Tymoczko • Berg • Gatto • Stryer

Biochemistry:
A Short Course
Fourth Edition

CHAPTER 6
Ý niệm cơ bản về
hoạt động enzyme

© 2019 Macmillan Learning

 CHAPTER 6
Ý niệm cơ bản về hoạt động enzyme
 Chapter 6: Mục lục

6.1 Enzyme là chất xúc tác mạnh mẽ và đặc hiệu cao

6.2 Nhiều enzyme yêu cầu các cofactor để hoạt động
6.3 Năng lượng tự do Gibbs là 1 hàm nhiệt động
lực học hữu ích cho việc hiểu các enzyme
6.4Các enzyme tạo điều kiện cho sự hình thành trạng thái
chuyển tiếp
 Phần 6.1 Enzyme là chất xúc tác mạnh
mẽ và đặc hiệu cao

• Enzyme là các chất xúc tác có bản chất là protein làm gia
tăng tốc độ phản ứng các nhân tố tham gia lên hàng triệu
lần.
• Ngay cả 1 phản ứng đơn giản như gắn nước vào carbon
dioxide yêu cầu 1 enzyme, carbonic anhydrase, ở trong tế bào
máu.
Bảng về sự tăng tốc phản ứng của 1
số enzyme được chọn
 Các enzyme phân giải protein miêu tả
phạm vi đặc hiệu của enzyme (1/2)
of Enzyme Specificity ( /2) 1

• Các chất tham gia trong 1 DID YOU KNOW? [1]

phản ứng nhờ enzyme xúc
tác được gọi là cơ chất.
• Enzyme phân hủy protein xúc
tác phản ứng thủy phân liên
kết peptide.
Hydrolysis reactions, the
breaking of a chemical bond
by the addition of a water
molecule, are prominent in
biochemistry.
 Các enzyme phân giải protein miêu tả
phạm vi đặc hiệu của enzyme (2/2)
of Enzyme Specificity ( /2) 2

• Enzyme phân giải protein trypsin và papain có những mức độ đặc

hiệu khác nhau.
HÌnh mô tả tính đặc hiệu của enzyme
 6 nhóm chính của enzyme

1. Oxidoreductases xúc tác phản ứng oxy hóa-khử.

2. Transferases trao đổi nhóm chức giữa các phân tử.
3. Hydrolyases xúc tác thủy phân.
4. Lyases loại bỏ các nguyên tử để tạo thành liên kết đôi hoặc thêm các
nguyên tử vào liên kết đôi.
5. Isomerases di chuyển các nhóm chức trong 1 phân tử.
6. Ligases gắn 2 phân tử vào và tiêu tốn ATP.
 Section 6.2 Nhiều enzyme yêu cầu các
cofactor để hoạt động
• Cofactor là các phân tử nhỏ cái mà 1 số enzyme yêu cầu để hoạt
động. 2 nhóm chính của các cofactor là các coenzyme—những phân
tử sinh học có nguồn gốc từ vitamin— và các kim loại.

• Các coenzyme gắn kết chặt chẽ với enzyme được gọi là nhóm chức giả
(prosthetic group).

• 1 enzyme với cofactor của nó là 1 holoenzyme. Không có cofactor,

enzyme được gọi là 1 apoenzyme.
Bảng các cofactor của enzyme
 Phần 6.3 Năng lượng tự do Gibbs là 1 hàm
nhiệt động lực học hữu ích cho việc hiểu các
enzyme
Mục tiêu học tập 1: Mô tả mối quan hệ giữa xúc tác enzyme
trong 1 phản ứng, nhiệt động lực học của phản ứng, và sự
hình thành của trạng thái chuyển tiếp.

• Năng lượng tự do (G) là 1 thước đo năng lượng cho khả năng hoạt
động. Sự thay đổi năng lượng tự do khi 1 phản ứng xảy ra được ký
hiệu bằng ΔG.

• Các enzyme không làm thay đổi ΔG của 1 phản ứng.

