TRƯỜ NG ĐẠ I HỌ C TÂ Y NGUYÊ N

KHOA CHĂN NUÔI-THÚ Y

TIỂU LUẬN

MÔ N HỌ C: DỊCH TỄ HỌ C THÚ Y

TÊN CHUYỆN ĐỀ:

PHÂ N TÍCH THỐ NG KÊ FILE

TIÊ U CHẢ Y LỢ N CON BẰ NG R STUDIO

HỌ VÀ TÊN SINH VIÊN: PHẠ M THỊ HẢ O

MÃ SỐ SINH VIÊN: 21305309

LỚP: THÚ Y K21A

NIÊN KHÓA: 2021-2026

Đắ k Lắ k, Thá ng 4 Nă m 2023
 1. Thống kê mô tả
Mô tả cường độ cầu trùng ở các trại4
> library(FSA)
> Summarize(cdcautrung~trai,data=trong)
trai n mean sd min Q1 median Q3 max
1 HD 221 718.9140 506.7963 480 480 480 960 3840
2 NA 208 717.6923 548.1938 480 480 480 960 3840
3 SS 182 727.9121 574.6842 480 480 480 960 3840

Bả ng: cườ ng độ cầ u trù ng ở cá c trạ i

STT Trạ i n (số heo) Mean(SD)

1 HD 221 718,91(506,80)
2 NA 208 717,69(548,19)
3 SS 182 727.91(574,68

Ghi chú : mean: giá trị trung bình, SD: độ chênh lệch số

Mô tả tỷ lệ nái tiêu chảy, viêm cổ tử cung, viêm vú sữa, mất sữa ở các trại
library(binom)
> table(naitc,trai)
trai
naitc HD NA SS
- 0 208 195 150
+ 0 13 13 32
> pos=c(13,13,32)
> neg=c(208,195,150)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")
method x n mean lower upper
1 exact 13 221 0.05882353 0.03168944 0.09848957
2 exact 13 208 0.06250000 0.03369512 0.10450567
3 exact 32 182 0.17582418 0.12348121 0.23904778
> library(binom)
> table(naivtc,trai)
trai
naivtc HD NA SS
- 0 210 208 171
+ 0 11 0 11
> pos=c(11,0,11)
> neg=c(210,108,171)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")
method x n mean lower upper
1 exact 11 221 0.04977376 0.02510549 0.08731223
2 exact 0 108 0.00000000 0.00000000 0.03357955
3 exact 11 182 0.06043956 0.03055421 0.10556821

2
Bả ng 1: Tỷ
lệ ná i tiêu chả y và Ná i bị viêm tử cung ở cá c trạ i
STT Trạ Ná i tiêu chả y Ná i viêm tử cung
i +/n %(KTC 95%) +/n %(KTC 95%)
1 HD 13/221 5,88%(3,17- 11/221 4,98%(2,51-
9,85%) 8,73%)
2 NA 13/208 6,25%(3,37- 0/208 0%(0%)
10,45%)
3 SS 32/182 17,58%(12,34- 11/182 6,04%(3,06-
23,90) 10,56%)

Ghi chú : (+/n) số mẫ u dương tính/số mẫ u phâ n tích

> library(binom)
> table(naivv,trai)
trai
naivv HD NA SS
- 0 221 208 182
> pos=c(221,208,182)
> neg=c(0,0,0)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")binom.confint(pos,total,method="exact")
> library(binom)
> table(naimatsua,trai)
trai
naimatsua HD NA SS
- 208 208 182
+ 13 0 0
> pos=c(13,0,0)
> neg=c(208,108,182)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")
method x n mean lower upper
1 exact 13 221 0.05882353 0.03168944 0.09848957
2 exact 0 108 0.00000000 0.00000000 0.03357955
3 exact 0 182 0.00000000 0.00000000 0.02006454

Bả ng 2: Tỷ lệ ná i viêm tử cung và Ná i mấ t sữ a ở cá c trạ i

STT Trạ Ná i viêm vú Ná i mấ t sữ a

i +/n %(KTC 95%) +/n %(KTC 95%)
1 HD 0/221 0% 13/221 4,98%(3,17-
9,85%)
2 NA 0/208 0% 0/208 0%(0-3%)
3 SS 0/182 0% 0/182 0%(0-2%)

Ghi chú : (+/n) số mẫ u dương tính/số mẫ u phâ n tích.

