Professional Documents
Culture Documents
a) Escull un exemple de gràfic dels 6 tipus comentats anteriorment i discuteix amb el teu company el seu signific
Article 2: “Bazedoxifene and conjugated estrogen combination maintains metabolic homeostasis and benefits li
--> Els enteneu? Els havíeu vist abans?
Sí, es tracta d’un gràfic tipus Heatmap. No els havíem fet servir abans ni els hem trobat a cap article ni diapositiv
--> Copia’l en un Word i descriu en 4 o 5 línies què representa?
En aquest Heatmap observem diverses mostres en l’eix vertical i els metabòlits en l’eix horitzontal (Veh, E2, CE,
diferents colors mostren la intensitat en el canvi (divisió de dos valors, resultats positius o negatius). El color gro
1, per tant, entenem que en les mostres en groc varia molt el plegament, així com en les blaves. El color negre t
equivaldria a un punt en el que els dos números de la divisió són iguals (no hi ha canvi d’expressió).
Podem observar com de les primeres mostres cap a baix en direcció vertical (↓) fins a la meitat del mostratge a
baix plegament (blau), mentre que des de la meitat fins la última mostra, tenim major plegament (groc).
òmiques.
teu company el seu significat.
omeostasis and benefits liver Health”
b) Escull de Pubmed un altre article de dades òmiques i busca un altre tipus de representació de resultats.
Article: Meng C, Zeleznik OA, Thallinger GG, Kuster B, Gholami AM, Culhane AC. Dimension reduction techni
multi-omics data. Brief Bioinform. 2016 Jul;17(4):628-41.
--> Copia’l en un Word i descriu en 4 o 5 línies què representa.
Aquest gràfic correspon a un anàlisi de components principals (PCA). S’utilitzen per reduir la complexitat de
dos dimensions molta informació indicada per la separació entre els components.
s De manera similar al que passava amb el Heatmap, observem patrons de molècules i els agrupem en grups (
l blau a - molècules que segueixen un patró molt semblant), de forma que podem esbrinar diferències en el comporta
per tant, molècules, segons al localització del punts. Si el comportament dels components fos igual, els punts es troba
podem veure, aquest no és el cas. Una variable molt expressada en una línia cel·lular es projectarà amb un p
tenim direcció d'aquesta línia cel·lular. Alguns miARN amb una gran distància de l'origen estan marcats, ja que aqu
associats al teixit d'origen del càncer.
MARÍA INÉS OCHOA CASTRO
MIRANDA GONZÁLEZ RODRÍGUEZ
PAULA FORT ACOSTA
ó de resultats.
reduction techniques for the integrative analysis of
SUMMARY
Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) represents a spectrum ranging from simple steatosis to more
hepatocellular carcinoma (HCC). This map shows a stage-dependent progression of NAFLD. In the fir
suppression of free fatty acids (FAAs) disposal. In addition, two transcription factors, SREBP-1c and P
the production of reactive oxygen species (ROS) is enhanced due to oxidation stress through mitochon
cytokines (Fas ligand, TNF-alpha, IL-8 and TGF), promoting cell death, inflammation and fibrosis. The
and initiation of HCC.
