‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬
‫חלק מהאנזימים אינם זקוקים לשום תוספת כימית לצורך פעולתם‪ .‬חלק מן‬
‫האנזימים זקוקים לקופקטורים – שהם יונים אנאורגניים‪ ,‬או לקואנזימים –‬
‫שהם קבוצות אורגניות או מולקולות מתכות אורגניות‪ .‬כאשר הקואנזים‬
‫מחובר ממש או קשור אפילו באופן קוולנטי אל החלבון האנזימתי הוא‬
‫מוגדר ‪ .prostgetic group‬אנזים שלם יחד עם כל מרכיביו הקואנזימים‬
‫הדרושים לפעולתו נקרא ‪ ,holoenzyme‬והחלק החלבוני במכלול זה נקרא‬
‫‪ .apoenzyme‬קואנזימים מתפקדים בדרך כלל כנשאים זמניים של קבוצות‬
‫פונקציונליות החשובות לפעילות האנזים‪ ,‬ובדרך כלל מקורם בויטמינים או‬
‫רכיבים אורגניים אחרים הנמצאים בכמות קטנה במזון‪.‬‬
‫סווג אנזימים‬
‫האנזימים בדרך מסווגים על פי הריאקציה שאותה הם מזרזים‪ ,‬כאשר לרוב‬
‫נוספת הסיומת “‪ ”ase-‬לסובסטרט שעליו הם פועלים או לביטוי המתאר את‬
‫פעילותם‪ .‬עם זאת‪ ,‬חלק מן האנזימים קבלו שמות מיוחדים שאינם מצייתים‬
‫לכלל הנ"ל )פפסין‪ ,‬טריפסין(‪ ,‬ולכן הוחלט על מערכת שמות קבועה ובין‬
‫לאומית‪ .‬לשם כך חולקו האנזימים כולם לשש משפחות על‪ ,‬כאשר בכל‬
‫אחת ישנן תתי משפחות; כל אנזים קיבל מספר בן ארבע ספרות )שלכל‬
‫אחת משמעות‪ ,‬וחשוב רק שהראשונה מסמלת את משפחת העל של‬
‫האנזים( ושם סיסטמתי שמתאר את הריאקציה אותה הוא מזרז‪.‬‬
‫קבוצה מאוד קטנה של מולקולות ‪ ,(RNA‬וחוקר בשם הלדן הציע שקשרים‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫‪.2‬‬
‫מה אנזימים עושים?‬ ‫‪.2‬‬
‫האנזימים יוצרים סביבה כימית שבה‬
‫הריאקציה הרבה יותר מועדפת‬
‫© נדב וילנר‬
‫בס"ד‬
‫אנזימים א'‬
‫מבוא‬ ‫‪.1‬‬
‫ישנם שני תנאים בסיסיים לחיים‪ :‬היכולת להתרבות והיכולת להאיץ‬
‫תהליכים כימיים באופן יעיל וסלקטיבי‪ .‬חשיבות הדבר נובעת מהעובדה‬
‫הפשוטה שבלא היכולת להאיץ את התהליכים הכימיים‪ ,‬הם היו לוקחים‬
‫הרבה יותר מדי זמן מכדי שהאורגניזם יוכל לנצל אותם לצרכיו‪ .‬כך‪ ,‬למשל‪,‬‬
‫הפיכת סוכר לפחמן דו"ח או מים היא תהליך מועדף אנרגטית באופן טבעי‪,‬‬
‫אבל הוא ייקח שנים ללא קטליזטורים!‬
‫בפרק זה נתמקד באנזימים שהם חלבונים מיוחדים שמשמשים‬
‫כקטליזטורים; יש להם ספציפיות גבוהה לסובסטרט‪ ,‬הם מאיצים את‬
‫התהליך הכימי באופן משמעותי והם מתפקדים בתמיסות ובתנאי חומציות‬
‫מאוד מגוונים‪ .‬רק מעטים מבין הקטליזטורים האנ‪-‬אורגניים מסוגלים‬
‫לעשות זאת‪.‬‬
‫מחלות רבות קשורות בהעדרו של אנזים מסויים או בהמצאות עודף ממנו‬
‫בגוף‪ .‬כמו כן‪ ,‬לאנזימים חשיבות רבה בעיבוד מזון ובחקלאות‪ .‬המחקר על‬
‫האנזימים התחיל כבר בסוף ‪ 1700‬והלך והתפתח עד המאה האחרונה‪ .‬רק‬
‫ב‪ 1930 -‬אושרה ההנחה של סומר שכל האנזימים הם חלבונים )למעט‬
‫כימיים חלשים בין האנזים והסובסטרט שלו גורמים לשינוי או עוות‬
‫בסובסטרט ובכך מאיצים את הריאקציה הכימית‪ .‬הנחה זו עומדת בבסיס‬
‫הדיון על אנזימים עד ימינו אנו‪.‬‬
‫האנזימים והרכיבים השותפים בפעילותם‬
