‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬

‫נועה לוי‬

‫אנזימים‬

‫קטליזה= תהליך שמאיץ את הקצב שבו ריאקציה כימית מגיעה לשיווי משקל‪.‬‬

‫אנזימים= מולקולה שמאיצה את הקצב של ריאקציות כימיות ( ‪ ene=in , zyme=yeast‬כלומר מה‬

‫שבתוך השמרים)‬

‫יש מגוון עצום של ריאקציות ביוכימיות בתאים שלנו וכולן מתווכות על ידי קטליסטים ביולוגיים הנקראים‬
‫אנזימים ‪ .‬הרבה מהריאקציות הביולוגיות לא נוכל לשחזר באופן יעיל במבחנה הסיבה לכן היא כי‬
‫חסרים האנזימים הדרושים לפעולה‪ .‬את הגילוי של הצורך באנזימים ביצעו על שמרים ביוון ומכאן שמם‪.‬‬
‫יש כמה ריאקציות חשובות שלא מבוצעות על ידי חלבונים אלא על ידי ריבוזימים – ‪ ribozymes‬שהם‬
‫עשויים מ‪ rRNA‬כלומר מחומצות גרעין ולא מחלבונים‪ .‬הוורסטיליות של ריבוזימים פחותה כי הם‬
‫מורכבים מ‪ 4-‬אותיות לעומת חלבונים שמורכבים מ‪ 20-‬ועוד שינויים אחרי תרגום של חומצות אמיניות‪.‬‬
‫הקשר הפפטידי החלבון נוצר ללא עזרה של החלבונים – זו ריאקציה שהיא ‪ , pure RNA‬יש חלבונים‬
‫עוזרים אבל את הריאקציה עצמה מבצע רק ה‪.RNA‬‬

‫עולם ה‪ :RNA‬בעולם שלפני החומר הגנטי כשהייתה חלוקה מאוד ברורה מה עושה כל דר‪ ,‬ה‪RNA‬‬
‫הקטליטי ביצע את רוב הריאקציות‪ .‬עם הזמן זה הוחלף על ידי חלבונים‪.‬‬

‫אנזים מגדיל את הקצב של ריאקציה כימית על ידי כך הוא מקטין את מחסום האנרגיה החופשית‬
‫שמפריד בין המגיבים לתוצרים‪ .‬הוא לא משנה את נקודת שיווי המשקל (לא משנה את כמות המגיבים‬
‫או התוצרים) אבל הוא משנה את הקצב‪ .‬בדרך כלל הוא יוריד את הקצב לשני הכיוונים באותה הצורה‬
‫– מקטין את האנרגיה החופשית ליצירת מגיבים מתוצרים‪ .‬מה שיקבע את כיוון הריאקציה זה הרמה‬
‫שאנרגטית של התוצרים לעומת המגיבים‪ .‬המכניזם הזה תלוי בארגון של הקבוצות הפונקציונאליות‬
‫באתר הפעיל – ‪ active site‬של האנזים בו הקטליזה קוראת‪ .‬כל האנזים כולו מכוון סביב האתר‬
‫הקטליטי שהוא קטן יחסית ביחס לגודל האנזים‪ .‬באתר הקטליטי הרבה מהחומצות אמינו והשיירים‬
‫באים לידי ביטוי בקישור הסובסטרט וגם בקטליזה עצמה כי מעורבים הרבה מנגנונים כימיים של‬
‫חומצה‪-‬בסיס‪ ,‬חמצון‪-‬חיזור וכל אלו גורמים לכך שהמחסום האנרגטי לביצוע הריאקציה יקטן‪ .‬האנזים‬
‫יוצר צורות ביניים שהן יותר יציבות וכן הן מועדפות‪.‬‬
 ‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫‪serartsbuS‬‬ ‫‪rotcafoc‬‬
‫(‪+‬‬ ‫‪stcudorP‬‬
‫)→‬ ‫‪rotcafoc‬‬
‫‪(+‬‬ ‫מגיבים יקראו ‪ substrate‬ותוצרים יקראו ‪) .products‬‬

‫‪.‬‬

‫הקופקטורים אלו כל מיני מולקולות שעוזרות לאנזימים לבצע את הפעולה שלו‪ .‬לא תמיד לאנזימים‬
‫יהיו את כל היכולות הכימיות לבצע את הריאקציה‪ ,‬יש הרבה דברים שצריך להשיג כדי לבצע ריאקציה‬
‫כימים יציבה – לקשור סובסטרט‪ ,‬להביא אותו לחלק הפעיל ‪ ,‬לקרב אותו לסובסטרט אחר ועוד‪ .‬הם‬
‫מולקולות קטנות שמתחברות לאנזימים ועוזרות להם לבצע את תפקידו‪.‬‬

‫תכונות כלליות של אנזימים‪ :‬השוני בין אנזימולוגיה לבין קטליזה כימית אנאורגנית במבחנה‬

‫קצב תגובה‪ -‬הקצבים של אנזימים הרבה יותר גבוהים ביחס לקטליזה כימית‪ .‬מדובר בהאצה‬ ‫‪.1‬‬

‫‪01‬או‪01 6‬‬
‫ביחס לריאקציות שהן ספונטניות‪ ,‬או לעומת ריאקציות שמקוטלזות בצורה‬ ‫‪21‬‬
‫של‬
‫כימית‪ .‬גם במקרים שקטליסטים כימיים הם טובים ויכולים להאיץ ריאקציות זה יהיה במחיר של‬

