Professional Documents
Culture Documents
מספר עותקי הכרומוסום:
•הפלואידי – קופי אחד של כל כרומוסום.
•דיפלואידי – שני עותקים (הומולוגים אך לא בהכרח זהים – הומוזיגוט או הטרוזיגוט) ,של
כל כרומוסום .לדוגמא הפרוקריוטיים וגם שמרים (יוקריוטי).
•פוליפלואידי – מספר הסט של כל כרומוסום גדול מ.2 -
לוקליזציה של הגנום:
העובדה שהגנום ביוקריוטים הוא בגרעין גורמת לכך שכל תהליך שקורה בגרעין צריך לעבור אח"כ
לציטופלסמה לעומת זאת בפרוקריוטים התהליכים מצומדים (תוך כדי שעתוק יש תרגום).
הגנום המינימאלי:
הסט המינימאלי של גנים ממנו אפשר להתקיים – גנים האחראיים על :תרגום ,שעתוק ,רפליקציה של
דנ"א ,תיקון דנ"א ,חלבונים מלווים (יצירה של מבנה שלישוני לחלבון) ,חלבונים האחראיים על
מטבוליזם (יצירת אנרגיה) ,אנזימים ליצירת מבנה התא ,חלבוני ממברנה ועוד 18גנים לא ידועים .סה"כ
256גנים.
נשים לב שגנים האחראיים על ייצור חומצות אמינו ונוקלאוטידים לא ברשימה ,כך שאותם האורגניזם
יוכל לקבל מהסביבה.
איך החליטו על הגנים ברשימה:
•פגעו בגן מסוים ע"י מוטציה ואם החיידק לא יכול להתקיים כתוצאה מכך אז הגן הכרחי.
•נשווה בין כל החיידקים האם גן מסוים נמצא אצל כולם – אם כן אז הכרחי.
תוכן הגנום:
הגנום ישנם חלקים מקודדים ולא מקודדים .האזורים הלא מקודדים הם כל רצפי הבקרה ,הפרומוטור
והאזורים המבניים .אך ישנם גם אזורים לא מקודדים שלא שייכים לבקרה – . junk DNA
דרכים לחיפוש גנים מקודדים (מציאת ORFאזורי קריאה פתוחים) :
ע"י קריאת ה mRNA -וחיפושו בגן או חיפוש החלבון וממנו נמצא את הגן עצמו .שיטות אלו אשר
מחפשות רק ORFמפספסות את כל הגנים אשר מייצרים .) RNA )rRNA , tRNA
:Definitions
גן – כל רצף הדנ"א הנחוץ לסינתזה של חלבון או מולקולת .RNA
בגנום האנושי פחות מאחוז אחד מהגנום הם גנים מקודדים 4% ,הם רצפי הבקרה ,ו 95% -הם junk
.DNA
אין קורלציה לבין גודל הכרומוסום לבין מספר הגנים שבו ,כך שה junk DNA -מפוזר באופן לא אחיד
בגנום.
נשים לב שביוקריוטים יש יותר junk DNAופיזור הגנים המקודדים הוא גדול ,לעומתם בפרוקריוטים
יש פחות junkופיזור הגנים יותר מצומצם.
בגנים יוקריוטים לכל גן אפילו לכאלה אשר קשורים לאותו תהליך יש אזור בקרה משלו וmRNA -
משלו.
– Cistronיחידה אשר מקודדת ל -פוליפפטיד בודד .ולכן האופרון נחשב להיות .polycistron
ביוקריוטים גן אחד – שרשרת פוליפפטידית אחת ולכן הוא נחשב . monocistronic
:Junk DNA
סיבות לקיומו:
•הדנ"א הלא מקודד הוא לא זבל אלא "מסך עשן" כלומר מוטציות מתרחשות כל הזמן ואם
כל האזורים בגנון יהיו חיוניים המוטציות עלולות לגרום נזק ,אם יש הרבה דנ"א לא מקודד
הסיכוי לפגוע באזור מקודד ולגרום נזק יפחת מכיוון שיפגעו גם באזורים לא מקודדים שם
אין נזק.
•הגישה שאומרת שהחלקים הלא מקודדים הם אכן junkואפשר להוציאם החוצה.
•תיאורית הגן האנוכי – ה junk -הוא פרזיט אשר יש לו יכולת לשרוד בכל חלוקה וכל עוד
הוא לא מפריע ליצור הנושא אותו הוא ישרוד.
