‫משפחת החלבונים‪:‬‬

‫חומצות אמיניות – מבנה‪ ,‬סוגים‪ ,‬משוואות‬ ‫‪o‬‬

‫ומצבי ‪ ,PH‬סטריוכימיה וקשר פפטידי‪.‬‬
‫מבנה החלבון – ראשוני‪ ,‬שניוני ( אלפא‬ ‫‪o‬‬
‫הליקס ובטא שיט )‪ ,‬שלישוני ורביעוני‪.‬‬
‫טיהור חלבונים – ניקוי על ידי‪ :‬צנטרפוגה‪,‬‬ ‫‪o‬‬
‫תכונות החלבון‪ ,‬שדה חשמלי‪ ,‬שדה‬
‫חשמלי וחומציות‪.‬‬
‫ריצוף חלבונים‬ ‫‪o‬‬
‫סנתוז חלבונים מלאכותי‪.‬‬ ‫‪o‬‬
‫הרס ושחזור המבנה השלישוני של‬ ‫‪o‬‬
‫החלבון‪.‬‬

‫מבנה ותפקוד של ביומולקולות‬

‫ד"ר ראובן וינר | ‪ | 96113‬סיכומי עומר שקד‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪1‬‬

‫הקדמה‬
‫מהן ביומולקולות? ביומולקולות הן מולקולות אשר בונות את התאים החיים‪ ,‬וכדי להבין‬
‫איך התא עובד אנו צריכים לדעת איך אותן מולקולות מתפקדות ומה מבנן‪ .‬ממבנה‬
‫המולקולה אנו נדע מה תפקידה‪ ,‬ומתפקידה נבין איך מבנה הוא האידיאלי לתפקידה‪.‬‬

‫מה מכיל תא של בקטריה?‬

‫‪ 70‬אחוזים מתכולת התא הם מולקולות מים‪.‬‬

‫‪ 30‬האחוזים הנותרים מורכבים מ‪ 2‬קבוצות‪ ,‬מיקרו מולקולות ומאקרומולקולות‪.‬‬

‫מאקרומולקולות הן מולקולות אשר מורכבות‬

‫משרשראות חוזרות של חומרים‪ ,‬זאת אומרת‬
‫שהן בעלות יכולת להתפלמר‪ .‬לדוגמא בתא‪,‬‬
‫ישנם חלבונים אשר מורכבים מחומצות אמינו‪,‬‬
‫דנ"א ורנ"א אשר מורכבים מרצף של‬
‫נוקלאוטידים ופוליסכרידים אשר מורכבים‬
‫מסוכרים‪.‬‬

‫מיקרומולקולות הן יונים‪ ,‬פוספוליפידים‪ ,‬ליפידים‬

‫וסוכרים‪.‬‬

‫התא מורכב מחומרים רבים‪ ,‬מבנהו הבסיסי הוא מעטפת (דופן)‪ ,‬אברונים‪ ,‬ציטופלסמה‬
‫וגרעין‪ .‬בגרעין יש את הדנ"א אשר עטוף בחלבונים רבים‪ ,‬מבנה זה נקרא קומפלקס‬
‫כרומטין‪.‬‬

‫הממברנה של התא גם היא בנויה מחלבונים אשר בנויים הם מחומצות אמינו רבות‪.‬‬

‫התא הוא סביבה מאוד דחוסה וצפופה‪ ,‬הכל נמצא קרוב לשני‪ ,‬למרות הצפיפות‬
‫המולקולות מסודרות מאוד‪ ,‬הן זזות כל הזמן אך שומרות על הסדר שלהן כדי להגיע‬
‫לתפקוד נכון‪.‬‬

‫‪1‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪2‬‬

‫חלבונים‬
‫החלבונים משתתפים בכל תהליך שיש בתא‪ ,‬לדוגמא הכפלה של דנ"א‪ ,‬ריבוזום‪ ,‬תעלות‬
‫וכו‪.‬‬

‫לחלבונים ישנם תפקידים שונים ומגוונים בכל עולם החי‪ ,‬לדוגמא‪ ,‬קרן הקרנף עשויה‬
‫מחלבון קרטין‪ ,‬אשר מרכיב גם את השערות והציפורניים שלנו‪ ,‬ההמוגלובין הוא חלבון‬
‫אשר נמצא בכדוריות הדם שלנו ונקשר לחמצן‪ ,‬ואילו האור שנוצר על ידי גחלילית נוצר‬
‫בעקבות תהליך של פליטת אנרגייה באמצעות אנרגיה ביוכימית ואנזים לוציפראז‪.‬‬

‫אז איפה חלבונים משתתפים בגופינו?‬

‫אנזימים – חלבונים אשר אחראים על זירוז של ריאקציות בגוף‪ ,‬לדוגמא אנזימים‬ ‫❖‬
‫האחראים על בניית מולקולת הדנ"א‪.‬‬
‫במערכת החיסון יש לנו נוגדנים אשר מורכבים מחלבונים‪.‬‬ ‫❖‬
‫רעלנים‬ ‫❖‬
‫במערכת ההובלה ישנו את ההמוגלובין אשר אחראי על הובלת החמצן לתאים‬ ‫❖‬
‫דרך מערכת ההובלה‬
‫משאבות אשר אחראיות על כניסה והוצאה של אלקטרוליטים כמו נתרן ואשלגן‪.‬‬ ‫❖‬
‫בקרה בגוף‪ ,‬למשל אינסולין‪.‬‬ ‫❖‬
‫שרירים‬ ‫❖‬
‫חלבונים אשר אחראים לאגירת יונים למקרה הצורך‪.‬‬ ‫❖‬

‫הדבר המשותף לכל החלבונים הוא שהם כולם מורכבים מרצפים של חומצות אמינו‪.‬‬

‫‪2‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪3‬‬

‫פרוטאום – מגוון החלבונים שמבוטאים בתא מסויים‪ ,‬בתאים שונים מתבטאים חלבונים‬
‫שונים‪ .‬תפקוד התא נקבע לפי המגוון הרחב והשונה של חלבונים שיש בתא הספציפי‪.‬‬
‫בטמפרטורות שונות האפיון של התא על ידי החלבונים הוא שונה‪.‬‬

‫כמה חלבונים יש לנו בתא?‬

‫לחיידק הקולין יש בערך כ‪ 3,000-‬חלבונים‪ ,‬בשמרים יש בערך כ‪ 6,000-‬חלבונים בתא‬

‫ובתאים של גוף האדם יש בין כ‪ 20,000-‬ל‪ 30,000-‬חלבונים בתא‪.‬‬

‫ככל שהתא יותר מורכב‪ ,‬מספר החלבונים אשר הוא מכיל הולך וגדל‪.‬‬

‫מה גודלם של החלבונים?‬

‫חלבונים שונים הם בעלי גודל שונה‪ .‬חלבונים אשר נחשבים קטנים מורכבים מכ‪100-‬‬
‫חומצות אמינו בערך‪ ,‬ומשקלם המולקולרי הוא בערך כ‪ 13,000-‬גרם למול‪.‬‬

‫חלבונים יותר גדולים יכולים להגיע אף לרצף של כ‪ 27,000-‬חומצות אמינו‪ ,‬שמשקלם‬

‫גדול בהרבה והוא בערך ‪ 3,000,000‬גרם למול‪.‬‬

‫משקלם של חומצות האמינו הוא בממוצע ‪ 100‬גרם למול‪.‬‬

‫ישנם חלבונים שמורכבים יותר משרשרת אחת‪ ,‬לדוגמא ההמוגלובין מורכב מ‪4-‬‬
‫שרשראות שונות‪.‬‬

‫‪3‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪4‬‬

‫חומצות אמינו‬
‫חלבונים הם פולימרים של חומצות אמינו – ‪.Heteropolymer of α amino acids‬‬

