IZPIT SINTEZNA BIOLOGIJA – FEB 2017

1. A) Vezje in (promotor tet in lac, induktorja atc in iptg, gena 5'utr-gfp in trans rna, ki skupaj
pridelata RBS?, izhodni signal gfp. Opisi delovanje, resnicnostna tabela, za kaksna logicna
vrata gre. (Blo je narisano tko da trans rna vpliva na 5’utr da potem lahko nastane gfp - to je
tista fora k s komplementarno rna lahko odkrijes rbs ki je prej zakrit ker se pari z enim
zaporedjem)
B) navest si moru komponente sistema po kategorijah in razlozit kratice: promotorji,
induktorji, efektorji induktorjev, izhodni signal...
C) narisi graf odvisnosti izhodnega signala od casa za pogoj IPTG=1, aTc=0 s crtkano crto
in ko sta oba 1s polno crto
2. Kaj je sum v sintezni biologoji in kako vpliva na izvedbo eksperimentov in meritve?

3. Opisan virus gripe in nacin okuzbe celic - hemaglutinin, nevraminidaza, proteaze cepijo,
kako je sestavljen virus…

Katera je najprimernejsa tarca oziroma lahko jih je vec? Utemelji.

Kako bi skonstruiral sinteznobiolosko naoravo za preprecevanje okuzbe?
Katere konstrukte bi moral pripraviti?
Kaksne tezave pricakujes in zakaj se jim ne mores izogniti?
Kaj bi bila tarča za sinteznobiološko preprecevanje okuzbe z malarijo? (To vprašanje ne
šteje, ker ga je pozabil zbrisat od prejšnjega izpita :) )

4. Za spodnje trditve napisi ali so pravilne in utemelji.

- pri represilatorju gre za medsebojno povezana vrata “in”
- induktorji so lahko tudi fizikalni pojavi poleg kemikalij
-…

5. Narisi shemo bioloskih vrat NE, z realnimi komponentami in opisi delovanje. Kako bi
preveril pravilnost delovanja?

6. Kako razpolovni cas vpliva na delovanje bioloskih sistemov in kako ga lahko reguliramo?
Navedi kako bi izmeril razpolovni cas rekombinantnega proteina.

7. navedi primer uporabe sintezne biologije za pridobivanje surovin (ne goriv). Kaj so moral
vnesti za to in kaj so moral vse spremenit da je delovalo. Katero sasijo so izbrali in zakaj?
Kateri geni so bili iz katerega organizma?

8. Kaj je transplantacija genoma, kako so jo izvedli in kako so dokazali da je bila uspesna?

9. Razloži kaj je ortagonalnost. Kako ta vpliva pri načrtovanju poskusa al neki tazga

KOLOKVIJ

1. rok 2017
1.1 (1 T) Vstavljanje zapisa za protein v plazmid preko sistema biokock. V plazmidu si imel
RBS, tako, da si moral vstaviti za njega zaporedje za protein. Zapis za protein je bil v
plazmidu, ki ni bil kompatibilen s sistemom biokock tako, da si moral najprej s primerji in PCR
uvesti restrikcijska mesta. Naprej je bila naloga da temu proteinu kot fuzijo pripneš še en
protein na C-konec mislim da brez dodatnih modifikacij - tuki si moral potem pri reverse
primerju dodati še en nukleotid, da se ne zamakne bralni okvir.
Navest si moral zaporedja oligov, nihove T prileganja in Tm, končno plazmidno karto.
Napisat si moral ali bi lahko s tem konstruktom uspešno izražal protein - ne, ker plazmid ni
imel promotorja.

Pri drugi različici kolokvija je bil insert v prvem plazmidu v obrnjenem zaporedju
Mislim da so v še eni različici morali proteinu dodati His-tag.

Navesti si moral vse korake izvedbe v laboratoriju za pripravo konstrukta in transformacijo

bakterij. (PCR, elektroforeza, izolacija, restrikcija, elektroforeza, izolacija, ligacija,
transformacija, detekcija)

1.2 (2 T)

1.3 (3 T)

1.4 (7 T) Napiši potek dela

1.5 (6 T)

1.7 (1 T) Nalepi plazmidno karto

2.1 (8 T) Izračun volumnov encimov, pufra… (kot na vajah)

2. rok 2017

1. Poiskat si moral zaporedje 2 biokock v registru (podana Bba oznaka) in ju vstavit v

tarčni plazmid. Ena biokocka je bil promotor, druga pa reporter. Napisal si moral
princip dela - kaj režeš s čem itd (2 točki) in prilepit plazmidno karto in zaporedje
končnega plazmida. (6 točk)
2. Podano zaporedje His taga. Navest si moral zaporedja primerjev za vstavljanje na C-
konec reporterja, njihove Tm in T prileganja. (3 točke)
3. Podano zaporedje promotorja, ki ga moraš vstavit v plazmid. Predlagaj postopek za
izvedbo po korakih, navedi zaporedja primerjev. Če si izbral najenostavnejšo rešitev
si dobil 8 točk, če pa ne pa maks 6. (se mi zdi)
4. Računanje volumnov za reakcijo restrikcije - isto kot na vajah in 1. roku.(ne vem kok
je blo vredno)
5. Napiši potek transformacije bakterij - štartaj z ligacijsko mešanico in navedi vse
korake dokler nimaš na plošči samo transformiranih kolonij.
6. S katerim gelom bi analiziral kateri konstrukt po restrikciji in zakaj? (1 točka)