‫חלבונים‬

‫החלבונים מהווים מרכיב מרכזי של התא החי‪ ,‬הם תופסים כ‪ 50% -‬מהמסה של החומר היבש בתא‬
‫ואחראים למבנה התא ולפעילות הביוכימית המתקיימת בו‪.‬‬

‫החלבונים הם פולימרים טבעיים העשויים מ‪ 20 -‬חומצות אמינו‪ .‬לכל חומצה אמינית יש את האופי‬
‫הכימי שלה (הידרופיליות\הידרופוביות וכו')‪ ,‬וע"י צירופים שונים של המונומרים ניתן לקבל חלבונים‬
‫בעלי מבנה ותפקוד המתאימים לצרכים הרבים של התא‪.‬‬
‫האופי של החומצה האמינית מתבטא באופי החלבון‪ ,‬למשל רוב החומצות האמיניות שמרכיבות חלבון‬
‫שמתמוסס במים הן בעלות אופי הידרופילי‪.‬‬

‫סוגי חלבונים‪:‬‬
‫חלבונים מבניים ‪ :‬חלבונים בעלי מבנה קשיח‪ ,‬המתאימים למבנה ולחיזוק התא (עור‪ ,‬שיער‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫ציפורניים‪ ,‬קרומי התאים)‪.‬‬
‫חלבונים גלובולריים (חלבוני תפקוד)‪ :‬חלבונים גמישים היוצרים מבנה תלת מרחבי המאפשר‬ ‫‪‬‬
‫פעילות ביוכימית (נוגדנים‪ ,‬הורמונים‪ ,‬שריר‪ ,‬קרישה‪ ,‬אנזימים‪ ,‬המוגלובין‪ ,‬מיוגלובין)‪.‬‬

‫חלק מהחלבונים נקשרים לקבוצות נוספות כגון יוני מתכות ומולקולות אורגניות שונות המגדילות את‬
‫תחום הפעילות ומאפשרות ביצוע של פעילויות ביוכימיות מורכבות‪.‬‬

‫מבנה בסיסי של חומצה אמינית‪:‬‬

‫קצה קרבוקסילי‬

‫קצה אמיני‬

‫שייר צד‬ ‫פחמן ‪α‬‬

‫לחומצה האמינית יש גם קבוצה בסיסית (אמין) וגם קבוצה חומצית (קרבוקסיל)‪.‬‬

‫התכונות המשותפות של חומצות אמיניות מקורן בחלק המשותף‪ ,‬והתכונות הייחודיות לחומצה‬
‫אמינית מסויימת מקורן בקבוצת ה‪.R-‬‬

‫איזומריה אופטית‪ :‬לכל חומצה אמינית‪ ,‬חוץ מגליצין‪ ,‬יש שני איזומרים אופטיים ‪ .D\L -‬בחלבונים כל‬
‫החומצות האמיניות הן מסוג ‪.L‬‬
‫לגליצין אין איזומרים אופטיים כיוון שיש לה שתי קבוצות דומות שקשורות לפחמן המרכזי‪.‬‬
 ‫בתמיסה מימית ב ‪ pH( pH=7‬פיזיולוגי)‪ ,‬החומצה האמינית‬
‫מקבלת צורה הכוללת שני יונים בעלי מטען הפוך (צוויטריון)‪.‬‬
‫זאת בעקבות יציאת ‪ H‬מהקבוצה הקרבוקסילית וקשירת ‪H‬‬
‫לקבוצה האמינית‪.‬‬

‫חלוקת חומצות האמינו לקבוצות לפי מידת הקוטביות של קבוצת ה‪:R-‬‬

‫טבעת בנזן בשייר (‬

‫‪ 3‬קשרים כפולים‬
‫בטבעת שמשתנים‬
‫בצורת רזוננס)‬
 ‫חומצות אמינו בעלות טבעת בנזן (טבעת ארומטית) בשייר בולעות קרינת ‪ UV‬באורכי גל של ‪250-‬‬
‫‪ .280nm‬ניתן לקבוע את ריכוז החלבון ע"י בליעה באורך גל של ‪ .280nm‬אולם קביעה זו אינה‬
‫מדויקת‪ .‬היתרון בבדיקה זו‪ :‬אין פגיעה בחלבון‪ ,‬ניתן להמשיך ולהשתמש בו לאחר הבדיקה‪ .‬שיטה זו‬
‫טובה כאשר כמות החלבון קטנה‪.‬‬

‫ציסטאין‪ :‬החומצה האמינית היחידה שיכולה ליצור קשרי ‪ ,S-S‬שמאפשרים קשר קוולנטי בין חומצות‬
‫אמינו רחוקות‪ .‬דנטורציה בחלקה שוברת קשרי ‪.S-S‬‬

‫חומצות האמינו מתחלקות ל‪ 2-‬קבוצות‪:‬‬

‫חיוניות (הכרחיות) ‪ :‬חומצות אמינו שחייבות להגיע דרך התזונה‪ .‬מצב של תת תזונה הוא מצב‬ ‫‪‬‬
‫בו לא מתקבלות כל החומצות האמיניות החיוניות‪.‬‬
‫לא חיוניות (לא הכרחיות) ‪ :‬חומצות אמינו שאפשר לבנות אותן בתא מחומצות אמינו אחרות‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫ארבעת חומצות האמינו ציסטאין‪ ,‬טירוזין‪ ,‬היסטידין וארגינין הן חומצות אמינו חצי חיוניות בעיקר‬
‫בילדים‪ ,‬משום שהמסלולים המטבוליים אינם מפותחים באופן מלא‪.‬‬

‫קיימות חומצות אמיניות נוסף על ה‪ 20-‬המקודדות ע"י ה‪ DNA -‬אך הן חומצות אמיניות שעברו‬
‫שינויים מטבוליים לאחר שילובן בחלבון‪ .‬כתוצאה מכך הן בעלות מבנה שונה‪.‬‬

‫קיימים מצבים בהם חומצות אמינו מתפקדות כבודדות ולא כחלק מחלבון‪,‬‬
‫למשל ‪ :PABA‬חומצת אמינו לא שגרתית המצויה באי‪-‬קולי ואינה משולבת‬
‫בחלבונים‪ .‬משלבים אותה בקרם הגנה בגלל יכולתה לקלוט קרינת ‪ UV‬בטבעת‬
‫הארומטית ולהפוך את אנרגיית הקרינה לחום‪.‬‬
 ‫קביעת מטען חלבון ברמות ‪ pH‬שונות‪:‬‬

‫כאשר החומצה האמינית נמצאת בתמיסה חומצית‪ ,‬ועוברת טיטרציה ע"י בסיס חזק ‪ -‬ה‪ pH-‬הולך‬
‫ועולה‪ ,‬ומטען הח"א הופך מחיובי לשלילי‪ .‬זאת בגלל העובדה שלכל ח"א יש לפחות ‪ 2‬קבוצות‬
‫טעונות (קבוצה אמינית‪ ,‬קבוצה קרבוקסילית ובמקרים מסויימים יש שייר בעל מטען)‪.‬‬

‫בהתחלה‪ ,‬ב‪ pH -‬נמוך מאוד‪ ,‬יון ‪ +H‬עדיין לא עוזב את קבוצת הקרבוקסיל בגלל היותה חומצה‬
‫חלשה‪ .‬החומצה החלשה מתחילה להתפרק בסביבות ‪( pH=2,3‬המטען הופך שלילי יותר)‪.‬‬
‫כאשר ממשיכים להעלות את ה‪ ,pH -‬מגיעים למצב בו כל יוני ‪ +H‬עזבו את הקרבוקסיל‪ ,‬ויוני ‪ H‬של‬
‫‪+‬‬

‫האמין עדיין לא עזבו‪ .‬במצב זה המטען שווה לאפס‪.‬‬

‫הנקודה האיזואלקטרית (‪ :)PI‬ה‪ pH -‬בו סך המטען על פני החומצה האמינית שווה לאפס‬
‫(המטענים מאזנים אחד את השני)‪ .‬נקודה זו נמצאת בתוך טווח מסוים בו המטען שווה לאפס‪,‬‬
‫והיא הרחוקה ביותר משתי הנקודות בהן משתנה המטען‪.‬‬
‫הנקודה האיזואלקטרית היא הממוצע בין שני ה‪ pKa -‬ביניהם המטען שווה לאפס‪.‬‬

‫כאשר ממשיכים להעלות את ה‪ ,pH -‬משתחרר יון ‪ +H‬גם מהאמין‪ ,‬ומתקבל מטען שלילי‪.‬‬

‫גרף טיטרציה של ח"א גליצין‬ ‫גרף טיטרציה של ח"א אלנין‬

‫מטען ‪1-‬‬

‫מטען ‪0‬‬
‫מטען ‪½-‬‬

‫מטען ‪½+‬‬

‫מטען ‪1+‬‬

‫לחומצות אמיניות בעלות שייר ‪ R‬עם מטען יש שלושה תחומי בופר‪.‬‬

‫לחומצה אספרטית ולחומצה גלוטמית יש שתי קבוצות חומציות ‪ -‬קרבוקסיל ושייר חומצי‪ ,‬שבקצה שלו‬
‫קבוצה נוספת של קרבוקסיל‪ .‬במהלך טיטרציה עם בסיס חזק‪ ,‬יש ‪ 3‬נקודות מהן משתחרר יון ‪.+H‬‬
‫ה‪ +H -‬הראשון יצא מקבוצת הקרבוקסיל שאינה נמצאת בשייר‪ ,‬בגלל קרבתה לקבוצת האמין‬
‫שמייצבת את המטען השלילי שלה‪ .‬ה‪ +H -‬השני שיצא הוא זה שקשור לקבוצת הקרבוקסיל שנמצאת‬
‫בשייר‪ ,‬וה‪ +H -‬האחרון שיצא הוא זה שנמצא בקבוצת האמין‪.‬‬

‫חומצה‬
‫אספרטית‬
‫חומצה‬
‫גלוטמית‬
 ‫החומצה האמינית היסטידין בעלת ‪ 3‬מטענים ‪ -‬מטען חיובי‬
‫על גבי הטבעת‪ .‬בטבעת יש קשרים כפולים וזוג‬
‫האלקטרונים של החנקן משתתף בתנועת האלקטרונים‬
‫בתוך הטבעת‪ .‬כך נוצר מצב שהחנקן פחות בסיסי מחנקן של‬
‫קבוצת אמין רגילה‪ .‬ב‪ pH=6 -‬המימן עוזב את האמין (באמין‬
‫רגיל זה קורה ב‪.)pH=11-12 -‬‬
‫בין ‪ pH=6‬ל‪ pH=9.17 -‬המטען הוא ‪ ,0‬באזור זה נמצאת הנקודה‬
‫האיזואלקטרית‪.‬‬
‫לחומצה זו חשיבות גדולה מכיוון שהמטען שלה משתנה ב‪pH -‬‬
‫פיזיולוגי ‪ -‬בתנאי הגוף חומצה זו בעלת היכולת הגדולה ביותר‬
‫לשנות את מטענה‪ .‬לכן היא מרכזית מאוד בתהליכים רבים‪.‬‬

‫סיכום ‪ -‬נתוני כל החומצות האמיניות‪:‬‬

 ‫השוואת ה‪ pKa -‬של קרבוקסיל ואמין פשוטים לאלה של חומצות אמינו (בחומצות אמינו ‪-‬‬
‫הקרבוקסיל והאמין סמוכים)‪:‬‬
‫‪-‬‬
‫נוכחות האמין מייצבת את יון ה‪ COO -‬שנוצר ע"י משיכת המטען השלילי לחנקן‪ ,‬לכן הקרבוקסיל‬
‫משחרר את הפרוטון ברמת ‪ pH‬נמוכה יותר מאשר קרבוקסיל רגיל‪.‬‬
‫באמין‪ ,‬המשיכה של זוג האלקטרונים הלא קושר של החנקן ע"י הקרבוקסיל בעל החמצנים‬
‫האלקטרושליליים מקטינה את הבסיסיות‪ ,‬והפרוטון החומצי עוזב בדרגת ‪ pH‬נמוכה יותר מאשר אמין‬
‫רגיל‪.‬‬

‫‪ pKa‬של קבוצה קרבוקסילית פשוטה ‪ -‬בסביבות ‪ pKa .4.8‬של קבוצה קרבוקסילית בח"א ‪.2.34 -‬‬
‫‪ pKa‬של קבוצה אמינית פשוטה ‪ -‬בסביבות ‪ pKa .10.6‬של קבוצה אמינית בח"א ‪.9.6 -‬‬

‫הקשר הפפטידי‪:‬‬

‫הקשר הפפטידי המחבר בין שתי חומצות אמינו נוצר בין החנקן‬
‫האמיני לפחמן הקרבוקסילי תוך יציאת מולקולת מים (יציאת ‪H‬‬
‫ו‪ .) OH-‬מתקבלת קבוצה אמידית‪.H-N-C=O :‬‬
‫ה‪ N-‬האמידי פחות בסיסי מה‪ N-‬האמיני שהיה לפני יצירת הקשר הפפטידי‪.‬‬

‫בתגובת הידרוליזה הקשר הפפטידי מנותק לחומצות אמינו בודדות‪.‬‬

‫מבחינה תרמודינמית‪ ,‬קיימת עדיפות ברורה לפירוק הקשר הפפטידי‪.‬‬

‫מבחינה קינטית‪ ,‬קצב הפירוק הוא איטי מאוד‪ .‬הבקרה הקינטית מונעת את הפירוק‪.‬‬
‫בסביבה חומצית או בסיסית תגובת ההידרוליזה מהירה יותר‪ .‬במערכת העיכול הסביבה החומצית‬
‫בסיוע אנזימים מאפשרת פירוק של חלבונים לחומצות אמינו‪.‬‬

