肿瘤基础知识

与 高通量测序
肿瘤的十大特征

2006 年，WHO 证实将癌症明确定义为可控慢性疾病

2011 年，WHO 进一步指出，癌症 40%可预防，40%可治愈，20%可长期带瘤生存
癌症与其他慢性疾病一样，有特征、可防治，得了癌症并不可怕。

========================================
肿瘤细胞系
----------------------------------------

###
1. NIH 3T3
NIH 3T3 是由美国国立卫生研究院（简称 NIH）所建立的小鼠胚胎成纤维细胞系，其特点是每 3 天传代一次，每
次接种 3×10^5cells/ml。 该细胞系在实验室常用来做转染及基因表达的研究。在 ATCC [2] 上的产品编号
为 CRL-1658。

This cell line is a suitable transfection host.

The NIH/3T3 cell line is highly sensitive to sarcoma virus focus formation and
leukemia virus propagation and has proven to be very useful in DNA transfection
studies. Ref

http://www.atcc.org/en/Products/All/CRL-1658.aspx

2. HEK293T

293 细胞是人肾上皮细胞系，有多种衍生株，比如 HEK293，293T/17 等，来源都是人胚胎肾细胞，其极少表达

细胞外配体所需的内生受体，且比较容易转染，是一个很常用的表达研究外源基因的细胞株。
293T 细胞由 293 细胞通过基因技术派生出的细胞系，是经过腺病毒 E1A 基因的转染，能表达 SV40 大 T 抗原，含
有 SV40 复制起始点与启动子区。许多真核表达载体如 pcDNA3.1 中含有 SV40 病毒的复制起始位点，可以在表达
SV40 病毒 T 抗原的细胞系中复制，从而提高外源基因的表达水平。因此 293T 细胞广泛应用于病毒包装。用磷酸
钙转染效率可高达 50%。蛋白表达水平高，转染后 2-3 天用碱性磷酸酶分析可较容易地检测到表达的蛋白。瞬时
转染 293T 细胞是过表达蛋白并获得细胞内及细胞外（分泌的或膜）蛋白的便捷方式。

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets/1.1.0/293t?

293T Cells

~2,800 cells detected

Squenced on Illumina Hiseq2500 Rapid Run V2 with ~33,000 reads per cell
98bp read1 (transcript), 8bp I5 sample barcode, 14bp I7 GemCode barcode and 10bp
read2 (UMI)
Analysis run with --cells=3000
Published on July 24, 2016

This dataset is licensed under the Creative Commons Attribution license.

3.
Jurkat (ATCC TIB-152), 293T (ATCC CRL-11268) and 3T3 (ATCC CRL-1658) cells were
acquired from ATCC and cultured according to ATCC guidelines.

https://www.nature.com/articles/ncomms14049
单细胞测序数据。

========================================
癌症相关基因分类
----------------------------------------

ref:
1.探索转移肿瘤的秘密（https://www.nature.com/articles/d41586-019-03123-0）
http://www.360doc.com/content/19/1107/14/19913717_871674516.shtml
data: https://www.hartwigmedicalfoundation.nl/en/

2.

========================================
|-- 原癌基因和抑癌基因
----------------------------------------

1.文献片段

(1)
包含 EGFR、CCNE1、CCND1 和 MDM2 这些癌基因的区域，经常发生扩增。

(2)单从抑癌基因的角度看的话，研究人员认为它们的研究结果支持 Knudson 在 1971 年提出的双重打击假说

[22]。因为 80%的抑癌基因驱动突变是双等位失活，也就是说它们彻底完蛋了。这个比例也是迄今为止在癌症全
基因组研究中最高的。

对于很多重要的抑癌基因而言，它们的双等位失活率接近 100%，例如，
TP53（93％），CDKN2A（97％），RB1（94％），PTEN（92％）和 SMAD4（96％）。这表明，抑癌基因的双
等位失活可能对于癌症的转移非常重要。

(3)研究人员还分析了驱动基因突变成对共存的情况，发现了 10 对相互排斥的基因组合，以及 10 对同时存在的

基因组合。不过上述的相关性，大部分在之前的研究中已经被建立，只有乳腺癌中有新发现。GATA3 和 VMP1，以
及 FOXA1 和 PIK3CA，总是成对出现；而 ESR1 和 TP53，以及 GATA3 和 TP53，总是有你没我，有我没你。

如果上述关系能在后续的研究中进一步确立，那么就会多出 4 个治疗乳腺癌的新靶点，而且后面两对似乎是目前
大热的协同致死基因对。
2.系统性文献

========================================
|-- 驱动基因 driver mutation, passenger mutation
----------------------------------------

1.文献片段

研究人员又给一些关键的癌症驱动突变列了个名录，发现与之前的研究基本相似。其中 TP53（52％的样本），
CDKN2A（21％），PIK3CA（16％），APC（15％），KRAS（15％），PTEN（13％）和 TERT（12％）被确定
为最常见的突变基因，它们共同构成目录中所有候选驱动突变的 26％。

2.系统性文献

========================================
肿瘤基础知识
----------------------------------------
http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2011/08/16/2140162.html

1 什么是肿瘤

肿瘤由于机体组织遗传性改变而产生的具有相对自主性增生能力的细胞群，又称新生物。肿瘤组织由癌细
胞及间质构成，癌细胞是由正常细胞转化来的异常增生细胞，肿瘤可发生在人体的许多器官和组织。

2 肿瘤如何分类

根据肿瘤对人体危害的大小及其生长特性而分为良性肿瘤和恶性肿瘤两类。

良性肿瘤生长缓慢，呈膨胀性生长，表面常有完整包膜，除局部症状外较少全身症状，不向周围组织
浸润也不向全身转移，手术切除后不易复发，对机体危害较小，如脂肪瘤、血管瘤、腺瘤、囊肿等。

恶性肿瘤生长迅速，生长时常向周围组织浸润，表面几无包膜，常有全身转移，病理检查可见不典型核
分裂，除局部症状外，全身症状明显，晚期病人多出现恶病质，手术切除后复发率高，对机体危害大，如骨癌、
食管癌、肝癌、肺癌、白血病、骨肉瘤等。恶性肿瘤的发病率有逐年升高的趋势，在各种疾病的死亡原因中也占
前几位，因而是当前重点防治的一种疾病。

良性肿瘤有时也可转变为恶性，称为良性肿瘤恶性变，如纤维瘤可转变成纤维肉瘤。有些疾病容易转变为恶性肿
瘤，如萎缩性胃炎可发展为胃癌；交界痣可发展为恶性黑色素瘤，这些疾病称为癌前疾病或癌前病变。
3 肿瘤的病因

习惯上归为内因和外因两大类。

如果机体内部的某些条件或状况适合外界环境中致癌物质的作用，这些人群就具备了癌症发病的内因。包括精
神因素、内分泌失调、免疫缺陷与遗传因素等。约有 60％的癌症患者在发病前有明显的精神创伤史。内分泌紊乱
可能与乳腺癌、前列腺癌发病有关。先天性免疫缺陷或长期应用免疫抑制药的人群中，肿瘤的发病率较高。遗传
因素与癌的发病有密切关系，如患有错构瘤病综合征、遗传性皮肤病、染色体脆弱综合征等遗传病者，约 10％发
生恶性肿瘤，一些致癌外因诱发肿瘤时也都通过遗传因素起作用。

外界致癌因素是引起癌症的重要刺激因素，大约 80％～90％的癌症是由环境因素引起的。已知致癌因素有化学、
物理、生物、营养等几种，较重要的有以下几项：

① 吸烟与被动吸烟。肺癌病人中吸烟者是不吸烟者的 10 倍；吸烟者肺癌、喉癌、食管癌、膀胱癌、口咽癌的发病
率也比不吸烟者高。吸烟量与癌症发病关系尚不明确，即使接触烟草的烟雾量不大也会发生癌症。近年来还发现，
经常生活在嗜烟者烟雾环境中的不吸烟者，发生癌症的机会也多。

② 职业因素。因长期接触煤焦油 、芳香胺或偶氮染料、亚硝胺类化合物等而致的职业性癌，可占全部癌症的 2％
～8％。职业性癌一般有相当长的潜伏期 ，发生在皮肤、泌尿道、呼吸道等部位的职业性癌较常见。

③ 放射线及紫外线。电离辐射（X 射线、γ 射线）所诱发的癌症约占全部癌症的 3％，紫外线照射可诱发皮肤癌

或恶性黑色素瘤。

④ 膳食。人类的饮食结构和习惯与消化道癌关系密切。膳食中脂肪过多易诱发乳癌、大肠癌；水果和蔬菜可降低
大肠癌的发病；有些食品添加剂具有致癌作用；腌、熏食品和一些蔬菜、肉类、火腿、啤酒中可能含有致癌的亚
硝酸盐和硝酸盐；含有黄曲霉毒素的食品与肝癌发病可能有关。

⑤ 药物。治疗癌症的各种抗肿瘤药特别是烷化剂，本身也具有致癌作用；此外，某些解热镇痛药、抗癫痫药、抗组
胺药、激素类等与癌症的病因有关。

⑥ 寄生虫与病毒。血吸虫病可引起膀胱癌；中华分枝睾吸虫可引起胆管癌。目前已知迁延性乙型肝炎所致的肝硬变
患者容易发生肝癌；单纯疱疹病毒与宫颈癌的发病有关。许多病毒可以诱发动物肿瘤，但在人类尚缺乏直接证据。
了解肿瘤的病因学，有助于去除致癌因素，阻断癌变环节，预防肿瘤的发病。

遗传 肿瘤不属于遗传病。但有些恶性肿瘤确有遗传性，如人群中存在有高发乳癌、胃癌、结肠癌等家族。另外有
些肿瘤，如视网膜母细胞瘤、伯基特氏淋巴瘤等，有明显的遗传性。

