1.

KRATKA ZGODOVINA GENETIKE

PANGENEZA: majhni delci (= gemmule) nosijo informacije iz različnih delov telesa v spolne organe, od koder
gredo v trenutku spočetja v zarodek. Začetnik je bil Hipokrat. Potem pa Darwin, da bi podprl svojo teorijo naravnega
izbora. Lastnosti, ki jih pridobimo tekom življenja se vgradijo v dedno zasnovo in se prenesejo na potomstvo.
Obdržala se je do konca 1800ih, ko jo ovrže Avgust Weisman, ki pravi, da je dednost odvisna od nadaljevanja
zarodne snovi = germinalne plazme iz roda v rod. Zato se telesne spremembe, ki so nastale v času življenja organizma
ne morejo podedovati. Poskus: več generacijam mišim reže rep.

Po odkritju mikroskopa (Hook, 1660) se porodi zamisel o zelo majhnih stvareh, ki jih s prostim očesom ne vidimo, je
vodila v idejo o PREFORMACIONIZMU. Ta pravi, da je v jajčni / semenski celici je čisto majhen “narejen”
človek (homunculus), ki med razvojem samo še zraste. Torej bi se na potomce torej prenesle le lastnosti enega starša.
Čeprav so videli, da imajo potomci vendarle pogosto lastnosti tako od očeta kakor tudi od mame je stal popularen do
začetka 19. stoletja, ko so ga zaradi boljših mikroskopov ovrgli.

Friedrich Miescher: gnojne povoje z belimi krvničkami splakuje v raztopini soli  lizira celice, jedra se oborijo in
usedejo na dno. Izolirano snov poimenuje NUCLEIN (kasneje preimenovan v nukleinsko kislino).Ker je bogat s
fosforjem predvideva, da gre za zaloge fosforja v celicah.

Ugotovili, da je dednina v jedru, kjer so n.k. in proteini. Niso pa vedeli, katera od teh dveh snovi je dedni material.
Predvidevali pa so, da mora dedni material imeti vsaj te lastnosti:
1. Vsebovati ogromno informacij (veliko spremenljivih podatkov, a stabilna).
2. Pomnoževanje zelo natančno (vsak org. razvije iz ene celice)
3. Mora kodirati fenotip (mora obstajati “genetsko navodilo”, ki se prevede v protein)
4. Se mora tudi spreminjati (različne vrste, posamezniki znotraj vrste).

Kossel ugotovi, da DNA vsebuje štiri dušikove baze (A, C, G, T).

Levene: DNA vsebuje veliko ponavljajočih se enot = nukleotidi. Vsak je iz sladkorja, fosfata in baze. Predpostavi
tetranukleotidno hipotezo: DNA iz serije enot, ki so sestavljene iz 4-ih nukleotidov  vsaka enota vsebuje vse štiri
baze v fiksnem zaporedju. A taka molekula ni dovolj variabilna  gen. material morda proteini.

Identificiranje vira genetskih informacij:

1. Griffith: “nekaj odpornega na vročino” odgovorno za fenomen “transformacije”.
 Virulentni sevi: imajo PS kapsulo (virulentna)  kolonije videti gladke (S-oblika).
 Nevirulentni sevi – mutirane: nima PS kapsule  kolonije videti hrapave (R- oblika).
!!Poskus:
1) Miška + žive bakterije S (virulentni)  miška umre
2) Miška + žive bakterije R (nevirulentni)  miška preživi
3) Miška + z vročino ubite bakterije S  miška preživi
4) Miška + mešanica z vročino ubitih virulentnih bakterij S in živih nevirulentnih bakterij R: miška
umre. Iz nje izolirajo virulentne. Torej "nekaj" = "transforming principle", pride iz ubitih
virulentnih v žive nevirulentne (danes vemo, da del DNA - transformacija = horizontalni prenos)

2. Avery, McLeod in McCarty: dokažejo, da je DNA “transforming principle”. Poskus!!:

1) Ne uničimo nobene komponente S-seva + dodamo R-sev miš umre
2) Uničimo PS iz S-seva + dodamo R-sev miš umre
3) Uničimo lipide iz S-seva + dodamo R-sev miš umre
4) Uničimo RNA iz S-seva + dodamo R-sev miš umre
5) Uničimo proteine iz S-seva + dodamo R-sev miš umre – ne pride do
transformacije, torej proteini NISO genetski material.
6) Uničimo DNA iz S-seva + dodamo R-sev miš preživi, saj ni transformacije

1
3. Alfred Hershey in Martha Chase: potrdita, da je samo DNA “transforming principle”. !!Poskus: kateri del faga
(DNA ali prot.) je gen. material, ki se prenese na potomce? DNA ima P, proteini pa S.
1. E. coli (iz gojišča s 35S – radioaktivno žveplo) s fagi T2 E. coli (iz gojišča s 32P – radioaktivni fosfor) s fagi T2
2. 35
S se vključi v fagne proteine (vsebujejo S, ne pa P) 32
P se vključi v fagno DNA (vsebuje P, ne pa S)
3. Fagi s S okužijo svežo E.coli.
35
Fagi s 32P okužijo svežo E.coli.
4. Ločitev proteinov od celic s centrifugiranjem
Izsledita 35S v tekočini, kjer so virusne kapside. Ne Na dnu ostanejo okužene bakterije, ki vsebujejo 32P 
5. zasledimo radioaktivnosti namnoženi fagi so radioaktivni
 torej se proteini ne prenesejo na "fagne potomce"  torej se je fagna DNA prenesla na "fagne potomce"
Torej je SAMO DNA genetski material!

Chargaff ugotovil, da je v vsaki vrsti organizma določeno razmerje baz: A=T in G=C  Chargaff-ovo pravilo.
Franklin: Ugotovi, da je DNA heliks. Ne predlaga modela.
Singer in Conrat (1956): tudi RNA je lahko dedni material (nekateri virusi). Poskus: Viirus TMV (tobacco mosaic virus):
1) Razgradnja obeh tipov TMV (A in B tip), da dobimo RNA in proteine
2) Zmešamo RNA enega tipa virusa s proteinom drugega tipa  dobimo hibridne viruse
3) Z hibridnim virusom okužimo tobak
4) Vrsta molekule RNA v hibridu določi RNA IN vrsto proteina pri novih virusih.
Torej je genetski material RNA.

PALEOGENETIKA IN PALEOGENOMIKA
Izolacija aDNA (=ancient DNA) iz ostankov kosti
Kost je iz dveh poglavitnih komponent:
o organska komponenta (30%): v glavnem v obliki kolagena  elastičnost
o mineralna komponenta (70%): najpomembnejša sta kalcij in fosfat, ki se v kosti odraslega nahajata
predvsem v obliki hidroksiapatita in karbonata  trdnost
DNA v naravi hitro razpade:
Stabilna je kovalentna vez, ki pa jo v naravi prekinejo nukleaze  zato so v naravi prisotni le fragmenti DNA, ki se
držijo skupaj zaradi kovalentne vezi. Pri sekvenciranju naslednjih generacij dobimo kratke sekvence, ki jih sestavimo,
a ne moremo dobiti celotnega genoma. Predvideva se, da bi se lahko s trenutnimi pristopi sekvenciranja
analiziralo do 1.500.000 let staro DNA, starejša pa je preveč razpadla.
!!Haploidni genom človeka: 3,2×109 nukleotidov, prokariontski pa 106.

Paleoproteomika = analiziranje starih „ancient“ proteinov  filogeneza

Sekvenciramo lahko kolagen, ali proteine, ki sodelujejo pri nastanku zobne sklenine (obstojna).

„Sekvenciranja naslednje generacije“ = next generation sequencing (NGS): Omogočene so analize celotnega genoma.
 Ena prvih tehnik je bilo pirosekvenciranje: iz majhne količine starih kosti neandertalca  sekvencirajo 
določi se zadnjega skupnega prednika med H. sapiens in neandertalcem na pred pribl. 660.000.
 V današnjem človeku do 3 % genoma neandertalca.

2. ZGRADBA DNA
Sladkor + baza = nukleozid
Sladkor + baza + fosfat = nukleotid

Sladkorji: riboza (ima OH) in deoksiriboza (ima H). Riboza je bolj nestabilna od deoksiriboze.
Baze: Purin: adenin in gvanin in pirimidin: citozin, timin, uracil
Metilirane baze – epigenetika (imamo v vseh celicah enak genotip, a drug fenotip)
o Pri bakterijah: metiliran adenin in citozin - povezano z popravljanim sistemom
o Pri evkariontih metiliran citozin - povezano z izražanjem genov.
o Odkrite nove baze - v povezavi z epigenetiko - povezano z izražanjem genov:
 5mC = 5-metilcitozin – metioliran citozin  če so C-ji metilirani je gen utišan  ni ekspresije.
 5hmC = 5-hidroksimetilcitozin, 5fC = 5-formilcitozin, 5caC= 5-karboksilcitozin
Torej imamo 4 baze in 4 modificirane baze  lahko je več kot 4 baz :o
2
Povezovanje baz z vodikovimi vezmi v DNA:
A in T (2 vodikovi vezi) ter G in C (3 vodikove vezi) se povezujejo z vodikovimi vezmi  baze rahlo zamaknejo 
veliki in mali greben med DNA. Zaradi grebenov: 10,4 baz/zavoj namesto 10, rotacija baze pa je 34,6° namesto 36°.

Nukleotida skupaj drži hidrofobno okolje med bazami in H-vez, odbija pa ju odboj med fosfati.

Verigi sta antiparalelni. Imata 5' in 3' konec – v tej smeri se tudi tvori fosfodiestrska vez.

Oblike DNA:
oblika A
Desnosučna
Ko je v okolici DNA malo vode in
veliko soli. Pogosto v DNA proteinskih
kompleksih in sporah nekaterih bakterij.
Nekoliko krajša in širša kot B.
oblika B
Desnosučna
Ko je v okolici DNA veliko vode.
Je stabilna v fizioloških pogojih in
je verjetno najpogosteje prisotna.
Opisala sta jo Watson in Crick.
oblika Z
Levosučna
Ko je v okolici DNA veliko soli.
Lahko tudi v fizioloških razmerah,
če so v DNA specifična zaporedja
npr. odseki izmenjujočih se C in G.
"Z", ker gre zig-zag (cikcak).

Sekundarne strukture DNA: lasnica, steblo (kot lasnica, a brez zanke), triverižne DNA.

3. PODVOJEVANJE DNA
SEMIKONZERVATIVNO PODVOJEVANJE
Sprva so bili predlagani trije možni modeli podvojevanja DNA:
a. konzervativno podvojevanje: cela DNA je matrica za novo verigo. Originalni verigi ostaneta ohranjeni.
b. disperzivna /razpršena replikacija: obe verigi se razgradita - fragmenti so matrica za sintezo novih fragmentov.
Obe DNA sestavljeni iz novih in starih delov. Ampak DNA je predolga.
c. semikonzervativno podvojevanje – vmesna. Obe verigi DNA se odvijeta in vsaka je matrica za sintezo nove DNA.

Meselson in Stahl izvedla poskus v katerem sta uporabila DNA z dvema N izotopoma:
Gojila sta E. coli v gojišču z 15N (težka oblika) kot edinim virom dušika, potem pa sta ta vzorec prenesla v gojišče z
14
N (običajna oblika) in spremljala kaj se dogaja v naslednjih generacijah. S centrifugiranjem v gostotnem gradientu
sta ločila DNA z 14N od DNA z 15N v gostotnem gradientu. „Težka“ DNA se ustavi bolj pri dnu, „lahka“ pa nad njo.
Bakterije, ki so:
 rasle samo v 15N gojišču: imajo samo “težko” DNA.
 jih prenesli iz 15N gojišča v 14N gojišče in pustili:
o za čas 1 podvojevanja DNA, so imele v gostotnem gradientu tudi en sam pas, ki pa je bil na poziciji
med pričakovanim za 15N in 14N.
o po 2. podvojevanju: sta se pojavila dva pasova - en vmesni in en, ki je ustrezal gostoti DNA z 14N. S
tem dokazala, da je pomnoževanje DNA semikonzervativno.

PODVOJEVANJE
Kaj se potrebuje za podvojevanje
1. encimi, ki “čitajo” matrično DNA in iz osnovnih gradnikov sestavljajo novo DNA. Polimeraza I…
2. ssDNA - matrična
3. osnovno gradniki DNA (nukleotidi)

“Smer” podvojevanja
Polimeraze DNA lahko dodajajo nukleotide samo na 3´OH konec  izgradnja nove verige v smeri 5´->3´.
Vodilna veriga se podvaja neprekinjeno, sledilna veriga pa se podvaja prekinjeno, po fragmentih = okazakijevi f.

DNA polimeraze potrebujejo začetni oligonukleotid = primer, ki ga doda encim primaza, ki je RNA polimeraza, ki
za začetek ne potrebuje primerja. Primaza sintetizira kratke RNA nukleotide, na koncu teh pa lahko DNA-polimeraza
nadaljuje sintezo verige.

3
 NAČINI PODVOJEVANJA
Posamezne podvojevalne enote so replikoni – vsak ima replikacijsko regijo (oriC), ki je mesto začetka podvojevanja
(sem se vežejo proteini za začetek podvojevanja). Značilni evkariontski replikoni so dolgi 20.000-300.000 bp

1. Theta podvojevanje
Krožna DNA. Eno oriC mesto. Veriga se ne prekine.
Na oriC se začne krožna DNA odvijati, nastaneta ssDNA, ki sta matrici za
podvojevanje. Zaradi odvijanja nastane zanka = replikacijski mehurček. Mesto
odvijanja, kjer se razdružita verigi iz matične se imenuje replikacijske vilice.
o dvosmerno podvojevanje: dve replikacijski vilici (po 1 na vsako str.
mehurčka)  podvojevanje, dokler ne “srečata”.
o enosmerno podvojevanje: le ena replikacijska vilica  podvojevanje, dokler ne obide celega kroga.
Dobimo 2 krožni molekuli.

2. Rolling – circle replication = podvojevanje na način kotalečega se kroga

Krožna DNA. Eno OriC mesto. Veriga se prekine. Večina fagov, virusi, arheje in nekateri plazmidi (RC-plazmidi).
Prekinitev vezi v eni verigi  nt. se dodajajo na 3´OH konec, matrica pa je notranja neprekinjena veriga  kot nit iz
koluta
Dobimo 1 krožno DNA in 1 linearno DNA, ki se lahko zaokroži

3. Podvojevanje linearne evkariontske DNA

Linearna DNA. Več OriC mest. Veriga se ne prekine.
Podvojevanje začne simultano na več tisoč replikacijskih regijah. Na vsaki replikacijski regiji se
DNA odvije in nastane replikacijski mehurček. Podvojevanje poteka na obeh verigah na obeh koncih
mehurčka, replikacijske vilice pa se širijo navzven, dokler se replikacijski vilici sosednjih replikonov ne
srečata in nastanejo dolgi odseki podvojene DNA.
Dobimo 2 linearni molekuli.

PODVOJEVANJE MITOHONDRIJSKE IN KLOROPLASTNE DNA

Ker so mesta začetka podvojevanja na različnih mestih na obeh verigah, nastane značilna D-zanka. Ori za H verigo je
znotraj D-zanke, kjer sta tudi promotorja za H in L verigo. Značilno je enosmerno podvojevanje vodilne verige iz
obeh mest začetka podvojevanja.

POSTOPEK (BAKTERIJE)
1. Začetek – iniciacija
a) RAZPIRANJE VERIGE: Začetni protein se veže na oriC  kratek del DNA odvije  lahko vežejo replisom:
o helikaza - prekine H-vezi med bazami  razpira DNA
o SSB- proteini (single-strand-binding proteins) - stabilizirajo ssDNA
o DNA-giraza - zmanjšuje napetost pred vilicami. Prekine verigo,
spusti segment skozi, vzpostavi vez. Tarča AB: kinolini.

b) PRIMERJI: sinteza začetnih oligonukleotov (primerji) - na vodilni verigi

samo na začetku, na sledilni pa pred vsakim Okazakijevim fragmentom.
4
2. Podaljševanje - elongacija
Polimeraza DNA začne z izgradnjo nove verige. Bakterije imajo 5 polimeraz, a za podvojevanje pomembni dve
(ostale so predvsem popravljalne):
 polimeraza I: nižjo procesivnost kakor III. Ima tri encimske aktivnosti:
o 5´proti 3´ polimerazno aktivnost,
o 3´proti 5´eksonukleazno aktivnost  izrezovanje napačno vstavljenih nukleotidov (proofreading)
o 5´proti 3´eksonukleazno aktivnost  za odstranitev in zamenjavo primer-jev
 polimeraza III: visoko procesivnost, ki jo omogoča beta podenota, s katerim polimeraza III objame DNA.
Je holoencim (beljakovinski del (=apoencim) + nebeljak. (kofaktor)).
o 5´proti 3´polimerazno aktivnost
o 3´proti 5´eksonukleazno aktivnost

Sledilna matrica se izzanka, da je v poziciji 5´3´. Tako lahko kompleks polimeraze III podvojuje sočasno na obeh
matricah, kljub temu, da sta verigi antiparalelni. Po izgrajenih približno 1000 bp DNA-polimeraza III “izpusti”
sledilno verigo, primaza pa izgradi nov primer na sledilni verigi.
Podvojevalne vilice imajo pet osnovnih komponent:
1. helikazo, ki odvija DNA,
2. girazo, ki odstrani napetost pred vilicami,
3. primazo, ki izgradi primer in
4. proteine SSB,
5. DNA polimerazo, ki izgradi novi verigi.

