BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG

VIỆN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Y DƯỢC LÂM SÀNG 108

TRỊNH VĂN SƠN

NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH NHÓM

BETA-LACTAM VÀ GEN MÃ HÓA BETA-LACTAMASE
CỦA ESCHERICHIA COLI VÀ KLEBSIELLA PNEUMONIAE
Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN HUYẾT

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC

Hà Nội - 2021
 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG
VIỆN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Y DƯỢC LÂM SÀNG 108

TRỊNH VĂN SƠN

NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH NHÓM

BETA-LACTAM VÀ GEN MÃ HÓA BETA-LACTAMASE
CỦA ESCHERICHIA COLI VÀ KLEBSIELLA PNEUMONIAE
Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN HUYẾT

Chuyên ngành: Truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới

Mã số: 62 72 01 53

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC

HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:

1. PGS.TS. Lê Hữu Song
2. TS. Nguyễn Đăng Mạnh

Hà Nội - 2021
 i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi với sự hướng dẫn
khoa học của tập thể cán bộ hướng dẫn.
Các kết quả nêu trong luận án là trung thực và được công bố một phần
trong các bài báo khoa học. Luận án chưa từng được công bố. Nếu có điều gì
sai tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm.

Tác giả

NCS Trịnh Văn Sơn

 ii

LỜI CẢM ƠN

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc, Phòng sau đại học, Bộ môn
Truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới – Viên Nghiên cứu Khoa học Y Dược lâm
sàng 108/Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 đã cho phép và tạo mọi điều
kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành
luận án.

Tôi tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới những người thầy hướng dẫn của tôi là:
PGS. TS Lê Hữu Song, TS Nguyễn Đăng Mạnh đã tận tình hướng dẫn, tạo mọi
điều kiện tốt nhất cho tôi trong quá trình học tập và hoàn thiện luận án.

Tôi xin chân thành cảm ơn các Bác sỹ, Điều dưỡng, Kỹ thuật viên Viện Lâm
sàng các bệnh Truyền nhiễm, Khoa Sinh học phân tử, Khoa Vi sinh Y học, Trung
tâm Nghiên cứu Y học Việt Đức - Bệnh viện Trung ương Quân đội 108.

Tôi xin trân trọng cảm ơn các thầy, cô, các bạn đồng nghiệp trong và ngoài
cơ sở đào tạo đã đóng góp những ý kiến quý báu cho luận án.

Cuối cùng, nhưng vô cùng quan trọng, tôi xin trân trọng gửi lời cảm ơn
tới gia đình, những người luôn bên cạnh và động viên tôi những lúc khó khăn.
Luận án cũng như một món quà thể hiện tình cảm xâu sắc xin gửi đến người vợ
đã khuấn của tôi và con gái thân yêu.

Hà Nội, ngày 20 tháng 04 năm 2021

NCS Trịnh Văn Sơn

 iii

MỤC LỤC

Trang
Trang phụ bìa
Lời cam đoan ……………………………………………………………….. i
Lời cảm ơn …………………………………………………………………. ii

Mục lục .......................................................................................................... iii

Danh mục chữ viết tắt ................................................................................... vi
Danh mục bảng .............................................................................................. ix
Danh mục biểu đồ ......................................................................................... xii
Danh mục sơ đồ …………………………………………………………… xiii
Danh mục hình ……………………………………………………………. xiii

ĐẶT VẤN ĐỀ ................................................................................................... 1

Chương 1: TỔNG QUAN ................................................................................. 3
Tình hình và căn nguyên gây nhiễm khuẩn huyết................................ 3
1.1.1. Tình hình nhiễm khuẩn huyết ..................................................... 3
1.1.2. Căn nguyên gây nhiễm khuẩn huyết ........................................... 5
Kháng sinh và kháng kháng sinh .......................................................... 7
1.2.1. Kháng sinh: khái niệm và cơ chế tác dụng ................................. 7
1.2.2. Cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn ...................................... 8
1.2.3. Kháng kháng sinh nhóm beta-lactam ......................................... 9
1.2.4. Tình hình kháng kháng sinh...................................................... 12
Họ vi khuẩn đường ruột và khả năng sinh enzym beta-lactamase ..... 17
1.3.1. Họ vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae) .......................... 17
1.3.2. Enterobacteriaceae sinh betalactamase ..................................... 17
1.3.3. Các báo cáo về gen mã hóa beta-lactamse của
Enterobacteriaceae .............................................................................. 21
 iv

Phương pháp phát hiện vi khuẩn và đặc tính kháng kháng sinh của
chúng trong nhiễm khuẩn huyết ................................................................ 24
1.4.1. Phương pháp xác định vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết ......... 24
1.4.2. Phương pháp xác định tính kháng kháng sinh cúa vi khuẩn .... 28
1.4.3. Phương pháp khác định danh vi khuẩn và kháng/nhạy kháng
sinh ...................................................................................................... 34
Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .................. 37
Đối tượng nghiên cứu ......................................................................... 37
2.1.1. Đối tượng .................................................................................. 37
2.1.2. Tiêu chuẩn lựa chọn .................................................................. 37
2.1.3. Tiêu chuẩn loại trừ .................................................................... 37
Địa điểm và thời gian nghiên cứu ...................................................... 39
2.2.1. Địa điểm .................................................................................... 39
2.2.2. Thời gian ................................................................................... 39
Phương pháp nghiên cứu .................................................................... 39
2.3.1. Thiết kế nghiên cứu .................................................................. 39
2.3.2. Thu thập các chỉ tiêu nghiên cứu .............................................. 40
2.3.3. Phương tiện, sinh phẩm và quy trình kỹ thuật .......................... 46
Phương pháp xử lý số liệu .................................................................. 56
Đạo đức nghiên cứu............................................................................ 57
Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ........................................................... 58
Đặc điểm chung .................................................................................. 58
3.1.1. Đặc điểm lâm sàng .................................................................... 58
3.1.2. Đặc điểm cận lâm sàng ............................................................. 59
3.1.3. Đáp ứng điều trị ........................................................................ 60
Đặc điểm kháng kháng sinh và phân bố gen mã hóa beta-lactamase 61
3.2.1. Đặc điểm kháng kháng sinh ...................................................... 61
3.2.2. Đặc điểm phân bố gen mã hóa sinh beta-lactamase ................. 64
 v

Liên quan giữa kiểu gen mã hóa sinh beta-lactamase với kiểu hình
kháng kháng sinh của vi khuẩn và đáp ứng điều trị .................................. 66
3.3.1. Liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình kháng beta-lactam ........ 66
3.3.2. Giá trị của gen mã hóa sinh beta-lactamase trong chẩn đoán
kiểu hình kháng kháng sinh nhóm beta-lactam .................................. 73
3.3.3. Liên quan của kiểu gen kháng kháng sinh với đáp ứng điều trị76
Chương 4: BÀN LUẬN .................................................................................. 85
Đặc điểm chung .................................................................................. 85
4.1.1. Đặc điểm lâm sàng .................................................................... 85
4.1.2. Đặc điểm cận lâm sàng ............................................................. 87
4.1.3. Đáp ứng điều trị ........................................................................ 88
Đặc điểm kháng kháng sinh và phân bố gen mã hóa beta-lactamase 90
4.2.1. Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam ........................ 90
4.2.2. Phân bố các gen mã hóa beta-lactamase ................................... 95
Liên quan giữa kiểu gen mã hóa beta-lactamase với kiểu hình kháng
kháng sinh của vi khuẩn và đáp ứng điều trị ........................................... 102
4.3.1. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng kháng sinh ............... 102
4.3.2. Giá trị chẩn đoán kiểu gen với kiểu hình kháng kháng sinh .. 107
4.3.3. Liên quan kiểu gen mã hóa beta-lactam với đáp ứng điều trị 111
Điểm mạnh và hạn chế của nghiên cứu............................................ 114
KẾT LUẬN ................................................................................................... 115
KIẾN NGHỊ .................................................................................................. 116
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU CỦA TÁC GIẢ CÔNG
BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ……………………………………….. t1
TÀI LIỆU THAM KHẢO …………………………………………………. t2
PHỤ LỤC
 vi

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

STT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ

Chủng mang ít nhất 1 trong 3 gen TEM, SHV và
1 1-POS
CTX-M
Chủng mang ít nhất 2 trong 3 gen TEM, SHV và
2 2-POS
CTX-M
3 3-POS Chủng mang cả 3 gen TEM, SHV và CTX-M
4 Accu Accuracy (Độ chính xác)
5 AM Ampicillin
6 AMC Amoxicillin/Acid clavulanic
7 CAZ Ceftazidime
Centers for Disease Control and Prevention
8 CDC (Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa bệnh tật
Mỹ)
Clinical and Laboratory Standards Institute
9 CLSI
(Viện tiêu chuẩn vi sinh lâm sàng)
10 CN Chủng mang đồng thời CTX-M và NDM
Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
11 CRE
(Chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem)
12 CTX Cefotaxime
13 CTX-M CTX: Cefotaxim và -M: Munich
14 E. coli Escherichia coli
European Centre for Disease Prevention and
15 ECDC Control (Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa
bệnh tật Châu Âu)
 vii

STT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ

Extended-Spectrum Beta-lactamase (beta-
16 ESBL lactamase phổ rộng/enzyme kháng beta-lactam
phổ rộng)
17 Etest Epsilometer test
18 ETP Ertapenem
19 FEP Cefepime
20 GES Guiana extended spectrum beta-lactamase
21 IPM Imipenem
22 K. pneumoniae Klebsiella pneumoniae
23 KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase
24 MBL Metallo-beta-lactamase
25 MEM Meropenem
Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức
26 MIC
chế tối thiểu)
27 NDM New Delhi Metallo-beta-lactamase
28 NKH Nhiễm khuẩn huyết
29 NoC Chủng mang gen NDM và/hoặc CTX-M
30 NoS Chủng mang gen NDM và/hoặc SHV
31 NoT Chủng mang gen NDM và/hoặc TEM
Negative predict value (Giá trị tiên đoán âm
32 NPV
tính)
33 OXA Oxacillinase
Polymerase Chain Reaction (Phản ứng khuếch
34 PCR
đại chuỗi)
Positive predict value (Giá trị tiên đoán dương
35 PPV
tính)
 viii

STT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ

36 Sen Sensitivity (Độ nhạy)
37 SGPT Serum glutamic pyruvate transaminase
38 SGOT Serum glutamic oxaloacetic transaminase
39 SHV Sulfhydrine variable
40 Spe Specificity (Độ đặc hiệu)
41 SOFA Sequential organ failure assessment
42 TC Chủng mang đồng thời CTX-M và TEM

43 ToC Chủng mang gen TEM và/hoặc CTX-M

Temoniera (Từ tên của bệnh nhân, người đầu
44 TEM
tiên được phân lập vi khuẩn mang gen này)
Chủng mang cả 4 gen CTX-M, TEM, SHV và
45 TSCN
NDM-1
46 TZP Piperacillin/Tazobactam

47 VEB Vietnamese extended-spectrum beta-lactamase

Verona intergron encoded metallo-beta-
48 VIM
lactamase
Whole genome sequencing (giải trình tự toàn bộ
49 WGS
bộ gen)
World Health Organization (Tổ chức Y tế thế
50 WHO
giới)
 ix

DANH MỤC BẢNG

Số bảng Tên bảng Trang

Bảng 1.1. Mức độ nguy hiểm của các chủng vi khuẩn kháng thuốc ............ 13
Bảng 1.2. Một số báo cáo kháng kháng sinh ở Việt Nam ............................ 16
Bảng 1.3. Các bộ kít PCR xác định mầm bệnh gây NKH [115] .................. 28
Bảng 2.1. Tiêu chuẩn chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết [107], [133] .............. 38
Bảng 2.2. Cách thức và thời điểm thu thập số liệu....................................... 41
Bảng 2.3. Các chỉ số về huyết học và đông máu .......................................... 42
Bảng 2.4. Các chỉ số về sinh hóa máu .......................................................... 43
Bảng 2.5. Kiểu gen kháng thuốc kết hợp của các chủng vi khuẩn ............... 45
Bảng 2.6. Bảng điểm đánh giá suy tạng (SOFA) ......................................... 46
Bảng 2.7. Tỷ lệ phát triển của các chủng vi khuẩn có MIC khác nhau ở các
dải nồng độ kháng sinh ................................................................................. 49
Bảng 2.8. Quy trình định danh vi khuẩn và làm kháng sinh đồ ................... 50
Bảng 2.9. Giới hạn nồng độ ức chế tối thiểu của các kháng sinh với
Enterobacteriaceae (CLSI M100-S24, 2014) ............................................... 51
Bảng 2.10. Thành phần tham gia phản ứng PCR ......................................... 53
Bảng 2.11. Các gen mã hóa beta-lactamase và cặp mồi tương ứng [136] ... 55
Bảng 2.12. Bảng tính độ nhạy, độ đặc hiệu và giá trị chẩn đoán ................. 56
Bảng 3.1. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhân ............................................... 58
Bảng 3.2. Đặc điểm xét nghiệm huyết học................................................... 59
Bảng 3.3. Đặc điểm xét nghiệm sinh hóa máu ............................................. 60
Bảng 3.4. Đáp ứng điều trị ........................................................................... 60
Bảng 3.5. Tỷ lệ kháng Penicillin và Cephalosporin ..................................... 62
Bảng 3.6. Tỷ lệ kháng Carbapenem của các chủng vi khuẩn....................... 63
Bảng 3.7. Liên quan kiểu gen và kiểu hình sinh ESBL và kháng Cefotaxime
của các chủng E. coli .................................................................................... 67
 x

Số bảng Tên bảng Trang

Bảng 3.8. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Ceftazidime và Cefepime
của các chủng E. coli .................................................................................... 67
Bảng 3.9. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Amoxicillin/Acid
clavulanic và Piperacillin/Tazobactam của các chủng E. coli ..................... 68
Bảng 3.10. Liên quan kiểu gen và kiểu hình sinh ESBL và kháng
Cefotaxime của các chủng K. pneumoniae................................................... 69
Bảng 3.11. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Ceftazidime và
Cefepime của các chủng K. pneumoniae ...................................................... 69
Bảng 3.12. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Amoxicillin/Acid
clavulanic và Piperacillin/Tazobactam của các chủng K. pneumoniae........ 70
Bảng 3.13. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Carbapenem của các
chủng K. pneumoniae ................................................................................... 71
Bảng 3.14. Đặc điểm kiểu hình của các chủng mang kiểu gen đa kháng .... 72
Bảng 3.15. Giá trị của CTX-M và NoC trong chẩn đoán kiểu hình kháng
beta-lactam của E. coli.................................................................................. 73
Bảng 3.16. Giá trị của kiểu gen trong chẩn đoán kiểu hình kháng
Cephalosporin của K. pneumoniae ............................................................... 74
Bảng 3.17. Giá trị của kiểu gen trong chẩn đoán kiểu hình kháng AMC và
TZP của K. pneumoniae ............................................................................... 75
Bảng 3.18. Giá trị của kiểu gen chẩn đoán K. pneumoniae kháng
Carbapenem .................................................................................................. 76
Bảng 3.19. Thời gian cắt sốt ở bệnh nhân NKH do các chủng vi khuản còn
nhạy với Cephalosporin ................................................................................ 78
Bảng 3.20. Thời gian nằm viện ở bệnh nhân NKH do các chủng vi khuẩn
còn nhạy với Cephalosporin ......................................................................... 78
 xi

Số bảng Tên bảng Trang

Bảng 3.21. Thời gian cắt sốt ở nhóm NKH do E. coli còn nhạy với
Cephalosporin ............................................................................................... 80
Bảng 3.22. Thời gian nằm viện ở nhóm NKH do E. coli còn nhạy với
Cephalosporin ............................................................................................... 81
Bảng 3.23. Thời gian cắt sốt ở bệnh nhân NKH do K. pneumoniae còn nhạy
với Cephalosporin ......................................................................................... 82
Bảng 3.24. Thời gian nằm viện ở bệnh nhân NKH do K. pneumoniae còn
nhạy với Cephalosporin ................................................................................ 83
Bảng 3.25. Thời gian cắt sốt ở nhóm NKH do K. pneumoniae còn nhạy với
Carbapenem .................................................................................................. 84
Bảng 3.26. Thời gian nằm viện ở nhóm NKH do K. pneumoniae còn nhạy
với Carbapenem ............................................................................................ 84
 xii

DANH MỤC BIỂU ĐỒ

Số biểu đồ Tên biểu đồ Trang

Biểu đồ 1.1. Số ca nhiễm khuẩn huyết được chẩn đoán và khỏi ở Mỹ ..........4
Biểu đồ 3.1. Tỷ lệ các chủng sinh ESBL ......................................................61
Biểu đồ 3.2. Phân bố gen mã hóa sinh ESBL...............................................64
Biểu đồ 3.3. Phân bố các gen mã hóa carbapenemase .................................64
Biểu đồ 3.4. Phân bố chủng mang kết hợp gen mã hóa ESBL ....................65
Biểu đồ 3.5. Phân bố chủng mang kiểu gen kết hợp beta-lactamase ...........66
Biểu đồ 3.6. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do các chủng
vi khuẩn còn nhạy với Cephalosporin ..........................................................77
Biểu đồ 3.7. Phân bố tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân NKH do các chủng vi khuẩn
còn nhạy với Cephalosporin .........................................................................77
Biểu đồ 3.8. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do các chủng
E. coli còn nhạy với Cephalosporin..............................................................79
Biểu đồ 3.9. Phân bố tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân NKH do E. coli còn nhạy
với Cephalosporin .........................................................................................79
Biểu đồ 3.10. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do K.
pneumoniae còn nhạy với Cephalosporin ....................................................81
Biểu đồ 3.11. Phân bố tỷ lệ sốc và tử vong ở bệnh nhân NKH do K.
pneumoniae còn nhạy Carbapenem ..............................................................83
 xiii

DANH MỤC SƠ ĐỒ

Số hình Tên hính Trang

Sơ đồ 1.1. Phân loại kháng sinh nhóm beta-lactam .....................................10
Sơ đồ 1.2. Phân lớp các enzym beta-lactamase ............................................11
Sơ đồ 1.3. Phân lớp Carbapenemase/beta-lactamases ..................................20
Sơ đồ 2.1. Sơ đồ thiết kế nghiên cứu ............................................................40

DANH MỤC HÌNH

Số hình Tên hính Trang

Hình 1.1. Đích tác động và cơ chế kháng kháng sinh ....................................8
Hình 1.2. Phân bố gen mã hóa carbapenemase theo các vùng địa lý ..............21
Hình 1.3. Nguyên lý xác định nồng độ ức chế tối thiểu ...............................29
Hình 1.4. Test Hodge cải tiến xác định chủng sinh carbapenemase ............31
Hình 1.5. Hệ thống Vitek 2 và Card định danh, kháng sinh đồ ...................32
Hình 1.6. Phổ hoạt động của một số họ enzymes [127] ...............................34
Hình 2.1. Hình ảnh điện di kết quả chạy các gen ESBL-1 ...........................54
 1

ĐẶT VẤN ĐỀ

Kháng kháng sinh đã và đang trở thành vấn đề toàn cầu và là một gánh
nặng với hệ thống chăm sóc y tế. Theo thống kê ở Mỹ, mỗi năm có ít nhất 2,8
triệu người mắc bệnh nhiễm khuẩn nghiêm trọng và trên 35000 người chết liên
quan đến nhiễm khuẩn do vi khuẩn kháng kháng sinh [1]. Nhiễm khuẩn huyết
(NKH), đặc biệt là do các vi khuẩn kháng thuốc và đa kháng thuốc, là một thách
thức với hệ thống chăm sóc sức khỏe, ảnh hưởng đến hàng triệu người trên thế
giới. Các nghiên cứu chỉ ra rằng, số ca mắc và tử vong do NKH vẫn không
ngừng gia tăng trong những năm gần đây và là gánh nặng về chi phí y tế [2],
[3], [4]. Tỷ lệ tử vong gia tăng ở bệnh nhân NKH do vi khuẩn đa kháng thuốc,
đặc biệt các chủng kháng beta-lactam phổ rộng, Carbapenem [5], [6].
Các báo cáo trên thế giới và trong khu vực Đông Nam Á cho thấy các
chủng Enterobacteriaceae là căn nguyên phổ biến gây NKH [2], [7], [8]. Thêm
vào đó, các nghiên cứu về cơ chế kháng kháng sinh đã chỉ ra rằng extended-
spectrum beta-lactamase (ESBL) và carbapenemase là các cơ chế kháng phổ
biến của các chủng vi khuẩn đường ruột kháng lại kháng sinh beta-lactam, là
nhóm kháng sinh được sử dụng phổ biến trên lâm sàng [9], [10], [11]. Báo cáo
ở Italy, tỷ lệ chủng Escherichia coli (E. coli) sinh ESBL trong giai đoạn 2007-
2015, tăng từ 29% lên 42% với NKH từ cộng đồng và tăng từ 25% lên 35% với
NKH bệnh viện [12]. Nghiên cứu đa trung tâm từ năm 2002 đến 2011 cho thấy
tỷ lệ các chủng vi khuẩn sinh ESBL tăng từ 20% đến 45% ở khu vực Châu Á
Thái Bình Dương và tăng từ 39% lên 55% ở khu vực Đông Nam Á [11].
Nghiên cứu cho thấy tính đa dạng của enzyme beta-lactamase với hàng
nghìn enzyme đã được ghi nhận, chủ yếu liên quan đến các chủng
Enterobacteriaceae [13]. Các họ gen mã hóa ESBL được ghi nhận đầu tiên là
TEM và SHV; CTX-M vào những năm 2000, sau đó lan rộng toàn cầu và đóng
vai trò quan trọng trong lâm sàng [14], [15]. Các gen mã hóa sinh
 2

carbapenemase được ghi nhận đầu tiên là KPC, sau đó là các gen thuộc họ
metallo-beta-lactamase gồm VIM, IMP, NDM [16]. Các nghiên cứu cho thấy
kiểu gen có độ tương đồng cao với kiểu hình kháng thuốc. Walker và cộng sự
so sánh kiểu gen và kiểu hình kháng thuốc ở gần 3000 chủng E. coli cho thấy
độ tương đồng 89-94% [17]. Các nghiên cứu khác đều ghi nhận độ nhạy và độ
đặc hiệu trên 90% [18], [19]. Tuy nhiên, các nghiên cứu này đều sử dụng kỹ
thuật giải trình tự toàn bộ bộ gen của chủng vi khuẩn, đây là kỹ thuật chưa tiếp
cận được trong thực hành lâm sàng.
Các báo cáo giám sát kháng kháng sinh ở Việt Nam gặp các chủng
Enterobacteriaceae kháng Cephalosporin và Carbapenem cao nhất trong khu
vực và có xu hướng tiếp tục gia tăng [20], [21]. Những năm gần đây Chính phủ
và Bộ Y tế đã có cam kết mạnh mẽ về chính sách kiểm soát kháng kháng sinh.
Trong đó, E. coli và Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) là hai căn nguyên
hàng đầu cần ưu tiên trong chương trình quốc gia về giám sát kháng kháng sinh
giai đoạn 2020-2025 [22]. Tuy nhiên, còn thiếu các dữ liệu về kiểu gen mã hóa
các cơ chế kháng phổ biến như ESBL, carbapenemase, đặc biệt đối với các
chủng E. coli và K. pneumoniae gây NKH. Một số báo cáo ghi nhận CTX-M là
gen phổ biến mã hóa ESBL của các chủng E. coli và K. pneumoniae [23], [24].
Gen NDM đã được ghi nhận ở một số chủng vi khuẩn đa kháng thuốc [25],
[26], [27]. Vì vậy, chúng tôi tiến hành đề tài nghiên cứu với 02 mục tiêu:
1. Xác định đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam và phân bố
các gen mã hóa beta-lactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae
phân lập được ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết tại Bệnh viện Trung ương Quân
đội 108 (10/2014 - 05/2016).
2. Đánh giá giá trị của kiểu gen mã hóa beta-lactamase trong chẩn đoán
kiểu hình kháng kháng sinh nhóm beta-lactam của vi khuẩn và mối liên quan
với đáp ứng điều trị.
 3

Chương 1: TỔNG QUAN

Tình hình và căn nguyên gây nhiễm khuẩn huyết

1.1.1. Tình hình nhiễm khuẩn huyết

Nhiễm khuẩn huyết đã và vẫn là một trong những thách thức với hệ thống
chăm sóc y tế toàn cầu với tỷ lệ mắc không ngừng gia tăng và tỷ lệ tỷ vong cao
[4], [28], [29], [30]. Sử dụng dữ liệu về tỷ lệ tử vong trong giai đoạn 1990-2017
và mô hình dự đoán, ước đoán năm 2017 có khoảng 48,9 triệu ca mắc và 11
triệu ca tử vong liên quan đến NKH, chiếm khoảng 19,7% số ca tử vong trên
toàn cầu [4]. Ước tính có khoảng 19 triệu ca mắc, trong đó có 5 triệu ca NKH
tử vong mỗi năm ở các nước có thu nhập trung bình và thấp [31]. Với các nước
phát triển, chỉ tính riêng ở Mỹ có khoảng 970000 (khoảng 3 ca bệnh trên 1000
dân; 2,26 ca bệnh trên mỗi 100 bệnh nhân điều trị nội trú ở bệnh viện) ca bệnh
NKH mỗi năm và không ngừng gia tăng qua các năm [32]. Rubens và cộng sự
phân tích dữ liệu về NKH tại Mỹ cho thấy số ca mắc tăng từ 541694 ca năm
2005 lên 1338905 ca năm 2014, tăng 124% [30].
Thêm vào đó, NKH có liên quan đến trên 50% những ca tử vong trong
bệnh viện [33], tỷ lệ tử vong tăng theo mức độ nặng của bệnh, khoảng 10-20%
với những ca NKH, 20-40% ca NKH nặng và 40-80% ca sốc nhiễm khuẩn [34].
Chi phí y tế cho các bệnh viện ở Mỹ để điều trị NKH thuộc hạng cao nhất trong
các bệnh. Một nghiên cứu dựa trên chẩn đoán ra viện của bệnh nhân trên 18
tuổi trong thời gian từ 2010 đến 2016 của hệ thống bệnh viện ở Mỹ đã ghi nhận
2,5 triệu ca NKH, với tỷ lệ tử vong 12,5% (từ 5,6% đến 34,2%) với chi phí y
tế 16,3 ngàn đô la Mỹ với NKH không có suy tạng và 38,3 ngàn đô la Mỹ với
sốc nhiễm khuẩn [3], [35].
Không chỉ là một thách thức với hệ thông y tế nói chung, NKH còn là
một thách thức lớn trong các đơn vị hồi sức với tỷ lệ mắc và tỷ lệ tử vong cao.
Nghiên cứu ICON (Intensive Care Over Nations) thu thập dữ liệu của 10069
 4

bệnh nhân từ các đơn vị hồi sức trên toàn thế giới, ghi nhận có 2873 (29,5%)
bệnh nhân NKH, gồm 1808 (18,0%) bệnh nhân được chẩn đoán NHK khi nhập
đơn vị hồi sức, trong đó tỷ lệ tử vong là 25,8% với bệnh nhân NKH cao hơn so
với 12,1% ở nhóm bệnh nhân không có NKH [8]. Một nghiên cứu phân tích
tổng hợp gồm 343860 bệnh nhân nhập viện tại các đơn vị hồi sức ở Anh, xứ
Wales và Bắc Ireland cho kết quả, NKH chiếm khoảng 25% tổng số bệnh nhân
được điều trị tại các đơn vị hồi sức tích cực với tỷ lệ tử vong khoảng 25% [36].
Báo cáo về NKH ở nhóm bệnh nhân cao tuổi tại các đơn vị hồi sức tích cực gặp
tỷ lệ tử vong 54,2% ở nhóm trên 80 tuổi và 47,4% ở nhóm 65-79 tuổi [37].
Akira Komori và cộng sự (2020) phân tích về bệnh nhân NKH tại 56 đơn vị hồi
sức tích cực của Nhật Bản cho thấy tỷ lệ tử vong 25,6% với nhóm có kết quả
cấy máu dương tính và 21,0% với nhóm cấy máu âm tính [38].

Biểu đồ 1.1. Số ca nhiễm khuẩn huyết được chẩn đoán và khỏi ở Mỹ

(Nguồn: Hallie C. Prescott, 2018. doi:10.1001/jama.2017.17687)

Tại Việt Nam chưa có những báo cáo dữ liệu quốc gia về tình hình NKH.
Tuy nhiên, có một số dữ liệu của các bệnh viện báo cáo về tình trạng NKH.
Báo cáo năm 2013, trong số 5763 ca cấy máu, có 385 (6,7%) ca cấy máu dương
tính [39]. Nghiên cứu của Phung NTN và cộng sự (2020) về bệnh nhân NKH
được chẩn đoán tại đơn vị hồi sức của Bệnh viện Nhi Đồng 1, Thành phố Hồ
 5

Chí Minh trong giai đoạn 2008-2018 gặp 687 bệnh nhân với tỷ lệ tử vong là
37,0% [40]. Báo cáo khác của Tran HT và cộng sự (2015) cho thấy trong số
2555 trẻ sơ sinh nhập viện, 41,0% do bệnh lý nhiễm trùng và 24,1% được chẩn
đoán NKH, trong đó 46,0% (49/106) số ca tử vong được chẩn đoán NKH [41],
[42]. Một nghiên cứu về NKH ở người lớn trong thời gian ba năm (2011-2013)
có 738 bệnh nhân NKH có cấy máu dương tính [43].

1.1.2. Căn nguyên gây nhiễm khuẩn huyết

Các căn nguyên vi khuẩn gây NKH cũng thay đổi theo thời gian, cũng
như phụ thuộc vào vùng địa lý, điều kiện kinh tế, xã hội [44].
Những nghiên cứu được công bố trong thập niên gần đây cho thấy vi
khuẩn Gram âm đã trở thành nguyên nhân chính gây NKH, kể cả nhiễm khuẩn
bệnh viện hay tại cộng đồng. Trong số vi khuẩn Gram âm thì
Enterobacteriaceae, Acinetobacter spp và Pseudomonas spp là các tác nhân
chính gây NKH [2], [44], [45]. Nghiên cứu đa trung tâm SENTRY được báo
cáo năm 2019 đã ghi nhận S. aureus, E. coli và K. pneumoniae là ba tác nhân
thường gặp nhất gây NKH; trong đó E. coli gặp tỷ lệ tăng (từ 18,5% giai đoạn
1997-2000 tăng lên 24,0% giai đoạn 2013-2016) còn S. aureus có xu hướng
giảm (22,5% giai đoạn 1997-2000 giảm xuống 18,7% giai đoạn 2013-2016)
[46]. Nghiên cứu đa trung tâm gồm 13796 bệnh nhân điều trị tại các đơn vị hồi
sức tích cực ở 75 quốc gia ghi nhận tỷ lệ cấy máu dương tính là 75%, các chủng
vi khuẩn Gram âm gặp 62%; trong đó, các chủng Enterobacteriaceae chiếm
36% trong tổng số các chủng vi khuẩn Gram âm (E. coli 16%, Klebsialla spp
12,7% và Enterobacter 7%) [47]. Cohen J và cộng sự (2004) đã phân tích tổng
hợp 510 nghiên cứu cho thấy NKH Gram âm có tỷ lệ tử vong cao hơn so với
NKH Gram dương [48]. Reddy, E.A và cộng sự (2010) nghiên cứu phân tích
tổng hợp các bệnh nhân NKH cộng đồng ở Châu Phi gặp căn nguyên do vi
khuẩn Gram âm là 58,2% (trong đó chủ yếu là họ vi khuẩn đường ruột 41,3%)
 6

[49]. Nghiên cứu đơn trung tâm tại Hungary, các căn nguyên phổ biến gây
NKH là E. coli (28,0%), S. pneumoniae (8,4%), S. aureus (6,5%) và K.
pneumoniae (5,6%) [50]. Một báo cáo ở Mỹ về NKH trong thời gian từ 2010-
2016 gặp căn nguyên chủ yếu là vi khuẩn Gram âm, trong đó E. coli được ghi
nhận với tỷ lệ cao nhất [3].
Nghiên cứu ở những khu vực gần Việt Nam cũng cho những kết quả
tương tự. Vincent JL và cộng sự (2009) có nghiên cứu phân tích tổng hợp tại
các vùng địa lý trên thế giới về căn nguyên NKH thấy rằng, tỷ lệ cấy máu dương
tính từ 55% đến 84%; trong đó vi khuẩn Gram âm gặp 62,2% (trong đó khu
vực Châu Á cao nhất với tỷ lệ 73,4%). Nghiên cứu cũng chỉ ra rằng ở khu vực
châu Á, họ vi khuẩn đường ruột chiếm phần lớn trong các chủng vi khuẩn Gram
âm, trong đó E. coli và K. pneumoniae vẫn là các vi khuẩn hay gặp với tỷ lệ
gặp lần lượt tương ứng là 16,7% và 20,7% [47]. Báo cáo về đặc trưng NKH tại
các đơn vị hồi sức tại Nhật Bản, có 403/636 (63,4%) số ca có kết quả cấy máu
dương tính, trong số đó 157/403 (39,0%) ca có kết quả dương tính với E. coli
[38]. Nghiên cứu phân tích tổng hợp gồm 40644 bệnh nhân từ 17 báo cáo tại
khu vực Nam và Đông Nam Á (2012) cho thấy, NKH do vi khuẩn Gram âm và
Gram dương gặp tỷ lệ lần lượt tương ứng là 60,6% và 17,8%; trong đó
Salmonella enterica gặp tỷ lệ cao nhất 32,2%; trong các chủng vi khuẩn đường
ruột không phải Salmonella thì ba tác nhân chính gây bệnh lần lượt là E. coli
và K. pneumoniae [51]. Một nghiên cứu đa trung tâm ở khu vực Đông Nam Á
(trong đó có Việt Nam) về căn nguyên của NKH ghi nhận, trong các căn nguyên
vi khuẩn thường gặp thì E. coli là một trong ba vi khuẩn thường gặp, hai họ vi
khuẩn khác là Leptospira và Rickettsia [7]. Như vậy, họ vi khuẩn đường ruột
(chủ yếu là E. coli và K. pneumoniae) vẫn là nguyên nhân chính và có xu hướng
ngày càng tăng trong số các vi khuẩn Gram âm gây NKH trong khu vực cũng
như trên thế giới.
 7

Các nghiên cứu đã được báo cáo về căn nguyên gây NKH tại Việt Nam
chủ yếu là từ một số bệnh viện lớn và kết quả cũng rất khác nhau giữa các bệnh
viện. Tuy nhiên, hầu hết các báo cáo cho thấy rằng các chủng E. coli và K.
pneumoniae là tác nhân thường gặp gây NKH ở Việt Nam. Nguyễn Văn Việt
và cộng sự (2011) nghiên cứu căn nguyên NKH tại Bệnh viện 103 giai đoạn
2005 - 2011 cho thấy, NKH do vi khuẩn Gram âm gặp 44,54% so với vi khuẩn
Gram dương 50,42%, các chủng vi khuẩn Gram âm hay gặp là E. coli,
Enterobacter spp, Salmonella spp và Klebsiella spp [52]. Phạm Văn Ca nghiên
cứu về căn nguyên gây NKH tại bệnh viện Bạch Mai từ 1989 đến 1993 ghi
nhận tỷ lệ NKH gặp 11,8% trong đó cao nhất là S. aureus (35,06%) sau đó là
E. coli (19,05%), E. aerogenes (8,5%), S. viridans (7,47%), Enterococci
(5,03%) và P. Aeruginosa (4,11%) [53]. Nghiên cứu của Vũ Quốc Đạt và cộng
sự (2017) về NKH tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương trong giai đoạn
2011-2013 gặp các căn nguyên phổ biến là K. pneumoniae (17,5%), E. coli
(17,3%) sau đó đến S. aureus (14,9%) và S. maltrophila (9,6%) [43]. Một
nghiên cứu về NKH cộng đồng tại các bệnh viện phía nam ghi nhận 90% các
chủng vi khuẩn gây bệnh là vi khuẩn Gram âm, trong đó S. typhi (67%), E. coli
(10%) và Klebsiella sp (5%) [54].

Kháng sinh và kháng kháng sinh

1.2.1. Kháng sinh: khái niệm và cơ chế tác dụng

Trong hơn 70 năm qua, kháng sinh được coi là một vũ khí quan trọng
chống lại các bệnh nhiễm khuẩn, góp phần làm giảm những thách thức của
bệnh nhiễm trùng, góp phần nâng cao chất lượng cuộc sống của con người.
Kháng sinh là những chất do vi sinh vật tiết ra hoặc những chất hóa học
bán tổng hợp, tổng hợp, với nồng độ rất thấp, có khả năng đặc hiệu kìm hãm sự
phát triển hoặc diệt được vi khuẩn.
 8

Hình 1.1. Đích tác động và cơ chế kháng kháng sinh

(Nguồn: http://www.giantfreakinrobot.com/sci/antibioticresistant-genes-crow-poop.html)

Các kháng sinh được phân loại theo cấu trúc hóa học, từ đó chúng có
chung một cơ chế tác dụng. Tuy nhiên, trong cùng một họ kháng sinh, tính chất
dược động học, sự dụng nạp và đặc điểm về phổ kháng khuẩn cũng không hoàn
toàn giống nhau. Một số họ kháng sinh chính gồm [55]: nhóm Beta-lactam
(gồm Penicillin, Cephalosporin, Monobactam và Carbapenem); nhóm
Aminoside hay Aminoglycoside; nhóm Chloramphenicol; nhóm Tetracyclin;
nhóm Quinolone; nhóm 5-Nitro-imidazol và nhóm Sulfonamid.
Cơ chế tác động của kháng sinh, gồm bốn cơ chế chính (hình 1.1):
- Ức chế quá trình tổng hợp vách của vi khuẩn
- Ức chế quá trình sinh tổng hợp protein
- Thay đổi thành phần cấu trúc của màng tế bào
- Ức chế quá trình tổng hợp acid nucleic hoặc acid folate

1.2.2. Cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn

Cùng với việc sử dụng kháng sinh một cách rộng rãi, các chủng vi khuẩn
cũng phát triển các cơ chế đề kháng với các kháng sinh.
 9

Có bốn cơ chế chính gây đề kháng kháng sinh của vi khuẩn được thể
hiện trong hình 1.1 [55], [56].
- Bất hoạt kháng sinh bằng enzyme
- Giảm tính thấm của thành hoặc màng tế bào vi khuẩn
- Thay đổi ví trị gắn đích với kháng sinh
- Hệ thống bơm đẩy

1.2.3. Kháng kháng sinh nhóm beta-lactam

Cho đến nay, kháng sinh nhóm beta-lactam vẫn là nhóm kháng sinh được
sử dụng nhiều nhất trên lâm sàng, nhất là trong điều trị các nhiễm trùng bệnh
viện, NKH (gồm cả các vi khuẩn Gram âm và Gram dương) [57]. Kháng sinh
beta-lactam được phát triển qua nhiều thế hệ (Penicillin, Cephalosporin,
Carbapenem và Monobactam) được đặc trưng bởi vòng beta-lactam và hoạt
động theo cơ chế ức chế sinh tổng hợp vách tế bào [55].
Song song với việc con người phát triển và sử dụng kháng sinh nhóm
beta-lactam một cách phổ biến thì vi khuẩn tự tiến hóa và phát triển rất nhiều
cơ chế kháng với kháng sinh nhóm này, trong đó cơ chế phổ biến nhất là bất
hoạt kháng sinh bằng beta-lactamase [55]. Các enzym này có ái lực với kháng
sinh cao hơn hẳn đích tác động của chúng và kết quả là thủy phân vòng beta-
lactam. Gen mã hóa beta-lactamase được xác định cả trên chromosomal và
vùng ngoài chromosomal và trên cả các chủng vi khuẩn Gram âm và Gram
dương. Chúng ta đã phát triển các thế hệ kháng sinh mạnh mẽ hơn (như
Ceftriaxone, Cefepime) dùng để điều trị các nhiễm trùng do các vi khuẩn đã
kháng lại với kháng sinh nhóm thế hệ đầu beta-lactam. Tuy nhiên, extended-
spectrum beta-lactamase (ESBL), được lan truyền qua các gen di động (như
plasmid) ở các chủng vi khuẩn Gram âm như E. coli, K. pneumoniae hoặc nằm
trong hệ gen của vi khuẩn (như của Enterobacter), có khả năng hoạt động rất
mạnh, thủy phân toàn bộ các Penicillin và Cephalosporin. Chúng ta có sự kết
 10

hợp kháng sinh nhóm beta-lactam với các chất ức chế beta-lactamase (như acid
clavulanic, sulbactam hay tazobactam) nhằm làm tăng hiệu quả của kháng sinh.
Tuy nhiên, không có một kháng sinh nhóm beta-lactam hay một chất ức chế
nào hiện có, có thể kháng lại với tất cả enzym beta-lactamase đã được xác định
[55], [56], [58].

Sơ đồ 1.1. Phân loại kháng sinh nhóm beta-lactam

(https://www.grepmed.com/images/4088/cephalosporins-classification-pharmacology-antibiotics-penicillins-betalactams-classes)

Cơ chế thứ hai của vi khuẩn kháng với kháng sinh nhóm beta-lactam là
thay đổi cấu trúc đích tác động của kháng sinh như penicillin binding protein
(PBP), làm giảm sự kết hợp của kháng sinh với các PBP. Cơ chế này thường
xuất hiện do đột biến của một gen, nhận được một gen mới (như các chủng
Staphylococcus kháng methicillin), hoặc thay đổi một phần của các gen PBP
(như Streptococcus, Gonococcus và Meningococcus kháng penicillin) [56].
Một cơ chế khác là sự kết hợp giữa giảm tính thấm màng tế bào với bơm
đẩy (efflux) từ trong tế bào ra ngoài tế bào, cơ chế này thường gặp ở các chủng
vi khuẩn Gram âm. Những đột biến gen mã hóa các kênh protein ở màng tế bào
(gọi là porin) làm giảm khả năng đi vào trong tế bào của beta-lactam, trong khi
 11

đó các bơm đẩy sẽ bơm beta-lactam ra ngoài tế bào vi khuẩn. Cơ chế kháng
này thường giúp các chủng Enterobacteriaceae kháng một số Cephalosporin
và Pseudomonas kháng với Cephalosporin và Piperacillin [55], [58].