‫ישנם ‪ 20‬חומצות אמינו ולכולן יש מאפיינים שמתאימים אותן לביצוע תפקידים ביולוגיים‬
‫שונים‪ .‬מאפיינים כמו יכולת להתפלמר‪ ,‬מאפייני חומצה בסיס שימושיים‪ ,‬מאפיינים פיזיים‬
‫וכימיים שונים‪.‬‬

‫המבנה של החומצה האמינית הוא פחמן אשר מחובר ל‪4-‬‬

‫קבוצות שונות (מימן‪ ,‬קרבוקסיל‪ ,‬אמין וקבוצת ‪.)R‬‬

‫המשותף לכל חומצות האמינו הוא המימן‪ ,‬קבוצת‬

‫הקרבוקסיל והאמין‪.‬‬

‫הדבר היחיד אשר מבדיל ביניהן מבחינת מבנה הוא השייר‪,‬‬

‫קבוצת ה‪.R-‬‬

‫ניתן לחלק את כל ‪ 20‬חומצות האמינו ל‪ 5-‬קבוצות שונות‪:‬‬

‫חומצות אמינו לא פולריות ‪7 -‬‬ ‫❖‬
‫חומצות אמינו ארומטיות ‪3 -‬‬ ‫❖‬
‫חומצות אמינו פולריות ‪5 -‬‬ ‫❖‬
‫חומצות אמינו טעונות חיובי ‪3 -‬‬ ‫❖‬
‫חומצות אמינו טעונות שלילי – ‪2‬‬ ‫❖‬

‫‪4‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪5‬‬

‫חומצות אמינו לא פולריות‬

‫גליצין – פחמן אלפא לא מחובר ל‪ 4-‬קבוצות שונות‪ ,‬לכן פחמן זה אינו אסימטרי וחומצת‬
‫אמינו זו אינה חומר כיראלי‪ .‬היא גם חומצת האמינו היחידה שהיא לא כיראלית‪.‬‬

‫אלאנין – קבוצת השייר היא מתיל‪.‬‬

‫פרולין – השייר נסגר על הקצה האמיני והופך את האמין לאמין שניוני‪ ,‬לעובדה זו יש‬
‫השפעה על היכולות של פרולין ליצור קשרים‪.‬‬

‫ואלין‪ ,‬לאוצין‪ ,‬איזולאוצין ומתיאונין‪.‬‬

‫‪5‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪6‬‬

‫חומצות אמינו ארומטיות‬

‫המאפיין המרכזי בחומצות אמינו ארומטיות הוא שהן‬
‫בולעות אור בצורה טובה‪ ,‬עד אורכי גל של ‪ 280‬ננומטר‪.‬‬
‫שאר חומצות האמינו אינן בולעות אור באורכי גלים אלה‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬ככל שיש יותר חומצות אמינו ארומטיות בחלבון‪,‬‬
‫תהיה יותר בליעה של אור ונוכל לקבוע ריכוז לפי בליעה‬
‫של אור באורך גל זה‪.‬‬

‫פנין אלאנין – קבוצת השייר היא טבעת ארומטית‪.‬‬

‫טרוצין – דומה מאוד לפנין אלאנין רק שישנה קבוצת הידרוקסיל מחוברת‬

‫לטבעת הארומטית‪ ,‬יש לחומצת האמינו הזו יכולת ליצור קשרי מימן‪.‬‬

‫טריפטופאן – השייר מאוד גדול‪.‬‬

‫‪6‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪7‬‬

‫חומצות אמינו פולריות בעלות מטען חלקי‪:‬‬

‫כל החומצות האלה יכולות להשתתף בקשרי מימן‪.‬‬

‫סרין – קבוצת השייר מותמרת בהידרוקסיל‪.‬‬

‫טראונין – קבוצת השייר גדולה וגם היא מותמרת בהידרוקסיל‪.‬‬

‫ציסטאין – יכול ליצור קשרים קוולנטים עם עוד ציסטאין‪ ,‬קשרים שהם קשרים סולפידיים‪.‬‬

‫אספראגין וגלוטמין‪.‬‬

‫‪7‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪8‬‬

‫חומצות אמינו טעונות חיובי‬

‫לזין – הוא אמין ראשוני אשר טעון חיובית בקצה שרשרת הפחמנים‪.‬‬

‫ארגאנין – קשר רזוננס בין שתי סיומות האמין לפחמן‪.‬‬

‫היסטידין – בהיסטידין אין מטען בקבוצת השייר ‪ ,‬אך היא נכנסת לקבוצת חומצות האמינו‬
‫הטעונות חיובית בעקבות ‪.ph‬‬

‫חומצות אמינו טעונות שלילית‬

‫אספרטט‬

‫גלוטמאט – דומה במבנהו‬

‫לאספרטט רק שיש עוד‬
‫פחמן אחד‪.‬‬

‫‪8‬‬
‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪9‬‬

‫פחמן ‪ – α‬פחמן הקשור לאמין ולקרבוקסיל‪.‬‬

‫פחמן בטא קשור לפחמן אלפא‪ ,‬פחמן גמא קשור לפחמן בטא וכו‪.‬‬

‫לחומצות אמינו יכול להיות יותר מפחמן גמא‪/‬דלתא אחד‪.‬‬

‫כמה חלבונים אפשר להרכיב מחומצות אמינו?‬

‫פפטיד – רצף של ‪ 8‬חומצות אמינו‪ ,‬ישנן ‪ 20‬בחזקת ‪8‬‬
‫אפשרויות לקביעת שרשרת חומצת אמינו לקבל פפטיד‪.‬‬

‫פוליפפטיד – חלבון אשר מורכב בכמות גדולה של חומצות‬

‫אמינו‪ ,‬מעל ‪ 100‬חומצות אמינו‬

‫מעובדות אלה ניתן להסיק שניתן להרכיב כמות עצומה של‬

‫חלבונים‪.‬‬

‫‪9‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪10‬‬

‫חומצות אמינו לא שכיחות בחלבונים‬

‫חומצות אמינו אלו אינן מיוצרות בריבוזום‪.‬‬

‫חומצות אמינו אשר בשייר שלהן ‪ OH‬יכולות לעבור זרחון‪ ,‬פוספוריליזציה‪.‬‬

‫ניתן לשנות את קבוצת השייר על ידי תהליך שנקרא ‪.Post transitional modification‬‬

‫דוגמאות למודיפיקציה של חומצות אמינו‪:‬‬

‫מודיפיקציה הפוכה‪ ,‬במיוחד פוספלריזציה חשובה ברגולציה ובאיתות‪.‬‬

‫דוגמאות למודיפיקציה הפוכה של חומצות אמינו‪:‬‬

‫ישנן כ‪ 300-‬חומצות אמינו בתא אך רק כ‪ 20-‬משתתפות ביצירת חלבונים‪.‬‬

‫‪10‬‬
‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪11‬‬

‫חומצות ובסיסים בחומצות אמינו‪:‬‬

‫צוויטראיון – ‪ Zwitterionic‬הוא מצב בו‬
‫חלק מחומצת האמינו שלילי וחלק חיובי‪,‬‬
‫מטען כולל ניטרלי‪ .‬זו הצורה השנייה בה‬
‫יכולה להופיע מולקולה ניטרלית‪ ,‬במקרה‬
‫הראשון‪ ,‬אין אטומים בעלי מטען כלל‪.‬‬

‫צוויטראיון יכול להתנהג גם כחומצה וגם כבסיס‪:‬‬

‫כשהסביבה היא חומצית‪ ,‬האמין מקבל‬

‫הקרבוקסיל מקבל פרוטון‪ ,‬כשעולים ב‪ ph‬ומגיעים‬
‫לסביבה שהיא יותר ניטרלית‪ ,‬הקצה הקרבוקסילי‬
‫מוותר על הפרוטון‪ ,‬וסך המולקולה הופכת להיות‬
‫ניטרלית‪ .‬כשממשיכים להעלות את ה‪ ,ph‬מגיעים‬
‫לסביבה בסיסית והאמין מוותר על הפרוטון‬
‫והמולקולה הופכת להיות טעונה שלילית‪.‬‬

