‫דרור סולומון‬

‫ביוכימיה א'‬

‫(שיעור ‪ 1‬הקלטה בטלפון) מבנה חומצות גרעין‪:‬‬

‫מה המנגנון שבו האינפורמציה הגנטית אגורה‪ ,‬איך התא שומר על האינפורמציה הגנטית וכיצד היא‬
‫מאורגנת בתא וכיצד מועברת מדור לדור‪.‬‬

‫הדנ"א מורכב חומצות גרעין‪ ,‬אלה הן החומר התורשתי ומורכבות מנוקלאוטידים שמורכבים משלושה‬
‫מרכיבים‪:‬‬

‫‪ .1‬מולקולת סוכר מסוג ריבוז‪-‬‬

‫טבעת פורנית מחומשת שאחד‬
‫הקודקודים הוא אטום חמצן‬
‫והשאר הם פחמנים‪ .‬בריבוז על‬
‫פחמן ‪ 2‬קבוצת ‪ OH‬וזהו הסוכר‬
‫בנוקלאוטידים של מולקולת‬
‫רנ"א)‪ .‬סוכר מסוג דאוקסי‪-‬‬
‫ריבוז‪ ,‬קושר מימן לפחמן מס' ‪2‬‬
‫ומהווה את הסוכר‬
‫בנוקלאוטידים של הדנ"א‪.‬‬
‫(רנ"א‪ -‬נוקלאוטידי ריבוז‪ ,‬דנ"א‪-‬‬
‫נוקלאוטידי דאוקסי‪-‬ריבוז‪.‬‬

‫‪ .2‬בסיס החנקני‪ -‬מבחינים בין שני סוגים‪ -‬פורינים שכוללים את האדנין והגואנין (שתי טבעות)‬
‫ופירימידינים שכוללים טימין וציטוזין (ברנ"א במקום טימין כולל יורצין)‪ .‬ההבדל בין טימין‬
‫ליורצין זה הקבוצה המתמירה על פחמן ‪( 5‬בטימין בפחמן מס' ‪ 5‬יש התמרה של מתיל‪ ,‬ואילו‬
‫ביורציל ההתמרה היא של מימן)‪.‬‬
‫הבסיס החנקני נקשר לסוכר הריבוז‪/‬דאוקסי‪-‬ריבוז דרך פחמן מספר ‪ 1‬בקשר שנקרא קשר ‪N‬‬
‫גליקוזידי)‪ .‬חיבור בין בסיס חנקני לסוכר מייצר מולקולת נוקלאוזיד‪ -‬מכיל את הריבוז והבסיס‬
‫החנקני‪( .‬דוגמת אדנוזין וגואנוזין וכן הלאה)‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ .3‬קבוצת פוספט‪-‬‬
‫נקשרת לפחמן‬
‫מספר ‪ 5‬בסוכר‬
‫ומייצרת נוקלאוטיד‪.‬‬
‫לקבוצת הפוספט‬
‫הראשונה שקשורה‬
‫לריבוז קוראים‬
‫פוספט אלפא‪ ,‬הבא‬
‫בתור בטא ואחרונה‬
‫גמא‪ .‬פתיחת קשר‬
‫פוספט‪-‬פוספט‬
‫משחרר אנרגיה‬
‫לשימוש התא‪.‬‬

‫בכדי לדעת אם חלבון מסוים עבר זרחון‪ -‬ניקח ‪ ATP‬שהפוספט מסומן רדיואקטיבי‪ ,‬ובמידה ועבר‬
‫זרחון החלבון יסומן‪ .‬בכדי לזהות נצטרך שפוספט גמא יהיה מסומן‪( .‬כי הוא זה שיעבור במהלך‬
‫הזרחון)‪.‬‬

‫לנוקלאוטידים בעלי שלוש קבוצות פוספט יש בליעת אור ‪UV‬‬

‫באורך גל של ‪ 260‬ננו‪-‬מטר‪ ,‬והם אבני הבניין של הדנ"א‪.‬‬
‫כאשר רוצים למדוד ריכוז מולקולת דנ"א או רנ"א ניתן על ידי‬
‫ספקטרופוטומטר‪ -‬ככל שריכוז המולקולות גבוה יותר‪ ,‬כך‬
‫הבליעה של האור תהיה חזקה יותר (חשוב לזכור שבליעת‬
‫אור בחלבונים היא ב‪ 280-‬ננו‪-‬מטר ואילו חומצות גרעין ב‪-‬‬
‫‪ 260‬ננו‪-‬מטר)‪.‬‬

‫כיצד נבנית מולקות דנ"א או רנ"א?‬

‫כל מולקולות הדנ"א והרנ"א נבנות בכיווניות קצה ‪ 5‬לקצה ‪.3‬‬

‫למולקולה יש שלד שבנוי מפוספט ריבוז פוספט ריבוז כאשר‬
‫קצה ‪ '5‬מייצג את פחמן מס' ‪ 5‬של הריבוז שיכול לקשור‬
‫פוספט אבל מעבר לו אין נוקלאוטיד נוסף‪ .‬קצה ‪ '3‬מייצג‬
‫פחמן מס' ‪ 3‬בריבוז שאליו יכול להתחבר נוקלאוטיד חדש‪.‬‬
‫תמיד המולקולה תתארך בקצה ‪ -3‬הנוקלאוטיד יתחבר‬
‫לפחמן מספר ‪ .3‬גם לדנ"א מעגלי ניתן להגדיר כיווניות של‬
‫קצה ‪ 5‬וקצה ‪.3‬‬

‫הקשר בין שני נוקלאוטידים נקרא פוספו‪-‬די‪-‬אסתרי‪ .‬מבנה‬

‫החיבור הוא מבנה של קבוצה פונקציונלית אסתר‪ ,‬ועל כן‬
‫השם של הקשר‪ .‬קבוצת פוספט קשורה בקשר כפול לחמצן‪,‬‬
‫קבוצת ה‪( R-‬השייר) היא הנוקלאוטיד הקודם וכולל החמצן‪.‬‬
‫(אסתר לא משנה מאיזה כיוון בוחנים את המולקולה ועל כן‬
‫השם די)‪.‬‬

‫בדר"כ מולקולת דנ"א תהיה דו גדילית ומולקולת רנ"א היא חד גדילית (אבל גם למולקולה חד גדילית‬
‫יכולה לקבל מקטעים דו גדיליים דוגמת ‪.)T-RNA‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תהליך בניית דנ"א\רנ"א מתבצע על ידי אנזים דנ"א פולימרז לדנ"א ורנא פולימרז לרנ"א‪ .‬תמיד‬
‫הנוקלאוטיד החדש יתווסף לפחמן ‪ ,3‬תצא מולקולת מים והנוקלאוטיד מתחבר לגדיל‪ .‬אך כל תגובה‬
‫תתרחש אך ורק אם דלתא ‪ G‬קטן מאפס‪ .‬בתגובה לחיבור נוקלאוטיד לפחמן ‪ 3‬נקבל דלתא ‪ G‬חיובי‪,‬‬
‫אז כיצד התגובה מתרחשת? האנזים לא משתמש בנוקלאוטיד מונו פוספט (נוקלאוטיד עם קבוצת‬
‫פוספט אחת)‪ ,‬אלא משתמש בנוקלאוטיד עם שלוש קבוצות פוספט‪ ,‬פותח את הקשר בין פוספט‬
‫אלפא לבטא וברגע שפותח את הקשר הוא מרוויח ‪ KJ 31‬למול‪ ,‬אך נדרש להשקיע ‪ KJ 25‬למול‬
‫בכדי לחבר את הנוקלאוטיד לגדיל‪ ,‬ולאור כך ההפרש הוא ‪ KJ -6‬למול‪ ,‬כלומר‪ ,‬דלתא ‪ G‬שלילי‪.‬‬
‫קבוצות הפוספט ששוחררו (בטא וגמא) נקראו פירו‪-‬פוספט וכאשר הן משתחררות‪ ,‬ניתן לפתוח את‬
‫הקשר בין הפוספטים ולהרוויח עוד אנרגיה כ‪ KJ 33-‬למול‪ ,‬ובצירוף ה‪ 6-‬שנותרו מפירוק אלפא‬
‫לפירוק הפירו‪-‬פוספט נותרנו עם רווח של ‪ KJ 39‬למול‪( .‬לא תמיד מתבצעת ההפרדה בפירו‪-‬‬
‫פוספטים)‪.‬‬

‫בכדי לסמן דנ"א נצטרך את פוספט אלפא מסומן רדיואקטיבי (בחלבון פוספט גמא)‪.‬‬

‫גדילי הדנ"א נמצאים במצב אנטי מקביל (מול קצה ‪ 5‬של גדיל יהיה קצה ‪ 3‬של הגדיל השני) ומוחזקים‬
‫יחד על ידי קשרי מימן בין הנוקלאוטידים המשלימים‪ A -‬מול ‪ T‬שני קשרי מימן ו‪ C-‬מול ‪ G‬עם ‪ 3‬קשרי‬
‫מימן‪( .‬כאשר ‪ 70%‬מהקשרים הם ‪ GC‬נצטרך יותר אנרגיה בהפרדת הגדילים מאשר ‪ 70%‬קשרי ‪AT‬‬
‫שכן יהיו יותר קשרי מימן)‪ .‬שני הגדילים הם בתצורת סליל מסובב ולא ניצבים האחד לשני וזאת כיוון‬
‫שכל קשר מימן הוא יציב ביותר בזווית שטוחה של ‪ 180‬מעלות ובכדי לייצר זאת נצטרך מבנה הליקס‬
‫שיאפשר זוויות שטוחות בקשרי המימן בין הבסיסים של הנוקלאוטיד‪.‬‬

‫מאפיינים של מולקולת הדנ"א‪:‬‬

‫‪ .1‬במבט‪-‬על על מולקולת‬
‫הדנ"א ניתן להבחין‬
‫שקיים ציר דמיוני‬
‫שעובר בתוך‬
‫המולקולה‪ ,‬וקשרי‬
‫המימן בין‬
‫הנוקלאוטידים‬
‫המשלימים חוצים את‬
‫הציר הדמיוני‪.‬‬

‫‪ .2‬בין כל זוג נוקלאוטידים‬

‫שנמצאים האחד מעל‬
‫השני יש הטיה של ‪36‬‬
‫מעלות ובסיבוב שלם‬
‫של ההליקס יש ‪10‬‬
‫זוגות נוקלאוטידים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ .3‬בהסתכלות מהצד‪ -‬בין כל שני זוגות של נוקלאוטידים‪ ,‬מלבד הסטה של ‪ 36‬מעלות‪ ,‬יש‬
‫מרחק של ‪ 0.34‬ננו‪-‬מטר או ‪[ .3.4A‬מרחק ואן‪-‬דלוארס הוא המרחק האופטימלי בין שני‬
‫אטומים במולקולה‪ ,‬לאור‬
‫דחייה בין אלקטרונים של‬
‫שתי המולקולה‪ ,‬אך‬
‫בהתחשב גם במשיכה בין‬
‫שני גופים‪ ,‬ועל כן המרחק‬
‫האופטימלי בין שני זוגות‬
‫נוקלאוטידים הוא ‪3.4A‬‬
‫וזה המרחק שגם מייצב‬
‫את המולקולה] ולכן סיבוב‬
‫שלם יהיה ‪ 34A‬שכן כל‬
‫סיבוב כולל ‪ 10‬זוגות‬
‫נוקלאוטידים‪.‬‬

‫‪ .4‬במבט צד על מולקולת דנ"א יש שקע קטן ומולו שקע גדול‪ .‬לשקעים האלה קוראים ‪Major‬‬
‫‪ Groove‬ו‪ .Minor Groove-‬במידה ורוצים לקשור פקטור שעתוק (חלבונים שנקשרים‬
‫בצורה ספציפית‪-‬תלוי רצף נוקלאוטידים) הקישור יעשה דרך השקעים‪ ,‬בצורה ספציפית לאור‬
‫חשיפת הנוקלאוטידים‪.‬‬

‫‪ .5‬לכל מולקולת דנ"א יש‬

‫כיוון סיבוב שונה‪ -‬הליקס‬
‫שמאלי שנע עם כיוון‬
‫השעון‪ ,‬והליקס ימני שנע נגד כיוון השעון‪ .‬בדנ"א‬
‫כפי שווטסון וקריג גילו אותו‪ -‬הוא ימני‪ ,‬נע נגד‬
‫כיוון השעון‪ .‬לצורה זו קוראים ‪. B-DNA‬‬
‫‪ .6‬הזווית שבין זוגות הנוקלאוטידים לציר המרכזי‬
‫היא ‪ 90‬מעלות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫צורות נוספות של דנ"א‪:‬‬

‫‪ B-dna‬שנחשף לתנאים מסוימים‬

‫של יובש קיצוני יכול להפוך‬
‫ל‪( A-DNA‬גילו בריצוף מאובנים של‬
‫דינוזאורים)‪ ,‬בו‪:‬‬

‫‪ .1‬קשרי המימן הם לאורך‬

‫ההיקף של הציר המרכזי‬
‫ולא חוצים אותו‪.‬‬
‫‪ .2‬כמו כן בתצורה זו הזווית‬
‫חדה‪/‬קהה בין זוגות‬
‫הנוקלאוטידים ביחס לציר‬
‫המרכזי‪.‬‬
‫‪ .3‬השקעים ‪Minor and‬‬
‫‪ Major‬יחסית בגדלים‬
‫זהים‪.‬‬

‫שאר המאפיינים זהים בין ‪A-DNA‬‬

‫לבין ‪( B-DNA‬סיבוב נגד כיוון‬
‫השעון‪ ,‬מרחק בין נוקלאוטידים‪,‬‬
‫הסטה של ‪ 36‬מעלות)‪.‬‬

‫מולקולות דנ"א בסביבה רטובה יהיו‬

‫במבנה ‪( B-DNA‬דוגמת תאי הגוף)‬
‫ומולקולות דנ"א בסביבה יבשה יהיו‬
‫במבנה ‪.A-DNA‬‬

