Hướng dẫn sử dụng

AutoDock Phiên bản 4.2

Đã cập nhật cho phiên bản 4.2.6

Tự động kết nối các phối tử linh hoạt với các thụ thể linh hoạt

Garrett M. Morris, David S. Goodsell, Michael E. Pique, William “Lindy” Lindstrom, Ruth
Huey, Stefano Forli, William E. Hart, Scott Halliday, Rik Belew và Arthur J. Olson

Ngày sửa đổi: 28/07/2014 15:30D7/P7

AutoDock, AutoGrid, AutoDockTools, Bản quyền © 1991-2009
 Nội dung
Docking tự động
Giới thiệu ……………………………………………….……………………..3
Bắt đầu với AutoDock..................................................... ......................................3
Có gì mới?..............................................................................................................5
Hỗ trợ……………………………………………………………………….…….7
Tổng quan lý thuyết về chức năng tính điểm năng lượng tự do............................ 8
Sử dụng AutoDock
BƯỚC 1:Chuẩn bị tọa độ ................................................. ..................................12
Tạo tệp PDBQT bằng AutoDockTools........... ....................................................13
BƯỚC 2:Chạy AutoGrid ………………………………………………….….18
Tạo tập tin tham số lưới bằng AutoDockTools ............ ......................................19
BƯỚC3: Chạy AutoDock……………………………………………………….20
Chọn giao thức cho ứng dụng của bạn........... .....................................................21
Tạo tập tin tham số gắn đế bằng AutoDockTools............. ..................................23
BƯỚC 4: Đánh giá kết quả của việc lắp ghép........... .........................................24
Thông tin trong tệp nhật ký gắn đế……………………………………………...24
Phân tích kết quả lắp ghép bằng AutoDockTools ………………………………24
Phụ lục I: Định dạng tệp AutoDock
Định dạng PDBQT cho tập tin tọa độ......................................... ........................ 27
Định dạng PDBQT cho chuỗi bên thụ thể linh hoạt ............ .............................. 29
Tệp tham số lưới AutoGrid:GPF ......................................................... ...............30
Tệp tham số nguyên tử………………………………………………………….33
Tập tin bản đồ lưới ................................................................................. ............35
Tệp trường bản đồ lưới .................... ......................................................................36
Tệp tham số AutoDock Docking: DPF
Phụ lục II: Tùy chỉnh Giao thức kết nối
Giới thiệu................................................................................................... ..........51
Ví dụ về tệp tham số gắn đế………………………………………………..……56
Phụ lục III: Lắp các vòng linh hoạt bằng AutoDock
Giới thiệu........................................................... ……………………............61
Vòng linh hoạt ………………………………………………………………62
Tài liệu tham khảo…………………………………………………………..65
Phụ lục IV: Tài liệu tham khảo AutoDock
 Auto Docking

Giới thiệu

AutoDock là một quy trình tự động dự đoán sự tương tác của các phối tử với các mục tiêu
phân tử sinh học. Động lực của công việc này xuất phát từ các vấn đề trong việc thiết kế các hợp
chất có hoạt tính sinh học và đặc biệt là lĩnh vực thiết kế thuốc có sự hỗ trợ của máy tính. Tiến
bộ trong tinh thể học tia X phân tử sinh học tiếp tục cung cấp các cấu trúc protein và axit
nucleic quan trọng.
Những cấu trúc này có thể là mục tiêu cho các tác nhân hoạt tính sinh học trong việc kiểm
soát bệnh tật ở động vật và thực vật, hoặc đơn giản là chìa khóa để hiểu biết về các khía cạnh cơ
bản của sinh học. Sự tương tác chính xác của các tác nhân hoặc phân tử ứng cử viên đó với mục
tiêu của chúng là rất quan trọng trong quá trình phát triển. Mục tiêu của chúng tôi là cung cấp
một công cụ tính toán để hỗ trợ các nhà nghiên cứu xác định các phức hợp phân tử sinh học.
Trong bất kỳ sơ đồ lắp ghép nào, hai yêu cầu xung đột nhau phải được cân bằng: mong muốn
có một quy trình mạnh mẽ và chính xác cũng như mong muốn duy trì nhu cầu tính toán ở mức
hợp lý.
Quy trình lý tưởng sẽ tìm ra mức tối thiểu tổng thể về năng lượng tương tác giữa cơ chất và
protein mục tiêu, khám phá tất cả các bậc tự do (DOF) có sẵn cho hệ thống.
Tuy nhiên, nó cũng phải chạy trên máy tính trong phòng thí nghiệm trong một khoảng thời
gian tương đương với các tính toán khác mà nhà nghiên cứu cấu trúc có thể thực hiện, chẳng hạn
như sàng lọc tinh thể. Để đáp ứng những nhu cầu này, một số kỹ thuật lắp ghép đã đơn giản hóa
quy trình lắp ghép.
AutoDock kết hợp hai phương pháp để đạt được những mục tiêu này: đánh giá năng lượng
nhanh chóng dựa trên lưới điện và tìm kiếm tự do xoắn một cách hiệu quả.
Phiên bản hiện tại của AutoDock, sử dụng Thuật toán di truyền Lamarckian và chức năng
chấm điểm năng lượng tự do theo kinh nghiệm, thường sẽ cung cấp kết quả lắp ghép có thể lặp
lại cho các phối tử có khoảng 10 liên kết linh hoạt. Phần mềm liên quan của chúng tôi,
AutoDock Vina (http://vina.scripps.edu), sử dụng chức năng tính điểm đơn giản hơn cho phép
phương pháp tìm kiếm nhanh hơn và cung cấp kết quả có thể lặp lại cho các hệ thống lớn hơn
với hơn 20 liên kết linh hoạt. Phần thảo luận đầy đủ hơn về các tùy chọn được đưa vào bên dưới
trong phần "Chọn giao thức cho ứng dụng của bạn".
Hướng dẫn này bao gồm thông tin về các phương pháp và tệp được AutoDock sử dụng cũng
như thông tin về việc sử dụng AutoDockTools để tạo các tệp này và phân tích kết quả.
Bắt đầu với AutoDock
AutoDock và AutoDockTools, giao diện đồ họa người dùng cho AutoDock có sẵn trên
WWW tại:
http://autodock.scripps.edu/
Trang WWW cũng bao gồm nhiều tài nguyên để sử dụng AutoDock, bao gồm Hướng
dẫn chi tiết hướng dẫn người dùng cách sử dụng AutoDock cơ bản, gắn đế bằng các vòng
linh hoạt và sàng lọc ảo bằng AutoDock. Hướng dẫn có thể được tìm thấy tại:
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial
Tính toán AutoDock được thực hiện theo một số bước:
1) Chuẩn bị tệp tọa độ bằng AutoDockTools,
2) Tính toán trước ái lực nguyên tử bằng AutoGrid,
3) Ghép các phối tử bằng AutoDock
4) Phân tích kết quả bằng AutoDockTools.
Bước 1
Chuẩn bị tập tin phối hợp. AutoDock4.2 được tham số hóa để sử dụng mô hình protein và
phối tử bao gồm các nguyên tử hydro phân cực, nhưng không bao gồm các nguyên tử hydro
liên kết với các nguyên tử cacbon. Định dạng PDB mở rộng, được gọi là PDBQT, được sử
dụng cho các tệp tọa độ, bao gồm điện tích từng phần nguyên tử và loại nguyên tử. Trường
lực AutoDock hiện tại sử dụng một số loại nguyên tử cho các nguyên tử phổ biến nhất, bao
gồm các loại riêng biệt cho nguyên tử cacbon béo và thơm, cũng như các loại riêng biệt cho
các nguyên tử phân cực tạo thành liên kết hydro và những loại không tạo ra liên kết hydro.
Các tệp PDBQT cũng bao gồm thông tin về mức độ tự do xoắn. Trong trường hợp các chuỗi
bên cụ thể trong protein được coi là linh hoạt, một tệp PDBQT riêng cũng được tạo cho tọa
độ chuỗi bên. AutoDockTools, Giao diện người dùng đồ họa cho AutoDock, có thể được sử
dụng để tạo tệp PDBQT từ tệp PDB truyền thống.
Bước 2
Tính toán AutoGrid. Đánh giá năng lượng nhanh chóng đạt được bằng cách tính toán
trước thế năng ái lực nguyên tử cho từng loại nguyên tử trong phân tử phối tử được gắn vào.
Trong quy trình AutoGrid, protein được nhúng vào lưới ba chiều và một nguyên tử thăm dò
được đặt tại mỗi điểm lưới. Năng lượng tương tác của nguyên tử đơn lẻ này với protein
được gán cho điểm lưới. Lưới ái lực AutoGrid được tính toán cho từng loại nguyên tử trong
phối tử, điển hình là cacbon, oxy, nitơ và hydro, cũng như lưới điện thế tĩnh điện và khả
năng khử hòa tan. Sau đó, trong quá trình tính toán AutoDock, năng lượng của cấu hình
phối tử cụ thể được đánh giá bằng cách sử dụng các giá trị từ lưới.
Bước 3
Kết nối bằng AutoDock. Việc kết nối được thực hiện bằng một trong một số phương
pháp tìm kiếm. Phương pháp hiệu quả nhất là thuật toán di truyền Lamarckian (LGA),
nhưng các thuật toán di truyền truyền thống và mô phỏng cũng có sẵn. Đối với các hệ thống
điển hình, AutoDock được chạy nhiều lần để đưa ra một số sự phù hợp được gắn đế và phân
tích năng lượng dự đoán cũng như tính nhất quán của kết quả được kết hợp để xác định giải
pháp tốt nhất.
Bước 4
Phân tích bằng AutoDockTools. AutoDockTools bao gồm một số phương pháp để phân
tích kết quả mô phỏng lắp ghép, bao gồm các công cụ để phân cụm kết quả theo sự tương tự
về hình dạng, trực quan hóa sự phù hợp, trực quan hóa sự tương tác giữa các phối tử và
protein cũng như trực quan hóa tiềm năng ái lực do AutoGrid tạo ra.

Có gì mới?
AutoDock 4.2 bao gồm một số cải tiến so với các phương pháp có sẵn trong AutoDock
3.0.
Tính linh hoạt của Sidechain. AutoDock 4.2 cho phép kết hợp tính linh hoạt hạn chế của
sidechain vào thụ thể. Điều này đạt được bằng cách tách phần thụ thể thành hai tệp và xử lý
phần cứng bằng đánh giá năng lượng AutoGrid và xử lý phần linh hoạt bằng các phương
pháp tương tự như phối tử linh hoạt.
Trường lực. Trường lực AutoDock 4.2 được thiết kế để ước tính năng lượng tự do liên kết
của phối tử với thụ thể. Nó bao gồm một thuật ngữ khử sunfat dựa trên điện tích được cập
nhật, những cải tiến về tính định hướng của liên kết hydro và một số mô hình cải tiến về trạng
thái không liên kết.
Các loại nguyên tử mở rộng. Các thông số đã được tạo cho một tập hợp mở rộng các loại
nguyên tử bao gồm halogen và các ion kim loại thông thường.
Mô hình phá hủy. Mô hình khử hòa tan hiện được tham số hóa cho tất cả các loại nguyên
tử được hỗ trợ thay vì chỉ carbon. Do đó, hàm hằng số trong AutoGrid không còn được sử
dụng nữa vì quá trình khử các nguyên tử phân cực được xử lý một cách rõ ràng. Mô hình mới
yêu cầu tính toán một bản đồ mới trong AutoGrid chứa thông tin giải phóng dựa trên điện
tích.
Trạng thái không ràng buộc. Một số mô hình có sẵn để ước tính năng lượng của trạng
thái không liên kết, bao gồm mô hình mở rộng và mô hình trong đó trạng thái không liên kết
được coi là giống hệt với trạng thái liên kết với protein.
Đối với người dùng AutoDock 4.0, có một số thay đổi trong AutoDock 4.2:
Trạng thái không liên kết mặc định. Mô hình mặc định cho trạng thái không liên kết đã
được thay đổi từ “mở rộng” thành “ràng buộc=không liên kết”. Điều này nhằm giải quyết các
vấn đề dai dẳng khi lắp ghép các phối tử đông đúc về mặt không gian. Mô hình trạng thái
không liên kết “mở rộng” có sẵn trong AutoDock 4.2 thông qua việc sử dụng từ khóa “không
liên kết mở rộng”.
Khả năng tương thích ngược. Chúng tôi đã cố gắng hết sức để đảm bảo rằng các tệp thông
số gắn đế được tạo để sử dụng trong AutoDock 4.0 phải được AutoDock 4.2 chạy chính xác.
Đối với người dùng AutoDock 4.2.3 hoặc 4.2.4, có một số thay đổi trong AutoDock
4.2.5:
 Kiểm soát đầu ra tốt hơn. Để đáp ứng việc sử dụng rộng rãi AutoDock trong sàng lọc ảo,
chúng tôi đã sửa đổi lệnh “outlev” để cho phép kiểm soát nhiều hơn mức đầu ra. Giá trị mặc
định là “1” giờ đây sẽ xuất ra thông tin chủ yếu về sự tuân thủ và phân tích được gắn đế, đồng
thời các cấp cao hơn sẽ cung cấp thông tin chẩn đoán.
Chương trình sẽ tạm dừng do có lỗi nghiêm trọng. Một số tình trạng lỗi trước đây đã đưa
ra cảnh báo giờ đây sẽ khiến AutoDock tạm dừng. Đây là phản hồi về việc sử dụng
AutoDock trong sàng lọc ảo,trong đó người dùng không thể kiểm tra từng thử nghiệm lắp ghép
riêng lẻ và có thể không nhận thấy các lỗi nghiêm trọng.
Tĩnh điện bên trong phối tử hiện được 'bật' theo mặc định. Các tương tác tĩnh điện giữa các
nguyên tử không liên kết trong các phối tử linh hoạt hiện được coi là 'bật' theo mặc định. Các
bản phát hành Auto Dock trước đây yêu cầu lệnh “intelec” để bật tính năng này. Nếu bạn muốn
bỏ qua những tương tác này và khôi phục hành vi mặc định trước đó, hãy sử dụng “tắt intelec”
trong DPF của bạn.
Tính nhất quán của trường lực. Việc làm mịn các thế năng đã được thêm vào các thế năng bên
trong, để làm cho chúng phù hợp với thế năng năng lượng liên phân tử. Điều này sẽ có ảnh
hưởng nhỏ đến sự phù hợp khi lắp ghép với các thụ thể cứng và có thể có ảnh hưởng đáng kể
đến sự phù hợp và năng lượng tự do dự đoán khi lắp ghép với các thụ thể linh hoạt. Ngoài ra, lỗi
về đầu ra năng lượng với các thụ thể linh hoạt đã được sửa và khoảng cách cắt tiềm năng khử
hòa tan trong phối tử của AutoDock đã được tăng lên để phù hợp với AutoGrid.
Đối với người dùng AutoDock 4.2.5, có một số thay đổi trong AutoDock 4.2.6:
Nền tảng. Nhiều nền tảng máy tính được hỗ trợ:
• Linux2 trên Intel i86 (32-bit) và trên Intel x86_64 (64-bit)

• Linux3 trên Intel x86_64 (64-bit)

• Macintosh OS X 10.5 (Leopard) trên PowerPC (32 và 64-bit), OS X 10.5-10.9 (Leopard,

Snow Leopard, Lion, Mountain Lion và Mavericks) trên Intel i86 (32-bit) và Intel x86_64 (64-
bit)
• Solaris 8 (SunOS 5.8) trên SPARC

• Windows 5 (XP), 6 (Vista), 7, 8.1 trên Intel i86.

Giờ đây, cả AutoDock và AutoGrid đều được biên dịch bằng số học có độ chính xác kép.
Ngoài ra còn có khả năng tương thích đa nền tảng tốt hơn của trình tạo số ngẫu nhiên nội bộ.
Cải thiện việc kiểm tra lỗi. Đã cải thiện việc kiểm tra lỗi của các đối số dòng lệnh.
AutoDock hiện kiểm tra số nguyên tử xác định độ xoắn bên trong và độ xoắn "uốn cong".
Công việc và hoạt động Xuất xứ và khả năng tái tạo. Mỗi tệp nhật ký gắn đế (dlg) luôn chứa
tên máy chủ, ngày chạy, thư mục làm việc và tên của tệp PDBQT đầu vào. Mỗi lần chạy lắp
ghép luôn chứa các hạt giống số ngẫu nhiên ban đầu, tổng năng lượng cuối cùng và trạng thái
cuối cùng ở định dạng thống nhất phù hợp cho phân tích tự động. Gọi “autodock4 (hoặc
autogrid4) –version” báo cáo các tùy chọn cấu hình thời gian biên dịch.
Phân cụm nhiều thuật toán tìm kiếm. Giờ đây, bạn có thể sử dụng nhiều phương pháp tìm
kiếm trong một tác vụ AutoDock: ví dụ: 50 lần chạy Thuật toán di truyền Lamarckian, sau đó là
50 lần chạy Luyện kim mô phỏng.
 Việc chạy được thực hiện tuần tự: không có kết quả nào được chuyển từ thuật toán này sang
thuật toán tiếp theo. Tất cả các kết quả được xếp hạng và nhóm lại với nhau trong bước phân
tích khi kết thúc toàn bộ công việc.
Trực quan hóa quá trình luyện kim mô phỏng và các lần chạy chỉ tìm kiếm cục bộ. Giờ đây,
bạn có thể sử dụng ADT (Công cụ AutoDock) để trực quan hóa kết quả từ các công việc
AutoDock sử dụng quá trình ủ mô phỏng hoặc chỉ tìm kiếm cục bộ. Bạn phải tải xuống bản
dựng ADT mới nhất từ http://mgltools.scripps.edu/downloads/latest
4.2.6 Giới hạn phát hành. Lệnh “do_local_only” chạy thuật toán pseudo-solis-wets, ngay cả
khi solis-wets đã được chỉ định bằng cách sử dụng “set_local sw1”. Điều này chỉ áp dụng cho
“do_local_only”: lệnh “ga_run” sẽ sử dụng bất kỳ tìm kiếm cục bộ nào đã được chỉ định.
(Chúng tôi đề xuất pseudo-solis-wets cho tất cả các tìm kiếm cục bộ: “set psw1”).
Để biết thêm thông tin về bản phát hành này, hãy xem Ghi chú cho bản phát hành 4.2.6 trên
AutoDock 4.2 tải về trang web.

