1 ÚVOD DO TAXONÓMIE

MIKROORGANIZMY
- rezervoár mikrobiálních genetických
zdrojů
- zajištění stability a funkce přírodních
ekosystémů - producenti (farmaceutický,
potravinářský, chemický průmysl;
zemědělství)
- biodegradační schopnost (likvidace
toxických odpadů) X
- přirozená mikroflóra, původci
onemocnění
 Ochrana mikroorganizmů in situ – velmi obtížná až nemožná (velikost, nepředvídatelnost
výskytu, genetická nestabilita, možnost zániku druhů vázaných na rostliny či živočichy) →
sbírky kultur - Sbírka průběžně doplňuje své fondy o nové kmeny
 TAXONOMIE PROKARYOT - vědecké studium mikroorganizmů (systematika)
 charakterizovat tyto mikroorganizmy
 zařadit je určitým způsobem do taxonomických jednotek, tzv. taxonů
základní taxonomická jednotka = druh
 TAXONOMIE - teoretické studium klasifikace zahrnující její základní vlastnosti, principy,
postupy a pravidla.
Taxonomie je dynamický subjekt, který se může měnit na základě dostupných údajů; skládá
se ze tří oddělených, ale současně i navzájem provázaných oblastí: 1. klasifikace,
2. nomenklatury , 3. identifikace
 SYSTEMATIKA - studium diverzity mikroorganizmů a vzájemné příbuznosti (taxonomická
klasifikace, ekologie, biochemie, genetika, patologie, molekulární biologie)
 Bakteriální identifikace a veškeré typizační postupy (biochemické (typ substrátu), fyziologické
(rôzne pH/teplota, ne/prítomnosť O2), sérologické atd.) jsou ve skutečnosti taxonomickými
klasifikacemi na úrovni druhu či poddruhu.
- DOMÉNA (v klasifikaci prokaryot se nepoužívá označení říše ani oddělení)
- DRUH - skládá se ze seskupení jednotek sdílejících vysokou úroveň fenotypové podobnosti a
současně s odlišností od zbývajících seskupení v tom samém rodu
 FYLOGENETICKÁ DEFINICE DRUHU - tato jednotka je definována jako:
- jasně vymezená skupina navzájem příbuzných kmenů (DNA reasociace, 16S rDNA, ANI),
zahrnující typový kmen
- vykazující až na výjimky shodné fenotypové znaky
- a současně mající některé odlišné znaky od jiných skupin
Taxonomie je vytvořena pro mikrobiology a ne pro jednotky, které jsou klasifikovány

 SEKVENČNÍ ANALÝZA 16S rDNA

- klíčová pro stanovení fylogenetického postavení (97% x 98,7%);
- sekvenování dalších konzervativních genů (rpoB, rpoD, pheS, cpn60,…)
částečné sekvence - pro identifikaci organizmů nebo pro jejich zařazení do dobře
ustanovených fylogenetických skupin:
- genomospecies
- poddruh (subspecies)
- variety - přípona –var:
biovar (bv., kmeny vykazující navzájem speciální biochemické nebo fyziologické vlastnosti),
fagovar (schopnost být lyzován různými bakteriofágy; význam např. při epidemiologických
analýzách),
patovar (patogenní vlastnosti pro různé hostitele),
serovar (odlišení dle rozlišujících antigenních vlastností;
- rod

 PROKARYOTNÍ ORGANIZMY
- převážně jednobuněčné organizmy, nukleoplazma není, až na
 výjimky, oddělena od cytoplazmy jadernou membránou a nedělí se mitoticky
- CM vytváří měchýřkovité, lamelovité nebo trubicovité výstupky do cytoplazmy
- cytoplazmatické organely jsou nezávislé na cytoplazmomembránovém systému
- většinou mají pevnou buněčnou stěnu, základní složkou je peptidoglykan (murein)
- ribozómy jsou rozptýleny v cytoplazmě a jejich sedimentační koeficient je 70S
(endoplazmatické retikulum není přítomno)
- výživa je vyžadována v molekulární formě
- mohou být nepohyblivé, nebo pohyblivé (bičíky), či vykazovat klouzavý pohyb po povrchu
substrátu
- jsou všudypřítomné ve většině prostředí

 PROKARYOTA A „TROFIE“
- zisk energie a zdroj uhlíku jsou navzájem nezávislé
- Podle způsobu získávání energie můžeme rozlišovat: chemoorganotrofie, chemolitotrofie,
fototrofie (oxidace = ztráta elektronů; redukce = příjem elektronů)
- A podle výživy je možno prokaryota charakterizovat: autotrofní, mixotrofní, heterotrofní

