ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

PHAN ĐĂNG HẢI

SÀNG LỌC MỘT SỐ HỢP CHẤT ALCALOID ỨC CHẾ EGFR

BẰNG PHƯƠNG PHÁP DOCKING PHÂN TỬ ĐỊNH HƯỚNG ĐIỀU
TRỊ UNG THƯ PHỔI

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

Sinh viên : Phan Đăng Hải

Giảng viên hướng dẫn : PGS.TS. Bùi Thanh Tùng

ThS.Đỗ Thị Hồng Khánh

 LỜI CẢM ƠN

Trước hết, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc và gửi lời cảm ơn chân thành tới
PGS.TS. Bùi Thanh Tùng và ThS.Đỗ Thị Hồng Khánh công tác tại Trường Đại học Y
Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội cùng bạn Lệ Thị Hường đã tận tình giúp đỡ, hướng dẫn
em hoàn thành khóa luận này.
Bên cạnh đó, em cũng xin gửi lời cảm ơn tới lãnh đạo, thầy cô Trường Đại học Y
Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ, tạo điều kiện để em được học tập, nghiên
cứu, rèn luyện tại đây trong suốt 5 năm qua và thực hiện đề tài này.
Sau cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới bố mẹ, anh chị em và bạn bè luôn
sát cánh, đồng hành, ủng hộ, động viên em trong quá trình học tập, nghiên cứu hoàn
thành khóa luận.
Mặc dù đã có nhiều cố gắng,xong với kiến thức, kỹ năng và thời gian còn hạn chế,
khóa luận của em khó tránh khỏi những thiếu sót. Em rất mong nhận được những ý kiến
đóng góp của các thầy cô để khóa luận của tôi được hoàn thiện hơn.
Em xin chân thành cảm ơn.

Hà Nội, ngày 23 tháng 5 năm 2023

Sinh viên

Phan Đăng Hải

2
 DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

EGFR Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì

HPV Siêu vi bướu nhú ở người
RRP Chứng đa bướu nhú tái diễn
ROS Các loại oxy phản ứng
GSH Glutathione reductase
RTK Thụ thể tyrosine kinase
NRG Neuregulin
RMSD Độ lệch bình phương trung bình
GLU Glutamate
ASP Axit aspartic
LYS Lysine
PHE Phenylalanine
MET Methionin
ILE Isoleucine
VAL Valin
ALA Alanin
ARG Arginine
THR Threonine
GLN Glutamine
PRO Proline
ADMET Hấp thu, Phân bố, Chuyển hóa,Thải trừ, Độc tính
LD50 Liều gây chết trung bình
DNA Acid deoxyribonucleic

3
 DANH MỤC BẢNG

Bảng 3.1.Kết quả mô phỏng docking

Bảng 3.2. Kết quả các thông số quy tắc 5 Lipinski
Bảng 3.3. Kết quả tương tác giữa các hợp chất sàng lọc với thụ thể EGFR
Bảng 3.4. Kết quả phân tích các thông số ADMET (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải
trừ và độc tính)

4
 DANH MỤC HÌNH VẼ
Hình 1.1.Cấu trúc protein EGFR (A), kích hoạt (B) và giảm dần bằng liên kết phối tử
Hình 1.2.Các protein EGFR và ERBB và các con đường xuôi dòng của chúng
Hình 1.3.Tỷ lệ đột biến EGFR trong ung thư phổi ở nhiều nền lâm sàng khác nhau
Hình 1.4. Cấu trúc của các nhóm alkaloid chính
Hình 2.1. Hình ảnh 3D của protein 6DUK
Hình 3.1.RMSD của phối tử tự nhiên của thụ thể 6DUK trước và sau docking
Hình 3.2.Minh họa 2 chiều tương tác của phối tử đồng kết tinh vào vị trí hoạt động của
protein
Hinh 3.3. Kết quả tương tác giữa các hợp chất sàng lọc với thụ thể EGFR

MỤC LỤC

5
 MỤC LỤC
DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC BẢNG
DANH MỤC HÌNH VẼ
DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

LỜI CẢM ƠN

ĐẶT VẤN ĐỀ…………………………………………………………………………….1

CHƯƠNG I.TỔNG QUAN……………………………………………………………...3

1.1.Tổng quan về bệnh ung thư phổi không phải tế bào nhỏ……………………… 3

1.1.1.Đại cương về ung thư phổi …………………………………………………..3

1.1.2.Nguyên nhân-Yếu tố nguy cơ………………………………………………..4
1.1.3.Điều trị ung thư phổi…………………………………………………………5

1.2.Tổng quan về thụ thể EGFR ……………………………………………………..6

1.2.1.Sơ lược về thụ thể EGFR…………………………………………………….6

1.2.2.Sự biểu hiện quá mức của EGFR và bệnh lý ung thư phổi không phải tế
bào nhỏ ……………………………………………………………………………...9
1.2.3.Các thuốc ức chế thụ thể EGFR …………………………………………...10

1.3.Tổng quan về các hợp chất alkaloid ……………………………………………12

1.4.Tổng quan về nghiên cứu in silicon …………………………………………….14

1.4.1.Docking phân tử …………………………………………………………….15

1.4.2.Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc…………………………….17
1.4.3.Dự đoán ADMET các thông số dược động học và độc tính ……………...18

CHƯƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU …….19

2.1.Nguyên liệu và thiết bị…………………………………………………………...19

2.2. Nội dung nghiên cứu ……………………………………………………………20
2.3. Phương pháp nghiên cứu……………………………………………………….20

2.3.1.Sàng lọc bằng phương pháp docking phân tử…………………………….20

6
 2.3.2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc …………………………………….22
2.3.3. Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET) ………...22

CHƯƠNG 3:KẾT QUẢ ………………………………………………………………..24

3.1. Mô phỏng protein docking ……………………………………………………..24

3.1.1. Đánh giá quy trình docking ……………………………………………….25

3.2.Tìm kiếm các hợp chất tiềm năng từ kết quả docking………………………...26
3.3. Sàng lọc các hợp chất giống thuốc ……………………………………………..41
3.4. Mô tả tương tác của hợp chất với protein đích………………………………42
3.5. Dự đoán các thông số ADMET…………………………………………………43

CHƯƠNG 4.BÀN LUẬN ………………………………………………………………51

4.1.Về kết luận………………………………………………………………………..51

4.1.1.Berberin clorid ……………………………………………………………...51

4.1.2.Tetrahydroberberine ……………………………………………………....51
4.1.3.Rutaecarpine………………………………………………………………..51
4.2. Về phương pháp…………………………………………………………………
51
4.3. Những hạn chế và thách thức trong mô hình nghiên cứu in silico …………..54

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ………………………………………………………….55

KẾT LUẬN …………………………………………………………………………..55

KIẾN NGHỊ ………………………………………………………………………55

TÀI LIỆU THAM KHẢO

7
 ĐẶT VẤN ĐỀ

Ung thư phổi là một loại bệnh gây ra bởi những khối u bắt nguồn từ nhu mô
phổi.Đây là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây tử vong liên quan đến ung
thư.Hiện tại ,trên thế giới có khoảng 2,2 triệu ca mắc mới (chiếm khoảng 11,4% tổng số
ca mắc ung thư,đứng thứ 2) và khoảng 1,8 triệu ca tử vong (chiếm 18%,đứng hàng
đầu).Tại Việt Nam có khoảng 26262 ca mắc mới(chiếm 14,2%,hàng thứ hai) và khoảng
23 797 ca tử vong (chiếm 19,4%,đứng hàng thứ hai).Tuy nhiên ,nhờ các tiến bộ trong
phương pháp chẩn đoán,sàng lọc và điều trị nên tỉ lệ mắc mới và tử vong có thể giảm đi
trong tương lai.
Trong ung thư phổi có hai loại chính:
-Ung thư phổi không phải tế bào nhỏ (NSCLC) ,đây là loại ung thư phổi
phổ biến nhất.
-Ung thư phổi tế bào nhỏ(SCLC), chiếm khoảng 20% các trường hợp ung
thư phổi[1].
Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì EGFR là một đích quan trong trong điều trị ung
thư phổi ,đặc biệt là ung thư phổi không phải tế bào nhỏ.EGFR là một thành viên của thụ
thể tyrosine kinase ERBB truyền tín hiệu kích thích tăng trưởng đến các tế bào đã được
kích thích bởi phối tử EGFR.Trong các mô bình thường, sự sẵn có của các phối tử EGFR
được quy định chặt chẽ để đảm bảo rằng động học của quá trình tăng sinh tế bào khớp
chính xác với các yêu cầu của mô đối với cân bằng nội môi. Tuy nhiên, trong bệnh ung
thư, EGFR thường được kích thích liên tục do quá trình sản xuất bền vững các phối tử
EGFR trong môi trường vi mô khối u.Vì vậy việc ức chế thụ thể EGFR là mục tiêu chính
trong điều trị ung thư phổi.Một số dược chất đang được phát triển để tác động vào thụ thể
này như erlotinib hay gefitinib[8].
Trên cơ sở đó,nhằm góp phần tìm kiếm các hợp chất tiềm năng giúp điều trị ung
thư phổi ,đặc biệt là ung thư phổi không phải tế bào nhỏ và ức chế sự phơi nhiễm của các
kim loại nặng,đề tài tiến hành với 2 mục đích chính:
1. Sàng lọc các hợp chất alcaloid có tác dụng ức chế thụ thể EGFR bằng phương
pháp docking phân tử
 2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc và tính toán các thông số dược động học
và độc tính của các hợp chất tốt nhất thu được sau quá trình sàng lọc.

2
 CHƯƠNG I.TỔNG QUAN
1.1.Tổng quan về bệnh ung thư phổi không phải tế bào nhỏ
1.1.1.Đại cương về ung thư phổi
Ung thư phổi (tiếng Anh là Lung Cancer) là loại ung thư khởi phát từ phổi hay còn
được gọi là khối u ác tính ở đường hô hấp. Bệnh xảy ra khi một khối u ác tính hình thành
trong phổi, phát triển nhanh về kích cỡ dẫn tới xâm lấn, chèn ép các cơ quan xung quanh.
Ung thư bắt đầu trong phổi được gọi là ung thư phổi nguyên phát. Ung thư lan đến
phổi từ một nơi khác trong cơ thể được gọi là ung thư phổi thứ phát.Có hai dạng chính
của ung thư phổi nguyên phát. Chúng được phân loại theo loại tế bào mà ung thư bắt đầu
phát triển. Nó bao gồm:
● Ung thư phổi không phải tế bào nhỏ – dạng phổ biến nhất, chiếm khoảng
80 đến 85 trong số 100 trường hợp. Nó có thể là một trong ba loại: ung thư
biểu mô tế bào vảy, ung thư biểu mô tuyến hoặc ung thư biểu mô tế bào
lớn.
● Ung thư phổi tế bào nhỏ – một dạng ít phổ biến hơn thường lây lan nhanh
hơn ung thư phổi không phải tế bào nhỏ[1].
Ung thư phổi là một trong những loại ung thư phổ biến trên thế giới và là một
trong những nguyên nhân gây tử vong cao trên thế giới.Trong năm 2020,trên thế giới có
khoảng 2.2 triệu ca mắc mới.935 nghìn ca tử vong.Tỷ lệ mắc ung thư phổi ở nam cao gấp
đôi nữ.Tỉ lệ mắc bệnh ở các nước đang phát triển cao hơn so với các nước phát triển[2].
Vào năm 2020,tại Việt Nam,có khoảng 26262 ca mắc mới và 23797 ca tử vong
vào năm 2020.Tỷ lệ tử vong do ung thư phổi đứng thứ hai,sau ung thư vú.Tỉ lệ mắc bệnh
ung thư phổi ở độ tuổi 45 trở lên chiếm tỉ lệ cao.Ở nam giới,số ca tử vong do ung thư
phổi đứng hàng thứ hai sau ung thư gan và ở nữ giới con số này đứng thứ hai sau ung thư
vú[2].
Chẩn đoán sớm ung thư phổi là một trong những cách tốt nhất để giảm tỷ lệ tử
vong do ung thư phổi.Các yếu tố tiên lượng quan trọng ảnh hưởng đến ung thư phổi bao
gồm:giai đoạn bệnh,phương pháp điều trị và sức khỏe và thể trạng của người bệnh.
Tỉ lệ sống 5 năm của bệnh nhân ung thư phổi chủ yếu phụ thuộc vào tình trạng
bệnh hiện tại của bệnh nhân.Ở giai đoạn khu trú tỷ lệ sống của người bệnh trên 5 năm

