‫ﻣﺘﺮﺟﻢ ﻣﻦ ﺍﻹﻧﺠﻠﻴﺰﻳﺔ ﺇﻟﻰ ﺍﻟﻌﺮﺑﻴﺔ ‪www.onlinedoctranslator.

com -‬‬

‫ﺃﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪5285-52939‬‬ ‫ﺗﻢﺍﻟﻨﺸﺮ ﻋﻠﻰ ﺍﻹﻧﺘﺮﻧﺖ ﻓﻲ ‪ 31‬ﻣﺎﺭﺱ ‪2017‬‬
‫ﺩﻭﻯ‪/10.1093:‬ﻧﺎﺭ‪gkx228/‬‬

‫ﺍﻟﻤﺸﻬﺪﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲ ﻭﺍﻟﻨﺴﺨﻲﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ(‪BL21 )DE3‬‬

‫ﻳﻮﻥ‪*،1‬‬ ‫ﺳﻴﻨﻴﻮﻥﻛﻴﻢ‪ ،1‬ﻫﺎﻳﻮﻧﺞ ﺟﻴﻮﻧﺞ‪ ،2‬ﻳﻮﻥ ﻳﻮﻥ ﻛﻴﻢ‪ ،3‬ﺟﻴﻬﻴﻮﻥ ﻑ‪ .‬ﻛﻴﻢ‪ ،4‬ﺳﺎﻧﻎ ﻳﻮﺏ ﻟﻲ‪5‬ﻭ ﺳﻮﻧﻎ ﻫﻮ‬

‫‪1‬ﻗﺴﻢ ﺍﻟﻌﻠﻮﻡ ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﻭﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ ،‬ﺟﺎﻣﻌﺔ ﻛﻮﻧﻜﻮﻙ‪ ،‬ﺳﻴﻮﻝ ‪ ،05029‬ﺟﻤﻬﻮﺭﻳﺔ ﻛﻮﺭﻳﺎ‪2،‬ﻣﺮﻛﺰ ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﻣﺮﺍﺽ ﺍﻟﻤﻌﺪﻳﺔ‪ ،‬ﻣﻌﻬﺪ‬
‫ﺃﺑﺤﺎﺙﻛﻮﺭﻳﺎ ﻟﻠﻌﻠﻮﻡ ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﻭﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ )‪ ،(KRIBB‬ﺩﺍﻳﺠﻮﻥ ‪ ،34141‬ﺟﻤﻬﻮﺭﻳﺔ ﻛﻮﺭﻳﺎ‪3،‬ﻛﻠﻴﺔ ﺍﻟﻌﻠﻮﻡ ﺍﻷﺳﺎﺳﻴﺔ‪ ،‬ﺟﺎﻣﻌﺔ ﻫﺎﻧﺒﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﻮﻃﻨﻴﺔ‪،‬ﺩﺍﻳﺠﻮﻥ ‪ ،34158‬ﺟﻤﻬﻮﺭﻳﺔ ﻛﻮﺭﻳﺎ‪،‬‬
‫‪4‬ﻗﺴﻢ ﺑﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﻨﻈﻢ ﻭﻗﺴﻢ ﻋﻠﻮﻡ ﺍﻟﺤﻴﺎﺓ‪ ،‬ﺟﺎﻣﻌﺔ ﻳﻮﻧﺴﻲ‪ ،‬ﺳﻴﻮﻝ ‪ ،03722‬ﺟﻤﻬﻮﺭﻳﺔ ﻛﻮﺭﻳﺎ ﻭ‪5‬ﻣﺨﺘﺒﺮ ﺍﻟﺒﺤﻮﺙ ﺍﻟﻮﻃﻨﻲ ﻟﻠﻬﻨﺪﺳﺔ ﺍﻷﻳﻀﻴﺔ‬
‫ﻭﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔﺍﻟﺠﺰﻳﺉﻴﺔ‪ ،‬ﻗﺴﻢ ﺍﻟﻬﻨﺪﺳﺔ ﺍﻟﻜﻴﻤﻴﺎﺉﻴﺔ ﻭﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﺍﻟﺠﺰﻳﺉﻴﺔ )ﺑﺮﻧﺎﻣﺞ ‪ ،(BK21 Plus‬ﻣﺮﻛﺰ ﺃﺑﺤﺎﺙ ﻫﻨﺪﺳﺔ ﺍﻟﻌﻤﻠﻴﺎﺕ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ ،‬ﻣﺮﻛﺰ‬
‫ﺍﻷﻧﻈﻤﺔﻭﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺍﻻﺻﻄﻨﺎﻋﻴﺔ‪ ،‬ﻭﻣﻌﻬﺪ ﺍﻟﻘﺮﻥ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ‪ ،KAIST ،‬ﺩﺍﻳﺠﻮﻥ ‪ ،34141‬ﺟﻤﻬﻮﺭﻳﺔ ﻛﻮﺭﻳﺎ‬

‫ﺗﻢﺍﻻﺳﺘﻼﻡ ﻓﻲ ‪ 13‬ﻳﻨﺎﻳﺮ ‪2017‬؛ ﺗﻤﺖ ﺍﻟﻤﺮﺍﺟﻌﺔ ﻓﻲ ‪ 16‬ﻓﺒﺮﺍﻳﺮ ‪2017‬؛ ﻗﺮﺍﺭ ﺍﻟﺘﺤﺮﻳﺮ ‪ 23‬ﻣﺎﺭﺱ ‪2017‬؛ ﺗﻢ ﺍﻟﻘﺒﻮﻝ ﻓﻲ ‪ 26‬ﻣﺎﺭﺱ ‪2017‬‬

‫ﺗﻌﺘﻤﺪﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ‪ multi-omics‬ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﻋﻠﻰ ﺟﻮﺩﺓ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ‬ ‫ﺧﻼﺻﺔ‬

‫ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ‪.‬ﺗﻬﺪﻑ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺇﻟﻰ ﺍﻟﺘﺄﻛﺪ ﻣﻦ ﺃﻥ ﺃﻭﺻﺎﻑ‬
‫ﻭﻣﻮﺍﻗﻊﺟﻤﻴﻊ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﻳﻤﻜﻦ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﺩﻗﻴﻘﺔ ﻭﺣﺪﻳﺜﺔ ﻗﺪﺭ‬
‫ﺍﻹﻣﻜﺎﻥ)‪ .(3‬ﻳﺘﻄﻠﺐ ﻓﻚ ﺭﻣﻮﺯ ﺍﻟﻤﻮﺍﻗﻊ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ ﻹﻃﺎﺭﺍﺕ ﺍﻟﻘﺮﺍءﺓ‬
‫ﺍﻟﻤﻔﺘﻮﺣﺔ)‪ (ORFs‬ﻭﻭﻇﺎﺉﻔﻬﺎ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺗﻘﻴﻴﻢ ﻭﺗﺼﺤﻴﺢ ﻣﺴﺘﻤﺮ ﻣﻊ ﺗﻮﻓﺮ‬
‫ﺑﻴﺎﻧﺎﺕﺟﺪﻳﺪﺓ‪ .‬ﺗﺸﻤﻞ ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﺠﺪﻳﺪﺓ ﺍﻷﻛﺜﺮ ﺷﻴﻮﻋﺎً ﺍﻟﻨﺎﺷﺉﺔ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻮﻗﺖﺍﻟﺤﺎﺿﺮ )‪ (1‬ﻣﻮﺍﻗﻊ ﺑﺪء ﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ )‪ (TISs‬ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﻜﺸﻒ ﻋﻨﻬﺎ‬
‫ﻣﻦﺧﻼﻝ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻹﻧﺘﺎﺟﻴﺔ ﻭﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺪﻗﺔ‪(2) ،‬‬
‫ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻴﺔ ﻭﻣﻌﻠﻮﻣﺎﺕ ﻭﻇﻴﻔﺔ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﻤﺤﺪﺩﺓ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﻭﺍﻟﺘﻲ‬
‫ﻳﻤﻜﻨﻬﺎﺗﺨﺼﻴﺺ ﻭﻇﺎﺉﻒ ﻣﺤﺪﺩﺓ ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺸﺮﻭﺣﺔ ﻣﺴﺒﻘﺎً‬
‫ﺑﺎﻋﺘﺒﺎﺭﻫﺎ"ﺑﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻓﺘﺮﺍﺿﻴﺔ )ﻣﺤﻔﻮﻇﺔ("‪ (3) ،‬ﺗﻨﺒﺄﺕ ﺑﺎﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺩﻭﻥ‬
‫ﺃﻱﻧﺴﺦ ﻭ‪/‬ﺃﻭ ﻳﻤﻜﻦ ﺍﻟﺘﺨﻠﺺ ﻣﻦ ﺃﺩﻟﺔ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﻲ ﻭ)‪ (4‬ﺗﺤﺪﻳﺪ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕﻭﺍﻟـ ‪ RNA‬ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﺸﻔﺮﺓ )‪ (ncRNAs‬ﺍﻟﺘﻲ ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻐﺎﺿﻲ ﻋﻨﻬﺎ‬
‫ﺍﻟﻤﺘﻜﺎﻣﻞﺍﻟﺠﺪﻳﺪ ﻟﻠﺒﻨﻴﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻴﺔ ﻭﺍﻟﻨﺴﺨﻴﺔ ﻟـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺃﺩﻯ‬
‫ﻓﻲﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪ .‬ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺷﺮﺡ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﺍﻵﻟﻲ ﻣﺜﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﻴﻜﺮﻭﺑﻴﺔ ﺍﻟﻤﺘﻜﺎﻣﻠﺔ )‪(4) (IMG‬‬
‫ﻭﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺍﻟﺴﺮﻳﻌﺔ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺗﻘﻨﻴﺔ ﺍﻷﻧﻈﻤﺔ ﺍﻟﻔﺮﻋﻴﺔ‬
‫)‪ (4) (RAST‬ﺗﻢ ﺗﻄﻮﻳﺮﻩ‪ .‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﻳﻤﻜﻦ ﺃﻥ ﻳﺨﺘﻠﻒ ﻋﺪﺩ ﻭﺣﺠﻢ‬
‫ﻭﻭﺻﻒ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﺘﻮﻗﻌﺔ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﺍﻋﺘﻤﺎﺩﺍً ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺨﻮﺍﺭﺯﻣﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﺴﺘﺨﺪﻣﺔ)‪ .(5,3‬ﻟﺬﻟﻚ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻬﻢ ﺗﺼﺤﻴﺢ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﻘﺪﻳﻢ‬
‫ﺑﺸﻜﻞﻛﺎﻣﻞ ﻗﺪﺭ ﺍﻹﻣﻜﺎﻥ‪ ،‬ﺧﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻠﻜﺎﺉﻨﺎﺕ ﺍﻟﺤﻴﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮﺫﺟﻴﺔ‬
‫ﻣﺜﻞﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪BL21 )DE3(.‬‬
‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻟﻘﺪ ﻛﺎﻥ (‪ BL21)DE3‬ﺑﻤﺜﺎﺑﺔ ﻛﺎﺉﻦ ﺣﻲ‬
‫ﻧﻤﻮﺫﺟﻲﻟﻠﺒﺤﺚ ﺍﻟﻌﻠﻤﻲ‪ ،‬ﻓﻀﻼ ًﻋﻦ ﻛﻮﻧﻪ ﺍﻟﻌﻤﻮﺩ ﺍﻟﻔﻘﺮﻱ‬
‫ﻟﻠﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ .‬ﻧﻘﺪﻡ ﻫﻨﺎ ﺃﺣﺪﺙ ﺷﺮﺡ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‬
‫‪،‬ﺑﻨﺎء ًﻋﻠﻰ ﺍﻟﺒﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺼﻴﺔ ﻟﻠﺴﻼﻟﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﻷﻭﻝ ﻣﺮﺓ‪ .‬ﺗﻢ‬
‫ﺷﺮﺡﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺁﻟﻴﺔ ﻣﺘﻌﺪﺩﺓ ﻭﻣﻘﺎﺭﻧﺘﻪ‬
‫ﺑﺸﺮﺡﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﺤﺎﻟﻲ ﻟﻠﺴﻼﻟﺔ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﺼﻠﺔ ﺍﻟﻮﺛﻴﻘﺔ (‪BL21 )DE3‬‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻙ‪ .12-‬ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻋﺎﻟﻴﺔ ﺍﻟﺪﻗﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ‬
‫ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺗﺤﻠﻴﻞ (‪ BL21 )DE3‬ﻣﻦ ﻋﺪﺓ ﻣﺮﺍﺣﻞ ﻣﺨﺘﻠﻔﺔ ﻣﻦ ﻧﻤﻮ‬
‫ﺍﻟﺨﻼﻳﺎﻓﻲ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﻐﻨﻴﺔ ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻟﺘﻮﺻﻴﻒ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﻭﻟﺘﻘﺪﻳﻢﺃﺩﻟﺔ ﺩﺍﻋﻤﺔ ﻹﻃﺎﺭﺍﺕ ﺍﻟﻘﺮﺍءﺓ ﺍﻟﻤﻔﺘﻮﺣﺔ‪ .‬ﻫﺬﺍ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ‬
‫(‪ BL21)DE3‬ﺇﻟﻰ ﺗﺼﺤﻴﺢ ﻣﻮﺍﻗﻊ ﺑﺪء ﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ ﻟـ ‪ 88‬ﺗﺴﻠﺴﻼً ﻣﻦ‬
‫ﺍﻟﺤﻤﺾﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﻤﺸﻔﺮ ﻭﻗﺪﻡ ﻣﻌﻠﻮﻣﺎﺕ ﻣﺤﺪﺛﺔ ﻟﻤﻌﻈﻢ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪.‬ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ ﺇﻟﻰ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺗﻢ ﺃﻳﻀﺎً ﺗﺤﺪﻳﺪ ‪ 37‬ﺟﻴﻨﺎً ﻣﻔﺘﺮﺿﺎً‬
‫ﻭ‪ RNA66‬ﻣﻔﺘﺮﺿﺎً ﻏﻴﺮ ﻣﺸﻔﺮ‪ .‬ﺍﻟﻤﺸﻬﺪ ﺍﻟﺒﺎﻧﻮﺭﺍﻣﻲ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫ﻭﺍﻟﻨﺴﺨﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻴﺴﻤﺢ ﻟﻨﺎ (‪ BL21)DE3‬ﺍﻟﺬﻱ ﺗﻢ‬
‫ﺍﻟﻜﺸﻒﻋﻨﻪ ﻫﻨﺎ ﺑﻔﻬﻢ ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻷﺳﺎﺳﻴﺔ ﻟﻠﺴﻼﻟﺔ ﺑﺸﻜﻞ‬
‫ﺃﻓﻀﻞﻭﻛﺬﻟﻚ ﺗﻄﻮﻳﺮ ﺗﻄﺒﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﺼﻨﺎﻋﺔ‪.‬‬

‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻟﻘﺪ ﻛﺎﻥ (‪ BL21)DE3‬ﻣﻨﺬ ﻓﺘﺮﺓ ﻃﻮﻳﻠﺔ ﺍﻟﺪﻋﺎﻣﺔ‬

‫ﺍﻷﺳﺎﺳﻴﺔﻟﻠﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺗﻄﺒﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ ،‬ﻭﺃﺑﺮﺯﻫﺎ ﺇﻧﺘﺎﺝ‬
‫ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦﺍﻟﻤﺆﺗﻠﻒ‪ .‬ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﺒﺎﺭﺯﺓ ﻟﺴﻼﻟﺔ (‪BL21 )DE3‬‬
‫ﺗﺠﻌﻠﻬﺎﻣﺜﺎﻟﻴﺔ ﻟﺪﻭﺭﻫﺎ ﻛﻤﻀﻴﻒ ﺻﻨﺎﻋﻲ‪ ،‬ﺑﻤﺎ ﻓﻲ ﺫﻟﻚ ﻧﻤﻮ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ‬
‫ﺍﻟﺴﺮﻳﻊﻓﻲ ﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻣﻦ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ‪ ،‬ﻭﺍﻧﺨﻔﺎﺽ ﺇﻧﺘﺎﺝ ﺍﻷﺳﻴﺘﺎﺕ ﻋﻨﺪ‬
‫ﻧﻤﻮﻫﺎﻋﻠﻰ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ ﻋﺎﻟﻴﺔ ﻣﻦ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ‪ ،‬ﻭﺍﻧﺨﻔﺎﺽ ﻭﻓﺮﺓ ﺍﻷﻧﺰﻳﻢ‬
‫ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﻲﻭﺍﻟﻘﺪﺭﺓ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻜﻴﻒ ﻣﻊ ﺍﻟﻜﺜﺎﻓﺔ ﺍﻟﻌﺎﻟﻴﺔ‪ .‬ﺛﻘﺎﻓﺔ )‪.(6‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ‬ ‫ﻣﻘﺪﻣﺔ‬
‫ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻭﻗﺪ ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺳﻼﻻﺕ ‪ K-12‬ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎﻕ ﻭﺍﺳﻊ ﻟﻠﺘﺤﻠﻴﻞ‬ ‫ﺃﺻﺒﺢﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻣﻊ ﺷﺮﺡ ﺩﻗﻴﻖ ﺃﻣﺮﺍً ﺿﺮﻭﺭﻳﺎً ﺗﻘﺮﻳﺒﺎً ﻟﻠﺪﺭﺍﺳﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻲﻓﻲ ﺍﻟﺒﻴﺉﺎﺕ ﺍﻟﻤﺨﺘﺒﺮﻳﺔ‪ ،‬ﻭﻗﺪ ﺗﻢ ﺗﻜﺮﻳﺲ ﺍﻟﺠﻬﻮﺩ ﺍﻟﺪﻭﻟﻴﺔ ﻟﺮﻓﻊ‬ ‫ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻴﺔ ﻭﺍﻟﻨﻈﻤﻴﺔ ﺍﻟﺘﻘﻠﻴﺪﻳﺔ )‪ ،(2,1‬ﻭﺍﻟﺘﻔﺴﻴﺮ ﻭﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ‬
‫ﺍﻟﻤﺴﺘﻮﻯ‪.‬‬

‫* ﻟﻤﻦﻳﻨﺒﻐﻲ ﺃﻥ ﺗﻌﺎﻟﺞ ﺍﻟﻤﺮﺍﺳﻼﺕ‪ .‬ﺍﻟﻬﺎﺗﻒ‪3761 450 2 82+ :‬؛ ﻓﺎﻛﺲ‪0686 450 2 82+ :‬؛ ﺍﻟﺒﺮﻳﺪ ﺍﻹﻟﻜﺘﺮﻭﻧﻲ‪syoon@konkuk.ac.kr :‬‬

‫©ﺍﻟﻤﺆﻟﻒ )ﺍﻟﻤﺆﻟﻔﻮﻥ( ‪ .2017‬ﻧﺸﺮﺗﻪ ﻣﻄﺒﻌﺔ ﺟﺎﻣﻌﺔ ﺃﻛﺴﻔﻮﺭﺩ ﻧﻴﺎﺑﺔ ﻋﻦ ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪.‬‬
‫ﺝ‬
‫ﻫﺬﻩﻣﻘﺎﻟﺔ ﺫﺍﺕ ﻭﺻﻮﻝ ﻣﻔﺘﻮﺡ ﻭﻣﻮﺯﻋﺔ ﺑﻤﻮﺟﺐ ﺷﺮﻭﻁ ﺗﺮﺧﻴﺺ ‪/Creativecommons.org//:Creative Commons Attribution )http‬ﺍﻟﺘﺮﺍﺧﻴﺺ‪/‬ﺑﻮﺍﺳﻄﺔ‪ ،(/4.0/NC-‬ﺍﻟﺬﻱ ﻳﺴﻤﺢ ﺑﺈﻋﺎﺩﺓ‬
‫ﺍﻻﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻭﺍﻟﺘﻮﺯﻳﻊ ﻭﺍﻻﺳﺘﻨﺴﺎﺥ ﻓﻲ ﺃﻱ ﻭﺳﻴﻠﺔ ﻏﻴﺮ ﺗﺠﺎﺭﻳﺔ‪ ،‬ﺑﺸﺮﻁ ﺍﻻﺳﺘﺸﻬﺎﺩ ﺑﺎﻟﻌﻤﻞ ﺍﻷﺻﻠﻲ ﺑﺸﻜﻞ ﺻﺤﻴﺢ‪ .‬ﻹﻋﺎﺩﺓ ﺍﻻﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﺘﺠﺎﺭﻱ‪ ،‬ﻳﺮﺟﻰ ﺍﻻﺗﺼﺎﻝ ﺑـ ‪Journals.permissions@oup.com‬‬