•ל junk -יש תפקיד המיועד לטובת התא ,תפקיד מבחינת מבנה – נותן נפח לדנ"א כך
שתהליכים של מידור ביוקריוטים יתרחשו.
למשל במיקרואורגניזמים אין הרבה junkהתיאוריה לכך היא שרפליקציה של הדנ"א לוקחת הרבה
אנרגיה כך שהשאיפה ליצורים קטנים מאד היא שיהיה להם כמה שפחות דנ"א והתהליך ייקח פחות
אנרגיה ,לשם כך במהלך האבולוציה התקזז כמות ה junk -של היצורים הקטנים.
חלק גדול מה junk -הם החזרות הארוכות .חזרות אלו יכולות להיות רצפי .ALU, LINE, SINE
רצפי ה LINE1 -מרכיבים כ 25% -מהגנום יש להם רצפי LTRבקצוות והם מזכירים רטרו וירוסים
(וירוסים היוצרים דנ"א מ -רנ"א).
:Lac Operon
חיידק מפרק גלוקוז ויוצר אנרגיה בתהליך גליקוליזה .מולקולת הלקטוז היא דו סוכר (חיבור גלוקוז
וגלקטוז) אשר גם היא משמשת כמקור אנרגיה ,חיידק יעדיף גלוקוז מאשר לקטוז (פירוק הלקטוז לוקח
אנרגיה) אך אם אין גלוקוז כלל אז יפרק את הלקטוז.
והניסוי שנערך :לקחו מושבת חיידקים וגידלו אותם על מצע שמכיל IPTGן ,gal- X -רוצים לראות אם
בחיידקים יש מוטציות אשר ישתיקו את האופרון (המושבות יהיו תמיד לבנות כי אין פירוק של )gal –X
או יגרמו לו תמיד לעבוד (המושבות יהיו תמיד לבנות – הסובסטרט מתפרק).
התוצאות היו שאכן נוצרו מושבות חיידקים אשר היו רק כחולות ,דבר זה יכול לנבוע מהסיבות:
oהרפרסור לא מיוצר.
oהרפרסור מיוצר אך הוא בצורה שלא מסוגל להיקשר לדנ"א.
oהרפרסור בסדר אך משהו בבסיסי הדנ"א השתנה – אתר הקישור ,האופרטור ,השתנה.
בשביל לדעת האם המוטציה היא באופרטור או ברפרסור נעשה ניסוי בו עבדו על דיפלואיד חלקי (רק
האזור הנחקר הוא דיפלואידי וזאת ע"י פלסמיד עם עותק נוסף תקין).התוצאה הייתה 2סוגי מוטציות:
Cis acting mutation - Oco
:Cis actingמשפיעה רק על גנים אשר באותם מולקולה .המוטציה היא ברצף הדנ"א.
:Trans actingמשפיעה על גנים באותה מולקולת דנ"א או במולקולה אחרת .המוטציה היא בחלבון כך
שניתן לתקן בעזרת חלבונים מבחוץ.
בקרה חיובית – :cAMP
נשאלת השאלה כיצד זה כשיש גם לקטוז וגם גלוקוז התא יודע להשתמש בגלוקוז ,וכשריכוז הגלוקוז
יורד התא עובר לפירוק לקטוז .התשובה מולקולת – cAMP
oנמצא בתאים בקורלציה הפוכה לרמת הגלוקוז (כשהגלוקוז גבוה ה cAMP-נמוך).
oיוצר קשר בין רמת הגלוקוז לרמת הביטוי של אופרון הלקטוז.
oמולקולה פשוטה מדי בכדי לעבוד לבד ,היא עובדת יחד עם מולקולת .CAP
עקרונות הבקרה:
oאינטראקציה בין דנ"א לחלבון – פקטורים כמו רפרסור (מונע מ -רנ"א פולימרז מלשעתק
את הגן) או אקטיביטור (מזרז את פעילות רנ"א פולימרז) ,הם אלו אשר נקשרים לדנ"א.
oאינטראקציה בין חלבון לחלבון – הפקטורים (רפרסור או אקטיביטור) מגיבים אחד עם
השני ועם רנ"א פולימרז.
oהסביבה החיצונים גם היא משפיעה.