 PROKARYOTNÍ TYP BUNĚK – DOMÉNA ARCHAEA A BACTERIA

- ARCHAEA - organizmy vyskytující se: ve vodách, na souši (především v anaerobních,
hyperslaných nebo hydrotermálně či geotermálně vyhřívaných prostředích), symbioticky v
trávicím traktu živočichů, kůže
- Znakem je:
přítomnost éterové vazby mezi glycerolem a vyššími mastnými kyselinami u lipidů v
plazmatické membráně (u bakterií je esterová)
postrádají murein (peptidoglykan obsahující kyselinu muramovou) v buněčné stěně
 - BACTERIA - nejpočetnější biotická složka (všudypřítomné v půdě, vodě i jako symbionty
jiných organizmů; některé jsou patogenní)
- tři fenotypová oddělení
 (gramnegativní typ buňky mající buněčnou stěnu
 grampozitivní typ buňky s buněčnou stěnou
 postrádají buněčnou stěnu
Toto členění dávalo představu o diverzitě bakterií, nebralo v úvahu chemotaxonomii ani
molekulární taxonomii bakterií a jejich vzájemné fylogenetické vztahy

 G- BAKTÉRIE S BS
- buněčná stěna složena z vnější lipopolysacharidové membrány a vnitřní relativně tenké
peptidoglykanové vrstvy obsahující kyselinu muramovou.
- barví se gramnegativně, ačkoliv někdy přítomnost exopolysacharidové vrstvy okolo
vnější membrány může způsobit grampozitivní zbarvení
- buňky jsou kulaté, oválné, nebo tvaru tyček (rovné či zakřivené), šroubovic či vláken;
ojediněle s pochvou nebo opouzdřené
- mohou být fototrofní nebo jsou nefototrofní, a to jak litotrofní, tak i heterotrofní
 G+ BAKTÉRIE S BS
- chybí vnější membrána a peptidoglykanová vrstva je poměrně tlustá
- mohou mít jako složku BS kyselinu teichoovou a/nebo neutrální polysacharidy; několik
zástupců obsahuje mykolové kyseliny
- barví se grampozitivně
- tvar buněk je kulatý, tyčkovitý nebo vláknitý a tyčky i vlákna se mohou větvit; někteří
zástupci – endospóry
- většinou heterotrofní

 BAKTERIE BEZ BS
- obecné označení - mykoplazmata
- nejsou schopny syntetizovat
prekursory peptidoglykanu
- buňky obklopeny cytoplazmatickou membránou, velice pleomorfní ve tvaru a velikosti
- k růstu vyžadují komplexní média

 KLASIFIKACE, NOMENKLATURA A IDENTIFIKACE

- Taxonomie je obecně brána jako dílčí synonymum systematiky nebo biosystematiky
(vědecké studium mikroorganizmů) a je dělena do tří celků: klasifikace, nomenklatury
a identifikace

 KLASIFIKACE
- zařazování jednotek do skupin (taxonů) na základě jejich podobnosti a příbuznosti)
- vyžaduje znalost význačných morfologických, biochemických, fyziologických,
chemických, molekulárně - biologických a genetických charakteristik (znalosti získávány
jak experimentálními, tak i pozorovacími technikami
- založena na komplexu dostupných údajů (= charakterizuje mikroorganizmy)
 - Praktická klasifikace (morfologické, biochemické a fyziologické údaje)
° mikroskopická morfologie – tvar, velikost, bičíky...
° makroskopická morfologie – vzhled kolonií, pigment, hemolýza...
° fenotyp – biochemické, fyziologické testy
Fylogenetická klasifikace – fenotypové vlastnosti doplněné o výsledky metod
molekulární biologie a o chemotaxonomické údaje
- ZÁKLADNÍ KLASIFIKACE - mikroskopická a makroskopická morfologie
- základní rodové testy: OFF, KAT, OXI, MOT, DNA, ….)
- zkumavkové a miskové testy: O129, GLG, GLT
ROZŠÍŘENÁ KLASIFIKACE - ENTEROtest 24; API 50CH; API ZYM

 NUMERICKÁ TAXONOMIE
- vyvíjí se jako část náročných analýz s cílem navrhnout stabilní sestavy metodik
- umožnila rozlišení jednotlivých kmenů prokaryot do homogenních skupin
(shromažďování údajů, zakódování, vypočítání podobnosti, analýza)
- sdružování do fenotypových skupin - v hrubých rysech totožné s taxony (forma matic)

 STUDIUM NK
- stále je jednou z hlavních technik u prokaryot (mol. % G+C, RNA/DNA hybridizace,
katalogizace rRNA nukleotidů, denaturace a renaturace DNA)
- Genotypové informace - odvozeny od nukleových kyselin
- Genotypové metody - přímo zaměřeny na studium polymorfizmu DNA/RNA molekul,
obráží přirozené příbuzenské vztahy kódované DNA
cíleny buď na celkovou DNA, nebo jen na určitý úsek DNA, (případně na analýzu
plazmidové DNA)

