Professional Documents
Culture Documents
ECTIONT O
HÓA HỌC
XỬ LÝ SINH HỌC
Việc sử dụng các enzym trong chẩn đoán bệnh là một trong
những lợi ích quan trọng bắt nguồn từ nghiên cứu chuyên sâu
về hóa sinh từ những năm 1940. Enzyme đã cung cấp cơ sở cho
lĩnh vực hóa học lâm sàng.
Với sự phát triển mạnh mẽ của nghiên cứu khoa học sự sống trong những
thập kỷ gần đây, sự quan tâm đến enzym chẩn đoán đã tăng lên gấp bội. Các
công cụ trực tuyến AI mới hỗ trợ các nhà nghiên cứu trong lĩnh vực nghiên cứu
y tế, trong đó có thể tìm thấy tiềm năng chẩn đoán của các phản ứng enzym.
Quá trình xây dựng và phá bỏ này diễn ra trước một nghịch lý rõ ràng là phần lớn
các phản ứng sinh hóa này không diễn ra một cách tự phát mà hiện tượng xúc tác
tạo nên các phản ứng sinh hóa có thể cần thiết cho mọi quá trình sống. Xúc tác
được gọi là sự tăng tốc của một phản ứng hóa học bởi một số chất mà bản thân nó
không trải qua biến đổi hóa học vĩnh viễn. Chất xúc tác của các phản ứng sinh hóa
là các enzym và chịu trách nhiệm thực hiện hầu hết các phản ứng hóa học trong cơ
thể sống, không có enzym, các phản ứng này diễn ra với tốc độ quá chậm so với tốc
độ trao đổi chất.
Quá trình oxy hóa axit béo thành cacbon đioxit và nước không phải là một quá trình nhẹ
nhàng trong ống nghiệm - cần phải có độ pH cực đại, nhiệt độ cao và hóa chất ăn mòn.
Tuy nhiên, trong cơ thể, một phản ứng như vậy diễn ra trơn tru và nhanh chóng trong
một phạm vi hẹp của pH và nhiệt độ. Trong phòng thí nghiệm, protein trung bình phải
được đun sôi khoảng 24 giờ trong dung dịch HCl 20% để đạt được sự phân hủy hoàn
toàn. Trong cơ thể, sự phân hủy diễn ra trong bốn giờ hoặc ít hơn trong điều kiện nhiệt
độ và pH sinh lý nhẹ.
Chính nhờ nỗ lực tìm hiểu thêm về các chất xúc tác enzyme - chúng là gì,
chúng làm gì và làm như thế nào - mà nhiều tiến bộ trong y học và khoa học
đời sống đã được mang lại.
John H. Northrop và Wendell M. Stanley của Viện Nghiên cứu Y khoa Rockefeller đã
chia sẻ giải Nobel năm 1947 với Sumner. Họ đã phát hiện ra một quy trình phức tạp
để phân lập và tinh chế pepsin. Kỹ thuật kết tủa này do Northrop và Stanley nghĩ ra
đã được sử dụng để kết tinh một số enzym.
H H H H
| | Ở đâu | và | đại diện cho hai
R - C - C0 - NH - C - R ' R '- C - NH2 R - C - NH2 axit amin điển hình
|| | |
NH2 COOH COOH COOH
Nhiều enzym yêu cầu sự hiện diện của hoạt của các hợp chất khác - đồng yếu tố - trước khi
tính xúc tác của chúng có thể được thực hiện. Toàn bộ phức hợp hoạt động này được gọi là
holoenzyme; tức là, apoenzyme (phần protein) cộng với (các) đồng yếu tố (coenzyme,
nhóm chân tay giả hoặc chất hoạt hóa ion kim loại) (Hình 2).
Hình 2: Holoenzymes
cộng với nhiều loại
đồng yếu tố.
Một trong những đặc tính của các enzym khiến chúng trở nên quan trọng như công cụ chẩn đoán và
nghiên cứu là thành phố cụ thể mà chúng thể hiện so với các phản ứng mà chúng xúc tác. Một số
enzym thể hiện thành phố cụ thể tuyệt đối; nghĩa là chúng sẽ chỉ xúc tác cho một phản ứng cụ thể.