Hỗ trợ
AutoDock được phân phối, có mã nguồn đầy đủ, miễn phí. Tuy nhiên, có một số lưu ý.
Thứ nhất, vì chúng tôi nhận được nguồn tài trợ hạn chế để hỗ trợ cộng đồng học thuật của
người dùng nên chúng tôi không thể đảm bảo phản hồi cho các truy vấn về cài đặt và sử dụng.
Mặc dù có tài liệu nhưng nó có thể yêu cầu ít nhất một số khả năng Unix cơ bản để cài đặt. Nếu
bạn vẫn cần trợ giúp:
(1)Hãy hỏi quản trị viên hệ thống hoặc chuyên gia lập trình tại địa phương của bạn để
được trợ giúp về việc biên dịch, sử dụng Unix/Linux, v.v.
Tham khảo trang web AutoDock, nơi bạn sẽ tìm thấy nhiều thông tin và trang Câu hỏi thường
gặp (Câu hỏi thường gặp) với các câu trả lời về AutoDock: http://autodock.scripps.edu/faqs-help
(2) Nếu bạn không thể tìm thấy câu trả lời cho vấn đề của mình, hãy gửi câu hỏi của bạn đến
Danh sách AutoDock (ADL) hoặc Diễn đàn AutoDock. Có nhiều người dùng dày dặn kinh
nghiệm về phần mềm hóa học tính toán và một số người dùng AutoDock có thể đã biết câu trả
lời cho câu hỏi của bạn. Bạn có thể tìm hiểu thêm về ADL trên WWW tại:
http://mgldev.scripps.edu/mailman/listinfo/autodock
Diễn đàn có sẵn trên WWW tại: http://mgl.scripps.edu/forum
(3) Nếu bạn đã thử (1), (2) và (3) mà vẫn không tìm được câu trả lời, hãy gửi email đến
goodell@scripps.edu nếu có thắc mắc về AutoGrid hoặc AutoDock; hoặc tới rhuey@scripps.edu
nếu có câu hỏi về AutoDockTools.
Cảm ơn sự hiểu biết của bạn!
Địa chỉ email
Arthur J. Olson, tiến sĩ olson@scripps.edu David S. Goodsell, Tiến sĩ goodell@scripps.edu
Ruth Huey, tiến sĩ rhuey@scripps.edu Fax: +1 (858) 784-2860
Viện nghiên cứu Scripps
Phòng thí nghiệm đồ họa phân tử Khoa Sinh học Phân tử, Thư thả MB-5 10550 Đường Bắc
Torrey Pines La Jolla, CA 92037-1000, Hoa Kỳ
 Lý thuyết
Tổng quan về chức năng chấm điểm năng lượng tự do
AutoDock 4.2 sử dụng trường lực năng lượng tự do bán thực nghiệm để đánh giá sự phù hợp
trong quá trình mô phỏng lắp ghép. Trường lực được tham số hóa bằng cách sử dụng một số
lượng lớn các phức chất ức chế protein mà cả cấu trúc và hằng số ức chế, hay Ki, đều đã biết.

Trường lực đánh giá sự ràng buộc theo hai bước. Phối tử và protein bắt đầu ở dạng không
liên kết. Trong bước đầu tiên, năng lượng nội phân tử được ước tính cho sự chuyển đổi từ các
trạng thái không liên kết này sang cấu trúc của phối tử và protein ở trạng thái liên kết. Bước thứ
hai sau đó đánh giá năng lượng liên phân tử của việc kết hợp phối tử và protein trong cấu trúc
liên kết của chúng.
Trường lực bao gồm sáu đánh giá theo cặp (V) và ước tính entropy hình dạng bị mất khi liên
kết (ΔSconf):

trong đó L dùng để chỉ “phối tử” và P dùng để chỉ “protein” trong phép tính lắp ghép phối tử
- protein.
Mỗi thuật ngữ năng lượng theo cặp bao gồm các đánh giá về sự phân tán/lực đẩy, liên kết
hydro, tĩnh điện và sự khử nước:

Các hằng số trọng số W đã được tối ưu hóa để hiệu chỉnh năng lượng tự do theo kinh nghiệm
dựa trên một tập hợp các hằng số liên kết được xác định bằng thực nghiệm. Số hạng đầu tiên là
thế năng 6/12 điển hình cho các tương tác phân tán/đẩy. Các tham số được dựa trên trường lực
Amber. Số hạng thứ hai là số hạng liên kết H định hướng dựa trên thế năng 10/12. Các tham số
C và D được ấn định để cho độ sâu giếng tối đa là 5 kcal/mol ở mức 1,9Å đối với liên kết hydro
với oxy và nitơ và độ sâu giếng là 1 kcal/ mol ở 2,5Å đối với liên kết hydro với lưu huỳnh. Hàm
E(t) cung cấp tính định hướng dựa trên góc t từ hình học liên kết H lý tưởng. Số hạng thứ ba là
thế Coulomb được sàng lọc cho tĩnh điện. Số hạng cuối cùng là thế năng khử hòa tan dựa trên
thể tích nguyên tử (V) bao quanh một nguyên tử nhất định và che chở nó khỏi dung môi, được
tính bằng tham số hòa tan (S) và số hạng hàm mũ với hệ số trọng số khoảng cách σ=3,5Å. Để có
bản trình bày chi tiết về các chức năng này, vui lòng xem các báo cáo đã xuất bản của chúng tôi,
có trong Phụ lục IV.
Theo mặc định, AutoGrid và AutoDock sử dụng một bộ tham số và trọng số tiêu chuẩn cho
trường lực. Tuy nhiên, từ khóa tham số_file có thể được sử dụng để sử dụng các tệp tham số tùy
chỉnh. Định dạng của tệp tham số được mô tả trong Phụ lục I.
Một số phương pháp ước tính mức độ đóng góp của trạng thái không liên kết được triển
khai trong AutoDock. Trong Autodock 3.0 và các phiên bản cũ hơn, giả định được đưa ra là
dạng không liên kết của phối tử (Vràng buộc trong phương trình trên) giống như cấu hình gắn
đế cuối cùng của phối tử (VL-L liên kết trong phương trình trên) giới thiệu một phương pháp tạo
dạng phối tử mở rộng để mô hình hóa trạng thái không liên kết.
Tuy nhiên, báo cáo từ người dùng tiết lộ rằng phương pháp này đã gây ra sự cố nghiêm
trọng với các phân tử đông đúc về mặt không gian và phương pháp mặc định đã được thay đổi
thành giả định ràng buộc=không ràng buộc trong AutoDock 4.2 trở lên. Ngoài ra, còn có tùy
chọn không liên kết do người dùng xác định tình trạng.

Xem lưới trong AutoDockTools. Protein được hiển thị ở bên trái dưới dạng liên kết màu
trắng và hộp lưới được hiển thị ở bên phải. Các đường viền màu xanh lam bao quanh các khu
vực trong hộp thuận lợi nhất cho sự liên kết của các nguyên tử carbon và các đường viền màu
đỏ hiển thị các khu vực có lợi cho các nguyên tử oxy. Một phối tử được hiển thị bên trong
hộp ở phía trên bên phải.

Tiềm năng của AutoDock. Ví dụ về bốn đóng góp cho trường lực AutoDock được hiển thị
trong biểu đồ này. Thế năng phân tán/đẩy là do sự tương tác giữa hai nguyên tử carbon.
Thế liên kết hydro, kéo dài đến mức tối thiểu khoảng –2 kcal/mol, được thể hiện trong tương
tác oxy-hydro. Thế tĩnh điện được thể hiện khi tương tác giữa hai nguyên tử tích điện trái dấu với
điện tích nguyên tử đầy đủ. Khả năng khử nước được thể hiện ở một nguyên tử cacbon, với
khoảng 10 nguyên tử chiếm chỗ nước ở mỗi khoảng cách.
 Sử dụng AutoDock
BƯỚC 1: Chuẩn bị tọa độ
Bước đầu tiên là chuẩn bị các tệp tọa độ phối tử và thụ thể bao gồm thông tin cần thiết cho
AutoGrid và AutoDock. Các tệp tọa độ này được tạo ở định dạng tệp tọa độ dành riêng cho
AutoDock, được gọi là PDBQT, bao gồm:
1) Nguyên tử hydro phân cực;
2) Năng lương từng phần;
3) Các loại nguyên tử;
4) Thông tin về sự khớp nối của các phân tử linh hoạt.
Đối với phép tính lắp ghép thông thường, bạn sẽ tạo một tệp tọa độ cho thụ thể và một tệp tọa
độ riêng cho phối tử. Trong các vị trí docking nơi các axit amin được chọn trong thụ thể được
coi là linh hoạt, bạn sẽ tạo tệp thứ ba bao gồm tọa độ của các nguyên tử trong phần linh hoạt của
thụ thể.
Trong một nghiên cứu điển hình, người dùng chuẩn bị các tệp tọa độ theo một số bước bằng
AutoDockTools. Hướng dẫn chi tiết có sẵn trên trang AutoDock WWW để hướng dẫn bạn thực
hiện quy trình này. Hai bước đầu tiên có thể được thực hiện bằng cách sử dụng các công cụ trong
menu Edit của AutoDockTools hoặc bằng các chương trình tạo mô hình phân tử khác:
1) Thêm nguyên tử hydro vào phân tử.
2) Thêm năng lượng từng phần.
Sau đó, đọc phân tử vào AutoDockTools bằng cách sử dụng menu Ligand (cho phối tử)
hoặc Grid (cho thụ thể) và tạo tệp PDBQT:
3) Xóa các hydro không phân cực và hợp nhất điện tích của chúng với các nguyên tử
carbon.
4) Chỉ định các loại nguyên tử, xác định chất nhận và chất cho liên kết hydro cũng như các
nguyên tử cacbon thơm và béo.
5) Chọn một nguyên tử gốc sẽ đóng vai trò là gốc cho mô tả tính linh hoạt của cây xoắn.
6) Xác định các liên kết xoay và xây dựng cây xoắn.

Có một số điều cần lưu ý trong quá trình này:

Hãy cẩn trọng. AutoDockTools và PMV hiện sử dụng phiên bản sửa đổi của Babel để
thêm các nguyên tử hydro và ấn định điện tích. Thật không may, phương pháp này gặp rắc rối
với một số phân tử. Trong những trường hợp đó, vị trí và điện tích hydro có thể được chỉ định
theo phương pháp ưa thích của người dùng, ví dụ : sử dụng Reduce, InsightII, Quanta, Sybyl,
AMBER hoặc CHARMm.
Kiểm tra vị trí hydro của bạn. Ngoài ra, hầu hết các hệ thống mô hình hóa đều thêm
hydro phân cực theo hướng mặc định, thường giả sử mỗi góc xoắn mới là 0° hoặc 180°. Không
có hình thức nào đó tinh chế, điều này có thể dẫn đến các vị trí giả cho liên kết hydro. Một
lựa chọn là làm giảm lượng hydro và thực hiện giảm thiểu cơ học phân tử trên cấu trúc. Một
cách khác là sử dụng một chương trình như “pol_h”, lấy cấu trúc hydro phân cực được thêm
mặc định làm đầu vào, lấy mẫu các vị trí thuận lợi cho mỗi proton di động và chọn vị trí tốt
nhất cho mỗi proton. Vị trí “thông minh” này của các hydro phân cực di động có thể đặc
biệt quan trọng đối với tyrosine, serine và threonine.
Chú ý đến các dư lượng bị xáo trộn. Cần thận trọng khi tệp PDB chứa các dư
lượng bị xáo trộn, trong đó các chỉ báo vị trí thay thế (cột 17) đã được chỉ định. Đối với mỗi
nguyên tử như vậy, người dùng chỉ phải chọn một trong các vị trí thay thế có thể có, đảm
bảo rằng tập hợp nhất quán cục bộ được chọn.
Ngẫu nhiên hóa tọa độ bắt đầu khi lắp lại. Trong các thí nghiệm gắn lại, trong đó
tọa độ từ phức hợp protein-phối tử đã biết được tách ra và gắn vào đế, điều quan trọng là
phải ngẫu nhiên hóa cấu hình của phối tử trước khi nó được gắn vào đế. Các kỹ thuật được
sử dụng để thực hiện xoay phối tử có thể bị sai lệch để ưu tiên các giá trị xoay bằng 0, do
đó, để có được kết quả không thiên vị, hãy tạo tệp pdbqt với tọa độ phối tử ngẫu nhiên bằng
cách sử dụng lệnh "Ngẫu nhiên" trong menu Phối tử ADT, sau đó sử dụng lệnh này tập tin
tọa độ ngẫu nhiên cho các thí nghiệm lắp ghép.
Xin lưu ý: chuẩn bị tọa độ là bước quan trọng nhất trong quá trình mô phỏng lắp
ghép. Chất lượng và độ chính xác của kết quả được neo sẽ chỉ tốt bằng chất lượng của tọa
độ bắt đầu. Hãy quan trọng và kiểm tra cẩn thận các vị trí của hydro, phân loại nguyên tử,
điện tích một phần và khớp nối của các phân tử để đảm bảo rằng chúng có ý nghĩa về mặt
hóa học. Nếu bạn đang sử dụng phương pháp Babel trong AutoDockTools để thêm điện tích
và hydro, hãy kiểm tra cẩn thận kết quả và chỉnh sửa nếu cần—phương pháp này thường
gặp sự cố với các phân tử như nucleotide.

Tạo tệp PDBQT trong AutoDockTools

Tổng quan về AutoDockTools
AutoDockTools là một tập hợp các lệnh được triển khai trong Trình xem phân tử Python
(PMV), cung cấp Giao diện người dùng đồ họa cho AutoGrid và AutoDock. Nó có sẵn tại:
http:// autodock.scripps.edu/resources/adt.
Cửa sổ AutoDockTools có một số phần:
1) Ở trên cùng là các menu truy cập các phương thức chung có sẵn trong PMV. Chúng
bao gồm các công cụ để đọc và ghi tọa độ và hình ảnh, để sửa đổi tọa độ, để lựa chọn và
trực quan hóa.
2) Một hàng nút ở trên cùng cho phép truy cập nhanh vào các công cụ phổ biến nhất của
PMV
3) Bên dưới các nút, có một loạt menu truy cập các công cụ dành riêng cho AutoDock của
AutoDockTools.
4) Trình xem phân tử 3-D ở giữa bên phải.5) Bảng điều khiển, nằm ở bên trái trình xem,
cho phép lựa chọn, hiển thị và tô màu nhanh chóng các phân tử hiện được hiển thị trong
trình xem.
Nguyên tử và điện tích hydro
Các công cụ có sẵn trong PMV được sử dụng để đọc tọa độ trong PDB và các định dạng khác,
để thêm hydrogens, để chọn các phần của phân tử và thêm một phần điện tích. Tất cả các chức
năng này đều được truy cập thông qua các menu ở đầu cửa sổ PMV. Một số lệnh hữu ích sẽ
được mô tả ở đây—để biết thêm thông tin về nhiều chức năng khác của PMV, vui lòng xem tài
liệu PMV.
File>ReadMolecule: mở trình duyệt cho phép đọc tệp tọa độ PDB.
Edit>Delete: một số tùy chọn để xóa toàn bộ phân tử, bộ nguyên tử đã chọn hoặc nguyên tử
hydro.
Edit>Hydrogens>Add: tùy chọn để thêm tất cả hydrogens hoặc hydrogens phân cực bằng
Babel.
Edit>Charges:: tùy chọn tính toán phí Gasteiger cho các phân tử tùy ý sử dụng Babel.
Tệp PDBQT phối tử - Menu “Ligand”
Sau khi tọa độ phối tử được tạo bằng các nguyên tử và điện tích hydro, chúng có thể được xử
lý trong menu “Ligand” để tạo tệp PDBQT phối tử.
Ligand>Input>QuickSetup: sử dụng các giá trị mặc định để tạo tệp PDBQT. Các tệp PDB có
thể được đọc từ trình xem PMV hoặc từ một tệp và được ghi trực tiếp vào tệp PDBQT mới. Xin
lưu ý rằng nguyên tử hydro sẽ không được thêm vào.
Ligand>Input>Open: đọc tọa độ từ một tệp.

Ligand>Input>Choose: chọn một phân tử đã được đọc vào PMV.