‫המבנה שנוצר ‪ -‬פפטיד שמורכב ממספר חומצות אמינו‪ ,‬מכיל רק בקצוות קבוצות בעלות מטען‬
‫(אמינית או קרבוקסילית)‪ .‬אין מטענים באמצע השרשרת‪ ,‬אלא אם כן מצויים בה שיירים בעלי מטען‪.‬‬
‫מטען הפפטיד יחושב לפי מטען הקצוות‪ ,‬תוך התחשבות בשיירים בעלי מטען במידה ויש כאלה‪.‬‬
‫הנקודה האיזואלקטרית היא הממוצע בין המטענים בקצוות ומטעני השיירים (אם יש כאלה)‪.‬‬

‫דוגמא‪:‬‬

‫ב ‪ pH=2.3‬המטען הוא ‪.1.5+‬‬

‫הנקודה האיזואלקטרית תהיה בין ‪pH=9.1‬‬
‫ל ‪.pH=12.5‬‬

‫הקשר הפפטידי הוא בעל אופי של קשר כפול חלקי‪ .‬אורך הקשר ‪ C-N‬הוא ‪ 1.32Å‬והוא קצר מקשר‬
‫‪ C-N‬יחיד רגיל (‪ ,)1.48Å‬אך ארוך יותר מקשר )‪.C=N (1.27Å‬‬
‫קיימת תנועת אלקטרונים מהקשר הכפול ‪ C=O‬אל הקשר היחיד ‪ C-N‬ולהיפך‪ ,‬מה שמסביר את היעדר‬
‫האופי הבסיסי של החנקן האמידי ‪ .‬נוצר אורביטל מולקולרי יציב על פני שלושת האטומים‬
‫חנקן‪-‬פחמן‪-‬חמצן‪ .‬מבנה זה מקנה קשיחות לקשר הפפטידי (מישורי)‪ ,‬ואינו מאפשר סיבוב חופשי‬
‫מסביב לקשר‪ .‬כך נשמר מבנה הטרנס בין אטום המימן הקשור לחנקן לבין אטום החמצן הקשור‬
‫לפחמן ביחס של ‪ .1:1000‬המימן והחמצן צריכים להיות משני צידי הקשר (טרנס)‪ ,‬מה ששומר על כך‬
‫הוא הקשר ‪.C=N‬‬
‫תכונות אלה מקטינות את יכולת הפיתול של החומצות האמיניות וכך שומר החלבון על המבנה‬
‫המרחבי שלו‪ ,‬שהוא החשוב ביותר לתפקודו של החלבון‪.‬‬

‫טרנס‬

‫ציס‬
 ‫הגבלה על יכולת הסיבוב קיימת גם בנוכחות קבוצות ‪ R‬נפחיות‪ .‬ככל שקבוצות ה‪ R‬נפחיות יותר‪,‬‬
‫ההפרעה המרחבית גדולה יותר והחלבון קשיח יותר ‪ .‬לחלבון גמיש יש בממוצע קבוצות ‪ R‬קטנות‬
‫יותר‪.‬‬

‫בעקבות ההגבלה ביכולת התנועה והסיבוב שיוצר הקשר הפפטידי‪ ,‬התנועה‬

‫שמתבצעת היא של המישורים בלבד‪ ,‬אחד ביחס לשני מסביב לקשרים של‬
‫פחמן ה‪.α-‬‬
‫מגבלות אלה מצמצמות את האפשרויות הרבות לסידור המרחבי של‬
‫הפפטידים למספר מבנים מצומצם ובכך מקנה יציבות למבנה מרחבי מוגדר‬
‫שהוא תנאי הכרחי לקיום פעילות החלבון‪.‬‬
‫המבנה המרחבי של החלבון מורכב מ‪ 4 -‬רמות ארגון‪:‬‬
‫המבנה הראשוני ‪ :‬החומצות האמיניות שמרכיבות את החלבון והסדר שלהן (זהו המבנה‬ ‫‪‬‬
‫הרלוונטי מבחינה תזונתית)‪.‬‬
‫המבנה השניוני‪ :‬ארגון החומצות האמיניות במבנה מסוים‪ .‬שני המבנים העיקריים הם סליל ‪α‬‬ ‫‪‬‬
‫(נפוץ יותר) ו‪.β sheet -‬‬
‫המבנה השלישוני‪ :‬מספר מבנים שניוניים מאורגנים יחד‪ .‬זהו השלב הבסיסי ביותר לקבלת‬ ‫‪‬‬
‫חלבון‪.‬‬
‫המבנה הרביעוני‪ :‬מספר מבנים שלישוניים מאורגנים יחד‪ .‬במבנה הרביעוני יכולת הפעולה‬ ‫‪‬‬
‫טובה יותר מאשר במבנה השלישוני‪ .‬למשל‪ :‬המוגלובין ‪ -‬בזכות המבנה הרביעוני מסוגל‬
‫להשתנות ולעשות שתי פעולות מנוגדות (קשירת חמצן בריאות‪ ,‬שחרור חמצן ברקמות)‪.‬‬

‫סליל )‪:α (α-helix‬‬

‫סוג של מבנה שניוני בו קיימים קשרי מימן בין חומצות אמיניות הנמצאות על אותו רצף‪ .‬השרשרת‬
‫הפוליפפטידית מתארגנת כסליל צפוף לאורך ציר דמיוני‪ ,‬כיוונו בדר"כ ימני (יציב יותר מאשר הכיוון‬
‫השמאלי)‪.‬‬
‫הסליל מוחזק ע"י קשרים מימניים בין החמצן הקרבונילי והמימן האמיני הנמצאים אחד מתחת לשני‬
‫במרחק של כ‪ 4-‬חומצות אמינו (‪ 3.6‬ח"א בממוצע ‪ -‬למשל‪ :‬תחילת ח"א ‪ 3‬מחוברת לסוף ח"א ‪.)6‬‬
‫כאן באה לידי ביטוי חשיבות מבנה הטרנס‪ :‬כאשר החמצן והמימן נמצאים בכיוונים הפוכים הם יכולים‬
‫ליצור את הקשרים בסליל ‪.α‬‬

‫במבט מלמעלה לאורך הציר שמסביבו נוצר הסליל‪ ,‬ניתן לראות שקבוצות ה‪ R-‬פונות החוצה ולא‬
‫מפריעות לקשרים בתוך הסליל‪ .‬החלל שנוצר במרכז הוא דחוס ומונע כניסת מולקולות מים שהיו‬
‫מתחרות בקשרי המימן המייצבים את המבנה הסלילי‪ .‬מבנה זה מקנה יציבות לחלבון ולכן זוהי‬
‫הצורה הנפוצה ביותר‪.‬‬

‫הפרשי הגובה לאורך הסליל בין ח"א סמוכות הם ‪ .nm 0.15‬הן מסתובבות ב‪ 100o -‬אחת ביחס‬
‫לשניה‪.‬‬

‫המרחק לאורך הסליל הדמיוני בין מרכז סיבוב אחד לשני הוא ‪.nm 0.54‬‬
‫‪amino acids X 0.15 nm = 0.54 nm 3.6‬‬

‫סה"כ מצויות ‪ 18‬חומצות אמיניות בחמישה סיבובים של הסליל‪.‬‬

‫ישנם חלבונים בהם סלילי ‪ α‬משמשים כמבנה העיקרי‪ ,‬למשל המוגלובין‪.‬‬

 ‫סלילי ‪ α‬יכולים להתלפף זה סביב זה וליצור מבנה ‪ ,super helix‬למשל במבנה של החלבון קולגן‪:‬‬
‫חלבון חזק מאוד שבנוי מ‪ 3 -‬סלילי ‪ α‬מלופפים זה סביב זה‪ .‬הקולגן הוא החלבון הנפוץ ביותר בגוף‬
‫ובונה גידים‪ ,‬עצמות וסחוסים‪.‬‬

‫גורמים המשפיעים על התארגנות השרשרת הפוליפפטידית בסליל ‪:α‬‬

‫אופי קבוצות ה‪:R -‬‬
‫מטען חשמלי‪:‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬קבוצות ‪ R‬ללא מטען ‪ -‬הפפטיד יתארגן כ‪.α helix -‬‬
‫‪ -‬קבוצות ‪ R‬בעלות מטען זהה ‪ -‬הפפטיד חסר מבנה מרחבי‪ .‬השיירים דוחים זה את זה ופוגעים‬
‫ביציבות הסליל‪.‬‬
‫‪ -‬קבוצות ‪ R‬בעלות מטען שונה ‪ -‬ימשכו אחד את השני ויתרמו ליציבות הסליל‪.‬‬
‫נפחיות‪ :‬קבוצות ‪ R‬ארומטיות או נפחיות מאוד מביאות לפפטיד לא יציב במבנה ‪.α-helix‬‬ ‫‪‬‬
‫האינטרקציות בין קבוצות ה‪ R-‬המרוחקות ‪ 3-4‬מקומות ברצף ההליקס‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫נוכחות החומצה האמינית פרולין ברצף הסליל‪ :‬גורמת לשבירת מבנה ההליקס ומאפשרת את‬
‫יצירת המבנה השלישוני‪.‬‬
‫שבירת הסליל ע"י פרולין נובעת מהסיבות הבאות‪:‬‬
‫הסיבה העיקרית ‪ -‬החנקן האמיני הוא חלק מהטבעת‪ .‬זוהי הח"א היחידה במצב זה‪ .‬חנקן אמיני‬ ‫‪‬‬
‫רגיל קשור ל‪ 2-‬מימנים‪ .‬במקרה זה קשר אחד הלך לטבעת והחנקן קשור רק למימן אחד‪ .‬כאשר‬
‫נוצר קשר פפטידי המימן יוצא‪ ,‬לכן כאשר הפרולין נמצא בפפטיד הוא לא תורם קשר מימני‬
‫בסליל‪ .‬במקרה כזה המבנה הסלילי מאבד את יציבותו ונשבר‪.‬‬
‫חוסר במימן לייצוב קשרי המימן של ההליקס‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫המצאות חלק מהקשרים הפפטידיים בקונפיגורציית ציס (בגלל הטבעת)‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫‪:β sheet‬‬

‫צורה נוספת של המבנה השניוני‪ ,‬בה הסלילים של השרשראות הפוליפפטידיות מונחים במרחב זה‬
‫לצד זה ונראים כמו קפל במשטח‪ .‬מבנה זה פחות נפוץ מסליל ‪.α‬‬
‫גם צורה זו מתבססת על קשרי מימן ומחייבת מבנה של טרנס (‪ O‬ו‪ H-‬לא באותו צד)‪ .‬קשרי המימן‬
‫נוצרים בין אזורים של אותה שרשרת או בין שרשראות שונות‪.‬‬

‫‪Parallel‬‬ ‫‪Anti-parallel‬‬
‫יכולים להיות שני מצבים של שרשראות שנמצאות אחת מול השניה‪:‬‬
‫‪ - Parallel‬מקבילות ‪ -‬בעלות כיווניות זהה‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ - Anti-parallel‬אנטי מקבילות ‪ -‬בעלות כיווניות מתחלפת‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫מבנה זה יציב יותר מהמבנה המקביל‪ ,‬מפני שקשרי המימן קרובים‬
‫יותר אחד לשני וחזקים יותר מאשר הקשרים במבנה המקביל‪.‬‬

‫קבוצות ה‪ R-‬בולטות מעל ומתחת למשטחים לסירוגין בסלילים המונחים‬

‫זה לצד זה במרחב‪ .‬במבנה ‪ β‬בו השרשראות מונחות קרוב אחת לשניה‪,‬‬
‫קבוצות ה‪ R-‬יהיו צפופות יותר מאשר במבנה ‪ ,α‬לכן במבנה ‪ β‬קבוצות‬
‫אלה בעלות נפחים קטנים יותר ‪ -‬ניתן למצוא שכיחות גדולה של חומצות‬
‫אמיניות עם ‪ R‬קטן‪ ,‬כמו ‪( Gly‬גליצין ‪ -‬השייר הוא ‪ )H‬ו‪( Ala -‬אלנין ‪-‬‬
‫השייר הוא ‪.)CH3‬‬

‫מבנה ‪" β‬פתוח" יותר ממבנה ‪ .α‬המחזוריות שנמדדה בפיזור קרני ‪ X‬היא‬
‫של ‪.0.7-0.65nm‬‬
 ‫בכל חלבון (במבנה ‪ α‬או ‪ ,)β‬יש חומצות אמיניות שהן לא חלק מהמבנה‪,‬‬
‫תפקידן לייצר קטעי ביניים בין מבנה שניוני אחד לשני‪.‬‬
‫חלבון גמיש מכיל כמות רבה של חומצות אמיניות שאינן נמצאות במבנה‬
‫‪ α‬או ‪ ,β‬אלא בקטעי הביניים‪.‬‬

