‫דרור סולומון‬

‫ביוכימיה א'‪ -‬חלק ב'‬

‫שעתוק‪:‬‬

‫באאוקריוטים בתהליך ביטוי גנים יש יצירת עותק מהדנ"א‪ -‬יצירת מולקולת רנ"א לא מעובד שעוברת‬
‫תהליכי עיבוד לכדי ‪ mRNA‬בוגר היוצא דרך שוער הגרעין לציטופלסמה שם יתורגם לחלבון על ידי‬
‫ריבוזומים‪.‬‬

‫שעתוק לעומת הכפלה‪:‬‬

‫‪ .1‬בשעתוק משועתק רק גדיל אחד (קיימים מצבים שיש שעתוק לשני הגדילים לכיוונים שונים)‪.‬‬
‫‪ .2‬רק חלק קטן מהגנום עובר שעתוק בגלל רגולציה (בקרה)‪.‬‬
‫‪ .3‬בהכפלת דנ"א אין מקום לטעויות שכן החומר הגנטי צריך לעבור במדויק אך ברנ"א רמת‬
‫הטעויות היא אחת לעשרת אלפים‪ -‬יחסית הרבה‪ .‬לתא לא "אכפת" טעויות ברנ"א בגלל שזו‬
‫מולקולה לא יציבה שלא עוברת מדור לדור‪.‬‬

‫קיימים סוגים שונים של מולקות רנ"א‪:‬‬

‫‪ -mRNA‬שליח מהדנ"א לריבוזום ותפקידו למסור מידע גנטי ולהפוך את המידע לחלבון‪ .‬הוא‬ ‫‪.1‬‬
‫הבסיס‪ -‬הקוד לחלבון ומהווה אחוז קטן מהרנ"א בתא‪.‬‬
‫‪ -tRNA‬מולקולות שמביאות חומצות אמינו לריבוזום‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪ -rRNA‬תת היחידות של הריבוזום מורכבות מחלבונים שיושבים על מולקולות ‪.rRNA‬‬ ‫‪.3‬‬
‫מולקולות רנ"א שמהוות את האחוז הגבוה ביותר של רנ"א בתא‪.‬‬
‫‪ -Small RNAs‬רנ"א קטנטנים מכל מיני סוגים שקשורים לבקרות ומחלות‪.‬‬ ‫‪.4‬‬

‫לכל הפולימראזות יש שלב ‪ -initiation‬הפולימראז "מוצא" את נקודת התחלת השעתוק‪ .‬שלב‬

‫‪ -elongation‬השלב בו הפולימראז עובר על גבי הגדיל ומשעתק אותו‪ .‬שלב ה‪ -termination-‬השלב‬
‫בו האנזים עוצר את התהליך‪.‬‬

‫המערכת להבנת בקרת שעתוק‪ -‬מערכת מטבוליזם לקטוז בפרוקריוטים‪ -‬בדגש לאי‪-‬קולי‪ .‬בחיידקים‬
‫התא קטן והכל חסכוני ולכן אין עודף אנזימים‪ .‬נלמד כיצד התא מגיב לעודף לקטוז ומתוך זה נגיע‬
‫לשעתוק‪.‬‬

‫בכדי להבין את המערכת נציין מס' נקודות חשובות‪:‬‬

‫‪ .1‬לקטוז הוא דו‪-‬סוכר שמתפרק בתא חיידק לגלוקוז וגלקטוז באמצעות אנזים בטא‪-‬‬
‫גלקטוזידאז‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ -Operon .2‬מבנה בפרוקריוטים בגנום של חיידקים‪ .‬מדובר בגנים של אותו תהליך יושבים‬
‫בצמוד אחד אחרי השני בגנום כי החיידק הוא חסכוני‪ -‬הכל צפוף‪( .‬לדוגמה בעודף לקטוז‬
‫עולים ריכוזם של שלושה אנזימים שנוצרו מ‪ mRNA-‬שנוצר מגן‪ .‬שלושת הגנים לאנזימים‬
‫הם בצמוד האחד לשני)‪.‬‬
‫‪ .3‬לפני כל גן יש אזור שמפעיל אותו‪ -‬פרומוטור‪ .‬באופרון‪ ,‬לכל הגנים יש פרומוטור משותף‪.‬‬
‫הרנ"א פולימראז משעתק מהפרומוטור את כל הגנים יחד‪ .‬ה‪ mRNA-‬מכיל שלושה אזורים‬
‫מקודדים אחד אחרי השני באותה מולקולת רנ"א‪( mRNA polycistronic -‬לא קורה‬
‫באאוקריוטים‪ -‬אין קשר במיקום הפיזי בגנום בין הגנים הקשורים לאותו תהליך)‪ .‬הריבוזום‬
‫שיתרגם מולקולה זו ידע לייצר שלושה חלבונים שונים‪.‬‬

‫‪ -Lac operon‬בקרה שלילית ברמת השעתוק‪ -‬בדר"כ לא משועתק הגן כיוון שאין צורך בחלבון שאליו‬
‫הוא מקודד‪ .‬לפני הגן יושב חלבון בשם ‪ Lac-repressor‬שלו זיקה גדולה לאופרון של הלקטוז‪,‬‬
‫לרצפים בדנ"א‪ .‬חלבון שנקשר לדנ"א נקרא ‪DNA‬‬
‫‪ .binding protein‬החלבון חוסם את קישור הרנ"א‬
‫פולימראז ועל ידי כך מונע את תהליך השעתוק‪.‬‬
‫לגן שיוצר את הרפרסור קוראים רפרסור (או ‪Lac‬‬
‫‪ )i‬והוא אינו רחוק מהאופרון‪.‬‬

‫מדובר במערכת בקרה מיוחדת‪ -‬המולקולה‬

‫שאותה צריך לפרק היא זו שגם נקשרת לרפרסור‬
‫וגורמת להתחלת השעתוק ליצירת האנזימים‬
‫לטובת פירוקה‪ .‬הסוכר שאותו מפרקים (הלקטוז)‬
‫נקשר לחלבון הרפרסור (מגיעים בזוגות או‬
‫רביעייה‪ ,‬כאשר בדוגמה שלנו בחיידק אי‪-‬קולי‬
‫מגיעה רביעיית מולקולות לקטוז) שמתיישבים על‬
‫הרפרסור‪ .‬קונפורמציית החלבון משתנה‬
‫והרפרסור מתנתק מהאופרון‪( .‬הקונפורמציה‬
‫תשתנה חזרה כשאנזים בטא גלקטוזידאז יעכל‬
‫את הלקטוז שעל הרפרסור)‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫את אופרון הלקטוז חקרו שני חוקרים (ג'ייקוב ומונוד בשנות ה‪ 60-‬בצרפת) הראו שניתן לקחת‬
‫חיידקים שגדלים בתרבית ולהוציא מהם חלבונים שונים‪ .‬החוקרים לקחו חיידקים שגדלו בתנאים‬
‫שונים‪ ,‬ובדקו כמה אנזים בטא גלקטוזידאז יש בחיידקים לאחר צנטריפוגה‪ .‬חיידקים שגדלו בנוכחות‬
‫גלוקוז רמות האנזים מאוד נמוכות‪ -‬אין בו צורך‪ .‬חלבונים שגדלו בנוכחות לקטוז‪ -‬יש עליה בכמות‬
‫האנזים‪ .‬בהסרת הלקטוז‪ -‬כמות האנזים תרד שוב‪ .‬כלומר‪ ,‬יש בקרה‪ -‬אות שעובר בכדי להעלות את‬
‫כמות החלבון‪ .‬מסקנתם‪ -‬צריכה להיות תבנית בלתי יציבה שמופיעה מהר ונעלמת מהר (בדיעבד‬
‫מדובר ב‪ -)mRNA-‬ידעו לנבא שצריכה להיות מולקולה כזו‪ .‬המולקולה הזו משמשת כתבנית לבניית‬
‫האנזים‪ .‬כמו כן הם עבדו עם חיידקים מוטנטים ‪ -‬במהלך גידול החיידקים יכולים להיווצר מוטנטים‬
‫לאור תנאים לא אידיאליים (בכדי לשרוד בתנאים)‪ .‬מצאו שיש חיידקי אי‪-‬קולי שלמרות שלא ראו‬
‫לקטוז במצע עדיין שלושת הגנים באופרון תמיד פעילים‪ -Constitutive expression -‬ביטוי קבוע‬
‫וגבוה של האנזימים (כלומר אין בקרה)‪ .‬כמו כן מצאו מוטנט שגם בנוכחות לקטוז לא נוצר האנזים‪-‬‬
‫‪ -Non-inducible‬לא ניתן לאקטב את הגנים הללו ‪ .‬ברגע שיש מוטנטים ניתן להבין את המוטציה ומה‬
‫התהליך הביולוגי שמתרחש בדרך כלל‪ .‬החוקרים הגיעו למסקנה שחייבת להיות מולקולה (הרפרסור‬
‫בדיעבד) שנקשרת לדנ"א ומבקרת את רמות הרנ"א‪ .‬נקשר באזור האופרייטור (היום הפרומוטור)‪.‬‬

‫סיכומון‪ -‬באופרון יש בקרה ברמת ה‪ ,initiation-‬כאשר רנ"א פולימראז מנסה להיקשר לדנ"א בכדי‬
‫להתחיל את תהליך השעתוק‪ .‬הרפרסור נקשר לפרומוטור‪ .‬אפ יופיע הלקטוז‪ ,‬הוא יקשר לרפרסור‬
‫שישנה צורתו וישתחרר מהדנ"א ויאפשר את פעולת הפולימראז‪.‬‬

‫כיצד נראה רנ"א פולימראז?‬

‫הפולימראז הוא אנזים שזז בכיווניות מקצה ‪ 5‬לקצה ‪ .3‬מתחיל ‪ -initiation‬הגדילים נפתחים תוך‬
‫השקעת אנרגיה‪ .‬נוצר אזור קטן שנקרא בועת שעתוק שנפתחת בצד אחד ונסגרת בצד השני כל‬
‫הזמן‪ .‬הנוקלאוטיד הראשון מונח והאנזים מוסיף נוקלאוטידים לקצה ‪( .3‬בקצה ‪ 5‬יש פוספט ובקצה ‪3‬‬
‫‪ .)OH‬ל‪ OH-‬נוספים נוקלאוטידים‪ .‬בתוך בועת השעתוק יש אזור בו יש מולקולת דנ"א‪-‬רנ"א דו‬
‫גדילית‪ .‬בהכפלה חייבים פריימר‪ ,‬אך בשעתוק אין צורך בפריימר‪ -‬רנ"א פולימראז יודע להתחיל את‬
‫התהליך מאפס‪ .‬הרנ"א משועתק בכיווניות ‪ '5‬ל‪ '3-‬ולכן ייבנה על בסיס גדיל ‪ '3‬ל‪ .'5-‬כמו כן הרנ"א‬
‫משועתק על בסיס גדיל‬
‫האנטי‪-‬סנס‪ ,‬אך המידע‬
‫יהיה דומה לגדיל הסנס‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בפרוקריוטים‪ -‬יש רנ"א פולימראז אחד‪ ,‬בעוד באאוקריוטים יש לפחות ‪ 3‬סוגי רנ"א פולימראזות‪ .‬כיצד‬
‫מצאו הבדלים אלו? חוקרים בדקו מעכבי רנ"א פולימראז‪ ,‬וחלקם פוגעים רק ברנ"א החיידקים‪ ,‬חלקם‬
‫פוגעים רק ברנ"א פולימראז האאוקריוטי וחלקם פוגעים בכולם‪.‬‬

‫לדוגמה‪:‬‬

‫‪ -Rifampicin‬מפסיק את פעילות רנ"א החיידקי‪ ,‬לא מאפשר לאנזים להיקשר לדנ"א ולכן אין‬ ‫‪.1‬‬
‫שעתוק לחיידק והחיידק מת‪ .‬התרופה לא משפיעה על אנזימים של אאוקריוטים‪.‬‬
‫‪ - α Amanitin‬מעכב רק פולימראז אאוקריוטי‪ .‬בריכוז נמוך התרופה מעכבת רנ"א פולימראז‬ ‫‪.2‬‬
‫‪ ,2‬כשריכוזו גבוה מעכב את רנ"א פולימראז ‪ ,3‬ולא משפיע על רנ"א פולימראז ‪( 1‬שנמצא‬
‫בגרעינון)‪ .‬החומר נמצא בפטריות ולכן לא מומלץ לאכול פטריות מסוימות‪ -‬יכול להרוג כיוון‬
‫שבמידה ואין רנ"א פולימראז ‪ 2‬אין מי שישעתק גנים‪ ,‬לא ייווצרו חלבונים והפעילות‬
‫האנזימתית בגוף תופסק‪.‬‬
‫‪ -Actinomycin D‬מעכב כל רנ"א פולימראז‪ -‬נכנס בין גדילי הדנ"א ומעכב את פעילות הרנ"א‬ ‫‪.3‬‬
‫פולימראז‪ ,‬ללא הבדל סוג יצור (אאוקריוטי או פרוקריוטי)‪.‬‬
‫‪ -Cordycepin‬נוקלאוטיד שדומה לנוקלאוטידים שבהם משתמש הרנ"א פולימראז‪ ,‬רק‬ ‫‪.4‬‬
‫שבפחמן מס' ‪ 3‬יש מימן ולא הידרוקסיל (‪ H‬במקום ‪ )OH‬ולא מאפשר את קישור‬
‫הנוקלאוטידים הבאים בתהליך השעתוק‪.‬‬

‫רנ"א פולימראז‬ ‫דנ"א פולימראז ‪3‬‬

‫‪ 50‬נוקלאוטידים לשניה‬ ‫‪ 500-1000‬נוקלאוטידים לשניה‬
‫‪ 3000‬מולקולות אנזים בתא (יש הרבה גנים‬ ‫‪ 10‬מולקולות אנזים בתא (אין הרבה דנ"א‬
‫לשעתק ואף מספר פעמים את אותו גן)‬ ‫להכפיל‪ -‬גנום חיידקי קטן יחסית)‬
‫שעתוק איטי בהרבה מקומות‬ ‫הכפלה מהירה במעט מקומות (בחיידקים ‪ORI‬‬
‫יחיד)‬
‫בסה"כ יותר רנ"א שמשועתק בתא מאשר דנ"א שמוכפל‬

‫רנ"א פולימראז‪:‬‬

‫פולימראז‪ -‬קומפלקס חלבונים‬

‫שבנוי בעיקר מ‪ 4-‬חלבונים‬
‫שמהווים את ליבת הפולימראז‪2 -‬‬
‫חלבוני אלפא זהים ו‪ 2-‬חלבוני בטא‬
‫שונות (‪ β‬ו‪ .'β-‬האלפות מתחילות‬
‫את השעתוק‪ .‬בטא גם אחראית על‬
‫ההתחלה ותהליך השעתוק עצמו‪.‬‬
‫בטא פריים אחראית על קישור‬
‫לדנ"א‪ .‬חלבון נוסף הוא אומגה‬
‫שפחות נתייחס אליו‪ .‬חלבון אחר‬
‫זה סיגמא שתפקידו הכוונה לרצפי‬
‫הפרומוטורים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫הרנ"א סורק את הדנ"א ופקטור סיגמא מזהה רצפים בדנ"א ומזהה את הפרומטור ואת האזור בו צריך‬
‫לעצור‪ .‬אזור ‪ 1+‬זה האזור לנוקלאוטיד הראשון‪ .‬נפתחים שני הגדילים‪ ,‬נוקלאוטידים נכנסים לאתר‬
‫הפעיל של האנזים ומתחיל להיווצר תעתיק שככל שהוא מתארך הוא יבלוט החוצה מהפולימראז‪.‬‬
‫פקטור סיגמא קורא רצפים שהם לפני מיקום ‪ 1+‬וכך הפולימראז יודע היכן להניח את הנוקלאוטיד‬
‫ראשון‪ .‬כאשר רנ"א פולימראז מתחיל את השעתוק‪ ,‬פקטור סיגמא משתחרר‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כשהאנזים נקשר לדנ"א הדנ"א מתעקם והגדילים נפתחים ונוצרת בועת השעתוק שאורכה כ‪18-‬‬
‫נוקלאוטידים‪ .‬כמעט תמיד הנוקלאוטיד הראשון בחיידקים יהיה ‪ A‬או ‪ .G‬רוב ניסיונות האנזים הם לא‬
‫מוצלחים‪ ,‬או שמשתחרר ישר בהתחלת התהליך‪ ,‬או שלאחר מספר נוקלאוטידים שחוברו הוא‬
‫משתחרר‪ .‬מראה שהבקרה החשובה ביותר היא ב‪-‬‬
‫‪ -initiation‬בנוסף לרפרסור גם רצפי הפרומוטור לא‬
‫מאפשרים לכל אנזים להתחבר ליצירת ‪.mRNA‬‬
‫כיצד הדנ"א נשאר פתוח? מותאם מבחינת מבנה הרנ"א‬
‫פולימראז‪ .‬יש מעיין ווים‪/‬אצבעות שעליהם הדנ"א מלופף‬
‫ולא מאפשר לגדילים של הדנ"א להיסגר בתוך‬
‫הפולימראז‪.‬‬
‫בתוך האתר הפעיל באנזים‪ ,‬בכדי שהנוקלאוטיד יכנס נכון‬
‫יש יוני מגנזיום (‪ )Mg+2‬שמכוונים את הנוקלאוטיד‪.‬‬