‫הוכחת נוסחאת הנדלסון הסלבאך‪:‬‬

‫‪11‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪12‬‬

‫כאשר חצי מהחומצה מתפרקת לפרוטונים והבסיס המצומד שלה‪ ,‬ריכוז החומצה יהיה‬
‫שווה לריכוז הבסיס המצומד של החומצה ולפי משוואת הנדלסון הסלבאך נקבל –‬

‫‪Ph = PKa‬‬

‫בדוגמא הבא נעשה טיטרציה לחומצת האמינו עם בסיס‪:‬‬

‫תחילה אנו מתחילים בסביבה מאוד חומצית‪ ,‬ככל שאנו‬

‫מתקרבים לערך של ‪ ,Pka1‬שמתייחס למסירת הפרוטון‬
‫על ידי הקצה הקרבוקסילי‪ ,‬אנו נקבל תמיסת בופר‪.‬‬

‫אם נמשיך בפעולתנו נקבל עלייה בחומציות באופן תלול‬

‫יותר משום שהתרחקנו מגבולות תמיסת הבופר בהן‬
‫עליית החומציות נעשית באופן מתון‪.‬‬

‫במצב בו המטען של חומצת האמינו הוא ניטרלי‪ ,‬נקבל‬

‫נקודה איזואלקטרית – ‪.PI‬‬

‫בהמשך התגובה‪ ,‬אנו מתקרבים לקבוע שיווי המשקל‬

‫השני‪ Pka2 ,‬בו האמין מוסר פרוטון‪ .‬הגענו למצב בסיסי‬
‫ונקבל בופר בסביבה בסיסית‪.‬‬

‫הקבוצות הקשורות לקצה הקרבוקסילי משפיעות על קבוע שיווי המשקל של‬

‫פירוקה‪ ,‬כנ"ל לגבי הקבוצה האמינית‪.‬‬

‫לחומצות אמיניות בלי שרשראות צדדיות שיכולות לקבל או למסור פרוטון‪ ,‬נבצע‬
‫את חישוב הנקודה האיזואלקטרית כך ‪:‬‬

‫כלל – חומצה אמינית הרבה‬

‫יותר חומצית כשמסתכלים‬
‫על הקצה הקרבוקסילי‪ ,‬אך‬
‫מעט בסיסית יותר‬
‫כשמסתכלים על הקצה‬
‫האמיני‪.‬‬

‫‪12‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪13‬‬

‫ישנם מצבים בהם יש חומצות אמינו שהשייר שלהן יכול למסור ולקבל פרוטון‪,‬‬
‫ולכן נקבל עוד קבוע שיווי משקל‪.‬‬

‫קבוע שיווי המשקל שנוסף הוא הנקודה‬

‫‪.PkR‬‬ ‫בה יוצא פרוטון מהשייר‪,‬‬

‫חישוב הנקודה האיזואלקטרית מתבצע‬

‫על ידי ממוצע של המצב בו המולקולה‬
‫בעלת מטען חיובי לבין המצב בו‬
‫המלקולה נמצאת במטען שלילי‪.‬‬

‫אם נשאל את עצמנו מה המצב של‬

‫חומצת האמינו בסביבה ניטרלית‪ ,‬נוכל‬
‫לשער שחלק מחומצת האמינו יהיה‬
‫במצב חיובי וחלק יהיה במצב ניטרלי‬
‫משום שסביבה ניטרלית קרובה הן‬
‫לקבוע שיווי המשקל של השייר והן‬
‫לנקודה האיזואלקטרית‪.‬‬

‫טבלה המסכמת את ערכי קבועי שיווי המשקל של חומצות אמינו‬

‫‪13‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪14‬‬

‫סטריואיזומריה‬
‫בביולוגיה אין אננטיומרים ‪ R,S‬אלא נשתמש ב ‪ L‬ו‪. D‬‬

‫אין קשר בין ‪ L‬ו ‪ D‬לבין הסיבוב האופטי‪ ,‬לא כל חומצות‬

‫האמינו בעלות ‪ L‬מסובבות את האור לאותו הכיוון‪.‬‬

‫כשקבוצת האמין נמצאת בצד שמאל – ‪L‬‬

‫כשקבוצת האמין נמצאת בצד ימין – ‪D‬‬

‫מבנה מרחבי של חלבונים‬

‫קונפורמציה לעומת קונפיגורציה‬

‫קונפיגורציה – הסידור המרחבי של מולקולה‪ ,‬קונפיגורציה יכולה להשתנות אך ורק על ידי‬

‫שבירת קשרים‪.‬‬

‫קונפיגורציה נקבעת על ידי‪:‬‬

‫❖ פחמן כיראלי – ייתן לנו תמונת מראה אחד של השני‪.‬‬

‫❖ קשר כפול – קשר כפול לא יכול להסתובב ולכן נקבל ציס או טרנס‪.‬‬

‫קונפורמציה – תשתנה אך ורק על ידי סיבוב של‬

‫הקשר היחיד ולא על ידי שבירתו‪.‬‬

‫כמה נקודות חשובות‪:‬‬

‫❖ אנזימים מבדילים בין סטריואיזומרים שונים‪.‬‬

‫❖ ביצורים חיים‪ ,‬מולקולות כירליות נמצאות בדרך כלל בצורה כיראלית את בלבד‪.‬‬
‫❖ חומצות אמינו בחלבונים נמצאים באיזומר ‪.L‬‬

‫‪14‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪15‬‬

‫הקשר הפפטידי‬
‫קשר פפטידי הוא קשר קוולנטי שנוצר בין קצה של חומצה קרבוקסילית לקצה אמיני‬
‫בחומצת אמינו שנייה‪.‬‬

‫ריאקציה זו נקראת ריאקציית דחיסה משום שנפלטים מים במהלכה‪.‬‬

‫הקשר הפפטידי הוא מאוד חזק‪ ,‬צריך להכניס את הפפטיד לחומצה חזקה ולחמם כדי‬
‫לשבור אותו‪.‬‬

‫בגופינו יש חלבונים ששמם אנזימים ומטרתם לזרז תהליכים שקורים בגוף‪ ,‬שלא היו‬
‫קורים בטמפרטורות נמוכות בהעדרם‪.‬‬

‫כאשר יש לנו שרשרת של חומצות אמינו נמספר אותן מהקצה האמיני לקצה‬
‫הקרבוקסילי‪ ,‬כך‪:‬‬

‫לפפטיד זה ‪5‬‬
‫חומצות אמינו‪4 ,‬‬
‫קשרים‬
‫פפטידיים‪5 ,‬‬
‫פחמני אלפא‪4 ,‬‬
‫פחמני בטא‪.‬‬

‫בין כל שני פחמני‬

‫אלפא יש לנו‬
‫שלושה קשרים‪ ,‬כאשר אחד מהם הוא הקשר הפפטידי‪.‬‬

‫שרשרת הפחמנים והחנקנים נקראת ‪ backbone‬והשרששראות הקשורות אליה נקראות‬

‫שרשראות צד‪.‬‬

‫הקשר הפפטידי מתנהל כמו קשר כפול בגלל הרזוננס שנוצר בין החמצן הקרבונילי‬
‫הטעון חלקית שלילי וביו החנקן של האמיד שהוא בעל מטען חלקי חיובי‪ .‬בגלל שהקשר‬
‫הפפטידי מתנהג כמו קשר כפול‪ ,‬לא יהיה סיבוב של המולקולה‪.‬‬