‫גם מולקולת רנ"א חד גדילית שיכולה לתת מבנים דו גדיליים על ידי לופים‬
‫(דוגמת מולקולת ‪ ,)tRNA‬תהיה במבנים הדו‪-‬גדלייםכמקטע של ‪ A-DNA‬גם אם‬
‫תהיה בסביבה רטובה‪ .‬גם במולקולה הטרו‪-‬דופלקס (גדיל אחד הוא דנ"א וגדיל‬
‫שני רנ"א לדוגמה בתהליך שעתוק או בהכפלת דנ"א ביצירת פריימר רנ"א) גם‬
‫בסביבה רטובה תמיד המבנה יהיה של ‪.A-DNA‬‬

‫מדוע במבנה של דנ"א בלבד בסביבה רטובה תתקבל מולקולה בתצורת ‪B-‬‬
‫‪ DNA‬ובסביבה יבשה‬
‫‪ A-DNA‬בעוד כאשר מדובר במולקולה הכוללת רנ"א גם בסביבה רטובה‬
‫תתקבל מולקולה בתצורת ‪ ?A-DNA‬השוני הוא לאור החמצן בפחמן מס' ‪2‬‬
‫במולקולות רנ"א‪ .‬אטומי החמצן לא יאפשרו למולקולות מים לחדור פנימה‪ ,‬ועל‬
‫כן נוצרת סביבה המותאמת ל‪.A-DNA-‬‬

‫מבנה ‪ :Z-DNA‬שלד בצורת זיגזג‪:‬‬

‫‪ .1‬כיוון סיבוב הוא עם כיוון השעון (שמאלי)‪.‬‬

‫‪ .2‬לא ניתן לראות כמעט שקעים‪.‬‬
‫‪ .3‬שוני בכיווניות הבסיסים החנקניים בנוקלאוטידים‪ -‬בתצורות ‪ B-DNA‬יש‬
‫בסיס חנקני פוריני (אדנין או גואנין) במצב אנטי‪ -‬פונה כלפי חוץ‪ ,‬אך ב‪-‬‬
‫‪ Z-DNA‬הוא במצב ‪ ,Syn‬כלומר כלפי פנים‪ .‬כמו כן בסיס חנקני פירמידיני (טימין או ציטוזין)‬
‫בתצורות ‪ B-DNA‬במצב ‪ Syn‬אך ב‪ Z-DNA-‬הוא במצב אנטי‪ .‬שינויים אלו מייצרים דחיסות‬
‫למולקולה‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בטבע עד היום‪ ,‬לא נמצא מבנה ‪ ,Z-DNA‬ורק‬

‫במעבדה הצליחו לייצר‪.‬‬

‫מבנה ‪ -)Hoogsteen pairing( H-DNA‬מבנה בו‬

‫יש קשרי בסיסים חנקניים של יותר מזוג‪ ,‬לדוגמא‬
‫אדנין שמחובר לשני טימין‪ -‬יצירת שלישייה‪ ,‬ויופיע‬
‫בדר"כ כאשר יש רצף פורינים אחד אחרי השני‬
‫(אדנין וגואנין)‪ -‬ואז משתי מולקולות דנ"א תיווצר‬
‫מולקולת דנ"א עם מקטע של ‪ H-DNA‬וגדיל בודד‪.‬‬

‫נמצא לפני ‪ 15‬שנה שלמבנה זה יש תפקיד ביולוגי‪,‬‬

‫יכול להשפיע על ביטוי גנים‪ ,‬הכפלת גנים ואורך‬
‫טלמורים‪ .‬בהיעדר מבנה זה מתפתחות מגוון מחלו‬
‫גנטיות דוגמת סרטן‪ ,‬הפרעות נוירולוגיות ועוד‪.‬‬

‫כיום ידוע שיש מבנה שקושר רביעיית בסיסים‬

‫חנקניים מסוג גואנין (פורינים)‪.G-quadruplex -‬‬
‫אלו קשרי ‪ Hoogsteen pairing‬של ארבעה‬
‫גואנין‪ .‬למבנים אלו יש חשיבות‪ ,‬מופיעים באזורי‬
‫פרומוטורים שיכול לבקר שיעתוק‪ -‬להפעיל או‬
‫לעכב‪( .‬נוכחות המבנה מעכב את התהליך על‬

‫הגדיל שעליו מופיע המבנה)‪.‬‬

 ‫דרור סולומון‬

‫דנ"א מעגלי‪:‬‬

‫דנ"א שנסגר על עצמו‪ .‬בהעברה באלקטרופורזה (רשת תלת מימדית שהמולקולות עוברות בתוכה‬
‫ובהתאם לריכוז הג'ל ולנפח המולקולה קשה לה לעבור בתוכו) נקבל בנדים שונים שכן במרחב‬
‫המולקולה המעגלית יכולה לעבור פיתולים נוספים (‪ ,)Supercoiling‬וככל שדחוס יותר הוא יעבור‬
‫מהר יותר באלקטרופורזה‪ .‬היתרון בקיפולים נוספים‪ -‬פחות נפח ויתרון באחסון‪ ,‬הגנה (יצור חד תאי‬
‫יכול להיחשף לתנאי סביבה שיכולים להזיק לדנ"א שלו‪ ,‬וככל שהדנ"א דחוס יותר הנגישות של אותם‬
‫גורמי נזק לדנ"א היא קטנה יותר)‪ .‬חייב להיות משחק בין הדחיסה לפתיחה בכדי לאפשר שעתוק של‬
‫מקטע בדנ"א‪ .‬בשינוי מספר הסיבובים של הגדיל סביב הציר של עצמו יכול לייצר תהליך‬
‫‪.Supercoiling‬‬

‫בכדי שדנ"א מעגלי יעבור ממצב ‪ Relaxed‬למצב ‪ Supercoiling‬הגדיל מסתובב סביב הציר של‬
‫עצמו (דוגמת חוט טלפון)‪.‬‬

‫דוגמה‪:‬‬

‫בהנחה שכל גדיל דנ"א מעגלי מסתובב סביב עצמו (הציר המרכזי הדמיוני) ‪ 10‬פעמים‪ ,‬ובהתאם לזה‬
‫כל גדיל מסתובב סביב הגדיל השני ‪ 10‬פעמים‪.‬‬

‫‪ -L=linking number‬מס' הפעמים שכל גדיל מסתובב סביב הגדיל השני‪.‬‬

‫‪ -T=twist‬טוויסט מס' הפעמים שכל גדיל מסתובב סביב הציר‪.‬‬

‫‪ -W=writhing number‬מס' הפעמים שהמולקולה מסתובבת סביב עצמה בכדי לשחרר מתח ותעשה‬
‫כשיש מתח פנימי‪)Supercoiling( .‬‬

‫במצב ‪ -L=T -Relaxed‬אין ‪ -W‬שכן למולקולה אין מתח פנימי‪ ,‬יש איזון בין ה‪ L-‬ל‪.T-‬‬

‫אם לאותה מולקולה יהיה מתח פנימי (על ידי יצירת סיבוב נוסף או החסרת סיבוב)‪ ,‬היא תסתובב‬
‫סביב עצמה בכדי לשחרר את המתח ונקבל ערך ל‪( .W-‬סימון הערך יהיה בהתאם לכיוון הסיבוב)‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪L=T+W‬‬ ‫‪L=+W‬‬

‫ככל שערך ה‪ W-‬יותר גדול‪ ,‬יהיה יותר ‪ Supercoiling‬שכן יש יותר מתח במולקולה‪.‬‬

‫ככל שה‪ T-‬קרוב יותר ל‪ ,L-‬יהיה פחות ‪ Supercoiling‬שכן יש פחות מתח במולקולה‪ ,‬וערך ה‪ W-‬יהיה‬
‫קטן יותר‪.‬‬

‫כל התהליך הוא תהליך אנזימתי‪ ,‬שמתבצע על ידי אנזימי טופואיזומראזות‪ -‬יודעים לפתוח את הדנ"א‬
‫(על ידי הוספה או החסרת סיבוב) וליצור מתח‪/‬לשחרר מתח במולקולה‪ .‬היצירה של ה‪Supercoiling-‬‬
‫או השחרור שלו יהיה תהליך של טופואיזומראזות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫סוגי טופואיזומראזות‪:‬‬

‫‪ -Topoisomerase Type 1 .1‬לחתוך גדיל אחד ולהעביר את‬

‫הגדיל השני דרך החתך ולסגור‪ ,‬וכך לאבד סיבוב‬
‫וליצור‪/‬לשחרר מתח‪.‬‬
‫‪-Topoisomerase Type 2 .2‬שחותך את שני הגדילים לכדי‬
‫שחרור של יותר מסיבוב אחד‪ .‬בחיידקים אותו אנזים שיודע‬
‫ליצור ולשחרר את ה‪ Supercoiling -‬הוא טופואיזומראז סוג‬
‫‪ 2‬ונקרא דנ"א גיראז שיודע לבצע שברים דו‪ -‬גדיליים ועל ידי‬
‫כך לשחרר מתח‪.‬‬

‫בשביל מה צריך לישון? במשך היום הפעילות שלנו (גם חשיבה וגם פעילות‬
‫פיזית) והיא גורמת לשברים בדנ"א ובעיקר בנוירונים ותאי עצב‪ .‬במהלך‬
‫השינה בלילה מערכות התיקון של הדנ"א עובדות בכדי לקום ולהתחיל‬
‫פעילות מחדש‪ .‬את השברים מבצע האנזים טופואיזומראז ‪ -2‬וזאת בכדי לאפשר ביטוי גנים מסוימים‬
‫שנדרשים לפעילות המחשבתית‪/‬פיזית באופן מהיר‪.‬‬

‫למה מולקולת דנ"א דו גדילית תישאר דו גדילית? הרי בשלד של דנ"א יש פוספט סוכר פוספט סוכר‪,‬‬
‫וב‪ PH-‬בתא הוא סביב ‪ ,7‬שב‪ PH-‬זה הפוספט טעונות שלילית בשני הגדילים‪ ,‬ואם שני הגדילים‬
‫טעונים שלילית הציפייה הייתה שייפרדו ולא יישארו במבנה דו‪-‬גדילי‪ .‬כל מערכת שואפת למקסימום‬
‫אנטרופיה (אי‪-‬סדר)‪ .‬המערכת יותר מסודרת כששני הגדילים ביחד (ולכן העדפה לשני גדילים‬
‫נפרדים)‪ .‬התשובה לשאלה זו היא למעשה בכך שהדנ"א לא נמצא בסביבת מים מזוקקים‪ ,‬אלא‬
‫בסביבה עם הרבה מלחים ויש בה חוזק יוני גבוה‪ -‬הרבה יונים במערכת‪ .‬במידה ויש חוזק יוני גבוה‪,‬‬
‫זה אומר שיונים חיוביים בתמיסה למעשה מנטרלים את המטען השלילי שעל גדילי הדנ"א ומקטין את‬
‫הדחיה ביניהם‪ .‬מבחינת האנטרופיה‪ -‬אם שני הגדילים ייפרדו האנטרופיה תגדל אך גם האנתלפיה‬
‫חשובה‪ ,‬ובכדי להפריד בין הגדילים צריך להשקיע אנרגיה בכדי לבקע קשרי מימן‪ ,‬כלומר קשרי המימן‬
‫מייצבים את המערכת‪ ,‬וכן המרחק הוא מרחק אידיאלי בין כל זוג נוקלאוטידים‪ .‬הדנ"א הדו גדילי‬
‫ייפרד לשני גדילים אך ורק עם דלתא ‪ G‬יהיה שלילי (אנרגיה בסוף נמוכה מהאנרגיה בהתחלה)‪.‬‬
‫דלתא ‪ S‬היא גדלה בהיפרדות (אנתרופיה) במידה ודלתא ‪( H‬אנתלפיה) תהיה גדולה מהדלתא ‪S‬‬
‫הגדילים לא יפרדו שכן דלתא ‪ G‬יהיה חיובי‪ .‬קשרי המימן ומרחק הואן דל ואלס הם יותר גדולים‬
‫מבחינה אנרגטית מהדלתא ‪ .S‬בחימום המערכת‪ ,‬הערך של דלתא ‪ S‬יגדל וכאשר יעבור את ערך‬
 ‫דרור סולומון‬

‫דלתא ‪ ,H‬זו הנקודה זו הגדילים ייפרדו‪ -‬נקודת ‪ Tm‬מלשון המסה‪ -‬אך הכוונה לנקודה בה שני‬
‫הגדילים שמעבר לה הגדילים יפרדו‪ .‬בטווח טמפרטורות קטן עוברים למספר מולקולות גדול שנפרדו‪.‬‬

‫ברגע שמעלים טמפ' מגיעים להפרדה בין הגדילים‪ .‬כיצד ניתן לדעת האם נפרדו או לא? בעזרת‬
‫ספקטרופוטומטר‪ .‬האם בתמיסה תהיה תמיסת דנ"א חד גדילי (נפרדו) או תמיסת דנ"א דו גדילית?‬
‫התמיסה של החד גדילית תתן קריאה יותר גבוהה בספקטרופוטומטר‪ .‬בליעת אור תהיה גדולה יותר‬
‫כאשר יש יותר מספר חלקיקי דנ"א גבוה יותר (ללא קשר לנפח)‪ .‬בקירור התמיסה‪ ,‬הדנ"א יעבור‬
‫רנטורציה ויחזור להיות דו גדילי‪ .‬ככל שיש יותר נוקלאוטידי ‪ GC‬במולקולה‪ ,‬נקודת ההפרדה (‪ )Tm‬בין‬
‫הגדילים תעלה שכן יש יותר קשרי מימן חזקים שצריך לבקע‪ .‬גם בדנ"א חד גדילי עם מקטע דו גדילי‬
‫שיקולים אלו יהיו רלוונטים‪.‬‬

‫ככל שהתנאים (חוזק יוני נמוך וטמפ' גבוהה אך נמוכה מה‪ )Tm-‬מחמירים‪ ,‬הספציפיות של קישור‬
‫הגדילים תהיה יותר גבוהה (רק אם הדימיון יהיה גבוה)‪ ,‬וככל שהתנאים פחות מחמירים (חוזק יוני‬
‫גבוה וטמפ' נמוכה) הספציפיות תהיה פחות גבוה‪.‬‬