‫תנאים קיצוניים שאינם טובים למולקולה ביולוגית‪.‬‬

‫תנאים עדינים יותר‪ -‬בטמפרטורה שהיא פיזיולוגית‪ ,‬לחץ אטמוספרי‪ pH ,‬ניטרלי פחות או‬ ‫‪.2‬‬
‫יותר‪.‬‬
‫ספציפיות‪ -‬אנזימים ספציפיים למגיבים מסוימים ולריאקציות מסוימות – הם יבצעו ריאקציה‬ ‫‪.3‬‬
‫מסוג אחד על סובסטרט אחד‪ .‬לרוב אין לה הרבה תוצרי לוואי לעומת כימיה במבחנה שבה‬
‫מקבלים הרבה ריאקציות צד‪.‬‬
‫רגולציה‪ -‬לאנזימים יש יכולת לעבור רגולציה – התא מקבל אינפורמציה‪ ,‬מעבד אותה ועושה‬ ‫‪.4‬‬
‫שינוי‪ .‬האנזימים כמבצעים ריאקציות כימיות צריכים שהפעילות הקטליטית תשתנה בהתאם‬
‫לריכוז החומרים עליהם אנחנו עובדים‪ .‬למשל‪ -‬אם יש הרבה גלוקוז נרצה שייווצר ממנו הרבה‬
‫חומר אחר‪ ,‬אבל אם יש יותר מדי תוצרים לעצור את האנזים והתוצרים עצמם מעכלים את‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫האנזים‪ .‬ככה יש פידבק על התהליך והוא עוצר את עצמו ובשליטה‪ .‬ישנם גם שינויים על האנזים‬
‫עצמו כמו אינטראקציות קוולנטיות‪.‬‬
‫‪ Saturation kinetics‬ביחס לריכוז הסובסטרט שלהם‬ ‫‪.5‬‬
‫אופטימיזציה‪ -‬אנזימים עברו אופטימיזציה לטמפרטורה מסוימת ולטווח ‪ pH‬מסוים‬ ‫‪.6‬‬
‫לא מתכלים‪ -‬אנזימים מסיימים אינטראקציה ומתחדשים‪ ,‬אולי יצטרכו עזרה מחומרים אחרים‬ ‫‪.7‬‬
‫אבל לא חד פעמיים‬
‫רגולציה מוגברת‪ -‬יכולים לעבור רגולציה מוגברת ביחס לסיגנלים מבחוץ‪.‬‬ ‫‪.8‬‬
‫שמירה על נקודת שיווי המשקל‪ -‬אנזימים רק מגבירים את הקצב לא משנים את נקודת שיווי‬ ‫‪.9‬‬
‫המשקל‪.‬‬

‫‪aturation‬‬ ‫‪S‬‬
‫‪ -inetics‬ריכוז‬ ‫‪K‬‬
‫הסובסטרט‬
‫בציר ה‪ X-‬ובציר‬
‫ה‪ Y-‬המהירות‬
‫של הריאקציה‪ .‬מה שקורה‪ ,‬זה שכשריכוז‬
‫אנזים קבוע מסוים‪ ,‬וריכוזי הסובסטרט נמוכים‬
‫יחסים אז קצב הריאקציה עולה בצורה לינארית פחות או יותר ככל שעולה ריכוז הסובסטרט כי רוב‬
‫מולקולות האנזים חופשיות וברגע שמגדילים את הריכוז של הסובסטרט מגדילים את קצב הראקציה‪.‬‬
‫זה מה שקורה בשלב הראשון – המלבן בשמאל‪ .‬כאשר מעלים את ריכוז הסובסטרט יותר ויותר אנזימים‬
‫כבר מכילים סובסטרט אז הקצב מתקרב לאסימפטוטה התיאורטית שמייצגת את המקסימום התיאורטי‬
‫של קצב הריאקציה‪ ,‬וזה מצב בו כל האתרים האקטיביים של האנזים מלאים בסובסטרט ולכן קצב‬
‫התגובה של הריאקציה הוא מקסימלי והוא תלוי באנזים ולא תלוי יותר בריכוז הסובסטרט‪ .‬יש נתון‬
‫‪ =K‬ריכוז הסובסטרט שבו‬ ‫‪M‬‬ ‫מסוים שאפשר מבחינה אמפירית להוציא מהעקומה הזו והוא נקרא‬
‫המהירות היא חצי מהמהירות המקסימלית של התגובה‪.‬‬
‫יש הבדל בקצב הריאקציות בין ריאקציות מסדרים שונים‪ ,‬קצב התגובה בריאקציה מסדר ראשון תלוי‬
‫בריכוז החומר‪ ,‬ואילו קצב התגובה של ריאקציה מספר אפס לא תלוי בריכוז הסובסטרט – קצב הייצור‬
‫של הסובסטרט לא יגביל את קצב התגובה‪ .‬ריאקציות שהן ללא קטליזטור הן מקצב ראשון – קצב‬
‫הריאקציה יהיה תלוי בריכוז המגיבים‪.‬‬

‫‪K‬גדול זה‬ ‫‪M‬‬ ‫‪K‬קטן זה אומר שהסובסטרט נשאר באפיניות (=זיקה) גבוהה לאנזים‪ ,‬וכאשר‬ ‫‪M‬‬ ‫כאשר‬
‫אומר שהסובסטרט נשאר באפיניות נמוכה לאנזים‪.‬‬

‫‪ –K‬בעל יחידות של מולריות‪ .‬הוא מדד לאפיניות בין האנזים לסובסטרט‪ .‬הוא מאפיין ריאקציה‬ ‫‪M‬‬

‫אנזימטית מסוימת ולא תקף לכולן באופן גורף‪ .‬הוא אינו קשור לריכוז האנזים – אלא למבנה האנזים‪,‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫אופי הסובסטרט והאינטראקציה בינים ותנאים הריאקציה‪ pH :‬מסוים‪ ,‬טמפרטורה ועוד‪ .‬זוהי תכונה של‬
‫האנזים עצמו ולכן הוא לא ישתנה‪ .‬גם אם נוסיף עוד אנזים המהירות המקסימלית של התגובה תשתנה‬
‫)‪ K‬לא תשתנה‪.‬‬ ‫‪M‬‬ ‫אבל הנקודה בה נגיע לחצי מהמהירות המקסימלית (‬