Ko DNA-polimeraza I nadomesti zadnji nukleotid RNA primer-ja, ostane v novi verigi prekinitev. DNA-ligaza
zapolni vrzel po tem, ko se primer zamenja.

3. Terminacija
Podvojevanje se konča, ko se srečata dve podvojevalni vilici, ali pa terminacijska zaporedja zaustavijo podvojevanje.

POSTOPEK (EVKARIONTI)
1. Začetek – iniciacija
Evkariontska mesta začetka podvojevanja imajo običajno višji odstotek parov AT.
Multiproteinski kompleks – “origin-recognition complex “(ORC) se veže na mesto začetka in začne odvijati DNA.

Potrebni so:
 Licenčni dejavnik: da se podvojevanje vseh Ori-mest začne istočasno. Mesta začetka podvojevanja dobijo na
začetku celičnega ciklusa licenčni dejavnik. Podvojevalni aparat začne s podvojevanjem samo na mestih, ki
imajo licenčni dejavnik.
 Helikaza - odvije kratek odsek DNA
 Polimeraza:
o DNA-polimeraza α (alfa): (natančna in hitra) - primaza  sinteza RNA primer-ja
o DNA-polimeraza δ (delta) (natančna in hitra) - konča podvojevanje na sledilni verigi
o DNA-polimeraza ε (epsilon) - sodeluje pri podvojevanju vodilne verige DNA.
 Antigen PCNA: ekvivalent beta-podenote polimeraze III (objemka)
 Replikacijski protein A: ekvivalent proteinov SSB.
 Replikacijski faktor C: sodeluje pri povezavi PCNA z DNA, in s tem rekrutaciji polimeraz na mesto sinteze

Sinteza vodilne verige:

 DNA-polimeraza alfa je primaza  sintetizira primer
 replikacijski faktor “zbere” PCNA na koncu primerja, ki “odmakne” DNA-polimerazo alfa
 DNA-polimeraza epsilon se veže na PCNA in začne s sintezo.

Sinteza sledilne verige:

 DNA polimeraza alfa sintetizira RNA-primer
5
  replikacijski faktor “zbere” PCNA na koncu primerja, ki “odmakne” DNA-polimerazo alfa iz matrične DNA;
 DNA-polimeraza delta se veže na PCNA in začne s sintezo DNA (Okazakijevih fragmentov)
 odstrani se primer
 DNA-polimeraza delta zapolni vrzel
 ligaza poveže Okazakijeve fragmente.

Polimeraze so prostorsko omejene in “pritrjene”. Ta mesta so “podvojevalne tovarne”. Na novo podvojena DNA se
“izvrže” iz teh mest. Podobna opažanja veljajo tudi za bakterijske celice.

Nukleosomi: S poskusom, ki je bil podoben tistemu od Meselson-a in Stahl-a so dokazali, da so novo sestavljeni
oktameri nukleosoma naključna mešanica starih in novih histonov. Nekateri deli (od 8 podenot) se prenesejo, nekateri
pa ostanejo. Nukleosomi so sestavljeni iz 2×H2A, 2×H2B, 2×H3, 2×H4 + DNA (145-147 bp). Ponovno sestavljanje
nukleosomov omogočajo proteini = histonski šaperoni, ki so povezani s helikazo. Histonski šaperoni sprejmejo “stare
histone” iz originalne verige in jih “odložijo” skupaj z novo izgrajenimi na novo izgrajeno verigo.

PODVOJEVANJE KONCEV KROMOSOMA

Pri krožni DNA ni težav s podvojevanjem končnih delov, ker njih ni.

Podvojevanje koncev pri linearni DNA: Primer se odstrani  vrzel  na 5' konec se ne more vezati nobena
polimeraza. Na začetek (3') pa se lahko veže le RNA-polimeraza, ki pa je ne rabimo več. Zato se veriga DNA krajša 
celice se starajo  Konci kromosoma se zaradi tega z vsako delitvijo skrajšajo, dokler se ne odstrani celotna
telomera  vodi v destabilizacijo kromosoma in celično smrt (razen zarodne in rakave celice, ki ima telomerazo).
Ker je ta veriga daljša kakor komplemenratna, se v celicah sesalcev veriga obrne nazaj in se na kratkem odseku pari s
komplementarno verigo  tvori se t-zanka, za zaščito.

3 bistveni deli kromosomov so: mesto začetka replikacije, centromer in 2 telomeri (zadnji dve: ponavljajoča se zaporedja).

Telomere: Imajo veliko ponovitev kratkega zaporedja.

 zaščitita DNA pred razgradnjo z encimi
 zaščita pred povezavo z drugimi DNA
 omogoča podvojitev koncev DNA brez izgube sledilne verige v celicah, kjer je prisotna telomeraza

Enoverižna podaljšana veriga telomere se lahko dodatno podaljša s telomerazo (RNA+protein)  RNA del encima je
komplementaren zaporedju na G-bogati verigi  se poveže s “štrlečim” 3´koncem DNA in je matrica za sintezo, da se
nt. dodajajo na 3´konec. Ko je dodanih nekaj nukleotidov se RNA matrica pomakne naprej.. Telomerazo najdemo v
enoceličnih organizmih, zarodnih celicah, zgodnjih embrionalnih celicah in nekaterih proliferativnih somatskih
celicah (kostni mozeg).

Za izgradnjo komplementarne verige obstajata dve hipotezi:

a. DNA-polimeraza alfa naredi primer na 5´koncu podaljšane matrice. Vrzel, ki nastane na 5´koncu kromosoma ob
odstranitvi primerja nima vpliva na krajšanje kromosoma, ker je bil le-ta predhodno podaljšan. RNA del
telomeraze je komplementaren z G bogato verigo in se z njo poveže. Tako postane matrica za sintezo novih
ponovitev. Nukleotidi se dodajajo na 3' konec G bogate verige, RNA matrica pa se sproti premika naprej in
dodajajo se novi nukleotidi. Telomeraza se potem odstrani in pride do sinteze komplementarne verige.

 

b. podaljšana enoverižna DNA (bila podaljšana z telomerazo) se prepogne nazaj in z neobičajnim parjenjem baz
naredi zanko. Tvori se terminalna zanka z neobičajnimi interakcijami med bazami. 3´konec te zanke omogoča
dodajanje DNA nukleotidov vzdolž C-bogate verige (zagotovi 3' OH skupino za vezavo novega nukleotida).

 
6
 4. POPRAVLJALNI MEHANIZMI
Večina popravljalnih sistemov potrebuje dve verigi DNA, ker nadomestijo cele nukleotide in potrebujejo matrico.
Če je poškodovana ena od verig, je lahko komplementarna veriga matrica za popravljanje poškodovane.

1) Error-free repair = popravljanje brez napak

DNA proofreading = popravljanje po vstavitvi napačnega nukleotida. Že podenota polimeraze lahko napako
prepozna in popravi - zaradi svoje 3’ proti 5’ eksonukleazne.

1. mismatch repair – popravljanje neujemanja: popravi poškodbe, ki nastanejo pri podvajanju. Zapomni!
 Odstrani napačne nukleotide, ki jih je proofreading “spregledal”. Zazna in popravi tudi manjše “neparjene” zanke.
 “Mismatch-repair” encimi izrežejo napačno DNA iz nove verige, ter zapolnijo vrzel. Matrica: originalna veriga
Kako vejo, katera je novo izgrajena veriga? Na podlagi prisotnosti metilnih skupin.
 Najpomembnejši proteini:
o MutS: se veže na napačni bp.
o MutL: se veže in locira metilacijski signal na DNA
o MutH: veže MutL in "prelomi" nemetilirano verigo blizu metilacijskega mesta
o Prelomljena veriga se odvije  3'proti5' eksonukleaza razgradi proto DNA  veže se polimeraza III in
zapolni vrzel, ligaza pa zapolni vrzel

2. neposredno popravljanje: popravi pirimidinske dimere in druge specifične spremembe. Ne nadomesti

spremenjenih nukleotidov, ampak jih spremeni nazaj v originalno obliko (strukturo). Npr. fotoreaktivacija UV
induciranih pirimidinskih dimerov – z encimom fotoliazo, ki ob pomoči svetlobne energije prekine kovalentne
vezi med pirimidinskimi dimeri (povežeta sosednja pirimidina na isti verigi).

3. izrezovanje baz: popravi “nenormalne” baze, modificirane baze in pirimidinske dimere. Pri tem se prvo izreže
modificirana baza (z encimi DNA- glikozilaze – specifične na bazo), nato pa se zamenja cel nukleotid: ko je baza
odstranjena encim cepi fosfodiestrsko vez, drugi encimi pa odstranijo deoksiribozo. Polimeraza nato doda nove
nukleotide na 3´OH.

4. izrezovanje nukleotidov: popravi poškodbe DNA, ki “popačijo” strukturo dvojne vijačnice - “nenormalne”
bazame, modificirane baze in pirimidinski dimeri. Najdemo ga v vseh celicah. Najprej kompleks encimov pregleduje
DNA in išče spremembe v 3D- strukturi. Če se najde takšna sprememba, se priključijo dodatni encimi, ki ločijo
nukleotidni verigi v poškodovani regiji. SSB proteini stabilizirajo ločeni verigi. Sladkorno-fosfatno ogrodje na
poškodovani verigi se nato cepi levo in desno od poškodovanega dela. Del poškodovane verige se odcepi in vrzel
zapolni polimeraza. Fosfodiestrsko vez nato vzpostavi ligaza.

2) Error-prone repair = popravljanje podvrženo napakam

Podvojevanje DNA kljub poškodovani matrici omogočajo posebne polimeraze = translezijske = bypass-polimeraze,
ki jih poškodbe DNA “ne zmotijo pri delu”, podvojevalne vilice gredo preko poškodb.

Replikacijsko blokado, ki je smrtna, lahko prokarionti in evkarionti zaobidejo z vstavitvijo nespecifičnih baz. Torej
SOS - sistem (ta je pri bakt.) generira mutacije, da dovoli polimerazi, da obide poškodbe ob ustavljenih replikacijskih
vilicah.

Translezijske polimeraze tolerirajo več različnih baz, delajo več napak (nimajo "proofreadinga"), dodajo pa lahko le
nekaj nukleotidov. Ker je veliko bypass polimeraz stalno prisotnih v evkariontskih celicah, mora biti njihova
“uporaba” kontrolirana. Če se replikacijske vilice zaustavijo se tam na replikosom veže ubikvitin  sprememba
konformacije  lahko veže bypass-polimeraza.

Če pride do poškodb obeh verig, popravljalni mehanizmi nimajo matrice za popravljanje. Napake lahko vodijo
v kromosomske spremembe, ki vodijo v celično smrt ali rakavo rast. Prelomi obeh verig so tudi del normalnih celičnih
funkcij, ki vodijo v prerazporeditve DNA (prelomi  lahko pride do nespecifične translokacije  encimi ju

7
zalimajo). Prelomi obeh verig lahko nastanejo spontano (radikali) ali z ionizirajočim sevanjem. Najbolj poznana
mehanizma:
a. popravljanje z združitvijo ne-homolognih koncev
Prekinjeni verigi se ponovno zlepita brez prisotnosti homologne matrične DNA s pomočjo ligaze IV.
Prvi korak je prepoznava škode. Dva proteina se vežeta na zlomljene konce  dve funkciji:
a. preprečita nadaljnjo škodo na konceh
b. rekrutirata druge proteine, ki pripravijo 5´-P in 3´-OH konec, ki sta potrebna za ligazo IV.

b. homologna rekombinacija
Če se pojavi prekinitev obeh verig po replikaciji kromosomske regije v
deleči se celici, se lahko škoda popravi z tem “error-free” mehanizmom. Kot
matrica za popravljanje se uporabi sestrska kromatida, ki je na razpolago pri
mitozi.
Prvi korak je vezava posebnih proteinov in encimov na prekinjene konce in
izpostavljaje enoverižne regije, ki jo prekrijejo proteini.
3´konec vdirajoče verige nadomesti eno od nepoškodovanih sestrskih
kromatid, ki tvori D zanko in omogoča sintezo DNA iz prostega 3´konca.
Sinteza nove DNA se nadaljuje z obeh 3´koncev dokler se obe verigi ne
odvijeta od svojih matric in se povežeta. Zareze se popravijo z ligacijo.
Ostane popravljen del DNA, ki je podvojena konzervativno = obe verigi
izgrajeni na novo.

5. ORGANIZACIJA DNA V CELICI

Genom = keomosomka + izvenkromosomska DNA: en krožen kromosom (lahko pa dva različna kromosoma ali pa
linearni kromosomi).
Kromatin = DNA + proteini (večinoma H1, H2A, H2B, H3 in H4)
 evkromatin (kondenzacija in dekondenzacija)
 heterokromatin (je kondenziran tudi v interfazi).

KROMATIN BAKTERIJ
DNA bakterij ni obdana z membrano, je pa strukturirana v območju = nukleoid.
Bakterijska DNA se povezuje s proteini - nucleoid-associated proteins - NAP's, ki:
o povezujejo DNA
o upogibajo DNA
Veliko proteinov ni pomembnih samo za strukturo, ampak tudi za izražanje genov.

Supercoiling = dodatno zvitje  cccDNA (covalently closed circular DNA/ krožna zaprta DNA). Sodelujejo topoizomeraze.

Arheje in bakterije imajo približno enako velike genome (10 5-106).

KROMOSOMI PRI EVKARIONTIH

 Histon: oktamer osmih histonskih proteinov je iz: 2× H2A, 2×H2B, 2×H3, 2×H4.
 Nukleosom: DNA+histoni = 8 histonskih proteinov, okoli katerih se 1,65× navije DNA.
 Dvoverižna DNA je debela 2nm, nukleosom je debel 11nm, nukleosomi se zložijo in nastane t.i. 30nm vlakno, in
tvori zanke. Kromatida ima premer 700nm, kromosom pa ima premer 1400 nm.
 Kromatosom = nukleosom + histon H1 (palčka na sliki).

Histonski proteini so iz globularnega dela in histonskih “repov”, ki so iz večjega števila aminokislin s

pozitivnim nabojem. Tako nastane interakcija z negativnimi naboji na DNA  pomembno pri regulaciji
genske ekspresije

Genom evkariontov = Kromosomi + mtDNA + cpDNA  celokupna DNA v haploidni gameti (C-vrednost
= količina genoma v npr. gametah). Paradoks C-vrednosti =večji genom ne pomeni večje kompleksnosti, št. intronov
pa.
8
Kromosomske mape: Lego genov na kromosomu prikažemo s kromosomskimi mapami. Načini podajanja pozicije gena:
 Genetske mape: razdalja med geni v cM
 Citološke mape: lokacija gena glede na proge barvanja
 Fizične mape: lokacija v mb

Bistveni elementi kromosoma so:

 Telomeri: funkcija:
o zaščitita DNA pred razgradnjo z encimi (nukleazami)
o povezava z drugimi DNA
o kjer je prisoten encim telomeraza omogočata podvojitev koncev DNA brez izgube DNA zaporedij.
 Ori: več regij pomeni, da se hitreje podvoji
 Centromera: veliko ponovljenih zaporedij. Funkcija pritrditev niti delitvenega vretena

Dve pomembni vrsti specializiranih kromosomov:

1. politeni kromosomi
 veliki in “debeli”  ker so iz velikega števila vzporedno ležečih kromatid. DNA
povezanih homologov se velikokrat podvoji, ne da bi se ločila in brez delitve citoplazme.
 Najdemo jih v različnih tkivih dvokrilcev, nekaterih protozojih in ovulah kritosemenk.
 Kromatin je na nekaterih mestih močno kondenziran, drugje manj, kar vidimo kot vzorec
prog = kromomere. Kjer je močna transkripcija in se zaradi manjše kondenzacije vidi
naborke “puff” = območja nekondenziranega kromatina, kjer poteka transkripcija.

2. ščetinasti, krtačasti (lampbrush) kromosomi

 Za večino vretenčarskih primarnih oocit in spermatocite nekaterih insektov.
 Verjetno so “podaljšana, nezavita” verzija mejotičnih kromosomov. Izgledajo puhasti zaradi stotin parnih zank, ki
se vijejo lateralno od glavne osi kromosoma.

6. GREGOR MENDEL – ZAČETKI "URADNE" GENETIKE

Gen je osnovna enota dedovanja in ima svoje mesto na kromosomu – genski lokus. Gen je del DNA, ki se prepiše v
molekulo RNA.

Ključna izhodišča za Mendlove poskuse:

1. Izbira rastline – graha:
a) hitra rast (enoletnica)
b) samoopraševanje, samooploditev – ki pa ga lahko tudi prepreči
c) preprosto navzkrižno opraševanje
d) v vsaki generaciji je veliko število potomcev (semen)
2. Spremljal in analiziral je lastnosti, ki so imele jasno ločeni pojavni obliki / jasno ločene lastnosti
3. Delal je na čistih linijah.

Mendel je bil prvi, ki je dedovanje preučeval z znanstvenimi metodami dela: postavljal je hipoteze in jih preverjal s
poskusi. Te poskuse je skrbno načrtoval glede izbire metode dela, izbire materiala,…
Mendel je križal rastline, ki so se razlikovala v eni ali največ dveh lastnostih. Prav tako je uvedel pojem "čistih linij".
To so sorte graha, ki se iz generacije v generacijo skoraj nič ne spremenijo.