‫הגנום‬

‫הגנום הכוונה לסך כל הדנ"א שנמצא בתא‪ .‬צריך להבחין בין דנ"א שנמצא בגרעין‪ ,‬אך קיים דנ"א גם‬
‫במיטוכונדריה‪ .‬בגרעין נמצאים הכרומוזומים‪.‬‬
‫גן‪ -‬קטע מסוים של דנ"א שפונקציונאלי‪ -‬מקודד לרנ"א שיתורגם לחלבון‪ /‬קטעי דנ"א שמשועתקים‬
‫לרנ"א והפונקציה שלהם היא כרנ"א ולא מתורגמים לחלבון (וגם להם יש פרומוטור שמאפשר‬
‫שעתוק)‪ .‬כלומר‪ ,‬גן הוא קטע שעבר שעתוק (בין אם תורגם או לא)‪.‬‬

‫הדנ"א יכול להיות מחולק לקטעים בתא ואז לכל קטע נקרא כרומוזום (כרומוזום הוא רצף דנ"א דו‬
‫גדילי שאליו יכולים להיקשר חלבונים אך לא רק) שיכול להכיל הרבה גנים (עם או בלי תרגום) והרבה‬
‫קטעי דנ"א שהם לא גנים אבל גם להם יש תפקיד‪ .‬לכל מין יש מס' כרומוזומים שונה בתאים‪ -‬לאדם‬
‫יש ‪ 46‬כרומוזומים (‪ 23‬מהאמא‪ X + 22 -‬ו‪ 23-‬מהאבא – ‪ .)Y\X + 22‬ביצור שמספר הכרומוזומים‬
‫הוא זוגי (סט אחד מאבא וסט אחד מאמא) נקרא דיפלואידי‪ .‬יש יצורים שלהם עותק אחד של‬
‫כרומוזומים והם נקראים האפלואידי (דוגמת שמרים) אך גם יצורים שכאלה יכולים להתרבות ברבייה‬
‫שכוללת הכפלת דנ"א (דוגמת רביית תאי שמר בתנאים נורמליים) אך בתנאי עקה (יובש‪ ,‬חומציות‪,‬‬
‫מחסור בנוטריינטים) ניתן לבצע איחוי‪/‬הפריה כדי ליצור דיפלואידי (סט מכל "הורה") שיכול לעבור‬
‫מיוזה ליצירת נבגים האפלואידים (ספורות) שנכנסות ל"שנת חורף" בכדי לא להיות מושפעים מתנאי‬
‫הסביבה (אין מטבוליזם) וכשהתנאים משתפרים הם יוצאים מ"שנת החורף"‪.‬‬

‫לכל מין יש כמות דנ"א שונה‪ .‬לבני אדם יש כ‪ 2-‬מיליארד נוקלאוטידים‪ ,‬לאפונה יש יותר דנ"א לדוגמה‪.‬‬
‫אך אנחנו עם כמות קטנה יכולים ליצר יותר חלבונים‪.‬‬

‫בהסתכלות על הגנום הגרעיני‪ ,‬חלקו משועתק אבל רובו לא‪ .‬נשאלת השאלה מה‬
‫תפקיד מקטעים אלו שלא משועתקים? יש להבחין בין סוגים שונים של מקטעים אלו‪:‬‬

‫‪ .1‬דנ"א לוויני ‪ -Sateliite‬חשיפת דנ"א לגלי קול שובר את הדנ"א לקטעים שווים‪,‬‬
‫את הדנ"א הזה נריץ בגרדיינט צפיפות (ניתן להפריד מולקולות לפי הצפיפות)‬
‫ונקבל שאת רוב הדנ"א נקבל במקטע מרכזי אך נראה מקטעים נוספים‬
‫שהצפיפות שלהם היא שונה‪ .‬מקטעים אלו הם דנ"א לוויני כי הם מתלווים לבנד‬
‫הגדול‪ .‬מקטעים אלו הם לרוב לא מקודדים ומשועתקים‪ .‬כמו כן הוא מופיע‬
‫באזורים ספציפיים בכרומוזום דוגמת אזור הצנטרומר (מאפשרים היצמדות של‬
‫הכרומטידות האחיות‪ -‬רצפים שידעו לקשור חלבונים מסוימים שידעו לקשור את שתי‬
‫הכרומטידות ולהפריד אותם בשלב הנכון‪ .‬קינטוכור זה קומפלקס דנ"א וחלבונים שמאפשר‬
‫היצמדות הכרומטידות האחיות)‪ .‬מקום נוסף שנמצא מקטעים אלו הוא בטלמורים‪ .‬מקטעים‬
‫לווייניים עשירים ברצפי ‪ T-A‬ומהווים ‪ 20%-10%‬מכל הגנום‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫‪ .2‬דנ"א ‪ -Introns‬בתהליך השחבור (‪)splicing‬‬

‫– מקטע שעובר שעתוק אך שיוצא‬
‫מה‪ pre-mRNA-‬בכדי לחבר בין אקסונים‬
‫ויצירת רנ"א בוגר (‪ )mRNA‬פונקציונלי‬
‫שיעבור תרגום‪ .‬יש מקרים של שחבור‬
‫אלטרנטיבי‪ -‬בין תאים שונים יכולים להיחתך‬
‫מקטעים שונים מאותו מקטע דנ"א‪ ,‬וקטע‬
‫שהוא ‪ Intron‬בתא אחר יהיה ‪ .Exon‬מקטעי‬
‫‪ Introns‬הם מקטעי דנ"א לא מקודדים‬
‫מבחינת קידוד לחלבונים‪.‬‬

‫‪ .3‬דנ"א ‪ -Alu elements‬רצפי דנ"א שיש בהם את הרצף שמוכר על ידי אנזים רסטריקציה‬
‫‪ .Alu‬אנזימי רסטריקציה‪ -‬אנזימים אנדו‪-‬נוקלאזות (יודעים לחתוך חומצות גרעין מתוך‬
‫המולקולה) שחותכים ברצפים ספציפיים‪ .‬לדוגמה אנזים ‪ ECO-R1‬הוא אנזים רסטריקציה‬
‫שבודד מהחיידק ‪ e-coli‬שמזהה רצף ‪ GAATTC‬בו הוא חותך‪ .‬רצפים אחרים לא יזוהו על‬
‫ידו‪ .‬אותם רצפי דנ"א שמזוהים על ידי אנזים ‪( ALU‬כ‪ 300-‬זוגות בסיסים) יכולים לדלג‬
‫ממקום למקום בגנום‪ .‬באבולוציה‪ -‬יש התפתחות של מינים לאורך הדורות ופיתוח עמידות‪-‬‬
‫שינוי גנטי שכשהוא מתרחש ומקנה למין יתרון הוא מתבסס ומביא לשינוי לאורך דורות‪ .‬שינוי‬
‫יכול לנבוע ממוטציה נקודתית‪ /‬רקומבינציה‪-‬שחלוף שמקנה יתרון או חסרון‪/‬רצפים שמדלגים‬
‫ממקום למקום דוגמת אלמנט ‪ .ALU‬כאשר רצף שכזה נכנס למיקום שהופך אותו לרצף‬
‫מקודד‪ ,‬גורם ליצירת חלבון אחר שיכול להיות שלא היה קיים קודם‪ ,‬ובמידה ומקנה יתרון‬
‫יביא לשרידות המין‪.‬‬

‫הגנום הוא בעצם כרומטין‪ -‬דנ"א גרעיני שקושר אליו חלבונים רבים‪ .‬במהלך האינטרפאזה (השלב‬
‫הארוך ביותר של מחזור התא‪ -‬שם כולל לשלושת תתי שלבים ‪ G2, G1‬ו‪- S-‬ללא שלב ‪-M‬מיטוזה)‬
‫הוא נפתח ותופס את כל שטח הגרעין‪ ,‬ובמהלך החלוקה במיטוזה לאחר ההכפלה‪ ,‬הדנ"א עובר‬
‫דחיסה לתצורת כרומוזום ולדחיסה זו חשיבות רבה לאפשר את החלוקה והארגון‪ .‬במצב כרומטין‬
‫פתוח לא הייתה יכולה להיות חלוקה‪.‬‬

‫בהסתכלות על גרעין התא במיקרוסקופ נוכל לראות אזורים כהים יותר ובהירים יותר‪ .‬האזור הכהה‬
‫נקרא הטרוכרומטין‪ -‬מדובר באזורים בהם הכרומטין דחוס יותר ובדר"כ אלו מקטעי הדנ"א שאינם‬
‫מקודדים לגנים ולא צריכים לעבור שעתוק)‪ .‬ככל שהדנ"א דחוס יותר הוא פחות ישועתק ויתורגם‪,‬‬
‫וככל שהוא פתוח יותר סיכוי גבוה יותר לשיעתוק ותרגום שכן יש גישה‪ .‬האזור הבהיר נקרא‬
‫אאוכרומטין אלו אזורים בהם הדנ"א פתוח יותר ונגיש יותר לשעתוק‪.‬‬

‫הדנ"א בתאים לא מופיע כחוט ארוך אלא בתור מבני נוקלאוזומים‪ -‬קומפלקס של ‪ 8‬חלבונים‬
‫שמורכבים מ‪ 4-‬זוגות היסטונים ( ‪H2A, H2B, H3,‬‬
‫‪ H4‬כאשר כל אחד מההיסטונים מגיע כזוג חלבונים‬
‫לכדי יצירת אוקטמר‪ -‬קומפלקס המורכב משמונה‬
‫חלבונים) והדנ"א מלופף סביב האוקטמר הזה‪ .‬היסטון‬
‫נוסף (‪ )H1‬נקשר מהצד ומחזק את מבנה הנוקלאוזום‪.‬‬
‫בין שני נוקלאוזומים יש לינקר דנ"א‪ -‬הדנ"א שמחבר‬
‫בין הנוקלאוזומים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כזכור אחד היתרונות של ה‪ Supercoiling-‬זה הגנה על הדנ"א‪ .‬כאשר דנ"א מכיל‬

‫נוקלאוזומים ונפעיל עליו אנדו‪ -‬נוקלאזות‪ ,‬נראה שהחיתוך יהיה באיזור הלינקר דנ"א‬
‫שכן שם הוא פחות דחוס‪ ,‬הגישה קלה יותר לאנזים ולכן יחתוך שם‪ .‬ככל שנחשוף את‬
‫הדנ"א לאנזים אנדו‪-‬נוקלאז לזמן ארוך יותר נקבל מרחק של ‪ 200‬בסיסים בין בנדים‬
‫(כל ליפוץ על האוקטמר הוא בערך כ‪ 150-‬בסיסים‪ ,‬והיתרה בין הדנ"א המלופף לאזור‬
‫החיתוך בלינקר מביא ביחד לכ‪ 200-‬בסיסים)‪.‬‬

‫כיצד הדנ"א עובר שיעתוק או הכפלה כאשר הוא‬

‫במבנה של נוקלאוזומים שמקשה על הגישה‬
‫לנוקלאוטידים? למעשה מבנה הנוקלאוזום הוא‬
‫דינמי‪ .‬כמו כן גם סביב הלינקר דנ"א ישנם חלבונים‬
‫שיכולים להיקשר מה שאומר שהכרומטין זה‬
‫קופלקס גדול של דנ"א וחלבונים‪.‬‬

‫בבחינת הנוקלאוזום‪ -‬להיסטונים יש שאריות של‬

‫חומצות אמינו‪ ,‬מעיין זנבות שבולטים מהמעטפת‬
‫הכדורית של האוקטמר‪ .‬לזנבות חשיבות גדולה‬
‫כיוון שחומצות אמינו שונות על פני הזנבות יכולות‬
‫לעבור מודיפיקציות (לקשור פוספט‪ ,‬מתיל‪ ,‬אצטיל‬
‫ועוד) שישפיעו על פעילות הדנ"א‪ .‬לדוגמה‪ -‬קישור‬
‫קבוצת אצטיל ירווח את צפיפות ודחיסת הדנ"א‬
‫ויתאפשר שיעתוק‪ .‬אם יש דה‪-‬אציטלציה (הסרה‬
‫של קבוצות האצטיל)‪ ,‬הכרומטין יידחס יותר ולכן‬
‫הגישה לשיעתוק תהיה קשה יותר‪ .‬צירופים שונים של מודיפיקציות יגרמו לתוצאה‬
‫אחרת ולכן לצירופים הללו קוראים ‪.histone code‬‬

‫נחזור לאנזימי רסטריקציה‪-‬‬

‫אם ניקח צלחת פטרי ונזרע עליה חיידקים‪ ,‬כעברו‬

‫יממה כל הצלחת תהיה עכורה ("זריעת דשא")‪.‬‬
‫במידה וניקח בקטריופאג'ים‪ -‬וירוסים שתוקפים‬
‫באופן ספציפי חיידקים (ספציפיות בין בקטריופאג'ים‬
‫לחיידקים מסוימים)‪ .‬הבקטריופאג' מתרבה בחיידק‪,‬‬
‫מפוצץ אותו ובקטריופאג'ים חדשים משתחררים‬
‫ומדביקים חיידקים אחרים‪ .‬בתוך זמן נראה חורים‬
‫(פלאקים) צלולים‪ .‬כל פלאק מכיל המוני‬
‫בקטריופאג'ים‪ .‬ריכוז גבוה של בקטריופאג'ים יביא‬
‫לצלחת צלולה שכן כל החיידקים נדבקו‪ .‬במידה‬
‫וניקח דוגמה מתוך פלאק ואותה נזרע על צלחת‬
‫פטרי חדשה‪ ,‬נקבל הרבה מאוד פלאקים חדשים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫החוקר וורנר ארבר גילה שאם הניסוי בוצע עם זן‬

‫‪ K‬של חיידקי אי‪-‬קולי התקבלו פלאקים ואת הנוזל‬
‫מהפלאקים זורע על צלחת חדשה מתקבלים‬
‫פלאקים נוספים‪ .‬ארבר מצא שבמידה ולוקח את‬
‫הנוזל מהפלאקים ומנסה לזרוע על צלחת של‬
‫חיידקי זן ‪ B‬של אי קולי הוא לא מקבל פלאקים‪,‬‬
‫ורק לאחר הרבה פעמים של הניסוי קיבל פלאק‬
‫בודד‪ .‬כאשר ארבר זרע את הבקטריופאגים‬
‫מהפלאק הבודד‪ ,‬שוב על זן ‪ -B‬קיבל הרבה מאוד‬
‫פלאקים‪ .‬ביצוע הניסוי בצורה ההפוכה מפלאקים‬
‫של זן ‪ B‬בזריעה על ‪ K‬אקבל את אותה התוצאה‪.‬‬