‫טמפרטורה‪ -‬הטמפרטורה האופטימלית‬

‫ליצורים עם דם חם זה סביב ̊‪ 37‬לפעמים גם‬
‫בין ̊‪ .35̊-40‬זוהי עקומת פעמון פחות או‬
‫יותר‪ .‬כל ‪ 10‬מעלות קצב הריאקציה גדל פי‬
‫‪ .2‬בטמפרטורות מאוד גבוהות הרבה‬
‫מהחלבון עובר דנטורציה ולכן קצב התגובה מתחיל‬
‫לרדת‪ .‬הגרף השני מראה את סך כל התוצר שהצטבר‬
‫ולכן רואים שכשעולים בטמפרטורה – בגלל‬
‫הדנטורציה‪ -‬בהתחלה יש תגובה יותר מהירה אבל אז‬
‫בגלל הדנטורציה בסופו של דבר אנחנו מאבדים תוצר‪.‬‬

‫‪ -pH‬כאן זה יותר וריאבילי‪ ,‬רוב האנזימים פועלים ב‪pH-‬‬

‫פיזיולוגי – סביב ‪ .7‬יש גם אנזימים אחרים שפועלים ב‪pH‬‬
‫ספציפי אחרים כמו בקיבה שם התנאים חומציים מאוד ואנזימים‬
‫אלה יפעלו יותר באזור החומצי יותר‪ .‬יש אנזימים שיש להם‬
‫דפוסים שונים של התנהגות ביחס ל‪ .pH-‬ישנם אנזימים שאינם‬
‫תלויים כלל ב‪ .pH-‬יש שוני בדפוסי ההתנהגות של גל אנזים‬
‫ביחס לרמת ה‪.pH-‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫נומנקלטורה‪-‬‬

‫נוסיף סיומת ‪ ase-‬להרבה מהאנזימים – כלומר לשם הסובסטרט (‪ )urease‬או לפעילות‬ ‫‪.1‬‬
‫הקטליטית (‪.)oxidase‬‬
‫היסטוריים ‪ -‬בעבר לא הייתה סטנדרטיזציה ולכן יש אנזימים ללא שמות אינפורמטיביים –‬ ‫‪.2‬‬
‫‪.Trypsin‬‬
‫משפחות‪ -‬בגדול יש ‪ 6‬משפחות אנזימים אליהן נקטלג‬ ‫‪.3‬‬
‫את כל האנזימים לפי האינטראקציה אותה הם‬
‫מבצעים‪.‬‬
‫‪ -Oxidoreductases‬אנזימים שהמנגנון שלהם‬ ‫א‪.‬‬
‫מקטלז תגובות של חמצון וחיזור‪.‬‬
‫‪ -Transferases‬אנזימים שמעבירים קבוצות‬ ‫ב‪.‬‬
‫פונקציונאליות מהמגיבים לתוצרים‪.‬‬
‫‪ -Hydrolases‬אנזימים שאחראים על‬ ‫ג‪.‬‬
‫הידרוליזה‪.‬‬
‫‪ -Lyases‬אנזימים שעושים אלימינציה של‬ ‫ד‪.‬‬
‫קבוצות ואז נוצר קשר כפול (יש כמה דרכים להגדיר את הקבוצה)‪.‬‬
‫‪ -Isomerases‬אנזימים שמבצעים קטליזה לאיזומריזציה‪.‬‬ ‫ה‪.‬‬
‫‪ - Ligases‬אנזימים שיוצרים קשרים בין שני מגיבים שדורש אנרגיה גבוהה וזה מספק את‬ ‫ו‪.‬‬
‫האנרגיה לזה‪.‬‬
‫שם סיסטמתי ומספר סידורי‪ -‬יהיה לכל‬ ‫‪.4‬‬
‫אנזים שם לשפת הדיבור‪ ,‬אך גם יהיה שם‬
‫סיסטמתי שנקבע על ידי ‪EC (Enzymes‬‬
‫)‪ Commission‬הועדה לקביעת שמות‪.‬‬
‫שיציין מה הסובסטרט ‪ ,‬מה הקופקטורים‬
‫ומה הריאקציה שמתבצעת‪ .‬השם יציין את‬
‫שני המגיבים ואת הריאקציה שהם ייצרו‪.‬‬
‫קביעת המספר הסידורי‪ -‬המספר ייתן‬
‫לנו מידע על הסיווג של אותו אנזים‪,‬‬
‫התת‪-‬קבוצות אליהן הוא משתייך‪ ,‬על‬
‫פעילותו ועל המספר הסידורי שלו בתוך‬
‫תת הקבוצה אליה הוא משתייך‪.‬‬

‫הגדרת פעילות אנזימטית‪ -‬עלינו לדעת להגדיר את יחידות הפעילות שלהם‪ .‬יחידה תהיה ‪( U-Unit‬ולא‬
‫‪ )International Unit‬היא למעשה כמות האנזימים לפי ההגדרה הפונקציונאלית שמקטלזת‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫טרנספורמציה של מיקרו‪-‬מול אחד של סובסטרט לדקה בתנאים ספציפיים‪ .‬לכל אנזים נבצע הגדרת‬
‫יחידות בתנאים האופטימליים בהם הוא עובד – לכן התנאים יפורטו‪.‬‬
‫פעילות ספציפית‪ -‬תגיד לנו כמה יחידות יש בכל מיליגרם של חלבון‪.‬‬

‫ריאקציות‪ -‬חשוב לדעת לסווג את הריאקציות ל‪ 6‬המשפחות העיקריות של התגובות‪ .‬רוב האנזימים‬
‫הם ספציפיים לריאקציה אחת בלבד‪ -‬אך יש אנזימים יוצאי דופן‪.‬‬