3
chiếm khoảng 52%.Khi ung thư lan tới các hạch bạch huyết lân cận người bệnh sống
được trên 5 năm chỉ còn chiếm tỷ lệ là 25%.Với trường hợp xuất hiện di căn xa thì tỷ lệ
sống trên 5 năm của người bệnh lúc đó chỉ còn khoảng 4%.
1.1.2.Nguyên nhân-Yếu tố nguy cơ
Ung thư phổi không tế bào nhỏ được gây ra bởi nhiều nguyên nhân và yếu tố nguy
cơ dưới đây:
• Thuốc lá: ước tính 80 - 90% ung thư phổi liên quan đến thuốc lá. Nguy cơ
ung thư phổi tăng theo thời gian và số lượng thuốc lá. Một người hút một gói
thuốc mỗi ngày có nguy cơ mắc ung thư phổi gấp 20 lần người không hút thuốc.
Nguy cơ ung thư phổi do hút thuốc thụ động cũng được ghi nhận: người sống cùng
nhà với người hút thuốc tăng 30% nguy cơ ung thư phổi so với người không cùng
hoàn cảnh[3].
• Tiếp xúc amiăng: người hút thuốc có tiếp xúc amiăng có nguy cơ cao gấp
90 lần người không tiếp xúc.
• Bụi phóng xạ và radon: làm tăng nguy cơ ung thư phổi, người tiếp xúc với
mức độ radon cao tại nhà ở để mắc ung thư phổi
• Nhiễm khuẩn: Siêu vi bướu nhú ở người (Human papillomavirus (HPV))
được quy cho là một nguyên nhân gây ung thư phổi. Gần 25% ung thư phổi trên
người không hút thuốc có thể liên quan đến HPV. Chứng đa bướu nhú tái diễn
(Recurrent respiratory papillomatosis (RRP)) có thể gây ho, tắc nghẽn hô hấp mạn
tính và thoái hóa ác tính. Nhiễm HPV 16/18 thường đi kèm đột biến p53.
• Di truyền: một vài đột biến di truyền là yếu tố liên quan. Đột biến T790M
xảy ra trên tế bào mầm kèm theo ung thư biểu mô tuyến của phổi.
• Ô nhiễm không khí: khói bụi trong không khí ô nhiễm có thể làm tăng
nguy cơ mắc ung thư phổi, đặc biệt là ung thư biểu mô tuyến[1], [4], [5].
Tỷ lệ tử vong do ung thư phổi cao do bệnh thường được chẩn đoán vào giai đoạn
tiến xa nên cần tăng cường hiệu quả hoạt động tầm soát, phát hiện sớm ung thư phổi. Gần
đây chụp cắt lớp điện toán xoắn ốc năng lượng thấp được chấp thuận như biện pháp tầm
soát cho đối tượng nguy cơ cao (hút thuốc lá nhiều năm trên 30 gói/năm)[6].
1.1.3.Điều trị ung thư phổi

4
1.1.3.1.Phẫu thuật
Phẫu thuật là phương pháp điều trị triệt căn,đặc biệt là các trường hợp được chẩn
đoán ung thư phổi giai đoạn sớm.Nguyên nhân là do các khối u còn quá nhỏ,chưa di căn
và chưa ảnh hưởng đến sức khỏe của bệnh nhân nên vẫn có thể đáp ứng điều trị.
Sau khi phẫu thuật,khả năng chữa khỏi bệnh tăng cao.Đồng thời,tăng tỉ lệ sống sót
của bệnh nhân trên 5 năm cao hơn.Tuy nhiên ,số trường hợp phát hiện sớm ung thư phổi
thường rất thấp[1].
1.1.3.2.Xạ trị
Xạ trị là phương pháp điều trị đối với những trường hợp ung thư phổi giai đoạn II
hoặc III ,do bệnh nhân không thể điều trị bằng phẫu thuật.Ở giai đoạn này bệnh nhân sử
dụng các máy chiếu tia năng lượng cao(tia X,tia gamma,...) giúp tiêu diệt các tế bào ung
thư.
Tuy nhiên việc điều trị bằng xạ trị có thể gây ra các biến chứng sau vài ngày điều
trị như : chán ăn,buồn nôn,rụng tóc,khô da,đau rát,viêm da,[1][7].
1.1.3.3.Hóa trị
Hóa trị là phương pháp điều trị đối với những trường hợp bệnh nhân ở giai đoạn
muộn,lúc mà các tế bào ung thư đã lan rộng.
Phương pháp này giúp tiêu diệt tế bào ung thư và ngăn chặn di căn.Phương pháp
này thường được kết hợp với các phương pháp khác như phẫu thuật hoặc xạ trị.Thuốc
được đưa vào cơ thể theo đường tĩnh mạch và nó có thể gây ra các tác dụng phụ:thiếu
máu,buồn nôn,suy nhược cơ thể,rụng tóc,khả năng hấp thu chất dinh dưỡng của cơ thể
suy giảm,...
1.1.3.4.Điều trị đích ung thư phổi
Bệnh ung thư,tiêu biểu là ung thư không phải tế bào nhỏ thường có liên quan đến
đột biến gen.Vì vậy ,đây là một phương pháp giúp tiêu diệt tế bào ung thư bằng cách sử
dụng các thuốc nhắm tới đích để tiêu diệt tế bào ung thư nhưng ít gây ảnh hưởng đến tế
bào lành đồng thời ít gây tác dụng phụ.Dây cũng là một phương pháp giúp cải thiện thời
gian sống và chất lượng của sống của bệnh nhân[5].
1.1.3.5.Điều trị miễn dịch ung thư phổi

5
 Đây là một phương pháp giúp tạo miễn dịch thụ động của bệnh nhân bằng cách
phát hiện các điểm kiểm soát tế bào ung thư.Tuy nhiên giá của các loại thuốc này thường
rất cao.
Ngoài ra bệnh nhân có thể sử dụng một số biện pháp hỗ trợ khác trong điều trị
như:massage,châm cứu,sử dụng thảo dược hoặc các tinh dầu,...
1.2.Tổng quan về thụ thể EGFR
1.2.1.Sơ lược về thụ thể EGFR
Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì(EGFR) là một thành viên của siêu họ ERBB
của thụ thể tyrosine kinase (RTK) - là các protein xuyên màng được kích hoạt sau khi gắn
yếu tố tăng trưởng peptid thuộc họ protein EGF.[8]
Họ ERBB của tyrosine kinase thụ thể (RTK) bao gồm bốn thụ thể riêng biệt: EGFR (còn
được gọi là ErbB-1/HER1), ErbB-2 (neu, HER2), ErbB-3 (HER3) và ErbB-4 (HER4).Tất
cả các protein thuộc họ này đều có miền liên kết phối tử ngoại bào, miền xuyên màng kỵ
nước đơn và miền chứa tyrosine kinase tế bào chất và miền quy định đầu cuối C. Miền
tyrosine kinase nội bào của các thụ thể ErbB được bảo tồn cao.Miền ngoại bào được chia
nhỏ hơn nữa thành bốn miền. Miền tyrosine kinase bao gồm một thùy N và một thùy C,
và ATP liên kết với khe hở hình thành giữa hai thùy này. Miền điều hòa đầu cuối C có
một số gốc tyrosine được phosphoryl hóa đặc biệt khi liên kết phối tử[9]–[12].

6
Hình 1.1.Cấu trúc protein EGFR (A), kích hoạt (B) và giảm dần bằng liên kết phối tử

Mười một phối tử được biết là liên kết với họ thụ thể ERBB. Chúng có thể được
phân loại thành ba nhóm (a) các phối tử liên kết đặc hiệu với EGFR (bao gồm EGF, yếu
tố tăng trưởng biến đổi-a, amphiregulin và epigen); (b) những chất liên kết với EGFR và
ERBB 4 (bao gồm betacellulin, EGF gắn với heparin và epiregulin); và (c) neuregulin
(NRG) (còn được gọi là heregulin) liên kết với ERBB 3 và ERBB 4. NRG1 và NRG2
liên kết với cả ERBB 3 và ERBB 4, trong khi NRG3 và NRG4 chỉ liên kết với ERBB 4.
Mặc dù các phối tử này cho thấy sự dư thừa, nhưng EGF liên kết với heparin là phối tử
duy nhất không có ở chuột bị loại dẫn đến tử vong sau sinh do các vấn đề về tim và phổi,
trong khi chuột thiếu phối tử EGF khác hoặc thậm chí cả ba chuột null thiếu
amphiregulin, EGF và chuyển đổi yếu tố tăng trưởng-a là khả thi. Các phối tử này được
tổng hợp dưới dạng protein xuyên màng và các phối tử hòa tan (yếu tố tăng trưởng) được
giải phóng vào môi trường ngoại bào thông qua quá trình phân giải protein. Sự lột xác
này được trung gian bởi các protein ADAM (một disintegrin và metalloproteinase) là các
metalloprotease neo màng[13].

7
Hình 1.2.Các protein EGFR và ERBB và các con đường xuôi dòng của chúng

Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì ban đầu được Stanley Cohen phân lập vào năm
1962 dưới dạng một loại protein được chiết xuất từ tuyến dưới hàm của chuột giúp đẩy
nhanh quá trình mọc răng cửa và mở mí mắt ở động vật sơ sinh.Do đó, ban đầu nó được
gọi là "yếu tố nắp răng", nhưng sau đó được đổi tên thành EGF vì nó kích thích sự tăng
sinh của các tế bào biểu mô. Năm 1972, trình tự axit amin của EGF đã được xác định. Sự
hiện diện của một vị trí gắn kết cụ thể cho EGF, thụ thể EGF (EGFR), đã được xác nhận
vào năm 1975 bằng cách chỉ ra rằng EGF được đánh dấu I liên kết đặc biệt với bề mặt
của nguyên bào sợi.Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì EGFR là một glycoprotein có
trọng lượng phân tử là 170kDa cho thấy sự tăng phosphoryl hóa khi liên kết với EGF
trong dòng tế bào ung thư biểu mô tế bào vảy A431 có gen EGFR được khuếch đại. Việc
phát hiện (vào năm 1980) rằng protein biến đổi của virus Rous sarcoma, v-src, có hoạt
tính tyrosine-phosphoryl hóa đã dẫn đến việc phát hiện ra rằng EGFR là một tyrosine
kinase được kích hoạt bằng cách liên kết với EGF.Năm 1984, cDNA của EGFR người