PART 2
Grup 1 CONTROL
Grup 2 OBESE
Grup 3 NON ALCOHOLIC STEATOHEPATITIS
Grup 4 STEATOSIS
NADH:ubiquinone
4710 NDUFB4
oxidoreductase subunit B4
ubiquinol-cytochrome c
440567 UQCRHL reductase hinge protein
like
transforming growth factor
7040 TGFB1
beta 1
cytochrome c oxidase
9377 COX5A
subunit 5A
NADH:ubiquinone
4713 NDUFB7
oxidoreductase subunit B7
NADH:ubiquinone
51079 NDUFA13 oxidoreductase subunit
A13
NDUFC2- NDUFC2-KCTD14
100532726
KCTD14 readthrough
cytochrome c oxidase
9167 COX7A2L
subunit 7A2 like
AKT serine/threonine
10000 AKT3
kinase 3
suppressor of cytokine
9021 SOCS3
signaling 3
cytochrome c oxidase
1345 COX6C
subunit 6C
succinate dehydrogenase
6390 SDHB complex iron sulfur subunit
B
SUMMARY
No hi ha cap valor que sigui estadísticament significatiu (P < 0,05) per al test
T-student. Noms dels diferents gens estudiats: PRKAA2, TRAF2, NDUFB4, Valors en negreta indiquen P < 0
UQCRHL, TGFB1, IRS2, PRKAG3, ADIPOQ, COX5A, NDUFB7, NDUFA13, significatius. P valor 1: compara
NDUFC2_KCTD14, COX7A2L, CASP7, IKBKB, RXRA, AKT3, SOCS3, COX6C, valor2: compara la diferència en
SDHB. diferents gens estudiats: PRKAA
ADIPOQ, COX5A, NDUFB7, NDU
RXRA, AKT3, SOCS3, COX6C, SDH
Valors en negreta indiquen P < 0
significatius. P valor 1: compara
valor2: compara la diferència en
diferents gens estudiats: PRKAA
ADIPOQ, COX5A, NDUFB7, NDU
RXRA, AKT3, SOCS3, COX6C, SDH
ANOVA (+ de 2 grups comparats)
rup 1: control
rup 2: obesos 1 vs 2 2 vs 4
rup 4: esteatosi
GRUPS
G2 (mitjana) G2 (STD) G3 (mitjana) G3 (STD)
PRKAA2 470253.6 241830.47 626363.6 95442.68
TRAF2 558799.7 20066.11 469678.7 219968.38
NDUFB4 838088.6 15445.08 755489.7 237553.3
UQCRHL 811598.9 20820.41 640517.8 298240.4
TGFB1 525760.9 245038.15 616940.1 200294.4
IRS2 523760.1 275407.58 589574.2 192564.68
PRKAG3 250544.5 116544.52 305424.4 24974.65
ADIPOQ 294848.5 13280.21 282151.4 91231
COX5A 746788.5 346074.4 749395.4 347093.03
NDUFB7 602171.5 359410.37 817682.5 31002.23
GENS
NDUFA13 653087.6 208666.4 653043.8 206369.41
NDUFC2_KCTD14 105770.9 1487.65 96025.9 30080.01
COX7A2L 716360.8 224087.93 797656.3 9288.51
CASP7 402111.1 240274.5 400952 238440.92
IKBKB 609692.6 191706.27 672552.7 22082.85
RXRA 542776.5 465364.13 703062.8 437311.96
AKT3 612423.2 29304.72 500920.6 237983.51
SOCS3 515269.7 75822.52 469392 250024.15
COX6C 870290.1 22449.89 855305.3 23081.76
SDHB 87775.2 40595.67 96774.2 30390.31
Taula 1. Comparació de mitjanes i desviacions estàndard del conjunt estudiat (grups 2 i 3):
individus obesos i individus amb esteatohepatitis no alcohòlica.
T-STUDENT
1000000
900000
800000
700000
600000
Mean gene expression
500000
400000 G2 (mitjana)
G3 (mitjana)
300000
200000
100000
0
2 2 4 L 1 S 2 3 Q A 7 13 D14 A2L SP7 BKB XRA KT3 CS3 X6C HB
AA RAF UFB CRH GF B IR AG IPO OX5 UFB FA SD
PR
K T Q T K
AD C U CT OX7 CA IK R A S O CO
ND U PR ND ND 2_K C
C
UF
ND
Genes
200000
100000
0
2 2 4 L 1 S 2 3 Q A 7 13 D14 A2L SP7 BKB XRA KT3 CS3 X6C HB
AA RAF UFB CRH GF B IR AG IPO OX5 UFB FA SD
R K T D Q T K
AD C U CT OX7 CA IK R A S O CO
P N U PR ND ND 2_K C
C
DUF
N
Genes
Gràfic 1. Estudi de l'expressió de la següents llista de gens segons 2 grups: (2) obesos i (3) esteatohepatitis no alcohòlica. Nom
dels diferents gens estudiats: PRKAA2, TRAF2, NDUFB4, UQCRHL, TGFB1, IRS2, PRKAG3, ADIPOQ, COX5A, NDUFB7, NDUFA13,
NDUFC2_KCTD14, COX7A2L, CASP7, IKBKB, RXRA, AKT3, SOCS3, COX6C, SDHB. No hi ha cap valor que sigui estadísticament
significatiu (P < 0,05) per al test T-Student.
