Tymoczko • Berg • Gatto • Stryer

Biochemistry:
A Short Course
Fourth Edition

CHAPTER 8
Các cơ chế và
các chất ức chế

© 2019 W. H. Freeman and Company.

 CHAPTER 8
Các cơ chế và các chất ức chế
 Chapter 8 Mục lục

8.1 1 vài loại xúc tác cơ bản được sử dụng bởi nhiều enzyme

8.2 Các hoạt động enzyme có thể bị ảnh hưởng bởi nhiệt độ, pH,
và các phân tử ức chế

8.3 Chymotrypsin miêu tả các nguyên tắc cơ bản của xúc tác và
ức chế
8.1 Một vài loại xúc tác cơ bản được sử dụng bởi
nhiều enzyme (1/2)
Các loại xúc tác thường thấy bao gồm:
1. Xúc tác cộng hóa trị: Vùng hoạt động chứa nucleophile cái mà
thêm vào liên kết hóa trị trong phút chốc.
2. Xúc tác acid-base theo nghĩa phổ thông: 1 phân tử không phải
nước cho hoặc nhận proton.
3. Xúc tác ion kim loại: Chức năng ion kim loại rất đa dạng,
bao gồm phục vụ như 1 chất xúc tác electrophile.
4. Xúc tác bằng việc sắp xếp gần đúng và được định hướng lại
bởi enzyme: Enzyme mang 2 cơ chất lại với nhau trong sự
định hướng để tạo điều kiện xúc tác.
8.1 Một vài loại xúc tác cơ bản được sử dụng bởi
nhiều enzyme (2/2)
DID YOU KNOW? [1]
A nucleophile is a chemical that is
attracted to regions of positive charge
in another molecule. A nucleophile
participates in a chemical reaction by
donating electrons to another chemical,
called the electrophile.

DID YOU KNOW? [2]

An electrophile is a chemical that is
electron-deficient.
Electrophiles are thus attracted to
nucleophiles—electron-rich molecules
or regions of molecules.
 Phần 8.2 Các hoạt động enzyme có thể bị ảnh
hưởng bởi nhiệt độ, pH, và các phân tử ức chế

Mục tiêu học tập 6: Lập danh sách các yếu tố môi trường ảnh
hưởng đến hoạt động enzyme và mô tả cách các yếu tố này ảnh
hưởng lên các enzyme.

• Nhiệt độ làm nâng tốc độ phản ứng được xúc tác bởi enzyme

• Đa phần enzyme có 1 pH tối ưu

Đồ thị mô hình cho ảnh hưởng của nhiệt độ
lên hoạt động enzyme
Bức ảnh 1 con mèo
Bức ảnh 1 con thằn lằn tắm nắng
Bức ảnh 1 lỗ thông hơi núi lửa có cổ khuẩn
Đồ thị sự phụ thuộc pH của hoạt động enzyme
Pepsin và Chymotrypsin
Dữ liệu pH cho 1 enzyme theo lý thuyết
Các enzyme có thể được ức chế bởi các phân tử
đặc biệt
Có 3 loại cơ bản của ức chế có thể đảo ngược:
1. Competitive inhibition: Chất ức chế có cấu trúc tương tự và
có thể liên kết với vùng hoạt động, ngăn cơ chất thực sự gắn
vào.
2. Uncompetitive inhibition: Chất ức chế chỉ gắn vào phức hợp
enzyme-cơ chất.
3. Noncompetitive inhibition: Chất ức chế gắn vào cả enzyme
hay phức hợp enzyme-cơ chất.
Mô hình cơ chất gắn vào vùng hoạt động của
enzyme tạo thành phức hợp enzyme-cơ chất
Mô hình Competitive Inhibitor gắn vào vùng
hoạt động của enzyme
Mô hình Uncompetitive Inhibitor gắn vào
phức hợp enzyme-cơ chất
Mô hình của Noncompetitive Inhibitor
Các chất ức chế có thể đảo ngược (reversible
inhibitors) là phân biệt được về động lực học
(1/4)
• Trong competitive inhibition, Vmax của enzyme là không đổi vì
sự ức chế có thể vượt qua bằng cách thêm 1 lượng lớn nồng
độ cơ chất.
• Tuy nhiên, sự tăng giá trị KM rõ ràng khi tăng chất ức chế.

