Molekulární antropologie

Molekulární antropologie
Lidský genom
Struktura lidského genomu
HUGO - Human Genome Project
 organizován centrálně DOE a NIH
 1990 - 2003
 sekvence genomu člověka + modelové organismy
o E. Coli, D. melanogaster, C. elegans
cíle:
 sekvence
 identifikace genů - 20 - 25 tisíc
 vznik databáze
 vylepšení nástrojů pro analýzu
 přinést technologie do soukromého sektoru
 etické, právní a sociální aspekty projektu
Chromosomy
 jsou číselně seřazeny podle velikosti - jen 22 < 21
 46 chromozomů - 22 párů autozomů a 1 pár gonozomů = 46 molekul
Funkční rozdělení: 1-3 % exony
49,9 % repetice
47,6 % unikátní sekvence
0,5 % pseudogeny
 kódující část - sekvence udávající pořadí AMK (struktura proteinů)
×
 nekódující část: introny
o regulační oblasti mimo geny
o DNA kódující RNA (ale ne mRNA) - vedou se spory jestli je nebo není
o virová DNA
o repetice a pseudogeny
C-value paradox:
 rozdílná velikost genomu mezi eukaryotními organismy, neodráží jejich komplexitu
 c = constancy
 1971
 vyřešeno objevem nekódující DNA
×
C-value enigma:
 organismy podobné komplexity mají různé množství nekódující DNA
 má nějakou funkci?, kolik je genů?
 odhadované množství genů s pokrokem techniky rapidně klesalo
 2014 lidí mají méně než 20 tisíc genů
 problém s predikcí genů - některé začínají nekódující sekvencí
Gen
 jednotka dědičnosti odpovídající za fenotyp (protein, receptor,…)
 exony a introny
 exony: UTR = untranslated část na konci a začátku (5'UTR a 3'UTR)
o jsou krátké - od nízkých desítek, medián je ±150 bp

1
Molekulární antropologie

Distribuce genů
 přepis je možný z obou vláken DNA (sen i antisens)
 v genu Fas je na antisens vlákně gen Saf (intronu Fas) = nested gene
Genové rodiny
 skupiny sekvenčně podobných genů
 vznikají genetickou multiplikací a rozrůzněním
 při ztrátě funkce duplikátu vznikají pseudogeny - většinou ztratí promotor
o nebo přepisem mRNA (už bez intronů) zpět do DNA
o je možná opětovná aktivace „ulovením“ promotoru
Histony
 spiralizují DNA
Rodina FRNA genů
 jsou na krátkých raméncích akrocentrických chromozomů tvořícím NOR (jadérko)
 na 5 chromozomu vždy v cca 60 kopiích
 je pro ně typické, že každý exon 1 genu je osamostatněný
Frekvence výskytu frekvence
 jedinečné × repetice
Repetice:
 tandemové × rozptýlené
Tandemové:
 Mikrosatelity (short tandem repeat = STR)
o 1 -5 bp, s různou repeticí motivu
o velký polymorfismus v populaci - využití ve forenzní antropologii
 v rámci množství a opakování
o nejčastější je CA motiv (0,5 % genomu)
 tvoří Z-informaci DNA
o variabilita vzniká proklouzáváním DNA polymerázy na repeticích
 ztratí se, trochu se vrátí a jede dál
 v eng slippage
o většinou v nekódujících oblastech
o v genu problematické - protažení produktu
 Huntington - protein ztrácí funkci - dochází k tomu postupně premutacemi
 Sy FRAXA
 Minisatelity (VNTR) - větší než STR
o např. telomery - při jejich ztrátě chromosomy fúzují
 TTAGGC
o gen pro inzulín má VNTR s ± 20 až 200 repeticemi
 nízký počet je asi predispozicí pro diabetes I typu
 vysoký počet chrání před vznikem diabetes II typu
 v Evropské populaci
 Makrosatelity - nejčastěji v centromerách
o stovky kbp
o polymorfismus
o Transpozony - skákající geny
o 3 třídy
 Class I - Retrotranspozony
 fungují jako retroviry - okopíruji a vložím
 DNA - RNA - CDNA - vložení
 často samy kódují reverzní transkriptázu

2
Molekulární antropologie

 virové mají LTR a Rt

 nevirové Line - nemají LTR
 Class II - DNA transpozony
 cut and paste = je jich konstantní množství
 transposáza - v místě vložení nestříhá přímo, ale asymetricky
 asymetrický kus se pak doplní podle druhého vlákna
 Class III - MITE
Transpozice a mutace
Lidský mikrobiom
větší než náš
souvisí s věkem i zdravotním stavem

Evoluční dědictví a choroby - principy evoluční medicíny

 mnoho teorií vzniku a vývoj nových variant z předchozích forem
28. 11. 11:30 B2 přednáška mimo rozvrh
o v průběhu dlouhých časových období
o okamžitě - polyploidizace
 přenos genetické informace z jedné generace do druhé
 změny frekvence jednotlivých alel v populaci
 symbiotický původ organel - získání nových funkcí
 pohlavní rozmnožování…

Evoluce
 projeví se ve fenotypu - anatomie, fyziologie
 genotypu - genetika

 evoluce není jen měna jedince, ale i změna prostředí (změnu vyvolává)

Evoluce genetické výbavy

Genetická variabilita
Vznik alel mutacemi (polymorfismem)
 mohou mít dopad ne fenotyp = polymorfismus alel
×
Rekombinace
 vázáno na pohlavní rozmnožování
 střídání haploidní a diploidní fáze - kombinace rodičovských genomů
 diploidie - umožňuje maskování recesivních alel
 pohlavní rozmnožování (meióza) - umožňuje větší rozrůznění
o kombinace chromosomů v gametách
Intragenové kombinace
 kombinace exonů a intronů (alternativní sestřih), inzerce transpozonů (skákající elementy)
Duplikace genů
 nerovnoměrný crossing-over
 translokace chromosomů
 polyploidizace
 duplikace chromozomů, nebo jejich částí - zmnožení genů může mít projev ve fenotypu
o větší produkce produktu genu
Mezidruhový přenos
 horizontální dědičnost
 Transformace - přenos DNA jednoho organismu do DNA hostitelské buňky

3
Molekulární antropologie

 Transdukce - přenos informace virovým vektorem

 Plazmidy - mimojaderná DNA bakterií (zdroj rezistence)
 Somatická hybridizace - splývání buněk, i jader (heterokaryon)
 Endosymbióza
o mitochondrie - původně aerobní proteobacteria (Rickettsie)
o plastidy
Co je zdraví?
 WHO, 1948 „stav úplné tělesné, duševní a sociální pohody, nejen absence nemoci či vady“
 Wikiskripta
o nepřítomnost nemoci
o stav úplné tělesné, duševní a sociální pohody, který je výsledkem souladu ve
vzájemném působení organismu a prostředí
Co je nemoc?
 narušení funkce a rovnováhy
 postihuje nemocného i okolí člověka
 dochází k dysbalanci mezi organismem a prostředím
Biologická kauzalita
Proximální příčiny = mechanické
×
Ultimátní = proč
 evoluční příčiny
 proč tato populace, proč v těchto podmínkách
 s ohledem na dlouhá časový rozptyl

 každý znak má oba typy příčin - pro pochopení je třeba znát obě
o medicína je aplikovaná - poruchu opravit nebo vyměnit součást
 bez kontextu evoluce nemá biologie (ani medicína) smysl
 fitness - dá se definovat pouze ve vztahu k prostředí
o vztah k prostředí medicína opomíjí
Evoluční medicína
 využití základních poznatků evoluční biologie ve prospěch medicíny a zdraví
×
 nechce vylepšovat druhy ani radikální přístupy
 neurychluje léčbu
 nezabývá se pouze významem obranyschopnosti

 stojí na selekci (přírodní, artificiální, pohlavní) variabilitě a dědičnosti

6 důvodů existence nemocí

Rychlost selekce
Mismatch = nesoulad
 organismus je adaptovaný na určité prostředí, ale může se z něj přesunout
 laktózová intolerance × perzistence
o laktáza je nutná pro kojení - pak slábne exprese jejího genu
o v populacích vázaných na chov dobytka exprese do dospělosti (Perzistence)
o většina světa není schopna laktózu trávit
o západní medicína označila adultní hypolaktázii za metabolickou poruchu

4
Molekulární antropologie

o záleží na kontextu původu a prostředí, jestli jde nebo nejde o poruchu

 reakce jedince záleží na prostředí jeho původu
 mnoho environmentálních změn je často důsledkem lidské aktivity
o domestikace dobytka a laktázová perzistence
o sociální a technologické změny
o změny sociálního prostředí - mnohem vyšší hustota osídlení - negativní důsledky pro
mentální zdraví
 rapidní změny prostředí (i sociálního) jsou příliš rychlé na adaptace (možná až za hranou)
Koevoluce (a kompetice) s rychle se vyvíjejícími organismy
 Mikroorganismy × adaptivní imunitní systém + vakcinace, antibiotika (Červená královna)
o rezistence
 Mikrobiota - trávení, syntéza vitamínů,…, ochrana před patologickými mikroby, jemná
doladění imunitního systému
o na oplátku žijí ve stabilním prostředí s přísunem potravy
Omezenost selekce
Trade-off znaků (něco za něco)
 Srpkovitá anémie a malárie - výhoda heterozygotů
o balanční selekce - časté u recesivních závažných onemocnění
o obdobná je Talasémie - také anémie
 Cystická fibróza - postižený gen CFTR
o všechny epitely jsou postiženy - je narušen transport chloridů a hospodaření s vodou
o 1. postižení plic - velmi hustý hled - v něm se dobře udržují infekce
o součást novorozeneckého screeningu
o nejčastější (majoritní) mutace ΔF508 - u heterozygotů rezistence vůči choleře?
(nejsou průjmy), tyfu? (patogen nevstupuje do buňky), bronchiálnímu astmatu?
(hospodaření s vodou)
 ale cholera je mladší - asi neplatí…
 Barva pleti - syntéza vitamínu D × ochrana před slunečním zářením
 Bipedie × velká mozkovna - tvar pánve a porody (nezralí novorozenci)