‫ﺗﻢﺗﺤﻀﻴﺮ ﻣﺰﺍﺭﻉ ﺍﻟﺒﺬﻭﺭ ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺯﺭﺍﻋﺔ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﻓﻲ ﻗﻮﺍﺭﻳﺮ ﺳﻌﺔ ‪125‬‬
‫ﻣﻞﺗﺤﺘﻮﻱ ﻋﻠﻰ ‪ 25‬ﻣﻞ ﻣﻦ ﺍﻟﻮﺳﻂ ﻋﻨﺪ ‪% )v◦37‬ﻳﺤﺘﻮﻱ ﻋﻠﻰ ‪ 1‬ﻟﺘﺮ‬
‫ﻣﻦﺍﻟﻮﺳﻂ‪ .‬ﺗﻢ ﺍﻟﺤﻔﺎﻅ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺮﻗﻢ ﺍﻟﻬﻴﺪﺭﻭﺟﻴﻨﻲ ﻋﻨﺪ ‪ 7.0‬ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ‬
‫ﺍﻟﺘﻐﺬﻳﺔﺍﻟﺘﻠﻘﺎﺉﻴﺔ ﺑﻨﺴﺒﺔ ‪Scientific، Edison، NJ، USA( 25‬‬
‫‪ )BioFlo 310، New Brunswick‬ﻭ ‪ 200‬ﺩﻭﺭﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ ﻟﻤﺪﺓ ‪12‬‬
‫ﺳﺎﻋﺔ‪.‬ﺑﻌﺪ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺗﻢ ﻧﻘﻞ ‪ 10‬ﻣﻞ ﻣﻦ ﺛﻘﺎﻓﺔ ﺍﻟﺒﺬﻭﺭ ﺇﻟﻰ ﻣﻔﺎﻋﻞ ﺣﻴﻮﻱ‬
‫ﺳﻌﺔ‪ 2.5‬ﻟﺘﺮ ‪/C‬ﺕ( ﻧﻴﻮ ﻫﺎﻣﺒﺸﺎﻳﺮ‪4‬ﺃﻭﻩ‪ .‬ﺗﻢ ﺍﻟﺤﻔﺎﻅ ﻋﻠﻰ ﺗﺮﻛﻴﺰ‬
‫ﺍﻷﻛﺴﺠﻴﻦﺍﻟﻤﺬﺍﺏ ﺃﻋﻠﻰ ﻣﻦ ‪ ٪40‬ﻣﻦ ﺗﺸﺒﻊ ﺍﻟﻬﻮﺍء ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺇﻣﺪﺍﺩ‬
‫ﺍﻟﻬﻮﺍء)‪ 1.5‬ﻟﺘﺮ‪/‬ﺩﻗﻴﻘﺔ( ﻭﺗﺘﺮﺍﻭﺡ ﺳﺮﻋﺔ ﺍﻟﺘﺤﺮﻳﻚ ﺗﻠﻘﺎﺉﻴﺎً ﺑﻴﻦ ‪300‬‬
‫ﻭ‪800‬ﺩﻭﺭﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ‪ .‬ﺗﻤﺖ ﻣﺮﺍﻗﺒﺔ ﻧﻤﻮ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﻗﻴﺎﺱ‬
‫ﺍﻻﻣﺘﺼﺎﺻﻴﺔﻋﻨﺪ ‪ 600‬ﻧﺎﻧﻮﻣﺘﺮ )‪ .(600OD‬ﺗﻢ ﻗﻴﺎﺱ ﺗﺮﻛﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ‬
‫ﻭﺍﻷﺳﻴﺘﺎﺕﻭﺍﻟﻼﻛﺘﺎﺕ ﻭﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻌﻀﻮﻳﺔ ﺍﻷﺧﺮﻯ ﻓﻲ ﻃﺎﻑ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ (‪Technologies، Santa Clara، CA، USA‬‬
‫‪ Agilent 1260 Infinity HPLC )Agilent‬ﺍﻟﻤﺠﻬﺰ ﺑﻌﻤﻮﺩ ﺍﻟﺘﺒﺎﺩﻝ‬
‫ﺍﻷﻳﻮﻧﻲ)‪ 7.8×.(Aminex HPX-87H، 300‬ﻣﻠﻢ‪ ،‬ﻣﺨﺘﺒﺮﺍﺕ ﺑﺎﻳﻮ ﺭﺍﺩ‪،‬‬
‫ﻫﺮﻗﻞ‪،‬ﻛﺎﻟﻴﻔﻮﺭﻧﻴﺎ‪ ،‬ﺍﻟﻮﻻﻳﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﺤﺪﺓ ﺍﻷﻣﺮﻳﻜﻴﺔ(‪.‬‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﻭﺍﻟﻨﺴﺨﺔ )ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪ .(1.(1‬ﻟﻘﺪ ﺩﻣﺠﻨﺎﻣﻦ ﺟﺪﻳﺪﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻣﻦ‬
‫ﺑﻨﺎءﻣﻴﻜﺮﻭﺃﺭﻱ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺪﻗﺔ ﻭﺗﻬﺠﻴﻦ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ‬
‫ﺛﻼﺛﺔﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺗﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻣﺨﺘﻠﻔﺔ ﻣﻊ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪.‬‬
‫)‪ (RNA‬ﻭﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﺼﻮﺭ‬
‫ﺗﻢﺗﺼﻤﻴﻢ ﻣﺼﻔﻮﻓﺔ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﻋﺎﻟﻴﺔ ﺍﻟﺪﻗﺔ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﺎﻟﻜﺎﻣﻞ‪ ،‬ﺗﺤﺘﻮﻱ ﻋﻠﻰ‬
‫‪957515‬ﻣﺴﺒﺎﺭ ‪ 60‬ﻣﻴﺮ ﻣﻊ ﺗﺴﻠﺴﻼﺕ ﺧﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﺸﺮﻳﻂ‪ ،‬ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ ﺇﻟﻰ‬
‫ﻋﻨﺎﺻﺮﺍﻟﺘﺤﻜﻢ ﺍﻟﻤﻀﻤﻨﺔ ﻣﻦ ﻗﺒﻞ ﺍﻟﺸﺮﻛﺔ ﺍﻟﻤﺼﻨﻌﺔ )‪microarray 1‬‬
‫‪ 1×Agilent custom GE‬ﻡ(‪ .‬ﺗﻢ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﻛﻞ ‪ 10‬ﻧﻘﺎﻁ‬
‫ﺃﺳﺎﺱ)ﺃﻱ ‪ 50‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ ﺗﺘﺪﺍﺧﻞ ﺑﻴﻦ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﺍﻟﻤﺠﺎﻭﺭﺓ(‪.‬‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ) (‪ .(10BL21 )DE3‬ﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖ ﺍﻟﻌﻠﻴﺎ ﻟﻜﻞ ‪ORF‬‬
‫ﺑﺪﻗﺔ‪،‬ﺗﻤﺖ ﺇﺿﺎﻓﺔ ﻣﺠﺴﺎﺕ ﺑﺪﻗﺔ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﺗﺒﻠﻎ ‪ .nt 4‬ﻛﻌﻨﺼﺮ ﺗﺤﻜﻢ‬
‫ﻟﺘﻬﺠﻴﻦﺍﻟﺨﻠﻔﻴﺔ ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﺤﺪﺩ‪ ،‬ﺗﻤﺖ ﺇﺿﺎﻓﺔ ‪ 10000‬ﻣﺴﺒﺎﺭ ﺗﺤﻜﻢ ﺳﻠﺒﻲ‬
‫)‪ .(NCPs‬ﺗﻢ ﺗﺼﻤﻴﻢ ﻧﻘﺎﻁ ‪ NCP‬ﻫﺬﻩ ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺗﺴﻠﺴﻞ ﻋﺸﻮﺍﺉﻲ ﻟـ‬
‫‪12‬ﻣﻴﺮﺍً ﻏﺎﺉﺒﺎً ﻋﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪ ،‬ﻣﺘﺒﻮﻋﺎً ﺑﺘﺴﻠﺴﻞ ﻋﺸﻮﺍﺉﻲ ﻟﺨﻤﺴﺔ ‪12‬‬
‫ﻣﻴﺮﺍً‪.‬ﻫﺬﺍ ﻳﻀﻤﻦ ﺃﻥ ﻛﻞ ‪ NCP‬ﻟﺪﻳﻪ ﺧﻤﺴﺔ ﺣﺎﻻﺕ ﻋﺪﻡ ﺗﻄﺎﺑﻖ ﻋﻠﻰ‬
‫ﺍﻷﻗﻞﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻷﻱ ﺍﻣﺘﺪﺍﺩ ‪ nt 60‬ﻣﻦ ﺟﻴﻨﻮﻡ (‪.(20) BL21 )DE3‬‬
‫ﻣﺮﻕﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ )‪810×4.0‬ﺗﻢ ﺧﻠﻂ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ( ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻔﻮﺭ ﻣﻊ ﻣﺠﻠﺪﻳﻦ ﻣﻦ‬
‫ﻛﺎﺷﻒﺍﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺎ (‪RNAprotect )Qiagen، Düsseldorf، Germany‬‬
‫‪.‬ﺗﻢ ﺇﻓﺴﺎﺩ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﺍﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺔ ﺑﺎﻟﻠﻴﺰﻭﺯﻳﻢ ﻟﻤﺪﺓ ‪ 5‬ﺩﻗﺎﺉﻖ ﻋﻨﺪ ‪◦25‬ﺗﻢ ﺇﻋﺪﺍﺩ‬
‫‪ C. Total RNA‬ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﻋﺰﻝ (‪، Waltham، MA، USA‬‬
‫‪ ،mirVana miRNA )Thermo Fisher Scientific Inc.‬ﻭﻓﻘﺎً‬
‫ﻟﺘﻌﻠﻴﻤﺎﺕﺍﻟﺸﺮﻛﺔ ﺍﻟﻤﺼﻨﻌﺔ‪ .‬ﺗﻢ ﻫﻀﻢ ﺃﻱ ‪ DNA‬ﻣﻠﻮﺙ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ (‪USA‬‬
‫‪ Turbo DNase )Applied Biosystems، Austin، TX،‬ﻟﻤﺪﺓ ‪30‬‬
‫ﺩﻗﻴﻘﺔﻋﻨﺪ ‪ RNA )RIN(◦37‬ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺠﻮﺩﺓ )ﺗﻠﻚ ﺍﻟﺘﻲ ﻟﺪﻳﻬﺎ ﺭﻗﻢ ﺳﻼﻣﺔ‬
‫‪RNAs‬ﻭ ‪ )Agilent Technologies، Palo Alto، CA، USA(،‬ﺍﻟﻤﻨﻘﻰ‬
‫ﺑﻮﺍﺳﻄﺔﺍﻟﻤﺤﻠﻞ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ (‪ )RNA‬ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ ﻛﻤﻴﺔ ﻭﻧﻘﺎء ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ‬
‫ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ ‪ mirVana miRNA.‬ﺛﻢ ﻗﻢ ﺑﺈﺯﺍﻟﺘﻬﺎ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺧﺮﺍﻃﻴﺶ ﺍﻟﻔﻠﺘﺮ‬
‫ﺍﻟﻤﺘﻮﻓﺮﺓﻣﻊ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﻋﺰﻝ ‪C‬‬
‫‪ (7.5‬ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻣﻬﺎ ﻓﻲ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭﺍﺕ ﺍﻟﺼﻔﻴﻒ ﺍﻟﻼﺣﻘﺔ‪.‬‬
‫ﺗﻤﺖﺗﺴﻤﻴﺔ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﺍﻟﻨﺎﺗﺞ ﻣﺒﺎﺷﺮﺓ ًﺑـ ‪Cy3‬‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻣﺠﻤﻮﻋﺔ (‪Labeling Kit )Mirus، Madison، WI، USA‬‬
‫‪ ،Label IT -Array‬ﻭﻓﻘﺎً ﻟﺘﻌﻠﻴﻤﺎﺕ ﺍﻟﺸﺮﻛﺔ ﺍﻟﻤﺼﻨﻌﺔ‪ .‬ﺗﻤﺖ ﺗﻨﻘﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﺤﻤﺾﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﺍﻟﻤﺴﻤﻰ ‪ Cy3‬ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺃﻋﻤﺪﺓ ‪Spin‬‬
‫‪) Quick‬ﺭﻭﺵ‪ ،‬ﺑﺎﺯﻝ‪ ،‬ﺳﻮﻳﺴﺮﺍ( ﺛﻢ ﺗﻢ ﺗﺠﺰﺉﺘﻪ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﺤﻀﺎﻧﺔ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻋﺎﻣﻞ ﻣﺎﻧﻊ ﻭﻣﺨﺰﻥ ﻣﺆﻗﺖ ﻟﻠﺘﺠﺰﺉﺔ ﻟﻤﺪﺓ ‪ 30‬ﺩﻗﻴﻘﺔ ﻋﻨﺪ ‪60‬‬
‫ﺩﺭﺟﺔ‪◦.‬ﺍﻟﻤﺠﺰﺃ ﻭﺍﻟﻤﺴﻤﻰ ﻣﻊ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻟﻤﺪﺓ ‪ 17‬ﺳﺎﻋﺔ ﻋﻨﺪ‬
‫‪ )RNA( 65‬ﺗﻢ ﺗﻬﺠﻴﻦ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ ‪Technologies(.◦C.‬‬
‫‪ Features Extraction )Agilent‬ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ ﺷﺪﺓ ﺍﻹﺷﺎﺭﺓ ﻭﺍﻟﺨﻠﻔﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﺤﻠﻴﺔﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺑﺮﻧﺎﻣﺞ ‪microarray )Agilent Technologies(.‬‬
‫‪ Agilent DNA‬ﺑﻌﺪ ﺧﻄﻮﺍﺕ ﺍﻟﺘﻬﺠﻴﻦ ﻭﺍﻟﻐﺴﻞ ﺍﻟﻤﻮﺿﺤﺔ ﻓﻲ‬
‫ﺇﺭﺷﺎﺩﺍﺕﺍﻟﺸﺮﻛﺔ ﺍﻟﻤﺼﻨﻌﺔ ﻟﻠﺼﻔﻴﻒ‪ ،‬ﺗﻢ ﻓﺤﺺ ﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺎﺕ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻣﺎﺳﺢ ‪C.‬‬
‫‪5286‬ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪9‬‬
‫ﻳﺆﺭﺥﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪ .(7-9) K-12‬ﻓﻲ ﻋﺎﻡ ‪ ،2009‬ﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﺛﻨﻴﻦ‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻛﺎﻧﺖ ﺍﻟﺴﻼﻻﺕ (‪ B، BL21)DE3‬ﻭ‪ ،REL606‬ﻫﻲ ﺍﻷﻭﻟﻰ‬
‫ﺍﻟﺘﻲﺗﻢ ﺍﺳﺘﻜﻤﺎﻟﻬﺎ ﻭﺷﺮﺣﻬﺎ )‪ ، (11,10‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺮﻏﻢ ﻣﻦ ﺃﻧﻨﺎ ﻗﻤﻨﺎ ﺑﺈﺟﺮﺍء‬
‫ﺗﻌﺪﻳﻞﻃﻔﻴﻒ ﻋﻠﻰ ﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻋﻦ ﻃﺮﻳﻖ ﺇﺿﺎﻓﺔ ﻧﺴﺨﺔ ﺟﺪﻳﺪﺓ‬
‫ﻣﻦﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻹﺩﺭﺍﺝ‪ .‬ﻓﻴﻤﺎ ﻳﻠﻲ‪ ،‬ﻧﺸﻴﺮ ﺇﻟﻰ ﺍﻹﺻﺪﺍﺭ ﺍﻟﺤﺎﻟﻲ ﻣﻦ ﺇﺩﺧﺎﻝ‬
‫(‪ GenBank )CP001509.3‬ﺑﺎﻋﺘﺒﺎﺭﻩ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ ﻟـ‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻟﻘﺪ ﺃﺗﺎﺡ ﻫﺬﺍ ﺍﻟﺸﺮﺡ ﺷﺒﻪ ﺍﻟﻜﺎﻣﻞ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡ ﺇﺟﺮﺍء ﺗﺤﻠﻴﻼﺕ‬
‫ﺷﺎﻣﻠﺔﻣﺘﻌﺪﺩﺓ ﺍﻷﻭﺟﻪ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡ ‪BL21 )DE3(.‬‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ) ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻋﻠﻢ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﺍﻟﻨﺴﺦ ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﻭﺍﻟﻈﻮﺍﻫﺮ‬
‫(‪ .(12-15BL21 )DE3‬ﻳﻌﺪ ﺍﻟﻮﺻﻒ ﺍﻟﺤﺪﻳﺚ ﻟﺠﻴﻨﻮﻡ (‪BL21 )DE3‬‬
‫ﻣﻬﻤﺎًﺑﺸﻜﻞ ﺧﺎﺹ ﻟﻤﺠﺘﻤﻊ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺣﻴﺚ ﺃﻥ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺴﻼﻟﺔ‬
‫ﻫﻲﻭﺍﺣﺪﺓ ﻣﻦ ﺍﻟﺴﻼﻻﺕ ﺍﻟﻤﻀﻴﻔﺔ ﺍﻷﻛﺜﺮ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻣﺎً ﻟﻤﺨﺘﻠﻒ ﺗﻄﺒﻴﻘﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﻓﻲ ﺍﻷﻭﺳﺎﻁ ﺍﻷﻛﺎﺩﻳﻤﻴﺔ ﻭﺍﻟﺼﻨﺎﻋﺔ‪.‬‬
‫ﻓﻲﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ‪ ،‬ﻧﻘﺪﻡ ﺷﺮﺣﺎً ﻣﺤﺪﺛﺎً ﻭﻣﻮﺣﺪﺍً ﻟـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫(‪ ،BL21)DE3‬ﺍﻟﺬﻱ ﻳﺘﻢ ﺇﺟﺮﺍﺅﻩ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﻣﺘﻜﺎﻣﻞ ﻟﺒﻨﻴﺔ‬
‫ﺗﻤﺖﻣﺮﺍﺟﻌﺔ ﺣﺪﻭﺩ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻭﺃﻭﺻﺎﻑ ﺍﻟﻤﻨﺘﺞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ ﻭﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ‬
‫‪ ORFs‬ﺍﻟﺠﺪﻳﺪﺓ ﺍﻟﻤﻔﺘﺮﺿﺔ ﻭ ‪ ncRNAs‬ﺍﻟﺘﻲ ﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺷﺮﺣﻬﺎ ﻓﻲ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ‬
‫ﺍﻷﺻﻠﻲ‪.‬ﺗﻢ ﺇﻧﺸﺎء ﻣﻠﻔﺎﺕ ﺗﻌﺮﻳﻒ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻣﻦ ﻣﺮﺍﺣﻞ ﻣﺨﺘﻠﻔﺔ ﻣﻦ ﺍﻟﻨﻤﻮ‬
‫ﻓﻲﻋﻤﻠﻴﺎﺕ ﺍﻟﺘﺨﻤﻴﺮ ﺍﻟﺪﻓﻌﻴﺔ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﻐﻨﻴﺔ ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ‪.‬‬
‫ﻣﻦﺧﻼﻝ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺪﻗﺔ ﻟﺒﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ‪ ،‬ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ ﻭﺣﺪﺍﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫)‪ (TUs‬ﻣﻦ ﺍﻟﺮﻧﺎ ﺍﻟﻤﺮﺳﺎﻝ ﺃﺣﺎﺩﻱ ﻭﻣﺘﻌﺪﺩ ﺍﻟﺴﻴﺴﺘﺮﻭﻥ‪ ،‬ﺑﻤﺎ ﻓﻲ ﺫﻟﻚ‬
‫‪ ncRNAs‬ﻭﺍﻟﻨﺼﻮﺹ ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﻮﺻﻮﻓﺔ ﻓﻲ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪ .‬ﺗﻢ‬
‫ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻛﻞ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕ ﻹﻋﺎﺩﺓ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‬
‫‪.‬ﻭﺍﻟﺬﻱﺳﻴﻜﻮﻥ ﺫﺍ ﻗﻴﻤﺔ ﻻ ﺗﻘﺪﺭ ﺑﺜﻤﻦ ﻟﻠﺪﺭﺍﺳﺎﺕ ﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ‬
‫ﻭﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺔﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ ﺣﻮﻝ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺴﻼﻟﺔ ﺫﺍﺕ ﺍﻷﻫﻤﻴﺔ ﺍﻟﻌﻠﻤﻴﺔ‬
‫ﻭﺍﻟﺼﻨﺎﻋﻴﺔ ‪BL21 )DE3(،‬‬
‫ﺍﻟﻤﻮﺍﺩﻭﺍﻷﺳﺎﻟﻴﺐ‬
‫ﺗﺤﺪﻳﺚﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫ﺗﻢﺩﻣﺞ ﻧﺘﺎﺉﺞ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻣﻦ ﺛﻼﺛﺔ ﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ‬
‫ﻟﻠﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻣﻊ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ‬
‫)‪ (GenBank: CP001509.3‬ﺍﻟﺬﻱ ﻗﻤﻨﺎ ﺑﺈﻧﺸﺎﺉﻪ ﻣﺴﺒﻘﺎً )‪.(10‬‬
‫ﺗﺴﻠﺴﻞﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡ ﻋﻦ (‪ BL21)DE3‬ﻣﻦ ﺧﻼﻝ‬
‫ﻣﺮﺍﺟﻌﺔﺧﺒﺮﺍء ‪/IMG )IMG‬ﺇﻳﺮ( )‪ (4‬ﻭﺧﻮﺍﺩﻡ ‪ .(16) RAST‬ﻫﺎﺗﺎﻥ‬
‫ﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻭﺍﻹﺻﺪﺍﺭ ﺍﻟﺤﺎﻟﻲ ﻣﻦ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ‬
‫‪ RefSeq‬ﺍﻟﻤﻌﺎﺩ ﺷﺮﺣﻬﺎ ﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ﺧﻂ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ‬
‫ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡﺑﺪﺍﺉﻴﺎﺕ ﺍﻟﻨﻮﺍﺓ (‪ (17) NCBI )NC 012971.2‬ﺗﻢ ﺗﻨﺰﻳﻠﻬﺎ‬
‫ﻛﻤﻠﻔﺎﺕ‪ GenBank‬ﺍﻟﻤﺴﻄﺤﺔ‪ .‬ﻭﻗﺪ ﺗﻢ ﺗﺤﻠﻴﻠﻬﺎ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻧﺼﻮﺹ‬
‫<‬ ‫‪ Perl‬ﺍﻟﻤﺨﺼﺼﺔ ﻟﺪﻣﺞ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ‪.‬‬
‫ﺍﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺔﺳﻼﻟﺔ ﻭﺍﻟﻨﻤﻮ ﺍﻟﻈﺮﻭﻑ‬
‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺗﻮﻓﻴﺮ ﺳﻼﻟﺔ (‪ BL21 )DE3‬ﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ‪Studier‬‬
‫‪ ،F William‬ﻣﺨﺘﺒﺮ ‪ Brookhaven‬ﺍﻟﻮﻃﻨﻲ )‪ .(18‬ﻧﻤﺖ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﻓﻲ‬
‫ﻭﺳﻂ‪ LB‬ﺃﻭ ﻭﺳﻂ (‪ R )MR‬ﻣﻌﺪﻝ‪ .‬ﻳﺤﺘﻮﻱ ﻭﺳﻂ ‪) MR‬ﺍﻟﺮﻗﻢ‬
‫ﺍﻟﻬﻴﺪﺭﻭﺟﻴﻨﻲ‪ (7.0‬ﻋﻠﻰ ‪ 10‬ﺟﻢ‪/‬ﻝ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ‪ 4 ،‬ﻏﺮﺍﻡ‪/‬ﻝ )ﻥ‪.‬ﺡ‪2(4‬ﻫﺒﻮ‪4‬‬
‫‪6.67‬ﺟﻢ‪/‬ﻝ ﺥ‪2‬ﺹ‪ 0.84‬ﺟﺮﺍﻡ‪/‬ﺣﺎﻣﺾ ﺍﻟﺴﺘﺮﻳﻚ ‪ 0.8‬ﺟﻢ‪/‬ﻝ ﻣﻠﻐﺴﻮ‪7·4‬‬
‫ﺡ‪2‬ﻳﺎ ﻭ ‪ 5‬ﻣﻞ‪/‬ﻝ ﺗﺘﺒﻊ ﻣﺤﻠﻮﻝ ﺍﻟﻤﻌﺎﺩﻥ )‪ .(19‬ﻳﺤﺘﻮﻱ ﻣﺤﻠﻮﻝ ﺍﻟﻤﻌﺪﻥ‬
‫ﺍﻟﻨﺰﺭﻋﻠﻰ ‪ 0.5‬ﻣﻮﻻﺭ ﻣﻦ ﺣﻤﺾ ﺍﻟﻬﻴﺪﺭﻭﻛﻠﻮﺭﻳﻚ‪ 10 ،‬ﺟﻢ‪/‬ﻝ ﺍﻟﺤﺪﻳﺪ‪·4SO‬‬
‫‪7‬ﺡ‪2‬ﺃﻭ ‪ 2.2‬ﺟﺮﺍﻡ‪/‬ﻝ ﺯﻧﺴﻮ‪ 7·4‬ﺡ‪2‬ﺍﻭ ‪ 1‬ﺟﺮﺍﻡ‪/‬ﻝ ‪ 5·4CuSO‬ﺡ‪2‬ﺃﻭ ‪ 0.5‬ﺟﺮﺍﻡ‬
‫‪/‬ﻝ ﻣﻨﺴﻮ‪24H·4‬ﻳﺎ ‪ 0.02‬ﺟﻢ‪/‬ﻝ ﻧﺎ‪2‬ﺏ‪4‬ﻳﺎ‪ 10·7‬ﺡ‪2‬ﺃﻭ ‪ 2‬ﺟﺮﺍﻡ‪/‬ﻝ ﻛﺎﻛﻞ‪2‬‬
‫ﻭ‪ 0.1‬ﺟﺮﺍﻡ‪/‬ﻝ )ﻥ‪.‬ﺡ‪6(4‬ﺷﻬﺮ‪7‬ﻳﺎ‪24H·24‬ﻳﺎ‪.‬‬
 ‫ﺃﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪52879‬‬