אנליזה של הפרומוטור:
נרצה לדעת היכן נמצאים אתרי הקישור כמו הפרומוטור ,האופרטור והמקום אליו נקשר ה. cAMP -
אם נסתכל על אתרי קישור בפרומוטורים שונים של אופרונים שונים נראה שיש שימור של רצפים כלומר
יש רצפים חוזרים בין הפרומוטורים של האופרונים השונים (באזורים 35- '10-של הפרומוטור) .מוטציה
ברצפים אלו יכולה לפגוע בשעתוק או תגביר את השעתוק (יחזק את הקשר בין רנ"א פולימרז לדנ"א).
סיום השעתוק (טרמינציה):
מתי נעצר השעתוק? יש איזושהי אינדיקציה בסוף
האופרון שאומרת שהגענו לסוף אלו הם אינם רצפים
חוזרים בין אופרונים כי אלו הם רצפים הקשורים
למבנה לא לקודונים.
רצפים אלו נקראים:
Rho independent termination sites
כלומר מנגנון טרמינציה אשר הסימן לסיום הוא רצף
של דנ"א (בעוד שבסוג dependedהסימן הוא
פקטור חלבוני – אנזים).
רצפים אלו עשירים בחזרות של G-Cובסוף סידרה של .Uמבנה זה יוצר מעין לולאה אשר גורמת
לרנ"א פולימרז לעצור (רצף ה U -גורם לכך שה mRNA -לא יציב ולכן הרנ"א יורד ממנו וכן המבנה
השניוני מערער את קשר ה -רנ"א לדנ"א).
מנגנון האטוניאציה:
הריבוזום מתחיל בשעתוק ,מקטע 1מכיל כמה
חזרות של חומצת האמינו .trpאם יש trpבתא
הריבוזום ימשיך להתקדם אך בכך יש הזדמנות
למקטעים 3,4ליצור מבנה שניוני ובכך נקבל
מבנה טרמינציה והשעתוק יפסק.
אם אין trpבתא הריבוזום מתחיל לתרגם את רצף
1אך נתקע (מחכה ל )trp -כך שיש הזדמנות
למקטעים 2,3ליצור מבנה שניוני – לא נוצר
מבנה טרמינציה האופרון ממשיך להיות מתורגם.
רק השילוב של המקטעים 3,4נותן מבנה שניוני
שבסופו רצפי = Uמבנה טרמינציה.
אם יהיה מוטציה ברצפי ה( Leader -הוספה או
הורדה של בסיסים) נאבד את התזמון – בעיה.
הרצאה – 3ביטוי גנים ביוקריוטים
בעוד שבפרוקריוטים מנגנון הבקרה של הגנים תלוי מאד בסביבה ,ביוקריוטים יש מנגנון בקרה פנימית
וכן – differential gene expressionכלומר איזה גן מתבטא באיזו רקמה.
:Run on analysis
בתחילה רצו לבדוק האם גנים מסוימים בכלל
משעותקים ואם כן באיזה קצב .לשם כך
השתמשו בשיטת ה – run on -לקחו גרעינים
מבודדים ונתנו להם לבטא גנים מחומרים
מסומנים .אח"כ בדקו מהי הכמות של הגן
הספציפי וזאת ע"י בדיקת נוכחות החומר
המסומן.
:RNA Polymerases
– RNA Polymerases 1oשעתוק בתוך הגרעין ,יוצר את .rRNA
– RNA Polymerases 2oמייצר mRNAבתוך הגרעין (מקודד לחלבון).
– RNA Polymerases 3oשעתוק מחוץ לגרעין מייצר סוגים נוספים של rRNA, tRNA
ומולקולות קטנות של .RNAs
:Core Promoter
מקטע הדנ"א המינימאלי אשר חיוני לתחילת
השעתוק ע"י רנ"א פולימרז .רצף מסוים של
בסיסים שבלעדיהם אין תחילת שעתוק כלל (ובכך
אין שעתוק).
מציאת הרצף המינימאלי נעשה ע"י ניסוי בו בדקו
מהם רכיבי הפרומוטור שבלעדיהם אין שעתוק –
נקצץ מקטע דנ"א בכל פעם בגודל קבוע כך שבכל
פעם יהיה לנו מקטע חשוד (המקטע המקוצץ),
נכניס מקטעים אלו לפלסמיד ונבדוק מהו המקטע
המינימאלי שעדיין מאפשר ביטוי או ביטוי חלקי ,מזה אפשר ללמוד האם הפרומוטור מהווה אתר קישור
אחד או שהוא בנוי מכמה כאלו.