> install.packages("binom")
> library(binom)
> table(tieuchay,trai)
3
 trai
tieuchay HD NA SS
0 0 129 153 111
1 0 92 55 71
> pos=c(92,55,71)
> neg=c(129,153,111)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")
method x n mean lower upper
1 exact 92 221 0.4162896 0.3505539 0.4843020
2 exact 55 208 0.2644231 0.2058363 0.3298580
3 exact 71 182 0.3901099 0.3188183 0.4650429

Bả ng 3: Tỷ lệ tiêu chả y ở lợ n con ở các trạ i

STT Trạ i +/n %(KTC 95%)
1 HD 92/221 41,63%(35,06-
48,43)
2 NA 55/208 26,44%(20,58-
32,98)
3 SS 71/182 39,01%(31,88-
46,50)

Ghi chú : (+/n) số mẫ u dương tính/số mẫ u phâ n tích

Mô tả lợn chết do mẹ đè ở các trại

> library(binom)
> table(chetdomede,trai)
trai
chetdomede HD NA SS
- 0 218 203 179
+ 0 3 5 3
> pos=c(3,5,3)
> neg=c(218,203,179)
> total=pos+neg
> binom.confint(pos,total,method="exact")
method x n mean lower upper
1 exact 3 221 0.01357466 0.002808218 0.03915622
2 exact 5 208 0.02403846 0.007850262 0.05520323
3 exact 3 182 0.01648352 0.003412283 0.04741384

STT Trạ i +/n %(KTC 95%)

1 HD 3/221 41,63%(35,06-48,43)
2 NA 5/208 26,44%(20,58-32,98)
3 SS 31/182 39,01%(31,88-46,50)

4
Ghi chú : (+/n) số mẫ u dương tính/số mẫ u phâ n tích

2.Kiểm định thống kê

Dùng biểu đồ qqnorm
> qqnorm(klcaisua)
> qqline(klcaisua,col=12)

Kiểm định phân bố chuẩn

> shapiro.test(tieuchay)

Shapiro-Wilk normality test

data: tieuchay
W = 0.60602, p-value < 2.2e-16

Trị số p <0,05 phâ n phố i củ a tiêu chả y khô ng tuâ n theo phâ n phố i
chuẩ n
Kiểm định t một mẫu
> mean(klsosinh)
[1] NA
> qt(0.95, 624)
[1] 1.647299
> t.test(klsosinh, mu=1.3)

One Sample t-test

data: klsosinh
t = -8.7896, df = 610, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true mean is not equal to 1.3
95 percent confidence interval:
1.208293 1.241789
sample estimates:
mean of x
1.225041

5
Nhậ n xét: R cho biết độ tin cậ y 95% là từ 1.208293 kg đến 1,241789 kg

Kiểm định Wilcoxon cho hai mẫu

> wilcox.test(tieuchay~ cautrung)

Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data: tieuchay by cautrung

W = 39193, p-value = 0.2141
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Nhậ n xét: Trị số p=0,214 cho thấ y mứ c độ khá c biệt giữ a tiêu chảy và khô ng
tiêu chả y khô ng có ý nghĩa thố ng kê

Phân tích phương sai phi tham số (Kruskal - Wallis test)

> kruskal.test(tieuchay ~ trai)

Kruskal-Wallis rank sum test

data: tieuchay by trai

Kruskal-Wallis chi-squared = 12.003, df = 2, p-value = 0.002475

Trị số p từ kiểm định nà y rấ t thấ p (p=0,002475) cho thấ y sự khá c biệt giữ ba
nhó m như phâ n tích phương sai trên, cụ thể

> pairwise.wilcox.test(trong$klsosinh, trong$trai,p.adjust.method = "BH")

Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data: trong$klsosinh and trong$trai

HD NA
NA 0.82 -
SS 2.3e-08 8.3e-08

P value adjustment method: BH

Bả ng 4: so sá nh cá c trạ i xem có sự khá c biệt hay khô ng

Trạ i Sự khá c biệt

NA và HD khô ng
SS và HD có
SS và NA có

Kiểm định Chi bình phương

> chisq.test(trai,tieuchay)