‫ﺷﻜﻞ‪.1‬ﻧﻈﺮﺓ ﻋﺎﻣﺔ ﻋﻠﻰ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻭﻣﻘﺎﺭﻧﺘﻬﺎ ﺑﺸﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺠﻮﺩﺓ ﻟﻠﻜﺎﺉﻨﺎﺕ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﺼﻠﺔ ﺍﻟﻮﺛﻴﻘﺔ (‪RAST( )1‬ﻭ ‪IMG‬ﻭ ‪ )RefSeq‬ﺑﻨﺎء ًﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻤﺎﺛﻞ‬
‫ﺍﻟﻤﺘﺴﻠﺴﻞﻭﺍﻷﺩﻟﺔ ﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻴﺔ‪ .‬ﺗﻢ ﺍﻟﺠﻤﻊ ﺑﻴﻦ ﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﻣﻦ ﺛﻼﺛﺔ ﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﻟﺸﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﺘﻠﻘﺎﺉﻲ (‪BL21 )DE3‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻟﺔ (‪ .K-12 MG1655 )2‬ﺗﻢ ﺗﺼﻨﻴﻒ ﺇﺟﻤﺎﻟﻲ‬
‫ﺍﻟﺮﻧﺎﻭﺍﺕﻣﻦ ﻣﺨﺘﻠﻒ ﻣﺮﺍﺣﻞ ﺍﻟﻨﻤﻮ ﻭﻇﺮﻭﻑ ﺍﻻﺳﺘﺰﺭﺍﻉ ﻣﺒﺎﺷﺮﺓ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﻔﻠﻮﺭﺳﻨﺖ ﻭﺗﻬﺠﻴﻨﻬﺎ ﺇﻟﻰ ﺻﻔﺎﺉﻒ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﻋﺎﻟﻴﺔ ﺍﻟﺪﻗﺔ )‪ .(3‬ﺗﻢ ﺗﻌﻴﻴﻦ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﻌﺮﻭﻓﺔ ﻭﺍﻟﻤﺘﻮﻗﻌﺔ ﻹﺣﺪﺍﺛﻴﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪،‬ﺟﻨﺒﺎً ﺇﻟﻰ ﺟﻨﺐ ﻣﻊ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﺴﻠﺴﻠﺔ )‪ (4‬ﺛﻢ ﺗﻢ ﺗﻨﺴﻴﻘﻬﺎ ﻳﺪﻭﻳﺎً )‪.(5‬‬

‫ﺗﻢﺗﻌﻴﻴﻦ ﺷﺪﺓ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﻟﻜﻞ ﻣﻮﻗﻊ ﻓﻲ ﻛﻞ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﻨﻤﻮ‪ .‬ﻟﺘﺤﻠﻴﻞ‬ ‫ﺗﺤﺪﻳﺪﻭﺣﺪﺍﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﺍﻟﺘﺨﺼﻴﺐﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻲ‪ ،‬ﺗﻢ ﺗﻌﻴﻴﻦ ﺗﺴﻠﺴﻼﺕ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ‬
‫ﺗﻢﺗﺤﺪﻳﺪ ﺷﺪﺓ ﺍﻟﻤﺴﺒﺎﺭ ﻣﻦ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭﺍﺕ ﺻﻔﻴﻒ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻟﻀﻤﺎﻥ ﺃﻥ‬
‫ﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﻤﺸﻔﺮﺓ )‪ (CDSs‬ﺇﻟﻰ ﺃﺣﺪﺙ ﺇﺻﺪﺍﺭ ﻣﻦ‬
‫ﺟﻤﻴﻊﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺎﺕ ﻟﻬﺎ ﺗﻮﺯﻳﻊ ﻛﺜﺎﻓﺔ ﻣﻜﺎﻓﺊ‪ .‬ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ‪NCPs 10000‬‬
‫ﻣﺠﻤﻮﻋﺎﺕﺍﻟﻤﺠﻤﻮﻋﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻌﺎﻣﺪﺓ )‪ (23) (COGs‬ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺑﺮﻧﺎﻣﺞ‬
‫ﻟﺘﻘﻴﻴﻢﺍﻷﻫﻤﻴﺔ ﺍﻹﺣﺼﺎﺉﻴﺔ ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺍﻟﺘﺤﻘﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﻔﺮﺩﻳﺔ‪ .‬ﺧﻮﺍﺭﺯﻣﻴﺔ‬
‫‪ .(24) COG‬ﻋﻨﺪﻣﺎ ﺗﻢ ﺗﻌﻴﻴﻦ ﻋﺪﺓ ‪ COGs‬ﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﺍﺳﺘﻌﻼﻡ ﻭﺍﺣﺪ‪ ،‬ﺗﻢ‬
‫ﻛﺸﻒﺍﻟﻨﺴﺦ )‪ (20‬ﻟﺘﺤﺪﻳﺪ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﻓﻮﻕ‬
‫ﺍﺧﺘﻴﺎﺭﺍﻷﻓﻀﻞ ﻋﻠﻰ ﺃﺳﺎﺱ ﺩﺭﺟﺔ ﺍﻹﺩﺭﺍﻙ‪.‬‬
‫ﻣﺴﺘﻮﻯﺍﻟﺨﻠﻔﻴﺔ ﺑﻤﻌﺪﻝ ﺍﻛﺘﺸﺎﻑ ﺧﺎﻃﺊ )‪ (FDR‬ﻗﺪﺭﻩ ‪ .0.01‬ﻟﺘﻘﻴﻴﻢ‬
‫ﺍﻷﻫﻤﻴﺔﺍﻹﺣﺼﺎﺉﻴﺔ ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﻟﻜﻞ ﻣﻮﺿﻊ‪ ،‬ﺃ ﺹﺗﻢ ﺣﺴﺎﺏ ﺍﻟﻘﻴﻤﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﻘﺪﺭﺓﻻﺣﺘﻤﺎﻝ ﺍﻹﻓﺮﺍﻁ ﻓﻲ ﺗﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﺘﺤﻘﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﻟﻜﻞ‬
‫ﻧﺘﺎﺉﺞ‬ ‫ﻣﻮﺿﻊﺑﻨﺎء ًﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻮﺯﻳﻊ ﺍﻟﺘﺮﺍﻛﻤﻲ ﻟﻠﻘﻴﺎﺱ ﺍﻟﻬﻨﺪﺳﻲ ﺍﻟﺘﺮﺍﻛﻤﻲ‪ .‬ﻫﺆﻻءﺹ‬
‫ﺗﻢﺗﺼﺤﻴﺢ ﺍﻟﻘﻴﻢ ﻻﺧﺘﺒﺎﺭ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻟﻤﺘﻌﺪﺩﺓ ﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ﻃﺮﻳﻘﺔ‬
‫ﺇﻋﺎﺩﺓﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺗﻜﺎﻣﻞ ﻣﺼﺎﺩﺭ ﻣﺘﻌﺪﺩﺓ‬ ‫‪ .Bonferroni‬ﻣﻜﺎﻧﻲ ﻣﻊ ﺃﺹ‪-‬ﻗﻴﻤﺔ>ﺗﻢ ﺍﻋﺘﺒﺎﺭ ‪ 0.01‬ﻣﻌﺒﺮﺍً ﻋﻨﻬﺎ‪.‬‬
‫ﺗﻢﺗﻮﺣﻴﺪ ﺷﺮﻭﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻣﻦ ﺃﺭﺑﻌﺔ ﻣﺼﺎﺩﺭ ﻣﺨﺘﻠﻔﺔ ﻹﺟﺮﺍء ﻣﺰﻳﺪ ﻣﻦ‬
‫ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻼﺕﻓﻲ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ )ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S1‬ﺗﻢ ﺷﺮﺡ ‪ORFs‬‬
‫ﺍﻟﺘﻲﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻣﺘﻜﺮﺭ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺼﺎﺩﺭ ﺍﻷﺭﺑﻌﺔ ﺑﻨﺎء ًﻋﻠﻰ ﺍﻟﻤﻮﻗﻊ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲﻟﻜﻮﺩﻭﻥ ﺍﻹﻳﻘﺎﻑ‪ .‬ﺗﻢ ﺗﺼﻨﻴﻒ ﺟﻤﻴﻊ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﺤﺪﺩﺓ ﻭﻓﻘﺎً‬
‫ﻟﻠﺤﺪﺙﺍﻟﻤﺸﺘﺮﻙ ﻋﺒﺮ ﻛﻞ ﻣﺼﺪﺭ ﻣﻦ ﻣﺼﺎﺩﺭ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ )‬ ‫ﺗﻢﺭﺑﻂ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻣﺘﺠﺎﻭﺭ ﻟﻠﻜﺸﻒ ﻋﻦ ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖ‬
‫ﺍﻟﺸﻜﻞﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S1‬ﺃﺑﻠﻐﺖ ﺛﻼﺛﺔ ﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺗﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻭﺗﻌﻠﻴﻘﺎﺕ‬ ‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻴﺔﺍﻟﻨﺸﻄﺔ ﻧﺴﺒﻴﺎً‪ .‬ﻟﺘﻘﻠﻴﻞ ﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﺍﻹﻳﺠﺎﺑﻴﺔ ﺍﻟﺨﺎﻃﺉﺔ ﺍﻟﻨﺎﺗﺠﺔ‬
‫ﺗﻮﺿﻴﺤﻴﺔﺃﺻﻠﻴﺔ ﻋﻦ ‪ 3949‬ﺟﻴﻨﺎً ﻣﺸﺘﺮﻛﺎً‪ ،‬ﻭﻛﺎﻥ ‪ 3243‬ﻣﻨﻬﺎ )‪(٪82.1‬‬ ‫ﻋﻦﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺧﻮﺍﺭﺯﻣﻴﺔ ‪ ،TranscriptionDetector‬ﺗﻤﺖ ﺇﺯﺍﻟﺔ‬
‫ﻣﺘﻄﺎﺑﻘﻴﻦﻣﻦ ﺣﻴﺚ ﺍﻟﺤﺠﻢ‪ .‬ﺃﻣﺎ ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﺒﻘﻴﺔ‬ ‫ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖﺍﻟﻘﺼﻴﺮﺓ ﺍﻟﺘﻲ ﻳﻘﻞ ﻃﻮﻟﻬﺎ ﻋﻦ ‪ 100‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‪ .‬ﺇﺫﺍ ﻛﺎﻧﺖ‬
‫ﻏﻴﺮﺍﻟﻤﺘﻄﺎﺑﻘﺔ‪ ،‬ﻓﻘﺪ ﺗﻢ ﺍﺧﺘﻴﺎﺭ ‪ TIS‬ﺍﻟﺬﻱ ﻛﺎﻥ ﺍﻟﻤﻮﻗﻊ ﺍﻷﺑﻌﺪ ﻋﻦ ﻛﻮﺩﻭﻥ‬ ‫ﻫﻨﺎﻙﻣﻨﺎﻃﻖ ﻣﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﻜﺜﺎﻓﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﺸﺮﻳﻂ ﺍﻟﻤﻘﺎﺑﻞ‪ ،‬ﻓﺴﺘﺘﻢ ﺃﻳﻀﺎً‬
‫ﺍﻟﺘﻮﻗﻒ‪.‬ﺗﻢ ﺍﻟﺘﺤﻘﻖ ﻣﻦ ﺟﻤﻴﻊ ‪ TISs‬ﻭﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﻣﻊ‬ ‫ﺇﺯﺍﻟﺔﺍﻟﻨﺪﺍءﺍﺕ ﺍﻟﻴﺘﻴﻤﺔ ﻟﻠﺸﺮﻳﻂ ﺍﻟﺮﺉﻴﺴﻲ )‪ .(21‬ﺗﻢ ﺭﺳﻢ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ‬
‫ﺗﻠﻚﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺟﻴﻨﺎﺕ ‪ ،K-12‬ﻣﺘﺒﻮﻋﺔ ﺑﻔﺤﺺ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ‬ ‫ﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺔﻭﺍﻟﺤﺴﺎﺑﺎﺕ ﺍﻟﺤﺴﺎﺑﻴﺔ ﻣﻘﺎﺑﻞ ﺇﺣﺪﺍﺛﻴﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪ ،‬ﻭﺗﻢ ﻓﺤﺺ‬
‫ﺻﻔﻴﻒﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ )ﺍﻧﻈﺮ ﺃﺩﻧﺎﻩ(‪ .‬ﻛﺎﻧﺖ ﻗﺎﺉﻤﺔ ‪ tRNA‬ﻭ‪ rRNA‬ﻣﺘﻄﺎﺑﻘﺔ‬ ‫ﻭﺣﺪﺍﺕ‪ TU‬ﻳﺪﻭﻳﺎً ﻭﺗﻨﻈﻴﻤﻬﺎ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﻋﻤﻠﻴﺔ ﺍﺳﺘﻜﺸﺎﻑ ﺗﻔﺎﻋﻠﻴﺔ‬
‫ﺗﻘﺮﻳﺒﺎًﺑﻴﻦ ﻣﺼﺎﺩﺭ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺍﻷﺭﺑﻌﺔ‪ ،‬ﻭﻇﻠﺖ ﻛﻤﺎ ﻫﻲ ﻓﻲ‬ ‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻣﺘﺼﻔﺢ (‪.(22) Gaggle Genome )GGB‬‬
‫ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪ .‬ﺁﻱ ﺇﻡ ﺟﻲ‪/‬ﺗﻨﺒﺄ ﺧﺎﺩﻡ ‪ ER‬ﺃﻳﻀﺎً ﺑـ ‪ 120‬ﻧﻮﻋﺎً‬
‫ﻣﺨﺘﻠﻔﺎًﻣﻦ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﺍﻟﻤﺘﻨﻮﻉ )ﻳﻄُﻠﻖ ﻋﻠﻴﻪ ﺍﺳﻢ‬
‫‪ .(Misc RNA‬ﺗﻤﺖ ﺇﺿﺎﻓﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻜﺎﺫﺑﺔ ﺍﻟﻤﻤﻴﺰﺓ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﻭﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ‬
‫ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ (‪ RefSeq )NC 012971.2‬ﺇﻟﻰ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﻤﻮﺻﻮﻓﺔ‬
‫ﺗﺤﻠﻴﻞﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ‬
‫ﻣﺴﺒﻘﺎً‪.‬ﺃﺩﻯ ﺷﺮﺣﻨﺎ ﺍﻟﻤﺘﻜﺎﻣﻞ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﺇﻟﻰ ﺗﺤﺪﻳﺪ ‪ 4872‬ﻣﻮﺿﻌﺎً ﻣﻤﻴﺰﺍً‪،‬‬
‫ﺑﻤﺎﻓﻲ ﺫﻟﻚ ‪ CDSs 4559‬ﻭ‪ rRNAs 22‬ﻭ‪ tRNAs 85‬ﻭ‪ 86‬ﺟﻴﻨﺎً ﻛﺎﺫﺑﺎً‬ ‫ﺳﺠﻞ‪-2‬ﺗﻢ ﺣﺴﺎﺏ ﺍﻟﻨﺴﺐ ﺍﻟﻤﺘﺤﻮﻟﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﺴﺒﺎﺭ )ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ‪/‬‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ LB‬ﺃﻭ ‪ ،(MR‬ﻭﺗﻢ ﺗﻌﻴﻴﻦ ﻗﻴﻤﺔ ﻣﺘﻮﺳﻄﺔ‬
‫ﻟﻨﺴﺐﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﻤﺴﺎﺑﻴﺮ ﻟﻜﻞ ﻣﻮﻗﻊ‪ .‬ﻭﺑﺎﻟﻤﺜﻞ‪ ،‬ﻓﺈﻥ ﺍﻟﻘﻴﻤﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﺘﻮﺳﻄﺔﻟـ‬