Sơ đồ 1.2. Phân lớp các enzym beta-lactamase

(Nguồn: Karen Bush, 2018. doi: 10.1128/AAC.01076-18)

Vi khuẩn Gram âm không chỉ tự tiến hóa phát triển các thế hệ gen mã
hóa beta-lactamase mà chúng còn truyền gen này cả theo chiều dọc (nhân lên
qua các thế hệ) và chiều ngang (chuyển nạp, tải nạp và tiếp hợp), chúng không
chỉ truyền các gen này trong cùng loài mà cho cả vi khuẩn cùng họ, đặc biết là
họ Enterobecteriaceae [58]. Các beta-lactamase với tính chất thủy phân vòng
lactam của các beta-lactam ở mức độ khác nhau được phân thành 4 lớp: lớp A,
lớp D, lớp B và lớp C (theo phân loại của Amler, 1980) dựa trên cấu trúc của
các beta-lactamase [59]. Tuy nhiên, sự khác nhau về cấu trúc hóa học giữa
penicillinase và cephalosporinase cho thấy phân loại theo cấu trúc hóa học cần
được lưu ý đến. Sau đó các hệ thống phân loại được bổ sung thêm cơ chất, các
 12

chất ức chế [13]. Các nghiên cứu gần đây cho thấy, vi khuẩn Gram âm, đặc
biệt là các chủng vi khuẩn đường ruột mang gen mã hóa beta-lactamase phổ
rộng và carbapenemase đã và tiếp tục trở thành một thách thức lớn với các nhà
lâm sàng cũng như cho hệ thống chăm sóc sức khỏe toàn cầu [60].

1.2.4. Tình hình kháng kháng sinh

1.2.4.1. Tình hình kháng kháng sinh trên thế giới

Kháng kháng sinh đã và đang là một vấn đề sức khỏe nghiêm trọng toàn
cầu, một thách thức lớn cho hệ thống y tế cũng như các thầy thuốc lâm sàng.
Các bệnh lý nhiễm khuẩn, đặc biệt là NKH do các chủng vi khuẩn kháng thuốc
hiện nay rất phổ biến và có xu hướng ngày càng tăng. Thống kê của Trung tâm
kiểm soát và dự phòng bệnh tật Mỹ (CDC) mỗi năm ở Mỹ có ít nhất 2,8 triệu
người mắc các nhiễm trùng nghiêm trọng do các vi khuẩn đã kháng với ít nhất
một kháng sinh dùng để điều trị chúng. Trên 35000 người tử vong mỗi năm
liên quan đến nhiễm khuẩn do vi khuẩn kháng kháng sinh, rất nhiều các trường
hợp khác tử vong do các biến chứng nhiễm khuẩn liên quan đến vi khuẩn kháng
kháng sinh [1], [61].
Trung tâm kiểm soát và dự phòng bệnh tật Mỹ đã đưa ra bảng phân loại mức
độ nguy hiểm của các chủng vi khuẩn kháng thuốc dựa trên mức độ nặng của
bệnh nhiễm trùng, sự xuất hiện và khả năng lan truyền của các chủng vi khuẩn
kháng thuốc. Năm 2013 CDC đã đưa ra ba mức độ: khẩn cấp (Urgent threat),
nguy hiểm (Serious threat) và lo ngại (Concerning threat) [61]. Bản cập nhật
2019 đã bổ sung thêm các chủng ở các cấp độ cảnh báo và được bổ sung một
cấp độ là chủng cần theo dõi (Watch list) [1]. Chúng ta có thể thấy rằng, đến
2019 các chủng S. aureus kháng Vancomycin không còn nằm trong danh sách
cảnh báo của CDC, tuy nhiên mức độ cảnh báo của các chủng
Enterobacteriaceae sinh ESBL và các chủng Enterobacteriaceae kháng
Carbapenem (CRE) là không thay đổi.
 13

Bảng 1.1. Mức độ nguy hiểm của các chủng vi khuẩn kháng thuốc
Acinetobacter kháng Carbapenem
Candida auris
Khẩn cấp
Clostridioides difficile
(Urgent threat)
Enterobacteriaceae kháng Carbapenem (CRE)
Neisseria gonorrhoeae kháng thuốc
Campylobacter kháng thuốc
Candida kháng thuốc
Enterobacteriaceae sinh beta-lactamase phổ rộng (ESBL)
Enterococcus kháng Vancomycin (VRE)
Pseudomonas aeruginosa đa kháng thuốc
Nguy hiểm
Salmonella non-typhoidal kháng thuốc
(serious threat)
Salmonella typhi kháng thuốc
Shigella kháng thuốc
Staphylococcus aureus kháng Methicillin (MRSA)
Streptococcus pneumoniae kháng thuốc
Tuberculosis kháng thuốc
Lo ngại Streptococcus nhóm A kháng Erythromycin
(concerning threat) Streptococcus nhóm B kháng Clindamycin
Aspergillus fumigatus kháng nhóm Azole
Theo dõi
Mycoplasma genitalium kháng thuốc
(Watch list)
Bordetella pertussis kháng thuốc
(Nguồn: https://www.cdc.gov/drugresistance/pdf/threats-report/2019-ar-threats-report-508.pdf)

Báo cáo giám sát hàng năm về kháng kháng sinh của Trung tâm kiểm
soát và dự phòng bệnh tật Châu Âu (ECDC) cho thấy trong năm 2018, trên 50%
số chủng E. coli và trên 30% số chủng K. pneumoniae được ghi nhận kháng với
ít nhất một trong số các kháng sinh và thường kháng kết hợp với nhiều nhóm
kháng sinh được sử dụng phổ biến. Trong khi các chủng E. coli ghi nhận kháng
Carbapenem với tỷ lệ rất thấp, thì các chủng K. pneumoniae kháng Carbapenem
được ghi nhận trên 10% ở nhiều nước Châu Âu [62]. Tổ chức Y tế thế giới
 14

(WHO) đã có báo cáo giám sát toàn cầu về tình trạng kháng kháng sinh cho
thấy các chủng vi khuẩn kháng thuốc thường gặp là E. coli, K. pneumoniae,
Salmonella spp, Acinetobacter spp, S aureus, S pneumoniae, N gonorrhoea, và
Shigella spp. Trong đó các chủng này được ghi nhận kháng cao với kháng sinh
phổ biến là nhóm Beta-lactam và Fluoroquinolon, đặc biệt là các chủng E. coli
và K. pneumoniae [63], [64].
Một báo cáo giám sát các chủng vi khuẩn kháng kháng sinh tại Châu Á
Thái Bình Dương (2012) ghi nhận 29,8% các chủng P. aeruginosa và 73% các
chủng A. baumannii không còn nhạy cảm với ít nhất một kháng sinh nhóm
Carbapenem. Trong khi đó 97,2% các chủng Enterobacteriaceae còn nhạy với
tất cả các kháng sinh nhóm Carbapenem, tuy nhiên tỷ lệ các chủng
Enterobacteriaceae sinh ESBL giao động từ 20% đến 55% [65]. Báo cáo tổng
hợp ở khu vực Nam và Đông Nam Á về tính nhạy cảm với kháng sinh của một
số chủng vi khuẩn trong giai đoạn 1990-2010 cho thấy hầu hết các kháng sinh
đều đã bị kháng với tỷ lệ cao: gần 50% các chủng Salmonella enterica kháng
với các kháng sinh lớp một (Ampicillin, Chloramphenicol và Co-trimoxazole)
28/154 (18%) các chủng Streptococcus pneumoniae kháng Penicillin [51].

1.2.4.2. Tình hình kháng kháng sinh ở Việt Nam

Báo cáo giám sát về tình hình kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn
gây bệnh thường gặp tại 8 bệnh viện ở Việt Nam năm 2005 cho kết quả: vi
khuẩn Gram âm chiếm phần lớn gồm K. pneumoniae (15,1%), E. coli (13,3%),
P. aeruginosa (13,3%), A. baumannii (9,9%). P. aeruginosa đã kháng với hầu
hết các kháng sinh chuyên trị như Ceftazidime, Gentamicin và Amikacin.
Acinetobacter cũng đã kháng với hầu hết các kháng sinh nhóm Cephalosporin
thế hệ 3, Ciprofloxacin và Amikacin. Các chủng Pseudomonas và
Acinetobacter đã xuất hiện kháng với Imipenem với tỷ lệ tương ứng 18,3% và
18,4%, trong đó tỷ lệ kháng của Pseudomonas có xu hướng tăng lên (12,5%
 15

năm 2003 đến 18,4% năm 2005). Tỷ lệ S. aureus kháng Meticillin (MRSA) tại
các bệnh viện dao động từ 38,1% đến 64,5%. Cefotaxim và Ceftriaxone có tỷ
lệ kháng cao: 43,7% với E. coli và 56,9% với K. pneumoniae [66].
Lê Thị Kim Nhung và cộng sự (2004) nghiên cứu tỷ lệ kháng kháng sinh
của các chủng vi khuẩn gây viêm phổi tại bệnh viện Thống nhất cho thấy các
chủng Acinetobacter và P. aeroginosa kháng cao với kháng sinh nhóm
Cephalosporin thế hệ ba và Quinolon (50% - 98%), đặc biệt P. aeroginosa có
tỷ lệ kháng rất cao với Imipenem (28%). Các chủng K. pneumoniae kháng rất
cao với các kháng sinh phổ biến dùng để điều trị, tỷ lệ kháng với Ciprofloxacin
và Ceftriaxone lần lượt là 85,8% và 94,1%. Trong nghiên cứu này gặp bốn bệnh
nhân viêm phổi do các chủng P. aeruginosa kháng hết các kháng sinh hiện có,
cả bốn bệnh nhân này đều tử vong [67].
Phạm Văn Ca và cộng sự (2005) khảo sát mức độ kháng thuốc của các
vi khuẩn có khả năng gây bệnh tại cộng đồng cho thấy các chủng E. coli,
Salmonela, S. pneumoniae, H. influenae còn nhạy cảm cao với các kháng sinh
thông thường (nhóm Penicillin và Quinolon) [53]. Nguyễn Trọng Chính (2004)
nghiên cứu về tình trạng kháng kháng sinh do các chủng vi khuẩn Gram âm
gây NKH tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 gặp các chủng vi khuẩn
Gram âm còn nhạy cảm cao với Imipenem (94,5 - 98,8%), tuy nhiên tỷ lệ kháng
nhóm Cephalosporin thế hệ 2,3 và Quinolon khoảng 30% [68]. Báo cáo của
Phạm Văn Ca (2005) về tình trạng kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn
đường ruột tại Việt Nam ghi nhận, E. coli kháng cao với nhóm Cephalosporin
thế hệ 2,3 và Quinolon (30-46%). Các chủng Klebsiella kháng cao với
Cephalosporin thế hệ 3 (30-60%), nhưng vẫn còn nhạy với Levofloxacin (tỷ lệ
nhạy 87%). Các chủng Enterobacter có tỷ lệ kháng với Cephalosporin và
Quinolon trong khoảng 35% đến 40% [69].
 16

Bảng 1.2. Một số báo cáo kháng kháng sinh ở Việt Nam
Chương Năm Phạm Số BV Mô tả Kết quả chính Trích
trình vi tham gia dẫn
Theo chương trình giám sát của Bộ
NPSAR E. coli sinh ESBL: 7,7% (42/548)
1988- Việt 9 (1988) Y Tế: Kháng sinh đồ được làm cho
(Khung K. pneumoniae sinh ESBL: 23,7% [70]
2006 Nam 31(1993) các chủng vi khuẩn gây bệnh cả
của ATS) (115/485)
bệnh nhân nội trú và ngoại trú
Bệnh viện nhi đồng 2: tham gia
S. pneumoniae không nhạy penicillin
Châu chương trình khảo sát chủng S.
ANSORP 1996 1 (71,4%) cao nhất trong các nước tham [71]
Á pneumoniae kháng thuốc tại 14
gia. Tỷ lệ kháng với AMC là 22,2%
trung tâm của 11 nước
Các chủng S. aureus kháng
Khảo sát tiến cứu đa trung tâm đánh
2004- Châu Methicillin ở VN tương ứng là 74,1%
ANSORP 1 giá dịch tễ học phân tử của các [72]
2006 Á với nhiễm khuẩn bệnh viện và 30,1%
chủng S. aureus ở các nước Asia
với nhiễm khuẩn cộng đồng
Đánh giá quản lý và điều trị NKH do
2008- Toàn 80 bệnh nhân (19%) chủng S. aureus
MCESa 3 S. aureus trong 1 năm của 8 trung [73]
2009 cầu gây NKH có kháng Methicillin
tâm ở Anh, VN và Nepal
E. coli kháng Cefuroxime (30-80%),
GARP-VN và Đại học Oxford phối Kháng SXT (60-80%)
Toàn hợp Bộ Y tế có chương trình giám E. coli và K. pneumoniae sinh ESBL
GARP 2009 15 [74]
cầu sát kháng kháng sinh tại 15 Bệnh tương ứng là 15-57% và 7-73%.
viện năm 2009. 40% P. aeruginosa và 60%
Acinetobacter kháng với Ceftazidime
Khảo sát kháng kháng sinh của các S. pneumoniae không nhạy với
2009- Toàn chủng gây nhiễm khuẩn đường hô penicillin (47,8%) và kháng
SOAR 11 [75]
2011 cầu hấp là S. pneumoniae và H. Azithromycin (93,1%). 40,5% chủng
influenzae H. influenzae sinh beta-lactamses
E. coli và K. pneumoniae sinh ESBL
Khảo sát kháng kháng sinh các
2009- Toàn tương ứng là 48,1% và 39,5%. P.
SMART 4 chủng vi khuẩn Gram âm gây nhiễm [76]
2011 cầu aeruginosa kháng Ceftazidime là
khuẩn ổ bụng ở VN
7,7%.
E. coli và K. pneumoniae kháng
Báo cáo về các chủng kháng thuốc
2012- Việt Cefotaxime tương ứng là 56% và
VINARES 16 từ 16 bệnh viện ở VN với 24732 [17]
2013 Nam 47%. Các chủng này kháng Imipenem
chủng lâm sàng được ghi nhận
tương ứng là 6% và 16%
Ghi chú: NPSAR: National Program for Surveillance in Antimicrobial Resistance; ASTS: antimicrobial sensitivity testing study;
ESBL: extended spectrum beta-lactamase; AMC: amoxicillin/clavulanic acid; ANSORP: Asian Network for Surveillance of Resistant
Pathogens; GARP: Global Antibiotic Resistance Partnership; SXT: trimethoprim/sulfamethoxazole; SOAR: Survey of Antibiotic
Resistance; SMART: Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends; VINARES: Vietnam resistance; MCESa: Multi-center
evaluation study on S. aureus bacteraemia.

Báo cáo chương trình kháng kháng sinh khu vực Châu Á Thái Bình Dương
cho thấy Việt Nam gặp tỷ lệ chủng vi khuẩn đường ruột sinh ESBL (55,1%) và
kháng Carbapenem (5,6%) [20]. Nghiên cứu của Vũ Quốc Đạt và cộng sự (2017)
chủng vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết cho thấy chủng K. pneumoniae sinh
ESBL, kháng Carbapenem, Aminoglycosid và Fluoroquinolon với tỷ lệ tương
ứng là 12,3%; 0,8%; 13,0% và 8,4% [43]. Một báo cáo của Nguyễn Phú Hương
Lan và cộng sự (2017) về đặc trưng của các chủng vi khuẩn gây NKH tại Bệnh
viện Bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh cho thấy các chủng kháng
Cephalosporin thế hệ 3 là 30%; các chủng sinh ESBL là 16% [23]. Một nghiên
cứu khảo sát các chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem cư trú trong hệ vi
 17

khuẩn chí đường ruột của 2233 bệnh nhân điều trị nội trú ở 12 bệnh viện Việt Nam
cho thấy 52% (1165/2233) bệnh nhân mang các chủng Enterobacteriaceae kháng
Carbapenem, trong đó chủ yếu là K. pneumoniae (n=805) và E. coli (n=682) [77].

Họ vi khuẩn đường ruột và khả năng sinh enzym beta-lactamase

1.3.1. Họ vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae)

Enterobacteriaceae hay họ vi khuẩn đường ruột là họ lớn vi khuẩn Gram
âm gồm các loài vi khuẩn vô hại (ký sinh trong đường tiêu hóa của người hoặc
động vật) và các loài gây bệnh như Salmonella, Escherichia, Yersinia,
Enterobacter, Klebsiella và Shigella [78]. Trong đó, Escherichia coli và
Klebsiella pneumoniae là những tác nhân gây bệnh quan trọng cả nhiễm khuẩn
trong bệnh viện cũng như nhiễm khuẩn ngoài cộng đồng. Đây là họ duy nhất
của bộ Enterobacteriales thuộc lớp Gammaproteobacteria ngành
Proteobacteria.
Các loài thuộc họ Enterobacteriaceae đều là trực khuẩn, chiều dài điển
hình từ 1 μm đến 5 μm. Chúng là những vi khuẩn Gram âm, hiếu kị khí tùy
ngộ, lên men đường thành acid lactic. Hầu hết chúng khử nitrat thành nitrit,
ngoại trừ một số vi khuẩn như Photorhabdus. Chúng mọc được ở môi trường
dinh dưỡng thông thường. Hầu hết di chuyển bằng roi nhưng một số chi gồm
các loài không di động. Chúng không tạo bào tử. Họ vi khuẩn đường ruột có 3
nhóm kháng nguyên cơ bản: kháng nguyên thân (kháng nguyên O), kháng
nguyên lông (kháng nguyên H), kháng nguyên bề mặt, kháng nguyên vỏ hay
kháng nguyên bao bọc xung quanh thân vi khuẩn (kháng nguyên K).

1.3.2. Enterobacteriaceae sinh betalactamase

Enterobecteriaceae là họ trực khuẩn Gram âm đường ruột gồm nhiều tác
nhân gây bệnh quan trọng ở người, gây ra nhiều bệnh lý nhiễm trùng quan trọng
như nhiễm khuẩn tiết niệu, NKH, viêm phổi bệnh viện hay nhiễm trùng ổ bụng.
 18

E. coli là căn nguyên chủ yếu gây viêm đường tiết niệu và NKH, Klebsiella spp
và Enterobacter spp là những căn nguyên chính gây viêm phổi, NKH [79],
[80]. Trong thế kỷ XX, việc lựa chọn kháng sinh cho việc điều trị các nhiễm
trùng do Enterobecteriaceae là không quá khó khăn. Kháng sinh nhóm beta-
lactam (chủ yếu là Cephalosporin phổ rộng và Carbapenem) và
Fluoroquinolone là những liệu pháp lựa chọn đáng tin cậy để điều trị nhiễm
trùng gây ra do họ vi khuẩn này. Tuy nhiên, Enterobecteriaceae đã trở thành
một thách thức ở thế kỷ XXI khi xuất hiện kháng với cả 2 nhóm kháng sinh
Cephalosporin (các chủng sinh ESBL và enzym AmpC) và Fluoroquinolon,
thậm chí đã xuất hiện các chủng kháng với các kháng sinh Carbapenem [81],
[82]. Cơ chế quan trọng mà các chủng Enterobacteriaceae phát triển kháng với
các kháng sinh nhóm beta-lactam là sinh enzym beta-lactamase, trong đó quan
trọng nhất là ESBL và carbapenemase [79].
ESBL là những emzym có khả năng phân hủy một khoảng rộng các
kháng sinh, bao gồm hầu hết các Penicillin, Cephalosporin (trừ Cephamycin)
và Monobactam [81]. Các chủng vi khuẩn sinh ESBL thường kết hợp với cơ
chế kháng cả kháng sinh nhóm Quinolon [58]. Phần lớn các gen mã hóa ESBL
thuộc lớp A theo phân loại Ampler gồm các họ gen TEM, SHV, CTX-M. Các
họ gen TEM và SHV được xác định ở các chủng E. coli và K. pneumoniae từ
những năm 1980 và có xu hướng lan rộng khắp thế giới [81]. Các nghiên cứu
ở Châu Âu cho thấy từ 23% đến 43% các chủng Klebsiella sinh ESBL được
phân lập từ các trung tâm hồi sức [80], [81]. Họ gen CTX-M là họ gen phổ biến
sinh beta-lactamase, được phát hiện từ những năm 1980 và theo thời gian có sự
tăng rất nhanh các chủng Escherichia, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter …
mang gen CTX-M sinh ESBL [81]. Các chủng này kháng với Ceftriaxone và
Cefotaxime cao hơn kháng với Ceftazidime [83].
Ngoài ra, một số họ gen mới được mô tả gần đây như VEB (Vietnamese
extended beta-lactamase), GES (Guyana extended spectrum beta-lactamase),
 19

PER (Pseudomonas extended resistance) [59], [84]. Có trên 20 kiểu gen OXA
thể hiện tính sinh ESBL chủ yếu được tìm thấy trên các chủng P. aeruginosa
và rất ít xuất hiện ở các chủng Enterobacteriaceae. Phần lớn các ESBL-OXA
đều kháng với các chất ức chế beta-lactamase như acid clavulanic [79], [83].
Enzym cephalosporinase type AmpC thuộc lớp C của phân lớn Ampler.
Enzym này phân hủy Penicillin, Cephalosporin (trừ thế hệ 4) và monobactam.
Gen mã hóa AmpC hiện diện trên chromosome của hầu hết các chủng vi khuẩn
đường ruột. E. coli phát triển 2 cơ chế kháng Cephalosporin phổ rộng thông
qua enzym AmpC: (1) tăng tính biểu hiện của gen AmpC nội tại thông qua việc
tạo ra cấu trúc promoter hiệu quả; và (2) nhận các plasmid AmpC từ các chủng
vi khuẩn đường ruột khác [59]. Plasmid AmpC thường được tìm thấy ở các
chủng E. coli và Klebsiella sp. AmpC thường không bị ức chế bởi các chất ức
chế beta-lactamase như Acid clavulanic hay Tazobactam. Một nghiên cứu ở
Mỹ cho thấy 8,5% các chủng K. pneumoniae, 6,9% các chủng K. oxytoca và
4% các chủng E.coli mang AmpC-plasmid [81].
Kháng sinh nhóm Carbapenem hiện được coi là kháng sinh dự trữ chiến
lược dùng để điều trị các nhiễm trùng nặng bởi các chủng vi khuẩn đường ruột
sinh ESBL. Các chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem ngày càng gia
tăng. Đồng thời, sự xuất hiện các chủng vi khuẩn sinh Carbapenemase đang trở
thành vấn đề lo lắng cho các thầy thuốc lâm sàng, vì chúng kháng với hầu hết
kháng sinh hiện có [80], [83]. Cơ chế chính các chủng vi khuẩn kháng
Carbapenem là sinh enzyme carbapenemase. Họ enzyme carbapenemase rất đa
dạng, thuốc ba trong bốn lớp (theo phân loại Ampler) là lớp A, lớp B (metallo-
beta-lactamase) và lớp D. Các gen mã hóa sinh enzym carbapenemase thuộc
lớp A đã được biết đến là: SME, IMI, GES và KPC (K. pneumoniae
carbapenemase). Các chủng K. peumoniae sinh carbapenemase đã được quan
sát thấy trong các nhiễm trùng bệnh viện ở Mỹ, Châu Âu, Phần Lan và Đức
[59], [80]. Lớp D bao gồm các họ gen OXA (như OXA-23, OXA-48, OXA-
 20

51…) thể hiện tính carbapenemase đã được xác định rất nhiều các chủng vi
khuẩn gram âm khác nhau bao gồm P. aeruginosa, A. baumannii và
Enterobacteriaceae [59]. Metallo beta-lactamase (MBL) là nhóm enzym thuộc
lớp B, bao gồm nhiều enzym (như VIM-1, IMP-1, NDM-1) mã hóa bởi các
mobile DNA xuất hiện ở các chủng vi khuẩn Enterobacteriaceae và các chủng
Gram âm khác. Sự lan truyền của các metallo beta-lactamase là một thách thức
lớn cho hệ thống chăm sóc y tế, đặc biệt trong điều trị các bệnh lý nhiễm trùng
[82]. Các chủng K. pneumoniae mang gen VIM-1,2 và IMP-8 đã được ghi nhận
ở Pháp, Anh, Hy Lạp và Hồng Kông [85]. Các chủng Enterobacteriaceae mang
gen NDM-1 hiện đã ghi nhận rộng rãi tại nhiều trung tâm ở Ấn Độ, Pakistan và
Bangladesh và có xu hướng lan rộng trên toàn cầu. Tỷ lệ tử vong do nhiễm
khuẩn gây ra bởi các chủng vi khuẩn Gram âm sinh metallo- beta-lactamase
giao động trong khoản 25% đến 75% [86].

Sơ đồ 1.3. Phân lớp Carbapenemase/beta-lactamases

(Nguồn: Nordmann P, 2019. doi: 10.1093/cid/ciz824)
 21

1.3.3. Các báo cáo về gen mã hóa beta-lactamse của Enterobacteriaceae

1.3.3.1. Trên thế giới

Các nghiên cứu cho thấy rằng ESBL được mã hóa bởi rất nhiều gen khác
nhau và nằm trên các vật liệu di truyền khác nhau như plasmid hay các
chromosome và chúng dễ dàng di truyền giữa các chủng vi khuẩn, đặc biệt là các
chủng vi khuẩn đường ruột [87]. Các họ gen phổ biến mã hóa sinh ESBL là CTX-
M, SHV và TEM [88], [89]. Nghiên cứu dịch tễ học phân tử ở các bệnh viện
Canada trong 5 năm (2007-2011) cho thấy các chủng E. coli và K. pneumoniae
sinh ESBL mang gen CTX-M với tỷ lệ tương ứng là 94,4% và 66,7%; trong đó
chủ yếu là CTX-M-15 (tương ứng 70,2% và 75,0%); các gen khác được ghi nhận
là OXA-1, TEM-1 và SHV-1 [90]. Nghiên cứu khác ở các nước Châu Âu cũng
gặp CTX-M là gen phổ biến mã hóa sinh ESBL của các chủng E. coli với tỷ lệ lên
tới 81,3% [91], [92]. Báo cáo về đặc trưng kháng kháng sinh cũng cho thấy CTX-
M là gen chủ yếu mã hóa sinh ESBL trong khu vực Châu Á Thái Bình Dương,
đặc biệt là khu vực Đông Nam Á; trong đó dưới type CTX-M-14 và CTX-M-15
là phổ biến của các chủng K. pneumoniae và E. coli [93], [94].

Hình 1.2. Phân bố gen mã hóa carbapenemase theo các vùng địa lý
(Nguồn: Ibrahim A. Al-Zahrani, 2018. doi: 10.15537/smj.2018.9.22840)
 22

Báo cáo đầu tiên ghi nhận ca K. pneumoniae sinh Carbapenemase năm
2001 [95], đến nay các chủng vi khuẩn đường ruột sinh Carbapenemae trở thành
một thách thức lớn với hệ thống chăm sóc y tế với nhiều kiểu gen thuộc các lớp
và phân lớp enzyme beta-lactamase khác nhau và phân bố khác nhau tùy thuộc
khu vực địa lý khác nhau. Nghiên cứu khảo sát đa trung tâm các chủng
Enterobacteriaceae sinh Carbapenemase ghi nhận gen phổ biến là KPC (42%) và
OXA-48 (38%) [96]. Các báo cáo thuộc khu vực Châu Mỹ cho thấy kiểu gen
kháng Carbapenem chủ yếu là KPC, ngoài ra các gen khác như NDM, VIM và
OXA-48 được ghi nhận ở Mỹ [97], [98]. Khảo sát về các chủng vi khuẩn đường
ruột kháng Carbapenem gây nhiễm khuẩn bệnh viện ở Canada gặp gen kháng phổ
biến là KPC (69,9%) và NDM-1 (17,3%) [99]. Không giống như các khu vực trên,
Châu Á-Thái bình dương (Asia-Pacific) ghi nhận gen phổ biến các chủng
Enterobacteriaceae kháng Carbapenem được ghi nhận là NDM-1, các metallo-
beta-lactamases khác (IMP, VIM) chứ không phải KPC, đặc biệt là khu vực Đông
Nam Á [20], [100].

1.3.3.2. Tại Việt Nam

Tại Việt Nam, các nghiên cứu về gen kháng kháng sinh ở Việt Nam tập
trung chủ yếu vào các họ gen sinh ESBL của các chủng vi khuẩn đường ruột. Lại
Thị Quỳnh và cộng sự (2007) khảo sát các gen TEM, SHV, CTX-M và OXA ở
các chủng vi khuẩn đường ruột sinh ESBL phân lập được tại bệnh viện Bạch Mai,
bệnh viện Việt Tiệp và bệnh viện Nhi trung ương ghi nhận, tỷ lệ các gen TEM,
SHV, CTX-M và OXA lần lượt tương ứng là 87,8%; 62,2%; 24,6% và 12,3%.
TEM có mặt ở hầu hết các chủng E. coli (92%) và Enterobacter (87,5%) sinh
ESBL. Với K. pneumoniae cả 2 loại ESBL là TEM và SHV được tìm thấy với tỷ
lệ cao 83,3% và 87,5% [101]. Đoàn Thị Hồng Hạnh và cộng sự (2008) nghiên cứu
trên các chủng E. coli và K. pneumoniae phân lập được tại bệnh viện Việt Nam-
Thụy Điển cho thấy, gen TEM, SHV gặp tỷ lệ chung là 83,5% và 44,3%; tỷ lệ gặp
 23

ở chủng E. coli lần lượt là 92,8% và 26,1%; tỷ lệ gặp ở các chủng K. pneumoniae
lần lượt là 65,2% và 66,3%. 52,7% các chủng có sự kết hợp 2-3 loại ESBL; có 22
chủng (10%) có sự kết hợp cả 3 loại ESBL (TEM, SHV và CTX-M) gồm 9 chủng
E. coli và 13 chủng K. pneumoniae [102]. Nghiên cứu của Nguyễn Đắc Trung
(2013) trên 43 chủng E. coli và 24 chủng K. pneumoniae phân lập từ các bệnh
phẩm lâm sàng tại bệnh viện Thái Nguyên ghi nhận kiểu gen TEM và CTX-M
gặp với tỷ lệ tương ứng là 44% và 36%. Trong đó, kiểu gen TEM chủ yếu gặp ở
E.coli (9/11 chủng), kiểu gen CTX-M gặp tương đối đồng đều ở các chủng (4
chủng E. coli và 5 chủng K. pneumonae) [103]. Một nghiên cứu về nhiễm trùng
bệnh viện tại các bệnh viện trong Thành phố Hồ Chí Minh cho thấy trong 32 chủng
(23 chủng E. coli và 9 chủng K. pneumoniae) sinh ESBL, tất cả các chủng đều
mang gen CTX-M (chủ yếu là CTX-M-14, -15, -27), 24/32 chủng mang gen TEM,
không có chủng nào mang gen SHV [24]. Nguyễn Phú Hương Lan và cộng sự
(2017) khảo sát kiểu gen và kiểu hình của các chủng sinh ESBL gây NKH tại
Bệnh viện bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh cho thấy, các chủng sinh ESBL
chủ yếu là các chủng Enterobacteriaceae, gen phổ biến mã hóa sinh ESBL là
CTX-M (95%); TEM (45%); OXA (20%) và SHV (3%) [23].
Cho đến nay, chưa có số liệu quốc gia về kiểu gen mã hóa sinh
carbapenemase của các chủng vi khuẩn đường ruột ở Việt Nam. Dữ liệu từ một
số báo cáo gặp gen NDM là kiểu gen phổ biến mã hóa carbapenemase được ghi
nhận ở các chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem [25], [26], [76], [100],
ngoài ra các kiểu gen KPC-2, OXA-48 và VIM được ghi nhận ở các chủng K.
pneumoniae kháng Carbapenem [26]. Không có ghi nhận về các chủng
Enterobacteriaceae mang gen NDM từ vùng dịch tễ khác đến, chỉ có báo cáo về
một bệnh nhân nhiễm K. pneumoniae mang gen NDM tại Mỹ năm 2011, đã có
tiền sử nhập viện điều trị tại Thành Phố Hồ Chí Minh thời gian ngắn trước đó
[104]. Các chủng K. pneumoniae mang gen NDM cũng đồng thời được phát hiện
tại nguồn nước ngoài môi trường tại Việt Nam năm 2011 [105]. Báo cáo (2019)
 24

về một chủng K. pneumoniae đa kháng thuốc phân lập được tại một bệnh viện ở
miền Nam Việt Nam gặp các chủng này đồng thời mang cả gen NDM-4 và mcr-
1 (gen kháng Colistin) [27]. Điều này cho thấy rằng, giống như các nước thuộc
khu vực Châu Á, Việt Nam nằm trong vùng dịch tễ lưu hành của các chủng mang
họ gen NDM.

Phương pháp phát hiện vi khuẩn và đặc tính kháng kháng sinh của
chúng trong nhiễm khuẩn huyết

1.4.1. Phương pháp xác định vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết

1.4.1.1. Cấy máu

Theo Viện tiêu chuẩn vi sinh lâm sàng (Clinical and Laboratory
Standards Institute: CLSI), cấy máu là một xét nghiệm tiêu chuẩn để xác định
sự có mặt của vi khuẩn, vi nấm trong máu [106]. Như vậy, cấy máu hiện được
coi là tiêu chuẩn vàng để chẩn đoán mầm bệnh trong NKH. Quy trình tiêu chuẩn
của cấy máu dựa trên ủ mẫu máu trong môi trường tăng sinh vi khuẩn với điều
kiện thích hợp, tiếp theo là việc định danh vi khuẩn và làm kháng sinh đồ. Kết
quả cấy máu và kháng sinh đồ đóng vai trò quan trọng trong việc điều chỉnh
liệu pháp kháng sinh phù hợp trong NKH, giúp giảm tỷ lệ tử vong cũng như
hạn chế sử dụng kháng sinh không phù hợp. Các hướng dẫn thực hành lâm sàng
khuyến cáo cấy máu ít nhất 2 chai cấy máu (một chai cấy vi khuẩn hiếu khí và
một chai vi khuẩn kỵ khí) trước khi điều trị kháng sinh [107].
Ngày nay, quy trình cấy máu trên lâm sàng thường được tiến hành bằng
các hệ thống tự động, khép kín có tích hợp hệ thống đo liên tục các hằng số lý
hóa và tự động báo kết quả theo thời gian thực. Sự có mặt của vi khuẩn được
chỉ thị một cách gián tiếp thông qua các tham số hóa, lý như độ đục, sự chuyển
màu của chai nuôi cấy, sự biến đổi nồng độ CO2 bằng cảm biến huỳnh quang
(Bactec 9240; Becton Dickinson) hoặc so màu (BacT/Alert; bioMerieux,
 25

France). Ngoài ra, còn dựa vào sự thay đổi áp suất ở bình cấy máu do việc tiêu
thụ và sản xuất khí của vi khuẩn qua đó biểu thị sự phát triển của chúng
(VersaTREK; TREK Diagnostic Systems) [106], [108].
Có rất nhiều yếu tố ảnh hướng đến kết quả cấy máu như việc bệnh nhân
dùng kháng sinh trước khi cấy máu sẽ ức chế vi khuẩn phát triển, thời điểm cấy
máu (liên quan đến nồng độ vi khuẩn trong máu) lúc bệnh nhân có cơn sốt rét,
số lần cấy máu và thể tích máu của mỗi lần cấy. Quy trình lấy máu cũng ảnh
hưởng trực tiếp đến kết quả cấy như dung dịch sát trùng ngoài da, quy trình sát
trùng, việc tuân thủ vô trùng của nhân viên lấy máu.
Tuy nhiên, cấy máu có một số nhược điểm là độ nhạy còn thấp, lượng
máu lấy cho mỗi quy trình là lớn (thường khoảng 10-20 ml cho mỗi lần cấy
máu) và khó khăn với những vi khuẩn đòi hỏi môi trường nuôi cấy riêng và
phát triển chậm như Bartonella spp, Francisella tularensis, Mycoplasma spp,
Nocardia spp… Một số mầm bệnh khác như Rickettsia spp, Coxiella burnetii,
Chlamydophila pneumoniae và Tropheryma whipesi được chẩn đoán tốt hơn
bằng xét nghiệm miễn dịch hoặc sinh học phân tử [109], [110]. Một trong
những điểm hạn chế lớn của phương pháp cấy máu là thời gian cho kết quả
dương tính trung bình 24-72 giờ với những chủng vi khuẩn dễ mọc, và lâu hơn
với chủng vi khuẩn khó mọc hoặc mẫu có nồng độ vi khuẩn thấp [108].

