BỘ CÔNG THƢƠNG

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP TPHCM

HỌC PHẦN

HÓA HỌC CÁC HỢP CHẤT TỰ NHIÊN

CHEMISTRY OF NATURAL PRODUCTS

Nguyen Ngoc Tuan, PhD.

Lecturer, Department of Food Quality Management,
Institute of Biotechnology and Food Technology (IBF),
Industrial University of Ho Chi Minh City (IUH)
Room F4.08, Building F
Address, 12 Nguyen Van Bao Str., Go Vap Dist., Ho
Chi Minh City, Vietnam

www.trungtamtinhoc.edu.vn
 NỘI DUNG

Giới thiệu chung về hóa

1 học các hợp chất thiên
1
nhiên
2
• Đối tượng nghiên cứu
• Lịch sử phát triển
3 • Sinh tổng hợp các hợp chất thiên
nhiên
• Qui trình nghiên cứu các hợp chất
4
thiên nhiên

5
 NỘI DUNG

Phân loại và các nguồn

1 chứa hợp chất thiên
2
nhiên
2

2.1. Phân loại

3
2.2. Các nguồn chứa hợp chất thiên nhiên

5
 NỘI DUNG

1 Thu mẫu nghiên cứu

3

2
3.1 Phương pháp thu mẫu
3.2. Qui trình tiến hành thu mẫu
3

5
 NỘI DUNG

1 Chiết tách các hợp

4 chất thiên nhiên
2
4.1. Các quá trình ngâm chiết
4.2. Các kỹ thuật sắc ký để phân lập
3

5
 NỘI DUNG

1 Xác định các đặc tính

5 của hợp chất thiên nhiên

5.1. Xác định cấu trúc hóa học

3 5.2. Xác định hoạt tính sinh học

5
What are “Natural Products”?
Chemical characteristics
• Naturally-occurring small organic compounds
• including heterocyclic compounds, and peptides.
• does not include proteins, carbohydrates, and nucleic
acids.
• MW: ~150 ~ <800 amu (“small molecule”)
• Methods of extraction and purification are generally
similar to the techniques used for organic compounds
(e.g., TLC, column chromatography, HPLC, GC)
• Methods of structural determination
• NMR, MS, IR, X-ray, UV
1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 7
What are “Natural Products”?
Biological characteristics
• Compounds are generally characteristic of a particular
species or family, i.e., narrow taxonomic distribution (non-
ubiquitous)
• No nutritional or structural function. Functional roles may
include:
- color (identification) - scent (attraction or repulsion)
- sexual attraction - social communication
- defense (e.g., plant toxins and antibiotics)
but many still have unknown function in the organism in
which they are found.
• Classified as “secondary metabolites” in contrast to
“primary metabolites”
1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 8
Diverse aspects of the Chemistry of Natural Products:
• Structural determination of natural products compounds
• Total synthesis or semi-synthesis of natural products; enzyme
synthesis
• Determination of biosynthetic pathways using using plant
tissues, cell culture and isotopic labeling
• Pharmaceutical science: pharmacologic effects
• Functional foods, herbal medicines
• Agricultural science: antipest, allelopathy, IPM
• Ethnobotany
• Plant chemistry and plant development
• Biodiversity and Ecology; Marine natural products
• Chemotaxonomy and genetic classification
• Genomics and metabolonomics
1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 9
Why study Natural Products?
• Natural products are the source of the most complex and
fascinating chemical structures.
• Natural products represent biological diversity.
• Natural products are expressions of the genome.
• Natural products represent natural biological activity, whether
as single compounds or as complex mixtures.
• Natural products are part of the natural wealth of the country,
and can be an important source of livelihood, from agriculture
and food, pharmaceuticals, fine chemicals industry.
• Natural products can be an effective bridge from tradition to
modern scientific developments, including genetics, molecular
biology, biotechnology, and pharmaceutical science.