‫‪4558953‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‬
‫‪4336‬ﻋﺼﺎﻡ‬
‫‪37‬ﻋﺼﺎﻡ‬
‫‪66‬ﻋﺼﺎﻡ‬
‫)‪ 88‬ﻋﺼﺎﻡ(‬
‫‪4439‬ﻋﺼﺎﻡ‬
‫‪ 841 4613‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ )‪1 (%75.9‬‬
‫‪ 138766‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ )‪1 (%38.7‬‬
‫‪ 144879‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ )‪(%41.2‬‬
‫‪1609‬ﻋﺼﺎﻡ‬
‫ﺃﺍﻟﺮﻗﻢ ﻫﻮ ﻣﺠﻤﻮﻉ ‪ CDSs 4159‬ﻭ ‪ 70‬ﺟﻴﻨﺎً ﻛﺎﺫﺑﺎً ﻭ ‪ tRNAs 22‬ﻭ ‪ rRNAs 85‬ﻭﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻹﺑﻼﻍ ﻋﻨﻬﺎ ﻣﻦ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪.‬‬
‫ﺏﺍﻟﻨﺴﺒﺔ ﺍﻟﻤﺉﻮﻳﺔ ﻟﺘﻐﻄﻴﺔ ﻭﺣﺪﺓ ﺍﻟﻨﺴﺦ )‪ (TU‬ﻫﻲ ﺍﻟﻄﻮﻝ ﺍﻹﺟﻤﺎﻟﻲ ﻟﻮﺣﺪﺍﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻣﻘﺴﻮﻣﺎً ﻋﻠﻰ ﺣﺠﻢ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.‬‬
‫ﺗﻢﺭﺳﻢ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﻤﺬﻛﻮﺭﺓ ﻭﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺻﻔﻴﻒ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻭﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ‬
‫ﺍﻟﺤﺴﺎﺑﻴﺔﻣﻘﺎﺑﻞ ﺇﺣﺪﺍﺛﻴﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ‪ .(22) GBB‬ﺗﻢ ﻓﺤﺺ‬
‫ﻭﺗﻨﺴﻴﻖ‪ TUs 2925‬ﺍﻟﻤﺘﻮﻗﻌﺔ ﺣﺴﺎﺑﻴﺎً ﻳﺪﻭﻳﺎً )ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪ 1‬ﺃ(‪ .(2.‬ﻧﻈﺮﺍً‬
‫ﻟﺒﻼﻁﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﻛﻞ ‪ 10‬ﻧﻘﺎﻁ ﺃﺳﺎﺱ‪ ،‬ﻭﺇﺿﺎﻓﺔ ﻣﺠﺴﺎﺕ ﺇﺿﺎﻓﻴﺔ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖﺍﻟﻌﻠﻴﺎ ﻟﻜﻞ ﺟﻴﻦ ﺑﺪﻗﺔ ﺗﺒﻠﻴﻂ ﻗﺪﺭﻫﺎ ‪ 4‬ﻧﻘﺎﻁ ﺃﺳﺎﺱ‪ ،‬ﻓﺈﻥ ﺩﻗﺔ‬
‫ﺣﺪﻭﺩ‪ TU‬ﻫﻲ∽‪ 10‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‪.‬‬
‫ﺣﺪﺩﻫﺬﺍ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ‪ 1609‬ﻭﺣﺪﺓ ﻧﺴﺨﻴﺔ ﺗﻐﻄﻲ ‪ %76‬ﻣﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪،‬‬
‫ﺑﻤﺘﻮﺳﻂﻃﻮﻝ ‪ 2.3‬ﻛﻴﻠﻮ ﺑﺎﻳﺖ )ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S3‬ﻣﻦ ﺑﻴﻨﻬﺎ‪781 ،‬‬
‫ﻧﺴﺨﺔﻛﺎﻧﺖ ﻣﺘﻌﺪﺩﺓ ﺍﻟﺴﻴﺴﺘﺮﻭﻧﺎﺕ ﻭ‪ 828‬ﻛﺎﻧﺖ ﺃﺣﺎﺩﻳﺔ ﺍﻟﺴﻴﺴﺘﺮﻭﻧﻴﺔ‪.‬‬
‫ﻛﺸﻔﺖﻣﻠﻔﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﻨﺼﻴﺔ ﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﻈﺮﻭﻑ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﻴﺔ ﺍﻟﺨﻤﺴﺔ‬ ‫ﺑﺘﻠﻚﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺃﺣﺪﺙ ﺷﺮﺡ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻡ ﻟـ ‪-12 MG1655 )GenBank‬‬
‫ﺍﻟﻤﺨﺘﻠﻔﺔﻋﻦ ﺗﻐﻴﻴﺮﺍﺕ ﺩﻳﻨﺎﻣﻴﻜﻴﺔ ﻓﻲ ﺃﻧﻤﺎﻁ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻋﻠﻰ ﻣﺴﺘﻮﻯ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﻟﻜﻞ ﻣﻦ ﻣﻨﺎﻃﻖ ﺍﻟﺘﺮﻣﻴﺰ ﻭﻏﻴﺮ ﺍﻟﺘﺮﻣﻴﺰ )ﺍﻟﺸﻜﻞ‪.(2‬‬
‫ﺍﻛﺘﺸﺎﻑﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺠﺪﻳﺪﺓ ﺍﻟﻤﻔﺘﺮﺿﺔ ﻭﺍﻟـ ‪ncRNAs‬‬
‫ﺃﻧﺘﺞﻣﺸﺮﻭﻉ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪ 536‬ﻣﻴﺰﺓ ﺩﺍﺧﻞ ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖ ﺍﻟﺠﻴﻨﻴﺔ‬
‫ﻭﺍﻟﻤﻀﺎﺩﺓﻟﻠﺤﺴﺎﺳﻴﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺇﺧﻄﺎﺭﻫﺎ ﻣﺴﺒﻘﺎً‪ .‬ﺗﻢ ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡ ﻋﻦ‬
‫ﻫﺬﻩﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ‪ BLASTX‬ﻣﻘﺎﺑﻞ ﻗﺎﻋﺪﺓ ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕ ‪ .nr‬ﺗﻄﺎﺑﻘﺖ‬
‫ﻣﻌﻈﻢﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﻣﻊ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻻﻓﺘﺮﺍﺿﻴﺔ ﺃﻭ ﺍﻟﻤﺤﻔﻮﻇﺔ‪ .‬ﻟﺬﻟﻚ‪ ،‬ﻣﻦ‬
‫ﺧﻼﻝﺍﻟﻔﺤﺺ ﺍﻟﻴﺪﻭﻱ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻗﻮﺍﻋﺪ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ‪ GBB‬ﻭ‪، (9) EcoCyc‬‬
‫ﻗﻤﻨﺎﺑﻔﺤﺺ ﺇﺣﺪﺍﺛﻴﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪ K-12 MG1655‬ﺍﻟﻤﻜﺎﻓﺉﺔ ﻟﺘﺤﺪﻳﺪ ﺃﻱ‬
‫ﻣﻴﺰﺍﺕﻣﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﻮﺍﺿﻊ ﺍﻟﻤﻘﺎﺑﻠﺔ ﻟـ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﻔﺘﺮﺿﺔ ﺃﻭ ‪ncRNAs‬‬
‫ﺍﻟﻤﺘﻮﻗﻌﺔﻓﻲ (‪ .BL21 )DE3‬ﺃﺩﻯ ﻫﺬﺍ ﺍﻟﺠﻬﺪ ﺇﻟﻰ ﺗﺤﺪﻳﺪ ‪ 37‬ﺟﻴﻨﺎً ﻭ‪66‬‬
‫‪ RNA‬ﻏﻴﺮ ﻣﺸﻔﺮ‪ .‬ﺗﻤﺖ ﺇﺯﺍﻟﺔ ﺍﻟﻤﻮﺍﻗﻊ ﺍﻟﻤﺘﺒﻘﻴﺔ ﺣﻴﺚ ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﻋﻠﻰ‬
‫ﺃﻧﻬﺎﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﻨﺎﻭﺑﺔ ﺧﺎﺭﺝ ﺍﻟﻤﻨﺸﺄ ﻣﺘﻜﺮﺭﺓ )ﺗﺴﻠﺴﻼﺕ ﻗﺼﻴﺮﺓ ﻣﻦ ﺯﻭﺝ‬
‫ﺃﺳﺎﺳﻲﻗﺎﺩﺭﺓ ﻋﻠﻰ ﺇﻧﺘﺎﺝ ﻫﻴﺎﻛﻞ ﺣﻠﻘﺔ ﺟﺬﻋﻴﺔ‪ 51 ،‬ﻋﺼﺎﻡ( ﺃﻭ ﺗﺴﻠﺴﻼﺕ‬
‫ﻣﺘﻜﺮﺭﺓﺃﺧﺮﻯ )‪ .(9‬ﺗﻤﺖ ﺇﺯﺍﻟﺔ ﺍﻟﻤﻮﺍﻗﻊ ﺃﻳﻀﺎً ﺇﺫﺍ ﺗﺪﺍﺧﻠﺖ ﻣﻊ ‪ORFs‬‬
‫ﺍﻟﻤﺬﻛﻮﺭﺓﻓﻲ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ )‪ ،(59‬ﻭﻛﺎﻧﺖ ﻣﺠﺎﻭﺭﺓ‬
‫ﻷﻗﺮﺍﺹ‪ CDS‬ﺍﻟﻤﺒُﻠﻎ ﻋﻨﻬﺎ ﻭﺑﺎﻟﺘﺎﻟﻲ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﺤﺘﻤﻞ ﺃﻥ ﺗﻜﻮﻥ ‪′5‬ﺃﻭ ‪′UTR 3‬‬
‫‪.‬ﻷﻧﻬﺎﻛﺎﻧﺖ ﻣﺮﺗﺒﻄﺔ ﺑﺎﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻻﻓﺘﺮﺍﺿﻴﺔ ﺃﻭ ﺑﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻌﺎﺛﻴﺎﺕ‬
‫‪ RefSeq‬ﺃﻭ ﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﻓﻲ ﺃﻱ ﻇﺮﻭﻑ ﺛﻘﺎﻓﻴﺔ )‪ .(80‬ﺗﻤﺖ ﺇﺯﺍﻟﺔ‬
‫ﺟﻤﻴﻊﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻜﺎﺫﺑﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻹﺑﻼﻍ ﻋﻨﻬﺎ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﻣﻦ (‪UTR )234‬‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻣﻀﺎﻥ ﻟﺘﺠﻨﺐ ﺗﺨﻠﻴﻖ ﻣﺼﻨﻮﻋﺎﺕ ]ﻛﺪﻧﺎ[ ﺍﻟﺘﻲ ﻳﻤﻜﻦ ﺗﻘﺪﻳﻤﻬﺎ‬
‫ﻋﻦﻃﺮﻳﻖ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﻌﻜﺴﻲ ﻭﺍﻟﺘﻀﺨﻴﻢ ﻓﻲ ﻓﺤﻮﺻﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﺘﻘﻠﻴﺪﻳﺔ )‬
‫‪ .(27-29‬ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔ ﺇﻟﻰ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻣﻨﺼﺔ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ ﺃﺣﺎﺩﻳﺔ‬
‫ﻣﻦﺑﻴﻦ ‪ 103‬ﻣﻮﺍﻗﻊ ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﺎ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﻓﻲ ﺟﻴﻨﻮﻡ (‪،BL21)DE3‬‬
‫ﺗﻄﺎﺑﻖ‪ 30‬ﺟﻴﻨﺎً ﻭ‪ ncRNAs 63‬ﻣﻊ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺟﻴﻨﻮﻡ ‪ K-12‬ﻣﻦ‬
‫ﺣﻴﺚﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻞ ﻭﺍﻟﺤﺠﻢ ﻭﺍﻟﻤﻮﻗﻊ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲ‪ ،‬ﻭﺗﻢ ﺗﻌﻴﻴﻦ ﺃﺳﻤﺎء‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕﻭﻣﻨﺘﺠﺎﺗﻬﺎ ﻭﻓﻘﺎً ﻟﺸﺮﺡ (‪) K-12 )U00096.3‬ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ‬
‫‪ .(S4‬ﺗﻢ ﺍﻟﻌﺜﻮﺭ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻤﻮﺍﻗﻊ ﺍﻟﺴﺒﻌﻴﻦ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺤﺘﻮﻱ ﻋﻠﻰ ﻣﺘﻤﺎﺛﻼﺕ ‪-12‬‬
‫‪ K‬ﻓﻲ‬
‫‪5288‬ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪9‬‬
‫ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ‪.1‬ﻣﻠﺨﺺ ﻟﻬﻴﺎﻛﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﺍﻟﻨﺴﺨﺔ ﺍﻟﻨﺼﻴﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ(‪BL21 )DE3‬‬
‫ﺑﻨﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫ﺣﺠﻢﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫ﺍﻟﺴﺎﺑﻘﺔﺃ‬‫ﺭﻗﻢ‪ORFs‬‬
‫ﺭﻗﻢﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﻀﺎﻓﺔ‬
‫ﺭﻗﻢﺍﻟﻤﻀﺎﻓﺔ ‪ncRNAs‬‬
‫ﺭﻗﻢ‪ TIS‬ﺍﻟﻤﻌﺪﻟﺔ‬
‫ﺭﻗﻢﺇﺟﻤﺎﻟﻲ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ‬
‫ﻫﻴﻜﻞﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﺗﻐﻄﻴﺔ‪) TU‬ﺍﻹﺟﻤﺎﻟﻲ(ﺏ‬
‫ﺗﻐﻄﻴﺔ‪) TU‬ﺣﺒﻼ ﻟﻸﻣﺎﻡ( ﺗﻐﻄﻴﺔ ‪) TU‬‬
‫ﺣﺒﻼﻋﻜﺴﻲ( ﺭﻗﻢ ‪TUs‬‬
‫ﻭ‪ RNA 120‬ﻣﺘﻨﻮﻋﺎً ﺁﺧﺮ )ﻣﺘﻔﺮﻗﺎﺕ ‪) (RNA‬ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪.(S1‬‬
‫ﺃﻳﻀﺎً‪،‬ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻨﺒﺆ ﺑـ ‪ 536‬ﻣﻮﺿﻌﺎً ﺟﺪﻳﺪﺍً ﻣﻔﺘﺮﺿﺎً )‪ CDS، 16 400‬ﺟﻴﻨﺎً‬
‫ﻛﺎﺫﺑﺎًﻭ‪ RNA 120‬ﻣﺘﻨﻮﻋﺎً(‪.‬‬
‫ﺷﺮﺡﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺫﻱ ﺍﻟﺼﻠﺔ ﺍﻟﻮﺛﻴﻘﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻙ‪ 12-‬ﺇﻡ ﺟﻲ ‪) 1655‬‬
‫‪ ، (8,7‬ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻣﻪ ﻛﻤﻌﻴﺎﺭ ﺫﻫﺒﻲ ﻟﻤﻌﺎﻟﺠﺔ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫(‪ .BL21 )DE3‬ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ) ﻭﺍﺿﻤﺤﻼﻝ ﺍﻷﻧﺒﻴﺎء ﺍﻟﺨﻔﻴﻴﻦ‬
‫ﻭﺍﻻﻛﺘﺴﺎﺏﺍﻷﻓﻘﻲ ﻟﻠﺠﺰﺭ ﺍﻟﺠﻴﻨﻴﺔ ‪ IS،‬ﻣﺘﺸﺎﺑﻬﺎﻥ ﻣﻦ ﺣﻴﺚ ﺍﻟﺘﻨﻈﻴﻢ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻲﺍﻟﺸﺎﻣﻞ ﻭﻫﻮﻳﺔ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻞ‪ ،‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺮﻏﻢ ﻣﻦ ﻭﺟﻮﺩ ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ‬
‫ﺍﻻﺧﺘﻼﻓﺎﺕﺍﻟﻤﻠﺤﻮﻇﺔ ﺑﺴﺒﺐ ﻧﺸﺎﻁ ﻋﻨﺼﺮ ‪K-12 MG1655‬ﻭ‬
‫(‪ .(25,10BL21)DE3‬ﺗﻤﺖ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﻛﻞ ﻣﻮﻗﻊ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻮﺍﻗﻊ ﺍﻟﻤﺤﺪﺩﺓ‬
‫‪™K‬ﻛﺎﻥ ﺃﻛﺜﺮ ﺗﻔﺼﻴﻼ ًﻣﻦ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻷﺻﻠﻲ ﻟـ ‪ K-12‬ﻗﻤﻨﺎ‬
‫ﺑﻔﺤﺺﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﺘﻨﺎﺳﻘﺔ ﻳﺪﻭﻳﺎً‪ ،‬ﻭﻭﺟﺪﻧﺎ ﺃﻥ‬
‫ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ‪ S2(.‬ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ) ﻓﻲ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ‬
‫ﺍﻷﺻﻠﻲ‪،‬ﻳﺘﻄﻠﺐ ﺗﺤﺪﻳﺚ ‪ 660‬ﺍﺳﻤﺎً ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﻭﻣﻌﻈﻢ ﻣﻨﺘﺠﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪ CDSs‬ﻣﻦ ﺣﻴﺚ ﺍﻟﺤﺠﻢ ﻭﺍﻻﺳﻢ ﻭﺍﻟﻤﻮﻗﻊ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ‪ .‬ﻣﻦ ﺑﻴﻦ‬
‫‪U00096.3( 4159‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﺑﺪﻭﻥ ﺍﺳﺘﺜﻨﺎء (‪BL21)DE3‬‬
‫ﺗﺤﺪﻳﺪﻫﻴﻜﻞ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻹﺣﺼﺎﺉﻲ ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺗﺤﻘﻴﻘﺎﺕ ﻣﻜﻤﻠﺔ ﻟﻠﻤﻮﺍﻗﻊ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻴﺔ‪ TUs،‬ﺑﺎﻟﻨﺴﺒﺔ ﻟﻐﺎﻟﺒﻴﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻭ‪ ncRNAs‬ﻓﻲﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‬
‫ﺗﻢﺗﺤﺪﻳﺪ (‪) BL21 )DE3‬ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ‪ .(1‬ﻟﻠﺘﺤﻠﻴﻞ‪ ،‬ﺗﻢ ﺃﺧﺬ ﺧﻤﺲ ﻋﻴﻨﺎﺕ‬
‫ﻣﻦﺍﻟﺘﺨﻤﻴﺮ ﺍﻟﺪﻓﻌﻲ ﻓﻲ ﻭﺳﻂ ‪ LB‬ﺍﻟﻤﻌﻘﺪ )ﻣﺮﺣﻠﺘﺎﻥ ﺃﺳﻲ ﻭﻣﺮﺣﻠﺔ ﺛﺎﺑﺘﺔ‬
‫ﻭﺍﺣﺪﺓ( ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻣﻦ ﻣﺘﻮﺳﻂ ‪) MR‬ﻣﺮﺣﻠﺔ ﺃﺳﻴﺔ ﻭﺍﺣﺪﺓ ﻭﻣﺮﺣﻠﺔ‬
‫ﺛﺎﺑﺘﺔﻭﺍﺣﺪﺓ( )ﺍﻟﺸﻜﻞ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S2‬ﻋﻴﻨﺎﺕ ﺗﻤﺜﻞ ﺍﻟﻤﺮﺍﺣﻞ ﺍﻟﺮﺉﻴﺴﻴﺔ‬
‫ﻟﻞﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺍﺧﺘﻴﺎﺭ ﻣﻨﺤﻨﻰ ﺍﻟﻨﻤﻮ‪ .‬ﻋﻠﻰ ﺳﺒﻴﻞ ﺍﻟﻤﺜﺎﻝ‪ ،‬ﺍﻟﻌﻴﻨﺘﺎﻥ‬
‫ﺍﻟﻤﺄﺧﻮﺫﺗﺎﻥﺧﻼﻝ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﻲ ﻭﺳﻂ ‪) LB‬ﻛﺜﺎﻓﺔ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ‪0.24‬‬
‫ﻭ‪1.54‬ﻓﻲ ‪ (600OD‬ﺗﺨﺘﻠﻒ ﻣﻦ ﺣﻴﺚ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻣﺼﺪﺭ ﺍﻟﻜﺮﺑﻮﻥ )‪.(26‬‬
‫ﺗﻤﺖﺗﺴﻤﻴﺔ ﺇﺟﻤﺎﻟﻲ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﻣﺒﺎﺷﺮﺓ‬
‫ﺍﻟﻠﻮﻥﻟﻠﻜﺸﻒ ﻋﻠﻰ ﻣﺴﺘﻮﻯ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻋﻦ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﺳﺘﻨﺎﺩﺍً ﺇﻟﻰ‬
‫ﺍﻟﻜﺜﺎﻓﺔﺍﻟﻤﻄﻠﻘﺔ ﻟﻠﻤﺴﺒﺎﺭ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻪ‪ ،‬ﺑﺪﻻ ًﻣﻦ ﻣﻨﺼﺔ ﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺔ‬
‫ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔﺍﻟﺘﻘﻠﻴﺪﻳﺔ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﻠﻮﻧﻴﻦ ﻭﺍﻟﻘﺎﺉﻤﺔ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻨﺴﺒﺔ )‪ .(30‬ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ‬
‫‪ TUs‬ﺑﻨﺎء ًﻋﻠﻰ ﻗﺮﺏ ﺍﻟﻤﺠﺴﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ )‪ (0.01>FDR‬ﻭﻣﻨﺎﻃﻖ‬
‫ﻗﺼﻴﺮﺓﻣﻦ>ﺗﻤﺖ ﺇﺯﺍﻟﺔ ‪ 100‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‪ .‬ﻛﻞ ﻣﻦ‪-‬‬
 ‫ﺃﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪52899‬‬

‫ﺍﻟﺸﻜﻞ‪.2‬ﺃﻣﺜﻠﺔ ﻋﻠﻰ ﺩﻣﺞ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪ )FDR‬ﺗﻢ ﺭﺳﻢ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﻤﺸﺮﻭﺣﺔ ﻭﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺻﻔﻴﻒ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻣﻘﺎﺑﻞ ﺇﺣﺪﺍﺛﻴﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ )ﻣﻨﻄﻘﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫‪13.6‬ﻛﻴﻠﻮ ﺑﺎﻳﺖ ﻣﻦ ‪ 3953400‬ﺇﻟﻰ ‪ (3967000‬ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻣﺘﺼﻔﺢ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪ .‬ﻳﻌﺮﺽ ﻫﺬﺍ ﺍﻟﻤﺜﺎﻝ ﻗﻴﻤﺔ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﺨﺎﺹ ﺑﺤﺒﻞ ﻣﻌﻴﻦ‪ .‬ﻳﺘﻢ ﺍﻹﺷﺎﺭﺓ ﺇﻟﻰ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﺨﻴﻮﻁ‬
‫ﺍﻷﻣﺎﻣﻴﺔﻭﺍﻟﺨﻠﻔﻴﺔ )‪ (1‬ﺑﺎﻟﻠﻮﻥ ﺍﻷﺻﻔﺮ ﻭﺍﻟﺒﺮﺗﻘﺎﻟﻲ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻮﺍﻟﻲ‪ .‬ﺗﺘﻢ ﻣﺤﺎﺫﺍﺓ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺍﻟﻤﻘﺎﺑﻠﺔ ﺃﻋﻠﻰ ﺍﻟﺸﺮﻳﻂ ﺍﻷﻣﺎﻣﻲ ﻭﺃﺳﻔﻞ ﺍﻟﺸﺮﻳﻂ ﺍﻟﻌﻜﺴﻲ‪ .‬ﺗﺸﻴﺮ ﺍﻷﺷﺮﻃﺔ ﺍﻟﺴﻮﺩﺍء )‪ (2‬ﺇﻟﻰ ﺗﺤﻘﻴﻘﺎﺕ‬
‫ﻣﻌﺒﺮﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ‪ .(0.01 >BL21 )DE3(.‬ﺗﻤﺜﻞ ﺍﻟﻨﻘﺎﻁ )‪ (3‬ﺷﺪﺓ ﺍﻟﻤﺴﺒﺎﺭ ﺍﻟﻄﺒﻴﻌﻲ ﻋﻠﻰ ﻣﻘﻴﺎﺱ ‪ log2‬ﻓﻲ ﺍﻟﻤﻮﻗﻊ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲ ﺍﻟﻤﻘﺎﺑﻞ ﻟﻠﻌﻴﻨﺎﺕ ﻣﻦ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪) LB‬ﻛﺜﺎﻓﺔ ﺍﻟﺨﻠﻴﺔ ‪0.24‬‬
‫ﻓﻲ‪600OD‬ﺑﺎﻟﻠﻮﻥ ﺍﻷﺣﻤﺮ‪ 1.54 ،‬ﺑﺮﺗﻘﺎﻟﻲ‪ 5 ،‬ﺃﺻﻔﺮ( ﻭﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ 1.5) MR‬ﺑﺎﻟﻠﻮﻥ ﺍﻷﺧﻀﺮ‪ 14 ،‬ﺑﺎﻟﻠﻮﻥ ﺍﻷﺯﺭﻕ(‪ .‬ﺗﻈُﻬﺮ ﺍﻟﺨﺮﻳﻄﺔ ﺍﻟﺤﺮﺍﺭﻳﺔ )‪ (4‬ﺗﻐﻴﺮﺍﺕ ﻣﺴﺘﻮﻯ ﺍﻟﻨﺺ )ﻣﻘﻴﺎﺱ ‪ (log2‬ﻷﺭﺑﻊ ﻋﻴﻨﺎﺕ‬
‫ﻣﻘﺎﺑﻞﻋﻴﻨﺔ ﻣﺮﺟﻌﻴﺔ ﻣﻦ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ MR )1.5‬ﻓﻲ ‪) (600OD‬ﺍﻷﺣﻤﺮ ﻣﻨﺘﻈﻢ؛ ﺍﻷﺧﻀﺮ ﻣﻨﺘﻈﻢ(‪ .‬ﻓﻲ ﻟﻮﺣﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪ ،‬ﺗﻈﻬﺮ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﻤﺤﺪﺩﺓ ﺣﺪﻳﺜﺎً ﺑﺎﻟﻠﻮﻥ ﺍﻟﺮﻣﺎﺩﻱ ﺍﻟﻔﺎﺗﺢ‪ .‬ﻭﺷﻤﻠﺖ ﻫﺬﻩ ‪RNAs‬‬
‫ﻏﻴﺮﺍﻟﻤﺸﻔﺮﺓ )‪ ،ORFs )6( ،(5‬ﻭﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﻨﺎﻇﺮﺓ ﺧﺎﺭﺝ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻜﺮﺭﺓ )‪ (7‬ﻭ‪′5‬‬