Križanje je lahko:
 Monohibridno križanje = spremljamo dedovanje ene lastnosti, ki jo pri diploidnih organizmih določa par alelov.
Ta par leži na homolognih kromosomih in zaseda enak genski lokus.
1. F1: dobimo s parjenjem živali ali opraševanjem rastlin dveh staršev  vidna lastnost le enega starša in
sicer dominantna lastnost. Imajo pa še prekrito / recesivno lastnost.
2. F2 - po samoopraševanju ali križanju: ponovno pojavi tudi recesivna – fenotipi 3:1.

9
  Dihibridno križanje = križanje organizmov pri katerem spremljamo dedovanje dveh parov alelov, ki določata
dve lastnosti. Para alelov, za lastnosti, ne ležita na istem kromosomu. Gre za nevezano dedovanje lastnosti 
razmerje fenotipov: 9:3:3:1.

Dedovanje monogenskih lastnosti (lastnost je zapisana na enem kromosomskem lokusu):

1. Mendlov zakon: princip neodvisnega razhajanja alelov - alela naključno porazdelita v spolne celice.
2. Mendlov zakon: razporejanje alelov v gamete neodvisno od razporejanja drugih alelov z drugih lokusov –
npr. barva in nagubanost (corssing over).
Veljata le, če so lokusi na različnih kromosomih, oziroma med mejozo lahko pride do prekrižanja kromatid.

Mendel je vpeljal dva nova pristopa k preučevanju dedovanja:

1. načrtovan poskus
2. kvantitativna analiza rezultatov
Mendel je spoznal, da vsak od staršev prenese na svoje potomce ločene, različne elemente = faktorje dednosti, ki so
jih kasneje poimenovali geni. Spoznal je, da ti faktorji ostanejo nespremenjeni, medtem, ko se prenesejo iz ene
generacije v naslednjo. Ti faktorji nastopajo v parih in potomci dobijo po enega od vsakega starša. Odkril je, da je
proces porazdelitve naključen. Lastnost, ki se je izrazila v F1 je imenoval dominantno, drugo pa recesivno.
Najpogostejšo obliko lastnosti, ki se pojavlja v naravnih populacijah imenujemo divji tip (=wild type - w.t.) (+).Vsaka
oblika, različna od w.t., se smatra za mutanto (nagubanost graha).
S poševno črto lahko razlikujemo alele, ki so prisotni v posameznem genotipu. Primer: El+/ElR ali preprosto +/ElR.

Ponovno odkritje Mendlovih zakonitosti dedovanja:

 Boljši mikroskopi  opišejo kromosome
 Sutton: ugotovi, da imajo kromosomi veliko skupnega s skrivnostnimi Mendlovimi dejavniki dednosti. Mendlovi
dejavniki (medtem poimenovani GENI) morajo biti na kromosomih  Sutton-Boverijeva kromosomska
teorija dedovanja.

Thomas Hunt Morgan: zmoti ga na spol vezano dedovanje  kromosomska teorija očitno ne zadošča za razlago
vse v naravi opažene raznolikosti.

Razširitve in modifikacije osnovnih zakonov dedovanja

1)Vpliv spola
Spol vpliva na dedovanje in izražanje genov na različne načine:
Fenotip je določen z: Razlaga:
1 Glej sp.
spolno vezane lastnosti …z geni na spolnih kromosomih.
)
Pojavijo pri obeh spolih, a so pri enem
2 …z geni na avtosomih, ki se recesivne pri drugem pa dominantne (fenotip
spolno pogojene lastn.
) prednostno izrazijo pri 1 spolu. pogojuje spol osebka).
Npr. brada pri nekaterih kozah.
Izražajo samo pri enem spolu, čeprav so geni
prisotni pri obeh spolih (penetranca pri drugem
spolu je 0). Npr:
3 …z geni na avtosomih, ki se izrazijo
spolno omejene lastnosti  Razvoj prsi in nastanek mleka
) samo pri enem spolu.
 Poraščenost obraza, nastanek spermalne
tekoč.
 Rogovje pri jelenjadi
Geni se sicer dedujejo od obeh staršev, a
4 fenotipa potomcev ne določa njihov genotip,
genetic maternal effect …z jedrnim genotipom matere
) ampak genotip matere.
Npr. Alel za desno zvijanje hišice (s+)
Izražanje določenih genov je odvisno od
5 Z geni, katerih izražanje je odvisno od starševskega izvora. Različno izražanje gena,
“genomic imprinting”
) spola staršev, iz katerih izhajajo glede na to ali je bi podedovan od mame ali
očeta. Je ena od oblik epigenetskega dedovanja.
6 citoplazemsko Z citoplazemski geni, ki se običajno
10
 ) dedovanje dedujejo samo od enega starša

a) spolno vezane lastnosti

Thomas Hunt Morgan: prvi opisal na spol vezane lastnosti. Med mušicami v laboratoriju opazil samca z belimi
očmi. Da bi razjasnil dedovanje “belih oči” je izvedel celo vrsto poskusov.

Drosophila melanogaster kot modelni organizem:

 Genom: 3 pari avtosomov + X in Y (2n = 8), 108 bp in 14.000 genov
 Prednosti:
o so majhne
o kratek generacijski čas – 10 dni pri sobni temperaturi
o vsaka samica izleže 400-500 jajčec
o enostavno vzdrževanje kultur v lab.
o majhen genom
o veliki kromosomi
o na razpolago veliko mutant

Čista linija mušic z rdečimi očmi (♀) × čista linija mušic z belimi očmi (♂)  F1 imajo vsi rdeče oči, razen 3 ♂
izmed 1237 potomcev  mutacije?
Ko je križal F1 generacijo med seboj je ugotovil: vse samice F2 imajo rdeče oči ter polovica samcev F2 rdeče,
polovica pa bele oči.
Ti rezultati se ne ujemajo s pričakovanimi, če bi šlo samo za recesivno lastnost  informacija za barvo oči na X
kromosomu, gen za barvo oči pa je samo na X kromosomu. Samci imajo samo en X  samo en alel za barvo oči
 niso ne heterozigotni, ne homozigotni ampak hemizigotni.

Ugotovil je, da imajo osebki z belimi očmi navadno XXY (X:A razmerje je 1 in so torej ženske). S tem, ko je dokazal,
da je pojavljanje redkih fenotipov povezano z dedovanjem določenega(-ih) kromosoma, je potrdil, da so spolno
vezani geni na X-kromosomu in, da je kromosomska teorija dedovanja pravilna.

Na X-kromosom vezana (rdeče-zelena) barvna slepota pri človeku: izpit!

Trije pigmenti absorbirajo svetlobo določene valovne dolžine (modro, rdečo, zeleno). Vsak pigment je zapisan na
svojem lokusu - za zelen in rdeč pigment sta lokusa blizu skupaj na X-kromosomu. Mutacije so običajno recesivne in
zaradi lege genov na X se rdeče-zelena barvna slepota deduje kot X vezana recesivna lastnost.

“Dozacijska kompenzacija – dosage compensation”: mehanizem, ki ureja ekspresijo genov na spolnih kromosomih,
pri samcih in samicah vrst, pri katerih je spol določen s kromosomi XX in XY. Pravi, da je pri sesalcih dosežena
dozacijska kompenzacija z inaktiviranjem enega od X kromosomov (naključno izbranem) v somatskih celicah samic.
Inaktivirani X je *Barrovo telesce ali spolni kromatin. V primerih polisomije X kromosoma so vsi, razen enega,
inaktivirani. Različni mehanizmi pri različnih organizmih.

Z-vezane lastnosti pri sistemu ZZ-ZW: Moški so homogametni spol(ZZ), ženske so heterogametni spol (ZW).
Dedovanje Z-vezanih lastnosti je obratno kakor X-vezanih. Npr. dedovanje rjave obarvanost perja pri pavu. Divji tip
p erja je bleščeče kovinsko moder; rjavo perje pa je rezultat Z-vezanega alela, ki je recesiven glede na divji tip.

2)Letalni aleli
Križanje mišk z rumeno dlako z miškami s sivo dlako  rumena dlaka dominantna, a se je ne more dobiti v
homozigotni čisti liniji. V homozigotih je Y letalni alel.

3)Multipli aleli
= lokus, za katerega je v populaciji na voljo več kot dva alela. Genotip posameznega diploida je še vedno iz samo
dveh alelov!! Dedovanje lastnosti se ne razlikuje od navadnih, pač pa je raznolikost običajno večja. Npr.:
 Barva dlake pri miših
 ABO- sistem krvnih skupin - 4 fenotipi (A, B, AB in 0).

11
4)Poligene lastnosti in interakcije med geni  novi fenotipi
Poligenske lastnosti = lastnosti, ki so določene z več geni (na večjem št. lokusov).
Genski interakciji = učinek genov, ki so na enem lokusu odvisen od prisotnost genov na drugem lokusu. Pogosto
se geni sicer razporejajo neodvisno med seboj (mejoza), a niso neodvisni pri izražanju fenotipa.
Produkti genov na različnih lokusih se kombinirajo  novi fenotipi.
Primer: barva plodov pri papriki.

Interakcije genov z epistazo:

En gen prekriva delovanje drugega gena na drugem lokusu – epistaza. Gen, ki prekriva drugi gen = epistatski
gen, gen čigar efekt je prekrit = hipostatski gen. Epistatski geni so lahko dominantni ali recesivni glede na učinek.
 Dominantna epistaza: Npr. interakcija produktov lokusov, ki vplivajo na barvo buč (rumena, bela, zelena).
 Recesivna epistaza: Npr.:
o barva dlake pri labradorcih: E je epistatski za B in b oziroma alela B in b sta hipostatska glede na e.
 Lokus 1 določi kateri tip pigmenta tvorijo kožne celice: B – črni, b – rjavi
 Lokus 2 pa nalaganje pigmenta v dlako: E – nalaga se lahko temen pigment (črn ali rjav), e –
prepreči nalaganje temnih pigmentov  rumena dlaka
o “Bombay” fenotip, ki prepreči izražanje alelov na ABO-lokusu: hh  sestavine H ni  antigeni ne
morejo pritrditi  lahko si dominanten za A, a če si recesiven (hh) za H, nimaš krvne skupine A.

Kako ugotovimo ali so različne mutacije, ki vplivajo na eno lastnost alelne (na
enakem lokusu) ali ne-alelne?
Komplementacijski test: križanje različnih homozigotnih staršev. Če so potomci w.t.
gre verjetno za nealelne mutacije, če so mutirani, pa verjetno za alelne mutacije.
Torej križamo starše, ki so homozigotni za različne mutacije  dobimo heterozigotne
potomce. Če sta mutaciji alelni imajo heterozigotni potomci samo mutirane alele in
mutiran fenotip. Če pa se mutaciji pojavita v različnih alelih imajo heterozigotni
potomci na vsakem lokusu mutiran in w.t alel in zato w.t fenotip.

5)Odnosi med aleli na istem lokusu

Dominanca je posledica interakcij/odnosov med aleli istovrstnih genov:
1) dominantno- recesivno
2) nepopolna dominanca - pri križanju heterozigotov dobimo razmerje fenotipov: 1:2:1!! V kolikor ima
heterozigot vmesni fenotip = intermediaren fenotip.
3) kodominanca - heterozigot istočasno izraža fenotip obeh homozigotnih staršev. Npr. dedovanje krvnih skupin
AB, cistična fibroza, flekast rdeč in bel cvet...

6)Različna penetranca / ekspresivnost

Penetranca in “izraženost” opisujeta kako se geni izrazijo v fenotipu.
 Penetranca = delež posameznikov določenega genotipa, ki imajo glede na genotip pričakovan fenotip. Penetranca
je popolna, če so vsi genotipi izraženi v fenotipu, v nasprotnem primeru pa govorimo o nepopolni
penetranci. Npr. polidaktilija.

 Ekspresivnost – izražanje = stopnja izražanja neke lastnosti. Pri polidaktiliji so lahko dodatni prsti funkcionalni ali
pa so samo v obliki dodatnih štrcljev. Nepopolna penetranca in variabilno izražanje sta posledici učinka drugih
genov in okolja, ki lahko spremenijo ali popolnoma zavrejo delovanje nekega gena.
Primer:gen kodira nek encim, ki lahko vodi v nek fenotip samo v omejenem T območju. Pri višji ali nižji T encim ne
deluje in ne vpliva na fenotip. Alel, ki kodira tak encim je torej penetranten samo v določenem T območju.
Sama prisotnost gena torej ne jamči njegovega izražanja.

7)Anticipacija
= močnejše ali bolj zgodnje izražanje lastnosti v sledečih si generacijah.
Opazili, da so imeli predniki bolnikov s srednje ali močno izraženo miotonično distrofijo bolj milo obliko te bolezni.
Nastal je koncept anticipacije. Mutacija, ki povzroča miotonično distrofijo je na nestabilni regiji DNA ki se lahko
poveča ali zmanjša med prenosom gena skozi generacije. Povečanje regije v tem primeru povzroči anticipacijo.
12
8)Vpliv okolja
Vsak genotip lahko vodi v nastanek različnih fenotipov pod vplivom okolja v katerem se razvija. Primer:
 Himalajski alel pri ruskem kuncu je odgovoren za temno dlako na nosu, ušesih in “tacah”. Je primer
temperaturno-občutljivega alela. Encim, ki vodi tvorbo pigmenta se namreč inaktivira pri višjih T. Torej, če
vzgajamo kunce pod 25°C imajo obarvano dlako na nosu, ušesih in “tacah”, če pa jih vzgajamo pri višjih T pa
obarvanosti ni.
 Fenilketonurija: dedna bolezen, povezana z metabolizmom fenilalanina. Deduje se avtosomno recesivno.
Homozigoti ne morejo spremeniti fenilalanina v tirozin zaradi pomanjkanja encima fenilalanin hidroksilaze.
Obolenje na možganih lahko preprečujemo s prehrano brez fenilalanina – vpliv okolja.
Območje (razpon) fenotipov, ki se razvijejo iz genotipa v različnih okoljih se imenuje reakcijska norma.

9)Dedovanje kvantitativnih lastnosti

Dedovanje lastnosti, ki imajo zelo veliko fenotipov. Lastnosti, ki imajo samo nekaj razločnih fenotipov =
“nekontinuirane” lastnosti.
Če je možnih fenotipov toliko, da imamo “kontinuirano” razporeditev = “kontinuirane” / kvantitativne lastnosti
(velikost človeka). Takšne lastnosti so pogosto posledica interakcij genov iz večjega števila lokusov.

Če ima en lokus dva alela dobimo tri možne genotipe: AA, Aa,in aa. Če imamo dva lokusa, na vsakem pa dva alela,
dobimo 32=9 genotipov. (Število genotipov za neko lastnost je 3n, kjer je n število lokusov z dvema aleloma).
Primer: če je neka lastnost je določena z 8 lokusi s po dvema aleloma, dobimo 6561 različnih možnih genotipov. Če
ima vsak različen fenotip, dobimo množico med seboj “(malo) različnih” fenotipov. Zdi se, da je lastnost
kontinuirana- neprekinjena.

7. KVANTITATIVNA GENETIKA
Kvalitativne ali nekontinuirane lastnosti = le nekaj točno določenih fenotipov. Mendel
Kontinuirane / kvantitativne lastnosti: lastnosti, ki imajo zelo veliko fenotipov. Višina, količina mleka. So posledica:
1. Udeležbe več genov pri razvoju lastnosti, saj so to poligenske lastnosti - nanje vplivajo geni na več lokusih.
2. Vpliva okoljskih dejavnikov na razvoj lastnosti
Večina kvantitativnih lastnosti je poligenih IN pod vplivom okolja. Takšne lastnosti imenujemo multifaktorialne.

 Različni genotipi imajo lahko enake učinke (fenotipe) = reakcijska norma. Fenotipski učinki različnih
genotipov se lahko prekrivajo, tako, da pogosto težko ugotovimo ali se posamezniki fenotipsko razlikujejo zaradi
genotipov ali vpliva okolja.
 oz. je en fenotip lahko posledica večih genotipov.

Fenokopija = sprememba fenotipa zaradi zunanjih vplivov, ki spominja na genetsko pogojene lastnosti (bolezni).

Pri kvantitativnih lastnostih nas pogosto zanima koliko variabilnosti v fenotipih je posledica različnih genotipov
oziroma vpliva okolja. V ta namen moramo uporabiti statistične metode.

Nekatere lastnosti niso kontinuirane, a jih smatramo za kvantitativne, ker so poligenske in pod vplivom okolja
Principi kvantitativne genetike tako veljajo tudi za večino:
a. merističnih lastnosti (variacije): lastnosti, ki jih lahko štejemo v celih številkah (št. mladičev, št. listov..).
b. lastnosti s pražno vrednostjo = imamo dva fenotipa – neka lastnost je ali je ni. A so posledica delovanja več
genov in okolja. Izražanje lastnosti je odvisno od občutljivost - ko ta preseže nek prag vrednosti se lastnost
izrazi, sicer pa ne. Npr. prisotnost neke bolezni, saj nanjo vpliva veliko genetskih in okoljskih dejavnikov.

Fisher: Dedovanje kvantitativnih lastnosti: skupni učinek številnih genov, ki vsak zase sledi Mendlovim zakonom
dedovanja. Uvede pojem variance - porazdelitev vrednosti okoli aritmetične sredine. Varianca kompleksne lastnosti
je varianca odvisna od genotipa (VG) + varianca odvisna od okolja (VE)

Kako ugotovimo koliko genov je vpletenih pri poligenskih lastnosti?