‫ניתן להבין שמדובר בספציפיות של‬

‫בקטריופאג'ים לזן מסוים של חיידקים‪ ,‬אבל לאחר‬
‫הרבה ניסיונות הבקטריופאג' עובר שינוי וכן‬
‫מזהה את הזן החדש של החיידקים‪.‬‬

‫בהמשך המחקר הסתבר שבדנ"א של חיידקים יש שתי קבוצות חומצות גרעיניות‪ -‬גם האדנין וגם‬
‫הציטוזין שיכולות לעבור מטילציה (אדנין על חנקן שקשור לפחמן מס' ‪ ,6‬ובציטוזין על חנקן שקשור‬
‫לפחמן מס' ‪ .) 4‬כלומר בחיידקים יש אנזים מטילאז שיודע לקשור קבוצת מתיל לאדנין או ציטוזין ורק‬
‫באתר הספציפי‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫מסתבר שהמתילציה על הדנ"א של החיידקים בעלת תפקידים חשובים‪:‬‬

‫מעורבת בתהליכי תיקון דנ"א (אם במהלך הכפלת דנ"א הדנ"א פלוימראז הכניס נוקלאוטיד‬ ‫‪.1‬‬
‫שגוי‪ ,‬יש מנגנון תיקון של הוצאה והכנסה של נוקלאוטיד חדש‪ -‬מנגנון התיקון תלוי‬
‫במתילציה)‬
‫‪ -ORIGIN OF REPLICATION‬אתר ההתחלה של תהליך השכפול שגם פה למתילציה יש‬ ‫‪.2‬‬
‫חשיבות‪.‬‬
‫כמו כן למתילציה יש הגנה מפני אנזימי רסטריקציה‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫בנוסף למתילציה יש חשיבות למידת האלימות של החיידק‪.‬‬ ‫‪.4‬‬

‫במידה ולחיידק נכנס בקטריופאג'‪ ,‬וכשהוא נכנס הוא מזריק את החומר הגנטי שלו לחיידק ואז החומר‬
‫הגנטי מתחיל להתרבות‪ ,‬נוצרים פאג'ים רבים שמפוצצים את החיידק‪ .‬האם לחיידק‬
‫אין מנגנון הגנה? ידוע שבטבע יש מגנון הגנה לכל מנגנון התקפה‪ -‬לא כל‬
‫בקטריופאג' יכול לפרק כל חיידק‪ .‬מנגנוני ההגנה‪ -‬לחיידק יש אנזימים שמזהים‬
‫רצפים ספציפיים על פני הדנ"א של הבקטריופאג' ואז כשהדנ"א חודר לתא‪ -‬לחיידק‬
‫יש את אנזים שמזהה רצף ספציפי ומפרק אותו (אלו הם אנזימי הרסטריקציה)‪ .‬לכל‬
‫זן של חיידקים יש אנזים‪/‬אנזימי רסטריקציה שברגע שיחדור בקטריופאג'‪ ,‬אם‬
‫הרצף מוכר על ידי האנזים‪ -‬האנזים יפרק אותו והווירוס לא יוכל להתרבות‪.‬‬
‫כיצד החיידק מגן מפני הדנ"א העצמי? אפשר שגם לחיידק יש את אותו הרצף כמו‬
‫הרצף של הוירוס בדנ"א שלו‪ .‬החיידק מגן על הדנ"א שלו על ידי קשירת מתיל‬
‫לאדנין ברצף וכעת אנזים הרסטריקציה אינו מזהה את הרצף‪ .‬מה יקרה אם מאיזו‬
‫סיבה החיידק ילביש קבוצת מתיל על הדנא של הווירוס? ברגע שזה קורה‪ ,‬הווירוס‬
‫הופך להיות יציב ועמיד מפני האנזים‪ ,‬וכעת כאשר יש ווירוס יחיד שעבר מתילציה‬
‫בטעות‪ ,‬הבקטריופאג' עמיד מפני מנגנון ההגנה שלה חיידק וכעת יכול לדביק זן‬
‫חיידק שהיה עמיד כנגדו‪ .‬ככה התגלו אנזימי הרסטריקציה והם הפכו להיות כלי‬
‫עוצמתי להנדסה הגנטית‪.‬‬

‫כל מקטע שנחתך על ידי אנזים רסטריקציה מייצר ‪( sticky ends‬קצוות דביקים‪ -‬שני קצוות שיכולים‬
‫להיקשר האחד לשני בגלל זיווגי בסיסים אך לא יכולים ליצור מולקולה שלמה שכן נדרשת השלמה של‬
‫הקשר הפוספו‪-‬די‪-‬אסתרי שנפתח על ידי אנזים הרסטריקציה)‪ .‬הרצת תוצרי הרסטריקציה בג'ל אגרוז‬
‫יראה בנדים שונים בהתאם למיקומי רצפי הזיהוי של הרסטריקציה‪ .‬כמו כן ניתן להפיק מקטעי‬
‫רסטריקציה של אותו אנזים ולחבר ביניהם באמצעות הקצוות הדביקים‪.‬‬

‫לפני שנים כשהיו צריכים לטפל בחולי סכרת עם אינסולין חיפשו חיות שחלבון האינסולין שלהם הכי‬
‫דומה לשל בני אדם‪ -‬והיו נותנים אינסולין של סוסים או חזירים‪ .‬הבעיה שהיו תופעות לווי קשות‬
‫(אינסולין של חיה ולא של אדם)‪ .‬ברגע שהתפתחו גישות הנדסה גנטית נפתרו בעיות רבות‪ -‬הפיקו‬
‫מתאים את הגן לאינסולין אנושי‪ ,‬מחדירים פלסמיד (מקטע דנ"א מעגלי שאינו חלק מהדנ"א‬
‫הכרומוזומלי ומתפקד כיחידה עצמאית המסוגלת להשתכפל בעצמה) לחיידק והופכים חיידקים לבית‬
‫חרושת לאינסולין‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫כיצד התהליך מתבצע?‬

‫שימוש בפלסמיד בעל גן יציבות‬
‫לאנטיביוטיקה‪ ,‬כך שהחיידקים שקיבלו את‬
‫הפלסמיד יהיו עמידים לאנטיביוטיקה‪ .‬את‬
‫הפלסמיד חותכים על ידי אנזים רסטריקציה‬
‫במיקום מסוים‪ .‬את הגן לאינסולין אנושי חותך‬
‫בעזרת אותו אנזים רסטריקציה כך שגם‬
‫לפלסמיד וגם לגן יש קצוות דביקים זהים‬
‫שיכולים להתחבר‪ .‬את הפלסמיד שאליו‬
‫התחבר הגן מחדירים לחיידקים שאותם‬
‫מגדלים במיליארדי עותקים במכלי ענק‬
‫שמכילים מצע גידול עם אנטיביוטיקה כי אני‬
‫רוצה רק את אותם חיידקים שקיבלו את‬
‫הפלסמיד (וכך חיידקים ללא הפלסמיד שכולל‬
‫הן את הגן ליציבות והן את הגן לאינסולין לא‬
‫ישרדו)‪ .‬המפעל הזה מייצר אינסולין אנושי‬
‫שניתן להביא לחולי הסכרת וכך איכות החיים‬
‫שלהם עלתה‪.‬‬

‫נגיפי רטרו וירוסים (נגיפי רנ"א המכילים אנזימי ‪ – )Reverse transcriptase‬כאשר הנגיף חודר‬
‫לתא‪ ,‬הרנ"א (שהוא המידע הגנטי שלו)‪ ,‬יחד עם אנזים ה‪ ,Reverse transcriptase-‬מקבלים יצירה‬
‫של ‪ cDNA‬שיכול לחדור לתא ולעבור אינטגרציה (הכללה) לתוך הגנום של התא‪ -‬מסביר את‬
‫המוטציות בדנ"א שהנגיפים הללו יוצרים‪ .‬במידה וה‪ cDNA-‬נכנס לאזור קריטי תהיה השפעה על‬
‫התא (לדוגמה במידה והדנ"א חודר לאזור שמבקר חלוקת תא‪ ,‬נוכל לקבל סרטן)‪ .‬ניצול המנגנון הזה‬
‫לרפואה אישית‪ -‬לדוגמה שימוש באנזימי רסטריקציה בכדי להחליף בין מקטעים בנגיפים החשובים‬
‫להכפלה שלו ולהדבקה למקטעים שאנו בוחרים‪.‬‬

‫לדוגמה‪ -‬במחלה ציסטיק פיברוזיס קיימת מוטציה בגן יחיד‪ .‬ניתן להפיק דנ"א מהתאים של החולה‬
‫ולקבל את הגנום המוטנטי (מוטציה בגן יחיד כזכור)‪ .‬בכדי לשקם את החולה נדרש לטפל במוטציה‪,‬‬
‫ואת זה עושים על ידי רטרו וירוס‪ -‬מחליפים את הקטע המרכזי בגנום של הנגיף בגן תקין של המחלה‪,‬‬
‫אחזיר לנגיף ואז מדביקים את תאי האדם החולה בנגיף‪ .‬מכיוון שמדובר בנגיפי רטרו‪-‬ווירוסים‪ ,‬הנגיף‬
‫יכנס לתא‪ ,‬ייצר דנ"א שיכנס לגנום של התא של האדם‪ .‬את התאים מגדלים בתרבית ומזריקים‬
‫בחזרה לחולה וכך תיקנו לחולה את הגנום‪.‬‬

‫דוגמה נוספת‪ -‬ילדי בועה הם ילדים עם מערכת חיסונית חלשה מאוד שנובעת במוטציה בגן חשוב‬
‫במערכת החיסונית שנקרא ‪ .ADA- adenosine deaminase‬היו מגדלים ילדים אלו בבועה בכדי‬
‫להגן עליהם‪ .‬בכדי לטפל הזריקו לילדה עם תאים שטופלו על ידי רטרו וירוסים לביטוי תקין של הגן‪.‬‬

‫גם בתאים יוקריוטים יש מתילציה שמתרחשת באופן נורמלי על דנ"א‪ -‬ציטוזין על פחמן מספר ‪ .5‬כמו‬
‫כן ציטוזין שיעבור מתילציה יהיה בקשר ‪ -CpG‬כלומר ציטוזין‪ ,‬פוספט של השלד ולאחריו תמיד יבוא‬
‫גואנין‪ .‬בצמחים יהיה ‪ -CpNpG‬בין הציטוזין לגואנין יהיה נוקלאוטיד‪ ,‬לא חשוב איזה‪ .‬גם על הגדיל‬
‫המשלים תהיה מתילציה לאור זיווגי בסיסים ‪.G-C‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תפקידי מתילציה בתאים יוקריוטים‪:‬‬

‫‪ .1‬בתאים יוקריוטים‪ ,‬יש אזורים שעשירים במתילציה‪ -‬לאזורים אלו קוראים ‪ .CpG Islands‬בין‬
‫‪ 3-5%‬מהדנ"א האנימלי הוא ‪ CpG Islands‬שיכולים לעבור מתילציה‪.‬‬
‫‪ .2‬המתילציה מתרחשת על ידי אנזים דנ"א מתיל‪ -‬טרנפרז שתפקידו להעביר קבוצות מתיל‬
‫לדנ"א‪ .‬את המתיל לוקח ממולוקולת ‪ Adomey‬שהתא מייצר‪( .‬אין השפעה על קשרי המימן‬
‫בין בסיסים)‪.‬‬
‫‪ .3‬המתילציה מוספיה רמת בקרה נוספת מעבר לבקרה של הפרומוטור והאנהנסורים (אזורי‬
‫בקרה לביטוי גנים) ‪ ,‬אזורים שעברו מתילציה יושתקו וגם גן שלכאורה דומיננטי יושתק‪.‬‬
‫הרמת בקרה הנוספת‪ -‬נקראת אפיקגנטיקה‪ -‬גנטיקה מעבר לאינפורמציה ברצף‬
‫הנוקלאוטידים‪ .‬המתילציה מתרחשת גם לאחר הכפלת דנ"א (כלומר לאחר קבלת הגדיל‬
‫החדש לכל גדיל ישן‪ ,‬ולאחר השלמת ההכפלה‪ ,‬המתיל טרנספרזות סורקים דנ"א וברגע‬
‫שבגדיל המקורי היה מתיל‪ ,‬יולבש מתיל על הגדיל החדש ונחזור למצב הראשוני שיש קבוצת‬
‫מתיל על שני הציטוזינים‪ .‬נשמרת הורשה של תבנית המתילציה מדור של תאים לדור הבא‪.‬‬

‫מדוע המתילציה חשובה? כאשר יש איים שעברו מתילציה‪,‬‬

‫המתילציה היא למעשה משתיקה את הדנ"א באותו אזור‪.‬‬
‫אם ניקח גן (לדוגמא הגן להמוגלובין העוברי‪ -‬לעובר‬
‫שנמצא ברחם אימו‪ ,‬יש המוגלובין עוברי‪ ,‬ובלידה הביטוי‬
‫לגן זה מפסיק ומתחיל ביטוי המוגלובין של התינוק)‪ .‬לאחר‬
‫הלידה פקטורי השעתוק באזור הפרומוטור של הגן‬
‫להמוגלובין עוברי יורדים ואזור הפרומוטור עובר מתילציה‪-‬‬
‫שגורמת לקישור של חלבונים נוספים ולמעשה מקבלים‬
‫השתקה מוחלטת של כל אזור הפרומוטור‪ .‬ההשתקה‪ ,‬גם‬
‫אם התא מתחלק‪ ,‬תעבור לדור התאים הבא‪.‬‬