8
được phân lập và đặc trưng. Một mức độ tương đồng cao đã được tìm thấy giữa trình tự
axit amin của EGFR và của v-erbB, một gen gây ung thư của vi rút tạo hồng cầu ở gia
cầm[11], [14].
1.2.2.Sự biểu hiện quá mức của EGFR và bệnh lý ung thư phổi không phải tế bào
nhỏ
Ung thư phổi không phải tế bào nhỏ (NSCLC) là loại ung thư phổi phổ biến nhất, chiếm
khoảng 85% trong tất cả các trường hợp ung thư phổi, được chia thành ba loại: ung thư
biểu mô tuyến, ung thư biểu mô vảy và ung thư biểu mô tế bào lớn. Loại phổ biến nhất là
ung thư biểu mô tuyến, xảy ra ở phế quản ngoại biên và chiếm khoảng 40% tổng số ca
ung thư phổi. Tiếp theo là ung thư biểu mô vảy, phát sinh trong phế quản chính và chiếm
25-30% trong tất cả các trường hợp ung thư phổi được chẩn đoán. Ung thư biểu mô tế
bào lớn chiếm 10%, xảy ra ở phần gần trong lồng ngực . NSCLC là một khối u ác tính
không đồng nhất chứa nhiều đột biến gen điều khiển. Trong vài thập kỷ qua, những tiến
bộ to lớn trong điều trị NSCLC, đặc biệt là sự ra đời của liệu pháp miễn dịch và nhắm
mục tiêu, đã thay đổi cục diện quản lý NSCLC. Y học chính xác được cá nhân hóa dựa
trên đặc điểm di truyền đang trở nên phổ biến. Hiện tại, các lựa chọn để quản lý NSCLC
chủ yếu bao gồm phẫu thuật, xạ trị, hóa trị, liệu pháp nhắm mục tiêu và liệu pháp miễn
dịch. Trong số đó, phẫu thuật đã trở thành lựa chọn được khuyên dùng nhiều cho NSCLC
có thể cắt bỏ, kỹ thuật xạ trị cắt bỏ lập thể (SABR) giúp xạ trị chính xác hơn và ít gây tổn
thương hơn, hóa trị liệu dựa trên bạch kim vẫn là phác đồ tiêu chuẩn cho một số bệnh
nhân NSCLC giai đoạn nặng[15].
Đối với ung thư phổi không phải tế bào nhỏ ở giai đoạn I và II có thể chọn lọc một số
bệnh nhân ở giai đoạn IIIA có thể thực hiện phẫu thuật cắt bỏ. Sau khi cắt bỏ, bệnh nhân
có thể được điều trị bổ trợ toàn thân.Còn đối với NSCLC giai đoạn III ảnh hưởng đến
khoảng 20% trường hợp ở chẩn đoán ban đầu .Giai đoạn III NSCLC là một bệnh không
đồng nhất và điều trị khác nhau tùy thuộc vào gánh nặng khối u, gánh nặng triệu chứng
và các yếu tố bệnh nhân. Phẫu thuật cho NSCLC giai đoạn III đang gây tranh cãi[9], [16],
[17].
Vào tháng 4 năm 2004, hai nhóm các nhà nghiên cứu ở Boston, và sau đó là một
nhóm ở New York, đã báo cáo rằng các đột biến kích hoạt của gen EGFR có mặt trong

9
một tập hợp con của bệnh ung thư phổi không phải tế bào nhỏ và các khối u đó với đột
biến EGFR rất nhạy cảm với EGFR-TKIs. Khám phá này đã giải đáp được bí ẩn về lý do
tại sao những bệnh nhân ung thư biểu mô tuyến là nữ, không hút thuốc, có nguồn gốc
Đông Á mắc bệnh ung thư phổi lại có phản ứng cao hơn với EGFR-TKIs, bởi vì những
bệnh nhân có những đặc điểm này có tỷ lệ đột biến EGFR cao hơn . Hình 4 cho thấy tỷ lệ
đột biến EGFR được tìm thấy trong 559 đột biến ở 2880 bệnh nhân ung thư phổi trong y
văn. Điều thú vị là các đột biến EGFR trong miền tyrosine kinase hầu như chỉ được thấy
ở bệnh ung thư phổi chứ không phải ở các loại khối u khác[11], [17], [18].

Hình 1.3.Tỷ lệ đột biến EGFR trong ung thư phổi ở nhiều nền lâm sàng khác nhau .
Điều đặc biệt quan tâm là đột biến EGFR là quang sai phần tử đầu tiên được tìm
thấy trong bệnh ung thư phổi thường gặp ở những bệnh nhân không có tiền sử hút thuốc
hơn so với những người có tiền sử hút thuốc. Hơn nữa, tần số đột biến EGFR có liên
quan nghịch với tổng lượng thuốc lá hút. Những phát hiện này không nhất thiết có nghĩa
là hút thuốc có tác dụng ngăn ngừa đột biến EGFR.Thay vào đó, họ gợi ý rằng EGFR đột
biến được gây ra bởi (các) chất gây ung thư khác với những chất có trong khói thuốc lá
và chỉ ra rằng mối tương quan tiêu cực rõ ràng với liều lượng hút thuốc xảy ra do pha
loãng số lượng khối u chứa đột biến EGFR với số lượng khối u chứa EGFR hoang dã
tăng lên khi liều hút tăng lên.
1.2.3.Các thuốc ức chế thụ thể EGFR
Một số phương pháp đã được phát triển nhằm vào EGFR để can thiệp vào các hiệu
ứng tế bào qua trung gian EGFR. Hai loại được nghiên cứu rộng rãi nhất cho đến nay bao

10
gồm các kháng thể đơn dòng trực tiếp chống lại miền thụ thể ngoại bào và các hợp chất
phân tử nhỏ can thiệp vào hoạt động tyrosine kinase của EGFR nội bào. Cơ chế hoạt
động và hồ sơ độc tính khác nhau của các tác nhân này so với các phương pháp gây độc
tế bào, xạ trị và hóa trị liệu truyền thống, cung cấp một cơ sở lý tưởng để đánh giá chúng
kết hợp với các phương pháp gây độc tế bào để cố gắng đạt được hoạt động chống ung
thư cộng hưởng hoặc thậm chí hiệp đồng.
Các kháng thể đơn dòng thể hiện tính đặc hiệu cao hơn đối với EGFR so với một số hợp
chất phân tử nhỏ . Hơn nữa, có thể đạt được sự ức chế thụ thể bằng kháng thể đơn dòng
với nồng độ thấp hơn nồng độ cần thiết đối với chất ức chế phân tử nhỏ. Tuy nhiên, các
kháng thể đơn dòng phải được tiêm tĩnh mạch, trong khi các chất ức chế phân tử nhỏ có
hoạt tính qua đường uống. Kháng thể đơn dòng cũng có khả năng tạo ra phản ứng miễn
dịch-kháng thể đối với kháng thể đơn dòng (phản ứng kháng thể chống chuột ở người) có
thể khiến liệu pháp tiếp theo bằng kháng thể không hiệu quả. Các kháng thể đơn dòng
cũng có thể kém hiệu quả hơn hoặc không hiệu quả đối với các dạng EGFR đã thay đổi,
chẳng hạn như thụ thể vIII đột biến bị cắt ngắn được tìm thấy trong một số u nguyên bào
thần kinh đệm; chúng cũng có thể không nhận ra và liên kết với một dạng trình bày biến
thể của miền ngoại bào của thụ thể.
Một số kháng thể đơn dòng có thể kể đến trong điều trị ung thư phổi không phải tế
bào nhỏ như IMC-C225,ABX-EGF,ICR-62 và EMD-72000.
IMC-C225 (cetuximab, Erbitux; ImClone Systems Incorporated và Bristol-Myers
Squibb Company, New York, NY) là một kháng thể đơn dòng kháng EGFR đã trải qua
quá trình đánh giá lâm sàng và tiền lâm sàng rộng rãi. Các nghiên cứu được tiến hành vào
đầu những năm 1980 đã chứng minh rằng các kháng thể đơn dòng ở chuột có thể ngăn
chặn các phối tử tự nhiên liên kết với EGFR và ngăn chặn sự kích hoạt tyrosine kinase
của thụ thể, do đó gây ra tác dụng chống tăng sinh trên nhiều dòng tế bào khối u ở người.
IMC-C225, một kháng thể đơn dòng khảm của chuột-người được lắp ráp bằng cách gắn
các phần của kháng thể chuột vào vùng xác định tính bổ thể của globulin miễn dịch của
người, sau đó được tạo ra để cố gắng giảm thiểu phản ứng miễn dịch đối với các kháng
thể đơn dòng của chuột.

11
 ABX-EGF là một kháng thể đơn dòng được làm tương thích hoàn toàn với người
có ái lực rất cao với EGFR. Nồng độ ức chế 50% đối với ABX-EGF là khoảng 3nmol/L.
Nó đã được chứng minh là ngăn ngừa sự hình thành khối u rắn, cũng như tiêu diệt các
khối u lớn, đã hình thành trong xenograft khối u ở người ở chuột trần.
ICR-62, một kháng thể đơn dòng của chuột và EMD-72000, một kháng thể đơn
dòng của chuột, đều đã chứng minh tác dụng chống tăng sinh in vitro trong các dòng tế
bào ung thư đầu và cổ tế bào vảy . Chỉ 1 trong số 16 bệnh nhân được điều trị bằng EMD-
55900 trong các thử nghiệm lâm sàng giai đoạn đầu đã phát triển phản ứng kháng thể với
kháng thể chuột. Bốn trong số 20 bệnh nhân được điều trị bằng ICR-62 đã phát triển
kháng thể chống lại kháng thể của chuột.
Một trong những thuốc can thiệp vào quá trình hoạt động của tyrosine kinase là
ZD1839.ZD1839 (Gefitinib, Iressa; AstraZeneca Pharmaceuticals, LP, Wilmington, DE)
là một chất ức chế tyrosine kinase trọng lượng phân tử thấp hoạt động bằng đường uống,
có tính chọn lọc cao đối với EGFR tyrosine kinase. Nó ngăn chặn quá trình tự phosphoryl
hóa EGFR trong nhiều dòng tế bào ung thư ở người biểu hiện EGFR bằng cách cạnh
tranh với adenosine triphosphate để giành vị trí gắn kết của nó trên miền nội bào của
EGFR. ZD1839 cũng can thiệp không cạnh tranh vào việc truyền tín hiệu bằng các phối
tử EGFR..
Tác dụng chống tăng sinh đáng kể của việc uống ZD1839 hàng ngày đã được quan
sát thấy ở A549 NSCLC, buồng trứng HX62, ung thư biểu mô vú MCF-7, ung thư biểu
mô đại trực tràng và một số mô hình xenograft ung thư tuyến tiền liệt ở người . Những
tác dụng ức chế trong ống nghiệm này đã được quan sát thấy ở nồng độ ZD1839 trong
phạm vi nano thấp. Liều thấp tới 12,5 mg/kg/ngày đã tạo ra sự ức chế tăng trưởng khối u
trong các nghiên cứu ghép xenograft của tế bào ung thư biểu mô tế bào vảy âm hộ A431
ở người. Ở liều cao hơn, lên đến 200 mg/kg/ngày, đã đạt được sự thoái lui nhanh chóng
của các khối u đã hình thành.
1.3.Tổng quan về các hợp chất alkaloid
Alkaloid là một nhóm lớn các phân tử được tìm thấy trong Mẹ Thiên nhiên trên
khắp thế giới. Chúng đều là các hợp chất thứ cấp và tập hợp các nguyên tố và phân tử
sinh học khác nhau, có nguồn gốc từ các axit amin hoặc từ quá trình chuyển hóa. Nhóm

12
hóa chất đa dạng này được phân loại, dựa trên các axit amin cung cấp nguyên tử nitơ và
một phần bộ xương của chúng. Alkaloid có nguồn gốc giống nhau hoặc có cùng nhân cơ
bản có thể có con đường sinh tổng hợp không giống nhau và hoạt tính sinh học khác
nhau. Chúng có nguồn gốc từ L -phenylalanine, L -tyrosine, axit anthranilic hoặc
axetat, L -histidine, L -ornithine, axit nicotinic và L-lysine[19].
Đặc điểm duy nhất phân biệt tất cả các alkaloid là chúng có nitơ. Nói chung, nitơ
này đến từ axit amin, được kết hợp thành một vòng dị vòng và là cơ bản .Theo định nghĩa
alkaloid là hợp chất vòng chứa nitơ ở trạng thái oxi hóa âm, phân bố hạn chế giữa các
sinh vật sống. Alkaloid hầu như luôn có hoạt tính sinh lý ở động vật, mặc dù một số có
tác dụng hạn chế. Hầu hết các ancaloit là các chất kết tinh được xác định rõ, hợp nhất với
axit để tạo thành muối. Trong cây, chúng có thể tồn tại ở trạng thái tự do, dưới dạng muối
hoặc N-oxit. Ngoài các nguyên tố cacbon, hydro và nitơ, hầu hết các alkaloid đều chứa
oxy.Tùy theo đặc điểm cấu trúc,chúng chia thành các nhóm chính : pyrrolidine, pyridine,
quinoline, isoquinoline, indole, quinazoline, steroid, diterpenoid, và các alkaloid
khác[20].