‫‪.1‬‬
‫‪O‬‬

‫‪ -xidoreductases‬אנזימים שמקטלזים ריאקציות‬

‫חמצון‪-‬חיזור‪.‬‬
‫א‪ -Hydrogenase .‬מזרז תגובות חיזור‪.‬‬
‫ב‪ -Dehydrogenase .‬מזרז תגובות חמצון‪.‬‬
‫ג‪ -Oxygenase .‬מקטלזים את השילוב של מולקולת חמצן לתוך הסובסטרט‪.‬‬
‫ד‪ – Di- Oxygenase .‬לוקחים שני אטומים של חמצן ומשלבים אותם בתוצר‬
‫אחד‪.‬‬
‫ה‪ -Peroxygenase .‬משתמשים במי חמצן כחומר מחמצן‪.‬‬
‫‪ -Transferases‬מעבירים קבוצה פונקציונאלית בין‬ ‫‪.2‬‬
‫התורם לנתרם‪ .‬הקבוצות העיקריות הן ‪ :‬אמין‪ ,‬אציל‪,‬‬
‫מטיל‪ ,‬פוספט‪ ,‬ליקוזיד‪ .‬הרבה פעמים יש לבצע‬
‫אקטיבציה כדי שהתהליך יתאפשר‪.‬‬
‫א‪ -Aminotransferase .‬אנזימים שמעבירים קבוצות אמינו מחומצה אמינית ל‬
‫‪α‬‬
‫‪-‬קטו‪-‬חומצות וכך יוצרים חומצה אמינית חדשה וגם קטו‪-‬חומצה חדשה‪.‬‬
‫ב‪ -Kinase .‬מעבירים פוספט מתורם (לרוב ‪ )ATP‬לקבוצות מקבלות שהן‬
‫אלכוהול או קולטי אמינו‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫‪ -Hydrolases‬סוג ספציפי של טרנספרזות כשבהן‬ ‫‪.3‬‬

‫קבוצת התורמים מועברת למים‪ .‬אחת הקבוצות על‬
‫המגיב עברה למים ולכן קיבלנו שני פוספטים‪ .‬יש כמה סוגים ספציפיים של הידרולזות‪:‬‬
‫א‪Peptidases .‬‬
‫ב‪Proteinase .‬‬
‫ג‪ – phosphatase .‬מחליפים קבוצת פוספט עם קבוצת הידרוקסיל במים‪.‬‬
‫נוגדת את הפעולה של קינזות‪ -‬כי הן מסירים את הפוספט‪.‬‬
‫‪ -Lyases‬אנזימים אשר מסירים מים‪ ,‬אמוניה או פחמן‬ ‫‪.4‬‬
‫דו חמצני‪.‬‬
‫א‪ -Decarboxylase .‬מסיר פחמן דו‬
‫חמצני מאלפא‪/‬בטא‪-‬קטו‪-‬חומצות‪.‬‬
‫ב‪ -Dehydratase .‬מסיר מולקולות מים בראקציית ייבוש (דה‪-‬הידרציה)‪.‬‬
‫‪ -Isomerases‬קבוצה הידרוגנית‪ ,‬שיכולה להחליף בין‬ ‫‪.5‬‬
‫ציס‪/‬טראנס‪ ,‬בין אלדוז (=סוכר המכיל קבוצת אלדהיד‬
‫‪/))O=C-H‬קטוז (=חד סוכר פשוט שמסתיים בקבוצת‬
‫קטו ‪.)-C=O‬‬
‫‪ -Ligases‬ריאקציה חשובה לנו‪ .‬לקשור=‪ .Ligate‬זו‬ ‫‪.6‬‬
‫משפחת אנזימים שמקטלזת ריאקציות סינטטיות ששתי‬
‫מולקולות מתחברות והאנרגיה שמשמת לצורך כך היא‬
‫האנרגיה של איזה פוספט (בדרך כלל של ‪.)ATP‬‬
‫המולקולות האלה נקראות הרבה פעמים ‪.synthetase‬‬

‫אנזימים הקשורים‬
‫לפוספט‪ -‬יש שלושה‬
‫אנזימים עיקריים‬
‫שקשורים לתגובות עם‬
‫פוספט – על כולם‬
‫דיברנו‪ .‬קינז ופוספטז‬
‫הם אנזימים שמבצעים‬
‫פעולות הפוכות‪.‬‬
‫פוספרילז שוברים קשר‬
‫גליקוזידי באמצעות‬
‫פוספט‪ .‬הם מעבירים‬
‫גלוקוזיל לפוספט לא אורגני‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫‪ lysis-‬מבצעים די‬
‫קומפוזיציה של‬
‫סובסטרט‪ .‬יש לנו‬
‫שלושה סוגים כאלו‪ .‬כל‬
‫אחד מהסוגים פועל‬
‫בעזרת חומר אחר –‬
‫מים‪/‬פוספט‪/‬על ידי אטום‬
‫סולפור‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫ספציפיות של אנזימים‪ -‬הכוחות שבאמצעותם סובסטרטים שונים‬

‫נקשרים לאנזימים הם תמיד כוחות לא קוולנטיים‪ -‬זה יהיה כוחות ואן דר‬
‫ואלס‪ ,‬קשרים אלקטרו‪-‬סטטיים‪ ,‬קשרי מימן‪ ,‬תכונות הידרופוביות‪ .‬הכי‬
‫חשוב להבין את האתר הפעיל‪ -‬ההיווצרות של הקומפלקס בין האנזים‬
‫לסובסטרט זה השלב הראשון בכל ריאקציה אנזימטית‪ .‬הקישור מתבצע‬
‫באתר הפעיל של האנזים ובוא מגולמות התכונות הכי חשובות של‬
‫האנזים‪ .‬הוא מעין שקע כזה‪ ,‬חלק קטן יחסית באנזים שלרוב נמצא‬
‫במרכזו אך גלוי ופתוח כי אליו צריך להיכנס הסובסטרט‪ .‬יש התאמה‬
‫גיאומטרית בין אותו מבנה מרחבי של אתר פעיל לסובסטרט‪ ,‬ויש בנוסך‬
‫התאמה אלקטרונית בה האתר הפעיל מתאים בצורתו לסובסטרט וגם‬
‫החומצות הספציפיות שמרכיבות אותו יוצרות קשרים מסוימים לא קוולנטיים לסובסטרט‪ .‬האתר הפעיל‬
‫של רוב האנזימים הוא חלק במבנה שלהם גם כאשר הם לא קשורים לסובסטרט‪ .‬יש אנזימים שמשנים‬
‫את המבנה כאשר הסובסטרט נקשר‪ .‬יש גם קבוצות חיוניות שמשתתפות בפעילות של האנזים וכך‬
‫עוזרות להביא את הריאקציה לרמה אנרגטית עדיפה‪.‬‬