‫נוצר לחץ בעת השעתוק‪ ,‬גם לפני בועת השעתוק וגם‬

‫אחרי‪ .‬את הלחץ מתירים אנזים דוגמת טופואיזומראז‬
‫וגיראז‪.‬‬

‫רנ"א פולימראז יכול לעצור גם באמצע התהליך‪ -‬רצף‬

‫שמקשה לעבור‪ /‬מכשול‪ /‬אין‬
‫נוקלאוטיד מתאים‪ .‬ברגע שניתן‬
‫לעבור הוא ממשיך‪ .‬לפעמים‬
‫הפולימראז גולש אחורה ונוצרת‬
‫תקלה שכן הוא שעתק כבר קדימה‪.‬‬
‫ככל הנראה מגיע אנזים שחותך את‬
‫החלק ששועתק כבר ומאפשר‬
‫המשך שעתוק‪.‬‬

‫כיצד רנ"א נקשר לפרומוטור ומוצא‬

‫את הגנים שעליהם הוא צריך לעבוד‬
‫(לשעתק)? כאשר פולימראז מתחיל‬
‫לשעתק‪ ,‬הבא אחריו יכול להתחיל‬
‫גם כן‪ .‬עוצמת שעתוק (כמה רנ"א גן‬
‫אחד יכול לתת) נגזרת כמה פעמים בזמן מסוים (באיזה תדירות) פולימראז מתחיל שעתוק‪ -‬ככל‬
‫שהתדירות מהירה יותר נוצרים יותר תעתיקים‪ .‬יכול להיות שבגן מסוים במהלך חיי החיידק יעלה‬
‫פולימראז ‪ 1‬שייצר תעתיק אחד‪ .‬איך התא יודע מאיזה גן לשעתק הרבה ומאיזה מעט? ברמת‬
‫‪ mRNA‬נכון להגיש שהתדירות של יציאת פולימראז לדרך היא נמוכה‪ .‬רק כאשר נדרש‪ rRNA .‬מיוצר‬
‫בתדירות גבוהה יותר ומשקף את הצורך הרב ב‪ rRNA-‬שרלוונטי לתהליך התרגום‪.‬‬

‫‪ -Housekeeping genes‬גנים שכל הזמן משועתקים לדוגמת גנים שמייצרים סיבי אקטין‪.‬‬

‫‪ -Inducible genes‬גנים שמשועתקים לפי צורך‪.‬‬

 ‫דרור סולומון‬

‫ברמת הדנ"א נחפש היכן מתחיל האזור המקודד‪ Start codon -‬ו‪ Stop codon-‬ביניהם יש האזור‬
‫המקודד לחלבון ‪ .ORF-open reading frame‬ברנ"א יש חלקים מלפני קודון ההתחלה ואחרי קודון‬
‫הסיום‪ .‬האזור לפני ה‪-Start codon‬נקרא ‪ 5' UTR‬והאזור ואחרי ה‪ -Stop codon‬נקרא ‪– 3' UTR‬‬
‫אלו אזורים לא מקודדים‪ .‬קשה להבין מה תפקידם של אזורי ‪ UTR‬כיוון שהם לא מקודדים לכלום‪-‬‬
‫אבל ממחקר שעושים יודעים שאלו אזורי בקרה‪ -‬אליהם נקשרים חלבונים‪ ,‬או שנוצרים ברנ"א מבנים‬
‫שעוזרים לבקרה‪ .‬אזור הפרומוטור אליו נקשר הפולימראז נמצא לפני ה‪ – 5' UTR-‬אזור בקרה‬
‫שמנחית את הפולימראז למקום הנכון‪ .‬בתרגום יש באזור ‪ 5' UTR‬מנחת לריבוזום (אזור ‪.)RBS‬‬

‫מה יש בפרומטור שגורם לנחיתת הפולימראז? (פקטור סיגמא הרי מביא אותו לשם)‪ .‬בבחינת אזורים‬
‫‪ -10‬ו‪ -35 -‬יש רצפים שסיגמא מזהה בהם קשרי מימן בעיקר שמופנים אליו‪ .‬פקטור סיגמא מסוגל‬
‫להיקשר לשני רצפים‪ .‬באזורים אלה (‪ )-35 & -10‬ישנם רצפים ייחודיים ושמורים‪ .‬בבחינת אזורי‬
‫פרומוטורים בגנים שונים בחיידק אי‪-‬קולי רואים רצף בלתי אקראי‪ -‬מופיע כמעט בכולם בתצורה זו או‬
‫אחרת‪ .‬אם ניקח את כל הגנים ונסתכל עליהם (היום ניתן בכלים ביו‪-‬אינפורמטיים ממוחשבים) נראה‬
‫שהרצף מאוד דומה‬
‫בכל הגנים של‬
‫החיידק‪ .‬לרצף קוראים‬
‫רצף קונצנזוס‪-‬‬
‫"מוסכם" על כל‬
‫הגנים‪ .‬באזור ‪-35‬‬
‫הרצף הוא ‪TTGACA‬‬
‫(יש כאלה שדומים ולא‬
‫זהים‪ -‬יש מן‬
‫המשותף)‪ .‬באזור ‪-10‬‬
‫הרצף הוא ‪.TATAAT‬‬

‫פקטור סיגמא זהו‬

‫פקטור שעתוק‬
‫שנקשר לדנ"א כאשר‬
‫אזורי ההכרה שלו הם‬
‫בשני אזורים שונים‬
‫בפרומוטור שם הוא‬
‫מכיר את הדנ"א ועל‬
‫ידי סריקה הוא מוצא‬
‫את הרצף שהוא מזהה‪ -‬נסגר עליו ומעמיד את הפולימראז במקומו בכדי שיוכל לשעתק‪ .‬לאחר‬
‫שהפולימראז ממשיך בדרכו אין צורך בפקטור סיגמא שכן תפקידו היה למקם את האנזים‪.‬‬

‫עוצמת השעתוק נגזרת מכמה קרוב הרצף באזור לרצף הקונצנזוס‪ -‬ככל שיהיה פחות דומה וזהה‬
‫יהיה קשה לפקטור סיגמא להיקשר‪ .‬ככל שהרצף יהיה זהה‪ -‬כך הפקטור ייקשר בקלות יותר ויש סיכוי‬
‫שעוצמת השעתוק תהיה חזקה יותר שכן ייקשרו יותר פקטורי סיגמא וייקשרו יותר אנזימי רנ"א‬
‫פולימראז‪.‬‬

‫כדי להבין את הרצפים השמורים לקחו חתיכות של גנים עם פרומוטורים אלו וביצעו מוטציות בכדי‬
‫לראות האם היה שעתוק? כמה שעתוק? והאם היה חזק יותר או חלש יותר? כצפוי‪ ,‬רוב המוטציות‬
‫מורידות את עוצמת השעתוק של הגן כיוון שאם משנים את רצף הקונצנזוס מחלישים את הקשר בין‬
‫הרצפים לפקטור סיגמא‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כיצד הפולימראז יודע לסיים את תהליך השעתוק? עד היום אין לשאלה זו את כל התשובות‪.‬‬

‫‪ .1‬טרמינציה (‪ )Termination‬שתלויה ברצף ולא בפקטור‪ :‬יש אזורים שבהם ה‪ mRNA-‬יוצא‬

‫החוצה הוא יכול להתקפל על עצמו‪ .‬מייצר מבנה של לופים‪ .‬כל רנ"א מלא מבני לופ‪ -‬נוטה‬
‫להתקפל בכדי לגייס חלבונים שיגנו‬
‫עליו‪ .‬רנ"א לא מולקולה ישרה‪,‬‬
‫תמיד מתקפלת על ידי רצפים זהים‬
‫באותו גדיל בכדי להיסגר אחד על‬
‫השני‪ .‬בסיום של שעתוק ישנם אזורי‬
‫רצפים בסוף הגנים שנוטים להיות‬
‫חזרתיים ונוטים ליצור לופ‪ ,‬ומיד‬
‫אחריהם יש רצף ‪UUUUUU‬‬
‫שנקשר ל‪( AAA-‬כזכור הקשר בין ‪ A‬ל‪ U-‬חלש יותר בין ‪ G‬ל‪ .)C-‬מבנה הסיום הזה מפריע‬
‫ומתנתק מהפולימראז‪.‬‬

‫‪ .2‬טרמינציה תלויה בפקטור‪ -‬פקטור שמשפעל ומעודד את הטרמינציה מהסוג הראש‬

‫(טרמינציה שתלויה ברצף ולא תלויה בפקטור)‪ .‬פקטור ‪ RHO‬הוא הקסמר‪ -‬שש תת יחידות‬
‫שזהות זו לזו ויוצרות צורת פרח‪ .‬הפקטור הוא הליקאז‪ -‬פותח דו גדיל‪ RHO .‬יודע לפתוח‬
‫דנ"א‪-‬רנ"א שנמצא בבועת השעתוק‪ .‬בתוך‬
‫התעתיק של הרנ"א יש רצף נוקלאוטידים‬
‫שמהווה אזור קישור לפקטור ‪ .RHO‬ה‪-‬‬
‫‪ RHO‬נקשר ל‪ .mRNA-‬כאשר הפולימראז‬
‫מגיע לאזור ‪ GC‬שבו מאט ונוצר לופ‪RHO -‬‬
‫נכנס לפעולה‪ ,‬צורך ‪ ATP‬בכדי לעבור על‬
‫גבי ה‪ mRNA-‬עד שמגיע לאזור הלופ והוא‬
‫מוודא שיש ניתוק בין הרנ"א לדנ"א ואז‬
‫הקומפלקס משתחרר‪ .‬הזנבות בקצה‬
‫התעתיקים יכולים להיות שונים לאור הזמן‬
‫בו פקטור ‪ RHO‬התחיל לעבוד‪ ,‬אך מדובר‬
‫באזור ‪( UTR‬אזור לא מקודד)‪.‬‬

‫בחזרה למנגנון פירוק לקטוז‪:‬‬

‫באפרון הלקטוז שלושה גנים שמשועתקים‪ -‬האנזים המעכב (‪ ,)Z= β-Galactosidase‬התעלה‬

‫(‪ ,)Y= Prermease‬והמפרק רעלים (‪ -)A= transacetylase‬בתהליך פירוק הלקטוז מצטבר חומר‬
‫רעיל שנדרש לנטרל‪ .‬לפני האופרון יש את אזור הפרומוטור ובו אזור האופרייטור אליו נקשר הרפרסור‬
‫שהגן שמקודד אליו נמצא לפני הפרומוטור‪ .‬מוטציה בגן אחד באופרון לא ישפיע על החלבונים‬
‫האחרים שכן הם מתורגמים בנפרד‪ .‬מוטציות באזור הפרומוטור משפיע על כלל הגנים שכן ישפיע על‬
‫קישור פקטור סיגמא‪.‬‬

‫ניתן להשתמש ב‪ IPTG-‬שמדמה לקטוז‪.‬‬

‫מצאו שכאשר מסתכלים על תאים אפשר לראות שגם כאשר אין לקטוז והרפרסור קשור לדנ"א ומונע‬
‫קישור רנ"א פולימראז‪ ,‬עדיין אפשר למצוא לעיתים פולימראז שנקשר לדנ"א הוא ממתין לרגע‬
‫שיצטרכו לשעתק‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כזכור‪ ,‬המודל של ג'ייקוב ומונוד שניבא את קיום מולקולת ‪ mRNA‬ומנגנון הבקרה השלילית‪ .‬המודל‬
‫שלהם נכון מלבד הנקודות הבאות‪:‬‬

‫‪ .1‬במחקר שלהם הם גילו רק את אזור האופרייטור‪ ,‬אך בפועל מדובר על אזור גדול יותר‪-‬‬
‫פרומוטור‪.‬‬
‫‪ .2‬טענו שהרפרסור הוא בעצם ה‪ -mRNA-‬כמובן שזו טעות‪.‬‬
‫‪ .3‬לא זיהו מנגנון בקרה חיובי שקיים בחיידק בנוסף‪.‬‬

‫מנגנון בקרה חיובי‪:‬‬

‫חיידק אוכל גלוקוז ומייצר מטבע אנרגיה‬

‫‪ .ATP‬אם במקרה החיידק יושב במצע של‬
‫גלוקוז ולקטוז‪ -‬יש דילמה במה להשתמש‪.‬‬
‫הוא משתמש בגלוקוז שכן הוא לא הכין‬
‫מראש אנזימים ללקטוז והגלוקוז הוא חד‬
‫סוכר‪ .‬על ידי צריכת הגלוקוז רמות האנרגיה‬
‫עולות‪ .‬מגיע שלב בו נגמר הגלוקוז ונשאר‬
‫רק הלקטוז‪ ,‬ותוך כדי רמות ‪ ATP‬יורדות‬
‫(משמש ב‪ ATP-‬ולא מייצר מהלקטוז כי לא‬
‫היכן אנזימים)‪ .‬כאן נכנס מנגנון הבקרה‬
‫החיובית‪ :‬כש‪ ATP-‬מתפרק בתא החיידק‬
‫גורם ליצירת בין היתר ‪-cyclic AMP‬‬
‫(מולקולה חשובה שמאותת שמשהו צריך‬
‫לקרות בקרוב) מאותת שרמת האנרגיה‬
‫נמוכה (כאשר יש הרבה גלוקוז יש הרבה‬
‫‪ ATP‬ומעט ‪ .)AMP‬כאשר יש כמות גדולה‬
‫של ‪ AMP‬הוא נקשר לחלבון ‪( CRP‬או‬
‫‪ )CAP‬וכשהם נקשרים משתנה‬
‫הקונפורמציה של ה‪ CRP-‬וכעת ל‪ CRP-‬יש זיקה גבוהה לפרומטור (הפוך מהרפרסור שכאשר קושר‬
‫לקטוז הוא מתנתק)‪ .‬כאשר ה‪ CRP-‬נקשר‬
‫הוא מעודד ומגייס את רנ"א פולימראז‬
‫לשעתק אנזימי פירוק לקטוז‪ -‬בקרה‬
‫חיובית‪ .‬יש גם פינוי של רפרסור על ידי‬
‫קישור הלקטוז וגם שעתוק של הגנים‪.‬‬

‫סיכומון‪:‬‬

‫כאשר אין לקטוז‪ -‬הרפרסור קשור לדנ"א‪.‬‬

‫כאשר יש לקטוז גם גלוקוז‪ ,‬יהיה שימוש‬

‫עיקרי בגלוקוז‪ ,‬אך בגלל שיש גם לקטוז‬
‫במצע‪ ,‬לכן הרפרסור לא קשור לדנ"א‪,‬‬
‫ולכאורה הרנ"א פולימראז היה צריך‬
‫להתחיל שעתוק אך בפועל זה לא תמיד‬
‫ככה‪ ,‬הפולימראז אולי ייקשר אך נקבל‬
‫רמות שעתוק מאוד בסיסיות ונמוכות‬
‫(‪ .)Basal transcription‬רק כאשר אין‬
‫גלוקוז יש עידוד לשעתוק מוגבר על ידי עוד ועוד רנ"א פולימראז‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בתא החיידק יש סוגים שונים של פקטור סיגמא ולכל פקטור יש זיקה שונה לאזורי פרומוטור ולכן גנים‬
‫שונים יופעלו על ידי סיגמות שונות‪.‬‬

‫אנטי‪-‬סנס רנ"א‪ -‬תכונה נפוצה שבה יש רצפים שנוצרים מהגדיל הנגדי של הדנ"א‪ .‬ולכן גם הרנ"א‬
‫תואמים ולכן אפשר לקבל רנ"א דו גדילי‪ .‬לגדיל השני שמסונתז בצד השני קוראים אנטי‪-‬סנס רנ"א‪.‬‬
‫התופעה של יצירת רנ"א בלתי מקודד מהגדיל השני מביאה ליצירת מולקולה היברידית רנ"א‪-‬רנ"א‬
‫שלא תביא בתרגום כלום שכן אי אפשר לתרגם אותה‪ .‬מדובר בבקרה ברמת התעתיק‪ ,‬למרות יצירת‬
‫כמות מסוימת של תעתיקים‪ ,‬כמות החלבון קטנה יותר לאור בקרה על ידי אנטי‪-‬סנס רנ"א‪.‬‬