‫קביעת כמות חלבון כללית‪:‬‬

‫בליעת ‪:UV‬‬
‫חלבון בעל חומצות אמינו עם טבעות ארומטיות קולט קרינת ‪ UV‬באורך גל של ‪.280nm‬‬
‫יתרונות‪:‬‬
‫הבדיקה מהירה ונוחה‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫אינה מצריכה הכנת עקום כיול‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫אינה הורסת את החלבון ‪ -‬ניתן לשוב ולהשתמש בו‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫חסרונות‪:‬‬
‫לכל חלבון קבוע בליעה שונה‪ ,‬לכן יש להכיר את קבוע החלבון הספציפי של החלבון אותו‬ ‫‪‬‬
‫מעוניינים למדוד‪.‬‬
‫השיטה אינה מדוייקת‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫מתאים לבדיקת כמות חלבון נקי ולא תערובת חלבונים‪ .‬כמו כן‪ ,‬מתאים כאשר כמות החלבון קטנה‬
‫מאוד ולא רוצים לבזבז אותו‪.‬‬
‫אסור שבתמיסה יהיו אלמנטים קולטי קרינה אחרים‪ ,‬כמו חלקיקים שאינם מומסים או חומרי צבע‪.‬‬

‫שיטת ברדפורד‪:‬‬
‫שיטה ספקטרוסקופית למדידת ריכוז חלבון‪ .‬השיטה מתבססת על השינוי בצפיפות האופטית של‬
‫חומר הצבע קומאסי כתוצאה מתגובתו עם חומצות אמינו בסיסיות וחומצות בעלות שיירים ארומטיים‬
‫שמרכיבות את החלבון‪ .‬לכן התוצאה תלויה בהרכב החומצות האמיניות של החלבון הנמדד‪.‬‬
‫התגובה עם החלבון גורמת לשינוי צבעו של חומר הצבע ‪ -‬ככל שריכוז החלבון בתמיסה גבוה יותר‪,‬‬
‫כך התמיסה תהיה בעלת צפיפות אופטית גבוהה יותר‪ .‬כלומר‪ :‬צבע חזק יותר מעיד על כמות רבה‬
‫יותר של חלבון בתמיסה‪.‬‬
‫הצפיפות האופטית נמדדת בספקטרומטר באורך גל של ‪.595nm‬‬

‫תנאים לחקירת תכונות ומנגנון הפעילות של החלבון הם הפרדה וניקוי חלבונים‪.‬‬

‫השלבים‪:‬‬
‫הפרדה בין אברוני התא ע"י צנטריפוגה ‪ -‬החומרים הצפופים יותר (כבדים יותר) שוקעים‬ ‫‪.1‬‬
‫בתחתית המבחנה‪ .‬חשוב לשמור על תנאים אופטימליים לחלבונים ע"י שימוש בבופר מתאים‪.‬‬
‫הפרדה גסה על בסיס הבדלי גודל ע"י שיטת הדיאליזה ‪ -‬מבודדים חלבונים מחומרים אחרים‬ ‫‪.2‬‬
‫הנמצאים בתא (מולקולות קטנות יותר‪ ,‬כגון סוכרים ומלחים)‪ .‬החלבונים מושפעים מה‪pH-‬‬
‫שנקבע ע"י חומרים אלה‪.‬‬
‫הפרדה בין קבוצות של חלבונים ‪ -‬ההפרדה מנצלת הבדלי תכונות בין החלבונים‪ ,‬כגון‪ :‬גודל‪,‬‬ ‫‪.3‬‬
‫מטען חשמלי‪ ,‬הבדלי מסיסות‪ ,‬קישור ספציפי‪.‬‬
‫אחרי ההפרדה בין החלבונים ניתן לקחת חלבון בודד ולבדוק את המבנה הספציפי בכל ארבעת‬ ‫‪.4‬‬
‫דרגות הארגון‪.‬‬

‫דיאליזה‪:‬‬
‫הפרדה בין מאקרומולקולות למולקולות קטנות (יונים‪ ,‬חד סוכרים)‪.‬‬
‫שקית הדיאליזה מורכבת ממברנה חצי חדירה המכילה נקבים‬
‫קטנים‪ ,‬שמונעים את יציאת החלבונים ומאפשרים את יציאתן של‬
‫המולקולות הקטנות בלבד‪.‬‬
‫יש להחליף את התמיסה החיצונית מדי פעם על מנת לשמור על‬
‫מפל ריכוזים גבוה‪ ,‬שיגרום למולקולות הקטנות לצאת אל התמיסה‬
 ‫החיצונית‪.‬‬

‫הפרדה על בסיס גודל החלבון‪:‬‬

‫עמודה הבנויה מגרגרי פולימר המכיל נקבוביות‪ .‬את‬
‫החלבונים מזרימים דרך העמודה‪.‬‬
‫החלבונים הגדולים לא מצליחים להיכנס לפולימר ‪ -‬עוברים‬
‫בין הגרגרים ולא דרך הנקבוביות ומסלולם קצר יותר‪ ,‬לכן‬
‫הם מגיעים ראשונים לתחתית העמודה‪.‬‬
‫החלבונים הבינוניים מגיעים לתחתית העמודה אחרי‬
‫החלבונים הגדולים‪.‬‬
‫החלבונים הקטנים יכולים להיכנס לפולימר‪ ,‬והם עושים את‬
‫המסלול הארוך ביותר‪ ,‬לכן יגיעו אחרונים לתחתית העמודה‪.‬‬
‫מגבלה‪ :‬נפח החלבון אינו תמיד מעיד על גודלו‪ .‬קיימים‬
‫חלבונים נפחיים שאינם צפופים‪ ,‬וחלבונים קטנים וצפופים‪.‬‬
‫חלבונים כאלה יביאו תוצאות לא אמינות‪.‬‬
‫הפתרון‪ :‬לבצע דנטורציה לחלבונים‪ ,‬כך המבנה שלהם לא ישפיע על המיון‪.‬‬

‫הפרדה על בסיס מטען שונה‪:‬‬

‫קושרים לפולימר (מחליף יונים) מולקולות טעונות במטען חיובי או שלילי‬
‫למשיכת חלבונים בעלי מטען הפוך‪ .‬החלבונים הטעונים במטען הפוך‬
‫למחליף היונים נספחים אליהם ומחליפים את היונים שהיו קשורים לפולימר‪,‬‬
‫והחלבונים הניטרליים והטעונים במטען זהה נדחים וזורמים למטה‪.‬‬
‫הוצאת החלבונים הספוחים תיעשה ע"י הוספת מלחים שיתחרו על אתרי‬
‫הקישור ויחליפו את החלבונים הקשורים למחליף היונים‪ ,‬או שינוי ה‪ pH -‬של‬
‫התמיסה המריצה‪ ,‬דבר שישנה את המטען על גבי החלבון ויגרום לניתוקו‬
‫ממחליף היונים‪.‬‬
‫הפרדה זו מבוססת גם על גודל המטענים ולא רק על בסיס השוני ביניהם ‪-‬‬
‫מטען גדול יותר יקשר טוב יותר לפולימר‪.‬‬

‫מחליפי היוני איתם עובדים‪:‬‬

‫מחליף אניונים‬
‫מחליף קטיונים‬

‫הפרדה תוך ניצול הזיקה הספציפית של החלבון הנדרש לליגנד הקשור לפולימר‪:‬‬
 ‫זוהי שיטת ההפרדה הטובה ביותר כיוון שזהו זיהוי ספציפי‪ .‬אולם‪ ,‬על מנת לעבוד‬
‫בשיטה זו יש להכיר את תכונות החלבון‪ .‬שיטה זו מבוססת על בידוד החלבון ע"י‬
‫קשירת הליגנד שלו‪.‬‬
‫הליגנד המתאים קשור לפולימר שנמצא בקולונה‪ ,‬ותערובת החלבונים זורמת דרכו‪.‬‬
‫החלבון הספציפי יקשר לליגנד‪ ,‬ולאחר מכן על מנת לשחרר את החלבון מחליפים אותו‬
‫בליגנדים אחרים שיקשרו במקומו לפולימר‪.‬‬

‫אלקטרופורזה‪:‬‬
‫שיטה אנליטית לבדיקת מספר החלבונים בדוגמא‪ .‬בשיטה זו מתקבלת הפרדה‬
‫ברורה בין החלבונים‪ .‬יוצרים ג'ל דרכו החלבונים יכולים לנוע‪ ,‬כאשר מפעילים‬
‫את השדה החשמלי החלבונים נעים כלפי מטה‪ .‬הגורמים המשפיעים על‬
‫תנועת החלבונים בג'ל הם‪:‬‬
‫‪ -‬גודל המטען‪ :‬חלבון בעל מטען גדול יותר ינוע מהר יותר כלפי מטה בעקבות‬
‫משיכה חזקה יותר‪.‬‬
‫‪ -‬גודל השדה החשמלי‪.‬‬
‫‪ -‬צפיפות הג'ל‪ :‬אם הג'ל צפוף‪ ,‬המעבר דרכו קשה יותר ותנועת החלבונים איטית‬
‫יותר‪ .‬מתקבלת הפרדה בין חלבונים בעלי גדלים קרובים ‪ -‬ג'ל צפוף מבטא את‬
‫ההבדלים ביניהם‪.‬‬

‫הג'ל הוא פולימר מצולב אשר יוצר מבנה תלת מימדי‪ .‬כדי ליצור קשרי הצלבה‬
‫(קשרים בין פולימר לפולימר) יש צורך בקבוצה פונקציונלית שלישית‪ .‬צפיפות‬
‫הג'ל גדלה ככל שיש יותר קשרים בין שרשראות הפולימרים‪.‬‬
‫הג'ל חייב להיות אינרטי (אינו מגיב עם הסביבה)‪.‬‬

‫קיימות שתי דרכים להרצת החלבונים‪:‬‬

‫חלבונים שעברו דנטורציה‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫צורה נטיבית‪ :‬חלבונים שלא עברו דנטורציה ושמרו על המבנה המרחבי שלהם‪ .‬צורה זו יכולה‬ ‫‪‬‬
‫להטעות‪ ,‬מכיוון שהמבנה המרחבי של החלבון לא תמיד מעיד על גודל החלבון‪ .‬חלבון נפחי עם‬
‫מעט ח"א ירוץ לאט‪ ,‬וחלבון צפוף עם הרבה ח"א ירוץ מהר ויתקבלו תוצאות שגויות‪.‬‬
‫על מנת להתגבר על השגיאות‪ ,‬יש להריץ במקביל דוגמא אחרת שתעבור דנטורציה ‪ -‬שבירת‬
‫המבנה השלישוני והשניוני של החלבון‪ ,‬נשארת רק שרשרת חומצות האמינו וכך הגודל הוא‬
‫המבנה היחיד שמשפיע על התוצאות‪.‬‬

‫על מנת לעשות דנטורציה לחלבון‪ :‬מריצים את החלבונים עם מולקולות ‪ ,SDS‬בעלות מטען שלילי‪.‬‬
‫מולקולות ה‪ SDS -‬נקשרות לחלבון ביחס למספר החומצות האמיניות (‪ 2 - 2:1‬מולקולות ‪ SDS‬על‬
‫כל ח"א)‪ .‬נוצרת מעטפת שלילית מסביב לחלבון‪ ,‬המטענים השליליים מתרחקים אחד מהשני למרחק‬
‫מקסימלי ותוך כדי כך הם פותחים את המבנה השלישוני ופותחים קשרי ‪ .S-S‬גם המים עוזרים‬
‫לדנטורציה‪.‬‬
‫הדנטורציה שעבר החלבון יצרה מצב בו כל החלבונים בעלי מטען שלילי וחסרי מבנה‪ .‬השיקול היחיד‬
‫שיפריד יהיה גודל החלבון (אורך שרשרת הח"א)‪ :‬ככל שיהיה גדול יותר ינוע לאט יותר בג'ל‪ .‬חלבונים‬
‫ארוכים ישארו למעלה וחלבונים קצרים ירדו למטה‪ .‬כך מתקבלת הפרדה על בסיס גודל‪.‬‬

‫על מנת לדעת משקל של חלבון‪ :‬מריצים בג'ל דוגמאות מוכרות של חלבונים לצורך כיול‪.‬‬
‫על סמך התוצאות יוצרים סולם של המשקל‪ .‬לאחר מכן מריצים את החלבון בעל המשקל הלא‬
‫ידוע באותם תנאים‪ .‬ניתן להעריך את המשקל שלו לפי הסולם שנוצר בכיול‪.‬‬
 ‫מיקוד איזואלקטרי (‪:)isoelectric focusing‬‬
‫שיטה המבוססת על אלקטרופורזה של חלבונים למציאת הנקודה האיזואלקטרית‪.‬‬
‫דוגמת חלבונים מונחת על ג'ל פוליאקרילאמיד‪ ,‬שבנוי בגרדיינט ‪ .pH‬הפעלת‬
‫השדה החשמלי תגרום לחלבונים לנוע‪.‬‬
‫המקום בו החלבון נעצר מעיד על הנקודה האיזואלקטרית של החלבון‪ :‬כאשר‬
‫חלבון מגיע ל‪ pH -‬הנמצא בנקודה האיזואלקטרית שלו‪ ,‬המטען החשמלי‬
‫שלו מתאפס וכתוצאה מכך הוא מאבד את כושר התנועה שלו‪.‬‬

