Professional Documents
Culture Documents
BIOKIMIA TANAMAN
“PROTEIN”
Disusun Oleh:
Setiawan Ramadhani P W 225040207111028
Selfyka Halimah Prastiwi 225040207111033
Ajeng Dwi Deninta 225040207111234
Agnes Claudia Nauli 225040207111235
Rafli Derianto Wahyudi 225040207111236
Serli Adelia Putri 225040207111237
Dominika Anindya Putri S 225040207111314
Puji syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas Rahmat dan
Taufik-Nya sehingga makalah ini dapat terselesaikan.
Makalah ini disusun dengan berbagai literatur khususnya mata kuliah biokimia,
buku-buku yang dianggap relevan, serta pengetahuan dari penulis sehingga
makalah ini dapat terselesaikan dengan baik dan sesuai harapan.
Akhir kata dengan segala kerendahan hati kami mengucapkan banyak terima kasih
kepada dosen pengampu biokimia yang telah memberikan bantuannya sehingga
makalah ini dapat terselesaikan. Kami menyadari bahwa makalah ini perlu
perbaikan, oleh karena itu, sumbang saran dari pembaca sangat kami harapkan.
Penyusun
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ................................................................................. ii
DAFTAR ISI ............................................................................................... iii
1. PENDAHULUAN .....................................................................................1
1.1 Latar Belakang .....................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah................................................................................2
1.3 Tujuan ..................................................................................................2
2. TINJAUAN PUSTAKA ...........................................................................3
2.1 Definisi Dan Fungsi Kimia ..................................................................3
2.2 Struktur Dan Sifat Fisikokimia Protein ...............................................4
2.3 Struktur DNA dan Replikasi DNA ......................................................5
2.4 Transkripsi, translasi dan sintesis protein ............................................6
3. Penutup .....................................................................................................9
3.1 Kesimpulan ........................................................................................10
3.2 Saran ..................................................................................................10
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................11
BAB I
PENDAHULUAN
1. 1 Latar Belakang
Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti “yang paling
utama”) adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang
merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu
sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein yang mengandung karbon,
hidrogen, oksigen, nitrogen, dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan
penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein
mempunyai molekul besar dengan bobot molekul bervariasi antara 5000 sampai
jutaan. Ada 20 jenis asam amino yang terdapat dalam molekul protein. Asam-asam
amino ini terikat satu dengan yang lain oleh ikatan peptide.protein mudah
dipengaruhi oleh suhu tinggi, PH, dan pelarut organik. Protein adalah salah satu
bio-makromolekul yang penting peranannya dalam makhluk hidup. Fungsi dari
protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi kedalam dua kelompok besar,
yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat
molekular. Protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-
linking dan lain-lain. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk
reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. Makromolekul ini mengendalikan
jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup
suatu organisme. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang
berperan di dalamnya mengalami kerusakan.
Adapun rumusan masalah yang akan dibahas pada makalah ini yaitu :
1.3 Tujuan
Adapun tujuan penulisan dari makalah protein ini adalah sebagai berikut:
TINJAUAN PUSTAKA
Peran dan aktivitas protein dalam proses biologis antara lain sebagai katalis
enzimatik, bahwa hampir semua reaksi kimia dalam · sistem biologi dikatalis oleh
makromolekul yang disebut enzim yang merupakan satu jenis protein. Sebagian
reaksi seperti hidrasi karbondioksida bersifat sederhana, sedangkan reaksi lainnya
seperti replikasi kromosom sangat rumit. pai jutaan kali. Peran lainnya dari protein
dalam sistem biologi adalah sebagai transport dan penyimpanan. Contohnya
transport oksigen dalam eritrosit oleh hemoglobin dan rnioglobin yakni sejenis
protein yang mentransport oksigen dalam otot (Katili, 2009).
Sifat fisikokimia setiap protein tidak sama, tergantung pada jumlah dan jenis asam
aminonya. Protein memiliki berat molekul yang sangat besar sehingga bila protein
dilarutkan dalam air akan membentuk suatu dispersi koloidal. Protein dapat
dihidrolisis oleh asam, basa, atau enzim tertentu dan menghasilkan campuran asam-
asam amino (Winarno, 2004). Sebagian besar protein bila dilarutkan dalam air akan
membentuk dispersi koloidal dan tidak dapat berdifusi bila dilewatkan melalui
membran semipermeabel. Beberapa protein mudah larut dalam air, tetapi ada pula
yang sukar larut. Namun, semua protein tidak dapat larut dalam pelarut organik
seperti eter, kloroform, atau benzena (Yazid, 2006). Pada umumnya, protein sangat
peka terhadap pengaruh-pengaruh fisik dan zat kimia, sehingga mudah mengalami
perubahan bentuk. Perubahan atau modifikasi pada struktur molekul protein disebut
denaturasi. Protein yang mengalami denaturasi akan menurunkan aktivitas biologi
protein dan berkurannya kelarutan protein, sehingga protein mudah mengendap.