Omezenost přírodního výběru

 environmentální změna je rychlejší než evoluce
 černá skvrna na sítnici × oči hlavonožců - směr inervace
 neschopnost syntézy vitaminu C (kyselina askorbová) - předpoklad bezproblémového přijmu
z potravy v minulosti - mutace v genu pro něj nebyla odstraněna selekcí - dnes už přísun C
není tak bezproblémový
Naše neporozumění
Uzpů sobení na schopnost reprodukce a zdraví/dlouhověkost selekci nezajímají
 selekce není ve prospěch zdraví, ale reprodukce
Obranyschopnost a „utrpení“
 jde o způsob obranyschopnosti
 infekce × horečka
 zranění × strach

Mendelistická onemocnění s mnohem vyšším než očekávaným

výskytem
Faktory frekvence onemocnění v individuálních populacích
 mutační rychlost

5
Molekulární antropologie

 způsob dědičnosti
 selekce
 migrace
 demografická minulost - způsobují mismatch
Plně penetrantní dominantní onemocnění/stav bránící reprodukci
 měla by vymizet z populace, ale vznikají de novo = jejich frekvence výskytu odpovídá mutační
rychlosti = mutačně selekční rovnováha
 frekvence je stejná napříč oblastmi
 nízká frekvence
 bez majoritní mutace - každý případ je způsoben mutací v jiné části genu
Onemocnění s mírnějším projevem
 mutace genu se v populaci přenáší přes generace, ale může vzniknout i de novo
 může být ovlivněna populačními faktory -selekce
 s ohledem na historii může mít význam drift, efekt zakladatele,…

Duchennova muskulá rní dystrofie

 vysoká incidence 30/100 tisíc chlapců
 X recesivní dědičnost - ženy jsou přenašečky, fenotypově zdravé
 gen pro dystrofin je největší v lidském genomu - vysoká mutabilita - minimálně 30 % mutací
vzniká de novo
 max se naučí chodit - od 2/3 let do 15 se stav zhoršuje v rámci všech svalů
o v 15 na vozíků, mezi 20/30 rokem umírají
 mutace genu pro dystrofin - umožňuje opakované stahování a napínání svalových vláken, i
fixaci s extracelulární složkou svalu
 incidence onemocnění je světově velmi podobná
 nejčastěji jde o delece exonů
 mírnější forma Beckerova muskulární dystrofin - část produktu funguje/snížená produkce
o projevy třeba až v dospělosti
Huntingtonova choroba
 autozomálně dominantní
 manifestace až v dospělosti (40 až 50 let)
 jde o dynamickou mutaci - vzniká z premutace v předchozí generaci - expanze repetitivní
sekvence trinukleotidu (CAG) v 1. exonu pro protein huntington

počet repetic klasifikace status onemocnění

< ± 28 normální zdravý
28 - 35 přechodný zdravý
36 - 39 snížená penetrance ± postižen
> 39 úplná penetrance postižený

 postiženy jsou striatální buňky - nervová tkáň

 hromadí se produkt poškozeného proteinu
 1. příznaky - svalový třes, později problémy s chůzí, neschopnost pohybu a obsloužení se,
dezorientace, ztráta paměti, změny osobnosti, postupně přestávají poznávat okolí
o do 10 let jsou odkázáni na pomoc a do 15 let umírají
o progresivní demence
 3 % případů jsou de novo
 v Evropě (vyjma Finska) je 10× až 100× vyšší než ve zbytku světa
o efekt zakladatele se nepotvrdil

6
Molekulární antropologie

o existuje cca 6 haplotypů

o nemocní jsou statisticky častěji haplotyp 1 a 3
o důvodem je vysoká mutační rychlost, dominance onemocnění a postreprodukční
projev, míra výskytu v Evropě se vysvětluje driftem pro selekci haplotypů 1 a 3
Židovské dědictví
 malá reprodukčně uzavřená skupina - malá efektivní velikost populace
 mají v populaci +40 mendelistických děděných onemocnění
 kumulace chorob recesivního charakteru
 dědictví genetického onemocnění = DGO
 cystická fibróza, choroba Tay-Sachs, choroba Niemann-Pick
 působení driftu
 u Amišů taky

Onkogenetika
Buněčný cyklus
G1 fáze - nejdelší, variabilní část cyklu
 metabolicky aktivní část
 syntéza RNA, proteinů, doplnění organel, syntéza nukleotidů, příprava
na replikace
kontrolní bod cyklu pro vstup do S fáze
G0 - není součástí buněčného cyklu
 pokud potřebuje buňka z cyklu vystoupit, učiní tak v G1 fázi a opět se
do ní vrací
 pokud je nevýhodné se dělit
 jsou v ní buňky, které se nedělí
 vstup a odstup v restrikčním bodu
S fáze - replikace jaderné DNA
 mimojaderná DNA replikuje po celou interfázi
G2 fáze - růst buňky, syntéza RNA, proteinů, tvorba buněčných struktur
 syntéza rychlejší, transkripce pravděpodobně z obou chromatid
kontrolní bod cyklu pro vstup do mitózy
Mitóza - spiralizace chromosomů, rozpad jaderné membrány, vytvoření mitotického aparátu
 rozdělení chromatid a jádra
Cytokineze - rozdělení buňky
Replikace
 probíhá v 5 - 3 směru
 antiparalelní řetězec (váznoucí) replikován ve formě Okazakiho fragmentů
 semikonzervativní (1 staré a 1 nové vlákno) a semikontinuální
DNA polymeráza (DNA dependentní DNA polymeráza) - polymerace
 exo a endo nukleázová aktivita - umí vlákno štěpit uprostřed i od konce - využití při chybném
zařazení nukleotidů
o pokud zařadí špatný nukleotid, vrátí se, odstřihne ho a zařadí správný
o má proofreading aktivitu - kontroluje sama sebe - dělá celkem dost chyb, ale většinu
opraví
 připojuje nukleotidy za již existující kus nukleotidů (primer)
 umí vyštěpit primer a dosyntetizovat, ale řetězce nejsou spojeny
Primáza (DNA dependentní RNA polymeráza) - syntéza primeru
Helikáza - rozvíjí dvoušroubovici
Gyráza - rozvíjí a zpětně tvoří spiralizace vyšších řádů

7
Molekulární antropologie

Ligáza - spojování fragmentů

Substrát:
 nukleotid 3-fosfáty - připojují se vždy na 5
Telomery
 u lineární DNA je na 3' konci úsek, který nelze dosyntetizovat na druhé vlákno (oblast, kde
nasedl 1. primer) - oblast repetitivních telomer TTAGGG - během života dochází k jejich
zkracování
 brání fúzování konců chromozomů
Regulace buněčného cyklu
 cykliny a Cyklin dependentní proteinkinázy (CDK)
Cykliny - cyklická syntéza a odbourávání v průběhu buněčného cyklu
CDK - enzymy fosforylující další proteiny
 trvale přítomné v buňce, aktivované vazbou s cyklinem, inaktivace vazbou s inhibitory (p21)
 komplex cyklin/kináza - fosforylace proteinu - spuštění fáze cyklu
Inhibitory CDK (např. inhibitor p21)
 působí na komplex cyklin/CDK
 p21 je aktivován proteinem p53
 p53 - aktivován zejména při poškození DNA
Rb protein - když se fosforyluje uvolní transkripční faktory příslušných genů
Regulační body
po G1 fáze
 vzestup cyklinu E - aktivní komlex s CDK2 fosforyluje Rb protein
 Rb protein - když se fosforyluje tak se zablokuje, do té doby na sobě má transkripční faktory -
o uvolněné transkripční faktory se navážou na geny, jejichž produkty jsou nutné pro další
fázi (DNA polymeráza)
 kontrola chromozomů - v případě problému se pokusí o opravu, neuspěje-li tak spáchá
buněčnou smrt
po G2 fáze
 vzestup cyklinu B - komplex s CDK1 fosforyluje histony a některé prvky cytoskeletu (=
kondenzace chromatinu, rozvolnění jaderného obalu, přestavba mikrotubulů, …)