 STUDIUM CELKOVÉ DNA - Mol %G+C, RFLP analýza, PFGE, Velikost genomu, DNA-DNA
hybridizace
 STUDIUM ČÁSTI DNA – Ribotypizace, PCR, DNA sondy, DNA sekvencování DNA
 „FINGERPINTING“ PLAZMIDOVÉ DNA - Analýza polymorfizmu plazmidové DNA, RFLP
analýza plazmidové DNA
 Klíčovou metodou systematiky prokaryot je srovnání rRNA
 DNA-rRNA hybridy
 16S rRNA katalogizace
 MOLEKULÁRNÍ TYPIZACE A DETEKCE
- Rozvoj molekulárně biologických technik - molekulární typizace
- Genetická diverzita - diferenciace odlišných klonů mezi izoláty shodného druhu (z
různých zdrojů a míst i v různých časech) = subtypizace
- Polymorfismus – tímto označením se míní v populaci současná existence dvou nebo více
mutantních alel genu umístěného v příslušném lokusu na chromozomu
 TYPIZAČNÍ TECHNIKY – 3 SKUPINY
A. založené na lipopolysacharidech a mastných kyselinách: SDS-PAGE lipopolysacharidů;
FAME - používá se pro G- tyčky
B. založená na analýze složení proteinů buněčné stěny a vnější membrány: SDS-PAGE,
subtypizace G- bakterií; multilokus enzymová elektroforéza
C. založené na nukleových kyselinách:
- DNA sekvencování - přímé stanovení sekvencí nukleotidů v DNA
- restrikční analýza chromozomální DNA - srovnání počtu a velikostí fragmentů po
 působení RE (univerzálně aplikovatelná, citlivá, snadná metoda) – ribotypizace
- restrikční analýza plazmidů - extrakce, separace
- pulzní gelová elektroforéza - velké fragmenty DNA, analýza fragmentů bez nutnosti
hybridizačních metod
- polymerázová řetězová reakce - amplifikační metoda, znásobení specifických sekvencí
DNA nebo RNA, detekce (opakování cyklu denaturace, připojení primerů, prodloužení,
znovu denaturace a tyto kroky se mnohonásobně opakují)
 TECHNOLOGIE SOND NK
- SONDY NK = segmenty DNA nebo RNA, které byly označeny (komerčně připravované
DNA sondy - řadu bakteriálních patogenů)
- významná úloha v klinických mikrobiologických laboratořích
- detekovat a charakterizovat mikroorganizmus odpovědný za onemocnění
- využití tam, kde způsobující agens je málo aktivní, či nebylo izolováno
- aplikace adaptovány nejen pro výzkum, ale i k diagnostickým účelům
- DNA SONDY - značeny radioaktivním fosforem; nyní se používají jiné látky, např.
enzymy, chemiluminescentní molekuly, látky afinitní povahy; po hybridizaci jsou
imunologicky detekovány
- Výhody použití sond:
zkracuje se čas nezbytný k identifikaci náročného mikroorganizmu
laboratoř může zvýšit počet typů patogenů, které detekuje a identifikuje
umožňuje průkaz agens, které tradiční kultivační techniky neumožňovaly
rozlišení biochemicky podobných patogenních a nepatogenních kmenů
 PATOGEN
- označení mikroorganizmu schopného způsobit onemocnění
- Primární patogen způsobí onemocnění, kdykoliv se setká s hostitelem a přežívání
primárních patogenů je na hostitelích závislé.
- Oportunní patogen způsobí onemocnění hostitele za specifických podmínek a současně
se běžně vyskytuje také i mimo hostitele.

 KLASIFIKACE
- SÉROLOGICKÉ TECHNIKY- využívají chemického složení stěny buněk chovat se jako
antigen, tj. vyvolat produkci protilátek (aglutinace, precipitace, komplement fixační
reakce, imunofluorescence)
- ANTIBIOGRAM - Disky, MIC, E-test, S/R; G- x G+
- CHEMOTAXONOMICKÉ METODY - založena na stanovitelných chemických znacích
(metody analytické chemie)
analýzu chemického složení BS nebo jen její části
v pevné fázi (vlastní masa buněk) - přítomnost/nepřítomnost znaků
v tekuté fázi (metabolity: peptidoglykan – chemické složení, polární lipidy, mastné
kyseliny, mykolové kyseliny, polyaminy , lipopolysacharidy,....)
 POLYFÁZOVÁ TAXONOMIE
- taxonomie založená na kombinaci údajů získaných rozmanitými technikami
- obsahuje všechny dostupné genotypové, fenotypové a fylogenetické informace
- použití jen jedné metody je nedostatečné a je vyžadován mnohostranný přístup = tzv.
„polyphasic approach”
 NOMENKLATURA = označení jednotek definovaných pomocí klasifikace
- Je řízena mezinárodním nomenklatorickým kódem, nomenklatura může obsahovat dvě
části:
 informační či neplatné jméno (jména nemocí, antigenních variant)
 vědecké pojmenování (Mycobacterium tuberculosis)
- Jméno představuje binární kombinaci rodového jména a druhového označení
musí vyhovovat pravidlům z International Code of Nomenclature of Bacteria
(mezinárodně akceptována, bakteriální nomenklatura se jim musí podrobovat)
stabilní, jednoznačná, nezbytná
- Jméno prokaryotního taxonu je založeno na:
Validní publikaci,
Legitimitě – pravidla z International Code of Nomenclature of Bacteria
Prioritě publikace – dřívější pojmenování je platné
Efektivitě publikace
- jméno ze 2 částí – rodové jméno + druhové označení