(1/4)n F2 je podobna vsakemu od homozigotnih staršev iz P.
13
 n = št. lokusov z 2 aleloma, ki vplivajo na lastnost.
Zaradi predpostavk je uporaba te metodologije omejena:
 uporaba homozigotnih starševskih linij
 vsi geni imajo enake, aditivne učinke
 geni se dedujejo nevezano

Lociranje genov, ki vplivajo na kvantitativne lastnosti

 Regije kromosomov, kjer so locirani geni, ki vplivajo na kvantitativne lastnosti so “quantitative trait loci” – QTL
 če je dedovanje nekega genetskega markerja stalno povezano z dedovanjem neke določene lastnosti, mora biti
marker “vezan” na QTL(a)  mapiranje QTL s pomočjo vezanega dedovanja
 ključnega pomena je, da poznamo za različne organizme dovolj markerjev, ki so razpršeni preko celega genoma.
 ko se locira QTL se začne iskati gene, ki vplivajo na kvantitativno lastnost

Asociacijske študije - GWAS - (genome wide association studies): alternativna metoda za iskanje genov, ki vplivajo
na kvantitativne lastnosti. Iskanje povezav med lastnostmi (boleznimi) in gen. markerji v populaciji ali v družinah.
Povezava med prisotnostjo genetskega markerja in lastnostjo nakazuje, da je marker povezan z enim ali več geni, ki
vplivajo na lastnost.

8. ZAPOREDJA V DNA
Človekov genom ~ 3,2 milijardi bp

1) Geni in zaporedja povezana z geni (30%)

a) Kodirajoča zaporedja – manj kot 10%
b) Nekodirajoča zaporedja
 Introni, promotorji, leaders/trails
 Psevdogeni = geni, ki so izgubili svojo osnovno funkcijo zaradi mutacij…
 Fragmenti genov

2) Druga DNA: dokazali s poskusi renaturacije DNA.

a) Zaporedja z 1 ali malo kopijami: kodirajo proteine ali pa je funkcija neznana.
b) Ponavljajoča se zaporedja:
Glede na št. ponovitev:
 Velikokrat ponovljena zaporedja: 150-300bp, lahko ponovijo nekaj 1.000×. Za večino ne poznamo f.
 Zelo velikokrat ponovljena zaporedja: 5% človekovega genoma.

Glede na lokacijo:
 Razpršena zaporedja – ostanki transpozicijskih elem., po celem genomu. (Zelo) velikokrat ponovljena:
 SINE(short interspersed elements) – kratka razpršena večkrat ponovljena zaporedja. Vstavitev v
introne lahko spremeni procesiranje mRNA, saj imajo cepitvena mesta (splice site). Skrajšani na 5
´koncu, verjetno zaradi nepopolne reverzne transkripcije med transpozicijo. Povezani so z 20
genetskimi boleznimi pri človeku. Izvor je gostiteljska DNA.
 LINE(long interspersed elements): daljša (nekaj tisoč bp) zaporedja. Večina okrnjenih na 5´koncu.
Prepišejo se z RNA-polimerazo II in se potem prenašajo po genomu. Izvor so retrotranspozoni.

 Tandemske ponovitve (nerazpršena) – tandemsko / zaporedno ponovljena – ponovitve si sledijo ena za

drugo. So krajša. Predvsem v centromeri in v telomerah.
Satelitska DNA = velikokrat ponovljena tandemska zaporedja DNA. Frekvenca posameznih baz je
drugačna od ostale DNA  po centrifugiranju loči. Glede na dolžino zaporedja in št. ponovitev:
1. mikrosateliti: razpršeni preko celega kromosoma, tudi v evkromatinu. So na točno določenih
lokacijah v genomu
2. minisateliti: lahko 2-nekaj100 na posameznem lokusu, teh pa je lahko nekaj tisoč predvsem v
telomerah. So na točno določenih lokacijah v genomu. Različno število je posledica
rekombinacij ali napak pri podvojevanju DNA.
3. satelitska DNA: lahko 1.000-milijon na posameznem lokusu, teh pa je 1-2 na kromosomu predvsem
v centromeri.
14
 Mikro- in mini-sateliti so pri vseh posameznikih iste vrste na istih lokacijah. Zakaj jih potem uporabljamo v
forenziki? Ker je število ponovitev različno. Razlike med genomi posameznikov v populaciji so polimorfizmi. SNP
so mesta na genomu, ki se med posamezniki razlikujejo.

DNA-fingerprinting: PCR  je mogoče pomnožiti izbrane mikrosatelite, da je dovolj DNA za neposredno analizo z
elektroforezo. Razlika v velikosti PCR-pomnožka pomeni razliko v št. ponovitev zaporedja nukleotidov.

Na izbranem genskem lokusu je moški podedoval dva različna alela preučevanega

mikrosatelita od svojih staršev in je heterozigoten za ta alel. Ženska pa je podedovala
od svojih staršev enaka alela in je homozigotna. Otroci lahko dobijo od očeta alel 3 ali
10 od mame pa samo alel 16. Če je otrok 5/16, to "ni pravi oče", a možno da je, zaradi
kake mutacije.

Najpogosteje preučevane razlike (=polimorfizmi) med genomi posameznikov so:

1. razlike v mikrosatelitih)
2. CNV (copy number variation) struktura = št. kopij delov DNA dolgih od 1000 do milijon bp. Dostikrat
spremembe šele po oploditvi (primer enojajčnih dvojčkov – enako DNA dokler ne naberejo mutacije, epigenetika).
3. Krajše insercije ali delecije
4. polimorfizmi posameznih nukleotidov = SNP (single nucleotide polymorphisms): posamezniki imajo na točno
določeni poziciji v genomu različne nukleotide. SNP lahko odkrivamo z:
 RFLP = restriction fragment lenght polymorphism. Restrikcijski encimi cepijo DNA pri posameznikih na
različno dolge fragmente zaradi prisotnosti / odsotnosti restrikcijskega mesta na istem lokusu. Če je
spremenjen samo en nukleotid (SNP) se lahko spremeni restrikcijsko mesto in encim ga ne spozna več.
Nastale fragmente analiziramo z elektroforezo in po potrebi z naknadno hibridizacijo.
 PCR = pomnoževanje kratkih delov DNA  če je zaporedje SNP spremenjeno se začetni oligonukleotidi ne
vežejo oziroma vežejo z manjšo afiniteto.
 sekvenciranjem = odsek pomnožimo s PCR in ga sekvenciramo. Analiziramo zaporedje in ugotavljamo
pozicijo in vrsto SNP.

9. TRANSPOZICIJSKI ELEMENTI (TN ELEMENTI)

Transpozicija = prenos definiranih fragmentov DNA (transpozonov) znotraj ene ali med različnimi molekulami
DNA, pri tem pa sodelujejo encimi transpozaze. V humanem genomu je skoraj polovica ostankov Tn-elementov.

Homologna/nehomologna rekombinacija
Homologna rekombinacija: prekinitev vezi in ponovna združitev DNA, ki je enaka ali zelo podobna (homologna)
Nehomologna rekombinacija: ni potrebna večja podobnosti. Lahko je posledica naključnega dogodka, prekinitev in
ponovna vzpostavitev vezi. Lahko je tudi del specifičnega mehanizma.

Glavna razreda: zgradba geni transpozicija

Razred I (Class I) Dolge končne direktne ponovitve. Za reverzno transkriptazo Preko RNA-intermediata
(retrotranspozoni) Kratke ponovitve tarčnega zaporedja. (včasih še kak drug)
Razred II (Class II) Kratke končne obrnjene ponovitve, Za transpozazo (in včasih Preko DNA. Je replikativna
Kratka ponovitev tarčnega zaporedja še kak drug) ali nereplikativna

Nekateri so preprosti in imajo le gene, ki jim omogočajo transpozicijo, drugi pa imajo tudi ostale. Večina Tn elementov:

 direktni ponovitvi tarčnega zaporedja na obeh straneh Tn-elementa - se ne prenašajo skupaj z njim. Nastane
zaradi načina vstavitve elementa, saj ob vstavljanju pride do zamaknjenega reza na DNA.

15
  na koncih elementov sta končni obrnjeni komplementarni ponovitvi – IR, ki sta spoznavna zaporedja za
encime, ki omogočajo transpozicijo. IS (inverted repeat) = insercijska sekvenca je IR + gen. Najbolj znan je IS5.

BAKTERIJSKI TRANSPOZICIJSKI ELEMENTI

1) sestavljeni transpozoni = nereplikativna = konzervativna transpozicija (cut and paste) - transpozon se
prestavi in ne podvoji. Nastanejo tako, da dve IS omejita nek gen z desne in leve strani (2×IS + gen)

2) nesestavljeni transpozoni = replikativna transpozicija (copy and paste)  konjugativni transpozoni (so večji,
imajo široko gostiteljsko območje. Kopiji transpozona sta v obeh DNA – donorski in tarčni. V tarčni nastane 5 bp
dolga ponovitev zaradi zamaknjenega razcepa. Število izvodov Tn elementa se podvoji.

1. - transpozaza razcepi eno od verig donorske DNA z zamikom 5bp na obeh koncih transpozona.

2. - 5’ PO4 konca tarčne DNA se povežeta s 3’OH konci transpozona

3.  - rekombinacija in razpad kointegrata

Transpozicijski elementi so pomembni pri nastanku večkratno odpornih bakterij – npr. bakteriofag Mu (="mutatorski")
se vstavlja v gostiteljski genom in se pomnožuje s transpozicijo.

Uporaba transpozicijskih elementov:

 Insercijska mutageneza
 Vstavljanje rezistenc
 Ugotavljanje možnosti in frekvenc prenosa rezistenčnih determinant
 Priprava genskih fuzij

Integroni: se vstavljajo mestno-specifično  zaradi vstavitve ne pride do mutacije. Integron je sestavljen iz:
1. Integraza (tirozinska rekombinaza)
2. Rekombinacijsko mesto na integronu
3. Promotor

TN ELEMENTI PRI EVKARIONTIH

Retrotranspozoni = class I– transpozicijski element se prepiše v RNA nato pa s pomočjo reverzne transkriptaze prevede
nazaj v DNA. Transpozicija torej poteka preko RNA intermediata. Predstavljajo večino Tn elementov evkariontov.

16
Rdeča in “bela” barva grozdja je posledica vstavitve in delecije retrotranspozona, ki prekine sintezo pigmentov
pri belem grozdju.

Večbarvna zrna koruze so posledica mobilnih elementov. Vzrok za nestabilne mutacije je gen, ki se premika. Do
prelomov kromosomov pogosto pride pri genu “dissociation” (Ds), a le ob prisotnosti drugega gena - “activator” (Ac).
Te geni so “controlling elements”, ker uravnavajo izražanje drugih genov. "Controlling elementi" se premikajo.
o genotip cc, brez transpozicije: celice ne izdelujejo pigmenta  belo zrno
o genotip Cc, brez transpozicije: celice tvorijo pigment  vijolično zrno
o genotip Cc + transpozicija: transpozicija inaktivira tvorbo pigmenta  genotip Ctc  belo zrno
o genotip Ctc + transpozicija med razvojem: mozaiki  genotip Ctc/Cc  obarvane pike na
brezbarvnem zrnu, ki so posledica izreza elementa Ds iz genov, ki uravnavajo tvorbo pigmenta

Transpozicijski elementi pri vinski mušici  posledica je hibridna disgeneza = nenaden pojav številnih mutacij in
posledično sterilnost pri potomcih, pri križanju samca z elementeom P (P +) in samico brez elementa P (P-).
Hibridna disgeneza nastane zaradi številnih transpozicij elementa P, če vstopi le-ta v celico, kjer ga ni ( ni represorja).

Transpozicijski elementi v genomu človeka: Najbolj poznani so elementi iz družin:

 SINE (neavtonomna transpozicija; 13% genoma; kratka)
 LINE (avtonomna transpozicija; 21% genoma; dolga), ki so razpršeni po genomu.

10. PCR (VERIŽNA REAKCIJA S POLIMERAZO) – PODVOJEVANJE DNA

1. Denaturacija (95oC, 5minut)
2. Vezava začetnih oligonukleotidov
3. Dograditev komplementarne verige:
Ciklično ponavljanje denaturacije (30s), vezave začetnih
oligonukleotidov in izgradnje verige (20-35×)
4. Zaključno pomnoževanje (74oC): dograditev verig, dodajanje
končnega A pri uporabi Taq-polimeraze

Pri PCR moramo poznati zaporedja, ki mejijo na odsek DNA, ki ga želimo pomnožiti, da lahko “dizajniramo” primerja.
Priprava PCR mešanice: zmešamo DNA, 4 nukleotide v enaki koncentraciji, primerja, pufer za delovanje
polimeraze, polimerazo (Taq, Pfu,...).

11. VRSTE RNA MOLEKUL

RNA prokariontov in evkariontov:
 mRNA-informacijska RNA: prenese navodilo za protein iz DNA na ribosom.
 rRNA-ribosomska RNA: z ribosomskimi proteini tvori ribosom
 tRNA-prenašalna RNA: povezava med mRNA in ak.

RNA prokariontov:
 CRISPR RNA (crRNA): za uničevanje tujih DNA. Podobno evkariontski miRNA oz. siRNA.
Zaporedja, homologna tuji DNA fagov in plazmidov  ko ta vstopi v bakterijo, se majhen del genoma vstavi v
CRISPR in je “spomin” na invazivno DNA. CRISPR se prepiše v eno dolgo CRISPR prekurzorsko RNA, ki jo
cepijo proteini Cas v crRNA  ko v celico ponovno vstopi DNA enakega izvora se crRNA poveže z njo, kar
vodi do cepitve in posledično inaktivacije vstopajoče DNA.
17
RNA samo pri evkariontih:
 pre-mRNA
 snRNA-mala jedrna DNA (small nuclear RNA): poveže s podenotami malih proteinov v male jedrne ribonukleoproteine
(snRNP - small nuclear ribonucleoproteins). Nekatere sodelujejo pri procesiranju pre-mRNA mRNA
 snoRNA-mala nukleolarna RNA (small nucleolar RNA): sodeluje pri procesiranju rRNA
 scRNA-mala citoplazmatska RNA (small cytoplasmic RNA): v citoplazmi. Funkcija pogosto neznana.
 miRNA-mikro RNA: številne v citoplazmi. Inhibicija translacije mRNA
 siRNA-mala interferenčna RNA (small interfering RNA): sodelujejo pri razgradnji RNA.
 piRNA-s Piwi proteini povezana RNA (Piwi–interacting RNA): verjetno sodeluje pri uravnavi gametogeneze.
 lncRNA- dolge nekodirajoče RNA: funkcija sorazmerno nepoznana. Verjetno pomembne pri izražanju genov.

12. TRANSKRIPCIJA - PREPIS DELA MOLEKULE DNA V RNA

Transkripton so vse prepisane molekule (RNA) iz genoma.
Transkripcija je prepis iz DNA, ko je to potrebno, in se izrazi v proteine (ki katalizirajo procese). Transkripcija je
lahko v mRNA ali v druge RNA.

Pretok informacij DNA – RNA – protein

 Glavna informacijska pot:
o podvojevanje DNA (iz ene DNA na drugo) 
o transkripcija (iz DNA na RNA) 
o translacija (iz RNA na protein)

 Posebna informacijska pot:

o podvojevanje RNA 
o reverzna transkripcija (iz RNA na cDNA – complementary DNA) – encim reverzna transkriptaza

Matrična in kodirajoča veriga DNA – izredno pomembno!

Sinteza RNA poteka glede na matrično verigo.

Transkripcijska enota je del DNA, ki se prepiše v RNA in zaporedja, ki so potrebna za prepis.

TRANSKRIPCIJA PRI BAKTERIJAH

Skupna “consensus” zaporedja v bakterijskih promotorjih: RNA polimeraza je enotna, zato imajo vsi zapisi enako
promotorsko mesto = skupno "konsensus" zaporedje. A potem bi se vedno prepisovali vsi geni  specifično
prepisovanje omogoča sigma faktor (spozna promotorje z določenim skupnim zaporedjem). Faktor sigma (σ -faktor):
Ob vezavi polimeraze na sigma-faktor nastane holoencim, ki prepozna promotorje, ki so potrebni v danem trenutku.
Tako ve, kdaj se mora prepisati kateri gen. Vsak sigma-faktor spozna in pomaga pri vezavi RNA-polimeraze na izbrano
skupino promotorjev.

Prokariontska RNA-polimeraza je tarča za pomembno skupino antibiotikov – rifamicine, ki se povežejo z bakterijsko

polimerazo in preprečijo povezavo s promotorjem.

Shema transkripcije pri bakterijah

1. ZAČETEK / INICIACIJA:
 Sigma faktor se poveže z osrednjim delom RNA polimeraze  tvori holoencim.
 Holoencim se veže na -35 in -10 skupno konsenzusno zaporedje na promotorju
 Holoencim začne odvijati dsDNA in nastane transkripcijski mehurček
 Prvi nukleotid v nastajajoči verigi RNA je nukleozid tri fosfat
 Ko RNA polimeraza preide promotor se sigma-faktor navadno odcepi.