‫קשר פפטידי הוא פלנרי‪ ,‬הוא מישורי‪.‬‬

‫‪15‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪16‬‬

‫הקשר הפפטידי תמיד בקונפיגורציית טרנס משום שקונפיגורציית ציס תגרום להפרעה‬
‫סטרית ולאי יציבות של המולקולה‪.‬‬

‫חומצת האמינו היחידה שיכולה להיות גם בקונפיגורציית ציס היא המולקולה הקשורה‬
‫בקשר פפטידי לפרולין‪ ,‬זאת מכיוון שהפרולין הוא טבעת‪.‬‬

‫‪16‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪17‬‬

‫זוויות בין מישורים – ‪Ψ, ϕ‬‬

‫זוויות בין מישורים הן זוויות מוגדרות – פאי ופסי‪.‬‬

‫כדי ליצור זוויות בין מישורים צריך לפחות ‪ 4‬אטומים –‬

‫זוויות אלה הן סביב קשר שהוא יחיד‪ ,‬יש זוויות מועדפות‬

‫יותר‪ ,‬כאלו המאפשרות יצירת קשרי מימן‪ ,‬וכאלו שלא‬
‫מתקיימות כלל בגלל הפרעה סטרית‪.‬‬

‫‪Ramachandran Plot‬‬
‫התפלגות זו מתארת לנו את זוויות הפי והפסי עבור כל חלבון‪ ,‬ככל שהאיזור יותר עמוס‬
‫וכהה יותר כך יש יותר חומצות אמינו בזוויות האלו‪.‬‬

‫‪17‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪18‬‬

‫המקור של חומצות האמינו‬

‫❖ חלבונים שאנו מעכלים ומפרקים בגופינו‪.‬‬
‫❖ חומצות אמינו שהתא מסנתז (נכון רק לחלק מהחומצות)‪.‬‬
‫❖ פירוק תאי של חלבונים לבניית חלבונים אחרים‪.‬‬

‫פירוק של חלבונים במערכת העיכול‬

‫תהליך פירוק החלבונים שאנו אוכלים מתחיל‬

‫בקיבה‪ ,‬יש הפרשה של הורמון גסטרין בקיבה אשר‬
‫גורם להפרשה של חומצה כלורית ולעלייה‬
‫בחומציות הקיבה‪.‬‬

‫כתוצאה מכך‪ ,‬אנזים בשם פפסינוגן עובר שפעול‬

‫ובעצם נחתך לפפסין ומפרק את החלבונים‬
‫לפפטידים‪ .‬פפסינוגן הוא בעצם זימוגן‪ ,‬אנזים לא‬
‫פעיל שצריך לעבור שפעול על מנת שיוכל להיות‬
‫פעיל‪.‬‬

‫הפפטידים מגיעים למעי ובמעי יש החזרה של‬

‫הסביבה לניטרלית‪ .‬מופרשים זימוגנים מהלבלב‪ ,‬הם‬
‫מופעלים‪ ,‬ומפרקים את הפפטידים לחומצות אמינו‪.‬‬

‫אמינופפטידז – כאשר כיוון החיתוך הוא מהצד האמיני לצד הקרבוקסיל‪.‬‬

‫קרבוקסיפפטידז – כאשר כיוון החיתוך הוא מהצד הקרבוקסילי לאמיני‪.‬‬

‫ישנם אנזימים שחותכים אחרי חומצ אמינו מסויימת שהם רואים‪ ,‬לדוגמא‪ ,‬טריפסין חותך‬
‫אחרי ליזין וארגונין‪.‬‬

‫בנוסף‪ ,‬ישנם אף אנזימים שחותכים אחרי רצף מסויים של חומצות אמינו‪.‬‬

‫‪18‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪19‬‬

‫מבנים של חלבונים‬
‫מבנה ראשוני – רצף של חומצות האמינו של החלבון‪.‬‬ ‫❖‬
‫מבנה שניוני – הסתכלות על איזור מסויים בשרשרת של החלבון והתמקדות‬ ‫❖‬
‫במבנה המרחבי של איזור מסויים‪.‬‬
‫מבנה שלישוני – מבנה תלת מימדי של כל החלבון‪ ,‬איך מבנה שניוני אחד מתייחס‬ ‫❖‬
‫למבנה שניוני אחר‪.‬‬
‫מבנה רביעוני – כאשר אנו מדברים על חלבון שמורכב מ‪ 2-‬שרשראות‬ ‫❖‬
‫פוליפפטידים ומעלה‪.‬‬

‫מבנה ראשוני‬
‫כשאנו מציינים את רצף חומצות האמינו בחלבון משתמשים בשיטת ה‪.Single letter-‬‬

‫מה אנחנו יכולים ללמוד מרצפים מסויימים? אנו יכולים להשוות רצף של חומצת אמינו‬
‫אחת לרצף של חומצת אמינו אחרת ולראות האם יש רצף מסויים שחוזר על עצמו גם‬
‫בחלבונים אחרים‪ .‬רצף זהה מראה שכנראה יש חשיבות עליונה לתפקוד החלבון בעזרת‬
‫רצף זה – תחום הביואנרגטיקה‪.‬‬

‫‪19‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪20‬‬

‫מבנה שניוני‬
‫מבנה שניוני מתייחס לאיזור מסויים בחלבון‪ ,‬אנו מתייחסים לכיצד נראה ה‪.Backbone‬‬
‫השלד של החלבון מושפע מפאי ופסי והקשר הפפטידי הוא בצורת טרנס‪ .‬ישנם מבנים‬
‫שונים של מבנים שניוניים – ‪.sheet β ,Helix α‬‬

‫מה שמייצב מבנים שניוניים הם קשרי המימן הנוצרים בין חומצות האמינו‪.‬‬

‫מבנה ‪Helix α‬‬

‫מבנה זה הוא מבנה של סליל שיש לו מחזוריות‬

‫כאשר ישנה מחזוריות כזאת שההליקס עושה‬
‫סיבוב שלם‪ .‬מחזוריות הסיבוב היא של ‪3.6‬‬
‫חומצות אמינו לסיבוב ואורך של כ‪.Ᾱ 5.4-‬‬

‫במבנה של הליקס כל חומצה אמינית תורמת‬

‫לאורך ההליקס ב‪.Ᾱ 1.5‬‬

‫הקרבוניל של חומצת אמינית ‪ n‬ייצור קשרי מימן‬

‫עם מימן שעל חנקן ‪.n+4‬‬

‫קבוצות ה‪ R-‬תמיד יפנו כלפי חוץ‪.‬‬

‫יכולים להתקבל שני מבני הליקס – ‪Right‬‬

‫‪ handed‬או ‪.Left handed‬‬

‫כל זווית ביו חומצה אמינית לשנייה היא ‪100‬‬

‫מעלות‪.‬בהליקסים מסויימים בגלל שקבוצות ה‪R-‬‬
‫פונות החוצה עלול להיווצר מצב אשר בצד אחד יהיו‬
‫חומצות פולריות ובצד שני יהיו חומצות הידרופוביות‪,‬‬
‫לא פולריות‪ .‬בהליקס שיש חלוקה לקבוצות‬
‫אמפיתיות (חומר בו יש הפרדה בתכונות של איזורים‬
‫שונים) יש איפשור להליקס להיקשר לאיזורים‬
‫הידרופוביים או לאיזורים פולריים‪.‬‬

‫‪Helical Wheel‬‬

‫‪20‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪21‬‬

‫דיפול בהליקס‬

‫אנו מקבלים דיפול מאקרוסקופי ככה שהחלק הקרבוקסילי של‬

‫ההליקס הוא בעל מטען שליל והקצה האמיני הוא בעל מטען‬
‫חיובי‪ ,‬מצב זה נוצר בגלל שב‪ 3-‬חומצות האמינו האחרונות‬
‫והראשונות לא ניתן ליצור קשרי מימן מכיוון ואין לחומצות האמינו‬
‫עם מי ליצור את הקשרים‪.‬‬