:Transcription Factors
חלבונים מסוג ( trans actingבקרה בצורת חלבון השולטת בגן אם הוא על כרומוסום אחד או יותר)
אשר נקשרים לאזורי בקרה מסוג ( cis actingבקרה ברצף הדנ"א השולטת בגן רק אם הוא על אותו
כרומוסום) הם כמו הרפרסור או האקטיבטור בפרוקריוטים.
נקשרים ל proximal promoter elements -או ל.enhancers -
פקטורי השעתוק יכולים להיות אקטיבטורים או רפרסורים.
בכדי לזהותם נערוך ניסוי בו נשים בדפנות של מבחנה רצף דנ"א שלו נרצה למצוא מיהם הפקטורים
שנקשרים אליו ,נעביר חלבונים במבחנה ,החלבון שנקשר זהו הפקטור שעתוק .באותה צורה אפשר
לעשות את ההרצה על ג'ל .או ליצור מוטציות ולראות מה משתנה.
פעולת הסטרואידים:
הם חודרים לתא בקלות לכן הרצפטורים בציטופלסמה או בגרעין ,כשהסטרואיד מגיע הוא נקשר
לרצפטור שעד עכשיו היה קשור אליו חלבון אחר .זאת יוצר שינוי מרחבי ברצפטור כך שהוא יוכל
להיכנס לגרעין ולהיקשר לדנ"א .דרך אחרת היא שהרצפטור מהווה רפרסור וכשהסטרואיד נקשר אליו
הוא הופך לאקטיבטור.
היכן נמצא הגן משפיע את ביטויו – אם בהיסטון אז יש גישה אליו וקל לשעתקו ,אם בהטרו כרומטין אז
אין גישה אליו ואי אפשר לשעתקו.
כרומוסומי המין:
המין ביוקריוטים נקבע ע"י כרומוסומי המין .באדם XXנקבה XY ,גבר כרומוסום ה Y -קובע את המין.
יש מינים שהעדר כרומוסום Xקובע את המין הזכרי (.)X0
כרומוסומי המין X, Yהם עניים בגנים ביחס לכרומוסומים האחרים ,לכרומוסום ה X -אין גן הייחודי
למין (כל גן שעליו יכול להיות בכל מקום בגנום) ,לעומתו ב Y -יש שילוב של 2סוגי גנים חלקם זהים
לגנים ב X -וחלקם גנים שהם sex limitשנוכחותם מכתיבה את קיום המין ,עדיין כרומוסום זה מאד קטן
ביחס ל.X -
:Xist
בהתחלה הגן שמבטא את Xistאקטיבי בשני הכרומוסומים בצורה לא יציבה כך שה mRNA -המיוצר
משני הכרומוסומים לא יציב .אח"כ אחד מהגנים ייסגר וה mRNA -שנוצר מהגן השני יתייצב.
הכרומוסום שבו הגן נסגר הוא האקטיבי ,ואילו הכרומוסום שבו ה Xist -פעיל הוא יושתק (mRNA
מתיישב על הדנ"א וחוסם אותו).
:Tsix
יוצרת גם כן mRNAאשר בתחילה מבוטא בשני הכרומוסומים ואח"כ עובר לביטוי רק באחד מהם.
Tsixנקשר אל Xistכך שהוא לא יהיה פעיל יותר ,בעצם ביטוי האנטי סנס ( )Tsixמסייע בבחירה מי
יהיה הכרומוסום המושתק.
:DNA Methylation
בעזרת המתילציה אנו מעבירים הלאה את המידע איזה מה X -ים הוא המושתק ,הדנ"א המושתק עובר
מתילציה כך שבמהלך הרפליקציה הרי נוצרים 2עותקים מדנ"א זה ,כל עותק יהיה מסומן ע"י מתילציה
רק בצד אחד שלו (רק בסליל דנ"א אחד) – סימן לתא שזהו ה X -המושתק ויש לסמן גם את סליל הדנ"א
השני שלו.
גם בכרומוסום האקטיבי יש מתילציה אך לא באותה רמה כמו האינאקטיבי .המתילציה בכרומוסום
האינאקטיבי תהיה בכל חוץ מאזור ה , Xist -בכרומוסום האקטיבי זה יהיה הפוך.
הבעיה שנוצרה היא – אם נשתיק את אחת מכרומוסומי ה X -של הנקבה אז לגבר יהיה יותר חומר גנטי
כי Yלא מושתק ,יש 3מנגנונים אפשריים לפתרון:
oלהשתיק גנים אלו גם ב.Y -
oלבטא גנים אלו ב X -המושתק.
oלהגביר את ביטוי הגנים ב X -של הנקבה.