1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 10

Range of products from natural products:

1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 11

 Morphin

Vincristin

Artemisinin

Paclitaxel Bob Holton claimed victory in totally synthesizing the drug on Dec. 9, 1993
Range of products from natural products:

1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 13

MỞ ĐẦU
A country rich in biodiversity
Birds
World = 9,8201
Vietnam = 980

Plants
World = 250,000
Vietnam = 12,000

Mammals
World = 4,260
Thailand = 282

Fungi
World = 80,000
(Expected No. = 1,500,000)
Vietnam = 6,000
(Expected No. = 150,000)

Other microbes
World = 84,000
(Expected No. = 1,600,000)
Vietnam = 300
(Expected No. = 100,000)
• Đối tƣợng:
Hợp chất thiên nhiên từ:
1. Thực vật bậc cao (higher plants)
2. Thực vật bậc thấp (nấm, tảo..) (lower plants)
3. Vi sinh vật (microorganisms)
4. Động vật (aminals)
5. Sinh vật biển (marine)
 Natural products and Ecology
Animals
Antifeedant
Toxins
Toxins
Scents
Antipest
Attractants Toxins
Allelopathy Plants Insects Pheromones
Communication Communication

Antifungals
Symbiosis Symbiosis

Antifungals Chemotaxis
Chemotaxis Bacteria Communication
Communication
Fungi Antibacterials

1. Introduction to the Chemistry of Natural Products 17

Tài liệu tham khảo:
1. Phƣơng pháp nghiên cứu cây thuốc, Nguyễn
Văn Đàn và Nguyễn Viết Tựu (1985), NXB Y học.
2. Bài giảng dƣợc liệu (2006), Viện Dược liệu.
3. Chemistry of Natural Product, Bhat S. V.,
Nagasampagi B. A. and Silvakumar M. (2007),
Springer.
4. Natural product from plants, Kaufman P. B.
et al. (2006) CRC Press.
5. Terpenoids and Application, Nguyen Xuan
Dung, Tran Dinh Thang. (2005). NXB Đại học Quốc
gia Hà Nội.
Tạp chí:
1. Journal of Natural Product
2. Phytochemistry
3. Planta Medica
4. Chemical and Pharmaceutical Bulletin
Review:
1. Natural product Reports
2. Progress in the Chemistry of Organic Natural
Products
3. Studies in Natural Products Chemistry
Database:
1. Dictionary of Natural Products on CD-
ROM (Chapman & Hall Chemical Database, USA) .
2. Napralet™ data base (Natural Products Alert,
College of Pharmacy, University of Illinois, Chicago,
IL, USA).
3. Beilstein Handbook of Organic Chemistry
(Germany).
http://www.khalidshadid.com/chemistry-of- 28

natural-products.html
 The 18th century …
◦ At the end of the 18th century, crude drugs were still being used as
powders, simple extracts, or tinctures.

◦ The era of pure compounds (In 1803, a new era in the history of
medicine)

◦ Isolation of morphine from opium

◦ Strychnine (1817)
morphine
◦ Quinine and caffeine (1820) caffeine Nicotine Strychnine
◦ Nicotine (1828)

◦ Atropine (1833)

◦ Cocaine (1855) Atropine Cocaine Quinine

29
◦ In the 19th century, the chemical
structures of many of the
isolated compounds were
determined

◦ In the 20th century, the discovery

of important drugs from the
animal kingdom, particularly
hormones and vitamins. In Captopril
addition, microorganisms have
become a very important source
of drugs

Epibatidine

Penicillin
30
◦ Compounds from natural sources play
significant roles in modern medicine:

1. They provide a number of extremely useful

drugs that are difficult, if not impossible, to
produce commercially by synthetic means
2. Natural sources also supply basic
compounds that may be modified slightly to
render them more effective or less toxic
3. Their utility as prototypes or models for
synthetic drugs possessing physiologic
activities similar to the originals

Spirea
salicylic acid Aspirin Ibuprofen 31
Sinh tổng hợp các hợp chất thiên nhiên
 Overview of a bioassay-guided traditional natural product drug
discovery process

Source Bioassay
Extract Active extract
materials Extraction (s) (s)
(e.g. plant)
Chromatographic
fractionation

