלוטמין‬
‫מגלוטמין ל ‪ .PRPP‬האנזים שמקטלז שלב זה מעוכב הן על ידי ‪ IMP‬והן ע"י‬
‫שמשמש ב‪ 5 -‬שלבים שונים בסינתזה‪ ,‬ואספרטט לפחות בשניים‪.‬‬
‫‪ AMP‬ו ‪ .GMP‬אותם תוצרים ממש מעכבים גם את הריאקציה בה מסונתז‬
‫הפחמנים בתהליך מתקבלים מטטרהידורפולאט )נרחיב עליו בהמשך(‪.‬‬
‫מגיב המוצא ‪.PRPP‬‬
‫בשלב שני‪ ,‬כאשר ישנו עודף גדול של ‪ GMP‬מעוכב האנזים ‪,xanthylate‬‬ ‫סינתזת דה‪-‬נובו של פורינים‬
‫ומסלול )‪ (2‬שבו נוצר ‪ GMP‬מעוכב‪ ,‬בלי להשפיע על מסלול )‪ (1‬בו נוצר ה‬ ‫שני הנוקלאוטידים הפורינים המרכיבים את חומצות הגרעין הם אדנוזין‪-'5-‬‬
‫‪ .AMP‬באותו אופן מעכב עודף של ‪ AMP‬את יצירתו‪ ,‬בלא השפעה על ‪.GMP‬‬ ‫מונופוספט )‪ (AMP‬וגואנוזין‪-'5-‬מונופוספט )‪ ,(GMP‬המכילים את הבסיסים‬
‫מנגנון בקרה שלישי הוא עודף או חסר של ‪ ATP‬או ‪ GTP‬בתא‪ ,‬משום שכפי‬ ‫הפוריניים אדנין וגואנין‪ .‬בשורות הבאות אנו הם התוצרים ואנו עוסקים‬
‫שראינו כדי ליצור ‪ AMP‬אנו זקוקים דוקא ל ‪ GTP‬ואילו כדי ליצור ‪ GMP‬אנו‬ ‫בסינתזת דה‪-‬נובו שלהם‪ ,‬כלומר‪ ,‬בסינתזה שלהם ממטבוליטיים יסודיים‬
‫זקוקים למטבע האנרגיה המוכר ‪ .ATP‬כך שני המסלולים מבוקרים בנפרד‪.‬‬ ‫יותר‪.‬‬
‫את מקור החנקן והפחמן בטבעות הפוריניות ניתן לראות בתרשים‪ .‬מבחינת‬
‫הסינתזה של הפורינים התהליך מתחיל בהצמדת חומצת אמינו הנתרמת‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪3‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫מונופוספט ‪ .Vs‬תריפוספט‬ ‫סינתזת דה‪-‬נובו של פירמידינים‬