• Sulfanilamide là 1 loại thuốc sulfa, 1

nhóm kháng sinh chứa nguyên tử
sulfur. Có cấu trúc tương tự p-
aminobenzoic acid (PABA), 1 cơ chất
cho tổng hợp folic acid ở vi khuẩn.
Đồ thị động lực học của Competitive
Inhibitor
Reversible Inhibitors là phân biệt được về động
lực học (2/4)

• Trong uncompetitive inhibition, phức hợp enzyme-cơ chất không tạo

ra sản phẩm. Do đó, Vmax thấp hơn khi có hiện diện của chất ức chế.
• KM cũng thấp hơn.
• Uncompetitive inhibition không thể vượt qua dù bổ sung cơ chất.
Đồ thị động lực học của Uncompetitive Inhibitor
Reversible Inhibitors là phân biệt được về động
lực học (3/4)

• Trong noncompetitive inhibition, enzyme có thể gắn vào

enzyme tự do hay phức hợp enzyme-cơ chất. Trong cả 2
trường hợp, sự liên kết với chất ức chế ngăn cản tạo thành
sản phẩm.
• Vmax thấp hơn khi xuất hiện noncompetitive inhibitor.
• KM không thay đổi bởi sự hiện diện của noncompetitive inhibitor.
• Noncompetitive inhibition không thể vượt qua bằng cách bổ sung cơ
chất.
Đồ thị động lực học của Noncompetitive
Inhibitor
Reversible Inhibitors là phân biệt được về động
lực học (4/4)

• Phác họa đối ứng kép (double reciprocal plots) cho thấy sự khác
nhau giữa các loại chất ức chế có thể đảo ngược.
Competitive Inhibition được miêu tả trên
Double-reciprocal Plot
Uncompetitive Inhibition được miêu tả
trên Double-reciprocal Plot
Noncompetitive Inhibition được miêu tả
trên Double-reciprocal Plot
 Câu hỏi nhanh 1
QUICK QUIZ 1 Dựa theo đồ thị ở dưới, nhận biết được
các đường cong tương ứng với những điều kiện nào sau
đây: no inhibition, competitive inhibition, noncompetitive
inhibition, và uncompetitive inhibition.
Các chất ức chế không thể đảo ngược có thể
được sử dụng để lập bản đồ vùng hoạt động
(1/4)

• Các chất ức chế không thể đảo ngược (Irreversible inhibitors) gắn
rất chặt vào các enzyme.
• Irreversible inhibitors có thể liên kết cộng hóa trị với enzyme là
1 công cụ mạnh mẽ cho phép làm sáng tỏ hoạt động của
enzyme.
Các chất ức chế không thể đảo ngược có thể
được sử dụng để lập bản đồ vùng hoạt động
(2/4)

• Các thuốc thử cho nhóm chức đặc biệt (group-specific reagents)
phản ứng với các nhóm R đặc hiệu trên amino acid.
 Biểu đồ sự ức chế enzyme bởi
diisopropylphosphofluoridate (DIPF)
Các chất ức chế không thể đảo ngược có thể
được sử dụng để lập bản đồ vùng hoạt động
(3/4)

• Affinity labels, hay substrate analogs, là những cấu trúc tương

tự như cơ chất của enzyme nhưng ức chế enzyme bằng cách
thêm liên kết cộng hóa trị với các amino acid trong vùng hoạt
động .
Biểu đồ của Affinity Labeling
Biểu đồ của Affinity Labeling của Chymotrypsin
Các chất ức chế không thể đảo ngược có thể
được sử dụng để lập bản đồ vùng hoạt động
(4/4)

• Các chất ức chế tự sát (suicide inhibitors), hay các chất ức chế
dựa trên cơ chế (mechanism-based inhibitors), gắn với
enzyme như 1 cơ chất. Khi xúc tác xảy ra, enzyme bổ sung
thêm cho cơ chất, chuyển nó thành irreversible inhibitor.
 Cái nhìn vào lâm sàng: Penicillin (1/3)
CLINICAL INSIGHT
Penicillin bất hoạt không đảo ngược 1
enzyme quan trọng trong tổng hợp
thành tế bào

• Penicillin là 1 kháng sinh bao gồm 1 vòng thiazolidine

kết hợp với vòng β-lactam cực kì phản ứng.

• Penicillin ức chế sự tạo ra thành tế bào ở 1 số vi khuẩn nhất định

như là S. aureus.
Mô hình cấu trúc Penicillin
 Cái nhìn vào lâm sàng: Penicillin (2/3)
CLINICAL INSIGHT
Penicillin bất hoạt không đảo ngược 1
enzyme quan trọng trong tổng hợp
thành tế bào

• Thành tế bào S. aureus được xây dựng từ phân tử

peptidoglycan, cái là chuỗi polysaccharide thẳng được nối
nhau bởi các peptide ngắn.

