‫الدراسة العملية لبرنامج ‪Anagène‬‬

‫‪ /1‬تطبيقات حول مورثة واحدة (مثال مورثة الهيموغلوبين‬

‫المرحلة األولى‪ :‬السالسل الموافقة للمورثة‪:‬‬
‫‪ -‬باستعمال التعليمة ‪ Banque des séquences /Fichier‬تظهر نافذة الختيار الملف الذي تريد دراسته ‪ ،‬مثال مورثة ‪Beta‬‬
‫للهيموغلوبين ثم نختار ‪Betacod.adn‬‬
‫‪ -‬من القائمة ‪ ،Convertir les séquences/Traiter‬ومن لوحة التحكم بالضغط على المفتاح ‪،F7‬‬
‫نختار‪ ARN messager‬و‪peptidique séquence‬‬
‫نختار ‪comparaison simple‬‬

‫المرحلة الثانية‪ :‬المقارنة بسلسلة طافرة‪:‬‬

‫‪ Banque des séquences /Fichier‬يتم اختيار التتابعين‪ Betacod.adn‬و ‪Drépacod-adn‬‬
‫‪-‬يتم تحديد التتابعين‪.‬‬
‫‪Option de c‬‬ ‫‪-‬الضغط ‪ ،Comparer les séquences/Traiter‬ومن لوحة التحكم بالضغط على المفتاح ‪ F8‬فتظهر نافذة‬
‫‪-‬نختار ‪comparaison simple‬‬
‫المرحلة الثالثة‪ :‬مقارنة السالسل البروتينية‪:‬‬
‫‪ Banque des séquences /Fichier‬يتم تحديد التتابعين ‪ Drépacod-adn‬و ‪Betacod.adn‬‬
‫‪-‬من القائمة ‪ ،Convertir les séquences/Traiter‬ومن لوحة التحكم بالضغط على المفتاح ‪F7‬‬
‫‪-‬نختار ‪(Traduction simple‬مع وضع النتائج في نفس النافذة)‬
‫‪-‬يتم تحديد التتابعين الناتجين‪.‬‬
‫‪ ،‬ومن لوحة التحكم بالضغط على المفتاح‪F8‬‬ ‫‪-‬من القائمة‪ ، Comparer les séquences/Traiter‬أو بالنقر مباشرة على األيقونة‬
‫‪-‬نختار ‪Comparaison simple‬‬

‫المرحلة الرابعة‪ :‬مقارنة السلسلة المستنسخةغير و المستنسخة بـ‪: ARN m‬‬

‫‪-‬في مواضيع الدراسة ‪ Thème d'étude‬نختار الموضوع ‪Expression de l'information génétique‬‬
‫‪-‬نختار الموضوع الخاص بمورثة الهيموغلوبين‬
‫‪-‬يتم تحديد التتابعين ‪ Beta brin1‬و ‪ARNm‬‬
‫‪-‬نضغط على ‪ ، Comparer les séquences/Traiter‬أومن لوحة التحكم بالضغط على المفتاح ‪F8‬‬
‫‪-‬نختار ‪Comparaison simple‬‬
‫وبنفس الطريقة نقارن السلسة المستنسخة (‪ ) Beta brin2‬مع ‪ARNm‬‬

‫المرحلة الخامسة‪ :‬المقارنة مع تحديد التقطع‬

‫‪-‬تتم المقارنة مع تحديد التقطع بين التتابعين ‪ beta.adn‬و ‪betarnm.arn‬‬
‫من‪ Banque des séquences /Fichier-‬نختار التتابعين ‪ betarnm.arn‬و ‪beta.adn‬‬
‫‪Comparer les Séquences / Traiter -‬‬
‫واختيار نوع المقارنة ‪Alignement avec discontinuité‬‬

‫‪1‬‬
 ‫الدراسة العملية لبرنامج ‪Anagène‬‬
‫‪ /2‬تطبيقات حول مورثات متعددة (مورثات الهيموغلوبين(‬

‫مقارنة عدة مورثات‬

‫تتم اجراء المقارنة بين السالسل غير المستنسخة للمورثات األربعة للهيموغلوبين‬
‫(; ‪ Alpha brin1;Delta brin1 Gamma brin1‬مع ‪)Beta brin1‬‬
‫‪-‬في مواضيع الدراسة‪ Thème d'étude‬نختار الموضوع ‪ Expression de l'information génétique‬ثم نختار الموضوع الخاص‬
‫بمورثات الهيموغلوبين‬
‫‪-‬يتم حذف التتابعات غير المطلوبة ‪ ،‬وذلك بتحديد التتابع ثم الضغط على ‪ Editer/ Couper‬وهذا لتسهيل المقارنة ‪.‬‬
‫‪-‬تتم تحديد التتابعات ثم اختيار‬
‫‪ ، Comparer les séquences/Traiter‬أومن لوحة التحكم بالضغط على‪F8‬‬
‫‪-‬نختار نوع المقارنة ‪.Alignement avec discontinuité‬‬
‫‪-‬استخراج النسبة المئوية للتشابه بتحديد السلسلة المقصودة ثم الضغط على اإليقونة‬