‫ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﺘﺮﺟﻤﺔ )‪.(8‬‬

‫ﻣﺪﻋﻮﻣﺎًﺑﺎﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺗﺴﻠﺴﻞ ﺗﺮﻣﻴﺰ ‪ 1383‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ ﻟـ‪dosC‬ﻣﻊ‬
‫‪147‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ ﻣﻦ ‪′5‬ﺍﻟﺸﻜﻞ) ‪3UTR‬ﺩ(‪.‬‬
‫ﺗﻢﻓﺤﺺ ﺍﻟﺘﻐﻴﻴﺮﺍﺕ ﺍﻟﻤﺤﺘﻤﻠﺔ ﻓﻲ ﻣﻨﺘﺠﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺑﺴﺒﺐ ‪TISs‬‬
‫ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔﺑﻄﺮﻳﻘﺘﻴﻦ‪ .‬ﺃﻭﻻ‪ ً،‬ﺑﺤﺜﻨﺎ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺠﺎﻻﺕ ﺍﻟﻤﺤﻔﻮﻇﺔ ﺿﻤﻦ‬
‫ﺗﺴﻠﺴﻼﺕﺍﻟﻨﻴﻮﻛﻠﻴﻮﺗﻴﺪﺍﺕ ﺍﻟﻔﺮﻳﺪﺓ ﻟـ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔ ﺃﻭ ﺍﻷﺻﻠﻴﺔ‬
‫ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡﻗﺎﻋﺪﺓ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﻤﺠﺎﻝ ﺍﻟﻤﺤﻔﻮﻇﺔ ﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑـ ‪ .(34) NCBI‬ﻓﻲ‬
‫ﺣﻴﻦﺗﻢ ﺍﻛﺘﺸﺎﻑ ﻋﺪﺩ ﻗﻠﻴﻞ ﻓﻘﻂ ﻣﻦ ﻣﺠﺎﻻﺕ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﺿﻤﻦ‬
‫ﺗﺴﻠﺴﻼﺕﻣﻮﺟﻮﺩﺓ ﺣﺼﺮﻳﺎً ﻓﻲ ‪ ORFs‬ﺍﻷﺻﻠﻴﺔ )‪ ،(٪14‬ﺗﻢ ﺍﻟﻌﺜﻮﺭ ﻋﻠﻰ‬
‫ﺍﻟﻜﺜﻴﺮﻣﻨﻬﺎ ﺿﻤﻦ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕ ﻓﻲ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔ )‪) (٪72‬‬
‫ﺍﻟﺠﺪﻭﻝﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S5‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﻛﺎﻥ ﻛﻞ ﻣﻦ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕ ﻳﺤﺘﻮﻱ‬
‫ﻋﻠﻰﺟﺰء ﺻﻐﻴﺮ ﻣﻦ ﻣﺠﺎﻝ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﺑﺄﻛﻤﻠﻪ‪ :‬ﻭﻛﺎﻥ ﺍﻻﺳﺘﺜﻨﺎء ﺍﻟﻮﺣﻴﺪ ﻫﻮ‬
‫ﺟﻴﻦ‪ (rlmI) 23S rRNA methyltransferase‬ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺤﺘﻮﻱ ﻣﻨﻄﻘﺘﻬﺎ‬
‫ﺍﻟﻤﻤﺘﺪﺓﻋﻠﻰ ﻣﻌﻈﻢ ﻧﻄﺎﻕ ﻓﺼﻴﻠﺔ ﺃﺳﻴﻠﻔﻮﺳﻔﺎﺗﻴﺰ ﺍﻟﻔﺎﺉﻘﺔ‪ ،‬ﺩﻭﻥ ﺗﻐﻴﻴﺮ‬
‫ﻣﻌﻠﻮﻣﺎﺕﺍﻟﻤﻨﺘﺞ‪ .‬ﺛﺎﻧﻴﺎً‪ ،‬ﻗﻤﻨﺎ ﺑﺈﺟﺮﺍء ﻭﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﻋﻤﻠﻴﺎﺕ ﺑﺤﺚ ‪BLASTP‬‬
‫ﻣﻊ‪/UniProtKB‬ﻗﺎﻋﺪﺓ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ‪ (35) Swiss-Prot‬ﺗﻢ‬
‫ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡﻋﻨﻬﺎ ﻣﻊ ﻛﻞ ﻣﻦ ‪ ORFs‬ﺍﻟـ ‪ 88‬ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺤﺘﻮﻱ ﻋﻠﻰ ‪TISs‬‬
‫ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔﺃﻭ ﺍﻷﺻﻠﻴﺔ )ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S6‬ﻟﻢ ﺗﻜﻦ ﺍﻟﻤﺘﻤﺎﺛﻼﺕ‬
‫ﺍﻟﻤﺴﺘﺮﺩﺓﻣﺨﺘﻠﻔﺔ ﻭﻓﻘﺎً ﻷﻃﻮﺍﻝ ‪ ORF‬ﺍﻟﻤﺘﻨﻮﻋﺔ‪ .‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﻓﻴﻤﺎ ﻳﺘﻌﻠﻖ‬
‫ﺑﺄﻓﻀﻞﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﺍﻟﺘﻲ ﻟﻬﺎ ﻧﻔﺲ ﺍﻟﻄﻮﻝ ﻣﻊ ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡ‪ ،‬ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺮﺟﺎﻉ ‪83‬‬
‫ﻧﺘﻴﺠﺔﻟﻌﻤﻠﻴﺎﺕ ﺑﺤﺚ ‪ BLASTP‬ﻋﻨﺪ ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ‪ORFs‬‬
‫ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ‪ ،TIS‬ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺑﺨﻤﺲ ﻧﺘﺎﺉﺞ ﻟﺘﻠﻚ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻻﺳﺘﻌﻼﻡ‬
‫ﻋﻨﻬﺎﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ‪ ORFs‬ﺍﻷﺻﻠﻴﺔ‪ .‬ﻭﺑﺎﻟﺘﺎﻟﻲ‪ ،‬ﻻ ﻳﺒﺪﻭ ﺃﻥ ﻣﺮﺍﺟﻌﺔ ‪ TISs‬ﺗﺆﺛﺮ‬
‫ﻋﻠﻰﺷﺮﺡ ﻣﻨﺘﺠﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪ .‬ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻼﺕ‪ ،‬ﺟﻨﺒﺎ ﺇﻟﻰ ﺟﻨﺐ ﻣﻊ ﺍﻷﺩﻟﺔ‬
‫ﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻴﺔﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ‪ ،‬ﻭﺍﻟﺘﺤﻘﻖ ﻣﻦ ﻣﺮﺍﺟﻌﺔ ‪ TISs‬ﻓﻲ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ‪.‬‬
‫ﺍﻟﺘﻐﻴﻴﺮﺍﺕﺍﻟﺪﻳﻨﺎﻣﻴﻜﻴﺔ ﻓﻲ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ (‪ BL21)DE3‬ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎﻕ ﻭﺍﺳﻊ ﻹﻧﺘﺎﺝ‬
‫ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕﺍﻟﻤﺆﺗﻠﻔﺔ ﻷﻧﻪ ﻳﻤﺘﻠﻚ ﻣﻴﺰﺍﺕ ﻣﺮﻏﻮﺑﺔ ﻟﻼﺳﺘﺰﺭﺍﻉ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﻜﺜﺎﻓﺔ‬
‫ﺍﻟﺨﻠﻮﻳﺔ‪،‬ﻣﺜﻞ ﺇﻧﺘﺎﺝ ﺍﻷﺳﻴﺘﺎﺕ ﺍﻟﻤﻨﺨﻔﺾ ﻭﺍﻟﻨﻔﺎﺫﻳﺔ ﺍﻟﻤﺤﺴﻨﺔ )‪.(12,6‬‬
‫ﻭﺍﺣﺪﺓﻣﻦ ﺍﻻﺧﺘﻼﻓﺎﺕ ﺍﻟﺮﺉﻴﺴﻴﺔ ﻓﻲ ﻋﻤﻠﻴﺔ ﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﺍﻟﻤﺮﻛﺰﻱ‬
‫ﺑﻴﻦﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺍﻟﻌﺜﻮﺭ ﻋﻠﻰ ﺳﻼﻻﺕ ‪ B‬ﻭ‪ K-12‬ﻓﻲ ﺃﻧﻤﺎﻁ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ‬
‫ﻟﺠﻴﻨﺎﺕﻣﺴﺎﺭ ﺗﺤﻮﻳﻠﺔ ﺍﻟﺠﻠﻴﻮﻛﺴﻴﻼﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺸﺎﺭﻙ ﻓﻲ ﺗﺮﺍﻛﻢ ﺍﻷﺳﻴﺘﺎﺕ‬
‫)‪ .(36,12‬ﺍﻝ‪ARPA‬ﺟﻴﻦ ﺫﻭ ﻭﻇﻴﻔﺔ ﻏﻴﺮ ﻣﻌﺮﻭﻓﺔ‬
‫ﺣﺎﻟﺔﺛﻘﺎﻓﻴﺔ ﻭﺍﺣﺪﺓ ﻋﻠﻰ ﺍﻷﻗﻞ )ﺹ‪-‬ﻗﻴﻤﺔ>‪ .(0.01‬ﻋﻠﻰ ﺳﺒﻴﻞ ﺍﻟﻤﺜﺎﻝ‪،‬‬
‫ﻧﺴﺨﺔ)‪ 227‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ( ﻣﻮﺟﻮﺩﺓ ﺃﻋﻠﻰ ﺍﻟﻤﻨﺒﻊ‪setA‬ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻪ ﻓﻲ‬
‫(‪ BL21 )DE3‬ﻓﻲ ﺟﻤﻴﻊ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ )ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪ 1‬ﺃ(‪3.‬ﺃ(‪ .‬ﻛﺎﻥ‬
‫ﺗﺴﻠﺴﻠﻪﻭﻣﻮﻗﻌﻪ ﻣﺸﺎﺑﻬﻴﻦ ﻟﺘﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪(RNA‬‬
‫ﺍﻟﺘﻨﻈﻴﻤﻲﺍﻟﺼﻐﻴﺮ )‪sgrS.(sRNA‬ﻓﻲ ‪ ،K-12 MG1655‬ﻭﺍﻟﺬﻱ ﻳﺤﺘﻮﻱ‬
‫ﺃﻳﻀﺎًﻋﻠﻰ ﻣﺘﻌﺪﺩ ﺍﻟﺒﺒﺘﻴﺪ‪ .sgrT‬ﻳﺴﺘﺤﺚ ‪ RNA SgrS‬ﺍﻟﺼﻐﻴﺮ ﺗﺪﻫﻮﺭ‬
‫ﻧﺎﻗﻞﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ ﺍﻟﺮﺉﻴﺴﻲﻧﻘﻄﺔ‪G‬ﻧﺴﺨﺔ ﻭﺑﺎﻟﺘﺎﻟﻲ ﻳﻨﻈﻢ ﻧﻘﻞ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ )‪(31‬‬
‫‪.‬ﻭﻣﻦ ﺍﻟﻤﺜﻴﺮ ﻟﻼﻫﺘﻤﺎﻡ‪sgrS،‬ﺗﻢ ﺍﻹﺑﻼﻍ ﻋﻦ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻪ ﺑﺸﻜﻞ ﺗﻔﺎﺿﻠﻲ‬
‫ﻓﻲﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻻﺕ ‪ BL21‬ﻭ‪ K-12‬ﻋﻨﺪ ﻧﻤﻮﻫﺎ ﺑﺘﺮﻛﻴﺰ ﻋﺎﻝ ٍﻣﻦ‬
‫ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ)‪ .(32‬ﻣﺜﺎﻝ ﺁﺧﺮ ﻋﻠﻰ ﺷﺮﺡ ‪ sRNA‬ﻫﻮ ﻣﻮﻗﻊ ‪ RNAs‬ﺍﻟﻤﻀﺎﺩ ﻟـ‬
‫‪) RdlD‬ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪3.(1‬ﺏ(‪ .‬ﺑﻴﻨﻤﺎ ﻳﺤﺘﻮﻱ ﺟﻴﻨﻮﻡ ‪ K-12‬ﻋﻠﻰ ﺯﻭﺝ ﻭﺍﺣﺪ ﻣﻦ‬
‫ﻣﻀﺎﺩﺍﺕﺍﻟﺴﻤﻮﻡ‪ ldrD/rdlD‬ﺗﺴﻠﺴﻞ )‪ ، (33‬ﻳﺤﺘﻮﻱ ﺟﻴﻨﻮﻡ‬
‫(‪ BL21 )DE3‬ﻋﻠﻰ ﺛﻼﺛﺔ ﺃﺯﻭﺍﺝ ﺑﻴﻦ‪bcsG‬ﻭ‪yhjV‬ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪.‬‬
‫ﺑﺎﻹﺿﺎﻓﺔﺇﻟﻰ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﻻﺣﻈﻨﺎ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺳﺒﻌﺔ ‪ ORFs‬ﻭﺛﻼﺛﺔ ‪ncRNAs‬‬
‫ﺍﻟﺘﻲﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺍﻹﺑﻼﻍ ﻋﻨﻬﺎ ﻓﻲ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪ .K-12‬ﻭﺷﻤﻠﺖ ﻫﺬﻩ ﻧﺴﺨﺔ‬
‫ﺟﺪﻳﺪﺓ)ﻃﻮﻟﻬﺎ ‪ 171‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ( ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﻓﻘﻂ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ ﻋﻨﺪ ﺯﺭﺍﻋﺘﻬﺎ ﻓﻲ ﻭﺳﻂ ﺍﻟﺮﻧﻴﻦ ﺍﻟﻤﻐﻨﺎﻃﻴﺴﻲ‪ .‬ﻳﺸﻔﺮ ﻫﺬﺍ‬
‫ﺍﻟﻨﺺﺑﺮﻭﺗﻴﻨﺎً ﻣﺘﻤﺎﺛﻼً ﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﺍﻓﺘﺮﺍﺿﻲﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ )‬
‫‪،WP049143758.1‬ﻩ‪-‬ﺍﻟﻘﻴﻤﺔ = ‪) (33-10×8‬ﺷﻜﻞ‪3‬ﺝ(‪.‬‬
‫ﻣﺮﺍﺟﻌﺔﺣﺪﻭﺩ ‪ORF‬‬
‫ﻛﺎﻧﺖ‪ TISs‬ﻟـ ‪ CDS 88‬ﻣﻦ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ (‪ BL21 )DE3‬ﺍﻷﺻﻠﻲ‬
‫ﻣﺨﺘﻠﻔﺔﻋﻨﺪ ﻣﻘﺎﺭﻧﺘﻬﺎ ﺑﺎﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ‪ ،K-12‬ﻭﺗﻢ ﺗﺼﺤﻴﺤﻬﺎ ﻭﻓﻘﺎً‬
‫ﻟﺬﻟﻚ)ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S5‬ﻛﺎﻧﺖ ﻣﻮﺍﺿﻊ ﺟﻤﻴﻊ ﻣﻮﺍﻗﻊ ﺍﻟﺘﻮﻗﻒ ﻫﻲ‬
‫ﻧﻔﺴﻬﺎﻓﻲ ﻛﻼ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﻴﻦ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﻴﻦ‪ .‬ﻛﺎﻥ ﻫﻨﺎﻙ ﺗﻮﺯﻳﻊ ﻭﺍﺳﻊ‬
‫ﻟﻠﺘﻐﻴﺮﺍﺕﺍﻟﻤﻄﻠﻘﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﻄﻮﻝ ﻟـ ‪ ،CDS 88‬ﺑﻤﺘﻮﺳﻂ ﺗﻐﻴﺮ ﻗﺪﺭﻩ ‪nt 57‬‬
‫ﻭﺍﻧﺤﺮﺍﻑﻣﻌﻴﺎﺭﻱ ﻗﺪﺭﻩ ‪ .nt 71‬ﺗﻢ ﺍﻟﺘﺤﻘﻖ ﻣﻦ ﺣﺪﻭﺩ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺤﺪﺛﺔ‬
‫ﻋﻦﻃﺮﻳﻖ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ‪ ،‬ﻭﻛﺸﻒ ﻋﻦ ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﺮﺍﺟﻌﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﻤﻄﻠﻮﺑﺔ‪.‬ﻋﻠﻰ ﺳﺒﻴﻞ ﺍﻟﻤﺜﺎﻝ‪ ،‬ﺍﻟﺠﻴﻦ ﺍﻷﻭﻝ ﻣﻦ‪dosCP‬ﺗﻢ ﺷﺮﺡ ﺍﻷﻭﺑﺮﺍ ﻛـ‬
‫‪yddV‬ﺑﻄﻮﻝ ‪ 1044‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ ﻓﻲ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻷﺻﻠﻲ‪ .‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪،‬‬
‫ﺗﻨﺒﺄﺕﺇﻋﺎﺩﺓ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ ﺍﻟﺠﺪﻳﺪﺓ ﺑﺄﻥ ‪ TIS‬ﻟـ‪dosC‬ﻛﺎﻥ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻮﺍﻗﻊﻋﻠﻰ ﺑﻌﺪ ‪ 339‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﻮﻗﻊ ﺍﻟﺴﺎﺑﻖ‪ .‬ﻭﻛﺎﻥ ﻫﺬﺍ ﺍﻟﺘﻮﻗﻊ‬
 ‫‪5290‬ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪9‬‬

‫ﺝ‪.‬ﺭﻭﺍﻳﺔ ﺍﻟﺠﻴﻦ‬ ‫ﺏ‪.‬ﺭﺍﺑﻄﺔ ﺍﻟﺪﻭﻝ ﺍﻟﻤﺴﺘﻘﻠﺔ‪ -‬ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻮﺯﻱ ﺍﻟﻤﺸﻔﺮ‬ ‫ﺃ‪.‬ﻋﺒﺮﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻮﺯﻱ ﺍﻟﻤﺸﻔﺮ‬

‫‪5-‬‬
‫ﺭﻃﻞ‪0.24‬‬
‫ﺭﻃﻞ‪1.54‬‬
‫ﺍﻟﻀﻠﻊﺏ‬ ‫ﺭﻭﺍﻳﺔ‬ ‫‪0‬‬ ‫ﺭﻃﻞ‪5‬‬
‫ﺍﻟﺴﻴﺪ‪14‬‬

‫‪5‬‬
‫‪rdlD‬‬ ‫‪rdlD‬‬ ‫‪rdlD‬‬

‫‪ldrD‬‬ ‫‪ldrD‬‬ ‫‪ldrD‬‬ ‫‪sgrT‬‬

‫‪setA‬‬

‫ﺍﻟﻌﻤﻴﺪ‬

‫ﻩ‪.‬ﺗﺤﻮﻳﻠﺔ ﺍﻟﺠﻠﻴﻮﻛﺴﻴﻼﺕ‬ ‫ﺩ‪.‬ﺗﺤﺪﻳﺚ ‪TISS‬‬

‫ﻫﺬﺍ‬
‫‪8522601‬‬
‫ﺗﺤﻮﻳﻞﺍﻟﻨﺺ ﺇﻟﻰ ﻛﻼﻡ‬

‫‪1522755‬‬
‫‪1383‬ﻕ‪.‬ﻡ‬

‫‪UTR‬‬
‫‪147‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‬ ‫‪339 +‬‬ ‫‪1044‬ﻧﻘﻄﺔ ﺃﺳﺎﺱ‬

‫‪aceK‬‬ ‫ﺍﻵﺱﺃ‬ ‫ﺍﻵﺱﺏ‬ ‫‪dosC‬‬

‫ﺇﻳﻜﻠﺮ‬ ‫‪ARPA‬‬

‫‪F.‬ﻧﻈﺎﻡ ﺇﻓﺮﺍﺯ ﺍﻟﻨﻮﻉ ﺍﻟﺜﺎﻧﻲ‬

‫‪yghG‬‬
‫‪ssle‬‬ ‫‪pppA‬‬ ‫‪yghF‬‬ ‫‪gspD‬‬ ‫‪gspE‬‬ ‫‪gspF‬‬ ‫ﺯ‬ ‫ﺃﻧﺎ ﺡ‬ ‫‪ gspK‬ﺝ‬ ‫‪yghE yghD‬‬

‫ﺯ‪.‬ﺍﻟﺘﺨﻠﻴﻖ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ ﻟﻸﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ‬