‫בחיידקים השעתוק של ‪ rRNA &tRNA‬מתקבל מתעתיק ארוך שנחתך (לא על ידי שחבור) על ידי‬
‫אנזימים ומשחררים מתוך התעתיק‬
‫את החלקים שלו שנדרשים לבניית‬
‫ריבוזום ו‪( .tRNA-‬אופרון שמקודד‬
‫לתעתיק שבו הרבה חלקים בפנים)‪.‬‬
‫בחיידק יש ‪ 3‬סוגי ‪ rRNA‬שנוצרים‬
‫מאותו תעתיק‪.‬‬

‫כאשר משחררים ‪ tRNA‬מהתעתיק‬

‫חשבו תמיד שיש אנזים בשם‬
‫‪ RNase P‬שחותך מהתעתיק‪ ,‬ומסתבר שאותו אנזים הוא לא החותך אלא בתוכו יש רנ"א שהוא‬
‫בעצם המספריים‪ .‬לאותו רנ"א קוראים ריבוזים‪.ribozyme -‬‬

‫דגרגציה (חיסול) הרנ"א‪ -‬יש אנזימים שאוכלים ומעכלים את הרנ"א‪ .‬זמן מחצית החיים של רנ"א הוא‬
‫‪ 2-3‬דקות ועל כן אם כל הזמן יש דגרגציה‪ ,‬אז כל הזמן צריך שעתוק והתא חש את הסביבה ומרגיש‬
‫מה יש לעשות‪ .‬יש העדפה בתור תא לייצר ולחסל‪ ,‬דבר המקנה גמישות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫שעתוק באאוקריוטים‪:‬‬

‫הגנום האנושי הוא גנום גדול‪ ,‬אך יש גנומים גדולים יותר‪ .‬במהלך השנים מספר הגנים שאנשים ספרו‬
‫בגנומים השונים הלך וירד‪ .‬ב‪ 2006-‬בגנום האנושי היו ‪ 30‬אלף גנים וכמה שנים אח"כ נעלמו ‪ 10‬אלף‬
‫גנים‪ .‬בפרויקט ריצוף הגנום הבינו שעל אף שחשבו שיש מספר גדול של גנים (‪ 100‬אלף‪ -‬המחשבה‬
‫שאם יש מאה אלף חלבונים אזי יש מאה אלף גנים) אך היום ידוע שמספר הגנים נמוך‪ ,‬בערך כ‪20-‬‬
‫אלף‪ .‬הפרויקט ריצוף הגנום לא הסתיים‪ .‬הגנים ש"נעלמו"‪ -‬לא היו שם מלכתחילה‪ -‬ידוע היום‬
‫שתעתיקים יכולים לעבור שחבור חלופי‪ -‬מגן אחד ניתן לקבל כמה וריאנטים שונים של ‪ mRNA‬שייתן‬
‫חלבונים שונים מאותו גן‪.‬‬

‫בבחינה ספציפית ברחבי הגנום‪ ,‬מבחינת הגנים‪ ,‬רק חלק קטן מהגנום הוא גנום שמקודד ומייצר‬
‫מולקולה ברמת רנ"א‪ .‬האזורים שמקודדים לחלבון הם קטנים מאוד ברנ"א (האיטרונים גדולים‬
‫והאקסונים קטנים מאוד)‪.‬‬

‫את שאר הגנום ניתן לחלק לרצפים ייחודיים‪ -‬מופיעים בערך פעם אחת בגן‪ .‬נגיד גן שמקודד לבטא‬
‫אקטין הוא מופיע פעמיים (סט מאבא וסט מאמא) אבל ברמת המופע‪ -‬מופיע פעם אחת בסט‪ .‬יש‬
‫אזורים נוספים שמופיעים פעם אחת וייחודיים‪ .‬חלק גדול מהגנום‪ ,‬כ‪ 50%-‬הוא בעצם חזרות של‬
‫אותם רצפים‪ .‬לחזרות שימושים שונים‪ .‬נהגו לכנות אזורים אלה כג'אנק דנ"א‪ ,‬אך היום ידוע שלאזורים‬
‫אלה חשיבות במבנה והתארגנות הגנום‪ .‬יש אזורים בגנום שיכולים לקפוץ ממקום למקום ולשנות את‬
‫רצף הגנום‪.‬‬

‫כמות עצומה של חלבונים בתאים לא יודעים‬

‫לזהות אותם ואם מזהים לא יודעים מה הם ומה‬
‫תפקידם‪.‬‬

‫כזכור‪ ,‬התא זקוק לשעתוק מסיבי של ‪ rRNA‬כיוון‬

‫שהם מרכיבים את הריבוזומים‪ ,‬ולכן הרצפים‬
‫המקודדים לרנ"א זה הם בחזרות רבות‬
‫בכרומוזומים שונים שלנו‪ .‬יש שעתוק במקביל‪.‬‬

‫גנים שמייצרים ‪ mRNA‬מופיעים בדר"כ פעם אחת‬

‫בגנום‪ .‬תאים סרטניים – גנים שהוכפלו והם לא‬
‫בתדירות הרגילה‪.‬‬

‫יש המון גנים שמייצרים חלבונים‪ ,‬דוגמת‬

‫ההיסטונים‪ .‬אם כל הדנ"א צריך להיות עטוף על ההיסטונים‪ ,‬צריכים כמות רבה של החלבון‪ ,‬ועל כן יש‬
‫כמויות גדולות של אותם גנים להיסטונים אך זה חריג‪.‬‬

‫דנ"א לווינים‪ -‬חזרות של דנ"א שיוצאים במבחנה והם‬

‫לוויינים לעיקר הדנ"א‪ .‬יש בהם רצפים חוזרים (כדוגמה‬
‫בצנטרומר‪ -‬אליהם נקשרים סיבי המיקרטובולי‬
‫בחלוקה)‪ .‬גם הטלומרים הם חזרות של דנ"א לא‬
‫מקודד‪.‬‬

‫דנ"א לא מקודד נוסף הם האיטרונים‪ -‬ה‪mRNA-‬‬

‫הבוגר הוא תוצר שחבור‪ .‬חלקים מתעתיק ‪mRNA‬‬
‫צעיר יוצאים כחלקי איטרונים על ידי הספלייסוזום‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫דוגמה נוספת‪ -Alu elements -‬חלקי דנ"א שקופצים במהלך האבולוציה בחלקים שונים בגנום‪,‬‬
‫ויכולים להיכנס לאירטון ולייצר אקסון חדש ועל ידי כך להביא ליצירת חלבון חדש‪ .‬במידה ומרצפים‬
‫גנום אנושי מגלים ש‪ 10%-‬ממנו הם רצפי ‪ .Alu‬אלו רצפים לא מקודדים אבל כן משועתקים‪.‬‬

‫בתא האאוקריוטי יש ממברנה כפולה לגרעין‪,‬‬

‫והדרך לצאת ולהיכנס זה דרך שוערי הגרעין‪.‬‬
‫הממברנה החיצונית היא המשך של ה‪.ER-‬‬
‫הממברנה הפנימית היא ייחודית לפנים הגרעין‪.‬‬
‫בגרעין יש את הדנ"א‪ .‬בגרעינון נוצרים ‪.rRNA‬‬
‫בביופסיה עושים צביעה לגרעינונים‪ .‬ככל שהתא‬
‫סרטני יותר המטבוליזם שלו גבוה יותר לטובת‬
‫חלוקה רבה יותר‪ ,‬לשם כך צריך הרבה ריבוזומים‪,‬‬
‫ובכדי לייצר הרבה ריבוזומים יש צורך בהרבה‬
‫‪ rRNA‬ולכן צריך גם הרבה גרעינונים‪.‬‬

‫בדר"כ הדנ"א יחסית פתוח חוץ משלב במיטוזה‬

‫שבו הדנ"א נדחס לרמה המקסימלית‪ .‬בדר"כ‬
‫הכרומוזומים יותר פתוחים‪ .‬הדנ"א די דחוס באופן כללי כי צריך להכניס חוט ארוך לנפח קטן של‬
‫הגרעין ומי שדוחס זה ההיסטונים‪ .‬כרומטין‪ -‬הדנ"א והחלבונים שלו‪.‬‬

‫בגרעין הדנ"א נמצא בשלבי דחיסה שונים‪:‬‬

‫הטרוכרומטין‪ -‬דנ"א דחוס ובמיקרוסקופ יהיה שחור‪ .‬נמצא בהיקף‪.‬‬

‫אאוכרומטין‪ -‬דנ"א יותר פתוח ובצבע בהיר יותר‪ .‬נמצא יותר במרכז‪.‬‬

‫בין מקטעי הטרוכרומטין בהיקף הגרעין ניתן לראות אזור בהיר‪ ,‬אלו הם‬
‫שוערי הגרעין‪.‬‬

‫כזכור ההיסטונים הם אוקטמר‪ ,‬שעליהם הדנ"א מלופף‪ .‬האוקטמר בנוי‬

‫מחזרות של זוגות היסטונים ‪ .H2A, H2B, H3, H4‬היסטון ‪ H1‬מאפשר‬
‫את סגירת הנוקלאוזום‪ .‬כזכור הדנ"א טעון שלילית בגלל הפוספטים‪,‬‬
‫ההיסטונים מגיעים עם מטען חיובי ומנטרלים את המטען השלילי של‬
‫שלד הדנ"א‪ ,‬כדי שיהיה אפשר לתפוס את הדנ"א בליפוף‪ .‬היסטונים בניגוד לפקטורי שעתוק נקשרים‬
‫לדנ"א באשר הוא‪ ,‬ללא קשר לרצף נוקלאוטידים‪ .‬הם מאוד שמורים אצל המון יצורים‪ .‬ליבת‬
‫ההיסטונים היא הפנימית ומחוץ לה מלופף הדנ"א בכדי שיהיה אפשר לזהות קשרים על הדנ"א גם‬
‫ברמת דחיסות‪.‬‬

‫חוקר בשם רוג'ר קורנברג גילה את מבנה הנוקלאוזומים‪ .‬חוקרים ידעו להפיק דנ"א‪ ,‬אך נמצא שיש‬
‫מבנה‪-‬על של דנ"א‪ -‬סידור מיוחד של צורת אוקטמר בהתאם למס' חלבוני ההיסטונים‪ -‬תמיד בהפקת‬
‫הדנ"א מצאו שיש אותן כמויות של חלבוני היסטון ‪ H2A, H2B, H3, H4‬ותמיד חצי מאותה כמות יש‬
‫‪ H1‬ולכן יש מבנה מסוים שמביא את היחסים הללו‪ .‬האזור שעל גבי ההיסטונים מוגן מפני פעילות‬
‫חיתוך אנזימתית (דוגמת אנזים בשם ‪ .)dsDNA nuclease‬האזור הלא מוגן נקרא לינקר דנ"א‪ .‬בכל‬
‫ליפוף יש כ‪ 200-‬נוקלאוטידים (בליפוף עצמו ‪ 146‬נוקלאוטידים ו‪ 55-‬נוקלאוטידים בלינקר המחבר)‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫שלושת הפולימראזות באאוקריוטים‪:‬‬

‫פולימראז‪ 1‬נמצא בגרעינון‪ -‬שם מייצרים ‪ .rRNA‬בתאים יש ‪ 4‬סוגי ‪ rRNA‬כאשר ‪ 3‬משועתקים‬

‫בגרעינון והם ‪.rRNA 5.8s, rRNA 18s, rRNA 28s‬‬

‫פולימראז ‪ -2‬מייצר את ה‪ mRNA-‬וקשור לביטוי חלבונים‪.‬‬

‫פולימראז ‪ -3‬משעתק את ה‪ rRNA-‬הרביעי בתאים והוא ‪ .rRNA 5s‬כמו כן משעתק ‪ tRNA‬ורנ"א‬

‫קטנים נוספים‪.‬‬

‫רנ"א פולימראז ‪ 1‬בגרעינון‪ :‬משעתק ‪ . rRNA‬מכיוון שהתא זקוק להמון ‪ rRNA‬לכן בקרת השעתוק לא‬
‫מורכבת כי המטרה היא להביא כמה שיותר פולימראזות לפרומוטור של הגנים האלה‪ .‬הפרומוטורים‬
‫ל‪ rRNA-‬הם אותם פרומוטורים‪ -‬בערך מעמדה מינוס ‪ 150‬עד פלוס ‪ .1‬הפולימראז מסתנז‬
‫‪ pre-rRNA‬צעיר שממנו חותכים את שלושת ה‪ rRNA-‬הכמעט בוגרים‪ .‬מכיוון שזה פולימראז הוא‬
‫צריך להיעזר בפקטור בדומה לסיגמא בפרוקריוטים‪ ,‬ולכן יש פקטורי שעתוק שמביאים את‬
‫הפולימראז למיקום הנכון‪ .‬פקטורי השעתוק של ‪ rRNA‬מסמנים לפולימראז ‪ 1‬להגיע לאזור מדויק שם‬
‫הוא צריך להתחיל את השעתוק‪ .‬לא נחשב אופרון‪ -‬באאוקריוטים לא נשתמש במושג אופרון‪ .‬התעתיק‬
‫לאחר החיתוך עובר עוד צורת התבגרות‪ -‬את רצף ‪ rRNA‬שנחתך מהתעתיק הראשוני‪ ,‬ומצמידים‬
‫מתילים על גבי הנוקלאוטידים‪ .‬רק לאחר המודיפיקציות מדובר ב‪ rRNA-‬בוגר‪ .‬איך יודעים היכן‬
‫להוסיף מתיל? יש רנ"א קטנים בשם ‪ snoRNA‬שאינם מקודדים שמשועתקים בנוקלאופלזמה על ידי‬
‫רנ"א פולימראז ‪ , 2‬נכנסים לגרעינון‪ .‬הרנ"א הזה עטוף בחלבונים ולא מקודד‪ .‬נוצר חלקיק ששמו‬
‫‪ . snoRNP‬כאשר מרצפים את הרצף של רנ"א הקטן מוצאים שיש זיווג בסיסים בשני אזורים לפני‬
‫ואחרי מיקום המודיפיקציה לבין ה‪-snoRNA-‬יש כמו שתי ידיים של ה‪ snoRNA-‬שמזהות את‬
‫הרצפים משני צידי מיקום המודיפיקציה‪ .‬כלומר‪ ,‬בכדי לכוון את המודיפיקציה לנוקלאוטיד ספציפי יש‬
‫חלקיק של חלבון עם רנ"א (‪ )snoRNP‬שנוחת במנחת מתאים ומכוון פעילות אנזימתית לנוקלאוטיד‬
‫ספציפי לכדי קבלת מתילציה‪ .‬יש סוגים שונים של ‪ snoRNA‬שמכוונים מודיפיקציות שונות בכדי לייצר‬
‫‪ rRNA‬בוגר‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫רנ"א פולימראז ‪ 3‬נמצא בנוקלאופלזמה‪ :‬גם הוא קומפלקס של אוסף חלבונים שמהווים פקטורי‬
‫שעתוק שהגיעו יחד ליצירת קומפלקס גדול‪ .‬בנוי מ‪ 14-‬חלבונים שונים‪ .‬פולימראז ‪ 3‬מסנתז סוג אחד‬
‫של ‪ ,)rRNA 5s( rRNA‬מסנתז ‪ .tRNA‬ניתן ליצר קומפלקסי פקטור שעתוק באופן שונה‪.‬‬

‫פקטורי השעתוק ‪:‬‬

‫‪ TF3 B/A/C‬הסדר ‪ ABC‬הוא לפי זמן מציאתם‪.‬‬

‫בקרה מעניינת בשעתוק של פולימראז ‪ 3‬בסנתוז‬

‫‪-rRNA‬בכדי שהפולימראז יגיע לגן‪ ,‬נדרשים‬
‫פקטורי שעתוק שיכוונו אותו למקום המתאים‪.‬‬
‫מגיע פקטור ‪ TF3-A‬שמזהה רצפים בפרומוטור‪.‬‬
‫אחרי שהוא נקשר ניתן לגייס את פקטור ‪TF3-C‬‬
‫והוא מתחבר רק לאחר ש‪ TF3-A-‬מתחבר‪ .‬לאחר‬
‫חיבורו של פקטור ‪ TF3-C‬מגיע גם פקטור ‪TF3-‬‬
‫‪ .B‬כל הקומפלקס הזה יחד נקרא ‪pre- Initiation‬‬
‫‪ complex‬או ‪ -Initiation complex‬הקומפלקס‬
‫שמתחיל שעתוק‪ .‬כעת לאחר חיבורם ניתן לגייס‬
‫את רנ"א פולימראז ‪ 3‬שמכוון על ידי הקומפלקס‬
‫למקום המתאים‪ .‬כזכור‪ ,‬רנ"א פולימראז ‪3‬‬
‫משעתק ‪ rRNA 5s‬בנוקלאופלזמה‪ .‬ככל שרמת‬
‫ריכוז ‪ rRNA‬עולה יותר מידי‪ ,‬התא רוצה להפסיק‬
‫את תהליך השעתוק‪ -‬הבקרה היא כך שלתעתיק‬
‫יש זיקה לפקטור ‪ TF3-A‬שהתחיל את השעתוק‪.‬‬
‫כשהריכוז של ‪ rRNA 5s‬עולה‪ ,‬הוא נדבק לפקטור‬
‫‪ .TF3-A‬כשפקטור ‪ TF3-A‬לא יכול להיקשר‬
‫לפרומוטור אזי אין יותר שעתוק מהגן‪ -‬השעתוק‬
‫מפסיק‪ ,‬עד שרמות ה‪ rRNA-‬ירדו ואז התעתיק‬
‫יתנתק מהפקטור כך שהפקטור יוכל להיקשר שוב‬
‫בכדי לחזור לשעתק את הרנ"א‪ .‬בקרה בה התא‬
‫חש את רמות ה‪ rRNA-‬ולפי זה מתנהל מעגל‬
‫השעתוק כך שכמות התוצר מבקרת את היצירה שלו‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫רנ"א פולימאז ‪:2‬‬