- Hlavní principy pro validní označení nového taxonu (bakterie nebo archaea):
 priorita popisu
 nomenklaturní typy: typová kultura, neotyp
 podrobný popis: úplný popis nového taxonu, diagnóza
- Publikaci nového taxonu vyžaduje:
 jméno nesmí být homonymem již dřívěji uznaných jmen
 taxon nesmí být synonymem dřívějších taxonů
- Uznání popisu - taxonomické subkomise („minimální standardní sestavy“)
 úroveň rodu:
- procentuální obsah G+C bazí
- barvení, struktura buněčné stěny, typ metabolismu, kataláza a pohyblivost
- tvorba kyseliny z glycerolu, citlivost či rezistence k lysostafinu, lysozymu, furazolidonu,
bacitracinu a pteridinu; složení menachinonů, stanovení sekvencí a katalogizace rRNA
oligonukleotidů
 druhový popis:
- hybridizace DNA-DNA a stanovení bodu denaturace, ribotypizace
- morfologie kolonií, produkce pigmentu, kultivační podmínky, využívání cukrů, citlivost
 k novobiocinu, enzymatické testy (fosfatáza, arginin dihydroláza, ornithin dekarboxyláza,
ureáza, …), koaguláza, hemolýza
- produkce acetoinu, stanovení kyseliny mléčné, tvorba kyseliny z cukrů, hydrolýzy,
citlivost k antibiotikům, analýza cytoplazmatické membrány, stanovení proteinu A,
zjištění profilu celobuněčných proteinů

 IDENTIFIKACE = proces porovnávání neznámého se známým

- je praktickou aplikací klasifikace a nomenklatury
- Bakteriální identifikace je prováděna pomocí mikrotestů.
°Automatizované systémy - citlivost k ATB, hemokultury aj. (změna pH, uvolnění
chromogenu či fluorogenu, detekce metabolitů)
° Imunodiagnostické metody - antigen x protilátka
° Chromatografické metody – rozdílná rozpustnost látek
- Obecná definice druhu - seskupení sdílejících vysokou úroveň fenotypové podobnosti s
patrnou odlišností od zbývajících seskupení v tom samém rodu
- Fylogenetická definice druhu - jasně vymezená skupina navzájem příbuzných kmenů
sdílející 70% a vyšší DNA-DNA homologii, mající 98,7% shodu sekvencí pro 16S rDNA (!
97%neplatí!), vykazující 95-96% průměrnou nukleotidovou shodu (ANI) pomocí WGS
vykazující shodné fenotypové znaky
současně mající některé odlišné znaky od jiných skupin

 TRANSPORT KULTUR
MIKROORGANIZMŮ
- přepravovány pro účely
výzkumu, výuky či referenčního testování
- Infectious Substances Shipping Guidelines
- Kategorie A - infekční substance transportované v takové formě, že při vystavení může
infekční substance vyvolat trvalou invaliditu, život ohrožující nebo smrtelné onemocnění
- Kategorie B - infekční substance, které nesplňují kritéria pro kategorii A (biologické
substance)
nejsou vyžadovány na obaly žádné speciální testy
trojitý systém balení
balení musí obsahovat následující údaje: odesílatele a příjemce (jméno, adresu, tel.číslo
slovní označení „BIOLOGICAL SUBSTANCE, CATEGORY B” v blízkosti kosočtverečné značky
UN 3373
vývoz do třetích zemí: proforma faktura (obsahuje adresu příjemce, uvedení obsahu,
hmotnost a hodnotu zboží).
- Trojitý systém balení - primární, sekundární a vnější obal
 2 TAXONOMIE DOMÉN ARCHEAE A BACTERIA
 ZÁKLADNÍ CHARAKTERISTIKA PROKARYOT Z DOMÉN ARCHAEA A BACTERIA
Prokaryota = organizmy složené z jednotlivých buněk nebo shluků buněk
 nukleoplazma není oddělena jadernou membránou
 při buněčném dělení se nevytváří vřeténko
 cytoplazmatická membrána má složitou strukturu; vakuoly jsou vzácné
 ribozómy rozptýleny v cytoplazmě, není endoplazmatické retikulum
 výživa je vyžadována v molekulární formě
 buňky mohou být pohyblivé i nepohyblivé
 všudypřítomní obyvatelé rozmanitých prostředí
 převážně jednobuněčné, vzácně vláknité, mycelární, koloniální

