Ngày nay, đa phần các học giả đồng ý rằng Shakuhachi được du nhập vào Nhật Bản

qua bán đảo Triều Tiền vào thời kỳ Nara (710-794). Shakuhachi trong thời kỳ này được
sử dụng như một nhạc cụ trong Dàn nhạc Gagaku (Nhạc cung đình). Các mẫu
Shakuhachi cổ nhất được tìm thấy tại Shōsōin, một kho lưu trữ được xây dựng vào năm
756, nơi bảo quản 8 cây shakuhachi được sử dụng trong nghi lễ cúng dường Đại Phật
của chùa Tōdaiji vào năm 752. Những shakuhachi này có 5 lỗ phía trên, 1 lỗ phía dưới
và tạo ra thang âm thất cung (bảy nốt) có lẽ được sử dụng cùng thời ở Trung Quốc.
Trong số 8 cây shakuhachi trong kho Shōsōin, 3 cây shakuhachi được làm từ ngà voi,
đá và ngọc bích; 5 cây còn lại được làm từ một loại trúc của Trung Quốc.

Hình 1: Hình ảnh của một Gagaku Shakuhachi

Khi Dàn nhạc Gagaku được thành lập lại vào giữa thế kỷ thứ 10, Shakuhachi không còn
được sử dụng. Không có một tài liệu lịch sử nào còn sót lại nhắc đến nhạc cụ này cho
đến thế kỷ 13, lúc đó Shakuhachi đã trải qua quá trình Nhật Bản hóa và trở thành một
cây tiêu 5 lỗ, làm từ trúc Madake (Phyllostachys bambusoides) - loại trúc phổ biến nhất
ở Nhật Bản. Sau khoảng thời gian gián đoạn này, Shakuhachi được nhắc đến lần đầu
tiên vào năm 1233 trong Kyōkunshō, một chuyên luận mười tập về Dàn nhạc Gagaku
của tác giả Koma Chikazane: "Cây sáo ngắn được gọi là shakuhachi. Lúc đó,
Shakuhachi được chơi bởi mekurahōshi [các nhà sư mù] và những người biểu diễn
Sarugaku. Hình minh họa đầu tiên của shakuhachi, lúc đó được gọi là Hitoyogiri hay
Shakuhachi một đốt, được tìm thấy trong Taigensho (1512) có niên đại vào cuối thế kỷ
XIV. Hitoyogiri có 5 lỗ và miệng thổi vát ra ngoài tương tự như của Gagaku
Shakuhachi. Hitoyogiri và miyogiri (một shakuhachi ba đốt) được coi có mỗi liên kết
giữa Gagaku shakuhachi và Fuke shakuhachi mà chúng ta biết ngày nay.
 Hình 2: Hình ảnh của Hitoyogiri Hình 3: Hình ảnh của Miyogiri

Trong khoảng cuối thế kỷ XV đến đầu thế kỷ XVI, các nhà sư Komosō (nhà sư chiếu
rơm – luôn đeo theo một chiếu rơm dùng để ngủ), những người đi khất thực bằng cách
chơi Hitoyogiri, đã xuất hiện. Hitoyogiri phát triển mạnh mẽ và phổ biến nhất vào cuối
thế kỷ XVII. Sau đó, số người chơi suy giảm nhanh chóng, Hitoyogiri gần như biến mất
vào đầu thế kỷ XIX.

Hình 4: Nhà sư Komosō

Vào đầu thế kỷ XVII, các nhà sư chơi Shakuhachi đã thành lập giáo phái Fuke
(Fukeshu), một phân nhánh của Rinzai Zen. Các Nhà sư của giáo phái Fuke được gọi là
Komusō (nhà sư hư vô). Sắc lệnh đầu tiên, Keichō no Okitegaki, cấp đặc quyền cho
giáo phái Fuke được Tokugawa Ieyasu (1543–1616, Shōgun đầu tiên của Mạc phủ
Tokugawa) ban hành vào năm 1614. Điều này bao gồm việc độc quyền sử dụng
Shakuhachi và giấy thông quan cho phép họ đi đến bất kỳ đâu trên đất nước Nhật Bản.
Đây là cơ sở pháp lý cho việc thành lập giáo phái Fuke, giáo phái chỉ kết nạp những
người đàn ông thuộc tầng lớp samurai (quý tộc quân đội) và rōnin (võ sư samurai thất
nghiệp) làm thành viên của giáo phái. Theo quy tắc của giáo phái, shakuhachi chỉ được
sử dụng như hōki (vật thiêng liêng), cho mục đích rèn luyện tinh thần và takuhatsu (việc
hành khất). Tuy nhiên, một số komusō đã không tuân theo các quy tắc này và thậm chí
còn mở trường dạy shakuhachi ở Edo (Tokyo ngày nay).