2. ELONGACIJA

3. ZAKLJUČEK / TERMINACIJA:
18
 a) TERMINACIJA, KI NI ODVISNA O PROTEINA RHO (FAKTOR)  intrinzični terminator.
Terminator se prepiše v RNA, nato se prepis ustavi, saj:
1. nekaj zaporednih uracilov  upočasni RNA-polimerazo
2. obrnjeni ponovitvi tvorita zanko  zanka sprosti polimerazo

b) TERMINACIJA, KI JE ODVISNA O PROTEINA RHO (FAKTOR)  intrinzični terminator.

o Je pogost, ko ni sočasne translacije.
o Rho faktor je helikaza, torej razpre verigi. Gre po RNA, ki zato ne sme
imeti sekundarnih struktur.
o Ko pride RNA-polimeraza do terminatorja, se ustavi in Rho jo ujame. S
pomočjo svoje helikazne aktivnosti Rho odvije hibrid RNA-DNA in s tem
konča prepisovanje.

TRANSKRIPCIJA PRI EVKARIONTIH

Mehanizmi končanja prepisovanja z evkariontskimi RNA- polimerazami so različni:
1. RNA-polimeraza I: potrebuje terminacijski faktor podoben faktorju rho.
2. DNA polimeraza II: Prepisovanje z RNA-polimerazo se konča, ko le-ta prepiše terminatorsko zaporedje
(zaporedni A-nukleotidi, da je v prepisani RNA zaporedje uracilov). Pred temi uracili so sekundarne strukture.

Bakterije imajo gene, ki sintetizirajo produkte za isti namen, v skupnem operonu (npr. lac-operon), pri evkariontih pa
jih ni. Vsak gen je pod svojo regulacijo. "Zastavice" na genih so cenzusna zaporedja, ki imajo enak odzivni element.

Začetek transkripcije z evkariontsko polimerazo II: podobno kot pri sigma-faktorju pri bakterijah, a se sestavi na
osrednjem delu promotorja. Nato se na regulatorni del vežejo regulatorni proteini, ki porinejo DNA da se začne
transkripcija. Začetek prepisovanja je uravnan s transkripcijskimi faktorji in aktivatorskimi proteini. RNA
polimeraza se ne veže na consenzuz zaporedja, temveč preko splošnih transkripcijskih faktorjev.

 Splošni transkripcijski faktor se veže na TATA-zaporedje osrednjega dela promotorja.

 Ostali transkripcijski faktorji in polimeraza II se vežejo na osrednji del promotorja
 Transkripcijski faktorji se vežejo na ojačevalna zaporedja
 DNA se izzanka, da proteini, ki so povezani z ojačevalnim zaporedjem pridejo v stik z osnovnim transkripcijskim
aparatom.
 Transkripcijski aktivator se poveže z zaporedji v regulatornem promotorju in se poveže z osnovnim
transkripcijskim aparatom preko mediatorja.

Evkariontske RNA-polimeraze (teh je več, v primerjavi z prokarionti), ki se nahajajo pri vseh evkarintih:
Polimeraza Prepisuje:
RNA-polimeraza I Velike rRNA
RNA-polimeraza II Pre-RNA, nekatere snRNA, snoRNA, mikroRNA
RNA-polimeraza III tRNA, male rRNA, nekatere snRNA, mikroRNA
RNA-polimeraza IV in V sta le pri rastlinah…

13. PROCESIRANJE RNA

INTRONI
Koncept ko-linearnosti predvideva, da ima mRNA enako zaporedje kot DNA. Da to ne velja za evkariontske gene
so ugotovili s pomočjo hibridizacij DNA in mRNA  naredijo zanke. Pri prepisovanju odstranijo vedno isti deli (=
nekodirajoči introni) in da se deli, ki ostanejo povežejo in prevedejo na ribosomih (=kodirajoči eksoni). Proces
izrezovanja intronov je lahko točka za uravnavanje izražanja genov in mesto nastanka nekaterih mutacij.

Pomembnejše skupine intronov:

1) Skupina I: v različnih organizmih. Je samoizrezujoč (samoizrezujoči introni), torej se lahko sami izrežejo iz RNA.
2) Skupina II: v mt in cp genih. Je samoizrezujoč.
3) tRNA introni: nahaja se v tRNA. Izrezujejo se encimatsko.
4) Introni v pre-mRNA: v jedrnih genih. Izrezovanje jedrnih intronov poteka v jedru celice v 2 stopnjah:
19
  cepitev pre-mRNA na 5´izrezovalnem mestu “splice site”  da se 5’ konec introna pritrdi na mesto razvejitve.
 cepitev RNA na 3´izrezovalnem mestu in povezovanje 3’ konca eksona 1 s 5’ koncem eksona 2. Intron se
sprosti v obliki “povodca”, čemur sledi linearizacija in razgradnja introna. Izrezuje se s pomočjo spliceosoma =
izrezovalno povezovalni kompleks.

Introni – kompleksnost organizma

Večja količina DNA ne sovpada s kompleksnostjo organizma (paradoks C-vrednosti). Sovpada pa s številom intronov
v genomu (manj intronov = manj kompleksno). Število intronov se razlikuje med vrstami in osebki.

POSTRANSKRIPCIJSKA MODIFIKACIJA EVKARIONTSKE PRE-MRNA

 dodajanje 5’ kape - imajo jo samo mRNA, ki jih prepiše RNA-polimeraza II. Za:
 začetek translacije
 stabilnost mRNA
 izrezovanje intronov

 cepitev na 3’ koncu in dodajanje poli(A) repa - z RNA polimerazo II “preveč“ prepisano zaporedje se odcepi in
doda poli(A) rep (=adenin-nukleotidi). Za:
 stabilnost mRNA
 pritrditev ribosoma na mRNA
Da ugotovim, kateri geni se prepišejo (=transkripton) izoliramo in sekvenciramo mRNA. Kako pa bomo ločili
DNA in mRNA? Poli-T-repi, ki se vežejo na poli-A-rep. Torej mRNA polovimo z poli-T-repi, ostalo (DNA) pa
gre skozi membrano  dobimo čisto mRNA.

 izrezovanje intronov, spajanje eksonov - za izrezovanje intronov so potrebna skupna "konsenzusna" zaporedja.

 urejanje mRNA (RNA editing): "preedited" mRNA se poveže z "guide" mRNA, ki je matrica za dodajanje,
odstranjevanje ali spremembo baze. Po tem se sprosti "zrela" mRNA

ALTERNATIVNO PROCESIRANJE:
 alternativno izrezovanje intronov in eksonov: pride do izrezovanja intronov in sicer: lahko se npr. izrežejo samo
introni, ali pa še kak ekson  dobimo različne mRNA.

 uporaba različnih 3’ cepitvenih mest: cepitev lahko poteče na prvem mestu (site 1) na 3' koncu ali pa na drugem
mestu (site 2) na 3' koncu. Po RNA izrezovanju in povezovanju dobimo mRNA različnih dolžin.

Ko je končano izrezovanje intronov in zlepljanje eksonov se doda skupina proteinov = exon-junction complex (EJC),
ki sodeluje pri prenosu mRNA v citoplazmo  v jedru poteka procesiranje pre-mRNA na istih mestih kot
transkripcija. Morda sta procesa celo povezana.

tRNA in rRNA se tudi procesirajo / modificirajo:

 RNA = prenašalna RNA:
o Vsaka tRNA lahko pripne samo eno vrsto aminokislin
o Za tRNA so značilne redke, modificirane baze. Kemijska sprememba baz poteče po transkripciji -
cepitev, izrezovanje, dodajanje in modifikacijo baz.
o Nekaj tRNA genov običajno prepiše skupaj na 1 prekurzorski tRNA, ki se razcepi na posamezne tRNA

 rRNA = ribosomska RNA:

o Pri bakterijah so geni za rRNA razpršeni, pri evkariontih pa so v skupkih, eden za drugim.
o Vse tri bakterijske rRNA (5S, 16S, 23S) so zapisane z enim genom. Pri evkariontih 2 vrsti rRNA genov:
 velikega, ki zapisuje 18S rRNA in 28S rRNA
 majhnega z zapisom za 5S rRNA
20
 o Procesira: Pri cepitvi in modifikaciji ter vključevanju rRNA v ribosom sodelujejo snoRNA, ki se
povežejo s proteini v snoRNP-e.

14. OD GENA DO PROTEINA

RNA, DNA
1. Kako so ugotovili molekularno povezavo med genotipom in fenotipom
Garrod preučuje bolezen, pri kateri so imeli bolniki urin, ki je na zraku počrnel  črn seč novorojenčkov, ki še
nimajo bakterij v prebavilih pomeni, da neznano snov izdeluje telo samo. Ugotovi, da je ta bolezen prirojena napaka v
presnovi  prvi izpostavi povezavo med genom in njegovim fiziološkim učinkom. Predlaga, da geni kodirajo
encime.

Beadle in Tatum sta spremljala biokemijske posledice mutacij tropske plesni Neurospore.
 Divji tip raste na minimalnemu gojišču  sama sintetizira ostale potrebne snovi = prototrof.
 Mutacije  gliva izgubi sposobnost sinteze ene ali več snovi  ne rastejo več na minimalnemu gojišču = avksotrof.
obsevanje, hranilno gojišče, minimalno gojišče, avksotrofne mutante na minimalno gojišče z dodano ak.
Vedela sta, da pri sintezi snovi sodelujejo encimi, zato sta domnevala, da vsaka mutacija vpliva na posamezen encim
in ga bodisi povsem izloči ali tako spremeni, da postane neučinkovit. In ker mutacije potekajo v genih, so torej geni
tisti, ki proizvajajo encime.
 hipoteza en gen - en encim: vsak posamezen gen kodira posamezen encim.
Ugotovili, da so neki proteini iz več kakor ene polipeptidne verige (ločeni geni)  en gen - ena polipeptidna veriga.

Srb in Horowitz sta uporabila to metodo pri razčlenitvi večstopenjske biokemijske

poti sinteze arginina. Izolirala sta veliko mutant, ki so potrebovale za rast arginin.
Nato pa sta testirala rast teh mutant na minimalnemu gojišču z dodanim ornitinom,
citrulinom in argininom. Sklepala sta, da ima BK reakcija, ki vodi do tvorbe arginina
vsaj 3 stopnje: prekurzorornitincitrulinarginin. Vsak gen ima informacijo za
en protein – encim.

Yanofsky dokaže linearno odvisnost med zaporedjem DNA in ak. zaporedjem proteina. Raziskoval je relacijo
med spremenjenim genom in spremenjenim proteinom. Model je bil gen za triptofansko sintetazo in ta encim. Z
mapiranjem mutant je dokazal, da vsaka od mutacij pomeni zamenjavo ak. na različnih mestih v proteinu.
Dokaže, da je vrstni red mutiranih mest na genski mapi enak vrstnemu redu zamenjanih ak. v polipeptidni verigi.

2. Kako se informacija iz DNA prevede v beljakovino (=niz ak)

Koliko nukleotidov je potrebno za zapis ene aminokisline?
Osnovna enota genetskega koda (niz baz, ki kodira 1ak.) se imenuje KODON. Genetski kod:
 iz tripletov- je iz 3 nukleotidov  64 možnih kodonov  več kot dovolj za 20 aminokislin.
 ni prekrivajoč - posamezni nukleotidi iz 1 kodona niso sestavni del drugega kodona.
 zaporedje začne brati z določene štartne točke
 je degeneriran - genetski kod več info., kot potrebno  eno ak. lahko določa več kot 1 kodon
 je univerzalen - vsak kodon določa enako ak. v vseh organizmih. Našli nekaj izjem.

Na katerih kodonih so zapisane posamezne aminokisline?

1. KORAK: umetna RNA z homopolimeri
Vzeli so polinukleotidno fosforilazo, ki ne potrebuje matrice in pripravijo umetno RNA.
 Prve umetne RNA so bili homopolimeri iz ene vrste nukleotidov npr. uracilov poli(U) RNA
 Umetno RNA v 20 epruvet s sestavinami za translacijo in vsemi 20 ak (v vsaki epruveti 1 radioaktivno označena)
 Le v epruveti z radioaktivnim fenilalaninom nastal radioaktivno označen protein (po filtriranju ostane oborjen
protein na filtru, preverimo, če je radioaktiven)  kodon UUU pomeni info. za fenilalanin.
Podobno za CCC: prolin in AAA: lizin.

2. KORAK: umetna RNA z 2 ali 3 različnimi bazami

21
Nov postopek: na ribosom vezali kratke mRNA, pomešali s tRNA in aminokislinami  filtrirali  mRNA se veže na
ribosom, ki se poveže z antikodonom na tRNA. tRNA, ki so se povezale z mRNA na ribosomu so ostale na filtru. Če
je bila dodana mRNA z zaporedjem GUU so bile tRNA na filtru povezane z valinom  GUU torej kodira valin.

Poliribosomi = mRNA, na kateri je hkrati več ribosomov. (mRNA naenkrat prevaja več ribosomov)

ZGRADBA RIBOSOMA
Vloga proteinov: strukturna, vloga rRNA: funkcionalna.
Funkcionalen ribosom je iz 2 podenot: velike podenote in male podenote.
Velikost ribosomov je podana v Svedbergih (S) (se ne seštevajo, ker na sedimentacijo vpliva masa in 3-D struktura)
Nekatere skupine AB specifično onesposobijo translacijo, saj se vežejo na ribosome ali pa na rRNA.
Tipična bakterija (E. coli):
 30S podenota: 21 proteinov, 1× rRNA (16S)
 50S podenota: 34 proteinov, 2× rRNA (23S in 5S)
Vsi 3 rRNA-geni prepišejo kot 1 dolga mol, ki potem cepi in modificira, da nastanejo vse 3 rRNA  razmerje 1:1:1.

Poglavitna razlika med translacijo pri evkariontih in prokariontih je lokacija tega dogodka:
 pri prokariontih: takoj po transkripciji na isti lokaciji
 pri evkariontih: vezana na citoplazmo.

 tRNA veže le določeno ak. in jo pripeljejo do ribosoma. Nekatere ak. prenaša več kot ena tRNA  različne
tRNA, ki prenašajo enake ak, a imajo različne antikodone imenujemo “isoaccepting tRNAs”.
 tRNA veže več kot en kodon na mRNA = hipoteza “wobble” baze: na tretjem mestu kodona lahko pride do
nespecifičnega parjenja baz z antikodonom. Torej je povezava na tretji poziciji bolj "ohlapna".
 Nekatere kodone lahko prebere več tRNA.

Čitalni okvirji in iniciacijski (začetni) kodon:

Za zaporedje nukleotidov imamo tri načine, kako lahko zaporedje preberemo v skupinah treh nukleotidov. Vsak drugačen
način čitanja je posamezni odprt bralni (čitalni) okvir. Kako torej translacijski aparat spozna pravi čitalni okvir?
 Iniciacijski - začetni kodon (AUG) = prvi kodon v mRNA, ki določi aminokislino
o V bakterijah začetni AUG kodira N-formilmetionin
o V evcitah začetni AUG kodira neformiliran metionin
 Terminacijski kodoni = STOP kodoni = nonsense kodoni: kodoni UAA, UAG in UGA ne kodirajo nobene ak.

TRANSLACIJA
Ribosom se pripne blizu 5´mesta na mRNA in se pomika proti 3´koncu ob sprotnem prevajanju kodonov. 4 koraki:
1. tRNA “charging”: vključuje vezavo aminokisline na tRNA
2. iniciacija: komponente, potrebne za translacijo, zberejo na ribosomu
3. elongacija, kjer se povežejo aminokisline v rastočo polipeptidno verigo. Naprej se pomika ribosom in ne mRNA
4. terminacija: proteinska sinteza ustavi na terminacijskem kodonu, komponente translacije sprostijo iz ribosoma.

1) tRNA “charging” = Vezava aminokislin na tRNA

Vse tRNA imajo na svojem 3´ koncu zaporedje ACC, kamor se vežejo ak. Specifičnost omogoča skupina
encimov aminoacil-tRNA sintetaze (prepoznajo ak. in tRNA). Celica ima 20 različnih aminoacil-tRNA sintetaz,
po eno za vsako aminokislino. Vsaka sintetaza spozna določeno ak. in vse tRNA, ki sprejemajo to ak. Dve stopnji:
o Spoznavanje prave ak. s strani sintetaze temelji na:
o Spoznavanje prave tRNA s strani sintetaza pa temelji na osnovi različnega nk. zaporedja tRNA.
Pritrditev ak. na tRNA (tRNA charging) poteka s pomočjo E ATP.
Aminoacilirano-tRNA označimo tako, da napišemo tričrkovno okrajšavo za aminokislino pred tRNA: npr. alanin
(Ala) se pritrdi na svojo tRNAAla  nastane aminoacil- tRNA Ala-tRNAAla
Napake pri pripenjanju ak. na tRNA so redke, saj imajo sintetaze proofreading aktivnost.