1.4.1.2. Kỹ thuật PCR xác định DNA đặc trưng của vi khuẩn

Polymerase Chain Reaction (PCR) là một kỹ thuật cho phép khuếch đại
các trình tự DNA đặc hiệu, mặc dù kỹ thuật được phát minh vào những năm
1980 bởi nhà hoá sinh học người Mỹ Kary Mullis [111] và được phát triển bởi
Saiki và cộng sự. Nhưng nguyên lý của phản ứng đã được mô tả trước đó hàng
thập kỷ bởi Khorana và đồng nghiệp. Kỹ thuật đã được áp dụng rộng rãi trong
rất nhiều lĩnh vực như khoa học hình sự, mô bệnh học, các chẩn đoán trước
sinh và chẩn đoán các mầm bệnh [112].
 26

Việc phát hiện DNA của vi khuẩn từ bệnh phẩm nuôi cấy hoặc trực tiếp
từ mẫu bệnh phẩm lâm sàng (máu, dịch não tủy, dịch mủ) của bệnh nhân sử
dụng phương pháp PCR được cho là một phương pháp có độ nhạy cao, thực
hiện nhanh, có giá trị hỗ trợ cho cấy máu để xác định tác nhân gây nhiễm khuẩn.
Các quy trình chẩn đoán mầm bệnh dựa trên phát hiện các đoạn DNA đặc trưng
của loài như các đoạn ribosome 16S, 5S, 23S rRNA của vi khuẩn hoặc 18S,
5.8S, and 28S của vi nấm [113]. .
* Nguyên lý cơ bản của PCR
Đây là kỹ thuật in vitro cho phép nhân nhanh một đoạn gen mong muốn
lên hàng triệu lần trong một thời gian ngắn nhờ hai đoạn mồi oligonucleotide
gắn với hai đầu 5’ và 3’ ở cả hai sợi của đoạn DNA đích (target sequence) với
sự tham gia của DNA polymerase. Phản ứng PCR là một chuỗi chu kỳ nối tiếp
nhau, mỗi chu kỳ gồm 3 giai đoạn: giai đoạn biến tính (denaturation), giai đoạn
lai (anealing) và giai đoạn tổng hợp (extension). Một chu kỳ gồm 3 bước trên
sẽ được lặp đi lặp lại nhiều lần, mỗi lần sẽ làm tăng gấp đôi lượng mẫu của lần
trước. Kết quả của quá trình khuếch đại là theo cấp số nhân (2n).
Do kỹ thuật và phản ứng PCR rất nhạy, nên việc tránh nhiễm các DNA
khác có trong phòng thí nghiệm là vấn đề luôn phải được đặt lên hàng đầu. Vì
vậy, điều kiện làm việc thực hiện các phản ứng phải rất nghiêm ngặt.
* Kỹ thuật Multiplex PCR
PCR là một trong những kỹ thuật phổ biến hiện nay trong nghiên cứu và
được sử dụng rộng rãi trong chẩn đoán. Tuy nhiên, PCR đơn mồi có nhược
điểm là mỗi phản ứng chỉ phát hiện một tác nhân gây bệnh, như vậy sẽ rất mất
thời gian để khảo sát nhiều mầm bệnh và giá thành cao. Để tăng cường khả
năng chẩn đoán và khắc phục những thiếu sót của PCR đơn mồi, Chamberlain
và cộng sự là những người đầu tiên mô tả, phát triển kỹ thuật multiplex PCR
vào năm 1988 [114]. Trong kỹ thuật multiplex PCR, nhiều gen đích được
khuếch đại cùng một lúc bằng nhiều cặp mồi trong cùng một phản ứng. Kỹ
 27

thuật multiplex PCR tiết kiệm thời gian, công sức và đóng vai trò rất quan trọng
trong chẩn đoán phân tử bao gồm phân tích đột biến gen, tính đa hình DNA,
phân tích định lượng, phân tích đột biến, và chẩn đoán vi sinh vật gây bệnh.
Như vậy, bằng PCR đa mồi người ta có thể khảo sát được không chỉ một đoạn
gen mà có thể trên nhiều đoạn gen khác nhau. Các bộ kít hiện hành phát hiện
mầm bệnh đa số đều dựa trên nguyên lý này [115].
* Ứng dụng kỹ thuật PCR trong chẩn đoán vi sinh lâm sàng
Kỹ thuật PCR ứng dụng trong chẩn đoán căn nguyên NKH dựa trên
nguyên lý việc phát hiện sự hiện diện của các đoạn vật liệu di truyền đặc trưng
của tác nhân gây bệnh trong mẫu bệnh phẩm. Trong NKH, kỹ thuật này có thể
sử dụng nhằm định danh vi khuẩn từ môi trường nuôi cây tăng sinh hoặc trực
tiếp từ mẫu bệnh phẩm (máu, dịch não tủy, dịch mủ). Các bộ kít được phát triển
với các mục đích khác nhau, có thể định danh các tác nhân riêng lẻ như tụ cầu
vàng kháng hoặc không kháng Methicillin, Risketsia, hoặc các kít phát hiện phổ
rộng mầm bệnh như bộ mồi phát hiện nấm, vi khuẩn Gram âm, họ vi khuẩn
đường ruột. Ngoài ra dựa trên nguyên lý của Multiplex-PCR và phối hợp với
các kỹ thuật khác làm giàu DNA vi khuẩn, các bộ kít thương mại được phát
triển nhằm phát hiện trực tiếp mầm bệnh từ mẫu máu bệnh nhân NKH, rút ngắn
thời gian chẩn đoán mầm bệnh [116], [117], [118].
Cho đến nay, các bộ kít PCR chẩn đoán mầm bệnh từ mẫu máu của bệnh
nhân NKH là bộ multiplex-PCR và được thực hiện bởi hệ thống tự động. Tuy
nhiên kết quả chưa có độ tương đồng tuyệt đối khi so sánh với kết quả cấy máu,
do một số yếu tố như là: nồng độ vi khuẩn trong máu, do tính đa dạng của gen
đích trong bộ gen của chủng vi khuẩn, hoặc ảnh hưởng bởi các chất ức chế phản
ứng PCR trong mẫu bệnh phẩm đặc biệt là mẫu máu [110]. Các bộ kít được
phát triển chưa thể thay thế được kỹ thuật cấy máu, tuy nhiên bổ sung cho cấy
máu cho kết quả nhanh hơn cũng như tăng khả năng phát hiện mầm bệnh so
với cấy máu đơn thuần [115].
 28

Bảng 1.3. Các bộ kít PCR xác định mầm bệnh gây NKH [115]
Bộ kít Hãng phát triển Số mầm bệnh Gen kháng thuốc Thời gian Độ nhạy Độ đặc hiệu
(giờ) (%) (%)

Dựa trên kết quả cấy máu dương tính

AdvanDX, Woburn, Trên 10 vi khuẩn và
PNA-FISH Không 1,5-3 94-99 99-100
MA nấm

Hyplex BAG, Lich, Germany 10 vi khuẩn mecA 4,5-6 96-100 92,5-100

Mobidiag, Helsinki,
Prove-it-sepsis 50 vi khuẩn mecA 3 62-95 99
Finland

Abbott, Abbott Park, Trên 400 vi khuẩn

Plex-ID BAC 300 4-6 95 98,8
IL và nấm
BioFire Diagnostics, Trên 33 vi khuẩn, 10 gen kháng
Filmarray 1 99 99,8
USA nấm thuốc
Xác định mầm bệnh trực tiếp từ mẫu máu
mecA, vanA,
Molzym, Bremen, Trên 300 vi khuẩn
SepsiTest vanB, vanC và 8-12 60-95 74-99
Germany và nấm
SHV
mecA, vanA,
SIRS-Lab, Jena, Trên 34 vi khuẩn và
Vyoo vanB, vanC và 8 30-51 --
Germany nấm
SHV, CTX-M
Roche Molecular, 25 tác nhân gồm cả
SeptiFast mecA 6 61-88,5 83,5-85,5
Branchburg, NJ vi khuẩn và nấm

(Nguồn: Liesenfeld O, 2014. doi: 10.1556/EuJMI.4.2014.1.1)

1.4.2. Phương pháp xác định tính kháng kháng sinh cúa vi khuẩn

1.4.2.1. Phương pháp khoanh giấy kháng sinh khuếch tán

Phương pháp này được phát triển bởi Kirby và Bauer vào những năm
1960 và tiếp tục được hoàn thiện bởi Viện tiêu chuẩn vi sinh lâm sàng (CLSI)
[119]. Nguyên lý kỹ thuật là kháng sinh ở trong khoanh giấy sẽ khuếch tán vào
trong thạch Meuler-Hinton có chứa các chủng vi khuẩn thử nghiệm và mức độ
nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh được biểu hiện bằng đường kính các
vòng vô khuẩn xung quanh khoanh giấy kháng sinh. Tuy nhiên, phương pháp
này không được áp dụng để đánh giá tính nhạy cảm kháng sinh với vi khuẩn kỵ
khí do những vi khuẩn này phát triển chậm trên thạch Meuler-Hinton và chủ
yếu đánh giá kháng nhạy mang tính chất định tính.
 29

1.4.2.2. Phương pháp xác định nồng độ ức chế tối thiểu

Mục đích của kỹ thuật này là xác định chính xác nồng độ nhỏ nhất của
kháng sinh có tác dụng ức chế sự phát triển của một chủng vi khuẩn trong môi
trường nuôi cấy (Minimun inhibitory concentration: MIC).
Nguyên lý của phương pháp là hòa nồng độ kháng sinh tăng dần trong
môi trường nuôi cấy, khi đạt đến một nồng độ nhất định nó sẽ ức chế được sự
phát triển của vi khuẩn và bằng mắt thường đã có thể xác định được.
Phương pháp này được xây dựng thành các quy trình chuẩn (CLSI đưa
ra quy trình chuẩn) và được coi là tiêu chuẩn vàng (gold stardard) trong các
phương pháp xác định tính nhạy/kháng của một chủng vi khuẩn với kháng sinh.
Tuy nhiên do quy trình phức tạp và phụ thuộc vào thao tác kỹ thuật chuẩn của
các kỹ thuật viên nên phương pháp nay chỉ được sử dụng tại các phòng thí
nghiệm tham chiếu mà ít được sử dụng trong thực hành lâm sàng.

Hình 1.3. Nguyên lý xác định nồng độ ức chế tối thiểu

(Nguồn: Karaman DS, 2017. doi: 10.5772/68138)
 30

1.4.2.3. Phương pháp Epsilometer test (E-test)

Phương pháp Epsilometer test (E-test) sử dụng nguyên tắc tương tự

phương pháp khoanh giấy khuếch tán, ngoại trừ sử dụng các dải dài thay cho
các khoang giấy tẩm kháng sinh. Các dải được ngâm tẩm một gradient giảm
dần nồng độ kháng sinh dọc theo chiều dài. Khi thả các dải dài vào đĩa thạch
đã láng một loại vi khuẩn, vi khuẩn sẽ phát triển cho tới cuối của dải dài nơi
nồng độ kháng sinh thấp nhưng không phát triển ở đầu của dải dài có nồng độ
kháng sinh cao. Vết có mảng vi khuẩn đầu tiên chạm vào dải dài được sử dụng
để tính MIC, có thang đánh số nồng độ ngay trên dải để hỗ trợ xác định MIC.
E-test là phương pháp có ưu điểm là có thể xác định chính xác nồng độ
ức chế tối thiểu của kháng sinh với một chủng vi khuẩn do trên thanh E-test
được tạo một dải gradient nồng độ kháng sinh liên tục. Mức độ tương đồng của
phương pháp này với phương pháp pha loãng dao động từ 67-100%, phụ thuộc
vào từng loại kháng sinh [120]. Tuy nhiên giá thành của phương pháp này còn
đắt nên chỉ được dùng hạn chế trên lâm sàng để xác định nồng độ ức chế tối
thiểu với các kháng sinh dự trữ ở các chủng đa kháng thuốc hoặc để khẳng định
kết quả kiểu hình của các phương pháp khác, như xác định nồng độ ức chế tối
thiểu của Vancomycin với các chủng tụ cầu vàng kháng trung gian hoặc nghi
ngờ kháng Vancomycin.

1.4.2.4. Phương pháp xác định kiểu hình ESBL và Carbapenemase

Phương pháp xác định kiểu hình ESBL và carbapenemase dựa trên
hướng dẫn của Viện tiêu chuẩn vi sinh lâm sàng quốc tế. Có nhiều phương pháp
để xác định kiểu hình ESBL như phương pháp E-test, đặt khoanh giấy đôi hay
phương pháp vi pha loãng. Nguyên lý của phương pháp này là sử dụng một
kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 (Cefotaxime, Ceftazidime) và kháng sinh
đó phối hợp với chất ức chế beta-lactamase (như acid clavulanic). So sánh khả
năng ức chế vi khuẩn sẽ thấy khả năng ức chế của kháng sinh phối hợp với
 31

Acid clavulanic của các chủng vi khuẩn có sinh ESBL lớn hơn của kháng sinh
đơn thuần. Kết quả này là do acid clavulanic đã trung hòa ESBL.
Xác định kiểu hình của carbapenemase dựa trên nguyên tắc các chủng vi
khuẩn có sinh carbapenemase sẽ làm giảm nồng độ của kháng sinh Carbapenem
ngay gần chúng vì vậy các chủng vi khuẩn chuẩn sẽ mọc lan vào các khu vực
đó tạo ra hình rẻ quạt của vòng kháng khuẩn [121]. Ngoài ra các phương pháp
khác cũng được CLSI khuyến cáo sử dụng trong lâm sàng để xác định các
chủng sinh carbapenemases như test Carba NP, các phương pháp bất hoạt
Carbapenem cải tiến.

Hình 1.4. Test Hodge cải tiến xác định chủng sinh carbapenemase
(Nguồn: CLSI M100-S24, 2014)

1.4.2.5. Kháng sinh đồ bằng hệ thống tự động

Dựa trên những nguyên lý của kỹ thuật cơ bản làm kháng sinh đồ đã mô
tả ở trên. Các hãng đã phát triển các hệ thống khác nhau từ sử dụng kỹ thuật
pha loãng bằng tay đến hệ thống bán tự động và hệ thống tự động hoàn toàn
được chuẩn hóa dựa trên các thanh panel ủ tự động đánh giá dựa trên nồng độ
ức chế tối thiểu bằng hệ thông máy ủ, theo dõi, đọc kết quả, phân tích và đưa
ra kết quả cho các nhà lâm sàng mà không cần các thao tác can thiệp bằng tay.
Đánh giá độ tin cậy của hệ thống xét nghiệm kháng sinh đồ tự động, dựa trên
 32

hướng dẫn của Cục quản lý thuốc và thực phẩm Mỹ (US Food and Drug
Administration: FDA) [122]. Mức độ chính xác của panel kháng sinh đồ tự
động được đánh giá khi so sánh với phương pháp pha loãng tham chiếu (CLSI)
của 100 mẫu lâm sàng ngẫu nghiên. Tỷ lệ cho phép dưới 1,5% với các chủng
nhạy (false susceptibility) và dưới 3% với các chủng kháng (false resistance)
và độ chính xác khi trả lời nhạy, kháng và trung gian với mỗi chủng là trên
90%. Các hệ thống máy tự động dựa trên nguyên lý vi pha loãng hiện tại có
trên thị trường và đạt độ tin cậy cao bao gồm hệ thống Vitek 2 (BioMérieux
Inc., Durham, NC), hệ thống MicroScan WalkAway plus (Beckman Coulter,
Inc., Brea, CA), hệ thống Phoenix (BD Diagnostics, Sparks, MD), và hệ thống
Sensititre ARIS 2X (Thermo Scientific, Lenexa, KS). Tất cả bốn hệ thống trên
đều nâng cấp liên tục cả phần mềm và panels giúp kết quả có độ tin cậy cao.
Trong đó hệ thống Vitek 2 là một trong những hệ thống được dùng phổ biến tại
Việt Nam.

Hình 1.5. Hệ thống Vitek 2 và Card định danh, kháng sinh đồ

(Nguồn: https://www.biomerieux-diagnostics.com/)

Hệ thống Vitek 2 của hãng BioMérieux sử dụng card plastic để định danh
(ID Card) và làm kháng sinh đồ (AST Card), các panel làm kháng sinh đồ sử
dụng card plastic 64 giếng, chứa 17-20 kháng sinh và có thể sử dụng các panels
mở rộng để đánh giá nhạy/kháng với các kháng sinh khác. Hệ thống Vitek 2
đánh giá dựa trên thay đổi độ đục theo thời gian (growth curve), và so sánh với
sự phát triển của các giếng tham chiếu với các giếng chứa kháng sinh đã được
pha loãng ở các dải nồng độ khác nhau. Kết quả được ghi nhận sau 4-18 giờ,
 33

nồng độ ức chế thối thiểu (MIC) và phiên giải kết quả nhạy (S), trung gian (I)
và kháng (R) dựa trên số liệu tham chiếu của các chủng vi khuẩn. Các nghiên
cứu so sánh kết quả kháng sinh đồ và MIC của hệ thống Vitek 2 so sánh với
phương pháp pha loãng tiêu chuẩn của CLSI cho thấy mức độ tương đồng 95,5-
96,7% [123], [124]. Cho thấy đây là một trong những hệ thống xét nghiệm tự
động có độ tin cậy cao và đã được sử dụng rộng rãi trong lâm sàng.

1.4.2.6. Phương pháp xác định gen kháng kháng sinh của vi khuẩn

Tương tự như các phương pháp chẩn đoán các mầm bệnh vi sinh vật, các
kỹ thuật sinh học phân tử đã thành công trong chẩn đoán nhiều kiểu gen mã
hóa beta-lactamase như CTX-M-15, CTX-M-1, CTX-M-9, SHV-12, SHV-5,
SHV-2, TEM-21, TEM-52 và VEB, hay các gen mã hóa carbapenamase
(NDM, KPC, IMP, VIM) [125]. Các nghiên cứu về gen kháng kháng sinh chủ
yếu về dịch tễ học, lan truyền các cơ chế kháng thuốc, hay tìm các cơ chế kháng
mới, cơ chế đa kháng thuốc [90], [94]. Các kít định danh dựa trên xác định
DNA của vi khuẩn đều phát hiện các gen kháng thuốc (bảng 1.3). Ưu điểm của
những phương pháp có thể rút ngắn thời gian chẩn đoán, độ nhạy cao, kết quả
cho phép định hướng cho các thầy thuốc lâm sàng sử dụng kháng sinh hợp lý
trong thời gian chờ kết quả kháng sinh đồ [19]. Ngoài ra các bộ kít đang phát
triển cũng có khả năng xác định trực tiếp các gen kháng thuốc từ mẫu bệnh
phẩm nhằm giảm thời gian chẩn đoán.
Kiểu gen kháng thuốc, đặc biệt là trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) có thể
sử dụng để xác định các gen kháng thuốc cũng như xác định cơ chế kháng mới.
Tuy nhiên, cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn là phức tạp, có nhiều cơ chế
phối hợp cùng với kiểu gen đa dạng. Cơ chế điều hòa biểu hiện từ kiểu gen
thành kiểu hình kháng thuốc phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau. Vì vậy, các
xét nghiệm về kiểu gen chưa thể thay thế các xét nghiệm đánh giá về kiểu hình
 34

kháng thuốc [126] và cần nhiều dữ liệu hơn nhằm phân tích tính tương đồng
kiểu gen và kiểu hình.

Hình 1.6. Phổ hoạt động của một số họ enzymes [127]

(Nguồn: Nordmann P, 2014. doi: 10.1016/j.medmal.2013.11.007)

1.4.3. Phương pháp khác định danh vi khuẩn và kháng/nhạy kháng sinh
Dựa trên nguyên lý xác định protein hoặc vật liệu di truyền đặc trưng của
vi khuẩn trực tiếp từ mẫu bệnh phẩm hoặc vi khuẩn đã được tăng sinh trong
môi trường nuôi cấy, nhiều phương pháp đã được phát triển như MALDI-TOF
MS (Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass
spectrometer), giải trình tự bộ gen (Whole genome sequencing: WGS), DNA-
microarray, [110]. Các phương pháp này tiếp tục được phát triển tiếp cận gần
hơn với ứng dụng trong thực tế vi sinh lâm sàng, góp phần bổ sung và nâng cao
giá trị chẩn đoán cho phương pháp chuẩn trong vi sinh lâm sàng.
Một trong những công cụ phổ biến của phương pháp khối phổ là phương
pháp ion hóa giải hấp thụ laser (MALDI-TOF MS) được sử dụng phổ biến trong
vi sinh lâm sàng. Định danh và xác định đặc tính kháng kháng sinh của vi
 35

khuẩn, nấm bằng phương pháp khối phổ dựa trên những đặc trưng của từng loài
và khớp với dữ liệu về đặc tính của từng loài được xây dựng. Ngày nay, các hệ
thống tự động với kích thước nhỏ gọn đã được sử dụng trong lâm sàng với các
bộ kít đã được thương mại hóa như Sepsityper® kit (Bruker Daltonics) , Vitek
MS blood culture kit (bioMerieux, Inc.) và rapid BACpro® II kit (Nittobo
Medical Co., Tokyo) [128]. Các nghiên cứu sử dụng MALDI-TOF MS cho
thấy định danh 92,5-99,8% đến chi (genus) và 91,7-98,2% đến loài (species)
với các chủng vi khuẩn Gram âm; với vi khuẩn Gram dương định danh 92,5-
95,5% đến chi và 91,7-92,8% đến loài [129]. Đặc tính kháng kháng sinh của
các chủng vi khuẩn chủ yếu theo cơ chế enzyme (bản chất là protein), vì vậy
về mặt lý thuyết hoàn toàn có thể được xác định bằng MALDI-TOF MS. Tuy
nhiên, không giống như việc định danh vi khuẩn đã trở thành kỹ thuật thường
quy của nhiều phòng vi sinh lâm sàng, việc xác định đặc tính nhạy/kháng với
kháng sinh của các chủng vi khuẩn đòi hỏi cần thêm các cách tiếp cận khác và
cần các dữ liệu lớn để phân tích xây dựng dữ liệu tham chiếu [129]. Mặt khác
kỹ thuật này cũng chưa phù hợp cho định danh trực tiếp vi khuẩn từ mẫu bệnh
phẩm như mẫu máu, mủ [128].
DNA microarrays là một kỹ thuật xét nghiệm xác định trình tự axit
nucleic dựa trên sự lai tạo giữa hai chuỗi DNA đặc hiệu. Các trình tự DNA đặc
trưng của vi khuẩn hoặc các gen kháng kháng sinh được sử dụng làm mẫu dò
để tìm kiếm trình tự bổ sung của nó. Các mẫu dò này được gắn trên các điểm
rất nhỏ trên bề mặt (microarray). Một số hệ thống đã được phát triển như
VerigeneTM và sau đó là iCubateTM (Luminex, Mỹ), Prove-itTM Sepsis
(Mobidiag, Finland) định danh vi khuẩn cũng như một số gen kháng kháng sinh
phổ biến dựa trên nuôi cấy dương tính [110]. Tuy nhiên, DNA-microarray
không giảm thời gian chẩn đoán và có phổ chẩn đoán hẹp hơn, khi so sánh với
MALDI-TOF MS [130]. Ngoài ra, DNA-microarray cho kết quả có độ chính
xác không cao với những mẫu đa nhiễm hoặc với các chủng tụ cầu [110].
 36

Whole Genome Sequencing (WGS) là một kỹ thuật xét nghiệm toàn bộ

trình tự bộ gen, bao gồm cả các trình tự không mã hóa. Kỹ thuật này được ứng
dụng phổ biến trong chẩn đoán và nghiên cứu về vi sinh y học và đóng vai trò
quan trọng trong các bệnh mới nổi và phát hiện tác nhân gây bệnh mới. Ưu thế
của WGS là cho phép đánh giá đầy đủ kiểu gen đặc trưng cho mỗi vi khuẩn, kể
cả đặc tính về kháng kháng sinh, các yếu tố độc lực của vi khuẩn. Mặt khác
phương pháp này hướng đến phát hiện mầm bệnh trực tiếp từ mẫu bệnh phẩm,
đặc biệt với vi khuẩn phát triển chậm hoặc khó nuôi cấy. Trong thập niên vừa
qua nhờ phát triển của công nghệ mà giá thành cũng như thời gian cho kết quả
của WGS đã giảm đáng kể [131]. Các nghiên cứu sử dụng WGS trong chẩn
đoán các chủng kháng thuốc cho thấy độ nhạy 81-97%, độ đặc hiệu 95-99%
[132]. Tuy nhiên, WGS còn nhiều hạn chế do kỹ thuật còn phức tạp với giá
thành còn cao. Vì vậy hiện tại WGS phù hợp ứng dụng trong nghiên cứu và
phát hiện tác nhân mới hơn là sử dụng trong thực hành lâm sàng.
 37

Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

Đối tượng nghiên cứu

2.1.1. Đối tượng

Đối tượng nghiên cứu gồm 165 bệnh nhân NKH, được chẩn đoán và điều
trị tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 (Bệnh viện TWQĐ 108), trong đó
115 bệnh nhân NKH do E. coli và 50 bệnh nhân NKH do K. pneumoniae.

Bệnh nhân được chọn theo phương pháp chọn mẫu toàn bộ. Tất cả bệnh
nhân đảm bảo tiêu chuẩn (gồm tiêu chuẩn lựa chọn và tiêu chuẩn loại trừ) trong
khoảng thời gian nghiên cứu đều được chọn vào nghiên cứu.

2.1.2. Tiêu chuẩn lựa chọn

Nhiễm khuẩn huyết được chẩn đoán theo hướng dẫn quốc tế về quản lý
NKH nặng và sốc nhiễm khuẩn 2012 (Surviving sepsis campaign: international
guidelines for management of severe sepsis and septic shock: 2012) [107] và
hướng dẫn chẩn đoán và xử trí hồi sức tích cực; sốc nhiễm khuẩn [133]. Bệnh
nhân được chẩn đoán NKH khi được ghi nhận bằng chứng nhiễm khuẩn với kết
quả cấy máu dương tính (a) và có ít nhất hai trong số các tiêu chuẩn theo bảng
2.1 (b).
a, Bệnh nhân có kết quả cấy máu dương tính với một trong các chủng
Escherichia coli hoặc Klebsiella pneumoniae.
b, Có ít nhất 2 trong số các tiêu chuẩn dưới đây (bảng 2.1).

2.1.3. Tiêu chuẩn loại trừ

- Kết quả cấy máu giữa các lần không trùng nhau hoặc đa nhiễm.
- Chủng vi khuẩn lưu không đảm bảo: không mọc lại khi cấy khuẩn để
lấy khuẩn lạc làm xét nghiệm về gen mã hóa beta-lactamase.
- Bệnh nhân hoặc người giám hộ không đồng ý tham gia nghiên cứu.
 38

Bảng 2.1. Tiêu chuẩn chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết [107], [133]
+ Biểu hiện chung:
Sốt > 38oC hoặc hạ thân nhiệt < 36oC
Nhịp tim > 90 lần/phút
Thở nhanh (thở > 20 lần/phút)
Thay đổi ý thức
Biểu hiện phù hoặc cân bằng dịch dương tính (> 20ml/kg/24 h).
Tăng đường huyết (glucose > 7,7 mmol/L) ở bệnh nhân không bị đái
tháo đường.
+ Biểu hiện viêm:
Bạch cầu máu ngoại vi >12G/L hoặc < 4G/L hoặc số lượng bạch cầu
máu ngoại vi bình thường nhưng có >10% bạch cầu non.
CRP tăng trên 5 mg/l
PCT tăng trên 0,125 ng/ml
+ Biểu hiện huyết động:
Hạ huyết áp động mạch (huyết áp tâm thu < 90mmHg, huyết áp trung
bình < 70 mmHg, hoặc huyết áp tâm thu giảm > 40 mmHg)
+ Thay đổi chức năng các cơ quan:
Giảm Oxy máu động mạch (PaO2/FiO2 < 300)
Suy thận cấp (nước tiểu < 0,5 ml/kg/h trong ít nhất 2 giờ mặc dù đã bù
đủ dịch)
Tăng creatinine > 44,2µmol/l
Rối loạn đông máu (INR > 1,2 hoặc aPTT > 60s)
Giảm hoặc mất nhu động ruột
Bilirubin toàn phần > 70 µmol/l
+ Thay đổi chuyển hóa mô:
Tăng lactat máu > 1 mmol/l
Giảm đổ đầy mao mạch hoặc nổi vân đá
 39

Địa điểm và thời gian nghiên cứu

2.2.1. Địa điểm

- Bệnh nhân được lựa chọn vào nghiên cứu đều được chẩn đoán và điều
trị tại Bệnh viện TWQĐ 108.
- Các xét nghiệm về cấy khuẩn, kháng sinh đồ và xét nghiệm sử dụng
trong lâm sàng được thực hiện tại Khoa Vi sinh vật, Khoa Huyết học và Khoa
Sinh hóa, Bệnh viện TWQĐ 108.
- Các chủng vi khuẩn được lưu trữ theo quy trình tại Khoa Vi sinh vật.
Xét nghiệm về gen beta-lactamase được thực hiện tại Trung tâm nghiên cứu Y
học Việt Đức - Bệnh viện TWQĐ 108.

2.2.2. Thời gian

Thu thập dữ liệu lâm sàng và các chủng vi khuẩn từ các bệnh nhân được
chẩn đoán NKH vào điều trị trong khoảng thời gian từ tháng 10 năm 2014 đến
tháng 05 năm 2016. Các chủng vi khuẩn được lưu trong tủ âm 70oC và sau đó
được làm các xét nghiệm gen mã hóa beta-lactamase.

Phương pháp nghiên cứu

2.3.1. Thiết kế nghiên cứu

Nghiên cứu tiến cứu mô tả, kết hợp so sánh lâm sàng và các xét nghiệm
trong phòng xét nghiệm, cụ thể:
- Mục tiêu 1: Tiến cứu mô tả kết hợp xét nghiệm kiểu gen.
- Mục tiêu 2: Phân tích so sánh:
+ Phân tích liên quan của kiểu gen mã hóa beta-lactamse với kiểu hình
kháng beta-lactam. Từ đó tìm kiểu gen có khả năng dự đoán kiểu hình.
+ So sánh đáp ứng điều trị của nhóm mang kiểu gen mã hóa beta-
lactamase và nhóm không mang gen ở bệnh nhân NKH do vi khuẩn còn nhạy
với beta-lactam trên kiểu hình.
 40

165 bệnh nhân NKH (115

NKH do E. coli và 50
NKH do K. pneumoniae)

165 chủng vi khuẩn gồm 165 bệnh nhân: được

115 chủng E. coli và 50 đánh giá lâm sàng và
chủng K. pneumoniae đáp ứng điều trị

Kháng sinh đồ Gen kháng kháng sinh Đáp ứng điều trị
(Kiểu hình kháng thuốc) (Kiểu gen kháng thuốc) (Sốc, tử vong,
thời gian cắt sốt,
ngày nằm viện)

Phân bố kiểu Phân tích liên quan kiểu gen với

hình và kiểu gen kiểu hình kháng thuốc và đáp
kháng kháng sinh ứng điều trị

Sơ đồ 2.1. Sơ đồ thiết kế nghiên cứu

2.3.2. Thu thập các chỉ tiêu nghiên cứu

2.3.2.1. Phương pháp thu thập số liệu

Mỗi bệnh nhân có bệnh án nghiên cứu ghi thống nhất và đầy đủ về thông
tin chung, đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, đáp ứng điều trị (phụ lục 5).

Kết quả cấy khuẩn và kháng sinh đồ được thu thập trên phiếu kết quả của
Khoa Vi sinh trả cho Khoa lâm sàng.

Kiểu gen mã hóa beta-lactamase: Các chủng vi khuẩn sau khi lưu chủng
sẽ được cấy chuyển và làm gen kháng thuốc theo quy trình.
 41

Bảng 2.2. Cách thức và thời điểm thu thập số liệu

Nội dung Cách thức Thời điểm

Đặc điểm chung Khai thác thông tin từ bệnh án điều trị
và đặc điểm lâm kết hợp phỏng vấn người bệnh hoặc Chẩn đoán
sàng người giám hộ nghi ngờ hoặc
chẩn đoán xác
Xét nghiệm cận Thu thập từ kết quả xét nghiệm trong định NKH
lâm sàng bệnh án điều trị

Theo dõi và đánh giá đáp ứng điều trị

Trong qua
Đáp ứng điều trị theo các chỉ tiêu cho đến lúc bệnh nhân
trình điều trị
xuất viện hoặc tử vong

2.3.2.2. Các chỉ tiêu lâm sàng

Đặc điểm lâm sàng được thu thập theo một mẫu bệnh án nghiên cứu (phụ
lục 5) thống nhất dựa trên thăm khám lâm sàng hàng ngày của các bác sĩ lâm
sàng tại các khoa lâm sàng và của nghiên cứu viên.
− Đặc điểm chung: tuổi, giới (nam, nữ).
− Bệnh lý nền: là những bệnh lý mạn tính có sẵn trước khi bệnh nhân bị
bệnh cấp tính như NKH. Các bệnh lý nền được khảo sát gồm: đái tháo đường,
tăng huyết áp, ung thư, bệnh phổi mạn tính, xơ gan. Ngoài ra với những trường
hợp bị bệnh lý khác và đang phải sử dụng các thuốc ức chế miễn dịch
(Corticoid, Azathioprin, Methotrexat) cũng được ghi nhận do các thuốc này
làm tăng nguy cơ nhiễm khuẩn.
− Ổ nhiễm khuẩn tiên phát: là những ổ nhiễm khuẩn được phát hiện đầu
tiên và đi trước hoặc cùng với triệu chứng khởi phát bệnh như sốt hoặc đau tức
tại chỗ. Các ổ nhiễm khuẩn tiên phát được ghi nhận gồm: nhiễm khuẩn hô hấp,
nhiễm khuẩn tiết niệu, nhiễm khuẩn đường mật và một số ổ nhiễm khuẩn khác
như nhiễm khuẩn dịch cổ chướng, áp xe ruột thừa, viêm túi thừa manh tràng.
 42

− Các thủ thuật can thiệp trước khi (trước 48 giờ) xuất hiện tình trạng
nhiễm khuẩn: tiêm phong bế, đặt catheter tĩnh mạch, sonde tiểu, can thiệp phụ
khoa, phẫu thuật.
− Đánh giá các chỉ tiêu lâm sàng khác:
+ Ngày bệnh khi nhận viện: tính từ khi bệnh nhân có triêu chứng khởi phát
(thường là sốt) đến khi bệnh nhân nhập viện.
+ Sốt: sốt có cơn rét run được ghi nhận qua phỏng vấn người bệnh hoặc
người giám hộ hoặc nhân viên y tế chứng kiến cơn sốt rét run, mức độ sốt (sốt
vừa khi thân nhiệt từ 38oC đến 39oC, sốt cao khi thân nhiệt trên 39oC).
+ Triệu chứng về ý thức (đánh giá theo thang điểm Glasgow), triệu chứng
về hô hấp (thở Oxy hỗ trợ hay thở máy, chỉ số PaO2/FiO2), triệu chứng về tuần
hoàn (huyết áp trung bình, có dùng thuốc vận mạch không, loại thuốc, liều
thuốc). Các chỉ số này được dùng để đánh giá điểm SOFA (bảng 2.6).
+ Triệu chứng về tiêu hóa: gan to, lách to dựa trên thăm khám lâm sàng
của bác sỹ.

2.3.2.3. Các chỉ tiêu cận lâm sàng.

Bảng 2.3. Các chỉ số về huyết học và đông máu

STT Chỉ số Khoảng tham chiếu Đơn vị
1 Bạch cầu 4-10 G/L
2 Bạch cầu trung tính 1,9-8 G/L
3 Hồng cầu 4,2-6 T/L
4 Huyết sắc tố 130-170 g/L
5 Tiểu cầu 150-350 G/L
6 Prothrombin 70-140 %

Mức độ giảm tiểu cầu gồm: giảm nhẹ (101-149 G/L), giảm vừa (51-
100 G/L) và giảm nặng (≤ 50 G/L). Prothrombin giảm khi ≤ 70%.
 43

Bảng 2.4. Các chỉ số về sinh hóa máu

STT Chỉ số Khoảng tham chiếu Đơn vị
1 Urea 3,3-8,3 mmol/L
2 Creatinine 62-106 µmol/L
3 SGOT < 40 UI/L
4 SGPT < 40 UI/L
5 Bilirubin toàn phần < 17 µmol/L
6 Protein 66-80 g/L
7 Albumin 35-50 g/L
8 pH 7,35-7,45
9 Lactate 0,5-2,2 mmol/L
10 Pro-calcitonin ≤ 0,05 ng/mL

- Mức tăng transaminase được chia làm 02 mức độ là gồm:

+ Tăng từ 2 đến 5 lần giá trị giới hạn cao (40UI/L), nghĩa là
SGOT/SGPT: từ 80 đến ≤ 200 UI/L.
+ Tăng trên 5 lần giá trị giới hạn cao (40UI/L), nghĩa là SGOT/SGPT
tăng trên 200 UI/L.
- Bilirubin toàn phần được đánh giá là tăng khi ≥ 17µmol/L.
- Creatinin được đánh giá là tăng khi ≥ 120µmol/L.
- Pro-calcitonin (ng/ml), được chia thành các mức:
+ Tăng nhẹ: 0,05 ≤ PCT ≤ 2ng/ml.
+ Tăng vừa: 2 < PCT ≤ 10ng/ml.
+ Tăng cao: PCT > 10ng/ml.

2.3.2.4. Các chỉ tiêu về cấy khuẩn và kháng sinh đồ

− Cấy máu: mẫu máu được lấy tại thời điểm vào viện với những bệnh nhân
nhiễm khuẩn cộng đồng và thời điểm có biểu hiện lâm sàng nghi ngờ NKH với
 44

những bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện). Vi khuẩn được định danh trên hệ
thống Vitek® 2 Compact của hãng BioMerieux, Pháp. Khi kết quả định danh
dương tính với E. coli hoặc với K. pneumoniae các chủng được sử dụng làm
kháng sinh đồ và lưu chủng chờ xét nghiệm các gen mã hóa beta-lactamase.
− Kháng sinh đồ: các kháng sinh được lựa chọn làm kháng sinh đồ dựa trên
khuyến cáo của Viên tiểu chuẩn vi sinh lâm sàng (CLSI) và kháng sinh có trong
panel của thanh card AST-N204 của BioMerieux, Pháp. Gồm các kháng sinh:
nhóm Penicillin (Ampicillin, Amocixillin/Acid Clavulanic,
Piperacillin/Tazobacbam); nhóm Cephalosporin (Cefotaxime, Ceftazidime,
Cefepime); nhóm Carbapenem (Ertapenem, Imipenem, Meropenem). Kết quả
với từng kháng sinh được phiên giải ở 3 mức độ: nhạy, trung gian và kháng,
hoặc phiên giải thành các chủng nhạy và không nhạy (gồm kháng trung gian
hoặc kháng) khi phân tích liên quan kiểu hình với kiểu gen kháng thuốc. Kiểu
hình ESBL được phiên giải thành dương tính hoặc âm tính.

2.3.2.5. Các chỉ tiêu về gen mã hóa beta-lactamase

Các gen mã hóa sinh beta-lactamase khảo sát trong nghiên cứu này thuộc
hại nhóm: nhóm gen mã hóa ESBL và nhóm gen mã hóa carbapenemase.

Các gen mã hóa ESBL gồm 6 gen: TEM, SHV, CTX-M, VEB, PER,
GES. Các gen mã hóa carbapenemase gồm 9 gen và thuộc 3 lớp theo phân lớp
Ambler: lớp A gồm: KPC, AIM, IMP; lớp B (metallo-beta-lactamase) gồm:
VIM, SPM, NDM-1 và lớp D gồm: OXA-58, OXA-23, OXA-48.

Các chủng được ghi nhận là có mang gen khi phản ứng PCR cho kết quả
dương tính với gen tương ứng. Kết quả còn ghi nhận các chủng mang đa gen
kháng thuốc hoặc mang kiểu gen kết hợp (bảng 2.5).
 45

Bảng 2.5. Kiểu gen kháng thuốc kết hợp của các chủng vi khuẩn

Kiểu gen Ghi chú

1-POS Chủng mang ít nhất 1 trong 3 gen TEM, SHV và CTX-M

2-POS Chủng mang ít nhất 2 trong 3 gen TEM, SHV và CTX-M

3-POS Chủng mang cả 3 gen TEM, SHV và CTX-M

TC Chủng mang đồng thời gen CTX-M và gen TEM

CN Chủng mang đồng thời gen CTX-M và gen NDM-1

TSCN Chủng mang cả 4 gen CTX-M, TEM, SHV và NDM-1

ToC Chủng mang gen TEM và/hoặc CTX-M

NoS Chủng mang gen NDM-1 và/hoặc SHV

NoT Chủng mang gen NDM-1 và/hoặc TEM

NoC Chủng mang gen NDM-1 và/hoặc CTX-M

2.3.2.6. Một số chỉ tiêu khác

− Đánh giá điểm SOFA tại thời điểm nhập viện hoặc trong vòng 24 giờ kể
từ khi bệnh nhân được bác sĩ lâm sàng chẩn đoán nghi ngờ nhiễm khuẩn huyết
và cho chỉ định cấy máu và dùng kháng sinh (Bảng 2.6) [134].
− Đáp ứng điều trị được đánh giá thông qua các tiêu chí sau:
+ Sốc nhiễm khuẩn: là tình trạng hạ huyết áp gây ra bởi nhiễm khuẩn (dù
đã được bù đủ dịch) và phải dùng thuốc vận mạch để duy trì huyết động. Hạ
huyết áp được xác định khi huyết áp tâm thu < 90 mmHg hoặc huyết áp động
mạch trung bình < 70 mmHg hoặc huyết áp tâm thu giảm > 40 mmHg (theo
hướng dẫn quốc tế về quản lý NKH nặng và sốc nhiễm khuẩn, 2012 [107] và
hướng dẫn chẩn đoán và xử trí hồi sức tích cực bài sốc nhiễm khuẩn của Bộ Y
tế, 2015 [133]).
 46

+ Tử vong: tử vong tại viện hoăc nặng xin về và tử vong tại nhà (được kiểm
chứng qua liên lạc điện thoại với người giám hộ).

+ Khỏi bệnh: bệnh nhân cắt sốt ít nhất 03 ngày, chức năng các cơ quan hồi
phục và được cho xuất viện.

+ Thời gian cắt sốt (ngày): được tính từ khi bệnh nhân nhập viện (với
nhiễm khuẩn cộng đồng) hoặc từ khi được chẩn đoán NKH (với những trường
hợp nhiễm khuẩn bệnh viện) đến khi thân nhiệt của bệnh nhân về bình thường,
tức ≤ 37oC (thân nhiệt được đo bằng nhiệt kế thủy ngân cặp tại hố nách theo
quy trình bệnh viện).
+ Thời gian nằm viện: tổng thời gian bệnh nhân nằm điều trị tại bệnh viện,
được tính bằng: ngày vào viện - ngày ra viện (ngày).

Bảng 2.6. Bảng điểm đánh giá suy tạng (SOFA)

Điểm 0 1 2 3 4

Hô hấp (PaO2/FiO2) >400 ≤400 ≤300 ≤200 + Hỗ trợ hô hấp ≤100 + Hỗ trợ hô hấp
Tiểu cầu (G/L) > 150 ≤ 150 ≤ 100 ≤ 50 ≤ 20
Bilirubin (µmol/L) < 20 20-32 33-101 102-204 >204
Dopamin < 5 Dopamin 5,1-15 hoặc Dopamin >15 hoặc
Thuốc vận mạch MAP ≥ 70 MAP < 70
hoặc Epinephrine ≤0,1 hoặc Epinephrine >0,1 hoặc
(µg/kg/phút) mmHg mmHg
Dobutamin Norepinephrine ≤0,1 Norepinephrine >0,1
Glasgow (điểm) 15 13-14 10-12 6-9 <6
300-440 >440
Creatinin (µmol/L)
<110 110-170 171-299 hoặc nước tiểu < hoặc nước tiểu <
hoặc nước tiểu
500ml/24giờ 200ml/24giờ

(Nguồn: Mervyn Singer, 2016. doi: 10.1001/jama.2016.0287)

2.3.3. Phương tiện, sinh phẩm và quy trình kỹ thuật

2.3.3.1. Khám lâm sàng

Khám lâm sàng do các bác sĩ tại các khoa lâm sàng và nghiên cứu viên
trực tiếp thăm khám và theo dõi, phát hiện các triệu chứng và chi chép vào bệnh
án nghiên cứu theo mẫu bệnh án nghiên cứu (phụ lục 5).
 47

2.3.3.2. Các xét nghiệm huyết học và sinh hóa cơ bản

Các chỉ số huyết học, đông máu và sinh hóa được thực hiện tại Khoa
Sinh hóa và khoa Huyết học thuộc Bệnh viện TWQĐ 108 theo quy trình chuẩn
của phòng xét nghiệm.
Xét nghiệm huyết học thực hiện trên máy phân tích huyết học tự động
Cell-Dyn 1800 của hãng Abbott - Hoa Kỳ với hóa chất chính hãng.
Xét nghiệm đông máu được thực hiện trên hệ thống máy xét nghiệm
đông máu tự động ACL TOP 700LAS của hãng Instrumentation Laboratory,
Masachusetts, Hoa Kỳ.
Các chỉ số sinh hóa cơ bản (Glucose, Ure/creatinin, SGOT/SGPT,
Bilirubin toàn phần/trực tiếp, Protein/Albumin, điện giải, Pro-calcitonin) được
thực hiện trên các máy sinh hóa tự động Hitachi 920 Automatic Analyzer của
hãng Hitachi High-tech Science systems Corporation của Nhật Bản với hóa
chất của chính hãng cung cấp.