Hình 5: Nhà sư Komusō

Tóm lại, theo nghiên cứu của Nakatsuka Chikuzen (1887 - 1944), có 77 ngôi đền của
giáo phái Fuke nằm rải rác trên khắp Nhật Bản trong thời kỳ Edo. Ba trong số những
ngôi đền quan trọng nhất là Myōanji ở Kyoto và Ichigetsuji và Reihōji ở vùng Kantō,
khu vực xung quanh Edo hoặc Tokyo ngày nay. Tại mỗi ngôi đền, các nhà sư đã sáng
tác các bản nhạc riêng, khi kết hợp với nhau có khoảng 150 bản nhạc Honkyoku từ thời
Edo được biết đến ngày nay. Honkyoku là một thuật ngữ dùng để chỉ các bản nhạc độc
tấu được các nhà sư komusō chơi vào thời kỳ Edo và được sử dụng để rèn luyện tinh
thần hoặc quá trình khất thực của họ. Tương tác giữa các ngôi đền, bao gồm cả trao đổi
âm nhạc, diễn ra nhờ các nhà sư komusō đi khất thực, truyền đạo từ đền này sang đền
khác. Âm nhạc không phải honkyoku được gọi là gaikyoku hoặc rankyoku.
Mối quan hệ giữa Mạc phủ (chính phủ Edo) và giáo phái Fuke trở nên xấu đi do những
khó khăn trong việc kiểm soát giáo phái này và hành vi phạm tội của một số nhà sư.
Năm 1847, Mạc phủ đưa ra sắc lệnh rằng giáo phái Fuke phải tuân thủ các quy tắc giống
như giáo phái Rinzai. Điều này đã thu hồi các đặc quyền được cấp trong Kenchō no
Okitegaki và dẫn đến sự thất vọng của các nhà sư Komusō. Mối quan hệ xấu này trở
nên tồi tệ hơn khi kansu (trưởng môn) thứ ba mươi ba của trường phái Myōanji, Gendō
Kanmyō và Myōan Sugyō, cũng từ Myōanji, tham gia vào 'Hamaguri Gomon Rebellion'
vào năm 1864 với tư cách là một trong những người ủng hộ việc lật đổ Mạc phủ
Tokugawa. Sự ngờ vực lẫn nhau tăng lên và số lượng các biện pháp trừng phạt và điều
tra các nhà sư komusō cũng tăng lên.

Đỉnh điểm khi chính phủ Edo bị lật đổ vào năm 1868 và được thay thế bởi chính phủ
Meiji - Minh Trị (1868–1912). Trong cuộc đàn áp Phật giáo, chính phủ Minh Trị đã ban
hành sắc lệnh Dajōkan Fukoku, trong đó, bãi bỏ giáo phái Fuke vô thời hạn, bãi bỏ đặc
ân trước đó của nhà sư komusō vào năm 1871, và sau đó là cấm hành khất từ năm 1872
đến năm 1881 đã tác động mạnh mẽ đến âm nhạc shakuhachi. Nhiều người chơi
shakuhachi bắt đầu biểu diễn trong các dàn nhạc sankyoku để mưu sinh mặc dù người
ta biết rằng các nhà sư komusō đã biểu diễn âm nhạc thế tục trước thời kỳ Minh Trị năm
1867. [Dàn nhạc sankyoku ban đầu bao gồm đàn koto (đàn tranh 13 dây), shamisen (đàn
nguyệt cổ dài ba dây) và kokyū (đàn vĩ kéo 3 dây). Tuy nhiên, shakuhachi nhanh chóng
tiếp nhận vai trò của kokyū; do đó, Dàn nhạc Sankyoku truyền thống bao gồm koto,
shamisen và shakuhachi.]

Hình 5: Dàn nhạc Sankyoku

Lấy cảm hứng từ các loại hình nghệ thuật khác của Nhật Bản, những người theo chủ
nghĩa thế tục bắt đầu chia thế giới shakuhachi thành ryūha (thường được dịch là 'trường
phái' hoặc 'bang hội'). Quá trình này được Kurosawa Kinko I (1710-1771) khởi xướng.
Ông đã thu thập một kho tài liệu lớn về honkyoku từ một số ngôi đền. Điều này đánh
dấu sự khởi đầu của Kinko-ryū (phong cách chơi của trường phái Kinko). Sau quá trình
thế tục hóa shakuhachi này, các trường phái mới như Tozan-ryū (thành lập năm 1896),
Ueda-ryū (thành lập năm 1917) và Chikuhō-ryū (cũng được thành lập năm 1917).
Những trường phái mới này thu hút học sinh mới, những người chơi shakuhachi như
một loại nhạc thế tục. Shakuhachi ngày càng trở nên phổ biến hơn, đặc biệt với việc tạo
ra các tiết mục hiện đại dựa trên các nguyên tắc nhạc phương Tây như chơi hòa tấu và
sáng tác bằng cách sử dụng hòa âm. Các trường phái như Tozan và Chikuhō sở hữu một
kho nhạc lớn theo phong cách này.