‫לאורך כל התיאור שחקנו כל הזמן בין ‪ AMP‬ו ‪ ,ATP‬בין ‪ UMP‬ו ‪ .UTP‬מה‬ ‫שני הנוקלאוטידים הפירמידיניים )לא להתבלבל עם פוריניים( המרכזיים‬
‫קורה כאן? בעצם מדובר על מספר הפוספטים המוצמדים לנוקלאוטיד‪,‬‬ ‫הם ציטידין‪-'5-‬מונופוספט )‪ (CMP‬ויורידין‪-'5-‬מונופוספט )‪ .(UMP‬סינתזת‬
‫כאשר כדי להוסיף פוספט עושים פוספורילציה או תהליכים שמערבים‬ ‫דה‪-‬נובו שלהם שונה מזו של הפורינים‪ ,‬משום שכאן אנו יוצרים קודם את‬
‫אנזימים גליקוליטיים‪ .‬זו ריאקציה משותפת לכל התאים‪ATP + AMP  :‬‬ ‫הטבעת הפירמידינית המשושה )כמעט לגמרי( ואז מחברים אליה את‬
‫‪2ADP‬‬ ‫במויל‬
‫קר ָ‬
‫הסוכר )ריבוז‪-5-‬פוספט(‪ .‬לצורך התהליך המטבולי הזה משמש ָ‬
‫באותו אופן ישנם אנזימים שמבצעים פוספורילציה‬ ‫פוספט )‪ (carbomoyl phosphate‬כסובסטרט ראשוני‪ ,‬והוא נוצר מגלוטמין‬
‫‪ATP +‬‬ ‫לנוקלאוזידים מונו או דו פוספטים‪ .‬למשל‪:‬‬ ‫שמגיב עם ביקרבונט‪.‬‬
‫‪.NMP  ADP + NDP‬‬ ‫קרבמויל פוספט מגיב עם אספרטט‪ ,‬ויוצר את המולקולה שבתרשים‪ .‬זהו‬
‫השלב הראשון המחייב בסינתזת הפירמידיניים‪ ,‬והוא מסונתז על ידי אנזים‬
‫דאוקסיריבונוקלאוטידים‬ ‫מיוחד שחשוב לדעת את שמו – אספרטט טרנסקרבמוילז )או בשמו‪ATCa :‬‬
‫דאוקסיריבונוקלאוטידים‪ ,‬שהם אבני הבנין של ה ‪,DNA‬‬ ‫‪ .se‬כלומר – מזרז ריאקציה בין אספרטט וקרבמויל(‪ .‬תוצר השלב הזה הוא‬
‫מקורם בריבונוקלאוטידים מתאימים שעברו חיזור בפחמן ‪2‬‬ ‫קרבמויל‪-‬אספרטט‪ .‬לאחר מספר שלבים נוספים ודהידרציה מגיע שלב ה‬
‫שעל הריבוז‪ ,‬ליצור את הצורה ‪-'2‬דאוקסי )=בלא חמצן(‪.‬‬ ‫‪ ,orotate‬כלומר‪ ,‬נוצרת טבעת פירמידינית‪ ,‬ואליה מוצמד הריבוז‪-5-‬פוספט‬
‫מבחינת הסימון נאמר כי ‪) ADP‬אדנוזין תרי פוספט( הופך‬ ‫שמקורו ב ‪ .PRPP‬בשלב זה נוצר ‪) UMP‬כלומר בעל פוספט אחד(‪,‬‬
‫ל ‪=) dADP‬דאוקסיאדנוזין‪-‬‬ ‫לאחר החיזור‬ ‫ופוספורילציה יוצרת את ה ‪ UTP‬שהוא התוצר המבוקש‪ .‬בעזרת אנזים‬
‫פוספט…(‪ .‬האנזים המקטלז‬ ‫תרי‪-‬‬ ‫שנקרא ‪ cytidylate synthetase‬הופך ‪ UTP‬ל ‪ ,CTP‬ובזה סיימנו לתאר את‬
‫הוא‬ ‫הזו‬ ‫הריאקציה‬ ‫את‬ ‫התהליך המטבולי‪.‬‬
‫)‬ ‫רידקטז‬ ‫ריבונוקלאוטיד‬ ‫רגולציה של הסינתזה נעשית ברובה דרך האנזים ‪) ATCase‬שכזכור מקטלז‬
‫‪] (e reductase‬רידקטז = מזרז‬ ‫‪ribonucleotid‬‬ ‫את השלב הראשון בתהליך(‪ ,‬משום שהוא מעוכב על ידי התוצר ‪.CTP‬‬
‫חיזור – נ‪.‬ו[‪.‬‬ ‫אנזים זה‪ ,‬אצל בקטריות‪ ,‬כולל ‪ 6‬תת‪ -‬חידות קטליטיות ו ‪ 6‬תת‪-‬יחידות‬
‫החיזור‬ ‫לצורך‬ ‫רגולטוריות‪ ,‬כאשר האיזור הקטליטי קושר את הסובסטרט והאיזור‬
‫אטומי‬ ‫נדרשים שני‬ ‫הרגולטורי את התוצר ‪ .CTP‬האנזים קיים בשתי תצורות מבניות – פעיל ולא‬
‫מימן שמסופקים בשני מסלולים‪:‬‬ ‫פעיל; כאשר אין הרבה ‪ CTP‬והאתרים הרגולטוריים חופשיים האנזים פעיל‬