2.3.3.3. Cấy máu và định danh vi khuẩn

Bệnh nhân nghi ngờ NKH được các bác sĩ lâm sàng chỉ định cấy máu
(cấy máu 2 bình ở hai vị trí khác nhau trước khi bệnh nhân được dùng kháng
sinh) sau đó được gửi lên khoa Vi sinh vật thực hiện cấy máu theo quy trình.
Mỗi bình cấy được lấy từ 8-10ml máu (đảm bảo quy trình vô trùng khi lấy máu)
cho vào bình cấy BD Bactec, sau đó được chuyển về khoa Vi sinh vật và đặt
trong máy ủ và báo kết quả tự động Bactec 9020 của hãng Becton Dickinson.
Khi máy báo kết quả dương tính các chủng vi khuẩn sẽ được cấy chuyển
sang môi trường tương ứng. Vi khuẩn được định danh tự động và làm kháng
sinh đồ bằng hệ thống Vitek® 2 Compact của hãng BioMerieux, Pháp. Các
bước thực hiện theo quy trình chuẩn của khoa Vi sinh vật - Bệnh viện TWQĐ
108 (được mô tả ở mục 2.3.3.4).
 48

2.3.3.4. Kháng sinh đồ

Kháng sinh đồ được làm dựa trên nguyên lý đánh giá nồng độ ức chế tối
thiểu (MIC) của các chủng vi khuẩn được xác định bằng hệ thống tự động, sử
dụng thanh card AST-N204 trên hệ thống máy Vitek® 2 Compact của hãng
BioMerieux, Pháp. Được thực hiện theo quy trình chuẩn của Khoa Vi sinh vật
- Bệnh viện TWQĐ 108.
* Nguyên lý kỹ thuật: Mỗi thẻ kháng sinh đồ gồm 64 giếng. Một giếng
chứng chỉ chứa môi trường nuôi cấy có trong tất cả các thẻ, các giếng còn lại
chứa các kháng sinh khác nhau với các nồng độ khác nhau đã xác định trước
và môi trường nuôi cấy. Huyền dịch vi khuẩn đã chuẩn bị được pha loãng trong
3ml nước muối 0.45%, sau đó được máy hút vào thẻ xét nghiệm để hòa tan các
kháng sinh trong thẻ. Máy sẽ giám sát sự phát triển bên trong các giếng của thẻ
xét nghiệm. Bộ phận quang học sử dụng ánh sáng nhìn thấy để đánh giá trực
tiếp sự phát triển của vi sinh vật. Bộ phận quang học này dựa trên đọc ánh sáng
ban đầu của mỗi giếng trước khi bắt đầu có sự phát triển. Máy đọc 15 phút/ lần
cho đến tối đa 18 giờ để đo sự phát triển của vi khuẩn trong mỗi giếng. Phần
mềm so sánh kết quả thu được với cơ sở dữ liệu để đưa ra kết quả giá trị MIC
cho mỗi kháng sinh.
* Nguyên lý tính nồng độ ức chế tối thiểu trên hệ thống Vitek® 2
Compact: đối với mỗi kháng sinh sẽ có 04 giếng trên thanh card: giếng 1 không
chứa kháng sinh (chuẩn dương), giếng 2 có nồng độ kháng sinh 0,5 µg/mL
(thay đổi tuy từng kháng sinh), giếng 3 nồng độ kháng sinh 2 µg/mL và giếng
4 có nồng độ kháng sinh là 8 µg/mL. Dựa vào thay đổi độ đục mà hệ thống đo
được trên các giếng, hệ thống sẽ tính toán tỷ lệ phần trăm phát triển các chủng
trên các giếng 2, 3 và 4 so với giếng 1. Từ đó sẽ tính kết quả nồng độ ức chế
tối thiểu của chủng vi khuẩn dựa trên tỷ lệ phát triển của chủng vi khuẩn ở các
giếng có nồng độ kháng sinh khác nhau (bảng 2.7).
 49

Đối với kiểu hình ESBL được chạy cùng trên thanh card AST-N204. Mỗi
thanh card có 3 giếng, mỗi giếng chữa cefepime (1.0 μg/ml), cefotaxime (0.5
μg/ml) và ceftazidime (0.5 μg/ml) và 3 giếng khác mỗi giếng chữa một kháng
sinh trên kết hợp với với Acid Clavulanic với nồng độ tương ứng 10 μg/ml, 4
μg/ml và 4 μg/ml. Tỷ lệ phát triển của các chủng được so sánh giữa giếng chứa
Cephalosporin đơn thuần so với giếng có kết hợp Cephalosporin với Acid
Clavulanic để xác định hình ESBL.

Bảng 2.7. Tỷ lệ phát triển của các chủng vi khuẩn có MIC khác nhau ở
các dải nồng độ kháng sinh
Chủng Nồng độ kháng sinh (µg/mL)
MIC
vi khuẩn 0,5 2,0 8,0
1 ≤ 0,25 3% 2% 1%
2 0,5 60% 3% 1%
3 1,0 90% 8% 2%
4 2,0 95% 50% 8%
5 4,0 99% 92% 9%
6 ≥ 8,0 100% 100% 99%

* Quy trình định danh và làm kháng sinh đồ: định danh vi khuẩn và làm
kháng sinh đồ trên hệ thống máy Vitek® 2 Compact tại Khoa Vi sinh - Bệnh
viện TWQĐ 108 được thực hiện theo các bước sau (bảng 2.8):
 50

Bảng 2.8. Quy trình định danh vi khuẩn và làm kháng sinh đồ
Thứ tự Nội dung
Bước 1 Card định danh (Vitek® 2 GN ID card) và card kháng sinh đồ
(AST-N204 card) bảo quản ở 2-8oC, được chuyển để 30 phút ở
nhiệt độ phòng trước khi sử dụng.
Bước 2 Lấy hai ống nghiệm vô trùng kích cỡ 12x75mm, mỗi ống cho 3 ml
nước muối vô trùng 0,45% đánh số thứ tự 1, 2.
Bước 3 Lấy khuẩn lạc nuôi cấy 18-24h trên đĩa thạch máu cho vào ống 1,
dùng que cấy nghiền vi khuẩn ở thành trong của ống sau đó trộn
đều tạo thành huyền dịch vi khuẩn.
Bước 4 Cho ống 1 vào máy Densichek plus để đo độ đục đạt 0,5 - 0,63 Mc
Farland.
Bước 5 Dùng pipette hút 145μl huyền dịch từ ống 1 sang ống 2 rồi trộn
đều, đặt ống 2 vào giá đỡ (cassette).
Bước 6 Lấy card định danh hoặc card kháng sinh đồ đặt vào giá đỡ vị trí
tương ứng sao cho đầu hút của thanh card được đặc vào ống 2.
Bước 7 Đặt giá đỡ vào buồng hút của máy Vitek® 2 Compact và nhấn nút
“Start fill”, chờ khoảng 70 giây đến khi đèn báo kết thúc, mờ cửa
buồng hút trước sau đó mờ cửa buồng vận hành và chuyển giá đỡ
từ buồng hút sang buồng vận hành.
Bước 8 Máy Vitek® 2 Compact sẽ đọc mã vạch, cắt đầu hút của thanh card
và hàn kín, sau đó thanh card được chuyển vào buồng ủ.
Bước 9 Nhập thông tin cần thiết vào vào máy tính: mã bệnh phẩm, số hồ
sơ của bệnh nhân, họ tên bệnh nhân, tên khoa, loại bệnh phẩm, họ
tên người làm (theo trình tự các bước trong máy).
Bước 10 Máy Vitek® 2 Compact sẽ đọc 15 phút mỗi lần cho đến khi thu
được kết quả. Kết quả giá trị nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của
các kháng sinh sẽ được hiển thị trên hệ thống máy.
 51

Chủng chuẩn sử dụng cho quy trình kiểm chuẩn được cung cấp bởi nhà
sản xuất gồm: E. coli ATCC 25922; E. coli ATCC 35218 và K. pneumoniae
ATCC 700603.
Bảng 2.9. Giới hạn nồng độ ức chế tối thiểu của các kháng sinh với
Enterobacteriaceae (CLSI M100-S24, 2014)
Kháng sinh Giới hạn nồng độ ức chế tối thiểu (µg/ml)
Tên kháng sinh Viết tắt Nhạy (S) Trung gian (I) Kháng (R)
Ampicillin AM ≤8 16 ≥ 32
Amoxicillin/Acid Clavulanic AMC ≤ 8/4 16/8 ≥ 32/16
Piperacillin/Tazobactam TZP ≤ 16/4 32/4-64/4 ≥ 128/4
Cefepime FEP ≤8 16 ≥ 32
Cefotaxime CTX ≤1 2 ≥4
Ceftazidime CAZ ≤4 8 ≥ 16
Ertapenem ETP ≤ 0,25 0,5 ≥1
Imipenem IPM ≤1 2 ≥4
Meropenem MEM ≤1 2 ≥4

2.3.3.5. Kỹ thuật PCR xác định gen mã hóa beta-lactamase

* Phương tiện: Máy luân nhiệt Mastercycler eppendorf, ABI 9700, máy
điện di, máy chụp gel, sinh phẩm hóa chất chính hang và các phương tiện kỹ
thuật thường quy tại labo trung tâm thuộc Trung tâm Nghiên cứu Y học Việt
Đức - Bệnh viện TWQĐ 108.

* Quy trình lưu chủng:

Khi kết quả cấy máu và định danh vi khuẩn là Escherichia coli hoặc
Klebsiella pneumoniae, các chủng này được được lấy 1-2 khuẩn lạc (lấy trên
cùng đĩa thạch với các khuẩn lạc được dùng làm kháng sinh đồ) bằng que cấy
vô khuẩn và được đưa vào type Eppendorf 1,5ml có chứa môi trường Glycerol
15%; sau đó được lưu trữ trong tủ âm 70oC cho đến khi thực hiện xét nghiệm
về gen mã hóa beta-lactamase. Khi thực hiện các xét nghiệm về gen, các chủng
 52

này sẽ được rã đông, sau đó được cấy chuyển sang môi trường thạch máu hoặc
môi trường MacConkey. Sau khi ủ trong môi trường nuôi cấy qua đêm, các
khuẩn lạc được lấy để tách DNA theo quy trình, đồng thời sẽ được lấy 1-2
khuẩn lạc lưu chủng tiếp trong môi trường Glycerol 15% với mục đích bảo
quản chủng.

* Kỹ thuật tách DNA từ khuẩn lạc:

Phương pháp và kỹ thuật tách DNA từ khuẩn lạc của vi khuẩn áp dụng
phương pháp kinh điển được mô tả bởi tác giả Bazzicalupo M và cộng sự (1997)
[135]. Quy trình các bước được thực hiện như sau:
− Lấy 1-2 khuẩn lạc trộn đều với 500µl nước cất, votex → lấy 200 µl chuyển
sang type Eppendorf 1,5 ml mới.
− Bổ sung 300 µl NaOH-SDS, trộn đều → ủ ở 95oC trong 15 phút
− Trung hòa bằng 250 µl dung dịch 1M Tris-HCl pH 4,8
− Bổ sung 400 µl dung dịch 25:24:1 (phenol: chloroform: isoamyalcohol) →
trộn đều
− Ly tâm 13200 vòng/phút x 15 phút
− Chuyển 600 ml dịch nổi sang type Eppendorf 1,5 ml mới
− Bổ sung 600 µl Isopropanol → votex → ủ 10 phút ở nhiệt độ phòng
− Ly tâm 13200 vòng/phút x 30 phút ở 4oC
− Loại bỏ dịch nổi → thu lại phần kết tủa
− Rửa phần tủa 2 lần với ethanol 70% → ly tâm 7000 vòng x 5 phút → loại
bỏ dịch nổi
− Để khô phần tủa ở nhiệt độ phòng
− Bổ sung 200 µl dung dịch đệm TE → ủ 56oC trong 10 phút
− Đo nồng độ DNA trong dung dịch
− Dung dịch sẵn sàng làm khuẩn DNA chạy PCR hoặc giữ -20oC chờ chạy
PCR phát hiện gen kháng kháng sinh.
 53

* Tiến hành phản ứng PCR xác định các gen kháng kháng sinh.
Bảng 2.10. Thành phần tham gia phản ứng PCR
Thành phần Thể tích (µl)
Master mix HOTSTART Promega (2x) 10
Primer (mồi) 5pmol 0,5
H20 (tinh sạch cho phản ứng PCR) 6,5
Mẫu DNA (sản phẩn tách DNA từ chủng vi khuẩn) 3
Tổng thể tích 20

Chu trình nhiệt: chạy trên máy luân nhiệt Mastercycler eppendorf hoặc
ABI 9700 với chu trình nhiệt như sau:

Các bước Nhiệt độ Thời gian

Biến tính giai đoạn 1: 94oC ------------- 5 phút
Biến tính giai đoạn 2: 94oC ------------- 30 giây
Gắn mồi: 61oC ------------- 30 giây 38 chu kỳ
Kéo dài: 72oC ------------- 40 giây
Kéo dài lần cuối: 72oC ------------- 7 phút
Bảo quản sản phẩn: 4oC ------------- +∞

Đọc kết quả: sản phẩm của phản ứng PCR sẽ được đọc kết quả bằng
phương pháp điện di trên thạch Agarose 1,5% trong dung dịch đệm TAE 1X ở
100 V trong 30 phút. Nhuộm DNA (từ sản phẩm PCR) bằng thuốc nhuộm
Sybrgreen trước khi cho vào các giếng thạch để điện di. Hoặc nhuộm gel với
dung dịch ethidium bromide. Chụp ảnh dưới ánh sáng tia cực tím bằng máy
chụp chuyên dụng và phân tích kết quả bằng cách so sánh với các chứng âm và
chứng dương và tương ứng với các băng điện di (hình 2.1).
 54

Các gen mã hóa beta-lactamases khảo sát trong nghiên cứu này được
chia thành 5 bộ phản ứng multiplex-PCR, mỗi bộ phản ứng có thể phát hiện
được 3 gen, bao gồm: ESBL-1 (TEM, SHV, CTX-M); ESBL-2 (VEB, PER,
GES); CARBA-1 (VIM, SPM, NDM-1); CARBA-2 (KPC, AIM, IMP);
CARBA-3 (OXA-58, OXA-23, OXA-48). Trình tự mồi và kích thước các gen
trong mỗi bộ phản ứng được trình bày trong bảng 2.11.
Bộ kít multiplex-PCR đã được tối ưu hóa tại Trung tâm nghiên cứu Y
học Việt Đức, Bệnh viện TWQĐ 108. Kết quả xác định các gen được đánh giá
so sánh với bộ kít thương mại Realtime PCR Hy-CRE (Hy Laboratories Ltd,
Israel) cho kết quả hoàn toàn trùng khớp với 05 gen được khảo sát (phụ lục 4).
Một số gen sản phẩm của bộ kít được giải trình tự để kiểm tra tính chính xác
khi so sánh với ngân hàng gen (phụ lục 4). Bộ kít được đánh giá trong nghiên
cứu về xác định mầm bệnh và gen kháng thuốc ở nhiễm khuẩn vết mổ và đã
được phản biện và xuất bản trên tạp chí quốc tế [136].

Hình 2.1. Hình ảnh điện di kết quả chạy các gen ESBL-1
Ghi chú: Hình ảnh band điện di gen mã hóa sinh ESBL trên thạch Agarose 1,5% sử dụng
thuốc nhuộm ethidium bromide, M50: Marker với giải từ 50bp đến 1kbp; (-) là chứng âm,
(+) là chứng dương, các mẫu từ 1 đến 28, các band 422bp, 590bp, 739bp là band tương ứng
của gen TEM, CTX-M, SHV
 55

Bảng 2.11. Các gen mã hóa beta-lactamase và cặp mồi tương ứng [136]
Bộ phản Kích thước
Gene đích Trình tự mồi (5’-3’)
ứng gen (bp)
CTX-M-F ATGTGCAGYACCAGTAARGTKATGGC
590
CTX-M-R GGTRAARTARGTSACCAGAAYCAGCGG
TEM-F TCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGAC
ESBL-1 422
TEM-R CAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAG
SHV-F TGTATTATCTC(C/T)CTGTTAGCC(A/G)CCCTG
739
SHV-R GCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGC
VEB-F GATGGTGTTTGGTCGCATATCGCAAC
391
VEB-R CATCGCTGTTGGGGTTGCCCAATTTT
PER-F CAGTGTGGGGGCCTGACGAT
ESBL-2 731
PER-R CTGAGCA ACC TGC GCA ATR ATA GCT T
GES-F CTGGCAGGGATCGCTCACTC
604
GES-R GGTTTCCGATCAGCCACCTCTCA
VIM-F GATGGTGTTTGGTCGCATATCGCAAC
390
VIM-R CGAATGCGCAGCACCAGGATAGAA
SPM-F CGTTTGAAAATCTGGGTACGCAAACG
CARBA-1 291
SPM-R GTTTCAAATCAAAAACATTATCCGCTGGAACAG
NDM-1-F CGAAAGTCAGGCTGTGTTGCGC
200
NDM-1-R GACCGCCCAGATCCTCAACTG
KPC-F GCTTTCT(T/G)GCTG(C/G)CGC(T/C)GTGCT
412
KPC-R AGCCAATCAAC(A/C)A(A/G)CTGCTG(C/A)CGC
AIM-F CCCTGAAGGTGTACGGAAACAC
CARBA-2 326
AIM-R GGGTTCGGCCACCTCGAATTG
IMP-F AC(G/A)GG(C/G/T)GGAATAGAGTGGCTTAA(T/C)TCTC
204
IMP-R TTCAGG(C/T)A(A/G)CCAAACYACTASGTTATCT
OXA-58-F CCCCTCTGCGCTCTACATACAACATC
599
OXA-58-R AAGTATTGGGGCTTGTGCTGAGCATAG
OXA-23-F AGAATATGT(G/C)CC(A/T)GC(C/A)TC(T/A)ACATTTAA(
CARBA-3 A/G)ATG 491
OXA-23-R CCCA(G/A)CC(G/T)GT(C/T)AACCA(G/A)CC
OXA-48-F CACCAAGTCTTTAAGTGGGATGGACA
300
OXA-48-R CCGATACGTGTAACTTATTGTGATACAGCTT
 56

Phương pháp xử lý số liệu

Số liệu được nhập trên phần mền MS Excel 2012 và SPSS 23. Các dữ
liệu sau khi được mã hóa sẽ được phân tích, xử lý số liệu bằng các thuật toán
thống kê y học theo mục tiêu nghiên cứu trên phần mềm SPSS 23 (IBM, US).
Các biến định tính (gồm biến nhị phân và biến phân loại) được thể hiện
bằng số lượng và tỷ lệ phần trăm (n, %), các biến định lượng (biến liên tục)
được thể hiện bằng giá trị trung bình ± độ lệch chuẩn (X ± SD). Kiểm định sự
khác biệt giữa các giá trị trung bình bằng phép kiểm Student’s t-test, kiểm định
sự khác biệt giữa các tỷ lệ phần trăm theo phương pháp Chi-square test (2), sự
khác biệt có ý nghĩa thống kê với p < 0,05.
Tính toán độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương tính, giá trị tiên
đoán âm tính và độ chính xác của phương pháp sử dụng gen mã hóa beta-
lactamase để chẩn đoán kiểu hình kháng kháng sinh dựa trên công thức bên
dưới (bảng 2.12) [137].
Viết và quản lý tài liệu tham khảo bằng phần mềm Endnote X9
(Thomson Reuters Corporation, Canada).
Bảng 2.12. Bảng tính độ nhạy, độ đặc hiệu và giá trị chẩn đoán
Kiểu hình
Kháng kháng sinh Tổng
Không nhạy Nhạy
Dương tính a b a+b
Kiểu gen
Âm tính c d c+d
Tổng a+c b+d a+b+c+d

Độ nhạy (%) = a/(a+c) * 100

Độ đặc hiệu (%) = d/(b+d) * 100
Giá trị tiên đoán dương tính (%) = a/(a+b) * 100
Giá trị tiên đoán âm tính (%) = d/(c+d) * 100
Độ chính xác (%) = (a+d)/(a+b+c+d) * 100
 57

Đạo đức nghiên cứu

Đề cương nghiên cứu đã được thông qua Hội đồng khoa học và Hội đồng
đạo đức của Viện nghiên cứu Khoa học Y dược Lâm sàng 108. Bệnh nhân lấy
vào nghiên cứu đều có sự đồng thuận của bệnh nhân hoặc người giám hộ.
Nghiên cứu có sử dụng các xét nghiệm thường quy được thực hiện trên
lâm sàng và chỉ thực hiện xét nghiệm gen mã hóa beta-lactamase trên các chủng
vi khuẩn phân lập được từ xét nghiệm cấy máu thường quy ở bệnh nhân NKH.
Nghiên cứu không thực hiện các thủ thuật xâm lấn và không lấy thêm
các mẫu bệnh phẩm xâm lấn từ bệnh nhân để phục vụ nghiên cứu.
Đây là một nghiên cứu quan sát kết hợp lâm sàng và xét nghiệm trong
phòng xét nghiệm. Kết quả các xét nghiệm chỉ phục vụ mục đích nghiên cứu
và không ảnh hưởng đến quyết định điều trị của các bác sĩ lâm sàng.
 58

Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Đặc điểm chung

3.1.1. Đặc điểm lâm sàng

Bảng 3.1. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhân
Đặc điểm NKH do E. coli NKH do Tổng
(n=115) K. pneumoniae (n=165)
(n=50)
Giới (Nam) n (%) 70(60,9) 37(74,0) 107(64,8)
Tuổi trung bình (năm) 62,3±16,2 62,0±17,2 62,3±16,5
Nhóm  60 tuổi n (%) 62(53,9) 26(52,0) 88(53,3)
Bệnh lý nền n (%) 73(63,5) 27(54,0) 100(60,6)
Đái tháo đường n (%) 20(17,4) 10(20,0) 30(18,2)
Tăng huyết áp n (%) 33(28,7) 11(22,0) 44(26,7)
Xơ gan n (%) 14(12,2) 3(6,0) 17(10,3)
Ung thư n (%) 35(30,4) 8(16,0) 43(26,1)
Điều trị ức chế miễn dịch n (%) 8(7,0) 1(2,0) 9(5,5)
Ổ nhiễm khuẩn tiên phát n (%) 96(83,5) 43(86,0) 139(84,2)
Nhiễm khuẩn tiết niệu n (%) 40(34,8) 6(12,0) 46(27,9)
Nhiễm khuẩn đường mật n (%) 36(31,3) 9(18,0) 45(27,3)
Nhiễm khuẩn hô hấp n (%) 8(7,0) 12(24,0) 20(12,1)
Sau thủ thuật n (%) 5(4,3) 7(14,0) 12(7,3)
Khác n (%) 7(6,1) 9(18,0) 16(9,7)
Ngày bệnh khi nhập viện (ngày) 2,3±1,9 3,1±2,6 2,7±2,1
Sốt vừa (38 -39oC) 42 (36,5) 16 (32,0) 58 (35,2)
Thân nhiệt
Sốt cao (> 39oC) 68 (59,1) 33 (66,0) 101 (61,2)
n (%)
Sốt có cơn rét run 61 (53,0) 24 (48,0) 85 (51,5)
Gan to n (%) 76 (66,1) 29 (58,0) 105 (63,6)
Lách to n (%) 52 (45,2) 23 (46,0) 75 (45,4)
SOFA* (điểm) 3,36±3,05 3,62±3,1 3,44±3,06

Ghi chú: (*) điểm SOFA được tính ở thời điểm bệnh nhân được chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết.
 59

Nhận xét: Nghiên cứu của chúng tôi, gặp chủ yếu là nam giới (64,8%)
và bệnh nhân  60 tuổi (53,3%). 60,6% bệnh nhân có bệnh lý nền, trong đó
NKH do E. coli thường gặp trên bệnh nhân ung thư (30,4%) và tăng huyết áp
(28,7%) và NKH do K. pneumoniae gặp chủ yếu trên nền bệnh tăng huyết áp
(22%) và đái tháo đường (20%). NKH do E. coli thường gặp ổ tiên phát từ
nhiễm khuẩn tiết niệu và đường mật, trong khi đó NKH do K. pneumoniae lại
thường gặp ổ nhiễm khuẩn tiên phát là nhiễm khuẩn hô hấp và gan mật. Ngày
bệnh trung bình khi nhập viện là 2-3 ngày. Đa số bệnh nhân có biểu hiện sốt
cao (61,2%) và sốt có cơn rét run (51,5%). Điểm suy tạng (SOFA) tăng trung
bình trên 3 điểm.

3.1.2. Đặc điểm cận lâm sàng

Bảng 3.2. Đặc điểm xét nghiệm huyết học
Đặc điểm NKH do E. coli NKH do Tổng
(n=115) K. pneumoniae (n=165)
(n=50)
Bạch cầu (G/L) 16,9±13,7 16,4±8,9 16,8±12,4
Bạch cầu trung tính (G/L) 13,7±9,9 13,9±8,0 13,8±9,3
Hồng cầu (T/L) 3,9±0,7 3,9±0,6 3,9±0,7
Huyết sắc tố (g/L) 113,7±19,6 116,0±20,9 114,4±19,9
Tiểu cầu (G/L) 190±118 170±130 184±122
101-149 G/L 13 (11,3) 11 (22,0) 24 (14,5)
Tiểu cầu n (%) 51 - 100 G/L 14 (12,2) 10 (20,0) 24 (14,5)
≤ 50 G/L 16 (13,9) 7(14,0) 23 (13,9)
Prothrombin* (%) 76,5±22,8 81,7±21,6 77,7±22,5
Giảm Prothrombin* < 70% n (%) 26 (36,1) 9 (40,9) 35 (37,2)
Ghi chú: (*) Chỉ có 94 bệnh nhân có dữ liệu Prothrombin, gồm 72 ca do E. coli và 22 ca do K. pneumoniae.

Nhận xét: Bạch cầu máu ngoại vi tăng (16,8±12,4 G/L), tăng bạch cầu
trung tính (13,8±9,3 G/L). Số lượng hồng cầu và huyết sắc tố trung bình nằm
trong giới hạn bình thường. 37,2% bệnh nhân có giảm chức năng đông máu
(Prothrombin < 70%); 13,9% có giảm tiểu cầu ≤ 50 G/L.
 60

Bảng 3.3. Đặc điểm xét nghiệm sinh hóa máu

Đặc điểm NKH do E. coli NKH do Tổng
(n=115) K. pneumoniae (n=165)
(n=50)
Tăng nhẹ 22 (24,4) 4 (9,5) 26 (19,7)
Pro-calcitonin*
Tăng vừa 22 (24,4) 11(26,2) 33 (25,0)
n (%)
Tăng cao 46 (51,2) 27 (64,3) 73 (55,3)
Urea (mmol/L) 8,1±6,3 9,8±7,3 8,6±6,7
Creatinine (µmol/L) 112±109 94±49 107±96
Tăng Creatinine n (%) 28 (24,3) 14 (28,0) 42 (25,5)
80 - < 200 UI/L 35 (30,4) 20 (40,0) 55 (33,3)
SGOT n (%)
≥ 200 UI/L 11 (9,6) 8 (16,0) 19 (11,5)
80 - < 200 UI/L 23 (20,0) 21 (42,0) 44 (26,7)
SGPT n (%)
≥ 200 UI/L 5 (4,3) 5 (10,0) 10 (6,1)
Tăng Bilirubin toàn phần n (%) 65 (61,9) 28 (60,9) 93 (61,6)
Protein (g/L) 67,4±8,8 62,0±10,6 66,0±9,6
Albumin (g/L) 31,3±6,1 28,4±4,9 30,5±5,9
pH 7,33±0,13 7,38±0,08 7,35±0,11
Lactate (mmol/L) 5,34±3,53 4,89±3,18 5,14±3,34
Ghi chú: (*) Chỉ có 132 bệnh nhân có dữ liệu Pro-calcitonin, gồm 90 ca do E. coli và 42 ca do K. pneumoniae.

Nhận xét: 55,4% bệnh nhân có Pro-calcitonin máu tăng cao; 25,5% có
tăng Creatinine, trong khi có 61,6% tăng Bilirubin toàn phần. Bệnh nhân NKH
có giảm Albumin máu (30,5±5,9 g/L) và tăng Lactate (5,14±3,34 mmol/L).

3.1.3. Đáp ứng điều trị

Bảng 3.4. Đáp ứng điều trị
Đặc điểm NKH do E. coli NKH do K. pneumoniae Tổng
(n=115) (n=50) (n=165)
Thời gian cắt sốt* (ngày) 5,2±2,5 6,7±3,8 5,6±3,0
Thời gian nằm viện* (ngày) 19,9±11,9 29,2±26,5 22,6±17,7
Sốc nhiễm khuẩn n (%) 19(16,5) 14(28,0) 33(20,0%)
Tử vong n (%) 18(15,7) 12(24,0) 30(18,2%)
Ghi chú: (*) thời gian cắt sốt và thời gian nằm viện chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh
 61

Nhận xét: Thời gian nằm viện trung bình là 22,3 ± 19,8 ngày; trong đó
thời gian cắt sốt trung bình 5,6 ± 3,0 ngày. Tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn và tử vong
chung lần lượt là 20,0% và 18,2%; trong đó nhóm NKH do K. pneumoniae có
tỷ lệ sốc 28,0% và tử vong 24,0% và NKH do E. coli có tỷ lệ sốc 16,5% và tử
vong 15,7%.

Đặc điểm kháng kháng sinh và phân bố gen mã hóa beta-lactamase

3.2.1. Đặc điểm kháng kháng sinh

3.2.1.1. Phân bố các chủng E. coli và K. pneumoniae sinh ESBL

E. coli K. pneumoniae

11/50(22,0%)
48/115(41,7%)
67/115(58,3%)
39/50(78,0%)

(*) (*)
ESBL (+) ESBL (-) ESBL (+) ESBL (-)

(*) p < 0,001

Biểu đồ 3.1. Tỷ lệ các chủng sinh ESBL

Nhận xét: Tỷ lệ các chủng E. coli sinh ESBL (58,3%) cao hơn có ý nghĩa
thống kê so với các chủng K. pneumoniae sinh ESBL (22,0%) với p < 0,001.
 62

3.2.1.2. Tỷ lệ kháng kháng sinh nhóm Penicillin và Cephalosporin

Bảng 3.5. Tỷ lệ kháng Penicillin và Cephalosporin

Chủng vi khuẩn E. coli K. pneumoniae

Kháng sinh (n=115) (n=50) p*
n % n %
Nhạy 5 4,3 2 4,0 0,919
AM
Trung gian 1 0,9 6 12,0
Kháng 109 94,8 42 84,0
Nhạy 67 58,3 22 44,0 0,091
AMC
Trung gian 16 13,9 3 6,0
Kháng 32 27,8 25 50,0
Nhạy 93 80,9 26 52,0 0,001
TZP
Trung gian 14 12,2 2 4,0
Kháng 8 7,0 22 44,0
Nhạy 34 29,6 26 52,0 0,006
CTX
Trung gian 0 0,0 0 0,0
Kháng 81 70,4 24 48,0
Nhạy 62 53,9 23 46,0 0,350
CAZ
Trung gian 1 0,9 0 0,0
Kháng 52 45,2 27 54,0
Nhạy 68 62,4 29 60,4 0,815
FEP**
Trung gian 13 11,9 5 10,4
Kháng 28 25,7 14 29,2
Ghi chú: (*) so sánh tỷ lệ nhạy cảm của các kháng sinh giữa E. coli và K. pneumoniae. (**) chỉ có 157 chủng
được làm kháng sinh đồ với FEP, trong đó có 109 chủng E. coli và 48 chủng K. pneumoniae.

Nhận xét: Các chủng E. coli gây NKH kháng cao với AM và CTX với tỷ
lệ tương ứng là 94,8% và 70,4%. Tuy nhiên còn nhạy cảm với FEP (62,4%) và
AMC (58,3%). Các chủng K. pneumoniae kháng cao với AM (84,0%); tuy
nhiên còn nhạy với FEP (60,4%). Các chủng E. coli có tỷ lệ nhạy cảm với CTX
là 29,6%, thấp hơn có ý nghĩa so với K. pneumoniae (52,0%) với p = 0,006. Tỷ
lệ nhạy với TZP của E. coli (80,9%) cao hơn có ý nghĩa so với K. pneumoniae
(52,0%) với p = 0,001.
 63

3.2.1.3. Tỷ lệ kháng kháng sinh nhóm Carbapenem

Bảng 3.6. Tỷ lệ kháng Carbapenem của các chủng vi khuẩn

Chủng vi khuẩn E. coli K. pneumoniae

(n=115) (n=50) p*
Kháng sinh n % n %
Nhạy 112 97,4 37 74,0 0,001
ETP Trung gian 2 1,7 0 0,0
Kháng 1 0,9 13 26,0
Nhạy 115 100 37 74,0 0,001
IPM Trung gian 0 0,0 1 2,0
Kháng 0 0,0 12 24,0
Nhạy 115 100 37 74,0 0,001
MEM Trung gian 0 0,0 0 0,0
Kháng 0 0,0 13 26,0
Ghi chú: (*) so sánh tỷ lệ nhạy cảm của các kháng sinh giữa E. coli và K. pneumoniae.

Nhận xét: Trong nhóm nghiên cứu có 3 chủng E. coli giảm tính nhạy cảm
với ETP (01 chủng kháng và 02 chủng kháng trung gian với ETP). 115/115
(100%) các chủng E. coli còn nhạy cảm với IPM và MEM. Với các chủng K.
pneumoniae có 13/50 (26,0%) các chủng không còn nhạy với cả ba kháng sinh
nhóm Carbapenem, cao hơn có ý nghĩa so với E. coli.
 64

3.2.2. Đặc điểm phân bố gen mã hóa sinh beta-lactamase

3.2.2.1. Phân bố các gen mã hóa sinh ESBL

42/50
90,0%
80,0% 80/115
70,0% 67/115
60,0% 23/50 23/50
50,0%
40,0%
30,0%
20,0% 5/50
10,0% 1/115 0/115
0,0%
TEM SHV CTX-M VEB
E. coli 58,3% 0,9% 69,6% 0,0%
K. pneumoniae 46,0% 84,0% 46,0% 10,0%

Biểu đồ 3.2. Phân bố gen mã hóa sinh ESBL

Nhận xét: Khảo sát 6 gen sinh ESBL của các chủng gây nhiễm khuẩn
huyết cho thấy: Các chủng E. coli chủ yếu mang gen CTX-M (69,6%) và TEM
(58.3%). Trong khi đó các chủng K. pneumoniae chủ yếu mang gen SHV
(84,0%); CTX-M (46,0%) và TEM (46,0%). Với gen VEB, có 10% K.
pneumoniae, trong khi đó không có chủng E. coli nào mang gen này. Trong số
các chủng được khảo sát, không có chủng nào mang gen PER và GES.

3.2.2.2. Phân bố các gen mã hóa carbapenemase

12/50
25,0%

20,0%

15,0% 6/50
9/115
10,0%
5/115
5,0% 1/50 1/50
0/115 0/115
0,0%
NDM-1 VIM KPC OXA-48
E. coli 7,8% 4,3% 0,0% 0,0%
K. pneumoniae 24,0% 12,0% 2,0% 2,0%

Biểu đồ 3.3. Phân bố các gen mã hóa carbapenemase

 65

Nhận xét: Trong 9 gen mã hóa carbapenemase được khảo sát, có 12/50
(24%) chủng K. pneumoniae mang gen NDM-1 cao hơn so với E. coli
9/115(7,8%); 5/115 (4,3%) chủng E. coli và 6/50 (12%) chủng K. pneumoniae
mang gen VIM. Có 1 chủng K. pneumoniae mang gen KPC và 01 chủng mang
gen OXA-48. Không ghi nhận các chủng trong nhóm nghiên cứu mang các gen
IMP, SMP, AIM, OXA-23 và OXA-58.

3.2.2.3. Phân bố các chủng mang kiểu gen kết hợp

100,0% 105/115
45/50
90,0%
80,0%
70,0%
60,0%
24/50
50,0% 21/50 21/50
20/50 19/50
42/115 43/115
40,0%
30,0%
20,0%
10,0% 1/115
0/115 0/115
0,0%
TEM+SHV TEM+ CTX-M SHV+ CTX-M 1-POS 2-POS 3-POS
E. coli 0,0% 36,5% 0,9% 91,3% 37,4% 0,0%
K. pneumoniae 40,0% 42,0% 42,0% 90,0% 48,0% 38,0%

Biểu đồ 3.4. Phân bố chủng mang kết hợp gen mã hóa ESBL
Ghi chú: 1-POS chủng mang ít nhất một trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; 2-POS chủng mang ít nhất
hai trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; 3-POS chủng mang đồng thời cả ba gen TEM, SHV và CTX-M.

Nhận xét: Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ cao các chủng mang ít nhất
một trong 3 gen mã hóa ESBL (1-POS): 91,3% (105/115) với E. coli và 90,0%
(45/50) K. pneumoniae. 37,4% (43/115) chủng E. coli và 48,0% (24/50) chủng
K. pneumoniae mang ít nhất hai trong 3 gen mã hóa ESBL. Có 38% (19/50)
chủng K. pneumoniae mang đồng thời cả 3 gen (TEM, SHV và CTX-M); trong
khi đó không ghi nhận chủng E. coli mang cả 3 gen trên.
 66

100,0%
105/115
44/50
90,0%

80,0%
82/115
70,0%
69/115
60,0%
25/50 24/50 25/50
50,0%

40,0%

30,0%
9/50
20,0%
10/115
10,0%
0/115
0,0%
TSCN ToC NoS NoT NoC
E. coli 0,0% 91,3% 8,7% 60,0% 71,3%
K. pneumoniae 18,0% 50,0% 88,0% 48,0% 50,0%

Biểu đồ 3.5. Phân bố chủng mang kiểu gen kết hợp beta-lactamase
Ghi chú: TSCN các chủng mang cả 4 gen TEM, SHV, CTX-M và NDM-1; ToC chủng mang một trong hai gen
TEM và/hoặc CTX-M; NoS chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc SHV; NoT chủng mang một trong
hai gen NDM-1 và/hoặc TEM; NoC chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M.

Nhận xét: Có 9/50 (18,0%) chủng K. pneumoniae mang đồng thời cả 4

gen TEM; SHV; CTX-M và NDM-1; không ghi nhận chủng E. coli mang cả
bốn gen trên. 82/115 (71,3%) các chủng E. coli mang một trong hai gen CTX-
M và NDM-1. Tỷ lệ này tương ứng của các chủng K. pneumoniae là 50,0%.

Liên quan giữa kiểu gen mã hóa sinh beta-lactamase với kiểu hình
kháng kháng sinh của vi khuẩn và đáp ứng điều trị

3.3.1. Liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình kháng beta-lactam
Qua kết quả về tỷ lệ kháng kháng sinh và tỷ lệ phân bố của các chủng
mang gen được khảo sát chúng tôi phân tích và đánh giá liên quan giữa kiểu
gen và kiểu hình kháng kháng sinh. Từ đó lựa chọn ra các gen phù hợp có giá
trị trong chẩn đoán kiểu hình với các nhóm kháng sinh được khảo sát.
 67

3.3.1.1. Phân bố kiểu gen và kiểu hình kháng Penicillin và Cephalosporin

Bảng 3.7. Liên quan kiểu gen và kiểu hình sinh ESBL và kháng
Cefotaxime của các chủng E. coli
Kháng ESBL Cefotaxime
sinh
Dương tính Âm tính p* Không nhạy Nhạy p**
Gen
(n=67) (n=48) (n=81) (n=34)
TEM n (%) 38 (56,7) 29 (60,4) 0,692 46 (56,8) 21 (61,8) 0,622
CTX-M n (%) 58 (86,6) 22 (45,8) 0,001 69 (85,2) 11 (32,4) 0,001
TC n (%) 31 (46,3) 11 (22,9) 0,010 37 (45,7) 5 (14,7) 0,002
1-POS n (%) 65 (97,0) 40 (83,3) 0,010 78 (96,3) 27 (79,4) 0,003
2-POS n (%) 31 (46,3) 12 (25,0) 0,020 37 (45,9) 6 (17,6) 0,005
NoT n (%) 40 (60,4) 29 (59,7) 0,938 48 (59,3) 21 (61,8) 0,802
NoC n (%) 60 (89,6) 22 (45,8) 0,001 71 (87,7) 11 (32,4) 0,001
Ghi chú: (*) so sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm có kiểu hình ESBL dương tính và âm tính; (**) so sánh tỷ lệ mang
gen ở nhóm nhạy và nhóm không nhạy với Cefotaxime.

Nhận xét: Phân bố kiểu gen CTX-M, TC, 1-POS, 2-POS và NoC cao hơn
có ý nghĩa ở nhóm E. coli sinh ESBL và nhóm không nhạy với Cefotaxime so
với nhóm không sinh ESBL hoặc nhóm còn nhạy với Cefotaxime (p < 0,05).

Bảng 3.8. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Ceftazidime và
Cefepime của các chủng E. coli
Kháng Ceftazidime Cefepime
sinh
Không nhạy Nhạy p* Không nhạy Nhạy p*
Gen
(n=53) (n=62) (n=41) (n=68)
TEM n (%) 28 (52,8) 39 (62,9) 0,275 21 (51,2) 42 (61,8) 0,280
CTX-M n (%) 45 (84,9) 35 (56,5) 0,001 37 (90,2) 37 (54,4) 0,001
TC n (%) 22 (41,5) 20 (32,3) 0,304 18 (43,9) 20 (29,4) 0,124
1-POS n (%) 51 (96,2) 54 (87,1) 0,083 40 (97,6) 59 (86,8) 0,059
2-POS n (%) 23 (43,4) 20 (32,3) 0,218 19 (46,3) 20 (29,4) 0,074
NoT n (%) 29 (54,7) 40 (64,5) 0,285 22 (53,7) 43 (63,2) 0,324
NoC n (%) 46 (86,8) 36 (58,1) 0,001 38 (92,7) 38 (55,9) 0,001
Ghi chú: TC chủng mang cả hai họ gen TEM và CTX-M; 1-POS chủng mang ít nhất một trong ba gen TEM,
SHV hoặc CTX-M; 2-POS chủng mang ít nhất hai trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; NoT chủng mang
một trong hai gen NDM-1 và/hoặc TEM; NoC chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M. (*) so
sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm nhạy và nhóm không nhạy với Ceftazidime hoặc Cefepime.
 68

Nhận xét: Trong số kiểu gen được khảo sát, phân bố kiểu gen CTX-M và
NoC cao hơn có ý nghĩa ở nhóm E. coli không nhạy với Ceftazidime hoặc
Cefepime so với nhóm không còn nhạy với kháng sinh tương ứng (p = 0,001).
Các kiểu gen còn lại, phân bố không có sự khác biệt giữa nhạy và không nhạy
với các kháng sinh trên.