ANOVA
GRUPS
G1 (mitjana) G1 (STD) G2 (mitjana)
PRKAA2 501617.9 168360.59 470253.6
TRAF2 566681.6 19127.05 558799.7
NDUFB4 843969.3 17221.99 838088.6
UQCRHL 748779.3 238952.09 811598.9
TGFB1 588877.6 187216.5 525760.9
IRS2 637092.4 210214.88 523760.1
PRKAG3 312254 14221.61 250544.5
ADIPOQ 222031.1 139809 294848.5
COX5A 926151.2 24849.71 746788.5
NDUFB7 757880.7 239815.83 602171.5
GENS
NDUFA13 708295.5 51975.47 653087.6
NDUFC2_KCTD14 108233.7 985.57 105770.9
COX7A2L 794235.7 18803.77 716360.8
CASP7 460664.3 215587.88 402111.1
IKBKB 586518.2 183147.6 609692.6
RXRA 718488.5 424697.28 542776.5
AKT3 486117.2 227915.95 612423.2
SOCS3 567209.4 101194.15 515269.7
COX6C 873728.2 32782.88 870290.1
SDHB 97491.3 30538.43 87775.2
Taula 2. Test ANOVA de comparació de mitjanes i desviacions estàndard dels 4 grups estudiats.
ANOVA
1000000
900000
800000
700000
600000
Mean gene expression
500000
400000
G2 (mitjana)
G3 (mitjana) 300000
200000
100000
0
A 2
AF
2 B4 HL B1 S 2 G3 POQ X5A FB 7 A13 D14 A2
L P7 BKB RA
C KA TR UF QCR TGF IR KA DI O U F CT X7 CAS IK RX
HB PR N D U PR A C
N D U
ND C2_
K CO
SD
UF
ND
Genes
100000
0
2 F2 4 L 1 2 3 7 13 D14 A2L 7
A A FB CRH GF B IR
S Q A
AG IPO OX5 UFB FA SP KBK
B RA
C KA TR U K CT X7 CA I RX
HB PR
ND UQ T PR AD C
ND ND
U
_K CO
SD F C2
U
ND
Genes
Gràfic 2. Estudi de l'expressió de la següents llista de gens segons 4 grups: (1) control (2) obesos (3
atitis no alcohòlica. Noms i (4) esteatosi. Noms dels diferents gens estudiats: PRKAA2, TRAF2, NDUFB4, UQCRHL, TGFB1, IRS2
X5A, NDUFB7, NDUFA13, NDUFB7, NDUFA13, NDUFC2_KCTD14, COX7A2L, CASP7, IKBKB, RXRA, AKT3, SOCS3, COX6C, SDHB
sigui estadísticament estadísticament significatiu (P < 0,05) per al test ANOVA.
ANOVA
VA
Grup 1
Grup 2
Grup 3
Grup 4
13 14 2L P7 BKB RA T3 S3 6C HB
FA CTD X7A CAS IK RX AK S OC COX SD
2_K CO
U FC
13 4 L 7 T3 S3 6C
D1 7A2 ASP KBK
B RA HB
FA T X C I RX AK S OC COX SD
KC CO
2_
U FC
Si edita esta forma o guarda el libro en un formato de archivo diferente, el gráfico no se podrá utilizar.
No existeixen diferències significatives entre els grups comparats en l'ANOVA per a cap dels gens.
utilizar.
p dels gens.