‫רובם המוחלט של האניזימים הם חלבונים‪ ,‬והפעילות הקטליטית שלהם‬
‫תלויה במכלול התכונות המאפיינות את המצב הנטיבי שלהם‪ .‬המבנה‬
‫הראשוני עד הרביעוני של האנזים הכרחי לפעילותו; אם האנזים עובר‬
‫דנטורציה הוא בדרך כלל לא יוכל למלא את תפקידו‪ ,‬ואם הוא מפורק‬
‫לחומצות האמינו המרכיבות אותו הוא למעשה מושמד‪ .‬המשקל המולקולרי‬
‫של אנזימים נע בין ‪ 12,000‬למיליון‪.‬‬
‫‪1‬‬
 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫חשוב גם להדגיש שמחסום אנרגיית האקטיבציה הינו הכרחי כדי לשמור‬ ‫מבחינה אנרגטית‪ ,‬ולכן תתרחש הרבה יותר מהר‪ .‬האיזור המיוחד על גבי‬
‫חומרים מסויימים בגוף במצב מורכב‪ ,‬ולמנוע התפרקות ספונטנית של‬ ‫החלבון האנזימתי שמגדיר את פעילותו נקרא האתר הפעיל‪ ,‬והמולקולה‬
‫חומרים או יצירת אנרגיה‪ .‬תפקידם של האנזימים הוא‪ ,‬אם כן‪ ,‬להאיץ‬ ‫הנקשרת לאתר הפעיל היא הסובסטרט‪.‬‬
‫באופן סלקטיבי ריאקציות הדרושות להשרדות תקינה של התא‪ ,‬ולנצל‬ ‫הדבר החשוב ביותר להבין על פעילותם של אנזימים היא שאנזימים מעלים‬
‫באופן יעיל אנרגיה משתחררת‪.‬‬ ‫)‪K‬‬ ‫את קצב הריאקציה‪ ,‬אך לא משפיעים או משנים את שווי המשקל‬
‫נשאר קבוע(!‬
‫קבוע הריאקציה וקבוע מהירות הריאקציה )חזרה קצרה על יסודות‬
‫הגרף מציע את שיעור האנרגיה החופשית ‪ G‬של המערכת כתלות בזמן‬
‫קינטיקה(‬
‫לאורך התקדמות הריאקציה‪ .‬השינוי ממצב ‪ S‬כלומר סובסטרט‪ ,‬למצב ‪P‬‬
‫קבוע הריאקציה הוא הקבוע המתאר‬ ‫כלומר תוצר נקרא ∆‪ – G‬השינוי באנרגיה החופשית של המערכת‪ .‬עבור כל‬
‫את היחס בין ריכוז תוצרים לריכוז‬ ‫ריאקציה קיים שיעור ∆‪ – G0‬כלומר‪ ,‬שינוי סטנדרטי באנרגיה חופשית‪,‬‬
‫מגיבים במערכת‪ .‬הקשר בין קבוע‬ ‫כאשר במונחים ביוכימיים הוא מוגדר עבור ‪ 1‬מולר ב ‪ ,Ph = 7‬משום שזה ה‬
‫זה לבין האנרגייה החופשית נתון‬ ‫‪ Ph‬הסטנדרטי במערכות ביולוגיות‪ .‬כאשר האנרגיה החופשית במצב‬
‫במשוואה הבאה‪:‬‬ ‫הבסיסי של התוצרים נמוכה מזו של המגיבים‪ ,‬שווי המשקל הטבעי יהיה‬
‫∆‪(G`0 = - RT ln (K`eq‬‬ ‫לכוון התוצרים‪ ,‬ולהפך‪.‬‬
‫כאשר ‪ R‬הוא קבוע הגזים ו‪T-‬‬ ‫עוד ניתן ללמוד מן הגרף שכדי שהריאקציה הכימית תתרחש צריך להביא‬
‫הטמפ' בקלווין‪ .‬ניתן לראות מן המשוואה שאנרגיה חופשית סטנדרטית‬ ‫את המערכת למצב המעבר שבו מתאפשרת הריאקציה מבחינה אנרגטית‪.‬‬
‫האנרגיה שיש להשקיע כדי להביא את המערכת ממצב הבסיס של‬
‫התוצרים ועד למצב המעבר נקראת אנרגיית אקטיבציה‪ .‬מהירות הריאקציה‬
‫תרד ככל שאנרגיית האקטיבציה גבוהה יותר‪ ,‬משום שצריך להשקיע יותר‬
‫שלילית מאוד‪ ,‬משקפת ריאקציה מועדפת מבחינה אנרגטית‪ ,‬ולכן קבוע‬ ‫אנרגיה כדי להגיע למצב המעבר‪ .‬אנזימים מעלים את קצב הריאקציה ע"י‬
‫הריאקציה יהיה גדול‪ .‬לדבר זה אין השלכה על קצב הראקציה‪ .‬קצב‬ ‫הורדת אנרגיית האקטיבציה‪ .‬מכאן נובע שהאנזים לא משפיע על שווי‬
‫הריאקציה שמשמעו ריכוז התוצרים שנוצר בכל שניה )כלומר‪ :‬ריכוז ‪ /‬זמן(‬ ‫המשקל של הריאקציה‪ ,‬משום שהוא מאיץ את הריאקציה בכוון קדימה‬