细胞的基本功能是细胞的增殖和分化，细胞通过增殖使细胞数量增多；通过分化使细胞发生形态和功能上的特化。
分化后的细胞增殖性降低，即细胞增殖从属于细胞分化，如果细胞的分化基因变异就能导致细胞癌变，肿瘤的本
质为细胞分化解除和增殖失控。近年研究发现了多种癌基因（ONC）和抗癌基因（ S-ONC ），用实验方法证明
ONC 能在动物体内诱发出肿瘤。但是又发现，ONC 和 S-ONC 并非癌变的专一基因，它们的本质属于与细胞分化
或增殖相关的基因，这些基因发生变异或表达紊乱时，能导致细胞增殖失控形成肿瘤。参于分化的 ONC 或 S-ONC
是能遗传的。因此，肿瘤虽不属于遗传病，但遗传与肿瘤有密切关系。

4 肿瘤的临床表现

一般把肿瘤的症状分为局部症状与全身症状两部分。

局部症状是因为肿瘤在原发病灶处的生长导致该部位解剖结构和组 织形态发生变化 ，由此而引起 相 应的功能

改变。肿瘤在所占据的组织中形成肿块，其大小、外形、界限、硬度、表面情况、与邻近组织关系等可作为检查
与诊断肿瘤的依据。肿块可引起继发症状，如疼痛、压迫、溃疡、出血、感染、梗阻或功能障碍等，使病人感到
不适与痛苦，特别是肿瘤压迫与侵犯神经时，会有不同程度的疼痛。根据肿瘤生长部位不同，还会有许多特殊症
状，如胰头癌、胆管癌可引起黄疸；脑室、脑膜肿瘤可引起颅压升高等。

肿瘤早期出现的全身症状一般比较轻微、局限；若能在出现早期症状时引起注意，即可早期发现肿瘤，及时进行
治疗。早期症状成为恶性肿瘤的“报警信号”；在临床上尤为重 视恶性肿 瘤出现的第一个惹 人注意的早期症状
，称之为“首发症状”。不同的肿瘤“报警信号”与“首发症状”不同。

肿瘤的全身症状与病期及肿瘤发生的部位有关。早期肿瘤常无全身症状，或仅有轻微乏力不适、食欲不振；中、
晚期肿瘤，由于肿瘤消耗大量营养物质并产生许多毒素，病人陆续出现较明显的全身症状 ，如体重下降 、虚弱 、
发热、贫血、水肿、腹水、皮肤及关节疾患、广泛脏器转移所致的症状等。

5 肿瘤的的诊断
恶性肿瘤是占位性病变，确诊肿瘤特别是非血液系统的实体瘤要判定肿瘤的部位（ 定位 ）病 理 组织学类型
（定性）以及生长播散状况（定期）。恶性肿瘤可分为早、中和晚期，诊断肿瘤早期至为重要，早期癌包括原位
癌，直径小于 0.5 厘米的初期癌（微小癌） 及未浸及区域淋巴结及邻近器官的局限表浅癌。进展期癌出现直接浸
润扩散及经淋巴道或血行转移，产生相应的症征，诊断较为容易。

询问患者病史应仔细、准确及客观。一般包括现病史的主要症状、发展经过和诊治情况。既往病史应了解与现症
有关的疾病，这些可能与现患肿瘤相关的癌前疾病为诊断提供线索。此外还要询问个人生活习惯、家族成员患癌
史。妇女的月经、生产及哺乳情况也应了解。肿瘤患者早期的常见症状有：身体任何部位发现不消退肿块，疼痛，
持续发热，病理性分泌物，经久性消化不良，吞咽障碍，咳嗽，大便习惯改变，久治不愈的溃疡，原因不明的消
瘦，不规则阴道出血等 。有的早期肿瘤患者无明显症状 。体 检要注意全身状况、浅表淋巴结，做详细全身检查，
如发现肿块应注意部位、大小、形状、边界、表面、硬度、活动、压痛等。

肿瘤增大到一定体积即可利用影像学方法发现。由于设备与技术进步，可测出 1 厘米或更小的肿瘤，还可精确定
位、范围、形态及与周围的关系。这些诊断方法包括 X 射线检查、B 型超声波检查、放射性核素检查、电子计算机
X 射线体层摄影（CT）检查及核磁共振技术等。这些方法可确定原发部位癌灶，还可发现有无转移，由于不是创
伤性检查，易为患者接受。应视病灶情况与条件，选一两种或多种检查技术做出综合诊断；为了做出最后定性诊
断，还应争取做病理活组织诊断。

活组织检查按照肿瘤的部位与大小，决定活检方法，消化道、呼吸系、泌尿道、妇科等部位的肿瘤可经内腔镜直
视下钳取活组织送检。内脏实体肿瘤如肝、肺、胰腺以及后腹膜恶性肿瘤需用特制穿刺针在超 声 波或 CT 引导下
吸取活检。如有体腔积液或分泌物还可留取做肿瘤细胞学检查。非实体造血系统肿瘤可留取血液、骨髓做检查确
诊。在以上方法得不到病理诊断时，有时需 采用外科手术方法获 得 活检结果。浅表肿块较易切检，内脏肿瘤则
需行探查术，目的是明确诊断，若可能时同时彻底摘出或姑息切除肿瘤。

6 肿瘤的的治疗

主要有以下几方面。

内科治疗 以抗肿瘤药物为主的治疗，即肿瘤化疗。自 40 年代氮芥开创了恶性肿瘤的化疗纪元以来，肿瘤的药物

治疗，无论从筛选有效新药或治疗方式、方法等方面，均有很大进展。多数学者认为化疗正由姑息治疗向根治治
疗过渡。目前化疗确可治愈某些儿童急性淋巴细胞白血病、急性粒细胞白血病、恶性睾丸瘤、绒毛膜上皮癌、恶
性淋巴瘤及小细胞肺癌等，使多数肿瘤缓解率及生存期均有不同程度的提高。

对于全身性肿瘤如白血病、多发性骨髓瘤及伴有全身转移的实体瘤，化疗为主要的治疗手段，有一定缓解症状延
长生存期的作用。对某些不能手术的、局部晚期肿瘤如乳癌或某些Ⅲ期肺癌、胚性横纹肌肉瘤等，化疗常为综合
治疗的重要组成部分，可使部分病人获根治手术机会，改善治愈率及延长生存期，如小细胞肺癌 5 年生存率可达
30％～45％。化疗也可作为手术后辅助治疗，以期控制微小转移病灶，或与局部放射治疗合用，治疗某些中、晚
期肿瘤，如鼻咽癌、某些肺 癌等 。化疗也可作为局部治疗手段 ，如动脉 插管化疗（介导化疗），对肝癌不失
为一较好的治疗方法，然而对多数实体瘤（如肺癌），化疗只能作综合治疗的组成部分。

联合化疗疗效远胜于单一化疗。联合化疗选择药物原则为：优先选用最有效药物。作用机理不同的药物，即干扰
细胞增殖过程中不同代谢环节的药物，可多位点扼制肿瘤细胞生长，达到最大杀伤效应。如选用干扰脱氧核糖核
酸（DNA）及阻断有丝分裂的药物联合化疗；毒性不重叠的药物联合化疗，根据病人实质脏器基础病变情况选择用
药。尽可能组成获最大疗效、最小毒性的联合化疗方案，根据肿瘤的不同生物学行为，采用不同给药方法。一般
实体瘤倾向于应用大剂量，间歇治疗；而白血病则以短程连续治疗较适宜。

改善肿瘤病人生存期质量，已为当今肿瘤治疗领域倍受重视的问题，除常用的支持疗法外，重点在消除治疗所致
的副反应。如止痛治疗；抑制各种治疗反应，特别是某些化疗药物所致的严重恶心、呕吐；保护骨髓免受化疗损
害；以及增进食欲，改善全身状况等。增强免疫能力的免疫增强剂和近年发展的生物反应调整剂的应用，对某些
肿瘤已获肯定疗效。某些中医、中药已证明确有部分抑瘤及增强机体免疫力作用，用于肿瘤的辅助治疗，可获改
善生存质量及延长生存期的效应。

多源耐药性为肿瘤化疗失败的主要原因之一，并已证实了与其发生有关的机制，由此筛选出一些可逆转某些耐药
性的药物，即不全药物，临床已渐将其作为一种辅助化疗的手段应用。目前肿瘤治疗渐倾向于个体性，即根据病
人肿瘤侵犯情况、个体耐受性，在最适合时期采用不同治疗手段，以达最大疗效、最小毒性、最长生存期及最佳
生存质量的目的。
放射治疗 应用电离辐射或放射性物质治疗肿瘤的方法。它与手术治疗及药物治疗组成医治肿瘤的 3 大手段。约
60％～70％的恶性肿瘤病人在其病程某一阶段接受过放射治疗。

肿瘤的放射治疗按目的可分为根治治疗及姑息治疗。前者是彻底地除去肿瘤。姑息治疗用于不能根治的病人，目
的是延长寿命及减轻痛苦。放疗运用于许多系统的肿瘤。恶性淋巴瘤、髓母细胞瘤、鼻咽癌、中晚期子宫颈癌等
应以放疗为主。早期喉癌以放疗为主，中、晚期时放疗与手术合并应用。肺部小细胞未分化癌以化疗为主，合并
放射治疗。许多其他肿瘤，则放疗与手术、化疗综合应用。放射治疗（尤其是姑息性治疗）很少绝对禁忌症，恶
病质、肿瘤所在器官有穿孔或合并大量积液（如肺癌合并大量胸水）则为禁忌，有急性炎症及心力衰竭者应于控
制后方行放疗。白细胞过低或血小板过低（非因肿瘤引起），放疗亦宜慎重。