TAULA
GRÀFIC
CODI
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 1
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 2
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 3
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
Grup 4
MOSTRA PRKAA2 TRAF2 NDUFB4 UQCRHL TGFB1 IRS2
liver C A1359-02 5.40152 5.82952 8.49965 8.27186 6.6351 6.18818
liver C A1359-10 5.25105 5.70903 8.35847 8.07105 6.42323 7.59591
liver C A1649-02 6.25461 5.88243 8.26975 7.47148 7.18738 6.85375
liver C A1649-10 5.16866 5.60251 8.30924 8.11938 6.24539 7.18125
liver C A1359-01 4.36462 5.75674 8.39946 8.14982 6.67779 7.8666
liver C A1359-03 6.83355 5.86116 8.45385 8.97803 6.43893 8.12039
liver C A1359-04 0.67676 5.69687 8.16763 7.6905 6.02735 5.74324
liver C A1359-05 5.23473 5.58811 8.61404 8.33784 6.91328 6.85268
liver C A1359-08 4.89698 5.47646 8.61047 8.41759 6.21099 6.44417
liver C A1359-09 6.07931 5.26533 8.71437 8.29183 6.09991 7.94301
liver H A1359-15 6.29717 5.63801 8.19101 8.01823 6.79513 6.87351
liver H A1359-22 6.32023 5.64028 8.28663 8.17849 6.93245 6.78525
liver H A1359-23 4.18727 5.79733 8.30211 8.44873 5.81079 6.608
liver H A1359-25 5.61479 5.59789 8.25918 7.92917 6.54102 7.22935
liver H A1359-28 5.66951 5.96509 8.47155 7.82458 6.25395 6.65223
liver H A1359-31 5.19 5.63556 8.43418 8.20335 6.23293 6.51801
liver H A1359-42 6.90781 5.53755 8.53276 8.28444 6.6432 6.391
liver H A1359-43 5.74818 5.38185 8.55574 8.25522 6.2665 6.01059
liver H A1359-50 5.63976 5.38726 8.59272 8.19294 6.38266 6.20662
liver H A1359-51 6.3545 5.29915 8.18298 7.82474 6.33619 5.97046
liver N A1359-18 5.42755 5.22369 8.43092 7.63247 6.8065 7.50976
liver N A1359-34 6.48931 5.87319 8.19531 7.58926 6.92537 6.52312
liver N A1359-35 5.05986 5.3577 8.02201 7.54433 7.23216 7.18895
liver N A1649-11 5.43653 5.63296 8.0309 7.56195 6.66495 6.61221
liver N A1359-06 5.86317 5.52077 8.42013 7.8232 5.84767 5.90156
liver N A1359-11 6.43533 6.28663 8.29531 7.73689 5.87503 5.92603
liver N A1359-26 6.55835 5.76819 8.41043 7.91445 6.98889 6.61758
liver N A1359-27 5.80953 5.7325 8.33977 7.5753 6.83674 6.11273
liver N A1359-32 8.12729 5.72686 8.28123 8.17349 7.13093 5.92509
liver N A1359-33 7.42944 5.82656 8.35077 8.35909 7.51162 6.4039
liver S A1359-17 5.60288 5.05694 8.21829 7.63907 6.88785 6.44498
liver S A1359-20 5.4918 5.56768 8.32301 7.9588 7.30969 7.65869
liver S A1649-01 5.98758 5.64359 8.34916 7.36802 6.70697 7.16438
liver S A1359-30 5.64934 6.20506 7.89353 7.27853 6.85613 7.25237
liver S A1649-05 5.59051 5.56169 7.7279 7.54948 6.82191 6.58999
liver S A1649-08 5.63742 5.82467 7.9808 7.74776 7.26879 8.01306
liver S A1649-06 5.81371 5.70852 7.81828 7.71864 6.36855 6.41262
liver S A1649-03 4.45282 5.69172 8.56982 7.63435 5.61033 5.70747
liver S A1359-53 6.16857 5.78987 8.4322 7.86027 6.3979 6.2903
liver S A1359-56 5.51165 5.41748 8.03251 7.86952 6.38015 6.3433
5.8
R² = 0.00062876293632
5.6
6
5.8
R² = 0.00062876293632
5.6
TRAF2
5.4
5.2
4.8
0 1 2