Bioassay Chromatograp
Active fraction
hic
(s)
fractions
Isolation and purification
Bioassay
Isolated Active compound
compounds (s)
Identification by
spectroscopic techniques,
e.g. UV, IR, MS, NMR
Bioassay
Identified Identified bioactive 33
compounds compound (s)
2. Phân loại và các nguồn chứa các hợp chất thiên nhiên
2.1 Phân loại
Carbonhydrat

Hợp chất sơ cấp Lipit

Hợp chất thiên nhiên

Axit amin, peptit, protein

Terpenoit

Steroit

Hợp chất thứ

Alkaloit
cấp

Flavonoit

Phenolic
2.2. Các nguồn chứa hợp chất thiên nhiên
2.2.1. Giới thực vật:
Thành phần của tinh dầu trong các bộ phận của thực vật
 2.2.2. Giới vi sinh vật

Alexander Fleming đã phát hiện

ra penicillin
2.2.3. Sinh vật biển:

Sao biển
San hô

Bọt biển Cá ngựa

3. Thu mẫu nghiên cứu
 Nghiên cứu quy trình phân lập và nhân nuôi nấm linh chi

Mùn cưa cao su

Ngâm nước vôi 0,5%
Thêm dinh đưỡng Bảo quản nấm trong môi trường thạch
Vào túi màng mỏng PP Cấy hệ sợi sang môi trường lúa.
Hấp ở 1210C trong 120 phút

Cấy giống

Bịch mùn cưa đã khử trùng

Chai lúa giống
Nuôi ủ hệ sợi nấm cho đầy bịch

Chuyển qua nhà nuôi trồng, duy trì

Bịch phôi Độ ẩm 85-95%
Tháo nút bông

Nấm linh chi được nuôi trồng tại

Công ty CP Sinh học An Hà (BIO – ANHA)

Quả thể nấm linh chi

4. Chiết tách hợp chất thiên nhiên

Quy trình nghiên cứu thành phần hóa học và hoạt tính sinh học
Kỹ thuật chiết

 Chiết là quá trình phân lập các phân đoạn chứa

hoạt tính từ các mô thực vật (và động vật) bằng
các dung môi chọn lọc thông các quá trình phù
hợp.
 Hai quá trình chính: lựa chọn dung môi và các
quá trình chiết
 Nƣớc Etanol Metanol Clorofom Ete Aceton  Quy tắc chọn
Anthocyani Anthocyani - Độ độc thấp,
Tannin Tecpenoit Alkaloit Phenol
n n
- Dễ bay hơi ở
Tinh bột Polyphenol Tecpenoit Flavonoit Tecpenoit
Flavono nhiệt độ thấp,
l
-Tăng được tốc độ
Coumari
Tannin Polytacetylen Saponin
n
hấp thụ vật lí của
dịch chiết,
Saponin Flavonol Tannin Axit béo
- Dễ bảo quản,
Tecpenoit Tecpenoit Xanthoxylin - Không làm cho
dịch chiết phân ly
Polypeptit Sterol Totarol
hoặc tạo phức.
Lectin Alkaloit Quassinoit

Lacton

Flavon

Phenon

Polyphenol
Các phương pháp chiết

Chiết
lần lượt
Chiết
Chiết
hỗ trợ
Soxhlet
vi sóng

Chiết
sóng Ngâm
siêu âm
CHIẾT

Thẩm
Sắc
thấu

Thủy
Hãm
phân
 Dịch chiết thô

- Dung môi
Chiết, tách - Sắc ký CC, TLC, HPLC, LC-MS,
GC-MS

Hợp chất Xác định cấu trúc

-UV, IR, MS, NMR

Thử hoạt tính -X-ray, CD...

sinh học in vitro, vivo

Tổng hợp, chuyển hóa

Quy trình phân lập hợp chất thiên nhiên

Injector
Hệ thống HPLC đơn giản

Column

Mobile phase

Detector
tM tR1 tR2 tR3 tR4
Start
5. Xác định cấu trúc hóa học các hợp chất thiên nhiên
- Phổ IR: Phân tử hấp thụ năng lượng bên ngoài dẫn đến
quá trình quay, dao động của liên kết. Dùng xác định nhóm
chức đặc trưng:

Tần số dao động của một vài liên kết thường gặp
- Phổ UV- vis: Dùng để xác định sự có mặt hay vắng mặt các
nhóm riêng biệt trong vùng 200-400 nm.

