VILNIAUS GEDIMINO TECHNIKOS UNIVERSITETAS

FUNDAMENTINIŲ MOKSLŲ FAKULTETAS

BIOINŽINERIJOS IR CHEMIJOS KATEDRA

NAUJAUSI PASIEKIMAI GENŲ INŽINERIJOS SRITYJE

Namų darbas

Bioinžinerijos studijų programa

Biotechnologijos studijų kryptis

Darbo vadovė:

Vilnius, 2021
 NAUJAUSI PASIEKIMAI GENŲ INŽINERIJOS SRITYJE

Įvadas
2019 gruodžio mėnesį pasauliui teko susidurti su nauju respiratoriniu virusu, SARS-CoV-2, kurio išplitimas
sukėlė globalinę pandemiją. SARS-CoV-2 lengvai plintantis bei sunkiai atpažinamas. Dėl poreikio atlikti tyrimus
specializuotose laboratorijose su specifine įranga ir aukštos kvalifikacijos specialustų trukumo, viruso atpažinimas ir
diagnozių nustatymai gerokai sulėtėjo. CRISPR diagnostikos sistemos turi tokių pranašumų, kaip didelis aptikimo
greitis.
Darbo tikslas – aprašyti, kaip veikia SARS-CoV-2 viruso atpažinimo testas, kuris buvo remiamas CRISPR
sistema.

Rezultatai ir jų aptarimas
CRISPR- tai paprasta ir efektyvi sistema, kuri leidžia mokslininkams ir tyrėjams atlikti reikalingus genomo
pokyčius. „CRISPR tyrimai yra labai jauna tyrimų sritis, nes tik prieš 10 metų buvo nustatyta, kad sistema suteikia
antivirusinę apsaugą”(Han & She, 2017). Šita sistema, kuri veikia kaip mokelukulinės žirklės, kurios iškerpa
tinkama DNR grandinės dalį, buvo atrasta prokariotinėse ląstelėse- bakterijos organizme. CRISPR sistema
bakterijose atlieka adaptyvios imuninės sistemos funkciją prieš svetimkiūnius įskaitant virusus. „Manipuliuojant
Cas9 fermentu galima keisti temą, pvz., naudojant nikazes, kurios įveda vienos grandinės DNR pertraukas arba net
neaktyvius baltymus, kurie vėliau tarnauja kaip efektoriaus domenų arba fluorescencinių žymenų, pristatomų į
konkrečias genomo vietas, priemonė”(Krappmann, 2017). II klasės CRISPR sistemos plačiai naudojamos infekcinių
bei virusinių ligų diagnostikai. „Pavyzdžiui, CRISPR/Cas12a, CRISPR/Cas13a ir CRISPR/Cas13b sistemos
pastaraisiais metais buvo naudojamos kuriant greitus ir jautrius žmogaus patogenų (bakterijų ir virusų) aptikimo
diagnostikos metodus”(Rahimi et al., 2021). „II tipo CRISPR/Cas sistemoms būdingas parašo komponentas, pvz.,
Cas9 baltymas, kurį sudaro trys potipiai II-A, II-B ir II-C. CRISPR/Cas9 sistema, sukurta kaip genomo redagavimo
įrankis”(Liu et al., 2020).
Broughton ir kt. sukūrė CRISPR/Cas12a pagrindu tikslų testą, vadinama SARS-CoV-2 DNR endonukleazės,
kurį nukreipta CRISPR transreporteriu (DETECTR), kuris leidžia paprastam ir greitam SARS-CoV-2 RNR
diagnozavimui, paimant tepinėlį iš paciento kvėpavimo takų liaukinio epitėlio ir gaunant atsakymą mažiau nei per
40 minučių. „Actually, the developed method is the product of combining the CRISPR/Cas12a DETECTR system
with isothermal amplification that simultaneously performs reverse transcription and isothermal amplification by
loop-mediated replication (RT-LAMP) for purified RNA from nasopharyngeal or oropharyngeal swabs”(Rahimi et
al., 2021). Cas12a/crRNR aptinka ir prisijungia prie tikslinės DNR, Cas12a/crRNR/DNR kompleksas suaktyvėja ir
suardo fluorescencinį ssDNR reporterį. COVID-19 diagnozei Broughton ir kt. pasirinko dvi konkrečias crRNR,
nukreiptos į E ir N genus, su aptikimo diapazonu 70–300 kopijų viename mėginio įvesties mikrolitre.
 nukleino rūgštis,
išskirta iš klinikinio
mėginio

Izoterminis stiprinimas
(RT-LAMP)

Aptikimas naudojant
Cas 12acrRNR
kompleksą

Tikslinės virusinės nukleino vizualiai nuskaitykite

rūgšties RT/ 2min/ aptikimo rezultatą ant
Cas 12acrRNR Šoninis srautas popierinio matuoklio

1 pav. DETECTR Detektorius DNR

amplifikuoja patogeninę RNR Popierinis matuoklis

per atvirkštinės

transkriptazės-rekombinazės polimerazės amplifikaciją (RT-RPA)

Išvados
Genų redagavimo įrankio rinkinio atradimas žinomas kaip CRISPR pakeitė biotechnologijomis pagrįstus
medicininės diagnostikos testus. CRISPR-Cas sistema yra naujos kartos technologija, padedanti sukurti naujus
specifinius antivirusinius vaistus ir molekulinę diagnostiką. „Nors skubiai reikia atlikti greitus, tikslius ir nebrangius
tyrimus ir gali būti, kad CRISPR-Cas pagrįsta diagnozė gali sukurti naują etapą aptikimo tikslumo ir greičio
atžvilgiu”(Xiang et al., 2020).
 Literatūros sąrašas

Han, W., & She, Q. (2017). CRISPR History: Discovery, Characterization, and Prosperity. In Progress in
Molecular Biology and Translational Science 152, 1–21. Elsevier B.V.
https://doi.org/10.1016/bs.pmbts.2017.10.001
Krappmann, S. (2017). CRISPR-Cas9, the new kid on the block of fungal molecular biology. Medical
Mycology, 55(1). https://doi.org/10.1093/mmy/myw097
Liu, Z., Dong, H., Cui, Y., Cong, L., & Zhang, D. (2020). Application of different types of CRISPR/Cas-
based systems in bacteria. In Microbial Cell Factories 19(1). https://doi.org/10.1186/s12934-
020-01431-z
Rahimi, H., Salehiabar, M., Barsbay, M., Ghaffarlou, M., Kavetskyy, T., Sharafi, A., Davaran, S.,
Chauhan, S. C., Danafar, H., Kaboli, S., Nosrati, H., Yallapu, M. M., & Conde, J. (2021). CRISPR
Systems for COVID-19 Diagnosis. ACS Sensors, 6(4), 1430–1445.
https://doi.org/10.1021/acssensors.0c02312
Xiang, X., Qian, K., Zhang, Z., Lin, F., Xie, Y., Liu, Y., & Yang, Z. (2020). CRISPR-cas systems based
molecular diagnostic tool for infectious diseases and emerging 2019 novel coronavirus (COVID-
19) pneumonia. In Journal of Drug Targeting 28 (7–8), 727–731. Taylor and Francis Ltd.
https://doi.org/10.1080/1061186X.2020.1769637