‫בגלל הדיפול שנוצר‪ ,‬ישנם מקרים רבים שחומצת אמינו עם מטען‬

‫כלשהו בקבוצת ה‪ R-‬שלה יהיה בקצה הסליל שיש לו מטען הפוך‪,‬‬
‫הדבר מאזן את המטען בסליל‪.‬‬

‫חומצות אמיניות יוצאות מהכלל‬

‫ישנן חומצות אמיניות אשר יש להן נטייה גדולה ליצור מבנה הליקס‪ ,‬כגון אלנין ולאוצין‪,‬‬
‫אך לעומתן יש חומצות אמיניות שלא יוצרות מבנה הליקס כלל‪ ,‬כמו פרוילן וגליצין‪.‬‬
‫לפרולין אין יכולת להסתובב בזוויות פאי ופסי מתאימות ליצירת הליקס‪ ,‬ובגליצין השייר‬
‫הוא מימן ולכן הסיבוב שלה חופשי מדי ומקשה על ייצוב הסליל‪.‬‬

‫אינטראקציות בין קבוצות צדדיות בסליל‬

‫חומצות אמינו אשר נמצאות באותו כיוון (במרחק של ‪ 3‬או ‪ 4‬חומצות‬

‫אמינו זו מזו)‪ ,‬עלולות להימשך זו לזו במידה ויש להן מטענים‬
‫הפוכים‪ ,‬והן ייצבו את הסליל‪ .‬אם המטענים יהיו זהים יציבות הסליל‬
‫עלולה לפחות‪.‬‬

‫‪21‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪22‬‬

‫מבנה ‪sheet β‬‬

‫במבנה זה‪ ,‬בשל מבנה שונה של‬

‫‪ Backbone‬נקבל זוויות פאי ופסי‬
‫שונות‪ .‬מבנה זה מורכב מגדיל‬
‫(‪ ,)strand‬כאשר קבוצות ה‪ R-‬הן‬
‫לסירוגין כלפי מעלה וכלפי מטה‪.‬‬

‫במבנה זה יש אינטראקציה בין גדיל אחד לגדיל אחר‪.‬‬

‫למבנה זה יש שני תתי מבנה שונים – ‪ Parallel‬ו‪ .Antiparallel‬ההבדל ביניהם הוא בכיווניות‬
‫של הגדילים השונים‪ ,‬במבנה ‪ parallel‬כל הקצוות האמיניים הם באותו צד‪ ,‬וב‪antiparallel‬‬
‫הקצוות הפוכים זה לזו‪.‬‬

‫כל חומצה אמינית תורמת יותר אורך מאשר במבנה ההליקס‪.‬‬

‫סטרנד שני יכול להיות המשך של הסטרנד הראשון‪ ,‬זאת אומרת שאין נוסחא קבועה‬
‫לחומצות האמינו אשר נקשרות בקשרי מימן‪ ,‬בכל חלבון חומצות אמינו אחרות נקשרות‪,‬‬
‫אין קבוצות עוקבות‪.‬‬

‫במבנה ה‪ – Antiparallel‬שני קשרי מימן הם בין שתי חומצות אמינו זהות‪ ,‬ואילו במבנה‬
‫ה‪ ,Parallel‬קשרי המימן הם בין שתי חומצות אמינו שונות‪ ,‬מכאן ניתן להסיק כי מבנה‬
‫ה‪ Antiparallel‬יציב יותר‪.‬‬

‫‪22‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪23‬‬

‫‪Beta turn‬‬

‫הסיבוב בסטרנד מאפשר‬

‫חיבור בין החלקים השונים‬
‫בגדיל‪ .‬אינו קיים קשר בין סוג‬
‫הסיבוב לבין אופי המשטח‪.‬‬

‫ישנו סיבוב מסוג אחד וסיבוב‬

‫מסוג שני‪.‬‬

‫כפי שאמרנו‪ ,‬ישנו קשר ישיר בין זוויות פי‬

‫ופסי לבין המבנה השניוני של החלבון‪,‬‬
‫לכן‪ ,‬יש קשר בין ‪Ramachandran plot‬‬
‫לבין המבנה השניוני של החלבון‪.‬‬

‫ניתן לראות שיש זוויות מסויימות‬

‫שמועדפת בהן מבנים שניוניים של חלבון‬
‫מסויימים‪.‬‬

‫ישנן זוויות מסויימות אשר לא מתקבלות‬

‫בחלבונים‪ ,‬כגון זוויות פאי ופסי אפס‪,‬‬
‫במצב זה נוצרת הפרעה סטרית בין‬
‫קבוצת הקרבוקסיל של חומצת אמינית אחת לקצה האמיני של חומצה אמינית שנייה‪.‬‬

‫קביעת מבנה שניוני לחלבונים‬

‫על ידי בליעה של אור מעגלי‬

‫מקוטב‪ ,Circular dichroism ,‬ניתן‬
‫לקבוע את המבנה השניוני של‬
‫החלבון‪ .‬מבנים שניוניים שונים‬
‫בולעים אור בצורה שונה‪ .‬ומכך‬
‫נוכל לדעת כמה אחוזים מכלל‬
‫החלבון נמצא באיזה מבנה‪ ,‬אך‬
‫לא נוכל להסיק מבליעת האור‬
‫כמה חומצות אמינו יש בחלבון‪.‬‬

‫‪23‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪24‬‬

‫מבנה שלישוני‬

‫מבנה של הפוליפפטיד השלם‪ ,‬מכיל את כל המבנים‬

‫השניוניים ואיך ‪ 2‬מבנים שניוניים שונים מתייחסים אחד‬
‫לשני במרחב‪.‬‬

‫בדרך כלל חלבונים בנויים מדומיינים‪ ,‬אזורים בחלבון‬

‫שיכולים להתקפל וליצור מבנה שניוני ללא קשר לאזורים‬
‫הסמוכים אליו‪ .‬לדומיינים שונים פעילות שונה‪ ,‬כמו‬
‫קטליזה או קשירת סובסטראט וכו‪.‬‬

‫מבנה רביעוני‬

‫מצב שבו יש לחלבון יותר משרשרת פוליפפטידית אחת‪ ,‬השרשראות יכולות זהות או‬
‫שונות‪.‬‬

‫הומודימר – חלבון שמורכב משתי שרשראות זהות לחלוטין‪.‬‬

‫הטרודימר ‪ -‬חלבון שמורכב משתי שרשאות שונות‪.‬‬

‫דימר – ‪ 2‬שרשראות פוליפפטידיות‪ ,‬טרידימר ‪ 3 -‬שרשראות פוליפפטיד‪ ,‬טטרדימר – ‪4‬‬

‫שרשראות של פוליפפטיד‪.‬‬

‫הקשרים בין השרשראות הם לא קוולנטים‪ ,‬הם לרוב הידרופוביים‪.‬‬

‫המבנה הרביעוני חשוב לתפקוד החלבון או לקשירת ליגנידים לדוגמא‪.‬‬

‫המודימר‬ ‫הטרודימר‬

‫‪24‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪25‬‬

‫‪:Coiled coil‬‬

‫במבנה זה במקומות ‪ a,d‬יש חומצות אמיניות הידרופוביות‬

‫שיוצרות את המבנה הרביעוני בעזרת הקשרים‬
‫ההידרופוביים‪ .‬באמצע יש ליגנד שנקשר בגלל המבנה‬
‫הרביעוני המיוחד‪.‬‬

‫דוגמא‪:‬‬

‫תעלות יוניות בקרום התא מורכבות ממבנה רביעוני של הליקסים החוצים את‬
‫הממברנה‪ .‬יש דומיין בתוך התא ומחוץ לתא הצד החיצוני נותן ליונים לעבור באופן‬
‫סלקטיבי‪.‬‬