放射治疗的目的是使靶区（肿瘤及其周围可能有肿瘤的区域）受到足够且均匀的剂量照射，而周围正常组织受到
最小的剂量，就是要根治肿瘤而对周围正常组织不造成损伤。为了达到这个目的 ， 放射治疗广泛使用电子计算
机 X 射线断层成像（CT），治疗计划系统（TPS）及模拟定位机。

放射治疗的种类可按照射方法分为二类，一为远距离治疗，又称外照射源（通过身体皮肤照射肿瘤）治疗，其中
又包括普放治疗和精确治疗（伽玛刀、X 刀、调幅调强治疗、适型治疗），二为近距离治疗。近距离治疗又分为腔
内照射源（通过体腔照射肿瘤，如通过阴道照射子宫颈癌）及组织间照射源（即将放射源陷植到肿瘤及周围组织
间进行照射）。

放射治疗的影响因素主要有以下几个方面：①肿瘤的类型。有的肿瘤对放射线敏感，如恶性淋巴瘤、神经母细胞
瘤、精原细胞瘤、肾母细胞瘤及一些未分化癌。有的对放射线中度敏感 ， 如大部分鳞状细胞癌 、分化较差的腺
癌（ 如肺癌、乳腺癌）、脑肿瘤等。有的肿瘤对放射抗拒，消灭肿瘤所需放射量接近正常组织器官的耐受量，如
胃癌、小肠癌、甲状腺癌、软骨肉瘤、黑素瘤、软组织肉瘤 ，不适用放射治疗。同一种肿瘤，分化程度越差则对
放射线越敏感，即使是放射抗拒的纤维肉瘤，在分化差时也对放射敏感，但分化极差的肿瘤（如肺的小细胞未分
化癌、非霍奇金氏淋巴瘤），虽对放射敏感，局部控制容易，但因容易远处转移，治疗效果并不好。对放射中度
敏感的子宫颈癌、喉癌放射治疗效果反而较好。②病期。肿瘤处于早期，则局部血液循环好，乏氧细胞少，受照
射的正常组织少，控制较易。反之肿瘤晚期局部血运差，乏氧细胞多，对放射线敏感度低，放疗时需包括的正常
组织多，修复差，疗效亦差。③肿瘤的生长方式。向下浸润较浅的肿瘤对放射较敏感，如菜花型肿瘤。反之，溃
疡型、浸润型等浸润较深的肿瘤对放射不敏感。④肿瘤的生长部位。肿瘤生长的基底部（癌床）为肌肉，血运又
好，则放疗效果好。若癌床血运差，所在部位又不耐根治剂量则疗效差。如子宫颈癌局部血运好，阴道、子宫体
等周围组织对放射线耐受量大，故放疗效果好，食管癌则放疗效果差。⑤全身健康情况。机体抵抗力强者疗效亦
好，有全身性疾病者放疗效果差。⑥局部情况。晚期肿瘤常有合并感染，周围组织亦有炎症，局部血流不畅，肿
瘤内乏氧细胞增多，放射敏感性下降。

外科治疗 外科手术是治疗肿瘤的有效方法之一 。良性肿瘤多有包膜，呈膨胀性生长，进行包括包膜在内的完整

切除 ，一般均可治愈 。恶性肿瘤不具有包膜 ，呈浸润性生长，且能循淋巴及血行转移。因此其外科治疗不同一
般的外科手术治疗，需要将肿瘤和周围一定范围的正常组织以及所属区域淋巴结一并作整块切除，此即所谓根治
手术。适用于未发现有远处转移、病变局限的患者。一般情况下，手术切缘距肿瘤边缘有足够距离，可以取得较
好的局部控制。典型的根治手术常用于治疗乳腺、口腔、甲状腺、胃肠道、男性及女性生殖系等肿瘤，并已取得
一定疗效。根治手术是目前能提供恶性肿瘤患者最佳治愈机会的主要手段，但能否达到治愈目的尚取决于：①手
术时是否已存在亚临床性微小转移瘤 。②肿瘤的生物学特性与机体免疫状况间的相互抗衡关系。

对局部或远处已有转移的患者可以进行术后仍有癌瘤残留的姑息手术，能减轻症状、改善生存质量，甚至可能延
长生命。例如在不增加手术危险性的情况下，对较晚期的肿瘤进行姑息切除，或切除孤立的远处转移瘤（如肝、
肺、脑转移），往往能取得明显的症状缓解。对不能切除但合并有管腔脏器梗阻的患者，可以进行短路手术。如
胃癌合并幽门梗阻时的胃空肠吻合术、直肠癌梗阻时的结肠造口术。近年来更强调以手术为主的综合性治疗，利
用手术切除肿瘤，减少肿瘤负荷量，以减轻肿瘤对机体的免疫抑制，并促使残余肿瘤进入增殖期增加对放疗 、化
疗的敏感性 。因此配合放疗、化疗和免疫治疗可以提高肿瘤的外科治疗效果。

抗肿瘤药 传统上把抗肿瘤药分为 6 类：

① 烷化剂类。药物的结构中均含有化学性质活泼的基因，对于癌细胞中的核酸、蛋白质或酶起烷化作用，致使癌细
胞死亡。常用的药物有氮芥、环磷酰胺、苯丁酸氮芥、消瘤芥、环己亚硝脲、噻替派、白消安、顺氯氨铂等。

② 抗代谢药类。抗代谢药的化学结构和细胞中的某些代谢物（如叶酸、嘌呤、嘧啶）相似，因而能干扰癌细胞的代
谢过程，特别对核酸（DNA 和 RNA）的代谢影响较大，使癌细胞的分裂增殖受阻而死亡。常用的药物有 5-氟尿嘧
啶、喃氟啶、优氟啶，氨甲蝶呤、6-巯嘌呤、阿糖胞苷等。
③ 抗癌抗生素类。从某些微生物发酵液中提取的具抗癌作用的抗生素。这类药物多能抑制癌细胞中核酸或蛋白质的
合成，呈现杀伤癌细胞作用。常用的药物有阿霉素、柔红霉素、丝裂霉素、放线菌素 D、平阳霉素等。

④ 抗癌植物药类。这类药物均来源于植物，有些来源于中草药。有些抗癌植物药能抑制癌细胞的有丝分裂，使细胞
停滞在 M 期 ；有些也通过抑制核酸或蛋白质合成起作用 。常用的药物有长春碱 、长春新碱 、鬼臼乙叉甙 、羟
基喜树碱、三尖杉酯碱、靛玉红等。

⑤ 激素类。激素类并不直接杀伤癌细胞，而是通过激素对机体功能的调节作用，改变肿瘤的生长条件，有助于癌细
胞分化 ，抑制肿瘤的生长 。 常用的药物有雌激素 、雄激素、甲状腺素、肾上腺皮质激素等。

⑥ 杂类 。凡不能归入上述几类的抗肿瘤药则列入杂类。如甲基苄肼、羟基脲、抗癌锑、门冬酰胺酶、丙亚胺等。

抗肿瘤药还可根据细胞动力学进行分类。正在分裂增殖进入细胞周期的细胞为增殖细胞群；处于相对静止的细胞
为静止细胞群（Go 期细胞）；濒临死亡的细胞为无增殖力细胞群，癌细胞的增殖周期分为 G1、S、G2 和 M4 期 。
根据抗肿瘤药对各类癌细胞敏感性不同分为两类，一类为细胞周期非特异性药物，这类药物对增殖细胞群和 Go
期都有杀伤作用，对于不同周期的癌细胞也都有效，如烷化剂、某些抗癌抗生素和激素等；一类为细胞周期特异
性药物，这类药物只对增殖细胞群的癌细胞有作用，对处于细胞周期 S 期或 M 期的细胞特别敏感，如抗代谢药多
作用于 S 期，抗癌植物药多作用于 M 期。

7 肿瘤的的预防

常遵循 3 级预防原则：

① 第一级预防。又称病因预防。针对人群对致癌因子的暴露，在癌症的易感阶段所进行的工作 。主要任务是消除
或减少致癌因子的暴露 ，防止恶性肿瘤的发生，降低人群中恶性肿瘤的发病率和死亡率。

② 第二级预防。指在癌前病变阶段进行及时治疗，以预防癌症的发生。并通过有效的人群筛检手段 ，早期发现，
早期诊断和早期预防，提高生存率，降低死亡率。

③ 第三阶段。指临床诊断后的治疗、康复阶段。推行合理的治疗方案，开展及时的康复治疗和指导，减轻癌症患者
的痛苦，并预防疾病对未来的影响。提高生存率，改善生存质量。

肿瘤预防对策和措施的制定是肿瘤预防工作的首要任务。除遵循 3 级预防原则外 ，预防对策的正确与否 ，很大

程度上基于系统的肿瘤监察工作所提供的科学信息。肿瘤监察是肿瘤预防工作的另一项重要任务。包括：监察预
防对策是否正确，措施是否有效；监察恶性肿瘤在人群中的流行动态和趋向及致癌因子的消长；观察，发现可疑
和潜在致癌因子以及有可能控制和预防人类癌症的新动向，不断提出新的预防对策。

预防肿瘤的措施包括增强机体抵抗力、保护及改善环境、消除或避免致病因素。具体措施如戒烟、做好食品的防
霉去毒、改变不良饮食习惯（ 不吃或少吃酸菜 、 咸鱼干 、烤肉、烟熏食品等，多吃新鲜食品）。合理调配饮
食（适量多吃富含维生素 A、C、E 及 β-胡萝卜素的食品，多吃新鲜蔬菜和水果，也要注意微量元素锌和硒的摄
取），避免或减少接触职业致癌因素、消除环境污染及治疗癌前病变等。