‫אלקטרופורזה דו‪-‬מימדית בג'ל‪:‬‬

‫שיטה להפרדת חלבונים בשני מימדים ולפי שני קריטריונים ‪ -‬הנקודה האיזואלקטרית והמסה‪.‬‬
‫כיוון שיש סבירות נמוכה ששני חלבונים שונים הם זהים במסתם ובמטענם החשמלי‪ ,‬עולה יכולת‬
‫ההפרדה של השיטה ביחס לשיטות החד‪-‬מימדיות (‪ SDS‬או גרדיינט)‪.‬‬
‫בשיטה זו‪ ,‬תערובת של חלבונים מופרדת תחילה באלקטרופורזה על גבי רצועת פוליאקרילאמיד‬
‫בעלת גרדיינט ‪ .pH‬החלבון מפסיק לנוע כאשר הוא מגיע לאזור בו ה‪ pH -‬זהה לנקודה‬
‫האיזואלקטרית של החלבון‪.‬‬
‫בהמשך‪ ,‬נטבלת הרצועה ב‪( SDS -‬על מנת להרוס את המבנה השלישוני של החלבון ‪ -‬רק אורך‬
‫השרשרת ישפיע על הבדיקה ולא המבנה המרחבי)‪ ,‬ומונחת על ג'ל פוליאקרילאמיד עם ‪ .SDS‬שדה‬
‫חשמלי שמופעל בזוית של ‪ 90o‬מהרצועה מפריד את החלבונים לפי מסה‪ .‬כך חלבונים בעלי אותה‬
‫נקודה איזואלקטרית מופרדים ע"י מסתם‪.‬‬

‫הפרדה בין חלבונים על בסיס מסיסות‪:‬‬

‫‪ - Salting out‬הוספת מלח מאוד מסיס (למשל אימוניום סולפט ‪ -‬בעל שני מטענים שליליים) שגורם‬
‫להקטנת מסיסות החלבון שנמצא בתמיסה‪ .‬מים לא יכולים להכיל מומסים בכמות בלתי מוגבלת‪,‬‬
‫ונוצר מצב של רוויה בתמיסה‪ .‬יוני המלח מתחרים עם החלבון על מולקולות המים‪ ,‬ומכיוון שמסיסותם‬
‫גבוהה יותר‪ ,‬היונים הם אלה שיקשרו למולקולות המים‪ .‬כתוצאה מכך מולקולות החלבון יקשרו אחת‬
‫לשניה ויווצר משקע‪.‬‬

‫קיים גם תהליך הפוך אשר מגביר את מסיסות החלבון בתמיסה‪:‬‬

‫‪ - Salting in‬הוספת כמות קטנה של מלח שעוזר למסיסות החלבונים‪ .‬ב‪ pH -‬קיצוני כל החלבונים‬
‫בעלי אותו מטען‪ ,‬ואין משיכה ביניהם‪ .‬במצב זה המסיסות שלהם הכי גבוהה ‪ -‬לא נקשרים אחד לשני‪.‬‬
‫המסיסות הכי נמוכה נמצאת בנקודה האיזואלקטרית‪ :‬מספר החלבונים בעלי המטען השלילי שווה‬
‫לאלה בעלי המטען החיובי‪ ,‬קיים סיכוי גבוה שהחלבונים יקשרו אחד לשני ‪ -‬לכן המסיסות בנקודה זו‬
‫תהיה נמוכה‪ .‬על מנת שהמסיסות תעלה בנקודה זו‪ ,‬ניתן להוסיף כמות קטנה של מלח‪ :‬החלבונים‬
‫נצמדים ליוני המלח במקום לחלבונים אחרים ‪ -‬החלבונים נשארים כמומסים במים ואינם יוצרים‬
‫משקע‪.‬‬
 ‫דנטורציה‪:‬‬

‫שינוי במבנה השלישוני הגורם לאיבוד הפעילות באופן חלקי או מלא‪ .‬הגורמים לדנטורציה פוגעים‬
‫בקשרים המייצבים את המבנה השלישוני ‪ -‬קשרי מימן‪ ,‬אינטראקציות הידרופוביות ויוניות‪ .‬בדר"כ‬
‫נפגע גם המבנה השניוני‪ ,‬גם אותו כוחות אלה מייצבים‪.‬‬
‫חלבון שעובר דנטורציה מאבד מהמסיסות שלו‪ .‬מה שחשוב לחלבון הידרופילי הוא מעטפת המכילה‬
‫ח"א עם תכונות מסיסות‪ .‬כאשר החלבון עובר דנטורציה‪ ,‬המבנה נהרס והח"א הפנימיות‬
‫(ההידרופוביות) חשופות למים‪ .‬דבר זה מקטין את מסיסות החלבון‪ ,‬והוא עלול לשקוע‪.‬‬

‫הגורמים העיקריים לדנטורציה‪:‬‬

‫העלאת טמפרטורה‪ :‬משפיעה בעיקר על ניתוק קשרי המימן‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬בישול גורם לדנטורציה של החלבונים‪ ,‬פותח אותם ובכך מקל על ההידרוליזה בקיבה‪.‬‬
‫שינוי ב‪ :pH -‬משפיע על מבנה שלישוני שמבוסס על משיכה‪ .‬שינוי ה‪ pH -‬יביא לשינוי המטען של‬ ‫‪‬‬
‫השיירים הטעונים‪ ,‬וכתוצאה מכך גורם לשינוי כוחות המשיכה והדחייה בין שיירי החומצות‬
‫האמיניות‪.‬‬
‫‪ -‬סביבה חומצית בקיבה מקלה על ההידרוליזה של החלבון‪.‬‬
‫‪ -‬החמצת חלב ע"י מיקרואורגניזמים גורמת לדנטורציה ושיקוע החלבונים‪.‬‬
‫‪ -‬בתהליך הכנת הגבינה מוסיפים חומצה לחלב‪ ,‬שגורמת לשקיעת החלבון עקב דנטורציה‪.‬‬
‫‪ -‬הוספת לימון לאבוקדו מונעת השחרה שלו בעקבות דנטורציה של אנזים שפועל כאשר הפרי‬
‫פתוח‪.‬‬
‫ממסים אורגניים (אוריאה וכוהל) ‪ :‬משפיעים על האינטראקציות ההידרופוביות של השיירים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫בעבר חשבו שמשפיעים על קשרי מימן‪ ,‬אך קשה להגיד כך בגלל שהם לא יוצרים קשרי מימן‬
‫טובים יותר מאשר מים ומדובר בסביבה מימית‪.‬‬
‫‪ -‬חיטוי ע"י אתאנול ‪ 70%‬גורם לשבירת מבנים חלבוניים בחיידקים‪.‬‬
‫דטרגנטים ‪ :‬חומרים עם קצה הידרופילי וקצה הידרופובי‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫הקצה ההידרופובי חודר למעמקי החלבון ויוצר אינטראקציות מתחרות עם הקבוצות הצדדיות של‬
‫חומצות האמינו ההידרופוביות‪ .‬אינטראקציות אלה מחלישות את האינטראקציות הקיימות בחלבון‬
‫הטבעי‪ .‬באופן דומה‪ ,‬הראש ההידרופילי מגיב עם הקבוצות ההידרופיליות שעל פני החלבון‬
‫ומחליש את האינטראקציות ביניהן‪.‬‬
‫מרקפטואתנול‪ :‬שובר קשרי ‪ S-S‬ע"י חיזור‪ ,‬ופוגם במבנה השלישוני של החלבון‪ .‬לאחר שהחלבון‬ ‫‪‬‬
‫יצר את המבנה השלישוני שלו (שמבוסס על קשרי מימן‪ ,‬וד"ו וכו')‪ ,‬הוא מחזק את הקשר ע"י‬
‫קשרי ‪( S-S‬קשר קוולנטי)‪ .‬המרקפטואתנול מוסיף מימן לכל ‪ S‬וכך שובר את קשר ה‪.S-S -‬‬

‫דנטורציה ורנטורציה‪ :‬תהליכים קואופרטיביים (שיתופיים) ‪ -‬איטיים בתחילתם ומהירים יותר עם‬
‫התקדמות התהליך‪.‬‬
‫רנטורציה ‪ -‬תהליך בו החלבון חוזר למבנה שלו לאחר דנטורציה‪ .‬תהליך זה קורה כיוון שהחלבון‬
‫שואף להגיע למבנה היציב ביותר שלו‪ ,‬שהוא המבנה השלישוני‪.‬‬

‫שלבי תהליך הדנטורציה‪:‬‬

‫דנטורציה חלקית ‪ -‬תהליך איטי‪ .‬חלק גדול מהמבנה נשמר בגלל השאיפה של החלבון לשמור על‬ ‫‪.1‬‬
‫המבנה היציב שלו‪.‬‬
‫דנטורציה מלאה ‪ -‬תהליך מהיר‪ .‬זהו שלב בו הקשרים הולכים ומתנתקים עד שיש קריסה של‬ ‫‪.2‬‬
‫החלבון‪ .‬בשלב זה השיקול האנטרופי גובר על השאיפה של החלבון להיות במצב היציב שלו‬
‫(מבחינת אנטרופיה לחלבון עדיף להיות במצב של דנטורציה)‪.‬‬

‫כאשר מחממים או משנים את ה‪ ,pH -‬בהתחלה ניתן לראות שינוי‬

‫קטן‪.‬‬
‫באזור טמפרטורה ‪ - 40o‬שינוי חד ומשמעותי‪ .‬בשלב זה החלבון‬
‫מתפרק לחלוטין (זהו השלב בו החלבונים החיוניים בגוף עוברים‬
‫דנטורציה)‪ .‬רוב החלבונים נפגעים באזור טמפרטורה ‪.50o‬‬

‫שלבי תהליך הרנטורציה‪:‬‬

‫היווצרות מבנים שניוניים שמתחברים ויוצרים את המבנה השלישוני‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫אזורים הידרופוביים יוצרים אינטראקציות ומכוונים את החלבון‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫קיימים חלבונים שעוזרים לתהליך הקיפול בחלק מהחלבונים‪ :‬חלק גדול מהחלבונים לא מצליח‬ ‫‪.3‬‬
‫לחזור למצב המקורי לאחר דנטורציה‪ .‬הם יגיעו למצב יציב אבל לא אידיאלי מבחינת תפקוד‪ .‬על‬
‫מנת להגיע לרמה היציבה ביותר יש להתגבר על אנרגיית שפעול‪.‬‬
 ‫קביעת רצף חומצות אמינו בחלבון‪:‬‬

‫לאחר דנטורציה‪ ,‬החלבון נמצא במצב של שרשרת חומצות אמינו‪ .‬כדי לדעת איזה חומצות אמינו‬
‫מרכיבות את החלבון ואת הסדר שלהן יש לפרק את השרשרת‪.‬‬

‫באמצעות ידיעת רצף חומצות אמינו בחלבון ניתן‪:‬‬

‫לקבוע בהערכה גסה את מטען החלבון ואת ה‪ pH -‬האיזואלקטרי שלו (‪.)PI‬‬ ‫‪‬‬
‫לקבוע את גודל החלבון‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫להעריך מהו המבנה השניוני של קטעים מסוימים בחלבון‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫באמצעות השוואת רצפים של חלבונים ניתן‪:‬‬

‫לזהות אתרים חיוניים לפעילות החלבון ‪ -‬סביר שהאתר הפעיל בחלבון יהיה דומה בין חלבונים‬ ‫‪‬‬
‫דומים שנמצאים באורגניזמים שונים‪ .‬לפי הופעת חומצות אמינו באתרים קבועים בכל‬
‫האורגניזמים ניתן לזהות את מיקום האתר הפעיל‪.‬‬
‫לזהות פגמים במחלות תורשתיות ‪ -‬השוואה בין רצף של חומצות האמינו הקיימות בחלבון תקין‬ ‫‪‬‬
‫לבין רצף חומצות אמינו בחלבון פגום‪.‬‬
‫לחזות את תכונות החלבון ‪ -‬ניתן לחזות שתי תכונות‪:‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬משקל מולקולרי (‪.)PJ‬‬
‫‪ -‬מיקום החלבון בתא ‪ -‬לפי אופי חומצות האמינו‪:‬‬
‫חלבון ממברנלי מורכב ברובו מחומצות אמינו הידרופוביות‪.‬‬
‫חלבון ציטופלסמטי מורכב ברובו מחומצות אמינו הידרופיליות‪.‬‬
‫חלבון אמפיפטי (חציו מחוץ לממברנה וחציו בתוכה) מורכב משני חלקים ‪ -‬הידרופילי והידרופובי‪.‬‬

‫על מנת לגלות את רצף חומצות האמינו‪ ,‬עובדים עם אנזימים שונים‪ ,‬בעיקר פרוטאזות (חלבונים‬
‫שמפרקים חלבונים אחרים ע"י שבירת הקשר הפפטידי)‪ .‬קיימים אנזימים שמפרקים חלבונים באזורים‬
‫ספציפיים‪ .‬כמו כן‪ ,‬קיימים גם חומרים כימיים שעושים פעולה זו‪ ,‬כמו ציאנוגן ברומיד‪.‬‬

‫שיטה ‪ :1‬מטרתה ‪ -‬לדעת מי הן החומצות האמיניות שמרכיבות את החלבון ואת כמותן‪.‬‬

‫בשיטה זו‪ ,‬מבשלים את החלבון בחומצה חזקה ‪ ,HCl 6M‬שמביאה לשבירת הקשר הפפטידי בין כל‬
‫חומצות האמינו שמרכיבות את החלבון‪ .‬שיטה זו מספיקה מבחינה תזונתית‪.‬‬

‫שיטה ‪ - 2‬שיטת אדמן‪:‬‬

‫שלב ראשון‪ :‬חיתוך השרשרת הפוליפפטידית לפפטידים קצרים‪.‬‬

‫בשיטת אדמן לא ניתן להשתמש בפפטידים בעלי למעלה מ‪ 50-‬ח"א‪ ,‬מכיוון שכל מחזור מגדיל את‬
‫כמות הפפטידים שלא עברו את כל הריאקציות בצורה מושלמת‪ ,‬ואיכות הריצוף הולכת וקטנה עם‬
‫מספר המחזורים‪ .‬לכן יש לחתוך את השרשרת הפוליפפטידית לפפטידים קצרים המכילים עד ‪20‬‬
‫חומצות אמיניות‪.‬‬
‫את החלבון חותכים בשתי שיטות שונות הנבדלות זו מזו באתרי החיתוך הספציפיים‪( .‬למשל טריפסין‬
‫וכימוטריפסין שחותכים חלבונים במקומות שונים בשרשרת)‪.‬‬