- Một số nhóm đặc trưng:

 λmax < 150 (nm) liên kết σ
 λmax : 200-260 (nm) nhóm benzen
hoặc benzen thế
 λmax > 280 (nm) hệ liên hợp
Phổ khối lượng: Sử dụng để đo khối lượng phân tử  xác định
phân tử đặc biệt hoặc xác định các hợp chất chưa biết.
Phổ cộng hưởng từ hạt nhân (NMR)
 γ-lactone

carbomethoxyacetyloxy

H-4’ H-31
lanostan H-27

H-2’

spiro
23
25
26 3’ 1’ 24

180 170 160 150 140 130 120 110 100

Phổ X-Ray: Sử dụng để xác định góc liên kết, độ dài
liên kết … từ đó xác định được cấu hình tuyệt đối
X-Ray
 HPLC
Mẫu nấm và Dịch
thực vật chiết

LC-MS LC-NMR

Agilent 1200 LC-MSD Agilent 1200 LC-MSD Varian Unity AS 400MHz

detector: multiple ionization: APCI, ESI 1D techniques : 1H
wavelength 2D techniques: TOCSY,
(MWD) COSY, NOESY, TOCSY
[M]+
HMQC, ROESY

δ
λmax m/z δ
Nếu có hoạt tính: điều Cấu trúc của hợp chất
chế lượng lớn hoặc
tổng hợp
Thử hoạt tính

FINGERPRINT
6. Kỹ thuật thử hoạt tính sinh học
Ngày nay, phép thử sinh học rất mạnh, siêu nhạy thậm chí có thể
chỉ cần sử dụng khối lượng chất thử rất nhỏ khoảng vài picogam
(pg). Phần lớn các phép thử (sử dụng đĩa 96 hoặc 384 giếng) được
tiến hành tự động hoặc bán tự động.
 7. Tổng hợp hữu cơ
Nhiều hợp chất thiên nhiên được sử dụng trực tiếp
lâm sàng. Ví dụ: vinblastin (Velban), vincristin (Oncovin),
epotosit (VP-16), paclitaxel (Taxol) được sử dụng trong
điều trị ung thư; artemisinin, quinin để điều trị sốt rét...
Một số dẫn xuất bán tổng hợp từ hợp chất thiên
nhiên được sử dụng trong lâm sàng như: vinorelbin
(Navelbin), taxotere (Docetaxel), topotecan (Hycamtin) và
irinotecan (Campostar) là các dẫn xuất của vinblastin,
paclitaxel và camptothecin ưu việt hơn về hoạt tính, độ tan
trong nước cũng như phổ tác dụng trong lâm sàng.
 8. Cơ sở dữ liệu về hợp chất thiên nhiên
Cơ sở dữ liệu chung có chứa các hợp chất thiên nhiên. Địa chỉ web,
tổng số các hợp chất cũng như số lượng các hợp chất thiên nhiên được
đưa ra. (N.A.: không có thông tin).