‫האתר הפעיל לא בהכרח ייווצר על ידי‬

‫חומצות אמינו שבמבנה הראשוני קרובות זו‬
‫לזו‪ ,‬אבל קיפול החלבון יוצר את האתר‬
‫התלת ממדי כפי שהוא צריך להיות‪ .‬ניתן‬
‫לראות בדוגמא למשל שהאתר הפעיל נהיה מעט סגור יותר לאחר הקישור לסובסטרט‪.‬‬

‫‪ -Stereospecific‬אנזימים הם גם סטריאו‪-‬ספציפיים באופן אינהרנטי בגלל שיש להם קירליות של‬

‫חומצות האמינו שלהם ואז האתרים האקטיביים שלהם הם לא סימטריים והם משתנים בספציפיות‬
‫הגיאומטרית והאלקטרונים שלהם ולכן רובם מאוד ספציפיים לסובסטרט מסוים‪ .‬חלק מהאנזימים‬
‫מקטלזים ריאקציות על משפחה של תרכובות קטנה ששונות אחת מהשנייה מעט אך ביעילות שונה‬
‫‪K‬שלהם יהיה שונה‪ ,‬הוא תלוי באנזים מסוים וסובסטרט מסוים‪.‬‬ ‫‪M‬‬ ‫ומכאן שגם מהירות שונה‪ .‬למשל ה‪-‬‬
‫למעשה השאלה היא מהו הסובסטרט האמיתי של האנזים‪ .‬נוכל להניח‪ ,‬אבל לא תמיד לדעת‪ .‬נניח‬
‫שהריאקציה שהוא מבצע הכי ביעילות היא הריאקציה הטבעית שלו‪ ,‬אבל הדבר לא תמיד כך כי יש‬
‫ריאקציות שיצטרך לבצע ביעילות נמוכה יותר‪ ,‬וחלקן ביעילות גבוהה יותר ולכן לא תמיד זו תהיה‬
‫השיטה המתאימה לקביעה‪.‬‬
‫יש אנזימים שהם מאוד פרמיסיביים (‪ ,)permissive‬למשל במערכת העיכול‪ .‬לספציפיות של אנזימים‬
‫אלו נקרא העדפה‪ .‬יש להם העדפה ברורה לסובסטרט‪.‬‬
‫יש אנזימים שהם גם מקטלזים הידרוליזה של קשר פפטידי אבל גם קשר אסתרי‪ ,‬אבל אלו הם אנזימים‬
‫היוצאים מן הכלל ולא הכלל‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫אנזימים הם גם סטריאו‪-‬ספציפיים‪ ,‬גם ספציפיים לסובסטרט‪ ,‬וגם ספציפיים לריאקציה‬

‫אנזימטית‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫מודלים של חיבור סובסטרט ואנזים‪ -‬יש שני מודלים שמתארים את הקישור בין האנזים לסובסטרט‬

‫מנעול ומפתח‪ -Lock and Key -‬מודל די ותיק‬ ‫‪.1‬‬

‫מ‪ 1890‬והוא מסביר את הספציפיות בסובסטרט‪.‬‬
‫אבל לא מסביר למה הקטליזה מתרחשת‪ .‬אומר‬
‫שהאתר הפעיל נוצר בצורתו הסופית מראש‬
‫בהתאמה לסובסטרט‪.‬‬
‫‪ -Induces fit model‬מודל מתקדם יותר מ‪-‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪ 1958‬שאומר שאנזימים מעדיפים להיקשר לאיזה‬
‫עיוות של הסובסטרט שיותר דומה למצב המעבר‪.‬‬
‫כלומר גם האנזים וגם הסובסטרט מתאימים את‬
‫עצמם מעט אחד לשנו ועוברים שינוי קונפורמציה לאחר הקיפול‪ .‬האתר הפעיל לפני הקישור‬
‫ואחריו יראה שונה מעט‪ -‬כלומר הוא עובר שינוי‪ .‬ההתאמה בין האנזים לסובסטרט מלאה רק‬
‫אחרי שהסובסטרט נקשר‪ .‬היתרונות של המודל הוא שהאתר יותר פתוח ומאפשר לסובסטרט‬
‫להיקשר‪ ,‬ואז כשהוא נסגר הוא מאפשר את הקישור הטוב ביותר למצב המעבר של‬
‫הסובסטרט‪ .‬מנגד‪ ,‬במודל הזה אנרגיה שיכלה לשמש לייצוב מצב המעבר צריכה לשמש לשינוי‬
‫הקונפורמציה של האנזים‪.‬‬

‫‪ -Cofactors‬הרבה אנזימים‬
‫דורשים קופקטורים‪ ,‬התכונות‬
‫הפונקציונאליות מאוד מותאמות‬
‫לריאקציות חומצה‪-‬בסיס או‬
‫לסוגים מסוימים של קשרים‬
‫קוולנטיים מסוימים או‬
‫אינטראקציות מטען‪-‬מטען‪ .‬הן פחות מתאימות להרבה תגובות חמצון‪-‬חיזור או גורמים של העברת‬
‫קבוצות ולכן הם צריכים פקטורים שיעזרו להם מבחינה כימית – הם עוזרים בריאקציות‪ .‬הם ייקשרו ליד‬
‫האתר הקטליטי כי הם משתתפים בריאקציה‪.‬‬