‫איזורים חסרי מבנה מרחבי מוגדר‬

‫ישנם חלבונים בטבע שהם חסרי מבנה‪ ,‬בערך כשליש מהם‪ .‬אין להם ליבה הידרופובית‬
‫והם בעלי כמות גדולה של חומצות אמינו טעונות‪.‬‬

‫האיזורים חסרי המבנה נותנים לחלבון אופציה ליצור אינטראקציה עם חומרים רבים‬
‫אחרים‪.‬‬

‫‪25‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪26‬‬

‫טיהור חלבונים – ‪Purification of proteins‬‬

‫על מנת ללמוד על חלבונים מסויימים‪ ,‬ועל פעילותם‪ ,‬אנו מפרידים חלבון מהתא או מתוך‬
‫תערובת של חלבונים‪ .‬ההצלחה שלנו בתהליך הניקוי נמדדת בשני פרמטרים‪ ,‬איתור‬
‫החלבון הנכון לאחר ניקוי‪ ,‬ושפעילותו הספציפית לא נפגעה‪.‬‬

‫לשם מה ננקה את החלבון?‬

‫אפיון פעילות החלבון‪.‬‬ ‫❖‬

‫בדיקת מודיפיקציות לאחר תרגום על החלבון‪.‬‬ ‫❖‬
‫זיהוי אינטראקציות עם מולקולות אחרות‪.‬‬ ‫❖‬
‫גיבוש לקביעת מבנה שלישוני‪.‬‬ ‫❖‬
‫הכרת רצף החלבון‪.‬‬ ‫❖‬
‫ייצור נוגדן ספציפי כנגד החלבון‪.‬‬ ‫❖‬

‫אז איך מבודדים חלבונים?‬

‫תחילה‪ ,‬אנו צריכים לפוצץ את התא אשר‬

‫מכיל את החלבונים שרצינו לבדוק‪ ,‬תהליך‬
‫פיצוץ התא מתבצע על ידי הפעלת לחץ‬
‫מסויים (סוניקטור‪-‬משתמש בגלי קול‪ ,‬לחץ‬
‫פיזי‪ ,‬תמיסות עם ריכוז מלח נמוך)‪.‬‬

‫כעת‪ ,‬לאחר פיצוץ התא‪ ,‬מתקבל ליזאט –‬

‫תערובת של כל מרכיבי התא‪ .‬כדי להפריד בין‬
‫כל סוגי המרכיבים של התא נשתמש בשיטה‬
‫שנקראת סירקוז‪ ,‬שבתהליכה מתבצע סיבוב‬
‫בצנטריפוגה במהירות אשר מפרידה בין המרכיבים השונים‪.‬‬

‫כעת‪ ,‬אנו נפריד בין החלבונים השונים לפי ארבעה פרמטרים מבחינים‪:‬‬

‫מסיסות‬ ‫❖‬
‫גודל‬ ‫❖‬
‫מטען (בתנאי חומציות ובסיסיות מתאימים)‬ ‫❖‬
‫אפיניות‪ ,‬זיקה לקשר עם חומרים מסויימים‪.‬‬ ‫❖‬

‫דרך נוספת להפריד בין האברונים בתא – צפיפויות סוכרוז‪.‬‬

‫חלבונים צפופים יותר יהיו באיזור הסוכרוז הצפוף יותר‪.‬‬

‫‪26‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪27‬‬

‫הפרדת חלבונים לפי מסיסות‪:‬‬

‫באמצעות שינוי חומציות הסביבה או‬

‫מליחות הסביבה‪ ,‬חלבונים שונים‬
‫משנים את מסיסותם בריכוזי מלח‬
‫שונים‪.‬‬

‫חלבונים שיש להם הידרופיליות‪,‬‬

‫כשנוסיף מלח הוא מתחרה על‬
‫האינטראקציות עם התמיסה‪ .‬ככל‬
‫שהחלבון יהיה טעון יותר‪ ,‬נוסיף יותר מלח והחלבונים ייקשרו אחד לשני וישקעו‪.‬‬

‫תהליך ה‪ Salting in‬ו‪ Salting out‬קורה בכל החלבונים אך משתנה בין כולם‪.‬‬

‫הפרדת חלבונים לפי גודל‪:‬‬

‫דיאליזה‬

‫בשיטה זו אנו מסננים את החלבונים בעזרתם‬

‫קרום בררני שמסנן את החלבונים בגדלים‬
‫השונים‪ .‬החלבונים נמצאים בתוך שקית‬
‫והשקית נמצאת בתמיסה נטולת חלבונים‪ ,‬כדי‬
‫להגיע למצב של שיווי משקל בחוץ ובפנים‬
‫החלבונים הקטנים יוצאים (השוואת מפל‬
‫ריכוזים)‪ .‬ניתן כמובן להשתמש בדיאליזה עם‬
‫קרום בררני אשר מבדיל בין תכונות שונות כגון מבנה מסויים או תכונות כימיות מסויימות‪.‬‬

‫ג'ל פילטרציה‬

‫זוהי עוד שיטה המבדילה בין חלבונים‬

‫ששונים בעזרת הגודל שלהם‪.‬‬

‫תהליך ההבדלה בין החלבונים מתחיל‬

‫בכך שמזרימים מים בקולונה שבה יש ג'ל‬
‫פילטרציה באופן קבוע‪ ,‬מוסיפים את‬
‫תערובת החלבונים שלנו ומחכים‬
‫שהחלבונים ירדו‪ .‬חלבונים גדולים יותר‬
‫ירדו מהר יותר‪ ,‬משום שחלבונים קטנים יותר יתעכבו בחללים הקטנים של ג'ל‬
‫הפילטרציה‪.‬‬

‫‪27‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪28‬‬

‫הפרדת חלבונים לפי מטען‬

‫בהפרדה זו נעביר את החלבונים בקולונה עם מטען‬

‫מסויים‪ ,‬ומשנים את רמת החומציות בכלי‪ .‬כפי שלמדנו‪,‬‬
‫ברמת חומציות מסויימת חלק מהחלבונים יהיו טעונים‬
‫חיובית‪ ,‬חלק שלילית וחלק ניטרלים‪ ,‬תלוי בנקודה‬
‫האיזואלקטרית שלנו‪.‬‬

‫חלבונים בעלי מטען מסויים יקשרו למטען המנוגד שיש‬

‫בכלי‪ ,‬וחלבונים בעלי מטען זהה לכלי או חסרי מטען כלל‬
‫לא ייקשרו ויצאו מהמערכת‪.‬‬

‫כעת‪ ,‬נקבל קולונה טעונה במטען מסויים עם החלבונים‬

‫שרצינו "לכודים" בה‪ .‬כדי לשחרר את החלבונים הרצויים עלינו להוסיף מלח‪ ,‬אשר‬
‫מתחרה על האינטראקציות של החלבון עם החלקיקים הטעונים במטען מנוגד‪ ,‬והמלח‬
‫מנצח‪ ,‬מה שמשחרר את החלבון שרצינו‪ .‬ניתן אף להוסיף מלח בריכוזים נמוך ולאט לאט‬
‫להעלות את ריכוזו וכך ישתחררו קודם החלבונים עם הקשרים החלשים לחלקיקים‬
‫הטעונים במטען מנוגד ורק בסוף ישתחררו אלו עם הקשרים החזקים‪.‬‬

‫הפרדת חלבונים בעזרת אפיניות לקשר‬

‫ישנם חלב ונים אשר יש להם זיקה ליצירת קשרים עם חומרים מסויימים‪ ,‬למשל הוספת‬
‫גלוקוז אשר נקשר רק לחלק מהחלבונים ולא כולם‪ .‬לאחר שהחלבונים המסויימים‬
‫נקשרו לגלוקוז‪ ,‬נוכל להוציא את אלו שלא נקשרו לגלוקוז‪.‬‬

