Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

1. Trạng thái chuyển tiếp:

Là 1 thời điểm nhanh của phân tử mà tại đó diễn ra sự bẻ gãy liên kết, hình
thành liên kết và phát triển điện tích đều diễn tiến đến đúng thời điểm mà tại đó
sự phân ra thành sản phẩm và cơ chất là như nhau.
Trạng thái năng lượng cao ➝ 1 lượng năng lượng cần thêm vào để phân tử
đạt trạng thái chuyển tiếp.
Năng lượng hoạt hóa (NLHH) là rào cản năng lượng cho các phản ứng hóa
học. Những rào cản này rất quan trọng đối với cuộc sống
Tại sao NLHH lại quan trọng? (Tại sao rào cản năng lượng lại quan
trọng?)➝ Nếu không có NLHH tất cả các phản ứng sẽ diễn ra cùng lúc với tốc
độ nhanh, không thể kiểm soát. VD: Da, tóc, móng vừa được hình thành lại bị
phân hủy thì con người sẽ không thể tồn tại.
Năng lượng hoạt hóa càng cao thì phản ứng xảy ra càng chậm.
Một vài phản ứng hóa học diễn ra trong tế bào có NLHH rất cao nên nó gần
như không xảy ra nếu như không có năng lượng được thêm vào.
NLHH của hầu hết các phản ứng hóa học bên trong tế bào rất cao để các
phản ứng có thể xảy ra ở nhiệt độ bình thường.
+ Quá trình đẩy nhanh phản ứng bằng cách giảm NLHH: catalysis (xúc
tác).
+ Yếu tố được thêm vào để giảm NLHH (chất không tham gia phản ứng):
catalyst (chất xúc tác).
+ Chất xúc tác sinh học: enzymes
Trong quá trình tiến hóa, các enzyme đã phát triển để giảm NLHH một
cách có chọn lọc cho các phản ứng cần thiết cho hoạt động sống của tế bào.
2. Giới thiệu về enzyme
Ezymes:
+ Là 1 loại protein đặc biệt và nổi bật.
+ Có năng lực xúc tác mạnh mẽ.
+ Có tính đặc hiệu cao với cơ chất. (Tính đặc hiệu: chỉ xúc tác cho 1 loại
phản ứng hoặc 1 loại cơ chất nhất định.)
+ Là trung tâm của mọi chuyển hóa hóa sinh vì cần enzyme xúc tác các
phản ứng phân giải, tổng hợp..
Nghiên cứu về enzymes có vị trí quan trọng.
Enzymes cũng là công cụ quan trọng trong thực tiễn các ngành CNTP,
CNHH..
❖ Hầu hết enzymes là proteins
Tất cả enzyme là protein (ngoại lệ: một số RNAs có khả năng xúc tác).
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

Hoạt tính xúc tác của enzyme phụ thuộc vào sự toàn vẹn của cấu trúc protein
•Hoạt tính xúc tác thường bị mất đi nếu enzyme bị biến tính hoặc tách ra
thành tiểu đơn vị.
→Cấu trúc bậc 1, bậc 2, bậc 3, bậc 4 của protein rất quan trọng đối với hoạt
tính xúc tác của enzyme.
Trọng lượng phân tử: 12.000 - 1.000.000.
Protein được cấu tạo từ các axit amin bằng liên kết peptide.
•Cấu trúc bậc 1: trình tự sắp xếp của các axit amin trên chuỗi polypeptide.
•Cấu trúc bậc 2: xoắn 𝛼 và gấp nếp 𝛽.
•Cấu trúc bậc 3: xoắn 𝛼 và gấp nếp 𝛽 cuộn thành từng búi có hình lập thể
đặc trưng của từng loại protein.
•Cấu trúc bậc 4: bao gồm các cấu trúc bậc 1, bậc 2, bậc 3.
❖ Enzyme cofactors (cofactor là helper của protein, coenzyme là 1 loại
của cofactor):
Một hoặc nhiều ion vô cơ, chẳng hạn như Fe2+ ,Mg 2+ ,𝑀𝑛2+ , Zn2+ .
Coenzymes:
+ Là phân tử hữu cơ nhưng không chứa nguyên tử protein.
+ Đóng vai trò vận chuyển các nhóm chức.
+ Hầu hết là dẫn xuất từ vitamins.
Một số enzymes bắt buộc cần có một coezyme và một hoặc nhiều hơn một
ion kim loại cho hoạt động của chúng.
Nhóm ngoại FAD, FMN (prosthetic group): một coenzyme hoặc ion kim loại
liên kết chặt chẽ hoặc liên kết cộng hóa trị với protein enzyme.

