‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬

‫נועה לוי‬

‫חומצות אמינו‬
‫חלבונים מורכבים מחומצות אמינו‪ -‬רובנו מורכבים מחלבונים‪ .‬לאחרונה מגלים ש‪ RNA‬למשל יכול לבצע חלק‬
‫מהפעולות שבעבר חשבנו שרק חלבונים מבצעים‪ RNA .‬בריבוזום הם הקטליזטור‪ ,‬למרות שברות התאים אלו‬
‫מתרחשים על ידי חלבונים‪.‬‬
‫סוגי חלבונים‪:‬‬
‫אנזימים‬ ‫‪.1‬‬
‫חלבונים בונים – קולגן‪ ,‬קרטין‪ ,‬אלו הם גדולים‪ ,‬סיביים ובכמות גדולה‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫תנועתיים‬ ‫‪.3‬‬
‫חלבונים רגולטורים‪ -‬תורמים אחוז קטן לרגולציה של הגוף‬ ‫‪.4‬‬
‫תובלה ואחסון‪ -‬המוגלובין‪ ,‬טרנספרין‪ ,‬טרנספריטין‪ .‬עוזרים להעביר חומרים‬ ‫‪.5‬‬
‫תנועתיים‪ -‬מיוזין ואקטין‬ ‫‪.6‬‬
‫הורמונים‪ ,‬הורמוני גדילה‪.‬‬ ‫‪.7‬‬
‫נוגדנים של נערכת החיסון‬ ‫‪.8‬‬
‫רצפטורים‪ ,‬תעלות ומשאבות‬ ‫‪.9‬‬
‫אנטיביוטיקות‬ ‫‪.10‬‬
‫ישנן חומצות אמינו שאנחנו נדע לייצר ואז אין לנו צורך ממשי לאכול אותם‪ ,‬אחרות לא נוכל לייצר באופן עצמאי ולכן‬
‫עלינו לקבלם מגורם חיצוני‪ -‬כלומר דרך התזונה‪.‬‬
‫הדוגמה המרכזית‪:‬‬
‫מסבירה את תהליך התרגום של ‪ DNA‬הדו גדילי משתעתק ל‪ mRNA‬שהוא חד גדילי‪ ,‬וממנו אל ה‬
‫‪ tRNA‬שנראים בדו ממד בצורת תלתן‪ ,‬כאשר כל אחד מהם ייצר חומצה אמינית ספציפית‪ .‬זהו‬
‫מנגנון שמתבסס על הדרך בה המולקולה המתאמת יודעת לקרוא את הקוד הגנטי ואליה יתחברו‬
‫המתרגמים ובגלל שיש כיווניות החלבונים מסתנתזים בכיוון מסוים וכך וצרות חומצות אמינו‬
‫ספציפיות‪.‬‬
‫מדוע עלינו לדעת את רצף חומצות האמינו?‬
‫ברגע שאנחנו רואים איך חלבון מורכב‪ -‬נוכל לדמיין איך הוא פועל‪ .‬זה נראה מובן על פניו אבל בפועל על פי רצף‬ ‫‪.1‬‬
‫ליניארי של חומצות אמינו קשה לדמיין את המבנה המרחבי של החלבון עצמו ולדעת איך יפעל‪.‬‬
‫הקורלציות בין הרצפים למבנה התלת ממדי‪ -‬נדע שרצף מסוים יצטרף למבנה מסוים ואז נוכל לזהות את‬ ‫‪.2‬‬
‫הקשר של רצפים מסוימים למבנים מסוימים‪.‬‬
‫מוטציות‪ -‬כך נוכל לזהות מוטציות מסוימות‪ -‬כך נוכל לזהות מחלות מסוימות (ניתן להסיק על פי ‪DNA\RNA‬‬ ‫‪.3‬‬
‫גם כן – נעדיף זאת כי השיטות לפיענוח שלהם הם רגישים יותר)‪ .‬בנוסך ניתן להשוות את הרצף לגורמים‬
‫דומים‪ -‬ועל פי שימור אבולוציוני וכו נוכל להניח שיש את אותה הפעולה‪.‬‬
‫מבנה חומצה אמינית‪-‬‬
‫מורכבת משתי קבוצות (למעשה ‪ )3‬פונקציונאליות‪ .‬יש קבוצה חומצית וקבוצה אמינית ולכן השם‪.‬‬
‫הפחמן המרכזי אליו מחוברות ארבעת הקבוצות יהיה הפחמן ליד הקרבוניל‪ ,‬הוא פחמן אלפא ולכן‬
‫האמין הוא אמין ראשוני‪ .‬בקוד הגנטי מקודדות ‪ 20‬חומצות אמיניות‪ .‬במציאות יש יותר חומצות‬
‫והמינים האחרים הם מודיפיקציה של החומצות הקיימות‪ 20 .‬חומצות האמינו עוברות מודיפיקציות‬
‫אחרי תהליך התרגום‪ -‬כלומר המודיפיקציה נעשית אחרי יצירת החלבון ולכן יש יותר מ‪ 20‬מינים אך‬
‫רק ‪ 20‬מהם מקודדים‪ .‬מאחר שלכל חומצות האמינו יש מבנה דומה מה שמבחין בין החלבונים זה‬
‫קבוצת ה‪ R-‬והיא מקנה את התכונות הפונקציונאליות לחלבונים‪ .‬כלומר יש ‪ 20‬קבוצות צד – ‪– R‬‬
‫שונים‪ .‬השלד יהיה זהה ורק הקבוצות הצדדיות משתנות ומקנות תכונות לחלבונים וכך ישתנו גם‬
‫במבנה ביניהם‪ .‬ההבדלים יהיו בגודל‪ ,‬צורה‪ ,‬מטען‪ ,‬ריאקטיביות המוקנית על ידי קבוצות ‪ R‬ועוד‪.‬‬
‫כשאומרים שיונים הם די‪-‬פולאריים יהיה להם שני מטענים וברמת חומציות ביולוגית כאשר חומצה אמינית חופשית‬
‫שני היונים יהיו טעונים‪ -‬צוויטראיון‪ .‬החלק האמיני יהיה בעל פרוטון נוסף והקבוצה החומצית חסרה פרוטון אחד‪ .‬ה‪PH‬‬
‫פיזיולוגי בגלל ה‪ PKA‬שתי הקבוצות מיוננות‪ -‬אחת חיובית ואחת שלילים ולכן המטען נטו הוא ‪ 0‬ולזה נקרא צוויטראיון‬
‫וזה תלוי ב‪.PKA‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫בתמיסה חומצית הצוויטראיון הוא בסיס כי הוא‬

