18 CGTATACTATCGT

d=13-3+1 11

A 0 1 CGT
C 1 2 GTA
G 2 3 TAT
T 3 4 ATA
5 TAC
6 ACT
7 CTA
8 TAT
9 ATC
10 TCG
11 CGT

-
- -
1 28
3 52
5 49
7 8
9 13
11 27

-
- -
2 44
4 12
6 7
8 51
10 54
CGTATAATCTGAT к=3

27 1 CGT 27
44 2 GTA 44
51 3 TAT 51
12 4 ATA 12
49 5 TAA 48
7 6 AAT 3
28 7 ATC 13
51 8 TCT 55
13 9 CTG 30
54 10 TGA 56 С G T
27 11 GAT 35 С G T

1 3 5 7 9 11
28 52 48 14 30 35
1 Глобальне вирівнюва
1 _ C T
-1 _ 0 -2 -4
-1 A -2 -1 -3
-1 T -4 -3 0
-1 C -6 -3 -2
T -8 -5 -2
G -10 -9 -4
2 4 6 8 10 A -12 -11 -6
44 12 3 55 56 T -14 -13 -8
1
1
-1
-1
-1
 A T A _ T A T C G G T
A T A _ T _ T _ G _ T

Глобальне вирівнювання
A T C G T
-6 -8 -10 -12 -14
-3 -5 -7 -9 -11
-2 -2 -4 -6 -8
-1 -3 -1 -3 -5
-3 0 -2 -2 -2
-3 -2 -1 -1 -3
-3 -4 -3 -2 -2
-5 -2 -4 -4 -1