Sự thay đổi năng lượng tự do cung cấp thông
tin về khả năng tự phát, không phải tốc độ của
1 phản ứng
• Một phản ứng sẽ xảy ra mà không cần năng lượng thêm vào, hoặc xảy ra 1
cách tự phát, n ế u ΔG là âm. Phản ứng như vậy được gọi là phản ứng giải
phóng năng lượng.
• Một phản ứng sẽ không xảy ra nếu ΔG là dương. Những phản ứng như
vậy được gọi là phản ứng thu năng lượng.
• Nếu 1 phản ứng ở trạng thái cân bằng sẽ không có sự thay đổi ròng lượng
chất tham gia hay sản phẩm. Ở trạng thái cân bằng, ΔG = 0.
• ΔG của 1 phản ứng chỉ phụ thuộc vào sự khác biệt năng lượng tự do giữa
các chất tham gia và sản phẩm và độc lập với cách 1 phản ứng xảy ra.
• ΔG của 1 phản ứng k h ô n g c u n g c ấ p t h ô n g t i n v ề t ố c đ ộ p h ả n ứ n g .
Sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn của 1 phản
ứng tỉ lệ với hằng số cân bằng ( /4) 1

Cho phản ứng

Sự thay đổi năng lượng tự do được cho bởi

Với ΔGo là sự thay đổi năng lượng tự do

chuẩn, R là hằng số khí, T là 298 độ
kelvin, và dấu ngoặc vuông chỉ nồng độ
mol.
Sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn của 1 phản
ứng tỉ lệ với hằng số cân bằng ( /4) 2

ΔGo là ký hiệu sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn ở pH 7. Ở trạng

thái cân bằng, ΔG = 0, vì vậy với phản ứng trong câu hỏi,
Sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn của 1 phản
ứng tỉ lệ với hằng số cân bằng ( /4) 3

Hằng số cân bằng cho 1 phản ứng với điều kiện chuẩn là

Cái mà có thể được sắp xếp lại cho ra

 Sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn của 1 phản
ứng tỉ lệ với hằng số cân bằng (4/4)
• Phản ứng càng giải phóng nhiều
năng lượng, hằng số cân bằng sẽ DID YOU KNOW? [2]
càng lớn. Phản ứng càng thu A kilojoule (kJ) is equal to 1000 J.
nhiều năng lượng, hằng số cân A joule (J) is the amount of energy
bằng sẽ càng nhỏ. needed to apply a 1-newton force over a
• Chú ý rằng ΔG của phản ứng distance of 1 meter.
có thể lớn hơn, nhỏ hơn hoặc A kilocalorie (kcal) is equal to 1000
bằng ΔGo phụ thuộc vào cal.
nồng độ của chất tham gia và A calorie (cal) is equivalent to the
sản phẩm amount of heat required to raise the
temperature of 1 gram of water from
14.5°C to 15.5°C.
1 kJ = 0.239 kcal
Bảng cho thấy mối liên hệ giữa ΔG°′ và
K′eq ở 25°C
 Câu hỏi nhanh

QUICK QUIZ
Phản ứng nào dưới đây sẽ xảy ra 1 cách tự
phát? Giá trị ΔG°’ của các phản ứng
nghịch là bao nhiêu?
A→B ΔG°’ = –10 kJ mol–1 C
→D ΔG°’ = +10 kJ mol–1
 Các enzyme thay đổi tốc độ phản ứng
nhưng không làm thay đổi trạng thái
cân bằng của phản ứng

Trạng thái cân bằng của phản ứng chỉ được xác định bởi sự khác
biệt về năng lượng tự do giữa chất tham gia và sản phẩm. Các
enzyme không thể thay đổi sự khác biệt này.
Mô hình đồ thị cho thấy enzyme gia tăng
tốc độ phản ứng thế nào
 Phần 6.4 Các enzyme tạo điều kiện cho
sự hình thành trạng thái chuyển tiếp
Mục tiêu học tập 2: Giải thích mối liên hệ giữa trạng thái
chuyển tiếp và khu vực hoạt động của 1 enzyme và danh
sách các đặc điểm của khu vực hoạt động.
• 1 phản ứng hóa học tiếp diễn thông qua 1 trạng thái chuyển tiếp, 1 dạng
phân tử không phải cơ chất cũng như sản phẩm.