Hình 1.4.Cấu trúc của các nhóm alkaloid chính

Các hợp chất alkaloid là các hợp chất tiềm năng quan trọng.Nó tác động trực tiếp
lên hệ thần kinh trung ương trong cơ thể con người và cũng ảnh hưởng đến axit nucleic,

13
DNA (Deoxy Ribonucleic acid), RNA (Ribonucleic acid), tính thấm của màng và protein
vì những đặc tính này mà nhiều alkaloid được sử dụng làm hợp chất có hoạt tính dược lý
trong y học. khoa học. Alkaloid kích thích hệ thống thần kinh trung ương trong cơ thể
con người, đó là lý do tại sao alkaloid được sử dụng làm chất kích thích và thuốc thần
kinh.Ngoài ra ,các hợp chất alkaloid còn có tác dụng điều trị các loại bệnh dược lý khác
nhau như ung thư, trầm cảm, sốt rét. Các chất chuyển hóa của thực vật thuộc nhóm
alkaloid là một loạt các phân tử hoạt tính sinh học có nhiều tác dụng dược lý như kháng
khuẩn, kích thích, giảm đau, tẩy giun, chống đông máu, trị mụn và chống oxy hóa[20].
1.4.Tổng quan về nghiên cứu in silico
Thuật ngữ in silico là một từ hiện đại thường được sử dụng để chỉ thí nghiệm
được thực hiện bởi máy tính và có liên quan đến các thuật ngữ sinh học thường được biết
đến hơn in vivo và in vitro . Lịch sử của thuật ngữ ' in silico ' chưa được xác định rõ ràng,
với một số nhà nghiên cứu khẳng định vai trò của họ trong nguồn gốc của nó. Tuy nhiên,
một số ví dụ được xuất bản sớm nhất của từ này bao gồm việc sử dụng bởi Sieburg
(1990) và Danchin et al . (1991) . Trong một cuốn sách gần đây hơn, Danchin (2002)cung
cấp một trích dẫn mô tả ngắn gọn và chặt chẽ về tiềm năng của các công cụ tính toán
trong hóa học, sinh học và dược học: '[…] [Informatics là một trợ giúp thực sự để khám
phá khi phân tích các chức năng sinh học […]. […] Tôi đã bị thuyết phục về tiềm năng
của phương pháp tính toán, mà tôi gọi là silico , để nhấn mạnh tầm quan trọng của nó như
là một phần bổ sung cho thử nghiệm in vivo và in vitro[21].
Dược lý in silico (còn được gọi là trị liệu máy tính, dược học máy tính) là một lĩnh
vực đang phát triển nhanh chóng trên toàn cầu bao gồm sự phát triển của các kỹ thuật sử
dụng phần mềm để thu thập, phân tích và tích hợp dữ liệu sinh học và y tế từ nhiều nguồn
khác nhau. Cụ thể hơn, nó xác định việc sử dụng thông tin này trong việc tạo ra các mô
hình hoặc mô phỏng tính toán có thể được sử dụng để đưa ra dự đoán, đề xuất các giả
thuyết và cuối cùng cung cấp các khám phá hoặc tiến bộ trong y học và phương pháp
điều trị[22], [23].
Về cơ bản, mục đích của việc lắp ghép phân tử là đưa ra dự đoán về cấu trúc phức
tạp của thụ thể phối tử bằng các phương pháp tính toán. Việc lắp ghép có thể đạt được
thông qua hai bước liên quan đến nhau: đầu tiên bằng cách lấy mẫu sự phù hợp của phối

14
tử trong vị trí hoạt động của protein; sau đó xếp hạng các sự phù hợp này thông qua chức
năng tính điểm. Lý tưởng nhất là các thuật toán lấy mẫu sẽ có thể tái tạo chế độ liên kết
thử nghiệm và chức năng tính điểm cũng sẽ xếp hạng nó cao nhất trong số tất cả các tuân
thủ được tạo. Từ hai quan điểm này, chúng tôi đưa ra một cái nhìn tổng quan ngắn gọn về
lý thuyết lắp ghép cơ bản.
Mục đích của chức năng tính điểm là phân định các tư thế đúng với các tư thế
không đúng hoặc chất kết dính từ các hợp chất không hoạt động trong thời gian tính toán
hợp lý. Tuy nhiên, các chức năng tính điểm liên quan đến việc ước tính, thay vì tính toán
ái lực liên kết giữa protein và phối tử và thông qua các chức năng này, áp dụng các giả
định và đơn giản hóa khác nhau. Các hàm tính điểm có thể được chia thành các hàm tính
điểm dựa trên trường lực, theo kinh nghiệm và dựa trên tri thức.
1.4.1.Docking phân tử
Docking là một kỹ thuật sử dụng máy tính trong đó sự tương thích mẫu của
phối tử trong các vị trí liên kết với protein đạt được cấu trúc tối ưu hóa cho cả protein và
phối tử cũng như định hướng tương đối giữa chúng, sao cho năng lượng tự do của hệ
thống là nhỏ nhất. Tương tác giữa phối tử và đích của nó có thể là do lực không liên kết
và trong một số trường hợp là tương tác cộng hóa trị. Docking phân tử là một quy trình
mô phỏng trên máy tính nhằm dự đoán cấu trúc của phức hợp phối tử-thụ thể, trong đó
chất nhận thường là protein hoặc phân tử axit nucleic (DNA hoặc RNA) và phối tử là một
phân tử nhỏ hoặc một protein khác. Docking phân tử là một trong những phương pháp
phổ biến nhất trong phát minh thuốc dựa trên cấu trúc bởi độ chính xác khá cao khi dự
đoán cấu trúc của các phối tử phân tử nhỏ trong vị trí liên kết đích phù hợp[24–27].

Về cơ bản, mục đích của docking phân tử là đưa ra dự đoán về cấu trúc phức hợp
phối tử-thụ thể bằng cách sử dụng các phương pháp tính toán. Docking thường được thực
hiện thông qua hai bước có liên quan với nhau: lấy mẫu sự tương thích của phối tử trong
vị trí hoạt động của protein bằng các thuật toán; sau đó xếp hạng các sự tương thích này
thông qua hàm tính điểm.

Nhiều thuật toán lấy mẫu đã được phát triển và sử dụng rộng rãi trong các phần
mềm docking phân tử như: thuật toán so khớp (MA)- dựa trên nguyên tắc về khoảng cách
giữa các nhóm chức trong phân tử protein và phối tử; phương pháp xây dựng tăng dần

15
(IC)- đưa phối tử vào vị trí hoạt động của protein theo kiểu phân mảnh và thêm dần các
mảnh; phương pháp Monte Carlo (MC)- tạo ra các tư thế của phối tử thông qua chuyển
động quay liên kết, tịnh tiến thân cố định hoặc quay, các thuật toán di truyền (GA) bắt
nguồn từ thuyết tiến hóa của Darwin, tạo ra một tập các tư thế của phối tử bằng đột biến
và trao đổi chéo; mô phỏng động lực học phân tử (MD)- dự đoán sự di chuyển của từng
nguyên tử riêng biệt trong trường của các nguyên tử còn lại theo thời gian dựa trên các
phương trình động học, thể hiện tính linh hoạt của cả phối tử và protein hiệu quả hơn các
thuật toán khác.

Hàm tính điểm là phương pháp ước tính toán học để ước tính ái lực liên kết, là một
công cụ chính để tối ưu hóa hợp chất dẫn đường từ các kết quả sàng lọc ảo, và tìm phối tử
có ái lực cao nhất so với đích. Độ đúng của hàm có thể được xác thực trong các bài kiểm
tra sàng lọc docking, nếu phương pháp tính điểm có thể loại trừ các yếu tố dương tính giả
(“mồi nhử”), phù hợp với dữ liệu thực nghiệm. Có nhiều phương pháp để ước tính ái lực
liên kết giữa protein và phối tử từ một cấu trúc 3D nhất định của một phức hợp nhị phân
nhất định. Sử dụng tọa độ nguyên tử của một phức hợp nhị phân làm đầu vào, thông qua
nhiều kỹ thuật, các hàm tính điểm có thể ước tính năng lượng tự do của liên kết hoặc
hằng số liên kết. Năng lượng tự do của phức hợp protein- phối tử được cho bởi hằng số
liên kết (Kd) và năng lượng tự do Gibbs (ΔG), trong đó xét đến các tương tác như Van
der Waals, liên kết kị nước, liên kết Hydro, liên kết cộng hóa trị, liên kết tĩnh điện. Số
lượng các tham số hóa lý càng lớn thì độ chính xác càng cao. Tuy nhiên, thời gian tính
toán sẽ lâu nếu số lượng biến lớn. Vì vậy, các hàm tính điểm cần cân bằng giữa độ chính
xác và tốc độ để đạt được hiệu quả khi làm việc với các cơ sở dữ liệu lớn.

Chuẩn bị phối tử
Cấu trúc các phối tử có thể được lấy từ hệ thống dữ liệu có sẵn như ZINC,
PubChem,... Trong trường hợp cấu trúc phối tử không có sẵn, chúng ta có thể xây dựng
cấu trúc phối tử bởi các phần mềm chuyên dụng như ChemDraw, ChemSketch,... Sau khi
xây dựng được cấu trúc 3D, sử dụng phần mềm Chimera và Avogadro để xử lí phối tử:
chỉnh sửa điện tích, gắn trường lực, tối ưu hóa năng lượng và tạo file pdbqt để chuẩn bị
cho docking.
Chuẩn bị protein

16
 Cấu trúc 3D của protein thường có sẵn trên ngân hàng dữ liệu protein (Protein
Data Bank) “http://www.rcsb.org”. Trong trường hợp cấu trúc protein không có sẵn,
chúng ta có thể xây dựng cấu trúc 3D của protein theo phương pháp mô hình hóa tương
đồng (Homology modeling). Sau khi xây dựng được cấu trúc 3D, chuẩn bị protein cho
chương trình mô phỏng docking bằng các phần mềm chuyên dụng: loại nước và các phối
tử (nếu có), thêm hydro, gắn trường lực và tạo file pdbqt.
Mô phỏng docking
Trước khi tiến hành mô phỏng docking, cần khoanh vùng tìm kiếm (grid box) cho
thuật toán. Kích thước của vùng tìm kiếm cần được cân đối, không nên quá lớn gây tốn
kém thời gian và độ lặp lại không cao, cũng không nên quá nhỏ vì phần mềm chỉ tìm
kiếm được một vùng rất nhỏ, không có ý nghĩa. Thông thường, vị trí vùng tìm kiếm được
đặt ở trung tâm hoạt động của protein. Khi thực hiện docking, phần mềm sẽ tự động tìm
kiếm và đưa ra cấu dạng phù hợp với năng lượng thấp nhất. Việc phân tích các tương tác
của các cấu dạng thu được thực hiện trên các phần mềm chuyên dụng như MOE, Pymol,
Discovery Studio…
1.4.2.Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc
Hầu hết các ứng cử viên làm thuốc thất bại trong các thử nghiệm lâm sàng bởi
không đạt các chỉ tiêu về hiệu quả và độc tính. Năm 1997, Christopher Lipinski và các
cộng sự đã đưa ra bộ quy tắc số 5 (Rules of 5- RO5) về các hợp chất giống thuốc, theo đó
các loại thuốc dùng đường uống thường có đặc tính hóa lý và cấu trúc trong một phạm vi
giá trị nhất định. Một dược chất đường uống không vi phạm quá 2 trong 5 tiêu chí sau:
- Trọng lượng phân tử: MW < 500 Dalton.
- Số lượng nhóm cho liên kết hydro (Số lượng các nhóm –NH và –OH):
HBD < 5.
- Số lượng nhóm nhận liên kết hydro (Bao gồm nguyên tử O và N):
HBA < 10.
- Hệ số phân bố octanol/nước: LogP < 5.
-Độ khúc xạ mol : 40-140.
Các thông số hóa lý này liên quan đến khả năng hòa tan trong nước, tính thấm ở
ruột và bao gồm các bước đầu tiên trong sinh khả dụng đường uống. Nếu một hợp chất

17
không vượt qua quy tắc RO5, nó sẽ có nguy cơ gặp vấn đề khi sử dụng đường uống. Tuy
vậy một chất đáp ứng RO5 không đảm bảo nó sẽ trở thành thuốc, vì RO5 không đề cập
đến các đặc điểm cấu trúc hóa học cụ thể được tìm thấy trong thuốc và hợp chất không
phải thuốc.[28]