Bảng 3.9. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Amoxicillin/Acid
clavulanic và Piperacillin/Tazobactam của các chủng E. coli
Kháng Amoxicillin/Acid clavulanic Piperacillin/Tazobactam
sinh
Không nhạy Nhạy p* Không nhạy Nhạy p*
Gen
(n=48) (n=67) (n=22) (n=93)
TEM n (%) 35 (72,9) 32 (47,8) 0,007 15 (68,2) 52 (55,9) 0,294
CTX-M n (%) 32 (66,7) 48 (71,6) 0,567 16 (72,7) 64 (68,8) 0,720
TC n (%) 20 (41,7) 22 (32,8) 0,332 10 (45,5) 32 (34,4) 0,333
1-POS n (%) 47 (97,9) 58 (86,6) 0,033 21 (95,5) 84 (90,3) 0,442
2-POS n (%) 20 (41,7) 22 (34,3) 0,423 10 (45,5) 33 (35,5) 0,385
NoT n (%) 36 (75,0) 33 (49,3) 0,005 15 (68,2) 54 (58,1) 0,384
NoC n (%) 34 (70,8) 48 (71,6) 0,925 16 (72,7) 66 (71,0) 0,870

Ghi chú: TC chủng mang cả hai họ gen TEM và CTX-M; 1-POS chủng mang ít nhất một trong ba gen TEM,
SHV hoặc CTX-M; 2-POS chủng mang ít nhất hai trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; NoT chủng mang
một trong hai gen NDM-1 và/hoặc TEM; NoC chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M. (*) so
sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm nhạy và nhóm không nhạy với Amoxicillin/Acid clavulanic hoặc
Piperacillin/Tazobactam.

Nhận xét: Phân bố kiểu gen được khảo sát, gen TEM và NoT ở các chủng
E. coli không nhạy với Amoxicillin/Acid clavulanic (72,9% và 75,0%) cao hơn
có ý nghĩa so với nhóm không nhạy (47,8% và 49,3%) với p < 0,05. Kiểu gen
1-POS phân bố có sự khác biệt nhóm nhạy và không nhạy với Amoxicillin/Acid
clavulanic (p = 0,033). Tuy nhiên, phân bố nhóm còn nhạy là cao với 86,6%
nhóm còn nhạy vẫn mang kiểu gen này. Các kiểu gen còn lại phân bố không có
sự khác biệt giữa nhóm nhạy và nhóm không nhạy với Amoxicillin/Acid
clavulanic hoặc Piperacillin/Tazobactam.
 69

Bảng 3.10. Liên quan kiểu gen và kiểu hình sinh ESBL và kháng
Cefotaxime của các chủng K. pneumoniae
Kháng ESBL Cefotaxime
sinh
Dương tính Âm tính p* Không nhạy Nhạy p**
Gen
(n=11) (n=39) (n=24) (n=26)
TEM n (%) 10 (90,9) 13 (33,3) 0,001 18 (75,0) 5 (19,2) 0,001
SHV n (%) 9 (81,8) 33 (84,6) 0,823 20 (83,3) 22 (84,6) 0,902
CTX-M n (%) 10 (90,9) 13 (33,3) 0,001 19 (79,2) 4 (15,4) 0,001
2-POS n (%) 10 (90,9) 14 (35,9) 0,001 19 (79,2) 5 (19,2) 0,001
1-POS n (%) 11 (100) 34 (87,2) 0,211 23 (95,9) 22 (84,6) 0,187
NoT n (%) 10 (90,9) 14 (35,9) 0,001 19 (79,2) 5 (19,2) 0,001
NoC n (%) 11 (100) 14 (35,9) 0,001 21 (87,5) 4 (15,4) 0,001
NoS n (%) 11 (100) 33 (84,6) 0,166 22 (91,7) 22 (84,6) 0,443
Ghi chú: (*) so sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm có kiểu hình ESBL dương tính và âm tính; (**) so sánh tỷ lệ mang
gen ở nhóm nhạy và nhóm không nhạy với Cefotaxime.

Nhận xét: Kết quả cho thấy các gen mã hóa sinh ESBL và tổ hợp gen mã
hóa sinh betalactamase: TEM, CTX-M, 2-POS, NoC và NoT là các gen và tổ
hợp gen phân bố cao hơn có ý nghĩa giữa nhóm K. pneumoniae sinh ESBL,
cũng như ở nhóm không nhạy với Cefotaxime so với nhóm không sinh ESBL
hoặc nhóm còn nhạy với Cefotaxime (p = 0,001).

Bảng 3.11. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Ceftazidime và
Cefepime của các chủng K. pneumoniae
Kháng Ceftazidime Cefepime
sinh
Không nhạy Nhạy p* Không nhạy Nhạy p*
Gen
(n=27) (n=23) (n=19) (n=29)
TEM n (%) 20 (74,1) 3 (13,0) 0,001 15 (78,9) 7 (24,1) 0,001
SHV n (%) 23 (85,2) 19 (82,6) 0,804 17 (89,5) 23 (79,3) 0,356
CTX-M n (%) 21 (77,8) 2 (8,7) 0,001 17 (89,5) 5 (17,2) 0,001
2-POS n (%) 21 (77,8) 3 (13,0) 0,001 17 (89,5) 6 (20,7) 0,001
1-POS n (%) 26 (96,3) 19 (82,6) 0,108 18 (94,7) 25 (86,2) 0,344
NoT n (%) 21 (77,8) 3 (13,0) 0,001 15 (78,9) 7 (24,1) 0,001
NoC n (%) 23 (85,2) 2 (8,7) 0,001 17 (89,5) 6 (20,7) 0,001
NoS n (%) 25 (92,6) 19 (82,6) 0,279 17 (89,5) 25 (86,2) 0,738
Ghi chú: 1-POS chủng mang ít nhất một trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; 2-POS chủng mang ít nhất hai
trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; ToC chủng mang một trong hai gen TEM và/hoặc CTX-M; NoC chủng
mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M; NoT chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc TEM;
NoS chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc SHV. (*) so sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm nhạy và nhóm
không nhạy với Ceftazidime hoặc Cefepime.
 70

Nhận xét: Gen và tổ hợp gen TEM, CTX-M, 2-POS, NoC và NoT phân
bố cao hơn có ý nghĩa giữa nhóm K. pneumoniae không nhạy với Ceftazidime
hoặc Cefepime so với nhóm còn nhạy với kháng sinh tương ứng (p = 0,001).
Kiểu gen SHV, 1-POS và NoS phân bố không có ý nghĩa thông kê giữa nhóm
không nhạy với Ceftazidime hoặc Cefepime so với nhóm còn nhạy với kháng
sinh tương ứng.

Bảng 3.12. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Amoxicillin/Acid
clavulanic và Piperacillin/Tazobactam của các chủng K. pneumoniae
Kháng Amoxicillin/Acid clavulanic Piperacillin/Tazobactam
sinh
Không nhạy Nhạy p* Không nhạy Nhạy p*
Gen
(n=28) (n=22) (n=24) (n=26)
TEM n (%) 20 (71,4) 3 (13,6) 0,001 19 (79,2) 4 (15,4) 0,001
SHV n (%) 25 (89,3) 17 (77,3) 0,250 21 (87,5) 21 (80,8) 0,517
CTX-M n (%) 22 (78,6) 1 (4,5) 0,001 20 (83,3) 3 (11,5) 0,001
2-POS n (%) 22 (78,6) 2 (9,1) 0,001 20 (83,3) 4 (15,4) 0,001
1-POS n (%) 27 (96,4) 18 (81,8) 0,087 23 (95,8) 22 (84,6) 0,187
NoT n (%) 21 (75,0) 3 (13,6) 0,001 20 (83,3) 4 (15,4) 0,001
NoC n (%) 23 (82,1) 2 (9,1) 0,001 21 (87,5) 4 (15,4) 0,001
NoS n (%) 26 (92,9) 18 (81,8) 0,233 22 (91,7) 22 (84,6) 0,443
Ghi chú: 1-POS chủng mang ít nhất một trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; 2-POS chủng mang ít nhất
hai trong ba gen TEM, SHV hoặc CTX-M; ToC chủng mang một trong hai gen TEM và/hoặc CTX-M; NoC
chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M; NoT chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc
TEM; NoS chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc SHV. (*) so sánh tỷ lệ mang gen ở nhóm nhạy và
nhóm không nhạy với Amoxillin/Acid clavulanic hoặc Piperacillin/Tazobactama.

Nhận xét: Gen và tổ hợp gen TEM, CTX-M, 2-POS, NoC và NoT phân
bố cao hơn có ý nghĩa giữa nhóm K. pneumoniae không nhạy với
Amoxicillin/Acid clavulanic hoặc Piperacillin/Tazobactam so với nhóm còn
nhạy với các kháng sinh tương ứng (p = 0,001). Kiểu gen SHV, 1-POS và NoS
phân bố không có ý nghĩa thông kê giữa nhóm không nhạy với Ceftazidime
hoặc Cefepime so với nhóm còn nhạy với kháng sinh tương ứng.
 71

3.3.1.2. Phân bố của kiểu gen và kiểu hình kháng Carbapenem

Trong nghiên cứu của chúng tôi chỉ có 03 chủng E. coli không còn nhạy
cảm với Ertapenem. Trong 03 chủng này không có chủng nào mang gen mã
hóa sinh carbapenemase được khảo sát. Vì vậy chúng tôi chỉ phân tích liên quan
kiểu gen và kiểu hình kháng Carbapenem của K. pneumoniae.

Bảng 3.13. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng Carbapenem của các
chủng K. pneumoniae
Carbapenem Không nhạy (*) Nhạy
p
Kiểu gen (n=13) (n=37)
NDM-1 n (%) 7 (53,8) 5 (13,5) 0,003
VIM n (%) 0 (0) 6 (16,2) 0,122
3-POS n (%) 8 (61,5) 11 (29,7) 0,042
TSCN n (%) 6 (46,2) 3 (8,1) 0,002
CN n (%) 6 (46,2) 4 (10,8) 0,006
Ghi chú: (*) Trong số 13 chủng, có 12 chủng kháng cả 3 kháng sinh này, 01 chủng kháng Ertapenem và
Meronem nhưng chỉ kháng trung gian với Imipenem. 3-POS chủng mang đồng thời cả ba gen TEM, SHV và
CTX-M; TSCN: chủng màng đồng thời 4 gen TEM, SHV, CTX-M, NDM-1; CN chủng mang đồng thời 2 gen
CTX-M và NDM-1.

Nhận xét: Trong 13 chủng K. pneumoniae không nhạy với Carbapenem

thì tỷ lệ mang kiểu gen NDM-1; 3-POS; TSCN và CN lần lượt tương ứng là
7/13 (53,8%); 8/13 (61,5%); 6/13 (46,2%) và 6/13 (46,2%). Trong khi đó các
chủng mang kiểu gen tương ứng ở nhóm còn nhạy với nhóm Carbapenem thấp
hơn có ý nghĩa thống kê với tỷ lệ tương tứng là 5/37 (13,5%); 11/37 (29,7%);
3/37 (8,1%) và 4/37 (10,8%). Trong đó, các chủng không nhạy với Carbapenem
có tỷ lệ mang gen NDM-1 cao hơn có ý nghĩa so với các chủng còn nhạy.
 72

3.3.1.3. Đặc điểm kháng kháng sinh của vi khuẩn mang kiểu gen đa kháng

Bảng 3.14. Đặc điểm kiểu hình của các chủng mang kiểu gen đa kháng
Kháng K. pneumoniae E. coli
sinh 3-POS (n=19) NDM-1 (n=12) TSCN (n=9) NDM-1 (n=9)
Nhạy Trung Kháng Nhạy Trung Kháng Nhạy Trung Kháng Nhạy Trung Kháng
(%) gian(%) (%) (%) gian(%) (%) (%) gian(%) (%) (%) gian(%) (%)

AM 0 0 100 0 0 100 0 0 100 0 0 100

AMC 5,3 5,3 89,4 8,3 8,3 83,4 0 0 100 55,6 33,3 11,1
TZP 10,5 10,5 78,9 16,7 0.0 83,3 11,1 0 88,9 100 0 0
CTX 21,1 0 78,9 0 0.0 100 0 0 100 11,1 0 88,9
CAZ 10,5 0 89,5 8,3 0.0 91,7 11,1 0 88,9 33,3 0 66,7
FEP 21,1 15,8 57,9 30 20.0 50 12,5 25,0 62,5 42,9 42,9 14,2
ETP 57,9 0 42,1 41,7 0.0 58,3 33,3 0 66,7 100 0 0
IPM 57,9 0 42,1 41,7 0.0 58,3 33,3 0 66,7 100 0 0
MEM 57,9 0 42,1 41,7 0.0 58,3 33,3 0 66,7 100 0 0
AN 52,6 0 47,4 50 0.0 50 44,4 0 55,6 100 0 0
GM 15,8 0 47,4 8,3 0.0 91,7 11,1 0 88,9 77,8 0 22,2
CIP 15,8 5,3 78,9 16,7 0.0 83,3 22,2 0 77,8 22,2 0 77,8
NOR 21,1 0 78,9 16,7 0.0 83,3 22,2 0 77,8 22,2 0 77,8
Ghi chú: AM: Ampicillin; AMC: Amoxicillin/Clavulanic acid; TZP: Piperacillin/Tazobactam; CTX:
Cefotaxime; CAZ: Ceftazidime; FEP: Cefepime; AN: Amikacin; GM: Gentamicine; CIP: Ciprofloxacine;
NOR: Norfloxacine; ETP: Ertapenem; IPM: Imipenem; MEM: Meropenem. 3-POS chủng mang đồng thời cả
ba gen TEM, SHV và CTX-M; TSCN: chủng màng đồng thời 4 gen TEM, SHV, CTX-M và NDM-1

Nhận xét: Các chủng K. pneumoniae mang đa gen kháng thuốc TSCN,
3-POS và các chủng mang gen NDM-1 có tỷ lệ đa kháng thuốc cao. Tỷ lệ kháng
Carbapenem của các chủng K. pneumoniae mang kiểu gen 3-POS, NDM-1 và
TSCN tương ứng là 42,1%; 58,3% và 66,7%. Các chủng K. pneumoniae mang
các kiểu gen trên kháng cao với Cephalosporin thế hệ 3 (78,9% - 100%), kháng
sinh nhóm Penicillin phối hợp với các chất ức chế beta-lactamase (78,9% -
100%) và nhóm Quinolone (77,8%-83,3%). Tỷ lệ các chủng này kháng với FEP
giao động từ 50% đến 62%. Trong 9 chủng E. coli mang gen NDM-1 có tỷ lệ
kháng cao với CAZ (66,7%), CTX (88,9%) và CIP (77,8%) và NOR (77,8%),
trong đó 100% còn nhạy với Carbapenem và TZP.
 73

3.3.2. Giá trị của gen mã hóa sinh beta-lactamase trong chẩn đoán kiểu hình
kháng kháng sinh nhóm beta-lactam

3.3.2.1. Giá trị của CTX-M và NoC trong chẩn đoán các chủng E. coli kháng
kháng sinh nhóm Penicillin và Cephalosporin

Bảng 3.15. Giá trị của CTX-M và NoC trong chẩn đoán kiểu hình kháng
beta-lactam của E. coli
Giá trị Sen (%) Spe (%) PPV (%) NPV (%) Accu (%)
CTX-M 86,6 54,2 72,5 74,3 73,0
ESBL
NoC 89,6 54,2 73,2 78,8 74,8
CTX-M 85,2 67,6 86,3 65,7 80,0
CTX
NoC 87,7 67,6 86,6 69,7 81,7
CTX-M 84,9 43,5 56,3 77,1 62,6
CAZ
NoC 86,4 41,9 56,1 78,8 62,6
CTX-M 90,2 45,6 50,0 88,6 62,4
FEP
NoC 92,7 44,1 50,0 90,9 62,4
CTX-M 66,7 28,4 40,0 54,3 44,3
AMC
NoC 70,8 28,4 41,5 57,6 46,1
CTX-M 72,7 31,2 20,0 82,9 39,1
TZP
NoC 72,7 29,0 19,5 81,8 37,4
Ghi chú; AMC: Amoxicillin/Acid Clavulanic; TZP: Piperacillin/Tazobactam; CTX: Cefotaxime; CAZ:
Ceftazidime; FEP: Cefepime; NoC: các chủng mang gen NDM-1 và/hoặc CTX-M; Sen: sensitivity (độ nhạy);
Spe: specificity (độ đặc hiệu); PPV: positive predict value (giá trị tiên đoán dương tính); NPV: Negative predict
value (giá trị tiên đoán âm tính); Accu: accuracy (độ chính xác).

Nhận xét: Gen CTX-M có giá trị chẩn đoán kiểu hình ESBL, kháng CTX,
CAZ, FEP với độ nhạy lần lượt 86,6%; 85,2%; 84,9%; 90,2%; tuy nhiên độ đặc
hiệu không cao với giá trị lần lượt 54,2%; 67,6%; 43,5% và 45,6%. Khi kết hợp
gen NDM-1 với CTX-M, các chủng mang gen NDM-1 và/hoặc CTX-M (NoC)
làm tăng độ nhạy trong chẩn đoán các kháng sinh nhóm Cephalosporin nhưng
không làm tăng độ đặc hiệu của chẩn đoán. Giá trị tiên đoán âm tính của gen
CTX-M trong chẩn đoán các chủng E. coli không còn nhạy với các kháng sinh
nhóm Cephalosporin dao động từ 65,7% đến 88,6%.
 74

3.3.2.2. Giá trị của các gen trong chẩn đoán các chủng K. pneumoniae kháng
Cephalosporin

Bảng 3.16. Giá trị của kiểu gen trong chẩn đoán kiểu hình kháng
Cephalosporin của K. pneumoniae
Giá trị Sen (%) Spe (%) PPV (%) NPV (%) Accu (%)
TEM 90,9 66,7 43,5 96,3 72,0
CTX-M 90,9 66,7 43,5 96,3 72,0
ESBL
NoT 90,9 64,1 41,7 96,2 70,0
NoC 100 64,1 44,0 100 72,0
TEM 75,0 80,8 78,3 77,8 78,0
CTX-M 79,2 84,6 82,6 81,5 82,0
CTX
NoT 79,2 80,8 79,2 80,8 80,0
NoC 87,5 84,6 84,0 88,0 86,0
TEM 74,1 87,0 87,0 74,1 80,0
CTX-M 77,8 91,3 91,3 77,8 84,0
CAZ
NoT 77,8 87,0 87,5 76,9 82,0
NoC 85,2 91,3 92,0 84,0 88,0
TEM 78,9 75.9 68,2 84,6 77,1
CTX-M 89,5 82,8 77,3 92,3 85,4
FEP
NoT 78,9 75,9 68,2 84,6 77,1
NoC 89,5 79,3 73,9 92,0 83,3
Ghi chú; AMC: Amoxicillin/Acid Clavulanic; TZP: Piperacillin/Tazobactam; CTX: Cefotaxime; CAZ:
Ceftazidime; FEP: Cefepime; ToC: các chủng mang gen TEM và/hoặc CTX-M; NoT: các chủng mang gen
NDM-1 và/hoặc TEM; NoC: các chủng mang gen NDM-1 và/hoặc CTX-M; Sen: sensitivity (độ nhạy); Spe:
specificity (độ đặc hiệu); PPV: positive predict value (giá trị tiên đoán dương tính); NPV: Negative predict
value (giá trị tiên đoán âm tính); Accu: accuracy (độ chính xác).

Nhận xét: Gen TEM và CTX-M có giá trị chẩn đoán kiểu hình ESBL,
kháng CTX, CAZ, FEP với độ nhạy tương ứng 90,9% và 90,9%; 75,0% và
79,2%; 74,1% và 77,8%; 78,9% và 89,5% và độ đặc hiệu lần lượt tương ứng là
66,7% và 66,7%; 80,8% và 84,6%; 87,0% và 91,3%; 75,9% và 82,8%. Kết hợp
gen NDM-1 với TEM, CTX-M, các chủng mang hai trong ba gen trên tăng độ
nhạy chẩn đoán với kiểu hình ESBL và kháng với CTX, CAZ, FEP.
 75

3.3.2.3. Giá trị của các gen trong chẩn đoán các chủng K. pneumoniae kháng
Amoxicillin/Acid Clavulanic và Piperacillin/Tazobactam.

Bảng 3.17. Giá trị của kiểu gen trong chẩn đoán kiểu hình kháng AMC
và TZP của K. pneumoniae
Giá trị Sen (%) Spe (%) PPV (%) NPV (%) Accu (%)
TEM 71,4 86,4 87,0 70,4 78,0
CTX-M 78,6 95,5 95,7 77,8 86,5
AMC
NoT 75,0 86,4 87,5 73,1 80,0
NoC 82,1 90,9 92,0 80,0 86,0
TEM 79,2 84,6 82,6 81,5 82,0
CTX-M 83,3 88,5 87,0 85,2 86,0
TZP
NoT 83,3 84,6 83,3 84,6 84,0
NoC 87,5 84,6 84,0 88,0 86,0
Ghi chú; AMC: Amoxicillin/Acid Clavulanic; TZP: Piperacillin/Tazobactam; ToC các chủng mang gen TEM
và/hoặc CTX-M; NoT các chủng mang gen NDM-1 và/hoặc TEM; NoC các chủng mang gen NDM-1 và/hoặc
CTX-M; Sen: sensitivity (độ nhạy); Spe: specificity (độ đặc hiệu); PPV: positive predict value (giá trị tiên đoán
dương tính); NPV: Negative predict value (giá trị tiên đoán âm tính); Accu: accuracy (độ chính xác).

Nhận xét: Gen TEM, CTX-M và kết hợp hai trong ba gen CTX-M, TEM
và NDM-1 có giá trị chẩn đoán kháng kháng sinh AMC và TZP với độ nhạy từ
71,4% đến 87,5% và độ đặc hiệu dao động 80,8% đến 95,5%; giá trị chẩn đoán
dương tính từ 80,0% đến 95,7%. Với chẩn đoán kháng AMC, gen CTX-M có
độ đặc hiệu cao 95,5% tuy nhiện độ nhạy là 78,6%, nếu kết hợp CTX-M với
NDM-1 thì có độ nhạy cao 82,1% và độ đặc hiệu 90,9%.
 76

3.3.2.4. Giá trị của kiểu gen trong chẩn đoán kháng Carbapenem của các
chủng K. pneumoniae

Bảng 3.18. Giá trị của kiểu gen chẩn đoán K. pneumoniae kháng
Carbapenem
Giá trị Sen (%) Spe (%) PPV (%) NPV (%) Accu (%)
NDM-1 53,8 86,5 58,3 84,2 78,0
3-POS 61,5 70,3 42,1 83,9 68,0
TSCN 46,2 91,9 66,7 82,9 80,0
CN 46,2 89,2 60,0 82,5 78,0
Ghi chú: 3-POS chủng mang đồng thời cả ba gen TEM, SHV và CTX-M; TSCN: chủng mang đồng thời 4 gen
TEM, SHV, CTX-M và NDM-1; NoC chủng mang một trong hai gen NDM-1 và/hoặc CTX-M; CN chủng mang
đồng thời 2 gen CTX-M và NDM-1; Sen: sensitivity (độ nhạy); Spe: specificity (độ đặc hiệu); PPV: positive
predict value (giá trị tiên đoán dương tính); NPV: Negative predict value (giá trị tiên đoán âm tính); Accu:
accuracy (độ chính xác).

Nhận xét: Giá trị chẩn đoán âm tính của kiểu gen NDM-1, 3-POS, TSCN
và CN với các chủng kháng Carbapenem từ 82,5% đến 84,2%. Tuy nhiên, giá
trị chẩn đoán dương tính không cao (từ 42,1% đến 66,7%). NDM-1 là gen đơn
lẻ (không phải là tổ hợp nhiều gen) có giá trị chẩn đoán chủng K. pneumoniae
kháng Carbapenem với độ đặc hiệu 86,5%; kiểu gen TSCN cho độ đặc hiệu cao
hơn (91,9%), tuy nhiên phải sử dụng cả bốn gen TEM, SHV, CTX-M và NDM-
1 để chẩn đoán.

3.3.3. Liên quan của kiểu gen kháng kháng sinh với đáp ứng điều trị
Kết quả phân tích phần trên cho thấy: gen có liên quan chặt chẽ với
kháng kháng sinh nhóm Cephalosporin là gen CTX-M; với kháng sinh nhóm
Carbapenem là gen NDM-1. Trong thực hành lâm sàng, liệu pháp kháng sinh
dựa trên kết quả cấy khuẩn và kháng sinh đồ (kiểu hình). Như vậy nhóm bệnh
nhân NKH do các chủng vi khuẩn còn nhạy về kiểu hình (ví dụ ESBL âm tính),
thì đáp ứng điều trị có sự khác biệt giữa nhóm mang kiểu gen (CTX-M, NDM-
1) và nhóm không mang gen hay không?
 77

3.3.3.1. Liên quan của kiểu gen CTX-M với đáp ứng điều trị

5/15
p=0,473 p=0,205 p=0,399 p=0,236

11/42
9/35

8/37
10/52

8/45

9/55
7/47
ESBL âm tính Nhạy CTX Nhạy CAZ Nhạy FEP
CTX-M (+) 25,7% 33,3% 21,6% 26,2%
CTX-M (-) 19,2% 17,8% 14,6% 16,4%

Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.

Biểu đồ 3.6. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do các
chủng vi khuẩn còn nhạy với Cephalosporin
4/15

p=0,378 p=0,230 p=0,264 p=0,253

8/35

9/42
7/37
8/52

6/45

7/55
5/48

ESBL âm tính Nhạy CTX Nhạy CAZ Nhạy FEP

CTX-M (+) 22,9% 26,7% 18,9% 21,4%
CTX-M (-) 15,4% 13,3% 10,4% 12,7%

Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.

Biểu đồ 3.7. Phân bố tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân NKH do các chủng vi

khuẩn còn nhạy với Cephalosporin
 78

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH do các chủng không sinh ESBL,
hoặc còn nhạy với Cephalosporin (CTX, CAZ, FEP), tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn
(biểu đồ 3.6) và tỷ lệ tử vong (biểu đồ 3.7) của nhóm NKH do chủng mang gen
CTX-M cao hơn so với nhóm không mang gen CTX-M, tuy nhiên sự khác biệt
này chưa có ý nghĩa thống kê với p > 0,05.

Bảng 3.19. Thời gian cắt sốt ở bệnh nhân NKH do các chủng vi khuản
còn nhạy với Cephalosporin
Thời gian cắt sốt* (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 7,0±4,6 (n=27) 5,2±2,0 (n=44) 0,027
Nhạy CTX 7,8±6,2 (n=11) 15,0±1,9 (n=39) 0,016
Nhạy CAZ 6,1±4,2 (n=30) 4,9±2,0 (n=43) 0,094
Nhạy FEP 6,0±4,0 (n=33) 5,0±2,0 (n=48) 0,138
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian cắt sốt chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH do các chủng không sinh ESBL,
hoặc còn nhạy với Cephalosporin (CTX, CAZ), thời gian cắt sốt trung bình ở
nhóm mang gen CTX-M cao hơn có ý nghĩa so với nhóm không mang gen
CTX-M, với p < 0,05.

Bảng 3.20. Thời gian nằm viện ở bệnh nhân NKH do các chủng vi khuẩn
còn nhạy với Cephalosporin
Thời gian nằm viện* (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 34,6±27,1 (n=27) 16,3±9,8 (n=44) < 0,001
Nhạy CTX 30,6±17,0 (n=11) 15,0±7,6 (n=39) < 0,001
Nhạy CAZ 22,6±15,2 (n=30) 14,8±7,4 (n=43) 0,005
Nhạy FEP 22,8±15,0 (n=33) 16,2±9,1 (n=48) 0,016
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian nằm viện chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.
 79

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH khỏi bệnh, NKH do các chủng
không sinh ESBL, hoặc còn nhạy với Cephalosporin (CTX, CAZ, FEP), số
ngày nằm viện trung bình ở nhóm mang gen CTX-M cao hơn có ý nghĩa so với
nhóm không mang gen CTX-M, với p < 0,05.

3.3.3.2. Liên quan của gen CTX-M với đáp ứng điều trị của bệnh nhân nhiễm
khuẩn huyết do E. coli

3/11
p=0,796 p=0,309 p=0,345 p=0,348

8/37
7/35
4/22

4/26

3/23

4/31
ESBLs âm tính Nhạy với CTX Nhạy với CAZ3/27 Nhạy EFP
CTX-M (+) 18,2% 27,3% 20,0% 21,6%
CTX-M (-) 15,4% 13,0% 11,1% 12,9%

Biểu đồ 3.8. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do các
chủng E. coli còn nhạy với Cephalosporin
6/22

3/11

p=0,070 p=0,052 p=0,058 p=0,131

7/35

7/37
2/26

2/31
1/23

1/27

ESBLs âm tính Nhạy với CTX Nhạy với CAZ Nhạy EFP
CTX-M (+) 27,3% 27,3% 20,0% 18,9%
CTX-M (-) 7,7% 4,3% 3,7% 6,5%

Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.

Biểu đồ 3.9. Phân bố tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân NKH do E. coli còn nhạy
với Cephalosporin
 80

Nhận xét: Trong nhóm bệnh nhân NKH do các chủng E. coli không sinh
ESBL, tỷ lệ sốc và tử vong ở nhóm mang gen CTX-M cao hơn so với nhóm
không mang gen CTX-M (18,2% và 27,3% so với 15,4% và 7,7%), tuy nhiên
sự khác biệt này là chưa có ý nghĩa thống kê với p tương ứng là 0,796 và 0,070.
Tương tự, với nhóm bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết do các chủng E. coli còn
nhạy với CTX, CAZ hoặc FEP ta cũng thấy tỷ lệ sốc và tỷ lệ tử vong cao hơn
ở nhóm bệnh nhân NKH do các chủng E. coli mang gen CTX-M, tuy nhiên
khác biệt này chưa có ý nghĩa thông kê với p > 0,05.

Bảng 3.21. Thời gian cắt sốt ở nhóm NKH do E. coli còn nhạy với
Cephalosporin
Thời gian cắt sốt* (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 5,6±2,8 (n=16) 4,8±1,9 (n=24) 0,274
Nhạy CTX 5,3±1,8 (n=8) 4,7±1,9 (n=21) 0,477
Nhạy CAZ 5,4±2,3 (n=28) 4,5±2,0 (n=26) 0,137
Nhạy FEP 5,3±2,2 (n=30) 4,7±1,9 (n=29) 0,257
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian nằm viện chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH do các chủng E. coli không sinh
ESBL, hoặc còn nhạy với Cephalosporin (CTX, CAZ, FEP), thời gian cắt sốt
trung bình không có sự khác biệt có ý nghĩa giữa nhóm mang gen và nhóm
không mang gen CTX-M, với p > 0,05.
 81

Bảng 3.22. Thời gian nằm viện ở nhóm NKH do E. coli còn nhạy với
Cephalosporin
Thời gian nằm viện* (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 28,3±16,2 (n=16) 14,5±7,0 (n=24) 0,001
Nhạy CTX 24,1±12,2 (n=8) 13,4±5,5 (n=22) 0,002
Nhạy CAZ 19,3±8,8 (n=28) 13,5±5,3 (n=26) 0,005
Nhạy FEP 18,8±7,9 (n=30) 14,7±6,7 (n=29) 0,035
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian cắt sốt chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH khỏi bệnh, NKH do chủng E. coli
không sinh ESBL, hoặc còn nhạy với Cephalosporin thế hệ 3 (CTX, CAZ,
FEP), số ngày nằm viện trung bình ở nhóm mang gen CTX-M cao hơn có ý
nghĩa so với nhóm không mang gen CTX-M, với p < 0,05.

3.3.3.3. Liên quan của gen CTX-M với đáp ứng điều trị của bệnh nhân nhiễm
khuẩn huyết do K. pneumoniae 3/5

p=0,258
2/4

1/2

p=0,314 p=0,311 p=0,075

5/13

6/26

5/22

5/24
4/21

ESBLs âm tính Nhạy với CTX Nhạy với CAZ Nhạy EFP
CTX-M (+) 38,5% 50,0% 50,0% 60,0%
CTX-M (-) 23,1% 22,7% 19,0% 20,8%

Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.

Biểu đồ 3.10. Phân bố tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở bệnh nhân NKH do K.

pneumoniae còn nhạy với Cephalosporin
 82

Nhận xét: Trong nhóm bệnh nhân NKH do K. pneumoniae không sinh
ESBL; tỷ lệ sốc nhiễm khuẩn ở nhóm mang gen CTX-M cao hơn so với nhóm
không mang gen này (38,5% so với 23,1%), sự khác biệt giữa hai nhóm là chưa
có ý nghĩa thống kê với p = 0,314. Kết quả tương tự với nhóm bệnh nhân NKH
do K. pneumoniae còn nhạy với CTX, CAZ hoặc FEP.

Bảng 3.23. Thời gian cắt sốt ở bệnh nhân NKH do K. pneumoniae còn
nhạy với Cephalosporin
Thời gian cắt sốt* (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 9,0±5,9 (n=11) 5,7±2,1 (n=20) 0,031
Nhạy CTX 14,7±9,1 (n=3) 5,4±1,9 (n=17) 0,001
Nhạy CAZ 16,0±12,7 (n=2) 5,4±1,9 (n=17) 0,001
Nhạy FEP 13,3±10,1 (n=3) 5,5±2,0 (n=19) 0,003
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian nằm viện chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH do các chủng K. pneumoniae không
sinh ESBL, hoặc còn nhạy với Cephalosporin (CTX, CAZ, FEP), thời gian cắt
sốt trung bình dài hơn có ý nghĩa ở nhóm mang gen CTX-M so với nhóm không
mang gen này, với p < 0,05.
 83

Bảng 3.24. Thời gian nằm viện ở bệnh nhân NKH do K. pneumoniae còn
nhạy với Cephalosporin
Thời gian nằm viện (ngày)
Kiểu hình (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
CTX-M (+) CTX-M (-) p
ESBL âm tính 43,8±39,9 (n=11) 18,4±12,2 (n=20) 0,008
Nhạy CTX 69,0±1,4 (n=2) 16,9±9,6 (n=17) < 0,001
Nhạy CAZ 69,0±1,4 (n=2) 16,9±9,6 (n=17) < 0,001
Nhạy FEP 62,0±12,2 (n=3) 18,5±11,7 (n=19) < 0,001
Ghi chú: ESBL: Extended spectrum beta-lactamase; CTX: Cefotaxime; CAZ Ceftazidime; EFP Cefepime.
(*) thời gian cắt sốt chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH khỏi bệnh, NKH do chủng E. coli
không sinh ESBL, hoặc còn nhạy với Cephalosporin thế hệ 3 (CTX, CAZ,
FEP), số ngày nằm viện trung bình ở nhóm mang gen CTX-M cao hơn có ý
nghĩa so với nhóm không mang gen CTX-M, với p < 0,05.

45,0%
Tỷ lệ sốc Tỷ lệ tử vong
40,0%
p=0,406 p=0,482 p=0,786 p=0,380
35,0%

30,0%

25,0%
2/5

2/5

20,0%
4/11

15,0%
3/11
8/32
6/26

6/26

7/32

10,0%

5,0%

0,0%
3POS NDM-1 3POS NDM-1
Dương tính 36,4% 40,0% 27,3% 40,0%
Âm tính 23,1% 25,0% 23,1% 21,9%

Biểu đồ 3.11. Phân bố tỷ lệ sốc và tử vong ở bệnh nhân NKH do K.

pneumoniae còn nhạy Carbapenem
 84

Nhận xét: Tỷ lệ sốc và tỷ lệ tử vong của bệnh nhân NKH do K.

pneumoniae còn nhạy với Carbapenem cao hơn ở nhóm mang kiểu gen 3-POS
hoặc NDM-1 so với nhóm không mang các kiểu gen này. Tuy nhiên sự khác
biệt này là chưa có ý nghĩa thống kê với p giao động 0,380 đến 0,786.

Bảng 3.25. Thời gian cắt sốt ở nhóm NKH do K. pneumoniae còn nhạy
với Carbapenem
Thời gian cắt sốt* (ngày)
Kiểu gen (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
Dương tính Âm tính p
3-POS 9,6±6,4 (n=8) 5,5±2,0 (n=20) 0,013
NDM-1 5,7±1,5 (n=3) 6,8±4,4 (n=25) 0,674
Ghi chú: (*) thời gian cắt sốt chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH khỏi bệnh, NKH do K. pneumoniae
còn nhạy với Carbapenem, thời gian cắt sốt trung bình ở nhóm mang kiểu gen
3-POS dài hơn có ý nghĩa so với nhóm không mang kiểu gen này với p = 0,013.

Bảng 3.26. Thời gian nằm viện ở nhóm NKH do K. pneumoniae còn nhạy
với Carbapenem
Thời gian nằm viện* (ngày)
Kiểu gen (Trung bình ± độ lệch chuẩn (số lượng))
Dương tính Âm tính p
3-POS 43,8±23,2 (n=8) 17,9±11,7 (n=20) 0,001
NDM-1 61,0±10,8 (n=3) 20,9±15,4 (n=25) < 0,001
Ghi chú: (*) thời gian nằm viện chỉ tính ở nhóm bệnh nhân khỏi bệnh.

Nhận xét: Trong số bệnh nhân NKH khỏi bệnh, NKH do K. pneumoniae
còn nhạy với Carbapenem, số ngày nằm viện trung bình ở nhóm mang kiểu gen
3-POS hoặc NDM-1 cao hơn có ý nghĩa so với nhóm không mang kiểu gen
tương ứng với p < 0,01.
 85

Chương 4: BÀN LUẬN

Đặc điểm chung

4.1.1. Đặc điểm lâm sàng

Các nghiên cứu trên thế giới cho thấy không có sự khác biệt có ý nghĩa
về đặc điểm giới liên quan đến NKH, nhưng có sự khác nhau giữa các khu vực
và đối tượng nghiên cứu. Nghiên cứu của chúng tôi gặp tỷ lệ nam gặp 60,9%
với nhóm NKH do E. coli và 74,0% với NKH do K. pneumoniae. Nghiên cứu
về NKH của Vũ Quốc Đạt và cộng sự (2017) gặp chủ yếu là nam với tỷ lệ
72,3% [43]. Nghiên cứu quan sát đa trung tâm tại khu vực Đông Nam Á về
NKH tỷ lệ nam và nữ tương ứng là 57% và 43% [7]. Các báo cáo về NKH ở
các khu vực khác nhau trên thế giới cho kết quả khác nhau. Một nghiên cứu từ
Li Băng về NKH gặp 51,5% nam và 48,5% nữ [138]. Nghiên cứu khác từ
Hungary gặp nữ nhiều hơn nam với tỷ lệ tương ứng là 57% và 43% [50].

Tuổi trung bình trong nghiên cứu của chúng tôi là 62,3±16,5 tuổi, trong
đó 62,3±16,2 tuổi với nhóm NKH do E. coli và 62,0±17,2 tuổi với nhóm NKH
do K. pneumoniae. Kết quả này phù hợp với các báo cáo về nhiễm khuẩn huyết
trong khu vực cũng như từ các nước đang phát triển. Một nghiên cứu tại Li
Băng gặp độ tuổi trung bình là 70,1 ± 16,8 tuổi [138]. Phân tích đa trung tâm ở
ba nước Đông Nam Á gặp 35% bệnh nhân ≥ 60 tuổi và 33% từ 40 đến dưới 60
tuổi [7], một bệnh viện tại Hà Nội (2017) ghi nhận tuổi trung bình ở bệnh nhân
NKH là 48 tuổi [43].

Nhiễm khuẩn huyết thường gặp ở bệnh nhân cao tuổi đồng thời có bệnh
lý nên gây tình trạng suy giảm miễn dịch như tiểu đường, tăng huyết áp, xơ
gan, ung thư. Nghiên cứu của chúng tôi gặp 54,0%-63,5% bệnh nhân có bệnh
lý mạn tính, trong đó bệnh lý thường gặp là ung thư, tăng huyết áp, đái tháo
đường. Giữa nhóm nhiễm khuẩn huyết do E. coli và K. pneumoniae không có
 86

sự khác biệt phân bố các bệnh lý nền, mặc dù bệnh lý ung thư gặp tỷ lệ cao hơn
ở nhóm NKH do E. coli (30,4%) so với nhóm do K. pneumoniae (16,0%). Các
bệnh lý mạn tính thường khác nhau giữa các khu vực do đặc điểm xã hội, đặc
điểm bệnh lý khác nhau và đặc điểm thu dung ở các bệnh viện cũng khác nhau.
Dagher GA và cộng sự (2015) gặp bệnh lý nền: tăng huyết áp, đái tháo đường,
bệnh lý mạch vành, suy tim, bệnh phổi mạn tính với tỷ lệ lần lượt tương ứng là
58,8%; 34,0%; 25,8%; 16,9% và 10,3% [138]. Nghiên cứu quan sát đa trung
tâm tại hàn Quốc (2012) ghi nhận bệnh lý nền thường gặp ở bệnh nhân NKH
nặng và sốc nhiễm khuẩn là bệnh lý tim mạch (37,6%), bệnh rối loạn chuyển
hóa (28,1%), bệnh lý hệ thần kinh trung ương (14,3%) và bệnh lý ung thư
(14,7%) [139]. Vũ Quốc Đạt và cộng sự thông bào về NKH tại Bệnh viện Bệnh
Nhiệt đới Trung ương (2017) gặp bệnh lý gan, đái tháo đường, bệnh thận mạn
tính, nhiễm HIV, sử dụng corticoid kéo dài và nghiện rượu với tỷ lệ tương ứng
là 14,3%; 7,1%; 1,9%; 6,3%; 1,7% và 14% [43]. Có sự khác biệt này do đặc
thù thu dung bệnh nhân của từng đơn vị điều trị.