‫יש משפחות שונות של קופקטורים‪ -‬יש משפחה של‬

‫אינ‪-‬אורגניים למשל יוני מתכות שונות‪ ,‬ויש מה שנקרא‬
‫‪ – coenzymes‬קו‪-‬אנזימים שהם מולקולות‬
‫ביולוגיות שיכולות להיות או ‪ co-substrate‬שלא‬
‫מחוברים באופן קבוע‪ ,‬הם לא קשורים אל האנזימים‬
‫כל הזמן אלא מתנתקים מ הם כמו הסובסטרטים‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫שלהם או ‪=( prosthetic groups‬פרוטזה) שמחוברים אליהם באופן קבוע‪ .‬שתי הקבוצות משמשות‬
‫לתפקיד מסייע‪.‬‬
‫¿¿ ‪2+‬‬
‫‪3+ ¿ ,Z n‬‬ ‫¿‬
‫‪C( u 2+ ¿ ,F E‬המתכות האלו הכרחיות בדיאטה ולכן חלק מהמתכות הן‬ ‫¿‬
‫‪( -Metal Ions‬‬ ‫‪.1‬‬
‫רעילות כי הן יכולות להחליף את אחת מהמתכות הנחוצות ולגרום לאנזים לא להיות פעיל‪.‬‬
‫מולקולות אורגניות – ‪ -coenzymes‬הרבה מהפעמים הקו אנזימים יהיו ויטמינים‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪ – co-substrate‬בעלי חיבור זמני כמו ‪ +NAD‬או ‪ +NADP‬שהם נשאים של‬ ‫א‪.‬‬
‫אלקטרונים‪ .‬אלו חומרים שאחרי הריאקציה הוא ישתחרר מהאנזים‪ ,‬ולפעמים צריך‬
‫לחדש אותו – ‪ .regeneration‬לפעמים שלב אחד של הריאקציה יהיה שלב המעבר‪,‬‬
‫ובשלב הבא לכיוון התוצר הסופי האנזים מחדש את עצמו‪ .‬יש פעמים בהן הקופקטור‬
‫הוא זה שצריך לעבור חידוש ולכן יש ריאקציות שמוצמדות שנועדו "למחזר" את‬
‫הקופקטור‪.‬‬
‫‪ – prosthetic groups‬קשורות באופן קבוע לחלבון‪ ,‬הרבה מאוד פעמים הקשר‬ ‫ב‪.‬‬
‫יהיה קוולנטי כמו למשל קבוצות ‪.heme‬‬
‫‪ -Apoenzyme/Holoenzyme‬אפו‪-‬אנזים זו הצורה הלא פעילה של האנזים‪ ,‬ואז כאשר‬ ‫‪.3‬‬
‫הוא נקשר לקו‪-‬פקטור שלו הוא נקרא הולוו‪-‬אנזים שזו הצורה הפעילה‪.‬‬
‫מחזור קו‪-‬אנזימים‪ -‬עלינו למחזר קו‪-‬אנזימים הם משתנים בגלל הריאקציה הכימית וכדי‬ ‫‪.4‬‬
‫להשלים את המעגל הקטליטי ולהחזיר את המאזן שהיה בתא לפני עלינו למחזר את הקו‪-‬אנזים‬
‫ולהחזירו למצבו הראשוני‪.‬‬

‫קטליזה אנזימטית‪ -‬האנזים מספק מסלול באנרגיה נמוכה‪ ,‬בדרך בין מגיבים לתוצרים אבל לא משפיע‬
‫כל שינוי האנרגיה הסופי בין המצבים‪ .‬הוא למעשה מנמיך את המחסומים האנרגטיים‪ .‬זה למעשה מצב‬
‫המעבר‪ .‬האתר הפעיל באנזים קולט בצורה הטובה ביותר את האנרגיה של מצב המעבר‪ ,‬וככה הוא‬
‫בעצם מייצב אותו וזה המנגנון שבאמצעותו הוא גורם להעדפה של מצב המעבר ומוריד את אנרגיית‬
‫האקטיבציה‪.‬‬
‫→ ‪H A− H b+H‬‬
‫‪c H A+H −‬‬
‫‪B H‬‬ ‫‪c‬‬

‫כאשר יש לנו מצב בו יש שלושה מימנים‪ ,‬והקשר הוא בין מימן ‪ A‬למימן ‪ B‬ועוד מימן ‪ C‬נוסף‪ ,‬ואנחנו‬
‫רוצים לבצע את השחלוף וליצור קשר בין מימן ‪ B‬למימן ולנתק את מימן ‪ .A‬כדי שזה יקרא מימן ‪C‬‬
‫חייב לגשת למולקולה הדי‪-‬אטומית של המימן כך שבשלב מסוים בריאקציה יהיה של בביניים לא יציב בו‬
‫יהיה קומפלקס שיורכב משלושתם ‪ -‬קשר בין מימנים ‪ A-B‬הוא בתהליך שבירה והקשר בין ‪ C-B‬הוא‬
‫בתהליך יצירה‪ ,‬וכאן יש את האנרגיה בחופשית הגבוהה ביותר והיא מצב המעבר‪ .‬המגיבים מתקרבים‬
‫אחד לשני בנתיב שמאפשר את האנרגיה הנמוכה ביותר וזה נקרא ‪.reaction coordinate‬‬
‫‪ -Transition state diagram‬הגרף מתאר את היחסים בין המגיבים במצב הבסיסי לבין התוצרים‬
‫כפונקציה של האנרגיה החופשית‪ ,‬לגרף זה נקרא ‪ transition state diagram‬והוא נותן לנו המון‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫מידע על הריאקציה‪ .‬המצב בו האנרגיה החופשית היא הנמוכה ביותר הוא המצב של המגיבים‬
‫והתוצרים‪ ,‬יכול להיות שם מצב בו המצב בו האנרגיה החופשית הנמוכה ביותר היא רק של המגיבים או‬
‫‪∆G‬של הריאקציה‪ .‬ה‪∆G -‬הדרוש להגיע לשיא האנרגיה בתגובה הוא‬ ‫רק של התוצרים וההפרש ייקרא‬
‫האנרגיה הדרושה לאקטיבציה ולכן נקרא ‪ .Free energy of activation‬הערך שלו הוא ההבדל‬
‫בין האנרגיה במצב הביניים פחות האנרגיה המקורית של המגיבים‪ ,‬עלינו לספק מספיק אנרגיה כדי‬
‫לעבור את מכשול האנרגיה‪ .‬זה יכול לקרות גם באופן סטטיסטי או רנדומלי אבל כך ייקח המון זמן‪.‬‬
‫המעבר ממצב הביניים לתוצר הוא מהיר‪ .‬קצב הריאקציה ייקבע על ידי ההגעה לשלב המעבר והוא‬
‫‪∆G‬‬
‫‪∆G‬ככל ש ‪∆G‬יותר גדול כך הריאקציה יותר איטית‪.‬‬
‫‪.‬‬ ‫פרופורציונאלי ל ‪ e.TR‬הנתון החשוב הוא היחס ל‬