‫‪ /3‬التعبير المورثي‬
‫المرحلة األولى‪:‬الشفرة الوراثية‬
‫في مواضيع الدراسة‪ Thème d'étude‬نختار الموضوع ‪ Expression de l'information génétique‬ثم نختار الموضوع الخاص‬
‫بالمورثة ‪ Beta‬للهيموغلوبين‬
‫إجراء ترجمة للتتابع ‪ Beta ARNm codant‬إلى ببتيد ‪.‬‬
‫نتأكد أن كل حمض أميني من السلسلة الببتيدية تقابله ثالثية نيوكليوتيدية في سلسلة الـ‪ ADN‬و‪ ARNm‬بطريقتين هما ‪:‬‬
‫لتحديد الثالثية ‪.‬‬ ‫أ‪ -‬باستعمال األيقونة‬

‫ب‪ -‬من جدول الشفرة الوراثية بالنقر على األيقونة‬

‫المرحلة الثانية‪ :‬تحديد المنطقة المفتوحة للقراءة‬

‫باستعمال ‪ Fichier / Banque de séquences‬نستخرج‪:‬‬

‫السلسلة غير المستنسخة‪alpha.adn‬‬

‫سلسلة‪alpharnm.arn‬‬

‫السلسلة الببتيدية‪alpha.pro‬‬

‫نستخرج‪:‬‬

‫‪ alpha.pro‬للهيموغلوبين (بما في ذلك حمض ‪ Met‬األول(‬ ‫‪-‬عدد األحماض األمينية في السلسلة الببتيدية‬

‫‪ -‬عدد القواعد اآلزوتية في ‪ ARNm‬أو في ‪ ADN‬الالزم لتركيب هذه السلسلة الببتيدية‪.‬‬

‫‪ -‬عدد القواعد في ‪ alpha.adn‬و ‪. alpharnm.arn‬‬

‫نالحظ أن هناك اختالف عدد القواعد بين ‪ ARNm‬الناضج )‪ (alpharnm.arn‬مع ‪ alpha.adn ADN‬الالزم لتركيب هذه السلسلة‬
‫الببتيدية‬

‫*لتفسير االختالف نقارن بين ‪ ARNm‬الناضج )‪ (alpharnm.arn‬مع ‪) alphacod.arn‬الجزء المشفر) و‪alpha.adn‬‬

‫‪2‬‬
 ‫الدراسة العملية لبرنامج ‪Anagène‬‬
‫‪-‬باستعمال ‪ Fichier / Banque de séquences‬نستخرج أيضا ‪: alphacod.arn‬‬

‫‪-‬نحدد السالسل الثالثة‪/ alphacod.arn alpha.adn/ alpharnm.arn‬‬

‫‪-‬بالضغط على ‪ Comparer les séquences/Traiter‬نختار‪Alignement avec discontinuité‬‬

‫‪-‬نقارن بين طول ‪ alphacod.arn‬و‪ alpharnm.arn‬ثم نستحرج طول القطع الي تستنسخ وال تحذف بعد اإلستنساخ لكنها ال تترجم‬

‫‪-‬نقارن بين طول ‪ alpha.adn‬و‪ alpharnm.arn‬ونستخرج طول القطع غير الدالة‬

‫لتحديد المنطقة المفتوحة للقراءة‬

‫‪-‬نحدد السلسلة‪alpha.adn‬‬

‫‪-‬من القائمة ‪ Convertir les séquences/Traiter‬نختار ‪Position des Phases Ouvertes de Lecture‬‬

‫‪ /4‬إنزيمات القطع‬

‫المرحلة الثانية‪ :‬استخدامات إنزيمات القطع‬

‫إنزيمات القطع المناسبة لتشخيص مرض‪Drépanocytose :‬‬

‫‪-‬من بنك التتابعات ‪ ،‬نختار التتابعين ‪ betacod.adn‬و‪ drepcod.adn‬من التتابعات الطافرة والسليمة على التوالي ‪.‬‬

‫‪-‬نحدد مثال السلسلة ‪betacod.adn‬‬

‫‪-‬الضغط على‪ ، Action enzymatique/Traiter‬أو بالضغط على المفتاح‪ ، F9‬تظهر نافذة تتضمن عدة خيارات بمجرد النقر على واحدة منها‬
‫تعرض قائمة إنزيمات القطع ‪.‬‬