Geny regulující buněčné dělení

Protoonkogeny
 jejich produkty stimulují buněčné dělení
 je jich mnoho

8
Molekulární antropologie

o růstové faktory (FGF, PDGF)

o receptory pro růstové faktory (EGFR)
o receptory spřažené s G proteiny (MAS)
o membránové G proteiny a GTpázy (RAS)
o tyrozinkinázy (fosforylace proteinů) (SRC, ABL)
o serin/threonin kinázy (RAF)
o transkripční proteiny kontrolující buněčné cyklus (MYC, FOS, JUN)
 úloha v buněčných komunikacích a v přenosu signálu
 mutované formy = onkogeny - stálá nebo nadměrná mitotická aktivita
 mutace protoonkogenů má dominantní charakter = stačí změna v jedné alele
Změna protoonkogenů na onkogen
 chromozomální translokace - fúzované geny/asociace s jinými regulačními sekvencemi
 bodové mutace - substituce,...
 amplifikace = multiplikace
 inzerce retroviru
 inverze
 dysregulace imprintingu - metylace
 delece zcela výjimečně, neříkat to u zkoušky!
Důsledky změny
Ná rů st funkce
 abnormální produkt
o Filadelfský chromozom - zlom v c-ABL (tyrozinkináza) a c-BCR a lomené části se
vymění - na chromozomu 22 vznikne fúzní gen c-BCR a c-ABL = výsledek má stále
tyrozinkinázovou funkci, ale nemá regulační oblast = permanentní aktivita
 nadprodukce produktu
o translokace 8q/14q u Burkittova lymfomu, na 8. ulomená část obsahuje celý gen c-
myc, ale bez promotoru, na 14. IgH - reciproční výměna
o c-myc získá velmi aktivní promotor IgH - nadprodukce produktu (gain function)
Tumor/Nádor supresorové geny
 zastavují buněčné dělení
 musí být v rovnováze s protoonkogeny
 jejich mutace jsou recesivní - produkt z jedné alely stačí
o 1. zásah - mutace v nich často vznikají v zárodečné buňce - všechny buňky jsou pak
heterozygotní
o 2. zásah - pokud ale mutuje i 2. alela, pak dochází k aktivaci - buňka se může stát
nádorovou = LOH (loss of heterozygosity)
o = Knudsonova teorie dvojího zásahu
o jde o klonální vznik nádorů
RB1
 produkt v aktivním stavu váže regulační proteiny (myc, fos, e2f
 mutace zejména v retinoblastomu
TP53
 aktivuje produkci p21, umožňuje zástavu v G1 fázi, umožňuje apoptózu
 mutace u mnoha nádorů
Klonální vznik nádoru
 nádory vznikají vícestupňovým procesem 1. a 2. zásahem
 genetická změna v 1 buňce a její namnožení, pak další
změna

9
Molekulární antropologie

×
Chromothripsis
 událost, která způsobí rozpad jednoho/více chromozomů a jejich složení, ale v jiném pořadí (i
inverze)
 buňka pak získává extra potenciál - je nesmrtelná
 zcela výjimečně může způsobit i vyléčení

Úvod do cytogenetiky člověka

 chromos & soma = barvitelné tělísko
o v interfázi (většina času) rozvolněné

Chromatin
Euchromatin
 obsahuje strukturní geny - během S fáze se replikují dříve
 v interfázi despiralizovaná
 transkribované úseky - při barvení světlé pruhy
×
Heterochromatin
 převažují repetitivní sekvence, neobsahuje strukturní geny
 během interfáze více spiralizovaný
 replikují se až v pozdějších úsecích S fáze
 regulační funkce (poziční efekt), správné párování chromatid
Konstitutivní
 při barvení tmavé pruhy
 pravý heterochromatin
Fakultativní
 strukturně euchromatin chovající se jako heterochromatin
 lyonizovaný (inaktivace) chromozom X

Morfologie chromosomu
 v centrální oblasti primární konstrikce - centromera
o rozděluje podélně chromozom na 2 raménka (dlouhé a krátké)
o dlouhé q × krátké p
 sekundární konstrikce - organizátory jadérka
 na koncích telomery
Centromera
 primární konstrikce metafázního chromozomu
 regionální centromera (lidská charakteristika) - jde o delší úsek
o větší množství repetitivních sekvencí
o × bodová centromera - 1 bod
 nukleozom - část DNA omotaná na 1 histonu
 v nukleozomech centromery je místo H3 (histonu) jeho varianta CENP-A
o podle toho proteiny formující kinetochor rozpoznávají centromeru - propojují ji přes
kinetochor s tubuly dělícího vřeténka
 konstitutivní heterochromatin 0,3 až 5 mb
 5 až 15 tisíc kopií tandemové repetice (alfa-satelitní DNA)
 pericentrický heterochromatin - obklopuje ten konstitutivní

10
Molekulární antropologie

o váže kohezin
o zajišťuje soudržnosti chromatid
 v centromeře nedochází ke kovalentní vazbě - pouze Van der Wals a proteiny koheziny
o nejsilnější propojení v pericentrické oblasti
 kinetochor - vnitřní a vnější - na vnější se napojuje dělící vřeténko
Organizátory jadérka (NORs)
 nucleolus-organizing regions
 sekundární konstrikce
 oddělují satelity chromosomu - kondenzované části chromatinu - při despiralizaci tvoří
jadérko
 jsou v nich geny pro ribozomální DNA (rDNA) - tandemově repetitivní
Telomery
 konstitutivní heterochromatin na koncích chromozomu
 repetitivní sekvence DNA v sekvenci TTAGGG - 500 až 3000 kopií - jejich počet klesá s věkem
 přidružené telomerické sekvence (TAS - telomere-associated regions) - centromeričtěji
uložené
 ochrana proti degradaci
o subtelomerické oblasti jsou bohaté na geny
 ochrana proti fúzi s jinými molekulami DNA
 ochrana informace (zkracování opožďujícího se vlákna při replikaci DNA)
 T- loop - přesahující vlákno se zanoří do očka o část vlákna zpět
×
 telomerické G-Quadruplexy - proteiny vytvoří tuto strukturu
Charakterizace chromosomů
 chromozomy se klasifikují podle poměru dlouhého a krátkého raménka
 dnes se používá centromerický index = p / ( p + q ) = délka krátkého raménka vůči celkové
délce
o telocentrický/akrocentrický, submetacentrický metacentrický
Mitóza × Meióza
 obojí jsou jaderná dělení (karyokineze)
 Mitóza: 2n →2n, 2c → 1c
 Meióza: snížení ploidie 2n → n, 2c →1c
o I: 2n → 1 n
o II 2c → 1c
o spermatogeneze - 4 haploidní spermie
×
o oogeneze - meióza I (sekundární oocyt a 1. pólové tělísko), meióza II (dělí se jen
sekundární oocyt, - oocyt a 2. pólové tělísko)
Karyotyp druhu
 sestava chromosomů charakteristická pro jeden druh
 Homo sapiens - 46 chromozomů, 22 párů autozomů a 1 pár gonozomů
o 46, XX × 46, XY - nomenklaturní úsuz zápisu
Karyogram člověka
 chromosomy očíslovány podle velikosti - ale 22 > 21
 dělí se do skupin podle typu
o A - velké metacentrické 1 - 3

11
Molekulární antropologie

o B - velké submetacentrické 4 - 5
o C 6 - 12 - středně velké submetacentrické
o D středně velké akrocentrické 13 - 15
o E malé submetacentrické 16 - 18
o F malé 19 - 20
o G 21 - 22
o pohlavní chromozomy - X je zhruba jako 9, Y je zhruba skupina G

Numerické mutace chromozomu

 všechny změny počtu chromozomů oproti normálnímu stavu
Polyploidie
 změna počtu celých sad
 např. oplození 2 spermiemi - triploidie
Aneuploidie
 změna počtu jen některých párů
 autozomů i gonozomů
 ztráty i zisky
Triploidie
 většinou 69, XXX nebo 69, XXY (69, XYY velmi vzácně)
o přibližně 1 % oplození
o 17 až 18 % chromozomálních anomálií u abortů
o vzácně se dožijí porodu
 známe více než 50 případů, většinou úmrtí krátce po narození (max 10 měsíců)
o hypotonie, faciální stigmatizace, syndaktylie, malformace končetin, malformace
vnitřních orgánů,…
 cca 20 případů mozaiky - mix diploidních a triploidních buněk
o možná vzniklo chimerismem
o mírnější klinické projevy - růstová a psychomotorická retardace, poruchy růstu
končetin a vnitřních orgánů, poruchy genitálu
o max 10 let
 Diandrie - oplodnění vajíčka diploidní spermií/dvěma spermie
 cca 2/3 případů
 relativně vyvíjení v pořádku (může docházet k mikrocefalii) a abnormálně velká cystická
placenta
 Digynie - vzácnější, cca 1/3 případů
 chyba v meióze I u vajíčka/nebylo vyloučeno 2. pólové tělísko/ vstřebání pólového tělíska
vajíčkem
 těžká intrauterní růstová retardace plodu (zmenšení), relativní makrocefalie, abnormálně
malá placenta bez cyst
Aneuploidie autozomů
 mechanismy jsou u autozomů i gonozomů stejné
 cca 0,2 % u novorozenců
 spontánní potraty cca 27 - 30 %
 v oocytech 15 - 20 % × 5 % ve spermiích
o spermie si mohou dovolit tvrdé síto - jsou tam tisíce náhradní
×
o u vajíčka je snaha ho zachránit - za život cca 400

12
Molekulární antropologie

 stávají se stejně často u všech chromozomů (s výjimkou 21) na úrovni pohlavních buněk
Monosomie
 extrémně vzácné - i u spontánních potratů
Trisomie
 u spontánních potratů nejčastěji chromozom 16 (30 %) - různá mortalita
 v úplné nebo mozaikové formě známe všech chromozomů vyjma 1 a 11 (ty jen u potratů)
 nejčastěji 13, 18 a 21 - ostatní o několik řádů vzácnější
 čím je na chromozomu více genů, tím je trisomie letálnější
Mechanismy vzniku
 nondisjunkce (chybný rozchod) v meióze I
o častěji v meióze I než v meióze II, častěji oocyty než spermie
 předčasný rozchod chromatid jednoho z chromozomů v meióze I
 nondisjunkce v meióze II
 mitotická nondisjunkce - vznik mozaiky
Rizikové faktory nondisjunkce
 věk matky - čím vyšší, tím větší riziko
o hypotéza 1 - oocyty dozrávají v pořadí, v němž vstupují do meiózy, oogonie vstupující
později (a déle v ní setrvávají) vykazují větší chybovost, ale na ty přijde řada později
o hypotéza 2 - vajíčko, které dozraje, prochází výběrem, který folikul je nejvíce
připraven - při každém cyklu se vybere to nejpřipravenější - na začátku se vybírají ty
super připravené, později ty horší
 aberantní rekombinace - „zamotání“ vláken chromatinu v MI
 nebo narušení soudržnosti chromatid - komplex se rozpadne předčasně a nedocestuje tam,
kam má
 teoreticky genetická predispozice
Trisomie 21
 Downův syndrom - 95 % (5 % Robertsonova translokace)
 47, XX, 47, XY, +21
 nejčastější příčina mentální retardace
 popsán 1969
 M 1,2 : 1 Ž
 spermie disomické pro ch21 častěji nesou chY
Downův syndrom
 mentální retardace, malý vzrůst, svalová hypotonie, šikmé oční štěrbiny, makroglosie, plochý
kořen nosu, ploché záhlaví, malformace uší,…
 častá brachydaktylie (krátké prsty), palmární rýha, oddálený palec u nohy
 časté anomálie srdce - bývala to nejčastější příčina úmrtí - ve věku cca 30 let
o dnes běžně 60 třeba i 70 let
 zvýšené riziko leukémie
 u pacientů s mozaikou jsou projevy mírnější
 vysoká variabilita u pacientů s úplnou i mozaikovou formou
 na fenotypu se podílí různé regiony ch21
Trisomie 18
 47, XX +18 nebo 47, XY,+18
 Edwardův syndrom
 mentální růstová retardace, neonatální hypotonie následovaná hypertonií