‫שמקורם במולקולת ‪NADPH‬‬ ‫מקסימלית‪ .‬עם עלייה בקשירה של ה ‪ CTP‬אל האתרים הרגולטוריים‬
‫משתנה מבנה האנזים‪ ,‬והאזורים הקטליטיים הופכים לא פעילים‪ATP .‬‬
‫בעזרת חלבון נושא מימן‬ ‫‪.1‬‬
‫מנטרל את השפעת ה ‪) CTP‬אם נחבר את זה לחומר קודם – ‪ CTP‬הוא‬
‫הנקרא ‪ .thioredoxin‬לחלבון זה יש‬
‫מודולטור שלילי‪ ,‬ו ‪ ATP‬מודולטור חיובי(‪.‬‬
‫שני זוגות של קבוצות ‪ SH‬שמקבלות‬
‫את המימן מה ‪ ,NADPH‬ריאקציה זו‬
‫מקוטלזת ע"י ‪.thioredoxin reductase‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪4‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫מסלול סלבג' ) ‪(salvage pathway‬‬ ‫‪.4‬‬ ‫חלבון נושא מימן אחר ‪ ,glutaredoxin -‬שגם הוא‬ ‫‪.2‬‬
‫כולל שני זוגות של ‪ ,SH‬כאשר מסלול זה מקוטלז ע"י‬
‫פורינים ופירמידיניים חופשיים משוחררים לתא לעתים תכופות‪ ,‬בעיקר‬
‫‪.glutaredoxin reductase‬‬
‫במהלך דגרגציה של נוקלאוטידים‪ .‬פורינים חופשיים בדרך כלל עוברים‬
‫"סלבג'" – כלומר‪" ,‬הצלה"‪ ,‬ומנוצלים מחדש ליצירת נוקלאוטידים‪,‬‬ ‫פר"( מנוצלים‬‫ס ֶ‬
‫הרעיון הוא שהחלבונים המחוזרים )=בעלי שני מימנים " ְ‬
‫במסלול מטבולי פשוט הרבה יותר מסינטזת דה‪-‬נובו‪.‬‬ ‫ע"י האנזים ריבונוקלאוטיד רידקטז והמימנים מועברים ל ‪ NDP‬ליצירת‬
‫‪) dNDP‬שזה ניסוח כללי לכל נוקלאוטיד די‪-‬פוספט שהופך לדאוקסי(‪.‬‬
‫אחד ממסלול סלבג' המרכזיים הוא למעשה ריאקציה אחת המקוטלזת‬
‫בעזרת האנזים אדנוזין‪-‬פוספוריבוזיל‪-‬טרנספרז‪ ,‬שבו אדנין חופשי מגיב עם‬ ‫האנזים ריבונוקלאוטיד רידקטז מהווה דוגמא למעורבות של רדיקלים‬
‫‪ PRPP‬ליצירת נוקלאוטיד אדנין‪ ,‬על פי הריאקציה‪Adenine + PRPP  :‬‬ ‫חופשיים במכניזם של הריאקציה‪ .‬לאנזים שתי תת יחידות ‪ ,R1, R2‬שכל‬
‫‪.AMP + PPi‬‬ ‫אחת מחולקת לשתיים‪ 1R .‬כוללת שני אתרים רגולטוריים‪ ,‬והאתרים‬
‫הפעילים )המקטלזים( נמצאים בחיבור בין ‪ 1R‬ל ‪ .2R‬קשירה של רדיקלים‬
‫חופשיים של ברזל ליחידה ‪ 2R‬גורמת שינויים באתר הפעיל ומאפשרת את‬
‫פעולת הזירוז של האנזים‪ .‬אנחנו מכירים ‪ 4‬סוגים של האנזים‬
‫ריבונוקלאוטיד רידקטז‪ ,‬כאשר כל סוג נבדל מחברו בקבוצה המספקת את‬
‫הרדיקל החופשי ובקופקטור הדרוש ליצירתו‪.‬‬
‫נקודה נוספת וחשובה לגבי האנזים קשורה בכך שיש לו‪ ,‬כפי שציינו‪ ,‬שני‬
‫אתרים רגולטוריים‪ .‬אתר אחד מאקטב או מנטרל את פעילות האנזים‬
‫בהתאם לקשירה ל ‪) ATP‬מודולטור חיובי( או לתוצר ‪) dNDP‬מודולטור‬
‫שלילי(‪ .‬האתר השני מסוגל לשנות את הספציפיות שלו לפי המולקולות‬
‫‪ - dCDP‬תכונה ייחודית זו של‬ ‫הנקשרות אליו‪ .‬עודף ‪ dATP‬יגרום ליצירת‬
‫האנזים מאפשרת אספקה מאוזנת ביותר בין פורינים ופירדמידינים לצורך‬
‫יצירת ה ‪.DNA‬‬