‫מקבל ‪ +H‬מהתמיסה והקבוצה הקרבוקסילית מקבלת‬
‫יון מימן והוא בעל פרוטון נוסף‪.‬‬
‫בתמיסה חומצית הצוויטראיון הוא חומצה שנותנת יון‬
‫מימן והקרבוקסילאט נשאר בשלו‪ .‬כך יהיה לרוב‬
‫בסביבה החומציות ביולוגית‪.‬‬
‫כך המטען ישתנה בהתאם לסביבה ומטען הנטו לא‬
‫יהיה אפס‪ -‬זה אמפוטרי – כלומר יכול להגיב כבסיס או כחומצה‪.‬‬
‫חלבון זה פולימר‪ -‬ולכן זה לא בדיוק צוויטראיון‪ ,‬כי חומצות אמינו שהם פנימיות בתוך חלבון אין את שתי הקבוצות כי‬
‫הן קשורות למשהו אחר אז הן לא בנויות להיות טעונות כפי שקורה כשהן בודדות‪.‬‬
‫יחס בין התוצרים למגיבים‪-‬‬

‫נשתמש בנוסחות כדי לקבוע את היחס בין התוצרים לחומרי המקור (המגיבים)‪ .‬חשוב לזכור‪ -‬חומצה תורמת מימן‬
‫ובסיס לוקח מימן‪.‬‬
‫ככל שה ‪ KA‬גבוה יותר‪ ,‬או ‪ PKA‬נמוך יותר – החומצה חזקה יותר! על פי משוואת הנדרסון האסל באך‪.‬‬
‫כשה‪ PH‬נמוך‪ ,‬החומצה של התמיסה היא גבוהה מאוד ושני הקצוות‬
‫יהיו בעלי פרוטון‪ ,‬כאשר נעלה ל‪ PH‬פיזיולוגי יהיה צוויטראיון כי החלק‬
‫החומצי יאבד את הפרוטון‪ -‬שזה מה שיהפוך אותו לחומצי באמת‪ ,‬ואז‬
‫נקבל צוויטראיון‪ .‬אם זה יעלה עוד יותר נקבל מצב בו שני הקצוות‬
‫איבדו את המימן‪ .‬כאשר הריכוז של ‪ PH‬ושל ה‪ PKA‬שווה – יש שוויון‬
‫בריכוזים בין החומצה לבסיס המצומד שלה‪ .‬לכל חומצה זה יהיה‬
‫המיקום מספרי שונה‪ ,‬והמטען יהיה למעשה חצי מהמטען הפוטנציאלי‪.‬‬
‫אם עושים לחומצה טיטרציה‪ -‬מגיבה עם יוני הידרוקסיל‪ -‬מתחילים ב‬
‫‪ PH‬מאוד נמוך והחומצה היא חזקה מאוד‪ -‬היא חזקה מהקבוצה‬
‫הקרבוקסילית ולכן היא עוברת פרוטונציה‪ -‬אין לה מטען‪ .‬לאחר שעשינו‬
‫טיטרציה לחצי מהכמות‪ -‬יש שוויות בריכוזים בין היונים הלא טעונים‬
‫ליונים השלילים ולכן המטען הכולל של התמיסה הוא מינוס חצי‪ .‬לכן עלינו לדעת את היחס בין ‪ PH‬לבין ה‪ PKA‬של‬
‫החומצה‪.‬‬
‫למולקולה של חומצה אמינית יש שני ‪ PK‬כי זה היכולת של כל חומצה להתפרק והיחס בין התוצרים והמגיבים של כל‬
‫חומצה‪ .‬ולכן יש שני ‪ PK‬בשביל כל קצה של המולקולה‪.‬‬
‫כלומר‪ -‬לכל מולקולה יהיה טווח בה שתי הקבוצות במצב פרונציה‪ ,‬יש טווח בו אחת בפרונציה והשנייה לא ומצב בו‬
‫שתיהן במצב די‪-‬פרונציה‪ .‬זה ייקבע לפי ה‪ PH‬והאם הוא גבוה או נמוך מה‪ PK‬של הקבוצות הושנות‪.‬‬
‫קשר פפטידי‪ -‬הנקודה בה אבני הבניין הופכות לחלובנים‪ -‬יקרה על ידי‪:‬‬
‫ריאקציית דחיסה בה יוצאת מולקולת מים‪ ,‬ונוצר‬
‫קשר אמידי הוא הקשר הפפטידי‪ .‬יכולים להווצר‬
‫הרבה קשרים כאלה‪ ,‬ולפי זה יהיה הנומנקלטורה‪ .‬מעל‬
‫‪ 50‬נקרא לפפטיד חלבון‪ -‬כלומר חלבון הוא שרשרת‬
‫ארוכה של פולי‪-‬פפטידים‪.‬‬
‫המולקולות של החלבונים הן לינאריות‪ ,‬ראש‪-‬זנב‬
‫והקשר "מסודר" כך שמה שיקרה זה שהקשר יראה‬