13
Molekulární antropologie

 kraniofaciální znaky - prominující záhlaví, nízké čelo, krátko oční štěrbiny, malá ústa, úzké
patro, nízko posazené a malformované uši, mikrognatie
 při narození sevřené pěsti s překrývajícími se prsty, hypoplastické nehty
 poruchy srdce, ledvin
 nízká šance na dožití - medián dožití 5 dní, 40 % se dožije týdne, 10 % roku
 v mozaice - menší projevy, stejně krátká perspektiva dožití
 častější u žen
Trisomie 13
 nepatrně častější u žen
 47, XX/XY +13
 Patauův syndrom
 výrazná mentální a růstová retardace
 různý stupeň vyhlazení povrchu mozkové kůry
 mikrocefalie, vady vlasů, na čele hemangiomy
 hodně na oči - mikroftalmie, kyklopie
 rozštěpy rtu a patra
 anomálie srdce, ledvin, polydaktylie
 medián dožití 2,5 až 7 dne - 5 % se dožije 6 měsíců
 mozaiková forma: mírnější projevy, ale stále závažné
Aneuploidie gonozomů
 méně závažné
Monosomie 45, X
 pouze ženy
 1 až 2 % ze všech oplození, ale 99 % se potratí
 nejčastější chromozomální anomálie u spontánních potratů
 způsobuje Turnerův syndrom - možná že lidé s Turnerovým syndromem jsou v mosaice
Turnerův syndrom
 vyšší riziko poruch učení
 malý vzrůst
 často vady srdce a cév - ale ne fatální, zvýšená rizika
 ageneze vaječníků - neplodnost
 často dojde k diagnostice až při nenastoupení menarché - klinický genetik pak provede
diagnostiku
Nadpočetné chromosomy X
 47, XXX
 pravděpodobně maternální nondisjunkce v MI
 vyřešeno částečně inaktivací nadbytečných X
 malé diagnosticky podchycené
 nadprůměrný vzrůst
Nadpočetné chromosomy Y
 47, XYY
 pravděpodobně paternální nondisjunkce MII
 malé diagnosticky podchycené, 12 %
 vysoká postava
 častější poruchy učení

14
Molekulární antropologie

Nadpočetné chromosomy X a Y
 47, XXY
 muž
Klinefelterův syndrom
 neplodnost, jinak minimální znaky
 vysoká postava, dlouhé končetiny
 sekundární pohlavní znaky mohou být smíšené i ženské - gynekomastie

Epigenetické mechanismy ve zdraví a nemoci

Faktory podílející se na fenotypu předmět Epigenetika
 genetické Svoboda
× je to těžké, s úkoly
 environmentální
 někde mezi nimi jsou epigenetické

Epigenetika
 epigeneze = ontogenetický vývoj organismu s plynulým přechodem od jednoduchých
struktur a funkcí ke komplexním (v nekonečnu)
 ×
 preformismus - individuální vývoj je založen na předem daných strukturách (s
determinovaným limitem)
 dnes víme, že vývoj je souběh obojího
 epigenetika - soubor změn genové exprese, ke kterým dochází v průběhu ontogeneze - jejím
následkem je tvorba odlišných buněčných typů, tkání a orgánů
 v kontextu je Teorie dědičnosti získaných znaků (Lamarck) - předávání dispozic a schopnosti
adaptace namísto získaných znaků či zkušeností
 dlouho se myslelo, že epigenetika platí jen u rostlin
 definice: mitoticky i meioticky děděné změny genové exprese, ke kterým dochází beze
změny primární genetické informace
 čistě hypoteticky do epigenetiky spadá i mikrobiom
 většina epigenetických změn se anuluje v germinální linii
 aktivací a inaktivací genů (exprimace) umožňuje jiný fenotyp se stejnou genetickou informací
 často platí variabilní expresivita a neúplná dominance
 epigenetické faktory vydrží nepředvídatelně dlouho - jde o reverzibilní změny
o často jsou vyvolány změnou vnějších podmínek - rozvolněná hranice mezi genetikou
a prostředím

Epigenetické mechanismy
 Metylace DNA - navazování CH3 skupin
 Modifikace histonů -
o acetylace
o metylace
o ubiquitinace
o fosforylace
o , ...
 Proteinové komplexy vážící se na chromatin (pocomb proteiny)
 Regulace transkripce prostřednictvím RNA - krátké RNA fragmenty = RNA interference (short
interfering RNA = siRNA)

15
Molekulární antropologie

Metylace DNA
Mechanismus
 metylace DNA - postreplikační modifikace (podle konzervativního vlákna)
 predominantně se metyluje cytosin (může i adenin) v CpG dinukleotidech
 u eukaryot je biologicky významná metylace cytosinu na C5 purinového kruhu (5-
methylcytosin) = nejčastější metylace
 metyl se získává z SAM (S-adenosin metionin) - jde o esenciální AMK
o metionin - maso, ryby, ořechy, obiloviny, jogurty × opravdu není v luštěninách
 + často dochází u 5-methylcytosin ke spontánní deaminaci za vzniku tyminu
o nejde o epigenetiku - změna v primárním genetickém zápisu
o horký bud mutageneze
o nedochází k tomu v místech, kde se cytosiny nemetylují
 metylují se cytosiny v sousedství guanosinu (v rámci jednoho vlákna) - CpG dinukleotid
Distribuce
 velmi často v repetitivních frekvencích - heterochromatin
 až 80 % CpG míst je metylovaná a ve shlucích (CpG ostrovy)
o některé ostrovy se nemetylují - ty regulačních úseků genů (promotory)
o tím, že se promotor nemetyluje, tak se nemění exprese genů a sekvence je
konzervovaná (nevznikají tam tyminy)

Význam metylace pro buňky a její DNA

 krátký čas po replikace je jedno vlákno metylované a druhé ne - v této časové proluce buňka
rozpozná které vlákno je nové a které konzervativní - to kontrolním a reparačním
mechanismům určuje které vlákno opravit
 tymin-DNA-glykosyláza specificky nahrazuje T v T/G mismatch sekvencích
o nedostatečně efektivní a preventivním vzniku rychlých mutací dinukleotidů - zřejmě
kvůli raritnímu výskytu CpG ostrůvků

Enzym zajišťující modifikace histonů a DNA

 DNA/histon metyltransférázy (DNMT, HMT)
 DNA, histon demetyláza
 hostin acetyltransférázy (HAT)
 histon deacetylázy (HDAC))
 histon kinázy - fosforylují
 histon fosfatázy - defosforylují

 jde o mnohonásobně složitější a komplexnější systém než genetický kód
 efekt záleží na konkrétní lokalizaci epigenetické změny
 u tumor supresorový genů je metylace velmi důležitá - pokud k ní dojde, tak není funkční
 epigenetické změny většinou mění expresi někde v plynulém pásmu 0 až 100 %

Epigenetické jevy
 Nezávislá segregace alel: 2 odlišné alely v heterozygotu při miose segregují, v nezměněné
podobě se přenášejí na potomstvo
 alely se mohou podrobovat vzájemným interakcím, které mají za následek dědičnou změnu
na jejich exprese = paramutace (přenos i na další generace)
 alela v 1 generaci dědičně ovlivní alelu v další generaci

16
Molekulární antropologie

Premutace
 paramutagenní a paramutovatelná (ovlivněné) alela
 mění genovou expresi jedné z alel
 přenos i na další generace
 paramutagnní předá svůj zvor mutace paramutovavé alely
 podle mutované alely se vytváří siRNA která umí umlčet normální variantu
o siRNA se dostávají z matky na potomka
siRNA a „gene silencing“ (RNAi)
 umožňuje u eukaryot rozeznat dvouvláknové DNA viry
 na dvouvláknovou DNA se naváže protein dicer - vyštěpí krátký úsek
 tento úsek tvoří komplex s proteinem (RISC)
 rozvolnění siRNA a aktivace RISC
 tvoření dsRNA na jedno-řetězcovou
 rozpoznání cílové mRNA a štěpení cílové…???
 Pravidlo dentity…???