Khảo sát các ổ nhiễm khuẩn tiên phát trong NKH là một trong những
khuyến cáo cần làm trong những giờ đầu, giúp các bác sĩ lâm sàng định hướng
tác nhân và sử dụng kháng sinh phù hợp cũng như can thiệp sớm giải quyết các
ổ nhiễm khuẩn [107]. Nghiên cứu của chúng tôi gặp 83,5% - 86,0% bệnh nhân
có ổ nhiễm khuẩn tiên phát. NKH do E. coli có ổ nhiễm khuẩn tiên phát từ
nhiễm khuẩn tiết niệu cao hơn so với K. pneumoniae (34,8% so với 12,0%);
trong khi đó NKH do K. pneumoniae có ổ nhiễm khuẩn tiên phát từ đường hô
hấp gặp cao hơn NKH do E. coli (24,0% so với 7,0%). Báo cáo về NKH tại
Hungary (2019) ghi nhận ổ nhiễm khuẩn tiên phát từ nhiễm khuẩn tiết niệu,
nhiễm khuẩn ổ bụng và nhiễm khuẩn hô hấp với tỷ lệ tương ứng là 24,8%;
24,3% và 13,1% [50]. Nghiên cứu quan sát tại 12 bệnh viện đại học ở Hàn Quốc
(2012) gặp ổ nhiễm khuẩn tiên phát từ nhiễm khuẩn ổ bụng, nhiễm khuẩn tiết
 87

niệu và nhiễm khuẩn hô hấp với tỷ lệ tương ứng là 24,2%; 26,4% và 30,2%;
trong đó nhiễm khuẩn tiết niệu gặp ở nữ nhiều hơn ở nam, nhiễm khuẩn hô hấp
gặp ở nam nhiều hơn ở nữ [139]. Nghiên cứu tại Italy của Mario Tumbarello
và cộng sự (2006) về nhiễm khuẩn huyết do K. pneumoniae gặp 53,1% số ca
bệnh có ổ nhiễm khuẩn tiên phát, trong đó nhiễm khuẩn tiết niệu (39,7%),
nhiễm khuẩn hô hấp (25,6%), nhiễm khuẩn từ catheter trung tâm (11,5%) và
nhiễm trùng đường mật (6,4%) [140].

Bệnh nhân NKH do E. coli và K. pneumoniae thường diễn biến cấp tính.
Vì vậy, bệnh nhận nhập viện sớm, ngày bệnh trung bình khi nhập viện trong
nghiên cứu của chúng tôi là 2,7 ± 2,1 ngày. Đa số bệnh nhân có biểu hiện sốt
cao (61,2%) và sốt có cơn rét run (51,5%). Nguyễn Trọng Chính ghi nhận
60,2% bệnh nhân NKH do E. coli có cơn rét run và 84,9% bệnh nhân có sốt
cao [68]. Nguyễn Thị Ngọc Thảo và cộng sự (2013) ghi nhân điểm SOFA trung
bình 10,6 ± 3,6 điểm [141]. Kết quả này cao hơn trong nhiên cứu của chúng tôi
(3,44 ± 3,06), do đối tượng nghiên cứu của tác giả Thảo là nhóm bệnh nhân
NKH tại đơn vị hồi sức tích cực.

4.1.2. Đặc điểm cận lâm sàng

Bệnh nhân NKH thường có biểu hiện xét nghiệm sinh hóa và huyết học
đa dạng, tùy thuộc vào khả năng đáp ứng miễn dịch của cơ thể. Mô tả kinh điển
trong y văn với tình trạng nhiễm khuẩn vẫn là biểu hiện tăng bạch cầu trung
tính, tăng các marker viêm như pro-calcitonin, tăng lactat máu hay biểu hiện
của toan chuyển hóa [107]. Trong nghiên cứu của chúng tôi đều có biểu hiện
tăng bạch cầu máu ngoại vi với chủ yếu là bạch cầu trung tính, tăng pro-
calcitonin và lactat máu. Nghiên cứu của Dagher G.A và cộng sự (2015) về
NKH gặp biểu hiện tăng bạch cầu (19,5 ± 3,3 G/L), tăng lactat máu (3,8 ± 3,5
mmol/L) và pH máu động mạch trung bình 7,36 ± 0,13 [138]. Phạm Thị Ngọc
Thảo (2013) nghiên cứu về NKH tại đơn vị hồi sức tích cực bệnh viện Chợ Rẫy
 88

gặp số lượng bạch cầu trung bình 18,1 ± 13,2 G/L với nhóm tử vong và 20,6 ±
14,2 G/L với nhóm sống; pro-calcitonin 54,4 ± 91,4 ng/L với nhóm tử vong và
42,5 ± 109,8 ng/L với nhóm sống và lactat máu động mạch 4,76 ± 3,87 mmol/L
với nhóm tử vong và 3,62 ± 2,34 mmol/L với nhóm sống [141]; cao hơn so với
nghiên cứu của chúng tôi. Nghiên cứu này có kết quả cao hơn của chúng tôi do
đối tượng bệnh nhân lựa chọn đều là bệnh nhân nặng phải điều trị tại đơn vị hồi
sức nên có pro-calcitonin và lactat máu đều cao hơn. Các báo cáo cho thấy có
biểu hiện rối loạn động máu ở mức độ khác nhau ở bệnh nhân NKH. Chúng tôi
ghi nhận 13,9% bệnh nhân có giảm tiểu cầu dưới 50 G/L và 37,2% có giảm
Prothrombin < 70%. Ngoài ra chúng tôi cũng ghi nhân bệnh nhân có tổn thương
thận (25,5% bệnh nhân có tăng Creatinin máu), tổn thương gan (11,5% có có
tăng SGOT; 6,1% có tăng SGPT ≥ 200UI/L và 61,6% có tăng bilirubin toàn
phần) và giảm Albumin máu.

4.1.3. Đáp ứng điều trị

Mặc dù trong thập niên vừa qua đã có nhiều tiến bộ trong cấp cứu và
điều trị bệnh nhân NKH và sốc nhiễm khuẩn, tuy nhiên tỷ lệ tử vong của NKH
và sốc nhiễm khuẩn không giảm và NKH vẫn là thách thức với hệ thống chăm
sóc y tế toàn cầu. Tỷ lệ tử vong của NKH dao động tùy từng trung tâm và tình
trạng bệnh nhân khi nhập viện. Nghiên cứu ở Anh trong 10 năm (2001-2010)
gặp tỷ lệ tử vong liên quan đến NKH là 7% [142]. Phân tích đa trung tâm tại
Đông Nam Á gặp tỷ lệ tử vong 28 ngày là 2% ở trẻ em và 13% ở người lớn [7].
Trong khi đó các báo cáo khác gặp tỷ lệ tử vong cao hơn. Báo cáo tại 12 bệnh
viện đại học tại Hàn Quốc trong giai đoạn 2005-2009 về NKH gặp tỷ lệ sốc
nhiễm khuẩn là 62,1%; tỷ lệ tử vong trong 28 ngày là 23,0%; tỷ lệ tử vong bệnh
viện là 28,0% [139]. Nghiên cứu khác tại Hàn Quốc về NKH do các chủng
Enterobacteriaceae kháng Carbapenem (2016) gặp tỷ lệ tử vong là 23,8%
[143]. Nghiên cứu của chúng tôi cho thấy tỷ lệ bệnh nhân sốc và tử vong lần
 89

lượt là 20,0% và 18,2%. Tỷ lệ sốc và tử vong của bệnh nhân NKH do K.

pneumoniae tương ứng là 28% và 24%, cao hơn so với nhóm do E. coli là
16,5% và 15,7%. Các nghiên cứu khác gặp tỷ lệ tử vong tương tự như tác giả
Vũ Quốc Đạt và cộng sự (2017) gặp tỷ lệ tử vong do NKH tại Bệnh viện Bệnh
nhiệt đới Trung ương là 28,9%; trong đó tỷ lệ tử vong do nhiễm khuẩn bệnh
viện là 36,4% và tỷ lệ tử vong do Enterobacteriaceae là 34,7% [43]. Mario
Tumbarello và cộng sự (2006) nghiên cứu về NKH do K. pneumoniae ở Italy
gặp tỷ lệ tử vong 21 ngày là 37%, trong đó 52% với K. pneumoniae sinh ESBL
và 29% với K. pneumoniae không sinh ESBL [140]. Một báo cáo đơn trung
tâm về NKH do E. coli trên bệnh nhân ung thư cho thấy tỷ lệ bệnh nhân sốc
nhiễm khuẩn và tử vong lần lượt tương ứng là 14,2% và 21,9% [144]. Một chỉ
số khác có thể đánh giá đáp ứng điều trị trong thực hành lâm sàng là thời gian
cắt sốt. Sốt là một triệu chứng phổ biến ở bệnh nhân NKH, là một biểu hiện của
đáp ứng viêm hệ thống của cơ thể với vi khuẩn. Khi bệnh nhân bắt đầu cắt sốt,
thể hiện đáp ứng tốt trên lâm sàng của bệnh nhận với các biện pháp điều trị.
Chúng tôi ghi nhận thời gian cắt sốt trung bình 6,7 ± 3,8 ngày với K.
pneumoniae và 5,2 ± 2,5 ngày với E. coli.

Nhiễm khuẩn huyết là một trong những bệnh gây tốn kém về chi phí điều
trị và vẫn là gánh nặng với hệ thống chăm sóc y tế [3]. Trong nghiên cứu này,
chúng tôi không đánh giá được cụ thể chi phí chăm sóc y tế và khó để so sánh
chi phí giữa các trung tâm do sự khác nhau về giá thành chăm sóc y tế. Vì vậy
chúng tôi gián tiếp đánh giá qua thời gian nằm viện điều trị trung bình ở nhóm
bệnh nhân khỏi bệnh là 22,6 ± 17,7 ngày; trong đó thời gian nằm viên của nhóm
NKH do K. pneumoniae (29,2 ± 26,5 ngày) và E. coli (19,9 ± 11,9 ngày).
Nghiên cứu ở Italy về NKH do K. pneumoniae có kết quả tương tự với thời
gian nằm viện trung bình 22 ± 11 ngày với nhóm sinh ESBL và 16 ± 5 ngày
với nhóm không sinh ESBL [140]. Nghiên cứu đa trung tâm tại Hàn Quốc về
 90

NKH (2012) có kết quả tương tự với thời gian nằm viện trung bình là 25,5 ±
34,5 ngày với nhóm sống sót và 21,1 ± 45,7 ngày với nhóm tử vong [139]. Báo
cáo về NKH ở Li Băng (2015) có thời gian nằm viện ngắn hơn với thời gian
trung bình 13,8 ± 13,6 ngày [138].

Đặc điểm kháng kháng sinh và phân bố gen mã hóa beta-lactamase

4.2.1. Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam

4.2.1.1. Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam của E. coli

Các thông báo về E. coli kháng kháng sinh trong khu vực và ở Việt Nam
đều cho thấy tỷ lệ cao các chủng sinh ESBL cũng như kháng kháng sinh nhóm
Cephalosporin, tuy nhiên chúng còn nhạy cảm với kháng sinh nhóm
Carbapenem. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cho thấy tỷ lệ chủng E. coli
sinh ESBL là 58,3%, kết quả này tương tự với kết quả của nghiên cứu đa trung
tâm năm 2014 tại Trung Quốc với tỷ lệ sinh ESBL là 55,5% [145]. Khảo sát đa
trung tâm khu vực Châu Á Thái Bình Dương từ 2010 đến 2013, các chủng E.
coli sinh ESBL phân lập được ở bệnh nhân nhiễm trùng ổ bụng gặp tỷ lệ cao
nhất ở Trung Quốc (66,6%) tiếp theo đến Thái Lan (49,8%) và Việt Nam
(47,6%) [10]. Các kết quả khác ở Việt Nam cho kết quả tương tự: Vũ Quốc Đạt
và cộng sự (2017) cho thấy tỷ lệ E. coli gây NKH có sinh ESBL là 50,0% [43].
Báo cáo giám sát kháng kháng sinh của 16 bệnh viện trong nước cho thấy các
chủng E. coli kháng Cefotaxime là 56% [21]. Phân tích tổng hợp của Suwantara
và cộng sự (2016) cho thấy tỷ lệ chủng E. coli sinh ESBL là 55,1% [20]. Tuy
nhiên, các nghiên cứu đến từ các nước phát triển cho thấy tỷ lệ thấp chủng E.
coli sinh ESBL. Khảo sát trong năm năm (2007-2011) ở Canada, tập trung vào
các chủng phân lập trên lâm sàng, ghi nhận tỷ lệ chủng E. coli sinh ESBL là
4,2% [90]. Nghiên cứu khác ở Thụy Điển cho thấy tỷ lệ E. coli sinh ESBL tăng
dần qua các năm từ 2% năm 2007; 3% năm 2009 tăng lên 4% năm 2011 [91].
 91

Sự khác biệt này phụ thuộc vào điều kiện kinh tế xã hội cũng như chương trình
kiểm soát sử dụng kháng sinh và kháng kháng sinh ở các quốc gia phát triển và
đang phát triển. Sử dụng kháng sinh phổ rộng ở Thụy Điển [146] là rất hạn chế
và có chính sách tốt nhằm cải thiện sử dụng kháng sinh hợp lý thông qua các
hướng dẫn thực hành lâm sàng trong hệ thông y tế tại Canada [147]. Trái với
điều đó, việc sử dụng kháng sinh ở các nước đang phát triển, trong đó có Việt
Nam là phổ biến, đặc biệt là sử dụng các kháng sinh phổ rộng như
Cephalosporin thế hệ 3 và 4, đồng thời tỷ lệ cao các đơn sử dụng kháng sinh cả
trong và ngoài bệnh viện là chưa thật hợp lý [74], [148].

Tình hình kháng kháng sinh trong nước và các nước trong khu vực gặp
tỷ lệ cao các chủng E. coli kháng với Cephalosphorin và còn nhạy cảm cao với
các kháng sinh có chất ức chế beta-lactamase. Kết quả nghiên cứu của chúng
tôi cho thấy, tỷ lệ các chủng E. coli gây NKH kháng với AM, CTX, CAZ, và
FEP tương ứng là 94,8%; 70,4%; 45,2% và 25,7%. Các chủng E. coli còn nhạy
cảm cao với TZP (80,9%). Nghiên cứu công bố 2014 về kháng kháng sinh của
các chủng phân lập từ nhiễm khuẩn ổ bụng ở Việt Nam cho thấy tỷ lệ các chủng
E. coli kháng cao với CTX (54,2%), CAZ (35,6%), FEP (45,9%) và còn nhạy
cao với TZP (92,1%) [76]. Báo cáo năm 2017 tại Hà Nội ghi nhận các chủng
E. coli sinh ESBL gây NKH, kháng với nhóm kháng sinh Cephalosporin và
Carbapenem tương ứng là 45,0% và 0,8% [43]. Cùng năm 2017 một nghiên
cứu từ phía Nam Việt Nam cho kết qủa tương tự với tỷ lệ các chủng E. coli gây
NKH kháng cao với các kháng sinh tương ứng là CTX (45,6%), CAZ (45,2%),
FEP (40,2%) và có tỷ lệ kháng thấp với các kháng sinh AMC (18,0%) và TZP
(5,4%) [23]. Các khảo sát về sử dụng kháng sinh ở Việt Nam cho thấy các
kháng sinh nhóm Cephalosporin được sử dụng khá phổ biến tại các cơ sở y tế
[148]. Tại bệnh viện của chúng tôi hai nhóm kháng sinh được sử dụng phổ biến
nhất để điều trị các nhiễm khuẩn là nhóm Cephalosporin và đó là một trong
 92

những nguyên nhân các chủng vi khuẩn phân lập được có tỷ lệ kháng cao với
nhóm kháng sinh này.

Các chủng E. coli thuộc hệ vi khuẩn thường trú trong hệ thống tiêu hóa,
đồng thời là tác nhân phổ biến gây nhiễm khuẩn tiết niệu, nhiễm khuẩn tiêu hóa
và NKH ở người. Các chủng vi khuẩn E. coli đa kháng thuốc đã và đang trở
thành vấn đề đáng lo ngại với tỷ lệ không ngừng gia tăng cả các chủng thường
trú cũng như các chủng gây bệnh trên người [149]. Carbapenem là nhóm kháng
sinh phổ rộng và là nhóm kháng sinh quan trọng dùng để điều trị các nhiễm
khuẩn do vi khuẩn Gram âm đa kháng; tuy nhiên, bệnh lý nhiễm khuẩn do các
chủng Enterobacteriaceae kháng nhóm kháng sinh Carbapenem được ghi nhận
và có xu hướng tăng lên trong những năm 2000 [150], [151]. Các chủng
Enterobacteriaceae kháng Carbapenem thường kháng với hầu hết các nhóm
kháng sinh khác, vì vậy điều trị các nhiễm khuẩn do các chủng vi khuẩn này
thường có tiên lượng xấu và trở thành một thách thức với các nhà lâm sàng và
kiểm soát nhiễm khuẩn [152]. Nghiên cứu SMART về giám sát các chủng
kháng kháng sinh ở khu vực cho thấy: tỷ lệ các chủng E. coli không còn nhạy
cảm với Ertapenem và Imipenem ở Việt Nam trong giai đoạn 2009-2011 là 1%
và 0,6% [76]. Tỷ lệ các chủng E. coli không còn nhạy với ETP là 3/115 (0,3%);
100% các chủng được khảo sát đều còn nhạy với IPM và MEM. Kết quả này
tương tự với kết quả nghiên cứu của Nguyễn Phú Hương Lan và cộng sự (2017)
về các kháng kháng sinh của các chủng gây NKH tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới
Thành phố Hồ Chí Minh cho thấy các chủng kháng với các kháng sinh ETP và
MEM với tỷ lệ tương ứng là 1,1% và 0,2% [23]. Nghiên cứu về dịch tễ học
kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn Gram âm phân lập được từ những
bệnh nhân nhiễm khuẩn ổ bụng ở khu vực Châu Á-Thái bình dương trong giai
đoạn 2010-2013 ghi nhận các chủng E. coli còn nhạy cao với ETP và IPM; tỷ
lệ nhạy cảm với của các chủng E. coli không sinh ESBL từ nguồn nhiễm khuẩn
 93

cộng đồng và nhiễm khuẩn bệnh viện với ETP; IPM lần lượt tương ứng là
99,7% và 99,0%; 99,7% và 99,2%; tỷ lệ này tương ứng ở các chủng E. coli sinh
ESBL là 96,7% và 95,6%; 99,1% và 98,7% [10]. Trong khi đó nghiên cứu tại
Italy khảo sát các chủng vi khuẩn gây NKH trong 9 năm (2007-2015) gặp 100%
các chủng E. coli đều còn nhạy với kháng sinh ETP và MEM [12].

4.2.1.2. Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam của K. pneumoniae

Các chủng K. pneumoniae kháng kháng sinh là một trong những tác nhân
chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện và NKH. Năm 2017 Tổ chức Y tế Thế giới
đã xếp K. pneumoniae sinh ESBL là một trong các chủng đa kháng thuốc ngang
hàng các chủng Acinetobacter baumanii và Pseudomonas aeruguinosa đa
kháng thuốc. Một khảo sát ở Mỹ trong giai đoạn 2000-2015 cho kết quả là tỷ
lệ cao K. pneumoniae sinh ESBL và không ngừng gia tăng [153], dao động phụ
thuộc vào từng khu vực, vùng lãnh thổ khác nhau. Somily A.M (2014) và cộng
sự khảo sát về kháng kháng sinh tại một bệnh viện trung tâm của Saudi Arabia
cho thấy tỷ lệ chủng K. pneumoniae sinh ESBL từ 3,4% năm 2006 tăng lên
6,3% năm 2010 [154]. Kết quả của chúng tôi gặp tỷ lệ chủng K. pneumoniae
sinh ESBL gây NKH là 22,0%; tương tự các báo cáo về kháng kháng sinh trong
khu vực Châu Á-Thái bình dương (2017) trong nhiễm khuẩn ổ bụng, tỷ lệ chủng
K. pneumoniae sinh ESBL là 24,3%; trong đó cao nhất là Thái Lan (36,5%) và
Việt Nam (30,4%) [10]. Nghiên cứu đa trung tâm tại Trung Quốc trong giai
đoạn 2013-2014, trong các chủng K. pneumoniae gây NKH, tỷ lệ sinh ESBL là
16,5% [145]; kết quả này tương tự với một báo cáo về kháng kháng sinh trong
giai đoạn 2008-2015 tại Italy, gặp tỷ lệ các chủng K. pneumoniae sinh ESBL là
18,4% [12]. Các phân tích về kháng kháng sinh ở các khu vực có tỷ lệ kháng
kháng sinh thấp gặp tỷ lệ K. pneumoniae sinh ESBL dao động 5,5% ở Saudi
Arabia (2006-2010) [154], 16,5% ở Nepal (2011-2012) [155]; 1,5% năm 2007
và 4,0% năm 2011 tại Canada [90]; 12,3% tại một bệnh viện trung tâm ở Hà
 94

Nội (2011-2013); phụ thuộc vào các chương trình kiểm soát sử dụng kháng
sinh cũng như chính sách về kiểm soát kháng thuốc của từng khu vực cũng như
thời gian thực hiện nghiên cứu.

Kết quả nghiên cứu cho thấy các chủng K. pneumoniae kháng với AM,
AMC, TZP, CAZ, CTX và FEP với tỷ lệ tương ứng là 84,0%; 50,0%; 44,0%;
54,0%; 48,0% và 29,2%. Nghiên cứu KARMS (2013-2015) tại Hàn Quốc tỷ lệ
chủng K. pneumoniae kháng với CTX (38% - 41%) và FEP (33% - 41%) tương
ứng với năm 2013 - 2015 [156]. Báo cáo SMART (2009-2011) về kháng kháng
sinh với các chủng gây nhiễm khuẩn ổ bụng, tỷ lệ các chủng K. pneumoniae
kháng với CTX, CAZ, FEP lần lượt tương ứng là 41,1%; 28,7%; 34,1% và còn
nhạy cao với TZP (82,9%) [76]. Nghiên cứu hồi cứu đa trung tâm giai đoạn
2014-2016 tại Trung Quốc cho thấy, tỷ lệ kháng kháng sinh của các chủng K.
pneumoniae gây NKH tương ứng là AM (100%), AMC (23,6%), CTX (42,9%),
CAZ (27,2%), FEP (29,4%), TZP (16,1%) [157]. Nghiên cứu tại Bệnh viện
Bệnh nhiệt đới Trung ương (2017) gặp tỷ lệ các chủng K. pneumoniae kháng
với các nhóm kháng sinh với tỷ lệ thấp hơn so với nghiên cứu của chúng tôi: tỷ
lệ kháng với nhóm Cephalosporin, Aminoglycoside và Fluoroquinolon tương
ứng là 14,3%; 13,0% và 8,4% [43]. Kết quả tương tự ở Bệnh viện Bệnh nhiệt
đới Thành phố Hồ Chí Minh (2017) gặp chủng K. pneumonia gây NKH kháng
với CTX (15,6%), CAZ (14,9%), FEP (11,7%); còn nhạy cao với TZP với tỷ lệ
là 94,8% [23]. Báo cáo giám sát kháng kháng sinh tại 16 bệnh viện trong nước
gặp các chủng K. pneumonie phân lập được từ máu và dịch não tủy kháng với
CTX với tỷ lệ 53% [21].

Tỷ lệ các chủng K. pneumoniae kháng Carbapenem được ghi nhận là

không ngừng gia tăng trên thế giới, một nghiên cứu tại Rome, tỷ lệ các chủng
K. pneumoniae sinh enzyme carbapenemase tăng từ 4,2% năm 2007 đến 51,6%
năm 2015 [12]. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi gặp 13/50 (26%) các chủng
 95

K. pneumoniae gây NKH không còn nhạy cảm với các kháng sinh nhóm
Carbapenem. Báo cáo đa trung tâm về các chủng K. pneumoniae phân lập được
từ máu và dịch não tủy có tỷ lệ kháng IPM là 18% [21]. Nghiên cứu SMART
(2018) về các nhiễm khuẩn ổ bụng trong giai đoạn 2008-2014 cho thấy các
chủng K. pneumoniae không còn nhạy với ETP gặp với tỷ lệ là 40,9% [158].
Li và cộng sự (2019) ghi nhận ở Trung Quốc giai đoạn 2014-2018, tỷ lệ kháng
Carbapenem của K. pneumoniae phân lập được từ các đơn vị hồi sức tích cực
là 48,1% [159]. Các báo cáo khác trong khu vực và trên thế giới gặp tỷ lệ chủng
K. pneumoniae kháng Carbapenem thấp hơn. Nghiên cứu KARMS (2013-
2015) tại Hàn Quốc gặp tỷ lệ chủng K. pneumoniae kháng Carbapenem < 0,1%
năm 2013 và 2% năm 2015 [156]. Nghiên cứu đa trung tâm giai đoạn 2014-
2016 tại Trung Quốc gặp tỷ lệ chủng K. pneumoniae gây NKH kháng với IPM
(11,8%) và MEM (13,6%) [157]. Một phân tích tông hợp về các chủng vi khuẩn
Gram âm đa kháng thuốc tại các nước Đông Nam Á cho thấy: tỷ lệ các chủng
Enterobacteriaceae kháng Carbapenem ở Thái lan, Philippine, Singapore và
Việt Nam lần lượt tương ứng là 0,4%; 2,9%; 4,2% và 5,6% [20]. Báo cáo về
tác nhân và kháng thuốc tại Bệnh việt Bệnh nhiệt đới Trung ương (2017) và
Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh (2017) gặp tỷ lệ chủng
kháng Carbapenem trong các chủng K. pneumoniae gây NKH tương ứng là
1/131 (0,8%) [43] và 3/154 (1,9%) [23].

4.2.2. Phân bố các gen mã hóa beta-lactamase

4.2.2.1. Phân bố gen mã hóa beta-lactamase của E. coli

Có hơn 300 subtype của các họ gen mã hóa sinh ESBL đã được ghi nhận
[160]. Tuy nhiên có ba họ gen quan trọng mã hóa sinh ESBL là họ gen TEM,
họ gen SHV và họ gen CTX-M [161]. Mặc dù rằng được khám phá muộn hơn
họ gen TEM và SHV, họ gen CTX-M đóng vai trò quan trọng trong vấn đề
khảo sát sự xuất hiện kháng thuốc, dịch tễ học cũng như cơ chế lan truyền kháng
 96

thuốc của các chủng Enterobacteriaceae [15]. Nghiên cứu của chúng tôi ghi
nhận tỷ lệ cao các chủng E. coli mang gen TEM (58,3%) và CTX-M (69,6%),
tuy nhiên chỉ gặp một chủng mang gen SHV chiếm 0,9%. Chúng tôi không ghi
nhận các chủng E. coli gây NKH mang gen VEB, PER và GES. Các báo cáo
trong khu vực và ở Việt Nam về cơ chế phân tử của kháng kháng sinh của các
chủng E. coli gặp chủ yếu là gen CTX-M và TEM, gặp tỷ lệ thấp các chủng
mang gen SHV. Báo cáo ở Thái Lan (2008) gặp tỷ lệ phân bố các gen TEM,
CTX-M và SHV ở các chủng E. coli sinh ESBL lần lượt tương ứng là 77,0%;
99,6% và 3,8% [162]. Nguyễn Phú Hương Lan và cộng sự khảo sát kiểu gen
của các chủng E. coli sinh ESBL gây NKH tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Thành
phố Hồ Chí Minh trong giai đoạn 2011 đến 2013, cho thấy tỷ lệ các chủng
mang gen TEM, CTX-M và SHV tương ứng là 44,6%; 95,9% và 2,8% [23].
Nghiên cứu khác từ Iran về cơ chế kháng kháng sinh của các chủng E. coli gây
nhiễm khuẩn tiết niệu ở trẻ em gặp tỷ lệ các chủng mang gen TEM, CTX-M và
SHV lần lượt là 54,2%; 88,1% và 15,3% [163]. Các nghiên cứu gặp tỷ lệ chủng
mang gen CTX-M dao động từ 88,1% đến 99,6%; cao hơn trong nghiên cứu
của chúng tôi (69,3%) do các nghiên cứu chỉ khảo sát các gen này trên các
chủng sinh ESBL. Một nghiên cứu tiến cứu đa trung tâm tại 28 Bệnh viện ở
Trung Quốc trong giai đoạn 2013-2014 cho thấy CTX-M là gen chính được
phát hiện ở các chủng E. coli và K. pneumoniae gây NKH, trong đó chủ yếu
gặp CTX-M-14 với tỷ lệ 42,4% [145].

Nhiều họ gen mã hóa sinh enzym carbapenemase đã được xác định ở

trên các chủng Enterobacteriaceae; trong đó các gen phổ biến được xác định
là KPC thuộc phân lớp A; NDM-1, VIM, IMP thuộc phân lớp B và OXA-48
thuộc phân lớp D theo phân loại Ambler [16]. Phân bố cơ chế kháng
Carbalenem phụ thuộc vào từng vùng địa lý. Kết quả khảo sát gen mã hóa sinh
carbapenemase ở các chủng E. coli gây NKH chúng tôi ghi nhận tỷ lệ chủng
 97

mang gen NDM-1 và VIM tương ứng là 7,8% và 4,3%; chúng tôi không phát
hiện các chủng mang gen KPC, IMP và OXA-48. Trong nghiên cứu SMART
(2008-2014) khảo sát các gen mã hóa sinh carbapenemase của các chủng
Enterobacteriaceae không còn nhạy với Ertapenem cho thấy các gen thường
gặp là NDM, KPC và OXA-48; các chủng được khảo sát trong nghiên cứu này
chủ yếu từ Philippine và Việt Nam [158]. Một nghiên cứu khác từ Việt Nam
cho thấy các chủng Enterobacteriaceae mang gen NDM-1 gặp phổ biến ở bệnh
nhân nhập viện cũng như phát hiện trong môi trường tại một bệnh viện ngoại
khoa ở Việt Nam [26]. Khảo sát trong năm 2015 về tác nhân cũng như cơ chế
kháng kháng sinh của nhiễm khuẩn vết mổ các tác giả ghi nhận các chủng mang
gen NDM-1 và OXA-58 mà không ghi nhận các chủng mang gen KPC [136].
Nghiên cứu về các chủng E. coli kháng Carbapenem tại Myanmar xác định các
plasmid mang họ gen NDM được xác định gồm các plasmid mang gen NDM-
1; NDM-4 hoặc NDM-7; NDM-4 hoặc NDM-5; NDM-5 và các gen này được
phân lập từ các chủng lâm sàng [164]. Ya-Ting Chang (2019) khảo sát các
chủng E. coli không còn nhạy với Carbapenem trong giai đoạn 2012-2015 tại
Đài Loan cho thấy NDM-1 là gen chính mã hóa sinh carbapenemase, ngoài ra
có cơ chế kháng do kết hợp gen CMY-2 và biểu hiện các gen ompF và ompC
gây mất kênh porin [165].

Các chủng E. coli thuộc hệ vi khuẩn thường trú ở đường ruột, đồng thời
cũng là tác nhân gây bệnh thường gặp. Các chủng E. coli đa kháng thuốc đã trở
thành một trong những tác nhân gây bệnh cảnh nhiễm khuẩn nặng cũng như
lan truyền tính đa kháng [149]. Dưới áp lực của dùng phối hợp các nhóm kháng
sinh trên lâm sàng và khả năng lan truyền dễ dàng các vật liều di truyền gen
(mobile genetic element), chủng E. coli mang plasmid đa kháng thuốc thường
mang đồng thời nhiều họ gen kháng kháng sinh. Nghiên cứu của chúng tôi gặp
36,5% chủng E. coli mang đồng thời hai gen TEM + CTX-M; chúng tôi không
 98

gặp chủng E. coli mang đồng thời ba gen TEM, SHV và CTX-M. Zhang Q và
cộng sự (2019) nghiên cứu về các chủng E. coli gây NKH ở bệnh nhân ung thư
gặp 42,2% chủng mang đồng thời hai gen TEM-52 và CTX-M-15; nhóm
nghiên cứu gặp 05 chủng mang đồng thời 3 gen SHV-12, TEM-52 và CTX-M-
15 [144]. Kết quả tương tự với nghiên cứu của Lin CF và cộng sự (2010) về
gen mã hóa sinh ESBL tại một bệnh viện trung tâm ở Đài Loan cho thấy 40,6%
chủng E. coli mang đồng thời hai hoặc nhiều hơn các gen mã hóa sinh ESBL
[166]. Denisuik và cộng sự (2013) khảo sát cơ chế phân tử của các E. coli sinh
ESBL tại Canada gặp 73,6% các chủng mang ít nhất hai gen mã hóa sinh beta-
lactamase [90]. Khảo sát 1124 chủng E. coli mang gen CTX-M ở Trung Quốc
trong giai đoạn 2011-2012, gặp 10 chủng mang gen SHV (trong đó 07 chủng
SHV-12 và 03 chủng SHV-5) [167]. Sugawara và cộng sự (2017) nghiên cứu
đặc trưng phân tử của các chủng E. coli kháng Carbapenem ở Myanmar cho
thấy các chủng đều mang nhiều nhóm gen kháng kháng sinh trên các plasmid
có mang sẵn gen NDM được khảo sát, trong đó đều mang gen sinh các beta-
lactamases (ngoài NDM), gen kháng Quinolone và Tetracycline [164].

4.2.2.2. Phân bố gen mã hóa beta-lactamase của K. pneumoniae

Kháng sinh Cephalosporin phổ rộng được sử dụng rộng rãi điều trị các
bệnh lý nhiễm khuẩn, đặc biệt ở các cơ sở y tế các nước đang phát triển như ở
Việt Nam [140], [148]. Chủng K. pneumoniae sinh ESBL được ghi nhận đầu
tiên vào năm 1983 [168], sau đó được ghi nhận trên toàn thế giới, mặc dù những
đặc trưng về kiểu gen, kiểu hình và tỷ lệ lưu hành phụ thuộc vào từng vùng địa
lý. Các enzyme đầu tiên là sản phẩm của các đột biến họ gen TEM và SHV.
Một họ gen khác được xác định và sau đó lan truyền trên toàn thế giới là
Cefotaximase (CTX-M), đóng vai trò quan trong trong khảo sát dịch tễ cũng
như cơ chế kháng trong lâm sàng [15].
 99

Khảo sát 50 chủng K. pneumoniae phân lập từ mẫu máu bệnh nhân NKH
với 6 họ gen mã hóa sinh ESBL, chúng tôi thấy rằng tỷ lệ các chủng mang gen
TEM, SHV, CTX-M và VEB tương ứng là 46,0%; 84,0%; 46,0% và 10,0%;
không có chủng nào mang gen PER và GES. Nghiên cứu SMART (2016) khảo
sát các gen kháng kháng sinh của các chủng gây nhiễm khuẩn ổ bụng và nhiễm
khuẩn tiết niệu trong giai đoạn 2008-2014 cho thấy, tỷ lệ các chủng K.
pneumoniae mang gen CTX-M-15 cao 89,8% và 100% tương ứng ở New
Zealand và Kazakhstan; tỷ lệ các chủng này mang gen CTX-M-15; CTX-M-14
và SHV-12 ở Việt Nam lần lượt là 48,0%; 20,6% và 15,7%; tỷ lệ ở các nước
Đông Nam Á tương ứng là Philipines (74,6%; 0,8% và 13,6%); Singapore
(75,7%; 5,4% và 6,8%) và Thái Lan (73,1%; 11,5% và 12,8%) [169]. Trước đó
nghiên cứu SMART (2014) về các chủng vi khuẩn gram âm gây nhiễm khuẩn
ổ bụng tại Việt Nam giai đoạn 2009-2011 cho thấy tỷ lệ các chủng K.
pneumoniae mang gen SHV-5, CTX-M-14, CTX-M-15, CTX-M-24, CTX-M-
27 tương ứng là 5,3%; 10,5%; 42,1%; 5,3%; 15,8% [76]. Denisuik A.J và cộng
sự (2013) báo cáo về đặc trưng phân tử trong năm năm 2007-2011 ở Canada
của các chủng K. pneumoniae sinh ESBL cho thấy: 66,7% chủng mang họ gen
CTX-M, 41,7% mang gen TEM-1; 35,4% mang gen SHV-1 và 41,7% mang
gen OXA-1 [90]. Báo cáo phân tích tổng hợp ở Iran cho thấy, tỷ lệ các chủng
K. pneumoniae mang gen TEM, SHV, CTX-M và VEB tương ứng từ 12,3%;
23,3%; 15,2% và 0% trong giai đoạn 2000-2009 tăng lên 25,2%; 24,0%; 28,1%
và 8,3% trong giai đoạn 2010-2018 [170]. Một báo cáo khác tại Trung Quốc
(2016) về các chủng gây NKH cho thấy các chủng K. pneumoniae gặp chủ yếu
mang họ gen CTX-M, trong đó CTX-M-14 và CTX-M-15 hay gặp nhất, CTX-
M-55 gặp chủ yếu khu vực phía Đông và phía Bắc, trong khi đó CTX-M-27
gặp ở khu vực Tây Nam Trung Quốc mà không gặp ở các khu vực khác [161].
Các báo cáo khác cho thấy ho gen CTX-M trở thành họ gen quan trọng và phổ
biến trong khu vực Đông Nam Á [20].
 100

Gen NDM được ghi nhận và báo cáo lần đầu tiên năm 2009 ở chủng K.
pneumoniae phân lập được từ một bệnh nhân người Thụy Điển, người đã nhận
chăm sóc y tế từ Ấn Độ [171]. Chủng K. pneumoniae kháng Carbapenem mang
gen KPC đầu tiên được ghi nhận vào những năm 1990 tại Bắc Carolina, Mỹ
[95], sau đó đã được ghi nhận ở các chủng gram âm khác và lan rộng khắp khu
vực ở Mỹ và các nước châu Âu [172]. Các gen mã hóa các enzyme
carbapenemases quan trọng khác bao gồm gen OXA-48 và các gen thuộc phân
nhóm metalo-beta-lactamases (MBLs) như NDM, VIM, IMP và các họ gen này
phân bố rải rác trên toàn thế giới [173], [174]. Một báo cáo tổng hợp về dịch tễ
học và đặc trưng phân tử của các họ gen mã hóa sinh carbapenemases cho thấy
họ gen OXA (gồm OXA-23, OXA-40, OXA-58) thường gặp ở các chủng A.
baumannii, trong khi đó cơ chế kháng Carbapenem của các chủng P.
aeruginosa được ghi nhận là gen thuộc phân lớp MBL (IMP, VIM) và cơ thế
thay đổi kênh porin kết hợp với bơm đẩy và tăng biểu hiện enzyme ampC-
betalactamase [20]. Giữa các chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem,
gen NDM được ghi nhận ở nhiều nước và đóng vai trò chính trong cơ chế kháng
Carbapenem ở khu vực Đông Nam Á [20], [175]. Các gen khác thuộc họ MBLs
(IMP, VIM) và cả họ OXA đã được ghi nhận ở một vài quốc gia. Các chủng
mang gen KPC không phổ biến ở khu vực Đông Nam Á, được chính thức báo
cáo tại Singapore và Thái Lan [176], [177], mặc dù chúng được ghi nhận phổ
biến ở Bắc Mỹ và Châu Âu [172]. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cũng cho
kết quả tương tự với gen NDM-1 chiếm chủ yếu. Trong 50 chủng K.
pneumoniae phân lập được từ bệnh nhân NKH có 12 chủng (24%) mang gen
NDM-1, 6 chủng (12%) mang gen VIM, 1 chủng mang gen KPC và 1 chủng
mang gen OXA-48; không ghi nhận các chủng mang gen IMP, SMP, AIM và
OXA-58. Kết quả nghiên cứu của Kollenda (2019) về khảo sát các gen kháng
Carbapenem cho thấy OXA-48 và NDM là cơ chế kháng Carbapenem chính tại
Tunisia: trong số 170 chủng K. pneumoniae kháng với Ertapenem được khảo
 101

sát có 133/170 (48,2%) chủng mang gen OXA-48, 14/170 (8,2%) chủng mang
gen NDM và 3/170 (1,8%) chủng mang gen VIM, không phát hiện các chủng
mang gen IMP và KPC [178]. Nghiên cứu khác tại Iran về các chủng K.
pneumoniae có 8/110 (7,3%) chủng kháng Imipenem, PCR xác định 6/8 chủng
mang gen NDM-1, không phát hiện các chủng mang gen VIM, IMP, OXA-48
và KPC [179]. Trong khi đó nghiên cứu đa trung tâm tại Châu Âu (Nghiên cứu
EuSCAPE -2016) cho thấy trong số các chủng K. pneumoniae kháng
Carbapenem, các chủng mang gen KPC chiếm tỷ lệ cao nhất 379/850 (45%),
tiếp theo là các chủng mang gen OXA-48 (38%); NDM-1 (12%) và VIM
(7,0%) [96]. Nghiên cứu CANWARD (2013) tại Canada ghi nhận 01 chủng K.
pneumoniae kháng Carbapenem có mang gen KPC-3 [90].

Cho đến nay, các chúng vi khuẩn kháng thuốc đều mang các gen kháng
kháng sinh trên plasmid, qua quá trình lan truyền, tiếp hợp, tải nạp, các chủng
vi khuẩn có thể mang nhiều gen kháng kháng sinh, cả cùng nhóm gen hoặc
khác nhóm gen, qua đó tạo ra các chủng đa kháng thuốc [9]. Nghiên cứu của
chúng tôi ghi nhận 9/50 (18,0%) chủng K. pneumoniae mang cả 04 gen NDM-
1, TEM, CTX-M và SHV; 19/50 (38,0%) mang 03 gen TEM, SHV và CTX-
M; 24/50 (48,0%) mang gen ít nhất hai trong ba gen TEM, SHV và CTX-M.
Nghiên cứu về dịch tễ học phân tử tại Đài Loan (2010) cho thấy tỷ lệ các chủng
K. pneumoniae mang ít nhất hai họ gen mã hóa sinh ESBL là 72,7% [166], cao
hơn trong nghiên cứu của chúng tôi (48,2%), điều này do tỷ lệ kháng thuốc cao
ở đơn vị được khảo sát (97% các chủng K. pneumoniae sinh ESBL) [166].
Denisuik và cộng sự (2013) khảo sát cơ chế phân tử của các K. pneumoniae
sinh ESBL tại Canada gặp 83,3% các chủng mang ít nhất hai gen mã hóa sinh
beta-lactamase [90]. Nghiên cứu về các chủng Enterobacteriaceae kháng
Cephalosporin phổ rộng ở Hàn Quốc gặp các chủng K. pneumoniae mang đồng
thời họ gen CTX-M và họ gen DHA, cụ thể có 01 chủng mang gen CTX-M-
 102

14, CTX-M-15 và gen DHA-1; 01 chủng mang gen SHV-28 và gen CMY-2 +
DHA-1; 04 chủng mang gen SHV-12 và DHA-1 [180].