‫פירוק של פורינים ופירמידינים‬

‫נוקלאוטידים פורינים עוברים דגרגציה בנתיב מטבולי שהוא למעשה הפוך‬
‫לנתיב סינתזת דה‪-‬נובו שלהם‪ :‬הם מאבדים פוספט‪ ,‬הופכים לאדנוזין ‪‬‬
‫מאבדים קבוצה אמינית והופכים לאינוזין ‪ ‬עוברים הידרוליזה ואז‬
‫רית )‪ .(uric acid‬קטבוליזם של‬
‫אוקסידציה והופכים ל ‪ xanthine‬וחומצה או ִ‬
‫‪ GMP‬הוא תהליך דומה‪ ,‬וגם בסופו נוצרת חומצה אורית‪ .‬החומצה נוצרת או‬
‫מקטבוליזם של פורינים או מיצירת חומצות גרעין ומופרשת מהגוף )‪ 0.6‬ג'‬
‫ל‪ 24-‬שעות(‪ .‬דגרגציה של נוקלאוטידים פירמידיניים מובילה בדרך כלל‬
‫ליצירת ‪ ,+NH4‬וממילא לסינתזה של אוריאה‪.‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪5‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫גם פורינים אחרים יכולים לעבור ריאקצית סלבג' דומה; האנזים שמקטלז‬
‫את מסלול הסלבג' של גואנין נקרא ‪ ,HGPRT‬וגם לפירמידינים קיים מסלול‬
‫מטבולי כזה )אבל בעיקר אצל חיידקים ובע"ח יונקים – לא באדם!(‪ .‬חסר‬
‫באנזים שמזרז ריאקציה זו עבור גואנין בא לידי ביטוי בתסמונת ייחודית‬
‫שנקרא לש‪-‬נייהן )‪ ;(Lesch-Nyhan‬שסימניה הם פיגור קשה ובעיות‬
‫‪Amino acids‬‬ ‫מוטוריות‪ .‬דבר זה מלמד אותנו על המשמעות הגדולה של מסלול הסלבג'‪.‬‬
‫‪ATP‬‬ ‫במידה והאנזים הנ"ל חסר‪ ,‬רמות ‪ PRPP‬בתא עולות ויש יותר סינתזת דה‪-‬‬
‫‪Ribose-5-P‬‬ ‫נובו של פורינים‪ ,‬דבר שגורם לרמות גבוהות של חומצה אורית בתא‪ ,‬דבר‬
‫‪Folic acid‬‬ ‫שעשוי לגרום למחלת ‪ .Gout‬המסלולים המטבוליים המתוארים תלויים‬
‫ומשפיעים זה על זה‪.‬‬