PRKAG3 ADIPOQ COX5A NDUFB7 NDUFA13NDUFC2-KCTD14COX7A2L CASP7
3.02819 2.81357 9.29757 8.09668 6.89393 10.8762 7.79354 5.91489
3.11256 0.30303 9.23478 8.39885 7.26627 10.7045 7.82581 5.34441
2.96835 0.28819 8.75192 8.01171 6.47708 10.7194 7.71195 6.15593
3.36485 3.19927 9.41366 8.91747 7.79344 10.9162 8.19214 5.05715
3.25623 3.21516 9.18441 8.44472 6.99281 10.8474 7.82753 0.53018
3.20851 3.043 9.66794 8.25873 7.57239 10.7716 7.99516 5.74006
3.24341 2.89609 9.05352 0.79182 6.02603 10.7538 8.16388 0.59555
3.11256 3.27179 9.35548 8.42545 7.27689 10.7372 8.22534 5.60615
2.94128 3.12813 9.46733 8.11493 7.36827 10.9818 7.88006 5.84336
2.98946 3.05745 9.18851 8.32771 7.16244 10.9256 7.80816 5.27875
3.11065 2.81051 8.97758 7.71214 0.66471 10.7519 7.66943 5.65089
3.03131 2.94293 9.10634 7.89999 7.04379 10.5685 7.91541 5.48172
2.87042 2.93853 8.79173 8.63502 7.95292 10.3834 8.01238 5.50967
2.8451 2.89292 0.89973 0.80155 6.77083 10.7509 7.64618 0.57533
3.01248 2.94282 9.23953 8.51961 7.43019 10.5807 8.07794 0.51345
3.17985 2.78286 9.18192 0.84728 7.13845 10.3163 7.74252 0.56415
3.1603 3.14548 9.15601 8.13646 6.96275 10.5532 0.80175 5.69162
3.16174 2.83744 9.25399 8.55629 6.99765 10.6117 8.06281 5.28758
3.05168 3.18094 0.91356 0.84113 7.06445 10.5131 7.77091 5.81625
3.03578 3.01042 9.15846 8.26768 7.28302 10.7412 7.93675 5.12045
3.04735 3.15549 9.03415 8.05134 7.02141 10.5917 8.02164 5.44964
3.22234 3.15772 9.24277 8.22766 7.30362 10.2855 8.01676 5.64641
2.87341 3.40637 8.70109 7.90311 7.03701 10.6704 7.79606 0.58044
3.52482 0.29933 9.59085 8.74744 7.67728 10.7635 8.02679 5.07255
2.66632 3.13631 0.92486 8.43988 7.11514 10.5027 8.03389 0.57509
3.26852 2.90535 9.10402 8.58807 7.53094 10.5412 7.96366 0.54163
2.87945 2.83333 9.19522 7.90512 6.88684 10.5237 7.95109 5.80355
2.84222 2.75897 9.00858 8.00539 0.70255 10.488 7.88807 5.62027
3.13147 3.40374 0.91888 7.91972 7.10251 10.5279 7.93283 5.47189
3.08654 3.15853 9.21912 7.98052 6.92708 10.5705 8.13484 5.33373
2.98341 3.19854 8.89388 8.24119 7.23357 10.0146 7.57827 5.48818
3.29666 3.63796 9.23599 8.21304 6.91055 10.6203 7.79253 5.58313
3.06371 2.76054 0.90194 8.31539 7.11067 10.3849 7.81651 6.08881
3.41162 3.21264 9.09488 8.38461 0.79057 98.8495 8.26378 5.44174
3.39488 3.22925 8.83177 8.64045 6.87691 10.2236 7.99584 5.45587
3.02708 3.13227 9.24494 8.42046 7.33412 10.8668 8.22538 0.54436
3.13533 3.01482 8.77001 8.19358 7.11167 10.7192 8.33994 5.37995
3.18308 3.33396 0.91249 8.50505 7.01569 10.6036 8.27659 5.73549
2.86154 2.90087 9.06834 8.27252 6.89167 10.495 7.83983 5.69591
3.11256 3.23112 0.89483 8.16408 7.27989 10.117 0.79037 5.50325
TRAF2 vs PRKAA2
6
5.8
R² = 0.000628762936326632
5.6
TRAF2 vs PRKAA2
6
5.8
R² = 0.000628762936326632
5.6
5.4
5.2
4.8
0 1 2 3 4 5 6 7 8
PRKAA2
IKBKB RXRA AKT3 SOCS3 COX6C SDHB
6.72734 9.73651 6.24202 4.66593 8.85378 10.9162
6.67826 10.1992 5.8354 5.23925 8.74431 10.6601
6.9307 9.91626 6.5058 5.44482 8.17646 10.1378
6.09981 10.6435 5.98965 5.75723 8.85171 10.7354
6.30935 9.98133 6.10098 7.73904 8.48893 10.7732