Các nghiên cứu về dịch tễ học phân tử cho thấy các chủng trên lâm sàng
kháng Carbapenem, đặc biệt ở khu vực Châu Á-Thái bình dương có cơ chế
phân tử là NDM-1, một trong những enzyme carbapenemases thuộc nhóm
MBLs; enzyme này có khả năng thủy phân phổ rộng các beta-lactam, bao gồm
Penicillin, Cephalosporin và Carbapenem [173]. Vì vậy, để đánh giá các chủng
kháng với Cephalosporin, chúng tôi phân nhóm các chủng mang gen NDM-1
hoặc một trong các gen mã hóa sinh ESBL (TEM, SHV hoặc CTX-M), từ đó
tìm hiểu mối liên quan với kiểu hình kháng kháng sinh. Nghiên cứu của chúng
tôi cho thấy tỷ lệ các chủng mang một trong các gen: NDM-1 hoặc TEM (NoT),
NDM-1 hoặc CTX-M (NoC), NDM-1 hoặc SHV (NoS), TEM hoặc CTX-M
(ToC) lần lượt tương ứng là 48%; 50%; 88% và 50%.

Liên quan giữa kiểu gen mã hóa beta-lactamase với kiểu hình kháng
kháng sinh của vi khuẩn và đáp ứng điều trị

4.3.1. Liên quan kiểu gen và kiểu hình kháng kháng sinh
Cơ chế đề kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn bao gồm thay đổi
đích tác động của kháng sinh, giảm tính thấm màng tế bào, hệ thống bơm đẩy
và quan trọng nhất là sinh các enzyme phân hủy các kháng sinh. Tính đề kháng
kháng sinh của vi khuẩn đều có nguồn gốc ở gen [9]. Gen kháng kháng sinh
được sử dụng phổ biến trong nghiên cứu xuất hiện cơ chế kháng mới cũng như
sự lan truyền các chủng kháng thuốc [15]. Tuy nhiên không phải tất cả các
chủng mang gen kháng kháng sinh đều được biểu hiện ra kiểu hình, vì vậy sử
dụng gen kháng thuốc trong định hướng điều trị trên lâm sàng còn hạn chế
[126]. Biểu hiện kiểu hình và mức độ biểu hiện kiểu hình kháng kháng sinh phụ
thuộc vào chức năng của từng họ gen, các subtype cũng như quá trình điều hòa
 103

mức độ biểu hiện của các gen và cơ chế điều hóa của các vùng tiền gen cũng
như các đột biến ở các vùng điều hòa này [181]. Trong nghiên cứu này, sau khi
khảo sát phân bố các gen mã hóa sinh beta-lactamases của các chủng nghiên
cứu, chúng tôi phân tích mối tương quan của kiểu gen (phân tích từng gen cũng
như kết hợp giữa các gen) với kiểu hình kháng kháng sinh (từng kháng sinh cụ
thể). Đánh giá phân bố của các kiểu gen ở nhóm nhạy và không nhạy với từng
kháng sinh, từ đó lựa chọn kiểu gen phù hợp có khả năng dự đoán kiểu hình.

Các enzyme beta-lactamases phổ rộng và carbapenemases được định

nghĩa là enzyme được sản xuất bởi các vi khuẩn và có khả năng thủy phân các
Cephalosporin phổ rộng hoặc Carbapenem. Chúng giúp các vi khuẩn chống lại
tác dụng của các kháng sinh beta-lactam phổ rộng như CTX, CAZ, Oxymino-
monobactam hoặc các kháng sinh nhóm Carbapenem, tuy từng loại enzyme
[16], [161]. Nhóm enzyme ESBL chính gồm TEM, SHV và CTX-M: TEM-
beta-lactamases, khởi đầu là TEM-1 và TEM-2 chỉ có chức năng kháng với các
kháng sinh nhóm penicillin, TEM-3 được phát hiện trên các chủng K.
pneumoniae tại Pháp từ năm 1984 và có khả năng kháng lại Cefotaxim; cho
đến nay đã có hơn 100 subtype của TEM và chúng chủ yếu được phát hiện trên
các chủng E. coli và K. pneumoniae; tuy nhiên đến nay chúng được phát hiện
trên hầu hết các chủng vi khuẩn đường ruột và một số chủng vi khuẩn Gram
âm khác. SHV-beta-lactamases được phát hiện lần đầu tiên trên các chủng lâm
sàng năm 1997, phần lớn các chủng mang gen SHV trên các plasmid và
enzymes này khởi đầu có tác dụng ly giải Ceftazidime và những đột biến của
các biến thể sau này giúp enzyme có tác dụng cả trên Cefotaxime. CTX-M-
beta-lactamase được phát hiện đầu tiên vào những năm 2000, enzymes này có
chức năng ly giải Cephalothin tốt hơn benzyl-penicillin và tốt hơn Ceftazidime;
một vài subtype của CTX-M có khả năng kháng Aztreonan và Cefepime [160],
[161]. Mặt khác các chủng mang các gen mã hóa sinh carbapenemase thường
 104

là các chủng đa kháng [16]. Chúng tôi phân tích liên quan giữa các chủng mang
kiểu gen phổ biến hoặc giữa các chủng mang một trong các gen kháng
Carbapenem hoặc Cephalosporin phổ rông liên quan đến biểu hiện kiểu hình
kháng kháng sinh trên kháng sinh đồ.

4.3.1.1. Liên quan kiểu gen với kiểu hình kháng beta-lactam của E. coli

Các chủng E. coli có kiểu gen TEM, CTX-M, TC, 1-POS, 2-POS, ToC,
NoT và NoC, có tỷ lệ phân bố cao. Phân tích phân bố của các gen này ở các
chủng nhạy và không nhạy với kháng sinh nhóm Penicillin và Cephalosporin
chúng tôi thấy rằng: Với kháng sinh nhóm Cephalosporin các chủng mang gen
CTX-M và các chủng mang kiểu gen NoC có tỷ lệ phân bố cao hơn có ý nghĩa
ở nhóm không nhạy so với nhóm còn nhạy với Cephalosporin (bảng 3.7 và 3.8).
Cụ thể, với kiểu hình sinh ESBL, tỷ lệ chủng mang kiểu gen CTX-M và NoC
tương ứng là 86,6% và 89,6%; cao hơn có ý nghĩa so với phân bố hai kiểu gen
này ở chủng không sinh ESBL (tương ứng 45,8% và 45,8%) với p= 0,001. Kết
quả cũng cho thấy kiểu gen kết hợp của CTX-M với các gen khác như TC, 1-
POS, 2-POS cũng phân bố cao hơn ở nhóm sinh ESBL hoặc nhóm không nhạy
với cefotaxime. Tuy nhiên, kiểu gen TC và 2-POS có tỷ lệ phân bố thấp ở nhóm
sinh ESBL (46,3% và 46,3%) cũng như ở nhóm không nhạy với Cefotaxime
(45,7% và 45,9%), còn kiểu gen 1-POS lại có tỷ lệ phân bố cao ở nhóm không
sinh ESBL (83,3%) và nhóm nhạy Cefotaxime (79,4%). Vì vậy chúng tôi
không sử dụng các kiểu gen nay để phân tích giá trị chẩn đoán kiểu hình.

Các nghiên cứu trên thế giới về gen kháng kháng sinh chủ yếu là các
nghiên cứu về cơ chế phân tử kháng kháng sinh cũng như tìm hiểu về dịch tễ
học phân tử và cơ chế lan truyền các kháng kháng sinh nên chủ yếu mô tả phân
bố kiểu gen trên những chủng đã có biểu hiện kiểu hình (các chủng có ESBL
dương tính); các nghiên cứu đều gặp tỷ lệ phân bố cao của gen CTX-M ở nhóm
bệnh nhân này [149]. Nghiên cứu phân bố gen cơ chế phân tử của các chủng E.
 105

coli sinh ESBL ở Trung Quốc cho thấy: 96,2% các chủng E. coli mang gen
CTX-M, trong đó các subtype thường gặp là CTX-M-14, CTX-M-15 và CTX-
M-55 [167]. Chong Y và cộng sự (2011) nghiên cứu về đặc điểm dịch tễ của
các chủng E. coli sinh ESBL ở Nhật Bản gặp khoảng 90% các chủng mang gen
CTX-M, trong đó CTX-M-9 chiếm ưu thế [182]. Báo cáo tượng tự ở Thái Lan
(2008) gặp tỷ lệ mang gen CTX-M trong số các chủng E. coli sinh ESBL là
99,6%, trong đó chủ yếu là các subtype CTX-M-14, -15, -27, -40 và -55 [162].

Trong nghiên cứu của chúng tôi có 03 chủng E. coli không còn nhạy cảm
với Ertapenem, tuy nhiên vẫn nhạy cảm với Imipenem và Meropenem. Cả ba
chủng này đều không mang các gen mã hóa sinh enzyme carbapenemase được
khảo sát. Các nghiên cứu cũng chỉ ra rằng ngoài cơ chế sinh enzyme thủy phân
Carbapenem, các chủng E. coli còn cơ chế khác kháng Carbapenem như tăng
mức độ biểu hiện của các gen mã hóa sinh ESBL hoặc AmpC kết hợp với các
đột biến mất kênh porins hoặc đột biến làm tăng hoạt tính của các bơm đẩy
(efflux pumps) [16], đây là những cơ chế kháng không nằm trong nghiên cứu
này. Kết quả của nghiên cứu về cơ chế phân tử của các chủng E. coli không còn
nhạy với Carbapenem, các tác giả ghi nhận cơ chế kết hợp CMY-2 và mất kênh
porin (OmpF và OmpC) là cơ chế kháng phổ biến ở các chủng không còn nhạy
cảm với Carbapenem, trong khi đó 17/18 chủng E. coli kháng với tất cả các
kháng sinh nhóm Carbapenem được xác định là các chủng sinh enzyme
carbapenemase [165].

4.3.1.2. Liên quan kiểu gen mã hóa beta-lactamse với kiểu hình kháng beta-
lactam của các chủng K. pneumoniae

Tương tự như các chủng E. coli, các chủng K. pneumoniae có sự phân

bố kiểu gen CTX-M và NoC cao hơn có ý nghĩa ở nhóm không nhạy với kháng
sinh Cephalosporin và Penicillin so với nhóm nhạy. Cụ thể, tỷ lệ mang gen
CTX-M và NoC ở các chủng K. pneumoniae sinh ESBL (90,9% và 100%) cao
 106

hơn có ý nghĩa so với chủng không sinh ESBL (33,3% và 35,9%) với p = 0,001.
Ngoài ra, khác với các chủng E. coli, các chủng K. pneumoniae có sự phân bố
của kiểu gen TEM, ToC, NoT khác biệt có ý nghĩa giữa nhóm nhạy và không
nhạy với kháng sinh Cephalosporin và Penicillin. Phân bố gen SHV và tổ hợp
gen SHV với các gen khác (1-POS, NoS) không có sự khác biệt ở nhóm nhạy
và không nhạy với kháng sinh nhóm Penicillin và Cephalosporin (bảng 3.10;
3.11; 3.12). Mặc dù kiểu gen 2-POS cũng cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa giữa
nhóm có kiểu hình không nhạy và nhạy với Cephalosporin và Penicillin. Tuy
nhiên, kiểu gen kết hợp này không có sự khác biệt về phân bố so với kiểu gen
đơn là TEM hay CTX-M. Vì vậy chúng tôi không sủ dụng kiểu gen 2-POS cho
phân tích chẩn đoán kiểu hình.

Tương tự như E. coli, các nghiên cứu về cơ chế phân tử của K.

pneumoniae chủ yếu mô tả đặc trưng phân tử của các chủng K. pneumoniae
sinh ESBL mà không đánh giá tỷ lệ các chủng mang gen nhưng có kiểu hình
âm tính. Denisuik và cộng sự (2013) nghiên cứu về dịch tễ học phân tử của các
chủng K. pneumoniae phân lập được từ các bệnh viện ở Canada trong 5 năm
(2007-2011) gặp 66,7% các chủng mang gen CTX-M [90]. Nghiên cứu phân
tích tổng hợp của Eskandari (2018) về chủng K. pneumoniae mang gen CTX-
M tại Iran gặp tỷ lệ dao động 7,7% đến 100%, trung bình 56,7% [183]. Nghiên
cứu SMART (2017) gặp các chủng K. pneumoniae sinh ESBL mang gen CTX-
M-15, CTX-M-14 và SHV-12 với tỷ lệ tương ứng là 57,0%; 11,7% và 14,6%;
trong đó tỷ lệ chủng K. pneumoniae sinh ESBL mang gen CTX-M-15 cao nhất
gặp ở Kazakhstan (100%), tiếp đến là Newzealand (89,8%), Thái Lan (73,1%);
cũng trong nghiên cứu này tỷ lệ tương ứng ở Việt Nam là 48,0% [169].

Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cũng cho thấy trong 13 chủng không
còn nhạy cảm với Carbapenem có 7/13 (53,8%) các chủng mang gen NDM-1,
cao hơn có ý nghĩa so với nhóm còn nhạy với Carbapenem 5/37 (13,5%) với p
 107

= 0,005. Trong số đó có 6 chủng mang đồng thời ca 4 gen sinh beta-lactamase

(TEM, SHV, CTX-M và NDM-1). Trong 6 chủng mang gen VIM, không có
chủng nào kháng với Carbapenem. Tỷ lệ các chủng kháng Carbapenem mang
các kiểu gen 3-POS, 2-POS và TSCN tương ứng là 61,5%; 76,9% và 46,2%.
Nghiên cứu về xác định cơ chế phân tử kháng Carbapenem của các chủng K.
pneumoniae tại Iran (2019) cho thấy 6/8 (75%) các chủng kháng Carbapenem
mang gen NDM-1 [179]. Các nghiên cứu cho thấy các chủng kháng
Carbapenem thường là các chủng đa kháng thuốc nên chúng thường mang đa
gen kháng kháng sinh.

4.3.2. Giá trị chẩn đoán của gen khảo sát với kiểu hình kháng kháng sinh
Cho đến nay, kháng sinh đồ dựa trên kết quả nuôi cấy và định danh vi
khuẩn vẫn là tiêu chuẩn vàng trong định hướng sử dụng kháng sinh trong thực
hành lâm sàng. Tuy nhiên dựa vào kết quả nuôi cấy dương tính và đòi hỏi ít
nhất 48 đến 72 giờ để có kết quả kháng sinh đồ. Các xét nghiệm về gen kháng
kháng sinh có thể được thực hiện trong vòng vài giờ và là giải pháp khả thi có
giá trị định hướng trong sử dụng kháng sinh trên lâm sàng [184], đặc biệt là với
bệnh lý nặng đòi hỏi sử dụng kháng sinh ngay và phù hợp như là NKH và sốc
nhiễm khuẩn. Thêm vào đó, phương pháp phân tử được sử dụng như một
phương pháp bổ sung cho các các phương pháp xác định kiểu hình, tuy nhiên,
ở một số trung tâm được sử dụng thay thế phương pháp xác định kiểu hình do
nhanh hơn, độ chính xác của phương pháp phụ thuộc vào cơ chế phân tử của
chủng kháng kháng sinh [184]. Các phương pháp phân tử được sử dụng trong
các nghiên cứu để xác định kiểu hình kháng kháng sinh hiện nay bao gồm PCR
xác định gen kháng thuốc, DNA Microarrays, giải trình tự bộ gen (WGS),
MALDI-TOF MS, trong các phương pháp trên WGS được các tác giả mô tả
như một phương pháp có độ chính xác cao, tuy nhiên vấn đề phức tạp của công
nghệ cũng như giá thành là một rào cản trong việc ứng dụng trong thực tế [19],
 108

[185]. Một số nghiên cứu cho thấy sự thay đổi một số gen kháng thuốc của các
chủng vi khuẩn có thể tiên đoán biểu hiện kiểu hình kháng kháng sinh [186].
Nghiên cứu của chúng tôi khu trú vào các chủng vi khuẩn E. coli và K.
pneumoniae gây nên bệnh cảnh NKH ở Việt Nam, nơi nằm trong vùng dịch tễ
lưu hành tỷ lệ cao các chủng vi khuẩn kháng thuốc và đa kháng thuốc. Mục
đích nghiên cứu này là sử dụng phương pháp đơn giản, giá thành phù hợp (PCR)
để xác định các gen kháng kháng sinh và lựa chọn các gen phù hợp có khả năng
ứng dụng trên lâm sàng và cung cấp thêm một công cụ cho các nhà lâm sàng
đưa ra quyết định sử dụng kháng sinh.

4.3.2.1. Giá trị các gen mã hóa beta-lactamase trong chẩn đoán kiểu hình
kháng beta-lactam của các chủng E. coli

Trong nghiên cứu của chúng tôi với các chủng E. coli, gen CTX-M có
giá trị chẩn đoán kiểu hình ESBL, kháng CTX, CAZ, FEP với độ nhạy lần lượt
86,6%; 85,2%; 84,9%; 90,2%; tuy nhiên độ đặc hiệu không cao với giá trị lần
lượt 54,2%; 67,6%; 43,5% và 45,6%. Điều này được giải thích với hai lý do:
một là cơ chế điều hòa các gen do vùng tiền gen hoặc tác động qua lại các gen
làm một số chủng dù mang các gen này nhưng không có biểu hiện kiểu hình
[187]; hai là trong họ gen CTX-M có rất nhiều các kiểu gen và mỗi kiểu gen lại
có mức độ biểu hiện kiểu hình khác nhau [15]. Với gen TEM có độ nhạy và độ
đặc hiệu thấp trong chẩn đoán kháng kháng sinh nhóm Cephalosporin. Trong
nghiên cứu của chúng tôi, thiết kế mồi phát hiện gen TEM để phát hiện họ gen
này mà không phân biệt các dưới type của gen này. Trong khi đó gen TEM có
rất nhiều các dưới type với chức năng khác nhau: TEM-1 và TEM-2 thuộc dưới
nhóm 2b beta-lactamases có khả năng thủy phân kháng sinh nhóm Penicillin
và Cephalosporin thế hệ 1,2 (như Cephaloridine và Cephalothin) và bị ức chế
mạnh bởi Clavulanic acid và Tazobactam; TEM-30, TEM-31, TEM-50 là các
gen mã hóa beta-lactamases có khả năng kháng với Clavulanic acid và là các
 109

cephalosporinase phổ rộng [160]. Khi sử dụng phối hợp gen NDM-1 và CTX-
M trong chẩn đoán kháng kháng sinh nhóm Cephalosporin là tăng độ nhạy của
chẩn đoán, tuy nhiên sự khác biệt là không có ý nghĩa thống kê. Nghiên cứu
của Gregory H. Tyson và cộng sự (2015) sử dụng phương pháp giải trình tự
toàn bộ hệ gen của E. coli, với trên 30 gen và các điểm đột biến kháng thuốc
nhằm tiên đoán kiểu hình kháng thuốc của các chủng vi khuẩn này cho thấy
kiểu gen kháng thuốc có giá trị tiên đoán kiểu hình với độ nhạy 99,6% và độ
đặc hiệu 97,8% [18]; cũng trong nghiên cứu này các tác giả cho thấy mỗi liên
quan chặt chẽ giữa kiểu gen và kiểu hình kháng kháng sinh nhóm Tetracyclines,
Quinolons và Phenicols, tuy nhiên với kháng sinh nhóm Aminoglycoside chưa
cho thấy mỗi liên quan rõ ràng giữa kiểu gen và kiểu hình. Nghiên cứu
PRIMERS I và II (2016) cho thấy xét nghiệm gen mã hóa enzyme beta-
lactamases có giá trị xác định độ nhạy hoặc kháng trên 95% các trường hợp;
cũng trong nghiên cứu này các tác giả cho thấy giá trị tiên đoán độ nhạy với
Ceftazidime và Imipenem là trên 95% các trường hợp, tuy nhiên giá trị tiên
đoán kháng với Ceftazidime là 69-73% và Imipenem là 41-50% [188]. Một
nghiên cứu khác sử dụng phương pháp giải trình tự toàn bộ bộ gen đánh giá giá
trị tiên đoán kiểu hình kháng kháng sinh tại Đan Mạch cho thấy mỗi tương quan
cao (99,7%) giữa kiểu gen và tiên đoán kiểu hình nhạy với kháng sinh [189].

4.3.2.2. Giá trị các gen mã hóa beta-lactamase trong chẩn đoán kiểu hình
kháng beta-lactam của các chủng K. pneumoniae

Khác với các chủng E. coli, với các chủng K. pneumoniae trong nghiên
cứu của chúng tôi, cả gen TEM và gen CTX-M đều có giá trị chẩn đoán kiểu
hình kháng kháng sinh nhóm Cephalosporin với độ nhạy cao từ 74,1% đến
100% khi kết hợp các gen này hoặc với gen NDM-1; tuy nhiên độ đặc hiệu dao
động từ 64,1% với kiểu hình sinh ESBL đến 91,3% với kiểu hình kháng CAZ
(bảng 3.16). Với kiểu hình nhạy và kháng với AMC và TZP, các gen TEM,
 110

CTX-M và kiểu gen kết hợp có độ đặc hiệu 80,8% đến 95,5%; trong khi đó độ
nhạy dao động 71,4% đến 87,5% (bảng 3.17). Giá trị chẩn đoán kiểu hình của
gen TEM và CTX-M là không có sự khác biệt. Nghiên cứu của G. Terrance
Walker và cộng sự (2019) về tiên đoán kiểu hình kháng kháng sinh từ gen
kháng thuốc của 1974 chủng K. pneumoniae cho thấy: với kháng sinh nhóm
Cephalosporin (Cefotaxime, Ceftriaxone, Ceftazidime, Cefepime) giá trị tiên
đoán dương tính 95-98%, tuy nhiên giá trị tiên đoán âm tính chỉ dao động 55-
57% [17]. Một nghiên cứu đánh giá sử dụng phương pháp giải trình tự toàn bộ
bộ gen (WGS) trong xác định kháng beta-lactam phổ rộng của các chủng vi
khuẩn Gram âm gây bệnh so sánh với với dự liệu sử dụng trên lâm sàng (vi
sinh lâm sàng) và sử dụng phương pháp vi pha loãng (Broth Microdilution) làm
chuẩn cho thấy: độ nhạy; độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương tính và giá trị tiên
đoán âm tính của phương pháp WGS lần lượt là 87%; 98%; 97% và 91%; cao
hơn so với phương pháp vi sinh lâm sàng tương ứng là 82%; 95%; 92% và 88%
[19]. Điều này cho thấy độ chính xác cao của WGS trong tiên đoán các chủng
kháng kháng sinh là rất tốt và hứa hẹn việc ứng dụng phương pháp phân tử
trong định hướng sử dụng kháng sinh trên lâm sàng. Tuy nhiên, các nghiên cứu
trên đều sử dụng giải trình tự toàn bộ bộ gen là kỹ thuật hiện đại, tiên tiến nhưng
còn phức tạp, thời gian cho kết quả dài và khó ứng dụng trong thực tế lâm sàng,
đặc biệt ở các nước đang phát triển. Mặt khác với bệnh lý nhiễm khuẩn nặng
như NKH chúng ta có thể sử dụng các xét nghiệm có độ nhạy cao và cho kết
quả sớm nhằm có định hướng sử dụng kháng sinh trong lâm sàng và bổ sung
cho cấy máu và kháng sinh đồ kinh điển vẫn sử dụng trong thực hành lâm sàng
như một tiêu chuẩn vàng.

Trong nghiên cứu của chủng tôi, tỷ lệ các chủng K. pneumoniae không
còn nhạy với Carbapenem là cao (26%), gen NDM-1 có giá trị chẩn đoán các
chủng kháng Carbapenem với độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương tính
 111

và giá trị tiên đoán âm tính tương ứng là 53,8%; 86,5%; 58,3% và 84,2%. Qua
kết quả của bảng 3.18 cho thấy rằng nếu sử dụng gen NDM-1, hoặc tổ hợp các
gen (3-POS, TSCN, CN, NoC) cho giá trị tiên đoán âm tính dao động 82,5%
đến 92%; tuy nhiên giá trị tiên đoán dương tính chỉ dao động 42,1 đến 66,7%.

4.3.3. Liên quan của kiểu gen mã hóa beta-lactam với đáp ứng điều trị
Báo cáo về sử dụng kháng sinh tại Việt Nam cũng như thực tế sử dụng
kháng sinh tại Bệnh viện TWQĐ 108, Cephalosporin là nhóm được sử dụng
đầu tay và phổ biến để điều trị các bệnh lý nhiễm khuẩn, đặc biệt với NKH
[148]. Trong thực hành lâm sàng, bệnh nhân NKH sẽ được điều trị kháng sinh
theo kinh nghiệm khi nhập viện, sau đó được chuyển liệu pháp kháng sinh theo
kháng sinh đồ (khi có kết quả cấy khuẩn và kháng sinh đồ) [107], [190]. Như
vậy với nhóm mà kháng sinh đồ còn nhạy với Cephalosporin thế hệ 3 thường
được điều trị bằng kháng sinh nhóm này mà chưa sử dụng đến Carbapenem.
Mặt khác, kết quả phân tích phần trên cho thấy rằng, vẫn còn nhiều chủng mang
gen CTX-M nhưng chưa có biểu hiện kiểu hình (độ nhạy cao, nhưng độ đặc
hiệu còn chưa cao). Như vậy, với nhóm NKH do các chủng còn nhạy
Cephalosporin thì nhóm mà các chủng vi khuẩn có mang gen CTX-M có sự
khác biệt về đáp ứng điều trị so với nhóm không mang gen CTX-M không? Kết
quả cho thấy rằng, trong nhóm bệnh nhân còn nhạy với Cephalosporin trên
kháng sinh đồ, đáp ứng điều trị của nhóm có mang gen CTX-M là kém hơn so
với nhóm không mang gen CTX-M (tỷ lệ sốc, tỷ lệ tỷ vong đều cao hơn và thời
gian cắt sốt, số ngày nằm điều trị kéo dài hơn) (biểu đồ 3.6 và 3.7; bảng 3.19
và 3.20). Kết quả tương tự khi phân tích với từng chủng vi khuẩn: với E. coli,
(biểu đồ 3.8 và 3.9; bảng 3.21 và 3.22) và với K. pneumoniae (biểu đồ 3.10;
bảng 3.23 và 3.24). Tương tự, trong số bệnh nhân NKH do các chủng K.
pneumoniae còn nhạy với Carbapenem, nhóm mang gen NDM-1 hoặc 3-POS
có tỷ lệ sốc và tỷ lệ tử vong cao hơn so với nhóm không mang gen NDM-1
 112

hoặc 3-POS (biểu đồ 3.11); cũng như thời gian nằm viện dài hơn ở các nhóm
mang gen trên (bảng 3.26).

Kết quả trên có thể được lý giải là các chủng vi khuẩn có khả năng tăng
biểu hiện các gen kháng thuốc thông qua các cơ chế điều hòa gen, qua đó làm
giảm đáp ứng điều trị và kéo dài thời gian nằm viên. Một số nghiên cứu chỉ ra
cơ chế điều hòa và mức độ biểu hiện của các gen kháng kháng sinh giải thích
cho việc nhiều chủng vi khuẩn mang các gen kháng kháng sinh, tuy nhiên chưa
có biểu hiện kiểu hình [191]. Dưới áp lực điều trị của kháng sinh các chủng vi
khuẩn này có thể tăng mức độ biểu hiện hoặc kích hoạt cơ chế biểu hiện của
các gen kháng kháng sinh, làm các chủng này xuất hiện kháng trong quá trình
điều trị và ảnh hướng đến đáp ứng điều trị [181]. Nolivos và cộng sự nghiên
cứu cơ chế bơm đẩy của các chủng vi khuẩn cho thấy các chủng này có thể biểu
hiện gen kháng thuốc ngay cả khi có sự hiện diện của các kháng sinh [192].
Thêm vào đó, hiện nay sử dụng kháng sinh trên lâm sàng đều lấy kháng sinh
đồ làm tiêu chuẩn vàng. Vì vậy với các chủng có biểu hiện kiểu hình hoặc có
cả kiểu hình và kiểu gen âm tính thì việc điều trị kháng sinh dựa trên kháng
sinh đồ là phù hợp về mặt vi sinh, tuy nhiên với các chủng có mang kiểu gen
nhưng không có biểu hiện kiểu hình thì vấn đề đáp ứng điều trị vẫn khó đánh
giá do cơ chế điều hòa phức tạp của hệ gen. Ngoài ra đáp ứng điều trị của bệnh
nhân NKH còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác như sử dụng kháng sinh có đủ
liều lượng không, vị trí ổ nhiễm khuẩn, cũng như tình trạng bệnh, và bệnh lý
nền của bệnh nhân [50]. Trong nghiên cứu này, chúng tôi chưa đánh giá hết các
yếu tố ảnh hưởng đến đáp ứng điều trị, mặt khác số lượng những ca bệnh thuộc
nhóm mang gen nhưng không biểu hiện kiểu hình là không cao nên sự khác
biệt về tỷ lệ sốc và tử vong chưa có ý nghĩa thống kê, tuy nhiên số ngày năm
điều trị là dài hơn có ý nghĩa ở nhóm mang gen kháng kháng sinh. Các nghiên
cứu khác chủ yếu đánh giá ảnh hưởng của các chủng đa kháng thuốc và siêu
 113

kháng thuốc lên đáp ứng điều trị và tỷ lệ tử vong, cho thấy rằng nhiễm khuẩn
liên quan đến các chủng đa kháng và siêu kháng thuốc có tỷ lệ tử vong cao hơn
[152], [193], [194]. Các nghiên cứu này dựa trên biểu hiện kiểu hình của các
chủng vi khuẩn mà chưa có đánh giá với các chủng có mang kiểu gen nhưng
chưa có biểu hiện kiểu hình trên lâm sàng.

Như vậy, kết quả cho thấy có thể sử dụng gen CTX-M và NDM-1 cùng
với kết quả cấy khuẩn và kháng sinh đồ trong lựa chọn kháng sinh phù hợp điều
trị NKH do các chủng E. coli và K. pneumoniae. Các nhóm nghiên cứu khác
cũng đã phát triển các bộ xét nghiệm nhanh dựa trên phát hiện các gen kháng
kháng sinh, đều cho thấy rằng có thể sử dụng các xét nghiệm về kiểu gen để
đưa ra những quyết định lựa chọn kháng sinh điều trị phù hợp trên lâm sàng,
đặc biệt với bệnh lý nhiễm khuẩn nặng như NKH [19], [185], [188]. Nghiên
cứu PRIMERS I và II, phân tích gen mã hóa beta-lactamase của các chủng E.
coli và K. pneumoniae bước đầu cho thấy vai trò của xét nghiệm sinh học phân
tử trong lựa chọn kháng sinh điều trị [188]. Samuel A.S và cộng sự (2017) sử
dụng phương pháp giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) của 90 chủng vi khuẩn
Gram âm phân lập từ máu so sánh với kháng sinh đồ (phương pháp tiêu chuẩn
là Broth Microdialution) cho thấy rằng có thể sử dụng WGS để hướng dẫn lựa
chọn kháng sinh điều trị với những bệnh nhiễm khuẩn nặng như NKH [19].
Các nghiên cứu này đều sử dụng phương pháp giải trình tự toàn bộ hệ gen của
vi khuẩn để phân tích gen kháng thuốc, phương pháp này đều có chi phí cao và
chưa phù hợp sử dụng trong thực hành lâm sàng tính cho đến thời điểm hiện
tại. Việc sử dụng các gen có vai trò quan trọng như CTX-M và NDM-1 có thể
cung cấp thêm cho các nhà lâm sàng công cụ đơn giản để đưa ra quyết định lựa
chọn kháng sinh phù hợp ngoài kết quả kháng sinh đồ như hiện nay đang có,
đặc biệt là đối với bệnh lý nhiễm khuẩn nguy hiểm đến tính mạng và đòi hỏi sử
dụng kháng sinh sớm và phù hợp như NKH.
 114

Điểm mạnh và hạn chế của nghiên cứu

Đây là một trong số ít các nghiên cứu cả trong nước và trên thế giới khảo
sát 15 gen mã hóa sinh beta-lactamses phổ biến của các chủng E. coli và K.
pneumoniae gây NKH. Nghiên cứu cũng cho thấy có thể sử dụng một số gen
(CTX-M và NDM) trong tiên đoán kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng
vi khuẩn thay vì phải phân tích toàn bộ bộ gen. Ngoài ra cũng cho thấy đáp ứng
điều trị kém với những trường hợp vi khuẩn mang kiểu gen kháng thuốc nhưng
chưa biểu hiện kiểu hình kháng. Nghiên cứu đóng góp thêm bằng chứng khách
quan về giá trị của kiểu gen nhằm định hướng lựa chọn kháng sinh điều trị trong
thực hành lâm sàng, đặc biệt đối với những bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết do
E. coli và K. pneumoniae.

Tuy nhiên, nghiên cứu còn một số điểm hạn chế: Khảo sát về kiểu hình
còn chưa đầy đủ; thiếu nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của từng kháng sinh,
đặc biệt với nhóm Carbapenem, số lượng kháng sinh khảo sát còn hạn chế, đặc
biệt với Cephalosporin thế hệ hai và các nhóm kháng sinh khác như Quinolon,
Aminoglycoside, kiểu hình carbapenemase. Thiếu các dữ liệu phân tích dưới
nhóm (subtype) của các gen liên quan đến dịch tễ học phân tử và liên quan đến
kiểu hình. Cuối cùng, đây là một nghiên cứu đơn trung tâm, số lượng bệnh nhân
còn hạn chế, nên khó khăn trong phân tích kiểu gen, kiểu hình với đáp ứng điều
trị. Vì vậy tính đại diện của nghiên cứu là chưa cao.

Để khắc phục những hạn chế này, cần tiến hành nghiên cứu đa trung tâm
về kiểu gen và kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn gây nhiễm
khuẩn huyết. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới khảo sát kiểu gen
kháng thuốc và giá trị ứng dụng trong tiên đoán kiểu hình kháng thuốc cũng
như liên quan đến đáp ứng điều trị.
 115

KẾT LUẬN

Qua nghiên cứu 165 bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết, bao gồm 115 bệnh
nhân do E. coli và 50 bệnh nhân do K. pneumoniae và phân tích kiểu gen, kiểu
hình kháng kháng sinh của các chủng trên liên quan đến đáp ứng điều trị, chúng
tôi rút ra một số kết luận sau:

1. Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam và phân bố gen mã hóa
beta-lactamase:
a, Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam
- Tỷ lệ các chủng E. coli và K. pneumoniae sinh ESBL là 58,3% và 22%; các
chủng này không nhạy với Carbapenem với tỷ lệ tương ứng là 2,6% và 26,0%.
- K. pneumoniae và E. coli kháng cao với Cephalosporin nhưng còn nhạy với
kháng sinh có chất ức chế beta-lactamase.
b, Phân bố gen mã hóa beta-lactamase
- Các chủng E. coli mang các gen mã hóa sinh ESBL: CTX-M, TEM và SHV
tương ứng là 69,9%; 58,3% và 0,9%; tương ứng với K. pneumoniae là 46,0%;
46,0% và 84,0%. Tỷ lệ E. coli và K. pneumoniae mang ít nhất một trong 3 gen
(SHV, CTX-M và TEM) là 91,3% và 90,0%.
- K. pneumoniae mang NDM-1 với tỷ lệ 24,0%; 38,0% mang ba gen SHV,
CTX-M, TEM và 18,0% các chủng mang 4 gen NDM-1, SHV, TEM, CTX-M.

2. Giá trị của kiểu gen mã hóa beta-lactamase trong chẩn đoán kiểu hình
kháng beta-lactam và mối liên quan với đáp ứng điều trị:
a, CTX-M và NDM-1 có giá trị trong chẩn đoán kháng Cephalosporin và
Carbapenem
- Gen CTX-M chẩn đoán kháng Cephalosporin (CTX, CAZ, FEP) của các
chủng E. coli với độ nhạy từ 84,9% đến 90,2%; tương ứng với K. pneumoniae
có độ nhạy từ 77,8% đến 89,5%.
 116

- Gen NDM-1 chẩn đoán các chủng K. pneumoniae kháng Carbapenem với độ
nhạy 53,8% và độ đặc hiệu 86,5%.
b, Liên quan của kiểu gen mã hóa beta-lactamase với đáp ứng điều trị
- Trong nhóm NKH do các chủng vi khuẩn còn nhạy với Cephalosporin: đáp
ứng điều trị kém hơn ở nhóm NKH do các chủng vi khuẩn mang gen CTX-M
(tỷ lệ sốc 21,6%-33,3% và tỷ lệ tử vong 18,9%-26,7%) so với nhóm không
mang gen CTX-M (tỷ lệ sốc 14,6%-19,2% và tỷ lệ tử vong 10,4%-15,4%), thời
gian cắt sốt, thời gian nằm viện dài hơn có ý nghĩa thống kê ở nhóm mang gen.
- Trong nhóm NKH do chủng K. pneumoniae còn nhạy với Carbapenem: đáp
ứng điều trị kém hơn ở nhóm mang gen 3-POS hoặc NDM-1 (tỷ lệ sốc 36,4%-
40,0% và tỷ lệ tử vong 27,3%-40,0%) so với nhóm không mang các gen này
(tỷ lệ sốc 23,1%-25,0% và tỷ lệ tử vong 23,1%-21,9%), thời gian nằm viện dài
hơn có ý nghĩa thông kê ở nhóm mang gen.

KIẾN NGHỊ

Nghiên cứu ứng dụng gen CTX-M và NDM-1 phối hợp với cấy khuẩn
và kháng sinh đồ trong lựa chọn kháng sinh phù hợp để điều trị bệnh lý nhiễm
khuẩn nặng đặc biệt là nhiễm khuẩn huyết do các chủng Escherichia coli và
Klebsiella pneumoniae.
 t.1

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH

CÔNG BỐ KẾT QUẢ CỦA LUẬN ÁN

1. Trịnh Văn Sơn, Ngô Tất Trung, Nguyễn Hồng Nhung, Nguyễn Đăng
Mạnh và Lê Hữu Song (2020). Giá trị kiểu gen trong tiên đoán kiểu hình
kháng Cephalosporin của các chủng Klebsiella pneumoniae gây nhiễm
khuẩn huyết. Tạp chí Y Dược Lâm sàng 108, (Tập 15) số 3/2020: Tr 141-
148.

2. Trịnh Văn Sơn, Nguyễn Đăng Mạnh, Đào Thanh Quyên, Nguyễn Thị
Kim Phương và Lê Hữu Song (2020). Giá trị của kiểu gen trong xác định
Klebsiella pneumoniae kháng carbapenem gây nhiễm khuẩn huyết. Tạp
chí Y Dược Lâm sàng 108, (Tập 15) số 4/2020: Tr 136-142.

3. Trinh Van Son, Ngo Tat Trung, Nguyen Dang Manh, Le Huu Song
(2020). Association of ESBL and CTX-M gene with the clinical outcome
of patients suffer from bloodstream infections caused by Escherichia coli
and Klebsiella pneumoniae. Journal of 108-Clinical Medicine and
pharmacy, Vol.15 - Dec/2020: p. 49-53.
 t.2

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1. CDC (2019). Antibiotic resistance threats in the United States-2019.