肿瘤基础知识培训 201001
http://wenku.baidu.com/view/e9c808d376eeaeaad1f33030.html

肿瘤基本知识
http://wenku.baidu.com/view/090c80878762caaedd33d480.html

肿瘤知识 培训
http://wenku.baidu.com/view/738347ff910ef12d2af9e706.html

肿瘤基础知识
http://wenku.baidu.com/view/5bdee0f7f61fb7360b4c6519.html
http://www.haodf.com/zhuanjiaguandian/zhaoxianguo_61813.htm

========================================
癌细胞十大特征
----------------------------------------

2000 年，Douglas Hanahan 和 Robert A. Weinberg 在 Cell 上发表文章：The Hallmarks of

Cancer，这篇综述性文章介绍了肿瘤细胞的六大基本特征：
- 自给自足生长信号； Sustaining proliferative signaling;
- 逃避生长抑制； Evading growth suppressors;
- 组织浸润和转移。Activating invasion and metastasis;
- 潜力无限的复制能力； Enabling replicative immortality;
- 持续的血管生成； Inducing angiogenesis;
- 抵抗细胞死亡； Resisting cell death;
这篇论文被称为肿瘤学研究的经典论文，到目前为止，已经被引用了上万次。

在 2011 年 3 月出版的 Cell 杂志上，两位教授又发表了一篇升级版综述：Hallmarks of Cancer: The

Next Generation，这篇论文长达 29 页，简述了最近 10 年肿瘤学中的热点和进展，在原有的六大特征的基础
上，新增了四大特征，包括
避免免疫摧毁、Avoiding immune destruction;
促进肿瘤的炎症、Tomor-promoting inflammation;
细胞能量异常 Deregulating cellular energetics;
和基因组不稳定和突变。 Genome instability and mutation

将原有的肿瘤细胞六大特征扩增到了十个，这十个特征分别是：
自给自足生长信号（Self-Sufficiency in Growth Signals），
抗生长信号的不敏感（Insensitivity to Antigrowth Signals），
抵抗细胞死亡(Resisting Cell Death)，
潜力无限的复制能力(Limitless Replicative Potential)，
持续的血管生成(Sustained Angiogenesis)，
组织浸润和转移(Tissue Invasion and Metastasis)，
避免免疫摧毁(Avoiding Immune Destruction)，
促进肿瘤的炎症（Tumor Promotion Inflammation），
细胞能量异常（Deregulating Cellular Energetics），
基因组不稳定和突变（Genome Instability and Mutation）。

########
其一：生长信号的自给自足

在人体这个迄今为止最为复杂的系统中，倘若一个细胞想要改变其现有状态（如从静止到生长分化状态的改变），
必须接收到一系列相关指令，这一过程才能进行，就像军队中的令行禁止一样。就这样，数以万亿计的细胞各司
其职，在和谐统一的秩序中维系着人体的健康。到目前为止，科学家在正常细胞中还没有发现一例例外。

这些改变细胞状态的指令，生物学上称之为信号分子，它们多是外源的，即由另一类细胞产生，这也是人体保持
自我平衡的重要机制。信号分子通过与靶细胞上相应指令接收器（受体）相结合，细胞状态改变这一过程得以实
施。

在这方面，癌细胞是截然不同的，它们通过种种“奇巧淫技”把自己对外源生长信号的依赖降到了最低限度。首
先癌细胞们获得自己发号施令的能力，也就是说它们可以自行其是的合成生长分化所需的生长信号，无需依赖外
源性信号。比如科学家们发现在神经胶母细胞瘤和恶性肉瘤中的癌细胞就分别获得了合成 PDGF（血小板源生长因
子）和 TGFα（肿瘤生长因子 α）的能力。其次癌细胞还会大量表达其表面的信号接收器，这样就可以富集周围微
环境中的生长信号从而进入生长分化状态（注：正常情况下，未经富集浓度的生长信号不足以触发生长分化）。
此外癌细胞还会改造它周围的一些正常细胞成为生长信号的生产工厂供其使用，并招募一些帮凶细胞，如成纤维
细胞和内皮细胞来帮助它们生长分化。

########
其二：对抑制生长信号不敏感

平衡似乎是人体系统中最重要的关键词。人体内除了有生长信号外，还存在着生长抑制信号。在细胞分裂的不同
阶段，都有一些分子如同看家护院的“爱犬”一般时刻检测这些细胞的“身体状况”和周边环境，根据情况来决
定细胞的未来的命运：或是继续生长分化，或是仍然处于静止期，抑或丧失生长分化能力进入有丝分裂的后期。
这样正常细胞才能保持动态平衡的状态，进行有序的生长分化。对于癌细胞来说，如果想要扩大自己的地盘，不
断地生长分化，必须逃避这些“爱犬”分子的监控。他们主要策略就是通过基因突变使得这些“爱犬”分子失去
活性，从而实现对抑制生长信号不敏感的目的。

########
其三：规避细胞凋亡

逃避细胞凋亡几乎是所有类型的癌细胞都具有的能力。负责细胞凋亡的信号分子大体上可以分为两类：一类如同
上文所述的“爱犬”分子，如一种名叫 p53 的蛋白就是其中最重要的成员之一；另一类则负责执行细胞凋亡。前
者监控细胞内外环境，一旦发现不正常情况足以触发细胞凋亡，即指挥后者执行。目前科学研究证实，DNA 损伤，
信号分子的失衡以及机体缺氧都有可能触发细胞凋亡。

细胞凋亡是人体防癌抑癌的主要屏障。在“爱犬”分子眼中，癌细胞就是一种状态不正常的细胞，而癌细胞逃避
细胞凋亡的主要方法是通过基因突变使 p53 蛋白失活。统计显示大约超过 50%的人类癌症中发现 p53 蛋白的失活。

########
其四：具有无限的复制潜力

在细胞体外培养实验中，人们观察到，大多数正常细胞仅有 60 次左右的分裂能力。科学家已经证实，细胞的分裂
能力与染色体末端的一段数千个碱基的序列有关。这段序列成为端粒，每经一个分裂周期，这段序列就会减少 50
～100 个碱基，随着分裂次数的渐多，端粒变得越来越短，后果就是其无法再保护染色体的末端，染色体也就无
法顺利复制，进而导致细胞的衰老死亡。

研究结果表明，所有类型的癌细胞都有维持端粒的能力。这种能力主要是通过过量表达端粒酶实现的。端粒酶主
要功能是为端粒末端添加所需碱基，以保证端粒不会因复制而缩短。

########
其五：持续的新生血管形成

对细胞来说，血管就是最重要的“粮道”。这个“粮道”对于细胞正常生长并良好地行使其功能是如此重要，以
至于一个细胞与其最近的毛细血管的距离不能超过 100 微米。

通常情况下，在组织形成和器官发生这些生理过程中，血管生成是受到精细调控的，而且这种情况下的血管形成
也是暂时的，当上述生理过程结束后，血管生成即会停止。促进和抑制血管生成的信号分子通常处于“势均力
敌”的平衡状态。

癌细胞获得持续的新生血管形成能力就是通过打破这种平衡状态开始的。科学家们在许多类型的肿瘤当中发现，
一些促进血管形成的信号分子如 VEGF（血管内皮生长因子)和 FGF（成纤维细胞生长因子）的表达水平都远高于
相应的正常组织对照，而一些起抑制作用的信号分子如 thrombospondin-1 或 β-interferon 的表达则下降。
########
其六：侵袭和转移

人体中的正常细胞除了成熟的血细胞外，大多数需要粘附在特定的胞外基质上才能存活并正常行使功能，比如上
皮细胞及内皮细胞，一旦脱离细胞的胞外基质则会发生细胞凋亡。将这些细胞粘附在胞外基质或互相粘附在一起
的分子称为细胞粘附分子，它们如同“锚”把船固定在港口一样发挥着锚定的作用。

E-钙粘素是目前研究最深入的细胞粘附分子之一。它在上皮细胞中广泛表达，而在大多数上皮细胞癌中则发现活
性的丧失，而丧失的方式有多种多样，如基因水平上突变导致的失活及蛋白水平上活性区域被降解导致的失活等。
科学家们认为 E-钙粘素在上皮细胞癌中发挥着广泛的抑制癌细胞侵袭和转移的作用。它的活性的丧失标志着癌细
胞在获得第六种武器的道路上迈出了重要的一步。

########
其七：免疫逃避

无论是固有免疫还是适应性免疫系统在肿瘤清除中都起着重要的作用。而实体肿瘤却都具有不同的逃逸人体免疫
系统监视的功能，从而确保它们不被免疫细胞如 T 细胞，B 细胞，巨噬细胞和自然杀伤细胞的杀伤和清除。在结肠
癌和卵巢癌患者中，那些体内含有大量 CTLs 和 NK 杀伤细胞的病人状况要比缺少这些免疫细胞的病人好得多。而
在那些具有高度免疫原性的癌细胞中，它们通常会通过分泌 TGF-β 或其它免疫抑制因子来瘫痪人体的免疫系统。

########
其八：调控细胞代谢

即便在有氧气的条件下，癌细胞也会通过调控，使其能量主要来源于无氧糖酵解的代谢方式，这被称为“有氧糖
酵解”。目前已经有研究证实了在神经胶质瘤和其它种类的癌细胞中，异柠檬酸盐脱氢酶功能上的突变也许和细
胞能量代谢方式的改变有关，它能提高细胞中氧化物的含量从而影响基因组的稳定性，还可以稳定细胞中的 HIF-
1 转录因子以提高癌细胞的血管生成和浸润能力。