‫שלב שני‪ :‬ריצוף הפפטידים הקצרים‪.‬‬

‫הריאגנט פנילאיזותיוציאנט נקשר בקשר קוולנטי לחומצה האמינית הראשונה בפפטיד‪ ,‬אשר ממוקמת‬
‫בקצה האמיני של החלבון‪.‬‬
‫בחשיפה לתנאים חומציים מתונים (בנוכחות ‪ ,)HCl‬משתחררת מולקולה שמורכבת מהריאגנט‬
‫ומהחומצה האמינית שנקשרה אליו‪ .‬בנוסף‪ ,‬שאר הקשרים הפפטידיים נשארו שלמים‪ ,‬ושרשרת‬
‫החלבון נותרה ללא החומצה האמינית הראשונה (שכעת קשורה לריאגנט)‪.‬‬
‫המולקולה שהתקבלה מופרדת ומזוהה ע"י כרומטוגרפיה או אלקטרופורזה‪.‬‬
‫פעולה זו מבוצעת שוב על הפפטיד המקוצר‪ ,‬הריאגנט יקשר לחומצה האמינית שכעת היא הראשונה‪.‬‬
‫פעולה זו נמשכת לאורך כל השרשרת‪ ,‬עד שמזוהות כל החומצות האמיניות המרכיבות אותה‪.‬‬
‫בדרך זו‪ ,‬של הסרה עוקבת וזיהוי של החומצה האמינית בקצה האמיני‪ ,‬אפשר לקבוע את הרצף‬
‫השלם של הפפטיד‪.‬‬
‫אם החלבון בנוי משרשרת ארוכה‪ ,‬הריאגנט יכול להיקשר לחומצה אמינית שלא נמצאת בתחילת‬
‫השרשרת‪ .‬לכן‪ ,‬על מנת להקטין את הסיכוי לטעויות‪ ,‬יש לעבוד בשיטה זו עם מקטעים קצרים של‬
‫פפטיד‪.‬‬
 ‫שלב שלישי‪ :‬מציאת הרצף השלם‪.‬‬
‫שילוב המידע שנאסף על רצפי מספר סדרות של פפטידים קצרים שהוכנו מאותה שרשרת בשיטות‬
‫ביקוע שונות‪.‬‬
‫בדיקת הקטעים ההתחלתיים והסופיים של מקטע אחד והתאמתם למקטעים שנוצרו בשיטה השניה‪.‬‬
‫חלק שנחתך בשיטה אחת יופיע כרצף בשיטה אחרת‪.‬‬
 ‫יחסי הגומלין בין מבנה לתפקוד של חלבון‬

‫חלבונים נשאי חמצן ‪ -‬מיוגלובין והמוגלובין‬

‫מטרתם‪ :‬העברת חמצן מרקמת הריאות לכל התאים לצורך פעולת הנשימה‪.‬‬

‫על מנת להעביר חמצן יש צורך להתגבר על מספר קשיים‪:‬‬

‫מסיסות נמוכה של חמצן במים (מולקולה לא קוטבית)‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫החמצן לא נקשר לאף חומצת אמינו בצורה הפיכה‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫קשירת ברזל לחמצן בצורה ישירה גורמת ליצירת רדיקלים של חמצן הגורמים לפגיעה ב‪.DNA -‬‬ ‫‪‬‬
‫הפתרון‪ :‬קשירת חמצן ל‪ Fe -‬הקשור בקבוצת ‪ .Heme‬במצב זה הברזל קושר את החמצן‬
‫‪+2‬‬

‫בצורה הפיכה ומשחרר אותו בתאים ללא יצירת רדיקלים‪.‬‬

‫קבוצת ה‪:Heme -‬‬

‫קבוצה פרוסטטית (מולקולה לא חלבונית הקשורה לחלבון באופן קבוע ותורמת לפעילותו) של‬
‫מיוגלובין והמוגלובין‪ .‬קבוצה זו קושרת את ‪ Fe+2‬ומורכבת מטבעות שמכילות אמינים‪ .‬החמצן חודר‬
‫למולקולת ההמוגלובין\מיוגלובין ונקשר לקבוצת ההם‪.‬‬

‫המבנה המרחבי של המיוגלובין‪:‬‬

‫‪ 153‬ח"א‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫מבנה שלישוני המורכב מ‪ 8 -‬מקטעי ‪ α‬הליקס (‪ A,B,C,D‬וכו')‪ ,‬ומקטעים‬ ‫‪‬‬
‫אשר מחברים את מקטעי ‪ α‬הליקס (‪ AB,CD,EF‬וכו')‪.‬‬
‫כיס הידרופובי שמאפשר קשירה ללא הפרעה של מים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫קבוצת הם‪ :‬החמצן נקשר לברזל שבתוכה בקשר שאינו קוולנטי (כדי לאפשר‬ ‫‪‬‬
‫שחרור עתידי של החמצן)‪.‬‬

‫קשירת חמצן ע"י מיוגלובין‪:‬‬

‫הזיקה של מיוגלובין לחמצן מאוד גבוהה‪:‬‬
‫בלחץ חלקי נמוך של חמצן ניתן לראות כי יש רוויה של ‪ - P50( 50%‬חצי ממולקולות‬
‫המיוגלובין קשורות לחמצן בלחץ זה)‪ P50 .‬נמוך מראה על אפיניות גבוהה‪.‬‬
‫בלחץ נמוך יחסית‪ 20 ,‬מ"מ כספית‪ ,‬הגרף מתיישר ‪ -‬המיוגלובין מגיע למקסימום רוויה‪.‬‬
‫זיקה זו יכולה להסביר מדוע החמצן עובר מחוץ התא אל תוך התא‪ .‬ללא זיקה גבוהה‬
‫לא היה מתקיים הפרש גדול בריכוז החמצן בין פנים התא לחוץ התא‪.‬‬

‫המיוגלובין נמצא בתוך התאים בגוף ובעיקר בתאי השריר (שם יש צורך בכמות גדולה של חמצן‬
‫ובגמישות באספקת החמצן) ומתפקד כמאגר חמצן זמין לתא‪ .‬המיוגלובין משחרר את החמצן לתאים‬
‫באמצעות דיפוזיה‪.‬‬
‫תאים שמשתמשים בכמות קבועה של חמצן אינם זקוקים למיוגלובין‪ ,‬ומקבלים את החמצן ע"י דיפוזיה‬
‫בלבד‪.‬‬
 ‫ההמוגלובין נמצא בתאי הדם האדומים‪ ,‬שמכילים בעיקר אותו ואינם כוללים את המרכיבים האחרים‬
‫של התא‪ .‬תפקידם היחיד הוא להיות נשאים של חמצן‪ .‬הההמוגלובין משחרר את החמצן בסמוך‬
‫לתאים‪ ,‬שם החמצן נקשר למיוגלובין‪.‬‬
‫לאחר המעבר בריאות‪ ,‬ההמוגלובין רווי ב‪ 96% -‬חמצן ובחזרתו ב‪ .64% -‬המבנה המרחבי האלוסטרי‬
‫של ההמוגלובין הוא זה המאפשר לו להיות עם זיקה גבוהה לחמצן בריאות ועם זיקה נמוכה יותר‬
‫בתאים ולשחררו בתאים למולקולת המיוגלובין‪.‬‬

‫המבנה המרחבי של ההמוגלובין‪:‬‬

‫מבנה רביעוני המכיל שני מקטעי ‪ α‬ושני מקטעי ‪.β‬‬ ‫‪‬‬
‫ארבעת החלבונים השלישוניים שמרכיבים את ההמוגלובין בעלי מבנה דומה לזה של המיוגלובין‬ ‫‪‬‬
‫(אולם לא זהה)‪.‬‬
‫כל אחד מארבעת החלבונים מכיל קבוצת הם‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫השוואת עקומות הקישור של המוגלובין ומיוגלובין בלחצים שונים של חמצן‪:‬‬

‫ריאות‬ ‫שריר‬

‫הגרף של ההמוגלובין הוא גרף סיגמואידי (דמוי ‪ ,)S‬אשר מראה על חלבון שיתופי‪.‬‬
‫לחץ החמצן ברקמה משפיע על כמות החמצן המשתחררת מההמוגלובין‪:‬‬
‫בריאות‪ pO2=100mmHg :‬ההמוגלובין קושר חמצן ביעילות ‪ 96% -‬מהאתרים רוויים‪.‬‬
‫בשריר במנוחה‪ pO2 = 40mmHg 75% :‬מאתרי ההמוגלובין רוויים‪.‬‬
‫בשריר במאמץ‪ pO2=20mmHg 30% :‬מאתרי ההמוגלובין רוויים‪.‬‬

‫בריכוזים נמוכים של חמצן‪ ,‬הזיקה של ההמוגלובין לחמצן נמוכה‪ .‬רק כאשר מגיעים לריכוזים גבוהים‬
‫יותר (‪ 26‬מ"מ כספית) ההמוגלובין מגיע ל‪ 50% -‬רוויה‪ .‬במיוגלובין ‪ 50%‬רוויה מתקבלת ב‪ 2.8 -‬מ"מ‬
‫כספית‪.‬‬
‫בריאות הלחץ החלקי של החמצן הוא גבוה‪ ,‬והזיקה של ההמוגלובין והמיוגלובין גבוהה ושווה‪ .‬לכן‬
‫בריאות ההמוגלובין קושר טוב את החמצן‪ .‬המיוגלובין נמצא בתא‪ ,‬שם ריכוז החמצן נמוך‪ ,‬לכן נתון זה‬
‫אינו משפיע על פעולתו‪.‬‬
‫כאשר הפער בין הזיקה של המיוגלובין לזיקה של ההמוגלובין גדל (בשריר במאמץ)‪ ,‬המעבר מזיקה‬
‫נמוכה לגבוהה יהיה מהיר יותר‪.‬‬
‫כאשר הפער בין שתי הזיקות הוא נמוך (בשריר במנוחה)‪ ,‬כמות קטנה יותר של חמצן תעבור‬
‫מההמוגלובין למיוגלובין‪.‬‬

‫ההמוגלובין הוא חלבון אלוסטרי‪ :‬בעל מבנה רביעוני ‪ 4 -‬תת יחידות הקושרות חמצן‪.‬‬
‫יש שיתופיות בקישור ובשחרור החמצן לתת היחידות (עקומת קישור סיגמואידית)‪ .‬החמצן הוא‬
‫מודולטור חיובי‪ :‬קישור החמצן לאחת מקבוצות ההמוגלובין גורם לכך שהקישור לקבוצה הבאה יהיה‬
‫טוב יותר‪ .‬קשירת חמצן יוצרת שינוי במבנה אשר מגדיל את הזיקה לחמצן‪.‬‬
‫ניתן לראות זאת בעקומת הקישור של ההמוגלובין‪ :‬בקשירת החמצן הראשון הזיקה היא נמוכה‪ .‬לאחר‬
‫הקשירה הראשונה השיפוע עולה (הזיקה גדלה)‪ ,‬ולאחר עוד קשירה השיפוע הופך חד יותר‪.‬‬
 ‫שינוי הקונפורמציה בהמוגלובין‪:‬‬

‫ההמוגלובין עובר שינוי במבנה שמתאפשר בזכות המבנה הרביעוני‪ ,‬והופך אותו למעין שני חלבונים‪.‬‬
‫בעקבות כך‪ ,‬בריאות יש לו זיקה גבוהה לחמצן ובתאים יש לו זיקה נמוכה לחמצן‪.‬‬

‫ההמוגלובין יכול להימצא בשני מצבים‪:‬‬

‫מצב )‪ :T (tense‬דאוקסיהמוגלובין ‪ -‬מצב קשיח‪ .‬הזיקה לחמצן נמוכה יותר לעומת מצב ‪.R‬‬ ‫‪‬‬
‫מצב )‪ : R (relexed‬אוקסיהמוגלובין ‪ -‬מתוח פחות‪ .‬מכיל פחות קשרים מייצבים‪ ,‬בעל זיקה‬ ‫‪‬‬
‫גבוהה לחמצן‪ ,‬שנובעת בעקבות שינוי במבנה קבוצת ההם‪.‬‬

‫‪T + O2‬‬ ‫‪R‬‬

‫‪ R‬מלא ‪ 4 -‬קבוצות ‪ O2‬קשורות להמוגלובין‪.‬‬

‫‪ T‬מלא ‪ -‬לא קשורות בכלל קבוצות ‪.O2‬‬
‫בריאות ההמוגלובין נמצא במצב ‪ ,R‬ובתאים יש מעבר ממצב ‪ R‬למצב ‪ .T‬אולם מעבר זה אינו קורה‬
‫בבת אחת‪ ,‬קיים גם מצב ביניים‪.‬‬