2) Iniciacija
 Zberejo se vse komponente, ki so potrebne za proteinsko sintezo:
22
 a. mRNA
b. mala in velika podenota ribosoma
c. trije iniciacijski faktorji (IF, "začetni dejavniki")
d. začetna tRNA (fMet-tRNAfMet)
e. GTP
 Začetek translacije obsega tri glavne stopnje:
1. mRNA + mala podenota ribosoma,
2. tRNA + mRNA (z interakcijo kodon-antikodon),
3. velika podenota se pridruži začetnemu kompleksu.
 IF3 + mala podenota ribosoma  da mala in velika podenota nista povezani, ker se potem mRNA ne veže.
 IF-2 + GTP + "nabita" tRNA z začetnim kodonom (fMet-tRNAfMet).
 ta kompleks + iniciacijski kodon + IF-1  30S iniciacijski kompleks.
 IF odcepijo
 Pridruži se velika podenota  70S iniciacijski kompleks

Iniciacija pri evkariontih:

 Pomembna sta:
o 5´kapa: začetni kompleks (mala podenota + IF + začetna tRNA) , se poveže z 5' kapo.
o 3´poli(A) rep - proteini, ki se vežejo na poli(A) rep so v interakciji s proteini, ki se vežejo na 5´kapo
ter tako pospešijo vezavo male podenote ribosoma na mRNA.
 Poleg tega je pri evkariontski transkripciji potrebnih več (vsaj 7) začetnih dejavnikov

3) Elongacija
Pri elongaciji se povezujejo aminokisline in tvori se peptid. Za elongacijo je potrebno:
a. 70S začetni kompleks
b. “nabite” tRNA
c. elongacijski faktorji
d. GTP
Ribosom ima tri mesta, na katera se lahko vežejo tRNA:
o A-mesto (aminoacilno mesto) - mesto, kamor se veže naslednja tRNA
o P-mesto (peptidilno mesto) – mesto, kjer se dogodi peptidna vez med obema ak.
o E-mesto ("exit" / izhodno) – mesto, od koder se sprosti nenabita tRNA
Elongacija poteka v treh korakih:
1. KORAK: “nabita” tRNA se veže na mesto A. Vezava poteče ko se elongacijski faktor poveže z GTP-jem in
“nabito” tRNA, da dobimo trodelni kompleks. Ta kompleks vstopi na A mesto ribosoma, kjer se antikodon na
tRNA poveže s kodonom na mRNA. Potem ko je “nabita” tRNA na mestu A ribosoma, se GTP cepi v GDP in
kompleks EF-Tu-GDP se sprosti.
2. KORAK: tvorba peptidne vezi med aminokislinami, ki so pritrjene na rRNA na mestu P in A. Peptidna vez
sprosti aminokislino iz tRNA na mestu P.
3. KORAK: translokacija = premik ribosoma vzdolž mRNA v smeri 5´proti 3´. Ta korak postavi ribosom nad
naslednji kodon. Za to je potreben elongacijski faktor G (EF-G) in hidroliza GTP v GDP. Ker sta tRNA na
mestu P in A še vedno pritrjeni na mRNA zaradi povezave kodon-antikodon, se ne pomakneta z ribosomom.
Posledično se tRNA, ki je prej zasedala mesto P sedaj premakne na mesto E, od tam pa v citoplazmo, kjer se
ponovno poveže z aminokislino. tRNA, ki pa je bila na mestu A se premakne na mesto P, tako da se sprosti
mesto A, ki je tako pripravljeno sprejeti tRNA, ki jo določa naslednji kodon. Med sintezo ostane polipeptidna
veriga pritrjena na tRNA na mestu P. Pri evkariontih je mehanizem elongacije podoben.

4) Terminacija
Proteinska sinteza se zaključi, ko se ribosom premakne na terminacijski kodon. Ker ni tRNA, ki bi imela
antikodon komplementaren terminacijskemu kodonu se na mesto A ribosoma ne veže nobena tRNA. Namesto
tega se “release factors” (sprostitveni dejavniki”) vežejo na ribosom (bakt. imajo 3 take faktorje, evkarionti pa 2).

MEHANIZMI ZA “NADZOR MRNA”

Odkrivanje in odstranjevanje napak v mRNA v povezavi s translacijo:
1. Predčasni stop kodoni - nonsense kodoni: razgradnja mRNA
23
 sense kodon se spremeni v nonsense  predčasen zaključek translacije  okrnjen in pogosto nefunkcionalen
protein. Mehanizem: nonsense-mediated mRNA decay (NMD): hitro odstranjevanje mRNA s predčasnimi
terminacijskimi kodoni, ki jih prvi ribosom ne odstrani, ker je „naletel“ na predčasni terminacijski kodon se
povežejo z encimi, ki razgradijo mRNA.

2. Ustavljeni ribosomi: Občasno se ribosom ustavi na mRNA pred terminacijo  ribosom pride do konca mRNA,
ker ni bilo STOP kodona “obtiči” na mRNA  ribosomi se ne reciklirajo (pomanjkanje ribosomov)  rešitev s
transfer-messenger RNA (tmRNA), ki ima značilnosti molekul mRNA in tRNA  poveže 10 aminokislin,
potem pa terminacijski kodon. 10 dodanih aminokislin označuje “nenormalni” protein za razgradnjo.

3. Nonstop mRNA decay: če mRNA pri evkariontih nima STOP kodonov  mehanizem “nonstop mRNA decay”
 če na mestu A v ribosomu ni kodona, se z njim poveže poseben protein, ki mobilizira druge proteine, ki
razgradijo mRNA s 3’ konca

“SIGNALNA HIPOTEZA”
Nekateri proteini se vstavijo v membrano ali se izločijo iz celice. Ti proteini imajo hidrofobni signalni peptid na
aminoterminalnem koncu, ki se poveže s t.i. faktorjem, ki prepozna signal (SRP - signal recognition particle).
Tak ribosom potuje k ER kjer se poveže s t.i umestitvenim proteinom. Translacija se nadaljuje, protein pa prehaja v
notranjost ER. Tu encim signalna peptidaza odcepi signalni peptid.

POSTTRANSLACIJSKE MODIFIKACIJE PROTEINOV

 Odstranitev formilne skupine ali formil-metionina
 “Cepitev in krajšanje” proteinov
 Pripenjanje ogljikovih hidratov
 Fosforilacija, acetilacija (pogosto na amino koncu proteinov pri evkariontih) in metilacija nekaterih ak.
 Struktura proteinov spontano, molekularni šaperoni
 Odstranitev 15 do 30 aminokislin signalnega zaporedja z amino konca proteinov

15. REGULACIJA IZRAŽANJA GENOV PRI PROKARIONTIH

Uravnavanje izražanja genov poteka na vseh ravneh od strukture DNA do posttranslacijskih modifikacij.
 Strukturni geni: zapisi za proteine, ki sodelujejo pri metabolizmu oz. so pomembni za zgradbo celice.
 Regulatorni geni: zapisi za RNA in proteine, ki se povežejo z določenimi zaporedji na DNA/RNA in vplivajo na
izražanje genov. Regulatorni protein je navadno alosteričen (=vezan spremeni obliko), da se lahko veže na
operator in s tem fizično prepreči transkripcijo, saj RNA polimeraza ne more obdajati verige. Regulatorni
elementi: zaporedja na DNA, ki se ne prepisujejo, pa vendar vplivajo na ekspresijo genov. Z njimi se povežejo
produkti regulatornih genov.

Čebele imajo vse enak genom, a imajo drugo genetsko ekspresijo  spremenjen fenotip pri maticah in ostalih.
Nikoli se ne prepisuje vseh genov naenkrat, torej so nekateri utišani. Življenjsko pomembni geni pa so stalno izraženi
- stalna = konstitutivna ekspresija.

Regulacija na nivoju transkripcije – pozitivna in negativna

 Z regulatornimi molekulami stimuliramo izražanje genov = pozitivna uravnava / kontrola - bolj pogosta pri
evkariontih (regulatorni protein je aktivator, ki z vezavo na DNA spodbudi transkripcijo).
 Z regulatornimi molekulami inhibiramo izražanje genov = negativna uravnava / kontrola - bolj pogosta pri
bakterijah (regulatorni protein je represor, ki z vezavo na DNA inhibira transkripcijo).

V bakterijskih celicah so geni pogosto združeni v transkripcijske enote- operone. Gre za skupino bakterijskih
strukturnih genov, ki se prepišejo skupaj in pripadajoče zaporedje promotorja in drugih zaporedij, ki uravnavajo
prepisovanje. Regulatorni gen, ki ni del operona ima lastno regulatorno regijo.

Negativna regulacija - poteka z represorji Pozitivna regulacija - poteka z aktivatorji

Inducibilno Npr. lac operon – induktor je alolaktoza. Npr. lac operon – induktor je glukoza.
(OFFON)  INDUKTORJA NI: prevede se aktivni represor
24
 (regulatorni protein)  veže se na operator gena
 ni transkripcije.
 INDUKTOR JE: prevede se aktivni represor 
z njim se poveže induktor (substrat)  zaradi
alosterične spremembe represorja se represor ne
more vezati na operator  transkripcija je.
Npr. triptofanski operon:
 PRODUKTA NI: prevede se neaktivni represor
 ne veže na operator  transkripcija je.
Represibilno
PRODUKT JE: prevede se neaktivni represor 
(ONOFF)
nanj se veže produkt  represor postane aktiven
in se lahko poveže z operatorjem  prepreči
transkripcijo.
 prevede ne neaktiven aktivator  ne veže se na gen
 zavre delovanje RNA polimeraze  ni
transkripcije.
 induktor (substrat) se poveže z aktivatorjem in zaradi
vezave substrata postane aktivator aktiven.
 prevede se aktiven aktivator  veže se na gen 
transkripcija je.
 produkt se veže z aktivatorjem  zaradi vezave
produkta postane aktivator neaktiven  ni
transkripcije.

NEGATIVNA INDUCIBILNA URAVNAVA

Lac-operon:

Pri lac-operonu se zaporedje operatorja prekriva s 3´koncem promotorja in 5´koncem prvega strukturnega gena

 NI LAKTOZE (induktor): iz "represorske regije" se izrazi represor  represor se veže na operator  blokira
transkripcijo.
 JE LAKTOZA (induktor): iz "represorske regije" se izrazi represor  nanj se veže alolaktoza (nekaj laktoze se
spremeni v alolaktozo)  zaradi alosterične spremembe represorja se represor ne more vezati na operator 
transkripcija je  nastanejo encimi, ki laktozo razgradijo do glukoze in galaktoze.

NEGATIVNA REPRESIBILNA URAVNAVA

Triptofanski operon:
 NI TRIPTOFANA (produkt): prepiše se neaktiven represor, ki se ne veže na operator  operon ni blokiran 
transkripcija  nastanejo encimi za sintezo triptofana
 JE TRIPTOFAN (produkt): prepiše se neaktiven represor, na katerega se veže triptofan  represor je aktiven  veže
se na operator in blokira operon.

POZITIVNA URAVNAVA
Lac operon: ni reguliran samo s prisotnostjo laktoze ampak tudi glukoze  pozitivna uravnava in katabolna represija.
 NI GLUKOZE  cAMP je: ni glukoze  deluje adenil-ciklaza  količina cAMP se povečuje  cAMP se poveže z
CRP (cyclic AMP receptor protein) in s tem povzroči alosterično spremembo  CRP-cAMP kompleks se veže na
CRP-vezavno mesto na promotorski regiji  vezava RNA polimeraze na promotorsko regijo  transkripcija.
 JE GLUKOZA  ni cAMP: glukoza je, zato se nivo cAMP zniža  če je CRP sam se ne veže učinkovito na
promotorsko regijo  RNA-polimeraza se redko veže  ni transkripcije genov Lac-operona.

Regulacija na nivoju transkripcije - uravnavanje izražanja z atenuacijo (predčasno končanje)

Atenuacija: možna, ker transkripciji pri bakterijah takoj sledi translacija!!
Npr. triptofanski operon:

25
 TRIPTOFANA NI: polimeraza DNA začne prepisovanje DNA, prepiše se regija 1 zaporedja 5´UTR. Medtem, ko se
prepisuje regija 2 se na ribosomu prevede regija 1. Ker je triptofana malo se ribosom ustavi na zaporednih
ponovitvah kodona za triptofan v regiji 1. Ker se je ribosom ustavil, ne prekriva regije 2  ko se prepiše regija 3, se
mRNA regije 3 poveže z mRNA regije 2  ko se prepiše regija 4 se ne more povezati z regijo 3, ker se je ta že
povezala z regijo 2  ne nastane atenuator in transkripcija se nadaljuje.

 TRIPTOFAN JE: ni smiselno, da se triptofan še sintetizira. Polimeraza RNA začne prepis regije 1 zaporedja 5
´UTR. Medtem, ko se prepisuje regija 2 se na ribosomu prevaja regija 1. Polimeraza RNA prepiše regijo 3. Ker je
triptofana dovolj (tRNA), se ribosom ne ustavlja na Trp kodonih  ker ribosom prekriva del regije 2 (se za nekaj
časa ustavi, zaradi STOP-kodona), se slednja ne more povezati z regijo 3  prepiše se regija 4, ki se poveže z
regijo 3 in tvori atenuator (transkripcijski terminator), ki ustavi transkripcijo.

Sekundarni strukturi 1+2 in 3+4: atenuacija (terminacija transkripcije)

Sekundarni strukturi 2+3: antiterminacija.

Molekule RNA lahko uravnavajo izražanje nekaterih bakterijskih genov

Protismerna /antisense RNA lahko uravnava translacijo mRNA (npr. blokira vezavo na ribosom).

RNA- stikala (=riboswitches) = zaporedja v mRNA (regulatorni elementi), ki vplivajo na izražanje genov.
Na njih se lahko vežejo različne molekule in s tem vplivajo na tvorbo 2° struktur in posledično na izražanje genov.
 REGULATOREN PROTEIN JE: se veže na RNA stikalo, stabilizira sekundarno strukturo, ki zakrije mesto
vezave na ribosom  ni translacije mRNA.
 REGULATORNEGA PROTEINA NI: RNA stikalo zavzame sekundarno strukturo, ki omogoči dostop do ribosom
mesta na mRNA  translacija steče.

16. REGULACIJA IZRAŽANJA GENOV PRI EVKARIONTIH

Evkariontski geni niso organizirani v operone. Transkripcija in translacija sta pri njih časovno in prostorsko ločena.
Uravnava izražanja lahko poteče kjerkoli “na poti” od genotipa do fenotipa.

1. regulacija na nivoju transkripcije

Uravnava z vezavo proteinov na regulatorne elemente
Začetek transkripcije: osnovni transkripcijski faktorji in RNA-polimeraza = osnovni transkripcijski aparat, ki se
zbere na osrednjem delu promotorja  minimalen nivo transkripcije  transkripcijski regulatorni proteini 
normalen nivo transkripcije.

Regulatorni proteini (aktivatorji ali represorji) se vežejo na:

o regulatorni del promotorja,
o ojačevalna zaporedja
o utiševalna zaporedja

Promotorji evkariontskih genov imajo enega ali več elementov, kot npr. TATA box, CAAT box....
Transkripcijski aktivatorji stabilizirajo in spodbudijo osnovni transkripcijski aparat na osrednjem delu promotorja.
 na konsenzus zaporedjih v regulatornem delu promotorja ali ojačevalcih se povežejo z DNA
 so v interakciji z drugimi komponentami transkripcijskega aparata in tako vplivajo na transkripcijo

Mediator = kompleks proteinov, ki se vežejo na transkripcijske aktivatorje, te pa se vežejo na zaporedja v regulatornem

delu promotorja ali ojačevalcih  tako vplivajo na transkripcijo.

26
 Začetek prepisovanja je uravnan s transkripcijskimi faktorji in transkripcijskimi aktivatorskimi proteini:
 Splošni transkripcijski faktor se veže na TATA-zaporedje promotorja.
 Zato se tudi ostali transkripcijski faktorji in polimeraza II vežejo na promotor
 Transkripcijski aktivatorji se vežejo na ojačevalna zaporedja.
 DNA se izzanka, da proteini, povezani z ojačevalnim zaporedjem, pridejo v stik z osnovnim
transkripcijskim aparatom.
 Transkripcijski aktivator se poveže z regulatornim promotorjem in z osnovnim transkripcijskim
aparatom preko mediatorja.
Šele ko je transkripcijski aparat sestavljen, pride do transkripcije.
 ta postopek in skica velikokrat v izpitu  označi…

Ojačevalna zaporedja vplivajo na transkripcijo genov, ki so relativno oddaljeni. Pogosto se aktivatorski proteini
povežejo s temi zaporedji, vmesna DNA pa se izzanka.

Represorji (regulatorni proteini) - vežejo se na zaporedja regulatornega dela promotorja ali na oddaljena utiševalna
zaporedja.

Inzulatorji = zaporedja DNA, ki blokirajo učinek ojačevalcev v odvisnosti od pozicije. Če je inzulatorsko zaporedje
med ojačevalnim zaporedjem in promotorjem blokira delovanje ojačevalca, v nasprotnem primeru pa nima učinka.

Čeprav evkarionti nimajo operonov, se lahko številni geni odzivajo na enake signale. Geni, ki se odzivajo na enake
signale, imajo podobna / enaka regulatorna zaporedja v promotorjih oziroma ojačevalcih. Takšno regulatorno
zaporedje pogosto imenujemo odzivni element (response element) - torej je več genov sočasno uravnavanih, a je vsak
pod svojo regulacijo. Posamezni evkariontski gen lahko regulira več odzivnih elementov.

2. regulacija na nivoju translacije

ki je kompleksen proces in potrebuje poleg mRNA številne encime, proteine in RNA. Razpoložljivost in količina teh
dejavnikov vpliva na hitrost translacije. Na samo translacijo lahko vplivajo tudi določena zaporedja v sami mRNA.
Na začetek translacije lahko vplivajo proteini, ki se vežejo na specifična zaporedja na 5´koncu mRNA. Na hitrost
translacije pa lahko vplivajo razpoložljivost ribosomov, tRNA, IF in EF ter drugih komponent translacijskega aparata.