########
其九：基因不稳定性和易突变

肿瘤复杂的发生过程可以归根于癌细胞基因的不断突变。在需要大量基因突变来诱导肿瘤发生时，癌细胞常常会
提高其对可诱导基因突变物质的敏感性，从而加快它们基因突变的速度。在该过程中，由于某些稳定和保护 DNA
的基因发生突变，会显著提高癌症的发生几率。尽管在不同类型的肿瘤中基因突变的种类不同，但均可以发现大
量稳定和修复基因组 DNA 的功能缺失。提示我们肿瘤细胞的一大重要特征就是固有的基因组不稳定性。

########
其十：引发炎症反应

在过去数十年中，大量的研究证实了炎症反应（注：主要由固有免疫细胞引起）和癌症发病机理之间的关系：炎
症反应可为肿瘤微环境提供各种生物激活分子，例如包括生长因子（可维持癌细胞的增殖信号）、生存因子（可
抑制细胞死亡）、促血管生成因子和细胞外基质修饰酶（可利于血管生长，癌细胞浸润和转移）、以及其它诱导
信号（可激活 EMT 和癌细胞的其它一些特征）。此外，炎性细胞还会分泌一些化学物质，其中 ROS 可以加快临近
癌细胞的基因突变，加速它们的恶化过程。

########
Hanahan D, Weinberg R A. Hallmarks of cancer: the next generation[J]. cell, 2011,
144(5): 646-674.
Hanahan D, Weinberg R A. The hallmarks of cancer[J]. cell, 2000, 100(1): 57-70.

refer:
http://www.360doc.com/content/15/0719/13/2198695_485877884.shtml

========================================
肿瘤的生长可分为无血管期和有血管期
----------------------------------------
http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2011/08/16/2140138.html

肿瘤的生长可以分为两个时期，即无血管期和有血管期。无血管期的肿瘤细胞主要靠弥散的方式来吸收营养和氧
气，瘤体生长缓慢，通常长到 1 毫米大时，仅仅依靠弥散吸收营养和氧气就难以维持瘤体的生长需要了。此时，
肿瘤细胞就会分泌出一些化学物质，激活血管内皮细胞生长因子，促使肿瘤血管新生，一旦肿瘤血管出现，肿瘤
吸收营养和氧气的方式就由弥散式转为灌注式，营养和氧气大量供给，肿瘤生长进入快速增殖期。

肿瘤血管生成
http://wenku.baidu.com/view/67a07c3f0912a216147929c0.html

========================================
肿瘤研究的明星标配 - EMT 现象
----------------------------------------
https://www.sohu.com/a/155204532_777125

1.EMT，全称 epithelial–mesenchymal transition，又称翻译为上皮间质转换，指的是上皮细胞在一些

因素的作用下,失去极性及细胞间紧密连接和黏附连接, 获得了浸润性和游走迁移能力, 变成具备间质细胞形态
和特性的细胞的改变。这种行为是可逆的。

生理状态下，上皮细胞-间质细胞转换在胚胎发育过程中具有十分重要的地位。在胚胎发育过程中出现最早的 EMT
转换是在原肠胚形成期时发生的间质细胞形成和中胚层形成事件。

正常组织在受损的情况下，也会在损伤部位的上皮细胞发生 EMT 的转化，从而完成损伤修复过程。

2.在 EMT 的发生过程中,上皮细胞极性丧失,与周围细胞和基质细胞的接触减少,细胞间的相互作用减少,细胞迁移

和运动能力增强,同时细胞表型发生改变,丧失上皮表型,如角蛋白丝,E- cadherin, E-cadherin 水平下降可
以导致细胞的粘附力降低,使细胞获得易于侵袭和转移的特性, E- cadherin 表达的丢失已经被认为是 EMT 最显
著的特征。同时细胞获得间质表型,如 Vimentin, N-cadherin 等表达升高。

目前 EMT 被看成是导致肿瘤进展的病理过程。在肿瘤的恶性演进过程中，EMT 使得肿瘤细胞得以侵袭和转移，还

可能使肿瘤细胞逃逸某些因素诱导的凋亡。因此，在肿瘤的研究中，EMT 的发生预示肿瘤恶性进程。

3.怎样验证肿瘤细胞中 EMT 的发生呢？

一、 首先介绍下，EMT 发生常见的标志分子。
1.表达减少：E- cadherin，Cytokeratin，ZO-1。
2.表达增多：N- cadherin，Vinmentin，Snail1，Snail2，Twi st，MMP-2，MMP-3，MMP-9。
3.活性增加：ILK，Rho。
http://img.mp.sohu.com/upload/20170707/a63e81fa539c4c149fea3b3f81bd0105_th.png

二．参与 EMT 过程控制的常见信号通路有：

1.TGF-β 信号通路。
2. Wnt 信号通路。
3.Notch 信号通路。
4.SMAD 信号通路。
5.PI3K-AKT-MTOR 信号通路。
http://img.mp.sohu.com/upload/20170707/4278d96eb99142caad442c969ca3adb4_th.png

========================================
腺癌（Adenocarcinoma）鳞癌（Squamous Cell Carcinoma）的区别
----------------------------------------
鳞癌多见于有鳞状上皮覆盖的部位，如皮肤、口腔、唇等。虽然支气管没有鳞状上皮覆盖，但支气管的上皮细胞
发生鳞状上皮化生，在显微镜下做免疫组化染色可以看到像鱼鳞一样的癌细胞，称为肺鳞癌。

腺癌是涎腺上皮恶性肿瘤，一般在腺泡、乳头、细支气管，少数起源于大支气管的粘液腺。在显微镜下看……癌
细胞并不是像线条一样，而是因为是涎腺上皮发生的恶性肿瘤，所以叫腺癌。

========================================
细胞的分子生物学: Molecular Biology of the Cell, 4th edition (2001 版)
----------------------------------------
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21054/ 目录
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26869/ 某章节 An Overview of the Cell Cycle

Chapter 17. The Cell Cycle and Programmed Cell Death

An Overview of the Cell Cycle
Components of the Cell-Cycle Control System
Intracellular Control of Cell-Cycle Events
Programmed Cell Death (Apoptosis)
Extracellular Control of Cell Division, Cell Growth, and Apoptosis

Chapter 18. The Mechanics of Cell Division

An Overview of M Phase
Mitosis
Cytokinesis

Chapter 23. Cancer

Chapter 24. The Adaptive Immune System

Lymphocytes and the Cellular Basis of Adaptive Immunity
B Cells and Antibodies
The Generation of Antibody Diversity
T Cells and MHC Proteins
Helper T Cells and Lymphocyte Activation
Chapter 25. Pathogens, Infection, and Innate Immunity
Introduction to Pathogens
Cell Biology of Infection
Innate Immunity

========================================
信号通路- //todo
----------------------------------------

中文版的:
https://www.bilibili.com/video/BV12b4y1H7C4?spm_id_from=333.337.search-
card.all.click

英文版的:
https://www.bilibili.com/video/BV16Q4y1M7Af?spm_id_from=333.337.search-
card.all.click

视频:
https://www.bilibili.com/video/BV1rU4y1x71A?spm_id_from=333.337.search-
card.all.click
https://www.bilibili.com/video/BV12b4y1H7C4?spm_id_from=333.337.search-
card.all.click
https://www.bilibili.com/video/BV16Q4y1M7Af?spm_id_from=333.337.search-
card.all.click

========================================
|-- Wnt 信号通路
----------------------------------------

https://baike.baidu.com/item/wnt%E4%BF%A1%E5%8F%B7%E9%80%9A%E8%B7%AF/994227?
fr=aladdin
http://news.sohu.com/a/499996954_121124565
http://www.360doc.com/content/20/0827/11/71281349_932453843.shtml
https://zhuanlan.zhihu.com/p/151217120
https://blog.abclonal.com.cn/2019/11/28/show49/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32822472/

1. Wnt 信号通路简介

Wnt 信号通路广泛存在于无脊椎动物和脊椎动物中，是一类在物种进化过程中高度保守的信号通路。Wnt 信号在

动物胚胎的早期发育、器官形成、组织再生和其它生理过程中，具有至关重要的作用。如果这条信号通路中的关
键蛋白发生突变，导致信号异常活化，就可能诱导癌症的发生。1982 年，R. Nusse 和 H.E. Varmus 在小鼠乳
腺癌细胞中克隆得到第一个 Wnt 基因，最初它被命名为 Int1（integration 1）。后来的研究发现小鼠 Int 基
因与果蝇的无翅基因 wg（wingless）为同源基因，因而将两者合称为 Wnt。H.E. Varmus 本人也因他在癌症
研究中的杰出贡献而获得 1989 年的诺贝尔生理医学奖。
(2) Wnt 信号通路是一个复杂的调控网络，目前认为它包括三个分支：
➤ 经典 Wnt 信号通路，通过 β-Catenin 激活基因转录；
➤ Wnt/PCP 通路（Planar cell polarity pathway），通过小 G 蛋白激活 JNK（c-Jun N-terminal
kinase）来调控细胞骨架重排；
➤ Wnt/Ca2+通路，通过释放胞内 Ca2+来影响细胞粘连和相关基因表达。
一般提到 Wnt 信号通路主要指的是由 β-Catenin 介导的经典 Wnt 信号通路。

(3) 人类 鉴定出了 19 种 Wnt 蛋白

Wnt1, Wnt2, ....