 Ligand>Input>OpenAsRigid: đọc tệp PDBQT hiện có và ghi tệp mới mà KHÔNG có hoạt
động xoắn nào.
Ligand>TorsionTree>ChooseRoot: chọn thủ công nguyên tử gốc.
Ligand>TorsionTree>DetectRoot: tự động phát hiện gốc cung cấp cây con lớn nhất nhỏ nhất.
Ligand>TorsionTree>ShowRootExpansion: dành cho các phân tử có nhiều nguyên tử
trong gốc, hiển thị các hình cầu nhỏ để hiển thị tất cả các nguyên tử trong gốc, bao gồm các
nguyên tử được kết nối với mỗi nguyên tử gốc bằng liên kết cứng.
Ligand>TorsionTree>ShowRootMarker: hiển thị một hình cầu trên nguyên tử gốc.
Ligand>TorsionTree>ChooseTorsions: khởi chạy trình duyệt tương tác để chọn các liên kết
có thể xoay được.
Trái phiếu có thể xoay được hiển thị bằng màu xanh lá cây và trái phiếu không thể xoay được
hiển thị bằng màu đỏ.
Các liên kết có khả năng xoay nhưng được coi là cứng, chẳng hạn như liên kết amit và liên
kết được người dùng làm cứng, được thể hiện bằng màu đỏ tươi. Việc xoay trái phiếu có thể
xoay có thể được bật và tắt bằng cách nhấp vào trái phiếu.
Ligand>TorsionTree>SetNumberOfTorsions: đặt số lượng liên kết có thể xoay trong phối tử
bằng cách để số lượng liên kết được chỉ định là có thể xoay. Hai tùy chọn sẽ chọn các vòng
xoắn làm quay ít nguyên tử nhất trong phối tử hoặc nhiều nguyên tử nhất trong phối tử.
Ligand>AromaticCarbon>SetNames: nhấp vào vị trí nguyên tử sẽ chuyển đổi các nguyên tử
carbon giữa thơm và aliphatic. Cacbon thơm được thể hiện bằng màu xanh lá cây. Nhấp vào
nút “Dừng” khi hoàn tất.
Ligand>AromaticCarbon>Tiêu chí thơm: Đặt độ lệch góc so với độ phẳng mà
AutoDockTools sử dụng để xác định các vòng thơm.
Phối tử>Đầu ra>RandomizethenSaveasPDBQT:ngẫu nhiên hóa cấu hình của phối tử và ghi
tệp PDBQT được định dạng.
Ligand>Đầu ra:mở trình duyệt để ghi tệp PDBQT được định dạng.
Tệp PDBQT của Receptor cứng - Menu “Lưới”
Để tính toán việc lắp ghép bằng cách sử dụng tọa độ thụ thể cứng nhắc, hãy thêm các nguyên
tử hydro và điện tích trong PMV, sau đó đọc tọa độ vào AutoDockTools bằng menu “Grid”.
Lưới>Đại phân tử>Mở: khởi chạy trình duyệt để mở tệp PDBQT hiện có.
Lưới>Đại phân tử>Chọn: chọn một phân tử đã được đọc vào PMV trước đó. Nó sẽ hợp nhất
các nguyên tử và điện tích hydro không phân cực, gán cacbon thơm và nhắc người dùng viết tệp
PDBQT.
Tệp PDBQT của Receptor linh hoạt – Menu “FlexibleResidues”
Để tính toán việc lắp ghép với độ linh hoạt đã chọn trong thụ thể, hãy thêm các nguyên tử
hydro và điện tích trong PMV, sau đó tạo hai tệp PDBQT trong AutoDockTools, một cho phần
cứng của thụ thể và một cho các nguyên tử linh hoạt.
FlexResidues>Đầu vào>OpenMacromolecule: khởi chạy trình duyệt để mở tệp PDBQT hiện
có.
FlexResidues>Đầu vào>ChọnMacromolecule: chọn một phân tử đã được đọc trước đó vào
PMV. Nó sẽ hợp nhất các nguyên tử và điện tích hydro không phân cực, gán cacbon thơm
và nhắc người dùng viết tệp PDBQT.
Linh hoạtDư lượng>ChọnTorsionsInCurrentlySelectedResidues:
dư lượng linh hoạt được chọn bằng cách sử dụng các công cụ trong menu “Chọn” của
PMV, sau đó tùy chọn này được sử dụng để chỉ định các dư lượng này là linh hoạt. Giống
như phối tử, bạn có thể chọn liên kết nào có thể xoay bằng cách nhấp vào liên kết.
FlexResidues>Hiển thị lạiMacromolecule: dọn dẹp màn hình.
Dư lượng linh hoạt>Đầu ra>SaveRigidPDBQT:
FlexResidues>Đầu ra>SaveFlexiblePDBQT: hai lệnh này khởi chạy trình duyệt để ghi
các tệp PDBQT cho phần cứng của bộ phận tiếp nhận và phần linh hoạt của bộ phận tiếp
nhận.

BƯỚC 2: Chạy AutoGrid

AutoDock yêu cầu các bản đồ lưới được tính toán trước, mỗi bản đồ cho mỗi loại nguyên tử
có trong phối tử được gắn vào đế. Điều này giúp thực hiện việc tính toán lắp ghép nhanh chóng.
Những bản đồ này được tính toán bởi AutoGrid. Bản đồ lưới bao gồm một mạng ba chiều gồm
các điểm cách đều nhau, bao quanh (toàn bộ hoặc một phần) và tập trung vào một số vùng quan
tâm của đại phân tử đang nghiên cứu. Đây có thể là protein, enzyme, kháng thể, DNA, RNA
hoặc thậm chí là tinh thể polymer hoặc ion. Khoảng cách điểm lưới thông thường thay đổi từ
0,2Å đến 1,0Å và mặc định là 0,375Å (khoảng một phần tư chiều dài của liên kết đơn carbon-
carbon). Mỗi điểm trong bản đồ lưới lưu trữ thế năng của một nguyên tử hoặc nhóm chức 'thăm
dò' do tất cả các nguyên tử trong đại phân tử tạo ra.
AutoGrid yêu cầu tệp tham số lưới để chỉ định các tệp và tham số được sử dụng trong tính
toán. Tệp tham số lưới thường có phần mở rộng “.gpf”. Như được mô tả bên dưới,
AutoDockTools có thể được sử dụng để tạo tệp tham số lưới. Mô tả đầy đủ về tệp tham số lưới
có trong Phụ lục I.
Để chạy AutoGrid, lệnh được đưa ra như sau:
% autogrid4 -p macro.gpf [-l macro.glg]
trong đó '-p macro.gpf' chỉ định tệp tham số lưới và '-l macro.glg' chỉ định tệp nhật ký
được ghi trong quá trình tính toán lưới. Nếu không có tệp nhật ký nào được chỉ định, đầu ra
sẽ được ghi vào thiết bị đầu cuối.
AutoGrid viết ra các bản đồ lưới ở dạng ASCII để dễ đọc và di chuyển; AutoDock yêu cầu
bản đồ lưới định dạng ASCII. Để biết mô tả về định dạng của tệp bản đồ lưới, hãy xem Phụ lục I.
Kiểm tra năng lượng tối thiểu và tối đa trong mỗi bản đồ lưới: chúng được báo cáo ở cuối tệp
nhật ký AutoGrid (ở đây là “macro.glg”) . Năng lượng van der Waals tối thiểu và năng lượng
liên kết hydro thường là -10 đến -1 kcal/mol, trong khi năng lượng van der Waals tối đa được
giới hạn ở mức +105 kcal/mol. Thế tĩnh điện có xu hướng dao động từ khoảng -103 đến +103
kcal/mol/e: nếu cả hai đều bằng 0, hãy kiểm tra để đảm bảo rằng điện tích một phần đã được ấn
định trên đại phân tử.
Cũng như các bản đồ lưới, AutoGrid tạo hai tệp có phần mở rộng là '.fld' và '.xyz'. Cái trước
là tệp trường tóm tắt các bản đồ lưới và cái sau mô tả phạm vi không gian của các lưới trong
không gian Descartes.
Tạo tệp tham số lưới trong AutoDockTools
Các công cụ có sẵn trong menu “lưới” của AutoDockTools có thể được sử dụng để tạo các tệp
tham số lưới.
Lưới>OpenGPF: lấy tham số từ tệp tham số lưới hiện có.
Lưới>Đại phân tử: có các tùy chọn để mở tệp PDBQT hiện có hoặc chọn phân tử đã được đọc
bằng PMV.
Grid>SetMapTypes: công cụ để xác định loại nguyên tử cho các lưới sẽ được tính toán.
Các lưới phải được tính toán cho từng loại nguyên tử trong phối tử và nếu các chuỗi bên
linh hoạt được sử dụng trong thụ thể thì các loại nguyên tử của chúng cũng phải được đưa
vào. Tùy chọn “Trực tiếp” cho phép người dùng nhập trực tiếp danh sách các loại nguyên
tử. Các tùy chọn khác cho phép người dùng xác định các loại nguyên tử dựa trên phối tử
hoặc dư lượng linh hoạt đã được PMV đọc hoặc mở PDBQT phối tử hoặc dư lượng linh
hoạt và sử dụng các loại nguyên tử trong các tệp này.
Lưới>SetMapTypes>SetUpCovalentMap: chỉ định các tham số để tạo bản đồ cộng hóa trị,
bản đồ này có thể được sử dụng trong các ứng dụng chuyên biệt để ưu tiên liên kết một nguyên
tử phối tử nhất định ở một vị trí. Điều này đặc biệt hữu ích cho việc ghép các phức hợp cộng hóa
trị giữa phối tử và protein.
Điều này sẽ tính toán một lưới riêng biệt với loại nguyên tử “Z” với giếng Gaussian thuận lợi
tại tọa độ đã cho. Thế năng sẽ có năng lượng bằng 0 tại địa điểm, tăng lên đến độ cao hàng rào
năng lượng ở các khu vực xung quanh.
Lưới>GridBox: khởi chạy các lệnh tương tác để thiết lập kích thước và tâm lưới.
Để nhập số trên nút xoay, hãy đặt con trỏ lên nút xoay và nhập giá trị mới. Nhấp chuột phải
vào ngón tay cái sẽ cung cấp nhiều tùy chọn hơn. QUAN TRỌNG: khi hoàn tất, hãy sử dụng tùy
chọn “đóng lưu hiện tại” trong menu “Tệp” trên Bảng tùy chọn lưới. Các tùy chọn trong menu
“Trung tâm” trên trình duyệt cung cấp các phương pháp khác nhau để chọn tâm của hộp lưới.
Grid>OtherOptions: cho phép đặc tả và chỉnh sửa tệp tham số hiện có.
Lưới>Đầu ra: ghi tệp tham số lưới mới.
Grid>EditGPF: trình chỉnh sửa tương tác cho các tệp tham số lưới, cho phép xem tệp tham số
lưới mới nhất được viết bởi AutoDockTools.

BƯỚC 3: Kết nối với AutoDock

AutoDock sử dụng một trong một số thuật toán tìm kiếm hình dạng để khám phá các trạng thái
hình dạng của phối tử linh hoạt, sử dụng bản đồ do AutoGrid tạo ra để đánh giá tương tác phối
tử- protein tại mỗi điểm trong mô phỏng lắp ghép. Trong một đế cắm thông thường, người dùng
sẽ gắn một phối tử nhiều lần để có được nhiều cấu hình được gắn đế. Các kết quả có thể được
nhóm lại để xác định sự phù hợp tương tự—điều này được mô tả chi tiết hơn trong phần Phân
tích (Bước 4, bên dưới).
AutoDock yêu cầu: 1) bản đồ lưới cho từng loại nguyên tử trong phối tử, được AutoGrid tính
toán,
2) tệp PDBQT cho phối tử và 3) tệp tham số lắp ghép chỉ định các tệp và tham số cho tính
toán lắp ghép. AutoDockTools có thể được sử dụng để tạo tệp tham số gắn đế, như được mô tả
bên dưới, tệp này thường có phần mở rộng “.dpf”. Mô tả đầy đủ về tệp tham số gắn đế có trong
Phụ lục I. AutoDock ghi tọa độ được gắn cuối cùng vào tệp nhật ký gắn đế. Như được mô tả
trong Bước 4 bên dưới, những sự tuân thủ được gắn đế này có thể được xem bằng
AutoDockTools, chúng có thể được ghi dưới dạng tệp PDBQT bằng AutoDockTools hoặc chúng
có thể được lấy trực tiếp từ tệp nhật ký gắn đế bằng trình soạn thảo văn bản.
Tính toán AutoDock được bắt đầu từ dòng lệnh bằng lệnh sau:
% autodock4 [-i][-u][-t] -p lig.dpf [-l lig.dlg]
Các tham số đầu vào được chỉ định bởi “-p lig.dpf”, và tệp nhật ký chứa đầu ra và kết quả từ
việc gắn đế được xác định bởi “-l lig.dlg”. Đây là cách sử dụng AutoDock thông thường và thực
hiện phép tính lắp ghép tiêu chuẩn.
-p dpf_filename
Chỉ định tệp tham số gắn đế.
-l dlg_filename
Chỉ định tệp nhật ký lắp ghép. Nếu bỏ qua điều này, đầu ra sẽ được ghi vào một tệp có cùng
tên gốc với dpf.
-i
Điều này được sử dụng để bỏ qua mọi lỗi tiêu đề bản đồ lưới có thể phát sinh do tên tệp xung
đột. Điều này ghi đè việc kiểm tra tiêu đề thường được thực hiện để đảm bảo bản đồ lưới tương
thích đang được sử dụng.
-u, -h
Điều này trả về một thông báo hữu ích mô tả cách sử dụng dòng lệnh của AutoDock.
Thao tác này hướng dẫn AutoDock phân tích cú pháp tệp PDBQT để kiểm tra định nghĩa
xoắn , sau đó dừng lại.
- version
Thao tác này sẽ trả về thông báo mô tả phiên bản AutoDock đang được sử dụng và sau
đó dừng.

Chọn một giao thức cho ứng dụng của bạn

AutoDock cung cấp một số phương pháp khác nhau để thực hiện mô phỏng lắp ghép và
các phương pháp khác nhau có thể hữu ích cho các ứng dụng khác nhau. Phần này bao gồm
một số hướng dẫn để chọn phương pháp tốt nhất.
Số lượng đánh giá. Mỗi phương pháp tìm kiếm bao gồm các tham số để xác định mức độ
nỗ lực tính toán sẽ được sử dụng trong tìm kiếm. Trong các phương thức GA, tham số này
là ga_num_evals và trong quá trình ủ mô phỏng, đây là nacc và nrej. Giá trị mặc định được
cung cấp cho các tham số này thường đủ cho các hệ thống lắp ghép có 10 liên kết có thể
xoay trở xuống và các mô phỏng ngắn hơn thường có thể được sử dụng cho các hệ thống có
rất ít liên kết có thể xoay. Đối với các hệ thống phức tạp có nhiều liên kết có thể xoay hơn,
việc tăng số lượng đánh giá thường không hiệu quả. Đúng hơn, tốt nhất là tìm kiếm các
công thức đơn giản hơn của hệ thống, chẳng hạn như bẻ một phối tử lớn thành hai mảnh và
ghép chúng riêng biệt, hoặc đóng băng một số liên kết có thể xoay theo những hình dạng có
thể xảy ra.
Tìm kiếm thông tin. AutoDock cung cấp một số phương pháp để thực hiện tìm kiếm cấu
hình. Hiện tại, Thuật toán di truyền Lamarckian cung cấp khả năng tìm kiếm hiệu quả nhất
cho các ứng dụng tổng quát và trong hầu hết các trường hợp sẽ là kỹ thuật được sử dụng. Nó
thường có hiệu quả đối với các hệ thống có khoảng 10 liên kết có thể xoay được trong phối
tử. Thuật toán di truyền cũng có thể được chạy mà không cần tìm kiếm cục bộ, nhưng thuật
toán này thường kém hiệu quả hơn so với sự kết hợp GA-LS của Lamarckian. Ủ mô phỏng
cũng kém hiệu quả hơn Thuật toán di truyền Lamarckian, nhưng nó có thể hữu ích trong các
ứng dụng mong muốn tìm kiếm bắt đầu từ một điểm nhất định. Tìm kiếm cục bộ có thể
được sử dụng để tối ưu hóa một phân tử trong môi trường cục bộ của nó.
2) Mô hình cho phối tử không liên kết. Để ước tính năng lượng liên kết tự do, AutoDock
cần ước tính năng lượng cho trạng thái không liên kết của phối tử và protein. Một số tùy
chọn có sẵn cho việc này. Theo mặc định, AutoDock4.2 sử dụng giả định rằng cấu trúc của
phối tử và protein không liên kết giống với cấu trúc của phối tử và protein trong phức hợp.
Bởi vì hai dạng cấu hình này giống nhau nên tổng đóng góp của năng lượng bên trong (sự
tương tác của các nguyên tử trong phối tử hoặc sự tương tác của các nguyên tử trong
protein) sẽ bằng 0 và được báo cáo ở dòng 4 về sự phân hủy năng lượng trong tệp nhật ký
lắp ghép .
AutoDock4.0 đã sử dụng một mô hình khác, trong đó phối tử được giả định ở trạng thái mở
rộng trong dung dịch và năng lượng được tính toán cho trạng thái mở rộng này trước khi thực
hiện mô phỏng lắp ghép. Mô hình này có thể được sử dụng trong AutoDock4.2 bằng cách sử
dụng từ khóa “unbound_model_extends”. Từ khóa này sẽ khởi động việc tính toán mô hình mở
rộng và sau đó sẽ báo cáo sự khác biệt giữa nội năng của mô hình không liên kết và nội năng của
phối tử khi nó liên kết với protein. Trong các nghiên cứu trong đó nhiều cách ghép riêng biệt
được thực hiện với cùng một phối tử, năng lượng này đối với phối tử mở rộng có thể được tính
toán trước và sau đó được sử dụng trong tính toán năng lượng tự do bằng cách sử dụng từ khóa
“unbound_model_extends_energy VALUE”.

