Enzyme, coenzyme and

vitamin
 Glow of the luminescent jellyfish:

Nearly all known enzymes are

proteins
However, RNA was a biocatalyst
early in evolution
 Classification of enzyme
Enzyme soled protein: only polypeptide. Their
catalytic activity depend on an active site made up by
amino acid components

Polymeric enzyme: apoenzyme + cofactor (non-

protein) = holoenzyme

- Cofactor is known as activator of substract

- Apoenzyme contain activity site that fit to substrate
as well
Coenzymes can
be either tightly
or loosely bound
to the enzyme
Most coenzyme
is originated by
vitamin

Source: Biochemistry 7th edition.

Jeremy M. Berg, John L.
Tymoczko, Lubert Stryer
 Cofactor
 Example of
metal ion co-
factor

Example of metalloenzyme: carbonic

anhydrase contains zinc
 The active site of enzyme

 - The active site of an enzyme is

the region that binds the
substrates.
- Lowers the ΔG of the reaction
 rate-enhancement of
enzyme action.
 - The active site takes up a small
Lysozyme with several part of the total volume of an
components of the active site
enzyme
shown in color
- Specificity (absolute, relative
(group), stereo-specificity)
 Phức hợp
enzyme-cơ chất
 Substrates are bound to
enzymes by multiple
weak attractions:
electrostatic interactions,
hydrogen bonds, and van
der Waals forces
 hydrogen bonds between
enzyme and substrate
often enforce a high
degree of specificity----
(induce fit model)
Adapted by: copyright 2007 Pearson
Education, Inc. Publishing as Benjamin
Cummings
 Lock-and-key model
 Sự gắn kết vừa vặn giữa S và TTHD của E
 Giống như sự gắn kết giữa ổ khóa và chìa khóa
 Chìa khóa tương tự như một E và S là một ổ khóa.
 Cấu trúc được hình thành tạm thời gọi là phức hợp
enzyme-cơ chất (E-S)
 Sản phẩm tạo thành có hình dạng khác với cơ chất
ban đầu
 Khi hình thành, sản phẩm được phóng thích từ
TTHD
 E ra khỏi phản ứng mà không có sự thay đổi về tính
chất cũng như cấu hình và nó sẽ gắn kết với một cơ
chất khác.
Lock-and-key model

S
E
E
E

Enzyme- Enzyme may

substrate be used again
complex P

Reaction coordinate
© 2007 Paul Billiet ODWS
Induced-fit model

 Một số protein có thể thay đổi hình dạng của nó

 Khi một E gắn kết với S, nó sẽ làm thay đổi cấu
trúc E
 TTHD sẽ được thay đổi thành một cấu hình đặc
biệt
 Sự kết hợp E-S làm suy yếu các liên kết trên S
 Các liên kết của S được kéo căng làm cho các
phản ứng dễ dàng hơn (làm giảm năng lượng
kích hoạt)
Source: https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/enzymes/
Induced-fit model

Lock-and-key model Induced-fit model

 Điều này giải thích các enzyme có thể phản

ứng với một loạt các chất nền cùng loại
Enzyme as energy transformation
 The energy barrier in a chemical reaction
is called the activation energy.
 In any reaction, they need the activation
energy to move transition state. The
outcome is that the initial substrate is
converted to the final product.
 Enzyme act by lowering activation energy
How do enzymes lower the activation energy?

 The active site of an enzyme is organized so

that the substrate fits well
 The active site fits better to the transition state.
Therefore, the transition state is easier to attain
and the activation energy is, therefore, lower.
Factors affecting E activity
 Concentration of reactant
 pH
 Temperature
 Inhibitor
 Concentration of reactant:

Reaction
velocity

© 2007 Paul Billiet ODWS Substrate concentration

 The increase in velocity is proportional to

concentration of substrate
Concentration of reactant: enzymatic reaction

Vmax

Reaction
velocity

© 2007 Paul Billiet ODWS

Substrate concentration

 The enzymatic reaction is faster but when all of

enzyme active site have substrate bound to them, it
reaches Vmax.
 The enzyme concentration is changed then Vmax
will be changed.
Ảnh hưởng của pH
Optimum pH values

Enzyme
activity Trypsin

Pepsin

1 3 5 7 9 11

© 2007 Paul Billiet ODWS

pH
Ảnh hưởng của pH
 Mỗi E có một khoảng pH hoạt động. Ngoài
khoảng đó, E sẽ bị biến tính
 Thay đổi cấu trúc của enzyme
 Các TTHD bị bóp méo và các cơ chất sẽ không
còn phù hợp với nó
 Ở pH có giá trị hơi khác với giá trị tối ưu của
enzyme, sự thay đổi nhỏ trong điện tích của
enzym và phân tử cơ chất của nó sẽ xảy ra
 Sự thay đổi này trong ion hóa sẽ ảnh hưởng
đến các gắn kết của các chất nền với TTHD
Ảnh hưởng của nhiệt độ
 Q10 (hệ số nhiệt độ) = tốc độ phản ứng gia
tăng khi tăng 10 ° C
 Đối với các phản ứng hóa học Q10 = 2 đến 3?
(Tỷ lệ các phản ứng tăng gấp đôi hoặc gấp ba
khi tăng thêm 10 ° C nhiệt độ)
 Phản ứng có sự kiểm soát E tuân theo quy tắc
này vì đó là phản ứng hóa học
 NHƯNG nhiệt độ cao sẽ làm phân hủy protein
 Nhiệt độ tối ưu cho một phản ứng có E sẽ là
một sự cân bằng giữa Q10 và biến tính.
Ảnh hưởng của nhiệt độ