Một vài ion vô cơ đóng vai trò là cofactor

Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

(FAD vận chuyển electron, tiền chất để tổng hợp và cutamin B2)
Hầu hết các enzymes là proteins

+Holoenzyme: là một enzyme hoàn chỉnh, hoạt tính xúc tác của enzyme đã
kích hoạt cùng với coenzyme và/ hoặc ion kim loại.
+Apoenzyme hoặc apoprotein: protein là một phần của enzyme.

Enzymes được phân loại dựa trên các phản ứng chúng xúc tác:
Nhiều enzymes được đặt tên bằng cách thêm đuôi “-ase” vào tên cơ chất của
chúng hoặc thêm vào đuôi của từ/ cụm từ mô tả hoạt tính của chúng.
•Urease: enzyme xúc tác phản ứng phân giải Ure.
•DNA polymerase: enzyme xúc tác phản ứng polymer hóa DNA.
Các enzymes khác được đặt tên bởi những người tìm ra chúng theo chức
năng, trước khi chúng được biết đến bởi phản ứng xúc tác riêng biệt của chúng.
VD: pepsin, lysozyme
Đôi khi 1 enzyme giống nhau có 2 hoặc nhiều tên, hoặc 2 enzymes có cùng
tên.
→Tên phân loại quốc tế của enzymes.
Hệ thống đặt tên và phân loại enzymes:
•Hệ thống này tách enzymes thành 6 lớp, mỗi lớp một tổ, dựa tên loại
phản ứng chúng xúc tác.
 Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

Lớp Tên lớp Loại phản ứng được xúc tác

Vận chuyển electron (ion hydride và H). Xúc tác phản ứng
1 Oxidoreductases oxh khử. Các tổ của enzyme này bao gồm: dehydrogenase,
oxidase, reductase, peroxidase.
Xúc tác cho các phản ứng liên quan đến sự vận chuyển
phân tử này đến phân tử khác. VD: amino, carboxyl,
2 Tranferases
carbonyl, methyl, phosphoryl, ocyl. (Vận chuyển nhóm
ngoại phân tử)
Xúc tác cho phản ứng thủy phân, mà trong đó sự bẻ gãy
3 Hydrolases liên kết được thực hiện bẳng cách thêm H2O vào.
VD:esterase, phosphatase, peptidase.
Xúc tác cho các phản ứng trong đó các nhóm như H2O,
CO2, NH3 sẽ được loại bỏ để tạo liên kết đôi hoặc nhóm
4 Lyases
này sẽ được thêm vào liên kết đôi. VD: decarrboxyl,
dehydrotase, deaminase.
5 Isomerases Vận chuyển nhóm nội phân tử để tạo đồng phân.
Xúc tác hình thành liên kết C-C, C-S, C-O, C-N bằng các
6 Ligases phản ứng trùng ngưng và được gắn kèm với sự thủy phân
ATP hoặc các cofactor tương đương.

•Mỗi enzyme được qui ước theo số phân loại gồm 4 phần và một tên hệ
thống, khi xác định phản ứng nó xúc tác.
•Một danh sách đầy đủ và mô tả về hàng ngàn enzyme được duy trì bởi Danh
mục danh pháp của Liên hiệp Quốc tế Hoá sinh và sinh học phân tử.
ATP + D-glucose → ADP + D-glucose 6-phosphate
→Tên hệ thống: ATP : glucose phosphotransferase (xúc tác chuyển 1 nhóm
phosphoryl từ ATP đến glucose)
→E.C number: EC.2.7.1.1
+(2): Tên lớp ( nhóm chuyển)
+(7): Tổ (Phosphotransferase)
+(1): có nhóm OH đóng vai trò là chất nhận
+(1): D-glucose là nhóm nhận phosphoryl
→Tên phổ biến (trivial name): hexokinase
Cách hoạt động của enzymes:
-Một phản ứng enzyme đơn giản có thể được viết:
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