Người dùng cũng có thể sử dụng các phương pháp khác để tính toán năng lượng của phối tử
không liên kết bên ngoài AutoDock. Trong trường hợp này, từ khóa “VALUE_năng lượng
không liên kết” có thể được sử dụng để đặt năng lượng bên trong của trạng thái không liên kết
thành giá trị mong muốn. Giá trị này sau đó sẽ được sử dụng trong chênh lệch giữa trạng thái
liên kết và trạng thái không liên kết để ước tính năng lượng tự do.
2) Nghiên cứu đóng gói lại để xác nhận. Nghiên cứu lắp lại đế có thể được sử dụng để xác nhận
các phương pháp lắp ghép đang được sử dụng cho một hệ thống cụ thể. Một hệ thống đã biết
được chọn có độ phức tạp về hình dạng tương tự - với số lượng nguyên tử và số lượng liên kết
xoay tương tự. Sau đó, phức hợp đã biết được tách ra và gắn vào đế để đánh giá sự thành công
của phương pháp lắp ghép trong việc tái tạo phức hợp đã biết bằng thực nghiệm. Những loại
nghiên cứu này cũng thường được sử dụng khi so sánh các phương pháp lắp ghép khác nhau.
Điều cần thiết là ngẫu nhiên hóa các tọa độ phối tử trước khi mô phỏng lại việc lắp lại, để loại bỏ
bất kỳ sai lệch nào gây ra do có phức hợp neo mong muốn tương đương chính xác với tọa độ bắt
đầu.
3) Các trường hợp đặc biệt. AutoDock4.2 bao gồm một số phương pháp tùy chọn để sử dụng
trong các ứng dụng chuyên biệt. Ví dụ: từ khóa intnbp_r_eps có thể được sử dụng để ghi đè các
tham số tiêu chuẩn để tính năng lượng bên trong. Điều này đã được sử dụng để mô hình hóa các
phân tử tuần hoàn linh hoạt, nhưng tạo ra một tập hợp các loại nguyên tử đặc biệt để đóng các
vòng trong quá trình mô phỏng lắp ghép (phương pháp này được mô tả chi tiết hơn trong hướng
dẫn trên trang AutoDock WWW). Các tính năng tùy chọn khác bao gồm các phương pháp thêm
ràng buộc xoắn và các tùy chọn để sửa đổi trường lực và phân tích.
Tạo tệp tham số gắn đế trong AutoDockTools
Các công cụ có sẵn trong menu “docking” của AutoDockTools có thể được sử dụng để tạo
các tệp tham số docking.
Docking>OpenDPF: lấy các tham số từ tệp tham số docking hiện có.
Đang kết nối>Đại phân tử>SetRigidTên tệp:
Docking>Macromolecule>SetFlexibleResiduesFilename: hai lệnh này chỉ định tên tệp
PDBQT sẽ được sử dụng cho thụ thể cứng và nếu sử dụng phần dư của thụ thể linh hoạt,
hãy chỉ định tên tệp PDBQT cho phần linh hoạt của thụ thể.
Docking>Ligand>Chọn
Docking>Ligand>Mở: Hai lệnh này cho phép người dùng chọn phối tử đã được đọc vào
ADT hoặc mở tệp PDBQT phối tử hiện có.
Docking>Ligand>Ligand_Parameters: mở một bảng để thiết lập các tham số phối tử khác
nhau, bao gồm các giá trị bắt đầu cho góc tịnh tiến, góc xoay và góc xoắn. Để biết chi tiết,
hãy xem mô tả đầy đủ về tệp tham số lắp ghép trong Phụ lục I.
Docking>SearchParameters>GeneticAlgorithmParameters:
Docking>SearchParameters>SimulatedAnnealingParameters:
Docking>SearchParameters>LocalSearchParameters: ba lệnh này mở một bảng để thiết
lập các tham số được sử dụng bởi từng thuật toán tìm kiếm, chẳng hạn như biểu đồ nhiệt độ
trong quá trình ủ mô phỏng và tốc độ đột biến/chéo trong thuật toán di truyền. Để biết chi
tiết về từng thông số, xem mô tả đầy đủ trong Phụ lục.
Docking>DockingParameters: mở bảng để cài đặt các tham số được sử dụng trong quá
trình tính toán lắp ghép, bao gồm các tùy chọn cho bộ tạo số ngẫu nhiên, tùy chọn cho
trường lực, kích thước bước được thực hiện khi tạo tuân thủ mới và tùy chọn đầu ra. Để biết
chi tiết về từng tham số, xem mô tả đầy đủ trong Phụ lục I.
Docking>OtherOptions: chỉ định tên của tệp tham số nguyên tử bên ngoài, nếu được sử
dụng.
Đang kết nối>Đầu ra>LamarckianGA:
Docking>Đầu ra>Thuật toán di truyền:
Gắn kết> Đầu ra> Mô phỏng Ủ:
Docking>Output>LocalSearch: Bốn lệnh này ghi tệp tham số docking bằng một trong
bốn phương pháp tìm kiếm có sẵn.
 Docking>Chỉnh sửa: trình chỉnh sửa tương tác cho các tệp tham số gắn đế, cho phép xem
tệp tham số gắn đế mới nhất được viết bởi AutoDockTools.

BƯỚC 4: Đánh giá kết quả của việc lắp ghép

Khi kết thúc mô phỏng lắp ghép, AutoDock ghi tọa độ cho từng cấu hình được gắn vào
tệp nhật ký gắn đế, cùng với thông tin về năng lượng phân cụm và tương tác.
AutoDockTools cung cấp các tùy chọn để phân tích thông tin được lưu trữ trong tệp nhật ký
gắn đế.
Thông tin trong Nhật ký lắp ghép
Lệnh phân tích trong tệp tham số gắn đế khiến AutoDock thực hiện phân tích cụm của
các sự phù hợp được gắn đế khác nhau – năng lượng tối thiểu được tìm thấy trong mỗi lần
chạy. Kết quả phân tích này được báo cáo dưới dạng biểu đồ, có thể được tìm thấy bằng
cách tìm kiếm từ “HISTOGRAM” (tất cả đều viết hoa) trong tệp nhật ký lắp ghép. Tiếp theo
là bảng các giá trị RMSD trong mỗi cụm.
Sau đó, AutoDock ghi tọa độ cho cấu hình năng lượng được dự đoán tốt nhất trong mỗi
cụm (để ghi tọa độ cho cấu hình tốt nhất từ mỗi lần chạy, hãy bao gồm từ khóa write_all
trong tệp tham số lắp ghép). Tiêu đề cho mỗi cấu hình bao gồm thông tin về năng lượng
liên kết dự đoán, được chia thành nhiều thành phần, cùng với thông tin về các biến trạng
thái của cấu hình. Các tọa độ được viết ở định dạng PDB đã sửa đổi, với bốn giá trị thực
được thêm vào sau tọa độ x, y, z: năng lượng khử
vdW+hbond+của tương tác nguyên tử, tương tác tĩnh điện của nguyên tử, điện tích một
phần và RMSD từ cấu hình tham chiếu.
Lượng thông tin có trong nhật ký lắp ghép có thể được kiểm soát bằng cách sử dụng
“outlev”
tham số, từ đầu ra rất tối thiểu cho màn hình ảo lớn, đến mặc định được đọc bởi ADT
(với thông tin về sự phù hợp và phân cụm được gắn đế), đến các tệp dài dòng hơn hữu ích
cho việc phát triển phương pháp.
Phân tích kết quả lắp ghép bằng AutoDockTools
Các tùy chọn trong menu “Phân tích” của AutoDockTools có thể được sử dụng để xử lý
và phân tích kết quả từ mô phỏng lắp ghép.
Phân tích>Ổ cắm>Mở: mở tệp nhật ký lắp ghép.
Phân tích>Dockings>OpenAutoDockVinaResult: mở tệp nhật ký gắn đế từ AutoDock
Vina.
Phân tích>Dockings>OpenAutoDockVirtualScreeningResult: tệp kết quả mở rộng bao
gồm thông tin về cấu hình, phân cụm và tương tác với thụ thể.
Phân tích>Ổ cắm>OpenAll: mở một tập hợp các tệp nhật ký gắn ổ cắm trong một thư
mục.
Phân tích>Đế nối>Chọn: chọn từ một tập hợp các tệp nhật ký đã đọc trước đó vào
AutoDockTools.
Phân tích>Đế nối>Xóa: xóa các tệp nhật ký đã được đọc vào AutoDockTools.
Phân tích>Ổ cắm>ShowAsSpheres: tạo ra một hình cầu ở tâm khối lượng của mỗi cấu
hình được gắn đế, có thể được tô màu theo năng lượng tương tác được dự đoán.
Phân tích>Lắp ghép>ShowInteractions: tạo ra hình ảnh trực quan chuyên biệt để làm nổi
bật các tương tác giữa cấu trúc gắn đế của phối tử và thụ thể. Theo mặc định, phối tử được
hiển thị dưới dạng quả bóng và thanh, được bao quanh bởi bề mặt phân tử. Bề mặt được tô
màu nguyên tử ở những vùng tiếp xúc với thụ thể và màu xám ở những vùng không tiếp
xúc. Các phần của thụ thể tiếp xúc với phối tử được hiển thị bằng các quả cầu bóng và dính
và lấp đầy khoảng trống. Liên kết hydro được thể hiện dưới dạng một chuỗi các quả cầu
nhỏ. Một hộp thoại cũng được đưa ra cung cấp nhiều tùy chọn khác để trực quan hóa.
Phân tích>Dockings>WriteAutoDockVirtualScreeningResult: ghi tệp kết quả mở rộng
bao gồm thông tin về cấu hình, phân cụm và tương tác với thụ thể.
Phân tích>Đại phân tử: các tùy chọn để mở tệp PDBQT đại phân tử hoặc chọn đại phân
tử đã được đọc vào PMV.
Phân tích>Lưới>Mở
Phân tích>Lưới>OpenOther: Mở tệp bản đồ lưới và khởi chạy trình hiển thị lưới
AutoDockTools. Một hộp thoại cho phép xác định mức độ đường viền và một số tùy chọn
hiển thị. Thanh trượt mức đường viền và hộp đầu vào giới hạn phạm vi ở mức năng lượng
thuận lợi. Giá trị "lấy mẫu" được sử dụng để tạo các biểu diễn thô của bản đồ phức tạp—
được đặt thành 1, nó sử dụng khoảng cách lưới thực tế, được đặt thành giá trị cao hơn, nó
chia nhỏ bản đồ thành khoảng cách lưới thô hơn. Công cụ “Grid3D” cũng có sẵn trong
menu PMV để có các phương pháp biểu diễn nâng cao hơn nhằm trực quan hóa lưới. Lệnh
“OpenOther” cho phép mở các tệp bản đồ lưới không được chỉ định trong nhật ký lắp ghép
hiện tại đang được hiển thị.
Phân tích>Cấu hình>Chơi
Phân tích>Sự phù hợp>PlayRankedByEnergy: Mở một cửa sổ có các điều khiển để duyệt
qua các sự phù hợp dưới dạng phim. “Play” sẽ sử dụng thứ tự tuân thủ như chúng được tìm
thấy trong tính toán lắp ghép và “PlayRankedByEnergy” sẽ sắp xếp thứ tự tuân thủ từ năng
lượng thấp nhất đến năng lượng cao nhất. Nút “&” mở ra một cửa sổ với các tùy chọn bổ
sung:
ShowInfo mở một bảng hiển thị thông tin về năng lượng tương tác dự đoán, RMSD, v.v.
BuildHbonds và ColorbyATOM/vdW/elect/total cho phép trực quan hóa các liên kết và năng
lượng tương tác.
PlayMode và PlayParameters sửa đổi các thông số của trình phát.
BuildCurrent sẽ xây dựng một tập hợp tọa độ mới trong trình xem cho cấu hình hiện được chỉ
định trong trình phát. Điều này rất hữu ích để hiển thị nhiều sự phù hợp trong cùng một chế
độ xem. BuildAll sẽ xây dựng tọa độ cho tất cả các cấu hình trong trình phát.
WriteCurrent sẽ ghi tệp PDBQT cho cấu hình hiện tại trong trình phát.
WriteAll sẽ ghi các tệp PDBQT riêng biệt cho tất cả các tuân thủ trong trình phát.
WriteComplex sẽ ghi tệp PDBQT cho cấu hình hiện tại của phối tử và thụ thể.
Phân tích>Sự phù hợp>Tải: Khởi chạy một trình duyệt tương tác cho phép lựa chọn các sự
phù hợp được gắn theo cụm. Thông tin về năng lượng tương tác dự đoán được hiển thị ở trên
cùng và các sự phù hợp riêng lẻ có thể được chọn ở bảng dưới cùng. Giá trị “xếp hạng” mang lại
cluster_rank—ví dụ: “1_3” là cấu hình thuận lợi thứ ba trong cụm tốt nhất.
Các nút ở phía dưới, có thể được hiển thị bằng cách mở rộng cửa sổ, sẽ ghi tọa độ hiện tại và
đóng cửa sổ.
Phân tích>Sự phù hợp>ViewInitialPopulation: Công cụ hiển thị tất cả các thành viên của
quần thể trong tìm kiếm thuật toán di truyền. Yêu cầu DLG từ lần chạy có mức đầu ra chuyên
biệt: “outlev runvvv”.
Phân tích>Phân cụm>Hiển thị: Công cụ hiển thị biểu đồ tương tác của các sự phù hợp được
phân cụm.
Phân tích>Phân cụm>Recluster: Recluster gắn các cấu hình dựa trên dung sai mới. Một số giá
trị có thể được nhập vào trong cửa sổ hội thoại để sử dụng trong việc phân cụm lại. Kết quả có
thể được phân tích bằng cách sử dụng Clusterings>Show.
Phân tích>Phân cụm>ReclusterOnSubset: Recluster gắn các cấu hình phù hợp chỉ bằng cách
sử dụng một bộ nguyên tử đã chọn. Việc lựa chọn được thực hiện bằng cách sử dụng các công cụ
trong menu “chọn” của PMV, sau đó sử dụng tùy chọn “lưu lựa chọn hiện tại làm bộ”.
Phụ lục I: Định dạng tệp AutoDock
Định dạng PDBQT cho tệp tọa độ
Phần mở rộng: .pdbqt
“ATOM%5d%-4s%1s%-3s%1s%4d%1s%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f%4s%6.3f%2s \n",
Atom_serial_num, Atom_name, alt_loc, res_name, chain_id, res_num, ins_code, x, y, z,
công suất sử dụng, hệ số tạm thời, chú thích cuối trang, tính phí một phần, loại nguyên tử
(Ký hiệu “” được sử dụng để biểu thị một khoảng trắng.)
Định dạng PDBQT bổ sung thêm bốn thứ vào các tệp PDB được định dạng tiêu chuẩn:
1) phí một phần được bao gồm trong mỗi bản ghi ATOM hoặc HETATM, thay thế cho các
trường trong cột 67-76.
2) Các loại nguyên tử AutoDock (có thể là một hoặc hai chữ cái) được bao gồm trong mỗi bản
ghi ATOM hoặc HETATM trong các cột 78-79.
3) Để cho phép phối tử linh hoạt, cần phải gán các liên kết có thể xoay được. AutoDock có thể
xử lý tối đa MAX_TORS liên kết có thể xoay: tham số này được xác định trong “autodock.h” và
thường được đặt thành 32. Nếu giá trị này được thay đổi, AutoDock phải được biên dịch lại. Xin
lưu ý rằng AutoDock4.2 hiện có hiệu quả đối với các hệ thống có khoảng 10 bậc tự do xoắn và
các hệ thống có độ xoắn linh hoạt hơn có thể không cho kết quả nhất quán. Các xoắn được xác
định trong tệp PDBQT bằng các từ khóa sau:

GỐC / CUỐI
CHI NHÁNH / KẾT THÚC
Những từ khóa này sử dụng phép ẩn dụ của một cái cây. Xem sơ đồ dưới đây để biết ví dụ.
“Gốc” được định nghĩa là phần trung tâm của phối tử, từ đó các 'nhánh' có thể xoay được sẽ nảy
mầm. Có thể phân
nhánh trong các nhánh. Các liên kết xoay lồng nhau được xoay theo thứ tự từ “lá” đến “gốc”.
Các từ khóa PDBQT phải được đặt cẩn thận và thứ tự của các bản ghi ATOM hoặc HETATM
thường cần phải thay đổi để phù hợp với các nhánh chính xác.
AutoDockTools được thiết kế để hỗ trợ người dùng đặt các từ khóa này một cách chính xác và
sắp xếp lại thứ tự các bản ghi ATOM hoặc HETATM trong tệp PDBQT phối tử.
1) Số bậc tự do xoắn, sẽ được sử dụng để đánh giá entropy hình dạng, được chỉ định bằng cách
sử dụng từ khóa TORSDOF theo sau là số nguyên liên kết có thể xoay. Trong trường lực
AutoDock 4.2 hiện tại, đây là tổng số liên kết có thể xoay trong phối tử, bao gồm các liên kết có
thể xoay trong hydroxyl và các nhóm khác trong đó chỉ các nguyên tử hydro được di chuyển,
nhưng loại trừ các liên kết nằm trong chu kỳ. Giá trị trong tệp PDBQT có thể được ghi đè
trong AutoDock DPF bằng cách sử dụng câu lệnh “torsdof”.

Lưu ý: AutoDockTools, AutoGrid và AutoDock không nhận dạng hoặc ghi ra các bản ghi
PDB “CONECT”.

Tệp PDBQT mẫu

LƯU Ý 4 hoạt động xoắn:
Trạng thái LƯU Ý: ('A' cho Đang hoạt động; 'I' cho Không hoạt động)
NHẬN giữa các nguyên tử: N_1 và CA_5
XÉT
 Định dạng PDBQT cho các chuỗi bên tiếp nhận linh hoạt
Các chuỗi bên linh hoạt trong thụ thể được xử lý rõ ràng trong quá trình mô phỏng AutoDock.
AutoDock yêu cầu một tệp PDBQT riêng biệt có tọa độ nguyên tử của các chuỗi bên sẽ được coi là
linh hoạt. Tọa độ nguyên tử và từ khóa phân nhánh cho mỗi axit amin được đặt giữa các bản ghi
BEGIN_RES và END_RES. Nguyên tử liên kết axit amin với protein, nguyên tử này sẽ giữ nguyên
vị trí cố định trong quá trình mô phỏng, được đưa vào làm gốc. Các nguyên tử có trong phần
PDBQT linh hoạt phải được loại bỏ khỏi PDBQT đối với các phần cứng của thụ thể.
Ví dụ, trong ví dụ dưới đây, nguyên tử CA của gốc PHE được sử dụng làm gốc của gốc linh
hoạt. Nó được bao gồm trong tệp PDBQT sidechain linh hoạt và nó sẽ bị bỏ qua khỏi tệp PDBQT
protein cứng.