3. zorenje mRNA
Pri evkariontih se:
 doda kapa na 5´kapa
 cepi 3´konec in doda poliadeninski rep
 introni odstranijo (procesiranje RNA) – tudi alternativno izrezovanje eksonov
Vse te spremembe vplivajo na stabilnost mRNA, možnost translacije mRNA, hitrost translacije in na ak. sestavo proteina.

RNA razgrajujejo encimi ribonukleaza. Najbolj običajna je razgradnja s 5’ konca. Začne se s skrajšanjem poli(A)
repa. Če se poli(A) rep dovolj skrajša, se odstrani 5’ kapa in nukleaze začnejo z razgradnjo. Razgradnja pa poteka tudi
v posebnih kompleksih imenovanih P-telesca, kjer se mRNA tudi skladišči.

Regulacija genske ekspresije z interferenčno RNA - RNA silencing - siRNA in miRNA regulirajo ekspresijo:
27
  s cepitvijo mRNA: encim DICER razgradi dvoverižno RNA  nastanejo majhne siRNA, ki se povežejo s
proteinskim kompleksom v RISC  siRNA v RISC se povežejo s komplementarnim delom na mRNA 
kompleks cepi mRNA, ki se nato razgradi.
 z inhibicijo translacije: encim DICER razgradi dsRNA  nastane mikroRNA  nekatere mikroRNA se
povežejo s RISC  mikroRNA v RISC se povežejo s mRNA  inhibicija translacije.
 z utišanjem transkripcije: nekatere mikroRNA se povežejo s komplementarnimi zaporedji v DNA in tako
"privabijo" encime, ki metilirajo DNA ali histone  DNA se metilira  inhibicija transkripcije.
 z razgradnjo mRNA: encim DICER razgradi dsRNA  nastane siDNA in mikroRNA  povezava siRNA ali
miRNA s proteini RISC  se povežejo z komplementarnim zaporedjem  cepitev mRNA ali pa inhibicija
translacije mRNA.

4. post-translacijske modifikacije proteinov

5. Epigenetika - sprememba strukture kromatina

Epigenetika: z modifikacijami histonov, remodeliranjem kromatina, uporabo variantnih histonov, metilacijo DNA in
ne-kodirajočimi RNA. Epigenetika so spremembe v izražanju genov / fenotipov, ki se lahko dedujejo, niso pa
posledica sprememb zaporedja DNA. Regulacija genske ekspresije z modifikacijami kromatina - trije mehanizmi:

1. male nekodirajoče RNA (ncRNA, micro RNA)

2. metilacija
Najpogostejša je metilacija citozinov. Sesalci imajo encime = DNA-metiltransferaze, ki vzdržujejo vzorec metilacije
ali na novo metilirajo DNA. Regulacija:
 če je nukleotid metiliran, encim ne reže
 metilacija DNA privede do vezave proteinov  pride do kondenzacije kromatina  onemogočen dostop
transkripcijskih faktorjev

3. spremembe nukleosomov
a) Sprememba sestave nukleosomov / alternativni histoni (npr. H2A  H2A.Z - manjša stabilnost nukleosoma)
b) Posttranslacijske kovalentne modifikacije histonskih repov: Na te modifikacije lahko vpliva okolje.
 Metilacija ak. v histonskih repih lahko aktivira / zavre transkripcijo.
 Ubikvinizacija
 Fosforilacija.
 Acetilacija spodbudi transkripcijo - povzroči šibkejšo interakcijo histonov z DNA  manj kondenziran

“Repozicioniranje nukleosomov” – chromatin remodeling

= skupno delovanje mehanizmov za METILACIJO DNA in MODIFIKACIJO HISTONOV.
“Chromatin remodeling-kompleksi” se vežejo na določena mesta na DNA in ločijo nukleosome, da se lahko
transkripcijski faktorji vežejo na promotor  drsenje in preoblikovanje nukleosomov. Ali pa se na nukleosom veže
drugi protein za remodeliranje  omogoči transkripcijo brez ločitve.

17. MUTAGENEZA
Mutacija je sprememba v zaporedju nukleotidov v DNA, ki se prenaša naprej na potomce (se deduje). Mutant
je potomec, ki ima eno ali več mutacij v genomu.

a) glede na molekularno osnovo GENETSKIH mutacij

1) zamenjava baznih parov – substitucije baz = sprememba enega nukleotida. Dva tipa:
a. tranzicije (so bolj pogoste), kjer se purin zamenja s purinom oziroma pirimidin s pirimidinom
b. transverzije, kjer se purin zamenja s pirimidinom oziroma pirimidin s purinom.

2) Delecije / insercije nukleotida

3) “expanding trinucleotide repeats”: povečanje števila ponovitev določenih trinukleotidov.

28
 b) glede na fenotipski učinek GENETSKIH mutacij
 forward mutacije = w.t. spremeni v mutanto
 reverzne mutacije = mutant povrne v w.t.
 Supresorske mutacije = je genetska sprememba, ki skrije ali prekrije učinek druge mutacije. Mutacija se pojavi
drugje, ne pa na mestu kjer je nastala prvotna mutacija. Ločimo:
 intragenske supresorske mutacije: npr. AAT (leu)  mutira v AAA (phe)  mutira v GAA (leu)
 intergenske supresorske mutacije: pride do mutacije na drugem genu

A) NONSENSE mutacije (nepomenske): sense codon se spremeni v enega od treh STOP codonov
B) MISSENSE mutacije (drugačnopomenske): zamenjava bp.  spremenjen kodon  spremenjen protein
C) SILENT (tihe) mutacije: spremenijo kodon v drugega a le-ta kodira isto ak. Protein ostane nespremenjen.
D) NEUTRAL (nevtralne) mutacije: mutacija vodi v zamenjavo ak., a to ne vpliva na funkcijo proteina.

1) “loss of function”: pride do popolne ali delne izgube funkcije proteina. Pogosto recesivne.
2) “gain of function”: dobimo novo lastnost ali pa se pojavi ob drugačnem času ali kraju. Običajno dominantne.
3) Pogojne mutacije pridejo do izraza samo v določenih pogojih = restriktivnih pogojih, ne opazimo jih pa pri
permisivnih pogojih. Primer so t.s. (temperature sensitive) in c.s. (cold sensitive) mutacije (izrazi le pri določeni T).
4) Letalne mutacije

c) glede na povzročitelja/načina nastanka GENETSKIH mutacij

1) Spontane mutacije nastanejo lahko zaradi:
1. napak pri podvojevanju DNA:
a) napačno parjenje med različnimi oblikami baz
b) “non-Watson-and-Crick “ povezovanje baz (wobble) – baze se povežejo zaradi fleksibilnosti DNA
c) med replikacijo in prekrižanjem kromatid “crossing over-jem” pride do manjših delecij ali insercij;
2. spontanih prerazporeditev: lahko posledica transpozicijskih elementov.
3. spontanih kemijskih sprememb:
a) depurinacija (izguba purina iz nukleotida) - nasproti mesta brez purina se pogosto vstavi adenin
b) deaminacija (izguba amino skupine iz baze)

2) Inducirane mutacije
Pomembni so okoljski dejavniki, predvsem kemikalije (plin iperit) in sevanje. Vsaka snov v okolju, ki bistveno
poveča stopnjo mutacije nad tisto, ki je značilna za spontane mutacije, je mutagena.

KEMIKALIJE:
 Analogi baz imajo podobno zgradbo kakor štiri standardne baze. Ker jih polimeraza DNA ne loči jih vgradi v
novo verigo med replikacijo  lahko se napačno pari  dobimo tranzicijo.
 Alkilirajoči agensi dodajajo alkilne skupine.
 Deaminacija. Poleg spontane poznamo tudi inducirano deaminacijo.
 Hidroksilamin. Na C dodaja hidroksilno skupino  poveča frekvenco oblike C, ki se pari z A namesto z G.
 Oksidativni agensi so posledica reaktivnih kisikovih radikalov, ki nastanejo med normalnim aerobnim
metabolizmom in tudi s sevanjem, ozonom, peroksidom, nekaterimi zdravili...
 Interkalirajoči agensi: se vrivajo med sosednje baze v DNA

SEVANJE:
 X-žarki, gama žarki in kozmično sevanje je ionizirajoče in lahko spremeni relativno stabilne molekule v
proste radikale
 UV sevanje  tvorba vezi med sosednjimi pirimidini na eni verigi in tvorbo pirimidinskih dimerov.

Kako lahko ugotovimo ali je neka snov mutagena? Testi mutagenosti ali mutatesti. Veliko je komercialnih.
 Kometni test: če je snov mutagena, prelomi kromosom  označimo s fluorescentnim barvilom 
ločujemo z električnim tokom (–+). Če ni mutirano, potujejo enotno, če pa je, mali fragmentirani deli
potujejo drugače. Bolj se vleče, bolj je dejavnik mutagen.
29
  Ames-ov test (eden prvih mutatestov):
 mutanta Salmonele + jetra + potencialni mutagen  premešamo in inkubiramo
 na minimalno gojišče z histidinom
 a: veliko število spontanih revertant mutagena: snov je mutagena
b: enako število spontanih reverant kot pri kontroli: snov ni mutagena.

Genomske in kromosomske mutacije

Variacije v številu in strukturi kromosomov so kromosomske mutacije – trisomija.
Spremembe v številu kromosomskih garnitur pa uvrščamo med genomske mutacije - poliploidija, triploidija…

Osnovna razvrstitev kromosomov glede na lego centromere (za pritrditev niti delitvenega vretena):
Metacentrični Submetacentrični Akrocentrični Teleocentrični

Centromer na sredini. Krajša roka: P-roka Centromer je na vrhu.

Daljša roka: G-roka

kariotip = kompletni niz kromosomov nekega organizma. Običajno predstavljen kot kariogram = idiogram = slika
metafaznih kromosomov razvrščenih po padajoči velikosti. Kariotipe se pripravi iz delečih se celic.

Skupine kromosomskih mutacij

1) Kromosomske preureditve:
 Duplikacije:
 Rdeče-zelena barvna slepota: neenakomerno prekrižanje X kromatid.
 “krhek” X kromosom - posledica duplikacije trinukleotidne ponovitve

 Delecije
Pri parjenju homolognih kromosomov se pri heterozigotih (za delecijo) ohranjen del izzanka.
 sindrom “Cri du Chat” - neravnovesje produktov. Delecija pri 5. kromosomu.

 Inverzije - del kromosoma se obrne za 180°. Kjer:

o centromera ni vključena = paracentrične inverzije
o je centromera vključena = pericentrične inverzije
 človek-šimpanz – nekateri človekovi kromosomi se ločijo od šimpanzovih samo po eni pericentrični inverziji.

 Translokacije
 Nerecipročna translokacija: genetski material se premakne iz enega kromosoma na drugega.
 Recipročna translokacija: iz drugega kromosoma premakne tudi del genetskega materiala na prvega. Pogostejša.

 Robertsonova translokacija = povežeta se dve dolgi roki akrocentričnih kromosomov.

Kratki roki se tudi povežeta, in če ostane centromera, se lahko ohranita, sicer se pa
“izgubita”.
Šimpanzi, gorile in orangutani imajo 48 kromosomov človek pa 46  Robertsonova
translovacija pri predniku človeka.

2) Anevploidije
= povečanje / zmanjšanje števila posameznih kromosomov.
a) nulisomije: manjkata oba kromosoma v paru. (2n – 2). Človek: 44 kromosomov
b) monosomija: izguba enega kromosoma (2n – 1). Človek: 45 kromosomov
c) trisomija: pridobitev enega kromosoma (2n + 1). Človek: 47 kromosomov
30
 d) tetrasomija: pridobitev dveh homolognih kromosomov (2n + 2). Človek: 48 kromosomov

Pri človeku so trisomije večinoma smrtne, razen spolnih, 13, 18 in 21.

 Trisomija 13 (47) – Patau sindrom
 Trisomija 18 (47) – Edwards-ov sindrom
 Trisomija 21 – Downov sindrom. Familiarni Downov sindrom.
 Turnerjev sindrom: X0
 XYY kariotip
 Uniparentalna disomija – oba kromosoma sta od enega starša: Posledica nerazdvajanja pri mitozi  deli tkiv
z različnimi “kromosomskimi stanji” – mozaicizem = mozaično stanje. Včasih pride do nerazdvajanja
sestrskih kromatid med mitozo v telesnih celicah.

3) Poliploidije (3n, 4n, 5n ali več)

= prisotnost več kakor dveh haploidnih setov kromosomov.
Pogosta pri rastlinah, manj pogosta je pri živalih. Ločimo:
 avtopoliploidijo: vsi kromosomski seti so iz ene same vrste
 alopoliploidijo: kromosomski seti so iz dveh ali več vrst  nastanek amfidiploidov

18. PROGANJE KROMOSOMOV

= način identifikacije kromosomov na podlagi različno obarvanih ali drugače markiranih regij na kromosomih.

1) G-proganje
G-proge so regije, kjer je % GC manjši od povprečne vrednosti kromosoma (območje z manj geni) 
heterokromatin obarva temneje.

2) R-proganje
Dobimo obratno proganje kot pri G-načinu. R proge so bogate z C-G pari.

3) C-proganje
Za barvanje heterokromatinskih centromer.

4) Q proganje
Razlika med relativno vsebnostjo parov C-G in A-T. Posebno uporabno za identifikacijo Y-kromosoma in za
odkrivanje polimorfizma.

5) Večbarvna FISH (fluorescence in situ hybridization) in SKY (spektralna kariotipizacija)

Denaturacija (verigi DNA gresta narazen)  vzamemo sondo / probo, ki jo prav tako denaturiramo. Je
komplementarna delom našega kromosoma  hibridizacija (sondo dodamo k DNA  sonda se poveže)

19. DOLOČITEV SPOLA

 monoecični organizmi (enodomni) = hkrati moške in ženske reproduktivne organe
 diecični organizmi (dvodomni) = samo moške ali samo ženske reproduktivne organe. Pri teh je spol lahko določen:
a. pod vplivom okolja – okolje vpliva na razvoj spolnih hormonov
b. gensko – ne vidimo na kromosomski sliki
c. kromosomsko – pri človeku. Geni za razvoj spola so vezani na 1 kromosom.

a) Določitev spola pod vplivom okolja

 Morski polž.
 Plazilci: spolni fenotip nekaj vrst želv, krokodilov in aligatorjev odvisen od temperature med embrionalnim razvojem.
Pri želvah višje temperature vodijo v ženske osebke, nižje pa moške . Ravno obratno je pri aligatorjih.

31
 b) Genska določitev spola
Pri nekaterih rastlinah in protozojih je spol genetsko določen.

c) Določitev spola s haplodiploidijo

Nekateri insekti (čebele, ose in mravlje) nimajo spolnih kromosomov. Spol je odvisen od števila kromosomskih
garnitur v jedru vsake celice. Moški organizem se razvije iz neoplojenega jajčeca, ženski pa iz oplojenega.

d)Kromosomska določitev spola

Henking opazil v nekaterih insektih posebno strukturo - kromosom. Imenoval jo je “X body/element”. Y kromosom
(kot nasprotje za X-body). X in Y kromosoma se med tvorbo gamet porazdelita v ločeni celici.

Določitev spola s sistemom XX-XO

Ženske XX (homogametni spol), moški pa imajo samo en X kromosom (X0) (heterogametni spol).

Določitev spola s sistemom ZZ-ZW

Ženski spol heterogametni (ZW) in moški homogametni (ZZ). Pri ptičih, kačah, metuljih, nekaterih dvoživkah in
ribah ter nekaterih izopodnih rakih.

Določitev spola s sistemom XX-XY

Ženske običajno XX (homogametni), moški pa XY (heterogametni). Pri sesalcih, nekih rastlinah, insektih, plazilcih.

 Vinska mušica – Drosophila melanogaster - Izpit: spol vinske mušice!

vinska mušica ima 8 kromosomov (3pari avtosomov, 1 par spolnih). Ženske običajno XX, moški pa XY, a
Y kromosom sam po sebi ne določi spola, pač pa razmerje genov na avtosomih in X kromosomu. Na X-
kromosomu so geni, ki vodijo v ženske, na avtosomih pa geni, ki vodijo v moške  spol je rezultat razmerja med X:A
število X kromosomov
spol=  npr.
število haploidnih setov( garnitur )avtosomov
2(2 X kromosoma)
= 1  moški
2(2 n ,torej diploidni−2 garnituri haploidnih setov avtosomov)
Spolni kromosom haploiden set avtosomov razmerje X:A fenotip (spol)
XX AA 1,0 ženska
XY AA 0,5 moški
X0 AA 0,5 moški
XXY AA 1,0 ženska
XXX AA 1,5 supersamica
XXXY AA 1,5 supersamica

 Določitev spola pri človeku: Večina bistvenih genov, ki uravnava razvoja spola, je locirana na spolnih kromosomih.
o Na določitev spola vpliva gen SRY, ki je na Y kromosomu. Za nastanek moškega spola ni potreben cel
kromosom ampak eden ali več genov. V zgodnjem embrionalnem razvoju imajo ljudje nediferencirane
gonade. 6 tednov po oploditvi se aktivira gen Sry na Y-kromosomu. Produkt tega gena povzroči razvoj
testisov, ki začnejo izločati hormona testosteron in Mullerian-inhibirajočo substanco. Testosteron inducira
razvoj moških znakov, Mullerian-inhibirajoča substanca pa povzroči razgradnjo ženskih reproduktivnih
vodov. Če produkta tega gena ni, se gonade razvijejo v jajčnike in se razvije ženska.
o Čeprav kromosoma X in Y nista splošno homologna se povežeta med mejozo in nato ločita v različne celice.
Parjenje omogočajo kratke homologne regije = psevdoavtosomalne regije.