• Glycopeptide transpeptidase xúc tác tạo các cầu nối do liên kết
bằng peptide.

• Phản ứng transpeptidase diễn ra thông qua trung gian acyl-

enzyme.
Sơ đồ biểu diễn của Peptidoglycan của
Staphylococcus aureus
 Biểu đồ sự hình thành các cầu nối do liên kết ở
Peptidoglycan của S. aureus
ff
Biểu đồ của phản ứng chuyển peptide
Cái nhìn vào lâm sàng: Penicillin (3/3)
CLINICAL INSIGHT
Penicillin bất hoạt không đảo ngược 1
enzyme quan trọng trong tổng hợp
thành tế bào

• Khi penicillin liên kết với peptidase, 1 serine residue ở vùng

hoạt động tấn công carbon của carbonyl ở vòng lactam như
penicillin là cơ chất.

• Sự hình thành penicilloyl-serine gây bất hoạt và rất bền vững.

Biểu đồ sự hình thành phức hợp Penicilloyl-
enzyme
Phần 8.3 Chymotrypsin miêu tả các nguyên tắc
cơ bản của xúc tác và ức chế

• Chymotrypsin là 1 enzyme phân hủy protein được tiết bởi

tuyến tụy cái mà thủy phân các liên kết peptide có chọn lọc ở
phần carboxyl của các amino acid kỵ nước.
Biểu đồ về tính đặc hiệu của
Chymotrypsin
 Serine 195 là cần thiết cho hoạt động của
Chymotrypsin

• Trong quá trình xúc tác, serine 195 trở thành 1 nucleophile
cái mà tấn công nhóm carbonyl của cơ chất protein.

• Thuốc thử cho nhóm chức đặc biệt diisopropylphosphofluoridate

(DIPF) gắn thêm cho serine 195, 1 trong 28 serine residue của
chymotrypsin, và ức chế enzyme.
 Hoạt động của chymotrypsin diễn ra trong 2
bước được liên kết bởi một trung gian gắn nhau
do liên kết hóa trị (1/2)

• Chromogenic substrates tạo ra các sản phẩm màu,

tạo điều kiện cho nghiên cứu enzyme.

• N-acetyl-L-phenylalanine p-nitrophenyl ester là một chromogenic

substrate cho chymotrypsin.

• Nghiên cứu với chromogenic substrate cho thấy sự xúc tác

bởi chymotrypsin xảy ra trong 2 giai đoạn: 1 giai đoạn
nhanh (pre-steady stage) và 1 giai đoạn chậm hơn (steady
state).
Biểu đồ của 1 Chromogenic Substrate
Đồ thị cho mô hình động lực học của
sự xúc tác chymotrypsin
 Hoạt động của chymotrypsin diễn ra trong 2
bước được liên kết bởi một trung gian gắn
nhau do liên kết hóa trị (2/2)

• Các bước trong xúc tác được giải thích bằng cách sự hình
thành nhanh trung gian acyl-enzyme và giải phóng chậm hơn
thành phần acyl để tái tạo enzyme tự do.
Biểu đồ xúc tác kiểu cộng hóa trị
Vai trò xúc tác của Histidine 57 được miêu tả
bởi Affinity Labeling

• Affinity label tosyl-L-phenylalanine chloromethyl ketone (TPCK)

gắn thêm liên kết cộng hóa trị lên histidine 57 trong
chymotrypsin, dẫn đến mất hoạt động enzyme.
Serine là 1 phần của bộ ba xúc tác cái mà
bao gồm Histidine và Aspartic Acid (1/3)

• Histidine loại proton khỏi serine 195, tạo thành 1 ion alkoxide phản
ứng mạnh.

• Aspartate định hướng histidine và làm nó trở thành chất nhận

proton tốt hơn.
Mô hình của bộ ba xúc tác
Biểu đồ thủy phân peptide bởi chymotrypsin
 Serine là 1 phần của bộ ba xúc tác cái mà
bao gồm Histidine và Aspartic Acid (2/3)

• Lỗ oxyanion, 1 khu vực của vùng hoạt động, giữ cố định

trung gian phản ứng tứ diện.
Biểu đồ lỗ Oxyanion
 Serine là 1 phần của bộ ba xúc tác cái mà
bao gồm Histidine và Aspartic Acid (3/3)

• Tính đặc hiệu của chymotrypsin được tính cho S1 pocket, 1 cái
“túi” kỵ nước cái liên kết với các residue kỵ nước trên cơ chất
và các vị trí liên kết peptide liền kề cho việc cắt.
Biểu đồ cho Specificity Pocket của Chymotrypsin
 Câu hỏi nhanh 2

QUICK QUIZ 2
Sử dụng biểu diễn Cleland (Figure 7.6), cho thấy
phản ứng diễn ra sự thủy phân của tetrapeptide
Ala-Phe-Gly-Ala bởi chymotrypsin.
 Phụ lục: Biochemistry in Focus (1/3)
Vấn đề với organophosphates

• Sarin là 1 organophosphate được sử dụng như

1 vũ khí hóa học.