Genový imprinting
 některé alely jsou aktivní pouze od matky, jiné pouze od otce
 paternální a maternální imprintované geny
 dědičnost v somatické linii × reprogramování v germinální linii
o v kmenových buňkách také dochází k reprogramování
 v zygotě se odstraní všechny značky a začíná se de novo × zůstávají značky, které říkají kde, co
má být, jde asi o polyproteiny
 teorie rodičovského konfliktu - matka vyživuje plod na úkor sebe - plod by měl být malý ×
otec chce plod co největší
o paternálně aktivované geny podporují růst
o maternálně aktivované geny růst potlačují
o ideálně jsou v rovnováze
o Beckwith-Wiedemann syndrom - chybný imprinting genu Igf2 (insulinový růstový
faktor) či H19 (růst stimulující RNA) - ideálně má plod aktivní jednu alelu od každého
o pokud má potomek 2 chromosomy stejné - 2× více Igh2 a vůbec exprimovaný H19
o nadměrný růst v prenatálním vývoji
o podobná, ale opačná situace jako u Russell-Silver syndrome - maternální disomie -
růstová retardace
 víme o cca 80 až 100 tomuto podléhajícím genům

Epigenetika a onemocnění u člověka

 dysregulace u vázaných vývojových syndromů
 epigenetické dysregulace u nádorů
 nově epigenetické regulace u onemocnění asociovaných s „developmental origin“ hypotézou
= kardiovaskulární onemocnění, T2D, obesita, neuro vývojová onemocnění (autismus)
o dnes silně na vzestupu - skrze prostředí epigenetikou
Angelman syndrom × Prader Willi syndrom
 střízlík × extrémní obezita
 způsobeny poruchami ve stejném lokusu chromozomu 15 - delece nebo uniparentální
disomie
 maternální delece × paternální delece
 paternální disomie × maternální disomie
 vliv mají i sekvenční změny

17
Molekulární antropologie

Epigenetické dysregulace u nádorů

 de-novo metylace nejsou časté - úplně na začátku ontogeneze
o výjimkou jsou de-novo patogenické metylace vedoucí k nádorům

Myši a péče o mláďata

 některé matky se vzorně staraly o mláďata × špatná mateřská péče
 potomci pečující - vyrovnaní veselí jedinci schopní řešit stresové situace
 potomci nepečujících - vystreslí neurotici neschopní řešit problémy
 pokud jim ale matky prohodily - tak se i potomci neurotiků (adoptivní pečující) o své vlastní
mláďata začali starat
 když se o někoho pečuje spouští se mu produkce serotoninu - spouští se kaskáda - exprese
genu pro glukokortikoidy
 pokud potomek neprojde péčí, receptor pro glukokortikoidy je metylován a neexprimuje se
 po narození má význam jak je staráno o potomka
 jak dlouhá je tato fáze u člověka?, a jaká je ta správná péče?

Agouti
 gen agouti podmiňuje hnědé zbarvení myší - vede ke hnědé barvě
 před začátkem genu v místě promotoru je vložen retroelement (ty mívají metylované
repetice) - může a nemusí být methylová
o methylová je s dostatkem substrátu
 pokud je metylován, nic nedělá - dochází k expresi genu - hnědé myší
 když není metylován, uplatňuje se - gen se neexprimuje - žluté myši
 strava bohatá na CH3 skupiny pak zvyšuje míru metylace - tmavší myši
 jde o analogický znak - škála od žluté po hnědou

Epigenetické dysregulace a obesita

Epigenetická epidemiologie
 studium asociací mezi epigenetickými variantami a rizikem vzniku nemoci
 u obezity: problém s tou pravou tkání - zodpovídá za to hypotalamus
 zabývá se tím Nutri(epi)genetika
 přes epigenetiku je možné progresivní udržování/stabilizace „syndromu choroby“

Ekogenetika (Ekogenomika)
 studium interakcí genů a prostředí
o nutrigenetika
o farmakogenetika
o toxikogenetika
 strava, sociální status, peer pressure, mikrobiota, in utero vývoj, viry, znečištění prostředí,
léky, cvičení,…
 studování známých děděných predispozic pro:
o léky - reakce na léčbu
o pesticidy
o vdechované polutanty
o jídlo
o potravní aditiva
o smyslové stimuly - sociální status a tlak
o imunologie
o infekce

18
Molekulární antropologie

Modely interakce genů s prostředím

 jednoduché závislosti neexistují: dichotomní genotyp i expozice
o wild-type genotyp nevystavený expozici = 0 riziko onemocnění
o wild-type genotyp vystavený expozici = nízké riziko onemocnění
o nositel rizikové varianty nevystavený expozici = nízké riziko
o geneticky predisponovaní + vystavení environmentálnímu riziku = vysoké riziku
 dichotomní genotyp, 3 kategorie expozice
o rozdíl v riziku mezi oběma genotypy je patrný pouze při expozici středním hladinám
rizikových faktorů prostředí
 vědní obor, který zažívá exponenciální boom
o jde o akutní problematiku
o velké zapojení soukromého sektoru, i farmaceutické společnosti
Nutrigenetika
 = nutriční genetika/genomika
 jde o personalizovanou medicínu
o optimální stravovací režim pro konkrétní osobu
 nutrigenomika = přístup od stravy ke genům
o jak strava působí na konkrétní geny a jejich expresi
×
 nutrigenetika = od genů ke stravě
o jak konkrétní geny ovlivní moji reakci na konkrétní složky potravy
Základní předpoklady
 individuální genetická výbava je zodpovědná za to, do jaké míry strava ovlivňuje rovnováhu
mezi zdravím a nemocí
 nevhodná strava = rizikový faktor rozvoje onemocnění

Interakce výživa-gen
Přímá interakce
 výživné látky po interakci s receptorem se chovají jako transkripční faktory schopné vazby na
DNA a indukce exprese DNA
Epigenetická interakce
 bioaktivní látky ze stravy jsou schopny změnit strukturu DNA, čímž změní její expresi
Genetická varianta
 běžné genetické varianty (i mutace) mohou změnit expresi nebo funkci genu
Genetická varianta
 Fenylketonurie
 Homocystinurie
 Galaktosemie
 Laktózová intolerance
 Deficit glukózo-6-fosfát dehydrogenázy (G6PD)
 Rozdílná aktivita acetaldehyddehydrogenázy (ALDH)
 Vnímavost hořké chuti - fenylthiokarbamid (PTC)

 většinou stačí ze stravy vyloučit konkrétní složky - u monogenních

Fenylketonurie
 1:10 tisícům, autozomálně recesivní

19
Molekulární antropologie

 mutace pro enzym fenylalaninhydroxylázu - fenylalanin je v podstatě esenciální

o fenylalanin je proměňován na tyrosin
o fenylalanin je nezbytný pro tvorbu neurotransmiterů
 fenylalanin se hromadí a odbourává se paralelními dráhami (přes k fenyl-octovou, fenyl-
pyrohroznovou a fenyl-mléčnou)
 gen PAH
 novorozenecký screening - Guthrieho karty (krev z paty novorozence, od 60. let)
o při prokázání okamžitá dieta (matky a pak dítěte) - standardní vývoj mozku
 terapií je dieta s nízkým obsahem fenylalaninu
o maso, čokoláda, vejce, obilniny, jogurty, luštěniny, kvasnice, mléko, ořechy,
aspartam,… (skoro všechno)
Homocystinurie
 nekonzistentní prevalence: 1: 1800 až 1:65 tisícům (populačně specifická)
 porucha enzymu cystathionine-beta-syntáza - enzym na dráze přeměny metioninu na
homocystein (toxický) a posléze cystein
 celá řada mutací v genu CBS - majoritní 2 mutace
o G307S - pyridoxin (B6) neresponzivní
o I278T - pyridoxin responzivní léčba
 exprimuje se v játrech, fibroblastech,…
 terapie: léčba B6 × celoživotní nízko bílkovinná dieta s nízkým obsahem metioninu
 diagnóza: postižení kostry, vpáčený hrudník, Marfanoidní habitus, osteoporóza, postižení
kloubů, dislokace čočky, kardiovaskulární onemocnění, Ischemická porucha srdeční, mentální
retardace, psychiatrické problémy, epilepsie
Galaktosemie
 skupina onemocnění - postižení stejné věci na různé úrovně
 1: 35-60 tisíc
 blokace dráhy metabolizace galaktóz
o součást laktózy (galaktóza + glukóza)
 nejčastěji deficit enzymu galaktóza-1-fosfát-uridyltransferázy, který metabolizuje galaktózu-
1-fosfát na UDP-galaktózu
 hromadění cukrů toxické - glykosylace, hlavně jater, ledvin a mozku
 cca 230 mutací, nejčastěji Q 188R, K282N, L195P
 léčba: bez laktózová strava
 dodržovat v těhotenství - galaktóza prochází přes placentu
 klinické projevy:
o projev 4-9 den po narození - odmítaní příjmu stravy
o hubnutí, průjem, letargie, hypotonie
o rozvoj katetru
o poškození jater, žloutenka,
o hypoglykémie a hypoalbuminemie
o renální Fanconiho syndrom
o vysoká citlivost ke gram negativním sepsím (E. Coli)
o poruchy myelinizace - snížení intelektu, deprese
o poruchy vaječníků - primární či předčasná insuficience - oogonie jsou vedeny k
apoptóze až atrofuje vaječník -
Laktó zová intolerance
 Gen LCT pro enzym laktáza phlorizin hydroláza - exprese v tenkém střevě
 kongenitální forma: nejčastěji mutace Y1390X - od začátku není funkční - neschopnost trávit
mateřské mléko
 mutace asociované s perzistencí: je jich celá řada a jsou populačně specifické

20
Molekulární antropologie

Deficit glukó zo-6-fosfá t dehydrogená zy (G6PD)