S ⇌ X‡ → P
• Trạng thái chuyển tiếp được chỉ định bởi ký hiệu ‡.
• Năng lượng cần để hình thành trạng thái chuyển tiếp từ cơ chất được gọi
là năng lượng hoạt hóa, được ký hiệu bởi ΔG‡.

ΔG‡ = GX‡ − GS
• Các enzyme tạo điều kiện cho sự hình thành trạng thái chuyển tiếp.
Mô hình đồ thị cho thấy enzyme làm
giảm năng lượng hoạt hóa ra sao
 Sự hình thành của phức hợp enzyme-cơ chất
là bước đầu của sự xúc tác bởi enzyme

• Các enzyme cùng với cơ chất hình thành phức hợp enzyme-cơ
chất ở 1 khu vực cụ thể của enzyme được gọi là khu vực hoạt
động.

• Các tương tác của enzyme và cơ chất ở khu vực hoạt động khởi đầu
sự hình thành của trạng thái chuyển tiếp.
 Khu vực hoạt động của enzyme có 1 số
tính chất thường gặp (1/2)
1. Khu vực hoạt động là 1 khẽ hở 3 chiều được tạo bởi các amino acid
trên những phần khác nhau của cấu trúc bậc một.
2. Khu vực hoạt động tạo thành 1 phần nhỏ của thể tích enzyme.
3. Khu vực hoạt động tạo ra các vi môi trường đặc biệt.
4. Sự tương tác của enzyme và cơ chất ở khu vực hoạt động liên quan đến
các tương tác yếu.
5. Tính đặc hiệu của enzyme phụ thuộc vào kết cấu phân tử ở khu vực
hoạt động.
Mô hình khu vực hoạt động có thể bao
gồm các residue cách xa nhau
 Khu vực hoạt động của enzyme có 1 số
tính chất thường gặp (2/2)

• Các enzyme không tương tác với cơ chất như chìa và ổ khóa.

• Thay vào đó, các enzyme thay đổi hình dạng sau khi liên kết
cơ chất, 1 hiện tượng được gọi là tích hợp cảm ứng
(Induced fit).
Mô hình chìa và ổ khóa của sự
liên kết enzyme-cơ chất
Mô hình mô phỏng tích hợp cảm ứng của
sự liên kết enzyme-cơ chất
 Năng lượng liên kết giữa enzyme và
cơ chất quan trọng trong xúc tác

• Năng lượng liên kết là năng lượng tự do được giải phóng qua tương tác của
enzyme và cơ chất.

• Năng lượng liên kết là lớn nhất khi enzyme tương tác trong trạng thái
chuyển tiếp, tạo điều kiện cho sự hình thành trạng thái chuyển tiếp.
 Chất tương tự trạng thái chuyển tiếp Là
những chất ức chế enzyme tiềm năng
• Sự phân biệt (racemization) proline tiếp diễn thông qua 1 trạng thái
chuyển tiếp nơi mà α carbon là dạng tam giác (trigonal).
• Pyrrole 2-carboxylate có dạng hình học nằm trên tam giác (trigonal
geometry). Vì sự tương tự này, pyrrole 2-carboxylate là 1 chất
tương tự trạng thái chuyển tiếp và 1 chất ức chế tiềm năng của
enzyme proline racemase.

DID YOU KNOW?