‫מקדם היל (‪ :)Hill plot‬פרמטר של שיתופיות‪.‬‬

‫מקדם ‪ - 1‬אין שיתופיות‪ .‬החמצן שנקשר לקבוצה הראשונה לא עזר\הפריע לחמצן השני להיקשר‬ ‫‪‬‬
‫לקבוצה השניה‪.‬‬
‫מקדם בין ‪ 1‬ל‪ = n( n-‬מספר הקבוצות הקושרות) ‪ -‬שיתופיות חלקית‪ .‬זהו המצב שקורה בדר"כ‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫מקדם ‪( - n‬מצב היפותטי) שיתופיות מקסימלית‪ 100% ,‬זיקה‪ .‬זהו המצב האידיאלי‪ ,‬בו קשירת‬ ‫‪‬‬
‫החמצן הראשון גרמה לקשירת חמצנים בכל האתרים הקושרים‪.‬‬
‫מקדם קטן מ‪ - 1-‬עיכוב‪ .‬קישור של מולקולה מסוימת יפריע למולקולות אחרות להיקשר‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫שיפוע הגרף מבטא את מקדם היל‪ .‬מקדם היל מקסימלי יבוטא בגרף‬
‫משופע יותר‪.‬‬

‫מקדם היל של המיוגלובין הוא ‪ 1‬לאורך כל הגרף ‪ -‬למיוגלובין אתר‬

‫קישור אחד‪ ,‬לכן אין בו שיתופיות‪.‬‬
‫מקדם היל המקסימלי של ההמוגלובין הוא הממוצע בין שיפועי הגרף ‪-‬‬
‫‪ ,3.5‬בהתאם לארבעת אתרי הקישור שיש לו‪.‬‬

‫הקוים המקווקוים מראים מה היה מקדם היל אם ההמוגלובין לא היה‬

‫חלבון שיתופי ‪ -‬בשניהם השיפוע הוא ‪.1‬‬
‫הקו התחתון‪ :‬אם ההמוגלובין היה נשאר במצב ‪ - T‬זיקה נמוכה ללא‬
‫שיתופיות‪.‬‬
‫הקו העליון‪ :‬אם ההמוגלובין היה נשאר במצב ‪ - R‬זיקה גבוהה ללא‬
‫שיתופיות‪.‬‬

‫ב‪ y=0 50% -‬מהאתרים תפוסים‪.‬‬

 ‫פרט לאתר הפעיל אליו נקשר החמצן‪ ,‬קיימים אתרי קשירה נוספים ‪ -‬אתרים אלוסטריים‪ .‬לאתרים‬
‫אלה נקשרים אפקטורים (מודולטורים) הגורמים לשינוי במבנה החלבון ומשפיעים על קישור ושחרור‬
‫החמצן‪.‬‬

‫להמוגלובין מספר אפקטורים המשפיעים על הזיקה לחמצן‪:‬‬

‫ריכוז ‪ :CO2‬עליה בריכוז ‪ CO2 ‬ירידה בזיקה לחמצן ‪ ‬שחרור החמצן‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫עליה בריכוז ה‪ CO2 -‬מעידה על צריכה מוגברת של חמצן‪.‬‬
‫ריכוז ‪ :+H‬עליה בריכוז ‪ H+ ‬ירידה בזיקה לחמצן ‪ ‬שחרור החמצן‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪+‬‬
‫הסיבות לעליית ריכוז ‪: H‬‬
‫‪ -‬נוכחות של ‪ ,CO2‬אשר בתגובה עם המים יוצר חומצה פחמתית‪.‬‬
‫‪ -‬חומצת חלב שמשתחררת בתנאי חוסר חמצן גורמת לעליה בריכוז ‪.+H‬‬
‫ריכוז ‪ :BPG‬עליה בריכוז ‪ BPG ‬ירידה בזיקה לחמצן ‪ ‬שחרור החמצן‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫אצל אנשים הנמצאים במקומות גבוהים‪ ,‬בהם קיימת בעיה של אספקת חמצן‪ ,‬יש ריכוז גבוה של‬
‫‪ BPG‬בדם על מנת להגדיל את שחרור החמצן מההמוגלובין‪.‬‬

‫כל הגורמים האלה מאפשרים להמוגלובין לקשור חמצן בריאות בזיקה גבוהה ולשחרר אותו בתאים‬
‫ע"י הקטנת הזיקה אליו‪.‬‬

‫אפקט בוהר (‪ - )Bohr‬ככל שכמות ה‪ CO2 -‬ו\או יוני ‪ +H‬עולה‪ ,‬זיקת ההמוגלובין לחמצן תרד‬
‫והחמצן ישתחרר יותר טוב‪.‬‬

‫יוני המימן הם מודולטור אלוסטרי‪ .‬קישורם להמוגלובין מייצב את קונפורמציית ‪ T‬וכתוצאה מכך‬
‫האפיניות לחמצן יורדת‪.‬‬
‫בנוכחות יוני ‪( +H‬סביבה חומצית)‪ ,‬נוצרים קשרי מימן בין היסטידין (‪ )His146‬ואספרטט (‪.)Asp94‬‬
‫קשרים אלה נוצרים בעקבות העובדה שנקשר פרוטון לקבוצה האמינית של ההיסטידין‪ ,‬שהופך אותה‬
‫ל‪ . +NH3 -‬המטען החיובי בעל משיכה גבוהה למטען השלילי של קבוצת ‪ -COO‬אשר על האספרטט‪.‬‬
‫קשרי המימן מייצבים את המבנה המתוח ‪ T‬של ההמוגלובין ומקטינים את הזיקה שלו לחמצן‪.‬‬

‫כאשר החומציות נמוכה‪ +NH3 ,‬מאבד את הפרוטון ואין משיכה בין ההיסטידין לאספרטט‪ .‬במצב כזה‬
‫הקשר נחלש‪ ,‬החלבון נהיה פחות מתוח ויכול לעבור למצב ‪ - R‬הגדלת הזיקה לחמצן‪.‬‬

‫בשריר פעיל‪ ,‬החומציות עולה בגלל יצירת חומצה לקטית ועליית ריכוז ‪ ,CO2‬ויש צורך בתוספת חמצן‬
‫לתא‪ .‬ניתן להשיג זאת ע"י הקטנת הזיקה של ההמוגלובין לחמצן‪.‬‬

‫בריאות ה‪ pH-‬הוא ‪ 7.6‬וברקמות ה‪ pH-‬הוא ‪.7.2‬‬

‫ככל שה‪ pH -‬יורד‪ ,‬ההפרש בזיקה של ההמוגלובין לעומת זו של המיוגלובין הולך וגדל‪ ,‬ומעבר החמצן‬
‫מההמוגלובין למיוגלובין מהיר יותר‪.‬‬
‫ב‪ pH-‬גבוה יחסית (רקמה לא פעילה) הפער ביניהם קטן יותר ומעבר החמצן הוא איטי יותר‪.‬‬

‫קישור ה‪:CO2 -‬‬

‫הובלת ה‪ CO2 -‬בדם מתרחשת ב‪ 3-‬מסלולים‪:‬‬

‫ביקרבונט (‪ :)80%‬רוב ה‪ CO2 -‬מובל בדם בצורת יון ביקרבונט‪ ,‬שנוצר כתוצאה מריאקציה של‬ ‫‪‬‬
‫ה‪ CO2 -‬עם מולקולת מים‪ .‬בריאקציה זו נוצרת חומצה קרבונית וממנה נוצר יון ביקרבונט‪.‬‬
‫‪ CO2‬מומס בדם (‪ :)10%‬מידת המסיסות של ה‪ CO2-‬בדם גבוהה פי ‪ 20‬ממידת המסיסות של‬ ‫‪‬‬
‫החמצן‪.‬‬
‫‪ CO2‬קשור לחלבונים‪ :‬כ‪ 10% -‬נוספים מכלל ה‪ CO2 -‬נקשרים להמוגלובין ויוצרים קומפלקס של‬ ‫‪‬‬
‫קרבואמינוהמוגלובין‪ .‬ההמוגלובין משמש גם כנשא של ‪.CO2‬‬
 ‫‪ CO2‬נקשר לקצה האמיני הפנוי של שרשראות ההמוגלובין‪ .‬קישורו מייצב את קונפורמציית‬
‫דאוקסיהמוגלובין ולכן מגביר שחרור חמצן מההמוגלובין‪.‬‬
‫ברקמות פריפריות‪ :‬רמת ה‪ CO2 -‬גבוהה ‪ ‬חמצן משתחרר לרקמה‪.‬‬
‫בריאות‪ :‬רמת ה‪ O2 -‬גבוהה ‪  CO2‬משתחרר ו‪ O2 -‬נקשר‪.‬‬

‫אפקט מצטבר של ‪ CO2‬וירידת ‪ pH‬על הזיקה של ההמוגלובין‬

‫לחמצן‪:‬‬

‫‪ pH‬גבוה‪ ,‬ללא ‪ :CO2‬הזיקה הכי גבוהה‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫ירידה ב‪ ,pH -‬ללא ‪ :CO2‬הזיקה הולכת וקטנה‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫ירידה ב‪ pH -‬בנוכחות ‪ :CO2‬אפקט בוהר השלם ‪ -‬הזיקה הכי‬ ‫‪‬‬
‫נמוכה‪ ,‬שחרור טוב יותר של חמצן לתאים‪.‬‬

‫השפעת ה‪ BPG -‬על זיקת ההמוגלובין לחמצן‪:‬‬

‫ה‪ BPG -‬נקשר להמוגלובין ומקטין את זיקתו לחמצן פי ‪ .26‬על גבי מולקולת ה‪ BPG -‬כמות רבה של‬
‫מטענים שליליים‪ .‬כשהיא נמצאת במרכז ההמוגלובין‪ ,‬מספר חומצות אמינו בעלות מטענים חיוביים‬
‫נקשרות למטענים השליליים שלה‪ .‬דבר זה מחזק את מבנה ‪ ,T‬בעל הזיקה הנמוכה לחמצן‪ ,‬ובעקבות‬
‫כך משתחרר חמצן מההמוגלובין‪.‬‬

‫מולקולת המוגלובין שלא קשורה ל‪ ,BPG -‬תשמור על הזיקה וכמעט ולא‬

‫ישתחרר חמצן ברקמות‪ .‬במצב זה הזיקה של ההמוגלובין תהיה דומה לזו של‬
‫המיוגלובין‪ ,‬לכן החמצן לא יעבור‪.‬‬

‫ה‪ BPG -‬מצוי בתאי הדם האדומים של האדם ושל מינים רבים‪.‬‬
‫במצבי היפוקסיה ‪ -‬ירידה במעבר החמצן לרקמות (מחסור בתאי דם אדומים‪,‬‬
‫תפקוד לקוי של הריאות‪ ,‬עליה בגובה ‪ -‬שם ריכוז החמצן נמוך יותר)‪ ,‬כמות‬
‫ה‪ BPG -‬בתאי הדם האדומים עולה על מנת לשפר את מעבר החמצן לרקמות‪.‬‬
‫בריאות ‪ -‬לחץ החמצן האטמוספרי מספיק גבוה‪ ,‬לכן אין שם השפעה של ‪.BPG‬‬
 ‫הרעלת פחמן חד חמצני (‪:)CO‬‬

‫ה‪ CO -‬הוא גז חסר צבע וריח‪ ,‬תוצר בעירה לא מושלמת (ללא נוכחות מספקת של חמצן)‪.‬‬
‫מהווה מעכב תחרותי של המוגלובין‪ ,‬בעל אפיניות גבוהה פי ‪ 210‬מזו של החמצן‪ .‬קישורו להמוגלובין‬
‫מקטין את שחרור החמצן לרקמות (בעקבות יצירת שינוי במבנה המרחבי של ההמוגלובין)‪ ,‬ואת‬
‫קישור החמצן להמוגלובין בריאות‪ .‬כתוצאה מכך גורם להיפוקסיה של הרקמות‪.‬‬
‫הטיפול ‪ -‬הרחקה מהגורם שמשחרר ‪ CO‬וחשיפה לריכוז גבוה של חמצן‪.‬‬

‫הזיקה של ה‪ CO -‬לקבוצת הם חופשית גדולה פי ‪ 25000‬מהזיקה של החמצן‪ .‬אולם‪ ,‬כאשר קבוצת‬

‫ההם קשורה למיוגלובין הזיקה קטנה לפי ‪ 200‬בלבד‪ .‬זאת בעקבות נוכחות ההיסטידין (‪)His64‬‬
‫שמפריעה לקישור בזוית המתאימה‪.‬‬

‫אנמיה חרמשית‪:‬‬

‫מחלה גנטית שנגרמת בעקבות מוטציה בגן שמייצר את ההמוגלובין‪ .‬בעקבות המוטציה‪ ,‬ח"א גלוטמט‬
‫(בעלת מטען) מוחלפת בח"א וואלין (חסרת מטען)‪ .‬כתוצאה מהשינוי‪ ,‬מולקולות המוגלובין מתחברות‬
‫אחת לשניה ויוצרות צבר‪ .‬בסופו של דבר‪ ,‬מולקולות ההמוגלובין עלולות לשקוע ולעקם את תא הדם‬
‫הלבן‪ ,‬ובכך להקטין את יכולתו לעבור במעברים הצרים של נימי הדם‪.‬‬
‫אולם ניתן להתגבר על בעיה זו אם הלב מזרים את הדם מהר מספיק‪ .‬התחברות מולקולות‬
‫ההמוגלובין לוקחת ‪ 30‬שניות‪ .‬אם הדם יספיק לעבור במחזור הדם בפרק זמן זה‪ ,‬מולקולות‬
‫ההמוגלובין לא יתחברו ולא תהיה חסימה של מעבר הדם‪.‬‬

‫מחלה זו עזרה במניעת מעבר טפיל המלריה‪ ,‬בעקבות העובדה שהוא מסוגל לעבור רק בין תאי דם‬
‫אדומים שאינם עברו את המוטציה‪.‬‬
 ‫מעבר המוגלובין מהאם לעובר‪:‬‬