小鼠内 单细胞测序的数据中，匹配到 16 个:
> grep("Wnt", wjl, value=T)
[1] "Wnt6" "Wnt10a" "Wnt2b" "Wnt4" "Wnt2" "Wnt16" "Wnt5b" "Wnt11"
"Wnt9a" "Wnt9b" "Wnt5a" "Wnt10b" "Wnt3" "Wnt7b"
[15] "Wnt1" "Wnt8a"

2. 经典的 Wnt/b-catenin 信号通路

该途径主要通过 b-catenin 的核异位，激活靶基因的转录活性。

该途径的主要组成
- (胞外信号) Wnt 家族分泌蛋白(Wingless / Integrated)
- (受体) 胞膜 Frizzled 家族跨膜受体蛋白及 低密度脂蛋白受体相关蛋白(LDL receptor related
protein, LRP)

#胞浆内
- 胞浆 Dishevelled (Dsh): 正调控因子
- APC( adenomatous polyposis coli): 结肠癌相关抑癌基因，支架蛋白作用
- Axin: 抑癌分子，支架蛋白作用，且帮助 b-catenin 磷酸化
- 丝氨酸/苏氨酸糖原合成酶 3 (serin/threonine glycogen synthase kinase 3, GSK-3): 负调控
因子，使 b-catenin 磷酸化
- b-连环蛋白 (b-catenin): 癌信号，参与 Wnt 信号转导

# 核内
- 细胞核内 TCF/LEF 家族转录调节因子(T-cell factor/Lymphoid enhancer factor, T 细胞因子/淋
巴增强因子): Wnt 途径下游分子，与 b-catenin 发生作用后，激活转录过程。
- 肿瘤相关靶基因: c-myc, cyclinD1, survivin, COX-2, CD44, PPAR, MMP7, VEGF;

========================================
|-- NF-kB, PI3K/Akt/mTOR, MAPK, and CD40 //todo
----------------------------------------
========================================
|-- PI3K/AKT/mTOR pathway //todo
----------------------------------------

========================================
炎性反应 tol 样受体和肿瘤 //todo
----------------------------------------

========================================
如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路
----------------------------------------
https://shengxin.ren/article/575

套路 1： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30761122
从最新文章中找分子，然后迅速做分析：关联、生存分析、TF 分析、lincRNA 分析等。

========================================
肿瘤免疫火得飞起，TIMER 数据库真心好用！
----------------------------------------
https://cloud.tencent.com/developer/news/342313

========================================
你造么？肿瘤数据库除了 TCGA，还有 TCIA！
----------------------------------------
https://cloud.tencent.com/developer/news/329187

TCIA（The Cancer Immunome Atlas， 网站：https://tcia.at/home）

TCIA 就是基于 TCGA 数据开发的，不同的是 TCIA 只提供了 20 个癌种的免疫数据分析。

========================================
Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库--转载
----------------------------------------
https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6393471.html
http://www.sohu.com/a/210710257_170798

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因，想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点，又怕做实验会得到阴
性结果，浪费时间和金钱，这时候你就应该想到 Oncomine 数据库了(www.oncomine.org)。

Oncomine 整合了 GEO、TCGA 和已发表的文献等来源的 RNA 和 DNA-seq 数据，只要你用非营利机构邮箱注册了

就可以免费使用了。下面就以 ERBB2 基因为例跟着小诺一步一步搞定 Oncomine 吧。
========================================
IHEC: the International Human Epigenome Consortium
----------------------------------------
https://www.cell.com/consortium/IHEC

Cell Press is proud to announce the publication of Insights from the International
Human Epigenome Consortium (IHEC). This one-of-a-kind, open access collection
comprises 24 papers published in Cell and other Cell Press journals plus 17 papers
published elsewhere. The collection offers readers epigenetic datasets for primary
human tissues and analyses from researchers around the globe studying the cellular
mechanisms associated with complex human disease. We hope you will enjoy exploring
the Cell Press articles with this interactive graphic. A complete list of all the
consortium papers published is available below the graphic.

========================================
关于一元分析 univariate analysis 和多元分析 multivariate analysis
----------------------------------------
PPT:
COX 回归:
https://wenku.baidu.com/view/1cb38ed8970590c69ec3d5bbfd0a79563d1ed452.html?
rec_flag=default

1.
http://www.dxy.cn/bbs/topic/34341222
菜鸟一枚，病例组与对照组研究，我看文献很多都有 univariate analysis 和 multivariate
analysis，比如年龄性别病理分级等等因素。

问题一：multivariate analysis 是用 cox regression 做的么？那么我自己做的时候添加协变量的顺序

不同，结果好像不一样，该怎么解释？

问题二：univariate analysis 到底是怎么算出来的，用卡方检验算出来的或者 logistic 回归算出来的可

以么？

##
到底是用 cox regression 还是用 logistic regression 是根据你的研究目的来确定的，如果你的研究
中牵涉到随访时间长短了 （常见生存分析）就应该用 cox regression，如果只是个单纯的横断面研究 就用
logistics regression 了。

至于 multivariate analysis 和 univariate analysis 分析的区别，如果你把自变量一同放进 协变量

框子中（不论你选择全部进入法、还是逐步向前、向后的筛选法）得到的结果就是 multivariate analysis
分析的结果；如果你把自变量一个一个的放进协变量框子中，得到的就是 univariate analysis 分析的结果。

在进行 multivariate regression 分析时，在选择逐步法分析时得到的结果，根据协变量的具体顺序，每一

个结果是存在不一样的，因为软件会根据前一个的具体结果，再通过迭代法对下一个进行分析，做出判断，前面
的结果直接就会影响到下一个判断。但是整体的结果一般不会有太大的出入的，一般都是 某个变量 （X1）的 p
值从 0.008 变成 0.009 这种情况，不太可能出现从 0.008 变成 0.20 这种完全相反的结果。
所以我们在分析 multivariate analysis 时一般都会先进行 univariate analysis，根据 univariate
analysis 的结果在选择用何种方法、何种顺序进行 multivariate analysis 分析。

另外，一定要明白一个道理，软件是死的、是很机械的，你给它什么它就按什么出结果（那怕是明显错误的）；
要分析数据，还是要靠具体操作的研究者对手上的数据整体的认识及每一个变量在临床上的具体含义，脱离临床
去分析数据时没有什么意思的。这也是为什么在做统计推断前，要对每一个变量进行统计描述的原因。

2.
http://www.dxy.cn/bbs/thread/35819769#35819769
请教各位，我用多变量 COX 回归做生存分析，一共 88 个病人，随访 5 年，死了 24 例。

我的操作：先做 univarite analysis ： 看很多文章都要 HR 和 95%CI， 我用 KM 法不知道怎么能得到这个

数值，就用 COX 模型了。一个变量一个变量进行分析，共分析了 10 多个，有 4 个有意义，P 值＜0.05。

再做 multivariate analysis：把 4 个有统计学意义的变量和 2 个我认为可能有意义的变量同时选入协变量中

（一共 6 个变量），用“进入”的方法。

1）：不知道这个统计方法用的是否正确。

2）：审稿人的意见：During follow-up period, 24 patients had died in this study. This

means that 2-3 factors were allowed to put into multivatiate cox regression
analysis according to the standard rule。

这个意思是不是我纳入多变量 COX 分析中的变量多了，那怎么减少变量？谢谢！

3）另外，我看有的文章说单变量分析可以用 KM 曲线做，是不是只有分类变量能做？连续变量怎么做，譬如说年
龄？白蛋白可不可以是根据均值分成高组和低组后，做 KM 曲线？谢谢！

##
1，方法没错。
2，cox 对例数有要求，一般是研究因素个数的 15-20 倍，审稿人的意思是你的例数不足以纳入这么多因素，减
少分析因素或增加例数。
3.可以将连续变量分组后分析

========================================
#### 基础实验 ####
----------------------------------------

========================================
检测细胞增殖速度的原理：BrdU 法、CFSE 染色
----------------------------------------
1.
(1) BrdU 需要 DNA 变性后才能与抗体结合
5-BrdU (Bromodeoxyuridine) 是一种核苷类似物，与胸腺嘧啶竞争性整合到 DNA，用于增生细胞的检测。

5-BrdU 对癌细胞系和癌症干细胞数扩增诱导进行性，剂量响应抑制。在 H9 细胞和 BJ 纤维母细胞中，

Bromodeoxyuridine 改变细胞周期分布。BrdU 稳定整合到 DNA，因此可以用于细胞增殖和其他细胞过程的评
估。在大鼠胶质瘤 RG2 肿瘤模型中，5-BrdU (Bromodeoxyuridine) (300 mg/kg, i.p. 或 0.8 mg/ml,
p.o.)显著减慢肿瘤形成。

http://www.abmole.cn/products/5-brdu.html

可代替胸腺嘧啶在 DNA 合成期（S 期），活体注射或细胞培养加入，而后利用抗 Brdu 单克隆抗体，ICC 染色，显

示增殖细胞。同时结合其它细胞标记物，双重染色，可判断增殖细胞的种类，增殖速度，对研究细胞动力学有重
要意义。

Ab 与 BrdU 的结合通常需要通过使细胞暴露于酸或热来使 DNA 变性。BrdU 的测量通常与活性染料和/或 DNA 染色

一起用于细胞周期分析。

ref:https://baijiahao.baidu.com/s?id=1667276298344998848&wfr=spider&for=pc

(2)
BrdU 的替代品是修饰的核苷——EdU（5-乙炔基-2'-脱氧尿苷），与 BrdU 分析不同，EdU 分析不是基于 Ab 的，
因此不需要 DNA 变性，仅用温和的固定和去污剂的透化作用就即可结合 DNA，并且其上面结合的荧光素能够发出
足够高亮度的荧光。