Racemization is the conversion of one
enantiomer into another—in regard to proline,
the interconversion of the L and D isomers.
 Phụ lục: Biochemistry in Focus ( /2) 1

Các kháng thể liên quan đến xúc tác thể hiện sự quan trọng của
liên kết có chọn lọc của trạng thái chuyển tiếp đến hoạt động
enzyme
Ferrochelatase là enzyme cuối cho sự sản xuất heme và xúc tác sự chèn
Fe2+ vào protoporphyrin IX. Mặt phẳng gần vòng porphyrin phải bị uốn
cong để sắt có thể vào trong.
 Phụ lục: Biochemistry in Focus ( /2) 2

Các kháng thể xúc tác thể hiện sự quan trọng của liên kết có
chọn lọc của trạng thái chuyển tiếp đến hoạt động enzyme
• N-methylmesoporphyrin là chất ức chế tiềm năng của ferrochelatase. N-
alkylation ép vòng porphyrin bị uốn cong để có thể giống trạng thái chuyển tiếp
giả định.
• 1 kháng thể cái mà nhận biết N-methylmesoporphyrin được tạo ra và vận hành như
1 enzyme bằng cách làm siêu vẹo mặt phẳng giả định của vòng porphyrin để tạo
điều kiện cho sắt đi vào. Kháng thể xúc tác (abzymes) có thể được thực sự sản xuất
bằng cách sử dụng chất tương tự trạng thái chuyển tiếp như kháng nguyên.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Vấn đề:
Enzyme aldolase xúc tác 1 phản ứng trong quá trình đường phân
(Chapter 16), một con đường khai thác năng lượng từ glucose.
Fructose 1,6-bisphosphate ⇌ dihydroxyacetone phosphate +
glyceraldehyde 3-phosphate
ΔG°’ cho phản ứng là +23.8 kJ mol–1 (+5.7 kcal mol–1). Bên trong 1 tế bào
đang thực hiện đường phân, nồng độ cơ chất và sản phẩm như bên dưới:

Fructose 1,6-bisphosphate (FBP) = 1.5 × 10–4 M Dihydroxyacetone

phosphate (DHAP) = 4.3 × 10–6 M Glyceraldehyde 3-phosphate (G3P)

= 9.6 × 10–5 M

Tính giá trị ΔG dưới những điều kiện trong tế bào như này.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp ( /2) 1

Giải pháp:
Bất cứ khi giải quyết 1 vấn đề thuộc bất kỳ dạng nào, quan trọng là dùng đúng công cụ.
Trong trường hợp này là phương trình.
• Phương trình nào mô tả sự thay đổi năng lượng tự do của 1 phản ứng liên quan
với sự thay đổi năng lượng tự do chuẩn của 1 phản ứng và nồng độ thực của cơ
chất và sản phẩm?

Tiếp theo, để chắc là hiểu rõ về cơ chất và sản phẩm:

• Thay những từ viết tắt cho các cơ chất và các sản phẩm vào những vị trí thích hợp
của phương trình.

FBP là chất tham gia phản ứng đơn lẻ cái bị tách thành 2 sản phẩm, DHAP và G3P.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp ( /2) 2

Giải pháp:
• Bước tiếp theo để giải ΔG?
Thay những giá trị vào và đừng bị dọa bởi logarit.

Phản ứng, cái mà thu năng lượng với điều kiện chuẩn (ΔG°’), giờ là giải
phóng năng lượng dưới điều kiện của tế bào này (Δ).
Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề
Giải pháp ( /2)
3
[1]
Bạn có biết? [1]
Những phản ứng thủy phân, cái mà phá hủy 1 liên kết và gắn nước
vào, là phản ứng nổi bật trong hóa sinh.

[2] Bạn có biết? [2]

1 kilojoule (kJ) là bằng 1000 J.
1 joule (J) là lượng năng lượng tác động 1 Newton vào vật di chuyển 1m.
1 kilocalorie (kcal) bằng 1000 cal.
1 calorie (cal) tương đương lượng nhiệt yêu cầu để tăng nhiệt độ của 1 gram
nước từ 14.5°C đến 15.5°C.
1 kJ = 0.239 kcal