 X vázané - ale mohou ho mít i ženy i případě nevhodné inaktivace X
 = fašismus
 souvislost s reakcí buněk na oxidativní stres - umožňuje změnu NADP+ -> NADOH
 projev:
o všude vyjma erytrocytů jsou alternativní možnosti
o obvykle kontinuální proměna v míře produkce - při úplné neprodukci letální
(erytrocyty praskají)
o po podání některých léků
o po požití bobů fava
o po buněčném stresu bakteriální nebo virovou infekcí
o hemolytické krize × i téměř bezpříznakoví jedinci
 balanční selekce ve prospěch heterozygotů - ve prospěch srpkovité anémie
Vnímavost hořké chuti - fenylthiokarbamid (PTC)
 determinované genem pro chuťové receptory jazyka, TAS2R38
 silní a slabí chutnači hořké chuti
o silní chutnači nezvládají brokolici, velmi málo z nich kouří
Rozdílná aktivita acetaldehyddehydrogená zy (ALDH)
 acetaldehyddehydrogenáza - ztráta vede k nesnášenlivosti alkoholu
 nejčastěji ALDH2 díky GLu487LYS - akutní alkoholová intolerance, rozvoj antabusové reakce
(zvracení, zrudnutí, hypotenze, bolest hlavy
o častější u jihoamerických Indiánů a asijských populací (Čína, Japonsko)
 deficit ALDH3A2 - Sjögren-Larsson syndrome - ichtyóza - velmi suchá šupinkatá (rybí) kůže

Epigenetická interakce
 metylace DNA - změna exprese geny a fenotyp buněk
 metylace a jiné modifikace histonů
 vliv nutrientů na poškození DNA a reparační mechanismy
 antioxidační změny a oxidativní stres, cílové receptory a dráhy signální transdukce
 kontrola buněčného cyklu a kontrolní body, apoptóza
 + cholin je v: žloutky, obilné klíčky, maso × není: zelenina, luštěniny
o acetylcholin - neurotransmiter
o B6 a B12 se dají použít na syntézu cholinu
o k. listová je kofaktor
o metionin se jako S adenosin metionin stává donorem -CH3
 je třeba jíst všechno, aby nebylo třeba používat alternativní dráhy
Holistický přístup
 potrava je trávena, absorbována a distribuována do celého těla
 strava obsahuje makronutrienty a mikronutrienty
 nutrienty indukují změny v RNA, proteinech i úroveň metabolitů v přijímajících buňkách
organismu
 aplikace profilačních technologií, zejména transkriptomika, … -omika
Prostředí × genotyp = imprinting
 prostředí v určitém období života může vtvořit trvalé nastavené
o intrauterní a časně postnatální prostředí
o kolonizace mikroby
o špatné nastavení často stojí za civilizačními chorobami

21
Molekulární antropologie

Transkriptomika
 jednotlivé složky potravy fungují jako transkripční faktory
 mastné kyseliny, AMK, glukóza, vápník
 curcumin - ovlivňuje expresi velké řady genů často imunitních, předchází rozvoji
Alzheimerovy choroby, karcinomů a ischemické choroby srdeční
o snižuje produkci mnoha cytokynů
o aktivita enzymů (kináz), receptorů, růstových faktorů,
o hladiny transkripčních faktorů

Úvod do imunogenetiky
 jakým způsobem se tvoří antigeny a protilátky
 antigen = jakákoliv látka vyvolávající imunitní reakci, zaktivovat T-lymfocyty a stimulovat je ke
tvorbě protilátek
 protilátka = imunoglobulin = produkt imunitní reakce (B-lymfocytů), reaguje s antigenem

Imunita
 vrozená/nespecifická - organismus se ji nemusí učit, první linie
o epitelová bariéra, fagocytující buňky, dendritické buňky, NK a žírné buňky,
komplement, cytokiny, …
o není tak účinná
o nastartovává specifickou
 adaptivní/získaná - pomalejší
o celulární=buněčná - T lymfocyty (killer, helper, supresor, regulator, …
o humorální = protilátková - B lymfocyty - produkce imunoglobulinů (IgG,IgA, IgM, IgE,
IgD)

Funkce imunitního systému

1. rozpoznání vlastních tkání a jejich tolerance (případně poznat své poškozené a zlikvidovat)
2. rozpoznat cizí, ale pokud to není škodlivé, tak také tolerovat
3. likvidace cizích škodlivých
 rozpoznávání právě podle povrchů (antigeneny)
 co je vlastní se imunitní systém učí v počátku ontogenetického vývoje - prenatálně a krátce
po narození

 pokud je protilátka volná tak je tak jak ji známe, ale pokud je na membráně, tak tvoří
receptor
 B-lymf rozpoznávají intaktní antigeny pomocí BCR receptorů (imunoglobulin)
 T-lymf rozpoznává zpracovaný antigen - to dělají antigen prezentující buňky

Antigeny erytrocytů
 jsou tvořeny zejména glykoproteiny
 každá krevní skupina = jiný lokus
 protilátky proti většině krevních skupin se vytvářejí pouze po setkání s odpovídajícím
antigenem! - obecné pravidlo: Protilátky se tvoří pouze proti tomu, s čím se imunitní systém
setkal!
 nastartování adaptivního imunitního systému při prvním kontaktu trvá 40-48 h
Krevní skupiny AB0
 gen kódující substanci H - „základní“ glykoprotein složený z několika cukrů
o na chromosomu 19
 na chromozomu 9 gen pro transferázu

22
Molekulární antropologie

o pokud připojuje N-acetyl-galaktosamin - krevní skupina A

o pokud připojuje D-galaktózu - krevní skupina B
o pokud nepřipojuje nic - krevní skupina 0
o na každé alele máme jednu možnost
 AB - 4%, A - 42 %, B - 15 %, 0 - 39 %
 Bombajský fenotyp - netvoří se substance H
o jakékoliv varianta transferázy nemá kam co vázat, takže se tváří jako 0
o sérologické vyšetření vlastně produkuje „falešně negativní“ výsledek pokud jde
geneticky o A, AB a B
 další systéme: Rh (rhesus), MN, …
o jsou „seřazeny“ podle imunologické závažnosti
Rh faktor
 cca 40 antigenů
 podstatných jich je 5 kódovaných geny C, D a E
 nejzásadnější je antigen D (Rh+ = RhD+)
o Rh+ 85 %, Rh- 15 %
 pokud matka Rh- (dd) a otec Rh+ (DD/Dd) a potomek Rh+
o při 1. těhotenství dojde k vytvoření protilátek proti Rh+, problém vzniká při dalším
těhotenství
o protilátky prostupují přes placentu, při 2. těhotenství Rh+ dítěte pak imunitní systém
matky napadá erytrocyty plodu - snaha doplnit erytrocyty a vyplavují se nezrale
erytroblasty = fetální erytroblastóza
o erytrocyty se rozpadají na bilirubin - ten se hromadí v těle - žloutenka
o dnes se podává antisérum (protilátky) proti RhD+, takže po porodu k senzibilizaci
matky nedojde a imunitní systém se neaktivuje

Hlavní histokompatibilní komplex (MHC)

 MHC u člověka má vlastní označení Human Leukocyte Antigens (HLA)
 někdy se označují jako transplantační antigeny
 receptory na povrchu buněk
 zapojeny v procesu poznání antigenu, lymfocytární interakce, vývoje tolerance, prezentace
antigenů T lymfocytům

 infikované buňka tvoří MHC receptor a na něm vystaví určitou část (antigen) patogenu -
ukazuje ho okolí - cytotoxické T lymf díky svým TCR receptorům rozpoznají antigen a reagují -
infikovaná buňka je označena a cytotoxický T lymf infikovanou buňku zlikviduje
o je o MHC I - označuje že jde o buňky vlastní a jestli jsou zdravé
 fagocytující buňka na svém povrchu vystavuje fragmenty fagocytovaných patogenů
(antigeny) a t vystavuje na MHC II
o na MHC II reagují TH lymfocyty (helper) - tvorba protilátek proti onomu konkrétnímu
patogenu
 MHC I - 1 alfa řetěze (3 domény, alfa3 v membráně) + beta2 mikroglobulin
o alfa řetězec kódován jedním genem
 MHC II - 2 řetězce alfa a beta (alfa 1,2 a beta 1,2), každá kódován vlastním genem
o geny kódované na chromozomu 6p (krátké raménko) - jsou velmi variabilní
o HLA (MHC) genů je velmi mnoho

23
Molekulární antropologie

MHC
I. třída
 ABCEFG
 přítomny ve všech somatických buňkách
 extracelulární část má 3 domény - alfa 1-3 + beta2 mikroglobulin
II. třída
 DM DO DP DQ DR
 na b imunitního systému, účast v signalizaci Th buněk - posílení dalších B buněk a makrofág
 alfa a beta řetěze se dvěma doménami
III. třída
 komplement, heat shock protein, …

Variabilita jednotlivých genů

 populačně jde asi o nejvariabilnější geny
 I. třída
o HLA-A 218 alotypů
o HLA-B 439 alotypů
o HLA-C 96 alotypů
o …
o každý den přibývají nové
 II. třída
o HLA-DPA alfa vlákno 12 alotypů
o HLA-DPB beta vlákno 88 alotypů
o …
o HLA-DRB1 269 alotypů
o …
Dědičnost haplotypů
 kodominance
 mezi některými geny existuje vazba - přenášejí se společně

Adaptivní imunitní odpověď

B lymfocyty
 MHC a BCR jsou nejdůležitější útvary na povrchu
BCR receptor
 imunoglobulin B (IGB) - připomíná písmeno Y
 1 těžký a 1 lehký řetěze - každý na jiném genu
 oba řetězce mají variabilní oblast (váže se sem antigen) a konstantní oblast
 +Fc region (nožička) × Fab (vršek) region - různé medikamenty se váží na konkrétní části a
znemožní fungování protilátky
 IGA spojen J řetězcem, …
 těžké řetězce - geny na dlouhém raménku ch14
 lehké řetězce mají 2 geny - kapa na 2p12 a lambda 22q11
 od jednoho rodiče zdědíte gen pro těžký řetězec, pro kapu (κ) i pro lambdu (λ)
o složené z velkého množství subgenů
o při vývoji lymfocytů dochází k přeskupování subgenů (somatická rekombinace) -
zvyšuje diverzitu
o v každé zárodečné B buňce dojde k jinému výsledku - vzniká unikátní směs