‫דוגמה נוספת‪ -‬הטלמורים הם השעון הביולוגי של התא‬

‫החי (רצפים שחוזרים על עצמם פעמים רבות ובכל חלוקה‬
‫של התא הטלומר מתקצר ובשלב מסוים הוא לא יכול‬
‫להתקצר מבלי לפגוע בגנים חיוניים ואז למעשה התא‬
‫ימות)‪ .‬ישנם תאים בגוך שחייבים להתחלק כל הזמן (דם‬
‫עור מין)‪ -‬כיצד הם מתחדשים כל הזמן אם הטלומר כל‬
‫הזמן מתקצר? יש אנזים בשם טלומראז שלאחר כל חלוקה‬
‫וקיצור הטלומר‪ ,‬הטלומראז מאריך מחדש את הטלומר וכך‬
‫לעולם הוא לא מתקצר עד לפגיעה ומות התא‪ .‬כך גם אצל העובר (אם כל תא היה יכול להתחלק‬
 ‫דרור סולומון‬

‫מספר פעמים ולמות‪ ,‬לא היינו יכולים ליצור עובר בר קיימא)‪ -‬כלומר עם הלידה‪ ,‬כמעט בכל התאים‬
‫הטלומראז מושתק (פעיל בשלב העובר) ומרגע זה ואילך מתחיל שעון ביולוגי תאי‪.‬‬

‫אם הטלומראז מושתק כיצד מתפתח סרטן? בתהליך סרטני חל תהליך של הסרת קבוצות המתיל‬
‫(דה‪-‬מתילציה) ומכך ניתן להבין שהפעלה של הגן לטלומראז על ידי דה‪-‬‬
‫מתילציה של הפרומוטור שלו היא למעשה תנאי הכרחי לתהליך סרטני‬
‫אך לא מספיק (ללא פעילות הטלומראז‪ ,‬התא לא היה יכול להתחלק‬
‫ללא סוף)‪.‬‬

‫כיצד ניתן לדעת שאכן כל מושפע בעקבות מתילציה של פרומוטורים?‬

‫ניתן להשתמש בציטוזין שנקרא ‪ 5-Azacytidine‬שבו בעמדה ‪ 5‬יש‬

‫חנקן (במקום פחמן) שלו יכולת ליצר שלושה קשרים (שכבר קיימים)‬
‫ולכן לא יכול לעבור מתילציה‪ ,‬אך מכל בחינה אחרת מולקולה זו היא כמו‬
‫הציטוזין)‪ .‬במידה וניקח תאים ונגדל אותם בנוכחות מולקולה זו‪ ,‬ולאחר‬
‫דור אחד נקבל דנ"א חדש (הגדילים המשלימים יהיו עם המולקולה‬
‫‪ )5-Azacytidine‬והכפלה נוספת לא תייצר מתילציה ונגיע למצב של‬
‫מולקולת דנ"א דו גדילית ללא קבוצת מתיל‪ .‬הדנ"א עם המתיל‪ -‬לא‬
‫יבטא גנים שהפרומטורים שלהם עברו מתילציה‪ .‬בדנ"א עם ‪ 5-Azacytidine‬נקבל ביטוי גנים ללא‬
‫בעיה‪ .‬כלומר‪ -‬כל הסיבה להשתקת הגנים זה בגלל קישור קבוצות המתיל לפרומוטור ועל ידי כך‬
‫ההוכחה להשפעת המתילציה על השתקת גנים‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫אפיגנטיקה‪ -‬בקרת ביטוי גנים על ידי מתילציה‪( .‬הגן יכול להיות קיים ללא מוטציה‪ ,‬אך לא מתבטא‬
‫בגלל הפרומוטור המושתק על ידי מתילציה)‪.‬‬

‫החתמה‪ -Imprinting -‬ניקח עובר של עכבר שלכרומוזום מהאבא אין מתילציה ולכרומוזום מהאמא יש‬
‫מתילציה (אזור פרומטור בגן שעבר מתילציה)‪ .‬יש הבחנה בין הכרומוזום האבהי לאימהי כי במקרה‬
‫זה‪ ,‬הגן שקיבל מהאמא לא יתבטא והגן שקיבל מאבא שלו כן יתבטא‪ .‬כלומר‪ -‬מה שקובע האם הגן‬
‫יתבטא או לא‪ -‬מאיזה הורה העכבר קיבל את הכרומוזום (ולא דומיננטיות או רצסיביות)‪ .‬אם קיבל‬
‫מהאמא‪ -‬הגן לא יתבטא‪ ,‬אם קיבל מהאבא‪ -‬יתבטא‪ .‬לתופעה הזו שביטוי הגן תלוי במקור של‬
‫הכרומוזום (אבא או אמא) נקראת החתמה (‪.)Imprinting‬‬

‫לאמא‪ -‬רק בביציות‪ ,‬גם הכרומוזום שהיא קיבלה מהאבא שלה יעבור מתילציה (בשאר תאי הגוף הגן‬
‫שקיבלה מאביה לא עובר מתילציה)‪ ,‬ואילו אצל האבא‪ ,‬רק בתאי הזרע יש אנזים דה‪-‬מתילאז שיודע‬
‫להוריד את קבוצת המתיל מהגן שקיבל מאימו‪ ,‬וכך תמיד מה שהגיע מהאמא מושתק ומהאבא לא‬
‫מושתק‪.‬‬

‫ישנן מחלות שנובעות מכך שהתהליך ההחתמה מתבטל ואז מתבטאת כמות גדולה מידי של חלבון‬
‫(המערכות בנויות לקבל ביטוי מאלל אחד) ואם יש תוצר רב מידי וביטוי רב מידי מדובר בבעיה (וגם‬
‫הפוך‪ -‬אם אותו אלל שהיה צריך להתבטא עובר מתילציה‪ ,‬נקבל מצב שאין בכלל את החלבון שכן‬
‫האלל מהורה אחד לא מתבטא גם ככה והאלל שהיה אמור להתבטא לא מתבטא)‪.‬‬

‫החתמה אבהית‪ -‬הגן האבהי מושתק‪.‬‬

‫החתמה אימהית‪ -‬הגן האימהי מושתק‪.‬‬

‫בגנים שעוברים החתמה אין חשיבות לגן רצסיביות או דומיננטיות‪.‬‬

 ‫דרור סולומון‬

‫שכפול דנ"א‪:‬‬

‫כיצד ייתכן שבתא חיידק‬

‫שמכיל ‪3.9X106‬‬
‫נוקלאוטידים יעבור‬
‫הכפלה בקצב של ‪850‬‬
‫נוקלאוטידים בשניה ותא‬
‫אנושי בו כמות‬
‫‪9‬‬
‫הנוקלאוטידים היא ‪10‬‬
‫יעבור הכפלה בקצב של‬
‫‪ 60-90‬נוקלאוטידים‬
‫בשניה (כ‪ 18-‬שבועות)?‬
‫הפתרון הוא שבתא‬
‫אנושי יש מספר רב של‬
‫אזורי ‪ORI-origin of‬‬
‫‪ replication‬מה שמאפשר שכפול מהיר יותר לגנום גדול‪ .‬תהליך ההכפלה מתחיל בו זמנית‪ ,‬נפתח‬
‫מזלג השכפול‪ ,‬והתהליך מתרחש לשני הכיוונים‪.‬‬

‫לקטע הדנ"א שמשוכפל מ‪ ORI-‬אחד קוראים רפליקון‪ .‬כלומר בחיידקים כאשר יש רק ‪ ORI‬אחד‪ ,‬יש‬
‫רפליקון יחיד ואילו בתאים אנימליים יכולים להיות הרבה רפליקונים‪.‬‬

‫כיצד יודעים שהשכפול הוא לשני‬

‫כיווני מזלג השכפול? במידה‬
‫ונשתמש בחומר רדיואקטיבי‬
‫לסימון דנ"א‪ ,‬במידה וההכפלה‬
‫היא לכיוון אחד‪ ,‬כשנבחן את‬
‫הדנ"א נראה את הסימון רק‬
‫בכיוון אחד‪ ,‬ואם ההכפלה היא לשני הכיוונים‪ -‬נראה את הוספת נוקלאוטידים רדיואקטיבים לשני‬
‫הכיוונים‪ .‬כך הוכיחו שההכפלה היא לשני הכיוונים‪.‬‬

‫כיצד יתכן שהזמן שנדרש‬

‫לבצע הכפלה של דנ"א‬
‫בחיידק הוא ‪ 40‬דקות בעוד‬
‫זמן חלוקת תא הוא קצר‬
‫יותר? כשתא חיידק נמצא‬
‫בשלב הלוגריתמי של‬
‫ההכפלה‪ -‬למעשה כשהחיידק‬
‫המתחלק הוא כבר נמצא‬
‫באמצע שלב ההכפלה הבא‬
‫שלו‪ .‬ולכן יכול להיות מצב‬
‫שזמן הכפלת הדנ"א יהיה‬
‫ארוך מהזמן בין חלוקה‬
‫לחלוקה כי כשהוא התחלק האו באמצע ההכפלה הבאה‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫קיימים שלושה סוגי אנזימי דנ"א פולימראז בחיידקים‪:‬‬

‫‪ .1‬דנ"א פולימראז ‪ -1‬הראשון שהתגלה‪.‬‬

‫‪ .2‬דנ"א פולימראז ‪ -2‬פחות מעורב בתהליכי הכפלת הדנ"א‪ ,‬יותר מעורב בתיקון דנ"א‪.‬‬
‫‪ .3‬דנ"א פולימראז ‪ -3‬האנזים שעושה את עיקר העבודה בזמן הכפלת הדנ"א‪.‬‬

‫בהכפלה של דנ"א יש את הגדיל המוביל (‪ )leading strand‬שהוא משוכפל באופן רציף מכיוון ‪ '5‬ל‪'3-‬‬
‫ואת הגדיל המאחר (‪ )lagging strand‬לא ניתן לשכפל באופן רציף שכן השכפול לא יכול להתבצע‬
‫מכיוון ‪ '3‬ל‪ '5-‬ונדרש כל פעם לשכפל מקטע מ‪ '5-‬ל‪ .'3-‬המקטעים נקראים מקטעי אוקאזאקי וככל‬
‫שמזלג השכפול מתקדם וההליקאז פותח קשרים בין שני גדילי הדנ"א יש אפשרות לשכפל מקטע‬
‫אוקאזאקי חדש‪ .‬לכל מקטע אוקאזאקי יש פריימר משלו כי דנ"א פולימראז לא יודע להתחיל את‬
‫תהליך ההתחלה‪ ,‬אלא יודע להאריך מקטע קיים‪ .‬הפריימר הוא פריימר של רנ"א שנוצר על ידי‬
‫האנזים פרימאז‪ .‬הפרימאז וההליקאז נמצאים יחד כקומפלקס‪ -‬כל פעם שההליקאז פותח את‬
‫הגדילים‪ ,‬הפרימאז מייצר פריימר‪ .‬על הגדילים מתחברים ‪ -SSB‬מונעים משני הגדילים להיקשר‬
‫מחדש לאחר פתיחתם על ידי ההליקאז‪ ,‬וגם‬
‫מונעים אם יש רצפים משלימים על אותו הגדיל‬
‫להיקשר ולייצא לולאות‪ .‬טופואיזומראז‪-‬‬
‫משחררים מתח שנמצא על פני הגדילים על ידי‬
‫חיתוכם‪ ,‬שחרור המתח וחיבורם מחדש‪.‬‬
‫בחיידקים‪ -‬הדנ"א פולימראז ‪ 3‬הוא דימר‪ .‬כיצד‬
‫יתכן שכל חלק של הדימר צריך לשכפל לכיוון‬
‫הפוך אך הם מחוברים? בכדי להתגבר על‬
‫המכשול‪ -‬ה‪ lagging strand-‬מתקפל‪ -‬בזכות‬
‫הקיפול יש ליחידה של הדימר אפשרות לשכפל‬
‫לאותו הכיוון‪ .‬כלומר‪ ,‬שני הגדילים משוכפלים‬
‫לכיוונים הפוכים‪ ,‬אך הדימר מתכוון לאותו כיוון‬
‫לאור הכיפוף של הגדיל המאחר‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫דנ"א פולימראז ‪ -3‬קומפלקס שמורכב מכמה שרשראות פוליפפטידיות ולכל הקומפלקס‬ ‫•‬
‫קוראים ה‪ .Holoenzyme-‬הקומפלקס מורכב משתי תתי יחידות אלפא‪ -‬תתי יחידות‬
‫שמבצעות את השכפול עצמו‪ -‬הוספת נוקלאוטיד חדש בקצה ‪ '5‬שלו לשרשרת קיימת בקצה‬
‫‪ '3‬שלה‪ .‬תת יחידה ‪ θ‬ותת יחידה ‪ ε‬שלהם יש פעילות של ‪ '3‬אקסונוקלאז‪ -‬מעכלים‬
‫נוקלאוטידים מהקצה‪ .‬תכונה חשובה‪ -‬שכן במידה ונכנס נוקלאוטיד שגוי‪ ,‬ולאנזים יש מערכת‬
‫‪ -proof reading‬תיקון עצמי להורדת הנוקלאוטיד השגוי שנכנס על ידי אקסונוקלאז בקצה‬
‫‪ .'3‬תת יחידה ‪ – τ‬פוליפפטידים שמקשרים בין היחידה שתשכפל את הגדיל המוביל לבין‬
‫היחידה שתשכפל את הגדיל המאחר‪ .‬תת יחידה ‪ β‬נקראת גם ‪ -Slinding clamp‬טבעת‬
‫ההחלקה‪ -‬הדנ"א פולימראז מלבד להתיישב על הדנ"א צריך לרוץ למרחקים ארוכים ולשכפל‬
‫מרחק רב ובכדי להחזיק את‬
‫האנזים על הדנ"א כדי שלא‬
‫ייפול יש את התת יחידה בטא‬
‫שהיא מעיין טבעת שמקיפה‬
‫את הדנ"א ומעליה קשור‬
‫הדנ"א פולימראז‪ .‬הטבעת רצה‬
‫לאורך הדנ"א וחובקת אותו וכך‬
‫האנזים לא נופל‪ .‬תתי יחידה‬
‫נוספות אחראיות להלביש את‬
‫תת יחידה בטא על הדנ"א‪.‬‬
‫לאנזים השלם יש פרוססביות‬
‫גבוהה‪ -‬לא נופל מהדנ"א ויכול‬
‫לשכפל מרחק רב וזה בזכות‬
‫ה‪ .slinding clamp-‬מה מחזיק את הדנ"א שלא יתחכך ב‪ ?slinding clamp-‬הדנ"א ב‪-‬‬
‫‪ ,PH=7‬ואם גם ה‪ slinding clamp-‬טעון שלילי בצד שפונה לדנ"א‪ ,‬תהיה דחייה ולא יהיה‬
‫חיכוך‪ .‬כיצד מעלים את הדנ"א לתוך הטבעת? תתי היחידות התחתונות באמצעות תהליך‬
‫שדורש אנרגיה‪ ,‬נפתחת הטבעת והלבשת הדנ"א בטבעת‪.‬‬