Q10 Denaturation
Enzyme
activity

0 10 20 30 40 50
Temperature / °C

© 2007 Paul Billiet ODWS

Ảnh hưởng của nhiệt độ
 Đối với hầu hết các enzyme, nhiệt độ tối ưu là
khoảng 30 ° C
 Một vài vi khuẩn có enzym có thể chịu được nhiệt
độ rất cao lên đến 100 ° C
 Hầu hết các enzyme hoàn toàn biến tính ở 70 °C
Inhibitor
 Enzyme inhibitors are molecules that interact
with enzymes (temporary or permanent)
 Reducing the rate of an enzyme-catalyzed
reaction or prevent enzymes to work in a
normal manner
Inhibitor
Có hai loại:
Irreversible inhibitor
Reversible inhibitor (competitive and
noncompetitive inhibitor)
Ảnh hưởng của chất ức chế E
Irreversible inhibitor: Kết hợp với các nhóm
chức năng của các axit amin trong các
TTHD, không thể phục hồi.
Ví dụ: khí độc thần kinh Diisopropyl
fluorophosphate (DIFP) có chứa photpho
hữu cơ, kết hợp có dư lượng serine trong
enzyme acetylcholine esterase.
Source:
http://chem.libretexts.org/Textbook_Maps/Organic_Chemistry_Textbook_Maps/Map%3A_Organic_Chemistry_(Bruice)/31%3A_The_Organic_Chemistry_of_Drugs%3A_Discovery_and_Desi
gn/31.07%3A_Drugs_as_Enzyme_Inhibitors
Ảnh hưởng của chất ức chế E
Sự ức chế hồi phục (reversible inhibitors):
Có hai loại: cạnh tranh và không cạnh tranh
Ảnh hưởng của chất ức chế E
Chất ức chế cạnh tranh
: cạnh tranh với các
phân tử cơ chất tại vị trí E+I EI
TTHD của E. Enzyme inhibitor
Reversible
- Hoạt động của chất ức reaction complex

chế là tỷ lệ thuận với

nồng độ của nó.
- Tương tự như cấu trúc
của cơ chất
 Chất ức chế cạnh tranh

Source:
http://chem.libretexts.org/Textbook_Maps/Organic_Chemistry_Textbook_Maps/Map%3A_Organic_Chemistry_(Bruice)/31%3A_The_Organic_Chemistry_of_Drugs%3A_Discovery_and_Desi
gn/31.07%3A_Drugs_as_Enzyme_Inhibitors
Ảnh hưởng của chất ức chế E
Không cạnh tranh (noncompetitive inhibitor):
không phải là chịu ảnh hưởng của nồng độ của cơ
chất. Nó ức chế bằng cách gắn kết với enzyme
(enzyme tự do hoặc phức hợp của enzyme và cơ
chất) nhưng không phải ở vị trí hoạt động.
Kết quả: thay đổi cấu hình ba chiều của enzyme
hoặc thay đổi cấu hình trung tâm hoạt động
Ảnh hưởng của chất ức chế E
Ví dụ
Liên hợp Cyanide với sắt trong các enzym
cytochrome oxidase.
Kim loại nặng, Ag, Hg, kết hợp với-SH
nhóm.
Có thể được loại bỏ bằng cách sử dụng một
chelating (kìm hãm) như EDTA.
Sự ức chế hồi phản (feedback inhibition): là một
quá trình sinh hóa bình thường, chất ức chế không
cạnh tranh được sử dụng để kiểm soát một số hoạt
động của enzyme. Trong quá trình này, các sản
phẩm cuối cùng sẽ ức chế enzyme xúc tác bước đầu
tiên trong một loạt các phản ứng
Adapted by: copyright 2007 Pearson
Education, Inc. Publishing as
Benjamin Cummings
Adapted by: copyright 2007 Pearson
Education, Inc. Publishing as
Benjamin Cummings
Giải thích sự kiểm soát của các con đường trao đổi bị chất
ức chế bởi sản phẩm cuối cùng dựa trên khái niệm “chất
ức chế không cạnh tranh” (allosteric inhibitor)-tham khảo

Con đường trao đổi chất gồm nhiều phản ứng với
hệ phức hợp enzyme.
Sự dư thừa sản phẩm cuối cùng dẫn đến các sản
phẩm này sẽ kết hợp với enzyme xúc tác của
phản ứng đầu tiên trong chuỗi phản ứng ở vị trí
allosteric (vùng dị lập thể) ức chế enzyme.
Khi nồng độ sản phẩm giảm, enzyme sẽ trở lại
hình dạng và hoạt động xúc tác như ban đầu.