1.4.3.Dự đoán ADMET các thông số dược động học và độc tính
Trong các nghiên cứu in silico,việc dự đoán các thông số dược động học như hấp
thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ và độc tính đã trở thành một phần quan trọng của quá
trình nghiên cứu và phát triển thuốc mới. Theo thống kê ở những năm 2000, trong số các
thuốc không vượt qua các thử nghiệm lâm sàng, một nửa số trường hợp là do không đáp
ứng yêu cầu về dược động học (39%) và độc tính trên động vật (11%) . Ngày nay, cùng
với các kho dữ liệu khổng lồ các hợp chất hóa học đang được phát triển và những tiến bộ
công nghệ thông tin, việc sàng lọc các ứng cử viên thuốc dựa trên các thông số ADMET
đã được thực hiện sớm hơn, trước khi đưa vào đánh giá trên lâm sàng. Kể từ khi xuất
hiện các công cụ đánh giá thông số ADMET, chỉ còn 8% các thuốc thất bại do không đáp
ứng được các thuộc tính ADMET, giúp tiết kiệm thời gian và tiền bạc, đồng thời đảm bảo
tính an toàn và ổn định của thuốc được thiết kế.
Trong rất nhiều công cụ dự đoán ADMET, ngoài một số phần mềm thương mại
như CASE ULTRA, DEREK, META-PC, METEOR, PASS, GUSAR..., còn có các công
cụ trực tuyến như ADMETlab, admetSAR, pkCSM, SwissADME... khá phổ biến trong
các nghiên cứu khoa học vì dự đoán ADMET chính xác và thuận tiện.
Công cụ trực tuyến pkCSM là một công cụ dự đoán ADMET mạnh mẽ, cho hiệu
suất bằng hoặc cao hơn các công cụ tương tự hiện có. pkCSM dự đoán các thuộc tính
ADMET bằng cách sử dụng đồ thị của các đặc tính để phát triển các mô hình dự đoán.
Nền tảng này có thể nhanh chóng đánh giá các đặc tính dược động học và độc tính chính
cần thiết cho hợp chất giống thuốc và sinh khả dụng chỉ bằng cách cung cấp phân tử đầu
vào dưới dạng SMILES. Với bộ dữ liệu lớn gồm hơn 10000 cấu trúc phân tử đối với độc
tính trên chuột, 18000 hợp chất đối với các đặc tính chuyển hóa, 14 mô hình hồi quy định
lượng các thuộc tính ADMET và 16 mô hình phân loại nhị phân, pkCSM có khả năng xử
lý các tập dữ liệu lớn, có thể áp dụng vào các nghiên cứu sànglọc.[29–31]

18
 CHƯƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1.Nguyên liệu và thiết bị
Cấu trúc protein:Cấu trúc tinh thể tia X của thụ thể EGFR được tải về từ ngân hàng dữ
liệu protein (Protein Data Bank - http://www.rcsb.org/) với mã là 6DUK có độ phân giải
là 2.2 Å.

19
 Hình 2.1.Hình ảnh 3D của protein 6DUK

Cấu trúc phối tử:Là các hợp chất bao gồm các hợp chất tự nhiên được tải từ cơ
sở dữ liệu PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) và các hợp chất tổng
hợp.PubChem là cơ sở dữ liệu lớn nhất thế giới có thể truy cập thông tin miễn phí của các
hợp chất hóa học, duy trì bởi Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia, thuộc
Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ.
Thiết bị sử dụng : Máy tính Dell Inspiron 3576 -Hệ điều hành Window 11.
Phần mềm: Các phần mềm và công cụ sử dụng trong nghiên cứu được mua hoặc tải từ
các nhà phát triển (trang web) bao gồm:
- MGL tools 1.5.6 (http://mgltools.scripps.edu/)
- Autodock Vina 1.1.2 (http://vina.scripps.edu/)
- UCSF Chimera 1.15 (https://www.cgl.ucsf.edu/)
- Avogadro 1.2.0 (http://avogadro.cc/)
- Discovery Studio 2021 Client (https://discover.3ds.com/)
- Công cụ online pkCSM (http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/)
- Microsoft Office 2019.
2.2. Nội dung nghiên cứu
Bước 1 :Sàng lọc các hợp chất tự nhiên và tổng hợp có khả năng ức chế thụ thể
EGFR bằng phương pháp docking phân tử.
Bước 2: Nghiên cứu đặc điểm giống thuốc của các hợp chất có kết quả sàng lọc
docking phân tử tốt nhất, thông qua các thông số hóa lý của hợp chất.
Bước 3: Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính của các hợp chất thỏa
mãn các tiêu chí về đặc điểm giống thuốc, từ đó chọn ra các hợp chất tiềm năng có thể
phát triển thành thuốc.
2.3. Phương pháp nghiên cứu
2.3.1.Sàng lọc bằng phương pháp docking phân tử
Re-dock phối tử đồng kết tinh của protein
Trong phức hợp EGFR(pdb: 6DUK) có phối tử tự nhiên.Đây là một chất ức chế
thụ thể EGFR.Vì vậy re-dock phối tử đồng kết tinh chính là một cách để thẩm định lại

20
quá trình docking.Nếu sự sai khác về vị trí của nó trong tinh thể EGFR trước và sau khi
re-dock là không đáng kể (RMSD < 1,5 Å) thì có thể kết luận tính phù hợp của quy trình
docking đã thực hiện . Ngoài ra, điểm số docking của ligand đồng kết tinh còn được sử
dụng làm cơ sở để lựa chọn các hợp chất có tác dụng ức chế EGFR. Thực hiện re-dock
qua các bước sau:
Bước 1: Tách ligand đồng kết tinh ra khỏi phức hợp EGFR nhờ phần mềm
Discovery Studio 2021 Client, xây dựng file pdbqt.
Bước 2: Chuẩn bị protein.
Bước 3: Tiến hành dock ligand đã tách ra vào protein bằng phần mềm Autodock.
Bước 4: Biểu diễn phức hợp protein-ligand sau khi dock bằng phần mềm
Discovery Studio, tiến hành loại bỏ protein và các phân tử khác, chỉ giữ lại cấu hình
ligand có kết quả tốt nhất.
Bước 5: Tính toán RMSD giữa ligand đồng kết tinh khi được tách ra và sau khi
thực hiện re-dock bằng phần mềm Chimera.
Chuẩn bị protein
Cấu trúc tinh thể của EGFR được tải về từ Protein Data Bank (pdb: 6DUK, độ
phân giải 1.9 Å), loại phân tử nước, ligand đồng kết tinh và các phân tử nền (bằng phần
mềm Discovery Studio 2021 Client), thêm hydro, tối ưu hóa các hydro phân cực, gắn
trường lực Kollman và xây dựng file pdbqt (bằng phần mềm Autodock Tools 1.5.6).
Chuẩn bị ligand
Các ligand sau khi được tải về từ cơ sở dữ liệu PubChem, được tối ưu hóa năng
lượng bằng phần mềm Avogadro sử dụng phương pháp Gradient liên hợp (Conjugate
Gradients) và chuyển thành định dạng file pdbqt bằng phần mềm Autodock Tools.
Mô phỏng docking
Tiến hành docking bằng phần mềm Autodock với kích thước hộp tìm kiếm (grid
box) là 40x44x40 Å, khoảng cách giữa các ô lưới là 0,375 Å, tọa độ trục là
x=42,148,y=93,049,z=-63,352 được đặt vị trí trung tâm hoạt động của thụ thể EGFR dựa
theo các acid amin quan trọng[32].
Phần mềm Autodock được sử dụng để tìm ra cấu hình liên kết tốt nhất bằng cách
sử dụng các đánh giá năng lượng tự do liên kết ΔG và số lượng tương tác vật lý. Kết quả

21
docking được đánh giá thông qua 3 tiêu chí là điểm số docking, khả năng tương tác và
RMSD (độ lệch bình phương trung bình gốc).
Trong mô phỏng docking, năng lượng liên kết càng thấp được cho là càng gần với
trạng thái tự nhiên của phức hợp. Hàm tính điểm của thuật toán docking là phương trình
có các tham số cùng với hệ số tuân theo một lý thuyết xác định. Các năng lượng được
tính toán là đặc tính năng lượng nội tại của phối tử, năng lượng tự do xoắn và năng lượng
giữa các phân tử gồm năng lượng liên kết Van der Waals, năng lượng liên kết hydro,
năng lượng từ de-solvat và năng lượng tĩnh điện. Mỗi loại tương tác, đều được gán cho 1
miền giá trị, kết quả cuối phản ánh khả năng tương tác mạnh hay yếu của phối tử với
enzyme.
Quy trình docking này được sử dụng để sàng lọc các hợp chất alkaloid được tải về
từ CSDL PubChem sau khi kết quả re-dock lại phối tử tự nhiên cho thấy tính hợp lý của
quy trình. Kết quả protein docking sẽ được lựa chọn dựa trên các tiêu chí sau:
1. Điểm số docking thấp hơn kết quả re-dock chất đối chứng dương.
2. Cấu dạng có RMSD thấp nhất.
3. Tạo liên kết tốt với các axit amin tại vị trí hoạt động.
Biểu diễn liên kết
Phân tích kết quả bằng phần mềm Discovery Studio tìm tương tác của các phối tử
với cấu trúc tinh thể của EGFR. Đây là công cụ cho hình ảnh trực quan 2D và 3D về các
tương tác giữa phối tử và các axit amin ở trung tâm hoạt động của protein.
2.3.2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc
Quy tắc Lipinski 5 được sử dụng để so sánh giữa các hợp chất có đặc tính giống
thuốc và không giống thuốc sau khi quá trình docking cho thấy khả năng liên kết của
phối tử tốt hơn phối tử tự nhiên đồng kết tinh. Một hợp chất có thể phát triển thành thuốc
dùng đường uống nếu không vi phạm quá 2 trong 5 tiêu chí sau:
- Trọng lượng phân tử: MW < 500 Dalton.
- Số lượng nhóm cho liên kết hydro (Số lượng các nhóm –NH và –OH): HBD < 5.
- Số lượng nhóm nhận liên kết hydro (Bao gồm nguyên tử O và N):
HBA < 10.
- Hệ số phân bố octanol/nước: LogP < 5.

22
 -Độ khúc xạ mol : 40-140.
Công cụ trực tuyến pkCSM (http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction) được
sử dụng để đánh giá quy tắc Lipinski 5. Công thức SMILES của các phối tử được tải về
từ cơ sở dữ liệu PubChem (www.pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) và dùng làm dữ liệu đầu
vào cho công cụ pkCSM. Sau khi lựa chọn được các hợp chất giống thuốc, tiếp tục tiến
hành phân tích các thông số dược động học và độc tính để cho ra kết quả cuối cùng.
2.3.3. Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET)
Sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để dự đoán các đặc tính dược động học và độc
tính với dữ liệu đầu vào là công thức SMILES của các hợp chất. Kết quả thu được là các
thông số về hấp thu (tính tan trong nước, tính thấm màng Caco2, hấp thu ở ruột), phân bố
(tính thấm qua hàng rào máu não và hệ thần kinh trung ương...), chuyển hóa (ức chế các
enzyme chuyển hóa ở gan), thải trừ ở thận và độc tính (độc tính AMES, độc tính gan...).
Một khía cạnh quan trọng trong sự hấp thu chính là tính hấp thu thuốc ở ruột người (HIA)
và tính thấm qua màng Caco2. Các hợp chất được cho là hấp thụ kém hoặc hấp thụ vừa
hoặc hấp thụ tốt nếu HIA của chúng lần lượt ở trong khoảng 0 đến 20%, 20% đến 70%,
và 70% đến 100%. Tính thấm qua màng Caco2 được đánh giá là cao nếu lớn hơn 0,9 (log
Papp trong 10 cm/s). Hợp chất có thể thấm qua hàng rào máu não nếu logBB> 0,3 và
tương ứng ở hệ thần kinh trung ương (CNS) là trên -2 30
Các hợp chất cũng được lựa
chọn dựa trên tính không có độc tính của chúng.