‫)ﺍﻟﺴﻴﺪ(‬ ‫‪1.5‬ﻓﻲ ﺍﻟﻘﻄﺮ ﺍﻟﺨﺎﺭﺟﻲ‬
‫‪600‬‬

‫ﻝ‬ ‫ﺗﺮﺏﺇﻱ‬ ‫ﺗﺮﺏﺩ‬ ‫‪trpC‬‬ ‫ﺗﺮﺑﺐ‬ ‫‪trpA‬‬

‫ﻧﺴﺒﺔﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺍﻟﺴﺠﻞ‬
‫‪2‬‬

‫ﺍﻟﺘﻘﻰ‪E‬‬

‫ﺍﻟﺸﻜﻞ‪.3‬ﺃﻣﺜﻠﺔ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻐﻴﻴﺮﺍﺕ ﺍﻟﺪﻳﻨﺎﻣﻴﻜﻴﺔ ﻓﻲ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ) ﺍﻟﺘﻲ ﻳﺘﻢ ﺗﺸﻔﻴﺮﻫﺎ (‪ )sRNAs‬ﺍﻟﺘﻨﻈﻴﻤﻴﺔ ﺍﻟﺼﻐﻴﺮﺓ ‪ RNAs‬ﺍﻛﺘﺸﺎﻑ ‪BL21 )DE3(.‬ﺃ(‪ ،‬ﻣﺸﻔﺮ ﺑﺮﺍﺑﻄﺔ ﺍﻟﺪﻭﻝ‬
‫ﺍﻟﻤﺴﺘﻘﻠﺔ)ﺏ( ﻭﺟﻴﻦ ﺟﺪﻳﺪ ﻣﻔﺘﺮﺽ )ﺝ(‪ .‬ﺗﺼﺤﻴﺢ ﻣﻮﻗﻊ ﺑﺪء ﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ )ﺩ(‪ .‬ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﻣﺠﻤﻮﻋﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻓﻲ ﺗﺤﻮﻳﻠﺔ ﺍﻟﺠﻠﻴﻜﻮﺯﻳﻼﺕ )ﻩ( ‪ ،‬ﻧﻈﺎﻡ ﺇﻓﺮﺍﺯ ﺛﺎﻧﻮﻱ ﻣﻦ ﺍﻟﻨﻮﻉ ﺍﻟﺜﺎﻧﻲ )‪ (F‬ﻭﺍﻟﺘﺨﻠﻴﻖ‬
‫ﺍﻟﺤﻴﻮﻱﻟﻸﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ )ﺯ(‪ .‬ﺃﻧﻈﺮ ﻟﻠﺸﻜﻞ‪2‬ﻟﺘﻔﺴﻴﺮ ﺍﻟﻤﻼﺣﻈﺎﺕ‪.‬‬
 ‫ﺃﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪52919‬‬
‫ﻛﺎﻧﺖﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻷﻛﺜﺮ ﺗﻌﺒﻴﺮﺍً ﻫﻲ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﻤﺸﺎﺭﻛﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﺘﺨﻠﻴﻖ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ‬
‫ﻟﻠﺮﻳﺒﻮﺳﻮﻡﻭﻧﻘﻠﻪ‪/‬ﺍﺳﺘﻘﻼﺏ ﺍﻟﻨﻴﻮﻛﻠﻴﻮﺗﻴﺪﺍﺕ ﻭﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ‪ ،‬ﻓﻲ‬
‫ﺣﻴﻦﺃﻥ ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻄﻮﺭﺍﻟﺜﺎﺑﺖ ﺗﻘﻮﻡ ﺑﺘﺸﻔﻴﺮ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺴﺘﺠﻴﺒﺔ ﻟﻠﻀﻐﻂ‬
‫ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕﺍﻟﻐﺸﺎﺉﻴﺔ )ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S7‬ﻭﻣﻦ ﺍﻟﻤﺜﻴﺮ ﻟﻼﻫﺘﻤﺎﻡ‬
‫ﺃﻧﻪﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺮﻑ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻋﻠﻰ ﺃﻧﻬﺎ ‪ DEGs‬ﻋﻨﺪﻣﺎ ﻧﻤﺖ‬
‫ﺍﻟﺨﻼﻳﺎﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ MR‬ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺑﻮﺳﺎﺉﻂ ‪ .LB‬ﻭﻳﺮﺟﻊ ﺫﻟﻚ ﺇﻟﻰ ﻫﺬﺍ‬
‫ﺍﻻﺭﺗﺒﺎﻁﺑﻴﻦ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ ﺍﻟﻨﺺ )ﻓﻲ ﺍﻟﺴﺠﻞ‪ -2‬ﺍﻟﺸﺪﺓ ﺍﻟﻤﺘﺤﻮﻟﺔ( ﺑﻴﻦ‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺘﻴﻦﺍﻷﺳﻴﺔ ﻭﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ ﻛﺎﻧﺖ ﺃﻗﻞ ﻓﻲ ﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻣﻦ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ )‬
‫ﺹ=‪ (0.60‬ﻣﻨﻪ ﻓﻲ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﻤﻌﻘﺪﺓ )ﺹ=‪ .(0.78‬ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ‬
‫ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﻴﺔﺍﻟﺴﺎﺑﻘﺔ ﻟـ‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻛﺸﻒ ﻧﻤﻮ ‪ BL21‬ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﻓﻲ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﻤﻌﻘﺪﺓ‬
‫ﻭﺍﻟﺤﺪﺍﻷﺩﻧﻰ ﺃﻥ ﺃﺑﺮﺯ ﺍﻻﺧﺘﻼﻓﺎﺕ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﻴﺔ ﺣﺪﺛﺖ ﻓﻲ ﺇﻧﺰﻳﻤﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺘﺨﻠﻴﻖﺍﻟﺤﻴﻮﻱ ﻟﻸﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ ﻭﺍﻟﺘﻲ ﺷﻜﻠﺖ ‪ 6‬ﻭ‪ %20‬ﻣﻦ‬
‫ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦﻓﻲ ﺍﻟﻮﺳﻂ ﺍﻟﻤﻌﻘﺪ ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ‪ ،‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺘﻮﺍﻟﻲ )‪ .(42‬ﻓﻲ ﻫﺬﻩ‬
‫ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ‪،‬ﺑﺎﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﻣﻊ ﺍﻟﻨﻤﻮ ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ ،LB‬ﻛﺎﻧﺖ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫ﻟﺠﻴﻨﺎﺕﺍﻟﺘﺨﻠﻴﻖ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ ﻟﻸﺣﻤﺎﺽ ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﻲ‬
‫ﻭﺳﺎﺉﻂ‪ MR‬ﺃﻋﻠﻰ ﺑﻜﺜﻴﺮ ﻭﺍﻧﺨﻔﻀﺖ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ ﺇﻟﻰ ﺣﺪ ﺃﻛﺒﺮ )‬
‫ﺍﻟﺸﻜﻞ‪3‬ﺯ(‪.‬‬
‫ﻣﺘﻮﻗﻊ‪،‬ﻓﻲ ﺟﻤﻴﻊ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﺧﺘﺒﺎﺭﻫﺎ ﻓﻲ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ‪ ،‬ﻟﻢ‬
‫ﻳﺘﻢﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﺟﻴﻨﺎﺕ ‪ T2S‬ﺍﻟﻘﻴﺎﺳﻴﺔ ﻓﻲ (‪ .BL21 )DE3‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺗﻢ‬
‫ﻣﻨﺎﻗﺸﺔ‬
‫ﻗﺪﻳﻜﻮﻥ ﺩﻣﺞ ﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﻣﻦ ﻣﺴﺎﺭﺍﺕ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺍﻟﻤﺘﻌﺪﺩﺓ‬
‫ﺃﻣﺮﺍًﺻﻌﺒﺎً ﻧﻈﺮﺍً ﻻﺧﺘﻼﻑ ﻋﺪﺩ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﻭﺍﻟﺘﻨﺎﻗﺾ ﻓﻲ ﺗﺨﺼﻴﺺ ‪TIS‬‬
‫ﺑﻴﻦﺍﻟﻤﺴﺎﺭﺍﺕ )‪ .(43,3‬ﻟﻠﺘﻐﻠﺐ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺼﻌﻮﺑﺔ‪ ،‬ﻗﻤﻨﺎ ﺃﻭﻻ ًﺑﺠﻤﻊ ﻛﺎﻓﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕﺍﻟﺘﻲ ﺃﺑﻠﻐﺖ ﻋﻨﻬﺎ ﻣﺼﺎﺩﺭ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺩﻭﻥ ﺗﻔﻀﻴﻞ‬
‫ﻣﺴﺎﺭﻣﻌﻴﻦ )ﺍﻟﺸﻜﻞ‪1‬ﻭﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S1‬ﺑﻌﺪ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺍﺳﺘﻔﺪﻧﺎ‬
‫ﺍﺳﺘﻔﺎﺩﺓﻛﺎﻣﻠﺔ ﻣﻦ ﺟﻴﻨﻮﻡ ‪ K-12‬ﺍﻟﻤﺸﺮﻭﺡ ﺟﻴﺪﺍً ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕﺍﻟﻤﻤﺘﺜﻠﺔ ﻟﺠﻴﻨﻮﻡ (‪ BL21)DE3‬ﻣﻊ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ‪.K-12‬‬
‫ﺃﺧﻴﺮﺍً‪،‬ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ ﺍﻟﻤﻴﺰﺍﺕ ﺍﻟﺠﺪﻳﺪﺓ ﻭ‪ TISs‬ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ‬
‫ﺍﻟﺤﺴﺎﺑﻲﻭﺍﻟﻔﺤﺺ ﺍﻟﻴﺪﻭﻱ ﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ )ﺍﻷﺷﻜﺎﻝ‪2‬ﻭ‪ .(3‬ﺃﺩﻯ‬
‫ﻫﺬﺍﺍﻟﺠﻬﺪ ﺇﻟﻰ ﺗﺤﺪﻳﺪ ‪ 103‬ﻣﻴﺰﺍﺕ ﺟﺪﻳﺪﺓ ﺑﻤﺎ ﻓﻲ ﺫﻟﻚ ‪ 10‬ﻣﻴﺰﺍﺕ‬
‫ﻣﻮﺟﻮﺩﺓﻓﻘﻂ ﻓﻲ ﺟﻴﻨﻮﻡ (‪) BL21 )DE3‬ﺍﻟﺠﺪﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S4‬ﻋﻼﻭﺓ‬
‫ﻋﻠﻰﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺗﻢ ﺍﻟﺘﺤﻘﻖ ﻣﻦ ﺻﺤﺔ ‪ TISs 88‬ﺍﻟﻤﻨﻘﺤﺔ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﻋﻤﻠﻴﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺒﺤﺚﻓﻲ ﻣﺠﺎﻝ ‪ BLASTP‬ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ‪.‬‬
‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺏ ﻭﻣﺸﺘﻘﺎﺗﻪﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ ﻭﻣﺸﺘﻘﺎﺗﻪ ﻫﻲ ﺃﻛﺜﺮ‬
‫ﺳﻼﻻﺕﺍﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺎ ﺍﻟﻤﻌﻤﻠﻴﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻤﺖ ﺩﺭﺍﺳﺘﻬﺎ ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎﻕ ﻭﺍﺳﻊ‪ .‬ﺍﻝ‬
‫‪K-12‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺗﺼﻤﻴﻢ ﺳﻼﻟﺔ ‪ B‬ﺍﻟﻤﺸﺘﻘﺔ (‪ BL21 )DE3‬ﻹﻳﻮﺍء‬
‫ﺟﻴﻦﺑﻮﻟﻴﻤﻴﺮﻳﺰ ‪ T7 RNA‬ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﻔﻌﺎﻝ ﻋﻦ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺆﺗﻠﻔﺔ )‪(18‬‬
‫ﻭﻛﺎﻥﺍﻟﻌﻤﻮﺩ ﺍﻟﻔﻘﺮﻱ ﺍﻟﺮﺉﻴﺴﻲ ﻟﺘﻄﺒﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ )‪.(6‬‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻻ ﻳﺰﺍﻝ (‪ BL21)DE3‬ﻳﻤﺜﻞ ﺿﻐﻄﺎً ﻣﻬﻤﺎً ﻟﻜﻞ ﻣﻦ‬
‫ﺍﻷﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺳﺎﺳﻴﺔ ﻭﺍﻟﺘﻄﺒﻴﻘﻴﺔ‪ .‬ﻟﻘﺪ ﺫﻛﺮﻧﺎ ﺳﺎﺑﻘﺎً ﻣﻴﺰﺍﺕ ﻣﻬﻤﺔ ﻟـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ‬
‫ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻻﺕ ‪ B‬ﻣﻤﺎ ﻳﺠﻌﻠﻬﺎ ﺳﻼﻻﺕ ﻣﻀﻴﻔﺔ ﺻﻨﺎﻋﻴﺔ ﻛﺒﻴﺮﺓ ﻣﻦ‬
‫ﺧﻼﻝﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻥ ﻟﻞﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ‪ B‬ﻭ‪ ،K-12‬ﻭﺍﻟﻨﺴﺦ‪،‬‬
‫ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ‪،‬ﻭﺍﻟﻈﻮﺍﻫﺮ‪ ،‬ﻭﻛﺬﻟﻚ ﺍﻟﻨﻤﺎﺫﺝ ﺍﻷﻳﻀﻴﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻠﺘﻘﻂ ﻣﻴﺰﺍﺕ‬
‫ﺍﻟﻨﻈﺎﻡﺍﻟﺨﻠﻮﻱ ﺑﺄﻛﻤﻠﻪ )‪ .(12‬ﻭﻣﻊ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﻓﻬﻢ ﺃﻓﻀﻞ ﺑﻜﺜﻴﺮ ﻟﻠﺴﻤﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﻤﺤﺪﺩﺓﻟـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻫﻨﺎﻙ ﺣﺎﺟﺔ ﺇﻟﻰ (‪.BL21)DE3‬‬
‫ﺑﻴﻨﻤﺎﺗﻤﺖ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺟﻴﻨﻮﻡ ‪ K-12 MG1655‬ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺟﻬﺪ‬
‫ﻣﺠﺘﻤﻌﻲﻣﺴﺘﻤﺮ )‪ ،(44,9,7‬ﺣﻈﻴﺖ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ (‪BL21 )DE3‬‬
‫ﺑﺎﻫﺘﻤﺎﻡﺃﻗﻞ؛ ﻭﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺗﺤﺪﻳﺜﻪ ﻣﻨﺬ ﺇﺻﺪﺍﺭ ﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻷﻭﻝ ﻣﺮﺓ‬
‫ﻓﻲﻋﺎﻡ ‪ .(10) 2009‬ﻓﻲ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ‪ ،‬ﻗﻤﻨﺎ ﺑﺪﻣﺞ ﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﻣﻦ ﺧﻄﻮﻁ‬
‫ﺃﻧﺎﺑﻴﺐﺗﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺁﻟﻴﺔ ﻣﺘﻌﺪﺩﺓ ﻣﻊ ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻥ ﻟـ‬
‫(‪BL21)DE3‬‬
‫ﻳﻘﻊﺑﻴﻦ‪aceBAK‬ﻭﺇﻳﻜﻠﺮﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‪ ،‬ﻭﻟﻜﻨﻬﺎ ﺗﺘﻌﻄﻞ ﻓﻲ ﺳﻼﻻﺕ ‪.(12) B‬‬
‫ﻻﺣﻈﻨﺎﺃﻥ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻣﻦ‪aceBAK‬ﺍﻟﻤﺸﻐﻞ ﻭﻣﻨﻈﻤﻪ ﺍﻟﺴﻠﺒﻲ‬
‫ﺇﻳﻜﻠﺮﻳﻌﺘﻤﺪ ﻋﻠﻰ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ‪ ،‬ﻓﻲ ﺣﻴﻦ‪ARPA‬ﻟﻢ ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ‬
‫ﻋﻠﻰﺍﻹﻃﻼﻕ )ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪3.(1‬ﻩ(‪ .‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺮﻏﻢ ﻣﻦ ﺃﻥ‪aceBAK‬ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ‬
‫ﻋﻦﺟﻴﻨﺎﺕ ﺍﻷﻭﺑﻮﻥ ﻣﻦ ﻧﻔﺲ ﺍﻟﻤﺮﻭﺝ‪ ،‬ﻭﻛﺜﺎﻓﺔ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﻤﻄﻠﻘﺔ‪aceK‬‬
‫ﻛﺎﻥﺃﻗﻞ ﺑﻜﺜﻴﺮ ﻣﻦ ﺫﻟﻚﺍﻵﺱ ﺃ)ﺍﻟﺸﻜﻞ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ (S3‬ﻭﻟﻮﺣﻆ ﺍﻹﻧﻬﺎء‬
‫ﺍﻟﻨﺴﺨﻲﺍﻟﻤﺒﻜﺮ ﻓﻲ‪)aceK‬ﺷﻜﻞ‪3‬ﻩ(‪ .‬ﻳﺪﻋﻢ ﺗﻌﺒﻴﺮ ﺍﻷﻭﺑﻮﻥ ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻤﻌﺘﺎﺩ‬
‫ﻫﺬﺍﺍﻟﻨﺘﺎﺉﺞ ﺍﻟﺴﺎﺑﻘﺔ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻮﺿﺢ ﺃﻥ ﻧﺴﺐ ﺍﻟﻤﺴﺘﻮﻯ ﺍﻟﺨﻠﻮﻱ ﻟﻤﻨﺘﺠﺎﺕ‬
‫ﺍﻵﺱﺏ‪,‬ﺍﻵﺱ ﺃﻭ‪aceK‬ﻛﺎﻥ ∽‪.(37) 0.3:1:0.003‬‬
‫ﻣﻘﺎﺭﻧﺔﻣﻊﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪,K-12‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻳﻤﺘﻠﻚ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫‪ B‬ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ ﺟﻴﻨﻴﺔ ﺇﺿﺎﻓﻴﺔ )‪gspDEFGHIJK‬ﺗﻘﻊ ﺑﻴﻦ‪yghE‬ﻭ‪yghF‬‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ( ﻹﻓﺮﺍﺯ ﺍﻟﻨﻮﻉ ﺍﻟﺜﺎﻧﻲ )‪ ،(T2S‬ﻣﻤﺎ ﻳﺸﻴﺮ ﺇﻟﻰ ﺃﻥ ﺳﻼﻻﺕ ‪ B‬ﻗﺪ‬
‫ﻳﻜﻮﻥﻟﻬﺎ ﺇﻣﻜﺎﻧﺎﺕ ﺇﻓﺮﺍﺯﻳﺔ ﺇﺿﺎﻓﻴﺔ ﻏﻴﺮ ﻣﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ‪.(12,10) K-12‬‬
‫ﻣﺠﻤﻮﻋﺔﺟﻴﻨﺎﺕ ﺃﺧﺮﻯ ﻟـ ‪gspAB) T2S‬ﻭ‪gspCDEFGHIJKLMO‬ﺑﻴﻦ‬
‫ﺍﻝ‪rpsJ‬ﻭ‪bfr‬ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ( ﻣﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﻛﻞ ﻣﻦ ﺳﻼﻻﺕ ‪ B‬ﻭ ‪، (10) K-12‬‬
‫ﻋﻠﻰﺍﻟﺮﻏﻢ ﻣﻦ ﺃﻧﻪ ﺗﻢ ﺍﻹﺑﻼﻍ ﻋﻦ ﺃﻧﻪ ﻏﺎﻣﺾ ﻓﻲ ﻣﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﺮﻭﺿﺔ ﺇﻟﻰ‬
‫ﺍﻟﺼﻒﺍﻟﺜﺎﻧﻲ ﻋﺸﺮ ﻓﻲ ﻇﻞ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﻤﺨﺘﺒﺮ ﺍﻟﻘﻴﺎﺳﻴﺔ )‪ .(38‬ﻛﻤﺎ ﻫﻮ‬
‫ﺍﻟﻌﺜﻮﺭﻋﻠﻰ ﺟﻴﻨﺎﺕ ‪ T2S‬ﺇﺿﺎﻓﻴﺔ ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﻭﺗﻢ ﺗﻨﻈﻴﻢ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﻨﺴﺦﺍﻟﺨﺎﺻﺔ ﺑﻬﺎ ﺍﻋﺘﻤﺎﺩﺍً ﻋﻠﻰ ﻇﺮﻭﻑ ﺍﻟﻨﻤﻮ )ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪ 1‬ﺃ(‪ )3.‬ﻛﺎﻧﺖ‬
‫ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻟﺪﻳﻬﻢ ﺃﻋﻠﻰ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻭﺍﻧﺨﻔﻀﺖ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ‪ .‬ﻭﻣﻦ ﺍﻟﻤﺜﻴﺮ ﻟﻼﻫﺘﻤﺎﻡ ﺃﻥ ﺃﺭﺑﻌﺔ ﺟﻴﻨﺎﺕ ‪,yghG,yghFF(.‬‬
‫‪pppA‬ﻭ‪ (ssle‬ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺃﻋﻠﻰ ﺃﻭﺑﺮﺍ ‪ T2S‬ﺍﻹﺿﺎﻓﻲ ﺗﻢ ﻧﺴﺨﻬﺎ‬
‫ﺑﺸﻜﻞﻣﺸﺘﺮﻙ ﻣﻊ ﺟﻴﻨﺎﺕ ﺃﻭﺑﺮﺍ ‪ .T2S‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﺮﻏﻢ ﻣﻦ ﺃﻥ ﺩﻭﺭﻫﻢ‬
‫ﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻲﻓﻲ ‪ T2S‬ﻏﻴﺮ ﻣﻔﻬﻮﻡ ﺗﻤﺎﻣﺎً )‪ ، (39‬ﻳﺒﺪﻭ ﺃﻧﻬﻢ ﻣﻤﺜﻠﻮﻥ ﻟـ ‪T2S‬‬
‫ﻓﻲ (‪ .BL21 )DE3‬ﻳﺒﺮﺯ ﻫﺬﺍ ﺍﻟﻤﺜﺎﻝ ﻗﻴﻤﺔ ﻭﺿﻊ ﺍﻟﻌﻼﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﺒﺎﺷﺮﺓ‬
‫ﺃﺣﺎﺩﻳﺔﺍﻟﻠﻮﻥ ﻟﻤﺠﻤﻮﻉ ‪ RNAs‬ﻟﻘﻴﺎﺱ ﺍﻟﺸﺪﺓ ﺍﻟﻤﻄﻠﻘﺔ ﻟﻠﻤﺴﺎﺑﻴﺮ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ‬
‫ﻋﻨﻬﺎﺑﻄﺮﻳﻘﺔ ﺧﺎﺻﺔ ﺑﺎﻟﺨﺼﻴﺔ‪.‬‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺗﻔﺎﺿﻠﻴﺎً )‪ (DEGs‬ﻭﻓﻘﺎً ﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮ‬
‫ﻭﻭﺳﺎﺉﻂﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ‬
‫ﺗﺘﺴﺒﺐﺍﻟﻤﺮﺍﺣﻞ ﺍﻟﻤﺨﺘﻠﻔﺔ ﻟﻨﻤﻮ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﻭﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻭﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ‬
‫ﺍﻟﻤﺨﺘﻠﻔﺔﻓﻲ ﺣﺪﻭﺙ ﺗﻐﻴﻴﺮﺍﺕ ﺟﺬﺭﻳﺔ ﻓﻲ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ ﻋﻠﻰ ﻣﺴﺘﻮﻯ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﻭﻗﺪ ﺗﻢ ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻣﻬﺎ ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎﻕ ﻭﺍﺳﻊ ﻛﻈﺮﻭﻑ ﺍﺳﺘﺰﺭﺍﻉ ﻟﺘﺤﺪﻳﺪ‬
‫ﻫﻴﺎﻛﻞﺍﻟﻨﺴﺦ ﻟﻠﻜﺎﺉﻨﺎﺕ ﺍﻟﺤﻴﺔ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ ﺍﻟﻤﺘﻨﻮﻋﺔ )‪ .(41,40,29‬ﻟﻔﻬﻢ‬
‫ﺍﻟﺘﺄﺛﻴﺮﺍﻟﻮﺍﺿﺢ ﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮ ﻭﻭﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ ﻋﻠﻰ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ‪ ،‬ﺣﺪﺩﻧﺎ‬
‫‪ DEGs‬ﻓﻲ ﻛﻞ ﻣﺮﺣﻠﺔ ﻧﻤﻮ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻟﺰﻭﺟﻴﺔ ﻟﻠﻨﺴﺦ ﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺘﻴﻦﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ ﻭﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﻲ ﻛﻞ ﻭﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﺜﻘﺎﻓﺔ )‪ 5.0‬ﻣﻘﺎﺑﻞ ‪1.54‬‬
‫ﻓﻲ‪600OD‬ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻞ ﺍﻹﻋﻼﻡ ‪LB‬؛ ‪ 14‬ﻣﻘﺎﺑﻞ ‪ 1.5‬ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ﺍﻟﺮﻧﻴﻦ‬
‫ﺍﻟﻤﻐﻨﺎﻃﻴﺴﻲ(‪ .‬ﺗﻌﺮﺿﺖ ‪ ORFs‬ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﻓﻲ ﺣﺎﻟﺔ ﺛﻘﺎﻓﺔ ﻭﺍﺣﺪﺓ ﻋﻠﻰ‬
‫ﺍﻷﻗﻞﻟﺘﺤﻠﻴﻼﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺗﻔﺎﺿﻠﻴﺎً )‪ (DEGs‬ﻭ ‪) COGs‬‬
‫ﺍﻟﺠﺪﻭﻝﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻲ ‪ .(S7‬ﺗﻈﻬﺮ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﺧﺘﻼﻓﺎﺕ ﺧﺎﺻﺔ ﺑﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮ )‬
‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ‪/‬ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ LB‬ﺃﻭ ‪ (MR‬ﻓﻲ ﻣﺴﺘﻮﻳﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ≤‪ -2‬ﺃﻭ≤ﺗﻢ ﺍﻋﺘﺒﺎﺭ ‪ 0.5‬ﺃﺿﻌﺎﻑ ‪.DEGs‬‬
‫ﺗﻮﺯﻳﻊﺍﻟﻔﺉﺎﺕ ﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻴﺔ ﻟـ ‪ (23) COG‬ﺗﻤﺖ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ‬
‫ﻋﻨﻬﺎﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ LB‬ﺍﻟﻤﻌﻘﺪﺓ ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻣﻦ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ MR‬ﻭﻛﻼ‬
‫ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ)ﺍﻟﺸﻜﻞ ‪ 1‬ﺃ(‪ .(4.‬ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ‬
‫ﻓﻲﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻓﺎﻕ ﻋﺪﺩﻫﺎ ﺗﻠﻚ ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ‪.‬‬
‫ﺧﻼﻝﻣﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮ ﺍﻷﺳﻲ‪،‬‬
 ‫‪5292‬ﺃﺑﺤﺎﺙ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪9‬‬

‫‪1600‬‬

‫‪1355‬‬ ‫‪1400‬‬
‫ﻧﻘﻞﺍﻷﻳﻮﻧﺎﺕ ﻏﻴﺮ ﺍﻟﻌﻀﻮﻳﺔ ﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ‬ ‫‪1300‬‬
‫ﻧﻘﻞﺍﻟﺪﻫﻮﻥ ﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ‬
‫ﻧﻘﻞﺍﻹﻧﺰﻳﻢ ﺍﻟﻤﺴﺎﻋﺪ ﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﻧﻘﻞ‬ ‫‪1200‬‬
‫ﺍﻟﻜﺮﺑﻮﻫﻴﺪﺭﺍﺕﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﻧﻘﻞ‬
‫‪1010‬‬
‫ﺍﻟﻨﻮﻛﻠﻴﻮﺗﻴﺪﺍﺕﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﻧﻘﻞ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ‬ ‫‪1000‬‬
‫ﺍﻷﻣﻴﻨﻴﺔﻭﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﺇﻧﺘﺎﺝ ﺍﻟﻄﺎﻗﺔ ﻭﺗﺤﻮﻳﻠﻬﺎ‬ ‫‪903‬‬
‫ﺍﻟﺘﻜﺮﺍﺭﻭﺇﻋﺎﺩﺓ ﺍﻟﺘﺮﻛﻴﺐ ﻭﺍﻹﺻﻼﺡ ﺍﻟﻨﺴﺦ‬
‫‪800‬‬

‫‪617‬‬
‫ﺁﻟﻴﺎﺕﺍﻟﺪﻓﺎﻉ ﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ ﻭﺍﻟﺒﻨﻴﺔ ﺍﻟﺮﻳﺒﻮﺳﻮﻣﻴﺔ ﻭﺍﻟﺘﻜﻮﻳﻦ ﺍﻟﺤﻴﻮﻱ‬ ‫‪600‬‬
‫‪503‬‬
‫ﺁﻟﻴﺎﺕﺍﻻﺗﺠﺎﺭ ﻭﺍﻹﻓﺮﺍﺯ ﻭﻧﻘﻞ ﺍﻹﺷﺎﺭﺓ ﺩﺍﺧﻞ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ‬
‫‪400‬‬
‫ﺗﻌﺪﻳﻞﻣﺎ ﺑﻌﺪ ﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ‪ ،‬ﺩﻭﺭﺍﻥ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﻭﺣﺮﻛﻴﺔ ﺍﻟﺨﻠﻴﺔ‬

‫‪200‬‬
‫ﺍﻟﺘﻮﻟﺪﺍﻟﺤﻴﻮﻱ ﻟﺠﺪﺍﺭ ﺍﻟﺨﻠﻴﺔ‪/‬ﺍﻟﻐﺸﺎء‪/‬ﺍﻟﻤﻐﻠﻒ ﻳﺘﻤﻴﺰ ﺑﺸﻜﻞ‬
‫ﺳﻲء‪،‬ﻏﻴﺮ ﺫﻟﻚ‪/‬ﺑﺪﻭﻥ ﺗﻌﻠﻴﻖ ﺗﻮﺿﻴﺤﻲ ﻟـ ‪COG‬‬
‫‪0‬‬
‫ﺍﻟﺴﻴﺪ‬ ‫ﺭﻃﻞ ﺷﺎﺉﻊ‬ ‫ﺍﻟﺴﻴﺪ‬ ‫ﺭﻃﻞ ﺷﺎﺉﻊ‬

‫ﻋﺎﻟﻴﺔﻋﻨﺪ‬ ‫ﻋﺎﻟﻴﺔﻋﻨﺪ‬
‫ﻣﺮﺣﻠﺔﺛﺎﺑﺘﺔ‬ ‫ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔﺍﻷﺳﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﺸﻜﻞ‪.4‬ﺍﻹﺛﺮﺍء ﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻲ ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﻌﺒﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺗﻔﺎﺿﻠﻴﺎً ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺮﺍﺣﻞ ﺍﻷﺳﻴﺔ ﻭﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ ﻓﻲ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ LB‬ﺍﻟﻤﻌﻘﺪﺓ ﻭﺍﻟﺤﺪ ﺍﻷﺩﻧﻰ ﻣﻦ ﻭﺳﺎﺉﻂ ‪ .MR‬ﺗﻢ ﺗﺼﻨﻴﻒ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ‬
‫ﺑﺸﻜﻞﻛﺒﻴﺮ ﻓﻲ ‪ LB‬ﻭ ‪ MR‬ﻭﻛﻼ ﺍﻟﻮﺳﺎﺉﻂ ﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ﻣﺠﻤﻮﻋﺎﺕ ﻣﻦ ﺍﻟﻤﺠﻤﻮﻋﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻌﺎﻣﺪﺓ )‪ .(COGs‬ﺍﻷﺷﺮﻃﺔ ﺍﻟﻤﺠﻤﻌﺔ ﺍﻟﻴﺴﺮﻯ ﻣﺨﺼﺼﺔ ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﺘﻲ ﻳﺘﻢ ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻨﻬﺎ ﺑﺸﻜﻞ ﻛﺒﻴﺮ ﻓﻲ‬
‫ﻣﺮﺣﻠﺔﺍﻟﻨﻤﻮ ﺍﻷﺳﻲ‪ ،‬ﻭﺍﻟﻴﻤﻴﻦ ﻟﺘﻠﻚ ﺍﻟﻤﻮﺟﻮﺩﺓ ﻓﻲ ﺍﻟﻤﺮﺣﻠﺔ ﺍﻟﺜﺎﺑﺘﺔ‪.‬‬