‫תלוי בסוג הריאקציה ובקבוע מהירות הריאקציה )‪ k‬קטן(‪ ,‬כאשר נתמקד‬ ‫בדיוק באותו שיעור שהוא מאיץ אותו בכוון אחורה‪.‬‬
‫בשתי אפשרויות מרכזיות‪:‬‬ ‫כאשר ריאקציה כימית מבוססת על כמה שלבים‪ ,‬אנו מתייחסים לתוצרי‬
‫‪ o‬ריאקציה מסדר ראשון – בריאקציות מסדר זה המהירות תלויה‬ ‫ביניים‪ ,‬שמהווים למעשה את המגיבים לשלב הבא‪ ,‬וכן הלאה‪ .‬במצב כזה‪,‬‬
‫בריכוז המגיבים בלבד‪ ,‬יחידות קבוע המהירות ‪ k‬הן ‪ ,s/1‬והנוסחה היא‪:‬‬ ‫הקצב הכולל של הריאקציה יוגדר ע"י השלב שלו אנרגיית האקטיבציה‬
‫‪[V = k[s‬‬ ‫הגבוהה ביותר‪ ,‬והוא ייחשב לשלב מגביל הקצב‪ .‬בריאקציות בהן לכמה‬
‫שלבים אותה אנרגיית אקטיבציה‪ ,‬כל השלבים הללו ייחשבו שלבים מגבילי‬
‫‪ o‬ריאקציה מסדר שני – בריאקציות מסדר זה המהירות תלויה בריכוז‬
‫קצב‪.‬‬
‫שני מגיבים במערכת‪ ,‬יחידות קבוע המהירות ‪ k‬הן ‪ ,m*s/1‬והנוסחה‬
‫היא‪[V = k[s1][s2 :‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪2‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫משום‬ ‫תועלת‪,‬‬ ‫הקשר בין אנרגיית אקטיבציה וקבוע מהירות הריאקציה נתון במשוואה‬
‫שאף על פי שהוא‬ ‫הבאה‪:‬‬
‫מוריד את אנרגיית‬ ‫מן המשוואה ניתן לראות‪ ,‬כפי שהזכרנו קודם‪ ,‬שישנו יחס הפוך בין אנרגיית‬
‫האקטיבציה בסופו‬ ‫האקטיבציה ובין קבוע המהירות; ככל שאנרגיית האקטיבציה גבוהה יותר –‬
‫של דבר תצטרך‬ ‫מהירות הראיקציה קטנה‪.‬‬
‫הריאקציה‬
‫"לעבור" דרך מצב‬ ‫איך אנזימים עובדים?‬ ‫‪.3‬‬
‫המעבר )יוצא שסך‬
‫אנזימים יכולים להאיץ מהירות של ריאקציה במכפלות של ‪ 10‬בחזקת ‪5‬‬
‫האנרגיה שתדרש אפילו גדול יותר‪ ,‬ואנזים כזה יכול לעכב(‪.‬‬
‫עד ‪ .17‬הם עובדים באופן ספציפי ומדוייק לריאקציות מסויימות‪ .‬כיצד הם‬
‫על פי התיאוריה השניה‪ ,‬בתחילה נוצרים מספר קשרים חלשים בין האנזים‬ ‫עובדים?‬
‫והסובסטרט‪ ,‬ואז הסובסטרט מתחיל "לטפס" לכוון מצב המעבר )באופן‬
‫ישנן שתי דרכים בהן האנזימים מורידים את אנרגיית האקטיבציה‪:‬‬
‫אקראי וכמו בכל מערכת גם בלי קטליזטור‪ ,‬חלק מן המולקולות מגיעות‬
‫למצב המעבר(‪ .‬בכל "טיפוס" כזה למצב המעבר נוצרים עוד קשרים‬ ‫יצירת מסלול חלופי לריאקציה – ע"י קשירת הסובסטרט‬ ‫‪.1‬‬
‫חלשים באיזורים שונים על גבי האנזים בינו ובין הסובסטרט‪ ,‬ומשתחררת‬ ‫לאתר הפעיל של האנזים או ע"י העברה זמנית של קבוצות מן‬
‫יותר ויותר אנרגיה מהקשרים הללו‪ ,‬ולכן סך האנרגיה שצריך הסובסטרט‬ ‫הסובסטרט אל האנזים נוצר בעצם נתיב חלופי שונה לאותה‬
‫"לצבור" בסופו של דבר קטנה יותר‪ .‬במילים אחרות‪ ,‬מצב המעבר עכשיו‬ ‫ריאקציה‪ ,‬נתיב שבו אנרגיית אקטיבציה נמוכה יותר‪.‬‬
‫"נמוך" יותר אנרגטית‪ ,‬כלומר – הורדנו את אנרגיית האקטיבציה )הגרף‬ ‫הוספת אנרגיה חופשית למערכת – תוך שימוש בקשרים‬ ‫‪.2‬‬
‫התחתון(‪.‬‬ ‫החלשים שדנו בהם בעבר‪ ,‬מעביר הקומפלקס אנזים‪-‬סובסטרט‬
‫תיאוריה זו מסבירה מדוע אנזימים הם בדרך כלל מולקולות גדולות כל כך;‬ ‫אנרגייה חופשית רבה למערכת‪ ,‬ובכך מייצב את המערכת וכן מוריד‬