TAXONOMIE DOMÉNY ARCHEAE

 Doména Archaea = suchozemské a vodní mikroorganizmy (anaerobní, hyperslané nebo
hydrotermálně či geotermálně vyhřívané prostředí) - „extremofilové”; kůže.
 odlišují se od ostatních prokaryot složením fosfolipidů v membráně, které se skládají z
dlouhých řetězců alkoholů navázaných éterovou vazbou na glycerol
 postrádají v buněčné stěně murein, tvar buněk je rozmanitý
 Některé znaky mají archaea shodné s doménou Eucarya:
- elongační faktor 2 (EF2) obsahuje dvojitou aminokyselinu difthamid
- první aminokyselina proteosyntézy není formylována
- některé tRNA geny obsahují introny
- RNA polymerázy jsou vícesložkové enzymy
- syntéza proteinů je inhibována anisomycinem, ale ne chloramfenikolem
 HLAVNÍ SKUPINY ARCHAEÍ
- methanogenní archaea
- sírany redukující archaea
- extrémně halofilní archaea
- archaea postrádající buněčnou stěnu
- extrémně termofilní a síru metabolizující archaea
 G+ mají v buněčné stěně pseudomurein, methanochondroitin a heteropolysacharid
G- mají povrchové vrstvy z (glyko) proteinů.
Buňky rozmanitého tvaru (kulaté, spirální, miskovité nebo tyčkovité formy)
 Taxonomicky je doména Archaea členěna do:
 kmene Crenarchaeota
 kmene Euryarchaeota

 KMEN CRENARCHAEOTA
 morfologicky rozmanité
 obligátně termofilní
 aerobní, fakultativně anaerobní, striktně anaerobní
 skládá se z jedné třídy Thermoprotei, která je členěna do čtyř řádů
 TŘÍDA THERMOPROTEI
 tyčkovité, diskovité, kulovité
 obligátně anaerobní, fakultativně aerobní, obligátně aerobní
 chemolitoautotrofní nebo organotrofní
 celosvětově rozšířené: kyselé termální prameny, bahenní sopky a jámy , podmořské
termální prostředí
 skládá se z řádů: Thermoproteales, Caldisphaerales, Desulfurococcales, Sulfolobales
 ŘÁD THERMOPROTEALES
 tyčky až vlákna, ztluštělé kulaté výčnělky
 hypertermofilní (75 – 100°C), mírně acidofilní (pH 4,5 – 7)
 aerobní až fakultativně anaerobní
 chemolitoautotrofní nebo sirná respirace
 stěna z proteinových nebo glykoproteinových podjednotek
 široce rozšířené v solfatárních horkých pramenech a podmořských hydrotermálních
systémech
 řád obsahuje dvě čeledě: Thermoproteaceae & Thermofilaceae
1. ČELEĎ THERMOPROTEACEAE
- chemolitoautotrofní x organotrofní (sirná respirace)
- 4 rody
a) ROD THERMOPROTEUS
- tyčky (neměnný tvar), obligátně anaerobní, sirná respirace
- teplotní rozmezí 85 – 90°C, pH 1,7 – 6,5
- kyselé horké prameny a vodní napajedla
b) ROD CALDIVIRGA
- rovné, zakřivené tyčky, kulaté výčnělky
- anaerobní, mikroaerofilní
- optimum růstu při 85°C, pH 3,7 – 4,2
- kyselé horké prameny
c) ROD PYROBACULUM
d) ROD THERMOCLADIUM
e) ROD VULCANISAETA
2. ČELEĎ THERMOFILACEAE
- štíhlé tyčky, obligátně anaerobní
- optimum 85 – 90°C, sirná oxidace
a) ROD THERMOFILUM
- buňky rozmanité délky, terminální sférické výstupky
- termoacidofilní (pH 2,8 – 6,7; teplota do 100°C)
- osídlují solfatárové horké prameny