‫ﺍﻟﺘﻤﻮﻳﻞ‬ ‫ﻭﺳﻼﻟﺔ‪ K-12 MG1655‬ﺫﺍﺕ ﺍﻟﺼﻠﺔ ﺍﻟﻮﺛﻴﻘﺔ ﻟﺘﻮﻓﻴﺮ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺩﻗﻴﻘﺔ‬
‫ﻭﻣﻌﺎﺻﺮﺓﻟﻞﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ (‪ .BL21 )DE3‬ﺣﺪﺩﺕ ﺩﺭﺍﺳﺘﻨﺎ‬
‫ﻣﺆﺳﺴﺔﺍﻟﺒﺤﻮﺙ ﺍﻟﻮﻃﻨﻴﺔ ﺍﻟﻜﻮﺭﻳﺔ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺑﺮﻧﺎﻣﺞ ﺗﻄﻮﻳﺮ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ‬
‫ﺃﻳﻀﺎًﻷﻭﻝ ﻣﺮﺓ ﺑﻨﻴﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻟـ (‪ ،BL21 )DE3‬ﻣﻤﺎ ﻳﺴﻤﺢ ﺑﺘﺤﻠﻴﻞ ﻋﺎﻟﻲ‬
‫ﻟﺤﻞﺗﻐﻴﺮﺍﺕ ﺍﻟﻤﻨﺎﺥ ﻓﻲ ﻫﻨﺪﺳﺔ ﺍﻟﺘﻤﺜﻴﻞ ﺍﻟﻐﺬﺍﺉﻲ ﻟﻸﻧﻈﻤﺔ ﻟﻠﻤﺼﺎﻓﻲ‬
‫ﺍﻟﺪﻗﺔﻟـ ‪ TUs‬ﻋﻠﻰ ﻣﻘﻴﺎﺱ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﺬﻱ ﻳﻮﻓﺮ ﺩﻟﻴﻼً ﺗﺠﺮﻳﺒﻴﺎً ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ‬
‫ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ]‪ 2012M1A2A2026559‬ﺇﻟﻰ ‪، 2012M1A2A2026556‬‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ‪.‬ﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻵﻟﻲ ﺍﻟﻤﺘﻜﺎﻣﻞ ﻭﺍﻟﻤﻌﺎﻟﺠﺔ ﺍﻟﻴﺪﻭﻳﺔ ﺍﻟﻼﺣﻘﺔ‪،‬‬
‫‪ SHY‬ﺇﻟﻰ ‪[SYL‬؛ ﻭﺯﺍﺭﺓ ﺍﻟﺰﺭﺍﻋﺔ ﻭﺍﻷﻏﺬﻳﺔ ﻭﺍﻟﺸﺆﻭﻥ ﺍﻟﺮﻳﻔﻴﺔ ﻣﻦ ﺧﻼﻝ‬
‫ﻗﻤﻨﺎﺑﺘﺤﺪﻳﺚ ‪ 660‬ﺍﺳﻤﺎً ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﻭﻣﻌﻈﻢ ﺃﻭﺻﺎﻑ ﻣﻨﺘﺠﺎﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ‬
‫ﺍﻟﻤﺒﺎﺩﺭﺓﺍﻻﺳﺘﺮﺍﺗﻴﺠﻴﺔ ﻟﻠﻤﻴﻜﺮﻭﺑﺎﺕ ﻓﻲ ﺍﻟﺰﺭﺍﻋﺔ ﻭﺍﻷﻏﺬﻳﺔ ]‪2-916006‬‬
‫ﻭﻗﻤﻨﺎﺑﺘﺼﺤﻴﺢ ‪ TISs‬ﻟـ ‪ 88‬ﺟﻴﻨﺎً‪ .‬ﺍﻷﻫﻢ ﻣﻦ ﺫﻟﻚ‪ ،‬ﺃﻧﻪ ﺗﻢ ﺗﺤﺪﻳﺪ ‪37‬‬
‫ﺇﻟﻰ‪ .[SHY‬ﺗﻤﻮﻳﻞ ﺭﺳﻮﻡ ﺍﻟﻮﺻﻮﻝ ﺍﻟﻤﻔﺘﻮﺡ‪ :‬ﻣﺆﺳﺴﺔ ﺍﻟﺒﺤﻮﺙ ﺍﻟﻮﻃﻨﻴﺔ‬
‫‪ ORFs‬ﺟﺪﻳﺪﺓ ﻭ‪ RNA 66‬ﻏﻴﺮ ﻣﺸﻔﺮ‪ .‬ﺗﻢ ﺗﻘﺪﻳﻢ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻖ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻲ‬
‫ﺍﻟﻜﻮﺭﻳﺔ]‪.[2012M1A2A2026559‬‬
‫ﺍﻟﻤﺤﺪﺙﻓﻲ ﺟﺪﻭﻝ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ )ﺍﻟﺠﺪﺍﻭﻝ ﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻴﺔ ‪ S2‬ﻭ‪ (4‬ﻭﻣﻠﻒ ﻧﺼﻲ‬
‫ﺑﺘﻨﺴﻴﻖ‪ .GenBank‬ﻧﺘﺎﺉﺞ ﺩﺭﺍﺳﺔ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﻧﺴﺨﻪ ﺍﻟﺤﺪﻳﺜﺔ‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻴﻜﻮﻥ (‪ BL21)DE3‬ﺍﻟﻤﺬﻛﻮﺭ ﻫﻨﺎ ﺑﻤﺜﺎﺑﺔ ﻣﻮﺭﺩ ﺃﺳﺎﺳﻲ‬
‫ﺑﻴﺎﻥﺗﻀﺎﺭﺏ ﺍﻟﻤﺼﺎﻟﺢ‪.‬ﻟﻢ ﻳﻌﻠﻦ ﺃﻱ ﺷﻲء‪.‬‬
‫ﻟﻨﻤﺬﺟﺔﺍﻷﻧﻈﻤﺔ ﻭﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲ ﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻲ‪ ،‬ﻭﺳﻴﻜﻮﻥ ﻣﻔﻴﺪﺍً ﻟﺰﻳﺎﺩﺓ‬
‫ﺗﺤﺴﻴﻦﺃﺩﺍء ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺴﻼﻟﺔ ﻟﻠﺘﻄﺒﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺼﻨﺎﻋﻴﺔ‪ .‬ﺃﺧﻴﺮﺍً ﻭﻟﻴﺲ ﺁﺧﺮﺍً‪،‬‬
‫ﻣﺮﺍﺟﻊ‬ ‫ﻳﻤﻜﻦﺗﻄﺒﻴﻖ ﺍﺳﺘﺮﺍﺗﻴﺠﻴﺔ ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺍﻟﺸﺮﺡ ﺍﻟﻮﺍﺭﺩﺓ ﻓﻲ ﻫﺬﻩ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ ﺑﺸﻜﻞ‬
‫‪.1‬ﺷﺘﺎﻳﻦ‪ ،‬ﻝ‪ (2001) .‬ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪ :‬ﻣﻦ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻞ ﺇﻟﻰ ﻋﻠﻢ ﺍﻷﺣﻴﺎء‪.‬ﻧﺎﺕ‪ .‬ﺍﻟﻘﺲ‬ ‫ﻋﺎﻡﻋﻠﻰ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﺴﻠﺴﻠﺔ ﺍﻷﺧﺮﻯ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﺮﺟﻌﻴﺔ‬
‫ﺟﻴﻨﻴﻪ‪.493-503 ،2,.‬‬ ‫ﺍﻟﻤﺸﺮﻭﺣﺔﺟﻴﺪﺍً‪.‬‬
‫‪.2‬ﺭﻳﺪ‪ ،‬ﺟﻲ ﺇﻝ‪ ،‬ﻓﺎﻣﻴﻠﻲ‪ ،‬ﺁﻱ‪ ،‬ﺛﻴﻞ‪ ،‬ﺁﻱ‪ .‬ﻭ (‪ Palsson,BO )2006‬ﻧﺤﻮ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬
‫ﻣﺘﻌﺪﺩﺍﻷﺑﻌﺎﺩ‪.‬ﻧﺎﺕ‪ .‬ﺍﻟﻘﺲ ﺟﻴﻨﻴﻪ‪.130-141 ،7,.‬‬
‫‪.‬ﺷﺮﺡ)ﺇﻋﺎﺩﺓ( ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﺧﻄﻮﻁ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﻣﻔﺘﻮﺣﺔ ﺍﻟﻤﺼﺪﺭ (‪Hijum,SA )2010‬‬
‫ﺭﻗﻢﺍﻟﻤﻜﺎﻥ‬

‫‪3. Siezen,RJ and van‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺏ‪ .‬ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪.362-369 ،3,.‬‬

‫‪.4‬ﻣﺎﺭﻛﻮﻳﺘﺰ‪ ،‬ﻓﻲ ﺇﻡ‪ ،‬ﺗﺸﻦ‪ ،‬ﺁﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﺑﺎﻻﻧﻴﺎﺑﺎﻥ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﺗﺸﻮ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﺳﺰﻳﺘﻮ‪ ،‬ﺇﻱ‪ ،.‬ﺑﻴﻼﻱ‪ ،‬ﺇﻡ‪،‬‬
‫ﺭﺍﺗﻨﺮ‪،‬ﺇﻳﻪ‪ ،‬ﻫﻮﺍﻧﻎ‪ ،‬ﺟﻴﻪ‪ ،‬ﻭﻭﻳﻜﻲ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﻫﻨﺘﻤﺎﻥ‪ ،‬ﺇﻡ‪.‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2014) .‬ﻧﺴﺨﺔ ‪IMG 4‬‬
‫ﻣﻦﻧﻈﺎﻡ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻥ ﻟﻠﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﻴﻜﺮﻭﺑﻴﺔ ﺍﻟﻤﺘﻜﺎﻣﻠﺔ‪.‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ‬
‫ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪، D560-D567.42,.‬‬
‫ﺗﺤﺪﻳﺪﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻓﻲ ﺟﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﻌﺘﺎﺉﻖ ﺷﺪﻳﺪﺓ ﺍﻟﺤﺮﺍﺭﺓ (‪Jr and Adams,MW )2005‬‬ ‫ﺃﺭﻗﺎﻡﺍﻻﻧﻀﻤﺎﻡ‬
‫‪2nd, Gerwe,BA, Hopkins,RC, Schut,GJ, Weinberg,MV, Jenney,FE‬‬
‫‪5. Poole,FL‬ﺑﻴﺮﻭﻛﻮﻛﻮﺱ ﻓﻮﺭﻳﻮﺳﻮﺱ‪ :‬ﺍﻵﺛﺎﺭ ﺍﻟﻤﺘﺮﺗﺒﺔ ﻋﻠﻰ ﺟﻤﻴﻊ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ‬ ‫ﺗﻢﺇﻳﺪﺍﻉ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺻﻔﻴﻒ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﻓﻲ ﻗﺎﻋﺪﺓ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ‪Omnibus‬‬
‫ﺍﻟﻤﻴﻜﺮﻭﺑﻴﺔ‪.‬ﺟﻴﻪ ﺑﻜﺘﻴﺮﻳﺎ‪.7325-7332 ،187,.‬‬ ‫‪ Gene Expression‬ﺗﺤﺖ ﺍﻹﺩﺧﺎﻝ ‪ .GSE93565‬ﺃﺣﺪﺙ ﺷﺮﺡ ﻝ‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻢ ﺇﻳﺪﺍﻉ ﺟﻴﻨﻮﻡ (‪ BL21 )DE3‬ﻓﻲ ‪ Gen-Bank‬ﻟﺘﺤﺪﻳﺚ‬
‫‪.6‬ﻳﻮﻥ‪ ،‬ﺇﺱ ﺇﺗﺶ‪ ،‬ﺟﻴﻮﻧﺞ‪ ،‬ﺇﺗﺶ‪ ،‬ﻛﻮﻭﻥ‪ ،‬ﺇﺱ‪-.‬ﻙ‪ .‬ﻭ (‪ Kim,JF )2009‬ﻋﻠﻢ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‬ ‫‪.CP001509.3‬‬
‫ﻭﺍﻟﺴﻤﺎﺕﺍﻟﺒﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺔ ﻭﺗﻄﺒﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺏ‪' :‬ﻫﻞ‬
‫ﺏﻟﻸﻓﻀﻞ؟!'‪ .‬ﻓﻲ‪ :‬ﻟﻲ‪ ،‬ﺳﻲ )ﻣﺤﺮﺭ(‪.‬ﺑﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﻨﻈﻢ ﻭﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﺳﺒﺮﻳﻨﻐﺮ‪ ،‬ﺑﺮﻟﻴﻦ‪ ،‬ﺹ ‪.17-1‬‬ ‫ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻴﺔ‬
‫‪Riley,M., Abe,T., Arnaud,MB, Berlyn,MK, Blattner,FR, Chaudhuri,RR, Glasner,JD, Horiuchi,T., Keseler,IM, Kosuge,T.‬‬
‫‪7.‬‬ ‫ﺍﻟﺒﻴﺎﻧﺎﺕﺍﻟﺘﻜﻤﻴﻠﻴﺔ ﻣﺘﺎﺣﺔ ﻋﻠﻰ ‪.NAR Online‬‬
 ‫ﺃﺑﺤﺎﺙﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،2017 ،‬ﺍﻟﻤﺠﻠﺪ‪ ،45 .‬ﺭﻗﻢ ‪52939‬‬