‫ריאקציות בשני שלבים – ריאקציות שהן לא ישירות‪ ,‬השלב בו יש אנרגיית אקטיבציה‬

‫גבוהה ביותר הוא יהיה השלב הקובע את אנרגיית האקטיבציה‪.‬‬

‫האנזים יוצר מסלול חדש – ריאקציה בין מגיבים‬

‫התגובה‪.‬‬ ‫לתוצרים‪ .‬האנזים מפחית את אנרגיית האקטיבציה של‬

‫אנזים לבין‬ ‫הוא ההבדל בין אנרגיית האקטיבציה ללא‬

‫‪∆G‬‬
‫‪tsilataC‬‬

‫אנרגיית האקטיבציה עם אנזים‪ .‬הוא יוצר מסלול שהוא נמוך יותר מריאקציות שהן לא מקוטלזות‪.‬‬
‫‪∆G‬‬
‫‪eTR‬רק ביחס‬ ‫ההפרש הוא למעשה מה שמאפשר לדעת פי כמה הואץ התהליך‪ .‬אם נשתמש בנתון של‬

‫∆ההפחתה תהיה אותו דבר לשני הכיוונים ומה שיקבע את‬

‫‪( ∆G‬‬
‫(‬ ‫‪) )∆G‬‬
‫‪tsilataC‬‬ ‫להפרש האנרגיות שהוא‬

‫‪∆G‬של הריאקציות‪.‬‬ ‫שיווי המשקל יהיה האנרגיה החופשית בין המגיבים לתוצרים‪ ,‬האנזים לא ישנה את‬
‫הפחתה באנרגיה האקטיבציה הדרושה לביצוע התגובה תגדיל את הקצב של התגובה‪ -‬יביא לשיווי‬
‫משקל מהר‪.‬‬

‫מנגנונים קטליטיים‪-‬‬

‫שיירים של חומצות אמיניות יכולים לקבל או לתרום אלקטרונים ואז הם משתתפים בקטליזה‬ ‫‪.1‬‬
‫של חומצה‪/‬בסיס‪.‬‬
‫קבוצות נוקלאופיליות יכולות להשתתף ביצירת קשרים קוולנטיים זמניים עם הסובסטרט‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫יונים של מתכות יכולים לעשות פאסיליטציה (‪ )Facilitates‬של ריאקציות בגלל מצב‬ ‫‪.3‬‬
‫האוקסידציה של אותן המתכות‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫אנזימים יכולים לבצע זאת כי הם מביאים את הקבוצות השונות באתר הפעיל קרוב מאוד‬ ‫‪.4‬‬
‫ובאוריינטציה מאוד ספציפית‪.‬‬
‫ייצוב מצב הביניים מפחית את אנרגיית האקטיבציה של תגובה‪.‬‬ ‫‪.5‬‬

‫‪ -Acid-Base Catalysis‬בקטליזת בסיס כללית מה שקורה זה שפרוטון שעובר מחומצה מפחית את‬
‫המצב האנרגטי של מצב המעבר‪ .‬ההפך קורה בקטליזת חומצה‪ .‬בעצם‪ ,‬אם הקצב מואץ בגלל זה‬
‫שפרוטון עבר לבסיס‪ .‬האנזים מסר פרוטון בקטליזה חומצית או קיבל פרוטון בקטליזה בסיסית – המצב‬
‫הזה האיץ את הריאקציה כי הוא מייצב את מצב המעבר‪ .‬השיירים של הרבה חומצות אמינו ‪Asp, Glu,‬‬
‫‪ His, Cys, Tyr, Lys‬הם בעלי ‪ pK‬מתאימים כך שהם יכולים לשמש לקטליזה חומצה‪-‬בסיס‪ .‬זה לא‬
‫מוגבל רק לאחת מהקטליוזת‪ .‬באתר הפעילו יכולות להיות כמה חומצות אמינו שחלקן יעשו קטליזה‬
‫חומצית וחלקן קטליזה בסיסית‪.‬‬

‫‪ RNase A- RNase A‬הוא קטליזטור של חומצה‪-‬בסיס‪ .‬הוא אנזים שמפרק את הקשרים‬

‫הפוספו‪-‬דיאסטריים בין נוקלאוטידים שונים של ‪ .RNase‬האתר הפעיל הוא הקשת החומה‪,‬‬
‫הסובסטרט הוא ה‪ RNA‬בצבע שחור‪ .‬והכחולים אלו הן שתי חומצות אמינו אשר משפיעות על‬
‫הקישור הל הסובסטרט לאתר הפעיל‪ -‬הן רחוקות זו מזו בריצוף חומצות האמינו אבל על ידי‬
‫קיפול האתר הפעיל וכניסת הסובסטרט הן מתקרבות ומשתתפות באותה ריאקציה ובתיאום‬
‫ביניהן‪.‬‬

‫בשלב הראשון‪ ,‬אין קשר בין עמדה ‪ 2‬לעמדה ‪ .3‬לאחר מכן מגיעים למצב בו בעמדה ‪ 2‬ועמדה‬
‫‪ 3‬של הריבוז יש מצב ציקלי‪ ,‬בו יש פוספט שנקשר לשתי העמדות‪ .‬ניתן לבודד את בחלק‬
‫מתוצרי הריאקציה גם מינים ציקליים ולא רק את התוצר שנצפה לראות‪ .‬המינים הציקליים‬
‫מוסיפים מידע על מצב המעבר כי הם סוג של תוצרי ביניים של הריאקציה‪ .‬מתוצר הביניים נוכל‬
‫ללמוד מה הריאקציה הכימית שהתרחשה באתר הפעיל של האנזים‪.‬‬