Tệp dư lượng mẫu linh hoạt, với hai axit amin linh hoạt

BEGIN_RES PHE A 53
LƯU Ý 2 hoạt động xoắn:
Tệp tham số lưới AutoGrid: GPF
Phần mở rộng: .gpf
Tệp tham số lưới chỉ định phép tính AutoGrid, bao gồm kích thước và vị trí của lưới, loại nguyên tử
sẽ được sử dụng, tệp tọa độ cho bộ thu cứng và các tham số khác để tính toán lưới. Không giống như
các phiên bản trước của AutoGrid, các tham số nguyên tử theo cặp hiện được đọc từ một tệp riêng biệt
(được mô tả bên dưới) hoặc được lấy từ các giá trị mặc định trong AutoGrid.
Tất cả các dấu phân cách cần thiết đều là khoảng trắng. Các giá trị mặc định, nếu có, được đưa ra ở
đây trong dấu ngoặc vuông [do đó]. Một nhận xét phải có tiền tố là ký hiệu “#” và có thể được đặt sau
dấu cách ở cuối dòng tham số hoặc trên một dòng của chính nó. Chữ hoa/chữ thường bị bỏ qua trong từ
khóa nhưng lại có ý nghĩa quan trọng trong tên nguyên tử và tên tệp. Tên tệp không được chứa khoảng
trắng hoặc ký tự không phải ASCII. Mặc dù lý tưởng nhất là có thể cung cấp các từ khóa AutoGrid theo
bất kỳ thứ tự nào, nhưng không phải mọi sự kết hợp có thể đều đã được thử nghiệm, vì vậy sẽ là điều
khôn ngoan nếu bạn tuân theo thứ tự sau.
Từ khóa và lệnh AutoGrid
tham số_file <tên tệp tham số nguyên tử hiện có>
(Tùy chọn) Tệp tham số nguyên tử do người dùng xác định (định dạng được mô tả trong phần tiếp
theo). Theo mặc định, AutoGrid sử dụng các tham số nội bộ.
npts <số nguyên> <số nguyên> <số nguyên>
[40, 40, 40]
Số điểm lưới x, y và z. Mỗi số phải là số nguyên chẵn. Khi thêm vào điểm lưới trung tâm sẽ có số
điểm lẻ ở mỗi chiều. Số lượng điểm lưới x, y và z không cần phải bằng nhau.
Gridfld <tên tệp lưới mới>
Tên tệp trường lưới sẽ được ghi ở định dạng mà AutoDock có thể đọc được. Phần mở rộng của tên
tệp là '.fld'.
khoảng cách <phao>
[0,375 Å]
(Tùy chọn) Khoảng cách điểm lưới, tính bằng Å. Các điểm lưới trực giao và cách đều nhau trong
AutoDock: giá trị này được sử dụng trong mỗi chiều.
thụ thể_types <string>
[AC HD N OA SA]
Các loại nguyên tử có trong thụ thể, cách nhau bởi khoảng trắng; ví dụ: đối với một loại protein điển
hình, nó sẽ là “AC HD N OA SA”. Các loại nguyên tử có một hoặc hai chữ cái và một số loại chuyên
biệt được sử dụng trong trường lực AutoDock4.2, bao gồm: C (cacbon béo), A (cacbon thơm), HD
(hydro tạo liên kết hydro), OA
(oxy nhận hydro liên kết hydro), N (nitơ không nhận liên kết hydro), SA (lưu huỳnh không nhận liên
kết hydro).
phối tử_types <string>
[AC HD N NA OA SA]
Các loại nguyên tử có trong phối tử, được phân tách bằng dấu cách, chẳng hạn như “AC HD N NA
OA SA”.
thụ thể <tên tệp thụ thể hiện có>
Tên tệp đại phân tử, ở định dạng PDBQT.
trung tâm lưới <float> <float> <float>
trung tâm lưới tự động

[tư đô ng]
Người dùng có thể xác định rõ ràng tâm của bản đồ lưới, tương ứng là tọa độ x, y và z của tâm bản
đồ lưới (đơn vị: Å, Å, Å.) Hoặc có thể đưa ra từ khóa “auto” trong trường hợp đó AutoGrid sẽ căn giữa
các bản đồ lưới ở giữa đại phân tử.
mượt mà <nổi>
[0,5 Å]
(Tùy chọn) Tham số làm mịn cho thế năng ái lực nguyên tử theo cặp (cả liên kết van der Waals và
hydro). Đối với AutoDock4, trường lực đã được tối ưu hóa ở giá trị 0,5 Å.
 bản đồ <tên tệp bản đồ mới>
Tên tệp của bản đồ lưới cho từng loại nguyên tử phối tử; phần mở rộng thường là “.X.map”, trong đó
“X” là loại nguyên tử. Phải bao gồm một dòng cho mỗi loại nguyên tử trong ligand_types
lệnh, theo thứ tự được đưa ra trong lệnh đó.
elecmap <tên file bản đồ mới>
Tên file sơ đồ lưới thế năng tĩnh điện cần lập; phần mở rộng tên tệp '.e.map'.
dsolvmap <tên tệp bản đồ mới>
Tên tệp cho bản đồ lưới năng lượng tiềm năng khử sẽ được tạo; phần mở rộng tên tệp '.d.map'.
điện môi <phao>
[-0.1465]
(Tùy chọn) Cờ chức năng điện môi: nếu âm, AutoGrid sẽ sử dụng điện môi phụ thuộc khoảng cách
của Mehler và
Solmajer; nếu số float dương, AutoGrid sẽ sử dụng giá trị này làm hằng số điện môi. AutoDock4 đã
được hiệu chỉnh để sử dụng giá trị –0,1465.
Tệp tham số lưới mẫu (từ hướng dẫn)
npts 60 60 60 # num.grid points in xyz
gridfld 1hsg.maps.fld # grid_data_file
spacing 0.375 # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA # receptor atom types
ligand_types A C NA OA N HD # ligand atom types
receptor 1hsg.pdbqt # macromolecule
gridcenter 2.5 6.5 -7.5 # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5 # store minimum energy w/in rad(A)
map 1hsg.A.map # atom-specific affinity map
map 1hsg.C.map # atom-specific affinity map
map 1hsg.NA.map # atom-specific affinity map
map 1hsg.OA.map # atom-specific affinity map
map 1hsg.N.map # atom-specific affinity map
map 1hsg.HD.map # atom-specific affinity map
elecmap 1hsg.e.map # electrostatic potential map
dsolvmap 1hsg.d.map # desolvation potential map
dielectric -0.1465 # <0, AD4 distance-dep.diel;>0,constant

Tệp tham số nguyên tử

Tên tập tin: AD4.1_bound.dat

Theo mặc định, các tham số nguyên tử được gán từ các giá trị bên trong cho AutoGrid và
AutoDock, nhưng các tham số tùy chỉnh có thể được đọc từ một tệp. Tệp bao gồm các tham số
trọng số cho từng thuật ngữ trong hàm năng lượng tự do và các tham số cho từng loại nguyên tử:

FE_coeff-vdW <float>
 FE_coeff-hbond <float>
FE_coeff-estat <float>
FE_coeff-desolv <float>
FE_hệ số-tor <float>
Tiếp theo là các tham số nguyên tử theo cặp cho từng loại nguyên tử:
Atom_par <chuỗi> 6*<float> 4*<số nguyên>
Mỗi bản ghi Atom_par bao gồm:
1. Loại nguyên tử.
2. Rii = tổng bán kính vdW của hai nguyên tử giống nhau (Å).
3. epsii = độ sâu giếng vdW (kcal/mol)
4. vol = thể tích hòa tan nguyên tử (Å^3)
5. Rij_hb = Khoảng cách liên kết H giữa nguyên tử khác loại và hydro (Å) giá trị được bao gồm
trong bản ghi nguyên tử khác loại và được đặt thành 0 đối với hydro
6. epsij_hb = độ sâu giếng đối với liên kết hydro (kcal/mol)
7. hbond = số nguyên biểu thị loại hbond
0, không có liên kết
1, nhà tài trợ H hình cầu
2, nhà tài trợ H định hướng
3, bộ nhận hình cầu
4, bộ nhận N định hướng
5, bộ nhận O/ S định hướng
8. rec_index = khởi tạo thành –1, dùng để giữ số loại nguyên tử
9. map_index = khởi tạo thành –1, dùng để giữ chỉ mục của bản đồ AutoGrid
10. bond_index = dùng để phát hiện các liên kết có độ dài khác nhau, xem “mdist.h” để biết
thông tin

Tệp tham số nguyên tử mặc định AD4.1_bound.dat

#
# Hệ số năng lượng miễn phí
#
FE_coeff_vdW 0,1662
FE_coeff_hbond 0.1209
FE_coeff_estat 0,1406
FE_coeff_desolv 0,1322
FE_coeff_tors 0,2983
 Tệp bản đồ lưới

Tiện ích mở rộng: .map

Sáu dòng đầu tiên của mỗi bản đồ lưới mô tả các đặc điểm không gian của bản đồ và các tệp được
sử dụng hoặc tạo. Các tiêu đề này được AutoDock kiểm tra để đảm bảo rằng chúng phù hợp với
việc gắn đế được yêu cầu. Phần còn lại của tệp chứa năng lượng điểm lưới, được viết dưới dạng nổi
số điểm, mỗi điểm một dòng. Chúng được sắp xếp theo các vòng lặp lồng nhau: z(y(x)), vì vậy x
đang thay đổi nhanh nhất. Hệ tọa độ thuận tay phải và tệp thực tế chứa nhiều hơn một phần tử so
với NELEMENTS được chỉ định vì bản đồ luôn có số phần tử lẻ theo mỗi hướng. “TRUNG TÂM”
là vị trí của điểm tọa độ giữa, trong khung tham chiếu thụ thể (đại phân tử).

Tệp bản đồ lưới mẫu

 Tệp trường bản đồ lưới

Tiện ích mở rộng: .maps.fld

Đây thực chất là hai tập tin trong một. Nó vừa là tệp trường AVS, có thể được đọc bởi một số chương
trình trực
quan hóa khoa học, vừa là tệp đầu vào AutoDock với thông tin dành riêng cho AutoDock trong phần
nhận xét ở đầu tệp. AutoDock sử dụng tệp này để kiểm tra xem tất cả các bản đồ mà nó đọc có tương
thích hay không. Ví
dụ: trong tệp này, khoảng cách lưới là 0,375 Angstrom, có 60 khoảng trong mỗi chiều (và 61 điểm
lưới thực tế), lưới được căn giữa gần (16., 39., 1.), nó được tính xung quanh đại phân tử 'protein.pdbqt'
và tệp tham số AutoGrid được sử dụng để tạo tệp này (và các bản đồ) là 'protein.gpf'. Tệp này cũng trỏ
đến tệp thứ hai, 'protein.maps.xyz', chứa phạm vi tối thiểu và tối đa của hộp lưới theo từng chiều, x, y và
z. Cuối cùng, nó liệt kê các tệp bản đồ lưới đã được AutoGrid tính toán, ở đây là 'protein.A.map',
'protein.C.map', v.v.
 Tệp tham số AutoDock Docking: DPF

Phần mở rộng: .dpf

Tệp tham số gắn đế chỉ định các tệp và tham số cho tính toán AutoDock, bao gồm các tệp bản đồ sẽ
được sử dụng cho việc gắn đế, tệp tọa độ phối tử và tham số cho tìm kiếm. Không giống như các phiên
bản trước của AutoDock, giờ đây, các tham số nguyên tử theo cặp được sử dụng để tính toán năng lượng
bên trong có thể được đọc từ một tệp riêng biệt (được mô tả ở trên) hoặc được lấy từ các giá trị mặc định
trong AutoDock.
Tất cả các dấu phân cách cần thiết đều là khoảng trắng. Các giá trị mặc định, nếu có, được đưa ra ở
đây trong dấu ngoặc vuông [do đó]. Một nhận xét phải có tiền tố là ký hiệu “#” và có thể được đặt sau
dấu cách ở cuối dòng tham số hoặc trên một dòng của chính nó. Chữ hoa/chữ thường bị bỏ qua trong từ
khóa nhưng lại có ý nghĩa quan trọng trong tên nguyên tử và tên tệp. Tên tệp không được chứa khoảng
trắng hoặc ký tự không phải ASCII. Mặc dù lý tưởng nhất là có thể cung cấp các từ khóa AutoDock theo
bất kỳ thứ tự nào, nhưng không phải mọi sự kết hợp có thể đều đã được thử nghiệm, vì vậy sẽ là điều
khôn ngoan nếu bạn tuân theo thứ tự sau.
Tham số để xác định phiên bản
autodock_parameter_version <phiên bản>
[4.2]
Xác định phiên bản của các tham số sẽ tuân theo trong phần còn lại của DPF. Theo mặc định, từ khóa
này được đặt thành giá trị '4.2' nhưng nó có thể được thay đổi trong tương lai để hỗ trợ một số chế độ
tương thích giữa các phiên bản AutoDock khác nhau.
Tham số để đặt lượng đầu ra
outlev { <tên ký hiệu> | <số nguyên> }
[quảng cáo] hoặc [1]
(Tùy chọn) Đặt mức đầu ra của dữ liệu được ghi vào tệp nhật ký gắn đế. Tên tượng trưng hoặc giá trị
số có thể được sử dụng trong DPF. Các giá trị "adt", "runv" và cao hơn tương thích với các công cụ
phân tích kết quả trong AutoDockTools. Các mức độ chi tiết cao được cung cấp cho công việc phát triển
và gỡ lỗi, còn các mức tối thiểu được cung cấp cho các ứng dụng sử dụng nhiều dữ liệu như sàng lọc ảo.
Các thông số nguyên tử để đánh giá năng lượng theo cặp
tham số_file <tên tệp tham số nguyên tử hiện có>
(Tùy chọn) Tệp tham số nguyên tử được sử dụng để đánh giá năng lượng theo cặp trong năng
lượng bên trong và tương tác giữa phối tử và chuỗi bên linh hoạt. Nếu điều này không được cung
cấp, AutoDock sẽ sử dụng các tham số mặc định giống với các giá trị trong tệp AD4.1_bound.dat.
intelec [tắt]
(Tùy chọn) Theo mặc định trong AutoDock 4.2.5 trở lên, năng lượng tĩnh điện của phối tử bên
trong sẽ được tính toán. Để bỏ qua những điều khoản đó, hãy thêm “intelec off” vào DPF. Lưu ý
rằng điều này chỉ liên quan đến các phối tử linh hoạt.
intnbp_r_eps <float><float><số nguyên><số nguyên><chuỗi><chuỗi>
(Tùy chọn) Từ khóa tùy chọn này cho phép người dùng ghi đè thủ công tiềm năng năng lượng
bên trong cho một loại tương tác
 nhất định. Các tham số là: req, ε, n, m và hai loại nguyên tử, trong đó req là khoảng cách cân
bằng tới đáy giếng năng lượng, ε là độ sâu của giếng, n và m là các hệ số. Ví dụ: lệnh
“intnbp_r_eps 1.5 10.12 6 OA FE” sẽ thiết lập một điện thế có độ sâu giếng 10 kcal/mol ở khoảng
cách 1,5 Å để tương tác giữa oxy và nguyên tử sắt. Thế năng V(r) được tính bằng biểu thức:
Cm = n/(nm) * ε *req
Một loại nguyên tử đặc biệt “G” đã được tạo ra để sử dụng tính năng này cho việc mô phỏng việc
đóng vòng.
Vui lòng xem hướng dẫn để biết thêm thông tin.
xoắn <số nguyên>
(Tùy chọn) Ghi đè số bậc tự do xoắn xuất hiện trong tệp PDBQT phối tử. Thuật ngữ này ảnh hưởng
đến năng lượng liên kết được báo cáo nhưng không ảnh hưởng đến tìm kiếm hình dạng vì nó không đổi
đối với bất kỳ lần chạy cụ thể nào.
Lệnh đặt hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên
hạt giống {pid | thời gian | <số nguyên> } { pid | thời gian | <số nguyên> } [thời gian pid]
(Tùy chọn) Các hoạt động tìm kiếm AutoDock sử dụng trình tạo số giả ngẫu nhiên, đối với mỗi công
việc gắn đế, phải được 'gieo mầm' với hai số nguyên, trong bất kỳ tổ hợp số nguyên rõ ràng nào, từ khóa
“thời gian” hoặc từ khóa “ pid ” . Từ khóa “thời gian” đặt hạt giống dựa trên thời gian hiện tại và “pid”
đặt hạt giống cho ID tiến trình của hệ điều hành của quy trình AutoDock hiện đang thực thi. Bộ hạt
giống mặc định (thời gian pid) sẽ mang lại kết quả gắn đế khác nhau cho mỗi lần chạy AutoDock; thay
vào đó, để có kết quả hoàn toàn có thể lặp lại, hãy sử dụng hai số nguyên rõ ràng.
Các tham số xác định bản đồ lưới sẽ được sử dụng
phối tử_types <string>
Tên nguyên tử cho tất cả các loại nguyên tử có trong phối tử, sử dụng cùng loại nguyên tử một hoặc
hai chữ cái được phân tách bằng dấu trống giống nhau được sử dụng trong AutoGrid.
fld <tên tệp .fld hiện có>
Tệp trường dữ liệu lưới được tạo bởi AutoGrid (phải có phần mở rộng “.fld”).
bản đồ <tên tệp bản đồ hiện có>
Tên tệp cho bản đồ lưới ái lực AutoGrid . Từ khóa này cộng với tên tệp phải được lặp lại cho tất cả
các loại nguyên tử theo thứ tự được chỉ định bởi lệnh “ligand_types” . Trong tất cả các tệp bản đồ, cần
có tiêu đề 6 dòng và năng lượng phải được sắp xếp theo các vòng lặp lồng nhau z( y( x ) ).
elecmap <tên tệp bản đồ hiện có>
Tên tập tin cho bản đồ lưới tĩnh điện. Cần có tiêu đề 6 dòng và năng lượng phải được sắp xếp theo
các vòng lặp lồng nhau z( y( x ) ).
desolvmap <tên tệp bản đồ hiện có>
Tên tệp cho bản đồ lưới khử màu. Cần có tiêu đề 6 dòng và năng lượng phải được sắp xếp theo các
vòng lặp lồng nhau z( y( x ) ).
Các thông số xác định trạng thái của phối tử không liên kết
(Tùy chọn) unbound_energy <float>
Đặt năng lượng bên trong của trạng thái không liên kết thành giá trị.
(Tùy chọn) unbound_model_extends
 Khởi chạy phép tính để tìm cấu hình mở rộng của phối tử, sau đó sử dụng cấu hình này để tính
nội năng của trạng thái không liên kết. Từ khóa AutoDock4.0 “compute_unbound_extends” sẽ thực
hiện quy trình tương tự.
(Tùy chọn) unbound_model_extends_energy <float>
Đặt năng lượng bên trong của trạng thái không liên kết thành giá trị. Điều này cũng đặt các tham
số nguyên tử mặc định được sử dụng để đánh giá năng lượng theo cặp sao cho phù hợp với mô
hình không liên kết mở rộng.
Các thông số xác định phối tử và trạng thái ban đầu của nó
di chuyển <tên tệp PDBQT hiện có>
Tên tệp cho tệp tọa độ PDBQT của phối tử được gắn vào đế.
về <float> <float> <float>
[tự động tính toán]
(Tùy chọn) Sử dụng từ khóa này để chỉ định tâm của phối tử, về những chuyển động quay nào sẽ
được thực hiện. (Khung tọa độ tham chiếu là của tệp PDBQT phối tử.) Tâm xoay mặc định là tọa
độ x, y, z trung bình của các nguyên tử gốc phối tử. Đơn vị: Å, Å, Å.
tran0 <float> <float> <float>
tran0 ngẫu nhiên