‫ביחס לפרוקריוטים שהם פשוטים באאוקריוטים מדובר בעולם עצום של מאות פקטורי שעתוק‬
‫בקומבינציות שונות‪ .‬הפרומוטורים יותר גדולים וקיימים מספר רצפי קונצנזוס‪ .‬ישנם גנים שיש להם‬
‫‪ - TATA box‬אזור בערך של מינוס ‪ .25‬לרוב הגנים אין ‪ .TATA box‬ל‪ TATA box-‬יש חלבון מסוים‬
‫שנקשר אליו וחייבים אותו לכל שעתוק של רנ"א פולימראז ‪ .2‬ולכן כיצד הגיוני שלרוב הגנים אין‬
‫‪ ,TATA box‬אך בשביל השעתוק חייבים את החלבון שנקשר לרצף ‪ ?TATA‬אין כרגע תשובה טובה‬
‫לשאלה זו‪ .‬ברוב הגנים נמצא ‪( GC box‬רצפים עשירי ‪ )GC‬שאליהם נקשרים פקטורי שעתוק‪ .‬גנים‬
‫שמבוטאים ברוב הרקמות כמו גנים של מטבוליזם של גלוקוז‪ ,‬גנים לחלבוני אקטין או חלבוני‬
‫מיקרוטובלי נגלה בהם את ה‪ .GC box-‬לעומת זאת גנים שהם פעילים רק ברקמה מסוימת דוגמת גן‬
‫שמתבטא רק בעיניים (הוא קיים בכל התאים בגוף אך לא מתבטא בהם מלבד בעיניים) נמצא ‪TATA‬‬
‫‪ .box‬רצף הקונצנזוס של ‪ -TATA box‬סבירות של ‪ 82%‬ל‪ T-‬בעמדה הראשונה‪ 97% ,‬סבירות‬
‫שבעמדה השנייה יהיה ‪ 93% ,A‬שבעמדה השלישית יהיה ‪ 85% ,T‬סבירות שבעמדה הרביעית יהיה‬
‫‪ ,A‬בעמדה הרביעית יש ‪ 63%‬ל‪ A-‬ו‪ 37%-‬ל‪ ,T-‬בעמדה החמישית ‪ 83%‬ל‪ A-‬ובעמדה החמישית של‬
‫רצף הקונצנזוס יש ‪ 50%‬סבירות ל‪ A-‬ו‪.T 37%-‬‬

‫חלבוני פקטורי השעתוק של רנ"א פולימראז ‪:2‬‬

‫יש מאות או אלפים של פקטורי שעתוק שמשתתפים בשעתוק על ידי פולימראז ‪ ,2‬אך נכיר את‬
‫החשובים מבניהם‪ -‬החלבונים שתמיד צריך אותם בכדי להכווין את רנ"א פולימראז ‪ 2‬לפרומוטור‪-‬‬
‫פקטורי השעתוק הבסיסיים‪ .‬תפקידם ליצור קומפלקס בשם ‪ .PIC-pre-Initiation complex‬הפקטור‬
‫הראשון שמגיע נקרא ‪ ,TF2-D‬בצורת אוכף והוא מתיישב‬
‫על גבי ה‪ .TATA box-‬הפקטור הזה הוא קומפלקס של‬
‫חלבונים שאחד מהם הוא ‪TBP- TATA binding‬‬
‫‪ -protein‬חלבון הנקשר לרצף ה‪ .TATA-‬המבנה הזה‬
‫הוא אבן הבניין הראשונה בכדי לייצר את קומפלקס זה‪.‬‬
‫כזכור להרבה פרומוטורים אין ‪ ,TATA box‬אז כיצד הוא‬
‫הראשון שמגיע גם כשאין רצף ‪ -TATA‬לא נרחיב ‪ ,‬אך‬
‫זה פקטור שיודע להתיישב על כל פרומוטור‪.‬‬

‫לאחר מכן מגיעים חלבונים נוספים וביניהם ‪TF2-A‬‬

‫שמייצב את ‪ TF2-D‬על גבי הדנ"א‪ .‬לאחר מכן מגיע‬
‫פקטור ‪ TF2-B‬שתפקידו לאפשר לרנ"א פולימראז ‪2‬‬
‫הכוונה והגעה למקום הנכון‪ .‬כשהפולימראז מגיע‪ ,‬הוא‬
‫מגיע יחד עם פקטור ‪ TF2-F‬שהוא הגייס של הפולימראז‬
‫אל הפרומוטור‪( .‬גם הפולימראז הוא קומפלקס חלבונים‬
‫שיוצרים אותו)‪.‬‬

‫הפולימראז מתיישב במקום שכשהוא יתחיל לשעתק ישר‬

‫יתחיל השעתוק (אזור ‪ .)1+‬על מנת להתחיל את‬
‫השעתוק יש צורך בגיוס ‪( TF2-H‬הליקאז) שיפתח תוך‬
‫השקעת אנרגיה את בועת השעתוק‪ .‬הוא "ממיס" את‬
‫הפרומוטור ופותח את הדנ"א ומאפשר לפולימראז להניח‬
‫את הנוקלאוטיד הראשון שיעבור זיווג בסיסים עם הדנ"א שמשעתקים‪ TF2-E .‬תפקידו לצמד את‬
‫ההליקאז לפולימראז‪ .‬אלה פקטורי השעתוק הבסיסיים‪ .‬בנוסף אליהם מתחברים עוד המוני פקטורים‬
‫בצורות שונות שלהם תפקידים שונים‪.‬‬

‫אל כל החלבונים הללו מצטרפים גם חלבונים בשם ‪ Mediator‬שחשובים לשעתוק אך כיום עדיין לא‬
‫ברור מה תפקידם הספציפי‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לפולימראז יש זנב שחשוב לבקרת פעילות השעתוק‪ .‬כאשר הפולימראז מתחיל את השעתוק‪ -‬כל‬
‫פקטורי השעתוק נשארים במקומם בכדי לגייס פולימראז נוסף‪ .‬לפולימראז הראשון קוראים‬
‫‪( Pioneering‬חלוץ)‪.‬‬

‫לזנב רנ"א פולימראז ‪ 2‬קוראים ‪( CTD‬הקצה ה‪ C-‬טרמינלי של התת יחידה הגדולה‪ ,‬ובנוי מחזרות‬
‫של ‪ 7‬חומצות אמינו) בתוך הזנב רואים חומצות אמינו מסוג סרין שיכולה לעבור זרחון (תזכורת‪ -‬סרין‬
‫טריאונין וטירוזין יכולות לעבור זרחון) ‪ .‬על מנת להטעין ולהתניע את הפולימראז‪ ,‬יש קינאזות‬
‫שמזרחנות את הסרין בזנב‪.‬‬

‫הרבה מפקטורי השעתוק מגיעים בזוגות‪ -‬כדימרים‪ .‬לדוגמה ‪ -TBP‬מגיע כדימר ומקפל את הדנ"א‬
‫ויוצר לחץ‪ ,‬ושינוי המבנה מהווה סימן לגיוס הפקטורים השונים‪.‬‬

‫על מבנה הרנ"א פולימראז ‪ 2‬קיבלו פרס נובל‪ ,‬ניתן לראות באדום את הרנ"א שנבנה על בסיס גדיל‬
‫דנ"א כחול‪ ,‬ניתן לראות את הוו‬
‫המפרידה בין הגדילים‪ .‬ניתן לראות‬
‫את נוכחות יוני המגנזיום‬
‫שמאפשרים הנחה נכונה של‬
‫נוקלאוטידים בהתאם לרצף הדנ"א‪.‬‬

‫אזור ‪ Initiator‬הוא אזור בין מיקום‬

‫מינוס ‪ 6‬לפלוס ‪ ,11‬שעליו מתיישב‬
‫הפולימראז עצמו‪ ,‬אמנם הוא מכסה‬
‫חלק ממורד החלק שישועתק‪ ,‬אך‬
‫האתר הפעיל שלו מתיישב בדיוק על‬
‫עמדה פלוס ‪.1‬‬

‫אם הדנ"א מלופף על גבי נוקלאוזום‪,‬‬

‫כיצד ניתן לזהות ‪ TATA box‬שכן יש‬
‫דחיסה? הנגישות של חלבונים לאזור המלופף על גבי הנוקלאוזום היא בעייתית‪ .‬אם הפרומוטור נמצא‬
‫באזור הלינקר יש נגישות בגלל שאין דחיסות‪ .‬רוב הדנ"א אינו אזור של לינקר ונשאלת השאלה איך‬
‫הפקטורים מזהים רצפים שכן בהסתברות גבוהה הם נמצאים באזור דחוס יותר? בעבר לא היה ברור‬
‫כיצד זה קורה‪ .‬דבר נוסף‪ ,‬כיצד הגן מסודר באיבר שבו הוא מתבטא‪ ,‬וכיצד מסודר באיברים שאינו‬
‫מתבטא? ככל הנראה יש סידור שונה של הגנום‪ ,‬ואכן יש סידור שונה וקשור למבנה הנוקלאוזום‪.‬‬

‫בעבר‪ ,‬עבדו עם חיידקים ודם שכולל תאי דם‪ .‬המוגלובין בנוי משני חלבונים‪ -‬אלפא‪-‬גלובין‬
‫ובטא‪-‬גלובין‪ .‬ניקח לדוגמה את הגן לבטא‪-‬גלובין‪ .‬הגן מתבטא בתאי דם אדומים צעירים שיביא לביטוי‬
‫המוגלובין‪ .‬לא אמור להיות מצב שבתא אחר יהיה ייצור של בטא‪-‬גלובין‪( .‬בתא עור אין המוגלובין‪,‬‬
‫בנוירונים אין המוגלובין‪ -‬כלומר הגן קיים אך לא מתבטא)‪ .‬הפיקו דנ"א משני רקמות שונות (תאי עובר‬
‫צעירים) הפיקו דנ"א ומצאו בגנום את הגן של בטא‪-‬גלובין וראו שהדנ"א דחוס מאוד בכדי שלא יהיה‬
‫שעתוק‪ .‬אך כאשר לקחו את התאים ומאפשרים להם לעבור מיון לכיוון תאי דם אדומים‪ ,‬רואים‬
‫שהדנ"א נפתח והמבנה של הכרומטין השתנה‪ .‬כלומר התרחש שינוי מבני בנוקלאוזומים על גבי‬
‫הדנ"א‪ .‬הנוקלאוזומים ניתנים לתזוזה ולפתוח מרווחים או לדחוס אותם‪ .‬מבנה דינאמי מבחינת‬
‫המיקום‪ ,‬לתכונה זו קוראים ‪ -Remodeling‬יכולת עיצוב מחדש של הדנ"א ותהליך שינוי מבנה הדנ"א‬
‫קוראים ‪ .Chromatin remodeling‬בתא בכל זמן נתון יש שינוי מבנה של הדנ"א‪ .‬יש אזורים בגנום‬
‫שתמיד יהיו דחוסים שכן הם גנים שלא מתבטאים ויש אזורים שתמיד פתוחים לאור ביטוי רב של‬
‫הגנים הללו‪ .‬חלבונים שתפקידם לשנות את מבנה הדנ"א שמם ‪-Remodeling factors‬פקטורי שינוי‬
‫מבנה‪ .‬וכדי לבצע את שינוי המבנה נדרשת אנרגיה‪ ,‬וחלבונים אלה צורכי אנרגיה‪ .‬לחלבונים‬
‫שמבצעים את התהליך ההפוך‪ ,‬סגירת דנ"א‪ ,‬קוראים ‪.Condensing factors‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כשמסתכלים על נוקלאוזום‪ ,‬מסתבר שקצוות ה‪ N-‬טרמינאליים‬

‫של חלבוני ההיסטונים בליבת ההיסטונים של הנוקלאוזום הם‬
‫הזנבות שיוצאים מחוץ לליבה‪ .‬מסתבר שיש קוד מעל הגנום‪-‬‬
‫אפיגנטי‪ ,‬יש שורת סמנים שמתיישבים על הזנבות ומשקפים‬
‫האם האזור צריך להיות משועתק או לא‪ .‬מודיפיקציות‬
‫היסטוניות‪ -‬מתיל או אצטיל‪( .‬מתיל‪ -‬חוסר שעתוק‪ ,‬אצטיל‪-‬‬
‫אקטוב שעתוק)‪ .‬אם רוצים שהגנום ישועתק‪ ,‬אנזימים יעשו‬
‫אציטלציה על כמה מקומות‪ .‬בכדי להפסיק שעתוק אנזימים יעשו‬
‫מתילציה‪ .‬כלומר‪ ,‬יש קוד אפינגטי מעל הגנום‪ ,‬מעל רצף הדנ"א‪,‬‬
‫שמספק סיגנלים למערכת השעתוק האם זה אזור שצריך להיות‬
‫משועתק או אזור שלא‪ .‬הסמנים יכולים להשתנות לפי צורכי‬
‫התא‪ .‬ניתן לשים קומבינציה שונה לכל זנב שישפיעו בעוצמות‬
‫שונות על שעתוק הגן‪ .‬המתילציה גורמת לחלבונים נוספים‬
‫להיקשר בכדי "לנעול" את הדנ"א ולהיות דחוס‪ .‬ההיסטונים העיקריים‬
‫שעוברים מודיפיקציות הם היסטונים ‪ H3‬ו‪.H4-‬‬

‫מדוע אצטיל מאפשר שעתוק ומתיל מעכב שעתוק? האצטיל שעל זנבות‬
‫ההיסטונים והפוספט שעל הדנ"א טעונים שלילית‪ ,‬ולכן המטען השלילי של‬
‫זנב ההיסטון דוחה את המטען השלילי של הדנ"א‪ ,‬והדנ"א נפתח‬
‫ומתאפשר שעתוק‪ .‬המתיל‪ ,‬בגלל הבסיסיות‪ ,‬גורם לדחיסה‪.‬‬

‫כיצד הכל קורה?‬

‫כאשר גן ללא סימנים צריך להיות משועתק‪ ,‬מגיעים אנזים ‪Histon‬‬

‫‪ acetyl transferase‬שמוסיף אצטילים על גבי זנבות ההיסטונים בכדי‬
‫שהדנ"א יפתח‪ .‬האנזים יודע להגיע למיקום הנכון בזכות חלבון אקטיבטור‪-‬‬
‫סוג של פקטור שעתוק שמסייע מרחוק‪ .‬אותו חלבון שמסייע מרחוק מגייס‬
‫את האנזים שמגיע בקרבת הסובסטרט (הזנב של ההיסטון) ומוסיף‬
‫אצטילים‪ .‬האזור מתחיל לקבל סימנים לכיוון פתיחה של הדנ"א‪ .‬אנזים‬
‫נוסף‪ Histon kinase -‬מזרחן את זנב ההיסטונים (עוד סימון שיכול להיות‬
‫על הזנבות)‪ .‬מקבלים קודים לפי הקומבינציות שנדרשות בכדי לפתוח את‬
‫הדנ"א‪ .‬כשכל הסימונים התווספו נוכל להביא את פקטורי שינוי מבנה‬
‫שיזיזו את הנוקלאוזום מהגן תוך שימוש באנרגיה וזאת בכדי שהגן יהיה‬
‫חשוף לשעתוק‪ .‬ברגע שהפרומוטור נחשף ניתן לגייס את פקטור ‪TF2-D‬‬
‫שמתחיל את מעגל התחברות פקטורי השעתוק‪ .‬גם ל‪ TF2-D-‬יש‬
‫אינטראקציה עם המודיפיקציות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לעיתים‪ ,‬חלק מהמידע לאיקטוב גן או עיכובו מגיע ממרחק רב בגנום‪ ,‬וזאת לאור התקפלות הדנ"א‪.‬‬
‫ישנם רצפים (אנהנסרים) שמעודדים את עוצמת השעתוק כך שמגויסים יותר רנ"א פולימראז לזמן‬
‫קצוב וישנם רצפים (סיילנסר) שמעכבים את עוצמת השעתוק‪.‬‬