• Sarin hành động bằng việc gắn liên kết cộng hóa
trị với serine residue phản ứng mạnh ở vùng
hoạt động của enzyme, ngăn cản sự sụt giảm
acetylcholine. Ở phổi, dư thừa acetylcholine
kích thích cơ bắp làm giảm dòng khí và tăng sự
bài tiết chất nhầy, làm khó thở cũng như nghẹt
thở. Tê liệt cơ bắp là tiếp theo, và chết là kết
quả thường thấy.
Phụ lục: Biochemistry in Focus (2/3)
Vấn đề với organophosphates
 Phụ lục: Biochemistry in Focus (3/3)
Vấn đề với organophosphates

• Atropine là 1 thuốc giải, nếu được bổ

sung sớm, có thể làm giảm các triệu
chứng. Atropine gắn với các thụ thể
acetylcholine, ngăn acetylcholine gắn
vào, nhưng không kích hoạt synap.
• Pyridostigmine là 1 reversible
competitive inhibitor của enzyme
esterase và đôi khi được thêm vào
khi khí sarin khi được sử dụng. Cơ
sở cho điều này là competitive
inhibitor sẽ ngăn cản các chất ức chế
mà liên kết cộng hóa trị—sarin—ức
chế lâu dài enzyme.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Vấn đề:

Nó được xuất bản 1 thời gian trước là phân tử indole là chất ức chế
chymotrypsin. Dựa vào kiến thức của bạn về chymotrypsin, đề nghị
xem indole là chất ức chế loại gì và vẽ phác họa double-reciprocal
của enzyme với chất ức chế và chỉ mình enzyme để cho thấy ảnh
hưởng của indole lên Vmax và KM.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp (1/3)
Giải pháp:
Đầu tiên hãy nghĩ về cấu trúc indole. Làm rõ là nó không có các nhóm
chức trên phân tử (TABLE 2.1). Sự thiếu vắng các nhóm chức làm indole
không giống irreversible inhibitor cái mà gắn kết cộng hóa trị với enzyme.
Từ khi câu hỏi cho ta cấu trúc của chất ức chế, sẽ là khôn ngoan để nhớ
lại cấu trúc các amino acid cái mà quyết định tính đặc hiệu của
chymotrypsin.
• Tính đặc hiệu của chymotrypsin là gì?
Chymotrypsin cắt các liên kết peptide ở phần carboxyl của các
amino acid lớn kỵ nước.
• Các amino acid lớn kỵ nước nào thích hợp cho chymotrypsin?
Isoleucine, methionine, phenylalanine, tryptophan, và tyrosine
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp (2/3)
Giải pháp:
Xem xét các cấu trúc nhóm chức R của các amino acid và
so sánh với cấu trúc của indole.
• Bạn có chú ý sự tương đồng nào của indole và bất kì nhóm chức R
nào được cho thấy bên dưới?
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp (3/3)
Giải pháp:

Nhóm chức R của tryptophan là nhóm chức indole

gắn với 1 methylene (—CH2—).

• Sự tương đồng về cấu trúc cho thấy gì về bản chất sự ức chế của
chymotrypsin bởi indole?

Indole là 1 competitive inhibitor của chymotrypsin,

chiếm chỗ mà bình thường được chiếm bởi các
nhóm kỵ nước lớn của cơ chất.

• Các giá trị Vmax và KM của phản ứng được

xúc tác bởi chymotrypsin được thay đổi bởi
indole như thế nào?

Như tất cả các competitive inhibitor, indole sẽ tăng

KM nhưng Vmax sẽ không đổi.
[1]
Bạn có biết ? [1]
1 nucleophile là 1 chất hóa học thu
hút vùng mang điện dương của
những phân tử khác. 1 nucleophile
tham gia phản ứng hóa học bằng việc
cho các electron đến những chất hóa
học khác, được gọi là electrophile.
[2]

Bạn có biết? [2]

1 electrophile là chất hóa học thiếu
electron.
Các electrophile được hút đến các
nucleophile—những phân tử hoặc
những vùng phân tử giàu electron.