-Proteaseאנזים המפרקים תחילה את החלבונים לפפטידים ולבסוף לחומצות אמינו.
הפרוטאזות פועלות ע"י פירוק הקשרים הפפטידים )בתהליך הידרוליזה( בין חומצות האמינו .הפירוק מתבצע על חלבונים אשר זמן החיים שלהם חייב להיות קצר ,חלבונים פגומים או מקופלים לא כראוי.
-Proteasomeקומפלקס אנזימתי הנמצא בציטוזול ומבצע פירוק של חלבונים.
הפרוטאזום מכיל צילינדר מרכזי המורכב מפרוטאז אשר האתרים האקטיביים שלו פונים פנימה לתוך תעלה .הקצוות של המבנה הצילינדרי הם קומפלקסים המורכבים מלפחות 10חלבונים שונים שהם תת היחידות .הקצוות הן יחידות רגולטריות אשר קושרות את החלבונים שמיועדים לפירוק ומעבירות אותם פנימה לפירוק ע"י הפרוטאז -המפרק אותם לפפטידים קטנים ומוציא אותם דרך הקצה השני .רוב החלבונים שמיועדים לפירוק מסומנים ע"י ubiquitinהמחובר אליהם בקשר קוולנטי .אנזימים מיוחדים מבצעים ubuiquilationשל מולקולות המיועדות לפירוק ע"י יצירת קשר קוולנטי של אותם חלבונים עם ubiאחד או יותר .חלבונים עם זמן חיים קצר ,מכילים רצף קצר של ח"א אשר מסמן שהם עתידים להיות מסומנים ע"י .Ubiחלבונים שעברו דנטורציה, ,misfoldedמחומצנים אם עם אבנורמליות אחרת גם מזוהים ע"י מערכת אנזימתית זו ומסומנים ע"י .ubiה ubiנקשר לשיירי ליזין בלבד.