Các enzym khác sẽ được xác định cụ thể cho một loại liên kết hóa học hoặc nhóm chức năng cụ thể.
không phụ thuộc vào phần còn lại của cấu trúc phân tử.
4. Đặc điểm kỹ thuật lập thể fi thành phố - enzyme sẽ hoạt động trên một đồng phân steric hoặc quang
học cụ thể.
Mặc dù các enzym thể hiện mức độ thành phố cụ thể lớn, nhưng các đồng yếu tố có thể phục
vụ nhiều apoenzym. Ví dụ, nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) là một coenzyme cho một
số lượng lớn các phản ứng dehydrogenase trong đó nó hoạt động như một chất nhận hydro.
Trong số đó có các phản ứng alcohol dehydrogenase, malate dehydrogenase và lactate
dehydrogenase.
IUB đã phát minh ra một hệ thống phân loại và xác định các enzym về các phản
ứng mà chúng xúc tác. Điều này dựa vào hệ thống số (số EC) để phân loại các nhóm
enzyme theo các loại phản ứng phản ứng và cách đặt tên có hệ thống mô tả phản
ứng hóa học liên quan. Điều này hiện đang được sử dụng rộng rãi và danh sách
quan trọng của các loại enzyme có thể được tìm thấy tại ExplorEnz - Cơ sở dữ liệu
Enzyme (http://www.enzyme-database.org). Danh pháp enzyme được kết hợp vào
nhiều tài nguyên khác, bao gồm cơ sở dữ liệu tin sinh học ExPASy-ENZYME,
BRENDA và KEGG.
Enzyme là chất xúc tác làm tăng tốc độ của phản ứng hóa học mà bản thân chúng không trải
qua bất kỳ sự thay đổi hóa học vĩnh viễn nào. Chúng không được sử dụng hết trong phản ứng
cũng như không xuất hiện dưới dạng sản phẩm phản ứng.
Phản ứng cơ bản của enzym có thể được biểu diễn như sau:
S+E→P+E
E đại diện cho enzym xúc tác phản ứng; S, chất nền, chất được thay đổi; vàP,
sản phẩm của phản ứng.
S + E → ES
S = Cơ chất; E = Enzyme; ES = Phức hợp Enzyme / Chất nền
Nếu phản ứng này được kết hợp với phương trình phản ứng ban đầu, kết quả sau:
S + E → ES → P + E
S = Cơ chất; E = Enzyme; ES = Phức hợp Enzyme / Chất nền; P = Sản phẩm
Ví dụ, sự tồn tại của phức hợp enzyme-cơ chất trung gian đã được chứng minh
trong phòng thí nghiệm, sử dụng catalase và dẫn xuất hydrogen peroxide. Tại Đại
học Yale, Kurt G. Stern đã quan sát thấy sự thay đổi quang phổ trong catalase khi
phản ứng mà nó xúc tác tiến hành. Bằng chứng thực nghiệm này chỉ ra rằng đầu
tiên enzyme liên kết với cơ chất và sau đó trở lại dạng ban đầu sau khi phản ứng
kết thúc.
thực sự. Điều này cũng đúng với các phản ứng được xúc tác bởi enzym. Điều này là do sự thuận
Nói chung:
K +1
A + B → C + D (Phản ứng chuyển tiếp)
K-1
C + D → A + B (Phản ứng Revese)
K + 1 là hằng số tốc độ phản ứng thuận và K-1 là hằng số tốc độ phản ứng nghịch.
Áp dụng mối quan hệ chung này cho các phản ứng enzym cho phép phương trình:
K +1 K +2
E+S→ → P+E
← ES ←
K-1 K-2
Cân bằng, một điều kiện ở trạng thái dừng, đạt được khi tốc độ phản ứng thuận bằng
tốc độ phản ứng ngược. Đây là phương trình cơ bản dựa trên hầu hết các nghiên cứu
hoạt động của enzym.