‫כיצד קיפול הדנ"א והלופ שנוצר נשאר במקומו יציב? ישנם מספר‬
‫חלבונים שיוצרים טבעת שתופסת את הקיפול ומחזיקה את שני‬
‫האזורים הרחוקים נשארים קרובים זה לזה‪.‬‬

‫אנהנסרים‪ -‬מעודדים שעתוק‪ ,‬יכולים לשבת ‪ up-stream‬או ‪down-‬‬

‫‪ stream‬לפרומוטור ואף במקבצים‪ .‬למרות שהם רחוקים הקיפול‬
‫מביא אותם קרוב‪ .‬כיום ידועות מחלות‬
‫שנגרמות לאור מוטציות באנהנסרים‬
‫והתפתחות האדם נפגמת‪ .‬כיצד פקטורי‬
‫השעתוק מעודדים את הגיוס של‬
‫פולימראזות אל הגן? פקטורי שעתוק‬
‫תפקידם כזכור לגרום לכך שביחידת זמן‬
‫יהיו יותר גיוסים של פולימראז ‪ 2‬ויותר‬
‫‪ -Initaion‬הגברת התדירות של התהליך‬
‫כלומר ויותר פולימראזות יצאו לדרך‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לרוב פקטור שעתוק יגיע כדימר‪ .‬יש בפקטור אזור קושר דנ"א‪ .DNA binding domain-‬הרצף‬
‫שהפקטור קושר על גבי הדנ"א (הפרומוטור)‬
‫יחזור פעמיים בפרומוטור וכנראה בצורה הופכית‬
‫לאור התחברות פקטור השעתוק כדימר‪ .‬האזור‬
‫שקושר את הדנ"א תפקידו רק לקשור דנ"א‪.‬‬
‫האזור שמאקטב שעתוק ומעודד גיוס‬
‫פולימראזות נקרא האזור המאקטב‪activation -‬‬
‫‪ .domain‬באזור זה יקשרו עוד חלבונים שיביאו‬
‫לגיוס רנ"א פולימראז ‪ .2‬האזור מווסת בין גיוס‬
‫מוגבר של חלבונים ופולימראזות (לדוגמה‬
‫בווירוסים שמייצרים פקטור שעתוק עצמאי‬
‫שנקשר לדנ"א של התא והוא בעל אזור מאקטב‬
‫מאוד חזק לאור הצורך בשכפול והדבקה מהירה‬
‫בזמן מוגבל) או גיוס מועט‪ .‬מי שקושר באופן‬
‫ישיר את הפולימראז זה הפקטורים הבסיסיים‬
‫שהוזכרו לעיל‪.‬‬

‫‪ Up-stream‬לפולימראז יש מס' פקטורי שעתוק שמתיישבים על הפרומוטור ופעולתם יחד מעודדת‬

‫ומשפעלת את השעתוק‪ .‬קשירה קומבינטורית‪ -‬בהתאם לפרומוטור‪ ,‬פקטורים אחרים והקומבינציה‬
‫ביניהם מאקטבת ומגבירה את גיוס פולימראז לפרומוטור וכמות התעתיקים שמתקבלים מהגן‪-‬‬
‫הגברת עוצמת השעתוק‬
‫פי כמה‪( .‬מדובר‬
‫בהכפלה ולא בחיבור‬
‫בכמות התעתיקים לפי‬
‫הקומבינציה‪ ,‬כלומר אם‬
‫חיבור של פקטור אחד‬
‫נותן ‪ 5‬תעתיקים‪,‬‬
‫ופקטור שני נותן ‪10‬‬
‫תעתיקים‪ ,‬הקומבינציה‬
‫ביניהם תייצר ‪50‬‬
‫תעתיקים)‪ .‬ככל שיותר פקטורי שעתוק מגיעים לאזור פרומוטור יש יותר פולימראזות שמגויסים פר‬
‫יחידת זמן ועל ידי כך יותר תעתיקים באותה יחידת זמן‪ .‬באותה מידה יכולים להגיע פקטורים מעכבי‬
‫שעתוק שפועלים באותו אופן‪ .‬פקטור השעתוק מזהה קשרי מימן מגדילי הדנ"א‪ .‬מייצר קשרי מימן ועל‬
‫ידי כך מתיישב על הגדיל‪.‬‬

‫משפחות שונות של פקטורי שעתוק‪:‬‬

‫‪ - -Zinc finger‬בצורת אצבע‪ ,‬חלבונים בעלי קצה אמיני וקרבוקסילי‪ .‬יש אטום של אבץ שיכול‬ ‫‪.1‬‬
‫ליצור ‪ 4‬קשרים שיוצרים אצבע‪ .‬האצבע נדחפת בין הגדילים‪ .‬לדוגמה פקטור ‪.TF3A‬‬
‫‪ - Helix-turn-helix‬נכנסים לתוך הדנ"א ב‪.Major groove-‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪ -Helix-loop-helix‬תופסים את מולקולת הדנ"א (כמו מקלות סינים)‬ ‫‪.3‬‬
‫‪ -Leucine zipper‬ריצ'רץ' לוצינים‪ .‬הלואיצינים הידרופובים ונמשכים אחד לשני וככה‬ ‫‪.4‬‬
‫מחזיקים את פקטור השעתוק בצורת דימר‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לפולימראז יש זנב ארוך‪ ,‬שעשוי מרצף חומצות אמינו בשביעיות‪ .‬בפולימראז לא פעיל‪ ,‬חומצות‬
‫האמינו לא עברו זרחון‪ .‬ברגע שהפולימראז נכנס לפרומוטור‪ ,‬חומצה אמינית מסוג סרין בעמדה מס' ‪5‬‬
‫מזורחנת‪ .‬בהנחה והפולימראז לא נפל והתייצב‪ ,‬סרין בעמדה מס' ‪ 2‬תזורחן וזה הסימן להתחלה שלב‬
‫‪ .Elongation‬התוספות של הפוספט על גבי הזנב של הפולימראז אלה סמנים לשלבים השונים של‬
‫הפולימראז‪.‬‬

‫אין נקודות עצירה ברורות של השעתוק באאוקריוטים והסיבה היא שלכל ‪ mRNA‬בקצה ‪ '3‬שלו יש‬
‫זנב ‪( poly-A‬כאשר ברצף הדנ"א עליו נבנה ה‪-‬‬
‫‪ mRNA‬אין רצף של ‪ .)T‬הרנ"א מיוצר‪ ,‬ובשלב‬
‫מסוים קוצצים חלק מהסוף ומוסיפים זנב‬
‫‪ poly-A‬ולכן לא חייבת להיות נקודת עצירה‬
‫ברורה כי יש חיתוך‪ .‬כיצד יודעים היכן להוסיף‬
‫את זנב ה‪ ?poly-A-‬לקראת סוף הגן בקצה '‪3‬‬
‫‪ UTR‬יש רצף ‪ AAUAAA‬שמסמן שעוד כ‪30-‬‬
‫נוקלאוטידים אמור להיות רצף ‪ CA‬ועליו‬
‫מוסיפים את זנב ה‪.poly-A-‬‬

‫מי האנזימים שחותכים את ה‪ mRNA-‬ומי‬

‫האנזימים שמוסיפים את זנב ה‪?poly-A-‬‬
‫אנזימים שנמצאים על הזנב של פולימראז ‪.2‬‬
‫כאשר מבצבץ ב‪ mRNA-‬הרצף המסמן לחיתוך ולהוספת זנב‬
‫‪( poly-A‬רצף ‪ )AAUAAA‬האנזימים קופצים מהזנב של‬
‫הפולימראז למולקולת הרנ"א ומבצעים עבודתם‪.‬‬

‫בכדי להוסיף ‪ poly-A‬נדרש אנזים רנ"א פולימראז‪ ,‬ששמו פולי‬

‫‪ A‬פולימראז (ולא רנ"א פולימראז ‪ .)1/2/3‬כשהאנזים מזהה‬
‫את הרצף ‪ AAUAAA‬עם החתך ברצף ‪ CA‬הוא מתלבש‬
‫ומוסיף ‪ 200-250‬נוקלאוטידים של ‪ .A‬בנוסף על מנת להגן על‬
‫קצה ‪ A‬מפני אקסונוקלאזות ‪ 3‬ל‪ 5-‬מצמידים חלבון שהוא‬
‫חלבון שנקשר לרנ"א ברצף קונצנזוס של ‪ .AAA‬בגלל הזנב‬
‫הארוך יש מקום למספר רב של חלבונים שכאלו‪.‬‬

‫כשהרנ"א מבצבץ החוצה מהפולימראז מוסיפים בתהליך‬

‫קאפינג ‪ 5‬מתיל גואנוזין כהגנה מפני אקסונוקלאזות‪ .‬בפוספט‬
‫בקצה ‪ 5‬נוצר קשר של ‪ 5-5‬כך שמבצבץ החוצה קצה אחר‬
‫שלא דומה ל‪ .5-‬בנוסף מגיעים חלבוני קאפ שמתיישבים‬
‫באזור ומגנים על כל קצה ‪.5‬‬

‫הוספת זנב ‪ poly-A‬מתרחשת רק באאוקריוטים ולא‬

‫בחיידקים‪.‬‬

‫‪ -Capping‬כאשר הרנ"א מבצבץ במהלך השעתוק‪ ,‬אנזימים‬

‫בשם ‪ capping enzymes‬שתפקידם להגן על קצה ‪ 5‬של‬
‫המולקולה מפני אקסונוקלאוזות שמעכלים מכיוון ‪ 5‬ל‪ .3-‬לצורך‬
‫זה יש להגן על הנוקלאוטיד הראשון בכדי שלא יזוהה על ידי‬
‫האנזימים המעכלים‪ .‬כיצד מגינים עליו? מלבישים קצה אחר‪,‬‬
‫על הפוספט של קצה ‪ .5‬נוקלאוטיד מיוחד מייצר קשר של ‪ 5‬ל‪ 5-‬בין פוספט לפוספט (בצורה הלא‬
‫רגילה) ומה שיכולים האנזימים המעכלים לזהות זה לא קצה רגיל של נוקלאוטיד‪ .‬בנוסף מתחברים‬
‫חלבוני ‪ cap‬שמגינים על קצה ‪( 5‬בדומה לחלבונים שנקשרים לרצף ‪.)AAA‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫שחבור‪ -‬תהליך השחבור הוא דו שלבי‪ .‬בשלב הראשון במולקולת ‪ pre-mRNA‬נחתך קשר בין אקסון‬
‫לאינטרון‪ .‬האינטרון מתקפל על עצמו ונסגר על עצמו בצורה מעגלית בנקודה ששמה ‪.Branch point‬‬
‫בשלב השני של השחבור נחתך הקשר השני בין אותו אינטרון לאקסון הבא‪ ,‬האינרטון שיוצא נקרא‬
‫‪ Lariat‬ושני האקסונים מתחברים זה לזה‪ .‬שחבור אלטרנטיבי‪ -‬מאפשר לתא לקחת גן אחד ולייצר‬
‫מספר חלבונים שונים‪ .‬כל פעם יוצאים אינטרונים אחרים‪.‬‬

‫ספלייסוזום‪ -‬קומפלקס חלבונים אנזימתיים שמבצעים את תהליך השחבור‪ .‬האנזימים שמבצעים‬

‫שחבור‪ -‬ספלייסוזום הוא קומפלקס של חלבונים ממשפחת חלבוני ‪( U‬בספלייסוזום יש חלבוני ‪U1,‬‬
‫‪ .)U2, U4, U5 and U6‬מדובר ב‪ .)small nuclear RNA and protein( snRNP-‬החלבונים הללו‬
‫יודעים לזהות רצפי קונצנזוס שמפרידים בין אינטרון לאקסון וככל שהרצף יותר קרוב לקונצזנוס תהיה‬
‫סבירות גדולה יותר לשחבור‪ -‬יש אתרי ספלייסינג חזקים שתמיד ייחתכו ויש חלשים (מה שעוזר‬
‫לשחבור אלטרנטיבי)‪ .‬בשחבור החלופי יש הוצאת רצפי אינטרונים שונים‪ ,‬לפעמים אינטרון גדול‬
‫שמכיל בתוכו אקסונים‪.‬‬

‫‪ snRNA‬שנמצא בתוך ה‪ snRNP-‬זהו‬

‫רצף קטן של רנ"א שמתקפל על עצמו‪.‬‬
‫נמצא שברנ"א הזה יש רצף בקצה ‪5‬‬
‫שעובר זיווג בסיסים לרצף הקונצנזוס של‬
‫השחבור (בדומה ל‪ snoRNA-‬שלהם שני‬
‫אזורי זיווג) הזיהוי הוא על ידי חלקיק קטן‬
‫שיש בו רנ"א שעובר זיווג‪.‬‬

‫ל‪ mRNA-‬הבוגר יש תהליך של שינוי‬

‫נוקלאוטידים‪: Editing -‬‬

‫‪ C .1‬הופך ל‪ – U-‬קבוצה אמינית‬

‫על בסיס ‪ C‬יורדת על ידי אנזים‬
‫בשם ‪cytidine deaminase‬‬
‫והופכת לקרבוקסילית‪.‬‬

‫‪ A .2‬הופך ל‪ I=inosine( I-‬נוקלאוטיד שדומה מאוד ל‪ .)G-‬אנזים בשם‬

‫)‪.ADAR= (adenosine deaminases acting on RNA‬‬

‫התהליך יכול להשפיע בקידוד לחלבון‪ -‬גן בשם ‪ apoB‬שקשור למטבוליזם של כולסטרול‪ .‬בדנ"א של‬
‫הגן יש קודון ‪ CAA‬אך ניתן לראות שבשתי רקמות שונות מקבלים שני חלבונים שונים ולא דרך‬
‫שחבור שכן זה לאחר שחבור‪:‬‬

‫‪ .1‬בתא כבד שלא מתרחש ‪ -Editing‬הקודון מקודד לגלוטמין‪.‬‬

‫‪ .2‬במערכת העיכול‪ ,‬לפני הגעת ה‪ mRNA-‬לריבוזום הוא עובר ‪ Editing‬והבסיס ‪ C‬הופך ל‪U-‬‬
‫ונוצר ‪.Stop codon‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫ל‪ mRNA-‬הבוגר מגוון חלבונים (דוגמת חלבוני ‪ ,cap‬חלבוני ‪ .)poly-A‬בנוסף ישנם חלבונים שמהווים‬
‫מפתח למעבר בשוערי הגרעין בכדי שהמולקולה תגיע לציטופלסמה שם תעבור תרגום על ידי‬
‫הריבוזום‪ .‬חלק מהחלבונים נושרים מהמולקולה כאשר היא יוצאת מהגרעין (בין היתר חלבוני ‪poly-A‬‬
‫הגרעיניים שמוחלפים בחלבוני ‪ poly-A‬ציטופלסמתיים)‪ .‬גם מבנה ה‪ cap-‬משתנה‪ .‬כלומר‪ ,‬מבנה‬
‫ה‪ RNP-‬של ה‪ mRNA-‬והחלבונים שעוטפים אותו הוא מבנה דינמי ומשתנה‪.‬‬

‫איור לסיכום שעתוק בפרוקריוטים ואאוקריוטים‪:‬‬

‫תרגום‪:‬‬

‫טבלת הקוד הגנטי‪:‬‬

‫‪ .1‬לכל חומצה אמינית מספר קודונים שמקודדים לה‪.‬‬

‫‪ Start codon .2‬אחד (‪ ,)AUG‬שמקודד גם לחומצה אמינית מתיונין‪.‬‬
‫‪ .3‬שלושה ‪.)UGA&UAG&UAA( Stop codons‬‬

‫ביצורים שונים יש שינויים בקודונים אלו‪ ,‬אך מדובר במקרים נדירים‪.‬‬

‫‪ -ORF-open reading frame‬החלק המקודד בין ‪ start codon‬ל‪.stop codon-‬‬

 ‫דרור סולומון‬

‫‪ -tRNA‬מולקולת רנ"א שמתווכת ומביאה את‬

‫החומצות האמינו בהתאם לזיווג בסיסים בין קודון ב‪-‬‬
‫‪ mRNA‬לבין אנטי קודון ב‪ .tRNA-‬חשוב לשים לב‬
‫שהריבוזום עובד מכיוון ‪ 5‬ל‪ 3-‬ולכן האנטי קודון יקרא‬
‫הפוך (מגיע ‪ '5‬ל‪ .)'3-‬כלומר אם ה‪ mRNA-‬הוא ‪'5‬‬
‫בצד שמאל ו‪ '3-‬בצד ימין‪ ,‬אזי ה‪ tRNA-‬הוא ‪ '5‬בצד‬
‫ימין ו‪ '3-‬בצד שמאל‪.‬‬