E + S ↔ ES ↔ EP ↔ E + P
•E: Enzyme
•S: chất nền
•P: sản phẩm
•ES, EP: Phức chất chuyển tiếp của E với S và với P
-Một enzyme xúc tác cho phản ứng diễn ra khe trên bề mặt túi của enzyme gọi
là trung tâm hoạt động ( active site).
-Chức năng của enzyme là giảm năng lượng hoạt hóa, tăng tốc độ phảm ứng từ
105- 1017
-Xúc tác không ảnh hưởng đến cân bằng phản ứng.
-Trung tâm hoạt động (active site):
•Vùng liên kết với cơ chất (và cofactor, nếu có), “một khe không gian 3
chiều”
•Được cấu thành bởi các phần khác nhau của chuỗi amino acid.
•Chiếm một phần rất nhỏ so với thể tích của E.
•Cơ chất được giữ ở vị trí hoạt động bằng tương tác yếu.
-Năng lực xúc tác và tính đặc hiệu cơ chất của E được quyết định bởi:
1. Sự hình thành các liên kết cộng hóa trị tạm thời giữa cơ chất và các nhóm
chức hoạt động của E (specific a.a side chain (R của a.a), ion kim loại,
coenzyme) hoặc sự chuyển nhóm tạm thời từ cơ chất đến E.
→Tương tác cộng hóa trị giữa enzymes và cơ chất làm giảm năng lượng
hoạt hóa bằng cách cung cấp một con đường theo hướng phản ứng thay thế có
năng lượng hoạt hóa thấp hơn.
2. Sự hình thành các liên kết yếu giữa S và E (liên kết Hydrogen, kị nước
và ion)
→Hình thành phức ES → giải phóng năng lượng liên kết (binding energy -
𝛥𝐺𝐵 ) → Giảm năng lượng hoạt hóa của phản ứng.
Mô hình tương tác enzyme với cơ chất
(a) Không có enzyme: trước khi thanh kim loại bị bẻ gãy, thì nó sẽ bị uốn cong
(ở trạng thái chuyển tiếp - transition state), rồi bị bẻ gãy...
(b) Tương tác có tính từ sẽ thay thế những tương tác liên kết yếu giữa enzyme
và chất nền
-Mô hình (b) là mô hình chìa khóa ổ khóa. Enzyme khớp với cơ chất, năng
lượng hoạt hóa cao, không hỗ trợ cho xúc tác. Enzyme stickase với túi nam
châm (magnet) bao thanh kim loại (substrate) lại, ổn định bề mặt. Quá trình uốn
thanh kim loại sẽ bị ảnh hưởng bởi từ tính giữ thanh kim loại và stickase (b)
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

-Mô hình (c) năng lượng liên kết enzyme và cơ chất là tối ưu, xúc tác chuyển
thanh kim loại thành 2 mảnh. Một enzyme được bổ sung vào trạng thái chuyển
tiếp phản ứng sẽ làm cho thanh kim loại bị mất ổn định, góp phần xúc tác phản
ứng. Năng lượng lien kết của từ tính sẽ bù cho sự tăng năng lượng cần để uốn
cong thanh kim loại. (c)
-Nam châm tạo ra lực hút → sự tương tác yếu giữa enzyme và cơ chất. Tương
tác tối ưu nằm ngay đỉnh đầu.
-Các biểu đồ phản ứng cho thấy kết quả năng lượng bổ sung cho trạng thái
chuyển tiếp (phức EP bị loại bỏ, 𝛥𝐺𝑚 thể hiện sự khác nhau giữa năng lượng
chuyển đổi của phản ứng không xúc tác và có xúc tác và là sự góp phần của
tương tác từ giữa thanh kim loại và stickase
-Khi enzyme bổ sung cho chất nền thì phức ES phức tạp hơn nhiều so với chỉ có
1 mình chất nền. Kết quả là tăng năng lượng kích hoạt.

Vai trò của năng lượng liên kết

-Giảm Entropy của cơ chất: giảm sự chuyển động hỗn độn của cơ chất
- Sự hình thành liên kết yếu giữa cơ chất và E dẫn đến sự phá hủy lớp vỡ
hydrate của cơ chất (tương tác giữa E-S thay thế hầu hết các liên kết hydro giữa
S-H2O)
- Thay thế cấu trúc không gian giữa E để đưa nhóm chức hoạt động của E đến vị
trí thích hợp cho các tương tác với cơ chất -> mô hình “khớp cảm ứng”
(Induced fit)
- Tạo tính đặc hiệu cơ chất
-> giảm NLHH tăng tốc độ phản ứng
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

➔ Nguyên lý quan trọng của phản ứng Enzyme: Các tương tác liên kết yếu
giữa E và S (năng lượng liên kết) tạo nên động lực mạnh mẽ cho sự xúc
tác của E.
ĐỘNG HỌC CỦA PHẢN ỨNG ENZYMES (Enzymes Kinetics) là một
phương thức để xác định tốc độ phản ứng và nghiên cứu xem tốc độ này sẽ thay
đổi như thế nào khi thay đổi các điều kiện phản ứng.