‫הם צריכים לספק אתרי קשירה רבים שמתבססים על קשרי מימן‪ ,‬קשרים‬ ‫את אנרגיית האקטיבציה‪ .‬האנרגיה הנוצרת מן האינטרקציה אנזים‪-‬‬
‫יוניים וקשרים הידרופוביים‪ ,‬ובו בזמן לעשות זאת כך שהקשרים יווצרו‬ ‫סובסטרט )‪ (ES‬נקראת אנרגיית הקשירה‪.GB∆ ,‬‬
‫דוקא במצב המעבר של הסובסטרט‪.‬‬ ‫כיצד משתמשים האנזימים באנרגיה המשתחררת מן הקשרים החלשים?‬
‫על פי תיאוריה אחת האנרגיה המשתחררת מן הקשרים הללו פשוט עוברת‬
‫קינטיקה של אנזימים‬ ‫‪.4‬‬ ‫למערכת ובכך מאיצה אותה; הספציפיות נובעת מכך שהאנזים נקשר‬
‫קינטיקה של אנזימים עוסקת במחקר של השפעת האנזים על קצב‬ ‫לסובסטרט מסויים‪ ,‬ואליו עוברת האנרגיה‪ .‬התיאוריה השניה גורסת כי‬
‫הריאקציה‪ ,‬וכיצד שינויים בפרמטרים שונים משפיעים על האנזים ופעילותו‪.‬‬ ‫הקשרים החלשים אינם נוצרים עם הסובסטרט באופן כללי‪ ,‬אלא הם‬
‫אופטימליים דוקא במצב המעבר הספציפי של הסובסטרט‪.‬‬
‫ריכוז הסובסטרט‬ ‫בתיאוריה השניה נרחיב‪ ,‬משום שאי אפשר להסתפק בהנחה שהיתה‬
‫גורם מפתח בקביעת קצב הריאקציה הוא ריכוז‬ ‫מקובלת זמן רב שהאנזים והסובסטרט הם פשוט מנעול ומפתח המחוברים‬
‫הסובסטרט‪ .[S] ,‬הבעיה במדידת גורם זה היא‬ ‫זה לזה‪ .‬הסיבה שתיאוריה זו אינה הגיונית מודגמת בגרפים המראים כי אם‬
‫שהוא משתנה במהלך הריאקציה‪ ,‬כאשר ריכוז‬ ‫האנזים לא משפיע על המצב האנרגטי דוקא במצב המעבר – הוא חסר‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪3‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫הרכיבים החשובים במשוואה הם ]‪ S], V0‬ו ‪ Vmax. Km‬הוא קבוע מיכאליס‪-‬‬ ‫הסובסטרט יורד וריכוז התוצרים עולה‪ .‬לשם כך אנו מודדים את הקצב‬
‫מנטן שעליו נרחיב מייד‪ .‬כדי לפתח את המשוואה יש להניח את ההנחות‬ ‫הראשוני )או המהירות הראשונית(‪ ,‬המוגדר ‪ ,V0‬והוא נמדד כאשר ריכוז‬
‫הבאות‪:‬‬ ‫הסובסטרט גדול הרבה יותר מריכוז האנזים ]‪ .[E‬אנו מניחים כי מכאן ואילך‬
‫‪ o‬הקצב ‪ V0‬נקבע ע"י שלב ההיפרדות של הקומפלקס אנזים‪-‬‬ ‫שינויים ב ]‪ [S‬זניחים‪ ,‬ומתייחסים אליו כקבוע‪.‬‬
‫סובסטרט‪ ,‬שהוא האיטי יותר‪ ,‬או במילים אחרות‪[V0 = k2[ES :‬‬ ‫הקשר בין ‪ V0‬ובין ]‪ [S‬מוצג בגרף שלפנינו‪ .‬ניתן לראות שככל שעולה ריכוז‬
‫‪ o‬אנו מתעלמים מן הריאקציה ההפוכה שבה התוצרים חוזרים‬ ‫המגיבים‪ ,‬עולה המהירות הראשונית של הריאקציה‪ ,‬אך שיעור העליה הולך‬
‫לקומפלקס או אפילו למגיבים‬ ‫ופוחת‪ .‬הגרף שואף לקראת מהירות סופית שבה הגדלת הריכוז לא תעלה‬
‫את המהירות ההתחלית‪ ,‬ומהירות מקסימלית זו מוגדרת ‪.Vmax‬‬
‫‪ o‬אנו מגדירים רכיב נוסף‪ [Et] :‬שמשמעו הריכוז הטוטלי של האנזים‬
‫במערכת‪ ,‬במצב חופשי או קשור‪ .‬על פי זה יוצא שהביטוי ]‪[ES] - [Et‬‬ ‫ההסבר להתנהגות הקינטית הזו של האנזימים ניתנת בתיאוריה של‬
‫מייצג ריכוז האנזימים החופשיים במערכת )משום שהוא שווה לריכוז‬ ‫מיכאליס‪-‬מנטן‪ .‬הם טוענים שבהתחלה נוצר הקומפלקס אנזים‪-‬סובסטרט‪,‬‬
‫ושלב זה הוא שלב מהיר‪ .‬לאחר מכן נשבר הקומפלקס ונוצרים אנזים‬