‫בשונה משאר היצורים‪ ,‬בחיידקים‪ ,‬המתיונין הראשון‬

‫שנכנס לרצף חומצות האמינו הוא שונה‪ .‬מדובר ב‪-‬‬
‫‪ N-Formylmethionina‬וזהו סימון תחילת התרגום‬
‫בפרוקריוטים‪.‬‬

‫תזכורת לאופרון בחיידקי אי קולי (אופרון של שלושה‬

‫גנים)‪ .‬כשרנא פולימראז עולה על הפרומוטור באופרון‪,‬‬
‫הוא משעתק ‪ mRNA‬יחיד שמכיל שלושה ‪-ORF‬‬
‫לשלושה גנים שונים‪ .‬לגן ‪ - lac-z‬יש קודון התחלה‬
‫‪ AUG‬עליו עולה הריבוזום שמתרגם עד לקודון העצירה של הגן‪ .‬יש שלושה קודוני עצירה זהים זה‬
‫אחר זה בגן ‪ ,z‬הגנום החיידקי מוודא שהריבוזום אכן עוצר‪ .‬לגן השני גם לו קודון התחלה עליו עולה‬
‫ריבוום חדש ומתרגם עד לקודון העצירה של הגן השני (‪ .)lac-y‬כך גם לגבי הגן השלישי (‪ .)lac-a‬כדי‬
‫לקבל שלושה חלבונים מתעתיק אחד צריך שלושה ריבוזומים נפרדים שמגיעים כל אחד לקודון‬
‫התחלה של כל גן‪.‬‬

‫כיצד יודע הריבוזום להתכונן למיקום הנכון? בפרוקריוטים‪ ,‬לפני ה‪ AUG-‬יש רצפי קונצנזוס ששמם‬
‫‪ - Shine-Daldarno‬רצפים שעשירים ב‪ AG-‬ומופיע לפני ה‪ AUG-‬הראשון בערך במיקום מינוס ‪.10‬‬
‫תת היחידה הקטנה של הריבוזום מגיעה לרצף הזה‪ ,‬מזהה את הרצף ויודעת להתמקם‪ .‬לאחר‬
‫ההתמקמות של התת יחידה הקטנה תגיע היחידה הגדולה ויתחיל התרגום‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תת היחידה הקטנה של הריבוזום נתפסת על הרצף קונצזנוס‪ .‬כזכור הריבוזום הוא קומפלקס חלבונים‬
‫שנמצאים על שלד ‪ rRNA‬מפותל‪ .‬אותה מולקות רנ"א (בדומה ל‪ snoRNA-‬ול‪ ,)snRNA-‬ששמה הוא‬
‫‪ ,16s‬יכולה לבצע זיווג בסיסים עם רצף שיין דלגרנו‪.‬‬

‫‪ -tRNA‬בצורת תלתן‪ ,‬רנ"א קטן לא מקודד עם קצה ‪ 5‬וקצה ‪ .3‬בקצה '‪ 3‬יש רצף ‪ CCA‬שעליו‬
‫מתחברת חומצה אמינית‪ .‬למולקולה יש אנטי קודון‪ -‬חשוב לשים לב לכיווניות‪ .‬על ה‪ tRNA-‬יש‬
‫מודיפיקציות על הרצף‪ ,‬בדומה למודיפיקציות ב‪ rRNA-‬ע"י ‪ snoRNA‬וביצוע מתילציה על גבי‬
‫הנוקלאוטידים כחלק מהתבגרות תעתיק‪ .‬גם פה ‪ tRNA‬עובר מודיפיקציות שלולא הן‪ ,‬לא מדובר‬
‫במולקולה בוגרת והיא אינה יכולה לבצע את תפקידה‪.‬‬

‫כאשר רוצים להצמיד ל‪ tRNA-‬חומצה אמינית יש צורך באנזים ששמו ‪aminoacyl tRNA‬‬
‫‪ .synthetase‬לאנזים שני תפקידים‪:‬‬

‫‪ .1‬להכין את החומצה האמינית שמסתובבת בציטופלסמה‪ .‬האנזים לוקח את החומצה האמינית‬

‫ו‪ ATP-‬ומחבר ביניהם‪ .‬כאשר משתמשים באנרגיה בתא‪ ,‬ה‪ ATP-‬מתפרק ומשתחררים שני‬
‫פוספטים (שנקראים פירופוספט‪-‬שני פוספטים מחוברים‪ -‬מאוד שליליים‪ ,‬וכאשר הם‬
‫מתפצלים משתחררת עוד אנרגיה)‪ ,‬כלומר עוד אנרגיה על מנת לעודד את התהליך‬
‫שהתרחש‪ .‬תוצר האנזים הוא חומצה אמינית שאליה מחובר אדנוזין ופוספט‪ .‬לא מדובר‬
‫בזרחון רגיל‪ -‬מדובר בקשר בלתי יציב שגורם למולקולה להיות לא יציבה והאנרגיה בה מאוד‬
‫גבוהה ובכדי להתייצב היא תתחבר ל‪.tRNA-‬‬
‫‪ .2‬ולכן האנזים בתפקיד השני מעודד את אותה חומצה אמינית להתחבר לרצף ‪CCA‬‬
‫במולקולת ה‪ .tRNA-‬כשהאנזים מכניס את החומצה האמינית ל‪ tRNA-‬הוא יכול לחבר אותה‬
‫ל‪ OH-‬ב‪ '3-‬של ה‪ ,tRNA-‬או לחבר אותה ל‪ OH-‬ב‪ -'2-‬אטום אחר עם ‪ .OH‬יש עדיפות‬
‫לחומצה שתתחבר לקצה ‪ -3‬היא זאת שתתחבר ליצירת חלבון‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫יש ‪ 20‬חומצות אמינו ולכן צריך המון אנזימים שונים לכל חומצה אמינית‪ -‬כל אנזים ספציפי לחומצה‬
‫שלו‪ .‬בגדול האנזימים דומים האחד לשני‪ ,‬אך לכל אחד אתר הכרה לחומצה אחרת‪ .‬בחיידקי אי‪-‬קולי‬
‫יש ‪ 21‬אנזימים שונים‪ ,‬לחומצה ליזין יש שני אנזימים שונים‪ .‬אם מתקיים חיבור לא נכון‪ ,‬כלומר‬
‫האנזים חיבר חומצה אמינית ל‪ tRNA-‬לא נכון ואין התאמה בין אנטי קודון לחומצה‪ ,‬האנזים יכול‬
‫לעשות הגהה ולבדוק את עבודתו ואם לא נכונה יכול לפרק את הקשר ולהתחיל מההתחלה‪.‬‬

‫‪ -Suppressor mutations‬נניח שיש גן שבו יש קודון ‪ TAC‬שמקודד לחלבון‪ .‬אם מגיע רנ"א‬
‫פולימראז הוא יוצר רנ"א מהגן ובמיקום המתאים יש קודון משלים‪ ,‬כלומר ‪( UAC‬קודון לחומצה‬
‫אמינית טירוזין)‪ .‬ל‪ tRNA-‬רצף הפוך לרנ"א‪ ,‬כלומר ‪ .GUA‬ה‪ tRNA-‬הגיע מהגנום בחיידק שמקודד‬
‫לרנ"א (‪ )tRNA gene‬ויש קודון בגן שמקודד ל‪ tRNA-‬והוא ‪ .GTA‬נניח ויש מוטציה והקודון שמקודד‬
‫לחלבון הפך ל‪ ,TAG-‬וב‪mRNA-‬‬
‫נקבל קודון ‪ - UAG‬סטופ קודון‪.‬‬
‫נקבל חלבון קצר יותר‪ .‬במידה‬
‫ומדובר במוטציה לא טובה‬
‫לחיידק‪ ,‬אך לא הורגת אותו‪ ,‬גילו‬
‫שלעיתים‪ ,‬אם ניתן לחיידק‬
‫מספיק זמן לגדול‪ ,‬שהחיידק‬
‫יפתח מוטציה חדשה שתסדר‬
‫את המוטציה הראשונה‪.‬‬
‫המוטציה החדשה תהיה בגן ל‪-‬‬
‫‪ .tRNA‬באופן ספונטני לחיידק‬
‫המוטנט‪ ,‬לאחר זמן‪ ,‬באירוע‬
‫סטטיסטי תהיה מוטציה בגנום‬
‫של הגן ל‪ tRNA-‬לחומצה אמינית‬
‫טירוזין‪ ,‬ובמקום קודון ‪ GTA‬יהיה‬
‫קודון ‪ .CTA‬כעת ל‪ tRNA-‬יש‬
‫יכולת להכיר סטופ קודון‪ ,‬ויכולת‬
‫לחבר את החומצה האמינית‪.‬‬

‫אם היתרון שבתהליך זה‪ ,‬יכולה‬

‫גם להיות בעיה שקודוני עצירה שלא עברו מוטציה יזוהו על ידי ה‪ tRNA-‬המוטנט וחלבון תקין יוארך‪.‬‬

‫קיימות ‪ 20‬חומצות אמינו ו‪ 61-‬קודונים‪ ,‬ולכן היינו מצפים ל‪ 61-‬מולקולות ‪ tRNA‬שונות‪ .‬מסתבר‬
‫שקיימות רק ‪ 45‬מולקולות כאלו‪ .‬גילו שמה‬
‫שחשוב להכרה בין קודון לאנטי קודון הוא‬
‫שני הנוקלאוטידים הראשונים‪ .‬בשניהם יש‬
‫קשרי ווטסון קריג (הקשרים הנורמטיבים‬
‫‪ T-A‬ו‪ .)C-G-‬אם בוחנים את ‪ tRNA‬מ‪'5-‬‬
‫ל‪ '3-‬אזי העמדה הראשונה נקראת‬
‫‪ -Wobble‬ניתן להכניס כמה אופציות של‬
‫נוקלאטידים והתוצאה לא תשתנה‪ -‬לא חייב‬
‫קשרי ווטסון קריג‪ .‬לכן כמה קודונים יכולים‬
‫לשמש לאותה חומצה אמינית‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בגלל עמדת ה‪ Wobble-‬יש מספר אנטי קודונים‬

‫שמשמשים לאותה חומצה אמינית‪ .‬רצף הקודון‬
‫יכול להיכתב במספר דרכים שונות‪ ,‬אבל ‪tRNA‬‬
‫שיגיע יכול להתאים לכמה רצפים שונים‪.‬‬

‫הריבוזום השלם עם שתי תתי היחידות נקרא ‪ 70s‬ובנוי מ‪( 50s-‬תת יחידה גדולה) ו‪( 30s-‬תת יחידה‬
‫קטנה)‪ .‬התת יחידה הקטנה שבה יש ‪ rRNA 16s‬ומגוון חלבונים תגיע קודם ותזהה רצף שיין דלגרנו‪.‬‬
‫החלבונים (‪ 21‬במספר ששמם מתחיל באות ‪ S‬מהמילה ‪ Small‬ולאחר מכן מספר‪ ,‬עד ל‪ )21-‬הללו‬
‫נוצרו מגנים שמקודדים ל‪ .mRNA-‬בתת יחידה הגדולה יש שני ‪ )23s and 5s( rRNA‬וחלבונים (‪32‬‬
‫במספר שכמו בתת היחידה הקטנה ממוספרים ושמם מתחיל אבל באות ‪ L‬מהמילה ‪.)Large‬‬

‫תפקיד התת יחידה הקטנה זה לזהות את קודון ההתחלה ‪ -AUG‬כלומר לקשור את ה‪mRNA-‬‬
‫ולקשור גם את ה‪ .tRNA-‬תת היחידה הגדולה תפקידה ליצור את המבנה המתאים של הריבוזום‬
‫השלם על מנת להאריך את הפולי‪-‬פפטיד ולחבר חומצה אמינית אחת לשנייה וליצור את החלבון‪.‬‬

‫אם מסתכלים ביצורים שונים על הרצף של ‪ rRNA 16s‬בתת יחידה הקטנה‪ -‬ניתן לראות שהרצפים‬
‫לא דומים זה לזה‪ .‬אך זה מבנה ששמור אבולוציונית‪ -‬מסתבר שמה ששמור באבולוציה מבחינת‬
‫‪ rRNA‬זה אופן ההתקפלות שלו‪ .‬הרצף יהיה שונה אולי אבל אם נשחרר אותם להתקפל הם יצרו את‬
‫אותו מבנה פחות או יותר ונקבל מבנה סופי של ריבוזום שהוא די דומה בין יצורים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תהליך התרגום עצמו בחיידקים‪:‬‬

‫גם לריבוזום שלבי תרגום שונים‪:‬‬

‫‪ -Initiation .1‬זיהוי קודון התחלה‪ .‬לשלב זה פקטורים (ששמם ‪)IF- initiation factors‬‬
‫שמסייעים לתת יחידה הקטנה לזהות את ה‪.mRNA-‬‬
‫‪ -Elongation .2‬כאשר הריבוזום מבצע תרגום‪ .‬לשלב זה פקטורים שמסייעים לתהליך ונקראים‬
‫‪.EF-elongation factors‬‬
‫‪ -Termination/Release .3‬סיום תהליך התרגום‪ .‬לשלב זה פקטורים מסייעים שנקראים ‪RF-‬‬
‫‪ .release factors‬כאשר יש קודון עצירה‪ ,‬אין ‪ tRNA‬מתאים‪ ,‬ויכנס פקטור סיום שישחרר‬
‫את הריבוזום‪.‬‬

‫בתוך התת יחידה הגדולה יש שלושה אזורים‪:‬‬

‫‪ .1‬אזור ‪ -A‬מלשון ‪ -Aminoacyl‬אזור שאליו נכנסת חומצה אמינית שמחוברת ל‪.tRNA-‬‬

‫‪ .2‬אזור ‪ -P‬מלשון ‪ -Peptidyl‬אזור בו נוצר קשר בין חומצות אמינו‪.‬‬
‫‪ .3‬אזור ‪ -E‬מלשון ‪ -Exit‬הוצאת ה‪ tRNA-‬הריק‪.‬‬

‫נוצר חלבון מקצה ‪( N‬קצה אמיני) עד לקצה ‪( C‬קצה קרבוקסילי)‪ .‬לרוב בקצה ‪ N‬יהיה מתיונין‪.‬‬

‫שלב התרגום דורש הרבה אנרגיה בתצורת ‪ .GTP‬חלבונים תומכים לדחוף את התהליך על ידי‬
‫השקעת אנרגיה‪ ,‬שכן בעת סנתוז חומר יש סדר והרי העולם שואף לאי סדר‪ ,‬ולכן נדרשת אנרגיה‬
‫(לכן כלל תהליכי הסנתוז הם כנגד האי סדר‪ ,‬האנתרופיה‪ ,‬ולכן צריך להשקיע אנרגיה)‪.‬‬

‫שלב ‪( Initiation‬בחיידקים)‪-‬‬

‫כשהתרגום הקודם הסתיים‪ ,‬היחידות של הריבוזום עדין דבוקות‪ ,‬לכן פקטור ‪ IF-3‬מנתק את הקשר‬
‫ביניהן כדי שהתת יחידה הקטנה תסתובב בציטופלסמה‪ ,‬תזהה ‪ mRNA‬שבערך מינוס ‪up-( 10‬‬
‫‪ )stream‬לקודון ההתחלה‪ ,‬מזהה רצף שיין דלגרנו על ידי ‪ .rRNA 16s‬כעת מגיע ה‪ tRNA-‬הראשון‬
‫שטעון בפורמיל‪-‬מתיונין ובנוסף מגיעים פקטור ‪ IF-1‬וגם‬
‫‪ IF-2‬עם האנרגיה‪ .‬ההכרה הראשונית של ה‪ tRNA-‬היא‬
‫לא בגלל אנטי קודון אלא בגלל שהתת יחדיה הקטנה‬
‫נמצאת שם‪ IF-1 .‬מתמקם באזור שבוא יהיה אזור ‪A‬‬
‫כשתגיע תת היחידה הגדולה‪ ,‬ומונע מ‪ tRNA-‬נוסף להגיע‬
‫כי התהליך עוד לא התחיל והתת יחידה הגדולה עדיין לא‬
‫הגיעה‪ IF-3 .‬מבצע תפקיד דומה רק באזור שעתיד להיות‬
‫אזור ‪ .P‬על מנת לגייס את התת יחידה הגדולה צריך‬
‫להיפטר מהפקטורים שמנועו כניסה של ‪ tRNA‬נוספים כי‬
‫כעת תגיע התת יחידה הגדולה וכן נצטרך כניסה של‬
‫מולקולות ‪ tRNA‬נוספות‪ .‬ההגעה של התת יחידה הגדולה‬
‫מצומדת לשחרור אנרגיה שיש במטבע האנרגיה שהגיע‬
‫עם ‪ ,IF-2‬משתחררת אנרגיה שתוכל לאפשר את‬
‫התחברות שתי היחידות וכעת התהליך יכול להתחיל‪-‬‬
‫שתי התת יחידות מחוברות‪ ,‬יש ‪ tRNA‬ראשון שיושב מול‬
‫קודון ההתחלה ועליו חומצה אמינית ראשונה‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ -Elongation‬הוספת חומצות אמינו לפפטיד‪ .‬הפפטיד קשור‬