‫מחלת ‪Gout‬ואנטימטבוליטים בסינתזת נוקלאוטידים‬ ‫‪.5‬‬

‫‪Gout‬‬

‫‪ IMP Nucleotides‬וממילא את‬

‫את יצירת ה‬ ‫שבעקיפין מעכב‬
‫‪in diet‬‬ ‫כפי שראינו לעיל‪ ,‬ייצור מוגבר של חומצה אורית גורם למחלת ‪gout‬‬
‫התהליך כולו‪.‬‬ ‫)בתמונה(‪ .‬למחלה זו יש השפעה על הפרקים‪ ,‬אבל שקיעה של חומצה‬
‫אורית מתרחשת גם בטיובולים של הכלייה; המחלה נפוצה בעיקר בגברים‪,‬‬
‫והאטיולוגיה שלה אינה ידועה לגמרי‪ ,‬אך נחשבת גנטית‪.‬‬
‫הטיפול במחלה הוא קודם כל ע"י אכילת מזון דל בנוקלאוטידים‪ ,‬כדי למנוע‬
‫פעילות יתר של מסלול הסלבג'‪ .‬דרך נוספת היא תרופתית‪ ,‬והיא מתבססת‬
‫על אלופירינול )‪ ,(Allopurinol‬שתפקידו בעצם לעכב את הקסנטין‪-‬אוקסידז‬
‫שמקטלז את הריאקציה שבה הופכים פורינים )היפוקסנטין( לחומצה‬
‫אנטימטבוליטים אחרים‬ ‫אורית‪ .‬הדבר גורם לכך שבמקום לפלוט חומצה אורית‪ ,‬הגוף פולט קסנטין‬
‫במחלות סרטניות‪ ,‬באופן הגיוני‪ ,‬ישנה‬ ‫והיפוקסנטין‪ ,‬שהם תוצרים עם נטייה נמוכה ביותר להפוך לגבישים‬
‫פעילות סנתוז מוגברת של ‪ .DNA‬לכן‪,‬‬ ‫)בהשוואה לחומצה אורית(‪.‬‬
‫הקונספט של עיכוב המטבוליזם והסינתזה‬ ‫האלופורינול פועל בשתי דרכים מקבילות‪:‬‬
‫של הנוקלאוטידים הוא אחד מן הבסיסיים‬ ‫תחרות עם היפוקסנטין – בגלל דמיונו של האלופורינול‬ ‫‪.1‬‬
‫בחיפוש אחר תרופה למחלות ממאירות‪.‬‬ ‫למולקולת ההיפוקסנטין‪ ,‬כאשר הוא נפגש עם האנזים הוא הופך‬
‫דוגמאות לאנטימטבוליטים שכאלה‪:‬‬ ‫לאוקסיפורינול‪ ,‬ונקשר אל האתר הפעיל של האנזים ומעכב אותו‪.‬‬
‫‪ – azaserine, acivicin .1‬שתי מולקולות אלה דומות במיוחד לגלוטמין‪,‬‬ ‫צריכת ‪ – PRPP‬האלופורינול מקוטלז גם על ידי ‪HGPRT‬‬ ‫‪.2‬‬
‫ולכן משמשות כמעכב יעיל של האנזים גלוטמין‪-‬אמידו‪-‬טרנספרז‬ ‫לאלופורינול‪-‬ריבוטייד‪ ,‬ובריאקציה זו הוא צורך ‪ ,PRPP‬דבר‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪6‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫מסלול הסלבג'‪ .‬היות וידוע כי ‪ PRPP‬הוא רגולטור בשלב המחייב בסינתזת‬
‫דה‪-‬נובו של פורינים‪ ,‬עלה החשד כי ה ‪ PRPP‬סינתטז פגום בתכונות‬
‫הרגולציה שלו‪ ,‬אך לא בתכונותיו הקטליטיות‪.‬‬
‫בניסוי נבדקה פעילות האנזים בתנאים שונים – לא רק פיזיולוגיים‪,‬‬
‫ובריכוזים קבועים של ‪,ADP, R-5-P‬‬
‫ופוספט אנאורגני‪ .‬נמצא כי בהעלאת‬
‫ריכוז הפוספט האנאורגני אנזים‬
‫נורמלי מדגים גרף סיגמואידי‬
‫ואילו האנזים‬ ‫‪,ADP‬‬ ‫בנוכחות‬
‫המוטנטי מדגים גרף היפרבולי‪.‬‬
‫כאשר נוקו מן המערכת כל‬
‫המעכבים של האנזים – שני‬
‫האנזימים הפגינו תגובה היפרבולית‬
‫)ואפילו נמצא כי האנזים המוטנטי‬
‫פחות רגיש למעכבים(‪.‬‬
‫המסקנה היתה כי בריכוז פיזיולוגי של פוספט אנאורגני האנזים הנורמלי‬
‫הופך רגיש למעכבים תאיים שונים‪ ,‬ואילו האנזים המוטנטי פגום בדיוק‬
‫בתכונה זו‪ .‬בשילוב עם העובדה שפעילותו הקטליטית בתנאים לא‬
‫פיזיולוגיים הוכחה כזהה לזה של האנזים הנורמלי ניתן להסיק כי האנזים‬
‫הוא אלוסטרי‪ ,‬והפגם שלו הוא באתר הרגולטורי‪ ,‬שאמור לאקטב את‬
‫מסלול הדה‪-‬נובו‪ ,‬כפי שצויין לעיל‪.‬‬
‫)שתפקידו כפי שראינו לתרום את הקבוצה החנקנית בתהליכי סינתזה‬
‫רבים של נוקלאוטידים(‪.‬‬
‫‪ – fluorouracil .2‬הופך בתא במסלול סלבג' ל ‪ FdUMP‬שנקשר‬
‫קוולנטית – ובעצם עושה דהאקטיבציה – לאנזים תימידילט‪-‬סינתטז‪,‬‬
‫שהכרחי במסלול המטבולי היחיד הקיים בתא ליצירת תימין!‬
‫‪ – methotrexate, aminopterin .3‬מעכבים את האנזים ‪dihydrofolate‬‬
‫‪ reductase‬שהוא האנזים שמחזר את החומצה הפולית )שעליה נרחיב‬
‫בהמשך(‪ ,‬והופך אותה למולקולה האקטיבית טטרהידרופולאט‪.‬‬
‫האנטימטבוליטים הללו מתפקדים כמעכבים תחרותיים‪.‬‬
‫מולקולות מרכזיות בסינתזת נוקלאוטידים‬ ‫‪.6‬‬
‫‪PRPP‬‬ ‫סינתזת‬
‫כדי להשלים את החלק הזה של הדיון נזכיר את הריאקציה שבה מייצרים‬
‫את מולקולת ה ‪ PRPP‬שהיא מולקולה מרכזית בסינתזה של נוקלאוטידים‪.‬‬
‫נוסחת הריאקציה היא‪:‬‬
‫‪Ribose-5-phosphate + ATP  5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate + AMP‬‬
‫וצורת המולקולה עצמה‪:‬‬