Bila dalam suatu larutan ditambahkan garam, daya larut protein akan berkurang,
akibatnya protein akan terpisah sebagai endapan. Apabila protein dipanaskan atau
ditambahkan alkohol, maka protein akan menggumpal. Hal ini disebabkan alkohol
menarik mantel air yang melingkupi molekul-molekul protein; selain itu
penggumpalan juga dapat terjadi karena aktivitas enzim-enzim proteolitik (Yazid,
2006).
banyak muatan (polielektrolit) dan bersifat amfoter, yaitu dapat bereaksi dengan
asam dan basa. Pada larutan asam atau pH rendah, gugus amino pada protein akan
bereaksi dengan ion H+, sehingga protein bermuatan positif. Bila pada kondisi ini
Sebaliknya, pada larutan basa atau pH tinggi, gugus karboksilat bereaksi dengan
Semua sifat yang dimiliki oleh organisme ditentukan oleh gen-gen yang
dimilikinya. Gen merupakan bagian-bagian dari urutan asam nukleat yang terdapat
pada DNA. Penemuan struktur double heliks DNA oleh James Watson dan Crick
(1953), telah membuka pengertian tentang replikasi, transkripsi dan translasi dari
gen. Sejak saat itu terdapat perkembangan yang spektakuler tentang interaksi
kompleks yang dibutuhkan untuk mengekspresikan kode informasi kimia dalam
molekul DNA menjadi komponen sel dan organisme. DNA dan RNA merupakan
polimer linier (polinukleotida) yang tersusun dari subunit atau monomer
nukleotida. Komponen penyusun nukleotida terdiri dari tiga jenis molekul, yaitu
gula pentosa (deoksiribosa pada DNA atau ribosa pada RNA), basa nitrogen, dan
gugus fosfat (Gambar 1). Basa yang ditemukan pada nukleotida adalah basa purin
(adenin = A, guanin = G) dan basa pirimidin yaitu cytosin = C, tymin = T.
Urutan DNA adalah susunan apesifik dari nukleotida dalam sebuah rantai
ganda yang membentuk molekul DNA. Urutan ini ditentukan oleh empat jenis basa
nitrogen, yaitu adenin (A), timin (T), guanin (G), dan sitosin (C). urutan DNA
menetukan urutan asam amino dalam protein dan membawa informasi genetic yang
mempengaruhi sifat dan karakteristik organisme. Dalam manusia, urutan DNA
mengandung instruksi yang mengatur pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi sel.
Urutan DNA juga dapat bervariasi antara individu, yang menghasilkan keragaman
genetic. Semua sel menggunakan sistem dimana informasi yang terdapat dalam
DNA di copy menjadi RNA dan kemudian dirubah menjadi protein oleh mesin
molekul yang disebut ribosom. Pada tingkat molekul, sel-sel memiliki lebih banyak
kesamaan daripada perbedaan (Morihito, 2017)
2.4.1 REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adalah proses perbanyakan atau penggandaan DNA untai
ganda (Yuwono, 2010). Pada sel eukariotik, proses replikasi terjadi selama fase S
(sintesis) selama siklus sel. DNA merupakan molekul hidup karena mampu
melakukan penggandaan diri (replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis
karena DNA mampu mensistesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa
sintesis DNA. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida
baru dari rantai nukleotida lama. Prosesnya dengan menggunakan komplementasi
pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan
molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase,
enzim polimerase, dan ligase serta komponen lainnya.
Replikasi DNA merupakan awal mula dari ekspresi suatu gen hingga
membentuk protein. Gen spesifik yang akan diekspresikan, biasanya akan
direplikasi terlebih dahulu (dikopi) hingga membentuk salinan gen yang identik
dengan induk. Akibatnya, salinan gen tersebut nantinya dapat diekspresikan dalam
tahapan transkripsi dan translasi. Dengan demikian urutan nukleotida yang spesifik
terhadap gen tersebut, pada sel induk tetap ada/ dipertahankan. Alur dari ekspresi
gen yang diawali oleh adanya replikasi DNA secara umum yaitu replikasi,
transkripsi dan translasi.
Seperti yang dikemukakan oleh Watson dan Crick, duplikasi DNA dimulai
dengan “terbukanya molekul induk”, yaitu ikatan hidrogen antara pasangan basa
lepas dan kedua belahan molekul itu melurus. Sekali terbuka urutan basa pada
B. Translasi
Translasi adalah tahap mengubah urutan nukleotida dalam molekul mRNA
menjadi urutan asam amino yang membentuk polipeptida atau protein.
Dalam terjemahan, hanya molekul mRNA yang diterjemahkan sedangkan
rRNA dan tRNA tidak diterjemahkan. Molekul mRNA adalah transkrip
(salinan) urutan DNA yang membentuk gen, yang terdiri dari: 1.