‫ל‪ tRNA-‬שיושב באזור ‪ .P‬כאשר ‪ tRNA‬יהיה מתאים לקודון‬
‫על ה‪ ,mRNA-‬הוא נכנס לאזור ‪ A‬וכשאליו מלבד חומצה‬
‫אמינית‪ ,‬מתלווה פקטור ‪ EF-Tu‬שעוזר לו להיכנס‪ .‬גם‬
‫לפקטור הזה יש אנרגיה שכן בכדי להכניס את ה‪tRNA-‬‬
‫לאזור הנכון (אזור ‪ )A‬ובתצורה הנכונה יש צורך באנרגיה‬
‫(האנרגיה בפקטור זה ממוחזרת כל הזמן)‪ .‬לאחר כניסת ה‪-‬‬
‫‪ tRNA‬לאזור ‪ A‬יש צורך לבצע קשר פפטידי בין הפפטיד‬
‫שקיים כבר לבין החומצה אמינית הבאה‪ .‬אחד מהחלבונים‬
‫בתת יחידה הגדולה מכיל בתוכו פעילות ‪peptidyl‬‬
‫‪ -trasferase‬מעביר את הפפטיד‬
‫מה‪ tRNA-‬באזור ‪ P‬ל‪ tRNA-‬באזור ‪ .A‬מדובר בפעילות של‬
‫רנ"א ריבוזים‪ -‬רנ"א אנזימי‪ .‬התגובה שמתרחשת זה התקפה‬
‫נוקלאופילית של הקצה האמיני של החומצה האמינית‬
‫שמחוברת ל‪ tRNA-‬באזור ‪ A‬על הקצה הקרבוקסילי של‬
‫החומצה האמינית ב‪ tRNA-‬שבאזור ‪.P‬‬

‫ה‪ tRNA-‬הישן יוצא דרך אזור ‪ E‬על ידי פקטור ‪ EF-G‬שנעזר‬

‫באנרגיה שמביא איתו‪ .‬כעת הריבוזום זז שלושה נוקלאוטידים‬
‫לקודון הבא‪ ,‬ועל ידי כך ‪ tRNA‬עובר לאזור ‪ P‬ואזור ‪ A‬מתרוקן‪.‬‬

‫‪ -Termination‬כשהגענו לקודון העצירה אין ‪ tRNA‬שמתאים‬

‫ויכול להיכנס ולכן יש פקטורי שחרור ‪ RF‬שתפקידם לסיים את‬
‫התהליך‪ .‬יש שני סוגי ‪ )RF-1 and RF-2( RF‬שלכל אחד יש‬
‫אזור הכרה לרצפים שונים‪ .‬הכניסה של הפקטור לאזור ‪ A‬דוחפת‬
‫את הפפטיד להשתחרר מה‪ .tRNA-‬הניתוק של של הפפטיד‬
‫מה‪ tRNA-‬נעשה על ידי פקטור ‪ RF-3‬שמביא אנרגיה לשלב זה‪.‬‬
‫נותרנו עם ריבוזום שצריך להתנקות ממה שיש בפנים בכדי‬
‫להתחיל סבב חדש‪ .‬בריבוזום נשארים ‪ tRNA‬ריק‪ ,‬ופקטור‪RF-1‬‬
‫ו‪ RF-3-‬עם האנרגיה‪ RF-3 .‬עם שחרור האנרגיה גם מעודד את‬
‫יציאתו של פקטור ‪ ,RF-1‬ולאחר מכן יגיעו פקטור ‪RRF-‬‬
‫‪ ribosome recycling factor‬ופקטור ‪ EF-3‬שבא עם אנרגיה‪.‬‬
‫כניסתם משחררת את פקטור ‪ RF-3‬חסר האנרגיה‪ .‬האנרגיה‬
‫שפקטור ‪ EF-3‬הביא מעודדת את הוצאת ה‪ tRNA-‬הריק‪,‬‬
‫פקטור ‪ RRF‬וגדיל ה‪ mRNA-‬יחד עם פקטור ‪ EF-3‬חסר‬
‫האנרגיה בכדי להישאר עם ריבוזום ריק (עם שתי תתי היחידות‬
‫מחוברות)‪.‬‬

‫→‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בחיידקים יש צימוד בין שעתוק לתרגום‪.‬‬

‫ברגע שקצה ‪ '5‬יוצא ומבצבץ‪ ,‬ריבוזום יכול‬
‫להתחיל את התהליך‪ .‬ברדע שהריבוזום‬
‫יתקדם‪ ,‬יוכל לעלות ריבוזום נוסף‪ .‬התופעה‬
‫שבה על אותו ‪ mRNA‬יש מספר ריבוזומים‬
‫נקראת פולי‪-‬ריבוזום (‪-)Polyribosomes‬‬
‫מכל ‪ mRNA‬ניתן לתרגם מספר חלבונים בו‬
‫זמנית‪ .‬בערך כל ‪ 80‬נוקלאוטידים (שזה‬
‫הנפח שריבוזום תופס) ניתן לגייס ריבוזום‬
‫נוסף‪.‬‬

‫קצב התרגום בפרוקריוטים‪ 45 -‬בסיסים‬

‫בשנייה (כ‪ 15-‬חומצות אמינו בשנייה)‪.‬‬
‫כמות האנרגיה שנצרכת לתהליך התרגום‪ -‬נניח ויש ‪ N‬חומצות אמינו בפפטיד‪ .‬כל ‪ tRNA‬שמגיע עם‬
‫חומצה אמינית‪ ,‬הגיע לאחר שרמת האנרגיה של החומצה האמינית הועלתה על ידי חיבור למולקולת‬
‫‪ ATP‬אחת‪ ,‬אבל החיבור של החומצה האמינית לאנרגיה גם כן משחררת אנרגיה בתצורת פירופוספט‬
‫(מולקולה לא יציבה של שני פוספטים שמתפרקים ומשחררים אנרגיה שוות ערך ל‪ ,ATP-‬ולכן לכל‬
‫חומצה אמינית אחת‪ ,‬רק בשביל לטעון אותה על ‪ tRNA‬נספרות שתי מולקולות ‪ ATP‬ולכן יש לנו ‪2N‬‬
‫של ‪ ATP‬עוד לפני שהתחיל התרגום‪ .‬בתהליך התרגום עצמו פקטור ‪ IF-2‬שמביא את ה‪tRNA-‬‬
‫הראשון עם ה‪ F-Met-‬הגיע יחד עם מולקולת ‪ GTP‬אחת (שנספרת גם פעם אחת כי שלב ה‪-‬‬
‫‪ initiation‬קורה פעם אחת)‪ .‬בכדי להושיב ‪ tRNA‬עם חומצה אמינית פקטור ‪ EF-tu‬שצורך אנרגיה‪,‬‬
‫ובגלל שמולקולה אחת של ‪ GTP‬כבר נצרכה להכנסת ה‪ tRNA-‬הראשון‪ ,‬אזי כמות ה‪ GTP-‬הנוספות‬
‫שצריך זה ‪ .N-1‬בכדי להזיז את הריבוזום ‪ 3‬נוקלאוטידים צריך להשקיע גם כן מולקולת ‪GTP‬‬
‫באמצעות פקטור ‪ EF-G‬כ‪ N-1-‬פעמים (שכן ה‪ tRNA-‬הראשון מתיישב ללא תזוזה‪ .‬מולקולת ‪GTP‬‬
‫אחת נוספת נצרכת בחיבור ‪ RF-3‬בטרמינציה‪ .‬סה"כ יש צורך ב‪ 4N-‬מולקולות אנרגיה‪ ,‬שכל אחת‬
‫היא ‪ .40kj/mol‬לדוגמה בחלבון שכולל ‪ 100‬חומצות אמינו השקענו ‪ 400‬מולקולות אנרגיה וסה"כ‬
‫‪.16,000kj/mol‬‬

‫עיכוב של תרגום‪ :‬אם הריבוזום הוא המכונה שמייצרת חלבונים בריבוזום‪ ,‬אזי אנטיביוטיקה תשפיע‬
‫ותעכב או את הריבוזום החיידקי‪ ,‬או את הרנ"א פולימראז שמשעתק ‪( mRNA‬הוזכרו כבר לעיל)‪.‬‬

‫תרגום באאוקריוטים‪:‬‬

‫ברמת העקרון‪ ,‬יש דימיון רב‪ ,‬אך האאוקריוטים מפותחים יותר‪ .‬קיים גרעין ובו גרעינון (בית חרושת‬
‫לשעתוק ‪ rRNA‬על ידי רנ"א פולימראז ‪ )1‬ומשעתק תעתיקים מה‪( rDNA-‬גנים שמקודדים ל‪)rRNA-‬‬
‫והם מהווים ‪ .pre-rRNA‬לאחר מכן אנזימים חותכים (לא שחבור) מתוך התעתיק הראשוני את‬
‫שלושת ה‪ rRNA-‬הבוגרים‪ .18S, 28S and 5.8S -‬רנ"א פולימראז ‪ 3‬משעתק בנוקלאופלזמה את‬
‫‪ rRNA 5S‬כך שבאאוקריוטים יש ‪ 4‬סוגי ‪( rRNA‬בחיידקים היו ‪ .)3‬באאוקריוטים תתי היחידות של‬
‫הריבוזום הן תת יחידה קטנה ‪ 40S‬שמרכיבה בתוכה את ‪ rRNA 18S‬יחד עם ‪ 30‬חלבונים‪ ,‬ותת‬
‫יחידה הגדולה ‪ 60S‬שמרכיבה בתוכה ‪( rRNA 5S ,rRNA 28S ,rRNA 5.8S‬ששועתק על ידי‬
‫פולימראז ‪ )3‬ו‪ 50-‬חלבונים‪ .‬הריבוזום השלם הוא ‪ .80S‬תתי היחידות מתרכבות בתוך הגרעינון‪,‬‬
‫לאחר מכן עוברות ייצוא לגרעין החוצה ומגיעות לציטופלסמה‪ .‬החלבונים שמרכיבים את תתי היחידות‬
‫מתורגמים בציטופלסמה ונכנסים דרך שוערי הגרעין ומגיעים לגרעינון בכדי להתרכב לתתי היחידות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לסיכום מבנה ריבוזומים פרוקריוטים (למטה) ואאוקריוטים (למעלה)‪:‬‬

‫באאוקריוטים הציפולזמה צפופה‪ ,‬ולכן‬

‫הרבה מהריבוזומים מעוגנים על גבי‬
‫הממברנה של ה‪ ER-‬ויש כאלה שגם‬
‫חופשיים בציטופלזמה‪ .‬כל אוכלוסיה של‬
‫ריבוזומים מתרגמות ‪ mRNA‬שונה‪ .‬אם‬
‫מה‪ mRNA-‬צריך להתקבל חלבון מסיס‬
‫שעושה תפקידים בתא‪ ,‬אזי הריבוזומים‬
‫בציטופלזמה מתרגמים אותו ומקבלים‬
‫חלבון מסיס‪ .‬אם מה‪ mRNA-‬צריך‬
‫להתקבל חלבונים ממברנאליים או לעבור‬
‫דרך ממברנה (דוגמת חלבונים בממברנת‬
‫ה‪ ,ER-‬בגולג'י‪ ,‬מיטוכונדריה ועוד) אזי‬
‫הריבוזומים שמעוגנים ל‪ ER-‬הם אלו‬
‫שיתרגמו אותו‪ .‬החלבונים המתורגמים‬
‫לתוך ממברנת ה‪ ,ER-‬ומשם מועברים‬
‫לאברונים השונים על ידי בועיות שמיוצרות‬
‫ב‪.ER-‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תהליך התרגום עצמו כולל גם באאוקריוטים כמו בפרוקריוטים מגוון פקטורים וחלבונים תומכים‪.‬‬

‫מנגנון התרגום באאוקריוטים‪:‬‬

‫באאוקריוטים‪ ,‬התאוריה היא שה‪ mRNA-‬שיצא מהגרעין (שכזכור הוא בעל ‪ cap‬בקצה ‪ '5‬וחלבוני‬
‫‪ poly-A binding protein‬בקצה ‪ )'3‬מגיע לציטופלזמה בצורה מעגלית‪ -‬ה‪ cap-‬עובר אינטראקציה‬
‫עם אותם חלבוני ‪ .poly-A binding protein‬אפשר והצורה המעגלית גם שומרת על המולקולה מפני‬
‫דגרגציה‪ .‬בכדי לתרגם יש לפתוח את ה‪ .mRNA-‬בשביל להתחיל את התרגום יש צורך בתת יחידה‬
‫הקטנה (‪ ,)40S‬צריך את ה‪ tRNA-‬הראשון שמתאים לקודון ההתחלה וטעון בחומצה אמינית מתיונין‪,‬‬
‫יש צורך בפקטור ‪( eIF-2‬דומה ל‪ IF-2-‬בפרוקריוטים‪ ,‬וההבדל הוא האות ‪ e‬שמסמלת שזה‬
‫באאוקריוטים) ומולקולת ‪ .GTP‬בשונה מפרוקריוטים בהם יש רצף שיין דלגרנו‪ ,‬באאוקריוטים קיים‬
‫מנגנון בו התת יחידה הקטנה מתיישבת על ה‪ cap-‬וזו תחנת העגינה הראשונה‪ .‬קודון ההתחלה‬
‫נמצא במורד הזרם‪ ,‬והתת יחדיה הקטנה נעה על גבי ה‪ mRNA-‬עד שמגיעים לקודון ההתחלה‪ .‬כיצד‬
‫יודעים שמדובר בקודון ההתחלה הנכון? קיים רצף קונצנזוס אחר‪ .‬ההכרה של קודון ההתחלה‬
‫מתבצעת על ידי ה‪ tRNA-‬ובאמצעות האנטי‪-‬קודון המתאים (בפרוקריוטים מי שמייצב במיקום הנכון‬
‫זה לא ה‪ tRNA-‬אלה פקטורי ‪ initiation‬תוך עזר מרצף שיין דלגרנו)‪ .‬בכדי להזיז את התת יחידה‬
‫הקטנה על גבי ה‪ mRNA-‬יש שימוש באנרגיה ממטבע ‪ ATP‬עד לזיהוי קודון ההתחלה על ידי ה‪-‬‬
‫‪ .tRNA‬לאחר ההתיישבות‪ ,‬תוך פירוק ‪ GTP‬מתיישבת התת יחידה הגדולה ליצירת הריבוזום השלם‬
‫הכולל ‪ tRNA‬טעון מתיונין באזור ‪ .P‬שלב ה‪ Elongation-‬דומה באאוקריוטים לפרוקריוטים‪.‬‬

‫השינויים העיקריים‪:‬‬

‫‪ .1‬אין רצף שיין דלגרנו‪ ,‬אך קיים‬

‫רצף קוזאק‪ ,‬רצף קונצזנוס‬
‫שבתוכו ממש נמצא קודון‬
‫ההתחלה ולא בנפרד כמו‬
‫שיין דלגרנו‪ .‬רצף הקוזאק‬
‫אינו חובה ולא תמיד קיים‪.‬‬
‫‪ .2‬שני חלבונים מהווים מנוע‬
‫ההזזה של התת יחידה‬
‫הטקנה על גבי ה‪mRNA-‬‬
‫והם ‪ eIF-4A‬ו‪.eIF-4B-‬‬

‫האנרגיה שנצרכת בתהליך התרגום‬

‫באאוקריוטים תלויה באורך ה‪ 5' UTR-‬עד‬
‫לקודון ההתחלה הנכון‪.‬‬

‫באאוקריוטים בטרמינציה קיים רק חלבון‬

‫אחד ששמו ‪ eRF‬שמכיר את כל קודוני‬
‫העצירה‪.‬‬

‫גם באאוקריוטים ניכרת תופעת‬

‫‪ Polyribosomes‬וההשערה היא שלאחר‬
‫פתיחת הקשר בין ה‪ cap-‬לבין ה‪poly-A -‬‬
‫‪ binding protein‬נפתח ונסגר כל פעם‬
‫וה‪ mRNA-‬נותר מעגלי גם במהלך‬
‫התרגום‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫דגרדצית ‪ -RNA‬עיכול רנ"א‪:‬‬