‫ותוצר )‪ ,(EP‬וזהו השלב האיטי יותר‪ ,‬ולכן גם השלב שקובע את קצב‬
‫הריאקציה‪ .‬מכאן יוצא שקצב הריאקציה חייב להיות פרופורציונלי לריכוז‬
‫הקומפלקס אנזים‪-‬סובסטרט )‪.(ES‬‬
‫הטוטלי פחות ריכוז האנזימים הקשורים בקומפלקס(‬ ‫המשוואות המתארות את שני השלבים‪:‬‬
‫‪ o‬היות וריכוז הסובסטרט גדול הרבה יותר ביחס ל ]‪ ,[E‬אנו מניחים ש‬
‫]‪ [S‬הראשוני נשאר קבוע לאורך התהליך‪ ,‬ומתעלמים מהפיכתו‬ ‫כיצד זה עובד ואיך זה מסביר את הגרף? בשלב הראשון‪ ,‬שבו האנזים‬
‫לקומפלקס‬ ‫מתאחד עם הסובסטרט‪ ,‬המהירות פרופורציונית לריכוז הסובסטרט; ככל ש‬
‫על בסיס ההנחות הללו‪ ,‬אפשר לפתח את המשוואה‪ .‬נתחיל במשוואות‬ ‫]‪ [S‬יותר גדול‪ ,‬הריאקציה מתקדמת מהר יותר לכוון ]‪ .[ES‬לאחר זמן לא‬
‫הכלליות‪:‬‬ ‫רב‪ ,‬ריכוז האנזים עצמו ]‪ [E‬כבר כמעט לא קיים‪ .‬כאשר ]‪ [S‬ההתחלתי גדול‬
‫או בעברית‪:‬‬ ‫כל כך‪ ,‬מהר מאוד כל האנזימים כבר "רוויים" ומחוברים לסובסטרט‬
‫קצב יצירת ‪) ES = k1‬קבוע המהירות עבור ריאקציית היצירה של הקומפלקס( כפול‬ ‫שלהם‪ ,‬ולכן יותר אין לריכוז ]‪ [S‬השפעה על המהירות‪ ,‬וזהו שלב המהירות‬
‫ריכוז האנזימים החופשיים כפול ריכוז הסובסטרט‬ ‫המקסימלית‪ .‬מצב זה שבו המרכיב העיקרי במערכת הוא הקומפלקס‬
‫אנזים‪-‬סובסטרט נקרא המצב הקבוע )‪ ,(steady-state‬משום שבו קצב יצירת‬
‫הפירוק של הקומפלקס מתרחש בשני מישורים‪ :‬חלק הופך חזרה‬
‫הקומפלקס וקצב התפרקותו שווים )כפי שנראה בהמשך זו הנחה(‬
‫לאנזימים חופשיים וסובסטרט בריאקצייה ההפוכה‪ ,‬וחלק ממשיך ומתפרק‬
‫לאנזים ‪ +‬תוצר‪ .‬לכן‪:‬‬ ‫עכשיו במשוואות…‬
‫מיכאליס‪-‬מנטן ניסחו את התיאוריה הזו במשוואה שמתארת את הקשר‬
‫המוצג בגרף בין ריכוז הסובסטרט והמהירות ההתחלתית‪:‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪4‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫שווה לחצי‬ ‫ההתחלתית‬ ‫שווה לריכוז הסובסטרט כאשר המהירות‬ ‫קצב פירוק ‪) ES = k -1‬קבוע המהירות עבור הראקציה ההפוכה מיצירת‬
‫מהמהירות המקסימלית‪.‬‬ ‫הקומפלקס( כפול ריכוז הקומפלקס ‪) k2 +‬קבוע המהירות עבור ריאקציית‬
‫ההתפרקות של הקומפלקס לאנזים ‪ +‬תוצר( כפול ריכוז הקומפלקס‪.‬‬
‫פרמטרים קינטיים בפעילות אנזימים‬ ‫בשלב זה אנו עושים הנחה חשובה ביותר לגבי קיומו של ‪ :steady-state‬מצב‬
‫רוב רובם של האנזימים פועלים בהתאם למשוואת מיכאליס‪-‬מנטן )למעט‬ ‫שווי משקל שבו קצב יצירת הקומפלקס שווה לקצב התפרקותו‪ .‬אם זה כך‬
‫כמה אנזימים רגולטוריים(‪ .‬המעניין הוא שאנזימים רבים שמצייתים‬ ‫ניתן להשוות בין שתי המשוואות של השלב הראשון‪:‬‬
‫למשוואה לא פועלים על פי מודל שני השלבים הפשטני של מיכאליס‬
‫)הרכבת ופירוק הקומפלקס(‪ ,‬אלא באופן מורכב יותר )‪ 6‬או ‪ 7‬שלבים‬
‫לאחר סידרה של כמה צעדים אלגבריים פשוטים אנו מקבלים‪:‬‬
‫שונים(‪ .‬נובע מזה שניתן באופן ניסויי לחלץ את הקבועים ‪ Km‬או ‪ Vmax‬עבור‬
‫להציבם במשוואה‪ ,‬אך‬ ‫ואף‬ ‫רבים‪,‬‬ ‫אנזימים‬