Vpliv ostalih genov na spol

“Androgen-insensitivity” sindrom = XY ženske: Receptor za testosteron okvarjen  testosteron ne more vezati 
razvijejo se ženski spolni znaki. Gen za receptor je lociran na X- kromosomu.

20. DNA ORGANELOV

Splošne lastnosti in dedovanje
Mitohondriji in kloroplasti so v citoplazmi, dedujejo pa se običajno od le enega starša (“uniparentalno”):
 Pri živalih se dedujejo skoraj izključno od matere

32
  Pri golosemenkah in nekaterih kritosemenkah se dedujejo samo od očeta
 Pri nekaterih rastlinah pa od obeh.

Mutacija, ki se pojavi v enem genomu enega organela, vodi v mešanico mutiranih in w.t genomov v celici
Če se v eni celici pojavijo različne variante mtDNA = heteroplazmija. Ko se takšna heteroplazemska celica deli se
organeli naključno porazdelijo v hčerinski celici – replikativna segregacija. Po naključju lahko ene celice dobijo samo
organele z mutirano mtDNA in druge samo organele z w.t. mtDNA. Takšne celice so homoplazemske.
Če pride do replikativne segregacije v somatski celici to lahko vodi do fenotipske raznolikosti v enem organizmu. Če
pa pride do replikativne segregacije v zarodnih celicah heteroplazemskega donorja imajo potomci lahko različne
fenotipe, kar je pomembno za dedovanje!

Kako so ugotovili, da imajo organeli lahko svojo DNA?

Ena prvih preučevanih lastnosti je bil fenotip “petite” pri kvasovkah. V poznih 40-ih letih:
nekatere kolonije kvasovk (= “petite”-kolonije) manjše od normalnih, če jih gojijo na trdnem
gojišču. Ugotovili so, da je hitrost rasti v teh kolonijah bistveno manjša kakor pri ostalih. To je
bila posledica nezmožnosti aerobne respiracije; energijo so kvasovke dobile le z glikolizo in
fermentacijo  nekatere “petite” mutante imajo okvare genomske DNA, večina pa ima
okvarjeno mtDNA (velike delecije ali popolno odsotnost mtDNA).

Mitohondrijska DNA
Pri večini iz ene same krožne, dodatno zvite molekule. Vsak mitohondrij ima številne izvode mt-genoma.
Kot pri bakterijah tudi mtDNA običajno ni obdana s histonskimi proteini. Je pa povezana s podobnimi proteini.
Število genov je relativno stalno: pri večini vrst 40-50 genov za pet osnovnih funkcij.
Nekateri mt. geni imajo introne.

Genome mitohondrijev lahko delimo na dva osnovna tipa:

a) ancestral (predniški) genomi mitohondrijev: pri nekaterih rastlinah in protistih. So evolucijsko starejši in
imajo ohranjene mnoge značilnosti bakterijskih prednikov.
 imajo več genov
 imajo rRNA-gene, ki so v ribosomih podobnim bakterijskim
 imajo (skoraj) popoln nabor tRNA genov
 imajo le nekaj intronov in malo nekodirajoče DNA
 običajno uporabljajo univerzalne kodone
 geni pa so organizirani v skupke.
b) “derived” (izpeljani) genomi mitohondrijev: “imajo tudi značilnosti, ki se razlikujejo od bakt. genomov.
 so običajno manjši in imajo manj genov
 rRNA-geni in ribosomi se razlikujejo od bakterijskih
 DNA se zelo razlikujejo od zaporedij pri bakterijah
 imajo “ne-univerzalne” kodone
 so običajno prisotni pri večini živali in glivah.
Tudi med tema 2 tipoma je veliko variabilnosti, nekaterih genomov pa ne moremo uvrstiti v nobenega izmed njih.

Organizacija DNA je varčna  le nekaj nekodirajočih nukleotidov med geni. Skoraj vsa mRNA pa se prevede (ni 5
´in 3´ neprevedljivih regij) in večinoma ni intronov. Nekodirajoče regije (kar jih je) so v D zanki.
Vsaka od verig ima en sam promotor  dobimo dve veliki mRNA, ki se kasneje cepita na posamezne molekule
RNA. Veliko genov, ki kodirajo proteine nima popolnega terminacijskega kodona, ampak samo U ali UA.

Dodajanje poli(A) repa na 3´konec mRNA zagotovi UAA terminacijski kodon, ki ustavi translacijo.

mtDNA pri človeku:

 Je krožna molekula iz slabih 17.000bp, ki kodira 2 mol. rRNA, 22 mol. tRNA in 13polipeptidov.
 Nukleotidni verigi se razlikujeta po sestavi baz
o težka veriga (H-heavy) ima več gvaninov.
o lahka veriga (L-light) pa več citozinov.
33
 Mesto začetka podvojevanja (ori) je v območju D loop (D zanka), kjer sta tudi promotorja za verigi H in L. Tu ni
nekih ključnih zapisov za gene  nabirajo se mutacije  filogenija.
 Mitohondrijski genom pri človeku je organiziran zelo “smotrno”

DNA mitohondrijev pri cvetnicah: Cvetnice imajo največji in najbolj kompleksen do sedaj poznan mt-genom

Podvojevanje, prepisovanje in prevajanje mitohondrijske DNA

mtDNA se podvojuje manj urejeno kot jedrna. Podvaja se skozi cel celični ciklus (razen mitoze). Katera mtDNA se
podvoji v določenem trenutku je naključje. V enem mitohondriju se nekatere molekule podvojijo 2× ali 3×, druge
nikoli. Začetek podvajanja verig mtDNA pri človeku ni istočasen  nastanek D-zanke.
mtDNA podvoji posebna polimeraza – DNA- polimeraza γ (gama). Za podvojevanje so verjetno potrebne tudi
helikaze in topoizomeraze.

Povečana hitrost mutacij - napake pri podvojevanju mtDNA, odsotnost popravljalnih mehanizmov, pogosti "wobble", …

Uporaba mitohondrijske DNA v molekularni antropologiji. Prednosti mtDNA:

 je majhna in številčna molekula
 hitra evolucija (spremembe) omogoča raziskave sorodnih organizmov (skupin)
 uniparentalno dedovanje pri človeku (načeloma)
 ni rekombinacije, ni popravljalnih sistemov

Analiza mtDNA za ugotavljanje izvora Homo sapiensa  analizirali mtDNA iz placent 147 darovalk iz različnih
koncev sveta. Ugotovili so, da je mtDNA afričank 2× bolj raznolika kot mtDNA žensk iz ostalih delov sveta  razvili
teorijo „črne Eve“.

Kloroplastna DNA (cpDNA)

Ima številne značilnosti bakterijske DNA.
 cpDNA je krožna, dodatno zvita, dsDNA molekula, ki nima histonov. Velika približno 120.000-190.000bp.
 v vsakem kloroplastu je več izvodov cpDNA
 ključni protein, ki je kodiran v cpDNA je RuBisCO: ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaza-oksigenaza
 značilnost večine cpDNA je velika obrnjena ponovitev

21. RODOVNIKI - (V VSAKEM IZPITU 1 RODOVNIK!)

Avtosomalne recesivne lastnosti
 Pojavljajo se z enako frekvenco pri moških in ženskah.
 Izpuščajo generacije.
 Se pojavljajo pogosteje pri potomcih staršev, ki so v sorodstvu.

Avtosomalne dominantne lastnosti

 Pojavljajo se z enako frekvenco pri moških in ženskah.
 Oseba, ki lastnosti nima izražene, je ne prenaša na potomca.
 Pojavljajo se v vsaki generaciji (vsak, ki ima dominantno lastnost jo podeduje od vsaj enega starša) – razen, ko
se pojavi lastnost kot posledica nove mutacije ali zmanjšane penetrance.
 Primer:
 huntingtonova bolezen: začetek bolezni običajno med 40 in 50 letom starosti: v začetku nejasni znaki (nemir,
halucinacije, psihične spremembe, nekoordinirani gibi). Smrt sledi običajno 5-10 let po začetku prvih
simptomov. Gen na kratki roki kromosoma 4 ima novo vrsto mutacij  po translaciji je zato tu veliko
ponovitev glutamina. Pri zdravih ljudeh se tripleti ponovijo do 25x pri bolnikih pa 40-100 ali večkrat. Zaradi
veliko glutamina se protein v celicah obori  onemogoča pravilno delovanje možganskih celic  do odmrtja.
 družinska hiperholesterolemija
 polidaktilija - pogosto je zmanjšana penetranca!!

34
 X-vezane recesivne lastnosti
 Moški je ne prenese na sinove.
 Ženska je lahko prenašalka  vse potomke “prizadetega” moškega so prenašalke.
 Pogosteje se zrazijo pri moških (ker morajo moški podedovati samo en alel, da se lastnost izrazi, ženske pa dva)
 Ni v vsaki generaciji
 Primer: hemofilija A - nefunkcionalen / odsoten faktor VIII pri strjevanju krvi – gen na koncu dolge roke X kromosoma

X- vezane dominantne lastnosti

 Ne izpuščajo generacij
 Moški lastnost prenaša na vse hčere, a ne na vse sinove.
 Heterozigotne ženske prenesejo lastnost na polovico otrok.
 Primer: hipofosfatemija = družinska -proti vitaminu D odporna- rahitičnost  deformacija kosti, togi sklepi,
ukrivljene noge. Gre za okvarjen transport fosfata, posebno v ledvičnih celicah  z urinom izločajo velike
količine fosfata  manjše odlaganje mineralov v kosteh.

Y-vezane lastnosti
 Prizadeti so samo moški  prenaša samo iz očetov na sinove.
 Lastnost se pojavi v vsaki generaciji.

Dvojčki, posvojeni otroci

S preučevanji dvojčkov lahko ugotavljamo pomembnost vpliva genov / okolja na variiranje neke lastnosti.
 Konkordanca – sopojavnost, soglasnost: S primerjavo dvojčkov lahko ugotovimo vpliv genetskih in okoljskih
dejavnikov na nastanek razlik izbrane lastnosti. Če imata oba dvojčka neko fenotipsko lastnost sta usklajena,
soglasna, (sopojavna lastnost) če pa ima samo en osebek para to lastnost, sta neusklajena.
Usklajenost – konkordanca je % parov dvojčkov, ki so skladni za neko lastnost.
Ker imajo enojajčni dvojčki skupnih 100 % genov in dvojajčni približno 50 %, imajo lastnosti, ki so pod
genetskim vplivom, pri enojajčnih dvojčkih večjo konkordanco (večjo sopojavnost).
Večja konkordanca pri enojajčnih dvojčkih, kakor pri dvojajčnih nakazuje, da je pomemben predvsem
genetskih vpliv. Diskordanca pri enojajčnih dvojčkih pa je znak vpliva okolja.

Preučevanje vpliva okolja in genov pri posvojenih otrocih; Posvojeni otroci nimajo “enakega genetskega ozadja”
kot njihovi posvojitelji. So pa pod vplivom enakega okolja, kot posvojitelji.

Genetsko svetovanje
1) Nuhalna svetlina
= tekočina, nabrana pod kožo v zatilju nerojenega otroka. Mezgovni sistem in ledvice še razvijajo, zato se
tekočina ne more normalno odvajati in se nabira v območju zatilja, kjer je koža zelo raztegljiva. Posledica je nuhalna
svetlina, ki jo opazimo z ultrazvokom. Na ultrazvočni sliki lahko s povečavo v nuhalni svetlini opazimo določene
nepravilnosti, ki kažejo na genske abnormalnosti, zlasti srčne anomalije in Downov sindrom.

2) Amniocenteza
Punkcija plodovne vode (amniocenteza): skozi trebušno steno pridobi vzorec plodovnice (amnijske tekočine v kateri
najdemo tudi celice ploda)  vzorec se molekularno genetsko pregleda in določi tudi št. kromosomov.

3) Biopsija horionskih resic

S tankim katetrom in pomočjo ultrazvoka se skozi nožnico ali skozi trebuh aspirira del tkiva posteljice (horion) za
analizo. Horionske resice so prstkasti izrastki posteljičinega tkiva, ki je gensko identičen zarodku, razvijajo se že
kmalu v zgodnji nosečnosti tako, da je njihova analiza mogoča pred analizo plodovne vode. Ker s to metodo dobimo
več materiala, celic ni treba gojiti in dobimo hitreje rezultate (kariotipizacija, metabolni produkti….).

4) Testiranje krvi matere

 α-fetoprotein (ga tvori plod in je tudi v materini krvi)

35
  Testiranje β-HCG (prosta beta-podenota nosečn. hormona hCG - human chorionic gonadotropin): med 11-13 t.
 test PAPP-A za z nosečnostjo povezan plazemski protein A (dvojni homonski test)

5) Neinvazivne metode prenatalnega presejanja (NIPT – nonivasive prenatal testing)

Prisotnost zunajceličnih DNA, RNA je običajna. V krvni obtok matere se sproščajo tudi zunajcelične n.k. iz
poškodovanih celic plodove posteljice. Zaznamo jih lahko najprej v 4. tednu oziroma zanesljivo od 7. tedna dalje.
Proti koncu nosečnosti je do 6% zunajcelične DNA v materini krvi plodove. Ta DNA je zelo fragmentirana. Na
podlagi sekvenciranja lahko ugotovimo spol in določene genetske nepravilnosti (trisomije, …, ne pa vseh)

6) Predimplantacijska genetska diagnostika

= način ugotavljanja dednih genetskih bolezni pri zarodku, ki izkorišča tehnike zunajtelesne oploditve in metode
prenatalne diagnostike. Omogoča dokaj zanesljivo odkrivanje genetskih nepravilnosti še pred začetkom nosečnosti.
Razvila se je kot alternativa prenatalni diagnostiki za pomoč parom, ki so nosilci nekaterih dednih bolezni in obstaja
velika verjetnost, da bodo le-te prenesli na svoje potomce. Po postopku zunajtelesne oploditve ter po opravljeni
genetski diagnostiki se v maternico vrne zgolj zarodke, ki so zdravi.

7) Postnatalno genetsko testiranje – po rojstvu

 Testiranje novorojenčkov: V nekaterih državah se novorojenčke testira za nekatere bolezni (fenilketonurijo in
galaktozemijo).
 Iskanje heterozigotnih nosilcev recesivnih alelov, ki povzročajo bolezen
 Presimptomatsko testiranje: testiranje zdravih ljudi za podedovane alele, ki so odgovorni za razvoj bolezni (npr. za
člane družin, ki imajo avtosomalno dominantno obliko raka na dojki,..). Socialno in etično pa je vprašljivo
presimptomatsko testiranje za neozdravljive bolezni.
 Farmakogenetska testiranja: Primer Warfarina – pravilna koncentracija je ključnega pomena, vendar ga ljudje z
različnimi CYP2C9 aleli različno metabolizirajo…

22. DEDOVANJE VEZANIH LASTNOSTI

Če so geni blizu skupaj se dedujejo vezano (vezana skupina genov). Vezani geni se dedujejo skupaj, razen v
primeru prekrižanja kromatid med njimi. V tem primeru se iz enega homolognega kromosoma “premaknejo”
na drugega.

Testiranje za vezane gene pri rastlinah: testno križanje rastline heterozigotne za obe lastnosti.
o Pri popolnoma vezanih genih dobimo samo nerekombinantne potomce. Npr.:
 normalna in visoka
 gubasta in nizka
o Pri genih, ki se razporejajo neodvisno, je polovica potomcev rekombinantnih  Mendlovo razmerje. Npr.:
 normalna in visoka
 gubasta in nizka
 normalna in nizka
 gubasta in visoka
število rekombinantnih potomcev
Frekvenca rekombinacij (delež rekombinatnih potomcev) =
število vseh potomcev
×100%

Centimorgan (cM) = map unit (m.u.), je enota za meritev hipotetične razdalje med lokusi na kromosomu.
1 cM = 1% verjetnosti, da bo med lokusoma prišlo do rekombinacije. Pri evkariontih: 1 cM pribl. 106 bp.

23. VERJETNOST V GENETIKI

Dve pravili verjetnosti sta v genetiki uporabni pri ugotavljanju razmerij potomcev:
1) Multiplikacijsko pravilo (IN): Verjetnost, da se 2+ neodvisnih dogodkov pojavi skupaj  je pomnožek njunih
posameznih verjetnosti. Izid enega dogodka ne sme vplivati na drugega.

36
2) Pravilo seštevanja (ALI): Verjetnost 2+ izključujočih se dogodkov  s seštevanjem verjetnosti teh dogodkov.
Za uporabo tega pravila morata biti dogodka vzajemno izključujoča (en dogodek izključi možnost, da se pojavi
drugi dogodek).

Aplikacija pravila verjetnosti pri genetskih križanjih Če je verjetnost, da imate krvno skupino A 1/8 in verjetnost, da
imate krvno skupino 0 ½ je verjetnost, da imate bodisi krvno skupino A ali 0:
a. 5/8  1/8 + ½ = 1/8 + 4/8 = 5/8
b. 1/2
c. 1/8
d. 1/16

37