Các nhà hóa học đã biết trong gần một thế kỷ rằng để hầu hết các phản ứng hóa học
tiến hành, cần phải có một số dạng năng lượng. Họ đã gọi lượng năng lượng này là
“năng lượng của sự kích hoạt”. Đó là độ lớn của năng lượng hoạt hóa sẽ xác định tốc độ
phản ứng sẽ tiến hành như thế nào. Người ta tin rằng các enzym làm giảm năng lượng
hoạt hóa cho phản ứng mà chúng đang xúc tác (Hình 3). Enzyme được cho là làm giảm
“đường đi” của phản ứng. Đường dẫn rút gọn này sẽ yêu cầu ít hơn
E2
Mức năng lượng
Không có Enzyme
Với Enzyme
E0
Mức năng lượng chất phản ứng
E
Quy trình phản ứng
Kiến thức về lý thuyết động học cơ bản của enzym rất quan trọng đối với việc phân tích
enzym để có thể hiểu được cơ chế hoạt động cơ bản của enzym và lựa chọn phương
pháp phân tích enzym. Các điều kiện được chọn để đo hoạt động của một enzym sẽ
không giống với các điều kiện được chọn để đo nồng độ cơ chất của nó. Một số yếu tố
ảnh hưởng đến tốc độ tiến hành các phản ứng enzym - nồng độ enzym, nồng độ cơ chất,
sự hiện diện của bất kỳ chất ức chế hoặc chất hoạt hóa nào, nhiệt độ và pH.
Nồng độ Enzyme
Để nghiên cứu ảnh hưởng của việc tăng nồng độ enzym đến tốc độ phản ứng,
cơ chất phải có một lượng dư thừa; tức là, phản ứng phải độc lập với nồng độ
cơ chất. Bất kỳ sự thay đổi nào về lượng sản phẩm được tạo thành trong một
khoảng thời gian cụ thể sẽ phụ thuộc vào mức độ hiện diện của enzym. Về mặt
đồ họa, điều này có thể được biểu diễn như được chỉ ra trongHinh 4.
Những phản ứng này được cho là "bậc không" vì tốc độ không phụ thuộc vào
nồng độ cơ chất và bằng một hằng số k. Việc hình thành sản phẩm diễn ra với
tốc độ tuyến tính với thời gian. Việc bổ sung thêm chất nền không giúp tăng tỷ
lệ. Theo động học thứ tự không, cho phép thử nghiệm chạy
trong thời gian gấp đôi dẫn đến lượng sản phẩm tăng gấp đôi (Bảng 1).
Với 1x Enzyme
Không có Enzyme
Thời gian
Trong Hình 5, hoạt động tỷ lệ thuận với nồng độ trong khu vực AB, nhưng không
ở BC. Hạn chế hoạt động nói chung là lớn nhất khi nồng độ cơ chất không
của enzym.
A B C
Nồng độ Enzyme
Khi nồng độ của sản phẩm của phản ứng enzym được vẽ biểu đồ theo thời gian,
một đường cong tương tự sẽ cho kết quả (Hình 6). Giữa A và B, đường cong biểu
diễn phản ứng bậc 0; nghĩa là, tốc độ không đổi theo thời gian. Cơ chất được sử
dụng hết, các vị trí hoạt động của enzym không còn bão hòa, nồng độ cơ chất trở
thành giới hạn tốc độ, và phản ứng trở thành bậc nhất giữa B và C.
A B C
Thời gian
Hình 7 minh họa ba loại phản ứng có thể gặp trong các thử nghiệm
enzym và chỉ ra các vấn đề có thể gặp phải nếu chỉ thực hiện các
phép đo đơn lẻ.
A E
B
C
Thời gian
B là một đường thẳng đại diện cho phản ứng bậc 0 cho phép xác định chính xác
hoạt tính của enzym trong một phần hoặc toàn bộ thời gian phản ứng. A đại diện
cho loại phản ứng đã được hiển thị trong Hình 6. Phản ứng này ban đầu là thứ tự 0
và sau đó chậm lại, có lẽ là do cạn kiệt cơ chất hoặc ức chế sản phẩm. Loại phản
ứng này đôi khi được gọi là phản ứng “dẫn đầu”. Hoạt động "tiềm năng" thực sự
được biểu thị bằng đường chấm. Đường congC đại diện cho một phản ứng với một
giai đoạn "trễ" ban đầu. Một lần nữa, đường chấm biểu thị hoạt động có thể đo
lường được. Nhiều phép xác định nồng độ sản phẩm cho phép vẽ đồ thị từng
đường cong và xác định hoạt độ thực. Một xác định điểm cuối duy nhất tạiE sẽ dẫn
đến kết luận sai rằng cả ba mẫu đều có nồng độ enzym giống hệt nhau.