‫‪.26‬ﺳﻴﺰﻭﻧﻮﻑ‪ ،‬ﺝ‪ ،.‬ﺟﻮﺳﻴﻠﻮ ﺑﻴﺘﻲ‪ ،‬ﺩ‪ .‬ﻭ ﺩﺍﺭﻱ‪R. )2007( ،‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ ﻋﻠﻢ‬ ‫ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪(2006).‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻟﻘﻄﺔ ﺗﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺗﻢ ﺗﻄﻮﻳﺮﻫﺎ ﺑﺸﻜﻞ‬
‫ﻭﻇﺎﺉﻒﺍﻷﻋﻀﺎء ﻓﻲ ﻣﺮﻕ ﻟﻮﺭﻳﺎ ﺑﻴﺮﺗﺎﻧﻲ‪.‬ﺟﻴﻪ ﺑﻜﺘﻴﺮﻳﺎ‪.8746-8749 ،189,.‬‬ ‫ﺗﻌﺎﻭﻧﻲ– ‪K-12: 2005‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪.1-9 ،34,.‬‬
‫‪.27‬ﻛﻮﻝ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﺗﺮﻭﻧﺞ‪ ،‬ﻑ‪ ،.‬ﺑﺎﺭﻭﻥ‪ ،‬ﺩ‪ .‬ﻭ ﻣﺎﻛﺠﺎﻝ‪ G. )2004( ،‬ﻳﺴﻤﺢ ﻭﺿﻊ ﺍﻟﻌﻼﻣﺎﺕ ﺍﻟﻤﺒﺎﺷﺮﺓ‬ ‫‪.8‬ﻫﺎﻳﺎﺷﻲ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﻣﻮﺭﻭﻛﺎ‪ ،‬ﺇﻥ‪ ،.‬ﻳﺎﻣﺎﻣﻮﺗﻮ‪ ،‬ﻭﺍﻱ‪ ،.‬ﻓﻮﺟﻴﺘﺎ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﺇﻳﺴﻮﻧﻮ‪ ،‬ﻙ‪ ،.‬ﺗﺸﻮﻱ‪،‬‬
‫ﻟﻠﺤﻤﺾﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﻣﻊ ﺍﻟﺒﻴﻮﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻌﺪﺩﺓ ﺑﺎﻟﺘﻮﺻﻴﻒ ﺍﻟﺤﺴﺎﺱ ﻟﻠﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ‬ ‫ﺇﺱ‪،.‬ﺃﻭﺗﺴﻮﺑﻮ‪ ،‬ﺇﻱ‪ ،.‬ﺑﺎﺑﺎ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﻭﺍﻧﺮ‪ ،‬ﺑﻲ ﺇﻝ‪ ،‬ﻣﻮﺭﻱ‪ ،‬ﺇﺗﺶ‪.‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2006).‬ﺗﺴﻠﺴﻞ‬
‫ﺟﻴﻨﺎﺕﺍﻟﺘﻨﺒﺆ ﺑﻔﺉﺔ ﺳﺮﻃﺎﻥ ﺍﻟﺪﻡ ﺍﻟﺤﺎﺩ‪.‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪ ،32,.‬ﻩ‪.86‬‬ ‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﺪﻗﺔ ﻟـﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻻﺕ ‪ K-12 MG1655‬ﻭ‪.W3110‬‬
‫‪.28‬ﻳﻮ‪ ،‬ﺩﺑﻠﻴﻮ ﺇﺗﺶ‪ ،‬ﻫﻮﻓﻴﻚ‪ ،‬ﺇﺗﺶ‪ ،‬ﺃﻭﻟﺴﻦ‪ ،‬ﺁﻱ‪ .‬ﻭ ﺗﺸﻦ‪ T. )2011( ،‬ﺍﻟﺘﻨﻤﻴﻂ ﺍﻟﻨﺴﺨﻲ ﺍﻟﺨﺎﺹ‬ ‫ﻣﻮﻝ‪.‬ﺍﻟﻨﻈﺎﻡ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪2,.‬ﺩﻭﻯ‪msb4100049./10.1038:‬‬
‫ﺑﺎﻟﺴﻠﺴﻠﺔﻣﻊ ﺍﻟﺤﻤﺾ ﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﺍﻟﻤﺴﻤﻰ ﻣﺒﺎﺷﺮﺓ ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺎﺕ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ‬ ‫‪.9‬ﻛﻴﺴﻴﻠﺮ‪ ،‬ﺁﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﻣﺎﻛﻲ‪ ،‬ﺃ‪ ،.‬ﺑﻴﺮﺍﻟﺘﺎ‪-‬ﺟﻴﻞ‪ ،‬ﺇﻡ‪ ،‬ﺳﺎﻧﺘﻮﺱ‪-‬ﺯﺍﻓﺎﻟﻴﺘﺎ‪ ،‬ﺃ‪ ،.‬ﺟﺎﻣﺎ‪-‬ﻛﺎﺳﺘﺮﻭ‪ ،‬ﺇﺱ‪،‬‬
‫ﻟﻠﺘﺒﻠﻴﻂﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﻲ‪.‬ﺑﻲ ﺇﻡ ﺳﻲ ﻣﻮﻝ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪.3 ،12,.‬‬ ‫ﺑﻮﻧﺎﻓﻴﺪﺱ‪-‬ﻣﺎﺭﺗﻴﻨﻴﺰ‪ ،‬ﺳﻲ‪ ،‬ﻓﻮﻟﺸﺮ‪ ،‬ﺳﻲ‪ ،‬ﻫﻮﻳﺮﺗﺎ‪ ،‬ﺇﻳﻪ ﺇﻡ‪ ،‬ﻛﻮﺛﺎﺭﻱ‪ ،‬ﺃ‪ ،.‬ﻛﺮﻭﻣﻴﻨﺎﻛﺮ‪ ،‬ﻡ‪.‬‬
‫‪,AL‬ﻣﻴﻨﻮﻥ‬ ‫ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪.).‬ﺩﻣﺞ ﻗﻮﺍﻋﺪ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺍﻟﻜﺎﺉﻨﺎﺕ ﺍﻟﺤﻴﺔ ﺍﻟﻨﻤﻮﺫﺟﻴﺔ ﻣﻊ ﺑﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻷﻧﻈﻤﺔ‬
‫‪Reiss,DJ, Bare,JC, Tenenbaum,D., Pan,M., Slagel,J., Moritz,RL, Lim,S., Hackett,M.,‬‬ ‫‪2013( EcoCyc:‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪، D605-D612.41,.‬‬
‫‪29.‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2011).‬ﺍﻟﺘﻄﻮﺭ ﺍﻟﻤﻮﺍﺯﻱ ﻟﻬﻨﺪﺳﺔ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﺃﺛﻨﺎء ﺇﻋﺎﺩﺓ ﺗﻨﻈﻴﻢ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.‬ﺩﻗﺔ‬
‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.1892-1904 ،21,.‬‬
‫‪، TM، Bao، W.، Fang، H.، Kawasaki، ES، Hager، Jeong,H.,‬‬ ‫‪ ،Barbe,V.,‬ﻟﻮﺑﻨﻬﻮﻓﺮ‪J ،‬‬
‫ﺑﺎﺗﺮﺳﻮﻥ‪TA ،‬‬‫‪.30‬‬
‫‪Lee,CH,‬‬ ‫‪Vallenet,D., Yu,DS, Choi,SH, Couloux,A., Lee,SW, Yoon,SH, Cattolico,L.‬‬
‫‪،.EK، Fulmer-Smentek، SB، Collins، PJ، Chu‬‬ ‫‪10.‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2009).‬ﺗﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻻﺕ ‪ B REL606‬ﻭ‬
‫ﺗﻴﺨﻮﻧﻮﻓﺎ‪،‬ﺁﻱ ﺁﺭﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2006).‬ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺃﺩﺍء ﺍﻷﻧﻈﻤﺔ ﺍﻷﺳﺎﺳﻴﺔ ﺫﺍﺕ ﺍﻟﻠﻮﻥ ﺍﻟﻮﺍﺣﺪ‬ ‫(‪.BL21 )DE3‬ﺟﻴﻪ ﻣﻮﻝ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪.644-652 ،394,.‬‬
‫ﻭﺍﻟﻠﻮﻧﻴﻦﺿﻤﻦ ﻣﺸﺮﻭﻉ ﻣﺮﺍﻗﺒﺔ ﺍﻟﺠﻮﺩﺓ (‪.MicroArray )MAQC‬ﻧﺎﺕ‪ .‬ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ‬ ‫‪.11‬ﺩﻳﺠﻠﻴﻦ‪ ،.P ،‬ﺳﺘﻮﺩﻳﻴﺮ‪ .FW، Lenski، RE، Cure، S ،‬ﻭ (‪ Kim,JF )2009‬ﺗﺘﺒﻊ‬
‫ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪.1140-1150 ،24,.‬‬ ‫ﺃﺳﻼﻑﻭﺃﻗﺎﺭﺏﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪BL21)DE3(.‬ﻭ ‪ B REL606‬ﻭﺍﺷﺘﻘﺎﻕ ﺳﻼﻻﺕ ‪،‬‬
‫‪.31‬ﻓﺎﻧﺪﺭﺑﻮﻝ‪ ،‬ﺳﻲ ﻛﻴﻪ ﻭﺟﻮﺗﺴﻤﺎﻥ‪ ،‬ﺇﺱ‪ (2004) .‬ﺇﺷﺮﺍﻙ ﺍﻟﻤﻨﺸﻂ ﺍﻟﻨﺴﺨﻲ ﺍﻟﺠﺪﻳﺪ‬ ‫‪B‬ﺟﻴﻪ ﻣﻮﻝ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪.634-643 ،394,.‬‬
‫ﻭﺍﻟﺤﻤﺾﺍﻟﻨﻮﻭﻱ ﺍﻟﺮﻳﺒﻲ )‪ (RNA‬ﺍﻟﺼﻐﻴﺮ ﻓﻲ ﺗﻨﻈﻴﻢ ﻣﺎ ﺑﻌﺪ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻟﻨﻈﺎﻡ ﻧﻘﻞ‬
‫ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯﻓﺴﻔﻮﻳﻨﻮﻝ ﺑﻴﺮﻭﻓﺎﺕ ﺍﻟﻔﻮﺳﻔﻮﺗﻔﻴﺮﺍﺯ‪.‬ﻣﻮﻝ‪ .‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺑﻴﻮﻝ‪.1076-1089 ،54,.‬‬ ‫ﺍﻟﻤﺘﻌﺪﺩﺓﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﺗﺤﻠﻴﻞ ‪ omics‬ﺃﻧﻈﻤﺔ (‪and Kim,JF )2012‬‬
‫‪Yoon,SH, Han,MJ, Jeong,H., Lee,CH, Xia,XX, Lee,DH, Shim,JH, Lee,SY, Oh,TK‬‬
‫‪.32‬ﻧﻴﺠﺮﻳﺖ‪ ،‬ﺃ‪ ،.‬ﺇﻥ ﺟﻲ‪ ،‬ﻭﻳﺴﻜﻮﻧﺴﻦ‪ ،‬ﻭﺷﻴﻠﻮﺍﺗﺶ‪ ،‬ﺝ‪ (2010) .‬ﺗﻨﻈﻴﻢ ﺍﻣﺘﺼﺎﺹ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ ﻓﻲ‬ ‫‪12.‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺳﻼﻻﺕ ‪ B‬ﻭ‪ .K-12‬ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﻴﻮﻝ‪ ،13,.‬ﺹ‪.37‬‬
‫ﺑﻜﺘﺮﻳﺎﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺑﻮﺍﺳﻄﺔ ‪ RNA SgrS‬ﺍﻟﺼﻐﻴﺮ‪ :‬ﺗﺤﻠﻴﻞ ﻣﻘﺎﺭﻥ ﻟـﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻭ (‪MG1655‬ﻭ‬
‫‪K-12 )JM109‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺏ )‪.(BL21‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺏ‪ .‬ﺣﻘﻴﻘﺔ ﺍﻟﺨﻠﻴﺔ‪.75 ،9,.‬‬ ‫ﺗﻄﻮﺭﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻭﺍﻟﺘﻜﻴﻒ ﻓﻲ ﺗﺠﺮﺑﺔ ﻃﻮﻳﻠﺔ ﺍﻷﻣﺪ ﻣﻊ (‪and Kim,JF )2009‬‬
‫‪.33‬ﻛﺎﻭﺍﻧﻮ‪ ،‬ﺇﻡ‪ ،‬ﺃﻭﺷﻴﻤﺎ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﻛﺎﺳﺎﻱ‪ ،‬ﺇﺗﺶ‪ .‬ﻭ ﻣﻮﺭﻱ‪ H. )2002( ،‬ﺍﻟﺘﻮﺻﻴﻒ ﺍﻟﺠﺰﻳﺉﻲ‬ ‫‪Barrick,JE, Yu,DS, Yoon,SH, Jeong,H., Oh,TK, Schneider,D., Lenski,RE‬‬
‫ﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕﺍﻟﺘﻜﺮﺍﺭ ﺍﻟﻤﺒﺎﺷﺮ ﺍﻟﻄﻮﻳﻞ )‪ (LDR‬ﺍﻟﺘﻲ ﺗﻌﺒﺮ ﻋﻦ ﺗﺮﻣﻴﺰ ‪ mRNA‬ﺍﻟﻤﺴﺘﻘﺮ‬ ‫‪13.‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻃﺒﻴﻌﺔ‪.1243-1247 ،461,‬‬
‫ﻟﺒﺒﺘﻴﺪﻗﺘﻞ ﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﺍﻟﻤﻜﻮﻥ ﻣﻦ ‪ 35‬ﺣﻤﻀﺎً ﺃﻣﻴﻨﻴﺎً ﻭ‪ RNA‬ﺍﻟﻤﻀﺎﺩ ﻟﻠﺤﺴﺎﺳﻴﺔ ﺍﻟﺼﻐﻴﺮ‬ ‫ﻋﻠﻢﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻥ ﻭﺍﻟﺘﻄﻮﺭ ﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻲ ﻟـ (‪and Kim,JF )2015‬‬
‫ﺍﻟﻤﺸﻔﺮﺑـ ‪ cis‬ﻓﻲﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻣﻮﻝ‪ .‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺑﻴﻮﻝ‪.333-349 ،45 ,.‬‬ ‫‪14. Kwon,SK, Kim,SK, Lee,DH‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺗﻜﺸﻒ ﺳﻼﻻﺕ‬
‫(‪ BL21 )DE3‬ﻋﻦ ﻣﺸﻬﺪ ﺍﻟﺴﻤﻴﺔ ﺍﻟﻨﺎﺗﺞ ﻋﻦ ﺍﻹﻓﺮﺍﻁ ﻓﻲ ﺇﻧﺘﺎﺝ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﺍﻟﻐﺸﺎﺉﻲ‪.‬‬
‫ﺍﻟﺨﻴﺎﻝﺍﻟﻌﻠﻤﻲ‪ .‬ﻣﻨﺪﻭﺏ‪.16076 ،5,.‬‬
‫‪an,L., He,J., Lanczycki,CJ, Lu,S., Chitsaz,F., Derbyshire,MK, Geer,RC, Gonzales,NR‬‬ ‫ﺗﺤﺪﻳﺪﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎﻕ ﻭﺍﺳﻊ ﻟﻠﺘﻮﻃﻴﻦ ﺍﻟﺘﺤﺖ ﺧﻠﻮﻱ ﻟـ ﺍﻝ (‪and Hur,CG )2011‬‬
‫‪34. Marchler-‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪./2017( CDD).‬ﺍﻟﺘﺼﻨﻴﻒ ﺍﻟﻮﻇﻴﻔﻲ ﻟﻠﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﻋﺒﺮ ﺑﻨﻴﺎﺕ‬ ‫‪15. Han,MJ, Yun,H., Lee,JW, Lee,YH, Lee,SY, Yoo,JS, Kim,JY, Kim,JF‬‬
‫ﻣﺠﺎﻝﺍﻟﻌﺎﺉﻠﺔ ﺍﻟﻔﺮﻋﻴﺔ ‪SPARCLE:‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪، D200-D203.45,.‬‬ ‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺑﺮﻭﺗﻴﻦ ﺏ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﻄﺮﻕ ﺍﻟﺘﺠﺮﻳﺒﻴﺔ ﻭﺍﻟﺤﺴﺎﺑﻴﺔ‪.‬ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﺎﺕ‪,‬‬
‫‪.35‬ﺍﺗﺤﺎﺩ ﻳﻮﻧﻴﺒﺮﻭﺕ‪ :UniProt (2015) .‬ﻣﺮﻛﺰ ﻟﻤﻌﻠﻮﻣﺎﺕ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ‪ .‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ‬ ‫‪.1213-1227 ،11‬‬
‫ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪، D204-D212.43,.‬‬
‫‪.36‬ﻓﻴﻮ‪ ،‬ﺟﻴﻪ ﺇﻥ‪ ،‬ﻧﻮﺭﻭﻧﻬﺎ‪ ،‬ﺇﺱ ﺑﻲ‪ ،‬ﻫﺎﺗﺎﺷﺎﺭﻳﺎ‪ ،‬ﺁﺭ‪ ،‬ﻭﻭﻟﻒ‪ ،‬ﺁﻳﻪ ﺟﻴﻪ ﻭﺷﻴﻠﻮﺍﺗﺶ‪ ،‬ﺟﻴﻪ‪) .‬‬ ‫‪.16‬ﻋﺰﻳﺰ‪ ،‬ﺁﺭ ﻛﻴﻪ‪ ،‬ﺑﺎﺭﺗﻠﺰ‪ ،‬ﺩﻱ‪ ،‬ﺑﻴﺴﺖ‪ ،‬ﺇﻳﻪ ﺇﻳﻪ‪ ،‬ﺩﻳﺠﻮﻧﻎ‪ ،‬ﺇﻡ‪ ،‬ﺩﻳﺴﺰ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﺇﺩﻭﺍﺭﺩﺯ‪ ،‬ﺁﺭ ﺇﻳﻪ‪،‬‬
‫‪ (2005‬ﺍﺳﺘﻘﻼﺏ ﺍﻟﺠﻠﻮﻛﻮﺯ ﻋﻨﺪ ﻧﻤﻮ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﻜﺜﺎﻓﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻓﺮﻗﺔﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‬ ‫ﻓﻮﺭﻣﺴﻤﺎ‪،‬ﻛﻴﻪ‪ ،‬ﺟﻴﺮﺩﻳﺲ‪ ،‬ﺇﺱ‪ ،‬ﺟﻼﺱ‪ ،‬ﺇﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﻛﻮﺑﺎﻝ‪ ،‬ﺇﻡ‪.‬ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2008) .‬ﺧﺎﺩﻡ‬
‫ﺍﻻﺧﺘﻼﻓﺎﺕﻓﻲ ﺍﻟﻤﺴﺎﺭﺍﺕ ﺍﻷﻳﻀﻴﺔ ﻫﻲ ﺍﻟﻤﺴﺆﻭﻟﺔ ﻋﻦ ﺍﻻﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻟﻔﻌﺎﻝ ﻟﻠﺠﻠﻮﻛﻮﺯ‬ ‫‪ :RAST‬ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔ ﺍﻟﺴﺮﻳﻌﺔ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺗﻘﻨﻴﺔ ﺍﻷﻧﻈﻤﺔ ﺍﻟﻔﺮﻋﻴﺔ‪.‬ﻋﻠﻢ‬
‫ﻓﻲﺍﻟﺠﺴﻢ ‪K:‬ﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻋﻠﻰ ﺍﻟﻨﺤﻮ ﺍﻟﺬﻱ ﺗﺤﺪﺩﻩ ﺍﻟﻤﺼﻔﻮﻓﺎﺕ ﺍﻟﺪﻗﻴﻘﺔ ﻭﺗﺤﻠﻴﻼﺕ‬ ‫ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.75 ،9,BMC‬‬
‫ﺍﻟﻠﻄﺨﺔﺍﻟﺸﻤﺎﻟﻴﺔ ‪B‬ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ .‬ﺑﻴﻮﻧﺞ‪.805-820 ،90,.‬‬ ‫‪ NCBI.‬ﺧﻂ ﺃﻧﺎﺑﻴﺐ ﺷﺮﺡ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﺪﺍﺉﻴﺎﺕ ﺍﻟﻨﻮﺍﺓ (‪، J. )2016‬ﻭ ﺃﻭﺳﺘﻴﻞ‬
‫‪Tatusova,T., DiCuccio,M., Badretdin,A., Chetvernin,V., Nawrocki,EP, Zaslavsky,L., Lomsadze,A., Pruitt,KD, Borodovsky,M.‬‬
‫‪.37‬ﺗﺸﻮﻧﻎ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﺭﻳﺴﻨﻴﻚ‪ ،‬ﺇﻱ‪ ،‬ﺳﺘﻴﻼﻧﺪ‪ ،‬ﺳﻲ‪ .‬ﻭ (‪ LaPorte، DC )1993‬ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻟﻨﺴﺒﻲ‬ ‫‪17.‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪.6614-6624 ،44,.‬‬
‫ﻟﻤﻨﺘﺠﺎﺕﺃﻭﺑﻮﻥ ﺗﺠﺎﻭﺯ ﺍﻟﺠﻠﻴﻮﻛﺴﻴﻼﺕ‪ :‬ﻣﺴﺎﻫﻤﺎﺕ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻭﺍﻟﺘﺮﺟﻤﺔ‪.‬ﺟﻴﻪ ﺑﻜﺘﻴﺮﻳﺎ‪175,.‬‬
‫‪.4572-4575،‬‬ ‫‪.‬ﻟﺘﻮﺟﻴﻪﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﺍﻻﻧﺘﻘﺎﺉﻲ ﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﻤﺴﺘﻮﻯ ﻟﻠﺠﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻤﺴﺘﻨﺴﺨﺔ ‪ T7 RNA‬ﺍﺳﺘﺨﺪﺍﻡ‬
‫‪.38‬ﻓﺮﺍﻧﺴﻴﺘﻚ‪ ،‬ﺃﻭ‪ ،.‬ﺑﻴﻠﻴﻦ‪ ،‬ﺩ‪ ،.‬ﺑﺎﺩﻭ‪ ،‬ﺳﻲ‪ .‬ﻭ (‪ Pugsley، AP )2000‬ﺍﻟﺘﻌﺒﻴﺮ ﻋﻦ ﻣﺴﺎﺭ‬ ‫ﺑﻠﻤﺮﺓﺍﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺎ (‪18. Studier,FW and Moffatt,BA )1986‬ﺟﻴﻪ ﻣﻮﻝ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪،189,.‬‬
‫ﺇﻓﺮﺍﺯﺍﻟﻨﻮﻉ ﺍﻟﺜﺎﻧﻲ ﺍﻟﺪﺍﺧﻠﻲ ﻓﻲﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﻳﺆﺩﻱ ﺇﻟﻰ ﺇﻓﺮﺍﺯ ﺍﻟﻜﻴﺘﻴﻨﺎﺯ‪.‬ﺇﻣﺒﻮ ﺝ‪19,.‬‬ ‫‪.113-130‬‬
‫‪.6697-6703،‬‬ ‫ﺍﻟﺠﻤﻊﺑﻴﻦ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻨﺴﺨﻲ ﻭﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻨﻲ ﻟـ (‪and Yoo,JS )2003‬‬
‫‪.39‬ﺳﺘﺮﻭﺯﻳﻦ‪ ،‬ﺗﻲ ﺟﻲ‪ ،‬ﻟﻲ‪ ،‬ﺟﻲ‪ .‬ﻭﻫﻮﺍﺭﺩ‪ (-SP )2012( YghG )GspS ،‬ﻫﻮ ﺑﺮﻭﺗﻴﻦ ﺗﺠﺮﻳﺒﻲ‬ ‫‪19. Yoon,SH, Han,MJ, Lee,SY, Jeong,KJ‬ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ ﺧﻼﻝ ﺛﻘﺎﻓﺔ‬
‫ﺟﺪﻳﺪﻣﻄﻠﻮﺏ ﻟﺘﻮﻃﻴﻦ ‪-GspS‬ﺍﻟﻨﻮﻉ ﺍﻟﺜﺎﻧﻲ ﻣﻦ ﺇﻓﺮﺍﺯ ﻧﻈﺎﻡ ﺇﻓﺮﺍﺯ ﺍﻟﺴﻤﻮﻡ ﺍﻟﻤﻌﻮﻳﺔ‬ ‫ﻛﺜﺎﻓﺔﺍﻟﺨﻼﻳﺎ ﺍﻟﻌﺎﻟﻴﺔ‪.‬ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪ .‬ﺑﻴﻮﻧﺞ‪.753-767 ،81,.‬‬
‫ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﺗﺼﻴﺐ‪ .‬ﻣﻨﺎﻋﺔ‪.2608-2622 ،80,.‬‬ ‫‪.‬ﺍﻟﻜﺸﻒﻋﻦ ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖ ﺍﻟﻨﺸﻄﺔ ﺑﺎﻟﻨﺴﺦ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺻﻔﺎﺉﻒ ﺍﻟﺘﺒﻠﻴﻂ ﺍﻟﺠﻴﻨﻲ (‪and Bussemaker,HJ )2006‬‬
‫‪20. Halasz,G., van Batenburg,MF, Perusse,J., Hua,S., Lu,XJ, White,KP‬ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺑﻴﻮﻝ‪،7,.‬‬
‫‪.40‬ﺭﺍﺳﻤﻮﺳﻦ‪ ،‬ﺇﺱ‪ ،‬ﻧﻴﻠﺴﻦ‪ ،‬ﺇﺗﺶ ﺑﻲ‪ ،‬ﻭﺟﺎﺭﻣﺮ‪ ،‬ﺇﺗﺶ‪ (2009) .‬ﺍﻟﻤﻨﺎﻃﻖ ﺍﻟﻨﺸﻄﺔ‬ ‫ﺭ‪.59‬‬
‫ﻧﺴﺨﻴﺎًﻓﻲ ﺟﻴﻨﻮﻡﺍﻟﻌﺼﻮﻳﺔ ﺍﻟﺮﻗﻴﻘﺔ‪ .‬ﻣﻮﻝ‪ .‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺑﻴﻮﻝ‪.1043-1057 ،73,.‬‬ ‫‪.21‬ﺗﺸﻮ‪ ،‬ﺑﻲ ﻛﻴﻪ‪ ،‬ﺯﻧﺠﻠﺮ‪ ،‬ﻛﻴﻪ‪ ،‬ﺗﺸﻴﻮ‪ ،‬ﻭﺍﻱ‪ ،‬ﺑﺎﺭﻙ‪ ،‬ﻳﺲ‪ ،‬ﻧﺎﻳﺖ‪ ،‬ﺇﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﺑﺎﺭﻳﺖ‪ ،‬ﺳﻲ ﺇﻝ‪،‬‬
‫ﺟﺎﻭ‪،‬ﻭﺍﻱ‪ .‬ﻭ (‪ Palsson,BO )2009‬ﺑﻨﻴﺔ ﻭﺣﺪﺓ ﺍﻟﻨﺴﺦ ﻓﻲﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.‬‬
‫‪.41‬ﺗﺠﺎﺩﻥ‪ ،‬ﺑﻲ‪ ،‬ﺳﺎﻛﺴﻴﻨﺎ‪ ،‬ﺁﺭ ﺇﻡ‪ ،‬ﺳﺘﻮﻟﻴﺎﺭ‪ ،‬ﺇﺱ‪ ،‬ﻫﺎﻳﻨﻮﺭ‪ ،‬ﺩﻱ ﺁﺭ‪ ،‬ﻛﻮﻟﻜﺮ‪ ،‬ﺇﻱ‪ .‬ﻭ ﺭﻭﺯﻧﺎﻭ‪،‬‬ ‫ﻧﺎﺕ‪.‬ﺍﻟﺘﻜﻨﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪.1043-1049 ،27,.‬‬
‫(‪ C. )2002‬ﺗﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﻨﺴﺦﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺻﻔﺎﺉﻒ ﻣﺴﺒﺎﺭ ﻗﻠﻴﻞ‬ ‫‪.22‬ﺑﺎﺭﻱ‪ ،‬ﺟﻲ ﺳﻲ‪ ،‬ﻛﻮﻳﺪﻱ‪ ،‬ﺗﻲ‪ ،‬ﺭﻳﺲ‪ ،‬ﺩﻱ ﺟﻲ‪ ،‬ﺗﻴﻨﻴﻨﺒﺎﻭﻡ‪ ،‬ﺩ‪ .‬ﻭ(‪Baliga,NS )2010‬‬
‫ﺍﻟﻨﻮﻛﻠﻴﻮﺗﻴﺪﻋﺎﻟﻲ ﺍﻟﻜﺜﺎﻓﺔ‪.‬ﺍﻟﺪﻗﺔ ﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪.3732-3738 ،30,.‬‬ ‫ﺗﻜﺎﻣﻞﻭﺗﺼﻮﺭ ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ ﺑﻴﻮﻟﻮﺟﻴﺎ ﺍﻷﻧﻈﻤﺔ ﻓﻲ ﺳﻴﺎﻕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.‬ﺑﻲ ﺇﻡ ﺳﻲ ﻟﻠﻤﻌﻠﻮﻣﺎﺗﻴﺔ‬
‫ﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪.382 ،11,‬‬
‫‪.42‬ﻟﻲ‪ ،‬ﺯﺩ‪ ،‬ﻧﻴﻤﺘﺰ‪ ،‬ﻡ‪ .‬ﻭ ﺭﻳﻨﺎﺱ‪ U. )2014( ،‬ﺍﻟﻘﺪﺭﺓ ﺍﻷﻳﻀﻴﺔ ﻝ ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‪.‬ﻓﻲ‬ ‫‪ COG.‬ﺗﻮﺳﻴﻊ ﻧﻄﺎﻕ ﺗﻐﻄﻴﺔ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻟﻤﻴﻜﺮﻭﺑﻲ ﻭﺗﺤﺴﻴﻦ ﺷﺮﺡ ﻋﺎﺉﻠﺔ ﺍﻟﺒﺮﻭﺗﻴﻦ ﻓﻲ ﻗﺎﻋﺪﺓ‬
‫ﻭﺳﻂﻣﺤﺪﺩ ﻭﻏﻨﻲ ‪BL21‬ﻣﻴﻜﺮﻭﺏ‪ .‬ﺣﻘﻴﻘﺔ ﺍﻟﺨﻠﻴﺔ‪.45 ،13 ,.‬‬ ‫ﺑﻴﺎﻧﺎﺕ (‪23. Galperin,MY, Makarova,KS, Wolf,YI and Koonin,EV )2015‬‬
‫ﺍﻟﺪﻗﺔﺍﻷﺣﻤﺎﺽ ﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪، D261-D269.43,.‬‬
‫‪.43‬ﺇﺩﻳﺮﻓﻴﻦ‪ ،‬ﺗﻲ ﺇﺗﺶ‪ ،‬ﺃﻭﻓﺮﻣﺎﺭﺱ‪ ،‬ﺇﻝ‪ .‬ﻭ(‪ van Hijum,SA )2013‬ﺗﻘﻠﻴﻞ ﺍﻟﻤﻌﺎﻟﺠﺔ‬ ‫‪.24‬ﻛﺮﻳﺴﺘﻨﺴﻦ‪ ،‬ﺩﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﻛﺎﻧﺎﻥ‪ ،‬ﺇﻝ‪ ،.‬ﻛﻮﻟﻤﺎﻥ‪ ،‬ﺇﻡ ﻛﻴﻪ‪ ،‬ﻭﻭﻟﻒ‪ ،‬ﻳﻲ‪ ،‬ﺳﻮﺭﻭﻛﻴﻦ‪ ،‬ﺃ‪ ،.‬ﻛﻮﻧﻴﻦ‪،‬‬
‫ﺍﻟﻴﺪﻭﻳﺔﻣﻦ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﺠﻤﻊ ﺑﻴﻦ ﺗﻨﺒﺆﺍﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﺎﺕ ﻣﻦ ﻣﺤﺮﻛﺎﺕ ﺍﻟﺘﻌﻠﻴﻘﺎﺕ‬ ‫ﺇﻱﻓﻲ ﻭﻣﻮﺷﻴﺠﻴﺎﻥ‪ ،‬ﺃ‪ (2010) .‬ﺧﻮﺍﺭﺯﻣﻴﺔ ﻣﻨﺨﻔﻀﺔ ﻣﺘﻌﺪﺩﺓ ﺍﻟﺤﺪﻭﺩ ﻟﺘﺠﻤﻴﻊ‬
‫ﺍﻟﺘﻮﺿﻴﺤﻴﺔﺍﻟﻤﺘﻌﺪﺩﺓ‪ ،‬ﻭﻫﻲ ﺩﺭﺍﺳﺔ ﺣﺎﻟﺔ ﻟﺘﻨﺒﺆ ﻛﻮﺩﻭﻥ ﺍﻟﺒﺪﺍﻳﺔ‪.‬ﺑﻠﻮﺱ ﻭﺍﺣﺪ‪8,‬‬ ‫ﻣﺠﻤﻮﻋﺎﺕﻣﻦ ﺍﻟﻤﺠﻤﻮﻋﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻌﺎﻣﺪﺓ ﻣﻦ ﺃﻓﻀﻞ ﺍﻟﺘﻄﺎﺑﻘﺎﺕ ﺍﻟﻤﺘﻤﺎﺛﻠﺔ ﺑﻴﻦ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ‪.‬‬
‫‪، e63523.‬‬ ‫ﺍﻟﻤﻌﻠﻮﻣﺎﺗﻴﺔﺍﻟﺤﻴﻮﻳﺔ‪.1481-1487 ،26,‬‬
‫‪.44‬ﻛﺎﺭﺏ‪ ،‬ﺑﻲ ﺩﻱ‪ ،‬ﻛﻴﺴﻴﻠﺮ‪ ،‬ﺁﻱ ﺇﻡ‪ ،‬ﺷﻴﺮﺭ‪ ،‬ﺇﻳﻪ‪ ،‬ﻻﺗﻴﻨﺪﺭﻳﺲ‪ ،‬ﺇﻡ‪ ،‬ﻛﺮﻭﻣﻴﻨﺎﻛﺮ‪ ،‬ﺇﻡ‪ ،‬ﺑﺎﻟﻲ‪،‬‬ ‫‪.25‬ﺳﺘﻮﺩﻳﻴﺮ‪ ،‬ﺇﻑ ﺩﺑﻠﻴﻮ‪ ،‬ﺩﺍﻳﺠﻠﻴﻦ‪ ،‬ﺑﻲ‪ ،.‬ﻟﻴﻨﺴﻜﻲ‪ ،‬ﺁﺭ ﺇﻱ‪ ،‬ﻣﺎﺳﻠﻮﻑ‪ ،‬ﺇﺱ‪ .‬ﻭ‬
‫ﺇﺱﺇﻡ‪ ،‬ﺑﻮﻟﺴﻦ‪ ،‬ﺁﻱ‪ ،‬ﻛﻮﻻﺩﻭ‪-‬ﻓﻴﺪﺱ‪ ،‬ﺟﻴﻪ‪ ،‬ﺟﺎﻣﺎ‪-‬ﻛﺎﺳﺘﺮﻭ‪ ،‬ﺇﺱ‪ ،‬ﺑﻴﺮﺍﻟﺘﺎ‪ -‬ﺟﻴﻞ‪ ،‬ﻡ‪.‬‬ ‫(‪ Kim,JF )2009‬ﻓﻬﻢ ﺍﻻﺧﺘﻼﻓﺎﺕ ﺑﻴﻦ ﺗﺴﻠﺴﻼﺕ ﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔ‬
‫ﻭﺁﺧﺮﻭﻥ‪ (2007).‬ﺷﺮﺡ ﻣﺘﻌﺪﺩ ﺍﻷﺑﻌﺎﺩ ﻟﻞﺍﻹﺷﺮﻳﻜﻴﺔ ﺍﻟﻘﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻡ ‪.K-12‬ﺍﻟﺪﻗﺔ‬ ‫ﺳﻼﻻﺕ‪ B REL606‬ﻭ (‪ BL21 )DE3‬ﻭﺍﻟﻤﻘﺎﺭﻧﺔ ﺑﻴﻦﺑﻜﺘﺮﻳﺎ ﻗﻮﻟﻮﻧﻴﺔﺍﻟﺠﻴﻨﻮﻣﺎﺕ ‪ B‬ﻭ‬
‫ﺍﻷﺣﻤﺎﺽﺍﻟﻨﻮﻭﻳﺔ‪.7577-7590 ،35 ,.‬‬ ‫‪.K-12‬ﺟﻴﻪ ﻣﻮﻝ‪ .‬ﺑﻴﻮﻝ‪.653-680 ،394,.‬‬