המנגנון שנבחר אבולוציונית הוא מספר 2ישנם גנים ב X -המושתק שכן מתבטאים ושמם .escapes
:Gene imprinting
לכל גן יש 2אללים אחד מהאם והשני מהאב Gene imprinting ,גורם לכך שרק אחד מהאללים בא
לידי ביטוי ,והאלל השני מושתק ,השאלה היא מי מהאללים מושתק?
ההחלטה איזה מהאללים עובר השתקה (מקור אבהי או אימהי) היא לא רנדומאלית ,בד"כ הגנים
האחראיים על הגדלת העובר (שלד ,מסת שרירים) הם ממקור אבהי ,והגנים האחראיים על שינויים
במערכת העצבים ממקור אימהי.
למשל הגן ( Ifg2פקטור גדילה) פועל בעותק האבהי ומושתק בעותק האימהי ,ולעומתו הגן Ifg2rשהוא
הרצפטור של הגן הקודם פועל באימהי ומושתק באבהי.
בניסוי שנערך על הגן ifg2יצרו עובר שהוא שילוב של :
oהפריה של 2תאי ביצה – העובר מת כי לא היה עותק אבהי לפקטור .Ifg2
oתא זרע ותא ביצה – עובר נורמאלי.
oתא זרע עם Ifg2פגום ותא ביצה – העובר מת (אין Ifg2תקין מצד האב).
ברגע שאוחדו תאי הזרע והביצית – ההפריה – יש שוב גל של דה מתילציה אך הפעם הגנים שכבר עברו
imprintingלא מושפעים ובכך התא יכול "לזכור" את המוצא ההורי של כל שני גנים זהים .הדה
מתילציה השנייה לאחר ההפריה היא כנראה בשביל לקבוע את תפקיד התא (עצב ,שריר וכן הלאה).
כשעובר מתפתח הוא מייצר 2רקמות שונות – רקמות עובר ורקמות חוץ עובריות .יש הבחנה ביניהם
בכמות המתילציה.
:CAP
אנזים שתפקידו הוא לזהות את מולקולת ה , mRNA -בערך 30בסיסים אחרי תחילת השעתוק,
ולהלביש עליה על קצה '5קבוצה אשר תגונן עליה.
:Transcription termination
ל mRNA -יש זנב poly Aבקצה '3של המולקולה ,למעלה הזרם של זנב זה ישנו גם רצף שמור של
,AAUAAAזנב זה מסמן את סוף השעתוק ,במחקרים נוספים התגלה שבנוסף לזנב זה ישנו עוד סימן
ההכרחי לסיום השעתוק – למטה בזרם (כ 50 -בסיסים) מ poly A -שם יש אזורים העשירים ב.GU -
ישנם 2מודלים המשערים איך סיום השעתוק מתרחש:
oרנ"א פולימרז חש בסיגנל ,poly A -מכך ניתקת היחידה החלבונית מהרנ"א פולימרז
ומפסיק השעתוק.
oנוצרת מולקולת mRNAעם סיגנל של ,poly Aמרגע שסיגנל זה נחשף יש חיתוך של ה-
mRNAמקבלים 2מולקולות האחת מה שצריך – מקצה '5עד החיתוך והשנייה מהחיתוך
עד איפה שרנ"א פולימרז המשיל לשעתק ,מולקולה זו מעוכל מקצה '5שלה (הלא יציב)
והשעתוק מפסיק.
בניית הזנב
:Splicing
הדרך היחידה של התא לדעת שקיים אקסון היא זיהוי האינטרונים ,לרצף של אינטרון יש splice sites
שאותם אפשר לזהות :קצה .........AG '3אזור מועשר בפירימידינים A.......GU.......קצה .'5
Splicingרקורסיבי – לא מחכים עד שהאינטרון כולו משעותק אלא מורידים אותו המקטעים .רצפים
דומים מספיק לקצה '3של האינטרון הם אלו שמאפשרים את הדבר.