Vtối đa
Vận tốc phản ứng
1/2 Vtối đa
Km = [S]
1/2 Vtối đa
Giả thuyết rằng khi đạt đến vận tốc tối đa này, tất cả các enzym có sẵn đã được
chuyển đổi thành ES, phức hợp enzyme / cơ chất. Điểm này trên đồ thị được ký hiệu
là Vmax. Sử dụng phương trình và vận tốc tối đa này, Michaelis đã phát triển một
tập hợp các biểu thức toán học để tính toán hoạt động của enzym
tốc độ phản ứng từ dữ liệu phòng thí nghiệm có thể đo được.
K+ 1 K +2 K-1 + K2
→ ES ←
E+S← Vtối đa [S]
→ P+ E Km = = SVmax vt =
K- 1 K- 2 K +1 Km+ [S]
1. Một chữ K nhỏm chỉ ra rằng enzyme chỉ cần một lượng nhỏ cơ
chất để trở nên bão hòa. Do đó, vận tốc tối đa đạt được là
nồng độ cơ chất tương đối thấp.
2. K lớnm cho thấy sự cần thiết của nồng độ cơ chất cao để đạt được vận
tốc phản ứng tối đa.
3. Chất nền có K thấp nhấtm trên đó enzym hoạt động như một chất xúc tác thường
được cho là cơ chất tự nhiên của enzym, mặc dù điều này không đúng.
cho tất cả các enzym.
Chất ức chế enzym là những chất làm thay đổi hoạt động xúc tác của enzym và
do đó làm chậm lại, hoặc trong một số trường hợp, ngừng xúc tác. Có ba loại
phổ biến của ức chế enzym - cạnh tranh, không cạnh tranh và ức chế cơ chất.
Hầu hết các lý thuyết liên quan đến cơ chế ức chế đều dựa trên sự tồn tại của phức hợp
enzym-cơ chất ES. Như đã đề cập trước đó, sự tồn tại của các cấu trúc ES tạm thời đã
được xác minh trong phòng thí nghiệm.
Sự ức chế cạnh tranh xảy ra khi cơ chất và một chất tương tự như cơ chất đều được
thêm vào enzym. Một lý thuyết được gọi là “lý thuyết khóa và chìa khóa”
chất xúc tác enzym có thể được sử dụng để giải thích tại sao sự ức chế xảy ra (Hình 9).
Enzyme
Chìa khóa phù hợp với khóa - xoay nó - do đó mở cửa
để phản ứng xảy ra.
Cơ chất
Lý thuyết khóa và chìa khóa sử dụng khái niệm “trang web đang hoạt động”.
Khái niệm cho rằng một phần cụ thể của bề mặt enzyme có khả năng thích
ứng mạnh đối với cơ chất. Cơ chất được giữ theo cách mà sự chuyển đổi của
nó thành các sản phẩm phản ứng thuận lợi hơn. Chúng tôi coi enzyme là ổ
khóa và chất nền là chìa khóa - chìa khóa được lắp vào ổ khóa, chìa khóa được
xoay và cánh cửa được mở (phản ứng tiếp tục) (Hình 9). Tuy nhiên, khi có chất
ức chế giống với cơ chất, nó sẽ cạnh tranh với cơ chất để giành vị trí trong
khóa enzym. Khi quân ức chế thắng, nó giành được vị trí khóa nhưng không
thể mở khóa. Do đó, phản ứng quan sát được bị chậm lại vì một số vị trí enzym
có sẵn bị chất ức chế chiếm giữ. Nếu một chất tương tự không có mặt ở vị trí
đó, enzyme sẽ loại bỏ chất đó, thay vào đó chấp nhận chất nền và phản ứng
diễn ra bình thường.
Enzyme
Enzyme và chất nền
Cơ chất
Chất ức chế
Hình 11 cho thấy vận tốc phản ứng giảm dần sau khi đạt vận tốc
cực đại.