‫בצורת ראש זנב‪ ,‬והשוני יהיה בקבוצות הצד‪ -‬הקבוצות הפנימיות יראו זהות‪ .‬הקבוצות הטרמינליות יהיו שונות‪ .‬בגלל‬
‫שכל חומצה אמינית באמצע קשורה ורק לחומצות האמינו בקצוות יש את האמוניום או הקרבוקסילט‪ -‬כלומר הקצוות‬
‫שלא התחברו‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫נכתוב תמיד מקצה ‪ N‬לקצה ‪ – C‬משמאל לימין‪ .‬השמאלית‪ -‬הקבוצה האמינית שלה לא מעורבת בקשר פפטידי‪.‬‬
‫משקל חומצת אמינו יהיה ביחידות של דלתון בממוצע המשקל הוא ‪.110Da‬‬
‫הכיווניות חשובה‪ -‬הסדר ישפיע על אופי המולקולה ויש חשיבות לקריאה הנכונה לפי הכיווניות‪.‬‬
‫סיווג חומצות אמינו‪ -‬נסווג על פי קבוצות ה‪ ,R‬הסיווג הכי יעיל הוא לקבוצות ‪:R‬‬
‫לא פולריות‬ ‫‪.1‬‬
‫פולריות ובלתי טעונות‬ ‫‪.2‬‬
‫טעונות ופולריות‬ ‫‪.3‬‬
‫לעיתים השינוי של הפולריות יכול להיות משמעותי‪ ,‬הקפיצה בין הקטגוריות תשפיע על הקיפול‪ ,‬המבנה הסופי ועוד‪.‬‬
‫קשה לצפות את המבנה הדו ממדי‪/‬תלת ממדי אך יש כמה עקרונות קבועים‪ -‬למשל דברים שנוטים להיות הידרופוביים‪-‬‬
‫יהיו הפנים ולא חשופים למים והידרופיליים יהיו חשופים לתמיסה מימית‪.‬‬
‫בטבלה נראה את הקבוצות‪ -‬עלינו לדעת את השמות של כל הקבוצות האמיניות עם הקיצורים שלהם‪ .‬לכל קבוצה‬
‫הקיצור יהיה ‪ 3‬האותיות הראשונות והקיצור של האות יהיה האות הראשונה‪ ,‬אם יש כמה קבוצות שבהן האות‬
‫הראשונה זהה‪ -‬השכיחה תקבל את האות והשנייה אות אחרת‪ .‬הסדר הוא הגיוני‪ ,‬לאט הקבוצה ‪ R‬גדלה‪ .‬המסומן בעיגול‬
‫שחור זה מרכז קירלי לדוגמא‪ .‬בגליצין אין מרכז קירלי‪.‬‬
‫בפניל ואינדול יש טבעות ארומטיות‪ -‬המשמעות היא האופן שבו נוכל לזהות את החלבונים‪ ,‬הבליעות של אורך הגל‬
‫מושפעות מהטבעות מאוד ולכן נוכל לזהות אותם כך‪.‬‬
‫סוף הטבלה‪ -‬הן חומצות טעונות ויש חומציות ובסיסיות‪ -‬יש להביל ביניהן ולסווג אותך‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫קשרים‪ -‬היכולת ליצור קשרים שונים למשל ישקה ‪ S-S‬או קשרים יונים יכולים לעזור לנו לסווג את החומצות האמינו‬
‫השונות‪.‬‬
‫אחרי שהחלבון מתורגם‪ ,‬חומצות אמינו יכולות לקבל קבוצות נוספות עליהן ואז הן עוברות מודיפיקציה‪ ,‬ולכן לא נכליל‬
‫אותן ב‪ 20‬המקודדות אלא רק כמודיפיקציה‪.‬‬
‫‪Very low pH ---> groups are protonated‬‬ ‫•‬
‫‪Very high pH ---> groups are deprotonated‬‬ ‫•‬
‫‪Intermediate pH ---> Acidic groups unprotonated; basic groups protonated‬‬ ‫•‬
‫‪In aqueous solution, the un-ionized form is present in very small amounts‬‬ ‫•‬
‫נקודה איזואלקטרית‪ -‬נקודה בה המטען נטו הוא אפס‪.‬‬
‫הנקודה נקבעת בהתאם לממוצע בין הקבוצות הפונקציונאליות הרלוונטיות‪:‬‬