Terjemahan mulai kodon, yaitu. urutan ATG (untuk DNA) atau AUG
(untuk mRNA). 2. Serangkaian urutan nukleotida yang membentuk banyak
kodon. 3. Kodon terminasi translasi yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG
(UAG pada mRNA) atau TGA (UGA pada mRNA). RNA tidak memiliki
basa timin (T) tetapi dalam bentuk urasil (U). Kode genetik bersifat
universal. Di semua organisme, kode kodon yang sama untuk asam amino
yang sama. Satu set tiga nukleotida berturut-turut (kembar tiga) dalam DNA
ditranskripsi menjadi tiga nukleotida RNA komplementer, yang kemudian
diterjemahkan menjadi asam amino dalam rantai polipeptida. Kode triplet
ini berarti ada 43 = 64 kombinasi nukleotida yang berbeda, yang jauh lebih
banyak daripada yang dibutuhkan untuk mengkode 20 asam amino yang
berbeda. Setiap triplet kode disebut kodon. Setiap kodon mRNA secara
tradisional ditulis dengan nukleotida 5' di sebelah kiri dan nukleotida 3' di
sebelah kanan karena sintesis protein dimulai pada ujung 5' molekul mRNA
dan berlanjut menuju ujung 3'.
C. Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses pembentukan partikel protein yang
melibatkan sintesis RNA dan dipengaruhi oleh DNA. Gen (DNA) hanya
memberikan perintah untuk membuat protein tertentu, sedangkan yang
melaksanakan sintesis protein adalah RNA (Irnaningtyas, 2014). Sintesis
protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptide yang
diatur susunannya oleh kode kode gentik. Proses sintesis protein proten
dibagi menjadi dua tahapan, yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi
adalah proses sintesis RNA dengan template gen-gen yang terdapat dalam
untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nukleus pada sel-sel
eukariotik, atau di dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik. Transkripsi
dari setiap gen akan menghasilkan RNA untai tunggal yang sekuensnya
merupakan komplemen dari sekuens nukleotida pada salah satu untai DNA
untai ganda. Untai DNA ini disebut untai template (template strand),
sedangkan untai DNA pasangannya sering disebut untai kode (coding
strand). Enzim utama yang berperan pada proses transkripsi adalah RNA
polimerase. Enzim ini berbeda dengan DNA polimerase karena RNA
polimerase tidak memerlukan primer untuk memulai sintesis untai RNA.
Enzim RNA polymerase merupakan enzim dengan multiaktivitas atau
multifungsi, karena itu sering disebut sebagai kompleks enzim. (Sinaga,
2010). Protein disintesis oleh ribosom di sitoplasma dalam suatu proses
yang disebut translasi. Sekuens protein yang disintesis ditentukan oleh
informasi genetik yang terdapat di dalam molekul-molekul mRNA.
Informasi genetik yang terdapat di dalam mRNA tersebut dinamakan kodon
triplet, karena tersusun oleh tiga buah nukleotida yang terletak bersisian.
Sintesis protein di dalam sel memerlukan kerja sama dari empat komponen
yang membentuk kompleks translasi, yaitu: ribosom yang mengkatalisis
pembentukan ikatan peptida, protein-protein faktor translasi yang
membantu ribosom dalam setiap tahap proses translasi, mRNA yang
membawa informasi genetik tentang protein yang disintesis, dan aminoasil-
tRNA yang membawa asamasam amino untuk membentuk untai polipeptida
atau protein yang disintesis.
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Semua sifat yang dimiliki oleh organisme ditentukan oleh gen-gen yang
dimilikinya. Gen merupakan bagian-bagian dari urutan asam nukleat yang terdapat
pada DNA.Peran dan aktivitas protein dalam proses biologis antara lain sebagai
katalis enzimatik, bahwa hampir semua reaksi kimia dalam · sistem biologi
dikatalis oleh makromolekul yang disebut enzim yang merupakan satu jenis protein.
Sebagian reaksi seperti hidrasi karbondioksida bersifat sederhana, sedangkan reaksi
lainnya seperti replikasi kromosom sangat rumit. Sintesis protein adalah proses
pembentukan partikel protein yang melibatkan sintesis RNA dan
dipengaruhi oleh DNA
3.2 Saran
Diharapkan mahsiswa mengetahui definisi dan fungsi Protein bagi tanaman para
mahasiswa juga dapat mempraktekan dan memahami kandungan asam nukleat.
DAFTAR PUSTAKA
Katili, A. S. (2009). Struktur dan fungsi protein kolagen. Jurnal pelangi ilmu,2(5).
Lamid, A., Almasyhuri, A., & Sundari, D. (2015). Pengaruh proses pemasakan
terhadap komposisi zat gizi bahan pangan sumber protein. Media Penelitian
dan Pengembangan Kesehatan, 25(4), 20747
Amir, T.L. 2018. Biologi Molekuler. Modul. Universitas Esa Unggul.