Nhân vật
11: Cơ chất
trở thành tỷ lệ-
ức chế.
Vận tốc phản ứng
Vtối đa
Lượng cơ chất bổ sung được thêm vào hỗn hợp phản ứng sau thời điểm này
thực sự làm giảm tốc độ phản ứng. Điều này được cho là do có rất nhiều phân
tử cơ chất cạnh tranh cho các vị trí hoạt động trên bề mặt enzym, chúng chặn
các vị trí đó và ngăn không cho bất kỳ phân tử cơ chất nào khác chiếm giữ.
họ (Hình 12).
Điều này làm cho tốc độ phản ứng giảm xuống vì tất cả enzym hiện diện không được sử dụng.
Huyền thoại
Enzyme Cơ chất
Nhiệt độ [° C]
Trong một khoảng thời gian, các enzym sẽ bị vô hiệu hóa ở nhiệt độ vừa phải. Bảo
quản enzym ở 5 ° C hoặc thấp hơn nói chung là thích hợp nhất. Một số enzym mất
hoạt tính khi đông lạnh.
Enzyme bị ảnh hưởng bởi sự thay đổi của pH. Giá trị pH thuận lợi nhất - điểm
mà enzyme hoạt động mạnh nhất - được gọi là pH tối ưu. Đây là đồ họa
minh họa trong Hình 14.
độ pH
Enzyme PH tối ưu
Lipase (tuyến tụy) 8.0
Lipase (dạ dày) 4,0 - 5,0
Lipase (dầu thầu dầu) 4,7
Pepsin 1,5 - 1,6
Trypsin 7,8 - 8,7
Urease 7.0
Invertase 4,5
Maltase 6,1 - 6,8
Amylase (tuyến tụy) 6,7 - 7,0
Amylase (mạch nha) 4,6 - 5,2
Catalase 7.0
Nhiều thập kỷ sau khi phát hiện ban đầu về enzym, các chi tiết về cách
thức hoạt động riêng lẻ của các enzym và cách các hệ thống enzym
thực hiện một chức năng cụ thể (ví dụ, tổng hợp một chất sinh hóa
phức tạp) vẫn tiếp tục cần được điều tra. Trong tương lai, khi các nhà
khoa học phát triển các loại dược phẩm mới và làm sáng tỏ sự phức
tạp của lão hóa và bệnh tật, những kiến thức cơ bản về enzym học sẽ
tiếp tục là vô giá.
Bennett, TP, và Frieden, E.: Các chủ đề hiện đại về hóa sinh, tr. 43-45,
Macmillan, London (1969).
Holum, J.: Các yếu tố của Hóa học Đại cương và Sinh học, xuất bản lần thứ 2, 377, Wiley, NY
(Năm 1968).
Martinek, R.: Enzymology lâm sàng thực hành: J. Am. Med. Tech., 31, 162 (1969).
Harrow, B. và Mazur, A.: Sách giáo khoa Hóa sinh, 109, Saunders, Philadelphia
(Năm 1958).
Pfeiffer, J.: Enzyme, Vật lý và Hóa học của Sự sống, trang 171-173, Simon và
Schuster, NY (1954).
Michaelis L, Cố vấn ML. Die Kinetik der Invertinwirkung. Biochemische Zeitschrift. Năm
1913; 49: 333–369.
Tipton, K. Translocases (EC 7): Một loại EC mới. Tin tức về danh pháp Enzyme, tháng 8
năm 2018.
Webb EC, NC-IUBMB. (1992) Danh pháp Enzyme: Khuyến nghị của Ủy ban
Danh pháp của Liên minh Quốc tế về Hóa sinh và Sinh học Phân tử về
Danh pháp và Phân loại của Enzyme. Nhà xuất bản Học thuật, New York,
NY.
Đã đăng ký Bản quyền. Không được phép sao chép bất kỳ phần nào của tác phẩm này dưới bất kỳ hình thức nào, ngoại trừ phần trích dẫn các đoạn ngắn
trong các bài phê bình, mà không có sự cho phép trước bằng văn bản của Worthington Biochemical Corporation, 730 Vassar Ave, Lakewood, NJ 08701, USA
Rev 12.19