 ŘÁD DESULFUROCOCCALES
 kokovitý až diskovitý tvar
 hypertermofilní (optimum 85 – 106°C), růst chemolitoautotrofní nebo organotrofní
 S-vrstva
 široce rozšířené: podmořské hydrotermální soustavy, solfatarické horké prameny
 2 čeledě: Desulfurococcaceae & Pyrodictiaceae
 1. ČELEĎ DESULFUROCOCCACEAE
- optimum růstu mezi 85 – 95°C
- anaerobní nebo aerobní
- růst chemolitoautotrofní nebo heterotrofní
a) ROD DESULFUROCOCCUS
- koky, obligátně anaerobní; pružná buněčná stěna
- teplotní optimum 85 – 90°C
- pevninské solfatarické oblasti
b) ROD IGNICOCCUS
- nepravidelné koky, bičíky
- striktně anaerobní; chemolitoautotrofní růst (produkují H2S)
- izolovány z horkých sedimentů a z aktivních sopečných vyvřelin
c) ROD STETTERIA
- koky diskovitého tvaru, pohyblivé
- S-vrstva
- heterotrofní růst
- teplotní rozmezí 68 – 102°C; pH 1,0 – 5,8
- sedimenty mělkých podmořských hydrotermálních pramenů
d) ROD ACIDILOBUS
e) ROD AEROPYRUM
f) ROD THERMODISCUS
2. ČELEĎ PYRODICTIACEAE
- buňky kokovité až diskovité
- hypertermofilní
- rostou chemolitoautotrofně nebo fermentativně
a) ROD PYRODICTIUM
- buňky nepravidelné, variabilní průměr
- chemolitotrofní, opt. teplota 97 – 105°C
- obal z proteinových podjednotek
- anaerobní sedimenty, hlubinné prostředí
b) ROD HYPERTHERMUS

 ŘÁD SULFOLOBALES
 kokoidní, laločnaté
 extrémně termoacidofilní, chemolitoautotrofní využívání síry
 aerobní, fakultativně anaerobní, obligátně anaerobní
1. ČELEĎ SULFOLOBACEAE
- Charakteristika čeledě – viz popis řádu.
a) ROD SULFOLOBUS
- buňky kokovité, vysoce nepravidelné
- obligátně aerobní, fakultativně chemolitoautotrofní (oxidace sirných rud, síry)
- rozmezí 65 – 85°C, pH 1 až 5,5; stěna z glykoproteinových podjednotek
- kyselá kontinentální solfatarová pole, horké úložky na venkovních haldách
b) ROD METALLOSPHAERA
- pravidelné až nepravidelné koky, pohyblivé, aerobní
- fakultativně chemolitoautotrofní, růstová teplota okolo 75°C, pH 1 až 4,5
- buněčný obal z proteinových podjednotek
- kyselá solfatarová zřídla a bahení sopky, horké úložky na haldách
 c) ROD SULFUROCOCCUS
- kokoidní nepravidelné buňky, S-vrstva (není murein)
- fakultativně litotrofní, termoacidofilní (40 – 85°C, pH 1 až 5,8)
- kyselé pevninské geotermální prameny, sopečný kráter

 KMEN EURYARCHEOTA
 morfologicky rozmanité; grampozitivní i gramnegativní
 pět hlavních fyziologických skupin
 Kmen se skládá z 8 tříd: Methanobacteria Methanococci Methanomicrobia Halobacteria
Thermoplasmata Thermococci Archaeoglobi Methanopyri
 METANOGENNÍ ARCHEAE
- fylogenetická diverzita
- DNA reasociace, podobnost sekvencování 16S rRNA, fenotyp
- 4 třídy s 5 řády metanogenních archaeí

 1. ŤŘÍDA METHANOBACTERIA
 pseudomurein v buněčném obalu
 lipidy složeny z kaldarchaeolu a myo-inositolu
 CO2 je hlavní substrát pro metanogenezi
 ŘÁD METHANOBACTERIALES
 buňky variabilního tvaru, grampozitivní
 pseudomurein je převládajícím polymerem
 striktně anaerobní (oxidace H2 , akceptorem elektronů je CO2 )
 vysoce specializovaná fyziologická skupina
 široce rozšířené v anaerobním prostředí
 dvě čeledě: Methanobacteriaceae & Methanothermaceae
1. ČELEĎ METHANOBACTERIACEAE
 charakteristika shodná s řádem
 oxidují vodík, mravenčan nebo CO
 akceptorem elektronů je CO2 , redukují metanol, síru;
 nerostou nad 70°C
a) ROD METHANOBACTERIUM
- rovné, zakřivené, zkroucené, krátké i vlákna
- grampozitivní
- striktně anaerobní, metanogenní prostředí,
- redukce CO2 na CH4
b) ROD METHANOBREVIBACTER
- koky, krátké tyčky
- grampozitivní, pseudomurein
- striktně anaerobní, vyžadují vitamíny skupiny B
- redukce CO2 na CH4
- gastrointestinální trakt člověka i zvířat, ústní dutina člověka, odpadní vody,
rozkládající se rostlinný materiál, půda (rýžová pole)
 2. ČELEĎ METHANOTHERMACEAE
 tyčky, pseudomurein i S-vrstva
 striktně anaerobní, chemolitotrofní, nerostou pod 60°C
 horké anaerobní prostředí solfatarových polí
ROD METHANOTHERMUS
- rovné až zakřivené tyčky, obal ze dvou vrstev
- striktně anaerobní, teplota 80 – 88°C, chemolitotrofní
- izolovány ze solfatarových polí