ה snRNAs -מזהים רצפי קונסנזוס ב mRNA -ונקשרים אליהם ,זהו תהליך של צימוד בסיסים בין שני
המולקולות .צימוד זה נותן את היכולת לקפל את ה mRNA -ולגזור אותו אח"כ .רצפי הקונסנזוס אלו
נמצאים בתחילת וסוף כל אינטרון ,מוטציה בהם תפגע בתהליך ה.splicing -
:Splicosom
מכיל ,)snRNAs )U1 – U6 6וגם עוד כ 100 -חלבונים קטנים .אחרי יצירת ה Splicosom -יש ארגון
מחדש של הזוגות mRNAו snRNPs -ב ,Splicosom -היחידה הזו היא זו אשר מבצעת את החיתוך
של האינטרון .האקסונים מודבקים יחדיו והאינטרון משוחרר מהקומפלקס ועוברים תהליך מחזור (אלא
אם כן צריך את האינטרון לתפקיד כלשהו בתא).
:Alternative splicing
במקום להוציא רק את האינטרונים מוצאים גם יחידות של אקסונים ,כך שיש כמה קומבינציות למולקולת
ה . mRNA -התהליך יתרחש בשני תנאים:
oאי אפשר לשנות את סדר האקסונים 1-2-3( .אפשרי ,וכן 1-3אפשרי אך 2-1לא אפשרי).
oשני האקסונים החיצוניים המכילים את בקרות ה stop codon , poly A -ואת בקרות
ההתחלה חייבים להישאר .רק אם יש רצפים אחרים של אקסונים המכילים מידע לבקרה
(עצירה או התחלה של שעתוק) ,האקסונים החיצוניים יכולים להיחתך ,אחרת הם חייבים
להישאר.
הAlternative splicing -
חלבונים ע"י מבוקר
הנקשרים לרנ"א (לרצף
מסוים ליד הsplicing -
.)siteישנם חלבונים
המונעים גישה לפקטורי ה-
splicingכך שהרצף לא
יחתך ,וישנם חלבונים אשר
מזרזים את פעילות פקטורי
ה splicing -והחיתוך
יתרחש.
בתהליך זה החלבונים
המזרזים חיתוך גורמים לכך שיהיה התעלמות מאתר '3של האינטרון הראשון ומאתר '5של האינטרון
השני.
רואים ש Alternative splicing -קשור גם לסוג רקמה ,כאשר כל חלבון הנוצר מסוג שונה של ה-
splicingמאפיין רקמה מסוימת.
:RNA Editing
מנגנון בקרה המייצר שונות ביולוגית ברמת החלבון כלומר פה ההחלטה היא לא איזה חלקים יכנסו
לתרגום ,אלא נוצר mRNAרגיל אשר המידע בו לא זהה למידע שבדנ"א .באזורים ספציפיים נוצרת
החלפה של בסיסים – בד"כ ההחלפות הן קבועות:
Coמוחלף ל.U -
Aoמוחלף ל.I -
כך שאחרי שרצף ה mRNA -עבר שינוי ,הרצף לתרגום שונה כך שהחלבון יהיה שונה.
תהליך זה קיים בצורה נפוצה במיטוכונדריה ובפטריות ,הוא הופך מסגרת קריאה לא פתוחה לפתוחה,
כלומר מעבר מגן לא מקודד למקודד.
דוגמא ל editing -היא החלפה של קודון מסוים ל stop codon -כך שה mRNA -הנוצר יהיה קצר יותר
מהמקורי.
הרבה מהרצפים המכוונים את ה( editing -מכוונים את האנזים האחראי על התחלופה של אתר ספציפי),
נמצאים באינטרונים לכן הרבה מהרצפים העוברים editingנמצאים בקצה האקסון (קרובים לאינטרון).
ישנו מנגנון המשמר רצפים אלו בתוך האינטרונים.
המולקולות המכוונים את ה editing -הן מסוג GRNAאשר בנויות משני חלקים – חלק המתאים לאזור
העובר editingוחלק אשר יוצר מבנה שניוני עם רצפים כך שבמבנה זה החלק שאין לו זיווג נביא לו
בסיס.
הרצאה RNA Stability Regulation – 7
לאחר שעתוק וחיתוך עובר ה mRNA -לציטופלסמה ,נראה שיש שונות ביציבות בין mRNAשונים.
כמות ה mRNA -בתא נקבעת ע"י כמה ממנו משועתק וכן ע"י יציבות ה ,mRNA -היציבות או חוסר
יציבות יכולה להשפיע על כמה מהר אפשר להפסיק לייצר חלבון מסוים ( mRNAלא יציב – תוך דקות
נגמר ייצור החלבון).