23
 CHƯƠNG 3:KẾT QUẢ
3.1. Mô phỏng protein docking
3.1.1. Đánh giá quy trình docking
Trước khi sàng lọc các hợp chất, phối tử đồng kết tinh cần được re-dock lại vào vị
trí hoạt động của mục tiêu để xác định độ lệch bình phương trung bình gốc (RMSD) từ
đó đánh giá tính phù hợp của các thông số docking. Đánh giá sự tương đồng về cấu dạng,
xác định giá trị RMSD bằng phần mềm Chimera thu được sự chồng khít về cấu trúc của
phối tử đồng kết tinh thể trước và sau khi dock với giá trị RMSD là 0.659 Å < 1.5 Å
chứng tỏ kết quả docking phân tử vào mục tiêu là đáng tin cậy.(Hình 3.2)

24
 Hình 3.1.RMSD của phối tử tự nhiên của thụ thể 6DUK trước và sau docking

Kết quả docking phối tử tự nhiên cho năng lượng liên kết G =-13.3 kcal/mol.Nó
tạo liên kết hydro với các acid amin GLU-749, GLU-865, ASP-855, LYS-745, PHE-856
và các liên kết pi-alkyl và pi-sulfur với các acid amin MET-790, LEU-777, MET-766,
ILE-759, LEU-861, LEU-858, VAL-726, ALA-743(Hình 3.2).

25
 Hình 3.2.Minh họa 2 chiều tương tác của phối tử đồng kết tinh vào vị trí hoạt động của
protein
3.2.Tìm kiếm các hợp chất tiềm năng từ kết quả docking
Tiến hành docking 50 hợp chất vào vị trí hoạt động của thụ thể EGFR tại tọa độ
x=42,148,y=93,049,z=-63,352.,kích thước hộp tìm kiếm là 40x44x40 A để sàng lọc các
phân tử có khả năng ức chế thụ thể EGFR. Kết quả thu được trình bày ở Bảng 3.1.

Bảng 3.1.Kết quả mô phỏng docking

STT Tên hợp chất Cấu trúc PubChem Năng lượng

ID liên
kết(Kcal/mol
)

1 2- 1001 -5,0
Phenylethylamine

26
2 Aloperine 162147 -7,6

3 Beberineclorid -8,9
12456

4 Brucine 442021 -8,1

5 Bulleya Coni cine 159311 -6,5

A

27
6 Cephalotaxine 5305 -7,2

7 Cepharanthine 10206 -8,7

8 Cinchonidine 101744 -8,1

9 Coptisine 72321 -10,2

chloride

28
10 Corynoxine 10475115 -6,9

11 Evodiamine 442088 -8,0

12 Fangchinoline 73481 -7,6

13 Galantamine 9651 -7,7

29
14 Gramine 6890 -5,7

15 Harmaline 3564 -8,1

16 Harmine 5280953 -7,3

17 Harringtonine 276389 -7,3

30
18 Hordenine 68313 -5,6

19 Hydroquinone 121515 -8,1

20 Lappaconitine 441743 -8,4

21 Leonurine 161464 -6,9

Hydrochloride

31
22 Pseudo Coptisine 85777785 -8,2
(chloride)

23 Lobeline 101615 -8,7

hydrochloride

24 Lycorine 164943 -8,4

hydrochloride

25 Lycorine 72378 -8,4

32
26 Matrine 91466 -7,9

27 Monocrotaline 9415 -7,0

28 Nanofin 68843 -5,0

29 Nuciferin 10146 -8,1

33
30 Oxymatrine 114850 -7,9

31 Palmatine chloride 73442 -8,6

32 Iso Febrifugin 92264128 -7,5

33 Piperine 638024 -8,8

34
34 Piperlongumine 637858 -7,6

35 Protopine 4970 -8,1

36 Rutaecarpine 65752 -9,7

37 Sanguinarine 68635 -10,9

chloride

35
38 Sinomenine 5459308 -6,4

39 Songorine 71456946 -7,1

40 Spartein Sulfate 230880 -6,5

41 Synephrine 7172 -5,5

36
42 Tetrahydroberbe 34458 -9,4
rine

43 Tetrahydropalmati 5417 -6,5

ne

44 Theobromine 5429 -5,7

45 Trigonelline 134606 -5,5

Hydrochloride

37
46 Tropine 8424 -5,2

47 Tryptamine 1150 -6,3

48 Tetrandrine 73078 -9,0

49 Veratramine 6070 -7,3

38
 50 Vinburnine 71203 -8,5

51 Gefitinib(Chất 123631 -8,7

đối chứng)

Từ kết quả thu được từ bảng 3.1,so sánh với kết quả năng lượng liên kết của 50
chất với đối chứng dương(-8.7 Kcal/mol). Kết quả thu được 6 hợp chất có điểm docking
tốt nhất và có khả năng ức chế mục tiêu đích.
3.3. Sàng lọc các hợp chất giống thuốc
Sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để tính toán các thông số trong quy tắc 5
Lipinski. Bảng 3.2 trình bày kết quả các thông số quy tắc 5 Lipinski của 6 hợp chất được
sàng lọc thông qua mô phỏng docking.

ST Tên hợp chất Phân tử Số nhóm Số nhóm LogP(<5) Độ khúc

T khối(<500 cho liên kết nhận liên kết xạ mol(
Dalton) hydrogen hydrogen
(HBD<5) (HBA<10)

39
1 Berberin Clorid 371,82 0 4 0,1

2 Coptisine Chloride 355,77 0 4 -0,188

3 Sanguinarine 367,788 0 4 0,432

chloride

4 Tetrandrine 622,77 0 8 6,4

5 Rutaecarpine 287,322 1 3 3,101

6 Tetrahydroberberine 339,391 0 5 3,88

Bảng 3.2. Kết quả các thông số quy tắc 5 Lipinski

Từ kết quả của bảng 3.2,trong 6 hợp chất tiềm năng có 5 hợp chất thỏa mãn 2 trên 5 tiêu
chí trong quy tắc 5 Lipinski.Đó là Berberin Clorid,Coptisine Chloride,Sanguinarine
chloride,Rutaecarpine,Tetrahydro Berberine.
3.4. Dự đoán các thông số ADMET
Sau khi xác định các hợp chất có đặc điểm giống thuốc, tiếp tục sàng lọc các
đặc tính dược động học và độc tính (ADMET), gồm 5 thông số chính, bao gồm: hấp thu,
phân bố, chuyển hóa, thải trừ và độc tính.Tiếp tục sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để
dự đoán các thông số dược động học và độc tính (ADMET) Kết quả được trình bày ở
Bảng 3.3.

Bảng 3.3. Kết quả phân tích các thông số ADMET (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải
trừ và độc tính)

Tetrahydro Sanguinarin Rutaecarpine Berberin Coptisine

berberine e chloride Clorid Chloride

Độ tan 2,789 -4,848 -3,459 -3,06 -3,062

40
 trong nước
(log mol/l)

Hấ Tính thấm 1,626 1,05 1,26 0,9 1,084

p màng
th Caco2 (log
u Papp trong
10-6 cm/s)
Hấp thu ở 92,559 70,472 97,294 79,298 79,021
ruột (người)
(%)
Tính thấm -2,93 -2,714 -2,739 -2,622 -2,646
qua da
Cơ chất P- Có Có Không Có Có
glycoprotei
n
Ức chế P- Có Có Không Không Không
glycoprotei
nI
Ức chế P- Có Có Có Có Có
glycoprotei
n II
Thể tích 0,952 0,142 -0,061 0,459 0,429
phân bố
(người)
Ph
(VDss) (log
ân
L/kg)
bố
Thành phần 0,297 0,283 0,145 0,291 0,287
tự do (Fu)
Tính thấm 0,13 0,41 0,669 0,241 0,163
hàng rào
41
 máu não
(log BB)
Tính thấm -1,832 -1,405 -1,795 -1,529 -1,52
hệ thần
kinh trung
ương (log
PS)
Cơ chất Không Không Không Không Không
CYP2D6

Ch Cơ chất Có Có Có Có Có
uy CYP3A4
ển Ức chế Có Có Có Có Có
hó CYP1A2
a
Ức chế Không Có Có Không Không
CYP2C19
Ức chế Không Không Có Không Không
CYP2C9
Ức chế Có Không Không Không Không
CYP2D6
Ức chế Không Có Có Không Không
CYP3A4
Độ thanh 1,144 1,406 0,756 1,618 1,605
Th thải toàn
ải phần
trừ (log
ml/min/kg)
Cơ chất Không Không Không Không Có
OCT2 trong
thận

42
 Độc tính Không Có Có Có Không
AMES
Liều dung 0,087 0,093 0,068 0,027 -0,474
nạp tối đa
Độ
(người)
c
tín Ức chế Không Không Không Không Không
h hERG I
Ức chế Có Có Có Có Không
hERG II
Độc tính 3,121 2,603 2,431 2,458 2,117
cấp đường
uống ở
chuột
(LD50)
(mol/kg)
Độc tính 1,429 1,271 0,709 2,155 1,557
mạn đường
uống ở
chuột
(LD50)
(log
mg/kg_bw/
day)
Độc tính Có Không Có Có Có
gan
Kích ứng Không Không Không Không Không
da

43
 Về hấp thu, khả năng hấp thu của một chất được đánh giá dựa vào các thông số:
độ tan trong nước, tính thấm qua màng Caco2 và khả năng hấp thu ở ruột (người). Một
chất được cho là có khả năng thấm tốt khi tính thấm qua màng Caco2 (log Papp trong 10-
6 cm/s) có giá trị lớn hơn 0,9.Dựa vào kết quả từ bảng 3.4 cho thấy tất cả 5 hợp chất đều
có khả năng thấm tốt qua màng Caco2 tuy nhiên khả năng hấp thu qua ruột của
Sanguinarine chloride kém hơn các hợp chất còn lại.
Về phân bố, các hợp chất được cho là phân bố tốt đến các mô nếu giá trị log VDss
> 0,45 và phân bố kém nếu log VDss < -0,1528,cho thấy 3 chất
Tetrahydroberberine,Berberin Clorid và Coptisine Chloride có khả năng phân bố tốt hơn
2 chất còn lại với giá trị VDss lần lượt là 0,952,0,459 và 0,429.Ngoài ra, hai thông số tính
thấm qua hàng rào máu não (BBB) và hệ thần kinh trung ương (CNS) rất quan trọng khi
đánh giá tính an toàn đối với hệ thần kinh của dược chất. Giá trị logBB lớn hơn 0,3 được
cho là có khả năng hấp thu tốt qua hàng rào máu não và giá trị logPS lớn hơn -2 được cho
là có khả năng thấm qua hệ thần kinh trung ương. Theo bảng 3.3,chỉ có Rutaecarpine có
khả năng thấm tốt qua hàng rào máu não và tất cả đều có khả năng thấm tốt qua hệ thần
kinh trung ương.
Về chuyển hóa, hệ cytochrome P450 là hệ enzym quan trọng trong quá trình
chuyển hóa thuốc ở gan với hai CYP quan trọng là CYP3A4 và CYP2D6.Tất cả 5 hợp
chất đều có cơ chất là CYP3A4 và đều không có cơ chất CYP2D6.
Về thải trừ,4 hợp chất trừ Rutaecarpine có mức độ thải trừ tốt còn Rutaecarpine có
mức độ thải trừ kém hơn (0.756).Chỉ có Coptisine Chloride là cơ chất của OCT2 (chất
vận chuyển cation hữu cơ 2), đóng vai trò quan trọng trong quá trình đào thải các dạng
ion hóa của thuốc và các hợp chất nội sinh ở thận khi nó chiết xuất các chất từ máu vào tế
bào ống thận như là bước đầu tiên trong quá trình thải trừ.
Về độc tính ,độc tính AMES giúp dự đoán khả năng đột biến dẫn đến ung thư.Chỉ
có Tetrahydroberberine và Coptisine Chloride không có độc tính AMES.Ngoài ra,tất cả
các hợp chất đều không gây kích ứng da và chỉ có Tetrahydroberberine là có thể gây độc
tính trên gan.
Sau khi phân tích kết quả ADMET,có 3 chất berberin clorid ,Tetrahydroberberine
và Coptisine Chloride đạt đủ điều kiện để nghiên cứu thành thuốc.Tuy nhiên để trở thành

44
ứng cử viên thuốc mới, cần thêm các quá trình nghiên cứu phát triển sâu hơn để tối ưu
hóa, cải thiện những nhược điểm của các hợp chất.
3.5. Mô tả tương tác của hợp chất với protein đích
Để mô tả tương tác của các hợp chất vào trung tâm hoạt động của protein đích bao
gồm cả các hợp chất tự nhiên và tổng hợp cần phải sử dụng phần mềm Discovery Studio
2021 Client để minh họa.Các liên kết phân tử với acid amin tại vị trí hoạt động được
minh họa hai chiều thể hiện như hình

Berberin clorid
Sanguinarine Chloide

Tetrahydroberberin Rutaecarpine

45
 Coptisine Chloride Gefitinib
Hinh 3.3. Kết quả tương tác giữa các hợp chất sàng lọc với thụ thể EGFR

Dựa theo kết quả tương tác thể hiện trong hình 3.3 ,các tương tác được thể hiện
trong Bảng 3.4.