Pearson's Chi-squared test

6
data: trai and tieuchay
X-squared = 12.022, df = 2, p-value = 0.002451

Trị số p từ kiểm định nà y hỏ hơn 0,05 (p=0,002475) cho thấ y sự khá c biệt giữ ba nhó
tích phương sai trên, cụ thể:

> tctable=table(trai,tieuchay)
> pairwise.prop.test(tctable,p.adjust.method="none")

Pairwise comparisons using Pairwise comparison of proportions

data: tctable

HD NA
NA 0.0013 -
SS 0.6665 0.0111

P value adjustment method: none

3.Mô hình hồi quy tuyến tính (MHHQTT)

MHHQTT đơn biến

> m1= lm(klcaisua ~ klsosinh); m1

Call:
lm(formula = klcaisua ~ klsosinh)

Coefficients:
(Intercept) klsosinh
3.879 1.219

> summary(m1)

Call:
lm(formula = klcaisua ~ klsosinh)

Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.45099 -0.21966 0.09278 0.28034 0.78034

Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 3.87888 0.09278 41.81 <2e-16 ***
klsosinh 1.21889 0.07459 16.34 <2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.3871 on 598 degrees of freedom

(12 observations deleted due to missingness)
Multiple R-squared: 0.3087, Adjusted R-squared: 0.3075
F-statistic: 267 on 1 and 598 DF, p-value: < 2.2e-16

Nhậ n xét: kết quả củ a R cho ta thấ y p<0,05 ( 2,2e-16) có ý nghĩa thố ng kê. Vớ i
α=3,88 và β=1,22 chú ng ta có thể ướ c lượ ng khố i lượ ng cai sữ a cho bấ t kì khố i
7
lượ ng sơ sinh nà o nhưng vớ i điều kiện trong khoả ng sơ sinh củ a mẫ u bằ ng
phuingw trình hồ i quy tuyến tính
Khố i lượ ng cai sữ a = α+β* khố i lượ ng sơ sinh
= 3,88+1,22* khố i lượ ng sơ sinh

MHHQTT đa biến
> m2= lm(klcaisua~songaytc+klsosinh); summary(m2)

Call:
lm(formula = klcaisua ~ songaytc + klsosinh)

Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.52394 -0.14810 0.05004 0.17991 0.73051

Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 4.370185 0.069956 62.47 <2e-16 ***
songaytc -0.127229 0.005391 -23.60 <2e-16 ***
klsosinh 0.961466 0.054791 17.55 <2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.2786 on 597 degrees of freedom

(12 observations deleted due to missingness)
Multiple R-squared: 0.6424, Adjusted R-squared: 0.6412
F-statistic: 536.2 on 2 and 597 DF, p-value: < 2.2e-16

Nhậ n xét: kết quả củ a R cho chú ng ta thấ y R α=4.370185 β1=0.127229

β2=0.961466. Trị số là 2e-16 < 0,05 có ý nghĩa thố ng kê

Mô hình hồi quy logistic

> logistic = glm(tieuchay ~ klsosinh, family="binomial")
> summary(logistic)

Call:
glm(formula = tieuchay ~ klsosinh, family = "binomial")

Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 1.5031 0.5288 2.842 0.00448 **
klsosinh -1.7241 0.4340 -3.972 7.12e-05 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)

Null deviance: 796.19 on 610 degrees of freedom

Residual deviance: 779.31 on 609 degrees of freedom
(1 observation deleted due to missingness)
AIC: 783.31

Number of Fisher Scoring iterations: 4

8
> exp(cbind("Odds ratio" = coef(logistic), confint.default(logistic, level =
0.95)))
Odds ratio 2.5 % 97.5 %
(Intercept) 4.4957423 1.59467421 12.674500
klsosinh 0.1783276 0.07616618 0.417518
> 1-0.1426322
[1] 0.8573678

Nhận xét: R cho ra kết quả β=-1.7241 và p=7.12e-05 bé hơn 0,05 cho
nên phương trình có ý nghĩa thố ng kê.

Khối lượng sơ sinh có liên quan tới tiêu chảy

β có giá trị âm nên tỷ lệ nghịch, khối lượng sơ sinh càng nhỏ thì tỷ lệ mắc
tiêu chảy càng nhỏ và ngược lại, khối lượng sơ sinh càng lớn thì tỷ lệ mắc
tiêu chảy càng ít đi.