[tự động tính toán]

(Tùy chọn) Tọa độ ban đầu cho tâm của phối tử, trong cùng hệ quy chiếu với bản đồ lưới thụ
thể. Mọi mô phỏng lắp ghép được chỉ định trong tệp tham số lắp ghép sẽ khởi động phối tử từ vị trí
này.
Ngoài ra, người dùng chỉ có thể cung cấp từ khóa “ngẫu nhiên” và AutoDock sẽ chọn tọa độ ban
đầu ngẫu nhiên. Đơn vị: Å, Å, Å.
quaternion0 <float> <float> <float> <float>
axisangle0 <float> <float> <float> <float> quat0 <float> <float>
<float> <float> (đồng nghĩa với “axisangle0”) quaternion0 ngẫu nhiên
[ngẫu nhiên]
(Tùy chọn) Định hướng vật thể cứng phối tử ban đầu
quaternion0: Qx, Qy, Qz, Qw. Được chỉ định là quaternion. (Đơn vị: không, không, không, không.)
AutoDock sẽ tự động chuẩn hóa. Một bậc bốn 'không xoay' (danh tính) sẽ là '0 0 0 1'.
trục góc0: Axisx, Axisy, Axisz, AngleΘ. Được chỉ định là góc trục: Axisx, Axisy, Axisz xác định
vectơ đơn vị quay và AngleΘ xác định góc quay quanh vectơ này. (Đơn vị: không, không,
không, độ.) AutoDock sẽ tự động chuẩn hóa vectơ. Góc trục 'không xoay' (nhận dạng) sẽ là '1 0 0 0'.
Ngoài ra, người dùng có thể chỉ cần đưa ra từ khóa “ngẫu nhiên” và AutoDock sẽ chọn ngẫu nhiên 3-
định hướng D. Mỗi mô phỏng lắp ghép được chỉ định trong tệp tham số lắp ghép sẽ bắt đầu ở cùng
một vòng quay thân cứng ngẫu nhiên này.
dihe0 <float> ... dihe0 ngẫu nhiên
[ngẫu nhiên]
Góc nhị diện tương đối ban đầu ; phải có số dấu phẩy động được chỉ định trên dòng này cho mỗi liên
kết có thể xoay trong tệp PDBQT. Mỗi giá trị được chỉ định ở đây sẽ được thêm vào góc xoắn tương
ứng trong tệp PDBQT đầu vào, khi bắt đầu mỗi lần chạy. Góc xoắn chỉ được xác định bởi hai nguyên
tử, do đó định nghĩa về phép quay liên quan đến cấu hình đầu vào của phối tử, không phải là cấu hình
tuyệt đối. Đơn vị: °.
Các tham số xác định kích thước bước phối tử để tính toán ủ mô phỏng [SA]
tstep <phao>
tstep <float> <float>
[2,0 Å]
(Tùy chọn, chỉ SA) Biểu mẫu đầu tiên, với một đối số, xác định bước dịch chuyển tối đa cho chu kỳ
đầu tiên mà phối tử có thể thực hiện trong một bước ủ mô phỏng. Khi “trnrf” nhỏ hơn 1, hệ số rút gọn
được nhân với tstep ở cuối mỗi chu kỳ để đưa ra giá trị mới cho chu kỳ tiếp theo. Biểu mẫu thứ hai cho
phép người dùng chỉ định giá trị cho chu kỳ đầu tiên và chu kỳ cuối cùng: AutoDock sau đó tính toán hệ
số giảm thỏa mãn các ràng buộc này.
Đơn vị: Å.
qstep <thả nổi>
[50,0°]
(Tùy chọn, chỉ SA) Kích thước bước góc tối đa cho thành phần định hướng. Đơn vị: °.
dstep <phao>[50,0°]
(Tùy chọn, chỉ SA) Kích thước bước nhị diện (xoắn) tối đa. Đơn vị: °.
Các tham số xác định các ràng buộc xoắn phối tử tùy chọn cho quá trình ủ mô phỏng rào cản
<phao>

[10000.0]
(Tùy chọn, chỉ SA) Điều này xác định chiều cao rào cản năng lượng áp dụng cho các lực xoắn bị
ràng buộc. Khi độ xoắn ở một góc mong muốn thì không có hiện tượng xoắn: năng lượng xoắn này bằng
không. Nếu góc xoắn nằm trong vùng không được phép, tuy nhiên, nó có thể đóng góp tới toàn bộ năng
lượng rào cản. Vì các cấu hình năng lượng xoắn được lưu trữ bên trong dưới dạng mảng thuộc loại 'ngắn
không dấu', nên chỉ cho phép các số nguyên dương trong khoảng từ 0 đến 65535.
gausstorcon <số nguyên> <float> <float>
(Tùy chọn, chỉ SA) Thêm một ràng buộc cho độ xoắn. Số xoắn được xác định bằng một số nguyên.
Mã nhận dạng này xuất phát từ danh sách ở đầu tệp PDBQT phối tử đầu vào do AutoDockTools tạo
(trên dòng REMARK). Một hồ sơ năng lượng sẽ được tính toán cho lực xoắn này. Một Gaussian đảo
ngược được thêm vào cho mỗi ràng buộc mới. Để chỉ định đầy đủ từng Gaussian, cần có hai số dấu
phẩy động: góc ưa thích và nửa chiều rộng tương ứng (cả hai đều tính bằng độ). Lưu ý rằng góc ưu tiên
phải được chỉ định trong phạm vi -180° đến +180°; các số nằm ngoài phạm vi này sẽ được đưa trở lại
phạm vi này. Góc này, χ, liên quan đến góc xoắn ban đầu trong cấu trúc đầu vào. Nửa chiều rộng là hiệu
giữa hai góc tại đó năng lượng bằng một nửa rào cản. Nửa chiều rộng càng nhỏ thì ràng buộc càng chặt
chẽ.
Nếu bạn muốn giới hạn các góc xoắn có giá trị tuyệt đối, thì cần phải bằng 0 các góc xoắn ban đầu
trong phối tử. Vấn đề nảy sinh từ định nghĩa mơ hồ về 2 nguyên tử của liên kết quay BC. Để xác định rõ
ràng góc xoắn, phải xác định 4 nguyên tử: ABCD. Quy ước ký hiệu cho góc xoắn là ngược chiều kim
đồng hồ (ngược chiều kim đồng hồ) với góc dương, góc âm theo chiều kim đồng hồ.
 Không có giới hạn về số lượng ràng buộc có thể được thêm vào một độ xoắn nhất định. Mỗi cấu hình
năng lượng hạn chế xoắn mới được kết hợp với cấu hình có sẵn bằng cách chọn năng lượng tối thiểu của
cấu hình mới hoặc cấu hình hiện có.
Xin lưu ý rằng trong các thử nghiệm của chúng tôi, các ràng buộc xoắn rất kém hiệu quả và chỉ hiệu
quả khi được sử dụng trong các hệ thống có ít bậc tự do trong phối tử và chỉ một vài ràng buộc xoắn.
nhà trưng bày
(Tùy chọn, chỉ SA) (Chỉ sử dụng với “gausstorcon”) Thao tác này sẽ bật việc lưu trữ và phát ra năng
lượng xoắn sau đó. Trong mỗi lần đánh giá năng lượng, năng lượng phạt cho mỗi lần xoắn bị ràng buộc,
như được chỉ định bởi lệnh “gausstorcon”, sẽ được lưu trữ trong một mảng. Vào cuối mỗi lần chạy, các
biến trạng thái của cấu hình được gắn đế cuối cùng sẽ được xuất ra, nhưng với lệnh này, năng lượng
phạt cho mỗi lần xoắn sẽ được in cùng với góc xoắn của nó.
Các tham số để phân tích cụm tuân thủ được gắn đế
rmstol <thả nổi>

[2.0Å]
(Tùy chọn) Khi thực hiện nhiều lần chạy trong một công việc nhất định, phân tích cụm hoặc 'tạo
nhóm cấu trúc' sẽ được thực hiện, dựa trên độ lệch bình phương trung bình gốc toàn nguyên tử (RMSD),
xếp hạng các họ kết quả của sự phù hợp được gắn đế theo thứ tự tăng năng lượng. Đại diện năng lượng
thấp nhất từ mỗi cụm được ghi ở định dạng PDBQT vào tệp nhật ký. Thông thường, AutoDock sử dụng
số dư phối tử từ tệp PDBQT đầu vào; để đánh số các mức độ phù hợp theo nhóm tăng dần từ 1, hãy sử
dụng “output_resnum_as runnum”, xem bên dưới. (Đơn vị: Å).

rmsref <tên tệp PDB/PDBQT hiện có>

(Tùy chọn) Nếu được bao gồm, RMSD của tuân thủ được gắn đế sẽ được tính toán tương ứng với
tọa độ trong tệp PDB hoặc PDBQT được chỉ định tại đây. Điều này rất hữu ích khi biết được cấu
trúc phức tạp được xác định bằng thực nghiệm của phối tử. Thứ tự của các nguyên tử trong tệp này
phải khớp với thứ tự trong tệp PDBQT đầu vào do lệnh di chuyển đưa ra . Các giá trị RMSD này sẽ
được xuất ra trong cột cuối cùng của bản ghi PDBQT cuối cùng, sau khi việc phân cụm được thực
hiện xong. Nếu từ khóa này không được bao gồm, RMSD được tính toán dựa trên vị trí bắt đầu của
phối tử.
rmsnosym
(Tùy chọn) Phương pháp mặc định để tạo nhóm cấu trúc cho phép tạo ra sự tương đồng về nguyên
tử, như trong butyl bậc ba có thể quay +/- 120°, nhưng trong các trường hợp khác, có thể nên bỏ
qua việc kiểm tra loại nguyên tử tương tự này và tính toán RMSD trên cơ sở một đối một. Thuật
toán kiểm tra tính đối xứng quét tất cả các nguyên tử trong cấu trúc tham chiếu và chọn nguyên tử
gần nhất có loại nguyên tử giống hệt nhau để thêm vào tổng bình phương khoảng cách. Điều này
hoạt động tốt khi hai sự phù hợp rất giống nhau, nhưng giả định này bị phá vỡ khi hai sự phù hợp
được dịch một cách đáng kể. Kiểm tra tính đối xứng có thể được tắt bằng rmsnosym
yêu cầu; bỏ qua lệnh này nếu bạn vẫn muốn kiểm tra tính đối xứng.
rmsatoms tất cả
(Tùy chọn) Nếu bao gồm từ khóa này, việc tính toán RMSD sẽ được thực hiện bằng cách sử dụng
cả nguyên tử phối tử và chuỗi bên của thụ thể linh hoạt. Nếu tệp “rmsref” được chỉ định, nó phải
bao gồm cả phối tử và tọa độ nguyên tử thụ thể linh hoạt.
rmsmode { atype | duy nhất_cặp } rmsmode nặng_atoms_only
(Tùy chọn; “atype” mặc định với tất cả các nguyên tử) Nếu được đưa vào, từ khóa này sẽ sửa đổi
việc kiểm tra tính đối xứng được sử dụng trong phép tính RMSD. Với “atype” (mặc định), thuật
toán sẽ đánh giá RMSD dựa trên nguyên tử gần nhất giữa hai cấu trúc có cùng loại nguyên tử. Với
“unique_pair”, mỗi nguyên tử riêng lẻ sẽ được ghép nối nhiều nhất một lần. Nếu
“heavy_atoms_only”
từ khóa được đưa vào, trong một dòng DPF riêng biệt, các nguyên tử hydro sẽ bị loại bỏ khỏi phép
tính, nếu không thì tất cả các nguyên tử đều được đưa vào.
đầu ra_resnum_as { resnum | runnum }
(Tùy chọn; mặc định là “resnum”) Thông thường, AutoDock giữ số dư ban đầu của tệp PDBQT
phối tử đầu vào. Với “runnum”, AutoDock đánh số lại vị trí bắt đầu thành số dư 0 và mọi đại diện
của cụm đều được đánh số tăng dần từ 1, theo thứ hạng của chúng (cấp 1 là cụm năng lượng thấp
nhất). [Từ khóa này thay thế cờ “-k” lỗi thời.]

Tham số cho AutoDock `Chế độ cụm` chạy

cụm <tên tệp PDBQT hiện có>

(Chỉ phân cụm đầu ra đa công việc.) AutoDock sẽ chuyển sang 'chế độ cụm'. Chỉ sử dụng lệnh này
để thực hiện phân tích cụm trên đầu ra kết hợp, <PDBQTfilename>, của một số công việc. Lệnh
này có thể rất hữu ích khi nhiều công việc đã được phân phối cho một số máy và chạy 'song song'.
Tệp tham số lắp ghép sẽ cần các từ khóa sau: rmstol và các loại; và tùy chọn write_all_cluster_members
và/hoặc rmsnosym. Trước tiên, bạn phải trích xuất các dòng USER cùng với bản ghi ATOM, vì
AutoDock phân tích các dòng này để xác định năng lượng của cấu hình cụ thể đó là gì. Để biết thêm
thông tin, hãy xem các tệp DPF mẫu được cung cấp sau.
Thông số tính năng lượng của phối tử
epdb

Từ khóa này sẽ báo cáo năng lượng của phối tử có trong lệnh “di chuyển”. Lệnh này có thể được sử
dụng
để tính toán năng lượng của một cấu trúc phối tử cụ thể mà không cần (hoặc trước) thực hiện việc ghép
nối. Lưu ý rằng tất cả cài đặt “about”, “tran0”, “quaternion0”, “dihe0” đều bị bỏ qua trong tính toán
epdb.
Các tham số cho tìm kiếm mô phỏng [SA]
e0max <float> <số nguyên dương>
[0., 10000]
(Tùy chọn, chỉ SA) Từ khóa này quy định rằng trạng thái ban đầu của phối tử không thể có năng lượng
lớn hơn giá trị đầu tiên và cũng không thể có nhiều hơn số lần thử lại của giá trị thứ hai.
Giá trị năng lượng điển hình nằm trong khoảng từ 0 đến 1000 kcal/mol. Nếu năng lượng ban đầu vượt
quá giá trị này,
trạng thái ngẫu nhiên mới sẽ được tạo và thử nghiệm. Quá trình này được lặp đi lặp lại cho đến khi điều
kiện được thỏa mãn.
Điều này có thể đặc biệt hữu ích trong việc ngăn chặn việc chạy bắt đầu ở những vùng năng lượng đặc
biệt cao. Trong những trường hợp như vậy, phối tử có thể bị mắc kẹt vì nó không thể thực hiện bước
nhảy tịnh tiến đủ dài. Trong các lưới đó, phối tử đủ nhỏ để dễ dàng phù hợp với các vùng năng lượng
thấp, sẽ không có nhiều lần lặp lại trước khi tìm được vị trí thuận lợi. Nhưng trong các lưới có giới hạn
cao, với các phối tử lớn, vòng lặp khởi tạo này có thể chạy gần như vô tận.
rt0 <thả nổi>
[500. cal/mol].
(Tùy chọn, chỉ SA) “nhiệt độ ủ” ban đầu; đây thực tế là nhiệt độ tuyệt đối nhân với hằng số khí R. R =
8,314 J mol-1 K-1 = 1,987 cal mol-1 K-1. (Đơn vị: cal mol-1 .)
lịch trình tuyến tính (từ đồng nghĩa: lịch_tuyến tính linsched schedlin ) lịch_hình học
[tuyến tính_lịch trình]

(Tùy chọn, chỉ SA) “lịch trình tuyến tính” mặc định sử dụng lịch trình giảm nhiệt độ tuyến tính hoặc số
học trong quá trình ủ mô phỏng Monte Carlo . Thay vào đó, từ khóa “geometric_schedule” sử dụng lịch
trình giảm hình học , theo tham số rtrf được mô tả tiếp theo. Nếu sử dụng lịch trình tuyến tính thì mọi
tham số rtrf sẽ bị bỏ qua. Chu trình ủ mô phỏng đầu tiên được thực hiện ở nhiệt độ ủ rt0. Vào cuối mỗi
chu kỳ, nhiệt độ giảm đi (rt0/ chu kỳ). Ưu điểm của lịch trình tuyến tính là hệ thống lấy mẫu đồng đều
trên trục nhiệt độ, điều này rất quan trọng trong tính toán entropic. Mặt khác, lịch trình giảm nhiệt độ
hình học là nhiệt độ cao dưới mẫu và nhiệt độ thấp trên mẫu.
rtrf <phao>
(Tùy chọn, chỉ lịch trình hình học SA) Hệ số giảm nhiệt độ ủ, g [0,90 chu kỳ-1 ].
Vào cuối mỗi chu kỳ, nhiệt độ ủ được nhân với hệ số này để có được chu kỳ tiếp theo. Giá trị này phải
dương nhưng < 1 để làm mát hệ thống. Nên làm mát dần dần để tránh "làm nguội mô phỏng", có xu
hướng khiến hệ thống rơi vào mức cực tiểu cục bộ.
chạy <số nguyên>
[50]
Số lần chạy lắp ghép tự động. Thay vào đó có thể được chỉ định trong câu lệnh “simanneal” sau đây.
chu kỳ <số nguyên>

[50]
(Tùy chọn, chỉ SA) Số chu kỳ giảm nhiệt độ.

acc <số nguyên>

[30000]
(Tùy chọn, chỉ SA) Số bước tối đa được chấp nhận trên mỗi chu kỳ.

rejs <số nguyên>

[30000]
(Tùy chọn, chỉ SA) Số bước bị từ chối tối đa trên mỗi chu kỳ.

chọn <ký tự>

[m]
(Tùy chọn, chỉ SA) Cờ lựa chọn tiểu bang. Ký tự này có thể là m cho trạng thái tối thiểu hoặc l cho trạng
thái cuối cùng được tìm thấy trong mỗi chu kỳ để bắt đầu chu kỳ tiếp theo.

trnrf <float>

[1.0]
(Tùy chọn, chỉ SA) Hệ số giảm trên mỗi chu kỳ cho các bước dịch.

quarf <phao>

[1.0]
(Tùy chọn, chỉ SA) Hệ số giảm trên mỗi chu kỳ cho các bước định hướng.

dihrf <float>
(Tùy chọn, chỉ SA) Hệ số giảm trên mỗi chu kỳ cho các bước xoắn [1.].