EdU 是另外一种胸腺嘧啶核苷类似物。它也能够在细胞增殖时期代替胸腺嘧啶（T）渗入正在复制的 DNA 分子，通

过基于 EdU 与 Apollo 荧光染料的特异性反应检测 DNA 复制活性，通过检测 EdU 标记便能准确地反映细胞的增殖
情况。

EdU 检测染料只有 BrdU 抗体大小的 1/500，在细胞内很容易扩散，无需 DNA 变性（酸解、热解、酶解等）即可

有效检测，可有效避免样品损伤，在细胞和组织水平能更准确地反映细胞增殖等现象。而 BrdU 需要变性 DNA 后
才能与抗体结合，破坏了 DNA 双链结构，影响了 Hochest 等染色，导致染色弥散，准确性降低等问题（图 2），
逐渐被 EdU 取代。

应用：
这类碱基替代物可以标记细胞分裂产生的时间点。因此，分时掺入 BrdU 和 EdU 可以做双标染色观察到不同的时
间分裂的细胞。比如：用第一天给药 BrdU，第二天给药 EdU，之后染色观察到，BrdU 阳性的细胞就代表了第一
天的，类似的 EdU 代表第二天。

2.
CFSE 标记法可以用来判断细胞增殖程度，CFSE 可以结合到细胞骨架，随着细胞分裂平均分配到两个子代细胞中，
所以随着细胞增殖 CFSE 强度会逐渐减弱。

http://www.dxy.cn/bbs/thread/9568696#9568696

CFSE 是 carboxyflurescein diacetate, succinimidyl ester 的缩写，又称 CFDA-SE 或 CFDA，为活

细胞染料。1994 年由 AB Lyons 首先报道 CFDA-SE 标记细胞增殖检测技术。CFSE-SE 属非极化分子，能自动穿
过细胞膜而进入胞内，在胞内酯酶作用下转变为阴离子化 CFSE，与胞内蛋白赖氨酸侧链及可利用的氨基发生不可
逆结合。在静止细胞内经约 24 小时平衡后，能在胞内保留数月，且随细胞分裂而倍减，当使用流式细胞仪 FL1 进
行荧光强度检测时，每一代分裂细胞均有一个明显可见的波峰。

此技术优点为：能追踪所标记细胞在体内外的分裂，分裂代数可达 8 代；完全可替代 BrdU 或[3H]-TdR 等传统方

法用于检测细胞增殖；可同时应用其它颜色标记的抗体标记增殖细胞膜内、外分子，从而可分析细胞在增殖分裂
过程中的表型及功能变化；可通过流式细胞仪将所需细胞分选出来进一步研究。

========================================
聚合酶链式反应简称 PCR
----------------------------------------
http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2011/05/29/2062291.html

定义　　
聚合酶链式反应，其英文 Polymease Chain Reaction(PCR)是体外酶促合成特异 DNA 片段的一种方法,由高
温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使目的 DNA 得以迅速扩增,具有特异性强、灵
敏度高、操作简便、省时等特点。它不仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究,还可用于疾病的诊断
或任何有 DNA,RNA 的地方．聚合酶链式反应又称无细胞分子克隆或特异性 DNA 序列体外引物定向酶促扩增技术。

工作原理
　　类似于 DNA 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR 由变性--退火(复
性）--延伸三个基本反应步骤构成：①模板 DNA 的变性：模板 DNA 经加热至 93℃左右一定时间后，使模板 DNA
双链或经 PCR 扩增形成的双链 DNA 解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板 DNA
与引物的退火(复性)：模板 DNA 经加热变性成单链后，温度降至 55℃左右，引物与模板 DNA 单链的互补序列配对
结合；③引物的延伸：DNA 模板 --引物结合物在 TaqDNA 聚合酶的作用下，于 72℃左右，以 dNTP 为反应原料，
靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板 DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--
退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循
环需 2～4 分钟，2～3 小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

技术原理
　　DNA 的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链 DNA 在多种酶的作用下可以变性解链成单链，在 DNA
聚合酶与启动子的参与下，根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验中发现，DNA 在高温时也可
以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制 DNA 的变性和复性，并设计引物
做启动子，加入 DNA 聚合酶、dNTP 就可以完成特定基因的体外复制。
　　但是，DNA 聚合酶在高温时会失活，因此，每次循环都得加入新的 DNA 聚合酶，不仅操作烦琐，而且价格昂
贵，制约了 PCR 技术的应用和发展。发现耐热 DNA 聚合同酶--Taq 酶对于 PCR 的应用有里程碑的意义，该酶可以
耐受 90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使 PCR 技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本，PCR
技术得以大量应用，并逐步应用于临床。

========================================
肠道微生物 与肿瘤
----------------------------------------

Paper: (2021, Gut) https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33685966/

口服 LGG 益生菌，能提升 PD-1 抗体的效果。
原因是提高了 DC 数量，进而招募更多的 CD8+T cel 到肿瘤免疫微环境。
机制是 DC 分泌更多的 IFN1.

1. 名词解释
(1)
========================================
肿瘤的十大特征: Hallmarks of Cancer: The Next Generation
----------------------------------------
1. Douglas Hanahan, Robert A. Weinberg (Cell. 2011)
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(11)00127-9
Open ArchiveDOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.02.013

The hallmarks of cancer comprise six biological capabilities acquired during the
multistep development of human tumors. The hallmarks constitute an organizing
principle for rationalizing the complexities of neoplastic disease. They include
sustaining proliferative signaling, evading growth suppressors, resisting cell
death, enabling replicative immortality, inducing angiogenesis, and activating
invasion and metastasis. Underlying these hallmarks are genome instability, which
generates the genetic diversity that expedites their acquisition, and inflammation,
which fosters multiple hallmark functions. Conceptual progress in the last decade
has added two emerging hallmarks of potential generality to this list—reprogramming
of energy metabolism and evading immune destruction. In addition to cancer cells,
tumors exhibit another dimension of complexity: they contain a repertoire of
recruited, ostensibly normal cells that contribute to the acquisition of hallmark
traits by creating the “tumor microenvironment.” Recognition of the widespread
applicability of these concepts will increasingly affect the development of new
means to treat human cancer.

https://www.jianshu.com/p/b32d27df9953
癌细胞有十大特征，这十个特征分别是：

1.自给自足生长信号（Self-Sufficiency in Growth Signals）

2.抗生长信号的不敏感（Insensitivity to Antigrowth Signals）
3.抵抗细胞死亡(Resisting Cell Death)
4.潜力无限的复制能力(Limitless Replicative Potential)
5.持续的血管生成(Sustained Angiogenesis)
6.组织浸润和转移(Tissue Invasion and Metastasis)
7.避免免疫摧毁(Avoiding Immune Destruction)
8.促进肿瘤的炎症（Tumor Promotion Inflammation）
9.细胞能量异常（Deregulating Cellular Energetics）
10.基因组不稳定和突变（Genome Instability and Mutation）。

这十个肿瘤细胞区别于正常细胞的特征是治疗肿瘤的靶点，是生物靶向治疗的基础。

其一：生长信号的自给自足
   在人体这个迄今为止最为复杂的系统中，倘若一个细胞想要改变其现有状态（如从静止到生长分化状态的改
变），必须接收到一系列相关指令，这一过程才能进行，就像军队中的令行禁止一样。就这样，数以万亿计的细
胞各司其职，在和谐统一的秩序中维系着人体的健康。到目前为止，科学家在正常细胞中还没有发现一例例外。

   这些改变细胞状态的指令，生物学上称之为信号分子，它们多是外源的，即由另一类细胞产生，这也是人体保
持自我平衡的重要机制。信号分子通过与靶细胞上相应指令接收器（受体）相结合，细胞状态改变这一过程得以
实施。

   在这方面，癌细胞是截然不同的，它们通过种种“奇巧淫技”把自己对外源生长信号的依赖降到了最低限度。
首先癌细胞们获得自己发号施令的能力，也就是说它们可以自行其是的合成生长分化所需的生长信号，无需依赖
外源性信号。比如科学家们发现在神经胶母细胞瘤和恶性肉瘤中的癌细胞就分别获得了合成 PDGF（血小板源生长
因子）和 TGFα（肿瘤生长因子 α）的能力。其次癌细胞还会大量表达其表面的信号接收器，这样就可以富集周围
微环境中的生长信号从而进入生长分化状态（注：正常情况下，未经富集浓度的生长信号不足以触发生长分化）。
此外癌细胞还会改造它周围的一些正常细胞成为生长信号的生产工厂供其使用，并招募一些帮凶细胞，如成纤维
细胞和内皮细胞来帮助它们生长分化。

其二：对抑制生长信号不敏感
   平衡似乎是人体系统中最重要的关键词。人体内除了有生长信号外，还存在着生长抑制信号。在细胞分裂的不
同阶段，都有一些分子如同看家护院的“爱犬”一般时刻检测这些细胞的“身体状况”和周边环境，根据情况来
决定细胞的未来的命运：或是继续生长分化，或是仍然处于静止期，抑或丧失生长分化能力进入有丝分裂的后期。
这样正常细胞才能保持动态平衡的状态，进行有序的生长分化。对于癌细胞来说，如果想要扩大自己的地盘，不
断地生长分化，必须逃避这些“爱犬”分子的监控。他们主要策略就是通过基因突变使得这些“爱犬”分子失去
活性，从而实现对抑制生长信号不敏感的目的。

其三：规避细胞凋亡
   逃避细胞凋亡几乎是所有类型的癌细胞都具有的能力。负责细胞凋亡的信号分子大体上可以分为两类：一类如
同上文所述的“爱犬”分子，如一种名叫 p53 的蛋白就是其中最重要的成员之一；另一类则负责执行细胞凋亡。
前者监控细胞内外环境，一旦发现不正常情况足以触发细胞凋亡，即指挥后者执行。目前科学研究证实，DNA 损
伤，信号分子的失衡以及机体缺氧都有可能触发细胞凋亡。