 2. TŘÍDA METHANOCOCCI
 pleomorfní (kokovitý) tvar buněk
 buněčná stěna z proteinů (ne peptidoglykan ani pseudomurein)
 striktně anaerobní, energii získávají při tvorbě CH4
 osídlují široké rozmezí O2 - prostředí; 1 řád (2 řády třída Methanomicrobia)
 ŘÁD METHANOCOCOCCALES
 viz třída; kokovité,mořské prostředí; 2 čeledě
1. ČELEĎ METHANOCOCCACEAE
 nepravidelné koky, stěna z proteinů, pohyblivé; mezofilní i termofilní
 donorem elektronů je H2 a mravenčan; akceptorem je CO2
a) ROD METHANOCOCCUS
- koky po dvou, mezofilní, obligátně anaerobní
- obligátně metanogenní
- slaniska, mořské sedimenty, sedimenty ústí řek
b) ROD METHANOTHERMOCOCCUS
2. ČELEĎ METHANOCALDOCOCCACEAE
 charakteristika – viz třída; hypertermofilní
a) ROD METHANOCALDOCOCCUS
- pravidelné i nepravidelné koky, pohyblivé
- obligátně anaerobní, hypertermofilní, obligátně metanogenní
- hlubokomořské hydrotermální průduchy, sedimenty

 3. TŘÍDA METHANOMICROBIA
 původně ve třídě Methanococci; methanogenní archaea (2 řády a 5 čeledí)
 ŘÁD METHANOMICROBIALES
 kokovité, tyčkovité, šroubovice; proteinová buněčná stěna (pochva)
 striktně anaerobní, energii získávají při tvorbě metanu
 široké rozmezí bezkyslíkatých prostředí; 3 čeledě
1. ČELEĎ METHANOMICROBIACEAE
 charakteristika – viz řád; většinou mořské druhy
a) ROD METHANOMICROBIUM
- rovné až mírně zakřivené tyčky, pohyblivé i nepohyblivé
- striktně anaerobní, pomalu rostoucí
- CO2 , H2 a mravenčan – metanogeneze; bachor krav
2. ČELEĎ METHANOCORPUSCULACEAE
 charakteristika – shodná s rodem
 a) ROD METHANOCORPUSCULUM
- nepravidelné koky, nepohyblivé i pohyblivé
- striktně anaerobní, CO2 redukují na CH4
- anaerobní bioreaktory, jezerní sedimenty
3. ČELEĎ METHANOSPIRILLACEAE
 charakteristika – shodná s rodem
a) ROD METHANOSPIRILLUM
- zakřivené tyčky, vlákna, pohyblivé, obal buňky je dvouvrstevný
- striktně anaerobní, CO2 redukují na CH4
- odpadní vody, bioreaktory, mořské sedimenty
 ŘÁD METHANOSARCINALES
 buňky kokovité, v balíčcích, pochvaté tyčky; stěna z proteinů
 striktně anaerobní, energii získávají za tvorby metanu
 bezkyslíkaté prostředí
 dvě čeledě (Methanosarcinaceae, Methanosaetaceae)
1. ČELEĎ METHANOSARCINACEAE
 charakteristika – viz řád
a) ROD METHANOSARCINA
- buňky nepravidelné, sférické, gramvariabilní
- striktně anaerobní, mezofilní i termofilní
- energii získávají za tvorby metanu
- sladkovodní i mořské prostředí, bioreaktory, bachor krav a ovcí
2. ČELEĎ METHANOSAETACEAE
 pochvaté tyčky
 Acetát → metan a CO2
a) ROD METHANOSAETA
- tyčky, pochva, termofilní i mezofilní
- metanogeneze
- odpadní vody, bioreaktory, horká zřídla, termální jezera