‫ההמוגלובין העוברי (‪ )HbF‬קושר ‪ BPG‬פחות חזק מאשר ההמוגלובין המבוגר (‪ .)HbM‬בעקבות כך‪,‬‬
‫להמוגלובין העוברי יכולת קשירת חמצן טובה יותר מאשר להמוגלובין המבוגר‪ .‬יכולת זו מאפשרת‬
‫לעובר קליטת חמצן טובה יותר מהדם השלייתי‪.‬‬

‫ההבדל בין ‪ HbF‬ל‪ HbM -‬נובע משינוי בהרכב חומצות האמינו באתר הקושר‪ .‬בבוגר יש ‪ 4‬שיירים של‬
‫היסטידין בעלי מטען חיובי‪ ,‬ובעובר שתי קבוצות היסטידין מוחלפות בסרין ‪ -‬חסרת מטען‪ .‬כתוצאה‬
‫מכך‪ ,‬יורדת הזיקה ל‪ BPG -‬בעל המטען השלילי‪.‬‬
 ‫אנזימים‬

‫טמפרטורת הגוף נמוכה מדי לפעילות כימית רגילה ‪ -‬דרושות‬

‫מאות מעלות על מנת שתהיה פעילות‪ .‬האנזימים הם חלבונים‬
‫המאפשרים ביצוע ריאקציות כימיות בתא למרות הטמפרטורה‬
‫הנמוכה של הגוף‪ .‬הם עושים זאת ע"י הורדת אנרגיית השפעול ‪-‬‬
‫מתפקדים כקטליזטורים (זרזים)‪.‬‬

‫תכונות האנזימים‪:‬‬
‫השפעה קינטית ולא תרמודינמית ‪ :‬מנמיכים אנרגיית שפעול‪ ,‬אך אינם משפיעים על קבוע שיוויי‬ ‫‪‬‬
‫המשקל ועל השינוי באנרגיה החופשית ∆‪ G‬של התגובה‪ .‬תגובה כימית תתרחש רק במידה‬
‫וקיימת ירידה באנרגיה החופשית ∆‪ ,G‬אך המהירות תלויה באנרגיית האקטיבציה‪.‬‬
‫לא עוברים שינוי כתוצאה מהתגובה ‪ :‬האנזימים אינם המגיבים בתגובה אלא מהווים מתווכים‪ ,‬הם‬ ‫‪‬‬
‫יכולים לחזור ולפעול על הסובסטרט‪ .‬לכן אין צורך בריכוזים גבוהים של אנזימים‪.‬‬
‫ספציפיות ‪ :‬האנזימים ספציפיים כלפי הסובסטרט עליו הם פועלים או כלפי סוג הריאקציה בה הם‬ ‫‪‬‬
‫משתתפים‪ .‬קיימים הבדלים ברמות הספציפיות‪ .‬הספציפיות דרושה בשביל לבצע בקרה על‬
‫האנזימים‪.‬‬

‫חלק מהאנזימים זקוקים למולקולה נוספת ‪ -‬קו‪-‬פקטור ‪ .‬הקו‪-‬פקטורים יכולים להיות חומרים אורגנים‬
‫(ויטמינים) או אנאורגנים (מתכות)‪ .‬הם נמצאים בתוך המבנה של האנזים ובעלי תפקיד חשוב‬
‫בהתאמה בין האנזים לסובסטרט‪.‬‬

‫האתר הפעיל באנזים‪:‬‬

‫מורכב מחלק קטן של חומצות האמינו בחלבון‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫מורכב משני חלקים‪:‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬אתר קישור‪ :‬קושר את הסובסטרט‪.‬‬
‫‪ -‬אתר קטליטי‪ :‬אחראי לפעילות הכימית על גבי הסובסטרט‪.‬‬
‫בעל מבנה תלת מימדי‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫קשירת הסובסטרט נעשית במספר אתרים ע"י אינטראקציות חלשות יחסית (קשרי מימן‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫קוטביות‪ ,‬הידרופוביות)‪ ,‬על מנת שהתהליך יהיה הפיך ‪ -‬האנזים צריך לחזור על פעולתו עם‬
‫סובסטרט חדש‪ .‬מעכבים כמו גז עצבים נקשרים לאנזים בצורה בלתי הפיכה ובכך הורסים את‬
‫פעילותו‪.‬‬
‫האתר הקושר הוא בעל אופי הידרופובי ונמצא בדר"כ בתוך "כיס" הידרופובי פנימי בחלבון ולא‬ ‫‪‬‬
‫בפני השטח‪ .‬בכיס זה האנזים מייצב את הסובסטרט‪.‬‬
‫בעל ספציפיות גבוהה לסובסטרט אבל לא מוחלטת‪ .‬מודל הקישור נע בין מודל "מפתח‪-‬מנעול"‬ ‫‪‬‬
‫למנגנון "התאמה מושרית"‪ :‬ההתאמה בין האנזים והסובסטרט הולכת ונוצרת תוך כדי‬
‫התחברותם אחד לשני‪ ,‬ומאפשרת התחברות טובה יותר‪.‬‬
‫במודל "מפתח מנעול" ההתאמה בין האנזים לסובסטרט היא מלאה לחלוטין‪.‬‬
‫מנגנון "התאמה מושרית" מופיע כאשר אנזים פועל על מספר סובסטרטים‪ .‬אין התאמה מלאה‬
‫ביניהם ויש שינוי במבנה כאשר הם מתחברים‪ .‬לאחר הפעולה האנזים חוזר בדיוק לצורתו‬
‫המקורית‪ ,‬כך הוא יכול להמשיך ולבצע את הפעולה מחדש‪.‬‬

‫אופן פעילות האנזים ‪ -‬דוגמא‪ :‬הידרוליזה של חלבון‪:‬‬

‫האנזים מציב את המולקולה שהוא מפרק בזוית שנוחה לפירוק‪:‬‬ ‫‪‬‬
‫הכיס ההידרופובי מאפשר לחומצה האמינית הנפחית וההידרופובית‬
‫להתפרש‪ .‬בנוסף‪ ,‬הח"א ארגנין נקשרת לקרבוקסיל‪ ,‬ויון האבץ נקשר‬
‫לחמצן השלילי‪ ,‬ובכך הם פורשים את המולקולה ו"תופסים" אותה‪ .‬כעת‬
‫מולקולת המים יכולה להיכנס ולשבור את הקשר ‪( C-N‬מסומן בחץ אדום)‪.‬‬
‫(‪ )1‬על מנת לנתק את הקשר ‪ ,C-N‬יש צורך ליצור אלטרנטיבה‪ .‬לכן ה‪O-‬‬ ‫‪‬‬
‫של הסרין מתחבר ל‪ C -‬של הסובסטרט‪.‬‬
‫(‪ )2‬נוצר מצב של עודף מטען על המולקולה‪ ,‬לכן ה‪ H-‬שהיה מחובר ל‪O-‬‬ ‫‪‬‬
‫התחבר ל‪ N-‬של ההיסטידין‪.‬‬
 ‫(‪ )3‬בסובסטרט‪ ,‬ה‪ N-‬מתנתק מה‪ ,C-‬וה‪ H-‬שעבר להיסטידין כעת עובר ל‪.N-‬‬ ‫‪‬‬
‫הקבוצה הראשונה של הסובסטרט מתנתקת ויוצאת מהאתר הפעיל‪.‬‬
‫(‪ )4‬מולקולת המים נכנסת ומחזירה ‪ H‬ל‪ N-‬של ההיסטידין‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫(‪ )5‬ה‪ O-‬של המים נקשר ל‪ C-‬של הסובסטרט‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫(‪ )6‬נותק הקשר בין ה‪ C-‬של הסובסטרט ל‪ O-‬של הסרין‪ ,‬והקבוצה השניה יכולה להתנתק ולצאת‬ ‫‪‬‬
‫מהאתר הפעיל‪.‬‬

‫ששת השלבים האלה יכולים להתרחש רק במבנה הפעיל של האנזים‪.‬‬

‫בתהליך זה התרחשו שני מצבי מעבר (‪ 2‬ו‪ - )5 -‬אנרגיית‬

‫השפעול הכוללת פוצלה ל‪.2-‬‬

‫ניתן לסכם את התהליך האנזימטי ע"י התגובה הבאה‪:‬‬

‫‪E + S D ES D E + P‬‬

‫כאשר‪:‬‬
‫‪ - E‬אנזים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ - S‬סובסטרט‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ - ES‬קומפלקס אנזים‪-‬סובסטרט‪ .‬מכיל את שלבי הביניים‪:‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ - *ES -‬שבירת הקשרים בסובסטרט‪.‬‬
‫‪ - EP -‬קומפלקס אנזים‪-‬תוצר‪ ,‬לפני שהתוצר עזב‪.‬‬
‫‪ - P‬תוצר‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫שינוי ריכוזי החומרים המשתתפים בתגובה האנזימטית‪:‬‬

‫במהלך התגובה האנזימטית‪ ,‬ריכוזי הסובסטרט והאנזים יורדים‪ ,‬ריכוז‬
‫הקומפלקס ‪ ES‬עולה עד נקודה מסוימת בה הוא נשאר בריכוז קבוע‪,‬‬
‫וריכוז התוצר עולה‪.‬‬
‫בהתחלה כל האנזימים חופשיים‪ .‬לאחר הכנסת הסובסטרט האנזימים‬
‫נקשרים אליו והקומפלקס ‪ ES‬הולך ונוצר‪ .‬במצב בו מהירות התגובה היא‬
‫מקסימלית (‪ )Vmax‬רוב האנזימים במצב של ‪.ES‬‬
 ‫מהירות הריאקציה‪ :‬כמות התוצר שנוצר בפרק זמן מסוים‪ .‬מהירות הריאקציה תלויה בריכוזי‬
‫המגיבים ופרופורציונית אליהם ‪ -‬ככל שריכוז המגיבים גדול יותר‪ ,‬יש יותר התנגשויות ביניהם‪ ,‬והסיכוי‬
‫להיווצרות תוצרים גדל‪.‬‬

‫קצב התגובה האנזימטית הוא מסדר ראשון‪ .‬כלומר‪ ,‬הכפלת ריכוזו של מגיב אחד תגרום להכפלת‬
‫קצב התגובה‪( .‬הכפלת ריכוז שני המגיבים תגרום לקצב התגובה לגדול פי ‪.)4‬‬

‫שלב קובע המהירות‪ :‬השלב שעל פיו נקבע קצב התגובה‪ .‬בתגובה האנזימטית שלב זה הוא השלב בו‬
‫התצמיד מתפרק לתוצר‪.‬‬
‫במצב של ש‪.‬מ קצב יצירת התצמיד שווה לקצב פירוקו‪.‬‬

‫השפעת ריכוז הסובסטרט על מהירות הריאקציה (ריכוז האנזים קבוע)‪:‬‬

‫כאשר ריכוז הסובסטרט נמוך (‪ - )A‬קצב התגובה איטי‪ .‬לאנזימים אין‬

‫סובסטרט לבצע עליו את הפעולה‪.‬‬

‫כאשר ריכוז הסובסטרט הולך וגדל ‪ -‬מצב ביניים‪ :‬יותר אנזימים‬

‫תפוסים‪ ,‬מולקולות סובסטרט מעטות שאינן קשורות לאנזים‪.‬‬

‫כאשר כמות הסובסטרט היא מקסימלית (‪ - )C‬מצב של רוויה‪ .‬האנזים‬

‫אינו פנוי לבצע את העבודה‪.‬‬
‫בשלב זה התגובה הגיעה למהירות המקסימלית שלה ‪ .Vmax -‬בריכוז‬
‫מקסימלי של סובסטרט‪ ,‬הוספת הסובסטרט לא תשנה את מהירות התגובה‬
‫בגלל שהאנזים לא יכול לעבוד בקצב מהיר יותר‪.‬‬

‫‪Vmax‬‬
‫‪.‬‬ ‫(‪ - )B‬מהירות הריאקציה היא מחצית מהמהירות המקסימלית ‪-‬‬
‫‪2‬‬

‫על מנת לבדוק בפועל את מהירות הריאקציה‪:‬‬

‫לוקחים סדרת מבחנות אשר מכילות את אותה כמות אנזים‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫ומשנים את כמות הסובסטרט‪.‬‬
‫בודקים את קצב היווצרות התוצר או את קצב היעלמות‬ ‫‪‬‬
‫הסובסטרט (לפי צבע וכו')‪.‬‬
‫יוצרים גרף‪ ,‬כאשר כל נקודה בו מייצגת מבחנה אחרת‪ .‬זהו‬ ‫‪‬‬
‫גרף מיכאליס מנטן‪.‬‬

‫] ‪V max [ S‬‬
‫=‪V‬‬ ‫משוואת מיכאליס מנטן‪:‬‬
‫] ‪Km +[ S‬‬
‫מתארת את ההתנהגות הקינטית של התגובות האנזימטיות‪ :‬מהירות הריאקציה האנזימטית כתלות‬
‫בריכוז סובסטרט משתנה‪.‬‬

‫מיכאליס ‪ :‬ריכוז הסובסטרט שבו מהירות הריאקציה היא מחצית‬ ‫‪1 - Km‬‬
‫‪Vmax‬קבוע=‪Km‬‬
‫‪2‬‬
‫מהמהירות המקסימלית‪ .‬ככל ש‪ Km -‬גדול יותר‪ ,‬הזיקה לסובסטרט קטנה יותר‪.‬‬