‫הקבועים על האופן‬ ‫לא באמת ניתן ללמוד מן‬
‫של‬ ‫הפעילות‬ ‫אופן‬ ‫או‬ ‫הכימי‬
‫האנזימים הללו‪.‬‬
‫הביטוי )‪ k2+k -1)/k1‬נקרא קבוע מיכאליס‪-‬מנטן‪ ,‬או ‪ ,Km‬ונציב אותו במשוואה‬
‫‪ Km‬משתנה מאנזים לאנזים‪ .‬במקרים רבים הוא מבטא את מידת‬ ‫במקום הביטוי‪ .‬כעת נהפוך את ]‪ [ES‬למהירות ההתחלתית על בסיס ההנחה‬
‫לסובסטרט שלו‪ ,‬אם‬ ‫האנזים‬ ‫של‬ ‫האפיניות‬ ‫הראשונה שלנו ש ‪ .[V0 = k2[ES‬בשלב זה נקבל‪:‬‬
‫של הריאקציה‪ .‬עבור‬ ‫כי קביעה זו תלוי במכניקה‬
‫המודל הפשוט של שני‬ ‫לפי‬ ‫שעובדות‬ ‫ריאקציות‬
‫השלבים ניתן לומר את הדברים הבאים‪:‬‬ ‫לבסוף‪ ,‬אפשר להפוך את ‪ [k2[Et‬ל ‪ Vmax‬משום שבמצב שווי המשקל הריכוז‬
‫הטוטלי של האנזים ]‪ .[Et] = [ES‬קבלנו את משוואת מיכאליס‪-‬מנטן הסופית‪:‬‬
‫כאשר ‪ k2‬קטן ביחס ל ‪ k -1‬הביטוי מצטמצם ל ‪ .k -1 / k1‬ביטוי זה הוא קבוע‬

‫משוואה זו מתארת‪,‬כאמור‪ ,‬את הקשר בין המהירות ההתחלתית לריכוז‬

‫סובסטרט‪ ,‬עבור מערכת של סובסטרט יחיד ‪ +‬אנזים קטליזטור‪ .‬כמו כן‪,‬‬
‫יש לשים לב שקבוע מיכאליס‪-‬מנטן‪ ,Km ,‬נמדד ביחידות מידה של ריכוז‪.‬‬
‫כאשר חושבים על המשוואה ועל הקבוע מוסברת באופן מתמטי התופעה‬
‫שממנה יצאנו‪ .‬כאשר ]‪ [S‬קטן ביחס ל ‪ ,Km‬הוא זניח במכנה‪ ,‬ואנו מקבלים‬
‫קשר לינארי בין מהירות התחלתית וריכוז ]‪ [S‬שבמונה )וזהו החלק הלינארי‬
‫בגרף(‪ .‬כאשר ]‪ [S‬גדול ביחס ל ‪ ,Km‬אפשר להזניח את הקבוע דוקא‪ ,‬ואז‬
‫מתקבל שהמהירות ההתחלתית שווה ל ‪.Vmax‬‬
‫מקרה פרטי ומיוחד של המשוואה הוא כאשר ‪ V0‬שווה בדיוק לחצי מ ‪.Vmax‬‬
‫הדיסוציאציה של הקומפלקס ]‪ .[ES‬במצב כזה אפשר לומר שהקבוע‬ ‫במצב כזה מתקבל ש ‪ .[Km = [S‬מכאן ניתן להגדיר שקבוע מיכאליס‪-‬מנטן‬
‫מבטא את האפיניות של האנזים לסובסטרט‪ .‬אמנם במקרים רבים זהו לא‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪5‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫אנזימים ועיכובים‬ ‫‪.5‬‬ ‫היחס בין קבועי המהירות‪ ,‬ו ‪ Km‬אינו מייצג את האפיניות‪ ,‬והוא לא מייצג‬
‫אפיניות גם כשהריאקציה אינה ריאקציית שני שלבים‪.‬‬
‫מעכבים הם מולקולות שמתערבות בפעילות האנזימים ומאיטות או עוצרות‬
‫אותה לגמרי‪ .‬לדבר זה יש השלכות פרמקולוגיות רבות‪ ,‬והוא גם מאפשר‬ ‫‪ Vmax‬גם כן משתנה מאוד בין אנזים לאנזים‪ ,‬ואף הוא שווה ל ‪ [k2[Et‬רק‬
‫לנו לחקור את פעילותם של האנזימים‪.‬‬ ‫בריאקציה דו שלבית‪ .‬ראינו שבמצב שווי המשקל‪ ,‬ה ‪ ,steady-state‬יש יצירה‬
‫והתפרקות בקצב זהה‪ ,‬ושלב זה מיוצג ע"י הקבוע ‪ .k2‬כאשר הריאקציה‬
‫עיכוב הפיך‬ ‫יותר מסובכת‪ ,‬עשוי דוקא שלב אחר בריאקציה להיות השלב המגביל‬
‫עיכוב הפיך יכול לכלול כל אחד מן הבאים‪:‬‬ ‫מהירות‪ ,‬ולכן עדיף להגדיר קבוע כללי יותר‪ ,kcat ,‬שהוא הקבוע של השלב‬
‫מגביל המהירות‪ .‬מן הדברים עולה ניסוח יותר כללי של נוסחת מיכאליס‪-‬‬
‫עיכוב תחרותי‬ ‫‪.1‬‬
‫מנטן שנכון לקבוצה גדולה יותר של אנזימים‪.‬‬
‫‪ kcat‬נקרא גם ‪ ,turnover number‬מספר היפוך‪ ,‬והוא שווה למספר מולקולות‬