Centers for Disease Control and Prevention, https://www.cdc.gov/
drugresistance/pdf/threats-report/2019-ar-threats-report-508.pdf.
2. Mayr, F.B., S. Yende, and D.C. Angus (2014). Epidemiology of severe
sepsis. Virulence, 5(1): p. 4-11.
3. Paoli, C.J., M.A. Reynolds, M. Sinha et al (2018). Epidemiology and
costs of sepsis in the United States-an analysis based on timing of
diagnosis and severity level. Crit Care Med, 46(12): p. 1889-1897.
4. Rudd, K.E., S.C. Johnson, K.M. Agesa et al (2020). Global, regional,
and national sepsis incidence and mortality, 1990-2017: analysis for the
global burden of disease study. The Lancet, 395(10219): p. 200-211.
5. Xu, L., X. Sun, and X. Ma (2017). Systematic review and meta-analysis
of mortality of patients infected with carbapenem-resistant Klebsiella
pneumoniae. Annals of clinical microbiology and antimicrobials, 16(1):
p. 18-18.
6. Yuan, Y., J. Wang, Z. Yao et al (2020). Risk factors for carbapenem-
resistant Klebsiella pneumoniae bloodstream infections and outcomes.
Infect Drug Resist, 13: p. 207-215.
7. Southeast Asia Infectious Disease Clinical Research, N. (2017). Causes
and outcomes of sepsis in southeast Asia: a multinational multicentre
cross-sectional study. The Lancet. Global health, 5(2): p. e157-167.
8. Sakr, Y., U. Jaschinski, X. Wittebole et al (2018). Sepsis in intensive
care unit patients: worldwide data from the intensive care over nations
audit. Open forum infectious diseases, 5(12): p. ofy313-313.
 t.3

9. Munita, J.M. and C.A. Arias (2016). Mechanisms of antibiotic

resistance. Microbiol Spectrum, 4(2).
10. Chang, Y.T., G. Coombs, T. Ling et al (2017). Epidemiology and trends
in the antibiotic susceptibilities of Gram-negative bacilli isolated from
patients with intra-abdominal infections in the Asia-Pacific region, 2010-
2013. Int J Antimicrob Agents, 49(6): p. 734-739.
11. Morrissey, I., M. Hackel, R. Badal et al (2013). A review of ten years of
the study for monitoring antimicrobial resistance trends (SMART) from
2002 to 2011. Pharmaceuticals, 6(11): p. 1335-1346.
12. De Angelis, G., B. Fiori, G. Menchinelli et al (2018). Incidence and
antimicrobial resistance trends in bloodstream infections caused by
ESKAPE and Escherichia coli at a large teaching hospital in Rome, a 9-
year analysis (2007-2015). Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 37(9): p.
1627-1636.
13. Bush, K. (2018). Past and Present Perspectives on β-Lactamases.
Antimicrob Agents Chemother, 62(10): p. e01076-18.
14. Doi, Y., A. Iovleva, and R.A. Bonomo (2017). The ecology of extended-
spectrum β-lactamases (ESBLs) in the developed world. Journal of
Travel Medicine, 24(suppl_1): p. S44-51.
15. D'Andrea, M.M., F. Arena, L. Pallecchi et al (2013). CTX-M-type beta-
lactamases: a successful story of antibiotic resistance. Int J Med
Microbiol, 303(6-7): p. 305-317.
16. Codjoe, F.S. and E.S. Donkor (2018). Carbapenem Resistance: A
Review. Med Sci (Basel), 6(1).
17. Walker, G.T., J. Quan, S.G. Higgins et al (2019). Predicting antibiotic
resistance in Gram-negative bacilli from resistance genes. Antimicrobial
Agents and Chemotherapy, 63(4): p. e02462-02418.
 t.4

18. Tyson, G., P. McDermott, C. Li et al (2015). WGS accurately predicts

antimicrobial resistance in Escherichia coli. J Antimicrob Chemother,
70: p. 2763-2769.
19. Shelburne, S.A., J. Kim, J.M. Munita et al (2017). Whole-genome
sequencing accurately identifies resistance to extended-spectrum beta-
Lactams for major Gram-negative bacterial pathogens. Clin Infect Dis,
65(5): p. 738-745.
20. Suwantarat, N., K.C.J.A.R. Carroll, and I. Control (2016). Epidemiology
and molecular characterization of multidrug-resistant Gram-negative
bacteria in Southeast Asia. Antimicrobial Resistance and Infection
Control, 5(1): p. 15(1-8).
21. Vu, T.V.D., T.T.N. Do, U. Rydell et al (2019). Antimicrobial
susceptibility testing and antibiotic consumption results from 16
hospitals in Viet Nam: The VINARES project 2012–2013. Journal of
Global Antimicrobial Resistance, 18: p. 269-278.
22. Bộ Y tế (2019). Hướng dẫn thực hiện giám sát quốc gia về kháng kháng
sinh. Bộ Y tế, quyết định số 127/QĐ-BYT.
23. Lan, N.P.H., N.H. Hien, T. Le Thi Phuong et al (2017). Phenotypic and
genotypic characteristics of ESBL and AmpC producing organisms
associated with bacteraemia in Ho Chi Minh City, Vietnam. Antimicrob
Resist Infect Control, 6: p. 105(1-9).
24. Trang, N.H., T.V. Nga, J.I. Campbell et al (2013). The characterization
of ESBL genes in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae causing
nosocomial infections in Vietnam. J Infect Dev Ctries, 7(12): p. 922-8.
25. Hoang, T.H., H. Wertheim, N.B. Minh et al (2013). Carbapenem-
resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains containing
 t.5

New Delhi metallo-beta-lactamase isolated from two patients in

Vietnam. Journal of clinical microbiology, 51(1): p. 373-374.
26. Tran, H.H., S. Ehsani, K. Shibayama et al (2015). Common isolation of
New Delhi metallo-beta-lactamase 1-producing Enterobacteriaceae in a
large surgical hospital in Vietnam. Eur J Clin Microbiol Infect Dis,
34(6): p. 1247-1254.
27. Le, L., L.K. Tran, T.-D. Le-Ha et al (2019). Coexistence of plasmid-
mediated mcr-1 And bla (NDM-4) genes in a Klebsiella pneumoniae
clinical strain in Vietnam. Infection and drug resistance, 12: p. 3703-
3707.
28. Rudd, K.E., N. Kissoon, D. Limmathurotsakul et al (2018). The global
burden of sepsis: barriers and potential solutions. Critical care, 22(1):
p. 232-232.
29. Rhee, C. and M.J.J.o.T.D. Klompas (2020). Sepsis trends: increasing
incidence and decreasing mortality, or changing denominator? J Thorac
Dis p. S89-100.
30. Rubens, M., A. Saxena, V. Ramamoorthy et al (2020). Increasing sepsis
rates in the United states: results from national inpatient sample, 2005 to
2014. J Intensive Care Med, 35(9): p. 858-868.
31. Fleischmann, C., A. Scherag, N.K. Adhikari et al (2016). Assessment of
global incidence and mortality of hospital-treated sepsis. Current
estimates and limitations. Am J Respir Crit Care Med, 193(3): p. 259-
272.
32. Angus, D.C., W.T. Linde-Zwirble, J. Lidicker et al (2001).
Epidemiology of severe sepsis in the United States: analysis of
incidence, outcome, and associated costs of care. Crit Care Med, 29(7):
p. 1303-1310.
 t.6

33. Liu, V., G.J. Escobar, J.D. Greene et al (2014). Hospital deaths in
patients with sepsis from 2 independent cohorts. Jama, 312(1): p. 90-
92.
34. Martin, G.S. (2012). Sepsis, severe sepsis and septic shock: changes in
incidence, pathogens and outcomes. Expert Rev Anti Infect Ther, 10(6):
p. 701-706.
35. Rhee, C., T.M. Jones, Y. Hamad et al (2019). Prevalence, underlying
causes, and preventability of sepsis-associated mortality in US acute care
hospitals. JAMA Network Open, 2(2): p. e187571-187571.
36. Brun-Buisson, C. (2000). The epidemiology of the systemic
inflammatory response. Intensive Care Med, 26 Suppl 1: p. S64-74.
37. Martin-Loeches, I., M.C. Guia, M.S. Vallecoccia et al (2019). Risk
factors for mortality in elderly and very elderly critically ill patients with
sepsis: a prospective, observational, multicenter cohort study. Annals of
Intensive Care, 9(1): p. 26-35.
38. Komori, A., T. Abe, S. Kushimoto et al (2020). Characteristics and
outcomes of bacteremia among ICU-admitted patients with severe
sepsis. Scientific Reports, 10(1): p. 2983(1-8).
39. Kruse, A.Y., D.H. Thieu Chuong, C.N. Phuong et al (2013). Neonatal
bloodstream infections in a pediatric hospital in Vietnam: A cohort
study. Journal of Tropical Pediatrics, 59(6): p. 483-488.
40. Phung, N.T.N., L.T. Bui, and D.T. Tran (2020). Sepsis in pediatric in
Vietnam: a retrospective study in period 2008 to 2018. Systematic
Reviews in Pharmacy, 11(1): p. 179-184.
41. Tran, H.T., L.W. Doyle, K.J. Lee et al (2015). Morbidity and mortality
in hospitalised neonates in central Vietnam. Acta Paediatr, 104(5): p.
e200-205.
 t.7

42. Tran, H.T., L.W. Doyle, K.J. Lee et al (2015). A high burden of late-
onset sepsis among newborns admitted to the largest neonatal unit in
central Vietnam. J Perinatol, 35(10): p. 846-851.
43. Dat, V.Q., H.N. Vu, H. Nguyen The et al (2017). Bacterial bloodstream
infections in a tertiary infectious diseases hospital in Northern Vietnam:
aetiology, drug resistance, and treatment outcome. BMC infectious
diseases, 17(1): p. 493-493.
44. Vincent, J.L. and E. Abraham (2006). The last 100 years of sepsis. Am J
Respir Crit Care Med, 173(3): p. 256-263.
45. Angus, D.C. and T. van der Poll (2013). Severe sepsis and septic shock.
N Engl J Med, 369(9): p. 840-851.
46. Diekema, D.J., P.-R. Hsueh, R.E. Mendes et al (2019). The microbiology
of bloodstream infection: 20-Year trends from the SENTRY
antimicrobial surveillance program. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy, 63(7): p. e00355-00319.
47. Vincent, J.L., J. Rello, J. Marshall et al (2009). International study of the
prevalence and outcomes of infection in intensive care units. The Journal
of the American Medical Association, 302(21): p. 2323-2329.
48. Cohen, J., P. Cristofaro, J. Carlet et al (2004). New method of classifying
infections in critically ill patients. Crit Care Med, 32(7): p. 1510-1526.
49. Reddy, E.A., A.V. Shaw, and J.A. Crump (2010). Community-acquired
bloodstream infections in Africa: a systematic review and meta-analysis.
Lancet Infect Dis, 10(6): p. 417-432.
50. Szabo, B.G., R. Kiss, K.S. Lenart et al (2019). Clinical and
microbiological characteristics and outcomes of community-acquired
sepsis among adults: a single center, 1-year retrospective observational
cohort study from Hungary. BMC Infect Dis, 19(1): p. 584.
 t.8

51. Deen, J., L. von Seidlein, F. Andersen et al (2012). Community-acquired

bacterial bloodstream infections in developing countries in south and
southeast Asia: a systematic review. The Lancet Infectious Diseases,
12(6): p. 480-487.
52. Nguyễn Văn Việt, Nguyễn Thái Sơn và Lê Thu Hồng (2011). Căn
nguyên gây nhiễm khuẩn huyết tại Bệnh viện 103 trong giai đoạn 2005-
2011. Tạp chí Y học dự phòng, XXII(5(132)): tr. 112-118.
53. Phạm Văn Ca và Cao Văn Viên (2005). Tình hình nhạy cảm kháng sinh
của một số vi khuẩn gây bệnh thông thường tại cộng đông. Tạp chí Y học
dự phòng, 25(1(72)): tr. 33-36.
54. Hoa, N.T., T.S. Diep, J. Wain et al (1998). Community-acquired
septicaemia in southern Viet Nam: the importance of multidrug-resistant
Salmonella typhi. Trans R Soc Trop Med Hyg, 92(5): p. 503-508.
55. L.Archer, G. and R. E.Polk, Treatment and prophylaxis of bacterial
infections, in Harrisson's Infectious Diseases, D.L. Kasper and A.S.
Fauci, Editors. 2010, McGraw-Hill. p. 354-374.
56. Dever, L.A. and T.S. Dermody (1991). Mechanisms of bacterial
resistance to antibiotics. Arch Intern Med, 151(5): p. 886-895.
57. Elander, R.P. (2003). Industrial production of beta-lactam antibiotics.
Appl Microbiol Biotechnol, 61(5-6): p. 385-392.
58. Giedraitiene, A., A. Vitkauskiene, R. Naginiene et al (2011). Antibiotic
resistance mechanisms of clinically important bacteria. Medicina
(Kaunas), 47(3): p. 137-146.
59. Pfeifer, Y., A. Cullik, and W. Witte (2010). Resistance to cephalosporins
and carbapenems in Gram-negative bacterial pathogens. International
Journal of Medical Microbiology, 300(6): p. 371-379.
 t.9

60. Laxminarayan, R., A. Duse, C. Wattal et al (2013). Antibiotic resistance-

the need for global solutions. The Lancet Infectious Diseases, 13(12): p.
1057-1098.
61. CDC (2013). Antibiotic resistance threats in the United States-2013.
Centers for Disease Control and Prevention, http://www.cdc.gov/
drugresistance/threat-report-2013/pdf/ar-threats-2013-508.pdf.
62. ECDC (2019). Surveillance of antimicrobial resistance in Europe-2018.
European Centre for Disease Prevention, https://www.ecdc.europa.eu/
en/publications-data/surveillance-antimicrobial-resistance-europe-
2018.
63. WHO (2014). Antimicrobial resistance: global report on surveillance-
2014. World Health Organization, www.who.int/drugresistance/
documents/surveillancereport/en/: p. 10-30.
64. WHO (2019). Global antimicrobial resistance surveillance system
(GLASS) report. Early implementation 2017-2018. World Health
Organization, https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/279656/
9789241515061-eng.pdf?ua=1.
65. Kiratisin, P., A. Chongthaleong, T.Y. Tan et al (2012). Comparative in
vitro activity of carbapenems against major Gram-negative pathogens:
results of Asia-Pacific surveillance from the COMPACT II study. Int J
Antimicrob Agents, 39(4): p. 311-316.
66. Nguyễn Thị Vinh, Nguyễn Đức Hiền, Đoàn Mai Phương và cs (2006).
Giám sát sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh thường gặp ở
Việt Nam năm 2005 Tạp chí Nghiên cứu Y học, 6: tr. 87-91.
67. Lê Thị Kim Nhung (2004). Đặc điểm nhậy cảm với kháng sinh của các
chủng vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện tại bệnh viện Thống nhất
(12/2003-9/2004). Tạp chí Y học thục hành, 499: tr. 33-35.
 t.10

68. Nguyễn Trọng Chính (2004). Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng và mức
độ nhạy cảm với thuốc kháng sinh ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết do
trực khuẩn gram âm tai Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 (1998-
2003). Tạp chí Thông tin Y dược, 3: tr. 35-39.
69. Phạm Văn Ca (2005). Mức độ kháng thuốc của các chủng vi khuẩn họ
Enterobacteriaceae tại Việt Nam năm 2003. Tạp chí Y học dự phòng,
15(1(73)): tr. 142-148.
70. Phuong, D.M. (2018). Quality issues in resistance testing and data in
Vietnam. Bach Mai Hospital; 2009. Accessed 2018
https://cddep.org/wpcontent/uploads/2017/06/en_phuong_bmh.pdf. The
Center For Disease Dynamics, Economics & Policy.
71. Song, J.H., S.I. Jung, K.S. Ko et al (2004). High prevalence of
antimicrobial resistance among clinical Streptococcus pneumoniae
isolates in Asia (an ANSORP study). Antimicrob Agents Chemother,
48(6): p. 2101-2107.
72. Song, J.-H., P.-R. Hsueh, D.R. Chung et al (2011). Spread of methicillin-
resistant Staphylococcus aureus between the community and the
hospitals in Asian countries: an ANSORP study. Journal of
Antimicrobial Chemotherapy, 66(5): p. 1061-1069.
73. Thwaites, G.E. and G. United Kingdom Clinical Infection Research
(2010). The management of Staphylococcus aureus bacteremia in the
United Kingdom and Vietnam: a multi-centre evaluation. PloS one,
5(12): p. e14170-e14170.
74. Nguyen, K.V., N.T. Thi Do, A. Chandna et al (2013). Antibiotic use and
resistance in emerging economies: a situation analysis for Viet Nam.
BMC Public Health, 13: p. 1158-1167.
 t.11

75. Van, P.H., P.T. Binh, N.H.L. Minh et al (2016). Results from the survey
of antibiotic resistance (SOAR) 2009-11 in Vietnam. The Journal of
antimicrobial chemotherapy, 71 Suppl 1(Suppl 1): p. i93-102.
76. Biedenbach, D.J., S.K. Bouchillon, D.J. Hoban et al (2014).
Antimicrobial susceptibility and extended-spectrum beta-lactamase rates
in aerobic gram-negative bacteria causing intra-abdominal infections in
Vietnam: report from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance
Trends (SMART 2009-2011). Diagn Microbiol Infect Dis, 79(4): p. 463-
467.
77. Tran, D.M., M. Larsson, L. Olson et al (2019). High prevalence of
colonisation with carbapenem-resistant Enterobacteriaceae among
patients admitted to Vietnamese hospitals: Risk factors and burden of
disease. J Infect, 79(2): p. 115-122.
78. Nordmann, P., L. Dortet, and L. Poirel (2012). Carbapenem resistance in
Enterobacteriaceae: here is the storm! Trends in Molecular Medicine,
18(5): p. 263-272.
79. Korzeniewska, E. and M. Harnisz (2013). Beta-lactamase-producing
Enterobacteriaceae in hospital effluents. Journal of Environmental
Management, 123(0): p. 1-7.
80. Paterson, D.L. (2006). Resistance in gram-negative bacteria:
Enterobacteriaceae. American Journal of Infection Control, 34(5,
Supplement): p. S20-28.
81. Denton, M. (2007). Enterobacteriaceae. International Journal of
Antimicrobial Agents, 29, Supplement 3(0): p. S9-22.
82. Cornaglia, G., H. Giamarellou, and G.M. Rossolini (2011). Metallo-β-
lactamases: a last frontier for β-lactams? The Lancet Infectious Diseases,
11(5): p. 381-393.
 t.12

83. Jacoby, G.A. and L.S. Munoz-Price (2005). The new beta-lactamases. N
Engl J Med, 352(4): p. 380-391.
84. Poirel, L., T. Naas, and P. Nordmann (2008). Genetic support of
extended-spectrum beta-lactamases. Clin Microbiol Infect, 14 Suppl 1:
p. 75-81.
85. Livermore, D.M. and N. Woodford (2006). The beta-lactamase threat in
Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter. Trends
Microbiol, 14(9): p. 413-420.
86. Maltezou, H.C. (2009). Metallo-β-lactamases in Gram-negative bacteria:
introducing the era of pan-resistance? International Journal of
Antimicrobial Agents, 33(5): p. 405.e1-405.e7.
87. Paterson, D.L. and R.A. Bonomo (2005). Extended-spectrum beta-
lactamases: a clinical update. Clinical microbiology reviews, 18(4): p.
657-686.
88. Bonnet, R. (2004). Growing group of extended-spectrum beta-
lactamases: the CTX-M enzymes. Antimicrobial agents and
chemotherapy, 48(1): p. 1-14.
89. Zhao, W.H. and Z.Q. Hu (2013). Epidemiology and genetics of CTX-M
extended-spectrum beta-lactamases in Gram-negative bacteria. Crit Rev
Microbiol, 39(1): p. 79-101.
90. Denisuik, A.J., P.R. Lagace-Wiens, J.D. Pitout et al (2013). Molecular
epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-, AmpC beta-
lactamase- and carbapenemase-producing Escherichia coli and
Klebsiella pneumoniae isolated from Canadian hospitals over a 5 year
period: CANWARD 2007-11. J Antimicrob Chemother, 68 Suppl 1: p.
i57-65.
 t.13

91. Brolund, A., P.J. Edquist, B. Mäkitalo et al (2014). Epidemiology of

extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in Sweden
2007–2011. Clinical Microbiology and Infection, 20(6): p. O344-352.
92. Sepp, E., R. Andreson, A. Balode et al (2019). Phenotypic and molecular
epidemiology of ESBL-, AmpC-, and Carbapenemase-producing
Escherichia coli in northern and eastern Europe. Front Microbiol, 10: p.
2465.
93. Bevan, E.R., A.M. Jones, and P.M. Hawkey (2017). Global
epidemiology of CTX-M β-lactamases: temporal and geographical shifts
in genotype. J Antimicrob Chemother, 72(8): p. 2145-2155.
94. Chong, Y., S. Shimoda, and N. Shimono (2018). Current epidemiology,
genetic evolution and clinical impact of extended-spectrum beta-
lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Infect
Genet Evol, 61: p. 185-188.
95. Yigit, H., A.M. Queenan, G.J. Anderson et al (2001). Novel
Carbapenem-Hydrolyzing β-Lactamase, KPC-1, from a Carbapenem-
Resistant Strain of Klebsiella pneumoniae. Antimicrob Agents
Chemother, 45(4): p. 1151-1161.
96. Grundmann, H., C. Glasner, B. Albiger et al (2017). Occurrence of
carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli
in the European survey of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae
(EuSCAPE): a prospective, multinational study. Lancet Infect Dis,
17(2): p. 153-163.
97. CDC (2015). Facility Guidance for Control of Carbapenem-resistant
Enterobacteriaceae (CRE). Centers for Disease Control and Prevention,
https://www.cdc.gov/hai/pdfs/cre/CRE-guidance-508.pdf.
 t.14

98. Guh, A.Y., S.N. Bulens, Y. Mu et al (2015). Epidemiology of

carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in 7 US communities, 2012-
2013. JAMA, 314(14): p. 1479-14787.
99. Mataseje, L.F., K. Abdesselam, J. Vachon et al (2016). Results from the
Canadian nosocomial infection surveillance program on carbapenemase-
producing Enterobacteriaceae, 2010 to 2014. Antimicrob Agents
Chemother, 60(11): p. 6787-6794.
100. Hsu, L.-Y., A. Apisarnthanarak, E. Khan et al (2017). Carbapenem-
Resistant Acinetobacter baumannii and Enterobacteriaceae in South and
Southeast Asia. Clinical microbiology reviews, 30(1): p. 1-22.
101. Lại Thị Quỳnh và Lê Văn Phủng (2007). β-lactamase phổ rộng ở các
chủng Escherichia coli, Klebsella pneumoniae và Enterobacter spp. Tạp
chí Nghiên cứu Y học, 52(5): tr. 45-51.
102. Đoàn Thị Hồng Hạnh, Bùi Hữu Tạo, Lê Văn Phủng và cs (2008). Điều
tra tỷ lệ vi khuẩn mang β-lactamase phổ rộng của các chủng vi khuẩn
Escherichia coli và K. pneumoniae phân lập tại bệnh viện Việt Nam -
Thụy Điển Uông Bí. Tạp chí Y học Việt Nam, 1/2008: tr. 6-11.
103. Nguyễn Đắc Trung (2013). Phát hiện các gen blaTEM và blaCTX-M ở các
chủng Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae bằng phản ứng
multiplex-PCR. Tạp chí Y-Dược học Quân sự, 9/2013: tr. 76-84.
104. CDC (2012). Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae containing New
Delhi metallo-beta-lactamase in two patients - Rhode Island, March
2012. MMWR Morb Mortal Wkly Rep, 61(24): p. 446-448.
105. Isozumi, R., K. Yoshimatsu, T. Yamashiro et al (2012). bla(NDM-1)-
positive Klebsiella pneumoniae from environment, Vietnam. Emerg
Infect Dis, 18(8): p. 1383-1385.
 t.15

106. CLSI (2007). Principles and procedures for blood cultures; approved
guidline. Clinical and Laboratory Standards Institute, M47-A
107. Dellinger, R.P., M.M. Levy, A. Rhodes et al (2013). Surviving sepsis
campaign: international guidelines for management of severe sepsis and
septic shock: 2012. Crit Care Med, 41(2): p. 580-637.
108. Lamy, B., S. Dargère, M.C. Arendrup et al (2016). How to optimize the
use of blood cultures for the diagnosis of bloodstream infections? A
state-of-the art. Frontiers in microbiology, 7: p. 697-697.
109. Kothari, A., M. Morgan, and D.A. Haake (2014). Emerging technologies
for rapid identification of bloodstream pathogens Clinical infectious
diseases, 59(2): p. 272-278.
110. Dubourg, G., D. Raoult, and F. Fenollar (2019). Emerging
methodologies for pathogen identification in bloodstream infections: an
update. Expert Rev Mol Diagn, 19(2): p. 161-173.
111. Mullis, K., F. Faloona, S. Scharf et al (1986). Specific enzymatic
amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction. Cold
Spring Harb Symp Quant Biol, 51 (Pt 1): p. 263-273.
112. Ishmael, F.T. and C. Stellato (2008). Principles and applications of
polymerase chain reaction: basic science for the practicing physician.
Ann Allergy Asthma Immunol, 101(4): p. 437-443.
113. Nadkarni, M.A., F.E. Martin, N.A. Jacques et al (2002). Determination
of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe
and primers set. Microbiology, 148(Pt 1): p. 257-266.
114. Chamberlain, J.S., R.A. Gibbs, J.E. Ranier et al (1988). Deletion
screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA
amplification. Nucleic Acids Res, 16(23): p. 11141-11156.
 t.16

115. Liesenfeld, O., L. Lehman, K.P. Hunfeld et al (2014). Molecular

diagnosis of sepsis: New aspects and recent developments. European
journal of microbiology & immunology, 4(1): p. 1-25.
116. Mancini, N., S. Carletti, N. Ghidoli et al (2010). The era of molecular
and other non-culture-based methods in diagnosis of sepsis. Clinical
microbiology reviews, 23(1): p. 235-251.
117. Trung, N.T., T.T. Hien, T.T. Huyen et al (2016). Enrichment of bacterial
DNA for the diagnosis of blood stream infections. BMC Infect Dis, 16:
p. 235(1-9).
118. Sande, M.G., T. Çaykara, C.J. Silva et al (2020). New solutions to
capture and enrich bacteria from complex samples. Medical
microbiology and immunology, 209(3): p. 335-341.
119. CLSI (2018). Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility
Testing; 28th ed. CLSI document M100-S28. Clinical and Laboratory
Standards Institute, Wayne, PA. Clinical and Laboratory Standards
Institute.
120. Nachnani, S., A. Scuteri, M.G. Newman et al (1992). E-test: a new
technique for antimicrobial susceptibility testing for periodontal
microorganisms. J Periodontol, 63(7): p. 576-583.
121. CLSI (2014). Performance standards for antimicrobial susceptibility
testing; twenty fourth informational supplement, M100S24. Clinical and
Laboratory Standards Institute.
122. FDA (2009). Antimicrobial Susceptibility Test (AST) Systems - Class II
Special Controls Guidance for Industry and FDA. Food and Drug
Administration.
 t.17

123. Blondel-Hill, E., C. Hetchler, D. Andrews et al (2003). Evaluation of

VITEK 2 for analysis of Enterobacteriaceae using the Advanced Expert
System (AES) versus interpretive susceptibility guidelines used at
Dynacare Kasper Medical Laboratories, Edmonton, Alberta. Clin
Microbiol Infect, 9(11): p. 1091-1103.
124. Barry, J., A. Brown, V. Ensor et al (2003). Comparative evaluation of
the VITEK 2 Advanced Expert System (AES) in five UK hospitals. J
Antimicrob Chemother, 51(5): p. 1191-1202.
125. Pitout, J.D. and K.B. Laupland (2008). Extended-spectrum beta-
lactamase-producing Enterobacteriaceae: an emerging public-health
concern. Lancet Infect Dis, 8(3): p. 159-166.
126. Piddock, L.J.V. (2016). Assess drug-resistance phenotypes, not just
genotypes. Nature Microbiology, 1: p. 16120(1-2).
127. Nordmann, P. (2014). Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae:
overview of a major public health challenge. Med Mal Infect, 44(2): p.
51-56.
128. Nomura, F., S. Tsuchida, S. Murata et al (2020). Mass spectrometry-
based microbiological testing for blood stream infection. Clin
Proteomics, 17: p. 14.
129. Hou, T.Y., C. ChiangNi, and S.H. Teng (2019). Current status of
MALDI-TOF mass spectrometry in clinical microbiology. Journal of
food and drug analysis, 27(2): p. 404-414.
130. Dubourg, G. and D. Raoult (2016). Emerging methodologies for
pathogen identification in positive blood culture testing. Expert Rev Mol
Diagn, 16(1): p. 97-111.
 t.18

131. Wielinga, P.R., R.S. Hendriksen, F.M. Aarestrup et al (2017). Global

microbial identifier. Applied Genomics of Foodborne Pathogens: p. 13-
31.
132. Su, M., S.W. Satola, and T.D. Read (2019). Genome-based prediction of
bacterial antibiotic resistance. J Clin Microbiol, 57(3): p. e01405-01418.
133. Bộ Y tế (2015). Hướng dẫn chẩn đoán và xử trí hồi sức tích cực; sốc
nhiễm khuẩn. Bộ Y tế: p. 73-79.
134. Singer, M., C.S. Deutschman, C.W. Seymour et al (2016). The third
international consensus definitions for sepsis and septic shock (Sepsis-
3). JAMA, 315(8): p. 801-810.
135. Bazzicalupo, M., and S. Fancelli, (1997). DNA Extraction from Bacterial
Cultures. Springer: p. 41-45.
136. Trung, N.T., T.T. Hien, T.T. Huyen et al (2015). Simple multiplex PCR
assays to detect common pathogens and associated genes encoding for
acquired extended spectrum betalactamases (ESBL) or carbapenemases
from surgical site specimens in Vietnam. Ann Clin Microbiol
Antimicrob, 14: p. 23(1-7).
137. Trevethan, R. (2017). Sensitivity, specificity, and predictive values:
foundations, pliabilities, and pitfalls in research and practice. Frontiers
in public health, 5: p. 307-307.
138. Dagher, G.A., M. Saadeldine, R. Bachir et al (2015). Descriptive
analysis of sepsis in a developing country. International journal of
emergency medicine, 8: p. 19-25.
139. Park, D.W., B.C. Chun, J.M. Kim et al (2012). Epidemiological and
clinical characteristics of community-acquired severe sepsis and septic
shock: a prospective observational study in 12 university hospitals in
Korea. Journal of Korean medical science, 27(11): p. 1308-1314.
 t.19

140. Tumbarello, M., T. Spanu, M. Sanguinetti et al (2006). Bloodstream

Infections caused by extended-spectrum-β-lactamase-producing
Klebsiella pneumoniae: Risk factors, molecular epidemiology, and
clinical outcome. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(2): p.
498-504.
141. Phạm Thị Ngọc Thảo (2013). Giá trị tiên lượng của các cytokine TNF-
α, IL-6, IL-10 ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết nặng. Tạp chí Y học TP.
Hồ Chí Minh, Tập 17(Phụ bản số 2): tr. 7-14.
142. McPherson, D., C. Griffiths, M. Williams et al (2013). Sepsis-associated
mortality in England: an analysis of multiple cause of death data from
2001 to 2010. BMJ Open, 3(8): p. e002586(1-7).
143. Pano-Pardo, J.R., B. Lopez Quintana, F. Lazaro Perona et al (2016).
Community-onset bloodstream and other infections, caused by
carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: epidemiological,
microbiological, and clinical features. Open Forum Infect Dis, 3(3): p.
ofw136(1-7).
144. Zhang, Q., H.Y. Gao, D. Li et al (2019). Clinical outcome of Escherichia
coli bloodstream infection in cancer patients with/without biofilm
formation: a single-center retrospective study. Infect Drug Resist, 12: p.
359-371.
145. Quan, J., D. Zhao, L. Liu et al (2016). High prevalence of ESBL-
producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in community-
onset bloodstream infections in China. Journal of Antimicrobial
Chemotherapy, 72(1): p. 273-280.
146. Cars, O., S. Molstad, and A. Melander (2001). Variation in antibiotic use
in the European Union. Lancet, 357(9271): p. 1851-1853.
 t.20

147. Mol, P.G., J.E. Wieringa, P.V. Nannanpanday et al (2005). Improving

compliance with hospital antibiotic guidelines: a time-series intervention
analysis. J Antimicrob Chemother, 55(4): p. 550-557.
148. Thu, T.A., M. Rahman, S. Coffin et al (2012). Antibiotic use in
Vietnamese hospitals: a multicenter point-prevalence study. Am J Infect
Control, 40(9): p. 840-844.
149. Sidjabat, H.E. and D.L. Paterson (2015). Multidrug-resistant Escherichia
coli in Asia: epidemiology and management. Expert Rev Anti Infect
Ther, 13(5): p. 575-591.
150. Papp-Wallace, K.M., A. Endimiani, M.A. Taracila et al (2011).
Carbapenems: Past, Present, and Future. Antimicrob Agents Chemother,
55(11): p. 4943-4960.
151. Temkin, E., A. Adler, A. Lerner et al (2014). Carbapenem-resistant
Enterobacteriaceae: biology, epidemiology, and management. Annals of
the New York Academy of Sciences, 1323(1): p. 22-42.
152. Falagas, M.E., G.S. Tansarli, D.E. Karageorgopoulos et al (2014).
Deaths attributable to carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
infections. Emerging infectious diseases, 20(7): p. 1170-1175.
153. McDanel, J., M. Schweizer, V. Crabb et al (2017). Incidence of
extended-spectrum beta-Lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli
and Klebsiella Infections in the United States: A Systematic Literature
Review. Infect Control Hosp Epidemiol, 38(10): p. 1209-1215.
154. Somily, A.M., H.A. Habib, M.M. Absar et al (2014). ESBL-producing
Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae at a tertiary care hospital in
Saudi Arabia. J Infect Dev Ctries, 8(9): p. 1129-1136.
155. Chander, A. and C.D. Shrestha (2013). Prevalence of extended spectrum
beta lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
 t.21

urinary isolates in a tertiary care hospital in Kathmandu, Nepal. BMC

Research Notes, 6(1): p. 487-493.
156. Kim, D., J.Y. Ahn, C.H. Lee et al (2017). Increasing resistance to
extended-spectrum cephalosporins, fluoroquinolone, and carbapenem in
Gram-negative bacilli and the emergence of carbapenem non-
susceptibility in Klebsiella pneumoniae: analysis of Korean
antimicrobial resistance monitoring system (KARMS) Data From 2013
to 2015. Ann Lab Med, 37(3): p. 231-239.
157. Tian, L., Z. Sun, and Z. Zhang (2018). Antimicrobial resistance of
pathogens causing nosocomial bloodstream infection in Hubei Province,
China, from 2014 to 2016: a multicenter retrospective study. BMC
Public Health, 18(1): p. 1121.
158. Jean, S.S., W.S. Lee, P.R. Hsueh et al (2018). Ertapenem non-
susceptibility and independent predictors of the carbapenemase
production among the Enterobacteriaceae isolates causing intra-
abdominal infections in the Asia-Pacific region: results from the Study
for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART). Infection
and drug resistance, 11: p. 1881-1891.
159. Li, Y., H. Shen, C. Zhu et al (2019). Carbapenem-resistant Klebsiella
pneumoniae infections among ICU admission patients in central China:
prevalence and prediction model. Biomed Res Int, 2019: p. 97673(1-10).
160. Bush, K. and G.A. Jacoby (2010). Updated functional classification of
beta-lactamases. Antimicrobial agents and chemotherapy, 54(3): p. 969-
976.
161. Ghafourian, S., N. Sadeghifard, S. Soheili et al (2015). Extended
spectrum beta-lactamases: definition, classification and epidemiology.
Curr Issues Mol Biol, 17: p. 11-21.
 t.22

162. Kiratisin, P., A. Apisarnthanarak, C. Laesripa et al (2008). Molecular

characterization and epidemiology of extended-spectrum-beta-
lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
isolates causing health care-associated infection in Thailand, where the
CTX-M family is endemic. Antimicrobial agents and chemotherapy,
52(8): p. 2818-2824.
163. Pourakbari, B., S. Mamishi, M.R. Shokrollahi et al (2019). Molecular
characteristics and antibiotic resistance profiles of Escherichia coli
strains isolated from urinary tract infections in children admitted to
children's referral hospital of Qom, Iran. Ann Ig, 31(3): p. 252-262.
164. Sugawara, Y., Y. Akeda, N. Sakamoto et al (2017). Genetic
characterization of blaNDM-harboring plasmids in carbapenem-resistant
Escherichia coli from Myanmar. PLoS One, 12(9): p. e0184720(1-15).
165. Chang, Y.T., L.K. Siu, J.T. Wang et al (2019). Resistance mechanisms
and molecular epidemiology of carbapenem-nonsusceptible Escherichia
coli in Taiwan, 2012-2015. Infect Drug Resist, 12: p. 2113-2123.
166. Lin, C.F., S.K. Hsu, C.H. Chen et al (2010). Genotypic detection and
molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-
producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in a regional
hospital in central Taiwan. J Med Microbiol, 59(Pt 6): p. 665-671.
167. Xia, S., X. Fan, Z. Huang et al (2014). Dominance of CTX-M-type
extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli
isolated from patients with community-onset and hospital-onset
infection in China. PLoS One, 9(7): p. e100707(1-7).
 t.23

168. Knothe, H., P. Shah, V. Krcmery et al (1983). Transferable resistance to

cefotaxime, cefoxitin, cefamandole and cefuroxime in clinical isolates of
Klebsiella pneumoniae and Serratia marcescens. Infection, 11(6): p.
315-317.
169. Jean, S.S., P.R. Hsueh et al (2016). Distribution of ESBLs, AmpC β-
lactamases and carbapenemases among Enterobacteriaceae isolates
causing intra-abdominal and urinary tract infections in the Asia-Pacific
region during 2008–14: results from the study for monitoring
antimicrobial resistance trends (SMART). Journal of Antimicrobial
Chemotherapy, 72(1): p. 166-171.
170. Beigverdi, R., L. Jabalameli, F. Jabalameli et al (2019). Prevalence of
extended-spectrum β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae: First
systematic review and meta-analysis from Iran. Journal of Global
Antimicrobial Resistance, 18: p. 12-21.
171. Yong, D., M.A. Toleman, C.G. Giske et al (2009). Characterization of a
new metallo-beta-lactamase gene, bla(NDM-1), and a novel
erythromycin esterase gene carried on a unique genetic structure in
Klebsiella pneumoniae sequence type 14 from India. Antimicrob Agents
Chemother, 53(12): p. 5046-5054.
172. Chen, L., B. Mathema, K.D. Chavda et al (2014). Carbapenemase-
producing Klebsiella pneumoniae: molecular and genetic decoding.
Trends in microbiology, 22(12): p. 686-696.
173. Dortet, L., L. Poirel, and P. Nordmann (2014). Worldwide dissemination
of the NDM-type carbapenemases in Gram-negative bacteria. Biomed
Res Int, 2014: p. 249856(1-12).
 t.24

174. Logan, L.K. and R.A. Weinstein (2017). The Epidemiology of

carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: the impact and evolution of a
global menace. J Infect Dis, 215(suppl_1): p. S28-36.
175. Malchione, M.D., L.M. Torres, D.M. Hartley et al (2019). Carbapenem
and colistin resistance in Enterobacteriaceae in Southeast Asia: review
and mapping of emerging and overlapping challenges. Int J Antimicrob
Agents: p. s0924-8579.
176. Koh, T.H., D. Cao, Q.Y. Shan et al (2013). Acquired carbapenemases in
Enterobactericeae in Singapore, 1996-2012. Pathology, 45(6): p. 600-
603.
177. Netikul, T., H. Sidjabat, D. Paterson et al (2014). Emergence of novel
bla(KPC-13) among carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in
Thailand. Int J Antimicrob Agents, 44(6): p. 568-569.
178. Kollenda, H., H. Frickmann, R. Ben Helal et al (2019). Screening for
carbapenemases in ertapenem-resistant Enterobacteriaceae collected at
a Tunisian hospital between 2014 and 2018. Eur J Microbiol Immunol
(Bp), 9(1): p. 9-13.
179. Delarampour, A., Z. Ghalehnoo, F. Khademi et al (2019). Molecular
detection of carbapenem-resistant genes in clinical isolates of Klebsiella
pneumoniae. Annali di igiene, 31: p. 349-355.
180. Hong, J.S., W. Song, H.M. Park et al (2019). Clonal spread of extended-
spectrum cephalosporin-resistant Enterobacteriaceae between
companion animals and humans in South Korea. Frontiers in
microbiology, 10: p. 1371-1371.
181. Palmer, A.C., R. Chait, and R. Kishony (2018). Nonoptimal gene
expression creates latent potential for antibiotic resistance. Mol Biol
Evol, 35(11): p. 2669-2684.
 t.25

182. Chong, Y., H. Yakushiji, Y. Ito et al (2011). Clinical and molecular

epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-producing
Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in a long-term study from
Japan. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 30(1): p. 83-87.
183. Eskandari-Nasab, E.M., M.M. Moghadampour, and A.M. Tahmasebi
(2018). Prevalence of bla(CTX-M) Gene among Extended-Spectrum β-
Lactamases Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates in Iran:
A Meta-Analysis. Iranian journal of medical sciences, 43(4): p. 347-
354.
184. Anjum, M.F., E. Zankari, and H. Hasman (2017). Molecular methods for
detection of antimicrobial resistance. Microbiol Spectr, 5(6): p. 1-17.
185. Ellington, M.J., O. Ekelund, F.M. Aarestrup et al (2017). The role of
whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility testing of
bacteria: report from the EUCAST Subcommittee. Clin Microbiol Infect,
23(1): p. 2-22.
186. Suzuki, S., T. Horinouchi, and C. Furusawa (2014). Prediction of
antibiotic resistance by gene expression profiles. Nature
Communications, 5: p. 5792(1-12).
187. Mak, S., Y. Xu, and J.R. Nodwell (2014). The expression of antibiotic
resistance genes in antibiotic-producing bacteria. Mol Microbiol, 93(3):
p. 391-402.
188. Evans, S.R., A.M. Hujer, H. Jiang et al (2016). Rapid molecular
diagnostics, antibiotic treatment Ddecisions, and developing approaches
to inform empiric therapy: PRIMERS I and II. Clin Infect Dis, 62(2): p.
181-189.
 t.26

189. Zankari, E., H. Hasman, R.S. Kaas et al (2013). Genotyping using whole-
genome sequencing is a realistic alternative to surveillance based on
phenotypic antimicrobial susceptibility testing. J Antimicrob Chemother,
68(4): p. 771-777.
190. Rhodes, A., L.E. Evans, W. Alhazzani et al (2017). Surviving sepsis
campaign: international guidelines for management of sepsis and septic
shock: 2016. Intensive Care Med, 43(3): p. 304-377.
191. Depardieu, F., I. Podglajen, R. Leclercq et al (2007). Modes and
modulations of antibiotic resistance gene expression. Clinical
Microbiology Reviews, 20(1): p. 79-114.
192. Nolivos, S., J. Cayron, A. Dedieu et al (2019). Role of AcrAB-TolC
multidrug efflux pump in drug-resistance acquisition by plasmid
transfer. Science, 364(6442): p. 778-782.
193. Hanberger, H., M. Antonelli, M. Holmbom et al (2014). Infections,
antibiotic treatment and mortality in patients admitted to ICUs in
countries considered to have high levels of antibiotic resistance
compared to those with low levels. BMC infectious diseases, 14: p. 513-
513.
194. Founou, R.C., L.L. Founou, and S.Y. Essack (2017). Clinical and
economic impact of antibiotic resistance in developing countries: A
systematic review and meta-analysis. PloS one, 12(12): p. e0189621-
e0189621.