Bảng 3.4.Kết quả tương tác giữa các acid amin của các chất vào trung tâm hoạt động của
protein

Tên hợp chất Năng lượng PubChem Các acid amin tạo liên kết
liên kết ID

Berberin Clorid -8.9 12456 Liên kết Hydro : LYS-745

Liên kết Cacbon -Hydro : ASP-
855,LEU-861
Liên kết Pi-pi : PHE-723
Liên kết Pi-Alkyl : LEU-858 ,LEU-
862,LEU-747,LEU-788

Sanguinarine -10.9 68635 Liên kết Cacbon-Hydro : LEU -861

Liên kết Pi-Alkyl : LEU-858
chloride ,LEU-788 ,MET-766 ,LYS-745 ,LEU-
747

46
 Tetrahydroberberine -9.4
34458 Liên kết Hydro : ASP-842
Liên kết Pi-Sigma : VAL-726
Liên kết Cacbon-Hydro : GLN-
791,LYN-796
Liên kết Pi-Sulfur : MET-790
Liên kết Pi-Alkyl : ALA-743,MET-
793,LEU-792,LEU-718,LEU-
844,ARG-841

Rutaecarpine -9.7 65752 Liên kết Cacbon-Hydro : LEU-861

Liên kết Pi-Alkyl : LYS-745 ,MET-
766 ,LEU-788,LEU-858,LEU-747

Coptisine Chloride -10.2 72321 Liên kết Cacbon-Hydro : ASP-

855 ,LEU-861
Liên kết Alkyl : LEU-788,MET-
766 ,LEU-777,LEU-747,LEU-858

Gefitinib -8.7 123631 Liên kết Hydro : LYS-745,CYS-797

Liên kết Alkyl : LEU-844, ALA-
743,VAL-726
Liên kết Pi-Sulfur : MET-790
Liên kết : LEU-788

CHƯƠNG 4.BÀN LUẬN

4.1.Kết luận
Trong nghiên cứu này ,chúng tôi đã sàng lọc 50 hợp chất từ thư viện hóa học
PubChem.Kết quả thu được nhiều hợp chất có khả năng gắn tốt vào vị trí hoạt động của
EGFR.Tuy nhiên ,sau quá trình sàng lọc chỉ có 3 hợp chất có các đặc điểm phù hợp để
phát triển thành thuốc.
Berberin clorid

47
 Berberin clorid có điểm số docking là -8.9 Kcal/mol , cho thấy khả năng thấm qua
hàng rào máu não (0.88 log Papp trong 10-6 cm/s) và khả năng hấp thu qua ruột tốt,thải
trừ qua thận nhanh có độc tính trên gan và tim.Tuy chưa có các nghiên cứu thực nghiệm
về tác dụng ức chế thụ thể EGFR nhưng có những tương tác tốt với thụ thể đích và có các
đặc tính giống thuốc.Vì vậy cần phải có các nghiên cứu sâu hơn về tác dụng của nó lên
cơ thể người.
Tetrahydroberberine
Tetrahydroberberine là một loại alkaloid tự nhiên xuất hiện ở các loại cây bụi phân
bố rộng rãi, cả rụng lá và thường xanh, thuộc chi Berberis.Một số nghiên cứu gần đây đã
chỉ ra rằng nó có nhiều tác dụng dược lý quan trọng,đặc biệt là ít gây độc tế bào và nó đạt
hiệu quả như một chất chống oxy hóa.Tetrahydroberberin có khả năng liên kết tốt với
protein EGFR với điểm số docking là -9.4 Kcal/mol.Nó có khả năng thấm qua màng
Caco2 và thấm qua ruột tốt.nhưng khả năng thấm qua hàng rào máu não kém.Khả năng
thải trừ qua thận tốt nhưng nó có độc tính trên gan.Vì vậy tuy nó có các đặc điểm giống
thuốc nhưng cần được nghiên cứu thêm về tác dụng của nó trên cơ thể người.
Coptisine Chloride
Coptisine Chloride có khả năng liên kết tốt với protein EGFR với điểm số docking
là -10.2.Nó có khả năng thấm qua màng Caco2 và thấm qua ruột tốt đồng thời khả năng
thấm qua hàng rào máu não tốt.Đồng thời khả năng thải trừ qua thận của nó tốt và không
có độc tính trên gan.Vì vậy nó có các đặc điểm giống thuốc và cần được nghiên cứu thêm
về tác dụng của nó trên cơ thể người.
4.2.Phương pháp
Kỹ thuật sàng lọc ảo
Kỹ thuật sàng lọc ảo in silico trong lĩnh vực dược học là một lĩnh vực đang phát
triển nhanh chóng trên toàn cầu bao gồm sự phát triển của các kỹ thuật sử dụng
phần mềm để thu thập, phân tích và tích hợp dữ liệu sinh học và y tế từ nhiều nguồn đa
dạng. Các mô hình in silico được sử dụng thường xuyên trong việc khám phá và tối ưu
hóa các phân tử mới có ái lực với mục tiêu, làm rõ các đặc tính hấp thụ, phân bố, chuyển
hóa, bài tiết và độc tính cũng như đặc tính hóa lý. Điều này đã làm tăng khả năng thành
công, rút ngắn thời gian, công sức cũng như chi phí để nghiên cứu một thuốc mới đưa ra
thị trường.
Tuy nhiên bên cạnh đó in silico vẫn còn mặt nhược điểm. Kỹ thuật ngày càng phát
triển cùng với đó là nhiều chương trình, phần mềm ra đời; mỗi phần mềm có một thuật
toán riêng nên kết quả có thể khác nhau. Cơ chất và protein đều có thể thay đổi cấu dạng

48
do đó việc khác nhau giữa nghiên cứu và thực tế cần xác định thông qua các kỹ thuật in
silico, in vitro, in vivo.
Sàng lọc các đặc tính giống thuốc
Quy tắc Ro5 là quy tắc được sử dụng rộng rãi hiện nay như các tiêu chuẩn sớm
để đánh giá một hợp chất trong quá trình nghiên cứu và phát triển thành thuốc. Quy tắc
này có thể được thiết lập nhanh chóng, dễ dàng và không tốn kém. Tuy nhiên Ro5 chỉ áp
dụng cho các hợp chất theo đường tiêu hóa, được hấp thu theo cơ chế bị động, không áp
dụng cho các cơ chất của các chất vận chuyển và hợp chất tự nhiên. Nhiều hợp chất như
kháng sinh, kháng nấm, vitamin và một số glycosides tim mạch không thỏa mãn Ro5.
Các hợp chất thỏa mãn tất cả các quy tắc không nhất thiết sẽ là thuốc tốt. Việc đánh giá
Ro5 qua các phần mềm khác nhau sẽ có sự sai lệch do đó có thể ảnh hưởng đến kết quả
sàng lọc.
Dự đoán các thông số ADMET.
Các thông số dược động học cũng như độc tính của các chất có trong bài được
đánh giá thông qua công cụ pkCSM dựa trên cấu trúc. Khả năng hấp thu của chất được
đánh giá thông qua hai thông số là tính thấm qua màng Caco2 và khả năng hấp thu ở ruột.
Dòng tế bào Caco2 là tế bào ung thư biểu mô tuyến ruột kết ở người. Các tế bào đơn lớp
Caco2 được sử dụng rộng rãi như mô hình in vitro của niêm mạc ruột người để dự đoán
sự hấp thu của các loại thuốc uống. Đối với mô hình dự đoán pkCSM, độ thấm Caco2
cao nếu giá trị dự đoán > 0,9. Ruột bình thường là vị trí hấp thụ thuốc qua đường uống.
Phương pháp này được xây dựng để dự đoán tử lệ các hợp chất đã được hấp thụ qua ruột
non của con người. Đối với một hợp chất nhất định, độ hấp thụ nhỏ hơn 30% được coi là
chất hấp thụ kém. Thể tích phân bố ở trạng thái ổn định (VDss) càng cao thì càng có
nhiều thuốc được phân phối trong mô hơn là huyết tương. Nó có thể bị ảnh hưởng bởi
suy thận và mất nước. Vdss được coi là thấp nếu dưới 0,71 L/kg (log VDss <-0,15) và
cao nếu trên 2,81 L/kg (logVDss>0,45). Não được bảo vệ khỏi các hợp chất ngoại sinh
bởi hàng rào máu não (BBB). Khả năng đi qua hàng rào máu não cả một loại thuốc là
một thông số quan trọng cần xem xét để
giúp giảm tác dụng phụ và độc tính hoặc để cải thiện hiệu quả các loại thuốc có hoạt tính
dược lý trong não. Đối với một hợp chất nhất định, logBB> 0,3 được coi là dễ dàng vượt

49
qua hàng rào máu não trong khi các phân tử có logBB <-1 được phân phối đến não kém.
Việc đo tính thẩm thấu của thuốc qua hàng rào máu não có thể khó khăn với các yếu tố
gây nhiễu. Việc đo logPS là phép đo trực tiếp hơn. Các hợp chất có logPS >-2 được coi là
xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương (CNS), trong khi những hợp chất có logPS <-3
được coi là không thể xâm nhập vào CNS. Cytochrome P450 là một loại enzyme giải độc
quan trọng trong cơ thể, chủ yếu được tìm thấy ở gan. CYP450 chịu trách nhiệm chuyển
hóa nhiều loại chất, do đó nhiều loại thuốc bị vô hiệu hóa bởi CYP450 và một số loại
thuốc có thể được kích hoạt bởi nó. Do đó cần phải xác định các chất có ức chế hệ
enzyme này hay không để xác định khả năng ảnh hưởng đến dược động học của các chất
dùng kèm.

Độ thanh thải thuốc toàn phần là tổng của độ thanh thải ở gan (chuyển hóa ở gan
và độ thanh thải của mật) và độ thanh thải của thận (bài tiết qua thận). Tổng độ thanh thải
dự đoán của một hợp chất được tính bằng log (ml/phút/kg). Chất vận chuyển Cation hữu
cơ 2 đóng vai trò quan trọng trong việc thải bỏ các thuốc và các hợp chất nội sinh ở thận.
Việc đánh giả khả năng được vận chuyển bởi OCT2 không chỉ liên quan đến việc thải trừ
mà còn cả những chống chỉ định tiềm ẩn. Việc đánh giá độc tính của một chất cũng rất
quan trọng trong việc sàng lọc. Độc tính AMES là một phương pháp được sử dụng rộng
rãi để đánh giá khả năng gây đột biến của các hợp chất bằng cách sử dụng vi khuẩn. Xét
nghiệm dương tính cho thấy hợp chất này có thể gây đột biến và do đó có thể hoạt động
như chất gây ung thư. Sự ức chế các kênh kali được mã hóa bởi gen hERG là nguyên
nhân chính dẫn đến sự phát triển của hội chứng QT dài – dẫn đến rối loạn nhịp thất gây
tử vong. Việc ức chế các kênh hERG đã dẫn đến việc thu hồi nhiều chất khỏi thị trường
do đó cần tránh các chất có khả năng ức chế hERG. Liều gây độc cấp tính cho chuột
đường uống (LD50) là lượng hợp chất được sử dụng cùng lúc và gây ra cái chết của 50%
nhóm động vật thử nghiệm. Tổn thương gan do thuốc là mối quan tâm lớn về an toàn đối
với việc phát triển thuốc. Một hợp chất được phân loại là gây độc cho gan nếu nó có ít
nhất một
biến cố bệnh lý hoặc sinh lý gan có liên quan chặt chẽ đến chức năng bình thường của
gan bị phá vỡ.