‫כאשר רוצים לעכל ‪ mRNA‬בדר"כ התהליך מתחיל מהצד של ‪ -'3‬מה‪ .Poly-A-‬לרוב זמן מחצית‬
‫החיים של מולקולת ‪ mRNA‬הוא כמה דקות בגלל שרצף ‪ Poly-A‬הולך ומתקצר‪ .‬בנקודה מסוימת‬
‫האנזימים בתא מזהים שה‪ mRNA-‬הולך ומתקצר ותוקפים אותו מהצד ‪ '3‬וכשזה קורה‪ ,‬עובר אות כך‬
‫שהאנזימים המעכלים מצד ‪ '5‬מתחילים לעכל גם כן‪ .‬כלומר התהליך מתחיל מ‪ '3-‬ל‪ '5-‬ואחר כך‬
‫מצטרף גם מ‪ '5-‬ל‪.'3-‬‬

‫כאשר ה‪ Poly-A-‬מתקצר‪ ,‬אין ל‪ Poly-A binding protein-‬מצע להיקשר אליו‪ ,‬וכך קצה ‪ '3‬חשוף עוד‬
‫יותר לעיכול ואין מניעה מהאנזימים להתחיל ולעכל‪ .‬בצד ‪ '5‬ראשית אנזימים מסוימים עושים‬
‫‪ Decapping‬ומעיפים את ה‪ cap-‬ולאחר מכן מגיעים אנזימי העיכול של קצה ‪.'5‬‬

‫בהרבה מחלות גנטיות יש מוטציות בגנום של החולים‪ .‬המוטציה במקום שהקודון יקודד לחומצה‬
‫אמינית‪ ,‬הקודון המוטנט יקודד לקודון עצירה והחלבון שיתקבל יהיה קצר ומוטנטי‪ .‬אם התא יבטא את‬
‫החלבונים המוטנטים אפשר שלא יעשו את עבודתם כמו שצריך ואף יכולים להפריע לחלבונים‬
‫התקיני ם‪ .‬במחלות גנטיות קורה שבמקום קודון העצירה בסוף האקסון‪ ,‬יהיה קודון עצירה קודם לכן‪.‬‬
‫איך התא יודע לזהות שיש קודון עצירה שלא במקומו? קיים מנגנון שיודע לזהות ‪ mRNA‬תקול עם‬
‫קודון עצירה מוקדם‪ .‬השיטה נקראת ‪ .NMD-Nonsense mediated decay‬תהליך הדגרדציה קורה‬
‫בציטופלסמה‪ ,‬כלומר ה‪ mRNA-‬המוטנטי משועתק‪ ,‬יוצא לציטופלזמה שם אמור לפגוש את הריבוזום‪,‬‬
‫אך בפועל הוא עובר דגרדציה‪.‬‬

‫מתי תתבצע שיטת ‪ NMD‬שלא בגלל מוטציה אלא בגלל תהליכים פיזיולוגים?‬

‫‪ .1‬כשיוצרים נוגדנים במערכת החיסונית‪ ,‬בגנום זזים חלקים ומתחברים מחדש ביחד ועל ידי כך‬
‫מקבלים מולקולות ‪ mRNA‬שונות בעלות קודון עצירה‪ .‬את המולקולות הללו צריך לחסל כי‬
‫הן לא מקודדות לכלום‪.‬‬
‫‪ .2‬בשיחבור חליפי אפשר ויווצר קודון עצירה מוקדם ולכן נצטרך לחסל את המולקולה‪.‬‬

‫כיצד התא פותר את בעיית ה‪ mRNA-‬התקול? בתא יש קבוצת חלבונים בגרעין ששמם‬
‫‪ .EJC proteins- exon junction complex‬כשמחברים בין אקסון לאקסון התא משאיר חותמת‬
‫בצומת החיבור בין שני אקסונים כחלק מתהליך השחבור‪ .‬כלומר במקום שבו התבצע שחבור‬
 ‫דרור סולומון‬

‫מתחברים ‪ .EJC proteins‬החלבונים מתחברים כ‪ 20-‬נוקלאוטידים לפני צומת החיבור‪ .‬הרנ"א יוצא‬
‫מהגרעין לציטופלסמה כאשר החלבונים הללו מחוברים אליו‪ .‬הריבוזום רגיש לחלבוני ‪ EJC‬וכאשר‬
‫הריבוזום מזהה קודון עצירה שלאחריו קיימים עוד ‪ EJC‬יש אות של תקלה‪ .‬כמעט תמיד הקודון‬
‫עצירה הנכון יופיע באקסון האחרון‪ ,‬כלומר השחבור קרה לפניו ולפניו יהיה ‪ .EJC‬אך בגלל השחבור‬
‫נוצר קודון עצירה באמצע המולקולה‪ ,‬כשלאחריו עדיין קיימים ‪ EJC‬שאלו מאותתים על תעתיק פגום‪.‬‬
‫לבסוף נוצר איתות לתא שמדובר ב‪ mRNA-‬לא תקין ומיד מתחיל תהליך דגרדציה בקצה ‪ ,'3‬מיד‬
‫לאחר מכן מתחיל בקצה ‪ ,'5‬הריבוזום יורד והמולקולה מעוכלת ולא נוצר כמעט מהחלבון התקול‪.‬‬

‫)‪ -RNAi (RNA interference‬מנגנון שהתגלה לפני כ‪ 20-‬שנים‪ .‬הניסויים שהביאו להבנת המנגנון‪:‬‬

‫רצו להשביח פרחים וליצר צבעים עזים יותר‪ .‬חשבו שאם יכניסו לצמח עוד גנים שיוצרים צבע‪ ,‬יתקבל‬
‫צבע חזק יותר (ולא היינו מצפים לקבל אזורים בפרח שהגנים של הצבע לא התבטאו)‪ .‬בפועל התקבל‬
‫פרח עם אזורים בעלי צבע ואזורים חסרי צבע (לבנים)‪.‬‬

‫לא הבינו מדוע כשהם הוסיפו גנים לצבע‬

‫לא קיבלו צבע עז יותר‪ ,‬ולא רק שהצבע לא‬
‫נהיה עז יותר‪ ,‬הוא אפילו נעלם‪ -‬הכנסת‬
‫הגנים החדשים השתיקה את הגנים‬
‫הקיימים‪.‬‬

‫תחילה חשבו שהגנים שהוכנסו יצרו בנוסף‬

‫ל‪ mRNA-‬גם גדילי ‪anti-sense mRNA‬‬
‫לגנים הקיימים‪ ,‬התחברו יחד והשתיקו‬
‫האחד את השני‪ ,‬ולכן ניסו להכניס רק‬
‫‪ mRNA‬של גדיל ה‪ .sense-‬גם אחרי זה‬
‫הם עדיין קיבלו השתקה של הגנים לצבע‬
‫הפרחים כלומר הרנ"א עצמו שהכניסו‬
‫מפריע לביטוי הגנים ועל כן נקרא ‪.RNAi- RNA interference‬‬

‫כעבור עשור‪ ,‬חוקרים שעבדו על תולעת מודל מסוג ‪ c-elegants‬מצאו שיכולים להשתיק גנים על ידי‬
‫הזרקה של רנ"א דו גדילי‪ ,‬כלומר ההכנסה של ההפרעה על ידי רנ"א נגרם על ידי דנ"א דו גדילי‪ .‬מצאו‬
‫שגם מספר מולקולות קטן של רנ"א דו‪-‬גדילי משפיע‪ .‬ה‪ RNAi-‬מופעל על גבי ה‪ ,mRNA-‬כלומר‬
‫הגנים עובדים כרגיל‪ ,‬משועתקים ומייצרים ‪ ,mRNA‬ה‪ mRNA-‬עובר מהגרעין לציטופלסמה שם עובר‬
‫השתקה על ידי הרנ"א הדו‪-‬גדילי שהוכנס‪ .‬בקרה שכזאת על פעילות גן וסנתוז חלבון היא בקרה‬
‫לאחר השעתוק ולפני התרגום‪ .‬מה שהוסבר לעיל נגרם לאור הזרקה מבחוץ של ‪ ,RNAi‬אך מסתבר‬
‫שמדובר בתהליך טבעי שתאים ייצרו רנ"א דו‪-‬גדילי שיבקרו ביטויי גנים‪ .‬אותם רנ"א דו‪-‬גדיליים‬
‫שמיוצרים בתאים באופן טבעי הם רנ"א קטנים ששייכים לשתי משפחות‪Micro RNAs (miRNA) -‬‬
‫)‪ .and Short interfering RNAs (siRNA‬כיצד התהליך קורה? מקטע קטן ברנ"א הדו‪-‬גדילי שעובר‬
‫זיווג בסיסים עם מולקולת ה‪-‬‬
‫‪ mRNA‬יכול הלביא לביקוע של‬
‫המולקולה (מתבצע על ידי‬
‫‪ )siRNAs‬או להביא לכדי הפסקת‬
‫תרגום‪ -‬אין חיסול של ה‪mRNA-‬‬
‫אבל הריבוזום לא יכול לתרגם‬
‫אותו (מתבצע על ידי ‪.)miRNAs‬‬
‫כלומר‪ ,‬דגרדציה של ‪ mRNA‬יכולה‬
‫להתבצע על ידי ‪.siRNAs‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫גם ה‪ siRNA-‬וגם ה‪ miRNA-‬מבקרים את פעילות ה‪ mRNA-‬מכיוון שאו שמבקעים אותו או שלא‬

‫מאפשרים לבצע לו תרגום‪ .‬ההבדל ביניהם הוא מהיכן כל אחד נוצר‪ siRNA .‬נוצר מרנ"א דו גדילי‪,‬‬
‫לרוב לא קורה בתאים באופן טבעי אלא קורה בעקבות הדבקה בווירוס‪ .‬לעומת זאת ‪ miRNA‬נוצרים‬
‫מרנ"א חד גדילי ומיוצרים באופן טבעי בתאים‪ .‬בנוסף‪ ,‬זיווג הבסיסים בין ‪ siRNA‬לבין ה‪ mRNA-‬חייב‬
‫להיות תואם ב‪ 100%-‬לעומת ה‪ miRNA-‬שיכול להיות תואם קצת פחות מ‪ .100%-‬השונות‬
‫בהתאמה בזיווגי הבסיסים משפיעים על גורל ה‪ mRNA-‬האם יעבור דגרדציה או עיכוב תרגום‪.‬‬

‫‪ miRNA‬מיוצרים מגנים שונים (בתאים הומניים כמעט ‪ 700‬גנים)‪ ,‬משועתקים על ידי רנ"א פולימראז‬
‫‪ 2‬בגרעין ונוצר תעתיק ראשוני בשם ‪ .pri-miRNA‬חשוב לזכור שהתעתיק לא מקודד לחלבון אך הוא‬
‫בעל פעילות של בקרה‪ .‬לאחר שרנ"א פולימראז ‪ 2‬מייצר את התעתיק‪ ,‬חלבון בשם ‪ Drosha‬מבקע‬
‫את התעתיק לקבלת תעתיק קטן יותר ששמו ‪ .pre-miRNA‬לתעתיק שנוצר מהביקוע מתחבר חלבון‬
‫בשם ‪ Exportin5‬שמייצא אותו לציטופלסמה כי פעילות ה‪ miRNA-‬מתבצעת בציטופלסמה‪.‬‬
‫בציטופלסמה התעתיק עובר עיבוד נוסף על ידי חלבון בשם ‪ Dicer‬שמבצע חיתוך נוסף לקבלת רנ"א‬
‫דו‪-‬גדילי שלא מזווג בשלמות (כל גדיל חשוף באחד הקצוות) וגודל ה‪ miRNA-‬הוא כ‪22-‬‬
‫נוקלאוטידים‪ .‬לאחר מכן הרנ"א הדו‪-‬גדילי נפתח‪ ,‬וגדיל אחד נכנס לקומפקס שנקרא ‪ RISC‬שלאחר‬
‫כניסת ה‪ miRNA-‬יבצע את פעילותו על ה‪ .mRNA-‬ה‪ miRNA-‬החד גדילי יחד עם קומפלקס ה‪-‬‬
‫‪ RISC‬מתחברים לאזור ‪ .3'UTR‬בגדיל היחיד יכול להיות מעיין לופ קטן ועדיין להתחבר ולכן מדובר‬
‫בפחות מ‪ 100%-‬התאמה‪ .‬זיווג הבסיסים משפיע בצורה שלילית על התרגום ומונע תרגום על ידי‬
‫הריבוזום‪.‬‬

‫‪ siRNA‬נוצר על ידי רנ"א דו גדילי שנוצר לדוגמה על ידי הדבקה בווירוס‪ ,‬ועל ידי אנזים ‪ Dicer‬יווצר‬
‫‪ siRNA‬שהוא רנ"א דו גדילי‪ ,‬שגם הוא מופרד ורק גדיל אחד נכנס לקומפלקס ה‪ .RISC-‬ה‪siRNA-‬‬
‫עובר זיווג בסיסים ב‪100%-‬‬
‫עם ה‪ .mRNA-‬ברגע שיש‬
‫זיווג בסיסים‪ ,‬מתבצע חיתוך‬
‫ופירוק של ה‪.mRNA-‬‬

‫שני סוגי רנ"א הקטנטנים‬

‫מבקרים פעילות גנים בשלב‬
‫מאוחר‪ ,‬לאחר שעתוק‪.‬‬

‫בצמחים לעיתים ה‪miRNA-‬‬

‫עובר התאמה מושלמת‪,‬‬
‫ואנזימים מסוג ‪Ago‬‬
‫‪ cleaves‬חותכים את ה‪-‬‬
‫‪ mRNA‬ומחסל אותו‪ .‬כמו כן‬
‫התגלה שחלק מה‪miRNA-‬‬
‫יכולים להתיישב גם על דנ"א‬
‫בתוך הגרעין (מתיישבים יחד‬
‫עם קומפלקס ה‪ RISC-‬מה‬
‫שגורם לכרומטין מושתק על‬
‫ידי מודיפיקציות של‬
‫מתילציה)‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ -siRNA‬מולקולה שלא נוצרת באופן טבעי בתאים אלא כתגובה לווירוסים ונגיפים‪ .‬אנזים ‪Dicer‬‬
‫חותכים את מולקולת הרנ"א הדו גדילית ומייצרים חתיכות קטנות‪ .‬החתיכות הקטנות של ה‪siRNA-‬‬
‫עוברות התאמה מושלמת ל‪ mRNA-‬מה שגורם לו לעבור לתהליך דגרדציה‪ siRNA .‬משמש במחקר‬
‫כדרך להשתקת גנים (בפועל מושתקים ה‪ mRNA-‬של הגן ולא הגן עצמו)‪.‬‬

‫מה שקורה בתא‪ ,‬את הרנ"א הדו גדילי חותך אנזים ‪ Dicer‬תוך שימוש ב‪ ATP-‬ומקבלים מולקולת‬
‫רנ"א דו גדילית קטנה בגודל של כ‪ 20-‬נוקלאוטידים (ניתן לקבל כמה מולקולות שכאלה מאותה‬
‫מולקולה דו גדילית ראשונית)‪ .‬לאחר מכן אנזים ‪ Kinase‬מאקטב את המולקולה הקטנה לכדי קבלת‬
‫מולקולת ‪ siRNA‬שיכולה לבצע השתקת גן‪ .‬ביצורים מסוימים (לא בבני אדם) אנזים נוסף מגיע לאחר‬
‫פעילות ה‪ Kinase-‬ויודע ליצר מאותה מולקולה מאוקטבת הרבה מולקולות מאוקטבות נוספות‪.‬‬
‫ה‪ siRNA-‬הדו גדילי נפרד‪ ,‬וגדיל אחד נכנס לתוך קומפלקס ה‪ RISC-‬ולאחר זיווג בסיסים עם‬
‫ה‪ mRNA-‬מגיעים אנזימים שחותכים ומבקעים את ה‪ mRNA-‬ולכן הוא גם לא יתורגם‪ .‬הקומפלקס‬
‫‪ RISC‬הוא אנדונוקלאז‪ -‬חתך את מולקולת ה‪ mRNA-‬באמצע ולא בקצוות‪ ,‬ולאחר מכן ברגע שיש‬
‫חיתוכים הוא יחתוך גם בקצוות ויהיה אקסונוקלאז‪.‬‬

‫אנזים ‪ -Dicer‬משפחה של אנזימי ‪ RNase 3‬שחותכים את הרנ"א‪ .‬מגיע בדרך כלל כדימר‪ ,‬מבצע‬
‫חיתוך בשני מקומות לקבלת ‪.siRNA/miRNA‬‬

‫המחשבה היום היא שבמידה ויש לי גן מוטנטי ואין דרך לתקן את הגנום המוטנט‪ ,‬ניתן אולי לפגוע ב‪-‬‬
‫‪ mRNA‬שמשועתק מאותו גן‪.‬‬