‫ההיסטדין ‪( 12‬החומר הפעיל באתר ‪ -‬העליון) לוקח פרוטון מקבוצת הידרוקסיל בסובסטרט‬
‫(באדום)‪ ,‬בעקבות כך החמצן נהיה שלילי יותר והוא תקף את הקשר עם הזרחן הסמוך‬
‫בתקיפה נוקלאופילית‪ .‬במקביל היסטדין ‪( 119‬החומר הפעיל באתר‪ -‬התחתון) פעל כחומצה‬
‫והוא נתן את המימן שלו לחמצן הצמוד לקבוצה העוזבת וכך הוא עזר לקשר להישבר על ידי כך‬
‫שהוא חיזר את הקבוצה העוזבת (מסומנת בוורוד) היסטדין ‪ 12‬ניתב אחד החמצנים ופתח את‬
‫ההתקפה הנוקלאופיליות על הזרחן‪ .‬בכך שהיסדטדין ‪ 119‬פעל כחומצה וחיזר אחרי ה‪ LG‬הוא‬
‫עזב לה לעזוב‪ .‬שני הדברים שקרו במקביל יצרו מצב ביניים בו להיסטדין ‪ 119‬חסר פרוטון‬
‫ולהיסטדין ‪ 12‬יש פרוטון נוסף ועכשיו התהליך יתהפך‪ .‬במצב הביניים בגלל שהחמצן ביצע‬
‫התקפה נוקלאופילית נוצר מצב ביניים כי יש ביניהם קשר ויש ביניהם מצב ציקלי‪ .‬המצב הציקלי‬
‫הוא זה שרימז לנו על כל התהליך שקרה‪.‬‬

‫היסטדין ‪ 12‬והיסטדין ‪ 119‬פועלים כבסיס וחומצה – יורים את מצב המעבר וכך נחתך ה‪.RNA‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫בסופו של דבר ה‪ RNA‬המפורק ישתחרר בצורה רגילה ולא ציקלית‪ .‬זה קורה על ידי כניה של‬
‫מולקולת מים (ירוק) לאתר הפעיל‪ .‬היסטדין ‪ 12‬תתרום פרוטון להידרוקסיל – כך שהיא כעת‬
‫קטליזה חומצית‪ .‬והיסטדין ‪ 119‬תשמש כבסיס והיא תפשוט פרוטון מהמים וזה יאפשר ל‪OH-‬‬
‫שנותר להיצמד לקשר התחתון‪ ,‬ובכך האנזים כולו יעבור רגנרציה והתוצר ישתחרר‪.‬‬

‫אחת הסיבות ש‪ RNA‬מתפרק יותר בקלות מ‪ DNA‬היא של‪ DNA-‬חסר חמצן אחד וזה מקשה‬
‫על התהליך הזה‪ .‬מאחר של‪ DNA-‬יש רק מימן היסטדין ‪ 12‬לא יוכל לתקוף אותו והוא לא יוכל‬
‫לעבור אקטיבציה ולתקוף את הפוספט כי אין שם חמצן‪.‬‬
‫'מחזור ‪ – 2026‬סמסטר ב‬
‫נועה לוי‬

‫קטליזה קוולנטית‪ -‬בקטליזה קוולנטית לרוב נצטרך נוקלאופיל והאופן שבו הוא מאיץ את הריאקציה‬
‫היא על ידי יצירה זמנית של קשרים קוולנטיים בין הקטליסט לבין הסובסטרט‪ .‬יש קשרים קוולנטיים‬
‫שמקטינים את האנרגיה של המצב הזה‪ .‬הריאקציה היא בין קבוצה נוקלאופילית על קטליסט לבין‬
‫קבוצה אלקטרופילית על הסובסטרט‪ .‬הנוקלאופיליות של סובסטרט קשורה לבסיסיות שלו ולכן‬
‫הקטליזה הנוקלאופילית דומה מאוד לקטליזה הבסיסית‪ .‬במקום לקחת מימן (פרוטון) מהסובסטרט‬
‫הקטליסט תוקף בצורה נוקלאופילים ונוצר קשר קוולנטי זמני‪ .‬מבחינה ביולוגית הנוקלאופילים‬
‫החשובים ביותר בדרך כלל טעונים שלילית‪ ,‬יש להם זוג אלקטרונים לא מזווג והאלקטרופילים טעונים‬

‫חיובית‪.‬‬

‫קטליזה בעזרת יוני מתכת‪ -‬גם יוני מתכת יכולים לשמש כקטליסטים‪ .‬לאחוז גדול מהאנזימים יש‬
‫אסוציאיה עם מתכות וזו הסיבה שמתכות יכולות להיות רעילות מאוד‪ -‬כי הן יכולות לבחליף את המתכת‬
‫אבל לא לבצע את תפקידן‪ .‬אחת המשפחות הנפוצות ‪Metalloenzymes -‬בעלות קשר מאוד חזק‬
‫¿ ¿ ‪2+‬‬
‫‪2+ ¿ C‬‬
‫‪, o‬‬ ‫¿‬
‫‪3+ ¿ C‬‬
‫‪, u 2+ ¿ ,M n‬‬
‫‪F e 2+ ¿ ,F e‬הן חשובות בגלל המטען שלהן‪ -‬מאפשרות לקשור‬ ‫למתכות מעבר מסוימות כמו‬
‫¿‬
‫¿‬
‫¿‬

‫סובסטרט באוריינטרציה נכונה ולכן הן מייצבות את הריאקציה‪ .‬בנוסף הן מווכות ריאקציות חמצון‪-‬חיזור‬
‫בגלל מצב האוקסידציה המשתנה של היונים האלו‪.‬‬

‫האנזימים פתחו לאורך האבולוציה להביא סובסטרט ואנזים לקרבה מאוד גדולה וגם באוריינטציה מאוד‬
‫מדויקת‪ .‬הזווית שבין המגיבים והיציאה של הקבוצה העוזבת יכולות להשפיע על הריאקציה וזה חשוב‬
‫מאוד מבחינת יעילות התגובה‪ .‬הקרבה יכולה להביא להאצה אפילו פי ‪ .5‬זווית התקיפה יכולה להביא‬
‫להאצה של אפילו פי ‪ .100‬האנזימים מקפיאים את התנועתיות והויברציות של הסובסטרטים‪ .‬הייצוב‬
‫‪7‬‬
‫‪01.‬‬ ‫הזה תורם רבות ליעילות הריאקציות ויכול להביא להאצה של הריאקציה בסדר גודל של‬