50
4.3. Những hạn chế và thách thức trong mô hình nghiên cứu in silico
Nghiên cứu bằng mô hình in silico giúp tiết kiệm thời gian trong quá trình nghiên
cứu và phát triển thuốc mới. Tuy nhiên, bên cạnh đó những hạn chế của nghiên cứu bằng
mô hình in silico vẫn luôn tồn tại song song.

Việc sử dụng quá nhiều phần mềm, đòi hỏi hệ điều hành máy tính phải đáp ứng
các điều kiện của phần mềm. Một sai sót nhỏ trong quá trình nhập liệu cũng có thể làm
sai kết quả cả nghiên cứu. Mô hình in silico cũng đòi hỏi cơ sở dữ liệu lớn.

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

KẾT LUẬN
Từ các kết quả nghiên cứu đã trình bày ở trên, chúng tôi rút ra những kết luận sau:
1. Từ 50 hợp chất alkaloid được tải về từ thư viện hóa học PubChem, có 6 hợp chất tự
nhiên có khả năng liên kết tốt tại vị trí hoạt động của thụ thể EGFR bao gồm: Berberin

51
clorid,Sanguinarine Chloride,Tetrahydro Berberin,Rutaecarpine,Coptisine
Chloride,Tetrandrine.
2.Có 5 trong 6 hợp chất đều thỏa mãn các đặc tính giống thuốc theo quy tắc 5 Lipinski
3. Từ 5 hợp chất trên, sàng lọc được 3 hợp chất có các đặc tính dược động học và độc
tính tốt nhất là: Berberin clorid,Tetrahydroberberin và Coptisine Chloride.
KIẾN NGHỊ
Kết luận của nghiên cứu này được đưa ra dựa trên kết quả của quá trình sàng lọc
ảo in silico, có thể còn nhiều hạn chế như sai số trong quá trình và sự khác biệt giữa mô
hình máy tính với thực nghiệm. Vì vậy, để tiếp tục phát triển các kết quả nghiên cứu của
khóa luận trong tìm kiếm các hợp chất alkaloid có tác dụng ức chế thụ thể EGFR định
hướng điều trị ung thư phổi, tôi xin đưa ra các đề xuất sau:
1. Tiến hành nghiên cứu thêm về các chất đã sàng lọc được trên in vitro, in vivo: thử hoạt
tính, tính an toàn ở các nồng độ hoặc nghiên cứu cải thiện tính thấm của hợp chất.
2. Tiếp tục áp dụng mô hình sàng lọc in silico cho các nghiên cứu phát triển thuốc điều trị
ung thư phổi đối với các đích khác, nhóm hợp chất khác.

TÀI LIỆU THAM KHẢO

[1] H. Lemjabbar-Alaoui, O. U. I. Hassan, Y. W. Yang, and P. Buchanan, “Lung
cancer: Biology and treatment options,” Biochim. Biophys. Acta - Rev. Cancer, vol.
1856, no. 2, pp. 189–210, Dec. 2015, doi: 10.1016/j.bbcan.2015.08.002.
[2] H. Sung et al., “Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of
Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries,” CA. Cancer
J. Clin., vol. 71, no. 3, pp. 209–249, May 2021, doi: 10.3322/CAAC.21660.
52
[3] S. S. Hecht, “Tobacco smoke carcinogens and lung cancer,” J. Natl. Cancer Inst.,
vol. 91, no. 14, pp. 1194–1210, Jul. 1999, doi: 10.1093/JNCI/91.14.1194.
[4] M. B. Schabath and M. L. Cote, “Cancer Progress and Priorities: Lung Cancer,”
Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., vol. 28, no. 10, pp. 1563–1579, 2019, doi:
10.1158/1055-9965.EPI-19-0221.
[5] A. G. Pallis and K. N. Syrigos, “Lung cancer in never smokers: disease
characteristics and risk factors,” Crit. Rev. Oncol. Hematol., vol. 88, no. 3, pp.
494–503, Dec. 2013, doi: 10.1016/J.CRITREVONC.2013.06.011.
[6] G. S. Jones and D. R. Baldwin, “Recent advances in the management of lung
cancer,” Clin. Med. J. R. Coll. Physicians London, vol. 18, pp. s41–s46, Apr. 2018,
doi: 10.7861/clinmedicine.18-2-s41.
[7] S. K. Vinod and E. Hau, “Radiotherapy treatment for lung cancer: Current status
and future directions,” Respirology, vol. 25, no. S2, pp. 61–71, Nov. 2020, doi:
10.1111/resp.13870.
[8] Z. Wang, “ErbB receptors and cancer,” Methods Mol. Biol., vol. 1652, pp. 3–35,
2017, doi: 10.1007/978-1-4939-7219-7_1.
[9] S. M. Lim, N. L. Syn, B. C. Cho, and R. A. Soo, “Acquired resistance to EGFR
targeted therapy in non-small cell lung cancer: Mechanisms and therapeutic
strategies,” Cancer Treat. Rev., vol. 65, pp. 1–10, Apr. 2018, doi:
10.1016/J.CTRV.2018.02.006.
[10] R. D. Harvey, V. R. Adams, T. Beardslee, and P. Medina, “Afatinib for the
treatment of EGFR mutation-positive NSCLC: A review of clinical findings,” J.
Oncol. Pharm. Pract., vol. 26, no. 6, pp. 1461–1474, Sep. 2020, doi:
10.1177/1078155220931926.
[11] A. Masood, R. K. Kancha, and J. Subramanian, “Epidermal growth factor receptor
(EGFR) tyrosine kinase inhibitors in non-small cell lung cancer harboring
uncommon EGFR mutations: Focus on afatinib,” Semin. Oncol., vol. 46, no. 3, pp.
271–283, Jun. 2019, doi: 10.1053/J.SEMINONCOL.2019.08.004.
[12] B. Rude Voldborg, L. Damstrup, M. Spang-Thomsen, and H. Skovgaard Poulsen,
“Epidermal growth factor receptor (EGFR) and EGFR mutations, function and

53
 possible role in clinical trials,” Ann. Oncol., vol. 8, no. 12, pp. 1197–1206, Dec.
1997, doi: 10.1023/A:1008209720526.
[13] M. J. Xu, D. E. Johnson, and J. R. Grandis, “EGFR-targeted therapies in the post-
genomic era,” Cancer Metastasis Rev., vol. 36, no. 3, pp. 463–473, Sep. 2017, doi:
10.1007/s10555-017-9687-8.
[14] C. To et al., “Single and Dual Targeting of Mutant EGFR with an Allosteric
Inhibitor,” Cancer Discov., vol. 9, no. 7, pp. 926–943, Jul. 2019, doi:
10.1158/2159-8290.CD-18-0903.
[15] H. Mithoowani and M. Febbraro, “Non-Small-Cell Lung Cancer in 2022: A
Review for General Practitioners in Oncology,” Curr. Oncol., vol. 29, no. 3, p.
1828, Mar. 2022, doi: 10.3390/CURRONCOL29030150.
[16] M. Qiao et al., “Immune Checkpoint Inhibitors in EGFR-Mutated NSCLC: Dusk
or Dawn?,” J. Thorac. Oncol., vol. 16, no. 8, pp. 1267–1288, Aug. 2021, doi:
10.1016/j.jtho.2021.04.003.
[17] S. Brown, K. Banfill, M. C. Aznar, P. Whitehurst, and C. F. Finn, “The evolving
role of radiotherapy in non-small cell lung cancer,” Br. J. Radiol., vol. 92, no.
1104, 2019, doi: 10.1259/bjr.20190524.
[18] E. Castellanos, E. Feld, and L. Horn, “Driven by Mutations: The Predictive Value
of Mutation Subtype in EGFR-Mutated Non–Small Cell Lung Cancer,” J. Thorac.
Oncol., vol. 12, no. 4, pp. 612–623, Apr. 2017, doi: 10.1016/j.jtho.2016.12.014.
[19] A. Rajput, R. Sharma, and R. Bharti, “Pharmacological activities and toxicities of
alkaloids on human health,” Mater. Today Proc., vol. 48, pp. 1407–1415, Jan.
2022, doi: 10.1016/J.MATPR.2021.09.189.
[20] P. Dey et al., “Analysis of alkaloids (indole alkaloids, isoquinoline alkaloids,
tropane alkaloids),” Recent Adv. Nat. Prod. Anal., p. 505, Jan. 2020, doi:
10.1016/B978-0-12-816455-6.00015-9.
[21] B. Shaker, S. Ahmad, J. Lee, C. Jung, and D. Na, “In silico methods and tools for
drug discovery,” Comput. Biol. Med., vol. 137, Oct. 2021, doi:
10.1016/J.COMPBIOMED.2021.104851.
[22] S. Ekins, J. Mestres, and B. Testa, “In silico pharmacology for drug discovery:

54
 methods for virtual ligand screening and profiling,” Br. J. Pharmacol., vol. 152,
no. 1, pp. 9–20, Sep. 2007, doi: 10.1038/SJ.BJP.0707305.
[23] S. Ekins, J. Mestres, and B. Testa, “In silico pharmacology for drug discovery:
Applications to targets and beyond,” Br. J. Pharmacol., vol. 152, no. 1, pp. 21–37,
Sep. 2007, doi: 10.1038/sj.bjp.0707306.
[24] R. Dias and W. de Azevedo Jr., “Molecular docking algorithms,” Curr. Drug
Targets, vol. 9, no. 12, pp. 1040–1047, Dec. 2008, doi:
10.2174/138945008786949432.
[25] I. Halperin, B. Ma, H. Wolfson, and R. Nussinov, “Principles of docking: An
overview of search algorithms and a guide to scoring functions,” Proteins, vol. 47,
no. 4, pp. 409–443, Jun. 2002, doi: 10.1002/PROT.10115.
[26] X.-Y. Meng, H.-X. Zhang, M. Mezei, and M. Cui, “Molecular docking: a powerful
approach for structure-based drug discovery,” Curr. Comput. Aided. Drug Des.,
vol. 7, no. 2, pp. 146–157, Nov. 2011, doi: 10.2174/157340911795677602.
[27] L. G. Ferreira, R. N. Dos Santos, G. Oliva, and A. D. Andricopulo, “Molecular
docking and structure-based drug design strategies,” Molecules, vol. 20, no. 7, pp.
13384–13421, Jul. 2015, doi: 10.3390/MOLECULES200713384.
[28] C. A. Lipinski, “Lead- and drug-like compounds: the rule-of-five revolution,”
Drug Discov. Today. Technol., vol. 1, no. 4, pp. 337–341, Dec. 2004, doi:
10.1016/J.DDTEC.2004.11.007.
[29] H. van de Waterbeemd and E. Gifford, “ADMET in silico modelling: towards
prediction paradise?,” Nat. Rev. Drug Discov., vol. 2, no. 3, pp. 192–204, Mar.
2003, doi: 10.1038/NRD1032.
[30] S. Kar and J. Leszczynski, “Open access in silico tools to predict the ADMET
profiling of drug candidates,” Expert Opin. Drug Discov., vol. 15, no. 12, pp.
1473–1487, Dec. 2020, doi: 10.1080/17460441.2020.1798926.
[31] H. Gohlke, M. Hendlich, and G. Klebe, “Knowledge-based scoring function to
predict protein-ligand interactions,” J. Mol. Biol., vol. 295, no. 2, pp. 337–356, Jan.
2000, doi: 10.1006/JMBI.1999.3371.
[32] Universidade federal do amazonas pró-reitoria de pesquisa e pós-

55
 universidade federal do amazonas pró-reitoria de pesquisa e pós-
graduação programa de pós-graduação em ciências farmacêuticas
toxicologia e farmacologia da biflorina: uma abordagem in silico
thiago andré albuquerque de souza manaus 2021

56