‫כדי לשחרר את החלבונים שרצינו מהקולונה ומהגלוקוז‪ ,‬מוסיפים עוד גלוקוז שמתחרה‬
‫על האינטראקציה עם החלבון הקשור לגלוקוז‪ ,‬והחלבון יוצא ביחד עם הגלוקוז כי יש‬
‫גלוקוז בריכוז גבוה‪ .‬לאחר מכן‪ ,‬ניתן להפריד את החלבון מהגלוקוז בדיאליזה משום‬
‫שהגלוקוז היא מולקולה שיוצאת בקלות מהקרום הבררני כי היא קטנה מאוד ביחס‬
‫לחלבונים‪.‬‬

‫‪28‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪29‬‬

‫הפרדת חלבונים בשדה חשמלי – אלקטרופורזה‬

‫מערכת הפרדה זו מתבססת על תזוזה של‬

‫חלקיקים טעונים בשדה חשמלי‪ .‬הכנת ג'ל‬
‫הפולימר מבצעת בעזרת חומר שנקרא‬
‫‪ ,Acrylamide‬ושם האנליזה נקרא ‪.PAGE‬‬
‫כעת עלינו לנטרל את פרמטר המבנה‬
‫והמטען‪ ,‬נוסיף דטרגנט ‪( SDS‬מולקולה בעלת‬
‫זנב הידרופובי לא טעון וראש טעון) שישווה‬
‫בין המטענים למטען שלילי כמו של‬
‫הדטרגנט‪ ,‬וחימום אשר גורם לדנטורציה‬
‫ולהריסת המבנה הרביעוני על ידי פירוק הקשרים בין הפוליפפטידים‪ .‬לאחר‬
‫תהליך זה נקבל חלבונים אשר מובדלים‬
‫‪SDS‬‬ ‫אך ורק בגודלם‪.‬‬

‫במידה ונרצה לשבור גם קשרים סולפידיים‬

‫נוסיף מחזר טוב שישבור את הקשרים הסולפידיים‪.‬‬

‫נפעיל את השדה החשמלי והחלבונים הטעונים שלילית כתוצאה מהוספת‬

‫הדטרגנט ינועו לכיוון הקתודה‪ ,‬חלבונים קטנים יותר פחות מסתבכים בג'ל‬
‫ורצים מהר יותר במערכת ולכן בסוף התהליך לנו נקבל הפרדה בין‬
‫החלבונים השונים לפי מטען‪.‬‬

‫‪29‬‬
‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪30‬‬

‫הפרדת חלבונים בשדה חשמלי בדו מימדיות‬

‫בשיטת הפרדה זו‪ ,‬אנו לא מבטלים את הפרמטרים‬

‫גודל מבנה ומטען‪ ,‬אלא מפרידים בין החלבונים‬
‫בהתייחסות למטען ולגודל שלב אחרי שלב‪.‬‬

‫תחילה‪ ,‬נפריד את החלבונים במימד אחד על רצועת‬

‫ג'ל ב‪ ph-‬משתנה עם שדה חשמלי‪ ,‬החלבונים‬
‫יסתדרו על הג'ל לפי הנקודה האיזואלקטרית‬
‫שלהם‪.‬‬

‫בשלב השני‪ ,‬נוסיף את רצועת הג'ל למערכת‬

‫ההפרדה בג'ל שהשתמשנו בה בדוגמא הקודמת‬
‫ונקבל הפרדה לפי משקל‪.‬‬

‫בסופו של דבר אנו נקבל את התוצאות כך‪:‬‬

‫‪30‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪31‬‬

‫ריצוף של חלבונים ‪Protein Sequencing‬‬

‫ישנן דרכים רבות למציאת החלבון‪ ,‬אך אחת הדרכים היא מציאת רצף חומצות האמינו‬
‫ממנו הוא בנוי‪ .‬מספיק שאנו מוצאים רצף של ‪ 6-7‬חומצות אמינו ואנו יכולים לזהות את‬
‫החלבון כבר‪.‬‬

‫‪Edman degradation‬‬

‫ריצוף החלבון בשיטה זו קבוע מה תהיה החומצה האמינית בקצה ה‪ N-‬טרמינלי‪.‬‬

‫ישנה שיטת עבודה לדרך זו‪ ,‬תחילה נקשור לקצה האמיני של החלבון מולקולה בשם‬
‫‪ ,PITC‬בתנאי ‪ ph‬גבוהים‪ .‬כעת‪ ,‬כאשר מולקולת ה‪ PITC-‬מחוברת לקצה האמיני של‬
‫החלבון‪ ,‬נוריד את ה‪ ph‬מה שיגרום למולקולת ה‪ PITC-‬ללתקוף את הקשר הפפטידי שבין‬
‫הקרבוקסיל של חומצת האמינו הראשונה לאמין של חוצת האמינו השנייה‪ ,‬וכך חומצת‬
‫האמינו הראשונה משתחררת כאשר היא מחוברת למולקולת ה‪.PITC-‬‬

‫כעת‪ ,‬קובעים על פי מרקרים ידועים מהי חומצת האמינו הראשונה‪ ,‬מעלים שוב את ה‪ph‬‬
‫וחוזרים על אותו תהליך עד כ‪ 6-7-‬פעמים‪.‬‬

‫‪31‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪32‬‬

‫‪Mass spectrometry‬‬

‫שיטה זו מתמקדת בהפרדה של המולקולות לפי‬

‫מסתן בלבד‪.‬‬

‫תחילה‪ ,‬באמצעות זרם חשמלי חזק‪ ,‬טוענים את‬

‫המולקולות במטען זהה‪ .‬לאחר מכן‪ ,‬משתמשים‬
‫באנזים בשם טריפסין אשר חותך את החלבון‬
‫לפפטידים באותו המקום‪ .‬מעבירים את החלבון‬
‫ב‪ MS-‬אשר בעזרתו הפפטידים מתחלקים‬
‫לסוגים שונים‪.‬‬

‫לאחר מכן הם עוברים ב‪ CS-‬אשר שם קשר פפטידי אחד ניתק כל פעם במקום אחר‪,‬‬
‫לקבלת תערובת של חלקי פפטיד החתוכים במקומות שונים‪.‬‬

‫לאחר כל תהליך זה‪ ,‬נקבל ב‪ MS-‬השני את החלקים לפי סדר משקלם‪ ,‬כך שההבדל‬
‫היחיד במשקל הוא חומצ האמינו המפרידה ביניהם‪.‬‬

‫‪32‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪33‬‬

‫סינתזה כימית של פפטידים‬

‫החלבונים בגופינו נוצרים בריבוזום‪ ,‬מהקצה האמיני לקצה הקרבוקסילי‪ .‬כאשר מסנתזים‬
‫חלבונים במעבדה באופן מלאכותי אנו מסנתזים מהקצה הקרבוקסילי לקצה האמיני‪.‬‬

‫תהליך סנתוז הפפטיד הוא תהליך בעל מספר שלבים‪:‬‬

‫תחילה‪ ,‬נקח את החומצה האמינית הראשונה בה אנו רוצים להשתמש ונחסום‬ ‫‪.1‬‬
‫את הקצה האמיני שלה (על ידי ‪ ,)Fmoc‬לאחר מכן נקשור את הקצה הקרבוקסילי‬
‫שלה למשטח (‪.)Insoluble polystyrene bead‬‬
‫אחרי שסיימנו לקבע את הקצה הקרבוקסילי למשטח נוציא את קבוצת ה‪Fmoc-‬‬ ‫‪.2‬‬
‫מחומצת האמינו הראשונה על ידי בסיס מסויים‪.‬‬
‫בשלב השלישי‪ ,‬נקח את החומצה האמינית הבאה בה נרצה להשתמש‪ ,‬נחסום‬ ‫‪.3‬‬
‫את הקצה האמיני שלה על ידי ‪ Fmoc‬ונאקטב את הקצה הקרבוקסילי שלה על‬
‫ידי ‪.DDC‬‬
‫בשלב זה‪ ,‬נוסיף את שני החומרים ונקבל שהקצה האמיני של החומצה האמינית‬ ‫‪.4‬‬
‫הראשונה תוקפת את הקצה הקרבוקסילי של חומצת האמינו השנייה ונקבל‬
‫קשר פפטידי ותוצר לוואי‬
‫‪.Dicyclohexylurea‬‬