‫משוואת מיכאליס מנטן במצבים שונים‪:‬‬

‫כאשר ]‪ ,Km<<[S‬כל האנזימים תפוסים ומהירות הריאקציה היא המהירות המקסימלית ‪.Vmax‬‬ ‫‪‬‬
‫כאשר [‪ Km<<]S‬מהירות הריאקציה תלויה בריכוז הסובסטרט‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫כאשר [‪ Km=]S‬מהירות הריאקציה שווה למחצית ממהירות הריאקציה המקסימלית‪ .‬בשלב זה‬ ‫‪‬‬
‫ניתן לגלות מהו ערכו של ‪.Km‬‬
 ‫הצורה הלינארית של משוואת מיכאליס מנטן ‪:Double Reciprocal Plot -‬‬

‫על מנת לחשב את ‪ Km‬ו‪ Vmax -‬במעבדה לעתים יש צורך בריכוזי סובסטרט גבוהים‪ .‬כדי להימנע‬
‫מכך ניתן לחשב אותם מהצורה הלינארית של משוואת מיכאליס‪-‬מנטן‪ .‬כמו כן‪ ,‬הגרף הלינארי מדויק‬
‫יותר מהגרף של מיכאליס‪-‬מנטן‪ ,‬לכן קל יותר לחשב דרכו את ‪ Km‬ו‪.Vmax -‬‬

‫‪1‬‬ ‫‪Km 1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫עקומת ‪:Lineweaver-Burk‬‬

‫=‬ ‫‪⋅ +‬‬
‫‪vi V max [ S ] V max‬‬ ‫לנקודה זו אין משמעות‬
‫פיזיקלית‪ ,‬שכן אין‬
‫‪b‬‬ ‫‪y‬‬ ‫ריכוזים שליליים‪ .‬אך‬
‫נקודת חיתוך‬ ‫‪x‬‬ ‫‪a‬‬ ‫באקסטרפולציה נגיע‬
‫עם ציר ‪y‬‬ ‫שיפוע‬ ‫לחשב את ‪ Km‬כי נציב‬
‫‪1‬‬
‫ונמצא את ‪.Km‬‬ ‫‪=0‬‬
‫‪V0‬‬

‫את עקומת ‪ ,Lineweaver-Burk‬המאפשרת חישובי ‪ Km‬ו‪ Vmax -‬יש לבצע בערכים בין ‪ 0.25‬מ‪Vmax -‬‬
‫עד ‪ .0.75‬זאת משום שבערכי ‪ S‬גבוהים הגרף כבר באזור הרוויה והשיפוע מאוד קטן‪ ,‬מה שיפריע‬
‫לחשב את ‪ ,Km‬ובערכי ‪ S‬נמוכים השיפוע יהיה גדול מדי‪ .‬כאשר לא יודעים‪ ,‬בודקים מספר ערכים‬
‫ומכיוון שעוסקים בקו ישר ניתן להשמיט נקודות בריכוזים לא נוחים‪.‬‬
 ‫עיכוב אנזימטי תחרותי‪:‬‬

‫מעכבים הם חומרים שמאטים את פעילות האנזים‪ .‬מעכבים אלה הם הפיכים ונקשרים לאנזים בקשר‬
‫שאינו קוולנטי‪.‬‬
‫קיימים מעכבים בלתי הפיכים שנקשרים בקשר קוולנטי לאתר הפעיל‪.‬‬

‫מעכב תחרותי‪:‬‬
‫מעכב תחרותי הוא חומר אשר דומה במבנה שלו לסובסטרט (אך לא זהה לו)‪,‬‬
‫ונקשר לאתר הפעיל של האנזים‪ .‬הסובסטרט והמעכב לא יכולים להיקשר לאנזים‬
‫באותה העת‪ ,‬לכן הם מתחרים ביניהם על הגישה לאתר הפעיל של האנזים‪.‬‬
‫החומר המעכב ‪ I‬יקשר לאנזים במקום הסובסטרט ‪ ,S‬אולם קיים שינוי קטן במקום‬
‫בו מתבצעת הריאקציה ‪ -‬מה שמונע את התגובה‪ .‬נוצר קומפלקס ‪ EI‬שמתפרק‬
‫לאחר פרק זמן מסוים ללא קבלת תוצר‪.‬‬
‫ניתן להתגבר על עיכוב מסוג זה באמצעות ריכוזים גבוהים במידה מספקת של‬
‫סובסטרט‪ .‬כך התחרות בין הסובסטרט למעכב תהיה לטובת הסובסטרט ‪ -‬הוא זה שיקשר לאתר‬
‫הפעיל‪.‬‬
‫לרוב‪ ,‬המעכבים התחרותיים דומים במבנה לזה של הסובסטרט של האנזים‪.‬‬
‫יש גם מעכבים תחרותיים שלא באתר הקישור אך הם נדירים‪.‬‬

‫מעכבים תחרותיים יכולים להיקשר לאנזים‪ ,‬אבל לא ל‪.ES -‬‬

‫עיכוב תחרותי מגדיל את ה‪( Km -‬המעכב מפריע בהיקשרות הסובסטרט ומקטין את הזיקה אליו)‬
‫אבל אינו משפיע על ה‪( Vmax -‬לא מפריע לפירוק התצמיד ‪ ES‬כי אינו יכול להיקשר אליו)‪.‬‬

‫מעכב מעורב (‪:)mixed‬‬

‫מעכב זה נקשר גם לאנזים וגם ל‪ :ES -‬היקשרותו של המעכב משפיעה על היקשרותו של הסובסטרט‬
‫ועל שחרור התוצר‪.‬‬
‫הגורם לעיכוב מעורב הוא לרוב השפעה אלוסטרית ‪ -‬היקשרותו של המעכב למקום אחר באנזים‬
‫משנה את הקונפורמציה של האנזים כך שהמשיכה של הסובסטרט לאתר הפעיל קטנה‪.‬‬
‫ניתן להקטין את העיכוב‪ ,‬אך לא להתגבר עליו‪ ,‬באמצעות העלאה של ריכוזי הסובסטרט‪.‬‬

‫מעכבים מעורבים נקשרים גם לאנזים וגם ל‪ ,ES -‬אך משיכתם לשתי הצורות שונה‪.‬‬
‫מעכבים אלו מגדילים את ה‪( Km -‬מפריעים להיקשרות הסובסטרט) ומקטינים את ה‪Vmax -‬‬
‫(מפריעים לתהליך הזירוז בתצמיד ה‪.)ES -‬‬

‫מעכב לא תחרותי (‪ :)Noncompetitive‬סוג של מעכב מעורב‪ ,‬שנקשר לאנזים‬

‫באותו הזמן בו הסובסטרט נקשר אליו‪ ,‬אולם במקום אחר‪ .‬הזיקה שלו לאנזים שווה‬
‫לזיקה שלו ל‪.ES -‬‬
‫מעכבים אלו אינם משנים את ה‪( Km -‬אין השפעה על הזיקה לסובסטרט) אך‬
‫מקטינים את ה‪( Vmax -‬מפריעים לתהליך פירוק ‪.)ES‬‬

‫‪:Uncompetitive inhibitor‬‬
‫מעכב יחסית נדיר‪ ,‬שנקשר לאתר שאיננו האתר הפעיל רק לאחר שנקשר אליו‬
‫הסובסטרט‪ .‬קישור הסובסטרט מביא לשינוי מסוים באתר אחר של האנזים‪,‬‬
‫המאפשר רק אז קישור של המעכב הגורם לחיזוק הקומפלקס ‪ ES‬ומקטין את‬
‫מהירות היווצרות ‪.P‬‬
‫מעכבים אלה מקטינים את ה‪( Km -‬מגדילים את הזיקה לסובסטרט) ומקטינים‬
‫את ה‪( Vmax -‬מפריעים לשחרור התוצר)‪.‬‬

‫הגרפים חותכים את ציר ה‪ y-‬באותה‬

‫נקודה ‪ -‬המעכבים אינם משפיעים על‬
‫ה‪.Vmax -‬‬

‫הגרפים חותכים את שני הצירים‬

‫בנקודות שונות ‪ -‬המעכבים משפיעים‬
‫גם על ה‪ Vmax -‬וגם על ה‪.Km -‬‬

‫הגרפים חותכים את ציר ה‪ x-‬באותה‬

‫נקודה ‪ -‬המעכבים אינם משפיעים על‬
‫ה‪.Km -‬‬
 ‫השפעת הטמפרטורה על פעילות האנזים‪:‬‬

‫הטמפרטורה משפיעה על תגובה אנזימטית בשני אופנים עם תוצאות הפוכות‪:‬‬

‫מגדילה את מהירות התגובה ומגבירה את פעילות האנזים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫משפיעה על המבנה המרחבי של האנזים ‪ -‬חימום מוגזם עלול לגרום‬ ‫‪‬‬
‫לדנטורציה של האנזים החלבוני‪ .‬מבחינת מבנהו המרחבי‪ ,‬לאנזים כמו לכל‬
‫חלבון אחר יש טווח טמפרטורה שבה הוא פעיל‪ .‬מעבר לטמפרטורה זו המבנה‬
‫השלישוני שלו יפגע ופעילותו תרד‪.‬‬

‫רוב האנזימים פעילים באזור ה‪.40oc -‬‬

‫השפעת ה‪ pH -‬על פעילות האנזים‪:‬‬

‫רמת החומציות משפיעה על פעילות האנזים‪ :‬ה‪ pH -‬משפיע על מטען החלבון‬

‫ועל הקשרים שמייצבים את המבנה השלישוני שלו‪ .‬מכאן שה‪ pH -‬הוא גורם‬
‫שמשפיע על האתר הפעיל של האנזים‪.‬‬

‫לכל אנזים יש ‪ pH‬מיטבי לפעילותו‪ ,‬לאנזימים שונים ‪ pH‬מיטבי שונה‪.‬‬

‫אנזימים אלוסטריים‪:‬‬

‫לאנזימים אלוסטריים יש אתר נוסף‪ ,‬מלבד אתר הקישור‪ ,‬אליו‬

‫יכול להיקשר חומר מסוים (מודולטור)‪ .‬כאשר הם נקשרים אליו‪,‬‬
‫הם מעבירים את החלבון למצב בו הזיקה גדולה יותר (כמו המוגלובין)‪.‬‬
‫המעכבים פועלים בצורה זו‪ ,‬אולם הם פועלים להקטנת הזיקה‪.‬‬

‫משמשים כאמצעי עיקרי לוויסות מהירות התהליכים בתא‪.‬‬

‫מודולטור הומוטרופי ‪ :‬כשהסובסטרט עצמו נקשר לאחד האתרים‬

‫ומזרז קישור של עוד סובסטרט לאתר אחר על גבי האנזים‬
‫(למשל החמצן בהמוגלובין)‪.‬‬
‫מודולטור הטרוטרופי ‪ :‬חומר אחר נקשר לאחד האתרים ומזרז\מעכב קישור של עוד סובסטרט לאתר‬
‫אחר על גבי האנזים‪.‬‬

‫האנזימים האלוסטריים חייבים להיות בעלי לפחות שני מבנים חלבוניים (מבנה רביעוני)‪.‬‬

‫מודל מונו ‪ :‬הקישור לאתר הראשון באנזים המורכב ממספר יחידות פותח יותר אפשרויות‬
‫לקישור ‪ ES‬בגלל המעבר ממצב ‪ T‬למצב ‪.R‬‬
‫הגרף של אנזים אלוסטרי (שיתופי) הוא גרף סיגמואידי‪.‬‬

‫במודל מיכאליס‪-‬מנטן כל קישור מקטין את האתרים הפנויים ליצירת ‪ ES‬ולכן הגרף‬

‫היפרבולי‪.‬‬
 ‫ויסות תהליכים באמצעות אנזימים אלוסטריים בסדרה של ריאקציות אנזימטיות‪:‬‬

‫(א') כאשר כמות התוצר גדולה‪ ,‬יש צורך להקטין את הפעילות‪ .‬לשם כך התוצר נקשר לאתר‬ ‫‪‬‬
‫האלוסטרי של האנזים הראשון ויפסיק את פעילותו‪.‬‬
‫(ב') כאשר כמות הסובסטרט גבוהה‪ ,‬יש צורך לזרז את התהליך‪ .‬לשם כך הסובסטרט מהווה‬ ‫‪‬‬
‫מודולטור חיובי הומוטרופי ומזרז את פעילות האנזים הראשון‪.‬‬
‫יכול להיות שלאנזים יהיו שני אתרים ‪ -‬לאחד נקשר הסובסטרט ולשני נקשר התוצר (המעכב)‪.‬‬
‫(ג') הסובסטרט מגיע לשלב ביניים‪ ,‬ומשם הולך למספר מסלולים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬על מנת לעכב את כל התהליך ‪ P1 -‬ו‪ P2 -‬יעכבו את התהליכים שמובילים ליצירתם‪.‬‬
‫‪ -‬כאשר תוצר אחד (‪ P1‬או ‪ )P2‬בעודף והשני לא ‪ -‬העיכוב יתבצע רק על התהליך שמביא לתוצר‬
‫שבעודף‪.‬‬

‫הבקרה ‪ -‬עיכוב ע"י התוצר‪:‬‬

‫משוב שלילי ע"י התוצר‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫התוצר נקשר לאנזים וכתוצאה מקישור זה משתנה צורת האתר הפעיל‬ ‫‪‬‬
‫ופעילות האנזים נפסקת‪.‬‬

‫קיימת גם בקרה על היווצרות האנזים ‪ -‬על ה‪.DNA-‬‬