 4. ŤŘÍDA METHAOPYRI
 tyčky, G+ struktura (pseudomurein)
 H2 /CO2 je přeměňován na metan
 hypertermofilní; jeden řád s jednou čeledí
 ŘÁD METHANOPYRALES
 charakteristika – viz třída
1. ČELEĎ METHANOPYRACEAE
 charakteristika – viz třída
a) ROD METHANOPYRUS
- tyčky, S-vrstva
- obligátně anaerobní, hypertermofilní, chemolitoautotrofní
- hydrotermální sedimenty a horké hluboké průduchy
 5. TŘÍDA HALOBACTERIA
 tyčky i koky, pleomorfní, halocysty, nepohyblivé nebo pohyblivé, pigmentované
 vyžadují NaCl k růstu (3,5 – 4,5 M NaCl), chemoorganotrofní
 solná jezera, sodná jezera, solivary, sůl, solné doly, nasolené kůže a ryby
 chemotaxonomie odlišuje Halobacteria od jiných halofilních prokaryot
 ŘÁD HALOBACTERIALES
 charakteristika – viz třída
1. ČELEĎ HALOBACTERIACEAE
- charakteristika – viz třída
a) ROD HALOBACTERIUM
- buňky tyčkovité, pleomorfní, G-, striktně aerobní, extrémně halofilní, chemoorganotrofní
- solná jezera, sluneční solivary, solná ložiska, solené fermentované produkty (kažení
produktů)
b) ROD HALOCOCCUS
- gramnegativní koky, striktně aerobní; extrémně halofilní, chemoorganotrofní
- slaná jezera, solivary, mořská voda, kazící se nasolené ryby a kůže
c) ROD HALOFERAX
- pleomorfní buňky, striktně aerobní, kolonie - mukózní vzhled
- extrémně halofilní, vyžaduje Mg2+ , chemoorganotrofní
- mikrobiální populace Mrtvého moře, solivary
d) ROD NATRINEMA
- pleomorfní tyčky, gramnegativní, striktně aerobní
- chemoorganotrofní, kolonie pigmentované, extrémně halofilní
- kazící se nasolené ryby, solná jezera, solivary
e) ROD NATRONOCOCCUS
- gramvariabilní koky, nepohyblivé, aerobní, alkalifilní, halofilní
- alkalické a vysoce slané jezero Magadi

 6. TŘÍDA THERMOPLASMATA
 postrádají buněčnou stěnu;
 extrémně acidofilní a termofilní
 ŘÁD THERMOPLASMATALES
 charakteristika – viz třída
1. ČELEĎ THERMOPLASMATACEAE
- pleomorfní, postrádají buněčnou stěnu; obligátně heterotrofní
- samozápalné uhelné haldy, pevninské solfatary
a) ROD THERMOPLASMA
- buňky pleomorfní, obklopeny trojvrstevnou membránou
- fakultativně anaerobní, S se redukuje na H2S
- obligátně termoacidofilní, obligátně heterotrofní
- uhelné haldy (samovznícení), kyselá solfatarová pole
2. ČELEĎ PICROPHILACEAE
- buňky pleomorfní, obklopeny trojvrstevnou membránou
- fakultativně anaerobní, S se redukuje na H2S
- obligátně termoacidofilní, obligátně heterotrofní
- uhelné haldy (samovznícení), kyselá solfatarová pole
 a) ROD PICROPHILUS
- termofilní, hyperacidofilní, obligátně aerobní
- jemná tetragonální vnější S-vrstva
- NaCl inhibuje růst
- horké solfatarové půdy a zřídla

 7. TŘÍDA THERMOCOCCI
 hypertermofilní, heterotrofní
 mořské průduchy, pevninské termální prameny
 ŘÁD THERMOCOCCALES
 buňky sférické, pleomorfní
 striktně anaerobní, rozmanité zdroje uhlíku, tvoří H2S (merkaptany)
 hydrotermální prostředí
1. ČELEĎ THERMOCOCCACEAE
- charakteristika – viz řád
a) ROD THERMOCOCCUS
- pravidelné až nepravidelné koky, nepohyblivé i pohyblivé
- striktně anaerobní, extrémně termofilní
- obligátně heterotrofní, vyžadují NaCl
- pobřežní, podmořské solfatary, hydrotermální průduchy, pevninské termální prameny
b) ROD PYROCOCCUS
- nepravidelné koky, monopolárně peritrichální
- striktně anaerobní, heterotrofní růst, teplotní rozmezí 67 – 103°C
- vyžadují NaCl
- hydrotermální průduchy, sedimenty solfatar, horké vývěry v aktivních sopečných
komínech

 8. TŘÍDA ARCHAEOGLOBI
 pravidelné, nepravidelné koky, striktně anaerobní, hypertermofilní, neutrofilní
 ŘÁD ARCHAEOGLOBALES
 charakteristika – viz třída
1. ČELEĎ ARCHAEOGLOBACEAE
- charakteristika – viz třída
a) ROD ARCHAEOGLOBUS
- kokovité buňky, pravidelné i nepravidelné; striktně anaerobní, termofilní
- chemolitotrofní i chemoorganotrofní růst, tvorba H2S; stěna složena z S-vrstvy
- mořské sedimenty, hydrotermální systémy, krátery podmořských vulkánů,
pod povrchem permafrostu
b) ROD FERROGLOBUS
- buňky nepravidelné, kokovité; stěna složena z S-vrstvy
- striktně anaerobní, termofilní, fakultativně chemolitoautotrofní
- mělké mořské hydrotermální systémy