‫‪-‬نختار االنزيم ‪ MnII‬و نحدد‪ Graphique‬ثم ‪ ajouter‬ثم ‪ok‬‬

‫‪ ،‬حيث تعرض نافذة ‪ informations‬طول القطع ومواقعها‬ ‫‪ -‬يمكن الحصول على معلومات تخص هذه السالسل باستعمال أيقونة‬

‫وبنفس الطريقة بالنسبة للسلسلة ‪drepcod.adn‬‬

‫‪-‬نالحظ االحتالفات المالحظة‪.‬‬

‫المرحلة الثانية‪ :‬مقارنة السالسل الببتيدية‬

‫‪ /5‬تعدد األليالت لمورثة واحدة ( نظام ‪) ABO‬‬

‫المرحلة األولى‪ :‬السالسل الموافقة الليالت المورثة‬

‫فتح ملف التتابعات النيوكليوتيدية للـ‪A.B.O :‬‬

‫يتم فتح التتابعات من مواضيع الدراسة ‪ ،‬أو من بنك التتابعات باختيار الملف‬

‫‪Relation génotype phénotype /‬‬

‫‪phénotype groupes sanguins ABO‬‬

‫المقارنة مع تحديد التقطع بين التتابعات النيوكليوتيدية‪A.B.O:‬‬

‫‪3‬‬
 ‫الدراسة العملية لبرنامج ‪Anagène‬‬
‫نحدد التتابعات الثالثة في نفس الوقت ثم نجري مقارنة مع تحديد التقطع ‪.‬‬

‫‪ ،‬أومن لوحة التحكم بالضغط على‪F8‬‬ ‫‪ ،Comparer les séquences/Traiter‬أو بالنقر مباشرة على األيقونة‬

‫نختار ‪Alignement avec discontinuité‬‬

‫‪.‬المرحلة الثانية‪ :‬مقارنة السالسل الببتيدية‬

‫إن برنامج ‪ Anagène‬اليعرض ملف تتابعات السالسل الببتيدية لنظام ‪ ، ABO‬لذلك وجب علينا إجراء تحويل للتتابعات النيوكليوتيدية ‪،‬ثم اجراء‬
‫مقارنة بسيطة بين السالسل البروتينية‬

‫‪ /6‬إنشاء تتابعات جديدة‬

‫من خالل البرنامج يمكن للمستعمل إنشاء تسلسل جديد ‪ ،‬وذلك بإتباع الخطوات التالية ‪:‬‬

‫‪ -‬من القائمة ‪ Fichier‬إختيار‪Créer‬‬

‫‪-‬اختيار نوع الملف‪ ،ARN ، ADN‬أو ببتيدي‪.‬‬

‫‪-‬تسمية الملف‪.‬‬

‫‪-‬كتابة التسلسل انطالقا من لوحة التحكم‪ ،‬أو من األزرار الموجودة أعلى النافذة‬

‫‪-‬حفظ الملف ‪ :‬باختيار ‪ Enregistrer‬من‪ Fichier‬أو بالضغط على ‪ ،F12‬تظهر نافذة إختر منها المكان المناسب لحفظ الملف مثال‬

‫‪Banque des séquences‬‬

‫‪Séquences personnelles‬نضغط على بالزر األيمن ثم ‪ ajouter un utilisaterur‬ثم نختاراسم الملف ثم ‪OK‬‬ ‫‪-‬‬

‫ثم بالزر األيمن نضغط على الملف الجديد ثم نختار‪ajouter la séquence pointée‬‬

‫لفتح ملف التسلسل الجديد الذي أنشأته نشط التعليمة ‪. Ouvrir/Fichier‬‬

‫‪ -7‬اإلطالع على الملفات المعروضة في البرنامج ‪:‬‬

‫يعرض البرنامج لكل موضوع دراسة مجموعة من الملفات (جداول‪ ،‬صور ثابتة‪،‬رسوم) نحصل عليها بفتح القائمة‬
‫‪programmes et documents/Fichier‬‬

‫فتعرض نافذة تحمل عدة خيارات ‪ ،‬نختار منها ملف أو عدة ملفات في آن واحد ‪.‬‬ ‫أو بالنقر على األيقونة‬
‫‪-‬مثال نختار الملف ‪/L'Hémoglobine Humain Drépanocytose‬‬
‫‪Observation microscopique du sang drepanocytaire‬‬
‫‪ -‬مثال نعرض السلسلة الببتيدية ‪ β‬الطافرة التي يعرضها البرنامج ‪ ،‬ويتم الحصول عليها بفتح الملفات التالية ‪:‬‬
‫‪/L'Hémoglobine Humain Drépanocytose‬‬
‫‪Chaine de L'Hb drépanocytose.‬‬

‫‪4‬‬