‫ברגע שהגדילים סונתזו‪ ,‬נוצרו לנו מקטעי דנ"א ורנ"א (בגדיל המוביל פריימר יחיד באזור ‪ ,ORI‬ובגדיל‬
‫המאחר מספר פריימרים)‪ .‬צריך תהליך שיסיר את הפריימרים השונים של הרנ"א מהדנ"א ששוכפל‪.‬‬
‫כמו כן לאחר סילוק הרנ"א‪ ,‬והושלם הקטע בנוקלאוטידים של דנ"א‪ ,‬נדרש לסגור את הרווח שנוצר‪,‬‬
‫מה שמבוצע על ידי דנ"א ליגאז‪ .‬מדוע דנ"א פולימראז ‪ 3‬לא מבצע זאת?‬

‫‪ .1‬סילוק מקטעי הפריימר מתבצע על ידי דנ"א פולימראז ‪ .1‬דנ"א פולימראז ‪ 1‬הוא שרשרת‬
‫פוליפפטידית אחת‪ .‬על השרשרת יש את שני צדדים‪ :‬צד ‪ C‬טרמינלי שנקרא ‪Klenow‬‬
‫‪ fragment‬ולו יש את פעילות הפולימראז‪ -‬צירוף נוקלאוטידים לקצה ‪ '3‬אך גם יש פעילות ‪'3‬‬
‫אקסונוקלאז (לתיקון עצמי‪ .)proof reading -‬לדנ"א פולימראז יש קצה ‪ N‬טרמינלי שלה‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תפקיד של ‪ '5‬אקסונוקלאז‪ -‬עיכול נוקלאוטידים מקצה ‪ -5‬חשוב לתהליך ה‪Nick translation-‬‬

‫ו‪.DNA repair-‬‬
‫‪ .2‬בין מקטע דנ"א שנבנה על פריימר במקטע אוקאזאקי אחד‪ ,‬לבין הפריימר של מקטע‬
‫אוקאזאקי הבא יש רווח‬
‫ששמו ‪ .Nick‬דנ"א‬
‫פולימראז ‪ 1‬בזכות‬
‫פעילות ‪ '5‬אקסונוקלאז‬
‫יכול להוריד את‬
‫הנוקלאוטיד של הפריימר‬
‫שנמצא ליד ה‪- Nick-‬‬
‫נוקלאוטיד ב‪ '5-‬של‬
‫הפריימר (בתמונה‪-‬‬
‫נוקלאוטיד ‪ .)U‬בעזרת‬
‫פעילות הפולימראז שלו‬
‫הוא יוסיף נוקלאוטיד של‬
‫דנ"א (כלומר לפי התמונה‬
‫יוסיף ‪ -)T‬יוסיף נוקלאוטיד‬
‫חדש לקצה ‪ '3‬למקטע‬
‫אוקאזאקי שהיה לפניו‬
‫והאריך את המקטע‬
‫אוקאזאקי בדאוקסי‬
‫נוקלאוטיד‪ ,‬וכך יפעל‬
‫הלאה עד להורדה של כל הפריימר‪ .‬לתהליך של הורדת נוקלאוטיד מקצה ‪ '5‬והוספת‬
‫נוקלאוטיד לקצה ‪ '3‬על ידי דנ"א פולימראז ‪ 1‬קוראים ‪ .Nick translatgion‬בעזרת תהליך זה‬
‫דנ"א פולימראז ‪ 1‬יחסל את פריימר הרנ"א ויאריך את מקטע האוקאזאקי הקודם לו עד שנגיע‬
‫לקטע הדנ"א של המקטע אוקאזאקי ממנו הורדנו את קטע הפריימר‪.‬‬

‫דנ"א פולימראז ‪ -1‬פעילות ‪ '3‬אקסונוקלאז היא חלק ממבנה האנזים עצמו‪ -‬נמצאת בקצה ה‪C-‬‬ ‫•‬
‫טרמינלי ב‪ Klenow fragment-‬ובדנ"א פולירמאז ‪ 3‬הפעילות לא חלק מהאנזים עצמו אבל זה‬
‫חלק מה‪ Holoenzyme-‬בזכות תת היחידה ‪ θ‬שהקנתה ל‪ Holoenzyme-‬את אפשרות‬
‫האקסונוקלאז‪.‬‬
‫כיצד מתבצעת פעילות‬
‫האקסונוקאלז בדנ"א פולימראז ‪?1‬‬
‫באנזים יש מעין כיס קטן‪ ,‬שבמצב‬
‫נורמלי כשאין טעויות הדנ"א‬
‫פולימראז משכפל‪ ,‬אך ברגע‬
‫שנכנס נוקלאוטיד שגוי‪ ,‬הגדיל עם‬
‫הטעות נכנס לכיס שבו יש ‪'3‬‬
‫אקסונוקלאז‪ ,‬הנוקלאוטיד השגוי‬
‫מוסר ולאחר מכן ניתן להשלים עם‬
‫נוקלאוטיד תקין‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫לאחר סילוק פריימר רנ"א נותרנו עם רווח בין שני מקטעי דנ"א שצריך לחבר ביניהם ולייצר קשר‬
‫פוספו‪-‬די‪-‬אסטרי‪ .‬דנ"א פולימראז לא מסוגל לייצר קשר זה‪ .‬בכדי להבין למה הפולימראז לא‬
‫מסוגל לבצע חיבור זה נצטרך קודם להבין כיצד הוא כן מחבר בין נוקלאוטידים‪:‬‬

‫כזכור‪ ,‬על גדיל התבנית יבנה גדיל חדש‪ ,‬כשכל נוקלאוטיד חדש יתחבר ל‪ OH-‬שמחובר לפחמן ‪3‬‬
‫בנוקלאוטיד הקודם שכבר קיים על הגדיל‪ .‬ברגע שנוקלאוטיד החדש מגיע (נוקלאוטיד עם שלושה‬
‫פוספטים)‪ ,‬החמצן ב‪ OH-‬על קצה ‪ ,'3‬תוקף נוקלאופילית את פופסט אלפא ב‪( NTP-‬נוקלאוטיד‬
‫עם שלושה פוספטים) שהגיע‪ .‬לפופסט אלפא אין יכולת לייצר קשרים נוספים שכן חמשת‬
‫האלקטרונים בקליפה החיצונית שלו כבר יצרו‬
‫קשרים‪ ,‬ובכדי שיווצר קשר עם החמצן שתוקף‬
‫אותו נוקלאופילית‪ ,‬הוא מעביר אלקטרון לחמצן‬
‫של פופסט בטא‪ ,‬וברגע שהוא מעביר את‬
‫אלקטרון הקשר לאטום החמצן‪ ,‬ואז הפירופוספט‬
‫משתחררת‪ ,‬ויש כעת אלקטרון םפנוי לביצוע‬
‫קשר עם אטום החמצן בקצה ‪ .'3‬הקשר הפוספו‪-‬‬
‫די‪-‬אסטרי יווצר בין הפוספט לסוכר (כזכור ה‪-‬‬
‫‪ OH‬נמצא על הסוכר‪ -‬דאוקסיריבוז) רק על ידי‬
‫מסירת אלקטרון על ידי פוספט אלפא לחמצן של‬
‫פוספט בטא‪ .‬תהליך העברת האלקטרון הוא‬
‫תהליך חיוני לכדי יצירת הקשר החדש‪.‬‬

‫ליצירה של קשר פוספו‪-‬די‪-‬אסטרי מבלי לצרף‬

‫נוקלאוטיד חדש נשאלת השאלה לאן יעביר‬
‫הפוספט את אלקטרון הקשר? כי במצב שקיים‬
‫דנ"א פולימראז‪ ,‬הפופסט העביר את האלקטרון‬
‫לחמצן שעל הפוספט הבא אחריו‪ ,‬אך כעת אין‬
‫פוספט בטא‪ ,‬ומבלי להעביר אלקטרון‪ ,‬אין‬
‫לפוספט יכולת לייצר קשר פוספו‪-‬די‪-‬אסטרי ולכן‬
‫הדנ"א פולימראז לא יכול לייצר את הקשר‪ ,‬ולכן צריך אנזים חדש שייצר את הקשר‪.‬‬

‫הדנ"א ליגאז הוא למעשה אנזים שקשור אליו אדנין ריבוז עם פוספט באתר הפעיל‪ ,‬וכשדנ"א‬ ‫•‬
‫ליגאז בא לחבר את הקשר‪ ,‬החמצן בא לבצע התקפה נוקלאופילית את הפוספט שהיה קיים‬
‫קודם‪ ,‬ובזכות האנזים הפוספט יכול להעביר את האלקטרון לפוספט שנמצא בתוך הליגאז‪,‬‬
‫ולכן יכול ליצור את הקשר‪ .‬הדנ"א ליגאז מגיע עם פוספט שיוכל לקבל מהפוספט שנמצא על‬
‫השלד אלקטרון ובצורה כזאת לאפשר קשר פוספט‪-‬דיאסטרי בין הנוקלאוטיד ב‪ '3‬בגדיל‬
‫הראשון לבין‬
‫הנוקלאוטיד ב‪'5-‬‬
‫בגדיל לאחריו‪.‬‬
‫‪2‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫האנזים ליגאז בעזרת ליזין שקושר קבוצה האמינית‪,‬‬

‫קושר את הפוספט ממולקולה שנקראת ‪( NAD‬ניקוטין‬
‫אמיד די נוקלאוטיד‪ -‬מולקולה שבנויה משני‬
‫נוקלאוטידים מסוג אדנין וניקוטינאמיד שביניהם‬
‫מחברות שתי קבוצות פופסט וריבוז)‪ .‬ולאחר קישור‬
‫הפוספט לליגאז‪ ,‬יכול האנזים לאפשר את יצירת הקשר‬
‫הפוספו‪-‬די‪-‬אסטרי בין החמצן לפוספט בין שני מקטעים‪.‬‬

‫סיכומון‪:‬‬

‫דנ"א פולימראז ‪ -3‬מאקטב הארכת הגדילים החדשים‬

‫ביוון ‪ '5‬ל‪ .'3-‬ה‪ Leading strand-‬מתארך ברצף אחד‬
‫וה‪ Lagging strand-‬מתארך על ידי יצירת מקטעי‬
‫אוקאזאקי‪.‬‬

‫דנ"א פולימראז ‪ 1‬מאקטב הידרוליזה (פירוק) של‬

‫פריימר רנ"א על ידי פעילות של ‪ '5‬אקסונוקלאז‪,‬‬
‫ומשלים את הרצף בדאוקסי‪-‬נוקלאוטידים (‪ )dNTP‬על‬
‫ידי פעילות הפולימראז שלו‪ ,‬ואם נכנס נוקלאוטיד שגוי‬
‫יכול לתקן על ידי פעילות ‪ Proof-reading‬על ידי ‪'3‬‬
‫אקסונוקלאז וכך ישלים את הקטע בנוקלאוטידים תקינים‪.‬‬

‫דנ"א ליגאז מאקטב יצירת הקשר הפוספט‪-‬די‪-‬אסטרי בין הקצה ההידרוקסילי בקצה ‪ '3‬לבין‬
‫הפוספט בקצה ‪ '5‬ומשלים את פעילותו של דנ"א פולימראז ‪ 1‬שאינו יכול לאקטב את הקשר (שכן‬
‫לפוספט בקצה ‪ '5‬אין איך להעביר אלקטרון‪ ,‬מה שמתאפשר באמצעות הליגאז שמביא עימו‬
‫פופסט שיוכל לקבל את האלקטרון)‪.‬‬

‫הליקאז תפקידו להפריד בין הגדילים של הדנ"א הדו גדילי לכדי יצירת מזלג השכפול‪ .‬מופיע‬ ‫•‬
‫כקומפלקס עם הפרימאז‪ ,‬כך ששניהם יחד רצים על הדנ"א‪ ,‬וברגע שיפתחו הגדילים ייווצר‬
‫פריימר‪ .‬ההליקאז עצמו דורש ‪ ATP‬ומורכב גם הוא משני סוגי חלבונים‪ DnaA -‬שהוא זה‬
‫שנקשר ל‪ ORI-‬ומשם מגייס ‪ DnaB‬שהוא הקסמר (מורכב משישה חלבונים זהים) והוא זה‬
‫שיודע לפתוח את הדנ"א‪ .‬הפרוססיביות של ההליקאז מאוד גבוהה‪ -‬ברגע שהתיישב על‬
‫הדנ"א הוא לא ייפול‪ -‬ירוץ על הדנ"א עד שיגמור את הרפליקון (אם זה דנ"א חיידקי זה יהיה‬
‫כל הדנ"א‪ ,‬ואם דנ"א לינארי זה יהיה עד הרפליקון הבא)‪.‬‬
‫ה‪ – SSB-single strand DNA binding protein-‬תפקידם להיקשר לגדילים הבודדים‬ ‫•‬
‫לאחר הפרדתם על ידי ההליקאז‪ ,‬ולמנוע קישור שני הגדילים חזרה‪ ,‬וגם למנוע יצירה של‬
‫מבנים שניוניים‪ -‬לופים מזיווג בסיסים על אותו גדיל‪ ,‬והשארת הגדילים פנויים לשכפול‪.‬‬
‫הפרימאז‪ -‬תפקידו לייצר פריימר‪ .‬נמצא בקומפלקס עם ההליקאז (שמו של הקומפלקס הוא‬ ‫•‬
‫פרימוזום)‪ .‬המבנה של הפריימר של רנ"א עם המשך גדיל של דנ"א יהיה מבנה של ‪A-DNA‬‬
‫(הטרו דופלקס של שדנ"א‪-‬רנ"א תמיד יהיה במבנה של ‪ .)A-DNA‬ברגע שהפולימראז ‪1‬‬
‫מסלק את הרנ"א נשארים עם דנ"א בתצורת ‪.B-DNA‬‬
‫טופואיזומראז‪ -‬ברגע שיש הפרדה בין הגדילים נוצר מתח (‪ .)Supercoild‬על מנת שלא‬ ‫•‬
‫יקרע הדנ"א‪ ,‬הטופואיזומראז משחרר את המתח שנוצר על ידי חיתוך הסליל הכפול וחיבורו‬
‫מחדש‪.‬‬
‫דנ"א ליגאז יחבר בין שני מקטעי אוקאזאקי‪.‬‬ ‫•‬
 ‫דרור סולומון‬