-Tốc độ phản ứng Enzyme phụ thuộc nồng độ cơ chất.

-Phương trình Michaelis-Menten: biểu diễn mối quan hệ giữa vận tốc phản ứng
ban đầu với nồng độ cơ chất.

vớiV0: tốc độ phản ứng ban đầu (M/ phút)

Vmax: tốc độ phản ứng tối đa (M/ phút)
[S]: nồng độ cơ chất (mM)
Km: hằng số Michaelis ( có đơn vị của [S])
*Phương trình phản ứng enzyme:

với k1: hằng số tốc độ phản ứng tạo phức ES

k-1: hằng số tốc độ phản ứng phân li nghịch phức ES
k2: hằng số tốc độ phản ứng tạo sản phẩm từ phức ES
-Ở giai đoạn đầu của phản ứng, [P] không đáng kể, phản ứng P -> S có thể bỏ
qua.
-Trạng thái giả định (Steady-state assumption): tốc độ phản ứng ban đầu phản
ánh trạng thái giả định mà tại đó [ES] là hằng số.
-Tốc độ ES tạo thành = tốc độ ES mất đi
v1=v-1+ v2
k1[E][S] = (k-1+ k2)[ES]
Tổng lượng E tham gia phản ứng [Et] = [E] + [ES]

-Đặt Km= (k-1+ k2)/k1

[Et][S]
[ES] = 𝐾𝑚+[𝑆]
-Mặt khác, tốc độ của cả quá trình:
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

𝑑𝑃 ∆𝑃
Vo= = = 𝐾2 [𝐸𝑆]
𝑑𝑡 ∆𝑡
[𝐸𝑡 ][𝑆]
Vo= 𝐾2 [𝑆]+𝐾
𝑚
Khi [S] đủ lớn, tất cả các phân tử E đều tham gia tạo phức ES ([Et] = [ES]),
tốc độ phản ứng sẽ đạt cực đại (V0=Vmax)
k2[Et] = Vmax
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
Vo= [𝑆]+𝐾
𝑚
Phương trình Michaelis-Menten dành cho phản ứng do enzyme xúc tác
và chỉ có 1 cơ chất.
𝑉 [𝑆]
-Ở [S] thấp, Km [S]: Vo= 𝑚𝑎𝑥 , phụ thuộc tuyến tính [S]
𝐾 𝑚
-Ở [S] cao, [S] Km: V0=Vmax tốc độ phản ứng cực đại, không phụ thuộc [S].
1𝑉
-Khi Vo= 𝑚𝑎𝑥 -> Km = [S]
2
-Đây là một đồ thị hữu ích và thực tiễn của Km, Km sẽ bằng với nồng độ cơ
chất mà tại đó tốc độ phản ứng ban đầu = ½ tốc độ phản ứng cực đại.
-Nguyên tác này đúng cho mọi E tuân theo động học Michealis - Menten

*Xác định Kmvà Vmax:

Sử dụng đồ thị Lineweaver-Burk
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
Vo= [𝑆]+𝐾
𝑚

1 𝐾𝑚 1 1
= + 
𝑉𝑜 𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆] 𝑉𝑚𝑎𝑥

(có dạng y=ax+b, phương trình tuyến tính)

→Cho phép xác định Vmax chính xác hơn.
PHẦN SAU CHƯA HỌC
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

*Phương trình Michaelis-Menten:

-Km có thể thay đổi khác nhau giữa các E, và giữa các cơ chất của cùng E.
-Khi phản ứng Enzyme có 2 bước, Km có 2 ý nghĩa:
𝑘 +𝑘
◾Km= −1 2
𝑘1
1
◾Km=[S] khi V0=2Vmax
-Khi k2 là tốc độ giới hạn, k2 k-1 Km= k-1k1: hằng số phân li giữa phức ES,
thể hiện ái lực của enzyme và S trong phức ES. Km cao ái lực E và S càng nhỏ.
-Vmax: thay đổi tùy thuộc vào enzyme
◾Nếu phản ứng E có 2 bước, với k2là tốc độ giới hạn