Các tham số cho thuật toán di truyền, Lamarckian GA và tìm kiếm lập trình tiến hóa
ga_pop_size <số nguyên tích cực>
[150]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA/LS) Đây là số lượng cá thể trong quần thể. Mỗi cá thể là sự kết hợp của
một kiểu gen và kiểu hình liên quan của nó. Giá trị điển hình nằm trong khoảng từ 50 đến 200.
ga_num_evals <số nguyên dương>
[2500000]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA/LS) Đặt số lượng đánh giá năng lượng tối đa được thực hiện trong mỗi lần
chạy GA, LGA hoặc LS.

ga_num_thế hệ <số nguyên tích cực>

[27000]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA) Đây là số thế hệ tối đa được mô phỏng trong mỗi lần chạy GA hoặc
LGA.
ga_elitism <số nguyên>
[1]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA) Điều này được sử dụng trong cơ chế lựa chọn của GA. Đây là số lượng cá
thể hàng đầu được đảm bảo sống sót sang thế hệ tiếp theo.
ga_mutation_rate <float>
[0,02]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA) Đây là số dấu phẩy động từ 0 đến 1, biểu thị xác suất một gen cụ thể bị
đột biến. Thông số này thường nhỏ.

ga_crossover_rate <float>
[0,80]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA) Đây là số dấu phẩy động từ 0 đến 1 biểu thị tỷ lệ chéo. Tỷ lệ trao đổi
chéo là số lượng các cặp dự kiến trong quần thể sẽ trao đổi vật liệu di truyền. Việc đặt giá trị này
thành 0 sẽ biến GA thành phương pháp lập trình tiến hóa (EP), nhưng EP có thể sẽ yêu cầu tăng
đồng thời ga_mutation_rate để có hiệu quả.
ga_window_size <số nguyên dương>
[10]
(Tùy chọn, chỉ GA/LGA) Đây là số lượng thế hệ trước cần cân nhắc khi quyết định ngưỡng cho cá
thể tồi tệ nhất trong quần thể hiện tại.

Thông số thuật toán di truyền

set_ga
Lệnh này đặt trình tối ưu hóa toàn cầu thành thuật toán di truyền [GA]. Điều này là cần thiết để
thực hiện tìm kiếm GA. Điều này chuyển bất kỳ tham số 'ga_' nào được chỉ định trước dòng này tới
đối tượng trình tối ưu hóa toàn cục. Nếu lệnh này bị bỏ qua hoặc được đưa ra trước tham số 'ga_' ,
các lựa chọn của bạn sẽ không có hiệu lực và các giá trị mặc định cho trình tối ưu hóa sẽ được sử
dụng.

Để sử dụng thuật toán di truyền truyền thống (không phải Lamarckian), không chỉ định tham số tìm
kiếm cục bộ và không sử dụng lệnh “set_sw1” hoặc “set_psw1” .

Để sử dụng thuật toán di truyền Lamarckian, bạn cũng phải chỉ định các tham số cho tìm kiếm cục
bộ, sau đó đưa ra lệnh 'set_sw1' hoặc 'set_psw1' . Lệnh 'set_sw1' sử dụng thuật toán tìm kiếm cục
bộ Solis và Wets nghiêm ngặt, trong khi 'set_psw1'sử dụng thuật toán pseudo-Solis và Wets (xem
bên dưới).

Các tham số cho tìm kiếm địa phương

sw_max_its <số nguyên dương>
[300]
(Tùy chọn, chỉ LGA/LS) Đây là số lần lặp tối đa mà quy trình tìm kiếm cục bộ áp dụng cho kiểu
hình của bất kỳ cá thể cụ thể nào, trên mỗi thế hệ.
sw_max_succ <số nguyên tích cực>
[4]
(Tùy chọn, chỉ LGA/LS) Đây là số lần thành công liên tiếp trước khi thực hiện thay đổi đối với
tham số “rho” trong thuật toán Solis & Wets. Đây là số nguyên không dấu và thường vào khoảng 4.
sw_max_fail <số nguyên tích cực>
[4]
(Tùy chọn, chỉ LGA/LS) Đây là số lỗi liên tiếp trước khi thuật toán Solis & Wets điều chỉnh “rho”.
Đây là số nguyên không dấu và thường từ 4 đến 8.

sw_rho <thả nổi>

[1.0]
(Tùy chọn, chỉ LGA/LS) Đây là tham số của thuật toán Solis & Wets. Nó xác định phương sai ban
đầu và chỉ định kích thước của không gian cục bộ để lấy mẫu.

sw_lb_rho <float>
[0,01]
(Tùy chọn, chỉ LGA/LS) Đây là giới hạn dưới của rho, phương sai để thực hiện các thay đổi đối với
gen (tức là dịch mã, định hướng và xoắn). rho không bao giờ có thể được sửa đổi thành giá trị nhỏ
hơn “sw_lb_rho”.

ls_search_freq <float>
[0,06 đối với LGA, 1,0 đối với LS]
(Tùy chọn, chỉ LGA) Đây là xác suất của bất kỳ kiểu hình cụ thể nào được tìm kiếm cục bộ.
Các lệnh chọn và đặt phương thức tìm kiếm cục bộ (LGA hoặc LS)
Cả hai lệnh này, 'set_sw1' và 'set_psw1', chuyển bất kỳ tham số 'sw_' nào được đặt trước dòng này cho
trình tìm kiếm cục bộ. Nếu bạn quên sử dụng lệnh này hoặc đặt nó trước từ khóa 'sw_' , các
lựa chọn của bạn sẽ không có hiệu lực và các giá trị mặc định cho trình tối ưu hóa sẽ được sử dụng. Hiện
tại, phương pháp psw1 đã cho thấy hiệu suất tốt nhất và được sử dụng làm mặc định.
set_sw1
Hướng dẫn AutoDock sử dụng công cụ tìm kiếm cục bộ Solis và Wets cổ điển, sử dụng phương pháp
phương sai thống nhất để thay đổi bản dịch, hướng và độ xoắn.
set_psw1
Hướng dẫn AutoDock sử dụng trình tìm kiếm cục bộ pseudo-Solis và Wets. Phương pháp này duy trì tỷ
lệ phương sai tương đối đối với các phép tịnh tiến tính bằng Å và phép quay tính bằng radian. Ban đầu,
chúng thường là 0,2 Å và 0,087 radian, do đó phương sai của các phép tịnh tiến sẽ luôn lớn hơn khoảng
2,3 lần so với phương sai của các phép quay (tức là hướng và độ xoắn).

Các lệnh chỉ định phương pháp tìm kiếm

simanneal <số nguyên>
[50]
Lệnh này hướng dẫn AutoDock thực hiện số lần chạy gắn đế được chỉ định bằng cách sử dụng công cụ
tìm kiếm mô phỏng ủ (SA). Tất cả các tham số liên quan cho công việc ủ mô phỏng phải được đặt trước.
Những điều này được biểu thị ở trên bởi [SA] trong mỗi mô tả từ khóa.
do_local_only <số nguyên>
[50]
Từ khóa này hướng dẫn AutoDock chỉ thực hiện tìm kiếm cục bộ của tìm kiếm cục bộ toàn cầu; các
tham số thuật toán di truyền bị bỏ qua, ngoại trừ kích thước quần thể. Đây là một cách lý tưởng để thực
hiện việc giảm thiểu bằng cách sử dụng trường lực tương tự như được sử dụng trong quá trình tính toán
lắp ghép. Không nên cung cấp từ khóa “ ga_run” . Số sau từ khóa xác định số lượng mô phỏng tìm kiếm
cục bộ sẽ được thực hiện.
do_global_only <số nguyên>
[50]
Từ khóa này hướng dẫn AutoDock thực hiện việc ghép nối chỉ bằng cách sử dụng tìm kiếm toàn cầu, tức
là thuật toán di truyền truyền thống. Các tham số tìm kiếm cục bộ bị bỏ qua. Không nên cung cấp từ
khóa “ ga_run” . Số sau từ khóa xác định số lần lắp ghép sẽ được thực hiện.
ga_run <số nguyên>
[50]
Lệnh này gọi công cụ tìm kiếm thuật toán di truyền Lamarckian và thực hiện số lần ghép được yêu
cầu. Tất cả các tham số thích hợp phải được đặt trước: chúng được liệt kê ở trên bởi “ga_”.
Lệnh thực hiện phân cụm các cấu hình được gắn đế

Phân tích
Thao tác này thực hiện phân tích cụm về kết quả của việc gắn đế và ghi kết quả vào tệp nhật ký. Sự
phù hợp được gắn đế được sắp xếp theo thứ tự năng lượng tăng dần và sau đó được so sánh bằng độ
lệch bình phương trung bình gốc. Một biểu đồ được in hiển thị số trong mỗi cụm và nếu có nhiều
hơn một thành viên, năng lượng trung bình của cụm. Hơn nữa, một bảng được in vào tệp nhật ký
lắp ghép của cụm rmsd và các giá trị rmsd tham chiếu.

Tệp thông số lắp ghép mẫu (phương pháp LGA, từ hướng dẫn
Những dòng in đậm là cần thiết cho công việc này.
Các dòng in nghiêng là tùy chọn và hiển thị giá trị mặc định.

Phụ lục II: Tùy chỉnh Giao thức kết nối

Có nhiều tùy chọn khác nhau có sẵn trong AutoDock để tùy chỉnh giao thức gắn đế cho một ứng dụng
nhất định, bằng cách tùy chỉnh các thông số gắn đế trong DPF. MỘT
DPF có thể được chia thành các phần, mỗi phần chỉ định một khía cạnh khác nhau của việc tính toán.
Một số phần này là chung cho mọi phép tính và một số phần cụ thể hơn. Thông thường, DPF chứa phần
chung, phần dành riêng cho phối tử , phần dành riêng cho tìm kiếm và cuối cùng là phần phân tích. Do
đó, DPF có thể được xây dựng theo kiểu mô-đun bằng cách kết hợp các phần khác nhau.
Ví dụ: DPF ủ mô phỏng điển hình bao gồm các phần sau:
phần chung
phần phối tử cụ thể
phần ủ mô phỏng
phân tích cụm [tùy chọn]
trong khi DPF Thuật toán di truyền Lamarckian sẽ chứa cả thuật toán di truyền và phần tìm kiếm cục bộ
phần chung
phần phối tử cụ thể
phần thuật toán di truyền
phần tìm kiếm địa phương
phân tích cụm [tùy chọn]

Các thông số điển hình được sử dụng cho các tính toán AutoDock thông thường sẽ được mô tả. Đối với
mỗi loại tính toán, hãy tham khảo phần Ví dụ về DPF . Để biết mô tả chi tiết của từng từ khóa, hãy tham
khảo phần Tệp thông số gắn đế AutoDock .
Phần chung
Trong phần đầu tiên thường là các tham số được chỉ định kiểm soát các khía cạnh chung của phép tính
độc lập với chính loại phép tính: Tất cả đều là tùy chọn.

autodock_parameter_version 4.2 outlev ADT intelec

hạt
giống thời gian
pid không giới hạn_model bị ràng buộc

Từ khóa đầu tiên autodock_parameter_version xác định phiên bản của các tham số sẽ tuân theo trong
phần còn lại của DPF. Theo mặc định, từ khóa này được đặt thành giá trị "4.2"
nhưng nó có thể được thay đổi để hỗ trợ một số chế độ tương thích giữa các phiên bản AutoDock khác
nhau.

Nếu một trường lực tùy chỉnh (xem phần Tệp tham số nguyên tử ) sắp được sử dụng, thì nó có thể được
chỉ định bằng cách thêm một dòng tương tự như sau, sau từ khóa phiên bản AutoDock :

tham số_file autodock_custom_forcefield.dat

Các tùy chọn khác cũng có sẵn. Outlev đặt số lượng chi tiết sẽ được in trong DLG đầu ra cho mỗi bước
tính toán . intelec cho phép đưa số hạng tĩnh điện vào tính toán nội năng; đây là mặc định
trong AutoDock4.2.5 trở lên. Các phương pháp tìm kiếm có sẵn trong AutoDock đều mang tính ngẫu
nhiên và được thực hiện với trạng thái ban đầu ngẫu nhiên ở mỗi lần chạy. Bộ tạo số ngẫu nhiên
theo mặc định được gieo với số nhận dạng quy trình (PID) được hệ điều hành gán cho phép tính
AutoDock (giá trị pid ) và thời gian hiện tại (thời gian) .

giá trị). Từ khóa unbound_model xác định mô hình năng lượng được sử dụng để tính toán năng lượng
của phối tử không liên kết trước khi lắp ghép. Theo mặc định, năng lượng này được đặt bằng trạng thái
giới hạn.
Phần phối tử cụ thể
Phần này chứa các từ khóa dành riêng cho phối tử được gắn vào đế và các thuộc tính của nó:

thụ thể
fld thụ thể.maps.fld thụ thể bản đồ.A.map bản đồ thụ thể.C.map bản đồ thụ thể.HD.map bản đồ thụ
thể.N.map bản đồ thụ thể.OA.map bản đồ thụ thể.S.map elecmap thụ thể.e.map
desolvmap thụ thể .d.map di chuyển phối tử.pdbqt

Các loại nguyên tử phối tử ( từ khóa ligand_types) được khai báo trước, sau đó được liên kết với các tệp
bản đồ ( từ khóa bản đồ) cho từng loại. Thứ tự của các mục bản đồ phải khớp với thứ tự được chỉ định
trong từ khóa ligand_types . Như đã giải thích ở Phụ lục III, phần này có thể được sử dụng để thiết lập
các phép tính đặc biệt. Các loại nguyên tử phải bao gồm ít nhất tất cả những loại có trong phối tử được
gắn vào (xem bên dưới), nhưng có thể chỉ định nhiều loại hơn cho phép sử dụng của cùng một DPF cho
các phối tử khác nhau. Các giới hạn là số loại nguyên tử tối đa của AutoDock và dung lượng bộ nhớ có
sẵn trên máy tính nơi thực hiện phép tính. Độc lập với các loại nguyên tử phối tử, bản đồ tương tác tĩnh
điện ( từ khóa elecmap) và bản đồ giải hòa ( từ khóa desolvmap) phải luôn được chỉ định.
Cuối cùng, từ khóa di chuyển xác định tên tệp PDBQT phối tử sẽ được đọc để tính toán. Nếu phép tính
bao gồm các dư lượng thụ thể linh hoạt, từ khóa flexres phải được sử dụng để chỉ định tên tệp chứa tọa
độ dư lượng linh hoạt, thêm dòng sau sau từ khóa di chuyển phối tử :
uốn cong flexres.pdbqt
Lưu ý rằng nếu sử dụng dư lượng linh hoạt, bản đồ ái lực chỉ được tính toán trên phần cứng của thụ thể;
ADT có các công cụ giúp thực hiện việc này.
Phần dành riêng cho tìm kiếm
Trong phần này, loại phương pháp tìm kiếm sẽ được chỉ định. Hiện tại, AutoDock hỗ trợ các phương
pháp tìm kiếm sau (xem phần Chọn giao thức cho ứng dụng của bạn ): Ủ mô phỏng (SA), Tìm kiếm cục
bộ (LS), Thuật toán di truyền (GA) và Thuật toán di truyền Lamarckian (LGA). Tùy thuộc vào phương
pháp tìm kiếm đã chọn, nhóm từ khóa khác nhau sẽ được sử dụng trong DPF.
Cho phép nhiều phương pháp tìm kiếm trong một tác vụ AutoDock: chẳng hạn như 20 lần chạy bằng
cách sử dụng Ủ mô phỏng, 20 lần chạy bằng Thuật toán di truyền Lamarckian và 20 lần chạy chỉ sử
dụng tìm kiếm cục bộ. Việc chạy được thực hiện tuần tự và không có kết quả nào được chuyển từ
phương pháp này sang phương pháp khác. Tuy nhiên, tất cả các kết quả đều được xếp hạng và nhóm lại
với nhau trong bước phân tích ở cuối toàn bộ công việc.
Ủ mô phỏng (tệp mẫu: mô phỏng_annealing/1dwd_simulated_annealing_long.dpf)
Nếu phương pháp tìm kiếm ủ mô phỏng sẽ được thực hiện, các từ khóa sẽ được sử dụng để chỉ định
trạng thái ban đầu cho việc lấy mẫu (tìm kiếm tổng thể) và cách mô phỏng việc giảm nhiệt độ và chuyển
động phối tử (tìm kiếm cục bộ). Tất cả đều là tùy chọn.
tstep 2.0
qstep 5.0
dstep 5.0
rt0 616.0
Đầu tiên, kích thước mà không gian tìm kiếm được lấy mẫu được chỉ định cho dịch phối tử ( từ khóa
tstep), định hướng ( từ khóa qstep) và xoắn (từ khóa dstep ). Giá trị tối ưu cho các từ khóa này là 0,2
Angstrom/bước và 5 độ/bước. Nhiệt độ ủ ban đầu cũng được đặt ( từ khóa rt0) thành 100 cal/mol.
tuyến tính_lịch trình
trnrf 1.0
quarf 1.0
dihrf 1.0
chu kỳ 50
acc 25000
rejs 25000 chọn tôi

Trong quá trình ủ, kích thước bước được chia tỷ lệ. Trạng thái ban đầu sau đó được sửa đổi trong giai
đoạn ủ. Ở mỗi bước, nhiệt độ mô phỏng được giảm tuyến tính, trong khi các bước dịch ( từ khóa trnrf),
hướng ( từ khóa quarf) và nhị diện (từ khóa dihrf ) không thay đổi. Số lần giảm nhiệt độ được thiết lập
theo chu kỳ từ khóa. Số bước được chấp nhận ( từ khóa accs) và bị từ chối (từ khóa rejs ) ở mỗi chu kỳ
được chỉ định. Trạng thái được chọn ( từ khóa chọn) để bắt đầu chu trình giảm nhiệt độ sau đây là kết
quả tối thiểu được tìm thấy cho đến nay ('m'). Cuối cùng, mô phỏng ủ mô phỏng có thể được bắt đầu
bằng từ khóa kích hoạt simanneal, với
tổng cộng 10 lần chạy ủ mô phỏng sẽ được thực hiện:

Simanneal 10

Tìm kiếm địa phương

(tệp mẫu: local_search_lig/1dwd_local_only_long.dpf)

Với tìm kiếm cục bộ, chỉ không gian cục bộ được lấy mẫu, thực hiện một loại “giảm thiểu” phối tử ở vị
trí hiện tại.
sw_max_its 300
sw_max_thành công 4
sw_max_fail 4
sw_rho 1.0
sw_lb_rho 0,01 set_psw1

Tìm kiếm cục bộ bao gồm một số lần lặp ( từ khóa sw_max_its) trong đó mức độ tự do quay, tịnh tiến
và xoắn của phối tử được lấy mẫu ngẫu nhiên theo một bước nhất định. Sau một số lần thử thành công
(từ khóa sw_max_succ ) hoặc không thành công ( từ khóa sw_max_fail), bước lấy mẫu được mở rộng
hoặc thu nhỏ tương ứng trong phạm vi hệ số rho (từ khóa sw_rho, sw_lb_rho ) và tìm
kiếm cục bộ tiếp tục. Phương pháp tìm kiếm cục bộ hiệu quả nhất trong AutoDock, thuật toán pseudo-
Solis-Wet được chọn bằng từ khóa set_psw1 .