‫תאים אאוקריוטים‬

‫קיימים מגוון דנ"א פולימראז‪ -‬אלפא‪ ,‬בטא‪ ,‬גמא‪ ,‬דלתא‪ ,‬אפסילון ועוד‪ .‬המקביל לדנ"א פולימראז ‪3‬‬
‫הוא למעשה דנ"א פולימראז דלתא‪ -‬הוא יווצר את הארכת הגדיל‪ ,‬ישכפל את הגדילים‪.‬‬

‫דנ"א פולימראז אלפא‪ -‬אם בחיידקים קיים פריימר שאותו מאריך דנ"א פולימראז ‪ ,3‬אז‬ ‫•‬
‫באאוקריוטים‪ ,‬הפרימאז ייצר פריימר ואז דנ"א פולימראז אלפא שנמצא בקומפלקס אחד עם‬
‫פרימאז‪ ,‬יאריך את הפריימר בעוד ‪ 10-20‬נוקלאוטידים ומקבלים יחידת שמורכבת מפריימר‬
‫רנ"א ומקטע של דנ"א שנוצר על ידי פולימראז אלפא‪ ,‬אך הבעיה היא שלפולימראז אלפא אין‬
‫פעילות של אקסונוקלאז‪ -‬יכול להכניס טעויות‪.‬‬
‫דנ"א פולימראז דלתא‪ -‬יאריך את קטע הדנ"א‪ .‬בעל פעילות אקסונוקלאז של ‪ '3‬ל‪( '5-‬מוריד‬ ‫•‬
‫מקצה ‪ '3‬נוקלאוטיד שגוי)‪.‬‬
‫גם באאוקריוטים יש לנו את מערכת ה‪ – slinding clamp-‬מורכב משלוש תת יחידות (ולא ‪2‬‬ ‫•‬
‫כמו בחיידקים)‪ .‬המבנה הוא די דומה מבחינת רצף חומצות אמינו‪ ,‬אבל מלבד זאת אין דימיון‬
‫אחר‪ .‬העיקרון הוא אותו עיקרון‪ -‬לאפשר פרוססביות גבוהה של הפולימראז המשכפל‪.‬‬
‫למערכת הזו באאוקריוטים קוראים ‪ .PCNA‬מסתבר שאותו חלבון שמשמש כ‪slinding -‬‬
‫‪ clamp‬לדנ"א פולירמאז דלתא יש לו תפקידים גם במחזור התא וחלוקת התא‪ -‬דוגמת‬
‫פקטור שעתוק ‪ P21‬שפועל יחד עם החלבון הנ"ל‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫השוואה של התהליך בין פרוקריוטים לאאוקריוטים‪ :‬בפרוקריוטים הפרימאז מייצר פריימר ולאחר מכן‬
‫פולימראז ‪ 3‬מאריך אותו ומייצר את הגדיל המוביל והמאחר‪ ,‬ובאאוקריוטים הפרימאז ופולימראז‬
‫אלפא הם כקומפלקס שמייצרים פריימר ומיד לאחר מכן פולימראז אלפא מייצר המשך מקטע קצר של‬
‫דנ"א עם אפשרות לטעויות‪ .‬לאחר מכן יגיע פולימראז דלתא עם ה‪ PCNA-‬ויאריך את הגדיל המוביל‬
‫והמאחר עם אפשרות לתיקון‪.‬‬

‫באאוקריוטים נוצרת בעיה‪ -‬מלבד סילוק פריימר הרנ"א‪ ,‬נדרש לסלק גם‬
‫את מקטע הדנ"א שפולימראז אלפא יצר מכיוון שהסיכוי לטעויות בו גבוה‬
‫יותר‪ .‬כיצד סילוק הפריימר מתבצע? באאוקריוטים אין אנזים אחד‬
‫שמבצע את תהליך ה‪ Nick translation-‬כמו בפרוקריוטים על ידי‬
‫פולימראז ‪ ,1‬קיים מנגנון אחר שמאפשר את סילוק הרנ"א‪ .‬באאוקריוטים‬
‫קיים ‪- RNase-H1‬אנזים שמפרק רנ"א‪ .‬אם זה ‪ H1‬משמע הוא יודע רק‬
‫לפרק רנ"א שנמצא כהטרו דופלקס עם דנ"א‪ .‬האנזים יפרק את הרנ"א‬
‫מההטרו‪-‬דופלקס‪ ,‬אבל ישאיר נוקלאוטיד אחד של רנ"א‪ ,‬וכעת נשאר‬
‫לסלק את הנוקלאוטיד רנ"א היחיד שנשאר וגם את מקטע הדנ"א המועד‬
‫לפורענות שנוצר על ידי פולימראז אלפא‪ .‬בשלב השני אנזים נוסף שנקרא‬
‫‪ FEN1‬שהוא נוקלאז שפועל מכיוון ‪ '5‬ל‪ '3-‬והוא יעכל את כלל‬
‫הנוקלאוטידים שצריכים להיות מוסרים‪ .‬לאחר מכן יחזור פולימראז דלתא‬
‫וישלים את שחסר‪ .‬בסוף דנ"א ליגאז פעילותו דומה גם באאוקריוטים‪.‬‬

‫פולימראזות נוספים שמוכרים‪:‬‬

‫‪ .1‬פולימראז אפסילון‪ -‬במידה ולפולימראז דלתא יש מוטציה הוא‬

‫יכול להחליף אותו‪ -‬יכול להאריך את הגדיל‪ ,‬בעל יכולת אקסונוקלאז ‪ '3‬ל‪ '5-‬ובעל‬
‫פרוססיביות גבוהה אפילו ללא ‪.PCNA‬‬
‫‪ .2‬פולימראז גמא‪ -‬פולימראז בדנ"א מיטוכונדריאלי‪.‬‬
‫‪ .3‬פולימראז בטא‪ -‬תהליכי תיקון דנ"א‪.‬‬

‫אחת הבעיות הקשות בשכפול דנ"א לינארי בתאים אאוקריוטים היא מה קורה במקטע אוקאזאקי‬
‫האחרון? כלומר‪ -‬בגדיל המאחר‪ ,‬כל פעם מקטע אוקאזאקי חדש נובע מפריימר חדש שאותו‬
‫‪ RNase-H1‬יסלק וה‪ FEN1-‬יעכל את‬
‫המקטע שפולימראז אלפא סינתז‪,‬‬
‫ופולימראז דלתא ישלים‪ .‬מה קורה‬
‫בקצה הכרומוזום? נוצר מצב שהפריימר‬
‫האחרון סולק על ידי ‪ H1‬אבל אין מקטע‬
‫שממנו פולימראז דלתא יוכל להשלים‬
‫ולהאריך ונוצר ‪ -Gap‬רווח שלא ניתן‬
‫להשלימו וכל פעם שהתא יתחלק הרווח‬
‫יגדל (שכן הפריימר בשכפול הבא יתחיל‬
‫לאחר הרווח)‪ .‬במידה ויש גנים חשובים‬
‫באורים אלה‪ ,‬הם ילכו לאיבוד‪ .‬בדנ"א‬
‫חיידקי הבעיה לא קיימת שכן בדנ"א‬
‫מעגלי אפשר מקצה המעגל לבצע את‬
‫ההשלמה‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫טלומרים‪ -‬באים לפתור את בעיית הקצה‪ .‬מדובר ברצף דנ"א שאינו מקודד לשום גן‪ ,‬שחוזר על עצמו‬
‫בקצה הכרומוזום‪ ,‬ותפקיד הרצפים הוא למעשה הארכת הכרומוזום כך שעם כל חלוקה הכרומוזום‬
‫יתקצר אבל יתקצר ברצף דנ"א שלא חשוב‪ ,‬ותפקידו הוא בעצם להתקצר מבלי שיפגעו גנים‬
‫משמעותיים‪ .‬בכל חלוקה יש איבוד של ‪ 25-200‬נוקלאוטידים‪ ,‬ונניח שיש טלומר שאורכו כ‪1000-‬‬
‫חזרות של שישה נוקלאוטידים‪ ,‬משמע התא יכול להתחלק ‪ 30‬חלוקות‪ ,‬שבכולן הטלומר יתקצר אבל‬
‫לא ייפגעו גנים חיוניים כי יתקצר רצף לא מקודד‪ .‬מה יקרה כשהתא יתחלק ‪ 50‬חלוקות? כלומר‪,‬‬
‫הטלומר נגמר ובחלוקות לאחר מכן יתקצר דנ"א מקודד‪ ,‬במצב זה התא נכנס להזדקנות ומוות‪,‬‬
‫ולמעשה הטלמורים הם השעון הביולוגי‪ .‬אנשים עם טלומרים ארוכים יותר‪ ,‬הם בעלי תאים שיכולים‬
‫לחיות יותר שנים ולבצע יותר חלוקות‪ .‬ברגע שהטלומר מתקצר לגמרי התא ייכנס לתהליך המוות‬
‫ששמו ‪ -senescence‬נגמרו טלומרים והתא סיים את תפקידו‪.‬‬

‫כיצד הגיוני? תאים סרטניים מתחלקים עד אינסוף‪ ,‬תאי דם‪ ,‬תאי עור‪ ,‬תאי מין בזכרים גם כן‬
‫מתחלקים עד אינסוף? יש אנזים ששמו טלומראז‪ -‬תפקידו בתאים מסוימים להאריך את הטלומר עם‬
‫כל התקצרות בכל חלוקה‪ .‬פעילות טלומראז נורמאלית‪:‬‬

‫‪ .1‬התפתחות עוברית שבה תאים מתחלקים והרבה לכדי יצירת עובר ורקמות‪ ,‬ולכן פועל בכל‬
‫התאים‪.‬‬
‫‪ .2‬עם הלידה‪ ,‬בכל התאים כולם הפרומוטור של הטלומראז עובר מתילציה ומושתק לכל החיים‬
‫מלבד‪ ,‬תאי גזע של מערכת הדם‪ ,‬העור והמין בזכרים‪ ,‬שם התאים מתחלקים עוד ועוד‪.‬‬
‫בתאים סרטניים‪ ,‬ההשתקה של הפרומוטור עבדה‪ ,‬והיה תהליך של דה‪-‬מתילציה‪ -‬שחרור‬
‫הפרומוטור מהמתילציה‪ ,‬ולכן הטלומראז התחיל לפעול מחדש ומקנה להם חיי נצח‪ ,‬יכולים‬
‫להתחלק ולהתקצר ולהתארך מחדש‪ .‬הדה‪-‬מתילציה של פרומוטור הטלומראז זהו תנאי‬
‫הכרחי לתהליך סרטני‪ .‬זה לא תנאי מספיק‪ ,‬אך מדובר בתנאי הכרחי‪ -‬צריך שהגנים‬
‫שפוטעלים בתהליך החלוקה יופעלו‪ ,‬אבל מבלי שהטלומראז יופעל‪ ,‬לאחר מספר חלוקות‬
‫התא ימות‪ ,‬לכן זה תנאי הכרחי‪.‬‬

‫כיצד הטלמוראז פועל? חלק מהאנזים מכיל רצף של רנ"א‪ -‬והאנזים משתמש ברצף הזה שנמצא‬
‫כחלק ממנו בתור תבנית בכדי להאריך את הטלומר‪ ,‬כלומר לטלומראז יש פעילות של רברס‪-‬‬
‫טרנסיפנתז‪ -‬משתמש בתבנית של רנ"א לייצר תבנית של דנ"א‪.‬‬

‫מבנה הטלומר אינו רגיל‪ -‬בטלומר נמצא מבנה‬

‫שמורכב מ‪ 4-‬גדילים (‪ -)G-quadruplex‬מבנה‬
‫שנמצא בטלומר‪ ,‬ובנוסף לזה יש חלבונים מיוחדים‪.‬‬
‫מדוע נדרש מבנה מיוחד? אחד מהדברים שהתא‬
‫פוחד ממנו‪ -‬זה שברים דו‪-‬גדיליים בדנ"א ולכן יש‬
‫מנגנונים של תיקון וחיבור הגדילים‪ .‬נניח והכרומוזום‬
‫היה מסתיים כחוטים חתוכים‪ ,‬התא היה חושב‬
‫שמדובר בשבר דו גדילי והיה מתקן‪ -‬והיה מחבר בין‬
‫הכרומוזומים לכדי כרומוזום אחד ולא הייתה אפשרות‬
‫לחלוקה שווה‪ ,‬ולכן בכדי לפתור את הבעיה הזו יש את המבנה המיוחד בקצה הטלומר‪ .‬ליצורים שונים‬
‫רצף טלומרים שונים‪ .‬בבני אדם רצף ‪.TTAGGG‬‬

‫טלומרים יכולים להתקצר לא רק במהלך חלוקה של התא‪ ,‬גם מתח פסיכולוגי יכול לקצר טלומר‬
‫בנפגעי אונס‪ ,‬לחץ נפשי מעומס בעבודה ועוד יכולים לקצר את הטלומרים‪ .‬בנוסף זה יכול לגרום‬
‫להפעלה של טלומראז בנסיבות לא נחוצות‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫נזקים בדנ"א ותיקונם‪:‬‬

‫התא מכיל מנגנוני תיקון למגוון נזקים‪ -‬חד‪-‬גדיליים ודו‪-‬גדיליים אחרת התא ימות‪ .‬אם יש נזק‪ -‬דוגמת‬
‫רצף נוקלאוטידים שגוי במולקולה ‪ RNA‬שנוצרה לא כזה נורא‪ ,‬זמן מחצית חיים של רנ"א הוא קצר‪,‬‬
‫והוא יתפרק ותיווצר מולקולת ‪ RNA‬חדשה תקינה‪ .‬נזק בדנ"א כמו מוטציה או נוקלאוטיד שגוי או קטע‬
‫שחסר או שהתווסף‪ -‬אין אפשרות לפרק את הדנא ולייצר חדש‪ ,‬ולכן הנזק יותר חמור ויכול לעבור‬
‫מדור לדור‪ .‬התפתחו מנגנוני תיקון בכדי לתקן את אותם נזקים‪.‬‬