‫הסובסטרט שהופכות לתוצר ביחידה נתונה של זמן בסיוע מולקולת אנזים‬
‫עיכוב לא תחרותי‬ ‫‪.2‬‬ ‫יחידה כאשר האנזים במצב ריוויון עם הסובסטרט )…(‪ .‬אנזים אחד עשוי‬
‫לפעול על כמה סובסטרטים‪.‬‬
‫מעורב‬ ‫‪.3‬‬
‫שני הפרמטרים ‪ Km‬ו ‪ kcat‬שימושיים ביותר בהשוואת אנזימים שונים‪ ,‬והם גם‬
‫מעכב תחרותי מתחרה עם הסובסטרט על האתר הפעיל של האנזים‪.‬‬
‫מאפשרים לנו להעריך את יעילות הקינטיקה של אנזימים – כאשר שניהם‬
‫כלומר‪ ,‬הוא נקשר בעצמו אל האתר הפעיל שעל האנזים ובכך מונע מן‬
‫נתונים )אחד לבד לא מספיק(‪ .‬שני אנזימים יכולים להיות בעלי ערך ‪kcat‬‬
‫הסובסטרט להקשר‪ .‬בחיבור בין המעכב ‪ I‬ובין האנזים נוצר קומפלקס אחר‬
‫זהה‪ ,‬אך הקצב של הריאקציה אותה הם מזרזים‪ ,‬בלא זרז‪ ,‬עשוי להיות‬
‫‪ EI‬במקום ‪ ES‬שאמור להווצר‪ ,‬ובכך מואטת פעילות האנזים‪ .‬המעכב‬
‫שונה‪.‬‬
‫התחרותי הוא בעל מבנה דומה לזה של הסובסטרט‪ ,‬או לפחות האיזור‬
‫המתחבר לאתר הפעיל של האנזים‪ ,‬ולכן הוא מאפשר לנו גם ללמוד על‬ ‫באופן ניסויי הוכח ש ‪ Km‬נוטה להיות שווה לריכוז בתא של הסובסטרט‬
‫האנזים‪.‬‬ ‫אותו האנזים מזרז‪ .‬אנזים שפועל על סובסטרט שריכוזו בתא נמוך יהיה‪,‬‬
‫בדרך כלל‪ ,‬בעל ערך ‪ Km‬קטן מאנזים שפועל על סובסטרט יותר שכיח‬
‫מבחינת המשוואה אנו לוקחים בחשבון את ריכוז המעכב ] ‪ [I‬ואת קבוע‬
‫בתא‪.‬‬
‫העיכוב ‪ ,KI‬ומקבלים את המשוואה הבאה‪:‬‬
‫ערך יעיל ביותר שמאפשר השוואה אמיתית בין אנזימים שונים הוא דוקא‬
‫היחס ‪ .Km/kcat‬כאשר ריכוז ]‪ [S‬קטן ביותר ביחס ל ‪ Km‬המשוואה הופכת‬
‫לצורה הבאה‪:‬‬
‫היחס בין הקבועים הוא למעשה קבוע קצב עבור ריאקציה מסדר שני‬
‫)תלויה בשני ריכוזים(‪ .‬חשוב לדעת שיש ליחס זה גבול עליון התלוי ביכולת‬
‫הכימית של ‪ E‬ו ‪ S‬לעבור דיפוזיה‪ ,‬והוא עומד בערך על ]‪.m*s]108-109/1‬‬
‫אנזים שיחס הקבועים שלו קרוב למספר זה נחשב לבעל יכולת קטליטית‬
‫מושלמת‪.‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪6‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫מעכב מסוים נקשר לאתר פעיל אליו נקשר סובסטרט ‪ ,1‬הרי שביחס‬ ‫היות והקשירה של המעכב אל האנזים היא הפיכה‪ ,‬ניתן להטות את שווי‬
‫לסובסטרט זה הוא מעכב תחרותי‪ .‬אם הוא נקשר לאתר השני דוקא‪ ,‬הוא‬ ‫המשקל לטובת הסובסטרט פשוט ע"י העלאת ריכוז הסובסטרט ]‪ .[S‬באופן‬
‫נחשב מעכב לא תחרותי או מעורב ביחס לסובסטרט ‪ .1‬במידה וישנו סדר‬ ‫כזה ההסתברות שדוקא הסובסטרט ייקשר אל האנזים ולא המעכב גדלה‪,‬‬
‫מסויים לפיו נקשרים הסובסטרטים‬ ‫ויתקבל ‪ Vmax‬נורמלי‪ .‬עם זאת‪ ,‬ברור שבמצב שבו ‪ V0‬שווה לחצי מ ‪,Vmax‬‬
‫אל האנזים‪ ,‬נוכל לגלות את הסדר‬ ‫שעד כה היינו רגילים שבו ‪ [Km = [S], [S‬יהיה גדול יותר‪ ,‬ואכן הוא שווה‬
‫במצב זה ל ‪. αKm‬‬
‫במצב כזה‪ ,‬בנוכחות מעכב תחרותי‪ ,‬על הגרף תתקבל עקומה תלולה יותר‬
‫שעולה מהר יותר לכוון המהירות המקסימלית‪ .‬על גרף שבו ציר ‪ X‬הוא ]‬