   细胞凋亡是人体防癌抑癌的主要屏障。在“爱犬”分子眼中，癌细胞就是一种状态不正常的细胞，而癌细胞逃
避细胞凋亡的主要方法是通过基因突变使 p53 蛋白失活。统计显示大约超过 50%的人类癌症中发现 p53 蛋白的失
活。

其四：具有无限的复制潜力
   在细胞体外培养实验中，人们观察到，大多数正常细胞仅有 60 次左右的分裂能力。科学家已经证实，细胞的
分裂能力与染色体末端的一段数千个碱基的序列有关。这段序列成为端粒，每经一个分裂周期，这段序列就会减
少 50～100 个碱基，随着分裂次数的渐多，端粒变得越来越短，后果就是其无法再保护染色体的末端，染色体也
就无法顺利复制，进而导致细胞的衰老死亡。

   研究结果表明，所有类型的癌细胞都有维持端粒的能力。这种能力主要是通过过量表达端粒酶实现的。端粒酶
主要功能是为端粒末端添加所需碱基，以保证端粒不会因复制而缩短。

其五：持续的新生血管形成
   对细胞来说，血管就是最重要的“粮道”。这个“粮道”对于细胞正常生长并良好地行使其功能是如此重要，
以至于一个细胞与其最近的毛细血管的距离不能超过 100 微米。

   通常情况下，在组织形成和器官发生这些生理过程中，血管生成是受到精细调控的，而且这种情况下的血管形
成也是暂时的，当上述生理过程结束后，血管生成即会停止。促进和抑制血管生成的信号分子通常处于“势均力
敌”的平衡状态。

   癌细胞获得持续的新生血管形成能力就是通过打破这种平衡状态开始的。科学家们在许多类型的肿瘤当中发现，
一些促进血管形成的信号分子如 VEGF（血管内皮生长因子)和 FGF（成纤维细胞生长因子）的表达水平都远高于
相应的正常组织对照，而一些起抑制作用的信号分子如 thrombospondin-1 或 β-interferon 的表达则下降。
其六：侵袭和转移
   人体中的正常细胞除了成熟的血细胞外，大多数需要粘附在特定的胞外基质上才能存活并正常行使功能，比如
上皮细胞及内皮细胞，一旦脱离细胞的胞外基质则会发生细胞凋亡。将这些细胞粘附在胞外基质或互相粘附在一
起的分子称为细胞粘附分子，它们如同“锚”把船固定在港口一样发挥着锚定的作用。

   E-钙粘素是目前研究最深入的细胞粘附分子之一。它在上皮细胞中广泛表达，而在大多数上皮细胞癌中则发现
活性的丧失，而丧失的方式有多种多样，如基因水平上突变导致的失活及蛋白水平上活性区域被降解导致的失活
等。科学家们认为 E-钙粘素在上皮细胞癌中发挥着广泛的抑制癌细胞侵袭和转移的作用。它的活性的丧失标志着
癌细胞在获得第六种武器的道路上迈出了重要的一步。

其七：免疫逃避
   无论是固有免疫还是适应性免疫系统在肿瘤清除中都起着重要的作用。而实体肿瘤却都具有不同的逃逸人体免
疫系统监视的功能，从而确保它们不被免疫细胞如 T 细胞，B 细胞，巨噬细胞和自然杀伤细胞的杀伤和清除。在结
肠癌和卵巢癌患者中，那些体内含有大量 CTLs 和 NK 杀伤细胞的病人状况要比缺少这些免疫细胞的病人好得多。
而在那些具有高度免疫原性的癌细胞中，它们通常会通过分泌 TGF-β 或其它免疫抑制因子来瘫痪人体的免疫系统。

其八：调控细胞代谢
   即便在有氧气的条件下，癌细胞也会通过调控，使其能量主要来源于无氧糖酵解的代谢方式，这被称为“有氧
糖酵解”。目前已经有研究证实了在神经胶质瘤和其它种类的癌细胞中，异柠檬酸盐脱氢酶功能上的突变也许和
细胞能量代谢方式的改变有关，它能提高细胞中氧化物的含量从而影响基因组的稳定性，还可以稳定细胞中的
HIF-1 转录因子以提高癌细胞的血管生成和浸润能力。

其九：基因不稳定性和易突变
   肿瘤复杂的发生过程可以归根于癌细胞基因的不断突变。在需要大量基因突变来诱导肿瘤发生时，癌细胞常常
会提高其对可诱导基因突变物质的敏感性，从而加快它们基因突变的速度。在该过程中，由于某些稳定和保护
DNA 的基因发生突变，会显著提高癌症的发生几率。尽管在不同类型的肿瘤中基因突变的种类不同，但均可以发
现大量稳定和修复基因组 DNA 的功能缺失。提示我们肿瘤细胞的一大重要特征就是固有的基因组不稳定性。

其十：引发炎症反应
   在过去数十年中，大量的研究证实了炎症反应（注：主要由固有免疫细胞引起）和癌症发病机理之间的关系：
炎症反应可为肿瘤微环境提供各种生物激活分子，例如包括生长因子（可维持癌细胞的增殖信号）、生存因子
（可抑制细胞死亡）、促血管生成因子和细胞外基质修饰酶（可利于血管生长，癌细胞浸润和转移）、以及其它
诱导信号（可激活 EMT 和癌细胞的其它一些特征）。此外，炎性细胞还会分泌一些化学物质，其中 ROS 可以加快
临近癌细胞的基因突变，加速它们的恶化过程。
2.Hallmarks of Cancer: New Dimensions (Cancer Discov. 2022)
Douglas Hanahan 1
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35022204/

The hallmarks of cancer conceptualization is a heuristic tool for distilling the

vast complexity of cancer phenotypes and genotypes into a provisional set of
underlying principles. As knowledge of cancer mechanisms has progressed, other
facets of the disease have emerged as potential refinements. Herein, the prospect
is raised that phenotypic plasticity and disrupted differentiation is a discrete
hallmark capability, and that nonmutational epigenetic reprogramming and
polymorphic microbiomes both constitute distinctive enabling characteristics that
facilitate the acquisition of hallmark capabilities. Additionally, senescent cells,
of varying origins, may be added to the roster of functionally important cell types
in the tumor microenvironment. SIGNIFICANCE: Cancer is daunting in the breadth and
scope of its diversity, spanning genetics, cell and tissue biology, pathology, and
response to therapy. Ever more powerful experimental and computational tools and
technologies are providing an avalanche of "big data" about the myriad
manifestations of the diseases that cancer encompasses. The integrative concept
embodied in the hallmarks of cancer is helping to distill this complexity into an
increasingly logical science, and the provisional new dimensions presented in this
perspective may add value to that endeavor, to more fully understand mechanisms of
cancer development and malignant progression, and apply that knowledge to cancer
medicine.

========================================
*** 临床高通量测序与肿瘤诊断、治疗 ***
----------------------------------------

1. 其他人的小工具

一键搜索泛癌种已发表预测模型 https://kaopubear.top/blog/sharelink/

2. 重做新人 NGS 肿瘤研究可以学什么呢？

https://kaopubear.top/blog/2021-08-14-learn-lung-cancer/
在任何一个领域，当你作为菜鸡进入的时候通常都会面临着这样一种情景：抬眼望去你的面前是经验阅历丰富可
能还比你年轻的同辈，你的身后是这个领域积累了几年甚至十几年的知识储备，你左顾右盼时到处似乎都是不应
该错过的信息。你知道自己的的眼光应该放在这个领域的三五年之后，但又清楚自己的现状明显是多数人的三五
年之前，头脑和思维则处于这种身体和眼光的脱节之中，无处安放无所适从。

以肺癌为例，初步了解了肺癌是什么之后，从临床角度出发的几个方向就是肺癌的筛查、诊断和治疗和预后；每
个角度又都可能涉及到类似于异质性和进化等等这类机制内容；如果考虑肺癌作为一种异质性疾病的病理特征，
上面这些角度又可以按照非小细胞肺癌和小细胞肺癌分别讨论，当然，非小细胞肺癌又可以区分为腺癌和鳞癌。

NGS 作为一种成熟的技术手段，无论是生物标志物、分子检测还是辅助诊断指导治疗等等，在以上所有内容中都
有着成熟或潜力巨大的应用，这些都是会逐步展开介绍和学习的。

当然，除了学术研究，我们不妨同样把目光投向现在的 NGS 肿瘤检测和肿瘤创新药研发行业，看看国内外这些产

业的头部大公司都在做什么。

主线和大纲 思维导图 https://kaopubear.top/blog/2021-08-14-learn-lung-cancer/

- 筛查
- 诊断
- 治疗
* 靶向治疗
- 驱动基因突变
- DNA 损伤修复
- 细胞周期关卡
* 免疫治疗
- 单克隆抗体
- 免疫检查点抑制剂: PD1-PDL1, CTLA4
- CAR-T
- 肿瘤疫苗
* 耐药机制
- 预后

NGS 应用
* 生物标志物
- PD-L1 表达
- MSI
- TMB
- TKIs
- cfDNA
- DNA 甲基化
* 分子检测
- EGFR mutations
- ALK rearrangements
- ROS-1 rearrangements
- BRAF Val600Glu
- RET rearrangements
- MET exon 14 skipping mutations
- NTRK fusions
- HER-2 over-expression
- HER-2 mutations
- BRAF positive
- MET-amplified
 - KRAS positive
* 罕见突变基因
- 腺癌
- 鳞癌
- 小细胞癌
* 基因表达异常
* 辅助诊断
* 指导治疗
* 鉴定耐药机制
* 异质性
- 肿瘤异质性
- 瘤内异质性
- 肿瘤分支进化
* 单细胞临床应用

行业
- NGS 肿瘤检测: 国内外
- 创新药研发: 国内外

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------
========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------

========================================
----------------------------------------