24
Molekulární antropologie

Přeskupování genů kódujících variabilní část řetězců RCB

 až stovky V (variabilních), několik D (diverzity) a několik J (joint) na těžkém řetězci
o nejprve vyštěpování mezi D a J, několikrát - pak spojení
o pak vyštěpování mezi V a DJ - několikrát - pak spojení
o následuje transkripce a translace - vzniká IG
 na lehkém řetězci V a J subgeny - mechanismus stejný
o pokud se to nepodaří na kappa, tak se aktivuje proces na lambdě
o pokud se to nepodaří ani na jednom, tak B lymfocyt hyne
o po rekombinaci se váže na těžký řetězec - hotový celek se dostává na povrch
 přeskupování je unikátní pro každou buňku
 1. ale ne jediný zdroj diverzity
 další variabilita
o vyštěpování subgenů neprobíhá přesně - systém přesně neví kde subgeny začínají a
končí
o náhodné inzerce nukleotidů - terminální transferáza - a teprve pak se spojí
o když je IG na povrchu a setká se s antigenem tak se nastartuje somatická
hypermutace - v rámci dalšího cyklu vznikne 1 až 2 mutace do další generace
o afinitní maturace - mnoho B lymf mají na svém povrchu IG, v organismu zůstávají jen
IG s nejpevnější vazbou na antigen
Variabilita na konstantní oblasti
 vzniká až po kontaktu s antigenem
 každý antigen sebou nese určité imunitní prostředí = reakce nespecifické imunity vyplavuje
určité cytokyny - to má za následek přeskládání konstantní oblasti
 izotopový přesmyk - rekombinázy rozeznávají switchové sekvence (mezi sekvencemi C) -
přiblíží k sobě 2 potřebné switchové sekvence podle konkrétního imunitního prostředí a
zbytek odštěpí
o tvoří se ta třída IG jako je první C sekvence
o i místní specificita - v slzách často třída IGA
 první C segment v pořadí je mý (μ) - před izotypovým přesmykem se tvoří IGM a IGD
 pohybujeme se v řádech ± 2*1011 možností protilátek

 Alelická okluze - pro těžký, kapa i lambda máme od každého 2 kopie, přičemž na každé
vzniká odlišná variabilita
o tvoří se receptor podle chromozomu, který dokončí variabilitu jako první, druhý
chromozom se nepoužije
T lymfocyty, TCR
 polypeptidové řetězce alba, beta (o gama a delta - hlavně v trávicím traktu)
o α na ch14
o β beta na ch7
 opět konstantní a variabilní oblast
 pokud 1 struktura na T lymf vypadne, tak se signál bere jako nepotvrzený
TCR přeskupování
 nejprve DJ oblast, pak VDJ oblast
 VDJ u beta, VJ u alfa řetězce
 opět vkládání nových nukleotidů
 !nedochází k somatickým hypermutacím a afinitní maturaci

Porucha imunitního systému

 imunodeficience (nedělá) × autoimunitní (dělá, ale nemá)

25
Molekulární antropologie

Vrozené imunodeficience
 vrozená aplazie thymu (Di-Georgův syndrom)
 porucha zárodečného vývoje thymu a příštítných tělísek, chybí T lymfocyty
 Kombinované imunodeficience (Autozomálně i gonozomálně podmíněné)
 defekt genu pro enzym adenosin deaminázu nebo purin nukleosid fosforyláza - hromadění
metabolitů toxických (deoxyadenosin) pro kmenové lymfoidní buňky
o deoxyadenosin se váže do dATP - ten inhibuje ribonukleotid reduktázu a brání
syntéze DNA - porucha replikace a tím i dělení T i B lymf
o deficience buněčné i humorální složky imunity
o řešením transplantace kostní dřeni, ve výzkumu genové terapie
Získané imunodeficience
 imunosuprese (lékově/ozářením) - transplantace
 AIDS - syndrom získané imunodeficience
Alergie
 neúměrná reakce na běžnou látku (hysterie imunitního systém)
 alergen = antigen vyvolávající silnou reakci
 alergie - polygenní dědičnosti
 v populaci 30-40 % - pokud oba rodiče tak dítě má pravděpodobnost až 70 %
 IgE protilátky zvýšené
 nejčastěji pyly, plísně, roztoči, savci, bodný hmyz, čokoláda, káva, ryby, chrom, nikl
 reakce je rychlá - člověk oteče
Autoimunitní choroby
 narušení tolerance na vlastní
 většinou po nějakém prodělaném stresu (závažné onemocnění)
o imunitní systém se vybudí nad únosnou míru
 často souvisejí s potravinami - celiakie - nejde o alergii na lepek!
o protilátky se tvoří proti vlastním strukturám, ve střevě jsou IgA
 pomalá reakce
Asociace HLA a některých chorob
 některé HLA varianty zvyšují riziko konkrétních onemocnění
o diabetes mellitus DR3/4 - 8× větší riziko
 jde o multifaktoriální věci imunitních onemocnění
 někdy známe molekulární mechanismus, jindy ne

PREVENCE GENETICKÝCH NEMOCÍ

RNDr. Emanuel Žďárský, CSc
 ve Skotsku a Irku má cystická fibróza největší prevalenci

Zdravotní prevence
1. primární - nemoci se úplně předejde
2. sekundární - na nemoc se přijde v čas, v zárodku a zatáhne se, běží v ČR
3. terciární - vypuklou nemoc léčíme = klasické zdravotnictví akutní
4. kvartérní - vyléčenou nemoc kontrolujeme = klasické zdravotnictví následní
5. kvintérní - paliativní péče =zajištění důstojné smrti

Zdravotní prevence - historie

 Jenner 1770 - očkování proti neštovicím v Rakousko-Uhersku 1921
o výtažek z kravských neštovic

26
Molekulární antropologie

 Semmelweis 1844 - hygiena

 Tuberkulóza 1948, ČR 1953
o SM: rentgen + antibiotika
o KM: kultivace spůta
o prevence: konec tuberkulózy
 Fenylketonurie 1963, ČR 1975
o SM: inhibice růstu bakterií fenylalaninem - ze štítku s krví
o KM: biochemická analýza séra
o cíl: zabránění mentální retardace - fenylketonurická strava (se sníženým množstvím
fenylketonurie)

Genetická prevence - historie

 Fenylketonurie 1963, ČR 1975
 Downův syndrom 1968, ČR 1978
o SM: věk + biochemické ukazatele
o KM: karyotypování amnionvé tekutiny
o cíl?, zabránění mentální retardace
 Hemofilie 1982, ČR 1985
o SM: anamnéza rodokmenová (vázání na X) - matky přenašečky
o KM: RFLP -
o cíl: narození dítěte bez hemofilie - nejdříve se všichni chlapci potráceli

o je to velmi drahá léčba

o RFLP (Restricted Fragments Length Polymorphism) - polymorfní místa v DNA - ve
stejné poloze jiný nukleotid i v rámci 2 alel jednoho jedince
o restrikční endonukleázy umí štěpit konkrétní místo DNA
o pokud víte, že váš gen je ve vazbě s konkrétním polymorfním místem - na
elektroforéze pak jsou, nebo nejsou fragmenty

 každé 100. místo lidské DNA je polymorfní

o vlohy prospěšné
o vlohy neutrální
o vlohy rizikové
o vlohy letální

Vyhodnocení rizikovosti
 jak rizikovost kvantifikovat
Výskyt měřitelná entity+ zkrácená léta kvalitního života
P=
Náklady ( skrínovací +konfirmační + prevenční kroky )
o ztracená léta kvalitního života - vychází ze statistik, v kolika průměrně nemoc
propuká, jak dlouho s ní jedinec žije a o kolik led se mu život zkrátí

 Rodičovský - jakou vlohu sami přenášíte, ale sami jste zdraví

o autozomálně nebo X recesivní choroby
 Osobní - dominantní choroby
Žebříčky rizikovosti
 sestavují se na každý rok, pro lokální oblasti
 jsou silně subjektivní: pokroky v léčbě, změny v nákladech, …
 na 2019 se očekává 1. cystická fibróza a 2. rakovina prsu

27
Molekulární antropologie

Preventivní balíčky - technická korekce

 Down se vyšetřuje pouze během těhotenství - většinou vzniká de novo

Model Downův syndrom

 riziko roste s věkem (stárnutí vajíček) - vajíčky jsou připravena od 12/13 prenatálního týdnu
 1956 - objev techniky přesného karyotypování
o už se to dělalo asi 10 let, ale výsledkem bylo 48 chromozomu
 předvídatelná dědičnost 5% × náhodná dědičnosti 95 % (chybná meióza)
 1964 - pasivní karyotypování
 1989 - semi aktivní karyotypování
 2010 SNO/QF aneuploidie z mateřské krve
o dodnes drahá (8 tisíc Kč)
o u 10-20 % těhotenství je volné DNA velmi málo - záruka je 90 %
 2014 SNP/QF aneuploidie z cervikálního maz
o fetální buňky se vychytávají z cervikálního hledu
o nejvíce jich tam je do 9. týdnu
o z 500 tisíc buněk je každá 2 tisící fetální - dají se označit barvením a pak se amplifikují
o neinvazivní
o je levnější (1 tisíc Kč)
o nejslibnější metoda
Downocidní organizace - prevence Downovu syndromu
 11. týden - biochemické ukazatele markerů z krve matky: následuje choriocentéze (nůžkami
kus tkáně)/amniocentéza (jehlou odběr plodové vody)
o obě metody mají riziko 1 %
 poslední zásah 22. týden těhotenství - legislativní hranice potratu
 invazivní prenatální diagnostika nemá vliv na efektivní prenatální diagnostiku Downova
syndromu - většinou se zachytí jinak (dnes nejčastěji ultrazvukem)
 dnes se velmi mění pohled na Downův syndrom
o jedinec sám netrpí
 rozvoj diagnostiky z mateřské krve a vyšetření cervikálního mukusu