‫נזקים יכולים להיגרם‪:‬‬

‫טעויות במהלך השכפול‪ -‬הדנ"א פולירמאז הכניס נוקלאוטיד שגוי‪ .‬למרות יכולת ‪-Proof‬‬ ‫‪.1‬‬
‫‪ reading‬וה‪ 3'-‬אקסונוקלאז‪ ,‬עדיין יש סיכוי לטעות ואלו טעויות שיכולות להיות הרות גורל‬
‫לדוגמה במצב שבמקום חומצה אמינית ייווצר קודון עצירה ולא ייווצר חלבון או שהוא יהיה לא‬
‫פעיל‪.‬‬
‫כימיקליים‪/‬קרינה ועוד תנאים סביבתיים‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫קישור קבוצות אלקיליות‪-‬מודיפיקציות‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫נזקים חימצוניים‬ ‫‪.4‬‬
‫נזק דו גדילי‪ -‬הנזק שהכי חמור לתא‪ -‬נזק דו גדילי שלא מתוקן יכול לגרום למוות של התא‬ ‫‪.5‬‬

‫איך הגיוני שהפולימראז יכניס טעויות? בחיידקים הסתבר שללא ה‪ Proof reading-‬היינו מוצאים‬
‫בממוצע כל ‪ 10‬אלף נוקלאוטידים‪ ,‬אחד שגוי‪ ,‬ובפועל מספר הטעויות יותר קטן‪ ,‬טעות אחת על כל‬
‫מיליארד טעויות וזאת לאור ‪ '3‬אקסונוקלאז‪ .‬אבל עדיין יש טעויות שיכולות להיות גורליות‪.‬‬

‫לכל סוג נזק יש מנגנון תיקון‪ -‬לדוגמה על טעויות בהכפלה יש מנגנון ‪ -MMR‬אם יש חוסר התאמה‪ ,‬יש‬
‫מנגנון שיתקן את חוסר ההתאמה‪ .‬כנגד נזקי קרינה (נזק נפוץ לאור השמש שמספקת קרינה ‪-)UV‬‬
‫מנגנון ישיר של אנזים פוטוליאז או מגנון ‪.NER‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫מנגנוני תיקון‪:‬‬

‫‪ -Direct repair‬מנגנונים שעוסקים בתיקון ישיר של הנזק עצמו‪.‬‬ ‫‪.1‬‬

‫‪ -NER-nucleotide excision repair‬הוצאת המקטע והחלפתו‪ -‬מנגנון לנזק חד גדילי‪,‬‬ ‫‪.2‬‬
‫ושימוש בגדיל השני לתיקון‪.‬‬
‫‪ -BER-base excision repair‬נוקלאוטיד שעבר חמצון או שנקשרה אליו קבוצה אלקילית‪,‬‬ ‫‪.3‬‬
‫אין צורך להוציא קטע שלם‪ -‬יש סילוק של הבסיס החנקני הפגוע על ידי פתיחת הקשר‬
‫הגליקוזידי‪.‬‬
‫‪ -Recombination repair‬החלפת מקטע פגום על ידי שחלוף עם מקטע תקין‪.‬‬ ‫‪.4‬‬
‫‪ -MMR-mismatch repair‬תיקון נוקלאוטיד לא משלים‪.‬‬ ‫‪.5‬‬

‫אחד הנזקים הכי נפוצים זה הנזק מקרינת ‪ -UV‬קרינה אולטרה סגולה‪ .‬ספקטרום הקרינה בעולם‪:‬‬

‫גלי רדיו שתדירותם נמוכה‬

‫ואורך הגל שלהם מאוד ארוך‪.‬‬
‫ככל שהתדירות גבוהה והאורך‬
‫גל קצר‪ ,‬הנארגיה של הקרינה‬
‫יותר גבוהה‪ ,‬ולכן גלי רדיו‬
‫בעלי אנרגיה נמוכה‪ .‬ככל‬
‫שמתקדמים בספקטרום מגלי‬
‫הרדיו האנרגיה הולכת ועולה‪.‬‬

‫בהתמקדות בקרינת ‪ UV‬נחלק אותה ל‪ UVA-‬עם אורך גל יותר ארוך (‪315-400‬‬

‫ננו מטר)‪ UVB ,‬עם אורך גל יותר קצר (‪ 280-815‬ננו מטר) ו‪ UVC-‬עם האורך גל‬
‫הכי קצר (‪ 100-280‬ננו מטר)‪ .‬מהקרינה של השמש‪ ,‬כמעט כל קרינת ה‪ UVC-‬עם‬
‫האנרגיה הגבוהה והמסוכנת ביותר נעצרת בשכבת האוזון ולא חודרת‬
‫לאטמוספירה‪ .‬אפשר לייצר קרינה שכזו על ידי מכשירים‪ -‬דוגמת מכוני שיזוף‪.‬‬
‫‪ UVB‬מסוננת ברובה על ידי האוזון אך חלק קטן חודר לאטמוספירה ורוב הקרינה‬
‫שחודרת זה ‪ .UVA‬כמעט כל מקרי סרטן העור‪ ,‬מלנומה ולא מלנומה‪ ,‬נגרמים‬
‫מחשיפה לקרינה של השמש‪.‬‬

‫הנזקים בדנ"א שיכולים להיווצר מקרינת ‪:UV‬‬

‫‪ .1‬יצירה של ‪ -cyclobutan pyrimidine dimer‬ציקלובוטאן בין שני‬

‫בסיסים חנקניים על אותו גדיל‪.‬‬
‫‪-6-4 photoproduct .2‬פחמן ‪ 6‬של בסיס חנקני יוצר קשר קוולנטי עם‬
‫פחמן ‪ 4‬של הבסיס לאחריו‪.‬‬
‫שני הנזקים הם בעייתי‪ -‬כאשר יבואו פולימראזות לשכפול‪/‬שעתוק הוא‬
‫אינו יכול לשכפל‪/‬לשעתק‪ .‬התא חייב לפתור בעיות אלו‪ .‬האנרגיה‬
‫ליצירת נזקים אלו מתקבלת מהקרינה‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫מנגנוני תקון לבעיות אלו‪:‬‬

‫‪ -Direct repair .1‬פתיחת הקשר בין שני הבסיסים‪ .‬בדר"כ קורה אצל יצורים שקופים שכן‬
‫נדרש אור נראה‪ .‬מתבצע על ידי אנזים שמופעל על ידי אור ששמו‪.DNA Photolyase -‬‬
‫האנזים פותח את הקשרים שיצרו את הציקלובוטאן ומקבלים את שני הנוקלאוטידים‬
‫החופשיים ללא הקשר ביניהם‪.‬‬

‫‪ .2‬דוגמה נוספת לתיקון ישיר (‪ -)Direct repair‬בדר"כ גואנין עובר זיווג‬

‫בסיסים עם ציטוזין‪ .‬אם הגואנין עבר אלקילציה דוגמת קישור מתיל‪,‬‬
‫ברגע שהגואנין קושר מתיל בעמדה ‪ ,6‬הגואנין יכול לעבור זיווג לא רק‬
‫מול ‪ C‬אלא יכול לעבור זיווג מול ‪ -T‬שכן נשארו רק שני קשרי מימן‬
‫שנשארו פנויים‪ .‬ולכן בחלוקה יכול להיכנס ‪ T‬במקום ‪ .C‬לאחר הכנסת‬
‫של ‪ T‬יכול בחלוקה הבאה להיכנס ‪ A‬כזיווג תקין ל‪ T-‬השגוי שנכנס‪-‬‬
‫משמע מוטציה נקודתית יכולה לגרום לקודון עצירה או החלפה של‬
‫חומצה אמינית או כל מוטציה אפשרית שתגרום לשיבוש התפקוד‬
‫התקין‪ .‬התיקון הישיר מתבצע על ידי אנזים שמסיר את הקבוצה‬
‫האלקילית מהחמצן בעמדה ‪ .6‬אנזים שכזה במנגנון התיקון‪ ,‬לאחר‬
‫שעבר אלקילציה ו"סיפח" אליו את הקבוצה האלקילית‪ ,‬מסיים את‬
‫תפקידו כאנזים‪ .‬התהליך נפוץ בתאים פרוקריוטים ואאוקריוטים‪.‬‬
‫בחיידקים לפני פירוקו של האנזים‪ ,‬הוא מעורב בבקרת השעתוק של‬
‫האנזים החדש‪.‬‬

‫‪ .3‬מנגנון ‪ -NER‬קומפלקס של שני חלבונים ששמו ‪,UVr-AB‬סורק את‬

‫הדנ"א‪ .‬הקומפלקס מורכב מחלבוני ‪UVr-A and UVr-B‬ששמם נובע‬
‫מגן שמקודד לחלבון שמקנה עמידות כנגד קרינת ‪ .UV‬הסריקה דורשת אנרגיה‪ ,‬וברגע‬
‫שמזוהה הנזק‪ ,‬יש כיפוף של הדנ"א סביב הקומפלקס הזה בתהליך שדורש אנרגיה‪ .‬חלבון‬
‫‪ UVr-A‬עוזב ו‪ UVr-C-‬נקשר‬
‫לקומפלקס‪ .‬התווספות חלבון‬
‫‪ UVr-C‬מקנה פעילות‬
‫נוקלאז‪ ,‬כך שהקומפלקס‬
‫חותך בערך ‪ 4‬נוקלאוטידים‬
‫לכיוון ‪ '3‬של הנזק‪ ,‬ולאחר‬
‫מכן ‪ 7‬נוקלאוטידים לכיוון ‪'5‬‬
‫לנזק‪ .‬מהחיתוך מתקבל גדיל‬
‫אחד חתוך בשני צדדיו‪.‬‬
‫לאחר מכן נקבל פעילות של‬
‫הליקאז ‪ 2‬שיאפשר את‬
‫הרחקת הקטע החתוך‬
‫ובעזרת דנ"א פולימראז‬
‫תתבצע השלמה של הקטע‬
‫החסר‪ ,‬ולאחר מכן דנ"א‬
‫ליגאז יסגור את הרווח‪ .‬על‬
‫ידי מנגנון זה הוסר קטע‬
‫דנ"א שיש בו נזק והוחלף על‬
‫ידי קטע אחר‪.‬‬
 ‫דרור סולומון‬

‫בתאים אאוקריוטים‪ -‬המנגנון דומה אך ברמת מורכבות יותר גבוהה‪ .‬בתאים אאוקריוטים‪,‬‬
‫כמו בני אדם קיימת מחלה בשם ‪ Xeroderma pigmentosum‬שבה אחד אחד ממרכיבי‬
‫מנגנון ה‪ NER-‬הוא מוטנטי‪ -‬חסר או עם בעיה ואז הפרט מתקשה לתקן נזקים בעזרת אותו‬
‫מנגנון‪ .‬אצלנו בבני האדם המנגנון העיקרי להתגברות על נקי ‪ UV‬זה המנגנון הזה‪ ,‬ולכן‬
‫החולים במחלה מאוד חשופים להתפתחות גידולים בגלל שהנזקים לא מתוקנים‪ .‬מרכיבי‬
‫המנגנון באאוקריוטים נקראים על סמך המחלה‪ XP-A/B/C -‬וכן האלה‪.‬‬
‫הפעלת המנגנון באאוקריוטים נחלקת לשתי אפשרויות‪:‬‬
‫‪ .1‬הדנ"א נסרק על ידי קומפלקס ‪ XP-C‬ובעת הגעה לנזק‪ ,‬מגויסים פקטורים נוספים‬
‫והעקרון הוא דומה‪ -‬חיתוך בשני הקצוות‪ ,‬הרחקת הקטע והשלמה על ידי דנא פולימראז‬
‫דלתא או אפסילון‪.‬‬
‫‪ .2‬מנגנון תלוי שעתוק‪ -‬ברגע שרנ"א פולימראז בא לשעתק את הדנ"א ונתקל בנזק‪ ,‬הוא‬
‫מפעיל את מנגנון ה‪.NER-‬‬

‫מנגנון ה‪ BER-base excision repair-‬מטרתו לתקן נוקלאוטיד בודד‬

‫והמנגנון שבו זה קורה דומה בין חיידקים ואאוקריוטים‪ .‬נניח ובדנ"א‬
‫מוצאים בסיס ‪( U‬שאמור להיות ברנ"א)‪ .‬נזק שיכול להיגרם על ידי תהליך‬
‫דה‪ -‬אמינציה של ציטוזין‪ -‬הרחקת הקבוצה האמינית של ציטוזין‪ ,‬נקבל‬
‫בסיס ‪ .U‬ציטוזין עובר זיווג בסיסים עם גואנין‪ ,‬אך אם הציטוזין הפך‬
‫לאורציל (‪ )U‬נקבל שמולו יהיה ‪ ,A‬ונקבל החלפה של זיווג ‪ GC‬ל‪.UA-‬‬
‫התא ישאף לתקן את הנזק‪ ,‬וזאת על ידי אנזים ששמו ‪N-glycosylase‬‬
‫שפותח את הקשר בין הסוכר לבסיס החנקני‪ ,‬ומרחיק את ה‪ .U-‬נקבל‬
‫נוקלאוטיד א‪-‬פוריני (ללא בסיס חנקני)‪ ,‬ורק הקשר הפוספו‪-‬די‪-‬אסטרי‬
‫נשאר‪ ,‬בשלב הבא אנדו נוקלאז של נוקלאוטיד א‪-‬פוריני יפתח את הקשר‬
‫הפוספו‪-‬די‪-‬אסטרי בצד אחד‪ .‬בחיידקים‪ -‬דנ"א פולימראז ‪ 1‬בתהליך‬
‫‪ Nick translation‬יוריד את הנוקלאוטיד השגוי ויוסף נוקלאוטיד תקין וכך‬
‫יסולק הנוקלאוטיד השגוי‪ .‬דנ"א ליגאז יסגור את הרווח ויאפשר קשר‬
‫פוספו‪-‬די‪-‬אסטרי חדש‪.‬‬