רוב ה mRNA -של הבקטריות הם לא יציבים ,גורם זה נותן לתא את היכולת להסתגל מהר לשינויים
סביבתיים המצריכים שינוי ברמת החלבונים (למשל הפסקת ייצור החלבון כי קיים בסביבה החיצונית,
לכן ה mRNA -של חלבון זה יהיה לא יציב) .רב ה mRNA -ביצורים רב תאיים הם יציבים לאורך זמן
רב.
נרצה לדעת מה גורם ליציבות או חוסר יציבות ,במולקולות mRNAלא יציבות נמצאו רצפי קונסנזוס
AUUUAבקצה '3של .UTR
מכיוון שרצפים אלו לא נמצאו במולקולות יציבות וכשהוסיפו אותם למולקולה יציבה היא איבדה את
היציבות מבינים כי רצפים אלו הם שאחראיים הם חוסר היציבות של המולקולה.
חלבון נוסף המכיל רצפים של אי יציבות בקצה '5ומבוקר כמו ferritinהוא חלבון Ala synthas
האחראי על יצירת קבוצת ה HEM -בהמוגלובין (קבוצה הקושרת חמצן) .כך שיש הרבה ברזל ,יש
יצירת החלבון ,מעט ברזל אין יצירת החלבון.
תוצאות הניסויים היא שהייצוב והשעתוק יחדיו מעלים את רמת ה mRNA -בחוסר חמצן פי 12בערך
מאשר במצב רגיל .כשהורדנו את רצפי החוסר יציבות מהמולקולה ,גם במצב של חמצן רגיל היתה עלייה
של רמת ה( mRNA -נפטרנו מהחוסר יציבות).
הרצאה :Cellular Sorting – 8
יש חשיבות על מיקום החלבון כי זה משפיע על פונקציה מסוימת ,אם התאים רוצים לייחד פעילוצ לאזור
מסוים בתא אז הם צריכים למדר את החלבון.
יש 2קטגוריות של מיון חלבונים:
oהפרדה לפי זמן -נשלט לפי השעון הביולוגי.
oהפרדה מבחינת מיקום.
אנו נתמקד בהבחנה של המיקום ,הפרדה זו נעשית ע"י ה ,sorting -אשר נעשה ב 2 -דרכים:
oלייצר חלבון במצב לא פעיל ורק כשיגיע למקומו להפעילו ,למשל חלבונים גרעיניים
המיוצרים בציטופלסמה ופעילים בגרעין ע"י פוספורילציה.
oלהעביר mRNAלאזור בו נרצה חלבון פעיל ,ורק שם לתרגמו.
:RNA export
מולקולות רנ"א מתורגמות בגרעין ומובלות החוצה אל הציטופלסמה ,זאת בתהליך אקטיבי הצורך
אנרגיה.
הממברנה של הגרעין צריכה לאפשר העברה דו כיוונית של מולקולות גדולות ,בחלק הפנימי של
הממברנה קיימת הלמינה אשר תפקידה להגן על מולקולות הדנ"א.
mRNAsמובלים מהגרעין החוצה דרך תעלה הנקראת ,pore complexאלו הם מבנים גדולים
המורכבים מחלבונים הנקראים .nucleoporins
בכדי שהחלבונים יכנסו ויצאו בתעלות הממברנה הם צריכים "קוד" כניסה ויציאה ,הסיגנל NESהוא
סיגנל יציאה ,והסיגנל NLSהוא סיגנל כניסה לגרעין (כניסה ומיקום) .להרבה חלבונים יש את שני
הסיגנלים ,חלבונים כאלו הם חלבוני מטען אשר "סוחבים" חלבונים אחרים (לעיתים יש קומפלקס של
חלבונים והסיגנל נחשף רק כאשר החלבונים מסודרים יחדיו – מונע כניסה /יציאה של החלבונים
בנפרד).
חלבוני המטען חוברים עם חלבונים בשם hnRNRויצרים קומפלקס אשר הוא זה שנושא את סיגנלי
היציאה או הכניסה.
מולקולות הרנ"א מתחברות ל hnRNPs -אשר מכילים את הסיגנל NESקומפלקס זה נקרא ,mRNP
מוטציה באזור קישור של הרנ"א לחלבון תשאיר את החלבון הגרעין ,מוטציה בחלבון עצמו תשאיר את
הרנ"א בגרעין.