‫חומצה פולית וטטרהידרופולאט‬

‫חומצה פולית הכרחית לקיום מסלולי מטבוליזם רבים בגוף‪ ,‬בין השאר‬
‫סינטזה של נוקלאוטידים‪ .‬בני אדם מקבלים את החומצה הפולית הדרושה‬ ‫הריאקציה הזו מזורזת ע"י ‪ ,PRPP synthetase‬ומתרחשת בנוכחות מגנזיום‬
‫להם מן המזון‪ ,‬ואילו חיידקים מסנטזים את החומצה לעצמם‪ .‬תכונה זו ניתן‬ ‫ופוספט אנאורגני‪ .‬במאמר )‪ (Sperling, Medicine, 1973‬מתואר ניסוי שנעשה‬
‫לנצל כדי לייצר חומרים אנטיבקטריאליים‪ ,‬כגון סולפה )סולפנילאמיד(‪,‬‬ ‫במוטציה של האנזים ‪ PRPP‬סינתטז‪ .‬המקרה הוא של חולה זכר בן ‪35‬‬
‫שמעכבים את הסינטזה של הח' הפולית אצל הבקטריות‪ ,‬אך לא משפיעים‬ ‫שסובל כ‪ 15 -‬שנה מ ‪) gout‬צינית(‪ ,‬רמות החומצה האורית בדמו גבוהות‬
‫באופן ציטוטוקסי על יונקים ובני אדם‪ .‬מבנה החומצה‪:‬‬ ‫מאוד בהשוואה לנורמל‪ ,‬ופעילות האנזימים היפוקסנטין ו ‪ HGPRT‬תקינה‪.‬‬
‫כפי שראינו‪ ,‬פעילות יתר של מסלול הסלבג' עשויה לגרום לצינית‪ ,‬ומכאן‬
‫שכנראה יש לחולה בעיה מסלול הדה‪-‬נובו‪ ,‬ולכן משופעל אצלו באופן חריג‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪7‬‬

 ‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫הסולפה דומה במבנהו לאמינו‪-‬בנזואט שבמרכז המולקולה‪ ,‬ולכן מעכב את‬

‫הסינתזה‪ .‬חסר בחומצה פולית הוא מחלת חסר ויטמין הנפוצה ביותר‪ ,‬והוא‬
‫גורם – בתור התחלה – לאנמיה מגלובלסטית‪ ,‬כלומר‪ ,‬לבעייה בייצור‬
‫אריתרוציטים תקינים‪ .‬סיבת הדבר‪ ,‬כפי שנראה‪ ,‬היא שהחומצה היא מצרך‬
‫בסיסי בסינתזת נוקלאוטידים‪ ,‬ולכן בתאים המתחלקים הרבה תווצר בעיה –‬
‫במקרה שלנו‪ ,‬בהמופואזיס שבמח העצם‪.‬‬
‫אחד הקופקטורים המשמעותיים במטבוליזם של נוקלאוטידים הוא‬
‫טטרהידרופולאט )‪ .(tetrahydrofolate‬טטרהידרופולאט )‪(H4 folate or THF‬‬
‫מורכב למעשה מקבוצה פטרית‪ ,‬מאמינובנזן ומגלוטמט‪ ,‬והוא תוצר חיזור‬
‫של חומצה פולית‪:‬‬

‫‪‬‬ ‫‪‬‬

‫את החיזור מבצע אנזים שנקרא ‪ ,dihydrofolate reductase‬שמשתמש ב‬

‫‪ NADPH‬כסוכן חיזור‪ .‬כפי שהזכרנו בסעיף הקודם ישנם אנטימטבוליטים‬
‫הצורה השמאלית ביותר של ‪ THF‬מעורבת ביצירת חומצת האמינו מתיונין‬
‫שדומים לח' פולית‪ ,‬ומשמשים כמעכבים תרפוייטים במקרים של סרטן‪,‬‬
‫בכבד‪ .‬בריאקציה זו הופך הומוציסטאין למתיונין‪ ,‬בסיוע ‪methyl-THF-5‬‬
‫משום שהוא מעכבים את היצירה של ‪.THF‬‬
‫ובסיוע הויטמין ‪ .12B‬האנזים שמקטלז את הריאקציה זקוק לויטמין ‪,12B‬‬
‫‪ THF‬יכול לעבור בין מצבי חיזור וחמצון שונים‪ ,‬בהתאם למצב החנקן‬
‫ולמעשה הוא האנזים היחיד שהופך את ה ‪ methyl-THF-5‬ל ‪ ,THF‬כאשר‬
‫במקום ‪ 5‬ובמקום ‪ :10‬אם מחובר לפחמן ‪ 5‬קבוצת מתיל זהו המצב המחוזר‬
‫אנו יודעים שה ‪ THF‬נצרך לריאקציות רבות נוספות בגוף‪ .‬משמעות הדבר‬
‫ביותר‪ ,‬אם מחובר אליו פחמן דו"ח זה מצב ביניים‪ ,‬ואם מחובר אליו פורמיל‬
‫שחסר ב ‪ ,12B‬יגרום להצברות של ‪ methyl-THF-5‬בדם וברקמות ולחסר ב‬
‫– זהו המצב המחוזר ביותר‪ .‬באופן זה יכול טטרהידרופולאט לשמש‬
‫‪ ,THF‬ובסופו של דבר לאנמיה ואולי להפרעות קליניות נוספות‪.‬‬
‫כ"תורם" קבוצות פחמן‪-‬יחיד )כמו מתיל( בריאקציות שונות בתא‪ .‬מצבי‬
‫חיזור‪-‬חמצון של ‪) THF‬המחומצן ביותר בימין(‪:‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪8‬‬

‫יחידה ‪ - 8‬נוקלאוטידים‬ ‫בס"ד‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪9‬‬