‫‪pK 1+ pK‬‬ ‫‪2‬‬

‫=‪lp‬‬
‫‪2‬‬
‫בחומצה אמינית חומצית נשתמש בשני הערכים בעלי ה ‪pK a‬הנמוכים ביותר‪.‬‬
‫בחומצות אמינו ניטרליות בהן יש רק שתי קבוצות ‪ R‬נשתמש בשני ה ‪pK a‬ואלו יהיו הממוצע‪.‬‬
‫בחומצה אמינית בסיסית נשתמש בשני ערכי ה ‪pK a‬הגבוהים ביותר לחישוב‪.‬‬

‫סטריוכימיה‪ -‬מתבסס על פולרימטר‪ ,‬כך נוכל להבדיל‪ .‬יש ריאקציות כימיות קירליות שיעזרו לנו לסווג את מצב החומר‪.‬‬
‫קשה לצפות לאן יפנה האור אך קל לבדוק זאת‪.‬‬
‫בכימיה תרופתית יש לבחון האם יש לבצע הפרדה‪ .‬לפעמים שני המצבים הקיריליים יהיו בתרופה כל עוד זה לא פוגע‬
‫כתוצר לוואי‪ .‬לפעמים למגיב הקירלי הלא רצוי יהיו השפעות שליליות‪ .‬לרוב במצב ביולוגי נשתמש במולקולות ‪.L‬‬
‫חומצות אמינו שעברו מודיפיקציה‪ -‬ב‪ DNA‬לא כתוב שבחומצה האמינית תהיה‬
‫מודיפיקציה‪ .‬יש בגוף אנזימים שיודעים לבצע מודיפיקציה של חומצות אמינו‪ ,‬כך‬
‫שהאנזימים הם אלו שאחראים על המודיפיקציה בחומצות האמינו השונות וכך‬
‫מקבלים יותר מ‪ 20‬חומצות אמינו למרות שרק ‪ 20‬מהן מקודדות‪.‬‬
‫פרולין‪ -4hydroxyporlyn -‬יש השפעה על קולגן‪ ,‬מרכיב בעור‪ .‬צריך‬
‫חמצן וברזל שעובר חמצון‪ ,‬וכדי להחזיר את המצב לקדמותו יש צורך‬
‫בוויטמין ‪ C‬ובהיעדר ויטמין ‪ C‬התהליך לא יקרה ויש מחסור בחומצה‪ .‬זה‬
‫הגורם למחלת דמם‪ ,‬שכאמור ויטמין ‪ C‬משפיע עליו‪.‬‬
‫יש מצבים שבהם קורים דברים חריגים‪ -‬למשל חלבון שיוצר אור‪ .‬אפשר לחבר את החלק הזה לכל חלבון‪ ,‬כתוסף לחלבון‬
‫וכך הוא עוזר לעקוב אחרי החלבון באמצעות הזריחה זה מהווה סמן‪ .‬השלשה הרלוונטית היא‪ Ser-Tyr-Gly :‬ויש בינהן‬
‫תגובה ספונטנית שיוצרת את האור‪.‬‬