Vmax= k2[Et] với [Et]=[E] + [ES]

◾Nếu phản ứng E có 3 bước, với EP E + P là tốc độ giới hạn

Vmax= k3[Et], với [Et]=[E] + [EP]

◾kcat: hằng số mô tả tốc độ giới hạn của phản ứng E ở trạng thái bão hòa
Nếu phản ứng có nhiều bước trong đó có một bước là giới hạn tốc độ kcat sẽ
tương đương với hằng số tốc độ của bước phản ứng đó Vmax= kcat[Et]
𝑉𝑚𝑎𝑥
=>kcat= [𝐸𝑡]
kcat: hằng số tốc độ bậc 1 (s-1): cho biết số phân tử cơ chất được chuyển hóa
thành sản phẩm trong 1 đơn vị thời gian tại 1 phân tử E khi E bão hòa với S.
Phương trình Michaelis-Menten viết lại:
kcat[Et][S]
V0= 𝐾𝑚+[𝑠]
-VD: dung dịch chứa 10-6M carbonic anhydrase xúc tác tạo 0.6M H2CO3 /s khi
enzyme bão hòa với cơ chất. Tính kcat
0,6
kcat=10−6 = 6.105 M
-kcat và Km: được dùng để so sánh cơ chế xúc tác (đơn giản hay phức tạp)
-kcat/Km(M-1.s-1): hằng số đặc hiệu: là hằng số tốc độ bậc 2 của chuyển hóa
E+SE+P
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

kcat[Et][S]
Khi [S]<< Km từ phương trình (*) V0= Km => V0 phụ thuộc vào [Et] và
[S] tốc độ phản ứng bậc 2
-Được dùng để so sánh hiệu quả xúc tác của các E khác nhau hoặc cùng 1 E
chuyển hóa các cơ chất S khác nhau.
◾kcat/Km108- 109
◾kcat/Km108- 109: E có năng lực xúc tác hoàn hảo
*Trường hợp 1E xúc tác phản ứng có nhiều hơn 1S:
-Ví dụ:

-Tốc độ của phản ứng đa cơ chất cũng tuân theo phương trình Michaelis-
Menten với Km khác nhau cho mỗi cơ chất.
-Các kiểu cơ chế xúc tác:
(a) Cả 2 S đồng chất cùng gắn với E tạo thành phức 3 cấu tử lần lượt
từng cơ chất gắn với E một cách ngẫu nhiên hoặc theo thứ tự.
(b) S1 gắn vào E và được chuyển thành P1,sau đó S2 gắn vào E tạo P2 và
giải phóng E.

Các kiểu ức chế enzyme:

-Ức chế thuận nghịch (Reversible inhibition): làm chậm/ ngưng phản ứng
enzyme. Khi mất chất ức chế phản ứng tiếp tục.
◾Chất ức chế cạnh tranh: làm chậm/ ngưng phản ứng enzyme, cạnh tranh
cơ chất, giành lấy enzyme. Có cấu trúc tương tự cơ chất S, có thể gắn vào trung
tâm hoạt động của enzyme nhưng không tạo sản phẩm, và không bị biến đổi bởi
enzyme.
Phương trình Michaelis-Menten:
V0= Vmax[S]Km+ [S] với = 1 + [I]KIvà KI= [E][I][EI]
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

Nhận xét: +Nếu [S][I] thì có thể loại trừ hoàn toàn tác dụng ức chế của I.
+[I] ↗️thì Km↗️.
◾Chất ức chế không cạnh tranh: Vị trí gắn trên E khác với vị trí gắn của S
(trung tâm hoạt động) và chỉ gắn vào phức ES.

Phương trình Michaelis-Menten:

Nhận xét: +[S] V0= Vmax'

+Chất ức chế không cạnh tranh làm Vmax giảm Km giảm.

◾Chất ức chế hỗn hợp (mixed inhibition): Vị trí gắn trên E khác với vị trí
gắn của S, có thể gắn vào E hay ES.
Chương 2: Năng lượng hoạt hóa và tốc độ phản ứng:

Apparent Km: giá trị Km đo được khi có mặt chất ức chế

-Chất ức chế bất thuận nghịch (Irreversible inhibition): liên kết cộng hóa trị
hoặc phá hủy một nhóm chức cần thiết cho hoạt tính xúc tác của enzyme →
enzyme bị vô hoạt.