Số lƣợng
Số lƣợng
Tên Trang chủ http://... hợp chất
hợp chất
thiên nhiên
ChEBI www.ebi.ac.uk/chebi >6800 ∼3500
ChemBank chembank.broad.harvard.edu >1.100.000 N. A.
chem.sis.nlm.nih.gov/chemidpl
ChemID >379.000 ∼2.000
us
cactus.nci.nih.gov/ncidb3/dow
NCI >260.000 N. A.
nload_ncidb3.html
PubChem pubchem.ncbi.nlm.nih.gov >5.000.000 N. A.
Cơ sở dữ liệu hợp chất thiên nhiên thương mại. Địa chỉ web, số
tổng thể của các hợp chất, số lượng các hợp chất thiên nhiên (N.A.:
không có thông tin).
Số lƣợng
Số lƣợng
Tên Trang chủ http://... hợp chất thiên
hợp chất
nhiên
AntiBase eu.wiley.com/WileyCDA >31.000 >31.000
>190.000
Chapman & >190.000 (CD-ROM)
www.crcpress.com/ (CD-ROM)
Hall >185.000 (Web)
>185.000 (Web)
Chemical
www.cas.org >27.000.000 N. A.
Abstracts
R ¨ OMPP www.roempp.com/thieme-
∼6.000 ∼6.000
Online chemistry/np/info
www.beilsteininstitut.de/englisch/1024/
chemie/index.php3.
The Beilstein
Available at: >9.300.000 >142.000
Database
www.mdli.com/products/knowledge/cr
ossfire_beilstein
The Merck
www.merckbooks.com >10.000 N. A.
Index
 9. Các nhà sản xuất các hợp chất thiên nhiên
Công ty và các nhà cung cấp hợp chất thiên nhiên ở Châu Mỹ. Địa chỉ trang
web của công ty, số lượng các hợp chất và sự sẵn có của các hợp chất để thử
nghiệm thực nghiệm. (Yes: hợp chất có sẵn để thử nghiệm. N. A.: không có thông
tin).
Số lƣợng
Tên Trang chủ http://... Độ khả dụng
hợp chất
Gaia Chemical
www.gaiachem.com ∼500 Yes
Corporation
Tổng hợp sau
Kosan Biosciences www.kosan.com N. A.
khi đặt hàng
Life Pharms Inc. www.lifepharms.com 150.000 Yes
Magellan BioScience
www.magellanbioscience.com >10.000 Yes
Group Inc.
Martek Biosciences www.martekbio.com N. A. Yes
Mera Pharmaceuticals,
www.aquasearch.com N. A. N. A.
Inc.
Micro-Source, Discovery
www.msdiscovery.com N. A. N. A.
Systems, Inc.
Sequoia Sciences www.sequoiasciences.com N. A. Yes
TimTec www.timtec.net 13.000 Yes
Công ty và các nhà cung cấp của các hợp chất thiên nhiên ở châu
Á và Australia. Địa chỉ web của các công ty, số lượng các hợp chất
và độ khả dụng của các hợp chất để thử nghiệm thực nghiệm.
(Yes: hợp chất có sẵn để thử nghiệm. N. A.: không có thông tin).

Số lƣợng
Tên Trang chủ http://... Độ khả dụng
hợp chất
Asia
Albany Molecular
Research, Inc. www.albmolecular.com ∼300.000 Yes
Australia
Cerylid Biosciences www.cerylid.com.au 600.000 Yes
Entocosm Pty Ltd. www.csiro.au N. A. Yes
 Các công ty và các nhà cung cấp của các hợp chất thiên nhiên ở
châu Âu. Địa chỉ web của các công ty, số lượng các hợp chất và sự
sẵn có của các hợp chất để thử nghiệm thực nghiệm. (Yes: hợp chất
có sẵn để thử nghiệm. N. A.: không có thông tin)

Số lƣợng Độ khả
Tên Trang chủ http://...
hợp chất dụng
Ambinter www.ambinter.com/ 500-1.000 Yes
Amp-Lab GmbH www.amplab.de/ N. A. Yes
Analyticon Discovery www.ac-discovery.com/ ∼14.000 Yes
Instituto Biomar, S.A. www.institutobiomar.com/ ∼15.000 Yes
InterBioScreen, Ltd GmbH www.ibscreen.com/ 41.000 Yes
IRIS Biotech GmbH www.iris-biotech.de/ ∼1.200 Yes
Moscow MedChemLabs,
www.mosmedchemlabs.com ∼200 Yes
Ltd
Specs www.specs.net/ ∼500 Yes
WERNER BioAgents www.webioage.com/ 9 Yes
www.trungtamtinhoc.edu.vn