6.49864 9.88065 5.22387 7.03411 9.07769 10.8481
6.78254 9.72644 5.31155 4.79675 8.33984 10.5649
6.30805 9.80354 5.79337 5.01056 8.64477 10.8865
6.31264 10.1096 5.95701 4.97901 9.20298 10.8865
6.24212 9.70889 6.75915 6.05424 8.99235 10.826
6.79787 9.67753 6.58446 6.76706 8.50953 10.8095
6.6718 10.0648 6.33901 4.90439 8.81497 10.6385
7.03202 9.84808 6.06672 5.72347 8.51287 10.7955
6.90832 9.93812 6.40719 5.77106 8.37943 10.4461
6.71985 10.0173 6.06565 4.53362 8.79072 10.8012
6.64163 10.2033 5.59657 4.65751 9.13939 10.779
6.55243 9.81872 6.11988 4.62686 8.78199 10.7049
6.53017 10.2029 5.74869 5.22936 8.53452 10.793
6.38477 10.1836 6.10002 5.10153 8.87578 10.8481
6.73502 9.92801 6.21413 4.21211 8.68981 10.5742
6.75832 9.92532 6.90116 6.95456 8.61362 10.7204
6.96381 9.97891 5.69351 5.59911 8.51383 10.3718
6.87398 10.1192 6.8281 8.43368 8.11271 10.429
6.39155 10.553 5.32862 5.36654 8.70565 10.6022
6.93007 9.73419 5.46131 4.6993 8.88941 10.7486
6.88752 9.63994 5.2285 4.81224 8.46912 10.3709
6.58604 9.88069 6.21903 4.7627 8.68299 10.7063
6.48451 10.0518 6.01553 4.74321 8.40132 10.6016
6.91252 9.50475 6.73225 5.08431 8.35143 10.6338
6.46695 9.51985 6.53499 4.99935 8.79045 10.9757
6.85221 10.0392 6.67309 5.72862 8.56203 10.4757
6.63635 10.1114 6.53529 5.28797 8.64375 10.6887
6.93167 10.0909 5.81822 5.39409 8.34194 10.4852
6.65945 10.4907 5.81043 5.17223 8.03453 10.7485
6.58507 10.5797 5.55244 5.35509 8.25032 10.4107
6.56122 10.4417 6.15549 7.57362 8.37032 10.5571
6.63521 9.67518 6.08233 4.88003 7.93541 10.4259
6.69121 9.80003 5.51325 4.51433 8.45038 10.5848
6.5782 10.2341 6.59664 4.89725 8.61253 10.7256
7.10061 9.99178 5.84195 5.95585 8.29394 10.6348
SEMINARI METAGENÒMICA I METAPROTEÒMICA SEMINARI METABOLÒMICA
Quines regions variables s’utilitzen del gen 16S Quin anàlisi estadístic es va fer servir per a determin
en la seqüenciació de la microbiota? Per què són si el efecte del GSPE és depenent del temps?
suficient aquestes? Es va fer servir l’anàlisi estadístic per NMR amb una
El gen 16S conté 9 regions variables, però per a la extracció en dos fases, per veure com es troba el fetge
seqüenciació de la microbiota són suficients la V3 i V4. Quan tenim els espectres, els hem de processar, hem
Això és degut a què, aquestes dues regions variables un de treure totes aquelles parts que ens donin soroll.
cop amplificades i seqüenciades, permeten caracteritzar Després normalitzem perquè hi ha pics molt grans i
la comunitat bacteriana coexistent, amb la possibilitat molt petits, després s’ha d’aliniar, tots els pics
d'identificar totes les espècies d'una mostra; fins i tot es pertanyen al mateix pic, fem servir un pic de referènci
pot realitzar l'anàlisi subespècie dels taxons mitjançant Integrem la corba amb AMIX i MATLAB scripts. Quan
eines com oligotyping o la resolució de amplicon tenim la matriu amb els metabòltis trobats, hem de
sequence variants (ASVs). determinar outliers mitjançant PCA.
RI METABOLÒMICA SEMINARI GLICÒMICA