איך ההעברה מתבצעת:
ישנו חלבון הנקשר לאתר CAPשל ה-
mRNAאשר נקרא ,CAPBPהוא מזהה רק
את ה mRNA -אשר ההגנה שלהם על קצה '5
היא ( CAPהרנ"א אשר הם רנ"א ריבוזומלי
אין להם הגנה על קצה '5ולכן לא יוצאו
מהגרעין) ,קצה ה '5 -של המולקולה יוצא
קודם .ברגע שהקומפלקס יצא מהגרעין ה-
hnRNPsחוזרים בחזרה לגרעין למשלוח
נוסף.
רק מולקולות mRNAאשר סיימו את תהליך
השעתוק והחיתוך יכולות לצאת מהגרעין.
:mRNA localization
מסיעים את ה mRNA -לאתר מסוים ורק שם מתרגמים אותו ,אזורים שקובעים את הלוקליזציה נמצאים
בקצה '3של ה ,mRNA -הרצפים יוצרים מבנים שניוניים אשר מזוהים ע"י חלבונים שתפקידם להעביר
את ה mRNA -לאתר המתאים .מרבית ה mRNA -עוברים עיכוב תרגום במהלך ההסעה ואפילו באתר,
זה כחלק מה( timing -מעכבים תרגום עד שצריך את החלבון).
אם נעשה מוטציה אשר לא תפגע במבנה השניוני של הרצפים בקצה ,'3אז עדיין ה mRNA -ימוקם
לאתר המתאים.
:Localizer elements
האלמנטים אשר אחראיים על הלוקליזציה נמצאים בד"כ בקצה 3של ,UTRמבנם יכול ליצור מבנה
שניוני.
נערך ניסוי בו רצו לראות מיהם רצפי הלוקליזציה ואת השפעתם על הגנים אלפא אקטין הנמצא מסביב
לגרעין ו -בטא אקטין הנמצא בקצוות התא .ניקח את רצפי הלוקליזציה של מולקולות אלו ונצמידם לגן
מדווח נקבל את התוצאות:
oכשהצמדנו את קצה '5לגן מדווח לא היה שום לוקליזציה היה פיזור אחיד של אלפא ובטא
אקטין בכל התא.
oכשהצמדנו את קצה '3לגן מדווח נראה צביעה באתרים ספציפיים בתא – אלפא מסביב
לגרעין ובטא בקצוות התא ,אכן הייתה לוקליזציה.
:Positional Information
היכולת של התא לדעת את המיקום שלו ולרכוש לעצמו זהות בהתאם.
כשעובר נמצא בשלבים הראשונים (כמה תאים) ,אם ניקח תאים ממקום שאמור להיות רקמת ראש
ונעבירם למקום המייצג רקמת גפיים התא אכן יחליף את תפקידו .אך אם נעשה זאת בשלבים מאוחרים
יותר התא לא יחליף תפקידים ובאזור הרגלים יצמח ראש .מכך אנו מסיקים שלמיקום התא יש השפעה על
תפקיד התא.
למעשה בשלבים מוקדמים בהתפתחות עוברית מה שקובע את תפקיד התא זהו מיקומו בקומפלקס.
החומרים האחראיים על העברת המידע המיקומי הם מורפוגנים – פקטורי שעתוק שהתגובה אליהם היא
תלוית ריכוז כלומר הגן יופעל או לא לפי ריכוז המורפוגן .לכן לשם יצירת הבדל במידע בין התאים
השונים ניצור הבדל בריכוז המורפוגנים בתאים השונים.
נשאלת השאלה איך יוצרים ריכוזים שונים של המורפוגן בתוך תא אחד? מי שאחראי על האי סימטריה
בריכוזים הם קבוצה של mRNAבשם maternal mRNAאשר מושתלים בביצית עוד לפני ההפריה,
הם מושתלים במקומות ספציפיים בתא העוברי ,ותפקידם הוא לקודד למורפוגנים כך שהעובר יתפתח לא
יהיה כמות זהה של מורפוגנים בכל התאים.
ביצית בעצם מורכבת מ 16 -תאים שאחד מהם הוא הביצית ו 15 -מהם הם תאים תומכים – אשר תפקידם
הוא לשתול את ה mRNA -המטרנלי במקומות מתאימים בציטופלסמה של הביצית בצורה לא סימטרית.
Hunchbackגם הוא מורפוגן ולעיתים פועל יחד עם bicoidוגורם להתבטאות גנים שונים במקומות
שונים בעובר .למשל kruppelמופעל מריכוזים שונים של ,hunchbackהוא מופעל גם מעל ריכוז
מסוים של hunchbackאך גם מתחת לריכוז מסוים שלו ,כלומר בין ערכים מסוימים של ריכוז.