Phương pháp tìm kiếm cục bộ có thể được thực thi với 10 lần chạy độc lập với từ khóa do_local_only :
do_local_only 10

Thuật toán di truyền Lamarckian

(tệp mẫu: dock_flexlig/1dwd_1dwd.dpf)
Với thuật toán di truyền, một quần thể các tư thế phối tử được tạo ra và tối ưu hóa lặp đi lặp lại, đồng
thời không gian tìm kiếm toàn cầu chủ yếu được lấy mẫu.
ga_pop_size 150
ga_num_evals 2500000
ga_num_thế hệ 27000
ga_tinh hoa 1
ga_mutation_rate 0,02
ga_crossover_rate 0,8
ga_window_size 10
ga_cauchy_alpha 0.0
ga_cauchy_beta 1.0 set_ga

Kích thước của quần thể ban đầu được xác định bởi từ khóa ga_pop_size . Tìm kiếm GA được thực hiện
cho đến khi đạt đến số lượng đánh giá tối đa (từ khóa ga_num_evals ) hoặc giới hạn số lượng thế hệ tối
đa (từ khóa ga_num_thế hệ).

Ở mỗi bước thế hệ, một cá thể trong mỗi thế hệ sẽ tồn tại mà không bị biến đổi ( từ khóa ga_elitism),
trong khi cho phép cơ hội đột biến ( từ khóa ga_mutation_rate) và trao đổi chéo giữa các nhiễm sắc thể
riêng lẻ ( từ khóa ga_crossover_rate).
10 thế hệ cuối cùng sẽ được xem xét khi quyết định cách xếp hạng các cá thể trong quần thể hiện tại (từ
khóa ga_window_size ). Tìm kiếm thuật toán di truyền được bật ( từ khóa set_ga) và 10 lần chạy độc lập
được thực hiện với từ khóa ga_run :
ga_run 10
LGA kết hợp thuật toán di truyền và tìm kiếm cục bộ để cung cấp cả phạm vi bao phủ không gian toàn
cầu hiệu quả và tối ưu hóa tìm kiếm cục bộ. Do đó, sẽ có cả từ khóa GA và LS.

Với thuật toán di truyền, một quần thể các tư thế phối tử được tạo ra và tối ưu hóa lặp đi lặp lại, đồng
thời không gian tìm kiếm toàn cầu chủ yếu được lấy mẫu.

Phần phân tích Trong

phần này, có thể chỉ định tất cả các hoạt động không nhất thiết liên quan đến việc lắp ghép (tức là phân
cụm kết quả, ước tính năng lượng một điểm).

Ước tính năng lượng

(tệp mẫu: eval_lig/1dwd_epdb.dpf)
Ước tính năng lượng (từ khóa epdb ) được sử dụng để tính toán năng lượng của tư thế phối tử được tìm
thấy trong một phức hợp, chẳng hạn như trong cấu trúc tinh thể tia X mà không thực hiện bất kỳ tìm
kiếm nào. Tọa độ của phối tử sẽ không thay đổi và bản đồ lưới sẽ chỉ được sử dụng để ước tính sự đóng
góp năng lượng khác nhau. epdb _
từ khóa được chỉ định mà không có bất kỳ tùy chọn nào.

Tùy chọn phân cụm

(tệp mẫu: recluster/recluster.dpf)
AutoDock cung cấp các công cụ để phân cụm các kết quả ở cuối mỗi lần ghép nối hoặc bằng cách kết
hợp nhiều kết quả ghép nối với nhau và phân cụm lại chúng. Đầu tiên, dung sai RMSD phân cụm ( từ
khóa rmstol) được chỉ định. Theo mặc định, AutoDock tính đến tính đối xứng, giúp cải thiện đáng kể kết
quả phân cụm, nhưng tính năng này có thể bị tắt (xem mô tả từ khóa rmsnosym ). Theo mặc định, chỉ có
kết quả điểm tốt nhất duy nhất
từ mỗi cụm được ghi vào tệp đầu ra, nhưng có thể lưu tất cả các tư thế trong tất cả các cụm thì phải sử
dụng từ khóa write_all . Nếu phép tính sẽ phân cụm lại các tư thế được tạo trước đó thì tệp chứa chúng
sẽ được chỉ định bằng từ khóa cụm , theo sau là tên tệp PDBQT chứa tất cả các tư thế (tức là các mục
nhập USER, ATOM và/hoặc HETATM được trích xuất từ nhiều DLG). Cuối cùng, việc phân cụm thực
tế được thực hiện bằng cách chỉ định từ khóa phân tích .
Ví dụ về tệp tham số gắn đế (DPF)
Lắp ghép ủ mô phỏng (tệp mẫu: mô phỏng_annealing/1dwd_simulated_annealing_long.dpf, giá trị mặc
định in nghiêng)

# thực hiện phân tích cụm được xếp hạng

Phụ lục III: Lắp các vòng linh hoạt bằng AutoDock
Giới thiệu

AutoDock không thể quản lý trực tiếp tính linh hoạt liên quan đến liên kết trong các phân tử tuần hoàn,
điều này dẫn đến các phần tuần hoàn của phối tử được coi là cứng nhắc. Các phương pháp tiếp cận khác
nhau có thể được sử dụng để gắn các phân tử vòng lớn, chẳng hạn như xác định một hoặc nhiều sự phù
hợp năng lượng thấp và gắn chúng thành các phối tử khác nhau, nhưng việc tạo ra chúng và gắn chúng
một cách riêng biệt có thể là một công việc tốn thời gian. Ngoài ra, có thể sử dụng phương pháp gián
tiếp để quản lý vòng như một thực thể hoàn toàn linh hoạt và sử dụng tìm kiếm cấu hình AutoDock để
khám phá
tính linh hoạt của nó. Phương pháp này ban đầu được phát triển cho phiên bản 3.05 và hiện được triển
khai trong phiên bản 4.2. Giao thức chuyển đổi phối tử tuần hoàn thành dạng mạch hở tương ứng bằng
cách loại bỏ liên kết, sau đó gắn phân tử hoàn toàn linh hoạt ở dạng mở. Định nghĩa loại nguyên tử đặc
biệt cho phép AutoDock khôi phục cấu trúc chu trình ban đầu trong quá trình tính toán đồng thời khám
phá sự phù hợp của chu trình trong quá trình tìm kiếm. Giao thức có thể được chia thành ba bước chính:
MỞ VÒNG (a): bằng cách loại bỏ một liên kết, vòng được mở ra và phối tử được chuyển sang dạng
mạch hở.
XỬ LÝ TRƯỚC LIGAND (b): phối tử được xử lý theo giao thức AutoDockTools tiêu chuẩn, nhưng các
nguyên tử cạnh được thay thế bằng các nguyên tử G.
ĐÓNG GÓI VÀ ĐÓNG VÒNG (c): phối tử được gắn vào đế bằng cách áp dụng điện thế giả Lennard-
Jones 12-2 cho các nguyên tử G để khôi phục cấu trúc tuần hoàn.
Để khôi phục hình dạng vòng kín, một điện thế giả Lennard-Jones 12-2 tầm xa tùy chỉnh được áp dụng
cho các nguyên tử này trong quá trình tính toán lắp ghép. Điện thế này có hiệu quả ở khoảng cách xa và
đảm bảo việc đóng vòng ngay cả với chu kỳ lớn.
Thông số đóng vòng. So sánh giữa thế năng 12-6 van der Waals tiêu chuẩn, liên kết hydro 12-10 và
thế năng giả Lennard-Jones 12-2, trước khi áp dụng chức năng làm mịn AutoDock.
Không có bản đồ bổ sung nào được tính toán cho các nguyên tử G vì để đánh giá tương tác phối tử-
protein, chúng được coi là các nguyên tử carbon bình thường. Do đó, bản đồ C được sử dụng ở vị
trí của chúng. Trong quá trình lắp ghép, điện thế dẫn hướng các nguyên tử cạnh cạnh nhau
dẫn đến việc đóng vòng hiệu quả, đồng thời cho phép thuật toán GA khám phá sự phù hợp của
vòng.
Vòng linh hoạt
Mở chiếc nhẫn
Để chuyển phân tử sang dạng mạch hở, liên kết bị phá vỡ phải được xác định. Cách thu được dạng
mạch hở ảnh hưởng đến quá trình đóng vòng tiếp theo. Các hướng dẫn sau đây có thể giúp chọn
loại liên kết nào trong khi vẫn giữ cho phép tính đơn giản và cải thiện chất lượng của kết quả cuối
cùng:
Giữ số lượng trái phiếu có thể luân chuyển ở mức thấp
Việc mở vòng có thể làm tăng đáng kể tổng số liên kết xoay được, đòi hỏi thời gian tính toán lâu
hơn. Do đó, khi có những vùng kém linh hoạt hoặc cứng một phần thì chúng không nên bị phá vỡ.
Nên ưu tiên các liên kết có chuỗi ngắn hơn.
Phá vỡ liên kết cacbon-cacbon
Để tính nhất quán, liên kết bị phá vỡ phải nằm giữa hai loại nguyên tử giống hệt nhau. AutoDock
hỗ trợ các nguyên tử carbon béo và thơm.
Có thể sử dụng các nguyên tử khác với carbon nhưng chúng sẽ cần một quy trình đặc biệt.
tham số hóa (xem 4.Extension và Limits).
Tránh các nguyên tử bất đối (...bất cứ khi nào có thể)
Do thiếu tính định hướng và mô tả nguyên tử thống nhất của hydrogens, tính chir ban đầu không được
đảm bảo nếu liên kết giữa một hoặc nhiều nguyên tử carbon bất đối bị phá vỡ. Khi tất cả các nguyên tử
cacbon trong vòng đều là bất đối (ví dụ như các hợp chất tự nhiên, kháng sinh), bất kỳ liên kết nào cũng
có thể phù hợp, trong khi đó cần kiểm tra độ bất đối trong kết quả lắp ghép và hiệu chỉnh thủ công nếu
cần.
Sau khi vòng bị gián đoạn, các nguyên tử được kết nối trước đó phải được đổi tên thành “G” trong
cột loại nguyên tử của tệp PDBQT:
Điện thế 12-2 được xác định trong DPF bằng từ khóa intnb_r_eps để ghi đè Bảng tham số tương tác
nội bộ AutoDock, sử dụng cú pháp sau:
intnbp_r_eps 1,51 10,000000 12 2 GG
AutoDock, khi sử dụng mức chẩn đoán của "etables" sẽ xác nhận tham số hóa mới trong DLG:
Khoảng cách đóng vòng tiềm năng được tìm thấy cho loại nguyên tử G : Khoảng cách cân bằng = 1,51
Angstroms Thế năng cân bằng = 10,000042 Kcal/mol
Hệ số Pseudo-LJ = 12 - 2
Tính toán năng lượng tương tác không liên kết bên trong để tính toán lắp ghép;
Các tham số không liên kết cho tương tác GG, được sử dụng trong tính toán nội năng:
Nhiều hơn một chiếc nhẫn
Nhiều vòng linh hoạt có thể được gắn vào nhau bằng cách phá vỡ liên kết của mỗi vòng và sử dụng
loại nguyên tử khác nhau cho mỗi cặp nguyên tử cạnh. AutoDock bao gồm bốn loại nguyên tử
carbon
đóng vòng: G, J, Q (aliphatic) và GA (aromatic), sau đó có thể gắn tối đa bốn vòng linh hoạt cùng
lúc. Vì
ví dụ: nếu vòng thứ hai được mở thì hai nguyên tử cạnh tiếp theo được đổi tên thành J và DPF sẽ
bao gồm từ khóa intnb_r_eps bổ sung và một tham chiếu bản đồ C khác. Mặc dù không có giới hạn
thực tế nào về số chu kỳ có thể được mở trong cùng một phân tử, nhưng vẫn có giới hạn tiềm ẩn về
độ phức tạp của việc lắp ghép, cũng như số lượng liên kết xoay tối đa được phép. Nếu cần xác định
thêm các loại nguyên tử (ví dụ:
-SS- liên kết disulfide), một tệp tham số nguyên tử tùy chỉnh phải được tạo và đưa vào DPF với tệp
tham
số_file từ khóa.
Hạn chế
Sử dụng phương pháp này để lắp các vòng linh hoạt có thể tiết kiệm rất nhiều thời gian so với việc
lắp các vòng cứng có hình dạng khác nhau, nhưng có một số hạn chế liên quan đến việc triển khai
quy trình:
Chirality. Các nguyên tử hydro liên kết với các nguyên tử cạnh bất đối sẽ được hợp nhất trong mô
hình nguyên tử thống nhất được sử dụng trong AutoDock, khi đó thông tin về chirality sẽ bị mất.
Trong quá trình lắp ghép, các nguyên tử G cuối cùng có thể tiếp cận nhau từ các hướng khác với
hình dạng ban đầu, dẫn đến khả năng sai lệch về độ chụm.
Khoảng cách trái phiếu. Điện thế giả Lennard-Jones mô tả khoảng cách cân bằng lý tưởng của hai
nguyên tử G, tương ứng với khoảng cách liên kết CC cân bằng (~ 1,5 Å). Khoảng cách cuối cùng
mặc dù có thể lớn hơn một chút, do lực đẩy van der Waals giữa hai nguyên tử ngăn cản sự trùng lặp
thể tích nguyên tử.
Tính toán năng lượng. Trong quá trình tính toán, thế năng giả Lennard-Jones cung cấp thêm năng
lượng đóng góp vào tổng năng lượng để tạo ra sự đóng vòng. Điều này có thể dẫn đến sự dịch
chuyển tổng thể của năng lượng cuối cùng sang các giá trị thấp hơn. Mặc dù đây không phải là một
hạn chế thực sự nhưng cần cân nhắc để tránh sự so sánh giữa điểm số đạt được khi có và không có
vòng linh hoạt.
Vì những lý do này, kết quả lắp ghép cuối cùng phải được tinh chỉnh bằng cách kiểm tra độ chụm
và thực hiện sàng lọc hình học để điều chỉnh các góc và khoảng cách liên kết.
Đây là DPF tương ứng với cấu trúc ví dụ trong phần giới thiệu:
Phụ lục IV: Tài liệu tham khảo AutoDock
AutoDock 4.2
Morris, GM, Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, MF, Belew, RK, Goodsell, DS và Olson, AJ (2009)
J. Comput. Hóa học, 30: 2785-2791. “Autodock4 và AutoDockTools4: kết nối tự động với tính linh
hoạt của thụ thể chọn lọc.”
Cosconati, S., Forli, S., Perryman, AL, Harris, R., Goodsell, DS và Olson, AJ (2010)
Ý kiến chuyên gia. Khám phá ma túy 5: 597-607. "Sàng lọc ảo với AutoDock: lý thuyết và thực
hành."
Forli, S. và Olson, AJ (2012) J. Med. Chem. 55: 623-638. "Một trường lực với các vùng nước có
thể dịch chuyển rời rạc và entropy phân hủy để lắp ghép phối tử ngậm nước."
AutoDock 4.0
Huey, R., Morris, GM, Olson, AJ và Goodsell, DS (2007) J. Comput. Chem. 28, 1145- 1152.
“Trường lực tự do bán thực nghiệm với sự phân hủy dựa trên điện tích.”
Huey, R., Goodsell, DS, Morris, GM và Olson, AJ (2004) Thư về Thiết kế và Khám phá Thuốc 1,
178-183. “Tiềm năng liên kết hydro dựa trên lưới điện với tính định hướng được cải thiện”.
AutoDock 3.0
Morris, GM, Goodsell, DS, Halliday, RS, Huey, R., Hart, WE, Belew, RK và Olson, AJ (1998), J.
Hóa học tính toán, 19: 1639-1662. &quot;Việc kết nối tự động sử dụng thuật toán di truyền Lama-
rckian và chức năng năng lượng tự do ràng buộc theo kinh nghiệm&quot;.
AutoDock 2.4
Morris, GM, Goodsell, DS, Huey, R. và Olson, AJ (1996), J. Thiết kế phân tử có sự hỗ trợ của máy
tính, 10: 293-304. &quot;Việc ghép tự động phân phối các phối tử linh hoạt vào protein: Các ứng
dụng song song của AutoDock 2.4&quot;.
Goodsell, DS, Morris, GM và Olson, AJ (1996), J. Mol. Công nhận, 9: 1-5. &quot;Việc kết nối các
phối tử linh hoạt: Ứng dụng của AutoDock&quot;.
AutoDock 1.0
Goodsell, DS và Olson, AJ (1990), Protein: Str. Func. và Genet., 8: 195-202. "Tự động kết hợp
chất nền với protein bằng cách ủ mô phỏng".