‫‪ S]/1‬וציר ‪ Y‬הוא ‪ V0/1‬יתקבל קו ישר‪ ,‬ששפועו גדול )חיובית( יותר‪.‬‬

‫מעכב לא תחרותי ומעכב מעורב פועלים למעשה רק על אנזימים הנקשרים‬

‫לשני סובסטרטים‪ .‬מעכב לא תחרותי נקשר לאנזים לא באתר הקשירה‬
‫של הסובסטרט )בניגוד לתחרותי(‪ ,‬והוא נקשר אך ורק לקומפלקס ‪ES‬‬
‫קיים‪ .‬המשוואות המשתנות בהתאם תהיינה‪:‬‬
‫ניתן לראות שבמעכב לא תחרותי כאשר ריכוז הסובסטרט מאוד גבוה עדין‬
‫שבו נקשרים הסובסטרטים אל האתר‬ ‫‪ V0‬יכול להגיע עד ‪ ,Vmax/α‬כלומר‪ ,‬המהירות המקסימלית – תרד‪ .‬אם‬
‫הפעיל ועוזבים אותו בתור תוצרים‪.‬‬ ‫המהירות המקסימית תרד‪ ,‬גם ‪ Km‬ירד‪ .‬ההגיון שמאחורי זה הוא שבמעכב‬
‫לא תחרותי‪ ,‬גם בהעלאת ]‪ ,[S‬תמיד יהיו אנזימים שייקשרו אל המעכב‪ ,‬ולכן‬
‫מעכב בלתי הפיך‬ ‫המהירות המקסימלית חייבת לקטון‪.‬‬
‫מעכב בלתי הפיך למעשה משמיד או‬ ‫בגרף הלינארי )צירים כמו קודם( תתקבל "תזוזה" של הגרף שמאלה‪,‬‬
‫נקשר באופן בלתי הפיך לאתר הפעיל של האנזים‪ ,‬או לחלופין יוצר קשר‬ ‫משום שנקודת החיתוך עם ציר ה ‪ Y‬היא ‪ α‬חלקי מהירות מקסימלית‪ ,‬שכפי‬
‫לא קוולנטי מאוד יציב אל האנזים‪ .‬לעתים יוצרים המעכבים הבלתי הפיכים‬ ‫שראינו – תרד‪.‬‬
‫קשר קוולנטי ממש אל האנזים‪ ,‬ודבר זה עשוי להיות‬ ‫מעכב מעורב נקשר גם הוא לאתר השונה מאתר הקשירה של הסובסטרט‪,‬‬
‫בעל חשיבות כדי לאתר חומצות אמינו מסויימות על גבי‬ ‫אך הוא יכול להקשר גם לאנזים ‪ E‬וגם לקומפלקס ‪ .ES‬משמעות הדבר היא‬
‫האנזים )שידוע למשל כי רק הן יוצרות קשר קוולנטי עם‬ ‫כמובן יכולת עכוב גדולה הרבה יותר‪ ,‬כפי שניתן לראות מן המשוואה שבה‬
‫מעכב מסויים(‪.‬‬ ‫המכנה קטן מאוד בגלל ההכפלה הכפולה ב ‪ .α‬מבחינת הגרף הלינארי‬
‫סוג מיוחד של מעכבים בלתי הפיכים הוא מנטרלים‪-‬מתאבדים )‪suicide‬‬ ‫נראה את שתי התופעות גם יחד‪ :‬עלייה בשפוע הגרף ותזוזה של כל‬
‫‪ .(inactivators‬הם בלתי פעילים עד שהם נקשרים אל האתר הפעיל של‬ ‫הגרפים שמאלה‪.‬‬
‫האנזים‪ ,‬ואז מחקים את תחילת הריאקציה הנורמלית עם הסובסטרט‪ ,‬אך‬ ‫לשני סוגי המעכבים האחרונים חשיבות מחקרית רבה‪ ,‬דוקא משום שהוא‬
‫פועלים על אנזימים שלהם שני אתרי קשירה לשני סובסטרים שונים‪ .‬אם‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪7‬‬

 ‫יחידה ‪ – 5‬אנזימים א‬ ‫בס"ד‬

‫הופכים למעשה לחומרים פעילים שמתאחדים באופן בלתי הפיך עם האנזים‬

‫ומונעים את פעולתו‪.‬‬

‫השפעת ‪ Ph‬על אנזימים‬

‫באופן כללי‪ ,‬לאנזים ‪ Ph‬אופטימלי שבו הוא מתפקד‪ .‬העלאה או הורדה של‬
‫ה ‪ Ph‬בסביבתו תגרום לשיבוש בפעילותו‪ ,‬בגלל השינוי במצב היוניזציה של‬
‫חומצות האמינו המרכיבות אותו‪ .‬לפעמים ניתן לנצל את השפעת השינוי ב‬
‫‪ Ph‬כדי לאתר את חומצות האמינו המעורבות בפעילותו של האנזים )שינוי ב‬
‫‪ Ph‬הקרוב ל – ‪ 7‬עשוי לרמוז על היסטדין(‪ .‬עם זאת‪ ,‬יש לקחת בחשבון‬
‫שגם מטענים בסביבת האנזים עשויים להשפיע על פעילותו‪ ,‬וזאת בלי קשר‬
‫לרמת ה ‪.Ph‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪8‬‬