Cystická fibróza - data

 nefunkční gen CFTR - přesun chloridových iontů
o plicní, střevní, slinivková a sliznice pohlavních cest - největší projev
o vzniká kyselina chlorovodíková - poleptání sliznice (plicní) a kolonizace bakteriemi
o speciální bakterie napadající cystické fibrotiky a tvoří v hlenu kolonie
 nemoc se neustále zhoršuje - předčasná úmrtí v 33 letech
o poslední třetina života je utrpení
 rodiče trpí psychicky i ekonomicky
o tišící léčba je extrémně drahá
Prevence
 prenatální diagnostika není akceptovatelná pro všechny - většinou z náboženských důvodů
 pokud je člověk přenašeč je možné provést umělé oplodnění a pak 1 buňku zárodky vyšetřit
o použijí se ta zdravá
o 10 tisíc Kč
 alternativou je vyšetření polárního tělíska - menší etické problémy
o selekce vajíček
o 10 tisíc Kč
 léčba cystických fibrotiků v ČR (je jich cca tisíc) stojí ročně miliardu

28
Molekulární antropologie

Brocova choroba
 vyhledávají se přenašeči (v ČR každý 30. jedinec) na majoritní vlohy + na všechny vlohy a
druhého rodiče
 majoritní vloha v ČR má výskyt 72 %
 teoretický záchyt je 92 %
 praktický záchyt v ČR 90 %
 možnost provést vyšetření i v těhotenství a až do 22. týdne těhotenství možný potrat
 vyšetření ze slin/kapky krve
 je významně levnější
 +dá se s ní diagnostikovat i rakovina prsu/vaječníků, dědičná trombóza, narkolepsie, dědičná
nehodovost
Mackova
 vyhledávání 57 nejčastějších mutací v tom kterém státě u těhotných
 teoretický záchyt 99,9 %
 praktický záchyt v ČR 90 %
+ obdobně je na tom, co se týče prevence a financí, spinální atrofie

Rakovina prsu/vaječníků
 prsu/vaječníků, prostaty, tlustého střeva
o ohrožuje i muže, protože zvyšuje šance na další onkologická onemocnění
 progresivní onkologické onemocnění
 při včasné diagnostice je léčba možná × u pozdní diagnostiky šance 50 : 50
 10 % případů je dědičných 90 % de novo
 prodělá ji každá 8. žena
 majoritní mutace má v ČR prevalenci 38 %, ale jde o dominantní onemocnění
 ohrožený je každý 360 jedinec v ČR
o v ČR jde o 29,5 tisíce obyvatel
 kompatibilita s Brocovou prevencí CF
o co se týče náročnosti a financí
o stejnou metodou se dá diagnostikovat i dědičná trombóza (hlavně, ženy, ale i muži)
Dědičná nehodovost
 taktéž kompatibilní s Brocovu prevencí
 SNTA1:R402Q - náhlý srdečný kolaps
 větší riziko náhlého srdečního kolapsu při velké
fyzické/psychické zátěži
 v ČR je nosič každý 100. pro jednu konkrétní mutaci
Vyšetření na cystickou fibrózu 1
výsledky: do Vánoc
Brockova metoda kontakt: zdarsky@centrum.cz
 pokud by se udělala všem na všechna tato onemocnění,
28. 11. 2018
tak by se něco zachytilo u každého 5.
 www.studie.mozello.com zdarsky@centrum.cz

NUKLEOVÍ KYSELINY V ROLI SVĚDKA

Šimková Halina
 primárním smyslem forenzních věd není věda, ale konkrétní kazuistika
o výzkum je přítomen, ale je účelový
Prů řez
1. individuální identifikace
2. příbuznost a rodovost

29
Molekulární antropologie

3. kriminalistické analýzy
4. forenzní phenotyping
5. forenzní epigenetika
6. "non-human" analýzy - směsná sběrná kategorie všeho co se netýká člověka
 od mikrobiologie až po rostliny

Individualita a identifikace
Podstata individuality DNA
 polymorfismus DNA lokusů = existence alel
o mnoho lokusů je nepolymorfních - vyjma ojedinělých mutací
o klíčová místa mají ale malou nebo žádnou polymorfii
 místa s vysokým polymorfismem jsou ideální pro identifikaci
o náhodné párování při crossing over
o další specifické odchylky vzniklé mutacemi způsobují
Testování individuality DNA
ve forenzně genetické metody lze odboji

Metody
 nejrozšířenější
 čím delší repetice, tím dělíš primer
Gamety
 před nidací praská vajíčku zóna pelucida "vaječné" obrana j vylévá ven

Chimérismus
 vrozený, tetragametický
 fetální mikro chimérismus - během těhotenství buňky plodu osídlují tělo matky
o opravují a omlazují
 maternální mikro chimérismus - buňky matky kolují v potomkovi
 krevní chimérismus paternálních dvojčat (jednovaječná)
 post-transplantační chimérismus - i kostní dřeň,
o snižuje vlastní imunitu
o o imunitní reakci

Příbuznost a rodovost
 nejlépe je hodnotí elementární inbreeding
 porovnávání profilu mužů a dítěte - může někoho vyloučit
×
 prokázat, že o otce jde
Vzdálenější příbuznost
 mitDNA - často na D loop
o jedno z mála míst, kde
 Y chromozom, totožné, ale paternálně
Identifikace rodové linie
např. Lineage of Romanov Family

Rodové markery
monofyleticky vznikla příjmení z paternální

30
Molekulární antropologie

Ötzi
 haploskupina K - hodně rozšířená v Ytsaltském údolí
Velmi vzdálená příbuznost
 snaha postihnout celý vějíř předků - ne jen mitDNA a SRY
 autozomální markery a především SNP

Kriminalistické analýzy
 identifikace a určování příbuznosti pro potřeby objasnění trestních činů
 práce s biologickými stopami
o nejsme schopni zajistit vzorky - musíme pracovat s tím, co je
o DNA různé kvality i kvantity
 srovnávací vzorky - DNA standardní kvality i kvantity
o není vyjasněné právo společnosti na získání těchto vzorků
o jejich dostupnost se řídí tím, do jaké míry to umožňuje daný právní systém
o + i dnes platí zpovědní tajemství, ale může ohlásit trestný úmysl
Trendy
 ideálem je mobilní laboratoř
 cílem je rychlá identifikace bez nutnosti být v laboratoři
 zlepšení možností analýzy LCN (low-copy number = kde nic, tu nic)
o zkracování produktů
o zvyšování citlivosti - snazší kontaminace, DNA je všude kolem nás
 posun možností identifikace smíšených stop - zkoumaný materiál náleží více osobám
o např. vaginální sekret s ejakulátem se dá dobře rozlišit už dnes
o plošné stěry jsou velmi náročné na rozlišení
o digital PCR - amplifikuje pouze buňku/fragment

Forenzní phenotyping
 určení vzhledových charakteristik osoby, která zanechala biologickou stopu
 analýza SNP, které jsou ve vazbě s geny ovlivňujícími daný fenotyp
 určuje se barva pleti, vlasů, očí, pihy, pohlaví, ancestrální původ
o může se dělat analýza bodových polymorfismů na barvu obličeje
Určení pohlaví
 je možné, protože máme pevně určené pohlaví
Pigmentační variabilita
 jde o dobře geneticky i vizuálně determinovaný znak
Rusovlasost
 častou příčinou je defekt v melanokortin 1 receptoru - homozygoti
 Udmurdská autonomní republika (v rámci Ruské federace), 700 tisíc Udmurů
o zhruba 17 % jich je rusovlasých
o s velkou pravděpodobností jsou potomci Ukrajinských Budiniů, Budinie popisuje jako
zrzavé už Herodotos
Albinismus
 okulokutánní - zasažena pokožka i duhovka
 okulární - zasažena pouze duhovka
Sekundární změny pigmentace
 vitiligo - autoimunitní onemocnění - napadání vlastních pigmentových buněk

31
Molekulární antropologie

o často po stresu, začátek u pooperačních jizev, ale jak se nastartuje tak postupuje
rychle
Barva duhovky
 nejkomplexnější viditelný útvar na těle
 u duhovky se hovoří vzhledem k variabilitě až o 200 stupních volnosti
o proto je vhodná k identifikace
 gradient modrá - hnědá obecně ze S Evropy na J
Příklad použití
 žena z týnského kláštera - podle predikce tmavooká blondýna

Forenzní epigenetika
 reverzibilní změny funkce genů - metylace DNA, …
Metylace DNA
 může inaktivovat gen
 obrovsky ovlivňuje embryonální vývoj
 detekce nejčastěji bisulfitovou konverzí - kus osekvenujeme a pak ji vystavíme hydrogen
siřičitanu sodného - cytosiny bez metylace se přemění na uracil - a pak se konvertují na tymin
- porovná se sekvence před a po úpravě

 určení stáří osoby - % promethylovanosti v určitých místech stoupá/klesá

o průměrná odchylka od kalendářního věku je ± 3 roky
o metoda musí být nejen populačně, ale i tkáňově specifická
 použití k určení typu biologického materiálu
 rozlišení jednovaječných dvojčat - s věkem se rozrůzňuje
 autentizace vzorku - dnes je možné koupit si DNA cover - in vitro DNA na zametení stop
o dnes je možné i smontovat si profil na zakázku podle vzhledu člověka
o stále není možné dat těmto in vitro DNA metylační profil
o snad určení i denní doby smrt - cyklická metylace a demetylace v průběhu dne
 potenciálně se dá použít i mRNA - různá exprimace genů v různých tkáních

Non-human analýza
nestihli jsme

32