‫חוזרים על שלבים ‪ 2-4‬עם‬

‫הפפטיד שקיבלנו וחומצות אמינו‬
‫נוספות עד שנסיים לבנות את‬
‫הפפטיד המבוקש‪.‬‬

‫‪ .5‬בשלב החמישי‪ ,‬נרצה להיפטר‬

‫מה‪ Fmoc-‬ומהמשטח שחיברנו‬
‫אליו את הקצה הקרבוקסילי‬
‫של החומצה האמינית‬
‫הראשונה‪ ,‬לשם כך נשתמש‬
‫בבסיס כפי שהוצאנו לראשונה‬
‫את ה‪ ,Fmoc-‬ובחומר בשם‬
‫‪ TFA‬כדי להוציא את המשטח‪.‬‬

‫‪33‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪34‬‬

‫הרס ושחזור המבנה הרביעוני של החלבון‬

‫פרוטאוסטזיס –תהליך שמירה על חלבון בקיפול מסויים‪ ,‬במבנה שלישוני נכון‪,‬‬
‫בקונפורמציה נכונה‪ .‬בתא יש הרבה מנגנונים לוודא שהחלבון מתקפל בצורה הנכונה‬
‫לפעילות שלהם‪ ,‬אחד מהמנגנונים הם חלבונים בשם צ'פרונים (‪)chaperones‬‬

‫החלבון בתא מאבד את צורתו לעתים‪ ,‬בשל סיבות מסויימות‪ ,‬לכן התא מחליט האם‬
‫לנסות להחזיר אותו לצורתו הנכונה ולקיפול הנכון או שמא לפרקו לחומצות אמיניות‪.‬‬
‫חלבונים לא מקופלים עלולים ליצור צבר של חלבונים ששוקע בתא – אגרגטים‪ .‬דבר זה‬
‫מאוד הרסני ועלול להביא למצב של מחלות רבות‪.‬‬

‫דנטורציה‪ -‬תהליך בו החלבון מאבד את המבנה הנטיבי שלו וכתוצאה מכך פעילותו‬
‫נפגעת‪ .‬אם המבנה נפגע‪ ,‬הקונפורמציות נפגעו והחלבון לא יכול למלא את תפקידו‬
‫כהלכה‪ .‬מספיק שאיזור קטן בחלבון נהרס ותייווצר דנטורציה‪ .‬ישנם כמה גורמים אשר‬
‫עלולים להביא את החלבון למצב של דנטורציה‬

‫חום – טמפרטורה גבוהה פוגעת בקשרי המימן‪.‬‬ ‫❖‬

‫‪ – Ph‬עלול לשנות את המטען של החלבון ולפגוע בקשרים‪.‬‬ ‫❖‬
‫חומרים אורגניים – עלולים לפגוע באינטראקציות ההידרופוביות‪.‬‬ ‫❖‬
‫דטרגנטים – נקשרים לחלבון והורסים את המבנה שלו‪.‬‬ ‫❖‬
‫אוריאה‪ ,‬גואנידין – נקשר לחלבון והורס את הקיפול שלו‪.‬‬ ‫❖‬

‫ככל שעולים בריכוז‪ ,‬עד איזשהו שלב מסויים אין השפעה על החלבון ולאחר מכן בטווח די‬
‫קצר המבנה משתנה וכל החלבון הופך למבנה בלתי מקופל‪.‬‬

‫בתהליך הדנטורציה אין פגיעה כלל בקשר הפפטידי אלא רק בזוויות פאי ופסי‪.‬‬

‫‪34‬‬
 ‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪35‬‬

‫דוגמא לעקומת דנטורציה‬

‫ניתן לראות שה‪( Tm‬כאשר חצי מהחלבון שינה את המבנה‬

‫שלו) בחלבון האדום עמיד יותר מאשר בחלבון הכחול‪ ,‬לכן‬
‫יש להמשיך בתהליך הדנטורציה בטמפרטורה גבוהה יותר‬
‫או בגורם אחר בריכוז גבוה יותר‪ .‬ישנם יצורים חיים שחיים‬
‫בתנאי מזג אוויר חמים יותר ולכן הגוף שלה עמיד יותר‬
‫לדנטורציה‪ ,‬ולהפך‪.‬‬

‫כיום אנו עדיין לא יודעים לצפות מראש איזה חלבון יהיה‬

‫יותר יציב‪ ,‬כלומר מהתבוננות בחומצות האמינו‪.‬‬

‫רנטורציה – לקיחת חלבון שעבר דנטורציה והפיכתו בחזרה למבנה הנטיבי שלו‪.‬‬
‫רנטורציה אפשרית משום שכל האינפורמציה לגבי המבנה השלישוני של החלבון‬
‫נמצאת ברצף חומצות האמינו של החלבון במבנו הראשוני‪ .‬אך רנטורציה אפשרית רק‬
‫בחלק מאוד קטן מהחלבונים בשל מבנם המורכב הדורש אינטראקציה עם חלבונים‬
‫אחרים כדי לחזור למבנה המקורי‪.‬‬

‫חלבון בו יש קשר דיסולפידי בין ציסטאינים עלול לעבור דנטורציה ובתהליך הרנטורציה‬
‫הקשרים הדיסולפידים עלולים להתחדש עם ציסטאינים שונים לקבלת חלבון לא פעיל‪.‬‬

‫תהליך קיפול החלבונים קורה במקביל בחלקים השונים של החלבון‪ .‬מבנים שניוניים‬
‫נוצרים במקביל באיזורים בלתי תלויים בחלבון‪ .‬פגמים בקיפול החלבונים הם דבר טבעי‬
‫אשר מתרחש במהלך סינתוזם בריבוזום‪ ,‬כרבע מהחלבונים אשר מסונתזים בריבוזום‬
‫מתקפלים לא כהלכה ויש לסלקם‪.‬‬

‫כאשר הרבה חלבונים לא מתקפלים כהלכה ישנו סיכון לשלל מחלות אשר קיימות‬
‫בימינו (אלצהיימר‪ ,‬פרקינסון וכו')‪.‬‬

‫חלבון פעיל מוגדר כחלבון אשר ‪ 95‬אחוז ממנו הוא במבנה המקורי‬
‫והפעיל‪ ,‬משום שהוא נמצא בשיווי משקל עם קונפורמציות‬
‫אחרות‪ .‬כאשר החלבון נמצא ביותר אחוזים לא במצבו המקורי‪,‬‬
‫עלולים להיווצר אגרגטים (למשל על ידי חשיפה של איזורים‬
‫הידרופוביים בחלבון שעלולים ליצור קשר על איזורים הידרופביים‬
‫בחלבון אחר) ופלאק‪ ,‬ולכן הוא נחשב לא פעיל‪ .‬בדוגמא הבאה‬
‫ניתן לראות מצב בו חלקים הידרופוביים מתקשרים אחד לשני‪.‬‬

‫‪35‬‬
‫סיכומי עומר שקד | מבנה ותפקוד של ביומולקולות | ‪ | 96113‬ד"ר ראובן וינר‬ ‫‪36‬‬

‫‪36‬‬